Gislaine da Silva Pimentel Pereira

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  • Última atualização do currículo em 25/03/2012


Possui graduação em Análise de Sistemas pela Universidade de Ribeirão Preto (2002), pós-graduação em Bioinformática pelo Laboratório Nacional de Computação Científica (2003) e doutorado em Ciências pelo Departamento de Genética da Faculdade de Medicina de ribeirão Preto - USP (2009). Atualmente trabalha com implementação de software em diversas áreas e ministra aula nas áreas de banco de dados, banco de dados biológico, programação em PERL e PHP e aulas de treinamento passo a passo no sistema operacional LINUX. Tem experiência na área de Análise de Sistemas, com ênfase em implementação de Software Básico, atuando principalmente nos seguintes temas: bioinformática, programação, ministrando aula em cursos periódicos. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Gislaine da Silva Pimentel Pereira
Nome em citações bibliográficas
PEREIRA, G. S. P.


Formação acadêmica/titulação


2004 - 2009
Doutorado em Doutorado em Ciências.
Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto.
Título: Cancer/Testis Antigens Abordagem Computacional para Caracterização de Candidatos a Novos Membros da Família Gênica, Ano de obtenção: 2009.
Orientador: Wilson Araújo da Silva Junior.
Palavras-chave: cancer; Antigenos; HMM.
2003 - 2003
Especialização em Especialização Lato Sensu Em Bioinformática. (Carga Horária: 360h).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
Título: Development of the MamMiBase Database: Complete Mitochondrial Genome Database to Mammalian Phylogenetic Studies.
Orientador: Claudia A. M. Russo.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.
1996 - 2002
Graduação em Análise de Sistemas.
Universidade de Ribeirão Preto, UNAERP, Brasil.
Título: Estratégias em Bioinformática para Anotação e Classificação Funcional de Produtos Gênicos.
Orientador: Silvana Giuliatti.




Formação Complementar


2004 - 2004
Extensão universitária em TEAP.
Test of English for Academic Purposes.
2001 - 2003
Inglês.
Centro Cultural e Americano de Idiomas.
2001 - 2001
Extensão universitária em Estágio Curricular. (Carga horária: 420h).
Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto.



Linhas de pesquisa


1.
Experiência na área de programação utilizando as linguagems Perl e PHP para o desenvolvimento de softwares científicos em pesquisa.

Objetivo: Programação de softwares científicos que tem como metas principais gerar novos conhecimentos e/ou corroborar ou refutar algum conhecimento pré-existente. Como atividade regular também pode-se definir como o conjunto de atividades orientadas e planejados "in-house" ou "online" para busca de um determinado conhecimento. .
Palavras-chave: Programação.
2.
Implementação de programas usando a linguagem Perl-cgi para análise de seqüências via web, e disponibilização de resultados também por meio da internet.
3.
Acompanhamento no processo de comparação e análises em busca de prováveis candidatos a domínios protéicos.

Objetivo: As proteínas são moléculas essenciais para manter a estrutura e funcionamento de todos os organismos vivos e podem ter diferentes propriedades e funções..
Palavras-chave: Domínio protéico; Pfam.
4.
Atuação em análises e comparação de alinhamentos de domínios funcionais de seqüências nomatches utilizando softwares científicos - modelos ocultos de Markov.

Objetivo: As proteínas são moléculas essenciais para manter a estrutura e funcionamento de todos os organismos vivos e podem ter diferentes propriedades e funções..
Palavras-chave: Domínio protéico.
5.
Configuração e instalação de softwares científicos em plataformas Linux e Unix.

Objetivo: Softwares livres, segundo a definição criada pela Free Software Foundation destinados a área de Pesquisa Biológica..
Palavras-chave: GNU General Public License.
6.
Elaboração de relatórios de resultados em análises de domínios funcionais.

Objetivo: Documento impresso utilizado para reportar resultados parciais ou totais de um determinado experimento, projeto, ação, pesquisa, ou outro evento, esteja ele finalizado ou ainda em andamento..
7.
Programação de software para análises de domínios funcionais no Projeto Genoma do Câncer e Apis mellifera.
8.
Implantação de bancos de dados, utilizando MySQL database, para armazenar resultados científicos.

Objetivo: Registros dispostos em estrutura regular que possibilita a reorganização dos mesmos e produção de informação..
Palavras-chave: Bancos de dados.


Projetos de pesquisa


2009 - 2009
Abordagem computacional para predição do secretoma humano
Descrição: Neste trabalho foi associada 38432 proteínas (DB RefSeq H. sapiens - NCBI) em busca de peptídeo sinal, N-região, H-região, C-região, com auxílio dos softwares SignalP 3.0 e Phobius. Scripts Perl foram implementados para localizar motivos de N-glicosilação e com base nesses critérios obtivemos 2944 proteínas com características de secretadas, via secretora que com uma busca na literatura encontramos 695 (25%) já descritas. Aos resultados foram adicionados dados de experimentos de SAGE de osteogenese me tempos de espressão nos tecidos: Mesenquimal T0hs, Mesenquimal T2hs, Mesenquimal T12hs e Osteoblasto T21hs, encontrando assim 28 proteínas com características de secretadas, e destas 49 faziam parte das validadadas pela literatura. Na validação experimental utilizamos as 2944 em SDSoPAGE e espectrômetria de massas MALDI TOF-TOF utilizando a linhagem celular HCC 1954 BL e o resultado foi 116 proteínas com 9 já descritas na literatura como secretadas e 11 apresentam peptídeo sinal e sequon. As 105 proteínas não identificadas não possuem na abordagem nãopossuem peptídeo sinal e sequon. Esta estratégia proporciona uma abordagem para construção de um catálogo de proteínas secretadas, com objetivo de fornecer alvos ou fontes terapêuticas em processos apoptóticos associasdos a anomalias na perspectiva farmaceutica e busca a dados experimentais..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2004 - 2008
Abordagem computacional para caracterização de candidatos a novos membros da família gênica cancer/testis antigens
Descrição: O rascunho completo do seqüenciamento do genoma humano proporciona várias oportunidades de investigação e descoberta de novos genes no campo da imunologia utilizando técnicas como aplicação de métodos computacionais genômicos. Uma das alternativas do sistema imune inclui pepitídeos microbianos que protegem organismos multicelulares de diversos microorganismos. Os "cancer/testis (C/T) antigens" compreendem de importantes famílias gênicas que podem ampliar o conhecimento na diversidade de mecanismos imunes que são em grande parte conservados em organismos multicelulares. A caracterização de novos candidatos a genes de diferentes famílias de "cancer/testis (C/T) antigens", pode ser de grande relevância no desenvolvimento de preparação de vacinas para ativar imunoterapias específicas. Os "cancer/testis (C/T) antigens" compreendem em importantes famílias gênicas, pois são genes expressos em tecido normal, em testículo e em doenças malígnas. Os "cancer/testis associated genes" - CTA tornaram-se mais amplamente estudados no campo de imunologia de tumor. Por isto, muitas questões fundamentalmente importantes permanecem sem resposta tais como, qual a conecção entre genes de células germinativas específicas e tumores, ou a expressão desses genes ainda pode ser importante na desestabilização no processo de tumorigenesis, ou talvez a ativação desses genes não é perfeitamente aleatória ou esteja relacionada a um programa celular dando ao tumor vantagem de sobrevivencia, pois são grupos de proteínas caracterizadas por expressão peculiar, principalmente limitados a células germinativas masculinas e células cancerosas de diversas origens histologicas. Para melhor definir a família "cancer/testis (C/T) antigens", neste trabalho, foi desenvolvido uma aproximação computacional buscando nos bancos de dados genômicos, motivos conservados presentes na família CTA. A estratégia computacional utilizou a potencialidade de softwares de bioinformática tais como HMMER, um pacote de ferramentas.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2002 - 2004
Gene Class Expression
Descrição: Gene Class Expression é uma ferraemnta de busca no banco de dados gene ontology para comparação de duas listas de SAGE (Serial Analysis Gene Expression) tags ou produtos gênicos. O principal dado utilizado é diretamente do banco de dados Gene OntologyTM e dados extraídos de arquivos LocusLink. Esta ferramenta faz a classificação funcional de SAGE tags ou produtos gênicos para diferentes tipos de organismos. O resultado consiste em uma classificação funcional nas classes de termos do Gene Ontology para um determinado nível selecionado pelo usuário, com informações dos resultados de teste de hipótese, intervalo de confiança e o gráfico mostrando a porcentagem de SAGE tags ou genes e os demais dados em cada nível. As informações sobre esta ferramenta podem ser acessadas em publicação de artigo na revista Genetics and Molecular Research (GMR) http://www.funpecrp.com.br/gmr/year2006/vol1-5/xm0002_full_text.htm. All manuscripts, correspondence about.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2002 - 2003
Bioinformatica Online - Curso de bioinformatica
Descrição: Curso de bioinformatica que trabalha com os fundamentos das principais ferramentas de bioinformatica..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2002 - 2003
Pfam - Classificação de seqüências nomatches com domínios protéicos
Descrição: Programa de alinhamento de seqüências protéicas, utilizando modelos ocultos de Markov..
Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa.
2002 - 2002
Site da Disciplina de Genética Humana
Descrição: Site da disciplina de Genética Humana para os cursos de Fonoaudiologia, Nutrição e Metabolismo, e Informática Biomédica.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2002 - 2002
Site da Disciplina de Genética
Descrição: Site da Disciplina de Genética para os cursos de Fisioterapia, Terapia Ocupacional e Medicia..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2002 - 2002
GENEX project - Projeto desenvolvido para estabelecer o padrão de expressão de genes relacionados com as quimiocinas, moléculas de adesão e angiogênese.
Descrição: Site para visualização dos dados do Projeto Genex..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2001 - 2002
Estratégias em bioinformática para anotação e classificação funcional de produtos gêncos
Descrição: O projeto foi desenvolvido a partir do banco de dados do genoma do câncer, de sequências ORESTES, do banco de dados PFAM e do banco de dados Gene Ontology. Foram utilizados as linguagens de programaçao PERL, PHP, HTML, JavaScript, e CGI. Por este método tem sido possível anotar funções das sequências do genoma do câncer anteriormente não determinadas e classificar funcionalmente as sequências já descritas, contribuindo para a mapliação do conhecimento de genomas..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.


Outros Projetos


2004 - 2004
Banco de informações de docentes da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto
Descrição: O Banco de informações de docentes da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto representa um instrumento de relação entre a universidade e o público externo. Contém um sumário das atividades de pesquisa e desenvolvimento tecnológico dos seus docentes. As informações mais relevantes correspondem aos 10 últimos anos, incluindo publicações em revistas, livros, orientações da pós-graduação, patentes e projetos. A(s) linha(s) de pesquisa ou principal(ais) foco(s) de interesse são resumidos nas palavras-chaves. Buscando pela palavra-chave os visitantes podem localizar docentes da FMRPUSP especialistas no termo escolhido..
Situação: Concluído; Natureza: Outra.


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação/Especialidade: Software Básico.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação/Especialidade: Hardware.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Engenharia de Software.
4.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Linguagens de Programação.
5.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Sistemas de Informação.
6.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral / Subárea: BIOINFORMÁTICA.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
Chiromatzo AO2007Chiromatzo AO ; Oliveira TY ; PEREIRA, G. S. P. ; Montesco C.A. ; Gras D.E. ; Yosetake F ; Vilar JB ; Cervato M. ; Prado P.R. ; Cardenas R.G. ; Cerri R ; Borges R.L. ; Lemos R.N. ; Alvarenga S.M. ; Perallis V.R. ; Pinheiro D.G. ; Silva I.T. ; Brandão R.M. ; Cunha M.A. ; Giuliatti S ; Silva W.A. Jr . miRNApath: a database of miRNAs, target genes and metabolic pathways. Genetics and Molecular Research, v. 6, p. 859-865, 2007.

2.
PEREIRA, G. S. P.2006PEREIRA, G. S. P.; BRANDAO, R. M. ; GIULIATTI, S. ; ZAGO, M. A. ; SILVA JUNIOR, W. A. . Gene Class Expression: analysis tool of Gene Ontology terms with gene expression data. Genetics and Molecular Research, v. 5, p. 108-114, 2006.

3.
PEREIRA, G. S. P.2005PEREIRA, G. S. P.; GUIMARÃES, Ana Carolina R. ; CASTELLETTI, Carlos Henrique M. ; CARUSO, Célia S. ; RIBEIRO, Cristina ; YOKAICHIYA, Fabiano ; ARMÔA, Geraldo R. G. ; PEREIRA, Gislaine da Silva P. ; SILVA, Israel T. da ; SCHRAGO, Carlos G. ; FERNANDES, Adélia L. V. ; SILVEIRA, Aline R. da ; CARNEIRO, André G. ; CARVALHO, Bruno M. ; VIANA, Carlos J. M. ; GRAMKOW, Daniel ; LIMA, Franklin J. ; CORRÊA, Luiz G. G. ; MUDADO, Maurício de A. ; NEHAB-HESS, Pablo ; SOUZA, Rangel de ; CORRÊA, Régis L. ; RUSSO, Claudia A. M. . MamMiBase: a mitochondrial genome database for mammalian phylogenetic studies. Bioinformatics (Oxford), v. 21, n.10, p. 2566-2567, 2005.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
PEREIRA, G. S. P.; JOAO, E. C. ; SILVA JUNIOR, W. A. . OLAP - On Line Analytical Processing. In: VII Semana da Informática - CONIC, 2002, Ribeirão Preto. Anais de Pesquisa da Universidade de Ribeirão Preto, 2002.

2.
ZAGO, M. A. ; SILVA JUNIOR, W. A. ; SILVA, I. T. ; CUNHA, M. A. V. ; PINHEIRO, D. G. ; PEREIRA, G. S. P. ; SCAFFO, M. H. . A Comparison of the Human Bone Marrow Transcriptome in Acute and in Chronic Leukemias. In: 7th Consgress of the European Haematology Association, 2002, Florença. Proceedings CEHA, 2002.

3.
PEREIRA, G. S. P.; SILVA JUNIOR, W. A. . Anotação do Transcriptoma de Leucemia Baseada em Domínios Protéicos. In: 3º CONIC - Congresso de Iniciaçao Cientifica de Ribeirao Preto, 2002, Ribeirao Preto. Anais de Pesquisa da Universidade de Ribeirao Preto. Ribeirao Preto, 2002. p. 1-103.

4.
PEREIRA, G. S. P.; FOCOSI JUNIOR, R. ; SILVA JUNIOR, W. A. . Gene Classification - Ontologia para a Classificação Funcional de Produtos Gênicos. In: 3º CONIC - Congresso de Iniciaçao Cientifica de Ribeirao Preto, 2002, Ribeirao Preto. Anais de Pesquisa da Universidade de Ribeirao Preto. Ribeirao Preto, 2002. p. 1-103.

5.
SILVA JUNIOR, W. A. ; MAIA, G. B. ; ULIANA, R. M. ; MARCONDES FILHO, A. A. ; SILVA, I. T. ; PEREIRA, G. S. P. ; SOUZA, R. M. ; SILVA, R. S. ; KIKUGAVA, K. ; ANGELINI, I. S. ; Ungaro A.O. ; Silva M.C.R.O. ; ZAGO, M. A. . Object Oriented Perl EST Pipeline. In: Brazilian International Genome Conference, 2001, Angra dos Reis. THE BIG CONFERENCE, 2001.

6.
PEREIRA, G. S. P.; KIKUGAVA, K. ; MARCONDES FILHO, A. A. ; SILVA, I. T. ; ULIANA, R. M. ; MAIA, G. B. ; SILVA JUNIOR, W. A. . Determinação da Função Genética Através da Comparação com Domiínios de Proteínas. In: An. Inic. Cient. Pesqui da Univ. Ribeirão Preto 1, 2000, Ribeirão Preto. Anais de Pesquisa da Universidade de ribeirão Preto. Ribeirão Preto: UNAERP - Júnior, 2000. v. 1. p. 93-93.


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
PEREIRA, G. S. P.. Class.pl. 2004.

2.
PEREIRA, G. S. P.. Banco de Currículo de Docentes. 2004.

3.
PEREIRA, G. S. P.. Site do Curso de Aplicações Médicas da Genética Molecular. 2004.

4.
PEREIRA, G. S. P.. Cancer/Testis (CT) Gene Database. 2004.

5.
PEREIRA, G. S. P.. Project GENEX. 2003.

6.
PEREIRA, G. S. P.. Site da Disciplina de Genética para os Cursos de Fisioterapia e Terapia Ocupacional. 2003.

7.
PEREIRA, G. S. P.. Site da Disciplina de Genética Humana. 2003.

8.
PEREIRA, G. S. P.. Site da Disciplina de Genética Médica para o curso de Medicina. 2003.

9.
PEREIRA, G. S. P.. GeneClass. 2002.

10.
PEREIRA, G. S. P.. searchpfam. 2001.

11.
PEREIRA, G. S. P.. searchHMM. 2001.

12.
PEREIRA, G. S. P.. searchestscan. 2001.

13.
PEREIRA, G. S. P.. sixframes. 2001.

14.
PEREIRA, G. S. P.; FOCOSI JUNIOR, R. . searchSymbol. 2001.

15.
PEREIRA, G. S. P.; FOCOSI JUNIOR, R. . searchTerm. 2001.

16.
PEREIRA, G. S. P.. searchKeyword. 2001.


Demais tipos de produção técnica
1.
PEREIRA, G. S. P.; PINHEIRO, D. G. ; Chiromatzo AO ; BRANDAO, R. M. ; SILVA, I. T. ; Oliveira TY ; Brandão R.M. . V Curso de Verão em Bioinformática. 2009. .

2.
PEREIRA, G. S. P.; Pinheiro D.G. ; SILVA, I. T. ; Chiromatzo AO ; Oliveira TY ; BRANDAO, R. M. . V Curso de Verão em Bioinformática. 2009. .

3.
PEREIRA, G. S. P.; Brandão R.M. ; PINHEIRO, D. G. ; Oliveira TY ; Silva I.T. ; Chiromatzo AO . III Curso de Verão emBioinformática. 2007. .

4.
PEREIRA, G. S. P.; BRANDAO, R. M. ; Pinheiro D.G. ; Silva I.T. ; Chiromatzo AO ; Oliveira TY . III Curso de Verão em Bionformática. 2007. .

5.
PEREIRA, G. S. P.. Aconselhamento Genético do Câncer. 2005. .

6.
PEREIRA, G. S. P.; ZAGO, M. A. ; SILVA JUNIOR, W. A. ; FOCOSI JUNIOR, R. . Aconselhamento Genético do Câncer. 2005. .

7.
PEREIRA, G. S. P.. Introdução à Biologia Computacional. 2003. .

8.
PEREIRA, G. S. P.; FOCOSI JUNIOR, R. ; SILVA, Israel T. da ; Pinheiro D.G. ; Silva W.A. Jr ; VALTAS, M. A. . Introdução à Biologia Computacional. 2003. .



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Extensão Universitária na modalidade de difusão: Verão em Bioinformática.Introdução à bioinformática e Biologia computacional III - Ferramentas de Bioinformática. 2007. (Outra).

2.
Técnica de Apresentação. 2006. (Outra).

3.
IV São Paulo Research Conference Cancer today from Molecular Biology to treatment. Identification of expressed sequence tags representing putative human micro-RNA transcripts. 2005. (Congresso).

4.
Workshop Aconselhamento Genético do Câncer. 2005. (Outra).

5.
X-meeting I International Conference of the AB3C. Gene Class Expression: analysis tool of Gene Ontology terms with gene expression data. 2005. (Congresso).

6.
IV Feira de Profissões da Universidade de São Paulo.Curso de Informática Biomédica da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo. 2004. (Encontro).

7.
Workshop de Ontologias. 2004. (Outra).

8.
ICoBiCoBi 1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2003. (Congresso).

9.
eXtreme Programming. 2002. (Outra).

10.
Brasilian International Genome Conference. Gene Ontology. 2001. (Congresso).

11.
I Congresso Internacional de Guerra Espiritual e Libertação. 2000. (Congresso).

12.
I Encontro de Iniciação Científica e Pesquisa da Universidade de Ribeirão Preto.Determinação da função genética através da comparação com domínios de proteínas. 2000. (Encontro).

13.
Semana de Turismo, administração e Comércio Exterior. 2000. (Seminário).




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