Israel Tojal Da Silva

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  • Última atualização do currículo em 03/05/2018


Possui Graduação em Ciência da Computação pela Universidade Paulista (2001), Especialização em Bioinformática pelo Laboratório Nacional de Computação Científica (2003), Doutorado em Ciências pela Universidade de São Paulo (2009) e Pós Doutorado pela Rockefeller University nos EUA (2012-2014). Foi Pesquisador Associado da Rockefeller University (2014-2015) e atualmente é membro adjunto desta instituição. Desde 2015 é Pesquisador Científico Sênior da Fundação Antônio Prudente - A.C. Camargo Cancer Center, onde chefia o Laboratório de Bioinformática. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Bioinformática, atuando principalmente nos seguintes temas: genômica e transcriptômica. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Israel Tojal Da Silva
Nome em citações bibliográficas
SILVA, IT.;da Silva IT;Tojal, I.;Israel T Silva;Silva, Israel Tojal;SILVA, I. T.;DA SILVA, ISRAEL;SILVA, ISRAEL T.;Head Neck Genome Project/GENCAPO;SILVA, ISRAEL T.;DA SILVA, ISRAEL T.;TOJAL DA SILVA, ISRAEL;DA SILVA, ISRAEL T;DA SILVA, ISRAEL TOJAL

Endereço


Endereço Profissional
Fundação Antônio Prudente, Hospital AC Camargo, Centro Internacional de Pesquisa.
Rua Taguá, 440
Liberdade
01508010 - São Paulo, SP - Brasil
Telefone: (11) 21895000
Ramal: 2973
URL da Homepage: http://www.accamargo.org.br


Formação acadêmica/titulação


2004 - 2009
Doutorado em Ciências Biológicas (Genética).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: UMA PLATAFORMA COMPUTACIONAL PARA ANÁLISE DE EXPRESSÃO DIFERENCIAL MÚLTIPLA, Ano de obtenção: 2009.
Orientador: Wilson Araújo da Silva Jr.
Palavras-chave: Bioinformatica; Expressão gênica; pathways; cancer.
2003 - 2003
Especialização em Bioinformática. (Carga Horária: 360h).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
Título: Complete Mitochondrial Genome Database to Mammalian Phylogenetic Studies.
Orientador: Claudia Augusta de Moraes Russo.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
1998 - 2001
Graduação em Ciência da Computação.
Universidade Paulista, UNIP, Brasil.


Pós-doutorado


2012 - 2014
Pós-Doutorado.
Rockefeller University, ROCKEFELLER, Estados Unidos.


Formação Complementar


2011 - 2011
Capacitação Didático Pedagógico. (Carga horária: 62h).
Centro Universitário Barão de Mauá, CBM, Brasil.
2010 - 2010
Workshop Intensivo de Redação Científica. (Carga horária: 40h).
Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, FUNDHERP, Brasil.
2007 - 2007
Extensão universitária em Verão em Bioinformática. (Carga horária: 80h).
Universidade de São Paulo, FFCLRP, Brasil.
2007 - 2007
Genomic Signal Processing. (Carga horária: 6h).
Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
2001 - 2001
Extensão universitária em Fundamentos em Bioinformática. (Carga horária: 40h).
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.


Atuação Profissional



Instituição de Medicina Tropical, IMT/USP, Brasil.
Vínculo institucional

2016 - Atual
Vínculo: , Enquadramento Funcional:


Fundação Antônio Prudente, FAP, Brasil.
Vínculo institucional

2015 - Atual
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Pesquisador Científico Sênior, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

04/2015 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Hospital AC Camargo, Centro Internacional de Pesquisa.

11/2016 - 12/2016
Ensino, Oncologia, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática aplicada ao estudo da genômica do câncer
09/2015 - 11/2015
Ensino, Oncologia, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática Aplicada ao Estudo da Genômica do Câncer

Rockefeller University, ROCKEFELLER, Estados Unidos.
Vínculo institucional

2015 - Atual
Vínculo: Member of the Adjunct Faculty, Enquadramento Funcional: Member of the Adjunct Faculty

Vínculo institucional

2014 - 2015
Vínculo: Research Associate, Enquadramento Funcional: Research Associate, Carga horária: 35, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2012 - 2014
Vínculo: Postdoctoral Associate, Enquadramento Funcional: Postdoctoral Associate, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.


Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, FHRP, Brasil.
Vínculo institucional

2008 - 2011
Vínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Pesquisador Técnico Científico, Carga horária: 40

Vínculo institucional

2005 - 2008
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Especialista em Bioinformática, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2003 - 2004
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Treinamento Tecnológico, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2001 - 2003
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Desenvolvedor, Carga horária: 40

Atividades

2/2005 - 12/2011
Pesquisa e desenvolvimento , Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, .

Linhas de pesquisa
Bioinformática
01/2005 - 03/2008
Estágios , Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, .

Estágio realizado
Paricipação em projetos de pesquisa envolvendo planejamento e desenvolvimento de softwares, modelagem e gerenciamento de dados, apllicação de ferramentas computacionais de Bioinformática na análise de dados biolõgicos.
01/2003 - 12/2004
Estágios , Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, .

Estágio realizado
Participação em Projetos de Pesquisa no Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Centro de Terapia Celular. Bolsa:Treinamento Técnico (FAPESP/TT-4)..
6/2001 - 01/2003
Estágios , Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, .

Estágio realizado
Atividades de pesquisa e desenvolvimento realizado no Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Centro de Terapia Celular..

Centro Universitário Barão de Mauá, CBM, Brasil.
Vínculo institucional

2011 - 2011
Vínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Professor Universitário, Carga horária: 14

Vínculo institucional

2010 - 2010
Vínculo: Professor vistante, Enquadramento Funcional: Horista, Carga horária: 6

Vínculo institucional

2010 - 2010
Vínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Professor Universitário, Carga horária: 12

Vínculo institucional

2010 - 2010
Vínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Professor Universitário, Carga horária: 14

Vínculo institucional

2007 - 2007
Vínculo: Professor vistante, Enquadramento Funcional: Horista, Carga horária: 6

Vínculo institucional

2006 - 2006
Vínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: Horista, Carga horária: 30

Atividades

02/2011 - 12/2011
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Estrutura de Dados e Algoriitmos
Hipermídia
Laboratório de Computação
Matemática Discreta
Projeto e Construção de Compiladores
02/2011 - 12/2011
Ensino, Tecnologia em análise e Desenvolvimento de Sistema, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Sistemas Operacionais
02/2011 - 12/2011
Ensino, Sistemas para Internet, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Sistemas Operacionais
08/2010 - 08/2010
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Matemática Discreta
Projeto e Construção de Compiladores
Linguagem de Programação II
Hipermídia
02/2010 - 06/2010
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Hipermídia
Linguagem de Programação II
Projeto e Construção de Compiladores
02/2010 - 02/2010
Ensino, Biotecnologia, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática
09/2007 - 10/2007
Ensino, Biotecnologia, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática
Biotecnologia
07/2006 - 08/2006
Ensino, Genética Humana, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática

Universidade de Franca, UNIFRAN, Brasil.
Vínculo institucional

2007 - 2007
Vínculo: Professor vistante, Enquadramento Funcional: Horista, Carga horária: 8

Vínculo institucional

2006 - 2006
Vínculo: Professor vistante, Enquadramento Funcional: Horista, Carga horária: 8

Atividades

05/2007 - 05/2007
Ensino, Biologia Molecular e Biotecnologia, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática
06/2006 - 06/2006
Ensino, Biologia Molecular e Biotecnologia, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática


Linhas de pesquisa


1.
Bioinformática
2.
Bioinformática
3.
Priorização de variações genéticas
4.
Fontes de instabilidade genômica
5.
Assinaturas mutacionais


Projetos de pesquisa


2016 - Atual
Retrotransposons e enzimas de edição de ácidos nucléicos: ativação, eventos somáticos e associação com o câncer
Descrição: Os retrotransponíveis ou elementos móveis (MEs), representam uma constante ameaça à integridade do genoma hospedeiro pela sua capacidade mutagênica. Como mecanismo que busca assegurar esta integridade, um conjunto de enzimas de edição de ácidos nucléicos atua para inibir a atividade deletéria desses MEs. No entanto, este mesmo mecanismo de proteção à integridade do genoma, acaba sendo uma fonte crônica de danos pois é capaz de induzir mutações no DNA. A relação entre a ativação dos MEs e as mutações colaterais resultantes destas enzimas ainda não é totalmente esclarecida e precisa ser melhor explorada. Este projeto visa identificar e fornecer informações críticas para deduzir os agentes prejudiciais ao DNA, mecanismos moleculares casuais e, portanto, sugerir alvos terapêuticos adicionais para evitar eventos mutacionais desta natureza. Para alcançar esse objetivo, estruturaremos uma abordagem integrativa para interrogar o transcriptoma de 75 linhagens celulares, genoma e exoma total de 207 amostras (normal vs tumor) de pacientes com linfoma. No final, prentendemos expandir nosso conhecimento a respeito dos danos molelulares, apontando para novas alterações genômicas determinantes durante a formação e progressão nos tumores de células B..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2016 - Atual
Epidemiologia e Genômica de Adenocarcinomas Gástricos no Brasil
Descrição: O adenocarcinoma gástrico (AdG) é um dos tumores com maiores índices de mortalidade. Apesar de possuir patogenia bem determinada, o conhecimento atual dos mecanismos moleculares que promovem sua gênese e evolução ainda não se traduziu em impacto significante sobre o diagnóstico, tratamento ou novas modalidades terapêuticas que fossem capazes de alterar o curso natural da doença. Este projeto visa aumentar de modo significativo o conhecimento acerca desta patologia, com enfoque na população brasileira, atualizando a sua epidemiologia. Agregaremos informação multidisciplinar relativa a novos agentes etiológicos e buscaremos alterações moleculares da doença familiar ou de ocorrência em idades precoces, investigando marcadores de resposta à quimioterapia neoadjuvante e pesquisando fatores relacionados ao prognóstico e diversidade de seus diferentes tipos histopatológicos - sempre buscando obter algum impacto no diagnóstico e na terapia dos pacientes. Para tal, estruturamos uma rede colaborativa envolvendo centros em São Paulo, Fortaleza, e Belém, onde coletaremos dados epidemiológicos detalhados de mais de 2000 pessoas. Para as amostras do AC Camargo além dos questionários, coletaremos fluidos biológicos e tecidos que serão analisados com técnicas modernas de patologia, metagenômica, genômica, epigenômica. Analisaremos vesículas extracelulares e células tumorais circulantes e todos os dados serão avaliados dentro de um contexto de ancestralidade genômica, fundamental para uma população miscigenada como a brasileira. Nosso objetivo final é contribuir para que os pacientes desta doença, com desfecho atual quase sempre letal, tenham tratamento mais eficiente..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2016 - Atual
O papel da atividade dos Retrovírus Endógenos Humanos da família W (HERV-W) na patogenia da Esclerose Multipla investigado por meio da análise do transcriptoma de pacientes acometidos
Descrição: A Esclerose Múltipla (EM) é uma doença sem etiologia definida, de difícil tratamento, extremamente complexa e que afeta mais de 2.5 milhões de pessoas no mundo. Possui um estágio inflamatório e é caracterizada principalmente pelo caráter progressivo e degenerativo. Sabe-se que os retrovírus endógenos (ERVs) da família W (HERV-W/MSRV - multiple sclerosis associated retrovirus) são super expressos em pacientes com EM, podendo haver desde de RNA mensageiro circulante até a presença da proteína do gene env em lesões desmielinizantes. Foi observado que a expressão desses elementos inibe a diferenciação de células precursoras de oligodendrócitos, prejudicando diretamente o processo de remielinização. Apesar do evidente envolvimento do MSRV com a EM, não sabemos ainda com clareza as causas e conseqüências dessa relação, quais elementos exatamente são expressos e se o repertório de provírus ativos difere de acordo com o caráter da doença. Atualmente, um novo tratamento para a EM baseado em anticorpos monoclonais direcionados a proteína env/HERV-W esta sendo desenvolvido, e um maior entendimento da atividade dos HERVs nesses pacientes torna-se agora imprescindível. O objetivo deste estudo é sequenciar o transcriptoma de pacientes com EM em (i) condições de recidivas (surto) e (ii) em período remitente, com ênfase na análise da atividade de HERVs da família W. O transcriptoma de indivíduos saudáveis também será realizado para fins de comparação. Esperamos com os dados gerados nesse estudo não somente aumentar o entendimento da relação entre HERV-W e Esclerose Múltipla mas também é nosso objetivo gerar dados de expressão gênica de indivíduos afetados suficientes para análises de outros genes que possivelmente estejam envolvidos com a patogênese da doença.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2009 - 2011
Rede GENOPROT: Oncogenômica aplicada à terapia de carcinomas de cabeça e pescoço
Descrição: Edital MCT/CNPq/CT-AGRO/CT-BIOTEC no. 42/2009 - Rede GENOPROT Desenvolvimento de pesquisas conjuntas, especificamente relacionadas com a busca de biomarcadores de diagnóstico, prognóstico e que possam também ser usados como alvos terapêuticos aplicado ao tratamento de carcinomas de cabeça e pescoço. O estudo focalizará na análise dos mecanismos genéticos e epigenéticos que regulam o transcriptoma e o secretoma em carcinomas de cabeça e pescoço...
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2008 - 2011
Análise anátomo-funcional do genoma de uma linhagem de carcinoma ductal de mama
Descrição: A combinação dos dados de expressão e da estrutura genômica das células tumorais pode elucidar pontos obscuros sobre os mecanismos genéticos associados com a progressão tumoral. Deste modo, propomos neste projeto a montagem completa e anotação do genoma de uma linhagem de carcinoma de mama e de uma linhagem normal linfóide, seguido da análise anatômica e de expressão para identificar biomarcadores ou vias metabólicas que possam auxiliar no diagnóstico, na classificação e no tratamento do câncer de mama...
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2003 - 2005
Uma abordagem de BioInformática para selecionar regiões gênicas como alvos de análise de Microarray.
Descrição: Desenvolvimentos de aplicativos para análise de sequências alvos para Microarray..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Israel Tojal Da Silva - Integrante / Wilson Araújo da Silva Jr - Coordenador.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
2002 - 2003
Genome Data Mining
Descrição: O projeto desenvolvido para criar uma plataforma contendo com conjunto de aplicativos destinados a analisar dados de seqüência de DNA gerados pelo nosso grupo e de seqüências provenientes de banco de dados públicos. Os aplicativos desenvolvidos estão disponíveis no site: http://gdm.fmrp.usp.br.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2001 - 2002
Laboratório Associado de Bioinformática no Programa Humano do câncer
Descrição: O projeto tinha como objetivo principal identificar genes com expressão diferencial entre tecidos normais e tumorais. Tais genes podem ser caracterizados como excelentes alvos terapêuticos. O método usado para analisar o perfil de expressao gênica foi o SAGE (Serial Analysis of Gene Expression). O projeto tinha tambem o compromisso de consolidar o grupo de bioinformática motivando os alunos a desenvolverem ferramentas para facilitar as análises de expressão gênica.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Humana e Médica.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação/Especialidade: Software Básico.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Bem.


Prêmios e títulos


2010
Prêmio Jovem Geneticista 2010 - menção honrosa, Sociedade Brasileira de Genética & GE Healthcare Life Sciences.
2006
Prêmio Jovem Geneticista 2007/ GE Healthcare Live Sciences, Sociedade Brasileira de Genética e GE Healthcare.
2005
Young Investigator Award for Excellence in Research, IV São Paulo Research Conference Cancer today, from Molecular Biology for treatment.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:27
Total de citações:335
Fator H:12
Silva, Israel T  Data: 23/08/2016

Artigos completos publicados em periódicos

1.
3RAMIREZ, MARCEL I.2018RAMIREZ, MARCEL I. ; AMORIM, MARIA G. ; GADELHA, CATARINA ; MILIC, IVANA ; WELSH, JOSHUA A. ; FREITAS, VANESSA M. ; NAWAZ, MUHAMMAD ; AKBAR, NAVEED ; COUCH, YVONNE ; MAKIN, LAURA ; COOKE, FIONA ; VETTORE, ANDRE L. ; BATISTA, PATRICIA X. ; FREEZOR, ROBERTA ; PEZUK, JULIA A. ; ROSA-FERNANDES, LÍVIA ; CARREIRA, ANA CLAUDIA O. ; DEVITT, ANDREW ; JACOBS, LAURA ; SILVA, ISRAEL T. ; COAKLEY, GILLIAN ; NUNES, DIANA N. ; CARTER, DAVE ; PALMISANO, GIUSEPPE ; DIAS-NETO, EMMANUEL . Technical challenges of working with extracellular vesicles. Nanoscale, v. 10, p. 881-906, 2018.

2.
1COHN, LILLIAN B.2018COHN, LILLIAN B. ; DA SILVA, ISRAEL T. ; VALIERIS, RENAN ; HUANG, AMY S. ; LORENZI, JULIO C. C. ; COHEN, YEHUDA Z. ; PAI, JOY A. ; BUTLER, ALLISON L. ; CASKEY, MARINA ; JANKOVIC, MILA ; NUSSENZWEIG, MICHEL C. . Clonal CD4+ T cells in the HIV-1 latent reservoir display a distinct gene profile upon reactivation. NATURE MEDICINE, v. 1, p. 1, 2018.

3.
2BATTIVELLI, EMILIE2018BATTIVELLI, EMILIE ; DAHABIEH, MATTHEW S ; ABDEL-MOHSEN, MOHAMED ; SVENSSON, J PETER ; TOJAL DA SILVA, ISRAEL ; COHN, LILLIAN B ; GRAMATICA, ANDREA ; DEEKS, STEVEN ; GREENE, WARNER C ; PILLAI, SATISH K ; VERDIN, ERIC . Distinct chromatin functional states correlate with HIV latency reactivation in infected primary CD4+ T Cells. eLife, v. 7, p. 1, 2018.

4.
7FEHRENBACHER, NICOLE2017FEHRENBACHER, NICOLE ; TOJAL DA SILVA, ISRAEL ; RAMIREZ, CRAIG ; ZHOU, YONG ; CHO, KWANG-JIN ; KUCHAY, SHAFI ; SHI, JIE ; THOMAS, SUSAN ; PAGANO, MICHELE ; HANCOCK, JOHN F. ; BAR-SAGI, DAFNA ; PHILIPS, MARK R. . The G protein-coupled receptor GPR31 promotes membrane association of KRAS. The Journal of Cell Biology, v. 216, p. jcb.201609096, 2017.

5.
6TEIXEIRA, ANDRE A2017TEIXEIRA, ANDRE A ; MARCHIÒ, SERENA ; DIAS'NETO, EMMANUEL ; NUNES, DIANA N ; DA SILVA, ISRAEL T ; CHACKERIAN, BRYCE ; BARRY, MARC ; LAUER, RICHARD C ; GIORDANO, RICARDO J ; SIDMAN, RICHARD L ; WHEELER, COSETTE M ; CAVENEE, WEBSTER K ; PASQUALINI, RENATA ; ARAP, WADIH . Going viral? Linking the etiology of human prostate cancer to the PCA3 long noncoding RNA and oncogenic viruses. EMBO Molecular Medicine, v. 10, p. e201708072, 2017.

6.
5AMORIM, MARIA G.2017AMORIM, MARIA G. ; VALIERIS, RENAN ; DRUMMOND, RODRIGO D. ; PIZZI, MELISSA P. ; FREITAS, VANESSA M. ; SINIGAGLIA-COIMBRA, RITA ; CALIN, GEORGE A. ; PASQUALINI, RENATA ; ARAP, WADIH ; SILVA, ISRAEL T. ; DIAS-NETO, EMMANUEL ; NUNES, DIANA N. . A total transcriptome profiling method for plasma-derived extracellular vesicles: applications for liquid biopsies. Scientific Reports, v. 7, p. 1, 2017.

7.
4GARCIA-ROSA, SHEILA2017GARCIA-ROSA, SHEILA ; DE AMORIM, MARIA GALLI ; VALIERIS, RENAN ; MARQUES, VANESSA DACCACH ; LORENZI, JULIO CESAR CETRULO ; TOLLER, VANIA BALARDIN ; DO OLIVAL, GUILHERME SCIASCIA ; DA SILVA JÚNIOR, WILSON ARAÚJO ; DA SILVA, ISRAEL TOJAL ; BARREIRA, AMILTON ANTUNES ; NUNES, DIANA NORONHA ; DIAS-NETO, EMMANUEL . Exome sequencing of multiple-sclerosis patients and their unaffected first-degree relatives. BMC RESEARCH NOTES, v. 10, p. 1, 2017.

8.
9ROSALES, RAFAEL A.2016ROSALES, RAFAEL A. ; DRUMMOND, RODRIGO D. ; VALIERIS, RENAN ; DIAS-NETO, EMMANUEL ; DA SILVA, ISRAEL T. . signeR: An empirical Bayesian approach to mutational signature discovery. Bioinformatics, v. 1, p. btw572, 2016.

9.
10BRETON, GAËLLE2016BRETON, GAËLLE ; ZHENG, SHIWEI ; VALIERIS, RENAN ; TOJAL DA SILVA, ISRAEL ; SATIJA, RAHUL ; NUSSENZWEIG, MICHEL C. . Human dendritic cells (DCs) are derived from distinct circulating precursors that are precommitted to become CD1c or CD141 DCs. The Journal of Experimental Medicine, v. 213, p. 2861-2870, 2016.

10.
8THOMAS, ANDREW M.2016THOMAS, ANDREW M. ; JESUS, ELIANE C. ; LOPES, ADEMAR ; AGUIAR, SAMUEL ; BEGNAMI, MARIA D. ; ROCHA, RAFAEL M. ; CARPINETTI, PAOLA AVELAR ; CAMARGO, ANAMARIA A. ; HOFFMANN, CHRISTIAN ; FREITAS, HELANO C. ; SILVA, ISRAEL T. ; NUNES, DIANA N. ; SETUBAL, JOÃO C. ; DIAS-NETO, EMMANUEL . Tissue-Associated Bacterial Alterations in Rectal Carcinoma Patients Revealed by 16S rRNA Community Profiling. Frontiers in Cellular and Infection Microbiology, v. 6, p. 1, 2016.

11.
12COHN, LILLIAN B.2015 COHN, LILLIAN B. ; SILVA, ISRAEL T. ; OLIVEIRA, THIAGO Y. ; ROSALES, RAFAEL A. ; PARRISH, ERICA H. ; LEARN, GERALD H. ; HAHN, BEATRICE H. ; CZARTOSKI, JULIE L. ; MCELRATH, M. JULIANA ; LEHMANN, CLARA ; KLEIN, FLORIAN ; CASKEY, MARINA ; WALKER, BRUCE D. ; SILICIANO, JANET D. ; SILICIANO, ROBERT F. ; JANKOVIC, MILA ; NUSSENZWEIG, MICHEL C. . HIV-1 Integration Landscape during Latent and Active Infection. Cell (Cambridge), v. 160, p. 420-432, 2015.

12.
11ROBBIANI, DAVIDE F.2015ROBBIANI, DAVIDE F. ; DEROUBAIX, STEPHANIE ; FELDHAHN, NIKLAS ; OLIVEIRA, THIAGO Y. ; CALLEN, ELSA ; WANG, QIAO ; JANKOVIC, MILA ; SILVA, ISRAEL T. ; ROMMEL, PHILIPP C. ; BOSQUE, DAVID ; EISENREICH, TOM ; NUSSENZWEIG, ANDRÉ ; NUSSENZWEIG, MICHEL C. . Plasmodium Infection Promotes Genomic Instability and AID-Dependent B Cell Lymphoma. Cell (Cambridge), v. 162, p. 727-737, 2015.

13.
13WANG, QIAO2014WANG, QIAO ; OLIVEIRA, THIAGO ; JANKOVIC, MILA ; SILVA, ISRAEL T. ; HAKIM, OFIR ; YAO, KAIHUI ; GAZUMYAN, ANNA ; MAYER, CHRISTIAN T. ; PAVRI, RUSHAD ; CASELLAS, RAFAEL ; NUSSENZWEIG, MICHEL C. ; ROBBIANI, DAVIDE F. . Epigenetic targeting of activation-induced cytidine deaminase. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 111, p. 18667-18672, 2014.

14.
14SILVA, IT.2014 SILVA, IT.; ROSALES, R. A. ; HOLANDA, A. J. ; NUSSENZWEIG, M. C. ; JANKOVIC, MILA . Identification of chromosomal translocation hotspots via scan statistics.. Bioinformatics (Oxford. Online), v. 30, p. 2551-2558, 2014.

15.
15MALTA, TATHIANE MAISTRO2013MALTA, TATHIANE MAISTRO ; Silva, Israel Tojal ; PINHEIRO, DANIEL GUARIZ ; DOS SANTOS, ANEMARIE RAMOS ; PINTO, MARIANA TOMAZINI ; PANEPUCCI, RODRIGO ALEXANDRE ; TAKAYANAGUI, OSVALDO MASSAITI ; TANAKA, YUETSU ; COVAS, DIMAS TADEU ; KASHIMA, SIMONE . Altered expression of degranulation-related genes in CD8+ T cells in HTLV-1 infection. AIDS Research and Human Retroviruses, v. 1, p. 130110034702004, 2013.

16.
17JANKOVIC, MILA2013 JANKOVIC, MILA ; FELDHAHN, NIKLAS ; OLIVEIRA, THIAGO Y. ; SILVA, ISRAEL T. ; KIEFFER-KWON, KYONG-RIM ; YAMANE, ARITO ; RESCH, WOLFGANG ; KLEIN, ISAAC ; ROBBIANI, DAVIDE F. ; CASELLAS, RAFAEL ; NUSSENZWEIG, MICHEL C. . 53BP1 Alters the Landscape of DNA Rearrangements and Suppresses AID-Induced B Cell Lymphoma. Molecular Cell, v. 49, p. 1, 2013.

17.
16GARCIA, F. B.2013GARCIA, F. B. ; KASHIMA, S. ; RODRIGUES, E. S. ; SILVA, IT. ; MALTA, T. M. ; NICOLETE, L. D. DE FIGUEIREDO ; HADDAD, R. ; MORAES-SOUZA, H. ; COVAS, D. T. . Novel polymorphisms in the promoter region of the perforin gene among distinct Brazilian populations and their functional impact. International Journal of Immunogenetics (Print), v. 41, p. n/a-n/a, 2013.

18.
18GARCIA, FERNANDA BERNADELLI2012GARCIA, FERNANDA BERNADELLI ; KASHIMA, SIMONE ; RODRIGUES, EVANDRA STRAZZA ; Silva, Israel Tojal ; MALTA, TATHIANE MAISTRO ; NICOLETE, LARISSA DEADAME DE FIGUEIREDO ; COVAS, DIMAS TADEU ; MORAES-SOUZA, HELIO . Distribution of QPY and RAH haplotypes of granzyme B gene in distinct Brazilian populations. Revista da Sociedade Brasileira de Medicina Tropical (Impresso), v. 45, p. 496-499, 2012.

19.
21MEREDITH, M. M.2012MEREDITH, M. M. ; LIU, K. ; KAMPHORST, A. O. ; IDOYAGA, J. ; YAMANE, A. ; GUERMONPREZ, P. ; RIHN, S. ; YAO, K.-H. ; SILVA, I. T. ; OLIVEIRA, T. Y. ; SKOKOS, D. ; CASELLAS, R. ; NUSSENZWEIG, M. C. . Zinc finger transcription factor zDC is a negative regulator required to prevent activation of classical dendritic cells in the steady state. The Journal of Experimental Medicine, v. 209, p. 1583-1593, 2012.

20.
19GORDO, SHEILA MC2012GORDO, SHEILA MC ; Pinheiro, Daniel G ; MOREIRA, EDITH CO ; RODRIGUES, SIMONE M ; POLTRONIERI, MARLI C ; DE LEMOS, ORIEL F ; DA SILVA, ISRAEL ; RAMOS, ROMMEL TJ ; SILVA, ARTUR ; SCHNEIDER, HORACIO ; Silva, Wilson A ; SAMPAIO, IRACILDA ; DARNET, SYLVAIN . High-throughput sequencing of black pepper root transcriptome. BMC Plant Biology (Online), v. 12, p. 168, 2012.

21.
20RODINI, C. O.2012RODINI, C. O. ; XAVIER, F. C. A. ; PAIVA, K. B. S. ; DESTRO, M. F. S. S. ; MOYSES, R. A. ; MICHALUARTE, P. ; CARVALHO, M. B. ; Head Neck Genome Project/GENCAPO ; TAJARA, E. H. ; OKAMOTO, O. K. ; NUNES, F. D. . Homeobox gene expression profile indicates HOXA5 as a candidate prognostic marker in oral squamous cell carcinoma. International Journal of Oncology, v. 40, p. 1180-1188, 2012.

22.
22Galante, P. A. F.2011Galante, P. A. F. Parmigiani, R. B. Zhao, Q. Caballero, O. L. de Souza, J. E. Navarro, F. C. P. Gerber, A. L. Nicolas, M. F. Salim, A. C. M. Silva, A. P. M. Edsall, L. Devalle, S. Almeida, L. G. Ye, Z. Kuan, S. PINHEIRO, D. G. Tojal, I. Pedigoni, R. G. de Sousa, R. G. M. A. Oliveira, T. Y. K. de Paula, M. G. Ohno-Machado, L. Kirkness, E. F. Levy, S. da Silva, W. A. , et al.Vasconcelos, A. T. R. Ren, B. ZAGO, M. A. Strausberg, R. L. SIMPSON, A. J. G. de Souza, S. J. Camargo, A. A. ; Distinct patterns of somatic alterations in a lymphoblastoid and a tumor genome derived from the same individual. Nucleic Acids Research, p. 1, 2011.

23.
23BOING, A. F.2011BOING, A. F. ; ANTUNES, J. L. F. ; CARVALHO, M. B. ; GOIS FILHO, J. F. ; KOWALSKI, L. P. ; MICHALUART, P. ; Head Neck Genome Project/GENCAPO ; ELUF-NETO, J. ; BOFFETTA, P. ; WUNSCH-FILHO, V. . How much do smoking and alcohol consumption explain socioeconomic inequalities in head and neck cancer risk?. Journal of Epidemiology and Community Health (1979), v. 65, p. 709-714, 2011.

24.
25SILVA, IT.2010SILVA, IT.; Vêncio, Ricardo ZN ; Oliveira, Thiago YK ; Molfetta, Greice A ; Silva, Wilson A . ProbFAST: Probabilistic Functional Analysis System Tool. BMC Bioinformatics, v. 11, p. 161, 2010.

25.
24Rodrigues-Lisoni, Flavia C2010Rodrigues-Lisoni, Flavia C ; Peitl, Paulo ; Vidotto, Alessandra ; Polachini, Giovana M ; Maniglia, Jose V ; Carmona-Raphe, Juliana ; Cunha, Bianca R ; Henrique, Tiago ; Souza, Caique F ; Teixeira, Rodrigo AP ; Fukuyama, Erica E ; Michaluart, Pedro ; de Carvalho, Marcos B ; Oliani, Sonia M ; Gencapo, Head and Neck Genome Project ; Tajara, Eloiza H ; da Silva IT . Genomics and proteomics approaches to the study of cancer-stroma interactions. BMC Medical Genomics, v. 3, p. 14, 2010.

26.
26Kashima, S.2009Kashima, S.; Rodrigues, E. S. ; Azevedo, R. ; da Cruz Castelli, E. ; Mendes-Junior, C. T. ; Yoshioka, F. K. N. ; da Silva, I. T. ; Takayanagui, O. M. ; Covas, D. T. . DC-SIGN (CD209) gene promoter polymorphisms in a Brazilian population and their association with human T-cell lymphotropic virus type 1 infection. Journal of General Virology (Print), v. 90, p. 927-934, 2009.

27.
29Almeida, LM.2008Almeida, LM. ; Amaral, MEJ. ; SILVA, IT. ; da Silva, WA Jr. ; Riggs, PK. ; Carareto, CM. . Report of a chimeric origin of transposable elements in a bovine-coding gene.. Genetics and Molecular Research, v. 7, p. 107-116, 2008.

28.
30Silveira, Nelson JF2008Silveira, Nelson JF; Varuzza, Leonardo ; Machado-Lima, Ariane ; Lauretto, Marcelo S ; Pinheiro, Daniel G ; Rodrigues, Rodrigo V ; Severino, Patricia ; Nobrega, Francisco G ; da Silva, IT. ; Gencapo, Head and Neck Genome Project ; Silva Jr, Wilson A ; de B Pereira, Carlos A ; Tajara, Eloiza H . Searching for molecular markers in head and neck squamous cell carcinomas (HNSCC) by statistical and bioinformatic analysis of larynx-derived SAGE libraries. BMC Medical Genomics, v. 1, p. 56, 2008.

29.
28Severino, P.2008Severino, P. ; Alvares, AM. ; Michaluart, P Jr. ; Okamoto, OK. ; Nunes, FD. ; Moreira-Filho, CA. ; Tajara, EH. ; Cury, PM. ; Frizzera, APZ. ; da Silva IT ; Head and Neck Genome Project GENCAPO . Global gene expression profiling of oral cavity cancers suggests molecular. BMC Research Notes, v. 1, p. 1-9, 2008.

30.
27Alves, V A F2008Alves, V A F; Nonogaki, S ; Cury, P M ; Wünsch-Filho, V ; de Carvalho, M B ; Michaluart-Júnior, P ; Moyses, R A ; Curioni, O A ; Figueiredo, D L A ; Scapulatempo-Neto, C ; Parra, E R ; Polachini, G M ; Silistino-Souza, R ; Oliani, S M ; Silva-Júnior, W A ; Nobrega, F G ; Cury, PM. ; de Carvalho MB. ; Dias-Neto, ED. ; da Silva, IT. ; Head and Neck Genome Project GENCAPO ; Tajara, E H ; Zago, M A . Annexin A1 subcellular expression in laryngeal squamous cell carcinoma. Histopathology (Oxford. Print), v. 53, p. 715-727, 2008.

31.
32Almeida, Luciane M.2007Almeida, Luciane M.; Silva, Israel T. ; Silva Jr., Wilson A. ; Castro, Juliana P. ; Riggs, Penny K. ; Carareto, Claudia M. ; Amaral, M. Elisabete J. . The contribution of transposable elements to Bos taurus gene structure. Gene (Amsterdam), v. 390, p. 180-189, 2007.

32.
31Chiromatzo, AO.2007Chiromatzo, AO. ; Oliveira, TYK. ; Pereira, GSP. ; Costa, AY. ; Montesco, CAE.v ; Gras DE ; Yosetake, F. ; Vilar, JB. ; Cervato, MC. ; Prado, PRR. ; Cardenas, RGCCL. ; Cerri, R. ; Borges, RL. ; Lemos, RN. ; Alvarenga, SM. ; Perallis, VRC. ; Pinheiro, DG. ; da Silva IT ; Brandao, RM. ; Cunha, MAV. ; Giuliatti, S. ; da Silva, WA Jr. . miRNApath: a database of miRNAs, target genes and metabolic pathways. Genetics and Molecular Research, v. 6, p. 859-865, 2007.

33.
33de Vasconcelos, A. T. R.2005de Vasconcelos, A. T. R.; Guimaraes, ACR. ; Castelletti, CHM. ; Caruso, CS. ; Ribeiro, C. ; Yokaichiya, F. ; Armoa, GRG. ; Pereira, GSP. ; da Silva, IT. ; Schrago, CG. ; Fernandes, ALV. ; da Silveira, AR. ; Carneiro, AG. ; Gramkow, D. ; Lima, FJ.v ; Correa, LGG. ; Mudado, MA. ; Nehab-Hess, P. ; Souza, R. ; Correa, RL. ; Russo, CA. . MamMiBase: a mitochondrial genome database for mammalian phylogenetic studies. Bioinformatics (Oxford), v. 21, p. 2566-2567, 2005.

34.
34Brentani, H.2003Brentani, H.; Brentani, H. Camargo, AA. Cabalero, OL. da Silva, AM da Silva, WA Jr. Dias Neto, E. Grivet, M. Gruber, A. Guimaraes, PE. Hide, W. Iseli, C. Jongeneel, CV. Kelso, J. Nagai, MA. Ojopi, EP. Osorio, EC. Reis, EMR. Riggins, GJ. Simpson, AJ de Souza, S. Stevenson, BJ. Strausberg, RL. Tajara, EH. Verjovski-Almeida, S. Acencio, ML. , et al.Bengtson, MH. Bettoni, F. Bodmer, WF. Briones, MR. Camargo, LP. Cavenee, W. Cerutti, JM. Coelho Andrade, LE. Costa dos Santos, PC. Ramos Costa, MC. da Silva, IT. Estecio, MR. Sa Ferreira, K. Furnari, FB. Faria, M Jr. Galante, PA. Guimaraes, GS. Holanda, AJ. Kimura, ET. Leerkes, MR. Lu, X. Maciel, RM. Martins, EA. Massirer, KB. Melo, AS. Mestriner, CA. Miracca, EC. Miranda, LL. Nobrega, FG. Oliveira, PS. Human Cancer Genome Project Sequencing Consortium Zago, MA. Zalcberg, H. ; The generation and utilization of a cancer-oriented representation of the human transcriptome by using expressed sequence tags. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 100, p. 13418-13423, 2003.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
SILVA, IT.; SILVA JR, Wilson Araújo da . BesTags : An Approach to Select Gene Specific Regions for Expression Analysis. In: 1st International Conference of The AB3C, 2005, Caxambu - MG. 1st International Conference of The AB3C, 2005.

2.
Valente V ; Maia, R. M. ; Kodama, K. R. ; Molfetta G.A. ; Zanette, D. L. ; CUNHA, M. A. V. ; SILVA, IT. ; PINHEIRO, D. G. ; Pereira, G. P. S ; Paco-Larson ML ; ZAGO, M. A. ; SILVA JR, Wilson Araújo da . Itenfication of expressed sequence tags reresenting putative human micro-rna transcripts. In: IV São Paulo Research Conference Cancer totay from Molecular Biology to treatment, 2005. IV São Paulo Research Conference Cancer totay from Molecular Biology to treatment, 2005.

3.
HOLANDA, A. J. ; SILVA, IT. ; COSTA, M. C. R. ; SILVA JR, Wilson Araújo da ; GUIMARAES, P. E. M. ; DIAS NETO, Emmanuel ; ZAGO, M. A. . Identificação de Polimorfismos de Nucleotídeos Únicos (SNPs) em Regiões Codificadoras de Genes Humanos. In: VIII Congresso Brasileiro de Informática em Saúde, 2002, Natal. VIII Congresso Brasileiro de Informática em Saúde, 2002.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
Israel T Silva; PINHEIRO, D. G. ; SILVA JR, W. A. . A computational approach to identify transposable element insertions in cancer cells. In: Beyond the Genome 2011, 2011, Rockville. A computational approach to identify transposable element insertions in cancer cells, 2011.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
Rodrigues, EV ; Kashima, S ; Malta, TM ; Figueiredo, LD ; Garcia, FB ; da Silva IT ; Takayanagui, OM ; Covas, DT . Perforin and Granzyme B Gene Variations and Their Association with the Progression of the Disease in HTLV-1 Infected Individuals. In: 14th International Conference on Human Retrovirology: HTLV and related retroviruses, 2009, Salvador. Perforin and Granzyme B Gene Variations and Their Association with the Progression of the Disease in HTLV-1 Infected Individuals, 2009.

2.
Nicolette, LDF ; Zanette, DL ; Covas, DT ; da Silva IT ; Takayanagui, OM ; Azevedo, R. ; Kashima, S ; Malta, TM . Deregulation of HSA-MIR-125b in Human T-Cell Lymphotropic Virus Type 1 Infection. In: 14th International Conference on Human Retrovirology: HTLV and related retroviruses, 2009. 14th International Conference on Human Retrovirology: HTLV and related retroviruses.

3.
Malta, TM ; Santos, ARD ; Pinheiro, DG. ; Covas, DT ; da Silva IT ; Nicolette, LDF ; Takayanagui, OM ; Azevedo, R. ; Panepucci, RA ; Kashima, S . Identification of Actived Genes in CD8+ T Cells Isolated From HTLV-1 Infected Individuals. In: 14th International Conference on Human Retrovirology: HTLV and related retroviruses, 2009, Slavador. Identification of Actived Genes in CD8+ T Cells Isolated From HTLV-1 Infected Individuals, 2009.

4.
Malta, TM ; da Silva IT ; Pinheiro DG ; Panepucci, RA ; Azevedo, R. ; Nicolette, LDF ; Santos, ARD ; Takayanagui, OM ; Covas, DT ; Kashima, S . Incresead Expression of Cytolytic Genes in Human T-Cell Lymphotropic Virus Type 1 (HTLV-1) Patients with HAM/TSP. In: 7th International Congress of Pharmaceutical Sciences, 2009, Ribeirão Preto. Incresead Expression of Cytolytic Genes in Human T-Cell Lymphotropic Virus Type 1 (HTLV-1) Patients with HAM/TSP, 2009.

5.
Malta, TM ; Rodrigues, ES ; da Silva IT ; Pinheiro, DG. ; Panepucci, RA ; Azevedo, R. ; Garcia, FB ; Nicolette, LDF ; Santos, ARD ; Takayanagui, OM ; Covas, DT ; Kashima, S . Expressão Elevada de Moléculas Citolíticas e Correlação com SNPs em Pacientes Infectados pelo Vírus Linfotrópico de Células T Humanas Tipo 1 (HTLV-1) com HAM/TS. In: 10o Simpósio Nacional de Biologia Molecular Aplicada à Medicina, 2009, Ribeirão Preto. Expressão Elevada de Moléculas Citolíticas e Correlação com SNPs em Pacientes Infectados pelo Vírus Linfotrópico de Células T Humanas Tipo 1 (HTLV-1) com HAM/TS, 2009.

6.
Ferreira, AF ; Silva-Júnior, W A ; da Silva IT ; Simões, BP ; Zanichelli, MA ; Colassanti, MD ; Hamerschlak, N ; Amarante-Mendes, G ; Covas, DT ; Kashima, S ; Souza, AM ; Castro, FA . MicroRNA Expression in BCR-ABL Cells: Association to Apoptosis Resistance and CML Physiopathology. In: Congresso Brasileiro de Hematologia e Hemoterapia, 2009, Florianópolis. MicroRNA Expression in BCR-ABL Cells: Association to Apoptosis Resistance and CML Physiopathology, 2009.

7.
Garcia, FB ; Kashima, S ; da Silva IT ; Malta, TM ; Nicolette, LDF ; Covas, DT ; Moraes-Souza, H . Novos Polimorfismos na Região Promotora do Gene da Perforina em Grupos Populacionais Brasileiros. In: IV Encontro de Pesquisadores/III Seminário de Iniciação Científica, 2009, Belo Horizonte. Novos Polimorfismos na Região Promotora do Gene da Perforina em Grupos Populacionais Brasileiros, 2009.

8.
Malta, TM ; da Silva IT ; Pinheiro, DG. ; Panepucci, RA ; Azevedo, R. ; Santos, ARD ; Takayanagui, OM ; Covas, DT ; Haddad, SK . Gene Expression Profile CD8+ T-cells Isolated from Human T-cell Lymphotropic Virus Type 1 (HTLV-1) Infected Individuals. In: X Simpósio Internacional sobre HTLV no Brasil, 2008, Rio de Janeiro. Gene Expression Profile CD8+ T-cells Isolated from Human T-cell Lymphotropic Virus Type 1 (HTLV-1) Infected Individuals, 2008. v. 12. p. 3-3.

9.
Nicolette, LDF ; Azevedo, R. ; da Silva IT ; Zanette, DL ; Takayanagui, OM ; Covas, DT ; Haddad, SK . Identification of Human MicroRNA in Tax Region of The Human T-Cell Lymphotropic Virus Type 1 (HTLV-1). In: X Simpósio Internacional sobre HTLV no Brasil, 2008, Rio de Janeiro. The Brazilian Journal of Infectious Diseases, 2008. v. 12. p. 03-03.

10.
Andrade, AVG ; Orellana, MD ; Kashima, S ; Palma, PVB ; Solano, KR ; Caruso, CS. ; Azevedo, R. ; da Silva IT ; Peres, LC ; Neder, L ; Covas, DT . Morfologia, Fenótipo, Potencial Proliferativo e Expressão Gênica de Células Mesenquimais Estromais Multipotentes Obtidas da Medula Óssea do Adulto, da Veia do Cordão Umbilical e de Diversos Tecidos Fetais. In: Congresso Brasileiro de Hematologia e Hemoterapia, 2008, São Paulo. Morfologia, Fenótipo, Potencial Proliferativo e Expressão Gênica de Células Mesenquimais Estromais Multipotentes Obtidas da Medula Óssea do Adulto, da Veia do Cordão Umbilical e de Diversos Tecidos Fetais, 2008.

11.
SILVA, IT.. Mining SNPs from ESTs. In: 3rd International Conference of Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007, São Paulo. 3rd International Conference of Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007.

12.
Almeida LM ; SILVA, IT. ; SILVA JR, Wilson Araújo da ; Carareto CM ; Amaral ME . First analysis of the presence of transposable elements in Bos taurus coding gene. In: 1st International Conference/Workshop - Genomic Impact Of Eukaryotic Transposable Elements, 2006, California. First analysis of the presence of transposable elements in Bos taurus coding gene, 2006.

13.
SILVA, IT.; BARRERA, J. ; SILVA JR, Wilson Araújo da . ClusterMining: A framework to clustering and analysis of gene expression data. In: 1st International Conference of the AB3C / X-meeting, 2005, Caxambu. 1st International Conference of the AB3C, 2005.

14.
VALENTE, V. ; Maia, R. M. ; Kodama, K. R. ; Molfetta, G. A. ; Zanette, D. L. ; Santos, A. R. D. ; CUNHA, M. A. V. ; SILVA, IT. ; PINHEIRO, D. G. ; SILVA JR, Wilson Araújo da . Identification of expressed sequence tags representing putative human micro-RNA transcripts. In: IV São Paulo Research Conference Cancer Today, 2005, São Paulo. IV São Paulo Research Conference Cancer Today, 2005.

15.
SILVA, IT.; PINHEIRO, D. G. ; CUNHA, M. A. V. ; BRANDAO, R. M. ; SILVA JR, Wilson Araújo da . SNPMining: Mining Single Nucleotide Polymorphism in ESTs. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis. International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004.

16.
PINHEIRO, D. G. ; SILVA, IT. ; FACELI, K. ; CARVALHO, A. C. P. L. F. ; SILVA JR, Wilson Araújo da . H2G: A Tool to Identify Hyper and Hypo Expressed Genes on SAGE datasets. In: nternational Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis. nternational Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004.

17.
PINHEIRO, D. G. ; CUNHA, M. A. V. ; SILVA, IT. ; ZAGO, M. A. ; SILVA JR, Wilson Araújo da . Sistema Genérico de Anotação de ESTs. In: VIII Congresso Brasileiro de Informática em Saúde, 2002, Natal. VIII Congresso Brasileiro de Informática em Saúde, 2002.

18.
COSTA, M. C. R. ; SILVA JR, Wilson Araújo da ; HOLANDA, A. J. ; SILVA, IT. ; ULIANA, R. ; SOUZA, S. J. ; DIAS NETO, Emmanuel ; SIMPSON, A. J. G. ; ZAGO, M. A. . Identification of Coding Single Nucleotide Polymorphisms (cSNPs) in Genes Expressed in Tumoral Cells Using the HCGP-ORESTES Database. In: Brazilian International Genome Conference, 2001, Angra dos Reis. Brazilian International Genome Conference, 2001.

19.
COSTA, M. C. R. ; SILVA JR, Wilson Araújo da ; HOLANDA, A. J. ; SILVA, IT. ; DIAS NETO, Emmanuel ; SIMPSON, A. J. G. ; ZAGO, M. A. . Identificação de Polimorfismos de Base Única (SNPs) na Região Codificadora de Genes Expressos em Células Tumorais Utilizando um Banco de Dados de ORESTES. In: 46º Congresso nacional de Genética, 2000, Águas de Lindóia. Genetics and Molecular Biology, 2000.

Apresentações de Trabalho
1.
SILVA, ISRAEL T.. Linha de Pesquisa em Bioinformática. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
SILVA, ISRAEL T.. Medicina personalizada e análise de transcriptomas e genomas humanos. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
Israel T Silva. Como a Bioinformática pode ajudar a compreender o câncer. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
Israel T Silva. Linhas de Pesquisa em Bioinformática. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
Israel T Silva. Bioinformatics analysis to detect additional sources of genomic instability in Lymphoma. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

6.
SILVA, IT.. Ferramentas de Bioinformática para identificação de transcritos híbridos ( trans-splicing ). 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

7.
SILVA, IT.. SNPIndex: Um Aplicativo para Triagem de Mutações. 2003. (Apresentação de Trabalho/Seminário).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
SILVA, IT.; Oliveira, TYK. ; Vêncio, RZN ; Molfetta, G. A. ; SILVA JR, W. A. . ProbFAST: Probabilistic Functional Analysis System Tool. 2010.

2.
SILVA, IT.; BARRERA, J. ; SILVA JR, Wilson Araújo da . ClusterMining: A framework to clustering and analysis of gene expression data. 2005.

3.
SILVA, IT.; BRANDAO, R. M. ; PINHEIRO, D. G. ; SILVA JR, Wilson Araújo da . BesTags: A Bioinformatic Approach to Select Gene Regions as Tags for Expression Analysis.. 2004.

4.
SILVA, IT.; SILVA JR, Wilson Araújo da . SNPMining: Search Engine Single Nucleotide Polymorphism. 2004.

5.
SILVA, IT.. MamMiBase: a mitochondrial genome database for mammalian phylogenetic studies. 2003.

6.
SILVA, IT.; CUNHA, M. A. V. ; PINHEIRO, D. G. ; HOLANDA, A. J. ; SILVA JR, Wilson Araújo da . SNPIndex : Automated Pipeline for reliable SNP detection. 2002.

Trabalhos técnicos
1.
SILVA, IT.. 12º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP. 2004.


Demais tipos de produção técnica
1.
SILVA, IT.. Introdução à Programação Perl - Tipos e Estrutura de Dados. 2007. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

2.
SILVA, IT.. Uma Abordagem Computacional para Identificação de SNPs ( Single Nucleotide Polymorphism). 2003. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

3.
SILVA, IT.. Identificação de SNPs. 2001. .



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Teses de doutorado
1.
SILVA, ISRAEL T.; LANDMAN, G.; JASIULIONIS, M. G.; DUPRAT NET, J. P.; KREPISCHI, A. C. V.. Participação em banca de Felipe Fidalgo de Carvalho. Investigação de fatores genéticos na etiologia de síndrome do melanoma familial: Copy Number Variation (CNV) e sequenciamento de exoma. 2016. Tese (Doutorado em Doutorado) - Fundação Antônio Prudente.

2.
da Silva IT; Parmigiani RB; Junior SA; de Melo CAL; da Cunha IS. Participação em banca de Danielle de Almeida Braggio. Caracterização Molecular de Tumores Desmóides. 2015. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente.

Qualificações de Doutorado
1.
SILVA, IT.; KREPISCHI, A. C. V.. Participação em banca de Omar Julio Sosa. ​Implementação de análises computacionais para identificação de novos biomarcadores para diagnóstico molecular de tumores pancreáticos a partir de dados de transcritoma. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade de São Paulo.

2.
Israel T Silva; ROGATTO, S. R.; ACHATZ, M. I. A. S. W.. Participação em banca de Maísa Pinheiro. Identificação de genes de predisposição à síndrome dos carcinomas de mama e tireoide por sequenciamento total do exoma. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Ciencias Biologicas (Genetica)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Qualificações de Mestrado
1.
SILVA, IT.; Perez ABA; Oler G. Participação em banca de Mariana Teixeira Rodrigues. Pesquisa de causas genéticas do câncer não medular da tireoide. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências Biológicas (Biologia Molecular)) - Universidade Federal de São Paulo.

2.
SILVA, ISRAEL T.; KREPISCHI, A. C. V.; ARAUJO, L. V.. Participação em banca de Ester Risério Matos Bertoldi. Modelagem e implementação de banco de dados para identificação de marcadores moleculares no câncer de pâncreas utilizando sequenciamento de nova geração. 2015 - Universidade de São Paulo.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
Baranauskas JA; Molfetta G.A.; SILVA, IT.. Participação em banca de Rodrigo Lucena Borges.Identificação In-Silico de Transcritos Híbridos. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo.

2.
Rossi NMM; Sanches PR; SILVA, IT.. Participação em banca de Dario Pereira Caldas Santana.Mineração de Dados na Análise Padrão de Expresão Gênica de Trichophyton rubrum. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo.

3.
SILVA, IT.; GIULIATTI, S; Molfetta G.A.. Participação em banca de Murilo Castro Cervato.Análise de associações de microRNAs e seus alvos em bibliotecas de SAGE. 2006. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Outras participações
1.
SILVA, ISRAEL T.; MASCHIETTO, M.; COSTA, A. F. M.. Estudo de mutações somáticas identificadas em sequenciamento de exoma de hepatoblastoma. 2016. Fundação Antônio Prudente.

2.
Israel T Silva. Estudo funcional de RNAs não codificadores de proteínas e seu papel na agressividade tumoral. 2015. Fundação Antônio Prudente.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Global Academic Programs. signeR - Signature finder for mutational processes in cancer genomes. 2016. (Congresso).

2.
56o Congresso Brasileiro de Genética. Uma Plataforma Computacional para Análise de Expressão Diferencial Múltipla. 2010. (Congresso).

3.
3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. Mining SNPs from ESTs. 2007. (Congresso).

4.
IV Semana da Informática Biomédica. 2006. (Simpósio).

5.
One Day Symposium on Bioinformatics. 2006. (Simpósio).

6.
Workshop MicroRNA: Estrutura, Função e Aplicações. 2006. (Seminário).

7.
1st International Conference of The AB3C. BesTags : An Approach to Select Gene Specific Regions for Expression Analysis. 2005. (Congresso).

8.
2nd International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2004. (Congresso).

9.
Workshop de Ontologias. 2004. (Simpósio).

10.
1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2003. (Congresso).

11.
Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia. SNPIndex : Um Aplicativo para Triagem de Mutações. 2003. (Congresso).

12.
XVII Simpósio Brasileiro de Banco de Dados e XVI Simpósio Brasileiro de Engenharia de Software. 2002. (Seminário).

13.
Brazilian International Genome Conference - THE B.I.G. CONFERENCE. 2001. (Congresso).

14.
I Encontro Nacional de Usuários de FreeBSD e I Workshop de Segurança em Redes Acadêmicas. 2001. (Simpósio).

15.
Software Livre GNU com RICH@RD ST@LLM@N. 2001. (Seminário).

16.
I Ciclo de Palestras Sobre Software Livre. 2000. (Seminário).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
SILVA, IT.. IV Curso de Verão em Bioinformática. 2008. (Outro).

2.
SILVA, IT.. III Curso de Verão em Bioinformática. 2007. (Outro).

3.
SILVA, IT.. II Curso de Verão em Bioinformática. 2006. (Outro).

4.
SILVA, IT.. I Curso de Verão em Bioinformática. 2005. (Outro).

5.
SILVA JR, Wilson Araújo da ; SILVA, IT. ; CUNHA, M. A. V. ; BRANDAO, R. M. . Introdução a Biologia Computacional. 2003. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Daniel Gaspar Gonçalves. Caracterização do infiltrado inflamatório em câncer de mama triplo negativo e sua implicação prognóstica. Início: 2016. Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente. (Orientador).

2.
Monize Nakamoto Provisor Santos. Investigação de assinaturas mutacionais em adenocarcinomas gástricos e avaliação de seus possíveis impactos prognósticos. Início: 2016. Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Irina Gueroldovna Bobrovnitchaia. Análise de assinaturas mutacionais no prognóstico de pacientes com adenocarcinoma gástrico e infecção por EBV. Início: 2016. Tese (Doutorado em Doutorado) - Fundação Antônio Prudente, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

2.
Alexandre Defelicibus. Caracterização de neoantígenos e sua implicação prognóstica. Início: 2016. Tese (Doutorado em Doutorado) - Fundação Antônio Prudente, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).



Educação e Popularização de C & T



Apresentações de Trabalho
1.
Israel T Silva. Como a Bioinformática pode ajudar a compreender o câncer. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
Israel T Silva. Linhas de Pesquisa em Bioinformática. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).




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