Fernanda Nascimento Almeida

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  • Última atualização do currículo em 23/11/2018


Possui graduação em Ciências Biológicas, com ênfase em Biomedicina, pela Universidade Estadual de Santa Cruz (2002), mestrado em Modelagem Computacional (Bioinformática), realizado no Laboratório Nacional de Computação Científica (2007) e doutorado em Bioinformática, realizado na Universidade de São Paulo (2012). No Período de 2015 a 2017 foi membro do Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação (PGCC) da Universidade Federal de Juiz de Fora (UFJF) como bolsista PNPD CAPES de Pós-Doutorado. Desde 2013 atua como colaboradora de pesquisa na Embrapa - Gado de Leite. Atualmente é professora adjunta da Universidade Federal do ABC fazendo parte do corpo de docentes do CECS. Tem experiência na área de Bioinformática, atuando principalmente nos seguintes temas: 1. Proveniência de dados e análise de dados em sistemas de informação biomédicos; 2. Banco de Dados Biológicos; 3. Informática Biomédica e 4. Análise e comparação de genomas de microrganismos; (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Fernanda Nascimento Almeida
Nome em citações bibliográficas
ALMEIDA, F. N.;ALMEIDA, FERNANDA;ALMEIDA, FERNANDA NASCIMENTO;ALMEIDA, FERNANDA N.

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Federal do ABC, Centro de Engenharia, Modelagem e Ciências Sociais Aplicadas.
Rua Santa Adélia, 166, Bloco A, torre 1, 7o andar - Secretaria CECS
Bangú
09210170 - Santo André, SP - Brasil
Telefone: (11) 49968296


Formação acadêmica/titulação


2007 - 2012
Doutorado em Bioinformática.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Uso de Proveniência de Dados para Extração de Conhecimento em Sistemas de Informação de Hemoterapia, Ano de obtenção: 2012.
Orientador: Ester Cerdeira Sabino.
Coorientador: João Eduardo Ferreira.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Proveniência de dados; Análise de dados; Doadores de Sangue; Anemia.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências da Saúde / Área: Medicina / Subárea: Hemoterapia.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Bioinformática.
2005 - 2007
Mestrado em Modelagem Computacional.
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
Título: Implementação de um Banco de Dados de Proteomas de Bactérias Associadas a Plantas: ProBacter,Ano de Obtenção: 2007.
Orientador: Claudia Barros Monteiro Vitorello.
Coorientador: Ana Tereza Ribeiro de Vasconcelos.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Bancos de Dados Biológicos; Biologia Comparativa; Fitopatologia.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Bioinformática / Especialidade: Banco de Dados.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.
1998 - 2002
Graduação em Bacharelado em Ciências Biológicas Ênfase Biomédic.
Universidade Estadual de Santa Cruz, UESC, Brasil.
Título: Exemplo de Junção Experimental e Identificação de Transcritos (ORESTES) Genes Humanos.
Orientador: Marina Passeto Nóbrega.


Pós-doutorado


2015 - 2017
Pós-Doutorado.
Universidade Federal de Juiz de Fora, UFJF, Brasil.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Banco de Dados Biológicos.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.


Formação Complementar


2013 - 2013
Modelos Computacionais Aplicados à Bioinformática. (Carga horária: 10h).
Embrapa Gado de Leite, EMBRAPA, Brasil.
2008 - 2008
Introdução a Métodos Ágeis de Desenvolvimento de Software. (Carga horária: 16h).
Instituto de Matemática e Estatística, IME USP, Brasil.
2006 - 2006
Introdução Ao Linux. (Carga horária: 7h).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
2004 - 2004
Bioinformática Aplicada a Proteômica. (Carga horária: 60h).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
2004 - 2004
Bioinformática Aplicada a Genômica. (Carga horária: 90h).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
2003 - 2003
Extensão universitária em Profissional Linux Programando. (Carga horária: 60h).
Universidade Estadual de Santa Cruz, UESC, Brasil.
2003 - 2003
Extensão universitária em Genética da Conservação de Espécies Arbóreas. (Carga horária: 60h).
Universidade Estadual de Santa Cruz, UESC, Brasil.
2003 - 2003
A bioinformática na análise de sequências de DNA e proteínas. (Carga horária: 4h).
Sociedade Brasileira de Genética, SBG, Brasil.
2003 - 2003
Genômica e Expressão Gênica. (Carga horária: 60h).
Universidade Estadual de Santa Cruz, UESC, Brasil.
2002 - 2002
Extensão universitária em Ética em Manipulação Genéticas. (Carga horária: 10h).
Universidade Estadual de Santa Cruz, UESC, Brasil.
2002 - 2002
Acoselhamento Genético: da Consulta ao Diagnóstico. (Carga horária: 6h).
Fundação para o Desenvolvimento da UNESP, FUNDUNESP, Brasil.
2001 - 2001
Extensão universitária em Fundamentos e Procedimentos da Pesquisa Científica. (Carga horária: 20h).
Universidade Estadual de Santa Cruz, UESC, Brasil.
1999 - 1999
Técnicas Em Genética Molecular e Suas Aplicações. (Carga horária: 12h).
Universidade Estadual de Santa Cruz, UESC, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade Federal do ABC, UFABC, Brasil.
Vínculo institucional

2017 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor do Magistério Superior, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

02/2018 - Atual
Ensino, Engenharia Biomédica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Biologia Celular - NHT1053-15
Engenharia Unificada I - ESTO902-17
Projeto e Desenvolvimento de Sistemas para Análise de Dados Médicos - ESZB017-17
Base Experimental das Ciências Naturais - BCS0001-15
05/2017 - Atual
Ensino, Engenharia Biomédica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Bioestatística - ESTB019
Computação Científica Aplicada a Problemas Biológicos - ESTB018
Engenharia Unificada I - ESTO902
Introdução a Bioinformática - ESZB022

Universidade Federal de Juiz de Fora, UFJF, Brasil.
Vínculo institucional

2015 - 2017
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pos-doutorado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

05/2015 - 01/2017
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação.

09/2016 - 12/2016
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
TÓPICOS ESPECIAIS EM OTIMIZAÇÃO COMBINATÓRIA (2035031)
10/2015 - 11/2016
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Seminários da Computação

Embrapa Gado de Leite, EMBRAPA, Brasil.
Vínculo institucional

2015 - Atual
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Colaboração de pesquisa, Carga horária: 20

Vínculo institucional

2013 - 2013
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsista Técnico FAPEMIG, Carga horária: 40
Outras informações
Atuação no projeto: "Gestão em Ciência, Tecnologia e Inovação: Análise do Genoma de Zebuínos Leiteiros com Sequenciamento de Nova Geração para Prospecção de Marcadores SNP". Coordenador: Marcos Vinicius G. Barbosa da Silva. Trabalho desenvolvido no Laboratório de Bioinformática e Genômica Aninal (LBGA).

Atividades

05/2015 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Laboratório de Bioinformática e Genômica Animal, .

03/2013 - 08/2013
Pesquisa e desenvolvimento , Laboratório de Bioinformática e Genômica Animal, .


Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

2007 - 2012
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Doutorado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2010 - 2010
Vínculo: Estágio de docência, Enquadramento Funcional: Outras atividades técnico-científicas, Carga horária: 6
Outras informações
Estágio supervisionado à docência na disciplina MAC0115, do Departamento de Computação do IME/USP como cumprimento do Programa de Aperfeiçoamento de Ensino (PAE), sob supervisão do Prof. Dr. Marco Dimas Gubitoso.

Atividades

03/2007 - 05/2012
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Matemática e Estatística, .

02/2010 - 06/2010
Outras atividades técnico-científicas , Instituto de Matemática e Estatística, Instituto de Matemática e Estatística.

Atividade realizada
Atividades didáticas junto a disciplina MAC115 - Introdução à Computação para Ciências Exatas e Tecnológicas.

Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
Vínculo institucional

2005 - 2007
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Mestrado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2004 - 2005
Vínculo: Bolsista DTI-CNPq, Enquadramento Funcional: Bolsista Técnico de Nível Superior, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Participação nos Projetos: 1. "Consolidação do Laboratório de Bioinformática" e 2. "Genoma Nacional". Atividades desenvolvidas: 1. Suporte à sistemas automatizados para o armazenamento e análise de informações biológicas e disseminação de acesso a banco de dados e softwares; 2. Disponibilização dos resultados para pesquisadores e instituições participantes e colaboradoras por meio de um servidor web de acesso restrito (www.brgene.lncc.br e www.xylella.lncc.br); 3. Montagem do genoma de duas cepas da bactéria patogênicas Xylella fastidiosa de importância econômica, são elas: Xylella fastidiosa (Ann1 e Dixon) e; 4. Comparação das Xylella fastidiosa (Ann1 e Dixon) com as Xylella fastidiosa 9a5c (CVC) e Xylella fastidiosa Temecula 1 (PD). Objetivo: demonstração das características comuns e diferenças entre as quatro cepas. Coordenadora: Ana Tereza Ribeiro Vasconcelos. Trabalho desenvolvido no Laboratorio de Bioinformática (Labinfo)

Atividades

03/2005 - 03/2007
Pesquisa e desenvolvimento , Laboratório de Bioinformática, .

09/2004 - 02/2005
Outras atividades técnico-científicas , Laboratório de Bioinformática, Laboratório de Bioinformática.

Atividade realizada
Montagem e comparação de genomas bacterianos.

Universidade Estadual de Santa Cruz, UESC, Brasil.
Vínculo institucional

2003 - 2004
Vínculo: Bolsista Técnico Superior, Enquadramento Funcional: Bolsista DTR-I FAPESB, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Participação no Projeto: "Aplicação de inteligência artificial na identificação de regiões promotoras e codificadoras de genes do fungo basidiomiceto Crinipellis perniciosa agente causador da vassoura-de-bruxa". Atividades desenvolvidas: Suporte na área de genética e biologia molecular no Laboratório de Bioinformática da Universidade Estadual de Santa Cruz - UESC. Coordenadores: 1. Diego Gervásio Frías Suárez e 2. Júlio Cezar de Mattos Cascardo. Trabalho desenvolvido no Laboratório de Bioinformática (LABBI) do Departamento de Ciências Bioiógicas.

Vínculo institucional

1999 - 2002
Vínculo: Iniciação Científica, Enquadramento Funcional: Bolsista PROIC/UESC, Carga horária: 20
Outras informações
Participação no Projeto: "Análise Citogenética de Espécies Vegetais de Importância Econômica da Mata Atlântica: I - Jaqueira (Artocarpus heterophyllus Lam)". Atividades desenvolvidas: 1. Caracterização e mapeamento cromossômico de espécies vegetais economicamente importantes para a região sul da Bahia, como frutíferas, a Jaqueira. 2. Utilização de técnicas de Citogenética Clássica e Molecular para buscar informações que permitissem à elaboração de estratégias para uso racional e preservação e ao desenvolvimento de programas de melhoramento genético da Jaqueira. Coordenadora e orientadora: Monica Rosa Bertão. Iniciação científica desenvolvida no Laboratório de Citogenética do Departamento de Ciências Biológicas.


Universidade do Vale do Paraíba, UNIVAP, Brasil.
Vínculo institucional

2002 - 2002
Vínculo: Estágio, Enquadramento Funcional: Estágio Curricular, Carga horária: 30
Outras informações
Estágio no Laboratório de Genética e Biologia Molecular para conclusão do curso de graduação. Título da monografia de conclusão: "Exemplo de Junção Experimental e Identificação de Transcritos (ORESTES) Genes Humanos". Orientadora: Marina Passeto Nóbrega e Co-orientadora: Monica Rosa Bertão.



Linhas de pesquisa


1.
Banco de dados de bactérias fitopatogênicas
2.
Tratamento e análise de dados de sistemas de informação de hemoterapia
3.
Genômica comparativa de fitopatógenos

Objetivo: Aplicação de técnicas de seleção de caraterísticas para a análise e comparação de genomas de bactérias associados a plantas, visando os mecanismos moleculares associados à patogenicidade, virulência e adaptação ao hospedeiro (interação planta-patógeno).
4.
Banco de dados Biológicos

Objetivo: Organização e análise de informações biológicas e/ou biomédicas provenientes de diferentes plataformas de dados.
5.
Estratégias computacionais para execução e análise de dados de melhoramento genético animal

Objetivo: Estabelecer estratégias e protocolos automáticos ou semi-automáticos para armazenamento, integração e recuperação de dados genéticos e fenotípicos para ações e atividades de pesquisa e desenvolvimento em melhoramento genético animal.
6.
Aplicação de bancos de dados não convencionais para manipulação de dados de genótipo
7.
Alinhamento, montagem e processamento de sequências genéticas zebuínas
8.
Identificação de marcadores SNP


Projetos de pesquisa


2016 - 2017
Aplicação de ciência de dados para geração de conhecimento em grandes volumes de dados biológicos.
Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (1) .

Integrantes: Fernanda Nascimento Almeida - Coordenador / Stênio Sã Rosário Furtado Soares - Integrante / Luciana Brugiolo Gonçalves - Integrante.
Financiador(es): Universidade Federal de Juiz de Fora - Bolsa.
2016 - Atual
Avaliação do desempenho relativo de bancos de dados não convencionais em aplicações de bioinformática e genômica

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Wagner Antonio Arbex em 04/01/2017.
Descrição: Identificar, entre representantes de diferentes famílias de sistemas de banco de dados NoSQL, SGBDs que sejam mais eficiêntes em operações de inserção, leitura e atualização de arquivos com dados de genotipagem por marcadores moleculares do tipo SNP. Além disso, seus objetivos correlatos são: 1) a avaliação de ambientes de benchmark que possibilitem a realização dos testes propostos para arquivos com tais dados; 2) a identificação de um ambiente de hardware e software adequado para computação científica, capaz de suportar o esforço computacional para a avaliação de desempenho do sistemas de banco de dados..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) .

Integrantes: Fernanda Nascimento Almeida - Integrante / Wagner Arbex - Coordenador / Victor Ströele de Andrade Menezes - Integrante / Regina Maria Maciel Braga Villela - Integrante / Jairo Francisco de Souza - Integrante / Arthur Lorenzi Almeida - Integrante / Vinicius Junqueira Schettino - Integrante.
Financiador(es): Universidade Federal de Juiz de Fora - Bolsa.
2015 - 2016
Aplicações da Computação, nos Domínios de Bioinformática, Biologia Computacional e/ou Inteligência Computacional
Situação: Desativado; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) .

Integrantes: Fernanda Nascimento Almeida - Integrante / ARBEX, WAGNER - Coordenador / Stênio Sã Rosário Furtado Soares - Integrante / Victor Ströele de Andrade Menezes - Integrante / Luciana Brugiolo Gonçalves - Integrante.
2015 - Atual
Organização e Análise de Dados Provenientes da Comparação do Genoma de Fitopatógenos
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .

Integrantes: Fernanda Nascimento Almeida - Coordenador / Claudia Barros Monteiro Vitorello - Integrante / Saul de Castro Leite - Integrante.
Número de orientações: 1


Projetos de extensão


2016 - Atual
Desenvolvimento e aplicação de métodos computacionais para identificação automática de tratamentos mais adequados em pacientes em diferentes estágios de câncer.
Situação: Em andamento; Natureza: Extensão.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) .

Integrantes: Fernanda Nascimento Almeida - Coordenador / Stênio Sã Rosário Furtado Soares - Integrante / Luciana Brugiolo Gonçalves - Integrante.
Financiador(es): Universidade Federal de Juiz de Fora - Bolsa.Número de orientações: 2


Revisor de periódico


2016 - 2016
Periódico: CNMAC
2017 - Atual
Periódico: COMMUNICATIONS IN COMPUTER AND INFORMATION SCIENCE (PRINT)
2017 - 2017
Periódico: IEEE Internacional Conference on Web Services


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Banco de Dados Biológicos.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Proveniência de dados.
4.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Bioinformática/Especialidade: Genômica Comparativa.
5.
Grande área: Ciências da Saúde / Área: Saúde Coletiva / Subárea: Informática Biomédica.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.
Espanhol
Compreende Razoavelmente, Lê Razoavelmente.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Outras
Total de trabalhos:7
Total de citações:6
Fernanda Nascimento Almeida  Data: 02/12/2016

Artigos completos publicados em periódicos

1.
ALMEIDA, FERNANDA NASCIMENTO2015 ALMEIDA, FERNANDA NASCIMENTO; TUNES, GISELA ; DA COSTA, JULIO CEZAR BRETTAS ; SABINO, ESTER CERDEIRA ; MENDRONE-JÚNIOR, ALFREDO ; FERREIRA, JOÃO EDUARDO . A provenance model based on declarative specifications for intensive data analyses in hemotherapy information systems. Future Generation Computer Systems-The International Journal of eScience, v. 59, p. 105-113, 2015.

2.
DE OLIVEIRA, FABRÍZZIO2014DE OLIVEIRA, FABRÍZZIO ; BORGES, CARLOS CRISTIANO HASENCLEVER ; ALMEIDA, FERNANDA ; E SILVA, FABYANO ; DA SILVA VERNEQUE, RUI ; DA SILVA, MARCOS VINICIUS GB ; ARBEX, WAGNER . SNPs selection using support vector regression and genetic algorithms in GWAS. BMC Genomics, v. 15, p. S4, 2014.

3.
ALMEIDA, FERNANDA N.2013 ALMEIDA, FERNANDA N.; SABINO, ESTER C. ; TUNES, GISELA ; SCHREIBER, GEORGE B. ; DA SILVA, PEDRO PAULO S.B. ; CARNEIRO-PROIETTI, ANNA BARBARA F. ; FERREIRA, JOÃO EDUARDO ; MENDRONE-JUNIOR, ALFREDO . Predictors of low haematocrit among repeat donors in São Paulo, Brazil: Eleven year longitudinal analysis. Transfusion and Apheresis Science, v. 49, p. 553-559, 2013.

Capítulos de livros publicados
1.
OLIVEIRA, F. C. ; ALMEIDA, F. N. ; SILVA, Fabyano Fonseca ; SILVA, M. V. G. B. ; BORGES, C. C. ; BORGES, Carlos Cristiano Hasenclever. ; ARBEX, W. . Metodologia para seleção de marcadores com máquina de vetores de suporte com regressão.. In: Wagner Arbex, Natália Florêncio Martins, Marta Fonseca Martins. (Org.). TACG - Talking about computing and genomics: modelos e métodos computacionais em bioinformática. 1ed.Brasília: Embrapa, 2014, v. 1, p. 101-126.

Textos em jornais de notícias/revistas
1.
ARBEX, W. ; SANTOS, K. C. L. ; ALMEIDA, F. N. ; MARTINS, M. F. ; SILVA, M. V. G. B. . Faça você mesmo! Escolha as 'peças' e monte o quebra-cabeça da genômica. O Girolando, Uberaba/MG, p. 20 - 23, 01 set. 2013.

2.
ARBEX, W. ; SANTOS, K. C. L. ; ALMEIDA, F. N. ; GUEDES, E. ; MARTINS, M. F. ; SILVA, M. V. G. B. . Mais um pouco de matemática e computação como recursos de pesquisa e desenvolvimento da pecuária. O Girolando, Uberaba/MG, , v. 89, p. 24 - 27, 17 abr. 2013.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
ALMEIDA, FERNANDA NASCIMENTO; TUNES, GISELA ; SABINO, ESTER CERDEIRA ; MENDRONE-JUNIOR, ALFREDO ; FERREIRA, JOAO EDUARDO . A Provenance Model Based on Declarative Specifications for Intensive Data Analyses in Hemotherapy Information Systems. In: 2014 IEEE 10th International Conference on eScience (eScience), 2014, Sao Paulo. 2014 IEEE 10th International Conference on e-Science. v. 1. p. 92-99.

2.
COSTA, L. ; ALMEIDA, F. N. ; SILVA, M. V. G. B. ; VERNEQUE, R. ; ARBEX, W. . Automação da Representação de Resultados de Classificação Linear para Caraterísticas de Tipo. In: IX Congresso Brasileiro de Agroinformática, 2013, Cuiabá. SBIAgro 2013, 2013.

3.
ALMEIDA, F. N.; da Silva ; MENDRONE JUNIOR, A. ; SABINO, E. C. ; FERREIRA, J. E. . Provenance Description to Extract Knowledge from Hemotherapy Information Systems. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-Meeting, 2011, Florianópolis. X-Meeting 2011, 2011.

4.
ALMEIDA, F. N.; PAULO, P. ; MENDRONE JUNIOR, A. ; SABINO, E. C. ; FERREIRA, J. E. . Aplicando Procedência de Dados para Análise dos Perfis de Doadores de Sangue. In: IV Brazilian E-Science workshop em conjunto com XXX CSBC, 2010, Belo Horizonte. XXX CSBC, 2010.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
ALMEIDA, F. N.; SANTOS, D. J. A. ; UTSUNOMIYA, A. T. H. ; MACHADO, M. A. ; VERNEQUE, R. ; SILVA, M. V. G. B. . Caracterização de blocos haplotípicos em bovinos de quatro raças zebuínas e uma população F2. In: X Simpósio Brasileiro de Melhoramento Animal, 2013, Uberaba. X Simpósio Brasileiro de Melhoramento Animal, 2013.

2.
SANTOS, K. C. L. ; ARBEX, W. ; SANTOS, D. J. A. ; UTSUNOMIYA, A. T. H. ; ALMEIDA, F. N. ; SILVA, M. V. G. B. . GS3-CV : um aplicativo multiplataforma para validação de predições genômicas. In: X Simpósio Brasileiro de Melhoramento Animal, 2013, Uberaba. X Simpósio Brasileiro de Melhoramento Animal, 2013.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
ALMEIDA, A. L. ; SCHETTINO, V. ; ALMEIDA, F. N. ; ARBEX, WAGNER . Relative Evaluation of NoSQL Databases For Manipulating Genotype Data. In: X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C), 2016, Belo Horizonte. X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C), 2016.

2.
PACHECO, T. M. ; LUGAO, P. H. G. ; VIDAL, L. F. ; SOARES, S. S. R. F. ; GONCALVES, L. B. ; ALMEIDA, FERNANDA NASCIMENTO . A platform for integration, data acquisition and data analysis in electronical medical records. In: ISCB-Latin America Conference, 2016, Buenos Aires. ISCB-LA 2016, 2016.

3.
NASCIMENTO, E. O. ; SANTOS, K. C. L. ; SANTOS, G. B. ; OLIVEIRA, D. R. ; SILVA, R. L. S. ; ALMEIDA, FERNANDA NASCIMENTO ; CARVALHO, B. C. ; ARBEX, W. . Visão computacional aplicada à pecuária de precisão para determinação da condição corporal em bovinos. In: XVI Workshop de Iniciação Científica da Embrapa Gado de Leite Juiz de Fora, 2015, Juiz de Fora. XVI Workshop de Iniciação Científica da Embrapa Gado de Leite Juiz de Fora, 2015.

4.
BITTENCOURT, P. A. ; ALMEIDA, FERNANDA NASCIMENTO ; ARBEX, W. . Modelagem em grafos para a verificação da relação de parentesco entre indivíduos para
execução do Modelo Animal em avaliações genéticas. In: XVI Workshop de Iniciação Científica da Embrapa Gado de Leite Juiz de Fora, 2015, Juiz de Fora. XVI Workshop de Iniciação Científica da Embrapa Gado de Leite Juiz de Fora, 2015.

5.
CARVALHO, C. S. B. ; SANTOS, K. C. L. ; ALMEIDA, FERNANDA NASCIMENTO ; ARBEX, W. . Desenvolvimento e implementação de um sistema de backup para ambiente de computação científica com infraestrutura de baixo custo. In: XVI Workshop de Iniciação Científica da Embrapa Gado de Leite Juiz de Fora, 2015, Juiz de Fora. XVI Workshop de Iniciação Científica da Embrapa Gado de Leite Juiz de Fora, 2015.

6.
SILVA, R. T. ; ALMEIDA, F. N. ; ARBEX, W. . Storage and recovery of dairy cattle genotype data from the data science approach. In: X-Meeting + BSB 2015, 2015, São Paulo. X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics. São Paulo, 2015.

7.
BITTENCOURT, P. A. ; ALMEIDA, F. N. ; ARBEX, W. . Applications of graph theory for verify the family relationship for genetic evaluations through the Animal Model. In: X-Meeting + BSB 2015, 2015, São Paulo. X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics. São Paulo, 2015.

8.
SILVA, G. P. L. ; SILVA, T. L. ; BOBO, M. L. D. R. ; ALMEIDA, F. N. ; MENEZES, V. S. A. ; SOARES, S. S. R. F. ; PANETTO, J. C. C. ; ARBEX, W. . Computational methods applied to identification of the Dairy Gir breed families. In: X-Meeting + BSB 2015, 2015, São Paulo. X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics. São Paulo, 2015.

9.
BITTENCOURT, P. A. ; TANIGUTI, L. M. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. ; LEITE, S. de C. ; ARBEX, W. ; ALMEIDA, F. N. . Building LeifDB: a database for storing information about comparative analysis of the Leifsonia xyli. In: X-Meeting + BSB 2015, 2015, São Paulo. X-Meeting 2015 - 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics. São Paulo, 2015.

10.
OLIVEIRA, F. C. ; ALMEIDA, F. N. ; GOLIAT, Priscila Vanessa Zabala Capriles ; ARBEX, W. ; BORGES, C. C. . Support vector machine e support vector regression para seleção de SNPs em GWAS. In: SIMMEC 2014 XI Simpósio de Mecânica Computacional / EMMCOMP 2014 II Encontro Mineiro de Modelagem Computacional, 2014, Juiz de Fora. Anais XI SIMMEC / II EMMCOMP. Juiz de Fora: Universidade Federal de Juiz de Fora, 2014. p. 105.

11.
OLIVEIRA, F. C. ; ALMEIDA, F. N. ; SILVA, M. V. G. B. ; VERNEQUE, R. ; ARBEX, W. ; BORGES, C. C. . Multiattribute model for GWAS using support vector regression with Pearson Universal kernel. In: X-meeting BSB 2013 - International Conference of AB3C & Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2013, Recife. Abstract Book X-meeting BSB 2013 - International Conference of AB3C & Brazilian Symposium on Bioinformatics. Recife: AB3C - SBC, 2013.

12.
ALMEIDA, F. N.; MENDRONE JUNIOR, A. ; da Silva ; PAULO, P. ; FERREIRA, J. E. ; SABINO, E. C. . Correlates of anemia among blood donors in Sao Paulo, Brazil. Evaluation of an 11 years data set.. In: AABB Annual Meeting and TXPO, 2010, Baltimore. AABB Annual Meeting and TXPO, 2010.

13.
ALMEIDA, F. N.; SABINO, E. C. ; MENDRONE JUNIOR, A. ; PAULO, P. ; Ferreira, JF . Using Data Provenance to Analyse Blood Donation Databases in São Paulo, Brazil. In: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009, Angra dos Reis - Rio de Janeir. X-Meeting Eletronic Abstracts Book 2009, 2009.

14.
ALMEIDA, F. N.; SOUZA, R. C. ; PASCHOAL, A. R. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. . Database PROBACTER: proteomes of plant-associated bacteria. In: ISMB 2006 and 2and Annual Meeting of the International Society for Computacional Biology, 2006, Fortaleza. ISMB 2006 and 2and Annual Meeting of the International Society for Computacional Biology, 2006.

15.
ALMEIDA, F. N.; SOUZA, R. C. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. . Building PPROBACTER: a database of plant-associated bacteria complete proteomes.. In: X-Meeting 1st Internationl Conference of the AB³C, 2005, Caxambu. X-Meeting 1st Internationl Conference of the AB³C, 2005.

16.
VIDAL, Ramon Oliveira ; ALMEIDA, F. N. ; SUARÉZ, Diego Gervásio Frías ; CARELS, Nicolas ; CASCARDO, Júlio Cézar de Mattos . Promoter Finding Produce Applied to the Crinipellis perniciosa Fungus Incomplete Genome. In: International Conference on Bioinformatics and Computacional Bioilogy, 2003, Ribeirão Preto. International Conference on Bioinformaticsand Computational Biology, 2003.

17.
MOREIRA, J. C. ; FERREIRA, L. E. ; BOGOSSIAN, A. P. ; ALMEIDA, F. N. ; NÓBREGA, M. P. . Validação de Novos Transcritos Humanos do Grupo VPO. In: 48° Congresso Nacional de genética, 2002, Águas de Lindóia. 48° Congresso Nacional de genética, 2002. p. 935-935.

18.
MOREIRA, J. C. ; FERREIRA, L. E. ; BOGOSSIAN, A. P. ; ALMEIDA, F. N. ; NÓBREGA, M. P. . Exemplo de Junção Experimental e Identificação de Transcritos (ORESTES) Genes Humanos. In: VI Encontro de Iniciação Científica e II Encontro de Pós Graduação, UNIVAP, 2002, São José dos Campos. VI Encontro de Iniciação Científica e II Encontro de Pós Graduação. São José dos Campos: UNIVAP, 2002. p. 58-62.

Apresentações de Trabalho
1.
ALMEIDA, F. N.. Visão Geral sobre Bioinformática. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
ALMEIDA, F. N.; da Silva ; MENDRONE JUNIOR, A. ; SABINO, E. C. ; Ferreira, JF . Provenance Description to Extract Knowledge from Hemotherapy Information Systems. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
ALMEIDA, F. N.; MENDRONE JUNIOR, A. ; SABINO, E. C. ; Ferreira, JF . Aplicando Procedência de Dados para a Geração e Análise de Perfis de Doadores de Sangue. 2010. (Apresentação de Trabalho/Outra).

4.
ALMEIDA, F. N.; da Silva ; MENDRONE JUNIOR, A. ; SABINO, E. C. ; Ferreira, JF . Aplicando Procedência de Dados para a Geração e Análise de Perfis de Doadores de Sangue. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

5.
ALMEIDA, FERNANDA NASCIMENTO. Using Data Provenance to Analyse Blood Donation Database in São Paulo, Brazil. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

Outras produções bibliográficas
1.
ALMEIDA, F. N.. Exemplo de Junção Experimental e Identificação de Transcritos (ORESTES) Genes Humanos 2002 (Trabalho de Conclusão de Curso).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
ALMEIDA, F. N.; SOUZA, R. C. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. . ProBacter - Proteomes of Plant-Associated Bacteria. 2007.

Trabalhos técnicos
1.
ARBEX, W. ; ALMEIDA, F. N. ; SANTOS, K. C. L. . Métodos computacionais em bioinformática para montagem de genoma com dados e abordagem híbridos - GAMe Bio - Genome assembly methods on bioinformatics. 2013.


Demais tipos de produção técnica
1.
ALMEIDA, F. N.; SILVA, D. P. . Introdução à Bioinformática. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

2.
ALMEIDA, F. N.; SILVA, D. P. ; TORRES, B. B. . IV Curso de Verão em Bioquímica e Biologia Molecular. 2009. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Apostila).

3.
ALMEIDA, F. N.; VIDAL, Ramon Oliveira ; SUARÉZ, Diego Gervásio Frías . Laboratório de Bioinformática (Utilização de Ferramentas de Bioinformática). 2003. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

4.
ALMEIDA, F. N.; Bertão . Módulo de Proliferação Celular - Ciclo Celular e Controle de Proliferação Celular. 2003. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

5.
ALMEIDA, F. N.; Bertão . Engenharia Genética e Biotecnologia. 2003. (Curso de curta duração ministrado/Outra).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Qualificações de Mestrado
1.
ALMEIDA, F. N.; WASSERMANN, R.; SALVADOR, L. N.. Participação em banca de Débora Lina Nascimento Ciriaco Pereira. Integração Semântica das Bases de Dados da Cidade de São Paulo: Um Estudo de Caso com Anomalias Congênitas. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.




Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Talking About Computing and Genomics. 2013. (Congresso).

2.
7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-Meeting. Provenance Description to Extract Knowledge from Hemotherapy Information Systems. 2011. (Congresso).

3.
IV Brazilian E-Science Workshop/ CSBC 2010. Aplicando Procedência de Dados para a Geração e Análise de Perfis de Doadores de Sangue. 2010. (Congresso).

4.
I Workshop em Bioinformática.Aplicando Procedência de Dados para a Geração e Análise de Perfis de Doadores de Sangue. 2010. (Outra).

5.
X - Meeting (5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology). USING DATA PROVENANCE TO ANALYSE BLOOD DONATION DATABASES IN SÃO PAULO, BRAZIL.. 2009. (Congresso).

6.
International Worksop on Xylella fastidiosa. 2007. (Encontro).

7.
X-Meeting - 3rd International Conference of the AB3C. 2007. (Congresso).

8.
14th Annual Meeting of the International Society for Computacional Biology and 2and Annual AB3C Conference: X-Meeting. Database PROBACTER: proteomes of plant-associated bacteria. 2006. (Congresso).

9.
Comparative Microbial Genomics and Taxonomy. 2006. (Simpósio).

10.
Global Dialogues on Emerging Science and Technology (GEDEST). 2006. (Encontro).

11.
One day symposium on Bioinformatcs. 2006. (Simpósio).

12.
Programa de Verão LNCC 2006. 2006. (Oficina).

13.
Programa de Verão 2005. 2005. (Encontro).

14.
X-Meeting 1st International Conference of the AB3C. Building PPROBACTER: a database of plant-associated bacteria complete proteomes. 2005. (Congresso).

15.
I Encontro Baiano de Biotecnologia. 2003. (Encontro).

16.
Simpósio de Informática. 2003. (Simpósio).

17.
48° Congresso Nacional de Genética. Validação de Novos Transcritos Humanos do Grupo VPO. 2002. (Congresso).

18.
Ética em Manipulaçoes Genéticas - Fórum Nacional. 2002. (Seminário).

19.
II Workshop de Genética. 2002. (Simpósio).

20.
VI Encontro de Iniciação Cientifica / II Encontro de Pós-Graduação.Exemplo de Junção Experimental e Identificação de Transcritos (ORESTES) Genes Humanos.. 2002. (Encontro).

21.
I Encontro Aprendendo Down. 2001. (Oficina).

22.
III Simpósio de Biologia do Sul da Bahia e I Workshop de Biomedicina da UESC. 2000. (Simpósio).

23.
I Jornada Sobre Síndrome de Down do Sul da Bahia. 2000. (Seminário).

24.
VI Seminário Anual de Iniciação Científica da UESC/ PIBIC/CNPq. 2000. (Seminário).

25.
Workshop Atualização em Genética e Biologia Molecular. 2000. (Simpósio).

26.
II Simpósio de Biologia do Sul da Bahia. 1999. (Simpósio).

27.
VI Seminário Nacional da Reserva da Mata Atlântica. 1999. (Seminário).

28.
I Simpósio de Biologia do Sul da Bahia. 1998. (Simpósio).

29.
I Simpósio de Plantas Medicinais na Região Sul da Bahia. 1998. (Simpósio).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
ALMEIDA, F. N.. IV Semana das Engenharias da UFABC. 2018. (Congresso).

2.
ALMEIDA, F. N.. VIII Simpósio de Instrumentação e Imagens Médicas (SIIM) / VII Simpósio de Processamento de Sinais (SPS). 2017. (Outro).

3.
ARBEX, W. ; ALMEIDA, F. N. ; SOARES, S. S. R. F. ; MENEZES, V. S. A. ; OLIVEIRA, I. L. . Seminário Técnico: "Aplicações de Inteligência Computacional". 2015. (Outro).

4.
ARBEX, W. ; MARTINS, M. F. ; SANTOS, K. C. L. ; SILVA, M. V. G. B. ; ALMEIDA, F. N. ; CORDEIRO, J. C. G. ; SANTOS, A. S. O. ; FONSECA, I. ; MORAIS, L. S. ; MORAES, L. C. D. . Talking About Computing and Genomics. 2013. (Congresso).

5.
ALMEIDA, F. N.. IV Curso de Verão em Bioinformática. 2010. (Outro).

6.
ALMEIDA, F. N.; TORRES, B. B. ; CORRÊA, S. ; MAIA, A. R. ; RODRIGUES, A. L. C. . IV Curso de Verão em Bioquímica e Biologia Molecular. 2009. (Congresso).

7.
ALMEIDA, F. N.. II Simpósio de Biologia do Sul da Bahia e I Workshop de Biomedicina da UESC. 2000. (Outro).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Mariana Carvalho da Silva. MODELAGEM E IDENTIFICAÇÃO DE REQUISITOS PARA CONSTRUÇÃO DE UM SISTEMA DE REGISTROS MÉDICOS E HOSPITALARES. Início: 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia Biomédica) - Universidade Federal do ABC. (Orientador).

2.
José Mauricio Nunes de Oliveira Junior. (sem título definido). Início: 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia Biomédica) - Universidade Federal do ABC. (Orientador).

Iniciação científica
1.
Luisa Falcioni Alvarenga. Análise comparativa de genoma de bactérias patogênicas de importância econômica para a agricultura brasileira. Início: 2018. Iniciação científica (Graduando em Neurociência) - Universidade Federal do ABC. (Orientador).

2.
Erika Yahata. Estudo e aplicação de tecnologias de proveniência de dados em Sistemas de Aprendizagem em Saúde. Início: 2018. Iniciação científica (Graduando em Engenharia Biomédica) - Universidade Federal do ABC. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Pedro Antonio de Castro Bittencourt. LeifDB: um banco de dados para organização de informações provenientes da análise comparativa do genoma da bactéria Leifsonia xyli. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Juiz de Fora. Orientador: Fernanda Nascimento Almeida.

Iniciação científica
1.
Viítor Hugo Nascimento Pinto. Inserção no projeto: Aplicação de ciência de dados para geração de conhecimento em grandes volumes de dados biológicos.. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Juiz de Fora, Universidade Federal de Juiz de Fora. Orientador: Fernanda Nascimento Almeida.

2.
Luís Henrique Simplício Ribeiro. Inserido no projeto: Aplicação de ciência de dados para geração de conhecimento em grandes volumes de dados biológicos.. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Juiz de Fora, Universidade Federal de Juiz de Fora. Orientador: Fernanda Nascimento Almeida.

3.
Warley Almeida Silva. Inserido no projeto: Aplicação de ciência de dados para geração de conhecimento em grandes volumes de dados biológicos.. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Juiz de Fora. Orientador: Fernanda Nascimento Almeida.

Orientações de outra natureza
1.
Larissa Ferreira Vidal. Programa de treinamento profissional no Projeto: Desenvolvimento e aplicação de métodos computacionais para identificação automática de tratamentos mais adequados em pacientes em diferentes estágios do câncer de pulmão. 2016. Orientação de outra natureza. (Engenharia Elétrica) - Universidade Federal de Juiz de Fora, Universidade Federal de Juiz de Fora. Orientador: Fernanda Nascimento Almeida.

2.
Pedro Henrique Gasparetto Lugão. Programa de treinamento profissional no Projeto: Desenvolvimento e aplicação de métodos computacionais para identificação automática de tratamentos mais adequados em pacientes em diferentes estágios do câncer de pulmão. 2016. Orientação de outra natureza. (Ciência da Computação) - Universidade Federal de Juiz de Fora. Orientador: Fernanda Nascimento Almeida.



Educação e Popularização de C & T



Livros e capítulos
1.
OLIVEIRA, F. C. ; ALMEIDA, F. N. ; SILVA, Fabyano Fonseca ; SILVA, M. V. G. B. ; BORGES, C. C. ; BORGES, Carlos Cristiano Hasenclever. ; ARBEX, W. . Metodologia para seleção de marcadores com máquina de vetores de suporte com regressão.. In: Wagner Arbex, Natália Florêncio Martins, Marta Fonseca Martins. (Org.). TACG - Talking about computing and genomics: modelos e métodos computacionais em bioinformática. 1ed.Brasília: Embrapa, 2014, v. 1, p. 101-126.


Textos em jornais de notícias/revistas
1.
ARBEX, W. ; SANTOS, K. C. L. ; ALMEIDA, F. N. ; GUEDES, E. ; MARTINS, M. F. ; SILVA, M. V. G. B. . Mais um pouco de matemática e computação como recursos de pesquisa e desenvolvimento da pecuária. O Girolando, Uberaba/MG, , v. 89, p. 24 - 27, 17 abr. 2013.

2.
ARBEX, W. ; SANTOS, K. C. L. ; ALMEIDA, F. N. ; MARTINS, M. F. ; SILVA, M. V. G. B. . Faça você mesmo! Escolha as 'peças' e monte o quebra-cabeça da genômica. O Girolando, Uberaba/MG, p. 20 - 23, 01 set. 2013.


Apresentações de Trabalho
1.
ALMEIDA, F. N.. Visão Geral sobre Bioinformática. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
ALMEIDA, F. N.; TORRES, B. B. ; CORRÊA, S. ; MAIA, A. R. ; RODRIGUES, A. L. C. . IV Curso de Verão em Bioquímica e Biologia Molecular. 2009. (Congresso).

2.
ARBEX, W. ; MARTINS, M. F. ; SANTOS, K. C. L. ; SILVA, M. V. G. B. ; ALMEIDA, F. N. ; CORDEIRO, J. C. G. ; SANTOS, A. S. O. ; FONSECA, I. ; MORAIS, L. S. ; MORAES, L. C. D. . Talking About Computing and Genomics. 2013. (Congresso).

3.
ARBEX, W. ; ALMEIDA, F. N. ; SOARES, S. S. R. F. ; MENEZES, V. S. A. ; OLIVEIRA, I. L. . Seminário Técnico: "Aplicações de Inteligência Computacional". 2015. (Outro).



Outras informações relevantes


Participa desde 2015 de corpo de pré-avaliadores da FEBRACE (Feira Brasileira de Ciências e Engenharia - http://febrace.org.br/), que é um movimento nacional de estímulo ao jovem cientista, que todo ano realiza na Universidade de São Paulo (USP) uma grande mostra de projetos. A FEBRACE tem o propósito de incentivar e valorizar a interação e a troca de informações entre a comunidade universitária e estudantes e professores, de diferentes áreas, tais como: ciências exatas, humanas, biológicas e engenharias.



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