Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho

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  • Última atualização do currículo em 02/05/2018


Bacharel em Ciências Biológicas pela Universidade Federal da Paraíba (2006). Doutor em Bioinformática pela Universidade de São Paulo (2013). Atualmente é Presidente e Pesquisador no Instituto Vandique (Brasil) e Professor Assistente na Universidad de Chile. Lidera o Laboratório de Bioinformática Integrativa (www.integrativebioinformatics.me), onde desenvolve pesquisa na área de genômica e bioinformática, atuando no sequenciamento e análise de genomas de diversos tipos de organismos, como também no desenvolvimento e aplicação de ferramentas bioinformáticas para análises de genomas e transcriptomas em diversos âmbitos. Atua também em atividades de extensão universitária focando na popularização da ciência, bem como no desenvolvimento de softwares e bancos de dados de interesse biológico. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho
Nome em citações bibliográficas
Maracaja-Coutinho, V.;Maracaja-Coutinho, V. R. H.;Maracaja-Coutinho, Vinicius

Endereço


Endereço Profissional
Instituto Vandique.
Avenida Dom Pedro I - 200
Centro
58013020 - João Pessoa, PB - Brasil
Telefone: (83) 32411561
URL da Homepage: www.institutovandique.org


Formação acadêmica/titulação


2007 - 2013
Doutorado em Bioinformática.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Caracterização in silico de transcritos intrônicos humanos e de camundongo, Ano de obtenção: 2013.
Orientador: Sergio Verjovski Almeida.
Coorientador: Joao Carlos Setubal.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: RNA não codificaror; Transcriptoma; RNA-seq; Microarray; Banco de dados; Bioinformática.
2002 - 2006
Graduação em Ciências Biológicas.
Universidade Federal da Paraíba, UFPB, Brasil.
Título: Construção de primers degenerados para o gene Antiporte NHX1 de Sorghum bicolor (L.) Moench.
Orientador: Rómulo Marino Llamoca Zárate.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.




Formação Complementar


2009 - 2009
RNA Structure and Function. (Carga horária: 20h).
International Centre for Genetic Engineering and Biotechnology - Italy, ICGEB-ITALY, Itália.
2008 - 2008
Bioinformática de RNAs. (Carga horária: 8h).
Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
2008 - 2008
Genômica Comparativa. (Carga horária: 8h).
Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
2006 - 2006
Extensão universitária em Manipulação de Ác. Nucléicos: PCR, RT-PCR e qPCR. (Carga horária: 40h).
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
2006 - 2006
Introd. aos Métod. de Caract. Estrut. de Proteínas. (Carga horária: 16h).
Laboratório Nacional de Luz Síncroton, LNLS, Brasil.
2006 - 2006
VI Curso de Verão Genoma,Proteoma e Univ. Celular. (Carga horária: 80h).
Hemocentro / Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto / USP, HCFMRP-USP, Brasil.
2004 - 2004
Biologia dos Extremófilos. (Carga horária: 10h).
Universidade Federal da Paraíba, UFPB, Brasil.
2003 - 2003
Introdução à Bioinformática - Perl. (Carga horária: 12h).
Universidade Federal da Paraíba, UFPB, Brasil.
2003 - 2003
Organismos Geneticamente Modificados - OGMs. (Carga horária: 5h).
Conselho Federal de Biologia, CFBIO, Brasil.
2003 - 2003
Técnicas de Biologia Molecular. (Carga horária: 5h).
Conselho Federal de Biologia, CFBIO, Brasil.
2003 - 2003
Introdução à Bioinformática. (Carga horária: 10h).
Universidade Federal da Paraíba, UFPB, Brasil.
2003 - 2003
Biodiversidade da Ictiofauna do Litoral Nordestino. (Carga horária: 8h).
Universidade Federal da Paraíba, UFPB, Brasil.


Atuação Profissional



Instituto Vandique, INOVA, Brasil.
Vínculo institucional

2013 - Atual
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40

Vínculo institucional

2012 - Atual
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Diretor Executivo e de Pesquisa, Carga horária: 20

Atividades

1/2013 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Laboratório de Bioinformática Integrativa, .


Beagle Bioinformatics, BEAGLE BIOINFO, Chile.
Vínculo institucional

2012 - Atual
Vínculo: Fundador, Enquadramento Funcional: Fundador

Atividades

4/2012 - Atual
Direção e administração, Beagle Bioinformatics, .

Cargo ou função
Diretor Executivo.
4/2012 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Beagle Bioinformatics, .


Universidad Mayor - Campus Américo Vespucio, UMayor, Chile.
Vínculo institucional

2013 - 2017
Vínculo: Profesor Asistente, Enquadramento Funcional: Professor Assistente, Carga horária: 20


Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

2007 - 2013
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Doutorando, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Bolsista CAPES (set 2007 - fev 2012 Bolsista FAPESP (mar 2008 - mar 2012) Bolsista PAE (jul 2010 - dez 2010)

Vínculo institucional

2010 - 2010
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsista, Carga horária: 20
Outras informações
Bolsista do Programa de Apoio ao Ensino (PAE) na disciplina de Bioquímica para o curso de Ciências Biológicas

Vínculo institucional

2005 - 2005
Vínculo: Bolsista da ABC, Enquadramento Funcional: Bolsista, Carga horária: 20
Outras informações
Bolsista do Programa Aristídes Leão de Apoio a Vocações Científicas da Acadêmia Brasileira de Ciências, orientado pelo provessor Sergio Verjovski-Almeida na pesquisa "Caracterização de transcritos intrônicos não-codificantes"

Atividades

8/2007 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.

7/2010 - 7/2010
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Bolsista PAE, disciplina de Bioquímica
1/2005 - 2/2005
Estágios , Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.

Estágio realizado
Bolsista do Programa Aristídes Leão de Apoio a Vocações Científicas da Acadêmia Brasileira de Ciências, orientado pelo provessor Sergio Verjovski-Almeida na pesquisa "Caracterização de transcritos intrônicos não-codificantes".

Universidade Federal da Paraíba, UFPB, Brasil.
Vínculo institucional

2002 - 2006
Vínculo: Outro, Enquadramento Funcional: Outro, Carga horária: 20
Outras informações
Aluno iniciado o curso de Bacharelado em Ciências Biológicas no ano de 2002.

Atividades

10/2004 - Atual
Extensão universitária , Centro de Ciências Exatas e da Natureza - Campus I, Departamento de Biologia Molecular.

Atividade de extensão realizada
Participando do projeto de extensão universitária da UFPB (PROBEX), no projeto: "Bioinformática: Área Potencial para Formação de Pessoal, Serviços, Aplicações e Desenvolvimento".
08/2004 - 12/2006
Estágios , Centro de Ciências Exatas e da Natureza - Campus I, Departamento de Biologia Molecular.

Estágio realizado
Bolsista PIBIC/UFPB/CNPq do Departamento de Biologia Molecular da Universidade Federal da Paraíba.

Universidad de Chile, UC, Chile.
Vínculo institucional

2018 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Assistente, Carga horária: 44

Atividades

1/2017 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Facultad de Ciencias Químicas y Farmacéuticas, .



Linhas de pesquisa


1.
Caracterização in silico e análise de expressão de RNAs não codificadores longos no genoma de eucariotos
2.
Desenvolvimento de softwares e bancos de dados de interesse biológico
3.
Genômica comparativa e transcriptoma de organismos de interesse
4.
Bioinformática Integrativa
5.
Genômica e Transcriptoma de Organismos de Interesse para a América Latina
6.
Desenvolvimento de Ferramentas e Bases de Dados para Bioinformática
7.
Bioinformática de RNAs
8.
Biologia de Sistemas
9.
Genômica Comparativa
10.
Desenvolvimento de bancos de dados e software para Bioinformática


Projetos de pesquisa


2018 - Atual
Instalación y desarrollo del área de investigación y docencia en Bioinformática: Estudio de RNAs no codificantes posicionalmente conservados y su rol en las enfermedades cardiacas a través de la integración de datos multi-ómicos
Descrição: O projeto tem como objetivo a instalação da infra-estrutura e o desenvolvimento da pesquisa e docencia em Bioinformática na Faculdade de Ciências Químicas e Farmacêuticas da Universidade do Chile.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2017 - Atual
Establecimiento de una línea base de las características genómicas, toxicológicas y ciclos temporales de la marea roja y de las microalgas tóxicas presentes en la costa de la Región de los Ríos para el anticipo de políticas públicas.
Descrição: Este projeto tem como objetivo caracterizar de maneira profunda os surtes de maré vermelha na região de Los Ríos (Chile). O projeto realiza coletas constantes na região costeira de Los Ríos, analisando a metagenômica das regiões com o surto, além de estudos transcricionais do organismo Alexandrium catenella, o principal dinoflagelado associado à toxicidade do surto..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2016 - Atual
Bioinformatics approaches and its application on the identification, evolution and functional assignation of non-coding RNAs
Descrição: Este projeto tem como objetivo desenvolver ferramentas e bancos de dados públicos para auxiliar a identificação, caracterização funcional e estudo evolutivo de RNAs não codificantes de proteínas..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (3) .
Integrantes: Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho - Coordenador / Thaís Gaudencio do Rêgo - Integrante / Helder I. Nakaya - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante / Durham, Alan Mitchell - Integrante.Financiador(es): Comisión Nacional de Investigacion Científica y Tecnológica - Auxílio financeiro.
2015 - 2017
Generating a reference dataset for non-redundant sequences and for orthologous groups of non-coding RNAs in 50 thousand species
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (3) .
Integrantes: Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho - Coordenador.Financiador(es): Universidad Mayor - Campus Américo Vespucio - Auxílio financeiro.
2012 - Atual
NimbusGene: plataforma web para armazenamento, análise e compartilhamento de dados genômicos
Descrição: Ambiente amigável para armazenamento, análises e compartilhamento de dados oriundos de projetos genoma, transcriptoma, proteoma ou biologia de sistemas.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2007 - 2013
Caracterização in silico e análise de expressão de RNAs não codificadores longos no genoma de eucariotos
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho - Integrante / Sergio Verjovski-Almeida - Coordenador / Setubal, João Carlos - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
2005 - 2006
Seqüênciamento, Caracterização e Análise da Expressão dos Genes da Via do Glioxilato em Leishmania chagasi
Descrição: Seqüênciamento, caracterização e análise da expressão dos genes das enzimas malato sintase e isocitrato liase da via do glioxilato em Leishmania chagasi e atribuir um perfil de expressão destes genes sob ação das principais drogas utilizadas no tratamento de leishmanioses, como Glucantime, Anfotericina B, Pentostan, Miltefosina e Pentamidina, para possibilitar melhor conhecimento de potenciais alvos terapêuticos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (0) / Doutorado: (5) .
Integrantes: Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho - Integrante / Demétrius Antonio Machado de Araújo - Coordenador / Arthur Henrique de Pontes Regis - Integrante / Thaís Gaudencio do Rêgo - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Universidade Federal da Paraíba - Outra.
2005 - 2005
Caracterização de transcritos intrônicos não-codificantes no câncer de próstata
Descrição: Bolsista do Programa Aristídes Leão de Apoio a Vocações Científicas da Acadêmia Brasileira de Ciências, orientado pelo provessor Sergio Verjovski-Almeida na pesquisa "Caracterização de transcritos intrônicos não-codificantes regulados por andrógeno no câncer de próstata".
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho - Integrante / Sergio Verjovski Almeida - Coordenador.Financiador(es): Academia Brasileira de Ciências - Bolsa.
2004 - 2006
Identificação e Caracterização do Gene Antiporte Na+/H+ (NHX1 Antiporter) de Sorghum sudanense
Descrição: Participante bolsista do Grupo de Pesquisa: Biologia Molecular em Plantas, atuando na Linha de Pesquisa: Isolamento, caracterização, clonagem, sequenciamento e expressão de genes de interesse em plantas..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho - Integrante / Rómulo Marino Llamoca Zárate - Coordenador.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 1
2002 - 2003
Cultura de Tecidos Vegetais
Descrição: Cultura de tecido vegetais "in vitro" de plantas de interesse, orientado pelo professor Dr. Rómulo Marino Llamoca-Zárate.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho - Integrante / Rómulo Marino Llamoca Zárate - Coordenador.


Projetos de extensão


2014 - 2015
A Reciprocal Approach to Promoting Study Abroad in STEM: Montclair State University, USA and Universidad Mayor, Chile
Descrição: Projeto para incentivar o intercâmbio acadêmico entre estudantes da Universidad Mayor (Chile) e a Montclair State University (Estados Unidos).
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2014 - 2014
Dodo Scientific Crowdfunding
Descrição: Desenvolvimento de plataforma de Crowdfunding Científico Dodo (www.dodofunding.com).
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
Alunos envolvidos: / Mestrado profissional: (1) .
Integrantes: Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho - Coordenador / Thaise Gambarra Soares - Integrante.Financiador(es): Corporación de Fomento de la Producción - Auxílio financeiro.
2006 - 2009
Desenvolvimento e Aplicação de Recursos Educativos para Difusão da Biotecnologia em Escolas Públicas.
Descrição: Projeto aprovado na chamada CNPq 12/2006, no qual divulgamos a biotecnologia em escolas públicas do ensino médio da grande João Pessoa, utilizando material didático produzido pela equipe da UFPB. No projeto, foi realizado um treinamento e atualização com professores de distintas escolas públicas, como também gerado um portal online para popularização da Biotecnologia..
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
Alunos envolvidos: Graduação: (11) / Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho - Integrante / Amely Branquinho Martins - Integrante / Demetrius Antônio Machado de Araújo - Coordenador.
2004 - 2007
Bioinformática: Área Potencial para Formação de Pessoal, Serviços, Aplicações e Desenvolvimento
Descrição: Projeto com o objetivo de capacitação de pessoal em Bioinformática e Biotecnologia, através de cursos de Extensão..
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho - Integrante / Demétrius Antonio Machado de Araújo - Coordenador / Thaís Gaudencio do Rêgo - Integrante / Itácio Queiroz de Melo Padilha - Integrante / Amely Branquinho Martins - Integrante / João Paulo Di Monaco Durbano - Integrante / Renata S. Almeida - Integrante.Financiador(es): Universidade Federal da Paraíba - Bolsa.


Projetos de desenvolvimento


2015 - Atual
Dodo Scientific Crowdfunding
Descrição: Financiamento base para impulsar o desenvolvimento produto tecnológico Dodo Scientific Crowdfunding, uma plataforma web para financiamento coletivo de projetos científicos.
Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento.


Revisor de periódico


2010 - 2010
Periódico: Journal of Medicinal Plant Research
2016 - Atual
Periódico: PLOS BIOLOGY
2017 - Atual
Periódico: Genes
2017 - Atual
Periódico: Cell Death & Disease
2015 - Atual
Periódico: Scientific Reports
2015 - Atual
Periódico: MOLECULES
2014 - Atual
Periódico: BMC GENOMICS
2013 - Atual
Periódico: Frontiers in Genetics
2014 - Atual
Periódico: FRONTIERS IN MOLECULAR BIOSCIENCES
2018 - Atual
Periódico: Frontiers in Plant Science
2014 - Atual
Periódico: FRONTIERS IN BIOENGINEERING AND BIOTECHNOLOGY


Revisor de projeto de fomento


2017 - Atual
Agência de fomento: Servicio Nacional de Pesca y Acuicultura
2016 - Atual
Agência de fomento: Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica
2014 - Atual
Agência de fomento: Corporación de Fomento de la Producción


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos/Especialidade: Bioinformática.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Biologia de Sistemas.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica.
4.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.
5.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Biologia Molecular.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Alemão
Compreende Pouco, Fala Pouco, Lê Pouco, Escreve Pouco.
Espanhol
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Prêmios e títulos


2012
Start-Up Chile Program (grant of US$ 40.000,00), Corfo - Corporación de Fomento de la Producción.
2012
Honorable Mention - Databases & Data Integration, Text Mining & Information Extraction - 8th International X-Meeting of AB3C, Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C).
2012
SoftLayer Catalyst Startup Program (US$ 24.000,00 in services), SoftLayer Technologies.
2007
Prêmio Elo Cidadão, Universidade Federal da Paraíba.
2005
2nd Place Poster Award - 1st International X-Meeting of AB3C, Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C).
2005
1º Lugar - Expociências 2005 - Feira de Ciências do Estado da Paraíba - Etapa João Pessoa, Secretaria de Estado da Ciência e Tecnologia e Meio Ambiente (SECTMA).
2005
Prêmio Elo Cidadão, Universidade Federal da Paraíba.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
ARIAS-CARRASCO, RAÚL2018 ARIAS-CARRASCO, RAÚL ; VÁSQUEZ-MORÁN, YESSENIA ; NAKAYA, HELDER I. ; Maracaja-Coutinho, Vinicius . StructRNAfinder: an automated pipeline and web server for RNA families prediction. BMC BIOINFORMATICS, v. 19, p. 55, 2018.

2.
RUSSO, PEDRO S. T.2018RUSSO, PEDRO S. T. ; FERREIRA, GUSTAVO R. ; CARDOZO, LUCAS E. ; BÜRGER, MATHEUS C. ; ARIAS-CARRASCO, RAUL ; MARUYAMA, SANDRA R. ; HIRATA, THIAGO D. C. ; LIMA, DIÓGENES S. ; PASSOS, FERNANDO M. ; FUKUTANI, KIYOSHI F. ; LEVER, MELISSA ; SILVA, JOÃO S. ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; NAKAYA, HELDER I. . CEMiTool: a Bioconductor package for performing comprehensive modular co-expression analyses. BMC BIOINFORMATICS, v. 19, p. 56, 2018.

3.
HUANCA-MAMANI, WILSON2018HUANCA-MAMANI, WILSON ; ARIAS-CARRASCO, RAÚL ; CÁRDENAS-NINASIVINCHA, STEFFANY ; ROJAS-HERRERA, MARCELO ; SEPÚLVEDA-HERMOSILLA, GONZALO ; CARIS-MALDONADO, JOSÉ ; BASTÍAS, ELIZABETH ; Maracaja-Coutinho, Vinicius . Long Non-Coding RNAs Responsive to Salt and Boron Stress in the Hyper-Arid Lluteño Maize from Atacama Desert. Genes, v. 9, p. 170, 2018.

4.
ORELL, ALVARO2018ORELL, ALVARO ; TRIPP, VANESSA ; ALIAGA-TOBAR, VICTOR ; ALBERS, SONJA-VERENA ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; RANDAU, LENNART . A regulatory RNA is involved in RNA duplex formation and biofilm regulation in Sulfolobus acidocaldarius. NUCLEIC ACIDS RESEARCH (ONLINE), v. gky144, p. gky144, 2018.

5.
MATAMALA, JOSÉ MANUEL2018MATAMALA, JOSÉ MANUEL ; ARIAS-CARRASCO, RAUL ; SANCHEZ, CAROLINA ; UHRIG, MARKUS ; BARGSTED, LESLIE ; MATUS, SOLEDAD ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; ABARZUA, SEBASTIAN ; VAN ZUNDERT, BRIGITTE ; VERDUGO, RENATO ; MANQUE, PATRICIO ; HETZ, CLAUDIO . Genome-wide circulating microRNA expression profiling reveals potential biomarkers for amyotrophic lateral sclerosis. NEUROBIOLOGY OF AGING, v. 64, p. 123-138, 2018.

6.
AMARAL, PAULO P.2018 AMARAL, PAULO P. ; LEONARDI, TOMMASO ; HAN, NAMSHIK ; VIRÉ, EMMANUELLE ; GASCOIGNE, DENNIS K. ; ARIAS-CARRASCO, RAÚL ; BÜSCHER, MAGDALENA ; PANDOLFINI, LUCA ; ZHANG, ANDA ; PLUCHINO, STEFANO ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; NAKAYA, HELDER I. ; HEMBERG, MARTIN ; SHIEKHATTAR, RAMIN ; ENRIGHT, ANTON J. ; KOUZARIDES, TONY . Genomic positional conservation identifies topological anchor point RNAs linked to developmental loci. GENOME BIOLOGY, v. 19, p. 32, 2018.

7.
TORRES, FELIPE2017TORRES, FELIPE ; ARIAS-CARRASCO, RAÚL ; CARIS-MALDONADO, JOSÉ C. ; BARRAL, ALDINA ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; DE QUEIROZ, ARTUR T. L. . LeishDB: a database of coding gene annotation and non-coding RNAs in Leishmania braziliensis. Database-The Journal of Biological Databases and Curation, v. 2017, p. bax047, 2017.

8.
NOURDIN-GALINDO, GUILLERMO2017NOURDIN-GALINDO, GUILLERMO ; SÁNCHEZ, PATRICIO ; MOLINA, CRISTIAN F. ; ESPINOZA-ROJAS, DANIELA A. ; OLIVER, CRISTIAN ; RUIZ, PAMELA ; VARGAS-CHACOFF, LUIS ; CÁRCAMO, JUAN G. ; FIGUEROA, JAIME E. ; MANCILLA, MARCOS ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; YAÑEZ, ALEJANDRO J. . Comparative Pan-Genome Analysis of Piscirickettsia salmonis Reveals Genomic Divergences within Genogroups. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, v. 7, p. 459, 2017.

9.
DE BRITO, DANIEL M.2016DE BRITO, DANIEL M. ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; DE FARIAS, SAVIO T. ; BATISTA, LEONARDO V. ; DO RÊGO, THAÍS G. . A Novel Method to Predict Genomic Islands Based on Mean Shift Clustering Algorithm. Plos One, v. 11, p. e0146352, 2016.

10.
VACHELARD, JULIEN2016 VACHELARD, JULIEN ; GAMBARRA-SOARES, THAISE ; AUGUSTINI, GABRIELA ; RIUL, PABLO ; Maracaja-Coutinho, Vinicius . A Guide to Scientific Crowdfunding. PLoS Biology (Online), v. 14, p. e1002373, 2016.

11.
AGUIAR, R.R.2016AGUIAR, R.R. ; AMBROSIO, L.A. ; SEPÚLVEDA-HERMOSILLA, G. ; Maracaja-Coutinho, V. ; PASCHOAL, A.R. . miRQuest: integration of tools on a Web server for microRNA research. GENETICS AND MOLECULAR RESEARCH, v. 15, p. 1, 2016.

12.
SEGOVIA, CRISTOPHER2015SEGOVIA, CRISTOPHER ; VASQUEZ, IGNACIO ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; ROBESON, JAMES ; SANTANDER, JAVIER . Complete Genome Sequence of Serovar Enteritidis Bacteriophage f18SE, Isolated in Chile. Genome Announcements, v. 3, p. e00600-15, 2015.

13.
VILLACRESES, JAVIER2015VILLACRESES, JAVIER ; ROJAS-HERRERA, MARCELO ; SÁNCHEZ, CAROLINA ; HEWSTONE, NICOLE ; UNDURRAGA, SOLEDAD ; ALZATE, JUAN ; MANQUE, PATRICIO ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; POLANCO, VICTOR . Deep Sequencing Reveals the Complete Genome and Evidence for Transcriptional Activity of the First Virus-Like Sequences Identified in Aristotelia chilensis (Maqui Berry). Viruses, v. 7, p. 1685-1699, 2015.

14.
OLMOS, A.2014OLMOS, A. ; HENRIQUEZ-PISKULICH, P. ; SANCHEZ, C. ; ROJAS-HERRERA, M. ; MORENO-PINO, M. ; GOMEZ, M. ; RODRIGUEZ DA SILVA, R. ; Maracaja-Coutinho, V. ; ALDEA, P. ; TROMBERT, A. N. . Draft Genome of Chilean Honeybee (Apis mellifera) Gut Strain Lactobacillus kunkeei MP2. Genome Announcements, v. 2, p. e01013-14-e01013-14, 2014.

15.
YANEZ, A. J.2014YANEZ, A. J. ; MOLINA, C. ; HARO, R. E. ; SANCHEZ, P. ; ISLA, A. ; MENDOZA, J. ; ROJAS-HERRERA, M. ; TROMBERT, A. ; SILVA, A. X. ; CARCAMO, J. G. ; FIGUEROA, J. ; POLANCO, V. ; MANQUE, P. ; Maracaja-Coutinho, V. ; OLAVARRIA, V. H. . Draft Genome Sequence of Virulent Strain AUSTRAL-005 of Piscirickettsia salmonis, the Etiological Agent of Piscirickettsiosis. Genome Announcements, v. 2, p. e00990-14-e00990-14, 2014.

16.
FACHEL, ANGELA A2013FACHEL, ANGELA A ; Tahira, Ana C ; VILELLA-ARIAS, SANTIAGO A ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; GIMBA, ETEL RP ; VIGNAL, GISELLE M ; CAMPOS, FRANZ S ; Reis, Eduardo M ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio . Expression analysis and in silico characterization of intronic long noncoding RNAs in renal cell carcinoma: emerging functional associations. Molecular Cancer, v. 12, p. 140, 2013.

17.
1Paschoal, Alexandre Rossi2012 Paschoal, Alexandre Rossi ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; Setubal, João Carlos ; Simões, Zilá Luz Paulino ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; Durham, Alan Mitchell . Non-coding transcription characterization and annotation: A guide and web resource for non-coding RNA databases. RNA Biology, v. 9, p. 274-282, 2012.

18.
3Oliveira, Katia C2011Oliveira, Katia C ; Carvalho, Mariana L. P ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; Kitajima, João P ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio . Non-coding RNAs in schistosomes: an unexplored world. ANAIS DA ACADEMIA BRASILEIRA DE CIENCIAS, v. 83, p. 673-694, 2011.

19.
2Tahira, Ana C2011 Tahira, Ana C ; Kubrusly, Márcia S ; Faria, Michele F ; Dazzani, Bianca ; Fonseca, Rogério S ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; Machado, Marcel CC ; Reis, Eduardo M . Long noncoding intronic RNAs are differentially expressed in primary and metastatic pancreatic cancer. Molecular Cancer, v. 10, p. 141, 2011.

20.
De Queiróz, A. T. L.2011De Queiróz, A. T. L. ; Maracaja-Coutinho, V. ; Jardim, A. C. G. ; Rahal, P. ; De Carvalho-Mello, I. M. V. G. ; Matioli, S. R. . Relation of pretreatment sequence diversity in NS5A region of HCV genotype 1 with immune response between pegylated-INF/ribavirin therapy outcomes. JOURNAL OF VIRAL HEPATITIS, v. 18, p. 142-148, 2011.

21.
5Dias, Álvaro Machado2010Dias, Álvaro Machado ; Queiroz, Artur Trancoso Lopo ; Maracaja-Coutinho, Vinícius ; Maracaja-Coutinho, V. . Schizophrenia, brain disease and meta-analyses: Integrating the pieces and testing Fusar-Poli s hypothesis. Medical Hypotheses, v. 74, p. 142-144, 2010.

22.
6Dias, Álvaro Machado2009Dias, Álvaro Machado ; Maracaja-Coutinho, V. ; Queiroz, Artur Trancoso Lopo . The role of Neuregulin 1 in schizophrenia: a bioinformatics approach. Nature Precedings, v. 1, p. 1-8, 2009.

23.
7PADILHA, Itácio Queiroz de Melo2008PADILHA, Itácio Queiroz de Melo ; DURBANO, J. P. M. ; MARTINS, A. B. ; ALMEIDA, R. S. ; Maracaja-Coutinho, V. ; ARAÚJO, Demétrius Antonio Machado de . A bioinformática como instrumento de inserção digital e de difusão da biotecnologia. Extensão Cidadã (UFPB), v. 8, p. 1-5, 2008.

24.
8Maracaja-Coutinho, V.;Maracaja-Coutinho, V. R. H.;Maracaja-Coutinho, Vinicius2005Maracaja-Coutinho, V.; ARAÚJO, Demétrius Antonio Machado de ; PADILHA, Itácio Queiroz de Melo ; RÊGO, Thaís Gaudencio Do . Genômica e Bioinformática: importância e perspectivas para o Nordeste. Ciêcia & Cotidiano, João Pessoa/PB, v. 1, p. 05-09, 2005.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
Maracaja-Coutinho, V.; DURBANO, J. P. M. ; MARTINS, A. B. ; ALMEIDA, R. S. ; VAN DER LINDEN, M. G. ; RÊGO, Thaís Gaudencio Do ; PADILHA, Itácio Queiroz de Melo ; ARAÚJO, Demétrius Antonio Machado de . Bioinformática na Extensão Universitária: Uma abordagem prática. In: VIII Congresso Ibero-Americano de Extensão Universitária, 2005, Rio de Janeiro/RJ. VIII Congresso Ibero-Americano de Extensão Universitária, 2005.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
Maracaja-Coutinho, V.; COSTA, D. A. ; RIBEIRO, I. L. A. C. ; AMARAL, C. M. M. ; ZÁRATE, Rómulo Marino Llamoca . Regeneração In Vitro de Brotos através do ápice caulinar do sorgo (Sorghum bicolor (L.) Moench). In: XII Congresso Latino Americano de Fisiologia Vegetal & X Congresso Brasileiro de Fisiologia Vegetal, 2005, Recife/PE. XII Congresso Latino Americano de Fisiologia Vegetal & X Congresso Brasileiro de Fisiologia Vegetal, 2005.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
PASCHOAL, A. R. ; Maracaja-Coutinho, V. ; Setubal, João Carlos ; SIMOES, Z. L. P. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio ; Durham, Alan Mitchell . NRDR: Non-coding RNA Databases Resource. In: X-Meeting 2012 - 8th International Conference of the AB3C, 2012, Campinas. X-Meeting 2012 - 8th International Conference of the AB3C, 2012.

2.
Maracaja-Coutinho, V.; BECKEDORFF, F. C. F. ; AMARAL, M. S. ; MOREIRA, Y. B. ; SETUBAL, J. C. ; REIS, E. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. . Expression analysis of the non-coding transcriptome in a prostate cancer cell line revealed novel androgen-regulated intronic ncRNAs. In: ISMB 2011 - 19th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology & ECCB 2011 - 10th European Conference on Computational Biology, 2011, Viena. ISMB 2011 - 19th International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology & ECCB 2011 - 10th European Conference on Computational Biology, 2011.

3.
CAMARGO, L. ; Maracaja-Coutinho, V. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. ; REIS, E. M. . Effect of DNA methylation on the transcription of intronic noncoding RNAs in cancer cell lines. In: System Biology: global regulation of gene expression, 2010, Cold Spring Harbor. System Biology: global regulation of gene expression, 2010.

4.
FACHEL, A. A. ; TAHIRA, A. C. ; Maracaja-Coutinho, V. ; GIMBA, E. R. P. ; CAMPOS, F. S. ; LOURO, R. ; REIS, E. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. . Long intronic noncoding RNA signatures of malignancy and survival outcome in clear cell renal cell carcinoma. In: System Biology: global regulation of gene expression, 2010, Cold Spring Harbor. System Biology: global regulation of gene expression, 2010.

5.
Maracaja-Coutinho, V.; SETUBAL, J. C. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. . Genome-wide in-silico identification of human intronic non-coding RNAs and expression analysis of these transcripts in liver. In: RECOMB 2010 - 14th International Conference on Research in Computational Biology, 2010, Lisboa. RECOMB 2010 - 14th International Conference on Research in Computational Biology, 2010.

6.
FACHEL, A. A. ; TAHIRA, A. C. ; Maracaja-Coutinho, V. ; GIMBA, E. R. P. ; VIGNAL, G. M. ; CAMPOS, F. S. ; LOURO, R. ; REIS, E. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. . RNAs não-codificadores intrônicos longos correlacionados com carcinogênese e sobrevida em câncer de rim. In: 56º Congresso Brasileiro de Genética, 2010, Guarujá. 56º Congresso Brasileiro de Genética, 2010.

7.
GRISI, T. C. S. L. ; PADILHA, Itácio Queiroz de Melo ; RANGEL, L. T. L. D. ; Maracaja-Coutinho, V. ; LIMA, L. F. A. ; ARAUJO, D. A. M. . Diversidade microbiana do solo do Cariri paraibano pela análise da biblioteca metagenômica do gene 16S rDNA. In: 55º Congresso Brasileiro de Genética, 2009, Águas de Lindóia. 55º Congresso Brasileiro de Genética, 2009.

8.
Maracaja-Coutinho, V.; SETUBAL, J. C. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. . Genome-wide in-silico identification of human intronic non-coding RNAs and expression analysis of these transcripts in liver. In: X-Meeting 2009 - 5th International Conference of the AB³C, 2009, Angra dos Reis. X-Meeting 2009 - 5th International Conference of the AB³C, 2009.

9.
PADILHA, Itácio Queiroz de Melo ; DURBANO, J. P. M. ; MARTINS, A. B. ; ALMEIDA, R. S. ; Melo, LMM ; Maracaja-Coutinho, Vinicius ; ARAUJO, D. A. M. . Construção de recursos didáticos como instrumento de apoio para divulgação da Bioinformática. In: IX Encontro de Extensão e X Encontro de Iniciação à Docência da UFPB, 2007, João Pessoa. IX Encontro de Extensão e X Encontro de Iniciação à Docência da UFPB, 2007.

10.
Maracaja-Coutinho, V.; ZÁRATE, Rómulo Marino Llamoca . Degenerate primers construction for gene identification based on protein sequences. In: I Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2007, Natal. I Simpósio Brasileiro de Genética Molecular de Plantas, 2007.

11.
ALMEIDA, R. S. ; Maracaja-Coutinho, V. ; PADILHA, Itácio Queiroz de Melo ; ARAÚJO, Demétrius Antonio Machado de ; ZÁRATE, Rómulo Marino Llamoca . Padrões de similaridade entre as enzimas chave para a síntese de Inulina. In: XXI Reunião Anual da FeSB (Federação de Sociedades de Biologia Experimental), 2006, Águas de Lindóia. XXI Reunião Anual da FeSB, 2006.

12.
Maracaja-Coutinho, V.; SILVA, J. C. ; NAKAYA, H. I. ; LOURO, R. ; AMARAL, P. P. ; REIS, E. M. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, Sergio . Molecular characterization of intronic transcripts regulated by androgen in prostate cancer cell line. In: XXXIV Reunião Anual da SBBq, 2005, Águas de Lindóia. Anais - XXXIV Reunião Anual da SBBq, 2005.

13.
Maracaja-Coutinho, V.; COSTA, D. A. ; RIBEIRO, I. L. A. C. ; AMARAL, C. M. M. ; ARAÚJO, Demétrius Antonio Machado de ; ZÁRATE, Rómulo Marino Llamoca . Degenerate primer design strategy targeting the NHX1 Antiporter gene from Twenty Plant Species. In: X-Meeting - 1st Intenational Conference of the AB3C, 2005, Caxambu/MG. X-Meeting - 1st International Conference of the AB3C, 2005. p. 47-47.

14.
Maracaja-Coutinho, V.; MARTINS, A. B. ; FAUCHER, N. ; PADILHA, Itácio Queiroz de Melo ; ZÁRATE, Rómulo Marino Llamoca ; ARAÚJO, Demétrius Antonio Machado de . Degenerate primers design targeting Glyoxylate Pathway Enzymes: Isocitrate lyase and Malate synthase in Leishmania chagasi. In: X-Meeting - 1st Intenational Conference of the AB3C, 2005, Águas de Lindóia. X-Meeting - 1st Intenational Conference of the AB3C, 2005. p. 48-48.

15.
Maracaja-Coutinho, V.; MARTINS, A. B. ; FAUCHER, N. ; PADILHA, Itácio Queiroz de Melo ; DURBANO, J. P. M. ; ALMEIDA, R. S. ; VAN DER LINDEN, M. G. ; OLIVEIRA, M. R. ; ZÁRATE, Rómulo Marino Llamoca ; ARAÚJO, Demétrius Antonio Machado de . Construção de primers degenerados para identificação da Via do Glioxilato através das enzimas: Isocitrato liase e Malato sintase em Leishmania chagasi. In: I Expociências - Feira de Ciências do Estado da Paraíba - Etapa João Pessoa, 2005, João Pessoa/PB. Construção de primers degenerados para identificação da Via do Glioxilato através das enzimas: Isocitrato liase e Malato sintase em Leishmania chagasi, 2005.

16.
Maracaja-Coutinho, V.; DURBANO, J. P. M. ; PADILHA, Itácio Queiroz de Melo ; ALMEIDA, R. S. ; MARTINS, A. B. ; VAN DER LINDEN, M. G. ; RÊGO, Thaís Gaudencio Do ; ARAÚJO, Demétrius Antonio Machado de . Bioinformática na Extensão Universitária. In: VIII Encontro de Extensão Universitária, 2005, João Pessoa. VIII Encontro de Extensão Universitária, 2005.

17.
Maracaja-Coutinho, V.; ALMEIDA, R. S. ; PADILHA, Itácio Queiroz de Melo ; ARAÚJO, Demétrius Antonio Machado de ; ZÁRATE, Rómulo Marino Llamoca . Análise in silico das enzimas chaves para a síntese da inulina. In: XIII Encontro de Iniciação Científica, 2005, João Pessoa. XIII Encontro de Iniciação Científica, 2005.

18.
Maracaja-Coutinho, V.; ARAÚJO, Demétrius Antonio Machado de ; ZÁRATE, Rómulo Marino Llamoca . Resistência à salinidade: Primers para o gene NHX1 Antiporter de Sorghum sudanense. In: XIII Encontro de Iniciação Científica, 2005, João Pessoa. XIII Encontro de Iniciação Científica, 2005.

19.
Maracaja-Coutinho, V.; ZÁRATE, Rómulo Marino Llamoca . Patterns of similarity of putative NHX1 antiporter proteins from twenty plant species. In: VII Reunião Regional da SBBq / 2nd International Symposium in Biochemistry of Macromolecules, 2004, Recife/PE. Anais / VII Reunião Regional da SBBq; 2nd International Symposium in Biochemistry of Macromolecules. Recife/PE: Editora Universitária - UFPE, 2004. p. 42-42.


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
Maracaja-Coutinho, V.; SETUBAL, J. C. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. . IntromeDB: um banco de dados para RNAs não codificadores de proteínas intrônicos. 2012.

2.
Maracaja-Coutinho, V.; VINCENT, D. ; SOARES, T. G. . NimbusGene: plataforma web para armazenamento, análise e compartilhamento de dados genômicos. 2012.

3.
Maracaja-Coutinho, V.; PASCHOAL, A. R. ; SETUBAL, J. C. ; SIMOES, Z. L. P. ; VERJOVSKI-ALMEIDA, S. ; DURHAM, A. M. . NRDR: Noncoding RNA Databases Resource. 2011.

4.
Maracaja-Coutinho, V.. Plataforma Wiki para o Laboratório e Instituto Vandique. 2010.

5.
Maracaja-Coutinho, V.. Plataforma Wiki para o grupo do professor Sergio Verjovski-Almeida. 2009.

Entrevistas, mesas redondas, programas e comentários na mídia
1.
Maracaja-Coutinho, Vinicius. Beagle: uma raça de cães, o navio de Darwin e uma startup paraibana. 2012. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).


Demais tipos de produção técnica
1.
Maracaja-Coutinho, V.; PASCHOAL, A. R. . Curso de Verão em Bioinformática. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

2.
Maracaja-Coutinho, Vinicius; PASCHOAL, A. R. . Curso de Verão em Bioinformática. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

3.
Maracaja-Coutinho, V.; MARTINS, A. B. ; ALMEIDA, R. S. ; ARAÚJO, Demétrius Antonio Machado de ; DURBANO, J. P. M. ; PADILHA, Itácio Queiroz de Melo . II Curso de Bioinformática e Biologia Molecular. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

4.
Maracaja-Coutinho, V.; ALMEIDA, R. S. ; ARAÚJO, Demétrius Antonio Machado de ; DURBANO, J. P. M. ; MARTINS, A. B. ; PADILHA, Itácio Queiroz de Melo . III Curso de Bioinformátca & Biologia Molecular: Genômica, Transcriptômica e Proteômica. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

5.
Maracaja-Coutinho, V.; ALMEIDA, R. S. ; DURBANO, J. P. M. ; MARTINS, A. B. ; ARAÚJO, Demétrius Antonio Machado de ; PADILHA, Itácio Queiroz de Melo . Introdução à Bioinformática. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

6.
Maracaja-Coutinho, V.. I Curso de Bioinformática & Biologia Molecular. 2005. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

Demais trabalhos
1.
Maracaja-Coutinho, V.; RÊGO, Thaís Gaudencio Do . Manutenção do site oficial do Laboratório de Bioinformática do Departamento de Biologia Molecular da Universidade Federal da Paraíba. 2005 (Demais trabalhos relevantes) .

2.
Maracaja-Coutinho, V.. Molecular characterization of intronic transcripts regulated by androgen in prostate cancer cell line. 2005 (Apresentação Oral em Evento) .

3.
Maracaja-Coutinho, V.. Resistência à salinidade: Primers para o gene NHX1 Antiporter de Sorghum sudanense. 2005 (Apresentação Oral em Evento) .

4.
Maracaja-Coutinho, V.. Criação e Manutenção do site oficial do Laboratório de Bioinformática do Departamento de Biologia Molecular da Universidade Federal da Paraíba. 2004 (Demais trabalhos relevantes) .

5.
Maracaja-Coutinho, V.. Criação e Manutenção do site oficial do Curso de Extensão do Projeto 'Bioinformática: Área Potencial para Formação de Pessoal, Serviços, Aplicações e Desenvolvimento'.. 2004 (Demais trabalhos relevantes) .



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
I Expociências - Feira de Ciências do Estado da Paraíba - Etapa João Pessoa.I Expociências - Feira de Ciências do Estado da Paraíba - Etapa João Pessoa. 2005. (Outra).

2.
XII Congresso Latino Americano de Fisiologia Vegetal & X Congresso Brasileiro de Fisiologia Vegetal. XII Congresso Latino Americano de Fisiologia Vegetal & X Congresso Brasileiro de Fisiologia Vegetal. 2005. (Congresso).

3.
X-Meeting - 1st International Conference of the AB3C. X-Meeting - 1st International Conference of the AB3C. 2005. (Congresso).

4.
XXXIV Reunião Anual da SBBq. XXXIV Reunião Anual da SBBq. 2005. (Congresso).

5.
Inaugural Symposium of the International Institute for Neuroscience of Natal.Inaugural Symposiumof the International Institute for Neuroscience of Natal. 2004. (Simpósio).

6.
International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2004. (Congresso).

7.
VII Reunião Regional da SBBq / 2nd International Symposium in Biochemistry of Macromolecules.VII Reunião Regional da SBBq / 2nd International Symposium in Biochemistry of Macromolecules. 2004. (Simpósio).

8.
5º Encontro Nacional de Biólogos.5º Encontro Nacional de Biólogos. 2003. (Encontro).

9.
VI Semana de Biologia da UFPB.VI Semana de Biologia da UFPB. 2003. (Outra).

10.
III Reunião da SBEEL.III Reunião da SBEEL (Sociedade Brasileira para o Estudo de Elasmobrâquios). 2002. (Encontro).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Thaís de Almeida Ratis Ramos. Desenvolvimento e uso do CORAZON: ferramenta para normalização e agrupamento de dados de expressão gênica. Início: 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte. (Coorientador).

Tese de doutorado
1.
Mónica Kurte Gómez. Involvement of SOCS1/SOCS3 balance in the TLR4-mediated immunosuppressive properties of MSCs. Início: 2018. Tese (Doutorado em Ciências Biomédicas) - Universidad de los Andes Chile. (Coorientador).

2.
Victor Manuel Aliaga Tobar. Non-coding RNAs in Sulfolobus acidocaldarius biofilm lifestyle. Início: 2018. Tese (Doutorado em Genômica Integrativa) - Universidad Mayor - Campus Américo Vespucio. (Orientador).

3.
Cristopher Segovia. Non-coding RNAs in the bacterial fish pathogen Piscirickettsia salmonis. Início: 2018. Tese (Doutorado em Genômica Integrativa) - Universidad Mayor - Campus Américo Vespucio. (Coorientador).

4.
Raúl Arias Carrasco. Non-coding RNAs in archaeal species living at different temperatures. Início: 2018. Tese (Doutorado em Genômica Integrativa) - Universidad Mayor - Campus Américo Vespucio. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Felipe Guimarães Torres. Leishmania braziliensis: Reanotação genômica e estruturação das informações em modelos de dados relacionais. 2016. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) - Universidade Estadual de Feira de Santana, . Coorientador: Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Edgar Sebastian Bolivar Barbosa. Panorama de los transcriptomas de Cannabis sativa por medio de métodos bioinformáticos. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Biologia) - Universidad Distrital Francisco José de Caldas. Orientador: Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho.

2.
Javier Villacreses Lucero. Deep sequencing reveals the complete genome and evidence for transcriptional activity of the first virus-like sequences identified in Aristotelia chilensis (Maqui Berry). 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Biotecnologia) - Universidad Mayor - Campus Américo Vespucio. Orientador: Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho.

3.
Guillermo Nourdin Galindo. Análisis genómico comparativo entre cepas aisladas de Piscirickettsia salmonis. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Engenharia em Bioinformática) - Universidad de Talca. Orientador: Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho.



Inovação



Projetos de pesquisa

Projeto de desenvolvimento tecnológico

Projeto de extensão


Educação e Popularização de C & T



Artigos
Artigos completos publicados em periódicos
1.
VACHELARD, JULIEN2016 VACHELARD, JULIEN ; GAMBARRA-SOARES, THAISE ; AUGUSTINI, GABRIELA ; RIUL, PABLO ; Maracaja-Coutinho, Vinicius . A Guide to Scientific Crowdfunding. PLoS Biology (Online), v. 14, p. e1002373, 2016.


Cursos de curta duração ministrados
1.
Maracaja-Coutinho, Vinicius; PASCHOAL, A. R. . Curso de Verão em Bioinformática. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

2.
Maracaja-Coutinho, V.. I Curso de Bioinformática & Biologia Molecular. 2005. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

3.
Maracaja-Coutinho, V.; PASCHOAL, A. R. . Curso de Verão em Bioinformática. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Outra).


Entrevistas, mesas redondas, programas e comentários na mídia
1.
Maracaja-Coutinho, Vinicius. Beagle: uma raça de cães, o navio de Darwin e uma startup paraibana. 2012. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).




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