Ana Paula de Campos Guimarães

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  • Última atualização do currículo em 12/03/2018


Possuo MBA em QSMS (Qualidade, Segurança, Meio Ambiente e Saúde) concluído em 2013 e mestrado em Ciências Biológicas, Modalidade Médica, em 2002. Atualmente sou analista sênior em biologia molecular no LABINFO do Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC), trabalhando com sequenciamento genético de nova geração (NGS) nas plataformas Ion Torrent PGM, Proton, MiSeq e NextSeq. Tenho participação em vários projetos do LABINFO atandoo na geração de dados realizando o sequenciamento genético de Nova Geração (NGS) de genomas, transcritomas, metagenomas e exomas, e na análise das sequências genômicas geradas utilizando ferramentas de bioinformática como softwares de anotação e comparação funcional de genomas e bancos de dados biológicos. Também possuo experiência em ferramentas de alinhamento de sequências, predição gênica e anotação funcional utilizando bancos de dados de sequências de nucleotídeos e de proteínas, de famílias e domínios proteicos, bem como no uso da ferramenta SABIA, desenvolvida no LABINFO. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Ana Paula de Campos Guimarães
Nome em citações bibliográficas
GUIMARÃES, A. P. C.;Guimarães, Ana Paula

Endereço


Endereço Profissional
Laboratório Nacional de Computação Científica.
Av. Getulio Vargas, 333
Quitandinha
25651075 - Petrópolis, RJ - Brasil


Formação acadêmica/titulação


1999 - 2002
Mestrado em Ciências Biológicas - Modalidade Médica.
Escola Paulista de Medicina, EPM, Brasil.
Título: ANÁLISE DA ?QUASISPECIE? DA REGIÃO DA PROTEASE DO GENE POL DO HIV-1. COMPARAÇÃO ENTRE VÍRUS DETECTADOS NO PLASMA E PBMC (CÉLULAS MONONUCLEARES DO SANGUE PERIFÉRICO),Ano de Obtenção: 2002.
Orientador: Dr. Ricardo Shobhie Dias.
Bolsista do(a): National Institute Of Health, FOGART, Estados Unidos.
2011 - 2013
Mestrado profissional em QSMS (Qualidade, Segurança, Meio Ambiente e Saúde.
Universidade Castelo Branco, UCB/RJ, Brasil.
Título: Gestão da Qualidade com enfoque em Processos, Ano de Obtenção: 2013.
Orientador: Fabrinny Silva.
1994 - 1998
Graduação em Ciências Biológicas.
Universidade Santa Úrsula, USU, Brasil.




Formação Complementar


2017 - 2017
Treinamento Teorico e pratico Plataforma Illumina - NexSeq (2017).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
2015 - 2015
Treinamento Teorico Plataforma Illumina - MiSeq (2015).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
2013 - 2013
Treinamento na plataforma Ion Proton Sequencer. (Carga horária: 24h).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
2012 - 2012
Treinamento na plataforma Ion PGM Sequencer. (Carga horária: 24h).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.


Atuação Profissional



Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
Vínculo institucional

2017 - Atual
Vínculo: CLT, Enquadramento Funcional: Biologo, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Sequenciamento genético nas plataformas Ion PGM e Ion Proton da Life Thechnoligies, MiSeq e NextSeq da Illumina. Construção das bibliotecas de genoma, metagenoma, transcriptoma e exoma (DNA/cDNA), análise das bibliotecas e o sequenciamento das mesmas.

Vínculo institucional

2016 - 2017
Vínculo: CLT, Enquadramento Funcional: Biologo, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Sequenciamento genético nas plataformas GS FLX Titanium Roche/454, Ion PGM e Ion Proton da Life Thechnoligies, MiSeq e NextSeq da Illumina. Construção das bibliotecas de genoma, metagenoma, transcriptoma e exoma (DNA/cDNA), análise das bibliotecas e o sequenciamento das mesmas.

Vínculo institucional

2016 - 2016
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsista - Pesquisa

Vínculo institucional

2011 - 2016
Vínculo: CLT, Enquadramento Funcional: Analista Senior em Biologia Molecular, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Sequenciamento genético nas plataformas GS FLX Titanium Roche/454, Ion PGM e Ion Proton da Life Thechnoligies, MiSeq e NextSeq da Illumina. Construção das bibliotecas de genoma, metagenoma, transcriptoma e exoma (DNA/cDNA), análise das bibliotecas e o sequenciamento das mesmas.


Instituto Nacional de Câncer, INCA, Brasil.
Vínculo institucional

2009 - 2011
Vínculo: Bolsa de Aperfeiçoamento II, Enquadramento Funcional: Pesquisadora- Bolsista- Aperfeiçoamento II, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Projeto de pesquisa em: ?Caracterização de recombinantes do gene latent membrane protein 1 (LMP1) do vírus Epstein-Barr em isolados de linfoma de Hodgkin? - 2009/2010 Diagnóstico de Leucemias Agudas - 2010/2011 Atividades em Biologia Molecular: extração de DNA e RNA, PCR, gel de eletroforese, Sequenciamento


Hospital Universitario Gaffrée e Guinle, HUGG, Brasil.
Vínculo institucional

2003 - 2009
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bióloga, Carga horária: 30
Outras informações
Responsável pela realização dos exames de Carga Viral dos pcientes HIV+

Atividades

07/2003 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento .

Linhas de pesquisa
Sequenciamento


Linhas de pesquisa


1.
Sequenciamento

Objetivo: Construção de bibliotecas genômicas e sequenciamento das mesmas..
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética.
Setores de atividade: Saúde Humana.


Projetos de pesquisa


2016 - 2016
PANGENÔMICA DE STAPHYLOCOCCUS AUREUS RESISTENTE À METICILINA ST1-SCCMEC IV
Descrição: Estudar o pangenoma dos isolados de linhagem de MRSA ST1-SCCmec IV mais prevalentes em surtos ocorridos em Rio de Janeiro, Estados Unidos e Austrália e investigar as diferenças e semelhanças entre eles quanto a potenciais alvos terapêuticos..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2016 - Atual
Apoio à manutenção da infraestrutura do centro multiusuário Unidade de Genômica Computacional Darcy Fontoura de Almeida (UGCDFA)
Descrição: A Unidade de Genômica Computacional ?Darcy Fontoura de Almeida? (UGCDFA), inaugurada no final de 2008, é uma Unidade Multiusuário destinada a atender aos projetos genomas do Estado do Rio de Janeiro bem como do país e do exterior e está associada ao Laboratório Nacional de Bioinformática (LABINFO) do LNCC. A UGCDFA atua em sincronia com o LABINFO sendo este um centro de excelência em Bioinformática no Brasil e no exterior. Esta associação tem como finalidade integrar as atividades de sequenciamento em larga-escala de DNA e de bioinformática, utilizando a infraestrutura de Computação de Alto Desempenho do LNCC, permitindo maior agilidade no processamento e análise dos dados gerados pelos sequenciadores de DNA de nova geração instalados na UGCDFA. Recentemente, com a instalação do supercomputador Santos Dumont, com um total de 18.144 núcleos de CPU, as sequências geradas na UGCDFA poderão ser processadas com maior velocidade atendendo de forma mais eficiente as várias redes genômicas, grupos parceiros e colaboradores. Até o momento, foram sequenciados cerca de 450 genomas, metagenomas, transcritomas totalizando, aproximadamente, 60Tb de dados gerados pela UGCDFA e processados pelo LABINFO. É importante destacar que para todos os projetos desenvolvidos em colaboração, fazemos parte do alicerce central, visto que somos responsáveis pela geração e processamento das informações genômicas. Esta proposta tem por objetivo a manutenção da infraestrutura da UGCDFA visando continuar gerando grandes quantidades de dados para diversos modelos biológicos e disponibilizando serviços para instituições de pesquisa e acadêmicas, nacionais e internacionais. Ressaltamos que devido ao número de sequenciamentos realizados, processados e analisados na UGCDFA/LABINFO, atualmente, o Estado do Rio de Janeiro tem um papel de destaque nacional na área de genômica computacional/bioinformática, pois foi o que mais gerou, depositou e analisou dados de genomas, transcritomas e metagenomas..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2016 - Atual
Genômica Computacional do Vírus da Zika (ZIKV)
Descrição: Este projeto pretende investigar a interação do microorganismo-hospedeiro (SAIZIKA) através do sequenciamento de cultivos (primários ou linhagens estabelecidas) de células humanas de diferentes tecidos considerados como alvos potenciais de infecção, incluindo neurônios/neuroblastos, células de Schwann, trofoblasto, queratinócitos, fibroblastos, epiteliais tímicas e células- tronco de sangue de cordão, seguidas por análises de bioinformática. Para isso, realizaremos uma análise comparativa do transcritoma humano em cultivos celulares de amostras sadias e infectadas pelo ZIKV. Nessa etapa, pretende-se identificar e caracterizar as funções biológicas e vias metabólicas dos genes humanos diferencialmente expressos e que estejam envolvidos na padronização do neuro-eixo e malformações encefálicas...
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2016 - Atual
Medicina de precisão aplicada à imunodeficiência primária (PIDD): Uma abordagem progressiva e custo-efetiva utilizando o sequenciamento de nova geração.
Descrição: As imunodeficiências primárias são doenças genéticas raras que têm como principal característica alterações das funções do sistema imune, levando à maior suscetibilidade às infecções de repetição, autoimunidade e neoplasias. A criança com imunodeficiência primária, embora relativamente rara, é um paciente de alto custo para o SUS, devido a dificuldades diagnósticas, requer o uso de antibióticoterapia e internações prolongadas que em muitos casos evoluem a óbito. Alternativas terapêuticas para alguns casos são de alto custo como transplantes de Células Tronco Hematopoiéticas ou infusão de imunoglobulina intravenosa. No entanto, a indicação terapêutica adequada está diretamente relacionada ao diagnóstico diferencial, precoce e preciso, possibilitando alcançar a eficiência da intervenção clínica, com redução significativa do número de infecções e internações. Até o momento existem mais de 300 mutações causadoras de PIDD. Os testes de diagnóstico molecular existentes podem ser inconclusivos devido a sobreposição com fenótipos clínicos. Dentre os testes genéticos para variantes genéticas associados à PIDD, o sequenciamento de genes individuais usando a metodologia de Sanger é demorado e caro. Embora existam painéis de genes PIDD conhecidos, este método possui limitações, tais como a incapacidade de detectar novos genes relacionados à PIDD. Nesse trabalho propomos o estudo de diferentes grupos de imunodeficiências através de estratégias de sequenciamento de exomas, com o objetivo de alcançar o diagnóstico no maior nível de complexidade e definir de forma precisa a deficiência no sistema imune. O conhecimento dessas alterações moleculares permitirá o tratamento mais efetivo do paciente e possibilitarão benefícios a curto e longo prazo, com adoção de protocolos de cuidados adequados e minimizando internações graves e morte associada a essas patologias. Adicionalmente, o conhecimento dos genes envolvidos nessas patologias no contexto de doenças do nosso meio, permitirão dissecar as vias moleculares essenciais para o combate às doenças negligenciadas..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2015 - Atual
Processos adaptativos em Staphylococcus aureus em dois diferentes niveis: Evolução populacional do clone USA400 e mudança para o estado de persistência durante infecção osteo-articular
Descrição: Este projeto tem como um dos principais objetivos reunir especialistas que trabalham em diferentes áreas da ciência, que se propõem a utilizar múltiplas e distintas abordagens relacionadas à microbiologia, biologia molecular, genômica e bioinformática, de forma a se obter uma melhor compreensão do patógeno S. aureus, com foco em sua evolução e adaptação em diferentes níveis. Para tanto, pretendemos realizar uma combinação de abordagens fenotípicas, genômicas e transcriptômicas, visando estabelecer uma colaboração sólida entre os parceiros franceses e brasileiros, implicando na união de expertises distintas...
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - 2016
Marcadores genéticos e moleculares de virulência em tripanosomatídeos patogênicos e não patogênicos
Descrição: Os objetivos do presente projeto financiado pelo PROGRAMA CAPES/STINT (EDITAL Nº. 075/2013-2014) são: 1. Gerar sequencias de cepas polares de T. rangeli selecionadas com base em características fenotípicas e genotípicas diferenciais e realizar estudos de genômica comparativa; 2. Realizar a montagem do genoma de referência do T. rangeli utilizando os bancos de dados previamente gerados (EST, e dados de genoma gerados na plataforma 454) em associação com os novos dados a serem gerados utilizando aa plataforma Illumina; 3. Realizar a análise e a anotação do genoma referência do T. rangeli utilizando pipelines para busca de genes, de sequencias repetitivas e de polimorfismos únicos de sequencia (SNP), combinados com anotação automática e manual; 4. Gerar sequencias de cepas de T. cruzi selecionadas com base em características fenotípicas diferenciais; 5. Utilizar técnicas de sequenciamento de leituras longas (SMRT sequencing) para obter dados que possam resolver a montagem de regiões complexas do genoma como as regiões teloméricas e as famílias multigênicas, tanto em T. cruzi como no T. rangeli; 6. Realizar análises genômicas comparativas entre cepas de T. cruzi selecionadas com base em características fenotípicas; 7. Comparar os genomas referências do T. cruzi e do T. rangeli na busca de marcadores diferenciais de diagnóstico e/ou de marcadores de virulência e patogenicidade; 8. Realizar cursos de pós-graduação e palestras no Brasil e na Suécia ao nível de pós-graduação visando a formação de recursos humanos e o aperfeiçoamento de Docentes; 9. Possibilitar o intercâmbio de pesquisadores e estudantes de pós-graduação entre os laboratórios participantes através de reuniões conjuntas, intercâmbio de pesquisadores e estudantes visitantes e a realização de cursos e workshops; 10. Estimular a participação em eventos científicos dos pesquisadores Brasileiros e Suecos tanto no Brasil quanto na Suécia...
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
Genômica Aplicada a Recursos Pesqueiros e de Aquicultura do Estado do Rio de Janeiro GARPA-RIO
Descrição: O Brasil possui uma extensa costa cuja pesca artesanal serve de sustento para as populações costeiras, e cuja exploração comercial é atividade altamente lucrativa. No entanto, a exploração desregulada dos recursos pesqueiros pode levar ao seu esgotamento em poucos anos. O projeto GARPA-RIO é constituído por uma rede de laboratórios e instituições de pesquisa dos Estados do RJ, SC e RN que visa abordar duas questões de importância fundamental para a preservação desses recursos, através de abordagens de genômica molecular e análises de bioinformática. A primeira questão busca estratégias de melhoramento para cultivo de ostras na costa fluminense. Para isso, utilizaremos os métodos mais recentes de sequenciamento no NextSeq 500 Illumina, através de experimentos de genômica, transcritômica e metagenômica, onde buscaremos caracterizar o perfil genético das ostras nativas do gênero Crassostrea sob determinadas condições ambientais e seus possíveis patógenos, bem como detectar os limites dos estoques genéticos na costa. Os experimentos serão realizados comparando as populações de SC, onde o cultivo de C. gasar está bem estabelecido, com aquelas do RJ, a fim de detectarmos as diferenças no perfil de expressão e estabelecermos as condições adequadas para o futuro estabelecimento de um cultivo ostreícola no RJ. A aplicação deste cultivo será conduzida pela FIPERJ, parceira neste projeto. A segunda questão visa o monitoramento da qualidade e comercialização do pescado através da identificação molecular e criação de um banco de dados com sequências de marcadores moleculares das espécies, nativas ou não, pescadas ou comercializadas no RJ. Ambas as estratégias implicarão na geração de empregos e desenvolvimento social local, ao mesmo tempo em que proporciona benefícios tangíveis ao ambiente marinho e ganho econômico ao Estado.. Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
Rede Avançada em Biologia Computacional (RABICÓ)
Descrição: A Rede Avançada em Biologia Computacional (RABICÓ) terá sua sede no LNCC e pretende oferecer um conjunto de softwares com tecnologia moderna e atualizada para o desenvolvimento de aplicações que requerem alto poder computacional e recursos avançados de visualização científica, possibilitar a geração e estimular o desenvolvimento da pesquisa de forma integrada com equipes multidisciplinares, para o estudo de problemas relacionados à saúde humana, animal, vegetal e ambiental, e principalmente, formar recursos humanos qualificados na Graduação e na Pós-Graduação..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2013 - 2016
Abordagem multidisciplinar no estudo da biodiversidade, interação e metabolismo bacteriano em suínos (CAPES/COFECUB)
Descrição: Esse projeto propõe explorar experimentalmente e matematicamente a biodiversidade de bactérias que vivem no trato respiratório de suínos, muitas delas patogênicas. Entre essas, Mycoplasma hyopneumoniae, Actinobacillus pleuropneumoniae, Actinobacillus suis, Streptococcus suis, Bordetella bronchiseptica, Pasteurella multocida e Mycoplasma hyorhinis são as mais estudadas. Entretanto, o microbioma da via respiratória de suínos é quase que completamente desconhecida e possivelmente muitas outras espécies não identificadas vivem nesse compartimento do organismo podendo influenciar decisivamente o processo infeccioso das bactérias patogênicas...
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2013 - 2015
Rede Brasileira de Microbiologia: A Identificação e Caracterização de Patógenos Bacterianos Infecção Hospitalar.
Descrição: O Brasil é o quinto maior país do mundo, tanto pela área geográfica e população, com mais de 192 milhões de pessoas que vivem principalmente na costa atlântica. O Brasil está passando por mudanças econômicas, sociais e ambientais rápidas. Apesar das reduções acentuadas no número de óbitos por doenças infecciosas, principalmente devido a infecções e doenças tropicais nos últimos seis décadas, a resistência bacteriana tem emergido como um importante problema de saúde em hospitais brasileiros. Embora a maioria da população dependa do sistema público de saúde, uma fração cada vez maior está sendo gerenciado pelo sistema de saúde privado refletindo em práticas de saúde distintas ao nível da gestão da infecção hospitalar. Como resultado, os padrões distintos de resistência antimicrobiana podem surgir dentro do país. O objetivo desta proposta é a criação de uma Rede Brasileira de Microbiologia, para identificação e caracterização de bactérias patogênicas que irão unir as ações de médicos, microbiologistas e cientistas, em uma perspectiva interdisciplinar...
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2013 - Atual
As imunodeficiências primárias são doenças genéticas raras que têm como principal característica alterações das funções do sistema imune, levando à maior suscetibilidade às infecções de repetição, autoimunidade e neoplasias. A criança com imunodeficiência
Descrição: Esta proposta aplicará métodos de Bioinformática para analisar sequências transcriptômicas do isolado Kp13 de surto hospitalar de Klebsiella pneumoniae, cujo genoma completo foi recentemente sequenciado pelo nosso grupo no LNCC, Petrópolis RJ. Serão realizadas analises de dados gerados do sequenciamento de transcriptos (RNA-seq) obtidos de células de K. pneumoniae Kp13 submetidas a diferentes condições de crescimento in vitro..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
2.
Grande área: Outros / Área: Ciências Ambientais / Subárea: QSMS (Qualidade, Segurança, Meio Ambiente e Saúde).
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genetica Molecular.


Idiomas


Inglês
Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.
Espanhol
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
GUIMARÃES, A. P. C.;Guimarães, Ana Paula2008GUIMARÃES, A. P. C.; Sa Filho, D ; SUCUPIRA, M. C. A. ; JANINI, L. M. R. ; DIAZ, R. S. . Profiling resistance-related mutations in the protease region of the pol gene: single genome sequencing of HIV in plasma and peripheral blood mononuclear cells. AIDS Research and Human Retroviruses, v. 24, p. 969-971, 2008.

2.
GUIMARÃES, A. P. C.;Guimarães, Ana Paula2008GUIMARÃES, A. P. C.; Sucupira, Maria Cecilia ; Janini, Luiz Mario ; Diaz, Ricardo Sobhie . Short Communication: Profiling Resistance-Related Mutations in the Protease Region of the pol Gene: Single Genome Sequencing of HIV in Plasma and Peripheral Blood Mononuclear Cells. AIDS Research and Human Retroviruses, v. 24, p. 969-971, 2008.

3.
Sa-Filho, D2003Sa-Filho, D ; Guimarães, Ana Paula . Analysis of the protease sequences of HIV-1 infected individuals after Indinavir monotherapy. Journal of Clinical Virology, v. 28, p. 186-202, 2003.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Tópicos de Embriologia Humana (2008-I). 2008. (Encontro).

2.
VIII Oficina Nacional de Laboratórios de Carga Viral. 2008. (Oficina).

3.
IMMUNORIO 2007- 13th Internacional Congresso of Immunology. 2007. (Congresso).

4.
IV Oficina da Rede Nacional de Laboratórios CD4/CD8 e Carga Viral. 2007. (Oficina).

5.
Treinamento Operacional e de Manutenção do System Q340. 2007. (Outra).

6.
39Congresso Brasileiro de Patologia Clínica/Medicina Laboratorial. 2005. (Congresso).

7.
VI Oficina de Trabalho do Laboratório da Rede CD4 Ministério da Saúde Programa Nacional DST e AIDS. 2003. (Oficina).

8.
V Simpósio Brasileiro de Pesquisa em HIV/AIDS. 2003. (Simpósio).

9.
Aplicação da Biologia Molecular na Prática Médica e Biológica-Núcleo de Atividades Didático-Científicas-NADC. UFRJ. 2002. (Outra).

10.
Curso de treinamento Básico em ViroSeq, Kit de Genotipagem para HIV na Plataforma ABI377, realizado pela Applied Biosystem do Brasil Ltda. 2001. (Outra).

11.
II Simpósio Internacional Sobre Imunopatogenia e Imunoterapia em AIDS. 2001. (Simpósio).

12.
Curso de Sequênciamento Automatizado no Estudo da Diversidade Genética Viral. 2000. (Outra).

13.
Mini Curso intitulado ?O DNA na Atualidade? - Instituto de Biologia da Universidade Federal. 1998. (Outra).




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