Rede de Colaboração

José Guilherme Camargo de Souza

Possui graduação em Ciência da Computação pela Universidade do Vale do Rio dos Sinos (2009). Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Processamento de Linguagem Natural, atuando principalmente nos seguintes temas: resolução de correferência, extração de informação, ontologias e bioinformática.
(Texto informado pelo autor)

Última atualização do currículo em 17/01/2011
Endereço para acessar este CV:
http://lattes.cnpq.br/1883007948533852
Dados pessoais
NomeJosé Guilherme Camargo de Souza
Nome em citações bibliográficasSOUZA, J. G. C. de
SexoMasculino

Formação acadêmica/Titulação
2009            Mestrado em andamento em Processamento de Linguas Naturais .
Universidade do Algarve, UALG, Portugal.
Título: Coreference Resolution using Word Alignment, Orientador: Constantin Orasan.
Bolsista do(a): Education, Audiovisual and Culture Executive Agency .
Palavras-chave: Correferência; Extração de Informações.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Inteligência Artificial / Especialidade: Processamento de Linguagem Natural.
2009            Mestrado em andamento em Natural Language Processing and HLT .
University of Wolverhampton, UoW, Inglaterra.
Título: Coreference Resolution using Word Alignment, Orientador: Constantin Orasan.
Bolsista do(a): Education, Audiovisual and Culture Executive Agency .
2002 - 2009Graduação em Ciência da Computação .
Universidade do Vale do Rio dos Sinos, UNISINOS, Brasil.
Título: Resolução automática de correferência aplicada à língua portuguesa.
Orientador: Renata Vieira.

Atuação profissional
Godigital Tecnologia e Participações, GODIGITAL, Brasil.
Vínculo institucional
2008 - 2009 Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Pesquisador e Desenvolvedor de Software, Carga horária: 40
T&T Engenheiros Associados, T&T, Brasil.
Vínculo institucional
2007 - 2008 Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Engenheiro de Software, Carga horária: 40
Universidade do Vale do Rio dos Sinos, UNISINOS, Brasil.
Vínculo institucional
2006 - 2007 Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Bolsista de Iniciação Científica, Carga horária: 20, Regime: Dedicação exclusiva.
Vínculo institucional
2003 - 2006 Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Outro (Bolsista de Iniciação Científica), Carga horária: 20, Regime: Dedicação exclusiva.
Atividades
03/2006 - AtualAtividades de Participação em Projeto, Centro de Ciências Exatas e Tecnológicas, .
Projetos de pesquisa
PLN-BR Recursos e Ferramentas para a Recuperação de Informação em Bases Textuais em Português do Brasil
2004 - 2005Atividades de Participação em Projeto, Centro de Ciências Exatas e Tecnológicas, Área de Conhecimento e Aplicação de Informática.
Projetos de pesquisa
Simulação Computacional de Metabolismo e Modelagem de Proteínas

Projetos de Pesquisa
2006 - 2007PLN-BR Recursos e Ferramentas para a Recuperação de Informação em Bases Textuais em Português do Brasil
Descrição: O objetivo geral deste projeto é a construção de um espaço interinstitucional de interação e intercâmbio de práticas de análise e investigação lingüístico-computacional acerca da representação e da recuperação de informação de natureza semântica e pragmático-discursiva veiculada por enunciados produzidos em português brasileiro. A este objetivo geral correspondem três objetivos específicos, indicados a seguir: - A construção de padrões e protocolos que possam diminuir o custo de reconstrução ou adaptação, e possibilitar a reutilização dos recursos construídos para finalidades diversas, além de oferecer uma base comum de avaliação dos diferentes sistemas construídos para um mesmo fim; - A construção de recursos e ferramentas comuns, modelados e implementados em consonância com os padrões e protocolos acordados entre as várias equipes; e - A construção e a avaliação de aplicações variadas para a recuperação e a extração de informações em documentos produzidos em português brasileiro a partir dos recursos construídos e disponibilizados no âmbito desta proposta. Para a consecução desses objetivos, este projeto está subdividido em oito diferentes subprojetos, cada um dos quais a cargo de um subcoordenador específico. Os vários subprojetos, em que pese a diversidade dos métodos e objetivos envolvidos em cada caso, estarão inter-relacionados pelo compartilhamento de estratégias convergentes de construção e avaliação de recursos, ferramentas e aplicações, que constituirão o ponto de partida de cada uma das equipes, e que serão construídas, comunitariamente, a partir de uma mesma base de documentos. Este projeto conta com a participação de 7 grupos nacionais de PLN das seguintes instituições: USP/São Carlos (NILC), UFSCar, UNESP/Araraquara, PUC/RS, PUC/RJ, UNISINOS e Mackenzie/SP..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 4) / Mestrado acadêmico ( 3) .
Integrantes: Renata Vieira - Integrante / Luiz Carlos Ribeiro Junior - Integrante / Patrícia Nunes Gonçalves - Integrante / Maria das Graças Volpe Nunes - Coordenador / Lucia Helena Machado Rino - Integrante / Jonatan Schropel - Integrante / José Guilherme Camargo de Souza - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa..
2004 - 2005Simulação Computacional de Metabolismo e Modelagem de Proteínas
Descrição: O projeto visa desenvolver simulações em computador de metabolismo e da estrutura de proteínas que requerem recursos computacionais para simulações em larga escala em aglomerados ou grades de computadores. A rede metabólica a ser estudada é a do fungo Crinipellis perniciosa com o fim de identificar enzimas importantes que sirvam como alvo para drogas ou vacinas contra este organismo. Pretende-se também utilizar técnicas de inteligência artificial para investigação da estrutura de proteínas transportadoras com função desconhecida deste organismo. O fungo Crinipellis perniciosa é um patógeno do cacaueiro que causa enormes perdas na produção de cacau, portanto há grande interesse econômico e social no seu controle. Para este fim, propõe-se a associação de esforços entre bioinformatas e biólogos pela criação de uma rede envolvendo o Laboratório de Bioinformática e Biologia Computacional (LBBC) da Unisinos, o Instituto de Biotecnologia da Universidade de Caxias do Sul (UCS) e o Laboratório de Genômica e Expressão da Unicamp. Este projeto qualificará o trabalho do grupo consolidado da Unicamp e promoverá o crescimento dos grupos emergentes em bioinformática da Unisinos e da UCS. O Laboratório de Bioinformática e Biologia Computacional (LBBC) da Unisinos tem como foco central a modelagem e análise metabólica de organismos, cujo genoma esteja seqüenciado. No LBBC desenvolve-se um novo método para predizer as enzimas mais importantes do metabolismo de um organismo. Este método foi validado utilizando como organismo modelo a Escherichia coli. Posteriormente, o método foi aplicado a sete espécies de micoplasmas, incluindo o M. hyopneumoniae seqüenciado pelo projeto PIGS, e ao metabolismo do eucalipto em parceria com o consórcio FORESTS. Para a construção da rede metabólica de um organismo foram coletadas todas as enzimas anotadas no genoma do organismo e determinadas as reações bioquímicas catalisadas por elas. Estas informações são obtidas do banco de dados.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação ( 1) / Mestrado acadêmico ( 1) .
Integrantes: José Carlos Merino Mombach - Coordenador / Ney Lemke - Integrante / Adelmo Luis Cechin - Integrante / Günther Johannes Lewczuk Gerhardt - Integrante / José Guilherme Camargo de Souza - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro..

Áreas de atuação
1. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Inteligência Artificial / Especialidade: Processamento de Linguagem Natural.
2. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Software Básico.
3. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Engenharia de Software.
4. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.

Idiomas
Inglês Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Francês Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.
Português Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Prêmios e títulos
2009Bolsa Erasmus Mundus para o International Masters in Natural Language Processing and Human Language Technologies, Education Audiovisual & Culture Executive Agency (EACEA).


Produção em C,T & A
Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos
1.   VIEIRA, R. ; SILVA, João Paulo Müller da ; LEMKE, N. ; ACENCIO, M. L. ; MOMBACH, J. C. M. ; SOUZA, J. G. C. de ; SINIGAGLIA, Marialva . In silico network topology-based prediction of gene essentiality. Physica. A, v. 387, p. 1049-1055, 2007.
2. SILVA, João Paulo Müller da ; LEMKE, N. ; MOMBACH, J. C. M. ; SOUZA, J. G. C. de ; SINIGAGLIA, Marialva ; VIEIRA, R. . Exploring molecular networks using MONET Ontology. Genetics and Molecular Research, v. 5, p. 182-192, 2006.
3. LEMKE, N. ; BATTISTELLA, E. ; BARCELLOS, C. K. ; SOUZA, J. G. C. de ; MOMBACH, J. C. M. . An Integrated Model for Cellular Analysis. Genetics and Molecular Research, v. 4, p. 506-513, 2005.
4. BATTISTELLA, E. ; SOUZA, J. G. C. de ; FERREIRA, R. A. ; VIEIRA, R. ; MOMBACH, J. C. M. ; LEMKE, N. . Bioinformatics: A Growing Field for Ontologies. Revista Tecnologia da Informação, v. 5, p. 133-142, 2005.
Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.   SOUZA, J. G. C. de ; GONÇALVES, Patrícia Nunes ; VIEIRA, R. . Learning Coreference Resolution for Portuguese Texts. In: International Conference on Computational Processing of Portuguese Language, 2008, Curia. Proceedings of the International Conference on Computational Processing of Portuguese Language. Berlin : Springer, 2008. v. 1. p. 153-162.
2. MOMBACH, J. C. M. ; BATTISTELLA, E. ; SOUZA, J. G. C. de ; VIEIRA, R. ; SILVA, João Paulo Müller da ; BARCELLOS, C. K. ; SILVA, Norma Machado da ; LEMKE, N. ; REIS, Adriana Neves dos . Using Protégé to build a molecular network ontology. In: 8th International Protégé Conference, 2005, Madri. Proceedings of the 8th International Protégé Conference. v. 1. p. 1.
3. BATTISTELLA, E. ; SOUZA, J. G. C. de ; FERREIRA, R. A. ; VIEIRA, R. ; MOMBACH, J. C. M. ; LEMKE, N. . Bioinformatics: A Growing Field for Ontologies. In: XVII Brazilian Symposium on Artificial Intelligence (SBIA), 2004, São Luís. Workshop on Ontologies and their Applications, 2004. v. 1. p. 1-11.
4.   BATTISTELLA, E. ; SOUZA, J. G. C. de ; BARCELLOS, C. K. ; LEMKE, N. ; MOMBACH, J. C. M. . An Integrated Model for Cellular Analysis. In: III Brazilian Workshop on Bioinformatics, 2004, Brasília. Proceedings of III Brazilian Workshop on Bioinformatics. v. 1. p. 1-8.
Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.   VIEIRA, R. ; Bick, Eckhard ; COELHO, J. C. B. ; MULLER, V. M. ; ABREU, Sandra Collovini ; SOUZA, J. G. C. de ; RINO, L. H. M. . Semantic tagging for resolution of indirect anaphora. In: 7th SIGdial Workshop on Discourse and Dialogue, 2006, Sydney. Proceedings of the 7th SIGdial Workshop on Discourse and Dialogue. Cambridge : ACL, 2006. v. 1. p. 76-79.
2.   SOUZA, J. G. C. de ; GONÇALVES, Patrícia Nunes ; VIEIRA, R. . Proposta de um esquema de anotação de corpora extensível. In: IV Workshop de Tecnologia da Informação e Linguagem Humana, 2006, Ribeirão Preto. Anais do TIL - Simpósio Brasileiro de Inteligência Artificial, 2006. v. 1. p. 1-4.
Resumos publicados em anais de congressos
1. LEMKE, N. ; VIEIRA, R. ; SILVA, João Paulo Müller da ; SOUZA, J. G. C. de ; SINIGAGLIA, Marialva ; MOMBACH, J. C. M. . Monet Ontology as a tool to construct and explore integrated biological networks. In: 14th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2006, Fortaleza. Proceedings of the 14th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology.
2. SOUZA, J. G. C. de ; BATTISTELLA, E. ; LEMKE, N. ; MOMBACH, J. C. M. . Uma Abordagem para Viabilizar o Processo de DataWarehouse de Dados Biológicos. In: Escola Regional de Banco de Dados 2005, 2005, Porto Alegre. ERBD 2005.
3. FERREIRA, Rejane Apolo . MonetML - MOlecular NETwork Markup Language. In: Mostra de Iniciação Científica 2004, 2004, São Leopoldo, 2004.
4. SOUZA, J. G. C. de . MONET - MOlecular NETwork Ontology. In: XVI Salão de Iniciação Científica, 2004, Porto Alegre . XVI Salão de Iniciação Científica.
Apresentações de Trabalho
1. SOUZA, J. G. C. de ; GONÇALVES, Patrícia Nunes ; VIEIRA, R. . Learning Coreference Resolution for Portuguese Texts. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
2. SOUZA, J. G. C. de ; VIEIRA, R. . Formato de anotação de corpus da Língua Portuguesa. 2006. (Apresentação de Trabalho/Outra).
3. SOUZA, J. G. C. de . MONET - MOlecular NETwork Ontology. 2005. (Apresentação de Trabalho/Outra).
4. SOUZA, J. G. C. de ; MOMBACH, J. C. M. ; LEMKE, N. . Monet Ontology - Molecular Network Ontology. 2004. (Apresentação de Trabalho/Outra).
5. SOUZA, J. G. C. de ; MOMBACH, J. C. M. ; LEMKE, N. . MonetML - MOlecular NETwork Markup Language. 2004. (Apresentação de Trabalho/Outra).
Demais tipos de produção bibliográfica
1. BRUCKSCHEN, M. ; MUNIZ, F. ; SOUZA, J. G. C. de ; FUCHS, J. T. ; INFANTE, K. ; GONÇALVES, Patrícia Nunes ; VIEIRA, R. ; ALUÍSIO, S. M. . Anotação Lingüística em XML do Corpus PLN-BR. São Paulo 2008 (Relatório Técnico).
Produção técnica
Demais tipos de produção técnica
1. VIEIRA, R. ; CARLOS, Leonardo Jacobsen ; SOUZA, J. G. C. de ; RIBEIRO JUNIOR, Luiz Carlos ; ABREU, Sandra Collovini ; GONÇALVES, Patrícia Nunes . Informática para Linguistas. 2006. (Minicurso da Mostra de IC).

Eventos
Participação em eventos
1. International Conference on Computational Processing of Portuguese Language (PROPOR).Learning Coreference Resolution for Portuguese Texts. 2008. (Outra).
2. Mostra UNISINOS de Iniciação Científica.Informática para lingüistas. 2006. (Outra).
3. XVIII Salão de Iniciação Científica da UFRGS.Formato de anotação de corpus da Língua Portuguesa. 2006. (Outra).
4. XXV Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. 2005. (Congresso).
5. Mostra UNISINOS de Iniciação Científica.Monet Ontology - Molecular Network Ontology. 2005. (Outra).
6. Mostra de Iniciação Científica.MonetML - MOlecular NETwork Markup Language. 2004. (Outra).
7. XVI Salão de Iniciação Científica da UFRGS.Monet Ontology - Molecular Network Ontology. 2004. (Outra).
8. I Seminário de Desenvolvimento em Software Livre. 2003. (Seminário).
9. UniInfo 2003. 2003. (Outra).
10. UniInfo 2002. 2002. (Outra).
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