Leonardo Varuzza

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  • Última atualização do currículo em 24/07/2017


Possui graduação em Bacharelado em Física pela Universidade de São Paulo (2003) e doutorado em Bioinformática pela Universidade de São Paulo (2008). Atualmente é Field Bioinformatics Scientist na Life Tecnologies do Brazil, atuando em toda a América Latina. Tem experiência na área de Bioinformática, atuando principalmente nos seguintes temas: análise de sequências, montagem de genomas e sequenciadores de nova geração. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Leonardo Varuzza
Nome em citações bibliográficas
VARUZZA, L.;Varuzza, Leonardo

Endereço


Endereço Profissional
Life Tecnologies.
Av. do Café, 277 Torre A 1o Andar
Vila Guarani
04311000 - São Paulo, SP - Brasil - Caixa-postal: 04311000
Telefone: (11) 50709635
URL da Homepage: http://www.appliedbiosystems.com.br/


Formação acadêmica/titulação


2003 - 2008
Doutorado em Bioinformática.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Métodos Estatísticos para Análise de Bibliotecas Digitais de Expressão Gênica, Ano de obtenção: 2008.
Orientador: Carlos Alberto de Braganca Pereira.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: expressão gênica; simplex; SAGE; Teste de significância; FBST.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Probabilidade e Estatística / Subárea: Probabilidade e Estatística Aplicadas.
Setores de atividade: Informática.
2000 - 2003
Graduação em Bacharelado em Física.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.




Formação Complementar


2005 - 2005
Curso de GUS. (Carga horária: 45h).
Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil.


Atuação Profissional



Life Tecnologies, LIFE TEC, Brasil.
Vínculo institucional

2009 - Atual
Vínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Bioinformata, Carga horária: 40


BuscaPé.com INC, BUSCAPÉ, Brasil.
Vínculo institucional

2008 - 2009
Vínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Programador Pleno, Carga horária: 40



Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação/Especialidade: Software Básico.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Engenharia de Software.
4.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Banco de Dados.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
DEZAN, MARCIA R.2017DEZAN, MARCIA R. ; RIBEIRO, INGRID HELENA ; OLIVEIRA, VALÉRIA B. ; VIEIRA, JULIANA B. ; GOMES, FRANCISCO C. ; FRANCO, LUCAS A.M. ; Varuzza, Leonardo ; RIBEIRO, ROBERTO ; CHINOCA, KAREN ZIZA ; LEVI, JOSÉ EDUARDO ; KRIEGER, JOSÉ EDUARDO ; PEREIRA, ALEXANDRE COSTA ; GUALANDRO, SANDRA F.M. ; ROCHA, VANDERSON G. ; MENDRONE-JUNIOR, ALFREDO ; SABINO, ESTER CERDEIRA ; DINARDO, CARLA LUANA . RHD and RHCE genotyping by next-generation sequencing is an effective strategy to identify molecular variants within sickle cell disease patients. Blood Cells, Molecules & Diseases (Print), v. 1, p. S10799796173004, 2017.

2.
NISHIBE, C.2013NISHIBE, C. ; CANEVARI CASTELAO, A. B. ; DALLA COSTA, R. ; PINTO, B. J. ; VARUZZA, L. ; CATALDI, A. A. ; BERNARDELLI, A. ; BIGI, F. ; BLANCO, F. C. ; ZUMARRAGA, M. J. ; ALMEIDA, N. F. ; ARAUJO, F. R. . Draft Genome Sequence of Mycobacterium bovis 04-303, a Highly Virulent Strain from Argentina. Genome Announcements, v. 1, p. e00931-13-e00931-13, 2013.

3.
Ramos, Rommel Thiago Jucá2013Ramos, Rommel Thiago Jucá ; Carneiro, Adriana Ribeiro ; de Castro Soares, Siomar ; Barbosa, Silvanira ; VARUZZA, L. ; ORABONA, GUILHERME ; Tauch, Andreas ; Azevedo, Vasco ; Schneider, Maria Paula ; SILVA, A. . High efficiency application of a mate-paired library from Next-Generation Sequencing to PostLight sequencing: Corynebacterium pseudotuberculosis as a case study for microbial de novo genome assembly. Journal of Microbiological Methods, v. 95, p. 441-447, 2013.

4.
Novaes, Jeniffer2012Novaes, Jeniffer ; RANGEL, L. T. L. D. ; FERRO, M. ; Abe, Ricardo Y. ; Manha, Alessandra P.S. ; de Mello, Joana C.M. ; VARUZZA, L. ; Durham, Alan M. ; Madeira, Alda Maria B.N. ; Gruber, Arthur . A comparative transcriptome analysis reveals expression profiles conserved across three Eimeria spp. of domestic fowl and associated with multiple developmental stages. International Journal for Parasitology, v. 42, p. 39-48, 2012.

5.
VARUZZA, L.;Varuzza, Leonardo2010 VARUZZA, L.; Carlos A de B. Pereira . Significance test for comparing digital gene expression profiles: Partial likelihood application. Chilean Journal of Statistics, v. 1, p. 91-102, 2010.

6.
Ribeiro-dos-Santos, Ândrea2010Ribeiro-dos-Santos, Ândrea ; Khayat, André S. ; Silva, Artur ; Alencar, Dayse O. ; Lobato, Jessé ; Luz, Larissa ; Pinheiro, Daniel G. ; VARUZZA, L. ; Assumpção, Monica ; Assumpção, Paulo ; Santos, Sidney ; Zanette, Dalila L. ; Silva, Wilson A. ; Burbano, Rommel ; Darnet, Sylvain . Ultra-Deep Sequencing Reveals the microRNA Expression Pattern of the Human Stomach. Plos One, v. 5, p. e13205, 2010.

7.
Silveira, Nelson JF2008Silveira, Nelson JF ; VARUZZA, L. ; Machado-Lima, Ariane ; Lauretto, Marcelo S ; Pinheiro, Daniel G ; Rodrigues, Rodrigo V ; Severino, Patricia ; Nobrega, Francisco G ; Gencapo, Head and Neck Genome Project ; Silva Jr, WA ; de B Pereira, Carlos A ; Tajara, Eloiza H . Searching for molecular markers in head and neck squamous cell carcinomas (HNSCC) by statistical and bioinformatic analysis of larynx-derived SAGE libraries. BMC Medical Genomics, v. 1, p. 56, 2008.

8.
Ricardo Z. N. Vêncio2007 Ricardo Z. N. Vêncio ; VARUZZA, L. ; Carlos A de B. Pereira ; Helena Paula Brentani ; Ilya Shmulevich . Simcluster: clustering enumeration gene expression data on the simplex space. BMC Bioinformatics, v. 8, p. 246, 2007.

9.
DURHAM, A. M.2005 DURHAM, A. M. ; KASHIWABARA, A. Y. ; Matsunaga, T. G. ; Ahagon, P. H. ; Rainone, F. ; VARUZZA, L. ; GRUBER, A. . EGene: a configurable pipeline generation system for automated sequence analysis.. Bioinformatics (Oxford), v. 21, p. 2812-2813, 2005.

10.
BRUNSTEIN, A.2004BRUNSTEIN, A. ; VARUZZA, L. ; Gerdine, F. O. ; Briones, M. R. S. . Changes in G+C content of a neutrally evolving gene under a non-reversible dynamics measured by computer simulations based on experimental evolution data. Genetics and Molecular Biology, v. 27, p. 632-636, 2004.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
NOVAES, J. G. D. ; VARUZZA, L. ; NAGAO, L. T. ; Sobreira, T. P. ; KASHIWABARA, A. Y. ; Pereira, C. A de B. ; DURHAM, A. M. ; Madeira, A. M. B. N. ; GRUBER, A. . Long SAGE (Serial Analysis of Gene Expression) in Eimeria tenella - A preliminary study. In: XXI Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 2005, Caxambu. XXI Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology, 2005. p. 105-105.

2.
NOVAES, J. G. D. ; KASHIWABARA, A. Y. ; VARUZZA, L. ; NAGAO, L. T. ; Sobreira, T. P. ; Manha, A. P. dos S. ; Fernandez, S. ; DURHAM, A. M. ; GRUBER, A. ; Madeira, A. M. B. N. . Survey of Eimeria spp. transcripts using Open Reading Frame ESTs (ORESTES). In: The IXth International Coccidiosis Conference, 2005, Foz do Iguaçu. The IXth International Coccidiosis Conference, 2005. p. 150-150.

Apresentações de Trabalho
1.
VARUZZA, L.; Carlos A de B. Pereira . Comparative Gene Expression. 2008. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

2.
VARUZZA, L.; GRUBER, A. ; Carlos A de B. Pereira . Significance Tests for comparing digital gene expression profiles. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

3.
VARUZZA, L.; LAURETTO, M. S. ; Helena Paula Brentani ; Carlos A de B. Pereira . Significance Index for Digital Expression. 2007. (Apresentação de Trabalho/Congresso).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
VARUZZA, L.. cl-randist. 2008.

2.
VARUZZA, L.; Carlos A de B. Pereira . KempBasu: significance indexes for comparing digital gene profiles. 2008.

3.
VARUZZA, L.; Vêncio, R. N. Z. ; Pereira, C. A de B. . Simcluster: Cluster software for Simplex data. 2006.



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
Artur Silva; Varuzza, Leonardo; AZEVEDO, V. A. C.; Darnet, Sylvain. Participação em banca de Rommel Thiago Jucá Ramos. Desenvolvimento de um suite de Aplicativos computacionais para suporte a montagem de genomas bacterianos a partir de leituras curtas. 2011. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

2.
VARUZZA, L.; Artur Silva; AZEVEDO, V. A. C.. Participação em banca de Louise Teixeira Cerdeira. Montagem Ab Initio de um genoma procarioto utilizando sequências curtas de uma biblioteca pareada: caso de estudo Corynebacterium pseudotuberculosis, linhagem I19. 2011. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.




Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
28th International Workshop on Bayesian Inference and Maximum Entropy Methods.Comparative Gene Expression. 2008. (Simpósio).

2.
X-meeting. Significance Tests for comparing digital gene expression profiles. 2008. (Congresso).

3.
Genome Informatics. Significance Index for Digital Gene Expression. 2007. (Congresso).

4.
The IXth International Coccidiosis Conference. Survey of Eimeria spp. transcripts using Open Reading Frame ESTs (ORESTES). 2005. (Congresso).

5.
X-meeting. Analyses of Eimeria sp. Orestes Data. 2005. (Congresso).

6.
ICoBiCoBi. Otimização de ramos em árvores filogenéticas. 2003. (Congresso).




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