Raquel Cardoso de Melo Minardi

Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 2

  • Endereço para acessar este CV: http://lattes.cnpq.br/9274887847308980
  • Última atualização do currículo em 20/11/2018


possui doutorado em Bioinformática pela Universidade Federal de Minas Gerais (2008) e graduação em Ciência da Computação pela mesma instituição (2004). Realizou seu pós-doutorado no Comissariat à l'Energie Atomique et aux Énergies Alternatives / CEA na França (2008/2009). Atualmente é Professora Classe D Nível 1 (antigo Associado 1) da Universidade Federal de Minas Gerais no Departamento de Ciência da Computação. Atua como docente permanente no Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação (nível 7 da CAPES) e no Programa de Pós-Graduação em Bioinformática (nível 7 da CAPES). Seus principais interesses de pesquisa são em Bioinformática e Biologia Computacional e em Visualização de Dados. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Raquel Cardoso de Melo Minardi
Nome em citações bibliográficas
MELO, R. C.;MELO-MINARDI, R. C.;MINARDI, R. C. M.;Melo-Minardi, Raquel;DE MELO-MINARDI, R.C.;DE MELO-MINARDI, R. C.;DE MELO-MINARDI, R.;DE MELO-MINARDI, RAQUEL;MELO-MINARDI, RAQUEL CARDOSO DE;DE MELO-MINARDI, RAQUEL C;MELO-MINARDI, RAQUEL C.;DE MELO-MINARDI, RAQUEL C.

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Federal de Minas Gerais, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação.
Av. Antônio Carlos, 6.627 - Prédio do ICEx - Anexo U - Sala 7340
Pampulha
31270010 - Belo Horizonte, MG - Brasil
Telefone: (31) 34095860
Ramal: 5886
Fax: (31) 34095860
URL da Homepage: www.dcc.ufmg.br/~raquelcm


Formação acadêmica/titulação


2004 - 2008
Doutorado em Bioinformática.
Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
Título: Classificação Estrutural de Famílias de Proteínas com Base em Mapas de Contatos, Ano de obtenção: 2008.
Orientador: Marcelo Matos Santoro.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Classificação; Bioinformática Estrutural; Proteínas; Contatos; Mapas de Contatos.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Mineração de Dados.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Processamento Gráfico (Graphics).
2000 - 2004
Graduação em Ciência da Computação.
Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
Título: Uma Ferramenta para Mineração de Padrões Seqüenciais Fechados para Aplicação no Problema do Enovelamento Proteico.
Orientador: Wagner Meira Jr..
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
1997 - 1999
Curso técnico/profissionalizante em Informática Industrial.
Centro Federal de Educação Tecnológica de Minas Gerais, CEFET/MG, Brasil.


Pós-doutorado


2008 - 2009
Pós-Doutorado.
Comissáriat à l'Énergie Atomique et aux Énergies Alternatives / CEA, CEA, França.
Bolsista do(a): European Comission, EC, França.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Biologia Computacional.


Formação Complementar


2017 - 2017
Laboratório de Criação de Materiais Didáticos para EaD. (Carga horária: 60h).
Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
2009 - 2009
Initiation à la Chemoinformatique. (Carga horária: 35h).
Université Louis Pasteur Strasbourg, ULP, França.
2008 - 2008
Français Langue Étrangère. (Carga horária: 40h).
College Franco-Britannique, CFB, França.
2005 - 2005
Extensão universitária em Curso de Verão de Bioinformática. (Carga horária: 40h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2004 - 2005
Extensão universitária em Curso Básico de Francês.
Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
2004 - 2005
Course of Advanced English.
Sociedade Brasileira de Cultura Inglesa - Belo Horizonte-MG, CA, Brasil.
2003 - 2004
First Certificate in English.
Sociedade Brasileira de Cultura Inglesa - Belo Horizonte-MG, CA, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade Federal de Ouro Preto, UFOP, Brasil.
Vínculo institucional

2011 - 2012
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Colaborador


Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
Vínculo institucional

2018 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Classe D - Associado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2010 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Classe C - Adjunto, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2010 - 2010
Vínculo: Professor voluntário, Enquadramento Funcional: Professor Voluntário, Carga horária: 4
Outras informações
Professora da disciplina "Algoritmos para Bioinformática Estrutural" no Programa de Pós-Graduação em Bioinformática.


Universidade Federal de Itajubá, UNIFEI, Brasil.
Vínculo institucional

2010 - 2010
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor de Ensino Superior - Adjunto I, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.


Comissariat a l'Energie Atomique, CEA, França.
Vínculo institucional

2008 - 2009
Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Pos-doc, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.


Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
Vínculo institucional

2004 - 2008
Vínculo: Aluna de doutorado, Enquadramento Funcional: nenhum

Atividades

08/2004 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Ciências Biológicas, .

Linhas de pesquisa
Bioinformática Estrutural
09/2003 - 07/2004
Outras atividades técnico-científicas , Instituto de Ciências Exatas, Instituto de Ciências Exatas.

Atividade realizada
Estudante pesquisadora bolsista do CNPq no laboratório e-Speed/DCC/UFMG sob orientação do Prof. Wagner Meira Jr..
08/2003 - 12/2003
Estágios , Instituto de Ciências Exatas, .

Estágio realizado
Monitoria da Disciplina Algoritmos e Estruturas de Dados III.


Linhas de pesquisa


1.
Bioinformática Estrutural


Projetos de pesquisa


2016 - Atual
ThAMES: Modelos, algoritmos e visualizações para o estudo de redes biológicas multivariadas dinâmicas
Descrição: Bioinformática é uma área essencialmente interdisciplinar e agregadora de conhecimentos da Ciência da Computação, e de diversas áreas na solução de problemas biológicos. Sob a perspectiva de Computação, existem ainda grandes demandas de novos modelos que possibilitem a geração de conhecimento útil para catalizar descobertas e invenções com potencial biotecnológico. Nossa atuação em Bioinformática consiste em trabalhar em diversos cenários biológicos que tratam de problemas em aberto na biologia ou com especial interesse biotecnológico. No presente projeto, temos um grande problema a ser estudado e uma interessante aplicação em um cenário de alta relevância biotecnológica: a engenharia de enzimas do tipo Beta-Glicosidades envolvidas na produção de biocombustíveis de segunda geração. Alguns problemas tem impedido a produção custo-eficiente desses biocombustíveis. Dentre eles, destaca-se a inibição da enzima Beta-Glicosidase por Glicose. Do ponto de vista de Bioinformática, esse projeto consiste então no estudo do impacto de mutações em proteínas para sua engenharia visando resolver o problema acima descrito. É importante destacar que a construção de enzimas mutantes com a eficiência necessária para os requisitos levantados anteriormente é um problema de grande complexidade, uma vez que uma proteína tem centenas de aminoácidos e para cada aminoácido há dezenove mutações possíveis. Dessa forma, fica evidente a necessidade de novos modelos, algoritmos e ferramentas que sejam capazes propor soluções para o problema descrito. A abordagem que aqui propomos consiste na modelagem dessas proteínas como grafos nos quais um nó pode ser um aminoácido (centenas) ou um átomo (milhares) e as arestas descrevem interações químicas entre eles. Essa seria uma rede multivariada e dinâmica, a qual pretendemos analisar através de modelos, algoritmos e visualizações que serão propostas nesse projeto e que podem ser amplamente utilizadas em outros cenários de aplicação..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (7) / Doutorado: (6) .
Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi - Coordenador / Carlos Henrique da Silveira - Integrante / Sabrina de Azevedo Silveira - Integrante / Valdete Maria Gonçalves-Almeida - Integrante / Leonardo Henrique França Lima - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Auxílio financeiro.
2015 - 2017
Novas visualizações interativas e um sistema de recomendação de visualizações
Descrição: Este projeto visa (1) a aplicação de um processo de desenvolvimento de representações visuais interativas para a base de dados do DATAVIVA; 2) o estudo e proposta de métodos de recomendação automática de visualizações no mesmo sistema e (3) o fomento a discussões sobre as visualizações do sistema com um grupo amplo de usuários e desenvolvedores..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
Bioinformática Estrutural de Proteínas: modelos, algoritmos e aplicações biotecnológicas
Descrição: Este projeto propõe-se enfrentar dois desafios biotecnológicos de grande relevância nacional. O primeiro envolve a ricina, uma potente fitotoxina encontrada na mamoneira. Co-produtos da produção do óleo de mamona podem conter quantidades letais de ricina. Além do risco de intoxicação animal e humana do bagaço, isso tem dificultado sua reutilização e reciclagem, em especial no semiárido nordestino. A ricina preocupa também pelo seu potencial uso como arma química. Portanto, há forte apelo para se encontrar meios efetivos de neutralizar, inibir e/ou detectar a ricina. O segundo envolve a modelagem de celulases multifuncionais, capazes de degradar eficientemente a lignocelulose, composto base para a produção de biocombustíveis de segunda geração, os quais têm por princípio a utilização de subprodutos de plantas que não podem ser usados na alimentação humana. Ambos desafios exigem uma abordagem multidisciplinar sinérgica entre a modelarem teórica in silico e experimental in vitro. Objetivos: 1) Prever in silico e validar in vitro ligantes de ricina 2) Simular in silico e caracterizar in vitro efeitos causados por intervenções estratégicas em beta-glicosidases modificadas. 3) Projetar, implementar e validar modelos, algoritmos e ferramentas de Quimioinformática e Bioinformática Estrutural de Proteínas que permitam dar suporte aos objetivos biotecnológicos previamente descritos. Espera-se que este projeto possa revelar novas plataformas químicas para o desenvolvimento de inibidores, kits de detecção, biossensores, neutralizadores (substratos suicidas) e outros produtos de inovação biotecnológica baseados na ricina, com potencial para alavancar o agronegócio da mamona e a indústria nacional de fármacos. Espera-se também a modelagem de celulases multifuncionais, capazes especialmente de orientar a manipulação genética de algas produtoras de $\beta$-glicosidases, com características catalíticas eficientes e de tolerância à inibição por glicose e celobiose, permitindo seu uso industrial na produção de etanol de segunda geração. Espera-se, em fim, que esses desafios possam inspirar novas metodologias matemáticas, computacionais, químicas e bioquímicas integradas, de modo a gerar artefatos biotecnológicos inovadores, bem como contribuir para a formação de profissionais com perfil multidisciplinar altamente qualificados..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (6) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (6) .
Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi - Coordenador / Carlos Henrique da Silveira - Integrante / Wagner Meira Jr. - Integrante / Douglas Eduardo Valente Pires - Integrante / François Artiguenave - Integrante / Marcos Augusto dos Santos - Integrante / Karine Bastard - Integrante / Marcel Salanoubat - Integrante / Gisele Lobo Pappa - Integrante / Valdete Maria Gonçalves-Almeida - Integrante / Sabrina Azevedo Silveira - Integrante / VALLENET, DAVID - Integrante / Thiago Ferreira Noronha - Integrante / Demetrius Antonio Machado de Araújo - Integrante / Gerd Bruno da Rocha - Integrante / Adriano Velasque Werhli - Integrante / Karina dos Santos Machado - Integrante / Luis Fernando Fernandes Marins - Integrante / David Ascher - Integrante / Tom Blundell - Integrante / Liv Soares Severino - Integrante / Luis Cesar Rodrigues - Integrante / Leonardo Ramos Emmendorfer - Integrante / Paulo Lilles Jorge Drews Jr - Integrante / Bráulio Roberto Gonçalves Marinho Couto - Integrante.
2013 - 2015
Modelos, algoritmos e visualizações para busca de padrões em redes biológicas
Descrição: O objetivo deste projeto é o desenvolvimento de modelos, algoritmos e visualizações que possibilitem a descoberta de padrões frequentes em redes biológicas, especialmente as redes de interações moleculares..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (3) .
Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi - Coordenador / Wagner Meira Jr. - Integrante / Marcelo Matos Santoro - Integrante / Douglas Eduardo Valente Pires - Integrante / Artur Oliveira Rodrigues - Integrante / Valdete Maria Gonçalves-Almeida - Integrante / Elisa Boari de Lima - Integrante / Sabrina Azevedo Silveira - Integrante / Sandro Carvalho Izidoro - Integrante / Geraldo Franciscani Jr. - Integrante / Aleksander Lada Arruda - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2013 - 2014
Computação de alto desempenho na modelagem e predição de função enzimática com base em dados estruturais
Descrição: A crescente disponibilidade de dados provenientes de projetos de sequenciamento e latente limitação das técnicas de anotação clássicas baseadas puramente na homologia de sequência, somadas a inúmeras iniciativas de genômica estrutural e ao aperfeiçoamento dos métodos de modelagem por homologia, tornam o desenvolvimento de técnicas baseadas em esrtutura para predição funcional bastante promissor. Visamos reunir especialistas em Bioinformática Estrutural de Proteínas do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG com pesquisadores do Genoscope, em especial o Dr. François Artiguenave, na busca por soluções que possam contribuir para o avanço do estado-da-arte na anotação de enzimas. O objetivo desta colaboração é desenvolver modelos, algoritmos e ferramentas que permitam subsidiar o processo de predição de função de enzimas órfãs (de função desconhecida) em genomas e metagenomas. As metas do projeto para os três anos incluem a formação de recursos humanos qualificados no Programa de Pós-Graduação em Bioinformática da UFMG, a produção de resultados de pesquisa inéditos que possam levar à criação de protótipos, os quais possam gerar tecnologias de ponta, e a disseminação de conhecimento para a comunidade científica. Este projeto é composto por três principais linhas de investigação. A primeira delas visa dar continuidade a uma iniciativa iniciada em 2009 em colaboração com o Genoscope para a modelagem de proteínas de função desconhecida de famílias de proteínas em larga escala com o uso do computação de alto desempenho. A segunda, visa utilizar informação de estruturas de sítios ativos na predição de função e a última, utilizar informações sobre a rede de contatos entre enzimas e seus ligantes em complexos de estrutura conhecida..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (2) .
Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi - Integrante / Wagner Meira Jr. - Integrante / Marcelo Matos Santoro - Coordenador / Valdete Maria Gonçalves Almeida - Integrante / François Artiguenave - Integrante / Gisele Lobo Pappa - Integrante.
2012 - 2015
Modelos, algoritmos e visualizações para descoberta de conhecimento em Bioinformática
Descrição: O objetivo deste projeto de pesquisa é o desenvolvimento de modelos, algoritmos e visualizações que auxiliem na descoberta de conhecimento em dados biológicos. Em especial, trabalharemos com o problema da predição da função de genes dos genomas e metagenomas recém-sequenciados..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2011 - 2012
Modelos e algoritmos para tratamento de informações sociais em tempo real
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2011 - 2012
ÍRIS2: Metáforas e tecnologias para visualização de dados biológicos e descoberta do conhecimento em Bioinformática
Descrição: O objetivo deste projeto é o estudo e o desenvolvimento de metáforas e tecnologias de visualização capazes de representar o volume e a alta dimensionalidade de dados de Bioinformática, evidenciando os padrões neles presentes e sua evolução, facilitando a compreensão da informação apresentada..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi - Coordenador.
2011 - 2012
Caracterização de polimorfismos genotípicos e protéicos relacionados a funcionalidade probiótica de Saccharomyces boulardii
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2010 - 2012
RedOMA: Modelos e Algoritmos para análise de Redes biológicas
Descrição: A crescente geração de dados nos Projetos Genoma e em outras iniciativas que estão gerando dados em escalas nunca antes experimentadas, juntamente com a necessidade de se produzir informação a partir dessa enorme massa de dados, vêm demandando o desenvolvimento de novos modelos e algoritmos. Essa perspectiva de aquisição de redes em número e volume ordens de magnitude maiores que as existentes demanda modelos e algoritmos eficientes que permitam a integração e análise de dados provenientes de múltiplos experimentos biológicos. Estes modelos e algoritmos devem ser capazes de lidar com dados incertos e incompletos visto que as redes refletem resultados experimentais descritos na literatura que são por natureza incompletos e imprecisos. Pretendemos propor um algoritmo para predição de ligações que possa ajudar a prever conexões que existam mas não estejam descritas na rede. Além disto, as redes biológicas estão normalmente organizadas em módulos funcionais. Apesar do grande número de algoritmos descritos para detecção de comunidades, não existem trabalhos que avaliem estes algoritmos e contrastem seus resultados às funções presentes em redes biológicas. Pretendemos propor algoritmos para detecção de módulos funcionais em redes de proteínas. Por fim, como é necessário comparar diversos sistemas biológicos estabelecendo equivalências entre os componentes de suas redes, estudaremos e desenvolveremos também algoritmos de mineração em grafos cujos objetivos principais serão o alinhamento de grafos além da busca de subgrafos conservados. Além disto, como alguns tipos de redes biológicas são dinâmicas, pretendemos estender as técnicas de mineração para a análise da variação dos modelos obtidos ao longo da evolução da rede. Com este projeto, esperamos contribuir no desenvolvimento de algoritmos, principalmente heurísticas, que sejam eficientes e eficazes no estudo destas redes biológicas assim como dos problemas em aberto inerentes a estas redes..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi - Coordenador / Wagner Meira Jr. - Integrante / Marcelo Matos Santoro - Integrante / de Melo-Minardi, R. C. - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2010 - 2012
ComBi: Modelos, Algoritmos e Heurísticas para Predição Funcional de Proteínas
Descrição: Este projeto de pesquisa divide-se em tr?es linhas. A primeira consiste na utilização de técnicas de computação natural no intuito de obter proteínas que possuam o mesmo padrão de aminoácidos funcionais de uma enzima de função desconhecida. A segunda consiste em usar métodos de aprendizagem supervisionados no estudo de complexos enzima + substratos. A última abordagem é o estudo de redes de associações entre enzimas que compartilham substratos visando a previsão da localização de uma nova enzima nesta rede, o que pode dar indícios dos possíveis substratos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (3) .
Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi - Coordenador / Carlos Henrique da Silveira - Integrante / Wagner Meira Jr. - Integrante / Marcelo Matos Santoro - Integrante / sandro izidoro - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Auxílio financeiro.
2010 - 2011
ÍRIS: Metáforas e tecnologias para visualização de dados biológicos
Descrição: O objetivo deste projeto é o estudo e o desenvolvimento de metáforas e tecnologias de visualização capazes de representar o volume e a alta dimensionalidade de dados de Bioinformática, evidenciando os padrões neles presentes e sua evolução, facilitando a compreensão da informação apresentada..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.


Projetos de extensão


2016 - Atual
NIC - Inteligência analítica aplicada ao processo de participação popular
Descrição: O objetivo do projeto é projetar, implementar e avaliar uma plataforma de inteligência analítica..
Situação: Em andamento; Natureza: Extensão.
2015 - 2016
SisPGASS - Fase 2: sistema para planejamento geral das ações e serviços de saúde
Descrição: Evolução do ProgramaSUS, sistema de apoio ao processo de planejamento e programação geral das ações e serviços de saúde..
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2015 - 2016
Projeto censo da web brasileira
Descrição: Os objetivos desse projeto são (a) coletar (quando pertinente), publicar, tratar e analisar dados da web brasileira; (b) elaborar relatórios de indicadores do Censo da Web Brasileira (.BR) a partir da coleta realizada pelo NIC.br; e (c) elaborar relatórios finais do censo junto com o NIC.br..
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2015 - 2016
InfoSAS novos alvos e novas técnicas de mineração de dados para controle da produção do SUS
Descrição: O objetivo do projeto é o controle de produção do SUS por meio de detecção automática de anomalias..
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2013 - 2014
Núcleo de Informação e Coordenação do Ponto BR - NIC.BR - Projeto censo da web
Descrição: O objetivo deste projeto é analisar dados coletados sobre a Web.br e desenvolver novas metodologias e técnicas para estimar o seu tamanho e indicadores que a caracterizam..
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2013 - 2013
Projeto spamming
Descrição: O objetivo do projeto é pesquisar, implementar e avaliar novos mecanismos e técnicas para caracterização, detecção e mitigação de mensagens indesejadas (spams)..
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2012 - 2012
Curso de curta duração em Visualização de Dados para a Secretaria do Tesouro Nacional
Descrição: O curso teve como objetivo a introdução da base teórica de visualização de dados com ênfase em técnicas de visualização tradicionais. Coordenei e fui a única docente desse curso..
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2012 - Atual
Escola de verão em computação PPGCC/DCC
Descrição: A escola de verão em Ciência da Computação do DCC é uma escola voltada para alunos de graduação e de mestrado, tendo em vista a disseminação de conhecimento, de inovação e de pesquisas acadêmicas no âmbito da Ciência da Computação..
Situação: Em andamento; Natureza: Extensão.
2011 - 2013
Curso de verão em bioinformática estrutural
Descrição: O objetivo do curso é introduzir o aluno aos principais conceitos de estrutura e função de proteínas e suas interações com outras biomoléculas, a problemas de pesquisa em bioinformática estrutural, a princípios básicos de algoritmos e estruturas de dados e ao desenvolvimento de aplicativos com acesso a bancos de dados e interfaces web..
Situação: Desativado; Natureza: Extensão.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Raquel Cardoso de Melo Minardi - Coordenador / Douglas Eduardo Valente Pires - Integrante.


Revisor de periódico


2010 - 2010
Periódico: BMC Bioinformatics
2010 - Atual
Periódico: Advances in Bioinformatics
2017 - Atual
Periódico: PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY (ONLINE)


Revisor de projeto de fomento


2013 - Atual
Agência de fomento: Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.
Francês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.


Prêmios e títulos


2017
Best student paper award, 17th International IEEE Conference on Bioinformatics and Bioengineering.
2016
3o. melhor artigo no XIII Simpósio Brasileiro de Sistemas Colaborativos (SBSC) durante o XXVI Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, Sociedade Brasileira de Computação.
2016
Distinguished Student Paper Awards at IEEE 16th International Conference on BioInformatics and BioEngineering, IEEE.
2016
Best poster award - Proteins and Proteomics, Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional.
2016
Best poster award - Software Development and Databases;, Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional.
2013
BioVis 2013 - Data Contest Biology Experts Pick, IEEE Computer Society.
2013
Co-orientação da Melhor Tese do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática 2013 e Menção Honrosa Grande Prêmio UFMG de Teses na Área de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais.
2011
1o. lugar na competição "Vizualizing evolution", Genetic and Evolutionary Computation Conference.
2009
Prêmio UFMG de Teses - Melhor Tese do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática, UFMG.
2009
Aprovação em 1o. lugar no concurso público para professor adjunto, Universidade Federal de Itajubá.
2008
Seleção entre os melhores trabalhos na Conferência Internacional na Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Outras
Total de trabalhos:61
Total de citações:9259
https://scholar.google.com.br/citations?user=FnfdiqQAAAAJ&hl=pt-BR&oi=ao  Data: 27/03/2018

Artigos completos publicados em periódicos

1.
SILVA, MARCOS F.M.2018SILVA, MARCOS F.M. ; MARTINS, PEDRO M. ; MARIANO, DIEGO C.B. ; SANTOSA, LUCIANNA HELENE ; PASTORINI, ISABELA ; PANTUZA, NAIARA ; NOBRE, CRISTIANE N. ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL C. . Proteingo: motivation, user experience, and learning of molecular interactions in biological complexes. ENTERTAINMENT COMPUTING, v. 29, p. 1-35, 2018.

2.
SOARDI, FERNANDA C.2017SOARDI, FERNANDA C. ; MACHADO-SILVA, ALICE ; LINHARES, NATÁLIA D. ; ZHENG, GE ; QU, QIANHUI ; PENA, HELOÍSA B. ; MARTINS, THAÍS M. M. ; VIEIRA, HELAINE G. S. ; PEREIRA, NÚBIA B. ; MELO-MINARDI, RAQUEL C. ; GOMES, CAROLINA C. ; GOMEZ, RICARDO S. ; GOMES, DAWIDSON A. ; Pires, Douglas E. V. ; ASCHER, DAVID B. ; YU, HONGTAO ; PENA, SÉRGIO D. J. . Familial STAG2 germline mutation defines a new human cohesinopathy. npj Genomic Medicine, v. 2, p. 1-11, 2017.

3.
FASSIO, ALEXANDRE V.2017FASSIO, ALEXANDRE V. ; MARTINS, PEDRO M. ; GUIMARÃES, SAMUEL DA S. ; JUNIOR, SÓCRATES S. A. ; RIBEIRO, VAGNER S. ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL C. ; SILVEIRA, SABRINA DE A. . Vermont: a multi-perspective visual interactive platform for mutational analysis. BMC BIOINFORMATICS, v. 18, p. 51-79, 2017.

4.
MARIANO, D.C.B.2017MARIANO, D.C.B. ; LEITE, C. ; SANTOS, L.H.S. ; MARINS, L.F. ; MACHADO, K.S. ; WERHLI, A.V. ; LIMA, L.H.F. ; DE MELO-MINARDI, R.C. . Characterization of glucose-tolerant β-glucosidases used in biofuel production under the bioinformatics perspective: a systematic review. GENETICS AND MOLECULAR RESEARCH, v. 16, p. gmr16039740, 2017.

5.
BOARI DE LIMA, ELISA2016BOARI DE LIMA, ELISA ; Meira, Wagner ; MELO-MINARDI, RAQUEL CARDOSO DE . Isofunctional Protein Subfamily Detection Using Data Integration and Spectral Clustering. PLOS Computational Biology (Online), v. 12, p. e1005001, 2016.

6.
GONALVES, W. R. S.2015GONALVES, W. R. S. ; GONALVES-ALMEIDA, V. M. ; ARRUDA, A. L. ; Meira, W. ; da Silveira, C. H. ; PIRES, D. E. V. ; DE MELO-MINARDI, R. C. . PDBest: a user-friendly platform for manipulating and enhancing protein structures. Bioinformatics (Oxford. Print), v. 1, p. 1, 2015.

7.
GONCALVES, W. R. S.2015GONCALVES, W. R. S. ; Goncalves-Almeida, V. M. ; ARRUDA, A. L. ; Meira, W. ; silveira, c. h. ; PIRES, D. E. V. ; MELO, R. C. . PDBest: a user-friendly platform for manipulating and enhancing protein structures. Bioinformatics (Oxford. Print), v. 31, p. 2849-2896, 2015.

8.
GONALVES, W. R. S.2015GONALVES, W. R. S. ; ALMEIDA, V M G ; ARRUDA, A. L. ; Meira, W. ; da Silveira, C. H. ; PIRES, D. E. V. ; MELO, R. C. . PDBest: a user-friendly platform for manipulating and enhancing protein structures. Bioinformatics (Oxford. Print), v. 31, p. btv223, 2015.

9.
SILVEIRA, S. A.2014SILVEIRA, S. A. ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL ; SILVEIRA, C. H. ; SANTORO, M. M. ; MEIRA JR., W. . ENZYMAP: Exploiting Protein Annotation for Modeling and Predicting EC Number Changes in UniProt/Swiss-Prot. Plos One, v. 9, p. e89162, 2014.

10.
IZIDORO, S. C.2014IZIDORO, S. C. ; DE MELO-MINARDI, R. C. ; PAPPA, G. L. . GASS: Identifying Enzyme Active Sites with Genetic Algorithms. Bioinformatics (Oxford. Print), v. 1, p. 1, 2014.

11.
SILVEIRA, SABRINA A2014SILVEIRA, SABRINA A ; FASSIO, ALEXANDRE V ; GONÇALVES-ALMEIDA, VALDETE M ; DE LIMA, ELISA B ; BARCELOS, YUSSIF T ; ABURJAILE, FLÁVIA F ; RODRIGUES, LAERTE M ; MEIRA JR, WAGNER ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL C . VERMONT: Visualizing mutations and their effects on protein physicochemical and topological property conservation. BMC Proceedings, v. 8, p. S4, 2014.

12.
PIRES, D. E. V.2013PIRES, D. E. V. ; DE MELO-MINARDI, R. C. ; da Silveira, C. H. ; CAMPOS, F. F. ; Meira, W. . aCSM: noise-free graph-based signatures to large-scale receptor-based ligand prediction. Bioinformatics (Oxford. Print), v. 29, p. 855-861, 2013.

13.
Bastard, Karine2013 Bastard, Karine ; SMITH, ADAM ALEXANDER THIL ; VERGNE-VAXELAIRE, CARINE ; PERRET, ALAIN ; ZAPARUCHA, ANNE ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL ; MARIAGE, ALINE ; BOUTARD, MAGALI ; DEBARD, ADRIEN ; LECHAPLAIS, CHRISTOPHE ; PELLE, CHRISTINE ; PELLOUIN, VIRGINIE ; PERCHAT, NADIA ; PETIT, JEAN-LOUIS ; Kreimeyer, Annett ; MEDIGUE, CLAUDINE ; Weissenbach, Jean ; ARTIGUENAVE, FRANÇOIS ; DE BERARDINIS, VÉRONIQUE ; VALLENET, DAVID ; Salanoubat, Marcel . Revealing the hidden functional diversity of an enzyme family. Nature Chemical Biology, v. 10, p. 42-49, 2013.

14.
PIRES, D. E. V.2013PIRES, D. E. V. ; MELO, R. C. ; DA SILVEIRA, C. H. ; Campos, Frederico F. ; MEIRA, W. . aCSM: noise-free graph-based signatures to large-scale receptor-based ligand prediction. Bioinformatics (Oxford. Print), v. 29, p. 855-861, 2013.

15.
D. E. V. Pires2013D. E. V. Pires ; MELO, R. C. ; C. H. Silveira ; F. F. Campos ; W. Meira Jr. . aCSM: noise-free graph-based signatures to large-scale receptor-based ligand prediction. Bioinformatics, v. 29, p. 855-861, 2013.

16.
Goncalves-Almeida, V. M.2012Goncalves-Almeida, V. M. ; PIRES, D. E. V. ; de Melo-Minardi, R. C. ; da Silveira, C. H. ; Meira, W. ; SANTORO, M. M. ; MELO-MINARDI, R. C. . HydroPaCe: understanding and predicting cross-inhibition in serine proteases through hydrophobic patch centroids. Bioinformatics (Oxford. Print), v. 28, p. 342-349, 2012.

17.
PIRES, D. E. V.2012PIRES, D. E. V. ; TOTTI, L. ; MOREIRA, R. ; FAZZION, E. ; FONSECA, O. ; MEIRA JR., W. ; MELO-MINARDI, R. C. ; GUEDES, D. . FPCluster: an efficient out-of-core clustering strategy without a similarity metric. Journal of Information and Data Management - JIDM, v. 3, p. 132-141, 2012.

18.
PIRES, D. E. V.2012PIRES, D. E. V. ; TOTTI, L. ; MOREIRA, R. ; FAZZION, E. C. ; FONSECA, O. ; MEIRA JR, W. ; MELO, R. C. ; GUEDES NETO, D. O. . FPCluster: An Efficient Out-of-core Clustering Strategy without a Similarity Metric. Journal of Information and Data Management - JIDM, v. 3, p. 132, 2012.

19.
Arumugam, Manimozhiyan2011 Arumugam, Manimozhiyan Raes, Jeroen Pelletier, Eric Le Paslier, Denis Yamada, Takuji Mende, Daniel R. Fernandes, Gabriel R. Tap, Julien Bruls, Thomas Batto, Jean-Michel Bertalan, Marcelo Borruel, Natalia Casellas, Francesc Fernandez, Leyden Gautier, Laurent Hansen, Torben Hattori, Masahira Hayashi, Tetsuya Kleerebezem, Michiel Kurokawa, Ken Leclerc, Marion Levenez, Florence Manichanh, Chaysavanh Nielsen, H. Bjørn Nielsen, Trine , et al.Pons, Nicolas Poulain, Julie Qin, Junjie Sicheritz-Ponten, Thomas Tims, Sebastian Torrents, David Ugarte, Edgardo Zoetendal, Erwin G. Wang, Jun Guarner, Francisco Pedersen, Oluf de Vos, Willem M. Brunak, Søren Doré, Joel Consortium, MetaHIT Melo-Minardi, Raquel ; Enterotypes of the human gut microbiome. Nature (London), p. 1-7, 2011.

20.
Pires, Douglas EV2011 Pires, Douglas EV ; de Melo-Minardi, Raquel C ; dos Santos, Marcos A ; da Silveira, Carlos H ; Santoro, Marcelo M ; Meira, Wagner ; MELO-MINARDI, R. C. . Cutoff Scanning Matrix (CSM): structural classification and function prediction by protein inter-residue distance patterns. BMC Genomics, v. 12, p. S12, 2011.

21.
Bellinzoni, M.2011Bellinzoni, M. ; BASTARD, K. ; Perret, A. ; Zaparucha, A. ; PERCHAT, N. ; Vergne, C. ; Wagner, T. ; de Melo-Minardi, R. C. ; ARTIGUENAVE, F. ; Cohen, G. N. ; Weissenbach, J. ; Salanoubat, M. ; Alzari, P. M. ; MELO-MINARDI, R. C. . 3-keto-5-aminohexanoate cleavage enzyme: a common fold for an uncommon Claisen-type condensation. The Journal of Biological Chemistry (Print), v. 286, p. 27399-27405, 2011.

22.
Qin, Junjie2010 Qin, Junjie Li, Ruiqiang Raes, Jeroen Arumugam, Manimozhiyan Burgdorf, Kristoffer Solvsten Manichanh, Chaysavanh Nielsen, Trine Pons, Nicolas Levenez, Florence Yamada, Takuji Mende, Daniel R. Li, Junhua Xu, Junming Li, Shaochuan Li, Dongfang Cao, Jianjun Wang, Bo Liang, Huiqing Zheng, Huisong Xie, Yinlong Tap, Julien Lepage, Patricia Bertalan, Marcelo Batto, Jean-Michel Hansen, Torben , et al.Le Paslier, Denis Linneberg, Allan Nielsen, H. Bjørn Pelletier, Eric Renault, Pierre Sicheritz-Ponten, Thomas Turner, Keith Zhu, Hongmei Yu, Chang Li, Shengting Jian, Min Zhou, Yan Li, Yingrui Zhang, Xiuqing Li, Songgang MELO-MINARDI, R. C. ; A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature (London), v. 464, p. 59-65, 2010.

23.
Ribeiro, Cristina2010Ribeiro, Cristina ; Togawa, Roberto C ; Neshich, Izabella AP ; Mazoni, Ivan ; Mancini, Adauto L ; MELO-MINARDI, R. C. ; da Silveira, Carlos H ; Jardine, Jose G ; Santoro, Marcelo M ; Neshich, Goran . Analysis of binding properties and specificity through identification of the interface forming residues (IFR) for serine proteases in silico docked to different inhibitors. BMC Structural Biology (Online), v. 10, p. 36, 2010.

24.
MELO-MINARDI, R. C.2010 MELO-MINARDI, R. C.; BASTARD, K. ; ARTIGUENAVE, F. . Identification of subfamily-specific sites based on active sites modeling and clustering. Bioinformatics (Oxford. Print), v. 26, p. 3075-3082, 2010.

25.
EHRLICH, D2010EHRLICH, D Antolin, M ARTIGUENAVE, F. Batto, Jean-Michel Bertalan, Marcelo Blottiere, H Borruel, N Brechot, C Bruls, T Brugdof, KS Cao, Jianjun Casellas, F Colombel, JF Doré, J Delorme, C Denarlaz, G Dervyn, R Forte, M Friss, C Guarnier, F Guchte, M Guedon, E Haimet, F Hansen, Torben Jian, Min , et al.Kaci, G Kleerebezem, M Knol, J Kristiansen, K Le Roux, K Leclerc, M Le Paslier, Denis Levenez, Florence Li, Dongfang Li, Junhua Li, Shaochuan Li, Shengting Li, Songgang Li, Yingrui Liang, Huiqing Mende, Daniel R. Maguin, E Manichanh, Chaysavanh MELO-MINARDI, R. C. Mrini, C Nielsen, H. Bjørn Nielsen, Trine Oozeer, R ; Metagenomics of the intestinal microbiota: potential applications. Gastroentérologie Clinique et Biologique, v. 34, p. S23-S28, 2010.

26.
da Silveira, Carlos H.2009da Silveira, Carlos H. ; Pires, Douglas E. V. ; Minardi, Raquel C. ; Ribeiro, Cristina ; Veloso, Caio J. M. ; Lopes, Julio C. D. ; Meira, Wagner ; Neshich, Goran ; Ramos, Carlos H. I. ; Habesch, Raul ; Santoro, Marcelo M. . Protein cutoff scanning: A comparative analysis of cutoff dependent and cutoff free methods for prospecting contacts in proteins. Proteins (Print), v. 74, p. 727-743, 2009.

27.
Gomide, Janaína2009Gomide, Janaína ; Melo-Minardi, Raquel ; Santos, Marcos Augusto dos ; Neshich, Goran ; Meira Jr., Wagner ; Lopes, Júlio César ; Santoro, Marcelo . Using linear algebra for protein structural comparison and classification. Genetics and Molecular Biology (Impresso), v. 32, p. 645-651, 2009.

28.
MELO, R. C.;MELO-MINARDI, R. C.;MINARDI, R. C. M.;Melo-Minardi, Raquel;DE MELO-MINARDI, R.C.;DE MELO-MINARDI, R. C.;DE MELO-MINARDI, R.;DE MELO-MINARDI, RAQUEL;MELO-MINARDI, RAQUEL CARDOSO DE;DE MELO-MINARDI, RAQUEL C;MELO-MINARDI, RAQUEL C.;DE MELO-MINARDI, RAQUEL C.2007MELO, R. C.; RIBEIRO, C. ; MURRAY, C. S. ; VELOSO, C. J. M. ; SILVEIRA, C. H. ; NESHICH, G. ; MEIRA JR., W. ; CARCERONI, R. L. ; SANTORO, M. M. . Finding protein-protein interaction patterns by contact map matching. Genetics and Molecular Research, v. 6, p. 1-10, 2007.

29.
VELOSO, C. J. M.2007VELOSO, C. J. M. ; SILVEIRA, C. H. ; MELO, R. C. ; RIBEIRO, C. ; LOPES, J. C. D. ; SANTORO, M. M. ; MEIRA JR., W. . On the characterization of energy networks of proteins. Genetics and Molecular Research, v. 6, p. 799-820, 2007.

30.
MELO, R. C.;MELO-MINARDI, R. C.;MINARDI, R. C. M.;Melo-Minardi, Raquel;DE MELO-MINARDI, R.C.;DE MELO-MINARDI, R. C.;DE MELO-MINARDI, R.;DE MELO-MINARDI, RAQUEL;MELO-MINARDI, RAQUEL CARDOSO DE;DE MELO-MINARDI, RAQUEL C;MELO-MINARDI, RAQUEL C.;DE MELO-MINARDI, RAQUEL C.2006MELO, R. C.; LOPES, C. E. R. ; FERNANDES JR., F. A. ; SILVEIRA, C. H. ; SANTORO, M. M. ; CARCERONI, R. L. ; MEIRA JR., W. ; ARAUJO, A. A. . A contact map matching approach to protein structure similarity analysis. Genetics and Molecular Research, v. 5, p. 284-308, 2006.

31.
NESHICH, G.2006NESHICH, G. ; MAZONI, I. ; OLIVEIRA, S. R. M. ; YAMAGUSHI, M. E. B. ; KUSER-FALCAO, P. R. ; BORRO, L. C. ; MORITA, D. U. ; SOUZA, K. R. R. ; ALMEIDA, G. V. ; MELO, R. C. . Star STING server: a multiplatform environment for protein structure analysis. Genetics and Molecular Research, v. 5, p. 717-722, 2006.

32.
PRADO, T. A. K. L.2003PRADO, T. A. K. L. ; MEIRA JR., W. ; SANTORO, M. M. ; CARVALHO, M. B. ; CARCERONI, R. L. ; SILVEIRA, C. H. ; MELO, R. C. ; FONSECA, J. A. . Using structural signatures for identifying globins: the intrasubunit electrostatics interactions. Revista Tecnologia da Informação, v. 3, p. 115-118, 2003.

Livros publicados/organizados ou edições
1.
MARIANO, D. C. B. ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL C. . Introdução à Programação Web para Bioinformática: HTML, CSS, PHP & JavaScript. 1. ed. , 2017. 410p .

2.
MARIANO, D. C. B. ; DE MELO-MINARDI, R. C. . Introdução à Programação para Bioinformática com Perl. 1. ed. North Charleston, SC (EUA): CreateSpace Independent Publishing Platform, 2016.

3.
MARIANO, D. C. B. ; BARROSO, J. R. P. M. ; CORREIA, T. S. ; DE MELO-MINARDI, R. C. . Introdução à Programação para Bioinformática com Biopython. 1. ed. North Charleston, SC (EUA): CreateSpace Independent Publishing Platform, 2015.

Capítulos de livros publicados
1.
MELO-MINARDI, R. C.. Visualização de dados usando Processing. Primeira Escola de. 1ed.Belo Horizonte: Instituto de Ciências Exatas, UFMG, 2012, v. 1, p. 55-88.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
FASSIO, A. V. ; SANTANA, C. A. ; CERQUEIRA, F. R. ; SILVEIRA, C. H. ; ROMANELLI, J. P. R. ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL C. ; SILVEIRA, S. A. . visGReMLIN: an interactive strategy to visualize common subgraphs in protein-ligand interaction. In: International Work Conference on Bioinformatics and Biomedical Enginnering, 2018, Granada. In Proceedings of the International Work Conference on Bioinformatics and Biomedical Enginnering, 2018.

2.
FASSIO, ALEXANDRE V ; MARTINS, P. M. ; GUIMARAES, S. ; ARAUJO JUNIOR, S. ; RIBEIRO, V. ; DE MELO-MINARDI, R.C. ; SILVEIRA, SABRINA A . Vermont: multi perspective visual interactive platform for mutational analysis. In: IEEE Biological Data Visualization (BioVis), 2017, Praga. Proceedings of the IEEE Biological Data Visualization (BioVis), 2017.

3.
FRANCISCANI JR., G. ; BERNARDINA, P. D. ; BOAVENTURA, M. ; SANTOS, R. L. T. ; MEIRA JR., W. ; DE MELO-MINARDI, R.C. . Experimental Evaluation of Crowdsourcing on the Characterization of Data Visualization Techniques. In: Brazilian Conference on Intelligent Systems, 2017, Uberlândia. Proceedings of the Brazilian Conference on Intelligent Systems, 2017.

4.
MEDINA, S. ; FASSIO, A. V. ; SILVEIRA, S. A. ; SILVEIRA, C. H. ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL C. . CALI: a novel visual model for frequent pattern mining in protein-ligand-graphs. In: 17th International IEEE Conference on Bioinformatics and Bioengineering, 2017, Herndon. Proceedings of the 17th International IEEE Conference on Bioinformatics and Bioengineering, 2017.

5.
SEN, S. ; RIBEIRO, M. H. ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL C ; MEIRA JR., W. ; NYGÅRD, M. . Portinari: a data exploration tool to personalize cervical cancer screening. In: 39th International Conference on Software Engineering: Software Engineering in Society Track, 2017, Buenos Aires. Proceedings of the 39th International Conference on Software Engineering: Software Engineering in Society Track, 2017.

6.
MARTINS, P. M. ; MAYRINK, V. ; SILVEIRA, S. A. ; SILVEIRA, C. H. ; LIMA, L. H. F. ; MELO, R. C. . How to more accurately compute protein residue contacts?. In: ACM Symposium on Applied Computing - TRACK ON BIOINFORMATICS (BIO), 2017, Pau. Proceedings of the ACM Symposium on Applied Computing - TRACK ON BIOINFORMATICS (BIO), 2018.

7.
CONSTANTINO, K. ; FIGUEIREDO, E. M. L. ; DE MELO-MINARDI, R. C. ; CARNEIRO, G. F. . Multiple view interactive environment to analyze software product line tools. In: Simpósio Brasileiro de Sistemas de Informação, 2016, Florianópolis. Anais do Simpósio Brasileiro de Sistemas de Informação, 2016.

8.
VILLELA, M. L. B. ; FERREIRA, L. S. ; BARROS, D. A. F. ; PRATES, R. O. ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL . PryMeVis: Uma ferramenta para Modelagem de Design de Privacidade. In: Simpósio Brasileiro de Sistemas Colaborativos, 2016, Porto Alegre. Anais do Simpósio Brasileiro de Sistemas Colaborativos, 2016.

9.
ARAUJO, M. ; NASCIMENTO, I. ; RAFAEL, G. C. ; MELO-MINARDI, R. C. ; BENEVENUTO, F. . Assinatura emocional de autores em obras literárias. In: 22o. Simpósio Brasileiro de Multimídia e Web (WebMedia), 2016, Teresina. Anais do 22o. Simpósio Brasileiro de Multimídia e Web (WebMedia), 2016.

10.
SANTANA, C. A. ; CERQUEIRA, F. R. ; SILVEIRA, C. H. ; FASSIO, ALEXANDRE V ; DE MELO-MINARDI, R. C. ; SILVEIRA, S. A. . GReMLIN: a graph mining strategy to infer protein-ligand interaction patterns. In: IEEE 16th International Conference on BioInformatics and BioEngineering, 2016, Taichung. Proceedings of the IEEE 16th International Conference on BioInformatics and BioEngineering, 2016.

11.
SILVEIRA, S. A. ; FASSIO, A. V. ; SILVEIRA, C. H. ; MELO-MINARDI, R. C. . Revealing protein-ligand interaction patterns through frequent subgraph mining. In: The 2015 International Conference on Bioinformatics & Computational Biology, 2015, Lasd Vegas. The Proceedings of the 2015 International Conference on Bioinformatics & Computational Biology, 2015.

12.
FRANCISCANI JR., G. ; SANTOS, R. L. T. ; OTTONI, R. ; PESCE, J. P. ; MEIRA JR., W. ; DE MELO-MINARDI, R.C. . An annotation process for data visualization techniques. In: DATA ANALYTICS 2014, The Third International Conference on Data Analytics, 2014, Roma. Proceedins of the Third International Conference on Data Analytics, 2014.

13.
FASSIO, A. V. ; SILVEIRA, S. A. ; DE MELO-MINARDI, R.C. . Visual and interactive strategies to reveal patterns of protein-ligand interactions. In: ISCB-LA X-Meeting 2014, 2014, Belo Horizonte. Anais do ISCB-LA X-Meeting 2014, 2014.

14.
MAGALHAES, T. R. ; DEWAN, P. ; KUMARAGURU, P. ; MELO-MINARDI, R. C. ; ALMEIDA, V. . uTrack: Track Yourself! Monitoring Information on Online Social Media. In: International World Wide Web Conference, 2013, Rio De Janeiro. Proceedings of the 2nd International World Wide Web Conference, 2013.

15.
RODRIGUES, A. O. ; MEIRA JR., W. ; MELO-MINARDI, R. C. . Como nos Sentimos: Uma Ferramenta de Mineração Visual de Sentimentos no Twitter. In: II Brazilian Workshop on Social Network Analysis and Mining, 2013, Maceió. Proceedings of the II Brazilian Workshop on Social Network Analysis and Mining, 2013.

16.
MELO-MINARDI, R. C.; DIGIAMPIETRI, L. A. ; VAZ DE MELO, P. O. S. ; FRANCISCANI JR., G. ; OLIVEIRA, L. B. . Caracterização dos programas de pós-graduação em Bioinformática no Brasil. In: II Brazilian Workshop on Social Network Analysis and Mining, 2013, Maceió. proceedings of the II Brazilian Workshop on Social Network Analysis and Mining, 2013.

17.
SILVEIRA, S. A. ; GONCALVES-ALMEIDA, V. M. ; BARCELOS, Y. ; LIMA, E. B. ; ABURJAILE, F. ; RODRIGUES, L. M. ; MEIRA JR., W. ; MELO-MINARDI, R. C. . VERMONT: Visualizing mutations and their effects on protein physicochemical and topological property conservation. In: IEEE Symposium on Biological Data Visualization, 2013, Atlanta. Proceedins of the 3rd IEEE Symposium on Biological Data Visualization, 2013.

18.
SARAIVA, L. A. ; SILVA, R. C. ; CAMPS, I. ; MELO-MINARDI, R. C. ; VELOSO, M. P. . Docking studies of a new series of analgesic and anti-inflamatory compounds (NSAIDs) with cyclooxigenases. In: International Society for Computational Bioogy - Latin America 2012 Conference on Bioinformatics, 2012, Santiago. Proceedings of the ISCB Latin America 2012, 2012.

19.
SILVEIRA, S. A. ; RODRIGUES, A. O. ; SILVEIRA, C. H. ; MELO-MINARDI, R. C. ; MEIRA JR., W. . ADVISe: Visualizing the dynamics of enzyme annotations in UniProt/SwissProt. In: IEEE Symposium on Biological Data Visualization, 2012, Seattle. Proceedings of the 2nd IEEE Symposium on Biological Data Visualization, 2012.

20.
E.B. de Lima ; MELO-MINARDI, R. C. ; M. Zaki ; Meira Jr., Wagner . Data integration via constrained clustering: an application to enzyme clustering. In: Eleventh SIAM International Conference on Data Mining, 2011, Phoenix/Mesa. Proceedings of the Eleventh SIAM International Conference on Data Mining, 2011.

21.
MELO-MINARDI, R. C.; BASTARD, K. ; ARTIGUENAVE, F. . High performance computing for protein sequence modelling. In: Congresso da Sociedade Brasileira de Computação - e-Science, 2011, Natal. Anais do e-Science, 2011.

22.
MINARDI, R. C. M.; ARTIGUENAVE, F. ; NESHICH, G. . Large scale protein function prediction tools. In: Colloque d?Informatique: Brésil / INRIA, Coopérations, Avancées et Défis, 2009, Bento Gonçalves. Anais do Colóquio em Informática: Brasil / INRIA, Cooperações, Avanços e Desafios, 2009.

23.
MELO, R. C.; GOMIDE, J. S. ; DIAS, P. S. ; MEIRA JR., W. ; SANTORO, M. M. . Mining structural signatures of proteins. In: III Workshop de Algoritmos e Aplicações em Mineração de Dados, 2007, João Pessoa. Anais do III Workshop de ALgoritmos e Aplicações em Mineração de Dados, 2007.

24.
AIOFFI, W. M. ; MATEUS, G. R. ; ALMEIDA, J. M. ; MELO, R. C. . Dynamic content placement for mobile content distribution networks. In: 9th International Workshop on Web Content Caching and Distribution, 2004, Beijing. Web Content Caching and Distribution : 9th International Workshop, 2004.

25.
MELO, R. C.; LOPES, C. E. R. ; FERNANDES JR., F. A. ; SILVEIRA, C. H. ; SANTORO, M. M. ; CARCERONI, R. L. ; MEIRA JR., W. ; ARAUJO, A. A. . A contact map matching approach to protein structure similarity analysis. In: II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis. Proceedings of the II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004.

26.
FERNANDES JR., F. A. ; LOPES, C. E. R. ; MELO, R. C. ; SANTORO, M. M. ; CARCERONI, R. L. ; MEIRA JR., W. ; ARAUJO, A. A. ; SILVEIRA, C. H. . An image-matching approach to protein similarity analysis. In: XVII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing, 2004, Curitiba. Proceedings of the XVII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing, 2004.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
PIRES, D. E. V. ; TOTTI, L. ; MOREIRA, R. ; FAZZION, E. ; FONSECA, O. ; MEIRA JR., W. ; MELO-MINARDI, R. C. ; GUEDES, D. . Uma estratégia out-of-core de agrupamento eficiente sem medida de similaridade. In: Simpósio Brasileiro de Bancos de Dados (SBBD), 2011, Florianópolis. Anais do Simpósio Brasileiro de Bancos de Dados, 2011.

2.
DALIP, D.H ; SANTOS, R.L. ; OLIVEIRA, D.R.R. ; AMARAL, V.F. ; GONÇALVES, M.A. ; PRATES, R.O. ; MELO-MINARDI, R. C. ; ALMEIDA, J. M. . A tool to support users´ assessment of the quality of wikipedia articles. In: ACM/IEEE Joint Conference on Digital Libraries, 2011, Ottawa. Proceedings of the ACM/IEEE Joint Conference on Digital Libraries, 2011.

3.
PRADO, T. A. K. L. ; MEIRA JR., W. ; SANTORO, M. M. ; CARVALHO, M. B. ; CARCERONI, R. L. ; SILVEIRA, C. H. ; MELO, R. C. ; FONSECA, J. A. . Using structural signatures for identifying globins: the intra-subunit electrostatics interactions. In: II Brazilian Workshop on Bioinformatics, 2003, Macaé. Proceedings of the II Brazilian Workshop on Bioinformatics, 2003.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
BARROS, D. A. F. ; PRATES, R. O. ; DE MELO-MINARDI, R. C. . Uma investigação sobre as técnicas de visualização de informação quantitativas e qualitativas. In: XIII Simpósio Brasileiro Sobre Fatores Humanos em Sistemas Computacionais, 2014, Foz do Iguaçu. Anais do XIII Simpósio Brasileiro Sobre Fatores Humanos em Sistemas Computacionais, 2014.

2.
BARCELOS, Y. ; LEITE, L. R. ; ABURJAILE, F. ; OLIVEIRA, S. T. ; MELO-MINARDI, R. C. . Combining traditional and high-density visualizations in a dashboard to network health monitoring. In: IEEE Visual Analytics Science and Technology, 2012, Seattle. Proceedings of the IEEE Symposium on Visual Analytics Science and Technology, 2012.

3.
M. Bellinzoni ; A. Zaparucha ; A. Perret ; Vergne, Carine ; Bastard, Karine ; Berardinis, Veronique ; MELO-MINARDI, R. C. ; Wagner, Tristan ; Kreimeyer, Annett ; ARTIGUENAVE, F. ; Weissenbach, Jean ; Cohen, Georges N. ; Salanoubat, Marcel ; Alzari, Pedro M. . 3-keto-5-aminohexanoate cleavage enzyme: a common fold for an uncommon reaction. In: EMBO Conference Series: Catalytic mechanisms by biological systems: Catalytic mechanisms by biological systems at the interface between chemistry and biology, 2010, Hamburg. EMBO Conference Series: Catalytic mechanisms by biological systems: Catalytic mechanisms by biological systems at the interface between chemistry and biology, 2010.

4.
GOMIDE, J. S. ; MELO, R. C. ; MEIRA JR., W. ; SANTORO, M. M. . Measuring protein structure similarity using the Levenshtein distance. In: BIOMAT, 2008, Campos do Jordao. BIOMAT, 2008.

5.
ALMEIDA, V. M. G. ; SILVEIRA, S. A. ; CREPALDE, M. A. ; SANTOS, M. A. ; MELO, R. C. ; SILVEIRA, C. H. ; LOPES, J. C. D. ; SANTORO, M. M. . Using singular value decomposition and latent semactic indexing to search structural signatures in subtilase protein family. In: BIOMAT, 2008, Campos do Jordao. BIOMAT, 2008.

6.
Melo-Minardi, Raquel; GOMIDE, J. S. ; SILVEIRA, C. H. ; NESHICH, G. ; LOPES, J. C. D. ; MEIRA JR., W. ; SANTORO, M. M. . Protein family structural classification based on intra-chain contacts. In: X-Meeting 2008 (Quarto Encontro da Associação Brasileira de Bioinfiormática e Biologia Computacional), 2008, Fortaleza. Anais do X-Meeting 2008 (Quarto Encontro da Associação Brasileira de Bioinfiormática e Biologia Computacional), 2008.

7.
MELO, R. C.; GOMIDE, J. S. ; MEIRA JR., W. ; LOPES, J. C. D. ; NESHICH, G. ; SANTORO, M. M. . Mining structural signatures in proteins using intrachain interactions. In: X-Meeting 2007 (Terceiro Encontro da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional), 2007, São Paulo. Anais do AB3C 3rd International Conference, 2007.

8.
GOMIDE, J. S. ; DIAS, P. S. ; MELO, R. C. ; SANTOS, M. A. ; SANTORO, M. M. ; MEIRA JR., W. . Using principal component analysis to classify protein structures. In: AB3C 3rd International Conference, 2007, São Paulo. Anais do AB3C 3rd International Conference, 2007.

9.
MELO, R. C.; MAZONI, I. ; NESHICH, G. ; SANTORO, M. M. ; MEIRA JR., W. . Contacts and the key elements for comparing two protein structures. In: X-Meeting 2006 (Segundo Encontro da Associação Brasileira de Bioinfiormática e Biologia Computacional), 2006, Fortaleza. Anais do Segundo Encontro da Associação Brasileira de Bioinfiormática e Biologia Computacional, 2006.

10.
MELO, R. C.; MAZONI, I. ; NESHICH, G. ; SANTORO, M. M. ; MEIRA JR., W. . Protein topology comparison based on contact maps. In: X-Meeting 2006 (Segundo Encontro da Associação Brasileira de Bioinfiormática e Biologia Computacional), 2006, Fortaleza. Anais do Segundo Encontro da Associação Brasileira de Bioinfiormática e Biologia Computacional, 2006.

11.
MELO, R. C.; MURRAY, C. S. ; ALVIM JR., M. S. F. ; SILVEIRA, C. H. ; CARCERONI, R. L. ; MEIRA JR., W. ; SANTORO, M. M. . Predicting globin folding pathways using and unfolding heuristic. In: X-Meeting 2005 (Primeiro Encontro da Associação Brasileira de Bioinfiormática e Biologia Computacional), 2005, Caxambú. Anais do Primeiro Encontro da Associação Brasileira de Bioinfiormática e Biologia Computacional, 2005.

Apresentações de Trabalho
1.
DE MELO-MINARDI, R.C.. Data visualization. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
MELO-MINARDI, R. C.; ARTIGUENAVE, F. . Prédiction de patterns de site actifs de protéines pour la découverte de nouvelles activités enzymatiques. 2009. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

3.
MELO, R. C. . Introdução à Bioinformática. 2006. (Apresentação de Trabalho/Outra).

4.
FERNANDES JR., F. A. ; LOPES, C. E. R. ; MELO, R. C. ; SANTORO, M. M. ; CARCERONI, R. L. ; MEIRA JR., W. ; ARAUJO, A. A. ; SILVEIRA, C. H. . An Image-Mathcing Approach to Protein Similarity Analysis. 2004. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

5.
FERNANDES JR., F. A. ; LOPES, C. E. R. ; MELO, R. C. ; SILVEIRA, C. H. ; SANTORO, M. M. ; CARCERONI, R. L. ; MEIRA JR., W. ; ARAUJO, A. A. . A Contact Map Matching Approch to Protein Similaryty Analysis. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

6.
MELO, R. C. . A contact map matching approach to protein structure similarity analysis. 2004. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

Outras produções bibliográficas
1.
DALIP, D.H ; SANTOS, R.L. ; OLIVEIRA, D.R.R. ; AMARAL, V.F. ; GONÇALVES, M.A. ; PRATES, R.O. ; MELO-MINARDI, R. C. ; ALMEIDA, J. M. . GreenWiki - A Tool to Support Users' Assessment of the Quality of Wikipedia Articles 2011 (Poster aceito).

2.
MELO-MINARDI, R. C.; ARTIGUENAVE, F. . Homology modelling based protein functional residues prediction 2009 (Poster aceito).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
NESHICH, G. ; MAZONI, I. ; OLIVEIRA, S. R. M. ; YAMAGUSHI, M. E. B. ; KUSER-FALCAO, P. R. ; BORRO, L. C. ; MORITA, D. U. ; SOUZA, K. R. R. ; ALMEIDA, G. V. ; MELO, R. C. . STING. 2006.


Demais tipos de produção técnica
1.
MARIANO, D. C. B. ; LEITE, C. ; SANTOS, L. H. ; ROCHA, R. ; DE MELO-MINARDI, RAQUEL C. . A guide to performing systematic literature reviews in bioinformatics. 2017. (Relatório de pesquisa).

2.
MELO-MINARDI, R. C.; PIRES, D. E. V. ; SANTORO, M. M. ; MEIRA JR., W. . I Curso de Verão em Bioinformática Estrutural. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).



Patentes e registros



Programa de computador
1.
DE MELO-MINARDI, R. C.; SANTOS, W. R. ; GONCALVES-ALMEIDA, V. M. ; SILVEIRA, C. H. ; PIRES, D. E. V. ; ARRUDA, A. L. ; Meira Jr., Wagner . PDBEST - PDB ENHANCED STRUCTURES TOOKIT. 2014.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: 512014001080-5, data de registro: 09/09/2014, título: "PDBEST - PDB ENHANCED STRUCTURES TOOKIT" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
CERF, L. P. G.; MARTINS, J. P. A.; DE MELO-MINARDI, RAQUEL C.; ASSUNCAO, R. M.. Participação em banca de João Vítor Soares Tenório. Uma nova amostragem de descritores para predição de atividade biológica. 2018. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais.

2.
NOBRE, C. N.; GALVEZ, L. E. Z.; DE MELO-MINARDI, RAQUEL C.; SONG, M. A. J.. Participação em banca de Luis Henrique Santos Brito. Uma abordagem para predição de função de proteína com enriquecimento de características utilizando support vector machine. 2017. Dissertação (Mestrado em Informática) - Pontifícia Universidade Católica de Minas Gerais.

3.
DE MELO-MINARDI, R. C.; BILLA, C.; MACHADO, K. S.. Participação em banca de Vinícius Rosa Seus. Cat-p-Data - Uma ferramenta para a manipulação de dados proteicos. 2016. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande.

4.
BLEICHER, L.; FERREIRA, R. S.; DE MELO-MINARDI, R. C.; ORTEGA, J. M.. Participação em banca de Lucas Carijo de Oliveira. Efeitos de atribuição de pesos a sequências sobre as frequências de aminoácidos em alinhamentos múltiplos de sequências. 2016. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

5.
MELO-MINARDI, R. C.; GONCALVES-ALMEIDA, V. M.; VILELA, L. F. F.; BLEICHER, L.. Participação em banca de Wellisson Rodrigo Santos Gonçalves. PDBEST - Uma ferramenta de processamento paralelo para aquisição, manipulação, edição e filtragem de arquivos do Protein Data Bank (PDB). 2015. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

6.
MELO-MINARDI, R. C.; FERREIRA, R. S.; GONCALVES-ALMEIDA, V. M.. Participação em banca de Alexandre Victor Fassio. nAPOLI: Uma ferramenta web para análise de interações proteína-ligante. 2015. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

7.
MELO-MINARDI, R. C.; PRATES, R.O.; MACHADO, A.C.; BARBOSA, S. D. J.. Participação em banca de Diego Augusto de Faria Barros. UTIL: Uma taxonomia unificada para visualização de informação. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais.

8.
FIGUEIREDO, E. M. L.; DE MELO-MINARDI, R.; CARNEIRO, G. F.; VALENTE, M. T. O.. Participação em banca de Kattiana Fernandes Constantino. Software product line tools: visualization of experimental data. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais.

9.
ALBERTI, L. R.; MASSIMO, E. A. L.; DE MELO-MINARDI, R.C.. Participação em banca de Aline Lopes Coelho. Desenvolvimento de software para redução da subjetividade na análise de úlceras por pressão e comparação com o método tradicional de análise utilizando régua. 2015. Dissertação (Mestrado em Medicina - Biomedicina) - Instituto de Ensino e Pesquisa da Santa Casa de Belo Horizonte.

10.
PRATES, R. O.; DUARTE, A. B. S.; DE MELO-MINARDI, R. C.; BARBOSA, S. D. J.. Participação em banca de Júnio Soares Dias. ApplicSIM - Um sistema de apoio à aplicação do método de inspeção semiótica. 2014. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais.

11.
MELO-MINARDI, R. C.; MEIRA JR., W.; SANTOS, R. L. T.; MACHADO, A.C.; FREITAS, C. M. D. S.. Participação em banca de Geraldo Ribeiro Franciscani Júnior. Uma abordagem colaborativa para organização de técnicas de visualização de dados. 2014. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Teses de doutorado
1.
SANTOS, E. M. T.; GOUVEIA, M. H.; DE MELO-MINARDI, R. C.; LOVATO, M. B.; COIMBRA, R. S.; VIEIRA, V. F.. Participação em banca de Thiago Peixoto Leal. Desenvolvimento de ferramentas computacionais para estudos de associação em escala genômica. 2018. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

2.
TARAZONA-SANTOS, E. M.; GODARD, A. L. B.; BORTOLINI, M. C.; DE MELO-MINARDI, R.; CARVALHO, B. S.. Participação em banca de Gilderlânio Santana de Araújo. Network-based methods for analyzing the genetics of human complex networks. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

3.
FERREIRA, R. S.; BLEICHER, L.; DORN, M.; LIMA, L. H. F.; PIRES, D. E. V.; DE MELO-MINARDI, RAQUEL C.. Participação em banca de Laerte Mateus Rodrigues. MUTAGRAPH: Ferramenta para predição da alteração na afinidade de complexos protéicos utilizando graph kernel e métricas de redes complexas. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

4.
ASSUNCAO, R. M.; PRATES, M. O.; MAYRINK, V.; COSTA, M. A.; DE MELO-MINARDI, RAQUEL C.; SILVA, I. R.. Participação em banca de Luis Gustavo Silva e Silva. COWORDS: A probabilistic model for text visualization. 2017. Tese (Doutorado em Estatística) - Universidade Federal de Minas Gerais.

5.
PAPPA, G.L.; DE MELO-MINARDI, R. C.; SILVEIRA, C. H.; DARDENNE, L. E.; BLEICHER, L.; FERREIRA, R. S.. Participação em banca de Sandro Carvalho Izidoro. Algoritmos genéticos para identificação de sítios ativos em enzimas. 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

6.
VILELA, L. F. F.; MOLINA, F.; DE MELO-MINARDI, R.; MEIRA JR., W.; ARNI, R. K.; LEMKE, N.. Participação em banca de Benjamin Thomas Viart. Computational design of peptide ligands on antibody-antigen interface properties. 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

7.
LOPES, J. C. D.; DE MELO-MINARDI, R.C.; BRANDAO, T. A. S.; TARANTO, A. G.; CORREA, C. M.. Participação em banca de Fábio Mendes dos Santos. Uso de fingerprints de farmacóforos potenciais para a comparação de sítios protéicos e de ligantes ativos. 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

8.
SILVEIRA, C. H.; DE MELO-MINARDI, R. C.; BLEICHER, L.; SANTOS, M. A.; SILVA, J. M. S.; GONCALVES-ALMEIDA, V. M.. Participação em banca de Nilma Rodrigues Alves. Mapeamento de correspondências hidrofóbicas em complexos serino peptidases e inibidores proteicos através da varredura de agrupamento espectral. 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

9.
MACEDO, A. M.; BARTHOLOMEU, D. C.; PEDROSA, A. L.; LOBO, F. P.; MELO-MINARDI, R. C.; KUHN, G.. Participação em banca de Rodrigo de Paula Baptista. Aplicação de abordagens bioinformáticas no estudo da estrutura populacional de Trypanosoma cruzi. 2014. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

10.
SILVA JUNIOR, F. P.; CAVALCANTI, M. C. R.; MELO-MINARDI, R. C.; CAFFARENA, E. R.; MAGALHAES, C. S.. Participação em banca de Rodrigo Jardim Monteiro da Fonseca. Estudo de reposicionamento de fármacos para doenças negligenciadas causadas por protozoários através da integração de bases de dados biológicas usando Web Semântica. 2013. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

11.
ORTEGA, J. M.; BARTHOLOMEU, D. C.; MELO-MINARDI, R. C.; OLIVEIRA, G. C.. Participação em banca de Rafael Lucas Muniz Guedes. Desenvolvimento das ferramentas SeedServer, para agrupamento de sequências protéicas homólogas e U-MAGE, para propagação de ontologia funcional. 2013. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

12.
Santos, A.R.; Lopes, J.C.D.; Dias-Neto, E.; Azevedo Júnior, W.F.; MELO-MINARDI, R. C.; Tarazona, E.M.; Santoro, M.M.. Participação em banca de Sérgiio Amorim de Alencar. Utilização de ferramentas computacionais para o estudo do impacto funcional e estrutural de SNPs em genes codiificadores de proteínas. 2010. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Qualificações de Doutorado
1.
DE MELO-MINARDI, RAQUEL C.; MENDES, T. A. O.; ALMEIDA, V. M. G.. Participação em banca de Milene Barbosa Carvalho. Estratégia de análise para a definição de padrões que caracterizam as interações antígeno-anticorpo. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

2.
GOES NETO, A.; ORTEGA, J. M.; DE MELO-MINARDI, R. C.; LOBO, F. P.. Participação em banca de Alberto Fernandes de Oliveira Junior. Bioinformatics approaches at search of pathogenic and non-pathogenic species characterization from genus Corynebacterium and evolutionary evaluation of C. pseudotuberculosis species. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

3.
DE MELO-MINARDI, R.C.; CINO, E. A.; GARCIA, M. E. L. P.. Participação em banca de João Ronaldo Clemente Fernandes. modelagem de interação de toxina com cana de sódio. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

4.
DE MELO-MINARDI, R.C.; GOES NETO, A.; BLEICHER, L.. Participação em banca de Ricardo Assunção Vialle. Plataforma de computação remota e aplicação em determinação de sequência ancestral e análise comparativa de estrutura de proteínas de diferentes clados. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

5.
BENEVENUTO, F.; DE MELO-MINARDI, R. C.; GODARD, A. L. B.. Participação em banca de Gilderlanio Santana de Araújo. Network-based methods for analysing the genetics of complex human diseases. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

6.
ASSUNCAO, R. M.; ORGAMBIDE, A. C. F.; PRATES, M. O.; MELO-MINARDI, R. C.. Participação em banca de Luis Gustavo Silva e Silva. Dynamic word clouds: a probabilistic model for text data visualization. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Estatística) - Universidade Federal de Minas Gerais.

7.
VILELA, L. F. F.; BLEICHER, L.; MELO-MINARDI, R. C.. Participação em banca de Alberto Fernandes de Oliveira Junior. Modelagem molecular de fosfolipase D (Esfingomielinase) de Corynebacterium pseudotuberculosis (CpEMaseD). 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

8.
COIMBRA, R. S.; BLEICHER, L.; MELO-MINARDI, R. C.. Participação em banca de Rita Silvério de Magalhães Machado. Predição de alvos drogáveis em patógenos humanos. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

9.
SANTORO, M. M.; MELO-MINARDI, R. C.; BLEICHER, L.. Participação em banca de Rodrigo Bentes Kato. Refinamento de parâmetros do campo de força para ácidos nucléicos usando algoritmo genético baseado em cálculo quântico. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

10.
FRANCO, G.R.; ORTEGA, J. M.; MELO-MINARDI, R. C.; VILELA, L. F. F.. Participação em banca de Vinicius Augusto Carvalho de Abreu. Transferência da rede de regulação gênica através de conservação evolutiva entre múltiplas espécies. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

11.
FRANCO, G.R.; MELO-MINARDI, R. C.; ORTEGA, J. M.. Participação em banca de Raony Guimarães Corrêa do Carmo Lisboa. Estudo e desenvolvimento de métodos e ferramentas de análise genômica aplicados à medicina personalizada. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

12.
SANTORO, M. M.; BARTHOLOMEU, D. C.; MELO-MINARDI, R. C.. Participação em banca de Benjamin Thomas Viart. Computational design of mimetic paratope based on antibody-antigen interface properties. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

13.
MELO-MINARDI, R. C.; NAHUM, L. A.; PEDROSA, A. L.. Participação em banca de Rodrigo de Paula Baptista. Desenvolvimento de novas abordagens experimentais e computacionais para análise da estrutura populacionl e previsão de clusterização de T. cruzi. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

14.
MELO-MINARDI, R. C.; ORTEGA, J. M.; BLEICHER, L.. Participação em banca de Sandro Renato Dias. Proposição de mutações sítio dirigidas com base em interações observadas em proteínas de estrutura conhecida. 2011. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

15.
MELO-MINARDI, R. C.; FRANCO, G.R.; Ruiz, J.C.. Participação em banca de Rondon Pessoa de Mendonça Neto. Análises de genoma e do transcriptoma do Trypanosoma Cruzi: identificação de elementos regulatórios e sequências relacionadas na virulência entre as cepas. 2011. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

16.
ORTEGA, J. M.; Rodrigues, M.R.; MELO-MINARDI, R. C.. Participação em banca de Sabrina Azevedo Silveira. Análise da dinâmica dos atributos de anotação de enzimas no uniprot. 2011. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

17.
MELO-MINARDI, R. C.. Participação em banca de Henrique de Assis Lopes Ribeiro. Desenvolvimento de um serviço de análise de sequências utilizando PSI-Blast. 2011. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

18.
ORTEGA, J. M.; MELO-MINARDI, R. C.; Siqueira, C.L.M.. Participação em banca de Ângelo Bruno Nunes de Oliveira. Desenvolvimento de metodologia baseada em assinatura estrutural para determinação de interfaces Proteína-Proteína. 2011. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

19.
Bartholomeu, D.C.; MELO-MINARDI, R. C.. Participação em banca de Henrique Velloso Ferreira Melo. Análise da ancestralidade de genes e vias metabólicas por meio de ferramentas Bioinformáticas e Web Services. 2011. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
SILVEIRA, C. H.; SERAPHIM, E.; SILVA, F.; MELO-MINARDI, R. C.; MORO, M. M.. Concurso público para professor adjunto na UNIFEI. 2011. Universidade Federal de Itajubá.

2.
FIGUEIREDO, C. C.; MELO-MINARDI, R. C.; Pereira, D.A.. Concurso Público para professor adjunto na UFVJM. 2010. Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri - Campus JK.

Outras participações
1.
FRANCO, G.R.; SANTORO, M. M.; MELO-MINARDI, R. C.. Banca de seleção para Doutorado do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática. 2013. Universidade Federal de Minas Gerais.

2.
FRANCO, G.R.; ORTEGA, J. M.; SANTORO, M. M.; MELO-MINARDI, R. C.. Banca Examinadora de Indicação de Melhor Tese Defendida em 2012. 2013. Universidade Federal de Minas Gerais.

3.
ORTEGA, J. M.; MELO-MINARDI, R. C.; SANTORO, M. M.. Banca de seleção para Doutorado do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática. 2012. Universidade Federal de Minas Gerais.

4.
MELO-MINARDI, R. C.; SANTORO, M. M.; MARQUES, J. T.. Banca de seleção para Doutorado do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática. 2012. Universidade Federal de Minas Gerais.

5.
MELO-MINARDI, R. C.; SANTOS, E. M. T.; SANTORO, M. M.. Banca de seleção para Doutorado do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática. 2012. Universidade Federal de Minas Gerais.

6.
CARVALHO, V. A.; ORTEGA, J. M.; Tarazona, E.M.; MELO-MINARDI, R. C.. Banca de seleção para Doutorado do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática. 2011. Universidade Federal de Minas Gerais.

7.
CARVALHO, V. A.; ORTEGA, J. M.; Tarazona, E.M.; MELO-MINARDI, R. C.. Banca de seleção para Doutorado do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática. 2011. Universidade Federal de Minas Gerais.

8.
ORTEGA, J. M.; Trindade, J.; MELO-MINARDI, R. C.. Banca de seleção para Doutorado do Programa de Pós-Graduação em Bioinformática. 2011. Universidade Federal de Minas Gerais.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Curso de Verão de Bioinformática.Curso de Verão de Bioinformática. 2018. (Seminário).

2.
Curso de Verão de Bioinformática.Problemas compitacionais em bioinformática. 2017. (Seminário).

3.
Escola de Verão em Computação.Cursos sobre bioinformática e visualização de dados. 2017. (Outra).

4.
Escola de Verão em Computação.Cursos sobre bioinformática e visualização de dados. 2016. (Outra).

5.
I Brazilian Student Council Symposium (da International Society for Computational Biology - Regional Student Group).Palestra sobre bioinformática. 2016. (Simpósio).

6.
Inteligent Systems for Molecular Biology. 2016. (Congresso).

7.
Semana da Matemática Computacional.Palestra sobra bioinformática e biologia computacional. 2016. (Seminário).

8.
X-Meeting. 2016. (Congresso).

9.
Escola de Verão em Computação.Cursos sobre bioinformática e visualização de dados. 2015. (Outra).

10.
International Conference on Bioinformatics & Computational Biology. Revealing protein-ligand interaction patterns through frequent subgraph mining. 2015. (Congresso).

11.
Congresso Brasileiro de Engenharia Biomédica. Problemas de pesquisa em biologia estrutural computacional. 2014. (Congresso).

12.
X-Meeting. Visual and interactive strategies to reveal patterns of protein-ligand interactions. 2014. (Congresso).

13.
Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia.Methods for contact computation in protein structures. 2013. (Simpósio).

14.
Escola de Verão em Computação.Cursos sobre bioinformática e visualização de dados. 2013. (Outra).

15.
II Encontro Nacional de Dados Abertos.Painel sobre visualização de dados. 2013. (Encontro).

16.
IEEE Visual Analytics Science and Technology. Combining traditional and high-density visualizations in a dashboard to network health monitoring. 2012. (Congresso).

17.
SWIB (Simpósios SBSC, WebMedia, IHC e SBBD. 2010. (Simpósio).

18.
X-Meeting 2010. Sessão Técnica - Biologia Estrutural. 2010. (Congresso).

19.
Grands Challenges - GENCI - CCRT.Modélization a haut débit de struture 3D de protéines : prediction de sites actifs. 2009. (Encontro).

20.
Intelligent Systems for Molecular Biology. preencher. 2009. (Congresso).

21.
MetaHIT Meeting.Functional Analysis of Metagenes Predicted from Human Gut Microbioma Metagenomics Reads. 2009. (Encontro).

22.
1st Meeting of the International Human Microbiome Consortium. 2008. (Encontro).

23.
X-Meeting 2007 (Terceiro Encontro da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional). Mining Structural Signatures in Proteins Using Intrachain Interactions. 2007. (Congresso).

24.
Intelligent Systems for Molecular Biology. 2006. (Congresso).

25.
X-Meeting 2006 (Segundo Encontro da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional). 2006. (Congresso).

26.
X-Meeting 2005 (Primeiro Encontro da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional). Predicting Globin Folding Pathways Using an Unfolding Heuristic. 2005. (Congresso).

27.
II International Conference on Bioioformatics and Computational Biology. A Contact Map Matching Approach to Protein Structure Similarity Analysis. 2004. (Congresso).

28.
XVII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing.An Image-Matching Approach to Protein Similarity Analysis. 2004. (Simpósio).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
ORTEGA, J. M. ; MELO, R. C. . X-Meeting. 2005. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Pedro Henrique Nascimento Dalla Bernardina. A definir. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais. (Orientador).

2.
Naiara de Almeida Pantuza. A definir. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

3.
Daniel Carlos de Brito Viana. A definir. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

4.
Lucas Pereira Monteiro. A definir. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais. (Orientador).

5.
Geraldo Ribeiro Franciscani Júnior. A definir. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais. (Orientador).

6.
Maria Luísa Costa Pinto. A definir. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais. (Orientador).

7.
Larissa Fernandes Leijôto. A definir. Início: 2015. Dissertação (Mestrado profissional em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Diego César Batista Mariano. A definir. Início: 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

2.
Wellisson Rodrigo Santos Gonçalves. A definir. Início: 2013. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais. (Orientador).

3.
Pedro Magalhães Martins. A definir. Início: 2013. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

4.
Alexandre Victor Fassio. A definir. Início: 2013. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
José Renato Pereira de Moura Barroso. Proteus: Modelos, algoritmos e uma plataforma para suporte a engenharia de proteínas com base em informações de contatos e sua vizinhança. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

2.
Marcos Felipe Martins Silva. Gaming and data mining in the learning and evaluation of contacts in biological complexes. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

3.
Francisco de Assis Sobrinho. Classificação funcional de proteínas utilizando assinaturas estruturais extraídas dos ângulos torsionais da cadeia polipeptídica. 2016. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

4.
Susana Medina Gordillo. CALI: a novel model for visual mining of biological relevant patterns in protein-ligand graphs. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais, . Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

5.
Wellisson Rodrigo dos Santos Gonçalves. PDBEST - Uma ferramenta de processamento paralelo para aquisição, manipulação, edição e filtragem de arquivos do Protein Data Bank (PDB). 2015. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, . Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

6.
Diego Augusto de Faria Barros. UTIL: Uma taxonomia unificada para visualização de informação. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

7.
Pedro Magalhães Martins. CAPRI: Uma base de dados para análise comparativa de paradigmas para a prospecção de contatos em interfaces proteína-proteína. 2015. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

8.
Alexandre Victor Fassio. nAPOLI: Uma ferramenta web para análise de interações proteína-ligante. 2015. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

9.
Geraldo Ribeiro Franciscani Júnior. Uma abordagem colaborativa para organização de técnicas de visualização de dados. 2014. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais, . Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

10.
Elisa Boari de Lima. Utilizando agrupamento com restrições e agrupamento espectral para integração de dados de Enzimas. 2011. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

Tese de doutorado
1.
Laerte Mateus Rodrigues. MutaGraph: Ferramenta para predição da alteração na afinidade de complexos proteicos utilizando graph kernel e métricas de redes complexas. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

2.
João Arthur Gadelha Campelo. Um estudo sobre o uso da linearidade geométrica da cadeia principal como uma assinatura estrutural mais conservada que o empacotamento de resíduos. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

3.
Sandro Carvalho Izidoro. Algoritmos genéticos para identificação de sítios ativos em enzimas. 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, . Coorientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

4.
Elisa Boari de Lima. Detecção de subfamília proteínas isofuncionais utilizando integração de dados e agrupamento espectral. 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

5.
Douglas Eduardo Valente Pires. CSM: uma assinatura para grafos biológicos baseada em padrões de distâncias. 2012. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

6.
Valdete Maria Gonçalves de Almeida. HydroPaCe: uma metodologia para análise de inibição cruzada em serino proteases através de centróides de regiões hidrofóbicas. 2011. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Lucianna Helene dos Santos. 2017. Universidade Federal de Minas Gerais, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Raquel Cardoso de Melo Minardi.

2.
Coorientação de Sabrina Azevedo Silveira. 2014. Universidade Federal de Minas Gerais, . Raquel Cardoso de Melo Minardi.

3.
Coorientação de Valdete Maria Gonçalves Almeida. 2012. Universidade Federal de Minas Gerais, . Raquel Cardoso de Melo Minardi.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Coorientação da aluna Valéria de Freitas Amaral. Visualização da Informação sobre Aspectos da Comunicação em Espaços Digitais de Interação Social. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais. Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

2.
Coorientação de Janaina Sant'Anna Gomide. Geração e Análise de Mapas de Contatos Dinâmicos em Proteínas. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais. Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

3.
Coorientação de Mário Sérgio Ferreira Alvim Jr.. Uma Ferramenta Para Alinhamento Estrutural de Proteínas Através de Mapas de Contatos. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais. Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

4.
Coorientação de Bernardo Fiqueiredo Domingues. Utilização de técnicas de mineração de dados em bioinformática: estudo de correlações entre propriedades de aminoácidos e a flexibilidade de proteínas. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais. Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

Iniciação científica
1.
Aleksander Luiz Lada Arruda. PDBest: PDB enhaced structure toolkit, uma implementação em QT. 2012. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

2.
Solange Teixeira Oliveira. Estudando o problema da recomendação automática de visualizações de dados. 2012. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

3.
Leandro Andrade Couto Fonseca. Um modelo de programação linear para busca de sítios ativos homólogos. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia Elétrica) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

4.
Coorientação de Janaína Sant'Anna Gomide. Classificação Estrutural de Proteínas com Base em Contatos Intramoleculares Através de SVD e PCA. 2007. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

5.
Coorientação de Carlos Salvador Murray. Implementação de Algoritmos de Casamento de Imagens em C para Comparação Estrutural de Proteínas. 2005. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.

6.
Coorientação de Fernando Antônio Fernandes Júnior. Análise Estrutural de Proteínas Através de Técnicas de Comparação de Imagens. 2004. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Minas Gerais. Orientador: Raquel Cardoso de Melo Minardi.



Inovação



Programa de computador registrado
1.
DE MELO-MINARDI, R. C.; SANTOS, W. R. ; GONCALVES-ALMEIDA, V. M. ; SILVEIRA, C. H. ; PIRES, D. E. V. ; ARRUDA, A. L. ; Meira Jr., Wagner . PDBEST - PDB ENHANCED STRUCTURES TOOKIT. 2014.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: 512014001080-5, data de registro: 09/09/2014, título: "PDBEST - PDB ENHANCED STRUCTURES TOOKIT" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.


Projetos de pesquisa

Projeto de extensão



Página gerada pelo Sistema Currículo Lattes em 20/01/2019 às 22:25:20