Marisa Fabiana Nicolás

Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 2

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  • Última atualização do currículo em 26/11/2018


Possui graduação em Ciências Biológicas pelo Centro de Altos Estudios En Ciencias Exáctas, Buenos Aires Argentina (1991), mestrado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas) pela Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho (1996), doutorado em Genética pela Universidade Federal do Paraná (2001) e pós-doutorado (CNPq) desenvolvido na Embrapa soja (2005). Trabalhou como anotador de proteínas no banco de dados UniProt/Swiss-Prot de 2005 a 2007. Desde maio de 2009 é Pesquisador Associado no Laboratório de Bioinformática (Labinfo) no LNCC/MCT. Tem experiência na área de Genética, Biologia Molecular, Genômica e Bioinformática. Atua principalmente em Bioinformática aplicada a análise de genomas e transcriptomas. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Marisa Fabiana Nicolás
Nome em citações bibliográficas
NICOLÁS, Marisa Fabiana;Nicolás, Marisa F;Nicolas, M. F.

Endereço


Endereço Profissional
Laboratório Nacional de Computação Científica, Laboratório de Bioinformática.
Avenida Getúlio Vargas, 333
Quitandinha
25651075 - Petrópolis, RJ - Brasil
Telefone: (24) 22336264
URL da Homepage: http://www.lncc.br


Formação acadêmica/titulação


1997 - 2001
Doutorado em Genética.
Universidade Federal do Paraná, UFPR, Brasil.
Título: Fixação biológica do nitrogênio e nodulação em cultivares de soja brasileiras: controle genético e mapeamento de QTLs, Ano de obtenção: 2001.
Orientador: Mariangela Hungria da Cunha.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Glycine max; Fixação Biológica de Nitrogênio; parâmetros genéticos; mapeamento genético; QTL; marcadores microsatélites.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Quantitativa.
Grande Área: Ciências Agrárias / Área: Agronomia / Subárea: Melhoramento Genético Vegetal.
Setores de atividade: Produtos e Serviços Voltados Para A Defesa e Proteção do Meio Ambiente, Incluindo O Desenvolvimento Sustentado.
1994 - 1996
Mestrado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas).
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Título: Comparação da composição de polissacarídeos extracelulares em estirpes de Bradyrhizobium por HPLC,Ano de Obtenção: 1996.
Orientador: Eliana Gertrudes Macedo Lemos.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Bradyrhizobium sp; Glycine max; EPS; HPLC; simbiose rizobio-leguminosa; lectinas.
Grande área: Ciências Agrárias
Setores de atividade: Produtos e Serviços Voltados Para A Defesa e Proteção do Meio Ambiente, Incluindo O Desenvolvimento Sustentado.
1983 - 1991
Graduação em Ciências Biológicas.
Centro de Altos Estudios En Ciencias Exáctas, C.A.E.C.E., Argentina.
Título: Interacción entre la simbiosis Bradyrhizobium japonicum - Glycine max y diferentes niveles de nitrógeno.
Orientador: Lucrecia N Brutti.


Pós-doutorado


2003 - 2005
Pós-Doutorado.
Centro Nacional de Pesquisa de Soja, EMBRAPA, Brasil.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Grande área: Ciências Agrárias


Formação Complementar


2008 - 2008
Treinamento em Pyrosequencing. (Carga horária: 36h).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
2003 - 2003
Bioinformatics International Course. (Carga horária: 80h).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
2001 - 2001
Construção de Sub-Bibliotecas de Cosmídeos. (Carga horária: 6h).
Centro Nacional de Pesquisa de Soja, EMBRAPA, Brasil.
2001 - 2001
Treinamento em Sequenciamento de DNA. (Carga horária: 24h).
Universidade Federal de Santa Catarina, UFSC, Brasil.
2001 - 2001
La Genética Molecular de los Rizóbios. (Carga horária: 20h).
Centro Nacional de Pesquisa de Soja, EMBRAPA, Brasil.
2000 - 2000
Didática Em Ciências Experimentais. (Carga horária: 30h).
Universidade Estadual de Londrina, UEL, Brasil.
1998 - 1998
ABI PRISMTM 377-18 DNA Sequencer. (Carga horária: 40h).
Centro Nacional de Pesquisa de Soja, EMBRAPA, Brasil.
1996 - 1996
Extensão universitária.
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
1994 - 1994
Extensão universitária.
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
1992 - 1992
Curso de Curta Duração.
Centro de Investigaciones Médicas Albert Einstein And World Ort Union, CIMAE-ORT, Argentina.


Atuação Profissional



Universidade Federal de Juiz de Fora, UFJF, Brasil.
Vínculo institucional

2011 - 2016
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: colaborador, Carga horária: 5


Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ, Brasil.
Vínculo institucional

2010 - 2013
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Colaborador, Carga horária: 20


Swiss Institute of Bioinformatics, SIB, Suiça.
Vínculo institucional

2005 - 2007
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Participante do Projeto Swiss-Prot Brazil


Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
Vínculo institucional

2009 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Pesquisador Associado I, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Pesquisador em Genômica e Bioinformática. Professor e Orientador no Curso de Pós-graduação Modelagem Computacional no LNCC (Conceito CAPES: 6)

Atividades

07/2008 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Laboratório de Bioinformática, .

Linhas de pesquisa
Genômica e Bioinformática
1/2008 - Atual
Ensino, Modelagem Computacional, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática I: Banco de dados do posto de vista biológico
Introdução ao DNA e Proteínas
Tópicos em Biologia (curso de nivelamento)
9/2007 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Laboratório de Bioinformática, .


Universidade Federal da Bahia, UFBA, Brasil.
Vínculo institucional

2007 - 2008
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

2/2008 - 07/2008
Ensino, Nutrição, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Biologia
2/2008 - 07/2008
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Genômica, Proteômica e Bioinformática
9/2007 - 11/2007
Ensino, Medicina, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Biologia Celular e Molecular

Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
Vínculo institucional

2005 - 2007
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40
Outras informações
Pesquisador no Projeto de anotação de proteínas para serem depositadas no banco de dados de proteínas do UniProt/Swiss-Prot, na anotação de genes de genomas de bactérias fixadoras do nitrogênio e na orientação de alunos de graduação e pós-graduação.

Atividades

11/2006 - 11/2006
Ensino, Modelagem Molecular com ênfase em Bioinformática, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Curso em Análise e Comparação de Genomas ? Procariotos
5/2006 - 5/2006
Ensino, Modelagem Molecular com ênfase em Bioinformática, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Transcrição, Síntese de Proteínas e Recombinação em Bactérias
1/2006 - 2/2006
Ensino, Modelagem Molecular com ênfase em Bioinformática, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Tópicos em Biologia (curso de nivelamento)
1/2006 - 2/2006
Ensino, Modelagem Molecular com ênfase em Bioinformática, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Tópicos em Biologia (curso de nivelamento)

Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária, EMBRAPA, Brasil.
Vínculo institucional

2004 - 2007
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 8

Vínculo institucional

2003 - 2005
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Bolsista PD CNPq, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Projeto PD : Determinação de QTL associados à fixação biológica do nitrogênio em germoplasmas de soja (Glycine max) brasileiros visando a seleção assistida por marcadores moleculares. Projeto: PRONEX/ programa de Apoio a Núcleos de Excelência (protocolada no SIGEP da Fundação Araucária). Enquadramento funcional: pesquisador integrante.

Vínculo institucional

2001 - 2003
Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Bolsista DTI / CNPq, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Projeto Genoma Rede Nacional. Sequênciamento de Chromocacterium violaceum. Projeto Genoma Rede Nacional. Sequênciamento de Mycoplasma synoviae Projeto Genoma Regional- Genopar. Sequenciamento de Herbaspirillum seropedicae

Vínculo institucional

1997 - 2001
Vínculo: Estagiario, Enquadramento Funcional: Estágio de Doutorado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Desenvolvimento do Projeto de Doutorado

Atividades

8/2001 - 12/2001
Ensino, Curso Básico de Microbiologia de Solos, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Biologia Molecular e Genética de microrganismos
11/2001 - 11/2001
Ensino, Curso Básico de Sequênciamento de Genomas, Nível: Especialização

Disciplinas ministradas
Sequênciamento de DNA em MegaBace 1000

Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Vínculo institucional

1994 - 1996
Vínculo: Estagiario, Enquadramento Funcional: Estagio de Mestrado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Desenvolvimento de Projeto de Mestrado

Atividades

3/1994 - 12/1996
Pesquisa e desenvolvimento , Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias de Jaboticabal, Departamento de Tecnologia.

Instituto Nacional de Tecnologia Agropecuária, INTA, Argentina.
Vínculo institucional

1997 - 1997
Vínculo: Estagiario, Enquadramento Funcional: Estagio no IMYZA, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Isolamento de DNA genômico total de estirpes de rizóbios do banco de germoplasma do IMYZA

Vínculo institucional

1991 - 1992
Vínculo: Estagiario, Enquadramento Funcional: Bolsista no Instituto de Microbiologia, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
ELISA para a identificação de estirpes de Bradyrhizobium japonicum

Vínculo institucional

1990 - 1991
Vínculo: Estagiario, Enquadramento Funcional: Bolsista no Instituto de Microbiologia, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Identificação sorologica de estirpes de Bradyrhizobium japonicum

Atividades

1/1997 - 3/1997
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Microbiologia, Cica.
8/1991 - 2/1992
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Microbiologia, Cica.
12/1990 - 4/1991
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Microbiologia, Cica.

Comisión de Investigaciones Científicas de La Provincia de Buenos Aires, -CIC-, Argentina.
Vínculo institucional

1993 - 1994
Vínculo: Estagiario no IMYZA, Enquadramento Funcional: Estágio no IMYZA, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Fixação Biológica de Nitrogênio. Medicago sativa. Estresse hídrico

Atividades

3/1993 - 2/1994
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Tecnologia Agropecuaria, Imyza.


Linhas de pesquisa


1.
Genômica e Bioinformática
2.
Bioinformática aplicada à análise de sequências genômicas e transcritômicas


Projetos de pesquisa


2017 - Atual
Reconstrução de modelos metabólicos integrados com redes regulatórias em genomas bacterianos
Descrição: Este projeto de pesquisa visa selecionar alvos moleculares como resultado da abordagem in silico da reconstrução das redes metabólicas em escala genômica (GENRE), combinadas com a análise de balanço de fluxo (FBA) e as redes regulatórias transcricionais (TRNs)..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) .
Integrantes: Marisa Fabiana Nicolás - Coordenador / Maiana de Oliveira C E Costa - Integrante / Guadalupe del Rosario Quispe Saji - Integrante / Pablo Ivan Pereira Ramos - Integrante / Rodrigo Amarante Colpo - Integrante / Juliana Juliana Simas Coutinho Barbosa - Integrante / Dario Fernandes do Porto - Integrante / Adrián Turjanski - Integrante / Marcelo Marti - Integrante.Financiador(es): FAPERJ - Auxílio financeiro.
2014 - Atual
Identificação de transcritos relacionados à resistência da seringueira Hevea brasiliensis ao patógeno Microcyclus ulei utilizando dados de RNA-Seq e mineração de dados
Descrição: A seringueira (Hevea brasiliensis) é a principal fonte comercial de látex, que serve de matéria-prima a diversos setores da indústria. Entretanto, seu cultivo é bastante afetado pelo fungo Microcyclus ulei, causador do Mal-das-Folhas, que pode provocar a morte da árvore ainda em período produtivo. O presente projeto tem como objetivo ampliar nosso conhecimento sobre os mecanismos de defesa da seringueira e identificar transcritos relacionados à sua resistência ao patógeno M.ulei por meio da utilização de ferramentas de bioinformática e de mineração de dados. Desta forma, sua principal contribuição será auxiliar programas de manejo e melhoramento desta espécie vegetal economicamente importante, na busca de cultivares resistentes..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Marisa Fabiana Nicolás - Integrante / Dominique Garcia - Coordenador / Fernanda Alves de Freita Guedes - Integrante.
2014 - Atual
Prospecção e priorização de alvos moleculares para o desenho de novos fármacos contra Klebsiella pneumoniae e Mycobacterium tuberculosis utilizando técnicas de bioinformática
Descrição: : O projeto abrange a utilização de métodos de bioinformática, modelagem molecular e transcritômica para a detecção e priorização de desenvolvimento de novos fármacos para o controle de doenças causadas pelas bactérias Klebsiella pneumoniae (infecções hospitalares) e Mycobacterium tuberculosis (tuberculose). O presente projeto possui relevância para as populações de ambos os países partícipes, Brasil e Argentina, uma vez que todos enfrentam, na prática clínica, surtos de infecções hospitalares causados por estirpes de K. pneumoniae além de sermos, também, países onde a tuberculose, causada pelo bacilo Mycobacterium tuberculosis, ainda representa uma ameaça à saúde pública a despeito das políticas públicas de vacinação implementadas.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (2) .
Integrantes: Marisa Fabiana Nicolás - Coordenador / Pablo Ivan Pereira Ramos - Integrante / Esteban Omar Lanzarotti - Integrante / Adrian Gustavo Turjanski - Integrante.Financiador(es): FAPERJ - Auxílio financeiro.
2013 - Atual
Bioinformática aplicada ás análises de sequências transcriptômicas de Klebsiella pneumoniae
Descrição: Esta proposta aplicará métodos de Bioinformática para analisar sequências transcriptômicas do isolado Kp13 de surto hospitalar de Klebsiella pneumoniae, cujo genoma completo foi recentemente sequenciado pelo nosso grupo no LNCC, Petrópolis RJ. Serão realizadas analises de dados gerados do sequenciamento de transcriptos (RNA-seq) obtidos de células de K. pneumoniae Kp13 submetidas a diferentes condições de crescimento in vitro..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) .
Integrantes: Marisa Fabiana Nicolás - Coordenador / Ana Tereza Ribeiro Vasconcelos - Integrante / Ana Cristina Gales - Integrante / Raquel Girardello - Integrante / Pablo Ivan Pereira Ramos - Integrante / Márlon Grégori Flores Custódio - Integrante.Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.Número de orientações: 3
2011 - 2016
Avaliação do transcriptoma bacteriano e aspectos fisiológicos e da patogênese de Bacteroides fragilis durante infecção experimental em resposta a concentrações sub-inibitórias de metronidazole

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Cláudio Galuppo Diniz em 15/08/2016.
Descrição: Ao longo das pesquisas sobre susceptibilidade bacteriana aos antimicrobianos, agregando novas metodologias, introduzimos ao estudo da resistência a drogas uma abordagem ecológica, discutindo alguns aspectos das relações droga-bactéria-hospedeiro, em modelos microbianos de interesse microbiológico e clínico. Posteriormente, a oportunidade de aprendizado de novas técnicas e integração a grupo de pesquisa no exterior, EUA, permitiram a aplicação de técnicas de biologia molecular, para o estudo dos genomas funcionais microbianos, que vêm sendo utilizadas, de maneira inédita no Brasil, como ferramenta para elucidação mais abrangente da interferência de agentes ambientais na relação bactéria-hospedeiro, com contribuição significativa para a literatura internacional pertinente a esta área de estudo nos últimos anos. Apesar dos avanços, os mecanismos moleculares e regulatórios envolvidos na resposta bacteriana a alterações ambientais (como à presença de drogas antimicrobianas), diretamente relacionadas com a virulência bacteriana e com reflexo imediato para os seus hospedeiros humanos e animais, não são, ainda, bem compreendidos. Investigações científicas direcionadas ao esclarecimento desses mecanismos deverão contribuir para o desenvolvimento de marcadores para o diagnóstico microbiológico e para o desenvolvimento de estratégias terapêuticas, além de estimular o uso racional de drogas antimicrobianas e o desenvolvimento de novas tecnologias que poderão minimizar o crítico impacto ecológico dos antimicrobianos, um dos temas de maior preocupação, hoje, em todo o mundo. Desta forma, com abordagem multidisciplinar, que possibilita a troca de experiências entre participantes de diferentes áreas e Instituições, este projeto contribui para formação de recursos humanos e formação científica em bacteriologia de futuros profissionais das áreas de Ciências Biológicas e Saúde. Deve-se acrescentar que outros profissionais serão convidados a participar desse estudo, quando pertinente. O projeto deverá, também, contribuir para um melhor conhecimento da ecologia e dinâmica populacional microbiana, principalmente no que se refere aos mecanismos adaptativos bacterianos.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Marisa Fabiana Nicolás - Integrante / Claudio Diniz - Coordenador.
2010 - 2013
Genômica comparativa de variantes de Staphylococcus aureus resistentes à meticilina ST239, importante patógeno de pneumonias hospitalares
Descrição: Este projeto visa o sequenciamento completo de 08 amostras de S. aureus resistentes à meticilina pertencentes à linhagem ST239-Sccmec III, visando um estudo patogenômico sobre o biofilme de S. aureus...
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2009 - 2012
Análise genômica de Klebsiella pneumoniae isolada de infecção hospitalar
Descrição: O tratamento de infecções microbianas graves na prática clínica é frequentemente complicada pela resistência a antimicrobianos que limita as possibilidades terapêuticas. Além das taxas de morbidade e letalidade, as infecções causadas por microrganismos promovem aumento nos custos do tratamento e controle das infecções hospitalares. Vários estudos têm relatado o aumento de infecções hospitalares por microrganismos como Staphylococcus aureus resistente a meticilina (MRSA), Staphylococcus spp. resistente a meticilina (MRSCN), Enterococcus spp. resistentes a vancomicina (VRE), Enterobactérias e Bacilos Gram-negativos não fermentadores portadores de beta-lactamases. Com a nova perspectiva na biologia oferecida pelas sequências de genomas foi possível elucidar o conteúdo de genes codificando a proteínas relacionadas com o estilo de vida dos principais microrganismos patogênicos humanos causadores de mortalidade em escala global. Múltiplos trabalhos em genômica foram descritos para Campylobacter jejuni, Haemophilus influenzae, Helicobacter pylori, Mycobacterium tuberculosis, Neisseria spp., Streptococcus pneumoniae, S. pyogenes, S. aureus, Enterococcus spp., Pseudomonas spp. e Kebsiella spp. Esses trabalhos contribuíram para o conhecimento atual de genes anotados para várias funções e o agrupamento de genes ortólogos entre os microrganismos patogênicos, em particular genes codificando para enzimas que participam em reparo de DNA, recombinação e transferência horizontal de genes, bem como aquelas que conferem a resistência aos agentes antimicrobianos. Contudo, o tráfego de genes e de elementos genéticos entre microrganismos comensais e resistentes entre diferentes nichos ecológicos e de hospedeiros é extremamente complexo, aumentando assim a probabilidade de variação genética, tanto pela evolução vertical como horizontal. Isolados da enterobactéria K. pneumoniae apresentando resistência a antimicrobianos vêm sendo frequentes nos casos de surtos de infecção hospital.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Marisa Fabiana Nicolás - Coordenador / Luiz Gonzaga de Paula - Integrante / Fernando Gomes Barcellos - Integrante / Ana Tereza Ribeiro Vasconcelos - Integrante / Luiz Fernando Zuleta - Integrante / Alexandra Gerber - Integrante / Mauricio Cantão - Integrante / Ana Cristina Gales - Integrante / Eliana Carolina Vespero - Integrante / Nicholas Costa - Integrante / Guadalupe del Rosario Quispe Saji - Integrante / Renata Cristina Picão - Integrante / Marsileni Pelisson - Integrante / Ana Carolina Polano - Integrante / Raquel Girardello - Integrante / Pablo Ivan Pereira Ramos - Integrante / Danilo Elias Xavier - Integrante.Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 10 / Número de orientações: 1
2008 - 2016
Rede Sul Americana e Iberoamericana de Bioinformática (Red SurAmericana e Iberoamericana de Bioinformatica)
Descrição: A Rede Sul Americana e Iberoamericana de Bioinformática Red-Rib (Red SurAmericana e Iberoamericana de Bioinformatica) é uma* *Rede de cooperação entre grupos da América do Sul mas conta também com participação de grupos europeus. O projeto propõe potenciar e expandir as atividades já desenvolvidas, para consolidar as ações que levam à formação de recursos humanos na área, assim como para aumentar a transferência de tecnologias modernas e de ponta, no campo da Bioinformática. A união de esforços entre grupos consolidados e em formação nos diferentes países da região deverá permitir o estabelecimento de ações concretas para o estímulo à pesquisa e formação de recursos humanos. Esses esforços colaborativos têm promovido fortes ligações entre os cientistas destes paises. A estratégia utilizada para atingir essa meta é a melhoria do treinamento em pesquisa de jovens cientistas da América do Sul, usando a capacidade de pesquisa já estabelecida nos laboratórios membros da Rede. O apoio ao treinamento em pesquisa (cursos e estágios) na região, compatível com os padrões internacionais, tem sido muito eficiente. Finalmente, as ações propostas deverão possibilitar o início de programas de Mestrado ou Doutorado naqueles países da região onde isso ainda não foi possível, e estimular aqueles atualmente em funcionamento..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2008 - 2012
Identificação e Análise de Sequências Codificadoras com Atributos Conflitantes em Genomas Procariotos
Descrição: O principal objetivo do projeto é o desenvolvimento de um sistema para analise de sequências codificantes interruptas (ICDS?s) em genomas procariotos. O projeto foi dividido em 3 fases: i) identificação das ICDS's em genomas procariotos, para o qual esta sendo utilizado um método baseado na similaridade entre duas sequências, a semelhança do método utilizado por Perrodou et al., 2005 [PMID: 16381882]; ii) apresentação das ICDS?s de forma gráfica que permite analisar: genes envolvidos, coordenadas, sequências de nucleotídeos e sequência de aminoácidos, homólogos em comum, sequência de aminoácidos, possíveis quadros de leitura, gráfico mostrando as porcentagens de cobertura; iii) predição da origem da ICDS?s, isto implica calcular a probabilidade de uma dada ICDS?s ser devido a uma mutação (evolução) ou erro de sequenciamento..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Marisa Fabiana Nicolás - Coordenador / Mauricio Cantão - Integrante / Guadalupe del Rosario Quispe Saji - Integrante.Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 1 / Número de orientações: 1
2006 - 2012
AtlasT4SS: Hierarchical Classification of the Type IV Secretion System Proteins
Descrição: O T4SS pode ser classificado como uma família de transportadores de macromoléculas envolvidos em diferentes funções bacterianas. A maior subfamília do T4SS é a do sistema de conjugação encontrada na maioria das espécies de bactérias Gram-negativas e Gram-positivas, o qual permite a transferência de material genético entre bactérias. O sistema de transporte de proteínas efetoras constitui a segunda subfamília, sendo indispensável nos processos de infecção de vários patógenos de eucariotos. A última subfamília corresponde ao sistema DNA uptake/release que funciona independente de contato com uma célula alvo. Muitas características básicas do T4SS tanto em bactérias Gram-negativas como em Gram-positivas são conhecidas. Entretanto, a classificação simples e intuitiva, ou a anotação apropriada das proteínas que compõem o T4SS continua ambíguo, impedindo em alguns casos estabelecer correlações sobre a evolução do sistema em bactérias. Parte desse problema poderia ser resolvida através da integração desse conhecimento em um único banco de dados, utilizando ferramentas para inferir função, classificação e evolução do T4SS em diversos grupos de bactérias. Nesse contexto, foi iniciado o desenvolvimento de um banco de dados específico sobre conhecimento e análise de T4SS no Laboratório de Bioinformática do Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC)..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Marisa Fabiana Nicolás - Coordenador / Ana Tereza Ribeiro Vasconcelos - Integrante / Diogo Santos Netto - Integrante / Rangel Celso Souza - Integrante / Maiana de Oliveira C E Costa - Integrante / Nicholas Costa - Integrante / Cecilia Klein - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 3 / Número de orientações: 1
2004 - 2007
Estratégias para maximizar a fixação biológica do nitrogênio com as culturas da soja e do feijoeiro: Panorama estrutural e funcional dos genes das estirpes comerciais CPAC 15 de Bradyrhizobium japonicum e PRF 81 de Rhizobium tropici. 505499 e 505946
Descrição: A soja (Glycine max) e o feijoeiro (Phaseolus vulgaris) são as duas leguminosas de maior importância econômica para o Brasil. Ambas são capazes de se associar simbioticamente com bactérias conhecidas como rizóbios, estabelecendo o processo de fixação biológica do N2, para o fornecimento do N necessário ao crescimento das plantas. Nosso País é, hoje, o maior produtor e consumidor mundial de grãos de feijão, contudo, o baixo nível de tecnologia empregado na cultura e o cultivo em solos pobres em N resultam em um rendimento médio nacional de apenas 817 kg de grãos ha-1. Contudo, rendimentos de 4.000 kg ha-1 podem ser obtidos pela inoculação com estirpes selecionadas de Rhizobium tropici, com ênfase para a PRF 81 (=SEMIA 4080), utilizada em inoculantes comerciais desde 1998. A obtenção de conhecimentos básicos sobre essa estirpe, com alta eficiência de fixação do N2, competitiva e com capacidade saprofítica elevada nos solos brasileiros é essencial para delinear novas estratégias visando a obtenção de maiores rendimentos com baixos custos. Nesse contexto, este projeto teve por objetivo realizar o panorama genômico da estirpe PRF 81. O genoma foi estimado em 7,85 Mb e leituras de 9.026 clones de bibliotecas shotgun resultaram no depósito de 10.046.403 pares de bases (pb), correspondendo a cerca de 1,3 vezes o genoma; após a montagem, a cobertura real foi de 31% do genoma. Foram obtidos 1.668 contigs e identificadas 2.192 CDSs (coding sequences), que correspondem a cerca de 40% dos genes estimados da PRF 81. Foram identificados genes putativos em todas as classes funcionais dos bancos de dados KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) e COG (Clusters of Orthologous Groups of Proteins), indicando boa cobertura do genoma. Foram identificados vários genes com potencial biotecnológico, relacionados à nodulação, à fixação do N2, bem como com potencial de biodegradação e ação xenobiótica..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Marisa Fabiana Nicolás - Integrante / Ligia Maria Oliveira Chueire - Integrante / Maria de Fátima Loureiro - Integrante / Mariangela Hungria - Coordenador / Fabio de Oliveira Pedrosa - Integrante / Fernando Gomes Barcellos - Integrante / Ana Tereza Ribeiro Vasconcelos - Integrante / Leandro Pereira Godoy - Integrante / Deyse R. Binde - Integrante / Rubens J Campos - Integrante / Fabiana Gisele Pinto - Integrante / Eliane Villamil Bangel - Integrante / Enanuel M Souza - Integrante / Iêda Carvalho Mendes - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 7
2004 - 2007
Estratégias para maximizar a contribuição da fixação biológica do nitrogênio com a cultura da soja. Embrapa 02.03.109.00
Descrição: A cultura da soja [Glycine max (L.) Merrill] ocupa mais de 40% de toda a área cultivada no país e apresenta um custo 40% inferior ao dos E.U.A., fato que, certamente, está em grande parte relacionado ao processo de fixação biológica do nitrogênio (FBN), contudo, é necessário conduzir pesquisas visando maximizar o processo de FBN com as novas cultivares e condições dos solos.. Neste projeto, inicialmente será caracterizada a diversidade genética de estirpes de Bradyrhizobium por BOX-PCR e por RFLP-PCR e seqüenciamento de genes de regiões conservadas e não-simbióticas e regiões simbióticas. Os resultados obtidos permitirão, ainda, o desenvolvimento de marcadores moleculares para o uso em estudos de biodiversidade e ecologia de rizóbio, monitoramento ambiental e para a utilização em programas de seleção de estirpes.Também pelo uso de marcadores moleculares, serão avaliados os efeitos de diferentes práticas agrícolas (plantio direto, plantio convencional, cultivo orgânico) na diversidade de populações de rizóbios associados à cultura da soja. O conhecimento básico sobre bactérias do gênero Bradyrhizobium será incrementado consideravelmente pelo seqüenciamento parcial do genoma da estirpe de B. japonicum CPAC 15 (=SEMIA 5079), utilizada em inoculantes comerciais, muito competitiva e com alta capacidade saprofítica. O programa de seleção de estirpes mais eficientes e competitivas, desenvolvido pela Embrapa Cerrados e Embrapa Soja, terá continuidade. Também será desenvolvida uma nova formulação de inoculante líquido em parceria com a iniciativa privada. Ensaios em rede com novas estirpes e tecnologias serão conduzidos. Em relação ao macrossimbionte, visa-se identificar marcadores moleculares do tipo microssatélites nas populações Embrapa 20 X BRS 133 e Embrapa 20 X Bossier..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2004 - 2007
Fixadores de Nitrogênio
Descrição: Descrição: Será caracterizada a diversidade genética de 200 estirpes de rizóbios por BOX-PCR e por RFLP-PCR e seqüenciamento de genes de regiões conservadas e não-simbióticas (16S rRNA, 23S rRNA, 16S-23S intergênico) e simbióticas (genes nod e nif). Os resultados obtidos permitirão, ainda, a identificação de marcadores moleculares para o uso em estudos de biodiversidade e ecologia de rizóbio, monitoramento ambiental e para a utilização em programas de seleção de estirpes. Ainda em relação ao conhecimento básico, visa-se iniciar atividades de genômica em Bradyrhizobium, pela confecção, validação e seqüenciamento parcial do genoma da estirpe de B. japonicum CPAC 15 (=SEMIA 5079), utilizada em inoculantes comerciais, muito competitiva e com alta capacidade saprofítica...
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2000 - 2002
Genoma Brasileiro - Rede Nacional de Seqüenciamento. CNPq - 480173/00-1.
Descrição: Chromobacterium violaceum is a ubiquitous beta-proteobacterium that dominates a variety of ecosystems in tropical and subtropical regions, including the Rio Negro in the Brazilian Amazon. This bacterium has been studied extensively due to its multiple exploitable properties including the species characteristic violacein pigment, which exhibits diverse antimicrobial activities. It may act occasionally as a human pathogen. The complete genome sequence of C. violaceum was determined by the Brazilian National Genome Research Consortium, a network established by the Ministry of Science and Technology (MCT) and the National Council for Scientific and Technological Development (CNPq) to foster the development of qualified manpower in the field of Genomics. It comprises 25 sequencing laboratories distributed across the country, a DNA processing laboratory, a Bioinformatics Center and includes around 100 research workers. The C. violaceum genome (accession number AE016825) is made up of 4,751,080 bp, with a total of 4,431 ORFs (average length 953 bp), out of which 2,717 (61%) show homologies to known proteins. Genome annotation was carried out using the SABIA automatic annotation software (to be published). This work was published in Vasconcelos et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, vol. 100, no. 20: 11660-11665, September 30,2003. The M. synoviae genome (accession number AE017245) is made up of 799,476 bp, with a total of 694 ORFs (average length 1,058 bp), out of which 464 (66.85%) show homologies to known proteins. Genome annotation was carried out using the SABIA automatic annotation software (Bioinformatics)..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.


Projetos de desenvolvimento


2008 - 2012
AtlasT4SS: A Curated Database for Type IV Secretion Systems
Descrição: O AtlasT4SS é um banco de dados biológico manualmente curado que descreve proteínas relacionadas com o sistema secretório de tipo IV relatado em bactérias Gram-negativas e Gram-positivas, bem como em Archaea. O banco de dados foi criado usando SGBD MySQL Catalyst e um web framework baseado em linguagem de programação Perl..
Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (6) .
Integrantes: Marisa Fabiana Nicolás - Coordenador / Ana Tereza Ribeiro Vasconcelos - Integrante / Diogo Santos Netto - Integrante / Rangel Celso Souza - Integrante / Maiana de Oliveira C E Costa - Integrante / Guadalupe del Rosario Quispe Saji - Integrante / Cecilia Klein - Integrante / Nicholas Costa Barroso Lima - Integrante.Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 1 / Número de orientações: 1
2008 - Atual
Apoio para a manutenção e instalação da unidade multiusuário de Genômica Computacional (UGC)
Descrição: O Brasil vem contribuindo significativamente na área da genômica, com destaque no cenário internacional, graças à implantação de redes de seqüenciamento regionais e à Rede Nacional. Face ao fato de estarmos em uma posição de destaque na área, principalmente para um país em desenvolvimento e de possuirmos recursos humanos altamente qualificados é crucial que acompanhemos o desenvolvimento tecnológico. A aquisição de um seqüenciador de nova geração tornou-se fundamental para a continuidade e atualização das Redes Genômicas do país. Ciente desse fato o Ministério da Saúde, por meio do Departamento de Ciência e Tecnologia - DECIT, adquiriu e doou para Rede Nacional de Sequenciamento (BRGENE) o Genome Sequencer FLX Instrument. Esse sequenciador, de última geração, vai ser instalado no Laboratório de Bioinformática (LABINFO) do Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC/MCT) e será o primeiro equipamento deste tipo na América do Sul. Desta forma o ESTADO DO RIO DE JANEIRO será o primeiro estado nacional a possuir um equipamento de alta tecnologia e poderá impulsionar a área de genômica no estado do Rio e no Brasil. Além da Rede Nacional de Sequenciamento (BRGENE), outras Redes, como a Rede Genoma do Estado do Rio de Janeiro (Riogene), Rede Sul de Análise de Genomas (Genesul) serão beneficiadas pela criação dessa unidade multiusuário. Essa unidade permitirá a realização de estudos que irão contribuir de forma significativa para o avanço do conhecimento na área da genética animal, vegetal, e da saúde humana, entre outros. Os primeiros projetos estão dirigidos para a área de câncer, e poderão levar à identificação de novos marcadores tumorais e alvos terapêuticos para o câncer colorretal e a melhor caracterização e acompanhamento dos casos de câncer hereditário no Brasil. Devido ao grande potencial do equipamento e do conhecimento adquirido pelas Redes Genômicas, outros projetos em áreas relevantes serão apoiados..
Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento.
2005 - 2007
Hamap Brasil / Swiss-Prot
Descrição: The Swiss-Prot group maintains the UniProt protein knowledgebase, the world´s most comprehensive catalog of information on proteins. As part of its annotation program on Bacteria and Archaea, the Swiss-Prot group has created a small team in Brazil to specifically work on proteins from pathogenic Bacteria within the HAMAP Project. HAMAP is a project that aims to annotate automatically a significant percentage of proteins originating from microbial genome sequencing projects with the same high standards of manual annotation. This collaboration was established with the National Laboratory of Scientific Computation (LNCC)..
Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .
Integrantes: Marisa Fabiana Nicolás - Integrante / Luciane Prioli Ciapina - Integrante / Claudia Barros Monteiro-Vitorello - Coordenador / Luiz Fernando Zuleta - Integrante.Financiador(es): Swiss Prot Uniprot Database - Auxílio financeiro / Laboratório Nacional de Computação Científica - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 10


Membro de corpo editorial


2016 - 2016
Periódico: BMC Genomics


Membro de comitê de assessoramento


2018 - 2018
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais
2018 - 2018
Agência de fomento: EmbNet


Revisor de periódico


2009 - 2009
Periódico: Infection, Genetics and Evolution (Elsevier)
2011 - 2011
Periódico: Genetics and Molecular Biology (Impresso)
2012 - Atual
Periódico: BMC Genomics
2012 - Atual
Periódico: Vaccine (Guildford)
2013 - Atual
Periódico: Plos One
2013 - Atual
Periódico: Brazilian Journal of Microbiology (Online)
2013 - Atual
Periódico: Functional & Integrative Genomics (Print)
2013 - Atual
Periódico: BMC Bioinformatics
2012 - Atual
Periódico: Nucleic Acids Research (Online)
2013 - Atual
Periódico: Brazilian Journal of Microbiology (Online)
2014 - Atual
Periódico: BMC Microbiology (Online)
2018 - Atual
Periódico: SYMBIOSIS
2017 - Atual
Periódico: PEERJ PREPRINTS
2018 - Atual
Periódico: BMC Infectious Diseases (Online)
2018 - Atual
Periódico: MOLECULAR BIOLOGY REPORTS
2018 - Atual
Periódico: Journal of Biological Engineering
2016 - Atual
Periódico: Database-The Journal of Biological Databases and Curation
2018 - Atual
Periódico: Journal of Global Antimicrobial Resistance


Revisor de projeto de fomento


2018 - Atual
Agência de fomento: Agence Nationale de la Recherche
2016 - Atual
Agência de fomento: Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica/Especialidade: Genômica.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular/Especialidade: Bioinformática.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral / Subárea: Biologia Molecular.
4.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia.
5.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética.


Idiomas


Espanhol
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Prêmios e títulos


2016
3o melhor trabalho na XI Jornada de Iniciação Científica e Tecnológica, PIBIC/PIBITI-LNCC.
2009
Pesquisador Jovem Cientista do Estado do Rio de Janeiro, FAPERJ.
2002
Primer Premio de Investigación Aplicada, Biagro S.A, Sociedad Nacional FBN, Asociación Latinoamericana de Rhizobiologia.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

SCOPUS
Total de trabalhos:26
Total de citações:1464
NICOLAS MF or NICOLAS M  Data: 16/05/2016

Artigos completos publicados em periódicos

1.
NICOLÁS, Marisa Fabiana2018NICOLÁS, Marisa Fabiana; Ramos Pereira P I ; CARVALHO, F. M. ; CAMARGO, D. R. A. ; ALVES, C. F. M. ; MORAES, G. L. ; ALMEIDA, L. G. P. ; Souza, R. C. ; CIAPINA, L. P. ; VICENTE, A. C. P. ; COIMBRA, R. S. ; VASCONCELOS, A. T. R. . Comparative genomic analysis of a clinical isolate of Klebsiella quasipneumoniae subsp. similipneumoniae, a KPC-2 and OKP-B-6 beta-lactamases producer harboring two drug-resistance plasmids from Southeast Brazil. Frontiers in Microbiology, v. 9, p. 1-16, 2018.

2.
Ramos Pereira P I2018 Ramos Pereira P I ; PORTO, D. F. ; LANZAROTTI, E. ; SOSA, E. ; BURGUENER, G. ; PARDO, A. M. ; Klein, Cecília C ; Sagot M F ; VASCONCELOS, A. T. R. ; GALES, A C ; Marti M ; TURJANSKI, ADRIÁN G. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . An integrative, multi-omics approach towards the prioritization of Klebsiella pneumoniae drug targets. Scientific Reports, v. 8, p. 1-'9, 2018.

3.
Fernanda Alves de Freita Guedes2018Fernanda Alves de Freita Guedes ; ROSSETTO, P. B. ; GUIMARAES, F. ; WILWERTH, M. W. ; PAES, J. E. S. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; Reinert F ; PEIXOTO, R. ; ALVES-FERREIRA, M. . Characterization of Laguncularia racemosa transcriptome and molecular response to oil pollution. AQUATIC TOXICOLOGY, v. 205, p. 36-50, 2018.

4.
CORTES, M. F.2017CORTES, M. F. ; COSTA, M. O. C. E. ; Lima C B N ; Souza, R. C. ; ALMEIDA, L. G. P. ; CIAPINA, L. P. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; Figueiredo Agnes M S . Complete genome sequence of the community-associated methicillin-resistant Staphylococcus aureus (strain USA400-0051) a prototype of the USA400 clone. MEMORIAS DO INSTITUTO OSWALDO CRUZ, v. 112, p. 1-3, 2017.

5.
BOTELHO, A. M. N.2016BOTELHO, A. M. N. ; COSTA, M. O. C. E. ; BELTRAME, C. O. ; CORTES, M. F. ; LIMA, N. C. B. ; Souza, Rangel C ; Almeida, Luiz GP ; Vasconcelos, Ana T R ; Nicolas, M. F. ; Figueiredo Agnes M S . Complete genome sequence of an agr-dysfunctional variant of the ST239 lineage of the methicillin-resistant Staphylococcus aureus strain GV69 from Brazil. Standards in Genomic Sciences, v. 11, p. 34-40, 2016.

6.
MEDEIROS, J. D.2016MEDEIROS, J. D. ; CANTÃO, M ; CESAR, D. ; Nicolás, Marisa F ; DINIZ, C. ; da Silva V L ; VASCONCELOS, A. T. R. ; COELHO, C. M. . Comparative metagenome of a stream impacted by the urbanization phenomenon. Brazilian Journal of Microbiology (Impresso), v. 1, p. 1-11, 2016.

7.
RAMUNDO, M. S.2016RAMUNDO, M. S. ; Beltrame C O ; BOTELHO, A. M. N. ; COELHO, L. R. ; SILVA-CARVALHO, M. C. ; FERREIRA-CARVALHO, B. T. ; NICOLÁS, M. F. ; GUEDES, I. A. ; DARDENNE, L. E. ; O?GARA, J. ; Figueiredo Agnes M S . A unique SaeS allele overrides cell-density dependent expression of saeR and lukSF-PV in the ST30-SCCmecIV lineage of CA-MRSA. International Journal of Medical Microbiology (Print), v. 51047, p. 1-14, 2016.

8.
Adriana Giannini Nicoletti2016Adriana Giannini Nicoletti ; MARCONDES, M. F. M. ; MARTINS, W. B. ; DE PAULA, L. G. ; Nicolas, M. F. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; OLIVEIRA, V. ; GALES, A C . Reply to ?Mobilization of blaBKC-1 by ISKpn23??. Antimicrobial Agents and Chemotherapy (Print), v. 60, p. 5102-5104, 2016.

9.
FREITAS, M. C. R.2016FREITAS, M. C. R. ; RESENDE, J. A. ; FERREIRA-MACHADO, A. ; QUISPE SAJI, G ; VASCONCELOS, A. T. R. ; da Silva V L ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; DINIZ, C. . Exploratory investigation of Bacteroides fragilis transcriptional response during in vitro exposure to subinhibitory concentration of metronidazole. Frontiers in Microbiology (Online), v. 7, p. 1465-1477, 2016.

10.
BOTELHO, A. M. N.2016BOTELHO, A. M. N. ; Costa, Maiana O C ; BELTRAME, C. O. ; Ferreira F A ; Lima C B N ; MORAES, G. L. ; Souza, Rangel C ; DE PAULA, L. G. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; Nicolas, M. F. ; Figueiredo Agnes M S . Complete genome sequence of the MRSA isolate HC1335 from ST239 lineage displaying a truncated AgrC histidine kinase receptor. Genome Biology and Evolution, v. 8, p. 3187-3192, 2016.

11.
Ramos Pereira P I2016 Ramos Pereira P I ; Custódio MGF ; QUISPE SAJI, G ; CARDOSO, T. ; LUCCHETTI, G. ; BRAUN, G. ; MARTINS, W. B. ; Girardello R ; VASCONCELOS, A. T. R. ; FERNANDEZ, E. ; GALES, A C ; Nicolas, M. F. . The polymyxin B-induced transcriptomic response of a clinical, multidrug-resistant Klebsiella pneumoniae involves multiple regulatory elements and intracellular targets. BMC Genomics, v. 17, p. 447-462, 2016.

12.
FERREIRA-MACHADO, A. B.2015FERREIRA-MACHADO, A. B. ; FREITAS, M. C. R. ; Quispe Saji, Guadalupe del Rosario ; REZENDE, A. B. ; ALMEIDA, P. ; CESAR, D. E. ; RESENDE, J. A. ; Nicolas, M. F. ; da Silva V L ; DINIZ, C. . Integrity of prokaryotic mRNA isolated from complex samples for in vivo bacterial transcriptome analysis. Genetics and Molecular Research, v. 14, p. 14752-14759, 2015.

13.
Adriana Giannini Nicoletti2015Adriana Giannini Nicoletti ; MARCONDES, M. F. M. ; MARTINS, W. B. ; ALMEIDA, L. G. P. ; NICOLÁS, M. F. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; OLIVEIRA, V. ; GALES, A C . Characterization of BKC-1 class A carbapenemase from Klebsiella pneumoniae clinical isolates in Brazil. Antimicrobial Agents and Chemotherapy (Print), v. 1, p. AAC.00158-15-30, 2015.

14.
DEFELIPE, LUCAS A.2015DEFELIPE, LUCAS A. ; RADUSKY, LEANDRO ; LANZAROTTI, ESTEBAN ; TURJANSKI, ADRIÁN G. ; MARTI, MARCELO A. ; DO PORTO, DARIO FERNÁNDEZ ; SOSA, EZEQUIEL ; PEREIRA RAMOS, PABLO IVAN ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . A Whole genome bioinformatic approach to determine potential latent phase specific targets in Mycobacterium tuberculosis. Tuberculosis (Edinburgh), v. 97, p. 181-192, 2015.

15.
Ramos Pereira P I2014 Ramos Pereira P I ; Picão R C ; DE PAULA, L. G. ; Lima C B N ; Girardello R ; Polano A C ; Xavier D E ; BARCELLOS, F. G. ; Pelisson M ; VESPERO, E C ; Médigue Claudine ; VASCONCELOS, A. T. R. ; GALES, A C ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . Comparative analysis of the complete genome of KPC-2-producing Klebsiella pneumoniae Kp13 reveals remarkable genome plasticity and a wide repertoire of virulence and resistance mechanisms. BMC Genomics, v. 15, p. 54, 2014.

16.
Leonardo R Salgado2014Leonardo R Salgado ; Daniela M Koop ; Daniel G Pinehiro ; Ronan Rivallan ; Vincent Le Guen ; Nicolas, M. F. ; Almeida, Luiz GP ; Viviani R Rocha ; Magalhães M ; Gerber A ; Antonio Figueira ; Julio CM Cascardo ; VASCONCELOS, A. T. R. ; Wilson A Silva Jr ; Luiz L Countinho ; Dominique Garcia . De novo transcriptome analysis of Hevea brasiliensis tissues by RNA-seq and screening for molecular markers. BMC Genomics, v. 15, p. 236, 2014.

17.
COSTA, M. O. C.2013COSTA, M. O. C. ; BELTRAME, C. O. ; FERREIRA, F. A. ; BOTELHO, A. M. N. ; LIMA, N. C. B. ; Souza, R. C. ; DE ALMEIDA, L. G. P. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; Nicolas, M. F. ; FIGUEIREDO, A. M. S. . Complete Genome Sequence of a Variant of the Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus ST239 Lineage, Strain BMB9393, Displaying Superior Ability To Accumulate ica-Independent Biofilm. Genome Announcements, v. 1, p. e00576-13-e00576-13, 2013.

18.
MARINOTTI, O.2013MARINOTTI, O. CERQUEIRA, G. C. DE ALMEIDA, L. G. P. FERRO, M. I. T. LORETO, E. L. D. S. ZAHA, A. TEIXEIRA, S. M. R. WESPISER, A. R. ALMEIDA E SILVA, A. SCHLINDWEIN, A. D. PACHECO, A. C. L. DA SILVA, A. L. D. C. GRAVELEY, B. R. WALENZ, B. P. DE ARAUJO LIMA, B. RIBEIRO, C. A. G. NUNES-SILVA, C. G. DE CARVALHO, C. R. DE ALMEIDA SOARES, C. M. DE MENEZES, C. B. A. MATIOLLI, C. CAFFREY, D. ARAUJO, D. A. M. DE OLIVEIRA, D. M. GOLENBOCK, D. , et al.GRISARD, E. C. FANTINATTI-GARBOGGINI, F. DE CARVALHO, F. M. BARCELLOS, F. G. PROSDOCIMI, F. MAY, G. DE AZEVEDO, G. M. GUIMARAES, G. M. GOLDMAN, G. H. PADILHA, I. Q. M. BATISTA, J. D. S. FERRO, J. A. RIBEIRO, J. M. C. FIETTO, J. L. R. DABBAS, K. M. CERDEIRA, L. AGNEZ-LIMA, L. F. BROCCHI, M. DE CARVALHO, M. O. TEIXEIRA, M. D. M. DE MASCENA DINIZ MAIA, M. GOLDMAN, M. H. S. CRUZ SCHNEIDER, M. P. FELIPE, M. S. S. HUNGRIA, M. Nicolas, M. F. PEREIRA, M. MONTES, M. A. CANTAO, M. E. VINCENTZ, M. RAFAEL, M. S. SILVERMAN, N. STOCO, P. H. Souza, R. C. VICENTINI, R. GAZZINELLI, R. T. NEVES, R. D. O. SILVA, R. ASTOLFI-FILHO, S. MACIEL, T. E. F. URMENYI, T. P. TADEI, W. P. CAMARGO, E. P. DE VASCONCELOS, A. T. R. ; The Genome of Anopheles darlingi, the main neotropical malaria vector. Nucleic Acids Research, v. 1, p. 1-14, 2013.

19.
Neto N.E.2012Neto N.E. ; LOUREIRO, M. F. ; Nicolas, M. F. ; MARIANOWSKI, T. ; Torres A.R. ; HUNGRIA, M. . Identification of Discolobium species indigenous to the Brazilian Pantanal ecosystem by microsatellite (SSRs) markers. Semina. Ciências Agrárias (Online), v. 33, p. 3017-3022, 2012.

20.
Ramos Pereira P I2012Ramos Pereira P I ; Picão R C ; VESPERO, E C ; Pelisson M ; ZULETA, L. F. ; Almeida L G P ; Gerber A ; VASCONCELOS, A. T. R. ; GALES, A C ; NICOLÁS, M. F. . Pyrosequencing-based analysis reveals a novel capsular gene cluster in a KPC-producing Klebsiella pneumoniae clinical isolate identified in Brazil. BMC Microbiology (Online), v. 12, p. 173, 2012.

21.
Souza, Rangel C2012Souza, Rangel C ; Quispe Saji, Guadalupe del Rosario ; Costa, Maiana O C ; Netto, Diogo S ; Lima, Nicholas C B ; Klein, Cecília C ; Vasconcelos, Ana T R ; Nicolás, Marisa F . AtlasT4SS: A curated database for type IV secretion systems. BMC Microbiology (Online), v. 12, p. 172, 2012.

22.
ORMENO-ORRILLO, E.2012ORMENO-ORRILLO, E. ; MENNA, P. ; Almeida L G P ; OLLERO, F. J. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; RODRIGUES, E. P. ; NAKATANI, A. S. ; BATISTA, J. S. S. ; CHUEIRE, L. M. O. ; SOUZA, R. C. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; Megías M ; HUNGRIA, M. ; MARTINEZ-ROMERO, E. . Genomic basis of broad host range and environmental adaptability of Rhizobium tropici CIAT 899 and Rhizobium sp. PRF 81 which are used in inoculants for common bean (Phaseolus vulgaris L.). BMC Genomics, v. 13, p. 735, 2012.

23.
Galante, P. A. F.2011Galante, P. A. F. Parmigiani, R. B. Zhao, Q. Caballero, O. L. de Souza, J. E. Navarro, F. C. P. Gerber, A. L. Nicolas, M. F. Salim, A. C. M. SILVA, A. P. M. Edsall, L. Devalle, S. Almeida, L. G. Ye, Z. Kuan, S. Pinheiro, D. G. Tojal, I. Pedigoni, R. G. de Sousa, R. G. M. A. Oliveira, T. Y. K. de Paula, M. G. Ohno-Machado, L. Kirkness, E. F. Levy, S. da Silva, W. A. , et al.VASCONCELOS, A. T. R. Ren, B. Zago, M. A. Strausberg, R. L. SIMPSON, A. J. G. de Souza, S. J. CAMARGO, A. A. ; Distinct patterns of somatic alterations in a lymphoblastoid and a tumor genome derived from the same individual. Nucleic Acids Research, v. 1, p. 1, 2011.

24.
Abreu, Fernanda2011Abreu, Fernanda ; Cantão, Mauricio E ; Nicolás, Marisa F ; Barcellos, Fernando G ; Morillo, Viviana ; Almeida, Luiz GP ; do Nascimento, Fabrícia F ; Lefèvre, Christopher T ; Bazylinski, Dennis A ; R de Vasconcelos, Ana Tereza ; Lins, Ulysses . Common ancestry of iron oxide- and iron-sulfide-based biomineralization in magnetotactic bacteria. The ISME Journal (Print), p. 1, 2011.

25.
Pedrosa, Fábio O.2011Pedrosa, Fábio O. Monteiro, Rose Adele Wassem, Roseli Cruz, Leonardo M. Ayub, Ricardo A. Colauto, Nelson B. Fernandez, Maria Aparecida Fungaro, Maria Helena P. Grisard, Edmundo C. Hungria, Mariangela Madeira, Humberto M. F. Nodari, Rubens O. Osaku, Clarice A. Petzl-Erler, Maria Luiza Terenzi, Hernán Vieira, Luiz G. E. Steffens, Maria Berenice R. Weiss, Vinicius A. Pereira, Luiz F. P. Almeida, Marina I. M. Alves, Lysangela R. Marin, Anelis Araujo, Luiza Maria Balsanelli, Eduardo Baura, Valter A. , et al.Chubatsu, Leda S. Faoro, Helisson Favetti, Augusto Friedermann, Geraldo Glienke, Chirlei Karp, Susan Kava-Cordeiro, Vanessa Raittz, Roberto T. Ramos, Humberto J. O. Ribeiro, Enilze Maria S. F. Rigo, Liu Un Rocha, Saul N. Schwab, Stefan Silva, Anilda G. Souza, Eliel M. Nicolás, Marisa F et al. Souza E.M ; Genome of Herbaspirillum seropedicae Strain SmR1, a Specialized Diazotrophic Endophyte of Tropical Grasses. PLOS Genetics, v. 7, p. e1002064, 2011.

26.
Lanzarotti, E.2011Lanzarotti, E. ; Pellizza, L. ; Bercovich, A. ; Foti, M. ; Coria, S. H. ; Vazquez, S. C. ; Ruberto, L. ; Hernandez, E. A. ; Dias, R. L. ; Mac Cormack, W. P. ; Cicero, D. O. ; Smal, C. ; Nicolas, M. F. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; Marti, M. A. ; Turjanski, A. G. . Draft Genome Sequence of Bizionia argentinensis, Isolated from Antarctic Surface Water. Journal of Bacteriology (Print), v. 193, p. 6797-6798, 2011.

27.
PINTO, F. G.2009PINTO, F. G. ; CHUEIRE, L. M. O. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; DE PAULA, L. G. ; Souza, R. C. ; MENNA, P. ; BARCELLOS, F. G. ; Megías M ; HUNGRIA, M. . Novel genes related to nodulation, secretion systems, and surface structures revealed by a genome draft of Rhizobium tropici PRF 81. Functional & Integrative Genomics, v. 9, p. 263-270, 2009.

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VEIGA, D. F. T.2008VEIGA, D. F. T. ; VICENTE, F. F. R. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; VASCONCELOS, A. T. R. . Predicting Transcriptional Regulatory Interactions with Artificial Neural Networks applied to E. coli Multidrug Resistance Efflux Pumps. BMC Microbiology (Online), v. 8, p. 101, 2008.

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GODOY, L. P.2008GODOY, L. P. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; CHUEIRE, L. M. O. ; Souza, R. C. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; DE PAULA, L. G. ; BARCELLOS, F. G. ; HUNGRIA, M. . Genomic panorama of Bradyrhizobium japonicum CPAC 15, a commercial inoculant strain largely established in Brazilian soils and belonging to the same serogroup as USDA 123. Soil Biology & Biochemistry, v. 1, p. 1-11, 2008.

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The UniProt Consortium2008The UniProt Consortium ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . The Universal Protein Resource (UniProt). Nucleic Acids Research, v. 36, p. D190-D195, 2008.

31.
NICOLÁS, Marisa Fabiana;Nicolás, Marisa F;Nicolas, M. F.2007NICOLÁS, Marisa Fabiana; BARCELLOS, F. G. ; HESS, P. N. ; HUNGRIA, M. . ABC transporters in Mycoplasma hyopneumoniae and Mycoplasma synoviae: insights into evolution and pathogenicity.. Genetics and Molecular Biology, v. 30, p. 202-211, 2007.

32.
The UniProt Consortium2007The UniProt Consortium ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . The Universal Protein Resource (UniProt). Nucleic Acids Research, v. 35, p. D193-D197, 2007.

33.
NICOLÁS, Marisa Fabiana;Nicolás, Marisa F;Nicolas, M. F.2006NICOLÁS, Marisa Fabiana; HUNGRIA, M. ; ARIAS, C. A. A. . Identification of quantitative trait loci controlling nodulation and shoot mass in progenies from two Brazilian soybean cultivars. FIELD CROPS RESEARCH, DOI:10.1016/j.fcr.2005.04.012, v. 95, p. 355-366, 2006.

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DOS SANTOS, M. A.2006DOS SANTOS, M. A. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; HUNGRIA, M. . Identificação de QTL associados à simbiose entre Bradyrhizobium japonicum, B. elkanii e a soja [Glycine max (L.) Merr.].. Pesquisa Agropecuária Brasileira, Brasilia, v. 41, n.1, p. 67-75, 2006.

35.
HUNGRIA, M.2005HUNGRIA, M. ; ASTOLFI FILHO, S. ; CHUEIRE, L. M. O. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; SANTOS, E. B. P. ; BULBO, M. R. ; SOUZA FILHO, A. ; ASSUNÇÃO, E. N. ; GERMANO, M G ; VASCONCELOS, A. T. R. . Genetic characterization of Chromobacterium violaceum isolates from black water environments in the Brazilian Amazon. Letters in Applied Microbiology, v. 41, p. 17-23, 2005.

36.
VASCONCELOS, A. T. R.2005 VASCONCELOS, A. T. R. ; FERREIRA, H. B. ; BIZARRO, C. V. ; BONATTO, Sandro L. ; CARVALHO, M. O. ; PINTO, P. M. ; ALMEIDA, D. F. ; DE PAULA, L. G. ; ALMEIDA, Rosana ; ALVES-FILHO, L. ; ASSUNÇÃO, E. N. ; AZEVEDO, V. A. C. ; BOGO, M. R. ; BRIGIDO, M. M. ; BROCCHI, M. ; BURITY, H. A. ; CAMARGO, A. A. ; HUNGRIA, M. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; SIMPSON, A. J. G. ; ZAHA, A. ; et. al . Swine and Poultry Pathogens: the Complete Genome Sequences of Two Strains of Mycoplasma hyopneumoniae and a Strain of Mycoplasma synoviae. Journal of Bacteriology, v. 187, n.16, p. 5568-5577, 2005.

37.
HUNGRIA, M.2004HUNGRIA, M. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; GUIMARÃES, C. T. ; JARDIM, S. N. ; GOMES, E. A. ; VASCONCELOS, A. T. R. . Tolerance to Stresses and Environmental Adaptability of Chromobacterium violaceum. Genetics and Molecular Research, Ribeirão Preto SP, v. 3, n.1, p. 102-116, 2004.

38.
VASCONCELOS, A. T. R.2003VASCONCELOS, A. T. R. ; ALMEIDA, D. F. ; HUNGRIA, M. ; SIMPSON, A. J. G. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; et. al . The complete genome sequence of Chromobacterium violaceum. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 100, n.20, p. 11660-11665, 2003.

39.
NICOLÁS, Marisa Fabiana;Nicolás, Marisa F;Nicolas, M. F.2002NICOLÁS, Marisa Fabiana; ARIAS, C. A. A. ; HUNGRIA, M. . Genetics of nodulation and nitrogen fixation in Brazilian soybean cultivars. Biology and Fertility of Soils, Alemanha, v. 36, n.2, p. 109-117, 2002.

40.
RIVERO, E.1998RIVERO, E. ; BRUTTI, L. ; BASURCO, J. C. P. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; IRIARTE, L. ; ABBIATI, N. ; LJUNGGREN, H. ; MARTENSSON, A. . Persistence of Bradyrhizobium japonicum in arable soils of Argentina. Applied Soil Ecology, v. 10, p. 87-94, 1998.

Capítulos de livros publicados
1.
PEDROSA, F. O. ; HUNGRIA, M. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . A Report on the Genome of Herbaspirilum seropedicae strain Z78. In: WANG, Y.-P.; LIN, M.; TIAN, Z.-X.; ELMERICH, C; NEWTON, W.E.. (Org.). Current Plant Science and Biotechnology in Agriculture. Dordrecht: Springer, 2005, v. 1, p. 111-114.

Textos em jornais de notícias/revistas
1.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Introduction to genomic analysis. Arquivos FOG, Petrópolis, RJ, p. 39 - 59, 03 mar. 2009.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
ANDREY, D. ; DANTAS, P. ; MARTINS, W. B. ; DE PAULA, L. G. ; SANDS, K. ; PORTA, E. ; SILVA, R. C. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; VASCONCELOS, A. T. R. ; MEDEIROS, E. A. S. ; WALSH, T. R. ; GALES, A C . High mortality rates due to the emergence and spread of a hypervirulent Klebsiella pneumoniae ST16 clone producer of KPC-2 and yersiniabactin. In: 28th ECCMID, 2018, Espanha. Anais do 28th ECCMID, 2018.

2.
Lima C B N ; CANTÃO, M ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . SNPs detection in Klebsiella pneumoniae. In: VI workshop e-Science 2012, 2012, Curitiba. XXXII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, 2012.

3.
Ramos Pereira P I ; KLEIN, C ; GALES, A C ; VASCONCELOS, A. T. R. ; Sagot M F ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . Regiões de plasticidade genômica e reconstrução metabólica in silico de um isolado clínico de Klebsiella causador de surto hospitalar. In: VI workshop e-Science 2012, 2012, Curitiba. XXXII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, 2012.

4.
PASCHOAL, A R ; NETTO, D. S. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; FERNANDEZ, J. H. . Homodimeric structure of B japonicum D-NCAase. In: XXXVI Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq) and 10th IUBMB Conference, 2007, Salvador. XXXVI Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology (SBBq) and 10th IUBMB Conference, 2007.

5.
HUNGRIA, M. ; CAMPOS, R. J. ; CHUEIRE, L. M. O. ; GRANGE, L. ; GERMANO, M G ; MENNA, P. ; BARCELLOS, F. G. ; PINTO, F. G. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; MENDES, I. C. . Rhizobial diversity in Brazilian soils: Indigenous populations, variability due to agronomic management and identification of genes related to symbiotic performance. In: 22nd Latin-american Conference on Rhizobiology and 1st Brazilian Conference on Biological Nitrogen Fixation, 2004, Miguel Pereira. Relar 2004, 2004. v. 1.

6.
HUNGRIA, M. ; CAMPOS, R. J. ; CHUEIRE, L. M. O. ; MENDES, L. ; FRANCHINI, J. C. ; ANDRADE, D. S. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; GRANGE, L. ; LOUREIRO, M. F. . Aspectos Agronômicos da Fixação Biológica do Nitrogênio no Brasil. In: XXI Reunión Latinoamericana de Rhizobiologia y VI Congreso Nacional de la FBN, 2002, Cocoyoc. Memorias de la XXI Reunión Latinoamericana de Rhizobiologia y VI Congreso Nacional de la FBN. Cuernavaca, Morelos: Centro de Investigación sobre Fijación de Nitrógeno - UNAM, 2002. v. I. p. 53-53.

7.
BRUTTI, L. ; RIVERO, E. ; BASURCO, J. C. P. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; IRIARTE, L. ; ABBIATI, N. ; LJUNGGREN, H. . Survival and Competition of Bradyrhizobium japonicum. In: 2nd European Nitrogen Fixation Conference and Nato Advance Research Workshop, 1996, Poznan. Proceeding of 2nd European Nitrogen Fixation Conference and Nato Advance Research Workshop. Poznan: Scientific Publishers OWN, 1996. v. I. p. 154-154.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
BINDE, D. R. ; CHUEIRE, L. M. O. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; VASCONCELOS, A. T. R. ; DE PAULA, L. G. ; MARTINEZ-ROMERO, E. ; BARCELLOS, F. G. ; DA SILVA, M. F. ; GARCIA, J. E. ; HUNGRIA, M. . Seqüenciamento do plasmídeo simbiótico da estirpe CFN 299 de Rhizobium tropici. In: Jornadas Académicas da EMBRAPA Soja, 2006, Londrina. Documentos 268, Resumos Expandidos, Londrina, PR (ISSN 1516-718X), 2006. v. 1. p. 29-34.

2.
DA SILVA, M. F. ; CHUEIRE, L. M. O. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; DE PAULA, L. G. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; HUNGRIA, M. . Panorama genômico de Rhizobium tropici estirpe PRF 81 (SEMIA 4080). In: Jornadas Académicas da EMBRAPA Soja, 2005, Londrina. : Jornadas Académicas da EMBRAPA Soja, Documentos 268, Resumos Expandidos, Londrina, PR (SIN 1516-718X), 2005. v. 1. p. 50-55.

3.
GODOY, L. P. ; CHUEIRE, L. M. O. ; BARCELLOS, F. G. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; DE PAULA, L. G. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; HUNGRIA, M. . Panorama genômico da estirpe de Bradyrhizobium japonicum CPAC 15, recomendada para o uso em inoculantes comerciais para a cultura da soja. In: Jornadas Académicas da EMBRAPA Soja, 2005, Londrina. Jornadas Académicas da EMBRAPA Soja, Documentos 268, Resumos Expandidos. Londrina, PR (ISSN 1516-718X), 2005. v. 1. p. 98-103.

4.
DOS SANTOS, M. A. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; HUNGRIA, M. . Identificação de QTL associados à fixação biológica do nitrogênio em soja. In: Jornadas Académicas da EMBRAPA Soja, 2005, Londrina. Jornadas Académicas da EMBRAPA Soja, Documentos 268, Resumos Expandidos, Londrina, PR (ISSN 1516-718X), 2005. p. 113-117.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
CARDOSO, T. ; MORAES, G. L. ; LUCCHETTI, G. ; QUISPE SAJI, G ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . SNP discovery in the Klebsiella pneumoniae transcriptome after polymyxin B induction in combination with abiotic stresses using RNA-Seq technology. In: International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C), 2016, Belo Horizonte. Anais of X-Meeting 2016, 2016. v. 1. p. 1-1.

2.
DEFELIPE, L. A. ; PORTO, D. F. ; Ramos Pereira P I ; NICOLÁS, M. F. ; RADUSKY, L. ; SOZA, E. ; Turjanski A G ; Marti, M. A. . IN SILICO DETERMINATION OF POTENTIAL THERAPEUTIC TARGETS FOR LATENT PHASE Mycobacterium tuberculosis. In: XI CONGRESO ARGENTINO DE MICROBIOLOGÍA GENERAL SAMIGE, 2015, Córdoba. Aanais XI CONGRESO ARGENTINO DE MICROBIOLOGÍA GENERAL, 2015. v. 1. p. 335-335.

3.
CORTES, M. F. ; Nicolás, Marisa F ; DE PAULA, L. G. ; A. T. R. Vasconcelos, ; BANDEIRA, P. T. ; Figueiredo Agnes M S . Comparative genomic of the methicillin-resistant Staphylococcus aureus isolates of the ST1-SCCmec IV lineage associated with community- or hospital-associated infections. In: 28º Congresso Brasileiro de Microbiologia CBM 2015, 2015, Florianópolis. ANAIS DO 28º CBM 2015, 2015. v. 1. p. 875-875.

4.
BOTELHO, A. M. N. ; COSTA, M. O. C. E. ; Beltrame C O ; Ferreira F A ; CORTES, M. F. ; BANDEIRA, P. T. ; DE PAULA, L. G. ; Lima C B N ; SOUZA, R. C. ; A. T. R. Vasconcelos, ; Nicolas, M. F. ; Figueiredo Agnes M S . COMPARATIVE GENOMICS OF METHICILLIN-RESISTANT Staphylococcus aureus ISOLATES OF ST239 LINEAGE BELONGING TO THE BRAZILIAN EPIDEMIC CLONE. In: 28º Congresso Brasileiro de Microbiologia CBM 2015, 2015, Florianópolis. Anais 28º Congresso Brasileiro de Microbiologia - 2015, 2015. v. 1. p. 918-918.

5.
RESENDE, J. A. ; FERREIRA-MACHADO, A. B. ; FREITAS, M. C. R. ; PESTANA, D. M. ; FIGUEIREDO, K. L. ; Quispe Saji, Guadalupe del Rosario ; NICOLÁS, M. F. ; da Silva V L ; DINIZ, C. . EXPLORATORY INVESTIGATION OF Bacteroides fragilis TRANSCRIPTOME SELECTED AFTER IN VITRO EXPOSURE TO SUBINHIBITORY CONCENTRATION OF METRONIDAZOLE. In: 28º Congresso Brasileiro de Microbiologia CBM 2015, 2015, Florianópolis. Anais Anais 28º Congresso Brasileiro de Microbiologia - 2015, 2015. v. 1. p. 1299-1299.

6.
LUCCHETTI, G. ; CARDOSO, T. ; Custódio MGF ; Girardello R ; BRAUN, G. ; Quispe Saji, Guadalupe del Rosario ; MARTINS, W. B. ; A. T. R. Vasconcelos, ; GALES, A C ; Nicolas, M. F. . TRANSCRIPTOME PROFILING ANALYSIS OF KLEBSIELLA PNEUMONIAE PLASMID GENES IN RESPONSE TO POLYMYXIN B. In: 28º Congresso Brasileiro de Microbiologia CBM 2015, 2015, Florianópolis. Anais 28º Congresso Brasileiro de Microbiologia CBM 2015, 2015. v. 1. p. 1843-1843.

7.
FERRO, M. ; NICOLÁS, M. F. ; MURY, A. R. ; SCHULZE, B. R. . Metodologia para Avaliação de Equipamentos de Computação de Alto Desempenho: Um Estudo de Caso para Bioinformatica. In: BRESCI - VIII Brazilian e-Science Workshop, 2014, Brasilia. Anaia BRESCI - VIII Brazilian e-Science Workshop, 2014. v. 1. p. 2-2.

8.
Custódio MGF ; GRECCO, M. S. ; Coelho VL ; NICOLÁS, M. F. . Estratégia para análise de dados de RNA-seq bacteriano. In: BRESCI - VIII Brazilian e-Science Workshop, 2014, Brasilia. Anais BRESCI - VIII Brazilian e-Science Workshop, 2014. v. 1. p. 3-3.

9.
Girardello R ; Custódio MGF ; Coelho VL ; GRECCO, M. S. ; Ramos Pereira P I ; BRAUN, G. ; CARNEIRO, T. B. ; Vasconcelos, Ana T R ; NICOLÁS, M. F. ; GALES, A C . Whole Transcriptome Analysis of Acinetobacter baumannii Responses to Polymyxin B. In: ICAAC 2014, 2014, Washington DC. Anais ICCAC 2014, 2014. v. 1. p. 640-640.

10.
QUISPE SAJI, G ; CANTÃO, M ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . Identification of coding sequences with conflicting atributes in the complete genome of Klebsiella pneumoniae Kp13 using ProkSCAs Tool. In: VI workshop e-Science 2012, 2012, Curitiba. XXXII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, 2012.

11.
Medeiros J D ; CANTÃO, M ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; DINIZ, C. ; da Silva V L ; CESAR, D. ; Coelho C M . Comparative resistome of a polluted and preserved stream. In: American Society for Microbiology 2012, 2012, Chicago. ASM 2012, 2012.

12.
Ramos Pereira P I ; KLEIN, C ; Cottret L ; VASCONCELOS, A. T. R. ; GALES, A C ; Sagot M F ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . Initial metabolic reconstruction of Klebsiella pneumoniae Kp13, a multidrug resistant pathogen involved in nosocomial outbreaks in Brazil. In: X-meeting 2011, 2011, Florianópolis. X-meeting 2011, 2011.

13.
COSTA, M. O. C. E. ; Almeida L G P ; VASCONCELOS, A. T. R. ; Ferreira F A ; Beltrame C O ; Figueiredo Agnes M S ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . Pyrosequencing-based analysis of four methicilin-resistant Staphylococcus aureus isolated in Brazil. In: X-meeting 2011, 2011, Florianópolis. X-meeting 2011, 2011.

14.
COSTA, N ; CANTÃO, M ; DE PAULA, L. G. ; VESPERO, E C ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . Bioinformatics Approach for Detection of Single Nucleotide Polymorphisms in Klebsiella pneumoniae KP13 draft genome sequence. In: The 1st International Conference on Bioinformatics SoIBio 2010, 2010, Termas de Chillan. The 1st International Conference on Bioinformatics SoIBio 2010, 2010.

15.
Koop M D ; Rocha V R ; Magalhães M ; Gerber A ; Cascardo J C M ; VASCONCELOS, A. T. R. ; DE PAULA, L. G. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; Figueira A V O ; Coutinho L L ; da Silva Junior W A ; Garcia D . Pirosequenciamento do transcriptoma da seringueira. In: II Congresso brasileiro sobre heveicultura, 2010, Ilhéus, Bahia. II Congresso brasileiro sobre heveicultura, 2010.

16.
COSTA, N ; CANTÃO, M ; Almeida L G P ; VESPERO, E C ; VASCONCELOS, A. T. R. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . SNPS ANALYSIS AND VIRULENCE CORRELATION IN KLEBSIELLA PNEUMONIAE KP13 DRAFT GENOME SEQUENCE. In: 6th INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2010, Ouro Preto. X meeting 2010 Abstracts Book, 2010. v. 1. p. 5-5.

17.
COSTA, M. O. C. E. ; Souza, R. C. ; NETTO, D. S. ; COSTA, N ; KLEIN, C ; QUISPE SAJI, G ; VASCONCELOS, A. T. R. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . ATLAST4SS: A HIERARCHICAL DATABASE OF TYPE IV SECRETION. In: 6th INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2010, Ouro Preto. X meeting 2010 Abstracts Book, 2010. v. 1. p. 83-83.

18.
QUISPE SAJI, G ; CANTÃO, M ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . FINDING CODING SEQUENCES WITH CONFLICTING ATTRIBUTES DURING THE PROCESS OF PROKARYOTIC GENOME ANNOTATION. In: 6th INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE BRAZILIAN ASSOCIATION FOR BIOINFORMATICS AND COMPUTATIONAL BIOLOGY, 2010, Ouro Preto. X meeting 2010 Abstracts Book, 2010. v. 1. p. 191-191.

19.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; Dellamano M ; Gerber A ; Silveira R ; Souza, R. C. ; CIAPINA, L. P. ; BARCELLOS, F. G. ; DE PAULA, L. G. ; VASCONCELOS, A. T. R. . Progress on the High-Throughput Sequencing Projects at Brazilian Bioinformatics Laboratory. In: Exploring Next-Generation Sequencing, 2009, Providence, RI. Exploring Next-Generation Sequencing. Rhode Island Convention Cente: Cambridge HeathTech Institute, 2009.

20.
Souza, R. C. ; NETTO, D. S. ; COSTA, M. O. C. E. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . Banco de dados biológico especializado no conhecimento e análise de sistemas secretórios de tipo IV (T4SS) em bactérias. In: 54 Congresso Brasileiro de Genética, 2008, Salvador. Anais do 54 Congresso Brasileiro de Genética, 2008.

21.
VEIGA, D. F. T. ; VICENTE, F. F. R. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; VASCONCELOS, A. T. R. . Finding New Transcriptional Regulatory Interactions in Escherichia coli using am Artificial Neural Network. In: 15th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) & 6th European Conference on Computational Biology (ECCB), 2007, Viena. 15th Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) & 6th European Conference on Computational Biology (ECCB), 2007.

22.
PASCHOAL, A R ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; HUNGRIA, M. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. . Comparative analysis between partial and complete genomes of Bradyrhizobium strains using GINGA system. In: 3rd International Conference of the Brazilan Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007, São Paulo. AB3C 3rd Interational Conference, 2007.

23.
NETTO, D. S. ; Souza, R. C. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . Building a database for analysis of Type IV Secretion System (T4SS). In: 3rd Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007, São Paulo. AB3C 3rd Interational Conference, 2007.

24.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; MICHOUD, K. ; RIVOIRE, C. ; AUCHINCLOSS, A ; COUDERT, E. ; LIMA, T. O. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. ; LE SAUX, V. ; BAIROCH, A. . The annotation of microbial proteins in Swiss-Prot. In: 2nd FEMS Congress of European Microbiologist, 2006, Madrid. Anais of the 2nd FEMS Congress of European Microbiologist, sessão poster, 2006.

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MONTEIRO-VITORELLO, C. B. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; CIAPINA, L. P. ; ZULETA, L. F. . HAMAP Brazil and bacterial pathogens. In: In-silico Analysis of Proteins: Celebrating the 20th Anniversary of Swiss-Prot (Congresso) 2006, 2006, Fortaleza. Anais of the In-silico Analysis of Proteins: Celebrating the 20th Anniversary of Swiss-Prot., 2006.

26.
DOS SANTOS, M. A. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; HUNGRIA, M. . Identificação de QTL associados à simbiose entre Bradyrhizobium japonicum / B. elkanii e a soja.. In: III CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 2005, Gramado. Anais do III CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 2005.

27.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; MOREIRA, C. G. ; SILVA, M. C. A. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; MICHOUD, K. ; RIVOIRE, C. ; LIMA, T. O. ; COUDERT, E. ; SÉLLER, G ; AUCHINCLOSS, A ; LE SAUX, V. ; GATTIKER, A ; BAIROCH, A. . HAMAP Brasil: the annotation of proteins from pathogenic bacteria.. In: X-meeting- 1st International Conference of the Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C), 2005, Caxambú. X-meeting, 2005.

28.
MONTEIRO-VITORELLO, C. B. ; MICHOUD, K. ; RIVOIRE, C. ; AUCHINCLOSS, A ; COUDERT, E. ; LIMA, T. O. ; KELLER, G ; LE SAUX, V. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; MOREIRA, C. G. ; GATTIKER, A ; BAIROCH, A. . Annotation of microbial proteins in Swiss-Prot.. In: PROKAGEN-2ND EUROPEAN CONFERENCE ON PROKAYOTIC GENOMES, 2005, Göttingen. PROKAGEN, 2005.

29.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; DOS SANTOS, M. A. ; CRANCIANONOV, W. S. ; PIPOLO, A. E. ; HUNGRIA, M. . Correlação entre teor de proteína e óleo na semente e QTL (quantitative trait loci) associados com a fixação biológica do nitrogênio em genótipos de soja. In: XXVI REUNIÓN BRASILEIRA DE FERTILIDADE DO SOLO, X REUNIÃO BRASILEIRA SOBRE MICRORRIZAS, VIII SIMPÓSIO BRASILEIRO DE MICROBIOLOGIA SO SOLO E V REUNIÃO BRASILEIRA DE BIOLOGIA SO SOLO, 2004, Lages. FertBio 2004. Lages: UDESC, 2004.

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DOS SANTOS, M. A. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; BORGES, E. ; HUNGRIA, M. . Confirmation of quantitative trait loci controlling nodulation and shoot mass in progenies from two Brazilian soybean cultivars.. In: LATIN-AMERICAN CONFERENCE ON RHIZOBIOLGY and I BRAZILIAN CONFERENCE ON BIOLOGICAL NITROGEN FIXATION. RELAR 2004, 2004, Miguel Perera. Programme and abstracts of Relar 2004, ALAR, 2004.

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DOS SANTOS, M. A. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; HUNGRIA, M. . Uso de Marcadores Microssatélites na identificação de QTLs associados á Fixação Biológica do Nitrogênio em cultivares de soja (Glycine max (L.) Merril). In: XXII Congresso Brasileiro de Microbiologia 2003, 2003, Florianópolis - SC. XXII Congresso Brasileiro de Microbiologia 2003. São Paulo - SP: Secretaria Científica. Sociedade Brasileira de Microbiologia, 2003. v. I. p. 251.

32.
LOUREIRO, M. F. ; MARIANOWSKI, T. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; ELIAS NETO, N. ; HUNGRIA, M. . Uso de marcadores moleculares para la identificación de espécies de Discolobium nativas del pantanal matogrosense de Brasil. In: XXI Reunión Latinoamericana de Rhizobiologia y VI Congreso Nacional de la FBN, 2002, Cocoyoc. Memorias de la XXI Reunión Latinoamericana de Rhizobiologia y VI Congreso Nacional de la FBN. Cuernavaca, Morelos: Centro de Investigación sobre Fijación de Nitrógeno, 2002. v. I. p. 91-91.

33.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; ARIAS, C. A. A. ; HUNGRIA, M. . Genetics of Nodulation and NFB in Brazilian Soybean Cultivars. In: XXI Reunión Latinoamericana de Rhizobiologia y VI Congreso Nacional de la FBN, 2002, Cocoyoc. Memorias de la XXI Reunión Latinoamericana de Rhizobiologia y VI Congreso Nacional de la FBN. Cuernavaca, Morelos: Centro de Investigación sobre Fijación de Nitrógeno, 2002. v. I. p. 92-92.

34.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; HUNGRIA, M. ; FERREIRA, M. C. ; CHUEIRE, L. M. O. ; GERMANO, M G ; MARIANOWSKI, T. ; SANTOS, E. B. P. ; RODRIGUES, M. S. ; ASTOLFI FILHO, S. ; SIMPSON, A. J. G. . Caracterização de Isolados de Chromobacterium da região Amazônica. In: XXI Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2001, Foz do Iguaçu. Resumos do XXI Congresso Brasileiro de Microbiologia. Rio de Janeiro: Armazém das Letras, 2001. v. 1. p. 32-32.

35.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; BOHRER, T. ; ARIAS, C. A. A. ; HUNGRIA, M. . Nitrogen fixation characteristics of Brazilian soybean cultivars. In: XII International Congress on Nitrogen Fixation, 1999, Foz do Iguaçú. Nitrogen Fixation Molecules to Crop Productivity. Proceeding of the XII International Congress on Nitrogen Fixation. Curitiba, 1999. v. I. p. 340-340.

36.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; KOSUZNY, D. ; LEMOS, E. G. M. . Molecular biochemical and nodulation characterization of Rhizobium sp strain isolated from Glycine max (L) Merril nodules. In: XXI Reunião de Genética de Microrganismos, 1997, Londrina. Proceedings of XXI REUNIÃO DE GENÉTICA DE MICRORGANISMOS, 1997. v. 21. p. 77.

37.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; SANTOS, J. M. ; LEMOS, E. G. M. . Visualização al microscópio electrónico de barrido de la morfogénesis de nódulos radiculares en Phaseolus vulgaris. In: XVIII Reunión Latinoamericana de Rhizobiologia, 1996, Santa Cruz de La Sierra, 1996.

38.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; SANTOS, J M ; LEMOS, E. G. M. . Morfogênese de nódulos radiculares em Phaseolus vulgaris induzidos por Rhizobium leguminosarum bv. phaseoli através da microscopia eletrônica de varredura. In: VIII Seminário Regional de Ecologia, 1996, São Carlos. Caderno de Resumos PPG-ERN/UFSCar. São Carlos: PPG-ERN/UFSCar, 1996. v. 1. p. 1.

39.
BASURCO, J. C. P. ; PARRA, R. ; WUTHRICH, R. ; PERTICARI, A. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . Competitividad de cepas de Bradyrhizobium japonicum en el NE de la provincia de Santa Fé (República Argentina). In: XVII Reunión Latinoamericana de Rhizobiologia, 1994, La Habana, Cuba, 1994.

40.
BRUTTI, L. ; RIVERO, E. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; LJUNGGREN, H. . Estudio de la competencia de entre cepas de Bradyrhizobium japonicum en un suerlo ácido deficiente en P. In: XVII Reunión Latinoamericana de Rhizobiologia, 1994, La Habana, 1993.

41.
BRUTTI, L. ; RIVERO, E. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; IRIARTE, L. ; LJUNGGREN, H. . Competición entre cepas de Bradyrhizobium japonicum en soja Glycine max (L.) Merril en Tres Arroyos (Buenos Aires). In: XVI Reunión Latinoamericana de Rhizobiologia, 1992, Santa Rosa, La Pampa. Anais de la XVI Reunión Latinoamericana de Rhizobiologia, 1992. v. I. p. 19-19.

42.
PIANTANIDA, N. ; PERTICARI, A. ; BRENZONI, E. ; RIVERO, E. ; BASURCO, J. C. P. ; BRUTTI, L. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; RODRERO, M. . Caracterización de poblaciones naturalizadas de Bradyrhizobium japonicum en el área de Oliveros (Pcia de Santa Fé). In: XVI Reunión Latinoamericana de Rhizobiologia, 1992, Santa Rosa, La Pampa. Anais de la XVI Reunión Latinoamericana de Rhizobiologia, 1992. v. I. p. 15-15.

43.
BRUTTI, L. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; LJUNGGREN, H. . Survival of Bradyrhizobium japonicum in the soil and competition between strains for nodulation. In: IX International Congress on Nitrogen Fixation, 1992, Cancún, México. New Horizons in Nitrogen Fixation. Proceeding of the 9th. International Congress on Nitrogen Fixation. Cancún, México: CIFN- UNAM, 1992. v. I. p. 605-605.

44.
BRUTTI, L. ; RIVERO, E. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; LJUNGGREN, H. . Sobrevivencia y competición de cepas de Bradyrhizobium japonicum en un argiudol típico. In: XIV Congreso Argentino de la Ciencia del Suelo, 1992, Mendoza, 1992.

45.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Interacción entre la simbiosis Bradyrhizobium japonicum - Glycine max y diferentes niveles de nitrógeno. In: I Reunión Nacional de Oleaginosos, 1991, Rosario, Santa Fé. Anais de la Primera Reunión Nacional de Oleaginosos, 1991. v. I. p. 40-40.

46.
BRUTTI, L. ; DRETZ, G. M. ; FABIANO, E. ; ARIAS, C. A. A. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; BOISSON, F. . Caracterización de cepas de Bradyrhizobium japonicum. In: I Reunión Nacional de Oleaginosos, 1991, Rosario, Santa Fé. Anais de la Primera Reunión Nacional de Oleaginosos, 1991. v. I. p. 280-280.

Artigos aceitos para publicação
1.
CORTES, M. F. ; ALMEIDA, L. G. P. ; CUNHA, O. L. ; BOTELHO, A. M. N. ; Nicolas, M. F. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; Figueiredo Agnes M S . A community-acquired methicillin-resistant S. aureus from ST1 lineage harboring a new SCCmec IV subtype (SCCmec IVi) containing the tetracycline resistance tetK gene. Infection and Drug Resistance, 2018.

2.
GONCALVES, R. B. ; CORONADO, M. A. ; PASCHOAL, A R ; GAUDENCIO, T. ; HUNGRIA, M. ; VASCONCELOS, A. T. R. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . Structural analysis of a novel N-carbamoyl-d-amino acid amidohydrolase from a Brazilian Bradyrhizobium japonicum strain: In silico insights by molecular modelling, docking and molecular dynamics. JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING, 2018.

Apresentações de Trabalho
1.
Nicolás, Marisa F. Sequenciamento de Alto Rendimento com Aplicações em Bactérias Patogênicas. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

2.
Nicolás, Marisa F. Use of computational modeling to search for new therapeutic targets. 2018. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

3.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Primer relato del genoma de una KPC-producing K. quasipneumoniae subsp. similipneumoniae (KPC-Kqps) aislada de infección nosocomial en el sudeste brasileño. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Anotación de proteínas utilizando las bases de datos UniProt, Prosite e InterPro. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Patogenómica: como estrategia para priorizar blancos contra las bacterias multirresistentes. 2017. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

6.
CARDOSO, T. ; MORAES, G. L. ; LUCCHETTI, G. ; QUISPE SAJI, G ; VASCONCELOS, A. T. R. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . SNP discovery in the Klebsiella pneumoniae transcriptome after polymyxin B induction in combination with abiotic stresses using RNA-Seq technology. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

7.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Aplicación de las estrategias de RNA-seq para el estudio de transcriptomas bacterianos. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

8.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Estudio de casos de transcriptomas de bacterias patogénicas a través de RNA-seq: K pneumoniae. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

9.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Predicción de interacciones regulatorias transcripcionales bacterianas usando redes neuronales artificiales y datos de expresión de RNA-Seq. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

10.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Bioprospección de blancos moleculares para a busca de nuevos antibióticos para o control de enfermedades causadas por bacterias patogénicas. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

11.
Custódio MGF ; Coelho VL ; NICOLÁS, M. F. . Estratégia para análise de dados de RNA-seq bacteriano. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

12.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Genômica aplicada ao estudo de patógenos humanos. 2013. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

13.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Genômica de Patógenos. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

14.
COSTA, N ; CANTÃO, M ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . SNPs detection in Klebsiella pneumoniae. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

15.
Ramos Pereira P I ; KLEIN, C ; GALES, A C ; VASCONCELOS, A. T. R. ; Sagot M F ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . Regiões de plasticidade genômica e reconstrução metabólica in silico de um isolado clínico de Klebsiella causador de surto hospitalar. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

16.
QUISPE SAJI, G ; CANTÃO, M ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . Identification of coding sequences with conflicting atributes in the complete genome of Klebsiella pneumoniae Kp13 using ProkSCAs Tool. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

17.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Genômica comparativa de procariotos: Avanços biotecnológicos. 2012. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

18.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Desvendando a virulência de um isolado de surto hospitalar de Klebsiella pneumoniae através da análise por pirossequenciamento.. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

19.
R. C. Picão ; P. I. P. Ramos, ; E. C. Vespero ; M. Pelisson ; L. F. Zuleta ; L. G. P. Almeida ; A. L. Gerber ; C. E. Thompson ; A. T. R. Vasconcelos, ; A. C. Gales ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . Pyrosequencing-based analysis reveals novel capsular gene cluster (cps) from a KPC-producing K. pneumoniae clinical isolate from Brazil. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

20.
COSTA, M. O. C. E. ; Almeida L G P ; VASCONCELOS, A. T. R. ; Ferreira F A ; Beltrame C O ; Figueiredo Agnes M S ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . Pyrosequencing-based analysis of four methicilin-resistant Staphylococcus aureus isolated in Brazil. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

21.
Ramos Pereira P I ; KLEIN, C ; Cottret L ; VASCONCELOS, A. T. R. ; GALES, A C ; Sagot M F ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . Initial metabolic reconstruction of Klebsiella pneumoniae Kp13, a multidrug resistant pathogen involved in nosocomial outbreaks in Brazil. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

22.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Bioinformática: predição e anotação de genes. Em: Genômica, Evolução e Diversidade Bacteriana. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

23.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Estudo do genoma de Klebsiella pneumoniae KPC. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

24.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Desvendando a virulência de Klebsiella pneumoniae Kp13 através da análise genômica.. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

25.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Desvendando a virulência de um isolado de surto hospitalar de Klebsiella pneumoniae Carbapenemase (KPC) através da análise por pirossequenciamento.. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

26.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. O mundo dos microorganismos. Fique por dentro do LNCC. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

27.
QUISPE SAJI, G ; CANTÃO, M ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . Identificación y análisis de secuencias codificadas con atributos en conflictos en genomas de procariotas. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

28.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Sequenciamento de alto desempenho na unidade genômica computacional UGC. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

29.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Técnicas Genômicas. Encontro Brasil-França de Bioinformática.. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

30.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Plataforma GS FLX Roche/454 Life Sience na UGC/LNCC. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

31.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Plataforma 454 de Segunda Geração de Sequênciamento de DNA no LNCC. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

32.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. High-throughput sequencing no Laboratório de Genômica Computacional (UGC). 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

33.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Bioinformática aplicada a Genômica e Proteômica. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

34.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Introdução a Banco de Dados Biológicos. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

35.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Genes de Leguminosas e Fixação Biológica do Nitrogênio. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

36.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Análise de proteínas no Swiss-Prot/UniProt DataBase: Swiss-Prot Brasil and the annotation of proteins form pathogenic bacteria. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

37.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. A computação e o projeto genoma brasileiro. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

38.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Contribuição da genômica para a pesquisa biológica: genomas no Brasil. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

39.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Genes de leguminosas regulando a fixação biológica do nitrogênio: da teoria ao uso de marcadores moleculares. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

40.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Estudo genético dos caracteres de nodulação e fixação biológica do nitrogênio em cultivares de soja brasileiras e associação com marcadores moleculares. 2000. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

Outras produções bibliográficas
1.
HUNGRIA, M. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; CAMPOS, R. J. ; ARIAS, C. A. A. . Desempenho simbiótico de cultivares de soja e busca de marcadores moleculares relacionados à fixação biológica do nitrogênio. Londrina: Embrapa soja, 2004 (Resultados de Pesquisa da Embrapa Soja 2003).

2.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; HUNGRIA, M. ; ARIAS, C. A. A. ; MARIANOWSKI, T. ; CAMPOS, R. J. ; NODARI, R. O. . Identificação de QTLs (Quantitative Trait Loci) que controlam a fixação do nitrogênio em cultivares brasileiras de soja. Londrina: Embrapa soja, 2003 (Resultados de Pesquisa da Embrapa Soja 2002 (Documentos 216)).

3.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; HUNGRIA, M. ; ARIAS, C. A. A. ; CAMPOS, R. J. . Caracterização e seleção de genótipos de soja para a fixação biológica do N2 e obtenção de genótipos mais responsivos: Variabilidade entre genótipos de soja quanto à capacidade de fixação.. Londrina: Embrapa soja, 2001 (Resultados de Pesquisa da Embrapa Soja 2000 (Documentos 163)).

4.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; LUDORF, E. ; ARIAS, C. A. A. ; HUNGRIA, M. . Caracterização e seleção de genótipos de soja para a fixação biológica no N2 e obtenção de genótipos mais responsivos: Identificação de marcadores moleculares relacionados à fixação biológica de nitrogênio. Londrina: Embrapa soja, 2000 (Resultados de Pesquisa da Embrapa Soja 1999 (Documentos 142)).

5.
HUNGRIA, M. ; BOHRER, T. ; CHUEIRE, L. M. O. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; CAMPOS, R. J. . Caracterização e seleção de genótipos de soja para a fixação biológica do N2 e obtenção de genótipos mais responsivos. Londrina: Embrapa soja, 1998 (Resultados de Pesquisa da Embrapa Soja 1997 (Documentos 118)).


Produção técnica
Assessoria e consultoria
1.
Nicolás, Marisa F. Comisión Sectorial de Investigación Científica - Universidad de la República de Uruguay. 2018.

2.
Nicolás, Marisa F. National Research Agency (ANR) de França. 2018.

Processos ou técnicas
1.
VASCONCELOS, A. T. R. ; SIMPSON, A. J. G. ; HUNGRIA, M. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . GENE-CODING POLYNUCLEOTIDES OF THE CHROMOSOME OF THE BACTERIUM CHROMOBACTERIUM VIOLACEUM, EXPRESSION AND ACTIVITY OF THESE POLYNUCLEOTIDES AND THEIR APPLICATIONS. 2004.

Trabalhos técnicos

Demais tipos de produção técnica
1.
Nicolas, M. F.. Sequenciamento de alto rendimento com aplicações em bactérias patogênicas. 2018. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

2.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Anotación de proteínas: PROSITE, INTERPRO, UNIPROTKB. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

3.
NICOLÁS, M. F.. Uso do banco de dados UniProt/Swiss-Prot na anotação de alta qualidade. Em: Curso CBAB/CABBIO Bioinformática Estrututal e Análises do Proteoma. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

4.
NICOLÁS, M. F.. Bioinformática: predição e anotação de genes. Em: Genômica, Evolução e Diversidade Bacteriana. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

5.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; Cantão, Mauricio E ; VASCONCELOS, A. T. R. . Curso CBAB 2011: ?FERRAMENTAS DE BIOINFORMÁTICA APLICADAS À ANÁLISE DE SEQUÊNCIAS GENÔMICAS, METAGENÔMICAS E TRANSCRIPTÔMICAS. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

6.
Nicolas, M. F.; Figueiredo Agnes M S . Bioinformática: predição e anotação de genes. Em: Genômica, Evolução e Diversidade Bacteriana. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

7.
VASCONCELOS, A. T. R. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; CANTÃO, M ; BARCELLOS, F. G. ; Thompson F ; Kruger, R . Curso CBAB: Análise metagenômcia com o uso das plataformas avançadas de segunda geração de sequenciamento de DNA. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

8.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Curso de nivelamento em Biologia. 2008. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

9.
VASCONCELOS, A. T. R. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; CIAPINA, L. P. . Banco de dados do ponto de vista biológico. 2008. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

10.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Curso de nivelamento em Biologia. 2007. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

11.
MONTEIRO-VITORELLO, C. B. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . Introdução ao DNA e Proteínas. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

12.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Curso de nivelamento em Biologia. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

13.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Bioinformática aplicada á anotação de genomas procariotos: Conceitos e prática. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

14.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; VASCONCELOS, A. T. R. ; MONTEIRO-VITORELLO, C. B. . Curso em Análise e Comparação de Genomas ? Procariotos. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

15.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; DE PAULA, L. G. ; VASCONCELOS, A. T. R. . Curso de montagem e anotação automática de genomas de bacterias. 2005. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

16.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; DOS SANTOS, M. A. ; HUNGRIA, M. . Determinação de QTL associados à fixação biológica do nitrogênio em germoplasmas de soja (Glycine max) brasileiros visando a seleção assistida por marcadores moleculares. 2005. (Relatório de pesquisa).

17.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Análise genômica. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

18.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Biologia molecular básica. Primeiro Curso Básico em Fundamentos e Técnicas de Biologia Molecular. 2003. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

19.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; GRANGE, L. . Fixação de nitrogênio: uso de marcadores moleculares para macro e microssimbionte. 2003. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

20.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Curso básico de seqüênciamento de genomas. 2001. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

21.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Curso Básico de Microbiologia do Solo: Biologia molecular e genética de microrganismos. 2001. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
ASSEF, A. P. D. C.; GOMES, M. F. C.; ALBANO, R. M.; NICOLÁS, M. F.. Participação em banca de THIAGO GIANNINI RAMOS. Reconstrução da Rede Metabólica da Pseudomonas aeruginosa CCBH4851. 2018. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

2.
Vasconcelos, Ana T R; Nicolás, Marisa F; CERQUEIRA, F. R.. Participação em banca de Caio Godinho. Predição in silico de RNAs não codificantes na bactéria Mycoplasma hyopneumoniae. 2014. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

3.
Dardenne L E; Nicolás, Marisa F; SOUZA, O. N.. Participação em banca de Karina Baptista dos Santos. Predição de estruturas de proteínas utilizando restrições de ângulos diedrais. 2014. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

4.
Reinert F; Nicolás, Marisa F. Participação em banca de Mauricio Wolf Wilwerth. Desenvolvimento de ferramentas moleculares para análise de Laguncularia racemosa e a caracterização preliminar do seu transcriptoma. 2013. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia Vegetal) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

5.
SCHRAGO GUERRA, C; NICOLÁS, Marisa Fabiana; D´Andrea P; Soares M A. Participação em banca de Alexandro Guterres da Silva. Análise da diversidade genética no segmento genômico S completo dos hantavirus identificados no Brasil. 2012. Dissertação (Mestrado em Modelagem Molecular com ênfase em Bioinformática) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

6.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; Viccini LF; Santos de Oliveira, M. Participação em banca de Fernanda Alves de Freita Guedes. Pirossequenciamento de transcriptoma foliar de Lippia alba com o 454 GS FLX (Roche). 2011. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

7.
Schrank A; NICOLÁS, Marisa Fabiana; VASCONCELOS, A. T. R.. Participação em banca de Rangel Celso Souza. Sistema de comparação de genomas de procariótos - SCGP. 2011. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

8.
Dardenne L E; SANTANNA, C. M.; NICOLÁS, Marisa Fabiana. Participação em banca de Luiz Phillippe Ribeiro Baptista. Modelagem molecular da ribose-5-fosfato isomerase de Leishmania major e de Homo sapiens: predição de estruturas e estudos de atracamento moleular. 2011. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

9.
Dardenne L E; Manssour Fraga C A; SANTANNA, C. M.; NICOLÁS, Marisa Fabiana. Participação em banca de Isabella Alvim Guedes. Estudo Estrutural e de Propriedades de Reconhecimento Receptor-Ligante dos Alvos IKK-1, IKK-2 e MAPKp38 Utilizando Técnicas de Modelagem Molecular. 2011. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

10.
Thompson F; NICOLÁS, Marisa Fabiana; DINIZ, C.. Participação em banca de Antonio Alves Santos Neto. Análise da expressão gênica da bactéria marinha Vibrio parahaemolyicus em N-acetilglicosamina por meio de microarranjos e biologia computacional. 2010. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

11.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; SCHRAGO GUERRA, C; VOLOCH, C M. Participação em banca de Raquel Lopes Costa. Filodinâmica e evolução molecular dos sorotipos de virus da Dengue. 2010. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

12.
Thompson F; BROCCHI, M.; NICOLÁS, Marisa Fabiana. Participação em banca de Graciela Maria Dias. Genômica comparativa de Vibrios. 2010. Dissertação (Mestrado em Modelagem Molecular com ênfase em Bioinformática) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

13.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; BARCELLOS, F. G.; HUNGRIA, M.. Participação em banca de Leandro Pereira Godoy. Panorama genômico da estirpe SEMIA 5079 (=CPAC 15) de Bradyrhizobium japonicum, recomendada comercialmente para a cultura da soja (Glycine max (L.) Merr.). 2007. Dissertação (Mestrado em Microbiologia) - Universidade Estadual de Londrina.

14.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; SADAKIS, H. O.; HUNGRIA, M.. Participação em banca de Maria Aparecida dos Santos. Identificação de QTL associados à simbiose entre Bradyrhizobium japonicum, B. elkanii e a soja [Glycine max (L.) Merr.]. 2005. Dissertação (Mestrado em Microbiologia) - Universidade Estadual de Londrina.

15.
SILVA, M. G. G.; NICOLÁS, Marisa Fabiana; SADAKIS, H. O.; HUNGRIA, M.. Participação em banca de Mariana Gomes Germano Silva. Avaliação da Diversidade Genética de Bradyrhizobium pela Análise de Genes Ribossomais. 2003 - Universidade Estadual de Londrina.

16.
ELIAS NETO, N.; NICOLÁS, Marisa Fabiana; LOUREIRO, M. F.; CASSETARI NETO, D.. Participação em banca de Nicolau Elias Neto. Estudo da reprodução vegetativa, fenologia e marcadores moleculares na leguminosa Discolobium, nativa do pantanal Mato-Grossense. 2003. Dissertação (Mestrado em Agricultura Tropical) - Universidade Federal de Mato Grosso.

Teses de doutorado
1.
ASSEF, A. P. D. A. C.; TSCHOEKE, D. A.; NICOLÁS, M. F.; SUFFYS, P. N.. Participação em banca de MELISE CHAVES SILVEIRA. Estudo in silico da diversidade entre enzimas responsáveis pela resistência bacteriana a diferentes classes de antimicrobianos com foco principal em beta-lactamases. 2018. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

2.
Dominique Garcia; NICOLÁS, M. F.. Participação em banca de Daniela Martins Koop. Genômica funcional e estudos da histo-citológicos da interação Hevea brasiliensis-Microcyclus ulei. 2016. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Santa Cruz.

3.
DARDENNE, L. E.; Nicolás, Marisa F; BISCH, P. M.; Antônio Francisco Pereira de Araújo. Participação em banca de Gregório Kappaun Rocha. Desenvolvimento de Metodologias para Predição de Estruturas de Proteínas Independente de Moldes. 2015. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

4.
SCHULZE, B. R.; Nicolás, Marisa F; MURY, A. R.; SOUZA, J. N.; VIOT, J.. Participação em banca de Mariza Ferro. Avaliação de Sistemas de Computação Científica Distribuída de Alto Desempenho: Uma metodologia voltada aos requisitos das aplicações científicas. 2015. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

5.
Rosangela Maria de Castro Cunha; Nicolás, Marisa F; Ana Carolina Morais Apolônio; Adriana G de Oliveira; DINIZ, C.. Participação em banca de Thiago César Nascimento. Aspectos epidemiológicos, fisiológicos e moleculares da resistência à oxacilina em Staphylococcus aureus e avaliação da sua susceptibilidade a novas moléculas sintéticas. 2014. Tese (Doutorado em Saúde) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

6.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; BARCELLOS, F. G.; Ogata S; Nogueira M A; HUNGRIA, M.. Participação em banca de Jesiane Stefânia da Silva Batista. Análise proteômica de Bradyrhizobium japonicum. 2010.

7.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; HUNGRIA, M.; BARCELLOS, F. G.; ANDRADE, D. S.; FURLANETO, M.. Participação em banca de Fabiana G. DA SILVA PINTO. Analise genómica e biodiversidade de Rhizobium tropici. 2007. Tese (Doutorado em Microbiologia) - Universidade Estadual de Londrina.

Qualificações de Doutorado
1.
NICOLÁS, M. F.; BARRETO, A. S.. Participação em banca de Felipe Dalvi Garcia. Modelagem Computacional da Dinâmica de Interação entre a α-Sinucleína e a Mitocôndria na Origem da Doença de Parkinson. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

2.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; VASCONCELOS, A. T. R.; Zivane A. Participação em banca de Raquel Lopes Costa. Ambiente computacional para modelagem e análise de redes de regulação gênica. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica.

Qualificações de Mestrado
1.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Participação em banca de Mauricio Wolf Wilverth. Desenvolvimento de ferramentas moleculares para o biomonitoramento da flora em mangezales. 2012. Exame de qualificação (Mestrando em Biotecnologia Vegetal) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
Ruiz J; Setubal JC; Nicolás, Marisa F. Pesquisador em Saúde Pública da Fundação Osvaldo Cruz. 2014. Fundação Oswaldo Cruz.

2.
Zingali Russolina; Bonafe Carlos; NICOLÁS, Marisa Fabiana. Professor Auxiliar, Setor de Biologia Estrutural. 2013. Universidade Federal do Rio de Janeiro.

3.
BARBOSA, H. J.; NICOLÁS, M. F.; RUSSO, C. A.; GARRATT, R. C.; Pedro A. Galante; Wilson A. da Silva Junior. Tecnologista Pleno 3-I na área de Bioinformática. 2012. Laboratório Nacional de Computação Científica.

4.
Antônio Francisco Pereira de Araújo; Fernando Luis Barroso da Silva; Luiz Bevilacqua; NICOLÁS, Marisa Fabiana; Márcio Francisco Colombo; Osmar Norberto de Souza. Tecnologista Pleno 2 na Área de Biofísica Molecular Computacional. 2012. Laboratório Nacional de Computação Científica.

Outras participações
1.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; BASTOS, C J P; NUNES, J. M. C.. Seleção Professor Substituto. 2008. Universidade Federal da Bahia.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
28º Congresso Brasileiro de Microbiologia CBM 2015. TRANSCRIPTOME PROFILING ANALYSIS OF KLEBSIELLA PNEUMONIAE PLASMID GENES IN RESPONSE TO POLYMYXIN B. 2015. (Congresso).

2.
XXXII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. trilha de bioinformática no VI e-Science workshop. 2012. (Congresso).

3.
III Seminários Avançados em Tecnologia de Microarrays e Next Generation Sequencing.Desvendando a virulência de um isolado de surto hospitalar de Klebsiella pneumoniae através da análise por pirossequenciamento. 2011. (Seminário).

4.
X-meeting 2011. Initial metabolic reconstruction of Klebsiella pneumoniae Kp13, a multidrug resistant pathogen involved in nosocomial outbreaks in Brazil. 2011. (Congresso).

5.
1st international Conference on Bioinformatics SoiBio. Identificación y análisis de secuencias codificadas con atributos en conflictos en genomas de procariotas. 2010. (Congresso).

6.
EMBO Meeting 2010. 2010. (Congresso).

7.
Plataformas da Segunda Geração de Sequênciamento High-Throughput de DNA.Plataforma 454 de Segunda Geração de Sequênciamento de DNA no LNCC. 2009. (Encontro).

8.
Workshop sobre sequenciamento de nova geração.Plataforma GS FLX Roche/454 Life Sience na UGC/LNCC. 2009. (Encontro).

9.
FEMS 2006 Congress of European Microbiologist. The annotation of microbial proteins in Swiss-Prot. 2006. (Congresso).

10.
Global Dialogues on Emerging Science and Technology (GDEST) Conference on Bioinformatics. 2006. (Simpósio).

11.
In-silico Analysis of Proteins: Celebrating the 20th Anniversary of Swiss-Prot (Congresso) 2006. HAMAP Brazil and bacterial pathogens. 2006. (Congresso).

12.
ISMB/ X-meeting 2006. 2006. (Congresso).

13.
XXIII Congresso Brasileiro de Microbiologia - CBM 2005. Análise de proteínas no Swiss-Prot/UniProt DataBase: Swiss-Prot Brasil and the annotation of proteins form pathogenic bacteria. 2005. (Congresso).

14.
XXII Reunión Latinoamericana de Rhizobiologia & I Reunião Nacional de Fixação Biológica de Nitrogênio. Relar 2004.. XXII Reunión Latinoamericana de Rhizobiologia & I Reunião Nacional de Fixação Biológica de Nitrogênio. Relar 2004.. 2004. (Congresso).

15.
XXVI Reunião Brasileira de Fertilidade do Solo, X Reunião Brasileira sobre Micorrizas, VIII Simpósio Brasileiro de Microbiologia do Solo e V Reunião Brasileira de Biologia do Solo. FertBio 2004. 2004. (Congresso).

16.
XXII Congresso Brasileiro de Microbiologia. XXII Congresso Brasileiro de Microbiologia. 2003. (Congresso).

17.
XXI Reunión Latinoamericana de Rhizobiologia y VI Congreso Nacional de la FBN. XXI Reunión Latinoamericana de Rhizobiologia y VI Congreso Nacional de la FBN. 2002. (Congresso).

18.
Braziliam International Genome Conference. 2001. (Congresso).

19.
XXI Congresso Brasileiro de Microbiologia. Caracterização de Isolados de Chromobacterium da região Amazônica. 2001. (Congresso).

20.
XII International Congress on Nitrogen Fixation. XII International Congress on Nitrogen Fixation. 1999. (Congresso).

21.
XXI Reunião de Genética de Microrganismos.XXI Reunião de Genética de Mirorganismos. 1997. (Simpósio).

22.
Reunión Latinoamericana de Rhizobiologia. XVIII Reunión Latinoamericana de Rhizobiologia. 1996. (Congresso).

23.
VIII Seminário Regional de Ecologia.VIII Seminário Regional de Ecologia. 1996. (Seminário).

24.
Simpósio Nacional de Recursos Genéticos. 1995. (Simpósio).

25.
XVIII SECITAP - Semana de Ciência e Tecnologia Agropecuária. 1993. (Encontro).

26.
XVI Reunión Latinamericana de Rhizobiologia.XVI Reunión Latinamericana de Rhizobiologia. 1992. (Simpósio).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; CANTÃO, M . Curso CBAB/CABBIO 2017: Ferramentas de Bioinformática para Análise de Dados de RNA-seq. 2017. (Outro).

2.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; CANTÃO, M . Curso CBAB/CABBIO 2016: Ferramentas de Bioinformática Aplicadas às Análises de Sequências de RNA-seq. 2016. (Outro).

3.
Nicolás, Marisa F; Cantão, Mauricio E . Curso CBAB/CABBIO 2015: Ferramentas de Bioinformática Aplicadas às Análises de Sequências de RNA-seq. 2015. (Outro).

4.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; Quispe Saji, Guadalupe del Rosario . Vinda e atividades do pesquisador Dario Fernandez do Porto (Universidad de Buenos Aires UBA). 2015. (Outro).

5.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Vinda e atividades do aluno de intercambio Martín Soñora Grecco (Facultad de Ciencias - UDeLaR, Universidad de la República, Uruguay). 2014. (Outro).

6.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; Cantão, Mauricio E . Curso CBAB/CABBIO 2014 "Ferramentas de Bioinformática Aplicadas às Sequências Transcriptômicas". 2014. (Outro).

7.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; Quispe Saji, Guadalupe del Rosario ; Custódio MGF . Vinda e atividades da aluna Natalia Lizeth Acosta Vega (Instituto Nacional de Cancerologia) Colombia. 2014. (Outro).

8.
Nicolás, Marisa F; Cantão, Mauricio E . Curso CBAB/CABBIO 2013 "Ferramentas de Bioinformática Aplicadas às Análises de Sequências Transcriptômicas". 2013. (Outro).

9.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; CANTÃO, M ; VASCONCELOS, A. T. R. . Curso CBAB/CABBIO 2012 "Ferramentas de Bioinformática Aplicadas às Análises de Sequências Transcriptômicas e Metagenômicas". 2012. (Outro).

10.
E Ogasawara ; E Bezerra ; Porto F ; NICOLÁS, Marisa Fabiana . VI workshop e-Science 2012. 2012. (Congresso).

11.
Porto F ; NICOLÁS, M. F. . V Brazilian E-Science Workshop. 2011. (Congresso).

12.
Nicolás, Marisa F; CANTÃO, M ; VASCONCELOS, A. T. R. . Curso CBAB/CABBIO 2011 ?Ferramentas de Bioinformática Aplicadas à Análise de Sequências Genômicas, Metagenômicas e Transcriptômicas. 2011. (Outro).

13.
VASCONCELOS, A. T. R. ; NICOLÁS, Marisa Fabiana ; CANTÃO, M ; BARCELLOS, F. G. . Curso CBAB/CABBIO 2010 "Análise metagenômica com o uso das plataformas avançadas de segunda geração de sequenciamento de DNA". 2010. (Outro).

14.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Vinda e atividades do professor visitante Dominique Garcia (CIRAD, França). 2010. (Outro).

15.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Vinda e atividades do aluno visitante Esteban Omar Lanzarotti (UBA, Argentina). 2010. (Outro).

16.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Vinda e atividades do professor visitante Jorge Teodoro de Souza (Universidade Federal do Recôncavo da Bahia, Cruz das Almas). 2010. (Outro).

17.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Curso para a anotação do genoma de Klebsiella pneumoniae KP13. 2010. (Outro).

18.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; DE PAULA, L. G. ; CANTÃO, M . Vinda e atividades da professora visitante Ana Cristina Gales (UNIFESP, São Paulo). 2010. (Outro).

19.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Vinda e atividades da professora visitante Eliana Vespero (UEL, Londrina). 2010. (Outro).

20.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Vinda e atividades da aluna Carolina Polano (UEL, Londrina). 2010. (Outro).

21.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; DE PAULA, L. G. ; CANTÃO, M . Vinda e atividades da professora visitante Renata Picão (UNIFESP, São Paulo). 2010. (Outro).

22.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; DE PAULA, L. G. ; CANTÃO, M . Vinda e atividades do aluno Danilo Elias Xavier (UNIFESP, São Paulo). 2010. (Outro).

23.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Vinda e atividades do pesquisador Juliano Tomazzoni Boldo (UFRGS, Porto Alegre). 2010. (Outro).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Juliana Simas Coutinho Barbosa. Modelagem de redes regulatórias em isolados clinicos de bactérias patogênicas. Início: 2016. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

2.
Rodrigo Colpo. Reconstrução metabólica autómatica e de precisão utilizando ferramenta de gap filling baseada em dados experimentais de crescimento celular e de essencialidade gênica. Início: 2016. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Maiana Oliveira Cerqueira Costa. Reconstrução de redes regulatórias integrada com modelos metabólicos sob a perspectiva evolutiva da linhagem ST239 do patógeno Staphylococcus aureus.. Início: 2012. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

Supervisão de pós-doutorado
1.
Guadalupe del Rosario Quispe Saji. Início: 2016. Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Márlon Gregori Flores Custódio. Análise bioinformática do perfil de transcritos de Klebsiella pneumoniae através de dados de RNA-seq. 2015. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Marisa Fabiana Nicolás.

2.
Julliane Dutra Medeiros. Análise da diversidade genética e função da comunidade microbiana das águas do Córrego São Pedro, comparando duas regiões com diferentes níveis de urbanização. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências Biológicas) - Universidade Federal de Juiz de Fora, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Marisa Fabiana Nicolás.

3.
Maiana de Oliveira Cerqueira e Costa. Genômica comparativa de variantes de Staphylococcus aureus MRSA com diferentes padrões de bio lme isolados no Brasil. 2012. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Marisa Fabiana Nicolás.

4.
Pablo Ivan Pereira Ramos. An álise Genômica Comparativa e Reconstru ção Metab olica de Klebsiella pneumoniae Kp13. 2012. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Marisa Fabiana Nicolás.

5.
Nicholas Costa Barroso Lima. Abordagem Computacional para Detecção e Análise de Polimorfismos de Nucleotídeos Únicos (SNPs) em Genomas Bacterianos. 2011. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Marisa Fabiana Nicolás.

6.
Guadalupe del Rosario Quispe Saji. Identificação e Análise de Sequências Codificantes com Atributos Conflitantes em Genomas Procariotos. 2010. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Marisa Fabiana Nicolás.

7.
Diogo dos Santos Netto. Construção de um banco de dados para análise de sistemas de secreção de tipo IV (T4SS). 2008. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Marisa Fabiana Nicolás.

8.
Maria Aparecida dos Santos. Identificação de QTL associados à simbiose entre Bradyrhizobium japonicum, B. elkanii e a soja [Glycine max (L.) Merr.]. 2005. 87 f. Dissertação (Mestrado em Microbiologia) - Universidade Estadual de Londrina, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Marisa Fabiana Nicolás.

Tese de doutorado
1.
Pablo Ivan Pereira Ramos. Transcritoma da resposta de Klebsiella pneumoniae à polimixina B e abordagem computacional para priorização de alvos moleculares. 2016. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Marisa Fabiana Nicolás.

2.
Guadalupe del Rosario Quispe Saji. Predição de interações de redes regulatórias transcricionais (TRNs) usando sistemas de aprendizagem automatizado a partir de dados de expressão de RNA-seq-bacteriano.. 2016. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Marisa Fabiana Nicolás.

3.
Fernanda Alves de Freita Guedes. Análise transcriptômica e interatômica de diferentes espécies de Hevea brasiliensis inoculadas com Microcyclus ulei. 2015. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Marisa Fabiana Nicolás.

4.
Ana Maria Nunes Botelho. Genômica Comparativa de Amostras de Staphylococcus aureus Resistentes à Meticilina Pertencentes à Linhagem ST239-SCCmecIII Com Diferentes Fenótipos de Formação de Biofilme. 2015. Tese (Doutorado em Ciências (Microbiologia)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Marisa Fabiana Nicolás.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Pedro Assis Ribeiro de Castro. Descrição, caracterização e construção de mapas metabólicos dos genes envolvidos na fixação biológica de nitrogênio, nif e fix, de Bradyrhizobium japonicum USDA 110, através dos dados re-anotados do genoma.. 2005. 0 f. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Biologia) - Universidade Santa Úrsula. Orientador: Marisa Fabiana Nicolás.

Iniciação científica
1.
Leonardo Carvalho GaIlharco Morgado (co-orientado). Modelagem do crescimento da bactéria patogênica Staphylococcus aureus N315 com a análise de balanço de fluxo (FBA). 2015. Iniciação Científica - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Marisa Fabiana Nicolás.

2.
Thiago Cardoso. Bioinformática Aplicada às Análises de sequências transcriptômicas de Klebsiella pneumoniae. 2015. Iniciação Científica - Laboratório Nacional de Computação Científica, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Marisa Fabiana Nicolás.

3.
Gisele Luchetti. Análises de sequências transcriptômicas de plasmideos de Klebsiella pneumoniae. 2015. Iniciação Científica - Laboratório Nacional de Computação Científica, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Marisa Fabiana Nicolás.

Orientações de outra natureza
1.
Nicholas Costa Barroso Lima. Workflow de detecção de polimorfismos em sequências de genomas bacterianos. 2013. Orientação de outra natureza - Laboratório Nacional de Computação Científica, Ministerio da Ciência, Tecnologia e Inovação. Orientador: Marisa Fabiana Nicolás.



Inovação



Projetos de pesquisa

Projeto de desenvolvimento tecnológico


Educação e Popularização de C & T



Artigos
Artigos completos publicados em periódicos
1.
Souza, Rangel C2012Souza, Rangel C ; Quispe Saji, Guadalupe del Rosario ; Costa, Maiana O C ; Netto, Diogo S ; Lima, Nicholas C B ; Klein, Cecília C ; Vasconcelos, Ana T R ; Nicolás, Marisa F . AtlasT4SS: A curated database for type IV secretion systems. BMC Microbiology (Online), v. 12, p. 172, 2012.


Apresentações de Trabalho
1.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. High-throughput sequencing no Laboratório de Genômica Computacional (UGC). 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Bioinformática: predição e anotação de genes. Em: Genômica, Evolução e Diversidade Bacteriana. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

3.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Estudo do genoma de Klebsiella pneumoniae KPC. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

4.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Desvendando a virulência de Klebsiella pneumoniae Kp13 através da análise genômica.. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Desvendando a virulência de um isolado de surto hospitalar de Klebsiella pneumoniae Carbapenemase (KPC) através da análise por pirossequenciamento.. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

6.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. O mundo dos microorganismos. Fique por dentro do LNCC. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

7.
NICOLÁS, Marisa Fabiana. Genômica comparativa de procariotos: Avanços biotecnológicos. 2012. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Nicolás, Marisa F; Cantão, Mauricio E . Curso CBAB/CABBIO 2013 "Ferramentas de Bioinformática Aplicadas às Análises de Sequências Transcriptômicas". 2013. (Outro).

2.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; Cantão, Mauricio E . Curso CBAB/CABBIO 2014 "Ferramentas de Bioinformática Aplicadas às Sequências Transcriptômicas". 2014. (Outro).

3.
NICOLÁS, Marisa Fabiana; CANTÃO, M . Curso CBAB/CABBIO 2017: Ferramentas de Bioinformática para Análise de Dados de RNA-seq. 2017. (Outro).



Outras informações relevantes


Nome nas Citações no Web of Science (ISI): Nicolas M (UniProt) e Nicolas MF.



Página gerada pelo Sistema Currículo Lattes em 12/12/2018 às 8:38:40