Ronaldo Fumio Hashimoto

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  • Última atualização do currículo em 20/09/2018


Possui graduação em Bacharelado Em Física pela Universidade de São Paulo (1988), mestrado em Ciências da Computação pela Universidade de São Paulo (1994) e doutorado em Ciências da Computação pela Universidade de São Paulo (2000). Atualmente é bolsista de produtividade do Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico e professor Livre-Docente (Associado 2) da Universidade de São Paulo. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Processamento Gráfico (Graphics), atuando principalmente nos seguintes temas: gene regulatory network, boolean networks, genetic network, probabilistic boolean network e mathematical morphology. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Ronaldo Fumio Hashimoto
Nome em citações bibliográficas
HASHIMOTO, R. F.;Hashimoto, Ronaldo F;HASHIMOTO, RONALDO F.;HASHIMOTO, RONALDO FUMIO;FUMIO HASHIMOTO, RONALDO

Endereço


Endereço Profissional
Universidade de São Paulo, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.
Rua do Matão 1010 - Sala 220 - CCSL
Cidade Universitária
05508090 - São Paulo, SP - Brasil
Telefone: (11) 30916495
Fax: (11) 30916134
URL da Homepage: http://www.ime.usp.br/~ronaldo


Formação acadêmica/titulação


1994 - 2000
Doutorado em Ciências da Computação.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Mudança de Estrutura de Representação de Operadores em Morfologia Matemática, Ano de obtenção: 2000.
Orientador: Prof Dr. Junior Barrera.
Palavras-chave: Base Sequential Decomposition W-operators.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
1989 - 1994
Mestrado em Ciências da Computação.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Circuitos Pares e Ímpares em Grafos e Digrafos,Ano de Obtenção: 1994.
Orientador: Profa Dra. Yoshiko Wakabayashi.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: Circuito Paridade Grafos Digrafos.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
1985 - 1988
Graduação em Bacharelado Em Física.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
1981 - 1984
Curso técnico/profissionalizante em Técnico Em Eletrotécnica.
Escola Técnica Federal de São Paulo, ETFSP, Brasil.


Pós-doutorado e Livre-docência


2010
Livre-docência.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Tópicos em Processamento de Imagens, Aprendizagem Computacional e Bioinformática, Ano de obtenção: 2010.
Palavras-chave: Mathematical Morphology; Probabilistic Boolean Network; Boolean Networks; Sequential Decomposition; Straight Line Segments.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Processamento Gráfico (Graphics).
2001 - 2003
Pós-Doutorado.
Texas A M University, TAMU, Estados Unidos.
Bolsista do(a): National Institutes of Health, NIH, Estados Unidos.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra


Atuação Profissional



Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

2012 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Associado 2, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2010 - 2012
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Professor Associado 1, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2000 - 2010
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Professor Doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

1994 - 2000
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Assistente (Mestre), Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

1990 - 1994
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Auxiliar de Ensino, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

12/2011 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, .

Cargo ou função
Membro Titular da Comissão de Pós-Graduação do Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática da USP.
04/2011 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, .

Cargo ou função
Membro Titular do Conselho do Departamento de Ciência da Computação.
11/2010 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, .

Cargo ou função
Membro Titular na Comissão Coordenadora do Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação.
01/2009 - Atual
Ensino, Ciências de Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Estrutura de Dados (2010)
Introdução à Computação (2009-2013)
Álgebra Booleana e Aplicações (2011, 2012)
08/2005 - Atual
Ensino, Bioinformática, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Reconhecimento de Padrões I (2005, 2009, 2012)
10/2004 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.

Cargo ou função
Membro da Comissão de Horários do Departamento de Ciência da Computação.
03/2003 - Atual
Ensino, Ciencia da Computacao, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bases da Morfologia Matemática para Análise de Imagens (2007)
Reconhecimento de Padrões I (2005, 2009, 2012)
Seminários em Ciência da Computação (2006, 2007)
Tópicos em Ciência da Computação (2006, 2007)
Visão e Processamento de Imagens - Parte I (2003, 2006, 2007)
Introdução a Redes Booleanas Probabilísticas (2009, 2011, 2013)
3/1990 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Matemática e Estatística, Departamento de Ciência da Computação.

03/1990 - Atual
Ensino, Bacharelado em Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Álgebra Booleana e Aplicações (2008)
Bases da Morfologia Matemática para Análise de Imagens (2007)
Estrutura de Dados (1995, 2000)
Introdução à Computação (1990-94, 1996-99, 2000, 2003-04,2006-08)
Princípios de Desenvolvimento de Algoritmos (1990, 1991)
Sistemas de Programação - Montador (1995, 1998, 2000)
Visão e Processamento de Imagens (2003,2005-06)
12/2009 - 12/2011
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Matemática e Estatística, .

Cargo ou função
Membro Suplente da Comissão de Pós-Graduação do Programa Interunidades de Pós-Graduação em Bioinformática da USP.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Vínculo institucional

2003 - Atual
Vínculo: Bolsa de Produtividade, Enquadramento Funcional: Bolsa de Produtividade
Outras informações
Bolsa de Produtividade em Pesquisa Nível 2

Atividades

03/2005 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Bolsa de Produtividade, .
03/2003 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Bolsa de Produtividade, .

Cargo ou função
Consultor Ad Hoc.
03/2003 - 02/2005
Pesquisa e desenvolvimento , Bolsa de Produtividade, .



Linhas de pesquisa


1.
Processamento de Imagens
2.
Reconhecimento de Padrões
3.
Morfologia Matemática
4.
Bioinformática
5.
Redes Booleanas Probabilísticas
6.
Redes Booleanas
7.
Bioinformática
8.
Morfologia Matemática


Projetos de pesquisa


2016 - Atual
Armazenagem, Modelagem e Análise de Sistemas Dinâmicos para Aplicações
Descrição: A surpreendente e rápida evolução da tecnologia deu origem a uma nova era de descoberta de conhecimento científico. Essa nova era da ciência, conhecida como e-Science é descrita como uma nova ciência computacional e composta por uma equipe multidisciplinar que exige novas metodologias para o armazenamento, modelagem e análise de dados. Em particular, o desenvolvimento de sistemas de software transacionais e analíticos para aplicações e-Science visto como sistemas dinâmicos apresenta novos desafios computacionais. Entre eles, destacam-se os desafios dos processos de descoberta de conhecimento científico que, na maioria das vezes, envolvem mudanças frequentes de requisitos para armazenagem, modelagem e análise de dados. A necessidade de abordar sistemas dinâmicos científicos para tratar complexas aplicações de e-Science despertou a comunidade científica para a necessidade de sistemas de software robustos e evolutivos para atender a esses novos desafios. Sistema dinâmico é um arcabouço matemático clássico para representar fenômenos que evoluem no tempo e que são de grande interesse na ciência. Neste projeto, nosso principal objetivo é desenvolver modelos computacionais e metodologias para apoiar as aplicações e-Science. Nossa pesquisa fundamental cobre três principais áreas: armazenagem, modelagem e análise de sistemas dinâmicos. Essas áreas de pesquisa são importantes e relevantes para o Programa e-Science FAPESP já que muitos dos desafios atuais de e-Science estão relacionadas ao tratamento adequado dos sistemas dinâmicos. Assim, pretendemos desenvolver e aplicar metodologias computacionais que irão facilitar o desenvolvimento de aplicações e-Science contribuindo assim para a melhoria do conhecimento científico mundial, respeitando as restrições legais e éticas na gestão de dados..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
Redes Gênicas Modeladas como Redes Booleanas Sensíveis a Contexto
Descrição: As reações químicas que resultam na expressão de genes no nível molecular são complexas e ainda não são totalmente compreendidas. Um aspecto importante deste fenômeno é a interação entre os genes. Sabe-se que os genes enviam, recebem e processam informações formando uma complexa rede de comunicação, mas a arquitetura e dinâmica destas redes não são completamente conhecidas, mesmo para os organismos mais simples. Em particular, em redes de regulação gênica, é muito plausível assumir a existência de genes mestres que tenham um amplo poder de regulação sobre outros genes escravos. Neste sentido, uma pequena mudança na expressão destes genes pode levar a uma mudança significativa no comportamento da célula. Dessa forma, os genes mestres podem servir como potenciais alvos terapêuticos. Um outro conceito similar, mas ao mesmo tempo diferente, é o de genes canalizadores. Estes genes têm o poder de restringir, ou canalizar, um sistema a certos estados biológicos. Em especial, estamos interessados em genes canalizadores que em condições normais do sistema não controlam seus escravos, mas que em determinadas situações cruciais do sistema, têm um amplo poder de regulação sobre outros genes de forma que sua ação varre uma larga faixa de processos biológicos. Este tipo de canalização é necessário em muitos sistemas biológicos complexos como uma proteção de efeitos de alterações aleatórias. Feitas estas considerações, este projeto de pesquisa visa estudar os seguintes problemas: (i) inferência de redes Booleanas sensíveis a contexto que seja estáveis a partir de dados biológicos; (ii) busca de genes que sejam impactantes na estabilidade de redes; (iii) modelagem do ciclo celular da levedura usando redes Booleanas sensíveis a contexto; (iv) modelagem de genes mestres em redes Booleanas sensíveis a contexto; (v) modelagem de genes canalizadores em redes Booleanas sensíveis a contexto. A identificação e modelagem de genes mestres e canalizadores, bem como a forma eles atuam e quais genes são por eles controlados, além de inferir redes estáveis, podem ter como consequência um grande impacto na área de saúde pública, tanto no diagnóstico como no tratamento de doenças (como o câncer, por exemplo) que afetam milhares de pessoas. Acreditamos que esta pesquisa é um passo para esta direção..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Ulisses Braga-Neto - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / David C Martins - Integrante / Evaldo A. de Oliveira - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 1 / Número de orientações: 2
2013 - Atual
NAP-USP - NUSCEP Núcleo de Pesquisa em Sinalização Celular na Interação Patógeno-Hospedeiro
Descrição: O estudo da biologia de parasitas, vírus e príons e de sua interação com o hospedeiro é fundamental para o desenvolvimento de novas estratégias que resultem em avanços nas áreas da saúde pública, agricultura e economia. Embora atualmente ocorra um crescente progresso na elucidação de mecanismos pelos quais os patógenos desenvolvem-se, nosso completo entendimento sobre as bases moleculares e celulares do processo de patogenicidade ainda é escasso. Portanto, o objetivo de se formar o NUSCEP é promover a integração de esforços em três abordagens: 1) caracterização das vias de sinalização e validação de sua relevância no ciclo infeccioso de patógenos a fim de identificar novas estratégias de controle; 2) investigação dos mecanismos pelos quais a resposta imune é modulada pelo patógeno; 3) uso da bioinformática para integração funcional de redes de sinalização dos processos biológicos. A proposta engloba pesquisadores de diferentes áreas, tais como, bioquímica, biologia celular e molecular, imunologia e bioinformática. A integração dessas áreas em torno de questões relevantes aos diversos aspectos da patogenicidade é chave na identificação dos componentes envolvidos em vias de sinalização que regulam interação e desenvolvimento dos patógenos. Nesse sentido nossas pesquisas incluirão estudos com Plasmodium falciparum e Plasmodium vivax, agentes etiológicos da malária humana, HPV, vírus responsável pela progressão do câncer de colo uterino em 99% dos casos relatados e príon, que desempenha papel crucial em encefalopatias espongiformes transmissíveis. Outro aspecto abordado incluirá a modulação da resposta imune na infecção. Tendo-se em vista a complexidade dos problemas, o uso de modelos computacionais será uma ferramenta complementar importante na integração e formação de redes de sinalização. Portanto, o apoio ao NUSCEP trará enormes frutos na formação de recursos humanos, geração de novas ideias e integração de áreas distintas, porém complementares..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2011 - 2016
Temático-Pronex: Modelos e métodos de e-Science para ciências da vida e agrárias
Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados, mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa - eScience - que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo "dilúvio de dados". Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadas questões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperalidade permeiam todo o projeto..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2011 - 2013
Integração de Dados na Biologia Sistêmica: Caracterização de Fenômenos Biológicos a partir de Informações Estruturais e Funcionais
Descrição: The purpose of this project is to develop a modeling that allows: a) analysis of gene expressions and GRNs inference; b) generation of techniques for integration of biological data with the intention of characterization and identification of the biological process; c) integration between the functional analysis and structural analysis. In this sense, it is expected in this project the development of a software environment for the integration of several biological data sources in different levels, allowing to investigate the relationship between biological network structure and its biological function..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) .
Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante / David C Martins - Integrante / Helena P. Brentani Samaia - Integrante / Fabrício Martins Lopes - Integrante / Marie-Anne Van Sluys - Integrante / Sérgio Nery Simões - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 1
2008 - 2012
Predição Intrinsecamente Multivariada e Redes Booleanas Probabilísticas Contextuais
Descrição: As reações químicas que resultam na expressão de genes no nível molecular são complexas e ainda não são totalmente compreendidas. Um aspecto importante deste fenômeno é a interação entre os genes. Sabe-se que os genes enviam, recebem e processam informações formando uma complexa rede de comunicação. Em particular, em algumas rede de comunicação, é conhecido o fato de existirem genes mestres que têm um amplo poder de regulação sobre outros genes escravos. A existência desses genes mestres que podem restringir, ou canalizar, um sistema a certos estados biológicos particulares foi originalmente proposta por Conrad Waddington em 1942. Tais genes mestres são chamados de genes canalizadores. Como é de se esperar, a análise de um sistema complexo e altamente integrado para identificar tais genes canalizadores a partir de amostras de dados biológicos tais como microarrays é uma tarefa bastante difícil. Recentemente, em um trabalho desenvolvido a partir de observações de genes canalizadores, introduzimos o conceito de genes de predição intrinsicamente multivariada e descrevemos analiticamente suas propriedades. O modelo de genes IMP captura a idéia de canalização de um sistema biológico com respeito a genes que podem forçar ações corretivas amplas em processos celulares. Um dos objetivos deste projeto de pesquisa é fazer uma extensão deste estudo para obter características que são cruciais para produzir genes IMPs em redes de regulação gênica. Posteriormente o intuito é avançarmos a pesquisa para encontrar métodos que identifiquem redes Booleanas probabilísticas contextuais que contenham genes IMPs a partir de dados biológicos tais como microarrays..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (1) .
Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Edward R Dougherty - Integrante / Michael L Bittner - Integrante / Ulisses Braga-Neto - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2007 - 2009
Modelando e Inferindo Ciclo Celular usando Redes Booleanas Probabilísticas Contextuais
Descrição: Uma complexa rede molecular é responsável pelo processo de ciclo celular que divide uma célula em duas filhas. Com o intuito de modelar e entender o processo do ciclo celular, uma atenção considerável tem sido dada ao ciclo celular da levedura. Em particular, um modelo que tem chamado muita atenção no estudo de redes gênicas é o modelo de redes Booleanas probabilísticas contextuais que essencialmente é uma coleção finita de redes Boolenas com pertubação (BNp). Uma BNp é uma rede Booleana onde cada gene pode aleatoriamente mudar (trocar) seu valor a cada instante de tempo com uma pequena probabilidade de pertubação. Este projeto tem um objetivo $(i)$ estudar e propor um novo modelo estocástico para o ciclo celular da levedura usando redes Booleanas probabilísticas contextuais mais robusto e estável que o modelo de Zhang et al. e $(ii)$ propor um algoritmo dentro do modelo de redes Booleanas probabilísticas contextuais que a partir de dados de microarray do ciclo celular da levedura, encontre mais genes e/ou mais interações gênicas para serem acrescentados à rede de regulação modelado por Li et al. Espera-se com esta pesquisa, avançar nestes dois pontos para estudo e modelagem posterior de outros processos biológicos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / Nina S. T. Hirata - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2
2006 - 2011
Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações
Descrição: Dentre os desafios enfrentados atualmente pela pesquisa em reconhecimento de padrões, cabe ressaltar três linhas fundamentais: (a) problemas em que elementos devem ser descritos estruturalmente através de uma rede indicando conexões entre tais elementos; (b) problemas envolvendo a evolução da informação ao longo de alguma variável independente (e.g. tempo, no caso de seqüências de vídeo); (c) problemas envolvendo ambos aspectos, i.e. uma rede de elementos cuja dinâmica evolui ao longo de alguma variável independente. O presente projeto temático, unindo os grupos de visão do IME-USP e IFSC-USP, além de pesquisadores colaboradores de outras instituições, prevê o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de reconhecimento de padrões com esses três itens formando o tema de integração da pesquisa. Além da área de reconhecimento de padrões, o projeto inclui técnicas e problemas de visão computacional, processamento de imagens e de sinais e bioinformática, todas sendo áreas de trabalho dos pesquisadores proponentes. As atividades de pesquisa tratarão de aspectos de reconhecimento de padrões e de redes em ambas direções: (1) utilização de técnicas de reconhecimento de padrões para auxiliar na análise de redes em aplicações específicas; (2) desenvolvimento de técnicas de reconhecimento de padrões baseadas em redes. Esta linha de pesquisa incluirá a utilização de grafos em reconhecimento estrutural de padrões e raciocínio espacial. Os métodos em tais abordagens são marcados pelo fato que a tarefa de reconhecimento não envolve apenas os objetos em uma imagem, mas igualmente as relações entre tais objetos. Parte da importância da utilização dessas relações advém do fato que tais relações são frequentemente mais estáveis nas cenas que muitas propriedades dos objetos em si. Em particular, pretende-se explorar técnicas que descrevem a estrutura dos elementos em imagens através de grafos. Nesse caso, a rede é formada por elementos de uma imagem cujos arcos representam relaçõe.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (7) Doutorado: (5) .
Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Integrante / Junior Barrera - Integrante / Roberto Hirata Jr. - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Junior - Coordenador / Nina S. T. Hirata - Integrante / luciano da Fountoura Costa - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2004 - 2006
Coeficiente de Determinação, Redes Booleanas Probabilísticas e Regulação Gênica
Descrição: A tecnologia de "microarrays" tem se mostrado como uma importante ferramenta para a pesquisa genética envolvendo uma grande quantidade de genes. Um problema chave na análise de expressão de genes, a partir de dados provenientes de "microarrays", envolve a predição da expressão de um gene alvo em termos da expressão de outros genes preditores. O coeficiente de determinação (CoD) tem sido usado para medir a qualidade de tais predições. Uma situação particular de configuração de CoDs define o que chamamos de genes de predição intrinsicamente multivariada. Recentemente, um novo modelo foi proposto na direção de fornecer uma visão integrada de como os genes se interagem: Rede Booleana Probabilística (PBN). Como este modelo tem grande potencialidade para explicar a interação de genes dentro de uma célula, é de fundamental importância um estudo em detalhes no sentido de entender resultados experimentais biológicos já conhecidos e/ou fornecer novas hipóteses para verificação experimental. Este projeto de pesquisa tem como interesse principal estudar problemas relacionados com CoDs e com PBNs. Dentre estes problemas, podemos citar (i) o desenvolvimento de algoritmos eficientes para encontrar genes de predição intrinsicamente multivariada; (ii) a procura por genes de predição intrinsicamente multivariada que poderiam levar a descobertas de importantes processos biológicos em determinados organismos ou em certos tipos de câncer; (iii) o estudo para encontrar uma possível relação entre arquitetura de PBNs e CoDs e (iv) a construção de pequenas PBNs a partir de subconjuntos de genes (genes iniciais) envolvidos em relevantes processos biológicos para descobrir novos genes em "pathways" relacionados com os genes iniciais..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) .
Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Edward R Dougherty - Integrante / Michael L Bittner - Integrante / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante / Sandro Pereira Vilela - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Translational Genomics Research Institute - Cooperação / Texas A & M University - Cooperação.
Número de produções C, T & A: 1
2003 - 2005
Redes Booleanas Probabilísticas e Bioinformática
Descrição: Um problema chave e importante na análise de expressão de genes a partir de dados provinientes de "microarrays" que pretendemos pesquisar envolve a predição da expressão de um gene em termos da expressão de outros genes. O problema de predição consiste em determinar se um determinado gene está ligado ("up-regulated") ou desligado ("down-regulated") em dependência dos estados ligado e desligado de outros genes. É conhecido na literatura que os coeficientes de determinação (CoDs) [] são uma forma de medir a qualidade de tais predições. Neste trabalho pretendemos estudar algoritmos para a computação e ordenação de CoDs estimados (a partir de dados de "microarrays"). Recentemente, um novo modelo foi proposto na direção de fornecer uma visão integrada de como os genes se interagem: Rede Booleana Probabilística. Como este modelo tem grande potencialidade para explicar a interação de genes dentro de uma célula, tencionamos estudá-lo em detalhes no sentido de entender resultados experimentais biológicos já conhecidos e/ou fornecer novas hipóteses para verificação experimental..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Carlos Henrique Aguena Higa - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 1


Revisor de periódico


2006 - Atual
Periódico: Genetics and Molecular Biology
2006 - Atual
Periódico: EURASIP Journal of Bioinformatics and Systems Biology
2005 - Atual
Periódico: IEEE Transactions on Signal Processing
2011 - 2011
Periódico: BMC Bioinformatics
2012 - Atual
Periódico: IEEE Journal of Selected Topics in Signal Processing
2011 - Atual
Periódico: IEEE Transactions on Image Processing


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Processamento Gráfico (Graphics).
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: BIOINFORMÁTICA.


Idiomas


Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.
Francês
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.
Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Prêmios e títulos


2012
Prêmio de melhor Poster (Shortest Paths Ranking Methodology to Identify Alterations in PPI Networks of Complex Diseases), ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine (ACM-BCB 2012).
2009
10 melhores dissertações de mestrado em Ciência da Computação (como orientador), XXII Concurso de Teses e Dissertações da SBC (CTD 2009).
2008
Terceiro Lugar na Olimpiadas USP de Inovacao, Agencia USP de Inovaçao.
2008
Prêmio de melhor Poster (Considerations on Using COD for Inference of Gene Regulation Networks), The 4th International Conference of The AB3C (XMeeting 2008).
2007
Bolsa UOL de Pesquisa, UOL (Universo On Line).


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:32
Total de citações:214
Fator H:7
Hashimoto, Ronaldo F  Data: 23/08/2014

SCOPUS
Total de trabalhos:30
Total de citações:223
Last Name: Hashimoto, First Name: Ronaldo, Affiliation: University of Sao Paulo  Data: 04/06/2013

Outras
Total de trabalhos:49
Total de citações:603
http://scholar.google.com.br/citations?user=SBu22bUAAAAJ&hl=pt-BR  Data: 04/06/2013

Artigos completos publicados em periódicos

1.
ALVES, WONDER A.L.2017 ALVES, WONDER A.L. ; HASHIMOTO, RONALDO F. ; MARCOTEGUI, BEATRIZ . Ultimate levelings. COMPUTER VISION AND IMAGE UNDERSTANDING, v. 165, p. 60-74, 2017.

2.
REZENDE LIMA, WÂNIA2017REZENDE LIMA, WÂNIA ; CORREA MARTINS, DAVID ; SIMÔNIO PARREIRA, KLEBER ; SCARPELLI, PEDRO ; SANTOS DE MORAES, MIRIAM ; TOPALIS, PANTELIS ; FUMIO HASHIMOTO, RONALDO ; R. S. GARCIA, CÉLIA . Genome-wide analysis of the human malaria parasite Plasmodium falciparum transcription factor PfNF-YB shows interaction with a CCAAT motif. Oncotarget, v. 8, p. 113987-114001, 2017.

3.
DE ARAÚJO LIMA, LEANDRO2016DE ARAÚJO LIMA, LEANDRO FEIO-DOS-SANTOS, ANA CECÍLIA BELANGERO, SINTIA IOLE GADELHA, ARY BRESSAN, RODRIGO AFFONSECA SALUM, GIOVANNI ABRAHÃO PAN, PEDRO MARIO MORIYAMA, TAIS SILVEIRA GRAEFF-MARTINS, ANA SOLEDADE TAMANAHA, ANA CARINA ALVARENGA, PEDRO KRIEGER, FERNANDA VALLE FLEITLICH-BILYK, BACY JACKOWSKI, ANDREA PAROLIN BRIETZKE, ELISA SATO, JOÃO RICARDO POLANCZYK, GUILHERME VANONI MARI, JAIR DE JESUS MANFRO, GISELE GUS DO ROSÁRIO, MARIA CONCEIÇÃO MIGUEL, EURÍPEDES CONSTANTINO PUGA, RENATO DAVID TAHIRA, ANA CAROLINA SOUZA, VIVIANE NERI CHILE, THAIS , et al.GOUVEIA, GISELE RODRIGUES SIMÕES, SÉRGIO NERY CHANG, XIAO PELLEGRINO, RENATA TIAN, LIFENG GLESSNER, JOSEPH T. HASHIMOTO, RONALDO FUMIO ROHDE, LUIS AUGUSTO SLEIMAN, PATRICK M.A. HAKONARSON, HAKON BRENTANI, HELENA ; An integrative approach to investigate the respective roles of single-nucleotide variants and copy-number variants in Attention-Deficit/Hyperactivity Disorder. Scientific Reports, v. 6, p. 22851, 2016.

4.
LIMA, W. R.2016LIMA, W. R. ; TESSARIN-ALMEIDA, G. ; ROZANSKI, A. ; PARREIRA, K. S. ; MORAES, M. S. ; MARTINS, D. C. ; HASHIMOTO, R. F. ; GALANTE, P. A. F. ; GARCIA, C. R. S. . Signaling transcript profile of the asexual intraerythrocytic development cycle of Plasmodium falciparum induced by melatonin and cAMP. Genes & Cancer, v. 7, p. 323-339, 2016.

5.
SWARNKAR, TRIPTI2015SWARNKAR, TRIPTI ; SIMÕES, SERGIO NERY ; ANURA, ANJI ; BRENTANI, HELENA ; CHATTERJEE, JYOTIRMOY ; HASHIMOTO, RONALDO FUMIO ; MARTINS, DAVID CORREA ; MITRA, PABITRA . Identifying dense subgraphs in protein-protein interaction network for gene selection from microarray data. Network Modeling Analysis in Health Informatics and Bioinformatics, v. 4, p. 1-18, 2015.

6.
SIMÕES, SÉRGIO N2015SIMÕES, SÉRGIO N ; MARTINS, DAVID C ; PEREIRA, CARLOS AB ; Hashimoto, Ronaldo F ; BRENTANI, HELENA . NERI: network-medicine based integrative approach for disease gene prioritization by relative importance. BMC Bioinformatics, v. 16, p. S9, 2015.

7.
LOPES, FABRÍCIO M.2014LOPES, FABRÍCIO M. ; RAY, SHUBHRA SANKAR ; HASHIMOTO, RONALDO F. ; CESAR, ROBERTO M. . Entropic Biological Score: a cell cycle investigation for GRNs inference. Gene (Amsterdam), v. 541, p. 129-137, 2014.

8.
MARTINS, D. C.2013MARTINS, D. C. ; OLIVEIRA, E. A. ; BRAGA-NETO, U. ; HASHIMOTO, R. F. ; CESAR JUNIOR, R. M. . Signal Propagation in Bayesian Networks and its Relationship with Intrinsically Multivariate Predictive Variables. Information Sciences, v. 225, p. 18-34, 2013.

9.
HIGA, C. H. A.2013HIGA, C. H. A. ; ANDRADE, T. P. ; HASHIMOTO, R. F. . Growing Seed Genes from Time Series Data and Thresholded Boolean Networks with Perturbation. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (Print), v. 10, p. 37-49, 2013.

10.
VICENTE, F. F. R.2012VICENTE, F. F. R. ; LOPES, F. M. ; HASHIMOTO, R. F. ; CESAR JUNIOR, R. M. . Assessing the Gain of Biological Data Integration in Gene Networks Inference. BMC Genomics, v. 13, p. 1-12, 2012.

11.
Higa, Carlos HA2011Higa, Carlos HA ; Louzada, Vitor HP ; Andrade, Tales P ; Hashimoto, Ronaldo F . Constraint-based analysis of gene interactions using restricted boolean networks and time-series data. BMC Proceedings, v. 5, p. S5, 2011.

12.
MARTINS, D. C.2008 MARTINS, D. C. ; BRAGA-NETO, U. ; BITTNER, M. L. ; HASHIMOTO, R. F. ; DOUGHERTY, E. R. . Intrinsically Multivariate Predictive Genes. IEEE Journal of Selected Topics in Signal Processing, v. 2, p. 424-439, 2008.

13.
TREPODE, N. W.2007TREPODE, N. W. ; ARMELIN, H. A. ; BITTNER, M. L. ; BARRERA, J. ; GUBITOSO, M. D. ; HASHIMOTO, R. F. . A Robust Structural PGN Model for Control of Cell-Cycle Progression Stabilized by Negative Feedbacks. EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology (Online), v. 2007, p. 1-11, 2007.

14.
SILVA, P. J. S.2005SILVA, P. J. S. ; HASHIMOTO, R. F. ; KIM, S. ; BARRERA, J. ; BRANDAO, L. O. ; SUH, E. ; DOUGHERTY, E. R. . Feature Selection Algorithms to Find Strong Genes. Pattern Recognition Letters, v. 26, n.10, p. 1444-1453, 2005.

15.
BRAGA-NETO, U.2004BRAGA-NETO, U. ; HASHIMOTO, R. F. ; DOUGHERTY, E. R. ; NGUYEN, D. V. ; CARROLL, R. J. . Is Cross-Validation Better than Resubstitution for Ranking Genes. Bioinformatics (Oxford), v. 20, n.2, p. 253-258, 2004.

16.
HASHIMOTO, R. F.;Hashimoto, Ronaldo F;HASHIMOTO, RONALDO F.;HASHIMOTO, RONALDO FUMIO;FUMIO HASHIMOTO, RONALDO2004 HASHIMOTO, R. F.; KIM, S. ; SHMULEVICH, Ilya ; ZHANG, Wei ; BITTNER, M. L. ; DOUGHERTY, E. R. . Growing Genetic Regulatory Networks from Seed Genes. Bioinformatics (Oxford), Grã-Bretanha, v. 20, n.8, p. 1241-1247, 2004.

17.
HASHIMOTO, R. F.;Hashimoto, Ronaldo F;HASHIMOTO, RONALDO F.;HASHIMOTO, RONALDO FUMIO;FUMIO HASHIMOTO, RONALDO2003HASHIMOTO, R. F.; BARRERA, J. . A Greedy Algorithm for Decomposing Convex Structuring Elements. Journal of Mathematical Imaging and Vision, USA, v. 18, n.3, p. 269-289, 2003.

18.
HASHIMOTO, R. F.;Hashimoto, Ronaldo F;HASHIMOTO, RONALDO F.;HASHIMOTO, RONALDO FUMIO;FUMIO HASHIMOTO, RONALDO2003 HASHIMOTO, R. F.; DOUGHERTY, E. R. ; Marcel Brun ; Zheng-Zheng Zhou ; BITTNER, M. L. ; TRENT, J. M. . Efficient Selection of Feature Sets Possessing High Coefficients of Determination Based on Incremental Determinations. Signal Processing, v. 83, n.4, p. 695-712, 2003.

19.
SHMULEVICH, Ilya2003SHMULEVICH, Ilya ; GLUHOVSKY, Ilya ; HASHIMOTO, R. F. ; DOUGHERTY, E. R. ; ZHANG, Wei . Steady-State Analysis of Genetic Regulatory Networks Modelled by Probabilistic Boolean Networks. Comparative and Functional Genomics, v. 4, p. 601-608, 2003.

20.
HASHIMOTO, R. F.;Hashimoto, Ronaldo F;HASHIMOTO, RONALDO F.;HASHIMOTO, RONALDO FUMIO;FUMIO HASHIMOTO, RONALDO2002HASHIMOTO, R. F.; BARRERA, J. . A Note on Park and Chin´s Algorithm. IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence, v. 24, n.1, p. 139-144, 2002.

21.
HIRATA JR., R.2002HIRATA JR., R. ; BARRERA, J. ; HASHIMOTO, R. F. ; DANTAS, D. O. ; ESTEVES, G. H. . Segmentation of Microarray Images by Mathematical Morphology. Real-Time Imaging, USA, v. 8, n.6, p. 491-505, 2002.

22.
HASHIMOTO, R. F.;Hashimoto, Ronaldo F;HASHIMOTO, RONALDO F.;HASHIMOTO, RONALDO FUMIO;FUMIO HASHIMOTO, RONALDO2001HASHIMOTO, R. F.; BARRERA, J. . From the Sup-Decomposition to Sequential Decompositions. Journal of Mathematical Imaging and Vision, v. 15, n.3, p. 197-216, 2001.

23.
BARRERA, J.2001 BARRERA, J. ; HASHIMOTO, R. F. . Sup-Compact and Inf-Compact Representations of W-Operators. Fundamenta Informaticae, v. 45, n.4, p. 283-294, 2001.

24.
HASHIMOTO, R. F.;Hashimoto, Ronaldo F;HASHIMOTO, RONALDO F.;HASHIMOTO, RONALDO FUMIO;FUMIO HASHIMOTO, RONALDO2000HASHIMOTO, R. F.; BARRERA, J. ; FERREIRA, C. E. . A Combinatorial Optimization Technique for the Sequential Decomposition of Erosions and Dilations. Journal of Mathematical Imaging and Vision, v. 13, p. 17-33, 2000.

Capítulos de livros publicados
1.
RIBEIRO, J. H. B. ; HASHIMOTO, R. F. . Pattern Recognition Based on Straight Line Segments. In: Adam Herout. (Org.). Pattern Recognition, Recent Advances. Vienna: , 2010, v. , p. 167-188.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
ALVEZ, W. A. L. ; GOBBER, C. ; HASHIMOTO, R. F. . Plant Bounding Box Detection from Desirable Residues of the Ultimate Levelings. In: 15th International Conference on Image Analysis and Recognition - ICIAR 2018, 2018, Póvoa de Varzim, Portugal. 15th International Conference, ICIAR 2018, Póvoa de Varzim, Portugal, June 27?29, 2018, Proceedings. Cham: Springer, 2018. v. 10882. p. 474-481.

2.
GOBBER, C. ; ALVES, WONDER A. L. ; HASHIMOTO, R. F. . Ultimate Levelings Based on Mumford-Shah Energy Functional Applied to Plant Detection. In: Progress in Pattern Recognition, Image Analysis, Computer Vision, and Applications. CIARP 2017, 2017, Valparaíso. 22nd Iberoamerican Congress, CIARP 2017, Valparaíso, Chile, November 7?10, 2017, Proceedings. Cham: Springer, 2017. v. 10657. p. 220-228.

3.
SILVA, DENNIS J. ; ALVES, WONDER A. L. ; MORIMITSU, ALEXANDRE ; HASHIMOTO, RONALDO F. . Efficient incremental computation of attributes based on locally countable patterns in component trees. In: 2016 IEEE International Conference on Image Processing (ICIP), 2016, Phoenix. 2016 IEEE International Conference on Image Processing (ICIP), 2016. p. 3738-3742.

4.
ALVEZ, W. A. L. ; MORIMITSU, ALEXANDRE ; HASHIMOTO, RONALDO FUMIO . Scale-Space Representation Based on Levelings Through Hierarchies of Level Sets. In: International Symposium on Mathematical Morphology, 2015, Reykjavik. Mathematical Morphology and Its Applications to Signal and Image Processing. Switzerland: Springer International Publishing, 2015. v. 9082. p. 265-276.

5.
MORIMITSU, ALEXANDRE ; ALVEZ, W. A. L. ; HASHIMOTO, RONALDO FUMIO . Incremental and Efficient Computation of Families of Component Trees. In: International Symposium on Mathematical Morphology (ISMM 2015), 2015, Reykjavik. Mathematical Morphology and Its Applications to Signal and Image Processing. Switzerland: Springer International Publishing, 2015. v. 9082. p. 681-692.

6.
ALVES, WONDER ALEXANDRE LUZ ; HASHIMOTO, RONALDO FUMIO . Ultimate grain filter. In: 2014 IEEE International Conference on Image Processing (ICIP), 2014, Paris. 2014 IEEE International Conference on Image Processing (ICIP). p. 2953-2957.

7.
LIMA, LEANDRO DE A. ; SIMOES, SERGIO NERY ; HASHIMOTO, RONALDO FUMIO ; JUNIOR, DAVID C. MARTINS ; BRENTANI, HELENA ; MOTA, GUILHERME O. . Network-Based Disease Gene Prioritization by Hitting Time Analysis. In: 2014 IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE), 2014, Boca Raton. 2014 IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering. p. 9-14.

8.
SWARNKAR, TRIPTI ; SIMOES, SERGIO NERY ; MARTINS, DAVID CORREA ; ANURAK, ANJI ; BRENTANI, HELENA ; HASHIMOTO, RONALDO FUMIO ; MITRA, PABITRA . Multiview Clustering on PPI Network for Gene Selection and Enrichment from Microarray Data. In: 2014 IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE), 2014, Boca Raton. 2014 IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering. p. 15-22.

9.
CASTRO, J. E. S. ; BARRERA, J. ; HASHIMOTO, R. F. . Analytical Solutions for the Minkowski Addition Equation. In: 11th International Symposium on Mathematical Morphology, 2013, Uppsala, Sweden. Proceedings of the 11th International Symposium on Mathematical Morphology. New York, USA: Springer, 2013. v. 7883. p. 61-72.

10.
ALVES, WONDER ALEXANDRE LUZ ; MORIMITSU, ALEXANDRE ; CASTRO, JOEL SANCHEZ ; HASHIMOTO, RONALDO FUMIO . Extraction of Numerical Residues in Families of Levelings. In: 2013 XXVI SIBGRAPI Conference on Graphics, Patterns and Images (SIBGRAPI), 2013, Arequipa. 2013 XXVI Conference on Graphics, Patterns and Images. p. 349.

11.
SIMOES, S. N. ; MARTINS, D. C. ; SAMAIA, H. P. B. ; HASHIMOTO, R. F. . Shortest Paths Ranking Methodology to Identify Alterations in PPI Networks of Complex Diseases. In: ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine (ACM-BCB-2012), 2012, Orlando. BCB '12 Proceedings of the ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine, 2012. p. 561-563.

12.
LOUZADA, V. H. P. ; LOPES, F. M. ; HASHIMOTO, R. F. . A Monte Carlo Approach to Measure the Robustness of Boolean Networks. In: 1st International Workshop on Robustness and Stability of Biological Systems and Computational Solutions, 2012, Orlando. BCB '12 Proceedings of the ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine, 2012. p. 696-699.

13.
VICENTE, F. F. R. ; LOPES, F. M. ; HASHIMOTO, R. F. . Improvement of GNs inference through biological data integration. In: 9th IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS), 2011, San Antonio. IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS). New York: IEEE, 2011. p. 1-4.

14.
LOUZADA, V. H. P. ; LOPES, F. M. ; HASHIMOTO, R. F. . The effect of certain Boolean functions in stability of networks with varying topology. In: 9th IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS), 2011, San Antonio. IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS). New York: IEEE, 2011. p. 1-4.

15.
RODRIGUEZ, R. M. ; HASHIMOTO, R. F. . Combining Dialectical Optimization and Gradient Descent Methods for Improving the Accuracy of Straight Line Segment Classifiers. In: 24th SIBGRAPI Conference on Graphics, Patterns and Images (Sibgrapi), 2011, Alagoas. Graphics, Patterns and Images (Sibgrapi), 2011 24th SIBGRAPI Conference on. New York: IEEE, 2011. p. 321-328.

16.
ALVEZ, W. A. L. ; HASHIMOTO, R. F. . Classification of Regions Extracted from Scene Images by Morphological Filters in Text or Non-Text using Decision Tree. In: 18th International Conference on Computer Graphics, Visualization and Computer Vision, 2010, Plzen. WSCG 2010 - Full Papers Proceedings, 2010. p. 165-172.

17.
HIGA, C. H. A. ; LOUZADA, V. H. P. ; HASHIMOTO, R. F. . Analysis of Gene Interactions Using Restricted Boolean Networks and Time-Series Data. In: 6th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications, 2010, Storrs. Bioinformatics Research and Applications, 2010. p. 61-76.

18.
MARTINS, D. C. ; OLIVEIRA, E. A. ; LOUZADA, V. H. P. ; HASHIMOTO, R. F. . Inference of Restricted Stochastic Boolean GRN's by Bayesian Error and Entropy Based Criteria. In: 15th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition, CIARP 2010, 2010, São Paulo. Progress in Pattern Recognition, Image Analysis, Computer Vision, and Applications. Berlin: Springer. v. 6419. p. 144-152.

19.
ALVEZ, W. A. L. ; HASHIMOTO, R. F. . Text Regions Extracted from Scene Images by Ultimate Attribute Opening and Decision Tree Classification. In: Graphics, Patterns and Images (SIBGRAPI), 2010 23rd SIBGRAPI Conference on, 2010, Gramado. Graphics, Patterns and Images (SIBGRAPI), 2010 23rd SIBGRAPI Conference on. Los Alamitos: IEEE CS Press, 2010. p. 360-367.

20.
MARTINS, D. C. ; OLIVEIRA, E. A. ; SILVA, P. J. S. ; HASHIMOTO, R. F. ; CESAR JUNIOR, R. M. . Revealing Temporal Genetic Regulatory Networks from Steady-State Distributions. In: IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics, 2009, Minneapolis. IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics, 2009. p. 1-4.

21.
HASHIMOTO, R. F.; STAGNI, H. ; HIGA, C. H. A. . Budding Yeast Cell Cycle Modeled by Context-Sensitive Probabilistic Boolean Network. In: IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics, 2009, Minneapolis. IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics, 2009. p. 1-4.

22.
HIGA, C. H. A. ; HASHIMOTO, R. F. ; HIRATA JR., R. ; HIRATA, Nina S. T. ; SANTOS, C. S. . Inference of Gene Regulatory Network using Temporal Coefficient of Determination Obtained from Ergodic Markov Chains. In: IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics, 2009, Minneapolis. IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics, 2009. p. 1-4.

23.
MACHADO, A. F. ; HASHIMOTO, R. F. . Jump-Miss Binary Erosion Algorithm. In: XXII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing, 2009, Rio de Janeiro. Proceedings of XXII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing. Los Alamitos: IEEE CS Press, 2009. p. 149-155.

24.
RIBEIRO, J. H. B. ; HASHIMOTO, R. F. . A New Training Algorithm for Pattern Recognition Technique Based on Straight Line Segments. In: SIBGRAPI 2008, 2008, Campo Grande, MS, Brazil. XXI Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing. Los Alamitos, CA, USA: IEEE CS Press, 2008.

25.
RIBEIRO, J. H. B. ; HASHIMOTO, R. F. . A New Machine Learning Technique Based on Straight Line Segments. In: Fifth International Conference on Machine Learning and Applications (ICMLA 2006), 2006, Orlando. Fifth International Conference on Machine Learning and Applications. Los Alamitos: IEEE Computer Society, 2006. p. 10-16.

26.
BARRERA, J. ; HASHIMOTO, R. F. . Binary Decision Diagrams as a New Paradigm for Morphological Machines. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON MATHEMATICAL MORPHOLOGY, 2005, Paris. Mathematical Morphology and its Applications to Image and Signal Processing, 2005. v. 15. p. 3-12.

27.
BALAGURUNATHAN, Y. ; HASHIMOTO, R. F. ; KIM, S. ; BARRERA, J. ; DOUGHERTY, E. R. . Granulometric Classifiers from Small Samples. In: PHOTONICS WEST 2002, 2002, San Jose. PHOTONICS WEST 2002 - IMAGE PROCESSING: ALGORITHMS AND SYSTEMS. Bellingam: SPIE, 2002. v. 4667. p. 100-107.

28.
HIRATA JR., R. ; BARRERA, J. ; HASHIMOTO, R. F. ; DANTAS, D. O. . Microarray Gridding by Mathematical Morphology. In: INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON COMPUTER GRAPHICS, IMAGE PROCESSING AND VISION, 2001, Florianopolis. INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON COMPUTER GRAPHICS, IMAGE PROCESSING AND VISION - Proceedings SIBGRAPI 2001. Los Alamitos: IEEE Computer Society, 2001. p. 112-119.

29.
AUBERT, A. ; JEULIN, D. ; HASHIMOTO, R. F. . Surface Texture Classification from Morphological Transformations. In: International Symposium on Mathematical Morphology, 2000, Palo Alto. Mathematical Morphology and its Applications to Image and Signal Processing, 2000. p. 253-262.

30.
HASHIMOTO, R. F.; BARRERA, J. ; DOUGHERTY, E. R. . From the Sup-Decomposition to a Sequential Decomposition. In: International Symposium on Mathematical Morphology, 2000, Palo Alto. Mathematical Morphology and its Applications to Image and Signal Processing, 2000. p. 13-22.

31.
HASHIMOTO, R. F.; BARRERA, J. . A Simple Algorithm for Decomposing Convex Structuring Elements. In: XII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing, 1999, Campinas. Proceedings of SIBGRAPI´99. Los Alamitos: IEEE Computer Society, 1999. p. 275-282.

32.
BARRERA, J. ; HASHIMOTO, R. F. . Compact Representation of W-Operators. In: 10th Annual Symposium on Eletronic Imaging, 1998, San Jose. Proceeding of SPIE, 1998. p. 84-94.

33.
BARRERA, J. ; FERREIRA, C. E. ; HASHIMOTO, R. F. . Finding Optimal Sequential Decompositions of Erosions and Dilations. In: International Symposium on Mathematical Morphology (ISMM´98), 1998, Amsterdam. Mathematical Morphology and its Applications to Image and Signal Processing, 1998. v. 12. p. 299-306.

34.
HASHIMOTO, R. F.. An Extension of an Algorithm for Finding Sequential Decomposition of Erosions and Dilations. In: International Symposium on Computer Graphics, Image Processing and Vision, 1998, Rio de Janeiro. Proceedings SIBGRAPI´98. Los Alamitos: IEEE Computer Society, 1998. p. 443-449.

35.
BARRERA, J. ; SALAS, G. P. ; HASHIMOTO, R. F. . Set Operations on Closed Intervals and their applications to the Automatic Programming of MMACH´s. In: International Symposium on Mathematical Morphology, 1996, Atlanta. Mathematical Morphological and its Applications to Image and Signal Processing. Norwell: Kluwer Academic Publishers, 1996. v. 11. p. 377-384.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
MACHADO, A. F. ; HASHIMOTO, R. F. . Erosões e Dilatações Morfológicas Binárias Seqüenciais Rápidas. In: XXIX Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, 2009, Bento Gonçaves. Anais do CSBC 2009 - CTD, 2009.

2.
MACHADO, A. F. ; HASHIMOTO, R. F. ; LAGO, A. P. . Efficient Binary Erosion Algorithm Based on a String-Matching-Like Technique. In: International Symposium on Mathematical Morphology, 2007, Rio de Janeiro. International Symposium on Mathematical Morphology, 2007.

3.
TREPODE, N. W. ; ARMELIN, H. A. ; BITTNER, M. L. ; BARRERA, J. ; GUBITOSO, M. D. ; HASHIMOTO, R. F. . Modeling Cell-Cycle Regulation by Discrete Dynamical Systems. In: IEEE Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS '05), 2005, Rhode Island. Proceedings of IEEE Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS '05), 2005.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
HIGA, C. H. A. ; HASHIMOTO, R. F. ; MONTE, J. C. M. . Inferring Robust Boolean Networks of the Early Embryonic Stage in Kidney Organogenesis. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics 2012 (BSB 2012), 2012, Campo Grande. Brazilian Symposium on Bioinformatics 2012 (BSB 2012), 2012. p. 56-61.

2.
NORONHA, M. F. ; CARAZZOLLE, M. F. ; PEREIRA, G. A. G. ; HASHIMOTO, R. F. . Gene connection probability patern analysis in yeast diauxic shift process. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology X-Meeting, 2010, Ouro Preto. 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology X-Meeting 2010, 2010.

3.
NORONHA, M. F. ; NETTO, O. V. C. ; CARAZZOLLE, M. F. ; PEREIRA, G. A. G. ; HASHIMOTO, R. F. . Comparison of Boolean Networks from Yeast Strain on Fermentative Process. In: 7th Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting), 2010, Florianópolis. 7th Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting 2011), 2011.

4.
NAKANO, F. ; ASPRINO, P. F. ; HIGA, C. H. A. ; HASHIMOTO, R. F. ; ARMELIN, H. A. . Searching for Genes Involved in Novel Mechanisms of Tumor Cell Death Triggered by FGF2: Introducing New Methodological Approaches. In: International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2006, Fortaleza. International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2006.

5.
HASHIMOTO, R. F.; DOUGHERTY, E. R. ; BITTNER, M. L. . Intrinsically Multivariately Predictive Genes. In: X-Meeting - The First International Conference of the AB3C, 2005, Caxambu. X-Meeting - The First International Conference of the AB3C, 2005. p. 85-85.

6.
HASHIMOTO, R. F.. Building Small Subnetworks from Seed Genes. In: International Congress on Bioinformatics and Computational Biology, 2004. Second International Congress on Bioinformatics and Computational Biology, 2004.

7.
HASHIMOTO, R. F.; DOUGHERTY, E. R. ; Marcel Brun ; Zheng-Zheng Zhou ; BITTNER, M. L. ; TRENT, J. M. . Feature Selection Based on Incremental Determinations. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003. First International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003.

Apresentações de Trabalho
1.
HASHIMOTO, R. F.. Gene Interactions Modeled by Boolean Networks. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
HASHIMOTO, R. F.; HIGA, C. H. A. . Modeling Yeast Cell-Cycle with Context Probabilistic Boolean Network. 2007. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

Outras produções bibliográficas
1.
HASHIMOTO, R. F.. Manual do Linux Red Hat 9.0. São Paulo, 2004. (Prefácio, Pósfacio/Prefácio)>.


Produção técnica
Processos ou técnicas
1.
TRENT, J. M. ; BITTNER, M. L. ; DOUGHERTY, E. R. ; Jaing, Y. ; HASHIMOTO, R. F. . Methods for Diagnosis and Prognosis of Skin Cancer. 2010.



Patentes e registros



Patente

A Confirmação do status de um pedido de patentes poderá ser solicitada à Diretoria de Patentes (DIRPA) por meio de uma Certidão de atos relativos aos processos
1.
 TRENT, J. M. ; BITTNER, M. L. ; DOUGHERTY, E. R. ; Jaing, Y. ; HASHIMOTO, R. F. . Methods for Diagnosis and Prognosis of Skin Cancer. 2010, Estados Unidos.
Patente: Patente no Exterior. Número do registro: WO 2010/011310A1, título: "Methods for Diagnosis and Prognosis of Skin Cancer" . Depósito: 21/07/2009; Concessão: 28/01/2010.



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
ALVES, WONDER A. L.; HASHIMOTO, R. F.; ARAUJO, S. A.. Participação em banca de Charles Ferreira Gobber. Últimos Levelings com base em funções de energia aplicados à detecção de objetos. 2018. Dissertação (Mestrado em Pós-Graduação em Informática e Gestão de Conhecimento) - Universidade Nove de Julho.

2.
KASHIWABARA, A. Y.; HASHIMOTO, R. F.; SANCHES, D. S.. Participação em banca de Everton Silva. Aplicação da cadeia de alcance variável na predição de resultados do processo de extração de café solúvel. 2017. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Informática - PPGI) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

3.
SETUBAL, J. C.; HASHIMOTO, R. F.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de George William Condomitti Epamino. Alinhamento múltiplo de genomas de Eucariotos com montagens altamente fragmentadas. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

4.
BRENTANI, HELENA; VIBRANOVSKI, M. D.; HASHIMOTO, RONALDO F.. Participação em banca de Walkiria Karla Rezende. Uso de técnicas de reconhecimento de padrões e polimorfismos de base única para predição de transtornos psiquiátricos da infância. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

5.
MARTINS, D. C.; SATO, J. R.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Alan Rafael Fachini. Avaliação de métodos de inferência de redes de regulação gênica. 2016. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.

6.
LIMA, A. M.; PEDRINI, H.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Liseth Urpy Segundo Carpio. Geração de caricaturas para representação de emoções usando processamento de imagens faciais e grafos AND-OR. 2015. Dissertação (Mestrado em SISTEMAS DE INFORMAÇÃO) - Universidade de São Paulo.

7.
MIRANDA, P. A. V.; NOMA, A.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Hans Harley Ccacyahuillca Bejar. Convexidade fuzzy relativa em grafos dirigidos e sua aplicação em um método híbrido para segmentação interativa de imagens. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

8.
MIRANDA, P. A. V.; LOTUFO, R. A.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Alexandre Morimitsu. Construção incremental e eficiente de sequências de árvores de componentes. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

9.
FERREIRA, J. E.; DIAZ, R. S.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Mina Cinthio. Framework para classificação das mutações de vírus HIV. 2014. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

10.
TOMIOKA, J.; BELATI, E. A.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de André Rosa Ferreira. Iluminação do estado sólido, economia potencial de energia elétrica para o país. 2014. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Universidade Federal do ABC.

11.
HASHIMOTO, R. F.; HIRATA JR., R.; LOTUFO, R. A.. Participação em banca de Alexandre Yukio Harano. Uma nova abordagem para operações de Transformada de Erosão e Transformada de Dilatação através da união da decomposição de elementos estruturantes. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

12.
HASHIMOTO, R. F.; BARRERA, J.; SUSSNER, P.. Participação em banca de Joel Edu Sanchez Castro. Decomposição sequencial a partir da sup-representação de W-Operadores. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

13.
CATALANI, L. H.; GRUBER, J.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Daniel de Souza Alcobia. Produção de nanofibras alinhadas de polímeros biodegradáveis para crescimento e regeneração de células neurais. 2013. Dissertação (Mestrado em Química (Físico-Química)) - Universidade de São Paulo.

14.
MORIMOTO, C. H.; RAMOS, M. A. S.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Caio Cesar Moreira. Software para Treinamento de Regência em Canto Coral. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

15.
GUBITOSO, M. D.; ROZANTE, L. C. S.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de William Lira Ferreira. Dinâmica de redes booleanas limiarizadas usando programação em GPU. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

16.
BARRERA, J.; GALANTE, P. A. F.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Ubiratan Augusto Lima. Representação paramétrica de famílias de redes booleanas que produzem ondas de propagação. 2012. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

17.
HIRATA, Nina S. T.; FINGER, E.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Edwin Delgado Huaynalaya. Detecção de ovos de S. mansoni a partir da detecção de seus contornos. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

18.
BIRGIN, E. J. G.; BUENO, L. F. C. R.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Boris Chullo Llave. Aplicação do método de Gradiente Espectral Projetado ao problema de Compressive Sensing. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

19.
ROZANTE, L. C. S.; BUCKERIDGE, M. S.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Melline Fontes Noronha. Dinâmica da Fermentação Alcoólica: Aplicação de Redes Booleanas Probabilísticas Sensíveis a Contextona Dinâmica da Expressão Gênica na Linhagem Industrial PE-2 da Saccharomyces cerevisiae durante o Processo Fermentativo. 2012. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

20.
JACKOWSKI, M. P.; GUTIERREZ, M. A.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Miguel Angel Galarreta Valverde. Geração de redes vasculares sintéticas tridimensionais utilizando sistemas de Lindenmayer estocásticos e parametrizados. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

21.
HASHIMOTO, R. F.; LEMKE, N.; KOIDE, T.. Participação em banca de Vitor Hugo Louzada Patrício. Canalização: Fenótipos Robustos como Consequência de Características da Rede de Regulação Gênica. 2011. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

22.
REZENDE, P. J.; PEDRINI, H.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de César Christian Castelo Fernández. Novos Algoritmos de Aprendizado para Classificação de Padrões Utilizando Floresta de Caminhos Ótimos. 2011. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas.

23.
BACCALA, L. A.; BALDO, M. V. C.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Gilson Vieira. Modelagem Matemática-Computacional da Conectividade Cerebral em Ressonância Magnética Funcional para o Estudo do Estado de Repouso. 2011. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

24.
MORIMOTO, C. H.; HASHIMOTO, R. F.; WALTER, M.. Participação em banca de Jeferson Rodrigues da Silva. Renderização interativa de câmeras virtuais a partir da integração de múltiplas câmeras esparsas por meio de homografias e decomposições planares da cena. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

25.
HASHIMOTO, R. F.; HIRATA, Nina S. T.; KIM, H. Y.. Participação em banca de Wonder Alexandre Luz Alves. Localização de Textos em Imagens de Cenas por meio de Operadores Morfológicos. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

26.
BARRERA, J.; HASHIMOTO, R. F.; VENCIO, R. Z. N.. Participação em banca de Leandro de Araújo Lima. Um algoritmo eficiente para o crescimento de redes sobre o grafo probabilístico completo do sistema de regulação gênica considerado. 2009. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

27.
HASHIMOTO, R. F.; FERNANDES, C. G.; LOTUFO, R. A.. Participação em banca de Anderson Fraiha Machado. Erosões e Dilatações Morfológicas Binárias Seqüenciais Rápidas. 2008. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

28.
HASHIMOTO, R. F.; CESAR JUNIOR, R. M.; PORTILLO, H. A.. Participação em banca de Carlos Henrique Aguena Higa. Coeficiente de Determinação, Predição Intrinsicamente Multivariada e Genética. 2006. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

29.
BARROS, L. N.; COZMAN, F. G.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Felipe Werndl Trevizan. Um Modelo Unificado para Planejamento sob Incerteza. 2006. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística.

30.
MORIMOTO, C. H.; HASHIMOTO, R. F.; OLIVEIRA, M. C. F.. Participação em banca de Flávio Luiz Coutinho. Um Sistema de Ratreamento de Olhar Tolerante a Movimentações da Face. 2006. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística.

31.
HASHIMOTO, R. F.; BARROS, L. N.; GARCIA, A. C. B.. Participação em banca de Karina Valdivia Delgado. Diagnóstico Baseado em Modelos num Sistema Tutor Inteligente para Programação com Padrões Pedagógicos. 2005. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística.

32.
HASHIMOTO, R. F.; MORIMOTO, C. H.; COSTA, A. H. R.. Participação em banca de Henrique Pedreira de Freitas Ceribelli. Construção de Imagens Panorâmicas a partir de Vídeo. 2004. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística.

33.
HASHIMOTO, R. F.; RUIZ, E. E. S.; BATISTA NETO, J. E. S.. Participação em banca de André Guilherme Ribeiro Balan. Técnicas de Segmentação de Imagens Aéreas para Contagem de População de Aves. 2003. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação.

Teses de doutorado
1.
DURHAM, A. M.; HASHIMOTO, R. F.; PAPPAS JUNIOR, G. J.; KASHIWABARA, A. Y.; MARTINS, D. C.. Participação em banca de Ígor Bonadio. Algoritmos eficientes para análise de campos aleatórios condicionais semi-markovianos e sua aplicação em sequências genômicas. 2018. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

2.
Hashimoto, Ronaldo F; BARRERA, J.; RIS, M.; MARTINS, D. C.; BRAGA-NETO, U.. Participação em banca de Joel Edu Sanchez Castro. Seleção de Modelos para o Aprendizado de Hipóteses Booleanas. 2018. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

3.
FUJITA, A.; HASHIMOTO, R. F.; CAMARGO, R. Y.; MARTINS, D. C.; SIMOES, S. N.. Participação em banca de Gustavo Pinto Vilela. Causalidade de Granger entre grafos no domínio da frequência. 2017. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

4.
IAMBARTSEV, A.; HASHIMOTO, R. F.; BELITSKY, V.; VACHKOVSKAIA, M.; PECHERSKY, E. A.. Participação em banca de Lina Dornelas Thomas. Análise de transição entre estados em sistemas complexos: procedimentos estatísticos em redes biológicas. 2017. Tese (Doutorado em Doutorado em Estatistica) - Universidade de São Paulo.

5.
MARTINS, D. C.; TORRES, T. T.; LOPES, F. M.; ROZANTE, L. C. S.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Ricardo de Souza Jacomini. Inferência de redes gênicas por agrupamento, busca exaustiva e análise de predição intrinsecamente multivariada. 2017. Tese (Doutorado em Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.

6.
BUCKERIDGE, M. S.; HASHIMOTO, R. F.; NISHIYAMA JUNIOR, M. Y.; MARGARIDO, G. R. A.; CESARINO, I.. Participação em banca de Amanda Rusiska Piovezani. System Integration Tool: uma ferramenta para integração e visualização de dados em larga escala e sua aplicação em cana-de-açúcar. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

7.
SAMESHIMA, K.; HASHIMOTO, R. F.; CAMARGO, R. Y.; FUJITA, A.; RAMOS, R. T.. Participação em banca de Abner Cardoso Rodrigues Neto. Caracterização e modelagem da atividade eletrofisiológica em pacientes com epilepsia. 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

8.
IAMBARTSEV, A.; HASHIMOTO, R. F.; BELITSKY, V.; RABELO, R. A. L.; LABIDI, S. B. H.. Participação em banca de Milson Silva Monteiro. Rastros de contatos e grafos dinâmicos. 2016. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

9.
CESAR JUNIOR, R. M.; NAKAYA, H.; MASCHIETTO, M.; SATO, J. R.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Sérgio Nery Simões. Uma abordagem de integração de dados de redes PPI e expressão cênica para priorizar genes relacionados a doenças complexas. 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

10.
HIRATA, Nina S. T.; SILVA, F. S. C.; SANTOS, C. S.; KIM, H. Y.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Marta Magda Dornelles. Construção e seleção de janelas na combinação de W-operadores. 2015. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

11.
MIRANDA, P. A. V.; LOTUFO, R. A.; PAPA, J. P.; ARAUJO, S. A.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Wonder Alexandre Luz Alves. Últimos levelings: conceitos, propriedades, algoritmos e aplicações em Processamento de Imagens. 2015. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

12.
SETUBAL, J. C.; MUI, T. S.; ANDREOTI, F. D.; ARAUJO, W. L.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Deibs Barbosa. Análise computacional da variação do potencial metabólico microbiano em metagenomas. 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

13.
ROGATTO, S. R.; Reis, P. P.; MARTINS, D. C.; REIS, E. M. R.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Fabio Albuquerque Marchi. Metodologia para integração de dados genômicos, transcriptômicos e epigenéticos de câncer de pênis. 2014. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

14.
HIRATA JR., R.; MORIMOTO, C. H.; KIM, H. Y.; VALLE JR, E. A.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Arnaldo Câmara Lara. Descritor de bordas e quantização espacial flexível aplicados a categorização de objetos. 2013. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

15.
NIEVOLA, J. C.; REIS, E. M. R.; SETUBAL, J. C.; BUENO, M. R. S. E. P.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Daniele Yumi Sunaga de Oliveira. Biologia Computacional aplicada para a análise de dados em larga escala. 2013. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo.

16.
MIGUEL FILHO, E. C.; PEREIRA, A. C.; SCHLESINGER, D.; POLANCZYK, G. V.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Carolina Capri. Variações raras no genoma de pacientes com transtorno obsessivo-compulsivo. 2013. Tese (Doutorado em Psiquiatria) - Universidade de São Paulo.

17.
HASHIMOTO, R. F.; MONTE, J. C. M.; MARTINS, D. C.; LOPES, F. M.; FUJITA, A.. Participação em banca de Carlos Henrique Aguena Higa. Inferência de Redes de Regulação Gênica Utilizando o Paradigma de Crescimento de Sementes. 2012. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

18.
COSTA, A. H. R.; NAKAMURA, R.; KIM, H. Y.; HASHIMOTO, R. F.; CAMPOS, M. F. M.. Participação em banca de Nicolau Leal Werneck. Estimação de orientação de câmera em ambientes antrópicos a partir de edgels. 2012. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.

19.
JACKOWSKI, M. P.; MIRANDA, P. A. V.; GUTIERREZ, M. A.; CONCI, A.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Maysa Malfiza Garcia de Macedo. Detecção e extração de redes vasculares usando transformada de Hough. 2012. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

20.
HASHIMOTO, R. F.; HIRATA JR., R.; KIM, H. Y.; Falcao, A. X.; Azevedo, F. M.. Participação em banca de Joao Henrique Burckas Ribeiro. Aprendizado Computacional Baseado em Distância a Segmentos de Reta. 2009. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

21.
ASSIS, F. M.; HASHIMOTO, R. F.; SOUZA, B. A.; GOMES, H. M.; SOUZA, R. E.. Participação em banca de Wellington Pinheiro dos Santos. Método Dialético de Busca e Otimização para Análise de Imagens de Ressonância Magnética. 2009. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade Federal de Campina Grande.

22.
KIM, H. Y.; HASHIMOTO, R. F.; SALCEDO, W. J.; ZUFFO, M. K.; TORRES, R. S.. Participação em banca de Sidnei Alves de Araújo. Casamento de Padrões em Imagens Digitais Livre de Segmentação e Invariante sob Transformações de Similaridade. 2009. Tese (Doutorado em Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.

23.
HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Paulo Gustavo Soares da Fonseca. Computational Methods for the Identification of Transcriptional Regulation Modules. 2008. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Pernambuco.

24.
KIM, H. Y.; FURUIE, S. S.; BARRETO, P. S. L. M.; QUEIROZ, R. L.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Sergio Vicente Denser Pamboukian. Marcas D'Água de Autenticação para Imagens Binárias: Marcas Reversíveis e Marcas para o Padrão JBIG2. 2007. Tese (Doutorado em Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.

25.
HASHIMOTO, R. F.; KIM, H. Y.; LOPES, R. D.; COSTA, A. H. R.; RABBANI, S. R.. Participação em banca de Harold Ivan Ângulo Bustos. Melhoramento de Tomografia para Dados Subdeterminados Usando Difusão Anisotrópica. 2003. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica) - Escola Politécnica da Universidade de São Paulo.

Qualificações de Doutorado
1.
MENCK, C. F. M.; ALVES, J. M. P.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Maira Rodrigues de Camargo Neves. Avaliação transcricional de células pluripotentes induzidas e neuro-precursoras provenientes de pacientes com síndrome de Cockayne após indução do dano ao DNA. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

2.
LABATE, C.; SANTOS, R. V.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Mauro de Medeiros Oliveira. Análise do Transcriptoma, Sítios de Ligação para Fatores de Transcrição e Regiões Promotoras de cana-de-açúcar. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

3.
HASHIMOTO, R. F.; NAKAYA, H.; MASCHIETTO, M.. Participação em banca de André Rocha Barbosa. Análise da conservação de redes co-expressão do imprintoma da placenta e cérebro entre os sexos e sua contribuição para o Transtorno do Espectro Autista. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

4.
MIRANDA, P. A. V.; TSUZUKI, M. S. G.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Lucy Alsina Choque Mansilla. Segmentação de Objetos via Transformada Imagem-Floresta Orientada com Restrições de Conexidade com Largura Ajustável. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

5.
HIRATA JR., R.; FERREIRA, J. E.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Gabriela Eleutério Soares. Técnicas de aprendizagem de máquina para pré-processamento de dados de áudio e análise comportamental de saguis (Callithrix jacchus). 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

6.
BRAGA-NETO, U.; REIS, M. S.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Joel Edu Sanchez Castro. Projeto de W-operadores por multirresolução usando abordagem U-curve. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

7.
REIS, E. M. R.; NAKAYA, H.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Lucas Ferreira da Silva. Identificação de RNAs longos não codificadores de proteína atividades por andrógeno com potencial de regulação da arquitetura cromossômica e da composição epigenética local. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

8.
CRUZ, A. K.; BARANAUSKAS, J. A.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Marcos Abraão de Souza Fonseca. Predição de interações RNA-Proteína por uma abordagem baseada em combinação de classificadores. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

9.
MIRANDA, P. A. V.; LOTUFO, R. A.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Wonder Alexandre Luz Alves. Extração de informações residuais em famílias de levelings. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

10.
HIRATA, Nina S. T.; SANTOS, C. S.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Marta Magda Dornelles. Projeto Dois-Níveis de W-Operadores: Abordagens para Escolha de sua Arquitetura. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

11.
REIS, E. M. R.; ARTIGUENAVE, F. M.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Fabio Albuquerque Marchi. Metodologia para integração de dados genômicos, transcriptômicos e epigenéticos de câncer de pênis. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

12.
HIRATA JR., R.; MORIMOTO, C. H.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Arnaldo Câmera Lara. Combinação de Descritores e Classificadores na Detecção e Reconhecimento de Instâncias. 2011. Exame de qualificação (Doutorando em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

13.
HASHIMOTO, R. F.; VENCIO, R. Z. N.; CESAR JUNIOR, R. M.. Participação em banca de Carlos Henrique Aguena Higa. Inferência de Redes de Regulação Gênica utilizando o paradigma de crescimento de semente. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

14.
HASHIMOTO, R. F.; MARTINS, D. C.; SAMAIA, H. P. B.. Participação em banca de Fabrício Martins Lopes. Redes complexas de expressão gênica: síntese, identificação, análise e aplicações. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

15.
CESAR JUNIOR, R. M.; COSTA, A. H. R.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Ana Beatriz Vicentim Graciano. Abordagem probabilística para modelagem e reconhecimento estrutural de objetos em visão computacional. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

16.
MELO, A. C. V.; FERREIRA, J. E.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Marcelo de Moura Amorim. Modelando Compensação de Transações em CSP. 2008. Exame de qualificação (Doutorando em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

17.
CESAR JUNIOR, R. M.; HIRATA JR., R.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Kelly Rosa Braghetto. Técnicas de Mineração de Dados para Descoberta de Modelos de Processos de Negócio. 2008. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

18.
HASHIMOTO, R. F.; LAGO, A. P.; TELLES, G. P.. Participação em banca de Augusto Fernandes Vellozo. Alinhamento de Seqüências com Inversões não Sobrepostas. 2006. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística.

19.
HASHIMOTO, R. F.; CESAR JUNIOR, R. M.; NUNES, L. R.. Participação em banca de Gustavo Henrique Esteves. Desenvolvimento de um Ambiente Computacional para a Análise Matemática de Dados de cDNA Microarray. 2005. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística.

Qualificações de Mestrado
1.
REIS, E. M. R.; PERON, J. P. S.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Fábio Baldívia Pohl. Análise Integrativa de Cérebro de Bebês com Microcefalia Possivelmente Induzida por Infecção de Zika Vírus. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

2.
MIRANDA, P. A. V.; HIRATA JR., R.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Marcos Ademir Tejada Condori. Transformada Imagem-Floresta Diferencial com funções de convexidade não monotonicamente incrementais em grafos dirigidos. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

3.
MIRANDA, P. A. V.; HIRATA JR., R.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Anderson Meirelles Freitas. TSS e TBS: Novos descritores de forma baseados em Tensor Scale. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

4.
ARAUJO, W. L.; NEVES, C. T. C.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Raquel Riyuzo. Análise da diversidade bacteriana presente em fezes de macaco bugios (alouatta). 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

5.
VENCIO, R. Z. N.; NAKAYA, H.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Guilherme Martins Crocetti. Modelos probabilísticos aplicados em redes de regulação gênica. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

6.
BASSO, A. S.; IAMBARTSEV, A.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Fernando Marcon Passos. Usando Biologia de Sistemas para entender a imunossenescência. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

7.
MIRANDA, P. A. V.; GUIMARAES, S. J. F.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Dennis José da Silva. Contagem incremental de padrões locais em árvores de componentes para cálculo de atributos. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

8.
LIMA, A. M.; SILVA, V. F.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Liseth Urpy Segundo Carpio. Estimação dos parâmetros de um grafo and-or para caracterização de emoções faciais. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em SISTEMAS DE INFORMAÇÃO) - Universidade de São Paulo.

9.
MIRANDA, P. A. V.; HIRATA, Nina S. T.; Hashimoto, Ronaldo F. Participação em banca de Hans Harley Ccacyahuillca Bejar. Métodos Híbridos em Grafos Dirigidos para Segmentação Interativa de Imagens. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

10.
PEREIRA, A. C.; MARTINS, D. C.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Walkiria Karla Resende. Aprendizado de máquina aplicado à classificação de doenças psiquiátricas na infância. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

11.
DIGIAMPIETRI, L. A.; ALVES, J. M. P.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de George William Condomitti Epamino. Alinhador múltiplo de genomas de eucariotos. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

12.
LAGO, A. P.; HIRATA JR., R.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Paulo Henrique Maestrello Assad Oliveira. Detecção de fraudes em cartões: um classificador sensível ao custo baseado em regras de associação e regressão logística. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

13.
FERREIRA, C. E.; HIRATA JR., R.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Suzana de Siqueira Santos. Desenvolvimento de métodos estatístico-computacionais para análise de grafos com aplicações em redes biológicas. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

14.
HASHIMOTO, R. F.; SOLER, J. M. P.; KREPISCHI, A. C. V.. Participação em banca de Henrique Cursino Vieira. Pipeline de análise genômica de Metilação do DNA. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

15.
BARROS, L. N.; DELGADO, K. V.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Fabio Alexandre Campos Tisovec. Intervenção em redes gênicas modelada como um processo de decisão Markoviano fatorado. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

16.
MIRANDA, P. A. V.; LOTUFO, R. A.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Alexandre Morimitsu. Reconhecimento de texto em imagens de cena mediante uso de árvore de componentes e informações de forma. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
RAMIREZ, M. A.; KURASHIMA, C. S.; HASHIMOTO, R. F.. Concurso Público de Professor Doutor. 2016. Universidade Federal do ABC.

2.
NETTO, L. E. S.; MEYER, D.; Almeida, S. V.; Vasconcelos, A. T. R.; HASHIMOTO, R. F.. Concurso Público de Professor Doutor - Instituto de Biociências - Departamento de Genética e Biologia Evolutiva. 2010. Universidade de São Paulo.

Livre docência
1.
CARRAMASCHI, L. V. P.; OTTO, P. A.; SETUBAL, J. C.; KLACZKO, L. B.; HASHIMOTO, R. F.. Concurso Público de Professor Livre-Docente. 2015. Universidade de São Paulo.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
WB2016 - Workshop de Bioinformática da UTFPR.Uma abordagem de integração de dados de redes de interação proteína-proteína e expressão gênica para priorizar genes relacionados a doenças complexas.. 2016. (Oficina).

2.
International Symposium on Mathematical Morphology (ISMM 2015). Scale-Space Representation Based on Levelings Through Hierarchies of Level Sets. 2015. (Congresso).

3.
International Symposium on Mathematical Morphology (ISMM 2015). Incremental and Efficient Computation of Families of Component Trees. 2015. (Congresso).

4.
XMeeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C. 2015. (Congresso).

5.
2014 IEEE International Conference on Image Processing (ICIP). Ultimate Grain Filter. 2014. (Congresso).

6.
11th International Symposium on Mathematical Morphology.Analytical Solutions for the Minkowski Addition Equation. 2013. (Simpósio).

7.
ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine. A Monte Carlo Approach to Measure the Robustness of Boolean Networks. 2012. (Congresso).

8.
ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine. Shortest Paths Ranking Methodology to Identify Alterations in PPI Networks of Complex Diseases. 2012. (Congresso).

9.
9th IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS).Improvement of GNs inference through biological data integration. 2011. (Oficina).

10.
9th IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS).The effect of certain Boolean functions in stability of networks with varying topology. 2011. (Oficina).

11.
Microsoft Research Latin American Faculty Summit 2011. 2011. (Encontro).

12.
Workshop Anual do Instituto Virtual FAPESP-Microsoft Research.Data Integration in Systems Biology: Characterization of Biological Phenomena from Structural and Functional Information. 2011. (Oficina).

13.
6th International Symposium on Bioinformatics Research and Applications.Analysis of Gene Interactions using Restricted Boolean Networks and Time-Series Data. 2010. (Simpósio).

14.
GENSIPS 2009.Revealing Temporal Genetic Regulatory Networks from Steady-State Distributions. 2009. (Oficina).

15.
XXII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing. Jump-Miss Binary Erosion Algorithm. 2009. (Congresso).

16.
XXIX Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. Erosões e Dilatações Morfológicas. 2009. (Congresso).

17.
SIBGRAPI 2008. A New Training Algorithm for Pattern Recognition Technique Based on Straight Line Segments. 2008. (Congresso).

18.
X Meeting 2008. Cell-Cycle Process and Regulatory Power of Canalizing Genes Modeled by Context-Sensitive Probabilistic Boolean Networks. 2008. (Congresso).

19.
International Symposium on Mathematical Morphology.Efficient Binary Erosion Algorithm Based on a String-Matching-Like Technique. 2007. (Simpósio).

20.
X Meeting 2007. Modeling Yeast Cell-Cycle with Context Probabilistic Boolean Network. 2007. (Congresso).

21.
Fifth International Conference on Machine Learning and Applications (ICMLA 2006). A New Machine Learning Technique Based on Straight Line Segments. 2006. (Congresso).

22.
Searching for Genes Involved in Novel Mechanisms of Tumor Cell Death Triggered by FGF2: Introducing New Methodological Approaches. 14th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2006). 2006. (Congresso).

23.
X Meeting 2005. Intrinsically Multivariately Predictive Genes. 2005. (Congresso).

24.
International Congress on Bioinformatics and Computational Biology. Building Small Subnetworks from Seed Genes. 2004. (Congresso).

25.
International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. Feature Selection Based on Incremental Determinations. 2003. (Congresso).

26.
First Workshop on Probabilistic Boolean Networks in Genomic Signal Processing.Design of Probabilistic Boolean Networks from Seed Networks. 2002. (Oficina).

27.
Photonics West 2002 - Image Processing: Algorithms and Systems. Granulometric Classifiers from Small Samples. 2002. (Congresso).

28.
XII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing.A Simple Algorithm for Decomposing Convex Structuring Elements. 1999. (Simpósio).

29.
International Symposium on Mathematical Morphology.Finding Optimal Sequential Decomposition of Erosions and Dilations. 1998. (Simpósio).

30.
XI Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing.An Extension of an Algorithm for Finding Sequential Decomposition of Erosions and Dilations. 1998. (Simpósio).

31.
Brazilian Workshop 97 on Mathematical Morphology.Set Decomposition by Minkowski Additions. 1997. (Oficina).

32.
Brazilian Workshop 96 on Mathematical Morphology.Transformation of Decomposition Structures. 1996. (Oficina).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
HASHIMOTO, R. F.. XMeeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C. 2015. (Congresso).

2.
Hashimoto, Ronaldo F. 10th IEEE International Conference on e-Science 2014. 2014. (Congresso).

3.
HASHIMOTO, R. F.. 15th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (CIARP 2010). 2010. (Congresso).

4.
HASHIMOTO, R. F.. Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo. 2006. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Fernanda Menocci Ensabella Fernandes. Aprendizagem de Máquina. Início: 2016. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo. (Orientador).

2.
Juan Christian Yunguri Ttito. Redes Booleanas. Início: 2016. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

3.
Rodrigo Teixo. Inferência de Redes Booleanas usando CSP. Início: 2015. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Raphael Naves. Redes Gênicas. Início: 2016. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

2.
Alexandre Morimitsu. Algoritmos eficientes para construção de Hypertrees de componentes conexas de imagens de nível de cinza. Início: 2015. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Supervisão de pós-doutorado
1.
wonder Alexandre Luz Alves. Início: 2015. Universidade de São Paulo.

Iniciação científica
1.
Thais Lima de Sousa. Segmentação de Imagens. Início: 2016. Iniciação científica (Graduando em Ciências de Computação) - Universidade de São Paulo. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Dennis José da Silva. Contagem incremental de padrões locais em árvores de componentes para cálculo de atributos. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

2.
Alexandre Morimitsu. Computação Incremental e Eficiente de Sequências de Árvores de Componentes. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

3.
Joel Edu Sanchez Castro. Decomposição sequencial a partir da sup-representação de W-Operadores. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

4.
Caio Cesar Moreira. Software para Treinamento de Regência em Canto Coral. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

5.
William Lira Ferreira. Análise da Dinâmica de Redes de Regulação Gênica Utilizando GPUs: Uma Ferramenta para o Auxílio no Problema de Inferência de Redes Booleanas. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

6.
Alexandre Yukio Harano. Uma nova abordagem para as operações de Transformada de Erosão e Transformada de Dilatação através da união da decomposição de elementos estruturantes. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

7.
Melline Fontes Noronha. Dinâmica da Fermentação Alcoólica: Aplicação de Redes Booleanas Probabilísticas Sensíveis a Contextona Dinâmica da Expressão Gênica na Linhagem Industrial PE-2 da Saccharomyces cerevisiae durante o Processo Fermentativo. 2012. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

8.
Rosario Alejandra Medina Rodriguez. Aspectos Teóricos e Práticos do Classificador Baseado em Segmentos de Retas em Problemas de Multiclassificação. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

9.
Tales Pinheiro de Andrade. Interações gênicas usando redes booleanas limiarizadas modeladas como um problema de satisfação de restrições. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

10.
Vitor Hugo Louzada Patricio. Canalização: Fenótipos Robustos como Consequência de Características da Rede de Regulaçào Gênica. 2011. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

11.
Wonder Alexandre Luz Alves. Localização de Texto em Imagens de Cenas por meio de Operadores Morfológicos. 2010. Dissertação (Mestrado em Mestrado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, . Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

12.
Anderson Fraiha Machado. Erosões e Dilatações Morfológicas Binárias Seqüenciais Rápidas. 2008. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

13.
Carlos Henrique Aguena Higa. Coeficiente de Determinação, Predição Intrinsicamente Multivariada e Genética. 2006. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

Tese de doutorado
1.
Joel Edu Sanchez Castro. Seleção de Modelos para o Aprendizado de Hipóteses Booleanas. 2018. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

2.
Sérgio Nery Simões. Uma abordagem integrativa usando dados de interação proteína-proteína e estudos genéticos para priorizar genes e funções biológicas em transtorno de déficit de atenção e hiperatividade. 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

3.
Wonder Alexandre Luz Alves. Últimos Levelings: Conceitos, propriedades, algoritmos e aplicações em Processamento e Análise de Imagens. 2015. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

4.
Leandro de Araujo Lima. Uma abordagem integrativa usando dados de interação proteína-proteína e estudos genéticos para priorizar genes e funções biológicas em transtorno de déficit de atenção e hiperatividade. 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, . Coorientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

5.
Daniele Yumi Sunaga de Oliveira. Biologia Computacional aplicada para a análise de dados em larga escala. 2013. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Coorientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

6.
Carlos Henrique Aguena Higa. Inferência de Redes de Regulação Gênica Utilizando o Paradigma de Crescimento de Sementes. 2012. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

7.
Joao Henrique Burckas Ribeiro. Aprendizado Computacional Baseado em Distância a Segmentos de Reta. 2009. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Diego Mira David. Casamento de formas com o descritor shape context. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

Iniciação científica
1.
Ricardo Boccoli Gallego. Inferência de Redes Booleanas com Estrutura de Atratores Prescrita como Problema da Satisfação de Restrições. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Abi - Engenharia) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

2.
Gabriel Rezende Nahas. Busca de Genes Impactantes na Estabilidade de Redes Booleanas. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Abi - Engenharia) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

3.
Alexandre Morimitsu. Operadores Conexos Aplicados a Localização de Textos em Imagens. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

4.
Denis Takeshita Ikeda. Seleção Não-Supervisionada de Métodos de Binarização para Documentos Históricos. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

5.
Henrique Stagni. Modelando Ciclo Celular usando Redes Booleanas Probabilísticas Contextuais. 2008. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.

6.
Alex Minoru Kusano. Projeto de Classificadores Lineares para Reconhecimento de Padrões em Amostras Pequenas. 2003. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Ronaldo Fumio Hashimoto.




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