Gilberto Lima Thomas

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  • Última atualização do currículo em 01/11/2018


Possui graduação em Bacharelado Em Física pela Universidade Federal do Rio Grande do Sul (1978), mestrado em Física pela Universidade Federal do Rio Grande do Sul (1982) e doutorado em Ciências pela Universidade Federal do Rio Grande do Sul (2000). Atualmente é professor associado da Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Tem experiência na área de Física, com ênfase em Física da Matéria Condensada, atuando principalmente em modelos teóricos e simulações computacionais de sistemas celulares, tanto biológicos, como o movimento individual e coletivo de células, como não biológicos, como a evolução de espumas. Na modelagem utiliza o modelo de Potts celular e o ambiente computacional CompuCell3D. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Gilberto Lima Thomas
Nome em citações bibliográficas
Gilberto L. Thomas;Thomas, Gilberto L.;THOMAS, G;Gilberto Thomas;Thomas, Gilberto

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Instituto de Física, Departamento de Física.
Av. Bento Gonçalves 9500
Agronomia
91501-970 - Porto Alegre, RS - Brasil - Caixa-postal: 15051
Telefone: (51) 33086448
Fax: (51) 33087286
URL da Homepage: http://


Formação acadêmica/titulação


1987 - 2000
Doutorado em Ciências.
Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.
Título: A interação bárion-bárion na aproximação de estado ligado ao modelo de Skyrme, Ano de obtenção: 2000.
Orientador: Victoria Elnecave Herscovitz coor: Norberto Nerio Scoccola.
Palavras-chave: modelo de Skyrme SU3; dibárions; interação híperon-núcleon; interação lambda-núcleon; aproximação de estado ligado.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
1979 - 1982
Mestrado em Física.
Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.
Título: Uma estimativa relativística das energias de partícula única do hipernúcleo Sigma-O16,Ano de Obtenção: 1982.
Orientador: Maria Ribeiro Teodoro.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: hipernúcleos; aproximação de campo médio; sigma-O16.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
1974 - 1978
Graduação em Bacharelado Em Física.
Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.


Pós-doutorado


2002 - 2002
Pós-Doutorado.
University of Notre Dame, UND, Estados Unidos.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
2001 - 2002
Pós-Doutorado.
University of Notre Dame, UND, Estados Unidos.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica.


Atuação Profissional



Indiana University Bloomington, IUB, Estados Unidos.
Vínculo institucional

2011 - 2012
Vínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: Visiting Scholar


Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.
Vínculo institucional

1985 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

8/1985 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Universidade Federal do Rio Grande do Sul, .

8/1985 - Atual
Ensino, Bacharelado Em Física, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
FIS01043 - Métodos Computacionais para Licenciatura
FIS01121 - Física Nuclear
FIS01141 - Física Geral I
FIS01181 - Física I-C
FIS01182 - Física II-C
FIS01183 Física III-C
FIS101 - Física
FIS159 - Física Experimental II
FIS01203 - Métodos Computacionais da Física A
10/2003 - 1/2004
Extensão universitária , Instituto de Física, Departamento de Física.

Atividade de extensão realizada
Softwares Educacionais - 12hs - PRÓCIÊNCIAS.
1/1998 - 1/1998
Extensão universitária , Instituto de Física, Departamento de Física.

Atividade de extensão realizada
Informática no ensino de Física - 8hs - PRÓCIÊNCIAS.
1/1988 - 12/1997
Direção e administração, Instituto de Física, Departamento de Física.

Cargo ou função
Membro de colegiado superior.
3/1995 - 3/1997
Direção e administração, Instituto de Física, Departamento de Física.

Cargo ou função
Membro de conselho de unidade.
11/1995 - 12/1995
Extensão universitária , Instituto de Física, Departamento de Física.

Atividade de extensão realizada
I Jornada de Integração Universidade & Escola - O Efeito Fotoelétrico.
3/1987 - 3/1991
Direção e administração, Instituto de Física, Departamento de Física.

Cargo ou função
Membro de conselho de unidade.

Universidade do Estado de Santa Catarina, UDESC, Brasil.
Vínculo institucional

1982 - 1987
Vínculo: Servidor público ou celetista, Enquadramento Funcional: Professor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

11/1985 - 2/1986
Treinamentos ministrados , Centro de Ciências Tecnológicas, Faculdade de Engenharia de Joinville.

Treinamentos ministrados
Curso de aperf. p/ técnicos da WEG - Física Geral IV - 40hs - Jaraguá do Sul - SC
8/1984 - 2/1986
Direção e administração, Centro de Ciências Tecnológicas, Faculdade de Engenharia de Joinville.

Cargo ou função
Membro de comissão temporária.
3/1982 - 2/1986
Ensino, Faculdade de Engenharia de Joinville, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física Geral I
Física Geral II
Física Geral III
Física Geral IV
Fósoca Experimental I
Mecânica Geral I
Fenômenos de Transporte


Linhas de pesquisa


1.
Física da Matéria Condensada


Projetos de pesquisa


2010 - 2013
Sistemas Auto-Organizados: Aplicações multidisciplinares
Descrição: EDITAL FAPERGS/CNPq n. 008/2009 PROGRAMA DE APOIO A NÚCLEOS DE EXCELÊNCIA PRONEX.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Gilberto Lima Thomas - Integrante / Rita M C de Almeida - Coordenador / José C M Mombach - Integrante / Marco A. P. Idiart - Integrante / Leonardo G Brunnet - Integrante / Daniel Stariolo - Integrante / Jeferson Jacob Arenzon - Integrante / José Roberto Iglesias - Integrante / Sebastián Gonçalves - Integrante / Rubem Erichsen Jr. - Integrante.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2005 - 2008
Dinâmica e transporte em redes complexas: teoria, simulação e experimentos
Descrição: Modelos de sistemas físicos, biológicos e sociais, onde há transporte e dinâmica em redes complexas são considerados para a descrição de sistemas naturais, onde a complexidade das redes pode ter origem na conectividade e/ou na não homogeneidade dos coeficientes de difusão. O projeto contempla a investigação analítica e computacional em larga escala de modelos em geral, bem como a adequação dos modelos para a descrição de sistemas naturais em específico com comparação com dados experimentais e empíricos. Comportamentos difusivos não normais são prospectados tanto em modelos teóricos como em sistemas naturais, com o intuito de investigar quais são as propriedades (conectividade, dinâmica dos elementos, não homogeneidades espaciais) responsáveis por tais comportamentos. Alguns dos sistemas descritos são redes sociais, redes neuronais, sistemas imunológico, espaço de fases de sistemas vitrosos, tecidos biológicos (hidras e células tumorais) e espumas. Para o caso de tecidos biológicos e espumas, realizam-se medidas experimentais de propriedades mecânicas com o objetivo de caracterizar estes sistemas como fluidos celulares, onde a difusão apresenta características peculiares. Para outros sistemas, colaborações com grupos experimentais ou pesquisadores de outras áreas possibilitam a comparação dos resultados teóricos com dados experimentais e empíricos, muitas vezes disponíveis em bancos de dados públicos, tais como IBGE, World Bank, Organização Internacional de Saúde, etc..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .

Integrantes: Gilberto Lima Thomas - Integrante / Rita M C de Almeida - Integrante / José C M Mombach - Integrante / Marco A. P. Idiart - Integrante / Leonardo G Brunnet - Integrante / José Roberto Iglesias - Coordenador / Sebastián Gonçalves - Integrante / Nei Lemke - Integrante.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2003 - Atual
Materiais Celulares Fluídos
Descrição: Diversos materiais são constituidos de uma coleção de células independentes, sejam eles materiais físicos como as espumas e emulsões ou biológicos, como os agregados celulares ou tecidos biológicos. Um tal `fluido celular' apresenta um comportamento mecânico original devido à natureza discreta de suas células. Assim, quando submetidos a pequenas tensões, eles respondem como um sólido elástico tal que quando a tensão é relaxada, voltam à froma original. Por outro lado, sob a ação de uma forte compressão, as células deslocam-se umas em relação às outras e o material escoa irreversivelmente como um fluido. Nesta linha de pesquisa nós procuramos descrever, compreender e prever as proprieda des mecânicas de um tal meio. Do ponto de vista de ciência básica, estes materiais podem servir de modelo para a classe de materiais cuja resposta pode tanto ser caracterizada como elástica e viscosa, também conhecidos como fluidos complexos. Nós procuramos escrever uma equação para caracterizar sua resposta mecânica, pondo em evidência os pontos comuns e as diferenças fundamentais com um líquido simples. Do ponto de vista de aplicação, as propriedades mecânicas das espumas são cruciais para a sua utilização na separação de minerais por flotação, na perfuração e extração de petróleo assim como na limpeza industrial em meios confinados. Em relação a sistemas biológicos, o rearranjo de células biológicas jogam um papel importante tanto no desenvolvimento do embrião assim como na cicatrização de tecidos. Finalmente, do ponto de vista de formação este projeto dará ênfase ao intercâmbio de estudantes em co-orientação para desenvolver pesquisas multi-disciplinares, envolvendo física e biologia, tanto do ponto de vista experimental como teórico e computacional..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .

Integrantes: Gilberto Lima Thomas - Integrante / Rita M C de Almeida - Integrante / José C M Mombach - Integrante / Marco A. P. Idiart - Integrante / Catherine Quilliet - Integrante / François Graner - Integrante / José Roberto Iglesias - Coordenador / João Schmidt - Integrante / Jean-Paul Rieu - Integrante / Miguel Aubouy - Integrante / Pierre Molho - Integrante.
Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro / Comité Français Dévaluation de La Coopération Universitaire - Auxílio financeiro.
2002 - Atual
Centro de Biocomplexidade
Descrição: O Centro de Biocomplexidade tem por objetivo prover a infraestrutura necessária para uma interação entre físicos, matemáticos e biólogos tal que possibilite a formulação e verificação experimental de modelos teóricos e computacionais de sistemas de interesse biológico, incentivando tanto interações já existentes como o surgimento de novos cooperações..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .

Integrantes: Gilberto Lima Thomas - Integrante / Rita M C de Almeida - Coordenador / Marco A. P. Idiart - Integrante / Leonardo G Brunnet - Integrante / Marcia C. Barbosa - Integrante / Daniel Stariolo - Integrante / Jeferson Jacob Arenzon - Integrante / José Roberto Iglesias - Integrante / Sebastián Gonçalves - Integrante / Yan Levin - Integrante.
Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
1999 - Atual
Dinâmica de regeneraçao de Hydras e de agregados celulares - UFRGS
Descrição: Investigar a dinâmica de regeneração de Hydras a partir de agregados celulares, tanto do ponto de vista teórico como experimental. O objetivo do projeto pode ser dividido em três ítens: 1 Histograma de tamanho de células de tres espécies diferentes 2 Simulação via modelo de Potts em 2D e 3D 3 Monitoração experimental da regeneração das três espécies.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (2) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .

Integrantes: Gilberto Lima Thomas - Integrante / Rita M C de Almeida - Coordenador.
Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro / Universidade Federal do Rio Grande do Sul - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 4
1999 - Atual
Laboratório de Estruturas Celulares - UFRGS
Descrição: Prover a infraestrutura necessária para uma interação entre físicos, matemáticos e biólogos tal que possibilite a formulação e verificação experimental de modelos teóricos e computacionais de sistemas de interesse biológico, incentivando tanto interações já existentes como o surgimento de novos cooperações..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .

Integrantes: Gilberto Lima Thomas - Coordenador / Rita M C de Almeida - Integrante.
Financiador(es): Universidade Federal do Rio Grande do Sul - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física da Matéria Condensada.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Pouco.
Francês
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.


Prêmios e títulos


1987
Concurso Nacional de Software Educacional, MEC.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
Thomas, Gilberto L.2015Thomas, Gilberto L.; Belmonte, Julio M. ; GRANER, François ; Glazier, James A. ; DE ALMEIDA, RITA M.C. . 3D simulations of wet foam coarsening evidence a self similar growth regime. Colloids and Surfaces. A, Physicochemical and Engineering Aspects (Print), v. 473, p. 109-114, 2015.

2.
Swat, Maciej H.2015Swat, Maciej H. ; Thomas, Gilberto L. ; Shirinifard, Abbas ; CLENDENON, SHERRY G. ; Glazier, James A. . Emergent Stratification in Solid Tumors Selects for Reduced Cohesion of Tumor Cells: A Multi-Cell, Virtual-Tissue Model of Tumor Evolution Using CompuCell3D. Plos One, v. 10, p. e0127972, 2015.

3.
Thomas, Gilberto L.2014Thomas, Gilberto L.; MIRONOV, VLADIMIR ; NAGY-MEHEZ, AGNES ; MOMBACH, JOSÉ C.M. . Dynamics of cell aggregates fusion: Experiments and simulations. Physica. A (Print), v. 395, p. 247-254, 2014.

4.
FORTUNA, ISMAEL2012 FORTUNA, ISMAEL ; Thomas, Gilberto ; DE ALMEIDA, RITA ; GRANER, François . Growth Laws and Self-Similar Growth Regimes of Coarsening Two-Dimensional Foams: Transition from Dry to Wet Limits. Physical Review Letters, v. 108, p. 248301-1-248301-5, 2012.

5.
Zhang, Ying2011Zhang, Ying ; Thomas, Gilberto L. ; Swat, Maciej ; Shirinifard, Abbas ; Glazier, James A. . Computer Simulations of Cell Sorting Due to Differential Adhesion. Plos One, v. 6, p. e24999, 2011.

6.
Belmonte, Julio M.2008 Belmonte, Julio M. ; Gilberto L. Thomas ; Brunnet, Leonardo G. ; de Almeida, Rita M. C. ; Chaté, Hugues . Self-Propelled Particle Model for Cell-Sorting Phenomena. Physical Review Letters (Print), v. 100, p. 248702, 2008.

7.
ALMEIDA, Rita M C de2006ALMEIDA, Rita M C de ; Gilberto L. Thomas ; GRANER, François . Universal, statiscally scale-invariant regime in 3D cellular systems. Physica. A, v. 371, p. 67-70, 2006.

8.
Gilberto L. Thomas;Thomas, Gilberto L.;THOMAS, G;Gilberto Thomas;Thomas, Gilberto2006 Gilberto L. Thomas; ALMEIDA, Rita M C de ; GRANER, François . Coarsening of three-dimensional grains in crystals, or bubbles in dry foams, tends towards a universal, statistically scale-invariant regime. Physical Review. E, Statistical Physics, Plasmas, Fluids, and Related Interdisciplinary Topics (Online), v. 74, p. 021407, 2006.

9.
THOMAS, G2005THOMAS, G; MOMBACH, J ; IDIART, M ; QUILLIET, C ; GRANER, F . Simulations of viscous shape relaxation in shuffled foam clusters. Colloids and Surfaces. A, Physicochemical and Engineering Aspects, v. 263, n.1-3, p. 90-94, 2005.

10.
MOMBACH, J2005MOMBACH, J ; ROBERT, D ; GRANER, F ; GILLET, G ; THOMAS, G ; IDIART, M ; RIEU, J . Rounding of aggregates of biological cells: Experiments and simulations. Physica. A (Print), v. 352, p. 525-534, 2005.

11.
Izaguirre, J. A.2004Izaguirre, J. A. ; R. Chaturvedi ; C. Huang ; T. Cickovski ; Joseph Coffland ; G. Forgacs ; Gilberto L. Thomas ; Mark S. Alber ; G. Hentschel ; NEWMAN, Stuart A . COMPUCELL, a multi-model framework for simulation of morphogenesis. Bioinformatics, v. 20, n.7, p. 1129-1137, 2004.

12.
ZENG, W2004ZENG, W ; THOMAS, G ; GLAZIER, J . Non-Turing stripes and spots: a novel mechanism for biological cell clustering. Physica. A (Print), v. 341, p. 482-494, 2004.

13.
MOMBACH, J2001MOMBACH, J ; Gilberto L. Thomas . Bursts and cavity formation in Hydra cells aggregates: experiments and simulations. Physica. A (Print), v. 297, p. 495-508, 2001.

14.
DE ALMEIDA, R. M. C.2000DE  ; Gilberto L. Thomas . Scaling in a continuous time model for biological aging. International Journal of Modern Physics C, Singa;ore, v. 11, n.6, p. 1209-1224, 2000.

15.
Gilberto L. Thomas;Thomas, Gilberto L.;THOMAS, G;Gilberto Thomas;Thomas, Gilberto1999Gilberto L. Thomas; HERSCOVITZ, Victoria e ; SCHAT, C. L. ; SCOCCOLA, N. N. . The hyperon-nucleon interaction potential in the bound-state soliton model: the -N case. Nuclear Physics. A (Print), v. 646, p. 108-124, 1999.

16.
Gilberto L. Thomas;Thomas, Gilberto L.;THOMAS, G;Gilberto Thomas;Thomas, Gilberto1994Gilberto L. Thomas; SCOCCOLA, N. N. ; WIRZBA, A. . Dibaryon as axially symmetric skyrmions. Nuclear Physics. A (Print), v. 575, p. 623-644, 1994.

17.
Gilberto L. Thomas;Thomas, Gilberto L.;THOMAS, G;Gilberto Thomas;Thomas, Gilberto1988Gilberto L. Thomas; VEIT, E. A. ; FRIES, S. G. ; AXT, R. ; SELISTRE, L. F. . O efeito fotoelétrico no 2o. grau via microcomputador. Caderno Catarinense de Ensino de Física, Florianópolis, v. 4, p. 44, 1988.

Capítulos de livros publicados
1.
Swat, Maciej H. ; Thomas, Gilberto L. ; Belmonte, Julio M. ; Shirinifard, Abbas ; Hmeljak, Dimitrij ; Glazier, James A. . Multi-Scale Modeling of Tissues Using CompuCell3D. In: Anand R. Asthagiri; Adam Arkin. (Org.). Methods in Cell Biology. 1ed.: Elsevier, 2012, v. 110, p. 325-366.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
HEILAND, RANDY ; Shirinifard, Abbas ; SWAT, MACIEK ; Thomas, Gilberto L. ; SLUKA, JAMES ; LUMSDAINE, ANDREW ; ZAITLEN, BENJAMIN ; Glazier, James A. . Visualizing cells and their connectivity graphs for CompuCell3D. In: 2012 IEEE Symposium on Biological Data Visualization (BioVis), 2012, Seattle. 2012 IEEE Symposium on Biological Data Visualization (BioVis). p. 85-90.

2.
ZENG, Wei ; Gilberto L. Thomas ; NEWMAN, Stuart A ; GLAZIER, James A . A Novel Mechanism for Mesenchymal Condensation during Limb Chondrogenesis in vitro. In: 5th ESMTB Conference: Mathematical Modelling & Computing in Biology and Medicine, 2003, Milão. 5th ESMTB Conference: Mathematical Modelling \& Computing in Biology and Medicine. Milão: Milan Reseach Centre for Industrial and Applied mathematics, 2002. p. 80-85.

3.
R. Chaturvedi ; IZAGUIRRE, J. ; C. Huang ; T. Cickovski ; P. Virtue ; Gilberto L. Thomas ; ALBER, Mark ; G. Hentschel ; NEWMAN, Stuart A ; GLAZIER, James A . Multi-model Simulations of Chicken Limb Morphogenesis. In: Computational Science - ICCS 2003, 2003, Melbourne e São Petesburgo. Computational Science - ICCS 2003. Heidelberg: Springer Verlag, 2003. v. 2659. p. 39-49.

4.
Gilberto L. Thomas. Hyperon-nucleon interaction in the Skyrme model. In: Workshop on Hadron Physics 2000: Topics on the structure and interaction of hadronic systems, 2001, Tabatinga, Sp. Proc. Intern. Workshop on hadron Physics 2000: Topics on the structure and interaction of hadronic systems. Singapore: World Scientific, 2000. p. 248.

5.
Gilberto L. Thomas; SCHAT, C. L. . Hyperfine splitings of hyperons to order 1/N_C. In: Workshop on Hadron Physics 2000: Topics on the structure and interaction of hadronic systems, 2001, Tabatinga, SP. Proc. Intern. Workshop on Hadron Physics 2000: Topics on the structure and interaction of hadronic systems. Singapore: World Scientific, 2000. p. 302.

6.
MOMBACH, J. C. M. ; ALMEIDA, Rita M C de ; Gilberto L. Thomas ; GLAZIER, James A ; UPADHYAYA, A. . Simulating bursts in aggregates of cells. In: Meeting of American Physical Society, 2000, Mineapolis. The Bulletin of the American Physical Society, 2000. v. 45.

7.
Gilberto L. Thomas; HERSCOVITZ, Victoria e ; SCHAT, C. L. ; SCOCCOLA, N. N. . The lambda-N interaction in the bound state approach. In: Hadron Physics 98, 1998, Florianópolis. Hadron Physics 98. p. 417.

8.
Gilberto L. Thomas; SCHAT, C. L. ; SCOCCOLA, N. N. . Magnetic moments of hyperons in a model with vector mesons. In: Hadron Physics 96, 1997. Hadron Physics 96, 1996. p. 385.

9.
Gilberto L. Thomas; HERSCOVITZ, Victoria e ; SCHAT, C. L. ; SCOCCOLA, N. . Baryon-baryon interactions in a SU(3) Skyrme model. In: 5 Intern Work. in Relativistic Aspects of Nuclear Physics, 1997, Rio de janeiro, 1997. p. 445.

10.
Gilberto L. Thomas; HERSCOVITZ, Victoria e . NN interaction in the simplified Skyrme model. In: 3rd Intern. Workshop on Relativistic Aspects of Nuclear Physics, 1995, Rio de Janeiro. 3rd Intern. Workshop on Relativistic Aspects of Nuclear physics, 1995. p. 359.

11.
Gilberto L. Thomas; HERSCOVITZ, Victoria e . NN interaction in the massive Dalarsson model. In: Hadron Physics 94, 1995, Gramado. Hadron Physics 94, 1995. p. 322.

12.
Gilberto L. Thomas; SCHAT, C. L. ; SCOCCOLA, N. N. . Momentos magnetico de hiperones incluindo mesones vectoriales en un modelo sigma non lineal.. In: Reunion anual de la Asociacion Fisica Argentina, 1995, Bariloche. Reunion anual de la Asociacion Fisica Argentina, 1995.

13.
Gilberto L. Thomas; SCOCCOLA, N. N. . The H particle in the bouns state approach. In: Festschrift for Th. A. J. Maris, 1994, Porto Alegre. Festschrift for Th. A. J. Maris, 1994.

14.
Gilberto L. Thomas; WIRZBA, A. ; SCOCCOLA, N. N. . Strange dibaryons in the Skyrme model. In: VI Escola de Verão Jorge A. Swieca, 1993, Campos do Jordão. VI Escola de Verão Jorge A. Swieca, 1993.

15.
Gilberto L. Thomas; HERSCOVITZ, Victoria e ; STEFFENS, F. M. . Skyrme static analytic representation in a massive pion theory. In: V Escola de Verão Jorge A. Swieca, 1991, São Paulo. V Escola de Verão Jorge A. Swieca, 1991.

16.
Gilberto L. Thomas; HERSCOVITZ, Victoria e ; STEFFENS, F. M. . Um ajuste ao ângulo quiral da solução ouriço de Skyrme por soma de funções. In: XI ENFPC, 1990. XI ENFPC, 1990.

17.
Gilberto L. Thomas; VEIT, E. A. ; FRIES, S. G. ; AXT, R. ; SELISTRE, L. F. . O efeito fotoelétrico no 2o. grau. In: El Microcomputador en la Enseñanza de la Ciencia, 1989, Valparaiso. El Microcomputador en la Enseñanza de la Ciencia, 1989.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
FORTUNA, I. ; Thomas, Gilberto L. ; de Almeida, Rita M. C. ; GRANER, F . . Dry to wet foams : scaling states and growth law. In: Encontro de Física, 2011, Foz do Iguaçu. XXXIV Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2011.

2.
MOMBACH, José C M ; Vladimir Mironov ; NAGY-Agnes Nagy-MeheszMEHESZ, A. ; RIEU, Jean-paul ; Thomas, Gilberto L. . Mathematical Modeling and Computer Simulation of Tissue Spheroids Fusion. In: 2010 International Conference on Biofabrication, 2010, Filadélfia. Proceedings of the 2010 International Conference on Biofabrication, 2010. v. 1. p. 1-1.

3.
IDIART, Marco A. P. ; Gilberto L. Thomas ; MOMBACH, José C M ; C. Quilliet ; GRANER, François . Bubbles in sheared two-dimensional foams: experiments and simulations. In: XXIX Encontro Nacional de F¶³sica da Mat¶eria Condensada, 2006, São Lourenço-MG. http://www.sbf1.sbfisica.org.br/eventos/enfmc/xxix/cd/comunicacoes_orais4.html#97, 2006.

4.
Gilberto L. Thomas; ZENG, Wei ; NEWMAN, Stuart A ; GLAZIER, James A . Modeling mesenchymal condensation during limb chodrogenesis. In: 15th Int. Symp. on Mathematical Theory of Networks and Systems, 2002, Notre Dame. Electronic Proceedings of 15th Int. Symp. on Mathematical Theory of Networks and Systems, 2002.

5.
MOMBACH, José C M ; ALMEIDA, Rita M C de ; Gilberto L. Thomas ; UPADHYAYA, A. ; GLAZIER, James A . Bursts and cavity formation in Hydra cell aggregates: experiments and simulations. In: Enc. Nac. de Física da Matéria Condensada, 2000, Sâo Lourenço, MG. Resumos, 2000. p. 48.

6.
Gilberto L. Thomas; VEIT, E. A. ; FRIES, S. G. ; AXT, R. ; SELISTRE, L. F. . O efeito fotoelétrico no 2o. grau via microcomputador. In: VII Simpósio Nacional de Ensino de Física, 1987, São Paulo, 1987.

7.
Gilberto L. Thomas; TEODORO, M. R. . Uma Estimativa relativística das energias de partícula única do hierpnúcleo Sigma-O16. In: IV Encontro Naciona de Física de Energias Intermediárias, 1982, Rio de Janeiro. IV Encontro Naciona de Física de Energias Intermediárias, 1982.

8.
Gilberto L. Thomas; TEODORO, M. R. . Uma estimativa relativística do desdobramento spi-órbita do hipernúcleo Sigma-O16. In: 34 Reuinao anual SBPC, 1982, Campinas. Resumos da 34 Reuinao anual SBPC.

Apresentações de Trabalho
1.
Gilberto L. Thomas. Cell Crawling - a CompuCell3D Demo. 2018. (Apresentação de Trabalho/Outra).

2.
Gilberto L. Thomas. Cell crawling simulations using the Cellular Potts Model. 2018. (Apresentação de Trabalho/Outra).

3.
Gilberto L. Thomas. Stem Cell Driven Tumor Growth - Heiko´s Model - a CompuCell3D demo. 2017. (Apresentação de Trabalho/Outra).

4.
Gilberto L. Thomas. Uma Breve Introdução Sobre Espumas. 2016. (Apresentação de Trabalho/Outra).

5.
Randy Heiland ; Maciek Swat ; James Sluka ; Benjamin Zaitlen ; Abbas Shirinifard ; Gilberto L. Thomas ; Andrew Lumsdaine ; James Glazier . Visualizing Cells and their Connectivity Graphs for CompuCell3D. 2012. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

6.
Bruna Pedrolo ; Gilberto Thomas ; José Mombach . SIMULATION OF THE SELF-ORGANIZATION OF EMBRYONIC CELLS In Vitro USING COMPUCELL 3.6.0. 2011. (Apresentação de Trabalho/Outra).

7.
BRUNNET, Leonardo G ; BELMONTI, Julio M ; Gilberto L. Thomas ; ALMEIDA, Rita M C de ; CHATÉ, H . Boids model applied to cell segregation. 2005. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

8.
Gilberto L. Thomas. Mesenchymal cell clustering and chicken limb growth: Potts model simulations. 2004. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

9.
ZENG, Wei ; Gilberto L. Thomas ; NEWMAN, Stuart A ; GLAZIER, James A . Modeling Mesenchymal Condensation during Limb Chondrogenesis. 2002. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

10.
Gilberto L. Thomas. 3D Hydra bursting. 2001. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

11.
Gilberto L. Thomas. Baryon-baryon interactions in the Skyrme model. 2000. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

12.
Gilberto L. Thomas; SCHAT, C. L. . Hyperfine splittings of hyperon to order 1/N_c. 2000. (Apresentação de Trabalho/Outra).

13.
Gilberto L. Thomas; VEIT, E. A. ; FRIES, S. G. ; AXT, R. ; SELISTRE, L. F. . O Efeito Fotoelétrico. 1995. (Apresentação de Trabalho/Outra).

14.
Gilberto L. Thomas; HERSCOVITZ, V. E. ; BETZ, M. E. M. ; STEFFANI, M. H. ; VEIT, E. A. ; SCHNEIDER, C. . Estrutura e Interações das Partículas Subatômicas. 1994. (Apresentação de Trabalho/Outra).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
VEIT, E. A. ; Gilberto L. Thomas ; FRIES, S. G. ; AXT, R. ; SELISTRE, L. F. . O efeito fotoelétrico no 2o. grau via microcomputador. 1987.


Demais tipos de produção técnica
1.
Gilberto L. Thomas. FIS01182 - FÍSICA II-C -Roteiros de Estudos e Atividades de Laboratório. 2008. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Material didático).

Demais trabalhos
1.
Gilberto L. Thomas; MOMBACH, José C M ; IDIART, Marco A. P. ; QUILLIET, Catherine ; GRANER, François . Shearing of bidimensional foams: Potts model simulations. 2004 (Poster) .

2.
Maria A. Kiskowski ; ALBER, Mark ; Gilberto L. Thomas ; GLAZIER, James A ; Natalie B. Bronstein, ; Jiayu Pu ; NEWMAN, Stuart A . Agent-Based Model For Limb Chondrogenesis Based on Reaction-Diffusion and Cell-Matrix Adhesion. 2003 (Poster) .

3.
Gilberto L. Thomas. Computing An Organism in Flatland: A Model Study of Extracellular Matrix and Cell Adhesion in Mesenchymal Condensation during Limb Chondrogenesis. 2002 (Poster) .



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
MOMBACH, José C M; Thomas, Gilberto L.. Participação em banca de Daisiane Molinos Lopes. Simulação do Comportamento Superhidrofóbico em Rampas de Pilares. 2014. Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade Federal de Santa Maria.

2.
Charret, I C; Cunha S L S; STEFFANI, M. H.; Thomas, Gilberto L.. Participação em banca de Henrique Goulart da Silva Urruth. Física e Segurança no Trânsito: um curso de Física e Educação para o Transito para Jovens e Adultos. 2014. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Ensino de Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

3.
ALMEIDA, Rita M C de; PINHO, S. T. R.; IDIART, Marco A. P.; Thomas, Gilberto L.. Participação em banca de Gabriel Cury Perrone. Transcriptograma em Duas Dimensões. 2013. Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

4.
THOMAS, G; SANTOS, A. K.; VEIT, E. A.; Ricci, T.F.S.. Participação em banca de Lisete Funari Dias. A noção de referencial: uma interação cognitiva entre a mecânica newtoniana e a relativística. 2010. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Ensino de Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

5.
Gilberto L. Thomas; Sayonara S. C. da Costa; Agostinho Serrano; Marco A. Moreira. Participação em banca de Paulo Ricardo Alcântara Goulart. Eletrônica e Cidadania: uma abordagem CTS para o Ensino Médio. 2008. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Ensino de Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

6.
Gilberto L. Thomas; MORAES, Andréia Guerra de; BALZARETTI, Naira Maria; TEIXEIRA, Rejane Maria Ribeiro. Participação em banca de Márcia de Melo Braga. O Eletromagnetismo abordado de forma conceitual no Ensino Mëdio. 2004. Dissertação (Mestrado em Ensino de Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Teses de doutorado
1.
MOMBACH, J. C.; Carolina Brito; Gilberto L. Thomas; Juliano C. Denardin; VILLETTI, M. A.. Participação em banca de Daisiane Molinos Lopes. Estudo da molhabilidade e superrepetência em duas dimensões usando modelo de Potts. 2018. Tese (Doutorado em Física) - Universidade Federal de Santa Maria.

Qualificações de Doutorado
1.
Gilberto L. Thomas; Calegari J C; METZ, F. L.; VILLETTI, M. A.; MOMBACH, J. Participação em banca de Daisiane Molinos Lopes. Simulação da transição dos estados Cassie-Baxter para Wenzel. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Pós Graduação em Física) - Universidade Federal de Santa Maria.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
ALMEIDA, Rita M C de; Gilberto L. Thomas. Participação em banca de ISMAEL FORTUNA.Estudo da influência da fração líquida na dinâmica das espumas. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado Em Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
SCHMIDT, João; Gilberto L. Thomas; VARRIALE, M. C.. Concurso Público 11/2006 Provimento de Cargos de Professores Adjuntos - Ciências Exatas. 2007. Universidade Estadual do Rio Grande do Sul.

Outras participações
1.
Gilberto L. Thomas; Renato Pakter; Julian Geshev. XXI Salão de Iniciação Científica - sessão de Física Computacional e Simulações. 2009. Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

2.
Gilberto L. Thomas; Rubem Erichsen Jr.; Cavalcanti, Claudio J. H.. Seleção de Professor Substituto. 2009. Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

3.
Gilberto L. Thomas; Rubem Erichsen Jr.; ARAUJO, Ives Solano AraujoI. S.. Seleção de Professor Substituto. 2009. Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

4.
Gilberto L. Thomas; Rubem Erichsen Jr.; Cristiano Krug. Seleção de Professor Substituto. 2009. Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

5.
Gilberto L. Thomas; Cavalcanti, Claudio J. H.; ARAUJO, Ives Solano AraujoI. S.. Seleção de Professor Substituto. 2008. Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

6.
Gilberto L. Thomas; Dias, Johnny F.; GRANDE, P. L.. Seleção de Professor Substituto. 2007. Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

7.
Gilberto L. Thomas; MEDEIROS, J. T. N.; Cavalcanti, Claudio J. H.. XVIII Salão de Iniciação Científica - sessão de Física Teórica e Interdisciplinar. 2006.

8.
Gilberto L. Thomas; PRADO, Sandra Denise. XVI Salão de Iniciação Científica - sessão de Simulações/Experimentos para Ensino de Física. 2004. Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

9.
Gilberto L. Thomas; ZAWISLAK, Lucy I; CORREIA, Ricardo R B. Seleção de professor substituto. 2004. Universidade Federal do Rio Grande do Sul.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
EUFOAM 2018. Wet foam coarsening: 3D rotating experiments. 2018. (Congresso).

2.
EUFOAM 2018. FOAM COARSENING: 2D NUMERICAL SIMULATIONS. 2018. (Congresso).

3.
EUFOAM 2016. SIMULATIONS OF GAS DIFFUSION THROUGH BUBBLE WALLS. 2016. (Congresso).

4.
EUFOAM 2014. Self similar growth regime in COARSENING of WET FOAMS. 2014. (Congresso).

5.
EUFOAM 2012. Growth Laws and Scaling States of Coarsening Wet Foams: The 3D Case. 2012. (Congresso).

6.
Paris 2012 Potts / CompuCell workshop.The CompuCell3D package, applications to cellular structures. 2012. (Oficina).

7.
Training Workshop: Developing Multi-Scale, Multi-Cell Developmental and Biomedical Simulations with CompuCell3D and SBW.Modeling in Systems Biology: Two Examples. 2010. (Oficina).

8.
Training Workshop: Developing Multi-Cell Developmental and Biomedical Simulations with CompuCell3D.Dry and Wet Foams Simulations. 2009. (Oficina).

9.
Informal workshop on Foam mechanics. 2008. (Oficina).

10.
Training Workshop: Developing Multi-Cell Developmental and Biomedical Simulations with CompuCell3D. 2007. (Oficina).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Marcio Argollo de Menezes ; ALMEIDA, R. M. ; RIBEIAna Carolina Ribeiro-TeixeiraRO-TEIXEIRA, A. C. ; Daniel Gamermann ; Thomas, Gilberto L. ; BRUNNET, L. G. ; Paulo Mascarello Bisch . 9th IUPAP International Conference on Biological Physics. 2017. (Congresso).

2.
Thomas, Gilberto L.; ALMEIDA, Rita M C de ; MOMBACH, J. C. M. ; VAIMendeli VainsteinNSTEIN, M. ; LAMERS, M. L. ; Gabriel C. Perrone . International Workshop on Cell Migration. 2017. (Congresso).

3.
Gilberto L. Thomas. From Cells to Ecosystems: Frontiers in Collaborative Quantitative Physics-Based Multiscale Modeling of Biological Processes. 2013. (Congresso).

4.
Gilberto L. Thomas; VASCONCELLOS, César A Z ; HERSCOVITZ, Victoria e ; DUCATTI, Maria B Gay ; HADJIMICHEF, Dimiter ; BODMAN, Bardo e J . Hadron Physics 2002. 2002. (Congresso).

5.
Gilberto L. Thomas; ALBER, Mark ; GLAZIER, James A ; IZAGUIRRE, Jesús A . The Second Notre Dame Biocomplexity Workshop Cytoskeleton and Cell Motility. 2001. (Congresso).

6.
Gilberto L. Thomas; HERSCOVITZ, Victoria e ; VASCONCELLOS, César A Z ; FERREIRA, Erasmo ; BETZ, Michel ; VEIT, Eliane A . III Reunião de Trabalho em Física de Hadrons. 1994. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Juliano Ferrari Gianlupi. Simulação da difusão de gás pela interace entre duas bolhas. Início: 2016. Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. (Orientador).

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Juliano Ferrari Gianlupi. Influência de características fisicas ou computacionais na simulação de topologia e evolução temporal de espumas molhadas. Início: 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul. (Orientador).

Iniciação científica
1.
Caroline Schmidt Patricio. MIGRACAO CELULAR: MODELAGEM E SIMULACAO. Início: 2016. Iniciação científica (Graduando em Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. (Orientador).

2.
Pedro Inocêncio Rodrigues Terra. Coarsening em Espumas Úmidas em 3 Dimensões: Simulações e Teoria. Início: 2016. Iniciação científica (Graduando em Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Juliano Gianlupi Ferrari. Influência do Surfactante na Evolução de Espumas Molhadas e Definição dos Graus de Liberdade do Modelo de Potts Celular. 2018. Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Gilberto Lima Thomas.

2.
Ismael Fortuna. Dinâmica de crescimento em espumas molhadas. 2010. Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Gilberto Lima Thomas.

3.
Júlio Monti Belmonte. Modelo de animóides aplicado à segregação celular. 2007. Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, . Orientador: Gilberto Lima Thomas.

Iniciação científica
1.
Pedro Terra. Crescimento de espuma molhadas em 3D. 2017. Iniciação Científica. (Graduando em Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul. Orientador: Gilberto Lima Thomas.

2.
Thales Corrêa da Silva. Espumas líquidas: drenagem e instabilidade convectiva. 2008. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Gilberto Lima Thomas.

3.
GUILHERME DOS SANTOS COUTO. Espumas Líquidas Bidimensionais: drenagem e instabilidade convectiva. 2007. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado Em Física) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Gilberto Lima Thomas.



Educação e Popularização de C & T



Desenvolvimento de material didático ou instrucional
1.
Gilberto L. Thomas. FIS01182 - FÍSICA II-C -Roteiros de Estudos e Atividades de Laboratório. 2008. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Material didático).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Gilberto L. Thomas. From Cells to Ecosystems: Frontiers in Collaborative Quantitative Physics-Based Multiscale Modeling of Biological Processes. 2013. (Congresso).




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