Nelson José Freitas da Silveira

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  • Última atualização do currículo em 13/12/2018


Possui Graduação em Matemática Licenciatura pela Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho (1999)/UNESP, é Doutor em Biofísica Molecular pela Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho (2005)/UNESP, é Pós-Doutor em Bioinformática pela Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (2006)/FAMERP, realizou Pós-Doutoramento no exterior pelo Instituto Superior Técnico/IST de Lisboa (2015). Atualmente é Professor na Universidade Federal de Alfenas/UNIFAL-MG. Tem experiência na área de Bioinformática Estrutural e Genômica, atuando principalmente nos seguintes temas: Modelagem Molecular por Homologia, Docking Proteína-Ligante, Desenho Racional de Fármacos, Bancos de Dados Biológicos e Identificação de Marcadores Moleculares em Câncer. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Nelson José Freitas da Silveira
Nome em citações bibliográficas
da Silveira, NJF;Silveira NJF;GENCAPO, Project (Head and Neck Genome Project (GENCAPO));Nelson José Freitas da Silveira;Silveira, Nelson José Freitas da;SILVEIRA, NELSON JOSÉ FREITAS DA;SILVEIRA, NELSON JOSÃO FREITAS DA;SILVEIRA, NELSON JOSé FREITAS DA;Silveira, NJF;DA SILVEIRA, NELSON JOSÉ FREITAS

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Federal de Alfenas, Instituto de Ciências Exatas.
Rua Gabriel Monteiro da Silva, 700
Centro
37130001 - Alfenas, MG - Brasil
Telefone: (35) 37019602
Ramal: 9602
Fax: (35) 37011384
URL da Homepage: http://www.unifal-mg.edu.br


Formação acadêmica/titulação


2003 - 2005
Doutorado em Biofísica Molecular.
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Título: Bioinformática Estrutural Aplicada ao Estudo de Proteínas Alvo do Genoma do Mycobacterium Tuberculosis, Ano de obtenção: 2005.
Orientador: Walter Filgueira da Azevedo Junior.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: Bioinformatics; Cluster Beowulf; Database (MySQL); Drug Design; Molecular Biophysics; Molecular modeling.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular / Especialidade: Modelagem Molecular.
Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos Vinculados À Saúde Humana Ou dos Animais; Outro.
2000 - 2002
Aperfeiçoamento em Treinamento Técnico.
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Título: Bioinformática. Ano de finalização: 2002.
Orientador: Eloiza Helena Tajara da Silva.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
1994 - 1999
Graduação em Matemática Licenciatura.
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.


Pós-doutorado


2014 - 2015
Pós-Doutorado.
Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores - ID, INESC-ID, Portugal.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: BIOINFORMÁTICA.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Humana e Médica / Especialidade: Marcadores Moleculares.
2005 - 2006
Pós-Doutorado.
Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, FAMERP, Brasil.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.


Formação Complementar


2018 - 2018
Aplicações de Bioinformática em Pesquisas de Biotecnologia. (Carga horária: 4h).
Universidade Federal de São Carlos, UFSCAR, Brasil.
2010 - 2010
Biotecnologia. (Carga horária: 8h).
Universidade Federal de Alfenas, UNIFAL/MG, Brasil.
2000 - 2000
Extensão universitária em Tecnologia de Microarrays-Abordagem Teórico-Prátic. (Carga horária: 12h).
Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas, IBILCE-UNESP, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade Federal de Alfenas, UNIFAL/MG, Brasil.
Vínculo institucional

2009 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Pesquisador, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

04/2017 - Atual
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Fundamentos Matemáticos para a Ciência da Computação
05/2016 - Atual
Direção e administração, Instituto de Ciência Exatas, .

Cargo ou função
Coordenador do Curso de Biotecnologia.
05/2016 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Exatas, .

Cargo ou função
Presidente do Colegiado em Biotecnologia.
05/2016 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Exatas, .

Cargo ou função
Presidente do Núcleo Docente Estruturante do curso de Biotecnologia.
05/2016 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Exatas, .

Cargo ou função
Representante do curso de Biotecnologia no Colegiado de Graduação.
07/2015 - Atual
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática Aplicada e Estrutural
08/2013 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciência Exatas, .

Cargo ou função
Comissão Elaboração do Progeto de Criação do Curso de Licenciatura em Música.
10/2010 - Atual
Ensino, Química, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática Estrutural
08/2009 - Atual
Ensino, Biotecnologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática
Introdução à Computação
08/2009 - 02/2016
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Empreendedores em Informática
Ética, Computador e Sociedade
06/2011 - 12/2014
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciência Exatas, Atividades Complementares.

Cargo ou função
Coordenador das Atividades Complementares para a Ciência da Computação.
09/2009 - 12/2014
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Exatas, .

Cargo ou função
Estudo das Normas para Afixação de Faixas, Quadros, Homenagens de Formandos, Cartazes e Demais Propagandas nos Campi da UNIFAL-MG.
05/2014 - 10/2014
Direção e administração, Instituto de Ciência Exatas, .

Cargo ou função
Coordenador do Subcomitê da Ciências Exatas para o CIPIC.
03/2014 - 06/2014
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Exatas, .

Cargo ou função
Membro do Colegiado do Curso de Ciência da Computação.
03/2012 - 05/2014
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Exatas, CIPIC.

Cargo ou função
Membro do Subcomitê do CIPIC.
03/2012 - 03/2014
Direção e administração, Instituto de Ciência Exatas, Coordenador.

Cargo ou função
Coordenador do Curso de Ciência da Computação.
03/2012 - 03/2014
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Exatas, Colegiado.

Cargo ou função
Presidente do Colegiado do Curso de Ciência da Computação.
03/2012 - 03/2014
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Exatas, Colegiado.

Cargo ou função
Membro do Colegiado da Pró-Reitoria de Graduação/UNIFAL-MG.
07/2012 - 11/2012
Direção e administração, Fundação de Apoio à Cultura Ensino Pesquisa e Extensão/FACEPE, .

Cargo ou função
Vice-Presidente.

Universidade do Vale do Paraíba, UNIVAP, Brasil.
Vínculo institucional

2006 - 2009
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor pesquisador, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

10/2007 - 08/2009
Ensino, Bioengenharia, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Técnicas de Infromática em Saúde
03/2007 - 08/2009
Direção e administração, Instituto de Pesquisa e Desenvolvimento, Universidade do Vale do Paraíba/UNIVAP.

Cargo ou função
Coordenador de Curso.
03/2007 - 08/2009
Ensino, Bioengenharia, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Fundamentos Físicos e Matemáticos para a Engenharia Biomédica
03/2007 - 08/2009
Ensino, Bioengenharia, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioestatística
08/2006 - 08/2009
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Pesquisa e Desenvolvimento, .

08/2006 - 08/2009
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Cálculo Diferencial e Integral
Vetores e Geometria Analítica
08/2006 - 08/2009
Ensino, Engenharia de Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Cálculo Diferencial e Integral
Vetores e Geometria Analítica

Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, FAMERP, Brasil.
Vínculo institucional

2005 - 2006
Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Pós-doutorando, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Projeto intitulado "Uma abordagem computacional para a identificação de alvos terapêuticos com base nos dados de transcriptomas e proteomas de tecidos tumorais" (Proc. FAPESP: 05/51467-0). Este projeto é desenvolvido no Laboratório de Marcadores Moleculares e Bioinformática Médica da FAMERP e vinculado ao projeto temático "Marcadores de Agressividade em Tumores de Cabeça e Pescoço" (Proc. FAPESP: 04/12054-9). Este projeto tem colaboração com o grupo de bioinformática da Faculdade de Medicina da USP/Ribeirão Preto coordenado pelo Prof. Dr. Wilson Araújo da Silva Júnior.


Instituto de Engenharia de Sistemas e Computadores - ID (LISBOA), INESC-ID, Portugal.
Vínculo institucional

2014 - 2015
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pós-doutorando, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Título do Projeto: "Estudo Estrutural de marcadores em câncer de cabeça e pescoço obtido no genoma câncer brasileiro HCGP". Apoiado pelo Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico/CNPq - Brazil (Projeto: 201221/2014-4).


Universidade Estadual Paulista - Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Vínculo institucional

2003 - 2005
Vínculo: Aluno, Enquadramento Funcional: Doutorado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Bolsista da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo / FAPESP

Vínculo institucional

2001 - 2003
Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Técnico Nível IV, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Técnico em Bioinformática - Apoio FAPESP - Projeto Genoma Estrutural (SMOLBNet)

Vínculo institucional

2000 - 2001
Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Técnico Nível III, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Técnico em Bioinformática - Apoio FAPESP - Projeto Genoma Humano

Vínculo institucional

1994 - 1999
Vínculo: Aluno, Enquadramento Funcional: Graduado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

05/2006 - 05/2006
Ensino, Tópicos Especiais em Biofísica, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Aula ministrada junto a disciplina de "Tópicos Especiais em Biofísica"
03/2003 - 06/2003
Ensino, Fundamentos de Bioinformática, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Fundamentos de Bioinformática
06/2001 - 01/2003
Serviços técnicos especializados , Instituto de Biociências, Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, .

Serviço realizado
Construção e Utilização de Clusters Beowulf para Modelagem Molecular e Docking de Proteínas.


Linhas de pesquisa


1.
Informática Biomédica

Objetivo: Estudar a expressão diferencial de genes envolvidos em processos de proliferação celular, transcrição e processamento de RNA (normal e tumoral) e suas redes metabólicas envolvidas em cascatas de sinalização. A identificação de marcadores gênicos na biologia e medicina é de extrema importância para os interesses farmacológicos para tratamento e preventivos para diagnóstico precoce de diversas doenças, utilizando análises in silico, com investigação em bancos de dados públicos e construção de ferramentas para cruzamento de dados, podemos selecioná-los com maior precisão, utilizando estudos de microarranjos, SAGE e proteômica. Utilizar métodos estatísticos e propor validação dos dados obtidos por técnicas experimentais, como: PCR em tempo real e Imunohistoquímica ratificando novos marcadores gênicos, é de vital importância na área biomédica..
2.
Bioinformática Estrutural

Objetivo: Desenvolver ferramentas e bancos de dados no apoio a projetos em biologia estrutural que facilitem o trabalho dos profissionais de saúde e a manutenção da saúde dos pacientes com a seleção e inferência de novas drogas para testes in vitro, voltado às estratégias de tratamento mais precisas e com menores efeitos colaterais para o paciente..
Palavras-chave: Bioinformática Estrutural; Modelagem Molecular; Cluster Beowulf; Docking; Drug Design.


Projetos de pesquisa


2017 - Atual
Caracterização de adesinas em leveduras patogênicas como estratégia para prevenção de infecções causadas por biofilmes.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Nelson José Freitas da Silveira - Integrante / Ana Carolina Barbosa Padovan - Coordenador.Financiador(es): Universidade Federal de Alfenas - Auxílio financeiro.
2011 - 2012
Análise de expressão gênica por bioinformática, utilizando dados de ESTs do projeto genoma câncer (hcgp).
Descrição: Diversas pesquisas começaram a ser feitas a partir disto, tendo algumas, resultados animadores a respeito de marcadores molecular do câncer. A bioinformática está tornando-se assim, uma importante arma no diagnóstico e prevenção do câncer. Torna-se cada vez mais necessários estudos na área de sequenciamento genético, o primeiro passo, que foi o sequenciamento, foi dado, falta-se agora aprofundarmos cada vez mais na infinidade de informações que estes dados podem nos oferecer. A bioinformática oferece mecanismos rápidos e seguros para análise dos dados, programas como mysql, que é um sistema de gerenciamento de banco de dados, e Perl, que manipula textos e emite relatórios, podem ser utilizados sem muita dificuldade no processo de estudos das sequências. A estatística, com o teste exato de Fisher dá a fundamentação matemática para a comprovação de resultados. Enfim, pesquisas que possam resultar em alguma comprovação de marcadores são de suma importância para o conhecimento científico por si só, e por possíveis benefícios futuros que podem causar..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Nelson José Freitas da Silveira - Coordenador / Lincoln Leandro Fonseca - Integrante.
2008 - 2010
Abordagem computacional na identificação de marcadores tumorais e suas interações com drogas para descobrimento de novos alvos terapêuticos
Descrição: A criação de uma base de dados de tumores de cabeça e pescoço, obtidos de resultados de SAGE (Serial Analysis of Gene Expression), microarranjos e proteômica, deve auxiliar de forma muito eficiente a identificação de marcadores tumorais obtidos do cruzamento de genes diferencialmente expressos em ambas as técnicas. Os novos marcadores selecionados por ferramentas desenvolvidas no presente projeto, possibilitarão a identificação de novos alvos terapêuticos a serem utilizados contra bases de dados de ligantes disponíveis publicamente. Os resultados, divulgados publicamente, permitirão a seleção, pelo usuário, de genes com expressão baixa ou elevada em tumores e revelar padrões metabólicos e de sinalização importantes para o desenho de alvos terapêuticos. Estes marcadores serão estudados utilizando programas de bioinformática estrutural para predição e análise de suas conformações 3D em complexo com ligantes selecionados por screening virtual. Com esta metodologia de identificação de marcadores e predição de estruturas 3D, será possível identificar, no âmbito estrutural, com maior precisão e utilizando as mais recentes e aceitas tecnologias de modelagem e interação com drogas em larga escala, novos alvos terapêuticos e drogas mais específicas para tratamento de pacientes com câncer. Os marcadores selecionados serão validados pela técnica de PCR em tempo real e os resultados têm potencial para identificar subtipos tumorais e sua correlação com diferentes parâmetros, como comportamento clínico e sensibilidade a diferentes terapias..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2005 - 2007
UMA ABORDAGEM COMPUTACIONA PARA A IDENTIFICAÇÃO DE ALVOS TERAPÊUTICOS COM BASE NOS DADOS DE TRANSCRIPTOMAS E PROTEOMAS DE TECIDOS TUMORAIS
Descrição: O presente projeto tem como objetivo criar um banco de dados local com resultados de SAGE, microarranjos e proteômica e desenvolver algoritmos para realizar meta-analises em dados de expressão, selecionando marcdores em câncer de cabeça e pescoço para serem utilizados em diagnósticos mais rápidos e alvos terapêuticos mais específicos para tratamento com drogas..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (3) .
Integrantes: Nelson José Freitas da Silveira - Coordenador / Eloiza Helena Tajara da Silva - Integrante / Wilson Araújo da Silva Jr. - Integrante / Alessandra Vidotto - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 3


Projetos de extensão


2018 - Atual
NEOSCIENZA: INOVAÇÃO TECNOLÓGICA E EDUCACIONAL.
Descrição: A Neoscienza é uma organização científica fundada por estudantes da Universidade Federal de Alfenas no dia 05/05/2016, cujo principal objetivo é a pesquisa científica tecnológica independente e com a universalização do acesso científico a todas as pessoas dentro e fora do âmbito universitário, abrangendo áreas de conhecimento, como ciências humanas e ciências exatas e suas demais variações, estabelecendo relações interdisciplinares entre as áreas. Atualmente a Neoscienza se encontra em duas Universidades e conta com 8 (oito) membros de diversos cursos, entre estudantes e professores. A sede da organização está situada na Universidade Federal de Alfenas e o seu núcleo de Engenharia da Computação, na Universidade de Taubaté. A organização visa à divulgação da ciência, para torna-la acessível e de conhecimento de todos, uma vez que o Brasil é um país emergente no ramo técnico-científico. Além disso, busca a capacitação da população em geral para que tenham maior participação e interesse pelo ramo científico, propondo um impacto social viável pela participação nos eventos, cursos e utilização de tecnologia produzida pela Neoscienza, com ampla divulgação em colégios públicos e particulares. Por sua vez, a organização trabalha pelo desenvolvimento científico, englobando a sociedade externa e verificando a sua necessidade, no qual a sociedade estabelece uma relação dialógica próxima com a organização, por meio de reuniões e contatos via e-mail. Em busca desta qualidade científica para a comunidade externa, faz-se cursos voltados para a demanda e capacitação da mesma, produzindo conhecimento à sociedade. Além disso, a comunidade, por meio do seu feedback, colabora para a melhoria e aprimoramento dos serviços que lhe são prestados, uma vez que possibilita à equipe Neoscienza entender quais são suas necessidades, além da troca mútua de conhecimento. A Neoscienza tem como missão universalizar e aprimorar metodologias e produtos técnico-científicos e também expandir o conhecimento para todos os âmbitos existentes na área acadêmica e social através de cursos, eventos e produção de tecnologias, elaborados de forma sistemática entre grandes e pequenas universidades. Temos como visão ser uma organização científica presente e eficiente em grande parte das universidades públicas e privadas brasileiras e crescer junto com elas através de projetos e inovações tecnológicas, que possam colaborar efetivamente para a sociedade..
Situação: Em andamento; Natureza: Extensão.
Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Nelson José Freitas da Silveira - Coordenador / LAIRA MARIA FARIA MATIAS - Integrante / LUCCA VINICIUS ANTIDIO SILVEIRA - Integrante / LUIZ FELIPE GOMES SIMOES - Integrante / MAYCON APARECIDO MENEZES TERRA - Integrante / THAMARA GASPAR CAMPOS - Integrante / THAYNAN APARECIDA BUENO CHAGAS - Integrante / WILLIAM MESQUITA DA COSTA - Integrante.


Projetos de desenvolvimento


2010 - 2011
Fitofármacos presentes em Euphorbia tirucalli Lineu (Aveloz), com Potencial para novas Terapias em Câncer de Cabeça e Pescoço.
Descrição: O planejamento racional baseado em estrutura e no mecanismo de ação de um fármaco é a estratégia mais eficiente e menos dispendiosa para o desenvolvimento de novos fármacos, capaz de contribuir em todos os estágios do processo, desde a descoberta de protótipos (também conhecidos como ?lead compounds?), sua otimização (com respeito à afinidade ao receptor, especificidade, toxicidade e biodisponibilidade), até a elaboração de compostos candidatos a testes clínicos. Essa metodologia é baseada no bloqueio ou estimulação da atividade biológica de biomacromoléculas, tais como proteínas ou ácidos nucléicos (DNA ou RNA), associadas a diferentes processos patológicos. A informação estrutural do bioreceptor permite a descoberta e síntese de compostos com complementaridade estérica, hidrofóbica e eletrostática ao seu sítio de ligação, os quais podem vir a se tornar fármacos e serem introduzidos na terapêutica medicamentosa. Essa abordagem, em sua essência, caracteriza o planejamento racional de fármacos baseado em estrutura. O que torna ainda mais atrativo tal ?approach?, quando utilizado com proteínas, é o conhecimento de que 78% dos fármacos atuais têm como alvo esse tipo de biomacromolécula (MARSHALL, 2004). O surgimento de novos conhecimentos em bioinformática, genética e biologia molecular de câncer tem resultado na identificação cada vez maior de moléculas alvos potenciais para o descobrimento e desenvolvimento de novas drogas anticâncerigenas. Atualmente, cientistas estão focados no descobrimento e na elucidação estrutural de potenciais inibidores de proteínas expressas em células cancerígenas que possuem um papel chave no desenvolvimento do tumor. Criando dessa forma uma nova classe de medicamentos que poderá beneficiar milhares de pessoas afetadas por essa doença. Interações proteína-ligante são críticas na transmissão de sinais que guiam a célula a executar respostas biológicas, e quando estas não desempenham sua função normal podem enviar sinais errados e desen.
Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Nelson José Freitas da Silveira - Coordenador / Paulo Vinícius Sanches Daltro de Carvalho - Integrante / Daniel Omote - Integrante.
2010 - Atual
Bioinformática aplicada ao estudo estrutural de marcadores gênicos em câncer e suas interações com drogas para descobrimento de novos alvos terapêuticos.
Descrição: A identificação de marcadores tumorais obtidos do cruzamento de genes diferencialmente expressos em técnicas como SAGE (Serial Analysis of Gene Expression) e Microarray possibilitarão o avanço em estudos de desenho racional de drogas tomando tais genes como alvos para desenho de novas drogas contra o câncer. Os marcadores moleculares selecionados serão estudados em complexo com bases de dados de ligantes disponíveis publicamente. Estes marcadores serão estudados utilizando programas de bioinformática estrutural para predição e análise de suas conformações 3D em complexo com ligantes selecionados por screening virtual. Com esta metodologia de identificação de marcadores e predição de estruturas 3D, será possível identificar, no âmbito estrutural, com maior precisão e utilizando as mais recentes e aceitas tecnologias de modelagem e interação com drogas em larga escala, novos alvos terapêuticos, drogas mais específicas para tratamento de pacientes com câncer e identificar subtipos tumorais e sua correlação com diferentes parâmetros, como comportamento clínico e sensibilidade a diferentes terapias. Os resultados também poderão revelar padrões metabólicos e de sinalização importantes para o desenho de alvos terapêuticos. Tais dados por se tratarem de uma análise em larga escala, serão disponibilizados em uma base de dados disponível a pesquisadores interessados na identificação de compostos líderes complexados com marcadores da tumorigênese..
Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) .
Integrantes: Nelson José Freitas da Silveira - Coordenador / Eloiza Helena Tajara - Integrante / Roosevelt Alves da Silva - Integrante / Ihosvany Camps Rodriguez - Integrante.


Outros Projetos


2003 - 2005
Bioinformática Estrutural Aplicada ao Estudo de Proteínas Alvo do Genoma do Mycobacterium tuberculosis
Descrição: O projeto descreve a criação de uma base de dados de estruturas obtidas por modelagem molecular de Mycobacterium tuberculosis, com o objetivo de identificar as vias metabólicas nas quais as estruturas estão presentes. As enzimas presentes em vias importantes na bactéria serão estudadas em complexo com drogas afim de inibi-las, procurando minimizar os efeitos colaterais em humanos e propondo drogas mais específicas para o tratamento..
Situação: Concluído; Natureza: Outra.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Nelson José Freitas da Silveira - Coordenador / Fernanda Canduri - Integrante / Walter Filgueira de Azevedo Junior - Integrante / Carlos Eduardo Bonalumi - Integrante / Helen Andrade Arcuri - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 13


Revisor de periódico


2005 - Atual
Periódico: Bioinformatics (Oxford) (1367-4803)
2015 - Atual
Periódico: BMC Structural Biology (Online)
2016 - Atual
Periódico: PeerJ
2017 - Atual
Periódico: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics (Print)


Revisor de projeto de fomento


2011 - Atual
Agência de fomento: (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Bioinformática.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Bioinformática/Especialidade: Interação proteína-ligante.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Bioinformática/Especialidade: Modelagem Molecular Comparativa.


Idiomas


Espanhol
Compreende Bem, Fala Pouco, Lê Bem, Escreve Pouco.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Inglês
Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.


Prêmios e títulos


2017
10 Anos do Curso de Biotecnologia: desafios e conquistas., Universidade Federal de Alfenas.
2014
Paraninfo da Turma de Biotecnologia, Universidade Federal de Alfenas.
2013
Professor Homenageado do Curso de Biotecnologia, Universidade Federal de Alfenas.
2012
Professor Homenageado do Curso de Biotecnologia, Universidade Federal de Alfenas.
2010
Professor Homenageado do Curso de Biotecnologia, Universidade Federal de Alfenas.
2007
Paraninfo da Turma de Engenharia de Computação, Universidade do Vale do Paraíba/UNIVAP.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:30
Total de citações:458
Fator H:10
da Silveira NJF; GENCAPO, Project; Nelson José Freitas da Silveira; SILVEIRA, NELSON JOSÉ FREITAS DA  Data: 26/11/2016

SCOPUS
Total de trabalhos:25
Total de citações:326
da Silveira NJF; GENCAPO, Project; Nelson José Freitas da Silveira; SILVEIRA, NELSON JOSÉ FREITAS DA  Data: 21/05/2014

Artigos completos publicados em periódicos

1.
ELIAS, THIAGO CASTILHO2018ELIAS, THIAGO CASTILHO ; DE OLIVEIRA, HUMBERTO CÉSAR BRANDÃO ; DA SILVEIRA, NELSON JOSÉ FREITAS . MB-Isoster: A software for bioisosterism simulation. JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY, v. 9999, p. 1-8, 2018.

2.
FREITAS, P. G.2017FREITAS, P. G. ; CASTILHO, T. E. ; ALMEIDA, L. ; MACIEL-REZENDE, C. M. ; COSTA, L. T. ; VIEGAS JUNIOR, C. ; MARQUES, M. J. ; SANTOS, M. H. ; da Silveira, NJF . An in silico Study of Benzophenone Derivatives as Potential Non-Competitive Inhibitors of Trypanosoma cruzi and Leishmania Amazonensis Cysteine Proteinases. JOURNAL OF THE BRAZILIAN CHEMICAL SOCIETY, v. 00, p. 1-13, 2017.

3.
COELHO, C. M.2017COELHO, C. M. ; SANTOS, T. ; FREITAS, P. G. ; NUNES, J. B. ; MARQUES, M. J. ; PADOVANI, C. G. D. ; JUDICE, W. A. S. ; da SILVEIRA, NJ F ; CAMPS, I. ; CARVALHO, D. T. ; VELOSO, M. P. . Design, synthesis, biological evaluation and molecular modeling studies of novel eugenol esters as leishmanicidal agents.. JOURNAL OF THE BRAZILIAN CHEMICAL SOCIETY, v. 00, p. 1-14, 2017.

4.
FREITAS, P. G.2017FREITAS, P. G. ; ELIAS, T. C. ; PINTO, I. A. ; COSTA, L. T. ; CARVALHO, P. V. S. D. ; Omote, D ; CAMPS, I. ; ISHIKAWA, T. ; ARCURI, Helen Andrade ; VINGA, S. ; OLIVEIRA, A. L. ; de AZEVEDO JR, W.F. ; da Silveira, NJF . Computational Approach to the Discovery of Phytochemical Molecules with Therapeutic Potential Targets to the PKCZ protein.. Letters in Drug Design & Discovery, v. 14, p. 1-12, 2017.

5.
FAGUNDES, L. G.2016FAGUNDES, L. G. ; ROCHA, R. ; FUMAGALLI, M. ; NOGUEIRA, M. ; ELIAS, T. C. ; da SILVEIRA, NJ F ; MALAQUIAS, L. C. ; COELHO, L. F. L. . Phylogenetic analysis of Dengue virus 1 isolated from South Minas Gerais, Brazil. Brazilian Journal of Microbiology (Impresso), v. 47, p. 251-258, 2016.

6.
Henrique T2016Henrique T ; Silveira NJF ; CUNHA-VOLPATO, A. ; MATARUCO, M. ; STEFANINI, A. C. ; FARES, A. ; ANDRADE, J. ; MASSON, C. ; LOPEZ, R. ; NUNES, F. ; KOWALSKI, L. ; SEVERINO, P. ; TAJARA, E. . HNdb: an integrated database of gene and protein information on head and neck squamous cell carcinoma. DATABASE-OXFORD, v. 2016, p. baw026-11, 2016.

7.
PEREIRA, F. S. S.2013PEREIRA, F. S. S. ; SARAIVA, L. A. ; da Silveira, NJF ; VELOSO, M. P. . Modelagem molecular por homologia e validação estrutural da CRK3 de Leishmania mexicana. Revista Eletrônica de Farmácia, v. 10, p. 42-52, 2013.

8.
FREITAS, P. G.2012FREITAS, P. G. ; BARBOSA, A. F. ; SARAIVA, L. A. ; CAMPS, I. ; da SILVEIRA, NJ F ; VELOSO, M. P. ; SANTOS, M. H. ; SCHNEEDORF, J. M. . Mangiferin Binding to Serum Albumin is non-saturable and induces conformational changes at high concentrations. Journal of Luminescence, v. 132, p. 3027-3034, 2012.

9.
Saraiva, LA2011Saraiva, LA ; Veloso, MP ; Rodriguez, I.C. ; da Silveira, NJF . Structural Bioinformatics Approach of Cyclin-Dependent Kinases 1 and 3 Complexed with Inhibitors. Molecular Informatics, v. 30, p. 2-14, 2011.

10.
PACETTI, G. A.2011PACETTI, G. A. ; KAWAGUCHI, L. Y. A. ; PARENTE, M. ; AIMBIRE, F. ; da SILVEIRA, NJ F ; ALBERTINI, R. . Análise do Controle Autonômico de Controladores de Tráfego Aéreo por meio da Variabilidade Cardíaca. ConScientiae Saúde (Impresso), v. 10, p. 201-209, 2011.

11.
SANTOS, JEAN DOUGLAS MOURA DOS2011SANTOS, JEAN DOUGLAS MOURA DOS ; OLIVEIRA, MARCO ANTONIO DE ; SILVEIRA, NELSON JOSé FREITAS DA ; CARVALHO, SéRGIO DE SOUZA ; OLIVEIRA, ADENO GONçALVES . Confiabilidade inter e intraexaminadores nas mensura�§�µes angulares por fotogrametria digital e goniometria. Fisioterapia em Movimento (PUCPR. Impresso), v. 24, p. 389-400, 2011.

12.
Arcuri, Helen A2010Arcuri, Helen A ; Zafalon, Geraldo FD ; Marucci, Evandro A ; Bonalumi, Carlos E ; da Silveira, NJF ; Machado, Jose M ; de Azevedo, Walter F ; Palma, Mario S . SKPDB: a structural database of shikimate pathway enzymes. BMC Bioinformatics, v. 11, p. 12, 2010.

13.
Rodrigues-Lisoni, Flavia C2010Rodrigues-Lisoni, Flavia C ; Peitl, Paulo ; Vidotto, Alessandra ; Polachini, Giovana M ; Maniglia, Jose V ; Carmona-Raphe, Juliana ; Cunha, Bianca R ; Henrique, Tiago ; Souza, Caique F ; Teixeira, Rodrigo AP ; Fukuyama, Erica E ; Michaluart, Pedro ; de Carvalho, Marcos B ; Oliani, Sonia M ; GENCAPO, Project (Head and Neck Genome Project (GENCAPO)) ; Tajara, Eloiza H . Genomics and proteomics approaches to the study of cancer-stroma interactions. BMC Medical Genomics, v. 3, p. 14, 2010.

14.
da Silveira, NJF;Silveira NJF;GENCAPO, Project (Head and Neck Genome Project (GENCAPO));Nelson José Freitas da Silveira;Silveira, Nelson José Freitas da;SILVEIRA, NELSON JOSÉ FREITAS DA;SILVEIRA, NELSON JOSÃO FREITAS DA;SILVEIRA, NELSON JOSé FREITAS DA;Silveira, NJF;DA SILVEIRA, NELSON JOSÉ FREITAS2008da Silveira, NJF; Varuzza L ; Machado-Lima A ; Lauretto M ; Pinheiro DG ; Rodrigues RV ; Severino P ; Nobrega FG ; SILVA JR., W. A. ; Pereira CAB ; TAJARA, E. H. . Searching for molecular markers in head and neck squamous cell carcinomas (HNSCC) by statistical and bioinformatics analysis of larynx-derived SAGE libraries. BMC Medical Genomics, v. 1, p. 1-17, 2008.

15.
ALVES, V. A. F.2008ALVES, V. A. F. ; NONOGAKI, S. ; CURY, PM ; WUNSCH-FILHO, V. ; CARVALHO, M. B. ; MICHALUART JR, P ; MOYSES, R. A. ; CURIONI, O. A. ; FIGUEIREDO, D. L. ; SCAPULATEMPO-NETO, C. ; Polachini GM ; SOUZA, R. S. ; OLIANI, S. M. ; SILVA JUNIOR, W. A. ; NOBREGA, F. G. ; GENCAPO, Project (Head and Neck Genome Project (GENCAPO)) ; TAJARA, E. H. ; ZAGO, M. A. . Annexin A1 subcellular expression in laryngeal squamous cell carcinoma.. Histopathology (Oxford. Print), v. 56, p. 715-722, 2008.

16.
ALVARES, A. M2008ALVARES, A. M ; MICHALUART JR, P ; Severino P ; OKAMOTO, O. K. ; NUNES, F. D. ; MOREIRA FILHO, C. A. ; TAJARA, E. H. ; GENCAPO, Project (Head and Neck Genome Project (GENCAPO)) . Global gene expression profiling of oral cavity cancers suggests molecular heterogeneity within anatomic subsites.. BMC Research Notes, v. 1, p. 113, 2008.

17.
Cantalino, J.L.R.2008Cantalino, J.L.R. ; Oliveira, L.V.F. ; Salgado, A.S.I. ; da SILVEIRA, NJ F ; Costa, M.C. . Análise da variabilidade da frequência cardíaca após mobilização miofascial da região craniana.. Terapia Manual, v. 6, p. 25-27, 2008.

18.
LAZARO, J. C.2008LAZARO, J. C. ; LIMA, C. J. ; MOREIRA, L. M. ; SILVEIRA JR., L. ; da SILVEIRA, NJ F ; VILLAVERDE, A. B. ; PACHECO, M. T. T. . Analysis of the alteration in the optical configuration of Raman spectrometer: Optimization of signal-to-noise ratio (SNR) in a specific wavelength range of clinical interest. Spectroscopy (Ottawa), v. 22, p. 467-474, 2008.

19.
da Silveira, NJF;Silveira NJF;GENCAPO, Project (Head and Neck Genome Project (GENCAPO));Nelson José Freitas da Silveira;Silveira, Nelson José Freitas da;SILVEIRA, NELSON JOSÉ FREITAS DA;SILVEIRA, NELSON JOSÃO FREITAS DA;SILVEIRA, NELSON JOSé FREITAS DA;Silveira, NJF;DA SILVEIRA, NELSON JOSÉ FREITAS2007da Silveira, NJF; BONALUMI, C. E. ; ARCURI, Helen Andrade ; de AZEVEDO JR, W.F. . Molecular Modeling Databases: A New Way in the Search of Proteins Targets for Drug Development. Current Bioinformatics, v. 2, p. 1-10, 2007.

20.
da Silveira, NJF;Silveira NJF;GENCAPO, Project (Head and Neck Genome Project (GENCAPO));Nelson José Freitas da Silveira;Silveira, Nelson José Freitas da;SILVEIRA, NELSON JOSÉ FREITAS DA;SILVEIRA, NELSON JOSÃO FREITAS DA;SILVEIRA, NELSON JOSé FREITAS DA;Silveira, NJF;DA SILVEIRA, NELSON JOSÉ FREITAS2006 da Silveira, NJF; BONALUMI, C. E. ; HUCHOA, H. B. ; CANDURI, Fernanda ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . DBMODELING: a database applied to the study of protein targets from genome projects.. Cell Biochemistry and Biophysics, USA, v. 44, n.3, p. 366-374, 2006.

21.
DIAS, Marcio Vinicius Bertacine2006DIAS, Marcio Vinicius Bertacine ; CANDURI, Fernanda ; da Silveira, NJF ; PALMA, Mário Sérgio ; BASSO, Luiz Augusto ; SANTOS, Diógenes Santiago ; de AZEVEDO JR, W.F. . Molecular models of tryptophan synthase from Mycobacterium tuberculosis.. Cell Biochemistry and Biophysics, USA, v. 44, n.3, p. 375-384, 2006.

22.
da Silveira, NJF;Silveira NJF;GENCAPO, Project (Head and Neck Genome Project (GENCAPO));Nelson José Freitas da Silveira;Silveira, Nelson José Freitas da;SILVEIRA, NELSON JOSÉ FREITAS DA;SILVEIRA, NELSON JOSÃO FREITAS DA;SILVEIRA, NELSON JOSé FREITAS DA;Silveira, NJF;DA SILVEIRA, NELSON JOSÉ FREITAS2005 da Silveira, NJF; UCHÔA, Hugo Brandão ; PEREIRA, José Henrique ; CANDURI, Fernanda ; BASSO, Luiz Augusto ; PALMA, Mário Sérgio ; SANTOS, Diógenes Santiago ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . Molecular Models of Protein Targets from Mycobacterium tuberculosis. Journal of Molecular Modeling (Online), Alemanha, v. 11, p. 160-166, 2005.

23.
da Silveira, NJF;Silveira NJF;GENCAPO, Project (Head and Neck Genome Project (GENCAPO));Nelson José Freitas da Silveira;Silveira, Nelson José Freitas da;SILVEIRA, NELSON JOSÉ FREITAS DA;SILVEIRA, NELSON JOSÃO FREITAS DA;SILVEIRA, NELSON JOSé FREITAS DA;Silveira, NJF;DA SILVEIRA, NELSON JOSÉ FREITAS2005 da Silveira, NJF; ARCURI, Helen Andrade ; BONALUMI, C. E. ; SOUZA, F. P. ; MELLO, I. M. V. G. C. ; RAHAL, P. ; PINHO, J. R. R. ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . Molecular models of NS3 protease variants of the Hepatitis C Virus. BMC Structural Biology (Online), Inglaterra, v. 5, n.1, p. 1, 2005.

24.
MANHANI, Karisa Karla2005MANHANI, Karisa Karla ; ARCURI, Helen Andrade ; da Silveira, NJF ; HUCHOA, H. B. ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de ; CANDURI, Fernanda . Molecular Models of Protein Kinase 6 from Plasmodium falciparum. Journal of Molecular Modeling (Online), Alemanha, v. 12, n.1, p. 42-48, 2005.

25.
ARCURI, Helen Andrade2004ARCURI, Helen Andrade ; CANDURI, Fernanda ; PEREIRA, José Henrique ; da Silveira, NJF ; CAMERA JUNIOR, João Carlos ; OLIVEIRA, Jaim Simões de ; BASSO, Luiz Augusto ; PALMA, Mário Sérgio ; SANTOS, Diógenes Santiago ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . Molecular models of shikimate pathway enzymes of Xylella fastidiosa. Biochemical and Biophysical Research Communications, USA, v. 320, p. 979-991, 2004.

26.
da Silveira, NJF;Silveira NJF;GENCAPO, Project (Head and Neck Genome Project (GENCAPO));Nelson José Freitas da Silveira;Silveira, Nelson José Freitas da;SILVEIRA, NELSON JOSÉ FREITAS DA;SILVEIRA, NELSON JOSÃO FREITAS DA;SILVEIRA, NELSON JOSé FREITAS DA;Silveira, NJF;DA SILVEIRA, NELSON JOSÉ FREITAS2004da Silveira, NJF; HUCHOA, H. B. ; CANDURI, Fernanda ; PEREIRA, José Henrique ; CAMERA JUNIOR, João Carlos ; BASSO, Luiz Augusto ; PALMA, Mário Sérgio ; SANTOS, Diógenes Santiago ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . Structural Bioinformatics Study of PNP from Schistosoma mansoni. Biochemical and Biophysical Research Communications, USA, v. 322, p. 100-104, 2004.

27.
UCHÔA, Hugo Brandão2004UCHÔA, Hugo Brandão ; JORGE, Guilherme Eberhart ; da Silveira, NJF ; CAMERA JUNIOR, João Carlos ; CANDURI, Fernanda ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . Parmodel: a web server for automated comparative modeling of proteins. Biochemical and Biophysical Research Communications, USA, v. 325, p. 1481-1486, 2004.

28.
CANDURI, Fernanda2003CANDURI, Fernanda ; da Silveira, NJF ; CAMERA JUNIOR, João Carlos ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . Structural Bioinformatics Study of Cyclin-Dependent Kinases Complexed with Inhibitors. Eclética Química (Araraquara), Brasil, v. 28, p. 45-53, 2003.

29.
PEREIRA, José Henrique2003PEREIRA, José Henrique ; CANDURI, Fernanda ; OLIVEIRA, Jaim Simões de ; da Silveira, NJF ; BASSO, Luiz Augusto ; PALMA, Mário Sérgio ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . Structural Bioinformatics Study of EPSP Synthase from Mycobacterium tuberculosis. Biochemical and Biophysical Research Communications, USA, v. 312, p. 767-772, 2003.

30.
AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de2002 AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de ; CANDURI, Fernanda ; da Silveira, NJF . Structural basis for inhibition Cyclin-Dependent Kinase 9 by flavopiridol. Biochemical and Biophysical Research Communications, USA, v. 293, n.1, p. 566-571, 2002.

31.
AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de2002 AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de ; GASPAR, Renato Tadeu ; CANDURI, Fernanda ; CAMERA JUNIOR, João Carlos ; da Silveira, NJF . Molecular Model of Cyclin-Dependent Kinase 5 Complexed with Roscovitine. Biochemical and Biophysical Research Communications, USA, v. 297, p. 1154-1158, 2002.

Capítulos de livros publicados
1.
SILVA, Eloiza Helena Tajara da ; da Silveira, NJF ; PROJECT, H. A. N. G. . Markers of Aggressive Behaviour in Head and Neck Tumors. In: Avnish K. Varma, M. Piemonte. (Org.). Oral Oncology. Delhi: Northern Book Centre, 2006, v. 11, p. 3-8.

Textos em jornais de notícias/revistas
1.
CAMERA JUNIOR, João Carlos ; da Silveira, NJF ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . Construa um cluster Beowulf para Reinderização de imagens. PC&Cia, Brasil, p. 18 - 20.

2.
CAMERA JUNIOR, João Carlos ; da Silveira, NJF ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . Construa um Cluster Beowulf para Reinderização de Imagens (II). PC&Cia, Brasil, p. 20 - 22.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
BONALUMI, C. E. ; da Silveira, NJF ; de AZEVEDO JR, W.F. . PRINCIANE: a web tool for docking simulations. In: X Encontro Latino Americano de Iniciação Científica e VI Encontro Latino Americano de Pós Graduação, 2006, São José dos Campos. Revista Univap, 2006.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
SILVA, Eloiza Helena Tajara da ; DIAS-NETO, E. ; SILVA JR., W. A. ; GREGORIO, S. P. ; SILVA, A. M. A. ; DINARTE, A. R. ; FORTES, C. S. ; FIGUEIREDO, D. L. ; da Silveira, NJF ; VIDOTTO, A. . Markers of Agressive Behaviour in Head and Neck Tumors. In: 11 International Congress on Oral Cancer (ICOOC), 2006, Grado (GO). Livro de Resumos, 2006.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
da Silveira, NJF; BONALUMI, C. E. ; ARCURI, Helen Andrade ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . DBMODELING: A database of structural models of proteins. In: In-Silico Analysis of Proteins Celebrating the 20th anniversary of Swiss-Prot, 2006, Fortaleza. Livro de Resumos, 2006.

2.
da Silveira, NJF; CAMERA JUNIOR, João Carlos ; CANDURI, Fernanda ; HUCHOA, H. B. ; JORGE, Guilherme Eberhart ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . DBMODELING: a database of protein structural models from Mycobacterium tuberculosis genome. In: II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICOBICOBI), 2004, Angra dos Reis. Livro de resumos, 2004.

3.
AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de ; PEREIRA, José Henrique ; CANDURI, Fernanda ; OLIVEIRA, Jaim Simões de ; da Silveira, NJF ; BASSO, Luiz Augusto ; PALMA, Mário Sérgio ; SANTOS, Diógenes Santiago . Structural bioinformatics study of EPSP synthase from Mycobacterium tuberculosis. In: II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICOBICOBI), 2004, Angra dos Reis. Livro de resumos, 2004.

4.
ARCURI, Helen Andrade ; CANDURI, Fernanda ; PEREIRA, José Henrique ; da Silveira, NJF ; CAMERA JUNIOR, João Carlos ; OLIVEIRA, Jaim Simões de ; BASSO, Luiz Augusto ; PALMA, Mário Sérgio ; SANTOS, Diógenes Santiago ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . Structural bioinformatics applied of study for shikimate pathway enzymes of Xylella fastidiosa. In: 1st Latin American Protein Society Meeting, 2004, Angra dos Reis. Livro de resumos, 2004.

5.
da Silveira, NJF; CAMERA JUNIOR, João Carlos ; CANDURI, Fernanda ; UCHÔA, Hugo Brandão ; JORGE, Guilherme Eberhart ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . Structural bioinformatics applied to the study of protein targets from Mycobacterium tuberculosis. In: 1st Latin American Protein Society Meeting, 2004, Angra dos Reis. Livro de resumos, 2004.

6.
DIAS, Marcio Vinicius Bertacine ; CANDURI, Fernanda ; da Silveira, NJF ; PALMA, Mário Sérgio ; BASSO, Luiz Augusto ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de ; SANTOS, Diógenes Santiago . Molecular models of tryptophan synthase from Mycobacterium tuberculosis complexed with inhibitors. In: 1st Latin American Protein Society Meeting, 2004, Angra dos Reis. Livro de resumos, 2004.

7.
PERES, Patrícia ; LOMBARDI, Fábio R ; CANDURI, Fernanda ; da Silveira, NJF ; RODRIGUEZ, Gustavo Orlando Bonilla ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . Molecular model of cathodic hemoglobin from catfish Hoplosternum littorale. In: SBBq, 2003, Caxanbú. Livro de resumos, 2003.

8.
MANHANI, Karisa Karla ; CANDURI, Fernanda ; da Silveira, NJF ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . Molecular model of cyclin-dependent kinase 4 complexed with Roscovitine. In: SBBq, 2003, Caxambú. Livro de resumos, 2003.

9.
ESTEVES, Luciana Carvalho ; CANDURI, Fernanda ; CAMERA JUNIOR, João Carlos ; da Silveira, NJF ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . Structural bioinformatics study of Cyclin-dependent kinase isolated from Plasmodium falciparum complexed with Roscovitine. In: SBBq, 2003, Caxambú. Livro de resumos, 2003.

10.
UCHÔA, Hugo Brandão ; JORGE, Guilherme Eberhart ; da Silveira, NJF ; CAMERA JUNIOR, João Carlos ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . Automatization and parallelization in the molecular modeling process of tertiary structures of proteins. In: SBBq, 2003, Caxambú. Livro de resumos, 2003.

11.
da Silveira, NJF; CAMERA JUNIOR, João Carlos ; UCHÔA, Hugo Brandão ; JORGE, Guilherme Eberhart ; CANDURI, Fernanda ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . Bioinformatics study of cyclin-dependent kinase 5 complexed with Roscovitine. In: SBBq, 2003, Caxambú. Livro de resumos, 2003.

12.
ARCURI, Helen Andrade ; PEREIRA, José Henrique ; CANDURI, Fernanda ; CAMERA JUNIOR, João Carlos ; da Silveira, NJF ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . Molecular model of shikimate kinase isolated from Xylella fastidiosa. In: SBBq, 2003, Caxambú. Livro de resumos, 2003.

13.
JORGE, Guilherme Eberhart ; da Silveira, NJF ; CAMERA JUNIOR, João Carlos ; UCHÔA, Hugo Brandão ; CANDURI, Fernanda ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . Prot gif a web tool to generate macromolecular graphics for publication and teaching. In: SBBq, 2003, Caxambú. Livro de resumos, 2003.

14.
CANDURI, Fernanda ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de ; CAMERA JUNIOR, João Carlos ; da Silveira, NJF . Structural bioinformatics study of CDK1 complexed with Flavopiridol and Roscovitine. In: SBBq, 2003, Caxambú. Livro de resumos, 2003.

15.
CAMERA JUNIOR, João Carlos ; da Silveira, NJF ; UCHÔA, Hugo Brandão ; CANDURI, Fernanda ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . Parallelization of a docking program in a Beowulf cluster. In: Workshop on Molecular Modeling in Biophysics, 2002, Rio de Janeiro. Livro de resumos, 2002.

16.
GASPAR, Renato Tadeu ; CANDURI, Fernanda ; CAMERA JUNIOR, João Carlos ; da Silveira, NJF ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . Analysis of inhibition of cyclin-dependent kinase 1 by roscovitine and flavopiridol. In: Workshop on Molecular Modeling in Biophysics, 2002, Rio de Janeiro. Livro de resumos, 2002.

17.
da Silveira, NJF; CAMERA JUNIOR, João Carlos ; CANDURI, Fernanda ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . Comparative modelling: problems and solutions using modeller. In: Workshop on Molecular Modeling in Biophysics, 2002, Rio de Janeiro. Livro de resumos, 2002.

Apresentações de Trabalho
1.
da Silveira, NJF. Bioinformática Estrutural. 2013. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

2.
Saraiva, LA ; Rodrigues IC ; Veloso, MP ; da Silveira, NJF . BIOINFORMATICS APPROACH OF CYCLIN-DEPENDENT KINASES 1 AND 3 COMPLEXED WITH INHIBITORS. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

3.
SILVA, R. A. ; de Assis, GF ; da Silveira, NJF . Prediction of segmentes in proteins using LMProt algoritm. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
Saraiva, LA ; da Silveira, NJF ; Rodrigues IC ; Silva, JMSF ; Santos, PG ; Veloso, MP . Docking Molecular de xantomonas naturais farmacologicamente ativas com HSA, principal proteína humana de transporte sanguíneo. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

5.
CARVALHO, P. V. S. D. ; da Silveira, NJF ; Omote, D ; Gouvêa, CMCP . Approach applied in the computational Discovery of new phytochemical present in medicinal plants, with Terapeutic Potential in Head and Neck Cancer. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

6.
Saraiva, LA ; da Silveira, NJF ; Rodrigues IC ; Silva, JMSF ; Santos, PG ; Santos, MH ; Veloso, MP . Molecular docking of natural pharmacologically active xanthones with human serum albumin and bovine serum albumin, main protein transporters in plasma. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

7.
Saraiva, LA ; Veloso, MP ; Rodrigues IC ; da Silveira, NJF . Structural Bioinformatics approach of cyclin-dependent kinases 1 and 3 complexed with inhibitors. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

8.
Saraiva, LA ; Veloso, MP ; Rodrigues IC ; da Silveira, NJF . Computational approach to new anticancer drug developments using bioinformatics to structural analysis of molecular markers in HNSCC. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

9.
Matsui QYP ; Mota, AJ ; Back-Brito GN ; Pereira, DB ; da Silveira, NJF ; Mittmann J . Sexagem e sequenciamento parcial do gene CHD-1/Z de Mimus Saturninus Taxidermizado. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

10.
da Silveira, NJF. Métodos Computacionail Aplicados em Bioinformática. 2009. (Apresentação de Trabalho/Seminário).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
da Silveira, NJF; BONALUMI, C. E. ; JORGE, Guilherme Eberhart ; ARCURI, Helen Andrade ; OLIVEIRA, N. A. ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . DBMODELING. 2005.

2.

3.
OLIVEIRA, N. A. ; da Silveira, NJF ; BONALUMI, C. E. ; de AZEVEDO JR, W.F. . Biolinux-BR. 2004.

4.
UCHÔA, Hugo Brandão ; JORGE, Guilherme Eberhart ; da Silveira, NJF ; BONALUMI, C. E. ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . ParModel web server. 2004.

5.

6.
JORGE, Guilherme Eberhart ; da Silveira, NJF ; BONALUMI, C. E. ; OLIVEIRA, N. A. ; AZEVEDO JUNIOR, Walter Filgueira de . ProtGif. 2003.


Demais tipos de produção técnica
1.
Silveira, NJF. Parecerista dos Cursos de Ciência da Computação. 2018. (Avaliação Guia do Estudante).

2.
Silveira, NJF. Parecerista dos cursos de Ciência da Computação.. 2017. (Avaliação Guia do Estudante).

3.
da Silveira, NJF. Informática Biomédica: do paciente às metodologias computacionais. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

4.
da Silveira, NJF. Modelagem Estrutural de Proteínas. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Outra).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
Silveira, NJF; HENRIQUE, T.; MARQUES, M. J.. Participação em banca de Icaro Alves Pinto. IDENTIFICAÇÃO IN SILICO DE POTENCIAIS INIBIDORES DA VIA WNT CANÔNICA EM ADENOCARCINOMA MAMÁRIO HUMANO. 2018. Dissertação (Mestrado em CIÊNCIAS BIOLÓGICAS) - Universidade Federal de Alfenas.

2.
SILVA, R. A.; MORELI, M. L.; SANTOS, W. G.; da Silveira, NJF. Participação em banca de Ricardo Lemes Gonçalves. Mecanismos de Interação entre Monômeros da NS1 do Vírus Zika e Dengue como Alvo do Design Racional de Fármacos. 2017. Dissertação (Mestrado em CIÊNCIAS APLICADAS À SAÚDE) - Universidade Federal de Goiás.

3.
Silveira, NJF; SOUZA, T. B.. Participação em banca de Camila de Moraes Coelho. Desenvolvimento de protótipos leishmanicidas: Estudos computacionais por modelagem molecular, síntese química e avaliação farmacológica de novos derivados do eugenol.. 2017. Dissertação (Mestrado em Farmácia) - Universidade Federal de Alfenas.

4.
CAMPS, I.; ROMEIRO, N. C.; da Silveira, NJF. Participação em banca de Leonardo Bruno Federico. Estudo computacional de novos inibidores de acetilcolinesterase, planejados como candidatos a fármacos para o tratamento da Doença de Alzheimer. 2012. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal de Alfenas.

5.
TAJARA, E. H.; da Silveira, NJF; Rodrigues-Lisoni, Flavia C. Participação em banca de Tiago Henrique. Marcadores Moleculares Envolvidos na Tumorigênese de Pulmão. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde) - Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto.

6.
da Silveira, NJF; RODRIGUES-LISONI, F. C.; TAJARA, E. H.. Participação em banca de Tiago Henrique. Identificação e Avaliação da Expressão de Marcadores Moleculares Envolvidos na Tumorigênese de Pulmão. 2010. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde) - Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto.

Teses de doutorado
1.
Silveira, NJF; SILVA, L. E.; LEMES, N. H. T.; de AZEVEDO JR, W.F.; CANDURI, Fernanda. Participação em banca de Thiago Castilho Elias. MB-Isoster: um software para simulação de bioisosterismo. 2018. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal de Alfenas.

2.
Silveira, NJF; VELOSO, M. P.; COELHO, L. F. L.; ROMEIRO, N. C.; JUDICE, W. A. S.. Participação em banca de Poliany Graziella de Freitas. Métodos Computacionais Aplicados na Avaliação de Novos Fármacos Contra Alvos Moleculares em Hepatite C, Câncer e Lishmaniose.. 2017. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal de Alfenas.

3.
TAJARA, E. H.; da Silveira, NJF; PAVARINO, E. C.; CORNELIO, M. L.; NOGUEIRA, M. L.. Participação em banca de Tiago Henrique. Abordagem Computacional para Identificação de Marcadores Moleculares e de seus Ligantes com Potencial Aplicação no Tratamento do Carcinoma Epidermoide de Cabeça e Pescoço.. 2016. Tese (Doutorado em Ciências da Saúde) - Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto.

4.
RAHAL, P.; Gaspar JO; Oliveira MTVA; Cabral H; da Silveira, NJF. Participação em banca de Paola Jocelan Scarin Provazzi. Caracterização da estrutura da serino-protease NS3 em pacientes infectados com o vírus da hepatite C do genótipo 3. 2008. Tese (Doutorado em Biociências) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Qualificações de Doutorado
1.
da Silveira, NJF; VELOSO, M. P.; VIRTUOSO, L. S.; OLIVEIRA, H. C. B.. Participação em banca de Thiago Castilho Elias. MB-ISOSTER: UM SOFTWARE PARA SIMULAÇÃO DE BIOISOSTERISMO.. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Química) - Universidade Federal de Alfenas.

2.
Magini M; Magini MRR; da Silveira, NJF. Participação em banca de Sérgio Ricardo Silva Magalhães. Eficiência de Métodos de Comparação de Modelos de Regressão Linear como uma Alternativa de Análise de dados e EMG. 2006. Exame de qualificação (Doutorando em Engenharia Biomédica) - Universidade do Vale do Paraíba.

Qualificações de Mestrado
1.
DIAS, A. L. T.; ALMEIDA, P. P. C.; Silveira, NJF. Participação em banca de Paloma da Silva Gomes Lopes. Identificação de candidatos vacinais em potencial para Trichosporon asahii baseada na tecnologia de vacinologia reversa.. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em CIÊNCIAS BIOLÓGICAS) - Universidade Federal de Alfenas.

2.
ALMEIDA, L. A.; FREITAS, P. G.; PAFFARO JUNIOR, V. A.; Silveira, NJF. Participação em banca de Icaro Alves Pinto. IDENTIFICAÇÃO IN SILICO DE POTENCIAIS INIBIDORES DA VIA WNT CANÔNICA EM ADENOCARCINOMA MAMÁRIO HUMANO. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em CIÊNCIAS BIOLÓGICAS) - Universidade Federal de Alfenas.

3.
CAMPS, I.; Silveira, NJF; BEZERRA, A. T.. Participação em banca de Roberto Tavares Madeira. Interação de nanotubos de boro-nitrogênio com metais pesados: estudo de primeiros princípios.. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Física - UNIFAL(32011016010P8)) - Universidade Federal de Alfenas.

4.
Veloso, MP; da Silveira, NJF. Participação em banca de Camila de Morais Coelho. Desenvolvimento de protótipos leishmanicidas: Estudos computacionais por modelagem molecular, síntese química e avaliação farmacológica de novos derivados do eugenol.. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências Farmacêuticas) - Universidade Federal de Alfenas.

5.
MARQUES, M. J.; da Silveira, NJF. Participação em banca de Letícia Almeida. Ação Leishmanicida In Vitro e Anásile do Potencial de Inibição Enzimática In Silico (Docking Molecular) de Derivados Benzofenônicos.. 2012. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências Farmacêuticas) - Universidade Federal de Alfenas.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
Silveira, NJF. Participação em banca de Luis Eduardo de Matos.Sistemas Lúdicos de Autoria no Ensino-Aprendizagem.. 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Alfenas.

2.
Silveira, NJF; FREITAS, P. G.; VELOSO, M. P.. Participação em banca de Kassius de Souza Reis.Estudos de Modelagem Molecular de Análogos do Eugenol, candidatos a fármacos leishmanicidas.. 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Farmácia) - Universidade Federal de Alfenas.

3.
VELOSO, M. P.; da Silveira, NJF; FREITAS, P. G.. Participação em banca de Mariana Borges da Silva e Rachel Vieira.Estudos computacionais por modelagem molecular.. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Farmácia) - Universidade Federal de Alfenas.

4.
VELOSO, M. P.; Silveira, NJF. Participação em banca de Mariana Borges da Silva e Rachel Vieira.Desenvolvimentos de protótipos a candidatos de fármacos para o tratamento de Lieshmaniose: Estudos computacionais por modelagem molecular.. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Farmácia) - Universidade Federal de Alfenas.

5.
Veloso, MP; Rodrigues IC; Silveira NJF. Participação em banca de Priscila Yuri Okazaki.Identification and Optimisation of Ligands for LCTM-1 by In-silico Screening.. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Farmácia) - Universidade Federal de Alfenas.

6.
COSTA, L. T.; MAGALHAES, F.; da Silveira, NJF. Participação em banca de Tuanan da Costa Lourenço.Simulação computacional de líquidos iônicos de interesse em tecnologia limpa.. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Química) - Universidade Federal de Alfenas.

7.
Coelho, MFC; da Silveira, NJF; Costa, LT. Participação em banca de Mariny Fabiéle Cabral Coelho.Dinâmica Molecular de Líquidos Iônicos. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Química) - Universidade Federal de Alfenas.

8.
Bastos, M; da Silveira, NJF; Rodrigues IC. Participação em banca de Mirele Bastos.Modelagem Computacional do complexo catepsina G fukugetinas. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Química) - Universidade Federal de Alfenas.

9.
Milan, GAV; da Silveira, NJF; Rodrigues IC. Participação em banca de Giulia A V Milan.Modelagem da interação molecular entre a fukugetina e a papaína. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal de Alfenas.

10.
Renó, CO; da Silveira, NJF; Rodrigues IC. Participação em banca de Caroline de Oliveira Renó.Modelagem computacional de interação entre o grupo prostético heme e o exigênio. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal de Alfenas.

11.
Bustamante, JI; da Silveira, NJF. Participação em banca de Juliano Inácio Bustamante.HMDB: Homology modeling database. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade do Vale do Paraíba.

12.
da Silveira, NJF; Saraiva ML. Participação em banca de Leonardo Christofoletti Schio.Implementação de Cubo OLAP sobre um Data Warehouse. 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade do Vale do Paraíba.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
OLIVEIRA, H. C. B.; REZENDE, M. L.; da Silveira, NJF. Professor Substituto. 2016. Universidade Federal de Alfenas.

2.
da Silveira, NJF; PAGLIARES, R. M.; GONZAGA, F. B.. Docente. 2012. Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Sul de Minas Gerais.

3.
da Silveira, NJF; Barbieri F; Silva LE. Contratação de professor substituto de Informática. 2011. Instituto Federal de Educação Ciencia e Tecnologia.

4.
da Silveira, NJF; SILVA, R. A.; de Paula Junior, AR. Processamento e Análise de Sinais Biológicos. 2009. Universidade do Vale do Paraíba.

Outras participações
1.
da Silveira, NJF; Bressan PA; SALGADO, R. M.. Técnico em Tecnologia da Informação. 2011. Instituto Federal de Educação Ciencia e Tecnologia.

2.
da Silveira, NJF; Bressan PA; SALGADO, R. M.. Analista de Tecnologia da Informação. 2011. Instituto Federal de Educação Ciencia e Tecnologia.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Brazilian-International Congress of Genetics. The LincRNA Ultra-Conserved UC.112 and UC.160 are associated with childhood T-Cell acute lymphoblastic leukemia.. 2017. (Congresso).

2.
I Workshop do Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas.Identificação de Candidatos Vacinais em potencial para Trichosporon asahii Baseada na Tecnologia de Vacinologia Reversa. 2017. (Outra).

3.
I Workshop do Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas.Mesa-redonda: Biologia do Câncer.. 2016. (Outra).

4.
2 DataStorm Summer School.2 DataStorm Summer School. 2015. (Simpósio).

5.
Building Insights Breaking Boundaries.Treinamento Elsevier nas bases de dados SciVerse ScienceDirect, SciVese Scopus e Compendex. 2011. (Oficina).

6.
Workshop on Synthetic Biology and Robotics. 2011. (Simpósio).

7.
X-Meeting. Bioinformatics Approach of cyclin-dependent kinases 1 and 3 complexed with inhibitors. 2011. (Congresso).

8.
X-Meeting. Bioinformatics Practical Course. 2011. (Congresso).

9.
X-Meeting. Validation of Molecular Dinamics on Experiments of New Drogs Identification.. 2011. (Congresso).

10.
56. Congresso Brasileiro de Genética. Sexagem e sequenciamento parcial do Gene CDH1/Z de Mimus Saturninus Taxidermizado. 2010. (Congresso).

11.
CCIS 2010. Prediction of Segments in Proteins using LMProt Algoritm.. 2010. (Congresso).

12.
II ciclo de palestras em Biotecnologia.Bioinformática estrutural: métodos e aplicações. 2010. (Seminário).

13.
III Congresso Internacional Software Livre e Governo Eletrônico. Mysql. 2010. (Congresso).

14.
III Congresso Internacional Software Livre e Governo Eletrônico. Desenvolvimento e Gestão de um Curso Utilizando o Ambiente Moodle. 2010. (Congresso).

15.
SB-Meeting. COMPUTATIONAL APPROACH TO NEW ANTICANCER DRUG DEVELOPMENTS USING BIOINFORMATICS TO STRUCTURAL ANALYSIS OF MOLECULAR MARKERS IN HNSCC.. 2010. (Congresso).

16.
The 1st International Conference on Bioinformatics SOIBIO.. Prediction of Segments in Protein Using LMProt algoritm.. 2010. (Congresso).

17.
I Semana Acadêmica da Ciência da Computação.Métodos Computacionais Aplicados em Bioinformática. 2009. (Encontro).

18.
Global Dialogues on Emerging Science and Technology (GDEST).Molecular Markers Identification on HNSCC using Data from Different Experimental Techniques. 2006. (Simpósio).

19.
In-Silico Analysis of Proteins Celebrating the 20th anniversary of Swiss-Prot. DBMODELING: A database of structural models of proteins. 2006. (Congresso).

20.
X Encontro Latino Americano de Iniciação Científica e VI Encontro Lationo Americano de Pós Graduação. Informática Biomédica: do paciente às metodologias computacionais. 2006. (Congresso).

21.
I Semana de Tecnologia da FATEC.Bioinformática. 2005. (Seminário).

22.
1º Latin American Protein Society Meeting. Structural Bioinformatics Applied to the Study of Protein Targets from Mycobacterium tuberculosis Genome. 2004. (Congresso).

23.
International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. DBMODELING: a Database of Protein Structural Models from Mycobacterium tuberculosis. 2004. (Congresso).

24.
I Escola de Computação de Alto Desempenho para Sistemas Complexos.Bioinformatics Study of Cyclin-Dependent Kinase 5 Complexed with Roscovitine. 2003. (Outra).

25.
SBBq. Bioinformatics Study of Cyclin-Dependent Kinase 5 Complexed with Roscovitine. 2003. (Congresso).

26.
Workshop on Molecular Modeling in Biophysics. Comparative Modeling: Problems and Solutions Using MODELLER. 2002. (Congresso).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
da Silveira, NJF. Seminário de Iniciação Científica / SIC. 2014. (Outro).

2.
da Silveira, NJF; REIS, A. V. ; VAZ, C. C. ; LIMA, M. B. ; RODRIGUES, L. ; GONCALVES, L. F. R. ; OLIVE, I. ; BARBIN, F. O. ; CAMPOS, J. V. . IV Ciclo de Palestras em Biotecnologia. 2013. (Outro).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Janaína de Fátima Corsini. Bioinformática Estrutural Aplicada ao Desenho de Fármacos aos Marcadores Apoptóticos BIRC7, MDM2, TP53, Identificados em Vários Tipos de Câncer.. Início: 2018. Dissertação (Mestrado em CIÊNCIAS BIOLÓGICAS) - Universidade Federal de Alfenas. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Leandro Marcos Santos. Busca por novos protótipos moleculares para inibição de isoformas da proteína quinase C. Início: 2018. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal de Alfenas. (Orientador).

Supervisão de pós-doutorado
1.
Tiago Henrique. Início: 2017. Universidade Federal de Alfenas.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
William Mesquita da Costa. Análise In silico para inibição das enzimas 2B e 2X. Início: 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Farmácia) - Universidade Federal de Alfenas. (Orientador).

2.
Levy Bueno Alves. Análise Computacional de Pneumococos. Início: 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal de Alfenas. (Orientador).

Iniciação científica
1.
Patrícia da Silva Antunes. ABORDAGEM in Silico DOS MARCADORES TUSC2 E PD-L1 COMO POTENCIAIS ALVOS PARA O DESENHO DE FÁRMACOS EM HNSCC COM A CISPLATINA, ANÁLOGOS E COMPOSTOS ATIVOS DO LÁTEX AVELOZ.. Início: 2018. Iniciação científica (Graduando em Biotecnologia) - Universidade Federal de Alfenas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Icaro Alves Pinto. Identificação in silico de inibidores da via Wnt canônica em células de adenocarcinoma mamário humano triplo-negativo.. 2016. Dissertação (Mestrado em CIÊNCIAS BIOLÓGICAS) - Universidade Federal de Alfenas, . Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

2.
Pablo Ferreira das Chagas. Análise da expressão de RNAs não codificantes Longos T-UCRs em Câncer.. 2016. Dissertação (Mestrado em CIÊNCIAS BIOLÓGICAS) - Universidade Federal de Alfenas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. Coorientador: Nelson José Freitas da Silveira.

3.
Tuanan da Costa Lourenço. Simulação computacional de líquidos iônicos de interesse em tecnologia limpa.. 2015. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal de Alfenas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Nelson José Freitas da Silveira.

4.
Thiago Castilho. Estudo Computacional de Doenças Negligenciadas e Interação com Drogas.. 2014. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal de Alfenas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

5.
Jean Douglas Moura dos Santos. CONFIABILIDADE INTER E INTRAVALIADORES NA MENSURAÇÃO ANGULAR GONIOMETRICA E FOTOGRAMETRIA DIGITAL. 2010. Dissertação (Mestrado em Engenharia Biomédica) - Universidade de Vale do Paraíba, . Coorientador: Nelson José Freitas da Silveira.

6.
Daiane Nascimento Alves. ESTUDO DA QUALIDADE DE VIDA E DO COMPORTAMENTO DO SISTEMA NERVOSO AUTÔNOMO EM PACIENTES OBESOS MÓRBIDOS SUBMETIDOS À CIRURGIA BARIÁTRICA. 2009. Dissertação (Mestrado em Bioengenharia) - Universidade de Vale do Paraíba, . Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

7.
Heberton Campos Neves Vieira de Souza. Falhas inevitáveis no arranjo geométrico durante o remodelamento ósseo que determinam uma perda óssea irreversível : um estudo por simulações Monte Carlo. 2009. Dissertação (Mestrado em Engenharia Biomédica) - Universidade de Vale do Paraíba, . Coorientador: Nelson José Freitas da Silveira.

8.
Giovani Arnaldo Pacetti. ANÁLISE DO COMPORTAMENTO DO SISTEMA NERVOSO AUTÔNOMO DE ALUNOS DO CURSO DE FORMAÇÃO EM CONTROLE DE TRÁFEGO AÉREO DURANTE A PRÁTICA SIMULADA DE NÃO RADAR. 2008. Dissertação (Mestrado em Engenharia Biomédica) - Universidade de Vale do Paraíba, . Coorientador: Nelson José Freitas da Silveira.

9.
Juliana Leal Ribeiro Cantalino. Estudo do Efeito da Mobilização Craniana Sobre O Sistema Nervoso Autônomo Através Da Variabilidade Da Frequência Cardíaca,. 2008. Dissertação (Mestrado em Engenharia Biomédica) - Universidade do Vale do Paraíba, . Coorientador: Nelson José Freitas da Silveira.

10.
Ariane Hidalgo Mansano Pletsch. Estudo comparativo da modulação autonômica da frequência cardíaca em repouso de idodos hipertensos, diabéticos e saudáveis. 2008. Dissertação (Mestrado em Engenharia Biomédica) - Universidade de Vale do Paraíba, . Coorientador: Nelson José Freitas da Silveira.

Tese de doutorado
1.
Thiago Castilho Elias. MB-ISOSTER: UM SOFTWARE PARA SIMULAÇÃO DE BIOISOSTERISMO.. 2018. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal de Alfenas, . Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

2.
Poliany Graziella de Freitas. Métodos Computacionais Aplicados na Busca por Novos Fármacos Contra Alvos Moleculares em Hepatite C, Câncer e Leishmaniose.. 2017. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Federal de Alfenas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

3.
Tiago Henrique. Abordagem Computacional para Identificação de Marcadores Moleculares e de seus Ligantes com Potencial Aplicação no Tratamento do Carcinoma Epidermoide de Cabeça e Pescoçopara o tratamento de adenocarcinoma de pulmão. 2016. Tese (Doutorado em Ciências da Saúde) - Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto, . Coorientador: Nelson José Freitas da Silveira.

4.
Humberto Lameira Miranda. A Influência da Interação de Diferentes Ordens e Tempos de Intervalo no Número de Repetições em Exercícios Resistidos. 2009. Tese (Doutorado em Engenharia Biomédica) - Universidade de Vale do Paraíba, . Coorientador: Nelson José Freitas da Silveira.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Bruno Augusto Terra e Lucas Francisco de Moura. INTEGRAÇÃO DE FERRAMENTAS WEB PARA ANÁLISE DE DADOS GENÔMICOS E PROTEÔMICOS.. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Alfenas. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

2.
Amanda Souza Stangarlin. Modelagem Molecular das Enzimas da Via de Biossíntese de Peptidoglicanos do Mycobacterium leprae.. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal de Alfenas. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

3.
Iago Ferreira da Silva. Análise do Marcador Molecular BST2 em Complexos com Ligantes.. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Química) - Universidade Federal de Alfenas. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

4.
Sueli Pereira Perpétua. Estudo Comparativo entre Ferramentas para Docking de Proteítnas Utilizando o Método AHP.. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Alfenas. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

5.
Carlos Alberto Fatigate Junior. Ferramenta de Animação de Proteínas.. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Alfenas. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

6.
Júnio César Rosa. Busca e similaridade em Ilhas CpGs no Banco HCGP. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Alfenas. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

7.
Lincoln Leandro Fonseca. ANÁLISE DE EXPRESSÃO GÊNICA DE CÂNCER DE PULMÃO POR BIOINFORMÁTICA, POR MEIO DE DADOS DE ESTs DO PROJETO GENOMA CÂNCER (HCGP). 2013. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal de Alfenas. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

8.
Thiago Castilho Elias. UMA ABORDAGEM COMPUTACIONAL DO MHC E SUA RELAÇÃO COM O CÂNCER. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal de Alfenas. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

9.
Leandro Flora. Ferramenta Web para Busca de Ests no Banco HCGP. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Alfenas. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

10.
Paulo Vinícios Sanches Daltro de Carvalho. Abordagem Computacional aplicada no Descobrimento de Fitofármacos presentes em Euphorbia tirucalli Lineu (Aveloz), com Potencial Terapêutico em Câncer de Cabeça e Pescoço.. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal de Alfenas. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

Iniciação científica
1.
Flávia Arantes Pires Lage. Modelagem Molecular da Via do Ácido Chiquímico em Organismos que Possuem a Via em Estudo. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Biotecnologia) - Universidade Federal de Alfenas. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

2.
Amanda Souza Stangarlin. Bioinformática Aplicada ao Estudo de Marcadores em Mycobacterium leprae. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Biotecnologia) - Universidade Federal de Alfenas. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

3.
Lincoln Leandro Fonseca. Análise de expressão gênica por bioinformática, utilizando dados de ESTs do projeto genoma câncer (hcgp).. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Biotecnologia) - Universidade Federal de Alfenas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

4.
Paulo Vinicios Sanches Daltro de Carvalho. Abordagem Computacional aplicada no Descobrimento de Fitofármacos presentes em Euphorbia tirucalli Lineu (Aveloz), com Potencial Terapêutico em Câncer de Cabeça e Pescoço.. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Biotecnologia) - Universidade Federal de Alfenas. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

5.
Marcela Gros e Silva. Bioinformática estrutural aplicada ao desenho de drogas utilizando simulações de docking e dinâmica molecular em CDKs. 2009. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia Biomédica) - Universidade do Vale do Paraíba. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

Orientações de outra natureza
1.
Mylena Cristina Morata. Monitoria em Introdução à Computação. 2018. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal de Alfenas. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

2.
Levy Bueno Alves. Monitoria em Introdução à Computação. 2018. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal de Alfenas. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

3.
Victor Rodrigues Periz. Monitoria em Fundamentos de Matemática para a Ciência da Computação. 2018. Orientação de outra natureza. (Ciência da Computação) - Universidade Federal de Alfenas. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

4.
Rodrigo de Oliveira Figueiredo. Monitoria em Fundamentos de Matemática para a Ciência da Computação. 2018. Orientação de outra natureza. (Ciência da Computação) - Universidade Federal de Alfenas, Universidade Federal de Alfenas. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

5.
Rodrigo de Oliveira Figueiredo. Monitoria em Fundamentos de Matemática para a Ciência da Computação. 2017. Orientação de outra natureza. (Ciência da Computação) - Universidade Federal de Alfenas, Universidade Federal de Alfenas. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

6.
Rodolfo Sydow Leme da Silva. Estágio Obrigatório em Ciência da Computação. 2016. Orientação de outra natureza. (Ciência da Computação) - Universidade Federal de Alfenas. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

7.
Bolsista do PJTC: Miriã Nunes Guimarães. Modelagem e Avaliação de Enzimas em Vias Metabólicas Alvo para Desenho de Fármacos. 2014. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal de Alfenas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

8.
Bolsista do PJTC: Gabriel Augusto Pires de Souza. Uso do alinhamento global para identificação de template para a enzima SHK e Mycobacteriu tuberculosis. 2014. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal de Alfenas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

9.
Bolsista do PJTC: Letícia Cristina Duarte Lima. Modelagem das Enzimas da Via do Ácido Chiquimico em Organismos Distintos.. 2013. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal de Alfenas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

10.
Bolsista Bic-Jr FAPEMIG: Kellen Barbosa Dias. Estudo matemático-computacional da ferramenta de alinhamento global.. 2013. Orientação de outra natureza. (Ciência da Computação) - Universidade Federal de Alfenas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

11.
Bolsista do PJTC: Luis Philipe Garroni Andrade. Programação em Pipeline de Ferramentas Genomicas. 2012. Orientação de outra natureza. (Ciência da Computação) - Universidade Federal de Alfenas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

12.
Quênia Yoko de Paula Matsui. Bioinformática aplicada ao estudo de marcadores gênicos em aves. 2009. Orientação de outra natureza. (Biologia) - Universidade do Vale do Paraíba, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.

13.
Vinícius Moreira da Silva Braga. Bioinformática Genômica e Estrutural aplicada na seleção e estudo de marcadores gênicos em câncer.. 2008. Orientação de outra natureza. (Ciência da Computação) - Universidade do Vale do Paraíba. Orientador: Nelson José Freitas da Silveira.



Educação e Popularização de C & T



Artigos
Artigos completos publicados em periódicos
1.
COELHO, C. M.2017COELHO, C. M. ; SANTOS, T. ; FREITAS, P. G. ; NUNES, J. B. ; MARQUES, M. J. ; PADOVANI, C. G. D. ; JUDICE, W. A. S. ; da SILVEIRA, NJ F ; CAMPS, I. ; CARVALHO, D. T. ; VELOSO, M. P. . Design, synthesis, biological evaluation and molecular modeling studies of novel eugenol esters as leishmanicidal agents.. JOURNAL OF THE BRAZILIAN CHEMICAL SOCIETY, v. 00, p. 1-14, 2017.



Outras informações relevantes


Com perfil voltado para a área de bioinformática, a interdisciplinaridade da área permite a interação com diversos grupos de pesquisa em áreas afins espalhados pelo estado de São Paulo e outros estados. As principais colaborações atuais refletem a interdisciplinaridade dos grupos, atuando em áreas como: Biologia, Medicina, Matemática, Física e Computação. Formado em matemática e feito treinamento em bioinformática com financiamento da FAPESP, junto a projetos como o Projeto Genoma Humano do Cancer e o Projeto Genoma Estrutural (SMolBNet) , possibilitou o conhecimento e experiência necessários para explorar uma área de importância vital para diversos projetos de pesquisa na Brasil.
O doutoramento em Biofísica Molecular deu o impulso necessário para adquirir conhecimento teórico e prático de bioinformática estrutural, possibilitanto o ingresso em um novo projeto temático financiado pela FAPESP (SMOLBNet/Genoma Estrutural). Dentro deste projeto foi possível obter conhecimento sobre interação proteína-ligante, desenho de drogas, bem como, aspectos estruturais importantes e relevantes para a avaliação de uma estrutura proteica obtida por modelagem molecular.



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