Daniel Guariz Pinheiro

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  • Última atualização do currículo em 31/10/2018


Possui graduação (Bacharelado) em Ciência da Computação pela Universidade Paulista (2001) e pós-graduação (Doutorado) em Ciências (Genética/Bioinformática) pela Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - Universidade de São Paulo (2009), Pós-Doutorado (FAPESP) na área de Bioinformática aplicada à Biologia do Desenvolvimento de Abelhas na Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (FFCLRP-USP) (2012). Foi bolsista CNPq DTI-1, atuando na área de Bioinformática aplicada à Genética Humana e Médica na Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP-USP) (2010). Atualmente é Professor na Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV - Unesp). Tem experiência na área de Bioinformática, atuando principalmente nos seguintes temas: Genômica, Genômica do Câncer, Transcritômica e Expressão Gênica, Serial Analysis of Gene Expression (SAGE), microarrays, Next-Generation Sequencing (NGS). Publicações no PubMed: http://goo.gl/TIbMC. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Daniel Guariz Pinheiro
Nome em citações bibliográficas
PINHEIRO, D. G.;Pinheiro, D.;Pinheiro, Daniel;Pinheiro, Daniel G;Pinheiro, Daniel Guariz;Head Neck Genome Project/GENCAPO;PINHEIRO, D.G.;GUARIZ PINHEIRO, DANIEL

Endereço


Endereço Profissional
Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Departamento de Tecnologia.
Via de Acesso Prof. Paulo Donato Castellane, s/n
Vila Industrial
14884900 - Jaboticabal, SP - Brasil
Telefone: (16) 32097541
URL da Homepage: http://www.fcav.unesp.br/#!/departamentos/tecnologia/docentes/daniel-guariz-pinheiro/


Formação acadêmica/titulação


2004 - 2009
Doutorado em Ciências Biológicas (Genética).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Desenvolvimento de uma Plataforma Integrativa para Depuração e Análise de Dados de Expressão Gênica, Ano de obtenção: 2009.
Orientador: Wilson Araújo da Silva Junior.
Palavras-chave: Bioinformática; Serial Analysis of Gene Expression.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
1998 - 2001
Graduação em Ciência da Computação.
Universidade Paulista, UNIP, Brasil.
1996 - 1997
Curso técnico/profissionalizante.
Colégio São Luís, SÃOLUÍS, Brasil.
1995 - 1997
Ensino Médio (2º grau).
E E Aurélio Arrôbas Martins, ESTADÃO, Brasil.


Pós-doutorado


2012
Pós-Doutorado.
Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (USP), FFCLRP, Brasil.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Bioinformática.


Atuação Profissional



Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (USP), FMRP, Brasil.
Vínculo institucional

2013 - Atual
Vínculo: Professor credenciado, Enquadramento Funcional: Professor Assistente Doutor

Atividades

12/2013 - Atual
Ensino, Genética, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
RGM5907 - Análise de Transcriptomas

Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, FCAV, Brasil.
Vínculo institucional

2014 - Atual
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Professor Assistente Doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Departamento de Tecnologia, Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV), Universidade Estadual Paulista "Júlio de Mesquita Filho" (UNESP)

Atividades

11/2017 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Departamento de Tecnologia, .

Cargo ou função
Membro Suplente do Conselho do Departamento de Tecnologia.
11/2017 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Programa de Pós-Graduação em Microbiologia, .

Cargo ou função
Membro Suplente do Conselho do Programa de Pós-Graduação em Microbiologia.
08/2017 - Atual
Extensão universitária , Departamento de Tecnologia, .

Atividade de extensão realizada
Coordenador do III Curso de Verão em Bioinformática.
08/2014 - Atual
Ensino, Microbiologia Agropecuária, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática Aplicada II: Análise de Transcritomas
Computação para Bioinformática
08/2014 - Atual
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Biologia Molecular Aplicada
4/2014 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Departamento de Tecnologia, .

04/2014 - Atual
Outras atividades técnico-científicas , Departamento de Tecnologia, Departamento de Tecnologia.

Atividade realizada
Administração dos computadores servidores.
11/2016 - 10/2017
Conselhos, Comissões e Consultoria, Departamento de Tecnologia, .

Cargo ou função
Membro Suplente do Conselho do Departamento de Tecnologia.
08/2016 - 07/2017
Extensão universitária , Departamento de Tecnologia, .

Atividade de extensão realizada
Coordenador do II Curso de Verão em Bioinformática.
08/2015 - 07/2016
Extensão universitária , Departamento de Tecnologia, .

Atividade de extensão realizada
Coordenador do I Curso de Verão em Bioinformática.

Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto (USP), FFCLRP, Brasil.
Vínculo institucional

2012 - 2014
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pós-Doutorando, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
[Título em Português] Abordagem integrativa in silico na análise causal do desenvolvimento de Apis mellifera [Classificação] Sub-área de Conhecimento: Outra Subárea Genética Especialidade: Bioinformática

Atividades

3/2012 - 2/2014
Pesquisa e desenvolvimento , Laboratório de Biologia do Desenvolvimento de Abelhas, .


Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, FUNDHERP, Brasil.
Vínculo institucional

2010 - 2012
Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Pesquisador (Bolsista), Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Área : GENÉTICA SubÁrea : GENÉTICA HUMANA E MÉDICA Modalidade/Nível : Desenvolvimento Tecnológico Industrial /1 Título do Projeto : ONCOGENÔMICA APLICADA À TERAPIA DE CARCINOMAS DE CABEÇA E PESCOÇO

Vínculo institucional

2008 - 2010
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Desenvolvedor (Bolsista), Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Participação em atividades de pesquisa no Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Centro de Terapia Celular (CEPID/FAPESP). Bolsa: Centro de Terapia Celular (CEPID/FAPESP).

Vínculo institucional

2005 - 2007
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Desenvolvedor (Bolsista), Carga horária: 40
Outras informações
Participação em atividades de pesquisa no Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Centro de Terapia Celular (CEPID/FAPESP). Bolsa: Centro de Terapia Celular (CEPID/FAPESP).

Vínculo institucional

2003 - 2004
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Desenvolvedor (Bolsista), Carga horária: 40
Outras informações
Participação em Projetos de Pesquisa no Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Centro de Terapia Celular. Bolsa:Treinamento Técnico (FAPESP/TT-4).

Vínculo institucional

2001 - 2003
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Desenvolvedor (Bolsista), Carga horária: 40
Outras informações
Estágio realizado no Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Centro de Terapia Celular. Participação em atividades de pesquisa no Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Centro de Terapia Celular (CEPID/FAPESP). Bolsa: Centro de Terapia Celular (CEPID/FAPESP).

Atividades

2/2008 - 2/2012
Outras atividades técnico-científicas , Centro de Terapia Celular, Centro de Terapia Celular.

Atividade realizada
Administração de sistemas computacionais.
1/2002 - 2/2012
Pesquisa e desenvolvimento , Centro de Terapia Celular, Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática.

1/2002 - 7/2007
Outras atividades técnico-científicas , Centro de Terapia Celular, Centro de Terapia Celular.

Atividade realizada
Administração de Sistemas Computacionais.
7/2001 - 12/2001
Estágios , Centro de Terapia Celular, Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática.

Estágio realizado
Participação em atividades de pesquisa.

Fundação Pio XII, FPXII, Brasil.
Vínculo institucional

2007 - 2008
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Analista Programador Sênior, Carga horária: 44

Atividades

08/2007 - 02/2008
Serviços técnicos especializados , Hospital de Câncer de Barretos, .

Serviço realizado
Desenvolvimento de sistemas de gestão hospitalar.

Hospital São Marcos S A, HSMS/A, Brasil.
Vínculo institucional

1996 - 1996
Vínculo: Estagiário, Enquadramento Funcional: Auxiliar Técnico ( C.P.D. ), Carga horária: 20

Atividades

11/1996 - 11/1996
Estágios , Hospital São Marcos S A, .

Estágio realizado
Estágio Técnico em Processamento de Dados.


Linhas de pesquisa


1.
Bioinformática Aplicada à Oncogenômica

Objetivo: Desenvolvimento de aplicações e estratégias para análises in silico de genomas provenientes de tumores humanos diversos..
2.
Bioinformática Aplicada à Genômica e Transcritômica

Objetivo: Desenvolvimento de aplicações e estratégias para análises in silico de dados de genomas e transcriptomas provenientes de amostras biológicas..
3.
Bioinformática Aplicada à Biologia do Desenvolvimento

Objetivo: Desenvolvimento de aplicações e estratégias para análises in silico de genomas e transcriptomas provenientes de espécies de abelhas para estudos de Ontogenia..
4.
Bioinformática Aplicada à Microbiologia

Objetivo: Desenvolvimento de aplicações e estratégias para análises in silico de biomoléculas provenientes de microrganismos de interesse agronômico..
5.
Bioinformática Aplicada à Genômica e Transcritômica

Objetivo: Desenvolvimento de aplicações e estratégias para análises in silico de genomas e transcriptomas provenientes de microrganismos de interesse agronômico..
6.
Genômica Funcional


Projetos de pesquisa


2018 - Atual
Aspectos Genéticos Da Qualidade, Eficiência E Sustentabilidade Da Produção De Carne Em Animais Da Raça Nelore
Descrição: De maneira geral, os rebanhos brasileiros precisam melhorar seus índices de eficiência e de qualidade do produto final que é a carne. Além disto, atualmente, existe uma preocupação mundial quanto ao aspecto da sustentabilidade da produção animal, o qual poderá ser melhorado por meio da seleção de animais que emitam menor quantidade de metano entérico para a atmosfera. O sequenciamento completo do genoma tem sido proposto como alternativa aos chips de SNPs, apresentando uma série de vantagens em relação aos mesmos, inclusive no processo de seleção genômica. . Assim, o presente projeto visa criar um banco de dados de emissão de metano entérico e utilizar um conjunto de informações de características de eficiência alimentar, qualidade de carne e carcaça bem como de reprodução, para realizar estudos genômicos com base em sequência completa do DNA, visando desenvolver tecnologias que permitam o melhor conhecimento biológico e o melhoramento da qualidade, eficiência e sustentabilidade da produção de bovinos da raça Nelore. A princípio, serão desenvolvidos os seguintes tópicos no projeto: a) Estudo genético-quantitativo de características relacionadas à emissão de metano entérico e suas associações genéticas com características de eficiência alimentar; b) Estudo da acurácia de imputação para a sequência completa a partir de animais genotipados com chips comerciais de SNPs; c) Estudo da caracterização do genoma do Nelore utilizando dados de sequenciamento; d) Estudo de associação genômica ampla para características de importância econômica utilizando a sequência completa do genoma; e) Estudo de seleção genômica realizada com base em dados de sequenciamento para características relacionadas com a qualidade, eficiência e sustentabilidade da produção de carne; f) Análise de expressão gênica de características relacionadas com eficiência alimentar (transcriptoma).
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2017 - Atual
Perfis metagenômicos de comunidades microbianas associadas a cana-de-açúcar sob cultivo orgânico versus convencional e prospecção de microrganismos promotores de crescimento em plantas
Descrição: Nos últimos anos, a agricultura industrial de cana-de-açúcar tem sido caracterizada por uma intensificação do uso de insumos agrícolas e expansão da monocultura. Por outro lado, há um aumento da demanda por produtos naturais mais saudáveis e sustentáveis. Nesse sentido, o cultivo orgânico tem sido considerado. Contudo, para suprir a demanda esse agroecossistema deve ser também produtivo e isso requer a adoção de práticas de manejo adequadas e que devem ser aprimoradas com maior conhecimento dos processos biogeoquímicos. Dentro desses processos, os microrganismos são os protagonistas, atuando em especial no solo e em associação com as plantas. Dessa forma, propomos a utilização de sequenciamento de DNA de alto rendimento para o estudo das comunidades de microrganismos associados à cana-de-açúcar, a fim de avaliar a diversidade de microrganismos e a estruturação dessa colonização nos tecidos e na rizosfera de plantas sob dois modos de cultivo (orgânico x convencional). Serão sequenciados amplicons (16S e ITS) de amostras da superfície ou no interior das raízes, colmos e folhas. Os dados serão analisados via abordagem de identificação taxonômica e predição de perfis funcionais, necessárias para a avaliação de diversidade e redes de co-ocorrências das Unidades Taxonômicas Operacionais encontradas. Também será realizado sequenciamento dos metagenomas das rizosferas, os quais serão analisados via abordagem de montagem e anotação taxonômica e gênica funcional. Além disso, pretendemos prospectar microrganismos promotores de crescimento em plantas por meio do cultivo de comunidades microbianas e avaliações bioquímicas e experimentais de inoculação em planta modelo (Setaria viridis). Dessa forma, pretendemos expandir o conhecimento a respeito da complexa relação entre microrganismos, planta e ambiente e, com isso, contribuir para o desenvolvimento de soluções para o problema de aumento de rendimento na produção sem prejuízos aos ecossistemas. Esse deve ser o caminho para obter sustentabilidade na agricultura.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Coordenador / Lúcia Maria Carareto Alves - Integrante / Eliana Gertrudes de Macedo Lemos - Integrante / Jairo Osvaldo Cazetta - Integrante / Maria Inês Tiraboschi Ferro - Integrante / Luis Guillermo Teheran Sierra - Integrante / Rafael Correia da Silva - Integrante / Michelli Inácio Gonçalves Funnicelli - Integrante / Maria Fernanda Zaneli Campanari - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 4
2017 - Atual
Nova vertente para descoberta de biomoléculas, lacases, com aplicação biotecnológica (LBMPMetaDB)
Descrição: Mineração de dados metagenômicos e genômicos tem crescido exponencialmente nos últimos anos, devido a grande quantidade de dados gerados pelo sequenciamento de nova geração entretanto há uma sobrecarga nas bases de dados utilizada para a análise. A estruturação de uma base de dados que permita entender analisar e possivelmente prospectar genes e organismos dentro do grupo de pesquisa daria mais velocidade para as pesquisas com a facilidade no acesso a grande informação contida nos genomas e metagenomas e assim auxiliar os grupos de pesquisa a explorar os resultados já obtidos em diversos estudos, com o objetivo de desvendar o inexplorado, tanto em nível de organismos como genes e metabolitos secundários. Assim, o objetivo desse projeto é implementar um sistema WEB para montagem e anotação de Metagenomas, através de pipelines testados pelo grupo, servindo como um sistema que possa ser utilizado para qualquer tipo de metagenoma de um banco local de genes a partir do resultado da mineração daqueles com interesse biotecnológico, e assim prospectar enzimas importantes e versáteis tais como as lacases para aplicação biotecnológica por exemplo em biorremediação e bioenergia entre outros, e ainda avaliar a diferença quanto as diferentes funções e estruturas.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2017 - Atual
Genoma e mecanismos de resistência ao mercúrio em microrganismos endofíticos como estratégia para desenvolvimento de processos de biorremediação
Descrição: Em diversos ambientes, plantas são hospedeiras de uma grande quantidade de microrganismos mutualísticos, sendo os endófitos um importante grupo. A introdução no ambiente de produtos químicos antropogênicos, tais como o mercúrio, influenciam comunidades microbianas. O mercúrio e todas as suas formas químicas têm ampla utilidade no setor industrial, entretanto são tóxicos para a saúde humana e meio ambiente. Nessa perspectiva, espécies de microrganismos que apresentam mecanismos de resistência e/ou tolerância a metais revelam vantagens seletivas sob condições tóxicas em comparação a espécies mais sensíveis. A contaminação do solo com mercúrios é relatada em várias localidades, incluindo o Pantanal brasileiro. Dessa forma, será realizada análise de dados de sequenciamento de alta eficiência para caracterização e identificação de táxons presentes nas comunidades microbianas endofíticas de plantas em área do Pantanal contaminada com mercúrio, incluindo a avaliação de expressão gênica de dois isolados para elucidação de vias de resistência, além das descrições de seus genomas. Os resultados dessa análise e o consequente conhecimento adquirido, poderão subsidiar o desenvolvimento de processos de descontaminação in locu, contribuindo com o planejamento ambiental, manejo e conservação do bioma Pantanal, bem como com a qualidade de vida e segurança para as populações que vivem em áreas contaminadas por mercúrio.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2016 - 2018
Composição funcional e taxonômica de enzimas carbohidrases que atuam na desconstrução da lignocelulose de torta de filtro
Descrição: A torta de filtro apresenta bagaço residual oriundo do processo de extração do caldo de cana-de-açúcar e quando armazenada por longos períodos, se torna um habitat ideal para o desenvolvimento de comunidades microbianas que atuam na desconstrução da lignocelulose. Dessa forma, a fim de revelar características funcionais e ecológicas que podem distingui-lo de outros ambientes com elevada disposição de material lignocelulósico, análises de dados de sequenciamento de DNA metagenômico serão realizadas a partir da torta de filtro armazenada. O objetivo portanto será determinar, além da composição taxonômica, os genes que codificam enzimas capazes de atuar na desconstrução da biomassa lignocelulósica e na liberação de açúcares menores, ácidos orgânicos e outros nutrientes. A presença de microrganismos reconhecidamente patogênicos também deve ser investigada para indicar se há riscos envolvidos na utilização desse material (torta de filtro) como fertilizante.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Eliana Gertrudes de Macedo Lemos - Integrante / Jackson Antonio Marcondes de Souza - Coordenador / Wellington Pine Omori - Integrante / Camila Cesário Fernandes - Integrante / Luciano Takeshi Kishi - Integrante / Claudio Damasceno Pavani - Integrante / Elisângela Soares Gomes - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.Número de orientações: 1
2016 - Atual
Expressão diferencial de genes relacionados com caraterísticas da carcaça e carne de bovinos da raça Nelore
Descrição: Os métodos quantitativos de melhoramento, aliados ao conhecimento sobre o mecanismo de ação dos genes associados a características de qualidade da carcaça e da carne bovina, podem permitir aos produtores brasileiros produzirem carnes diferenciadas, promovendo assim maior competitividade do país no mercado internacional. Assim como outras características de importância econômica, as características de área de olho de lombo (AOL) e o teor de lipídios da carne, também são dependentes do efeito ambiental e genético sobre os tecidos e metabolismo. No âmbito da genômica funcional animal, o estudo do transcriptoma por meio do RNAseq, permite a avaliação molecular dos animais para estas características. Neste sentido, a expressão diferencial de genes e suas isoformas, associadas à AOL e ao teor de lipídios da carne, irá contribuir para o entendimento dos mecanismos moleculares envolvendo essas características e, posteriormente, para a seleção de animais superiores da raça Nelore. Diante do exposto, esse projeto tem como objetivo identificar genes diferencialmente expressos e obter informações do perfil de expressão do genoma em tecido muscular de animais da raça Nelore fenotipicamente divergentes para características de carcaça (área de olho de lombo) e carne (teor de lipídios totais), utilizando a técnica de RNA-Seq. Esse projeto contribuirá na identificação de genes diferencialmente expressos e poderá gerar informações sobre os mecanismos moleculares relacionados a essas características, e assim, contribuir para a produção de carne com maior qualidade.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Lúcia Galvão de Albuquerque - Coordenador / Danielly Beraldo dos Santos Silva - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.Número de orientações: 1
2014 - Atual
Sequenciamento e análise do genoma de Frieseomelitta varia: em busca de assinaturas moleculares da evolução das abelhas e inserção do Brasil no i5K
Descrição: O Consórcio Internacional i5K tem a meta de sequenciar o genoma de 5.000 espécies de insetos e outros artrópodes nos próximos 5 anos. Esse volume de dados e o conhecimento gerado nos ajudará a compreender melhor a história evolutiva das espécies e os níveis de complexidade biológica. As abelhas são, de longe, os mais importantes polinizadores em ecossistemas agrícolas e naturais. No entanto, o recente colapso das populações de abelhas, ameaça este equilíbrio. Uma estratégia promissora para contornar este risco é a criação em larga escala destes polinizadores. Contudo esta ferramenta é altamente dependente do profundo conhecimento dos sistemas biológicos em questão. Embora algumas abelhas tenham sido, por décadas, importantes organismos para estudos de plasticidade de comportamento, comunicação, aprendizado e memória, muitos aspectos da biologia destes importantes insetos são ainda desconhecidos. Nosso Grupo de Pesquisa tem por objetivo sequenciar e analisar o genoma de uma abelha nativa sem ferrão, Frieseomelitta varia. A espécie F. varia possui ampla distribuição, com ninhos abundantes em diferentes biomas no Brasil. Devido à sua fácil criação em ninhos racionais de meliponicultura, F. varia possui grande potencial polinizador tanto para agri- e horticulturas, como também para plantas nativas em áreas de proteção. Pelo sequenciamento dessa espécie também estaremos inseridos oficialmente na iniciativa i5K. Além de gerar informações genômicas para F. varia, que será uma das primeiras espécies de meliponídeos incluída em projetos genoma de abelhas, vamos comparar este genoma com o da abelha Apis mellifera em busca de semelhanças e diferenças que justifiquem as modificações na morfologia, fisiologia e comportamento destas abelhas. O amplo conhecimento da biologia das abelhas sem ferrão terá como consequência natural contribuições práticas e tecnológicas com repercussões econômicas e ecológicas.O estudo genômico de Frieseomelitta varia dará acesso a informações de caráter mais aplicado,especialmente relacionadas à capacidade de polinização. A médio e longo prazos, essas informações poderão ser aplicadas para o desenvolvimento de programas de melhoramento genético, produção agrícola e conservação ambiental.Os dados de sequenciamento de Frieseomelitta varia nos permitirão identificar: (i) genes relacionados à origem e manutenção da socialidade, (ii) redes de interação gênica que conduzem a vias de desenvolvimento casta-específicas, (iii) a base genética da infertilidade em abelhas operárias, (iv) alvos moleculares relacionados à regulação de comportamentos, especialmente de polinização, e (v) substâncias de interesse econômico (mel, própolis), farmacológico e terapêutico. Além disto, análises de genômica comparativa com a abelha Apis mellifera permitirão identificar semelhanças e diferenças que justifiquem as modificações na morfologia, fisiologia e comportamento destas abelhas. Não menos importante, pretendemos avançar nas análises "in silico" de tal maneira que possamos contribuir efetivamente para o avanço no conhecimento destas espécies tão importantes para nosso ecossistema..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (1) .
Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Francis de Morais Franco Nunes - Integrante / K Hartfelder - Integrante / Lívia Maria Rosatto Moda - Integrante / Alexandre dos Santos Cristino - Integrante / Zilá Luz Paulino Simões - Integrante / BARCHUK, ANGEL R. - Integrante / BITONDI, MÁRCIA MG - Coordenador / Anete Pedro Lourenço - Integrante / Carlos Gustavo Nunes da Silva - Integrante / Marco Antonio Del Lama - Integrante / Spartaco Astolfi Filho - Integrante / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2013 - 2016
Identificação e expressão de genes relacionados à pigmentação floral em Utricularia (Lentibulariaceae) com abordagem evolutiva
Descrição: As antocianinas são produzidas pela longa via de síntese dos flavonoides, a qual está relacionada primitivamente com a proteção contra radiação UV, mas que adquiriu ao longo da evolução novas funções como proteção contra herbívoros, patógenos e por fim a produção de pigmentos. Dada à relação da coloração da flor com a atração de polinizadores e o comportamento destes discriminando padrões florais (como tamanho, forma e cor), qualquer alteração na flor pode resultar na mudança do polinizador ou em seleção negativa do fenótipo floral. Essas transformações de cor de flor são facilmente mapeadas nas filogenias e podem ocorrer devido a mutações que impedem a tradução dos genes codificadores de enzimas importantes da via de síntese ou na supressão destes genes por fatores de transcrição. De qualquer modo, os efeitos destes dois mecanismos podem ser tanto deletérios quanto adaptativos para a evolução de determinados grupos. Em Utricularia o estado ancestral da cor das corolas é púrpuro ou lilás. A partir deste padrão plesiomórfico, tomando como base as filogenias propostas para o grupo, ocorreram diversas transformações independentes (homoplásticas) para flores amarelas e brancas. Além disso, neste gênero também ocorre polimorfismo intraespecífico, sendo um caso particular a espécie Utricularia amethystina, que apresenta flores púrpuras (mais frequentes), amarelas e brancas (mais raras). As antocianinas expressam cores do vermelho ao azul escuro, porém tanto a cor amarela quanto a branca podem surgir pela inativação ou supressão de algum dos genes da via de síntese, neste caso a cor resultante - amarelo ou branco - dependerá da localização na via de síntese do gene inativado. Nesse contexto, a presente proposta tem como objetivo principal investigar numa abordagem filogenética quatro genes (CHS, CHI, FLS e DFR) que podem estar relacionados à transição de cor de flores em Utricularia. Considerando-se que os padrões de coloração floral em Utricularia são similares para os demais gêneros Genlisea e Pinguicula, os resultados obtidos poderão ser extrapolados para a família Lentibulariaceae como um todo ou até mesmo para outros grupos.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2013 - 2015
Bee Comparative Genomics Working Group - Estudo de Genômica Comparativa em Abelhas
Descrição: O objetivo geral deste projeto é identificar as assinaturas genômicas da evolução social em abelhas. Foram selecionadas espécies de três famílias de abelhas que representam graus distintos de organização social bem caracterizadas (Apidae, Megachilidae e Halictidae). Serão investigados dois níveis de evolução social em sequência: a transição da reprodução solitária para eusocialidade básica e a partir dessa para formas complexas de eusocialidade. A análise contará com sequências genômicas de 10 espécies de abelhas, sendo cinco novas (Habropoda laboriosa, Melipona quadrifasciata, Eufriesea mexicana, Dufourea novaeangliae e Megachile rotundata) e outras cinco já existentes (Apis mellifera, Apis florea, Bombus terrestris, Bombus impatiens e Lasioglossum albipes).
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2013 - 2015
Análise do transcriptoma de folhas de cana-de-açúcar submetidas à prolongada limitação hídrica usando RNA-seq
Descrição: No Brasil a cultura da cana-de-açúcar tem se expandido para regiões com prolongados períodos de deficiência hídrica, o qual vem limitando a produção sucroenergética. A melhor forma de contornar esse problema é utilizar cultivares tolerantes a este estresse. Esta proposta foi elaborada com o objetivo de analisar o comportamento molecular de plantas submetidas a distintos períodos de limitação hídrica, com vistas a gerar novos conhecimentos e ferramentas, promover o desenvolvimento e a competitividade da cultura, além de contribuir para a formação de recursos humanos especializados na área. Para atingir tal objetivo, duas cultivares contrastantes (tolerante e sensível) serão cultivadas em vasos de 50 dm3 em casa de vegetação e submetidas a três controlados potenciais hídricos do solo (ensaio com 6 tratamentos e 3 repetições) e serão avaliadas aos 30, 60 e 90 dias após aplicação dos tratamentos. As análises moleculares serão realizadas por meio da técnica de RNA-Seq para a identificação dos genes diferencialmente expressos nas cultivares analisadas sob os diferentes tratamentos, sendo alguns destes genes validados pela PCR em Tempo Real. Os resultados obtidos serão importantes para o melhor entendimento das respostas e mecanismos de tolerância dessas plantas à deficiência hídrica e ajudarão a estabelecer métodos seguros para identificar e recomendar cultivares que realmente sejam tolerantes a esse estresse.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) .
Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Jesus Aparecido Ferro - Integrante / Aline Andrucioli Belesini - Integrante / Bruna Robiati Telles - Integrante / Poliana Fernanda Giachetto - Integrante / Samira Domingues Carlin Cavallari - Integrante / Jairo Osvaldo Cazetta - Integrante / Maria Inês Tiraboschi Ferro - Coordenador / Juliana da Silva Vantini - Integrante / Flávia Maria de Souza Carvalho - Integrante / Giovanni Marques de Castro - Integrante / Daniela Konrad - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 1 / Número de orientações: 2
2013 - 2015
Adubo orgânico: influência ambiental e uso biotecnológico
Descrição: A Fundação Parque Zoológico de São Paulo (FPZSP) é uma entidade instituída e mantida pelo Governo do Estado de São Paulo. No cumprimento de sua função social, a FPZSP mantém grande número de espécies animais sob condições de preservação que dependem diretamente do ambiente em que se encontram. O Sistema de Gestão Ambiental (SGA) dessa Instituição possui estrutura para a reciclagem e aproveitamento da água e dos resíduos sólidos que gera. Desta forma o Zoológico de São Paulo possui uma Unidade de Produção de Composto Orgânico (UPCO) que, aproveitando os resíduos gerados no próprio Zoológico, produz um adubo orgânico que é utilizado em sua Fazenda para a produção de alimentos para os animais. Considerando que o processo de compostagem é executado por diferentes populações microbiológicas e é um sistema rico para a análise da diversidade ou para o uso biotecnológico. Esse projeto tem por objetivos avaliar a influencia ambiental no solo e água após o uso do composto orgânico, na fazenda da Fundação Parque Zoológica de São Paulo, em Araçoiaba da Serra (SP) e prospectar genes envolvidos nos processos de melhora da digestibilidade dos nutrientes das rações animais, formulação de novas rações, na síntese de polímeros industrialmente importantes ou na produção de novos antibióticos e agentes anticancerígenos.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) .
Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Lúcia Maria Carareto Alves - Coordenador / Luciana Maria Saran - Integrante / Eliana Gertrudes de Macedo Lemos - Integrante / Alessandro de Mello Varani - Integrante / Sonia Villamizar Cancelado - Integrante / Aylan Kener Meneghine - Integrante / Amanda Schimidt Célico - Integrante / João Carlos Campanharo - Integrante / Bernardo P. de Figueiredo - Integrante / Ruth Helena Giasante - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 1 / Número de orientações: 1
2012 - 2017
NAPmiR - microRNAs: da Ciência Básica para a Medicina Translacional
Descrição: O NAPmiR, Núcleo de Apoio à Pesquisa com miRNAs, pretende integrar os grupos de pesquisa na área estabelecendo ações conjuntas para fortalecer as linhas de pesquisa existentes, fomentar o desenvolvimento da área, fortalecer a captação de recursos para implementação de tecnologias de ponta para uso comum no apoio à pesquisa, viabilizar o emprego da Bioinformática na pesquisa realizada, melhorar a formação dos alunos envolvidos, ampliar a internacionalização e o impacto internacional da produção científica nacional..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2011 - 2016
Análise causal do desenvolvimento de Apis mellifera - genes reguladores e redes hierárquicas de expressão gênica na especificação de tecidos e órgãos

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Zila Luz Paulino Simoes em 07/03/2014.
Descrição: Projeto de Pós-Doutorado vinculado: "Abordagem integrativa in silico na análise causal do desenvolvimento de Apis mellifera" (12/02757-9); A Apis mellifera é a espécie mais representativa das abelhas do gênero Apis. As abelhas são insetos de grande relevância econômica, não somente pela produção apícola, mas também porque são excelentes polinizadores na natureza e em cultivares agrícolas. Nesse contexto, torna-se necessária uma compreensão mais aprofundada das bases moleculares que direcionam o desenvolvimento desse organismo. Dessa forma, o objetivo principal deste projeto é identificar redes de regulação gênicas, por meio de uma abordagem sistêmica, integrando dados, métodos e ferramentas computacionais para entender mais profundamente as instruções transmitidas pelo genoma para a regulação gênica em processos biológicos determinantes no desenvolvimento das abelhas, como a ativação ovariana. Nesse projeto serão gerados dados de expressão gênica de mRNAs e miRNAs, utilizando as tecnologias mais recentes para o sequenciamento de DNA..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2011 - 2016
Diversidade de plantas e de organismos dos solos com potencial biotecnológico e indicadores de impacto ambiental, no estado de São Paulo
Descrição: O uso de DNA metagenomico para a prospecção de genes de interesse biotecnol6gicos e da comunidade bacteriana. Atualmente o uso de técnicas de biologia molecular permite uma análise populacional independente do cultivo e baseada no estudo do conjunto de genomas do ambiente. Além disso, essas metodologias possibilitam o isolamento e expressão de genes de interesse em diversos setores da indústria biotecnológica. Em resposta a ambientes poluídos os microrganismos também podem apresentar indução positiva na atividade de algumas enzimas antioxidantes, relacionadas à proteção celular contra as espécies ativas de oxigênio (EAOs) formadas na presença de um xenobiótico, portanto essas enzimas têm uma importante aplicação como biomarcadores ou bioindicadores de poluição ou mesmo no desenvolvimento de tecnologias industriais que necessitam de qualquer processamento bioquímico. Dentre as enzimas e compostos antioxidantes de bactérias com importância biotecnológica encontram-se: a Superóxido Dismutase, a Catalase, a Glutationa Redutase, Glutathiona-S-Transferase e a Alcano HidroxiIase. Desta forma os objetivos específicos desse subprojeto são: o de construir bibliotecas metagenômicas e prospectar os genes importantes envolvidos no estresse oxidativo com o objetivo de que eles possam ser utilizados em processos biorremediação e biolixiviação; Influência de fatores biótico e abióticos em sementes presentes no banco de sementes do solo em áreas de mineração e do entorno. Banco de sementes pode ser definido como um reservatório viável de sementes do solo que tem potencial para germinarem e promoverem a substituição das plantas adultas. A manutenção das sementes no banco de sementes do solo e a superação da dormência destas podem ocorrer devido a influência de fatores bióticos e abióticos, que atuam positivamente ou negativamente. Entre os fatores bióticos, podem-se citar os fungos e bactérias (decompositores) facilitadas pela mesofauna (Acari e Collembola) e macrofauna (minhocas, cupins, formigas, besouros). Por outro lado, fatores abióticos como a temperatura e a umidade do solo, práticas culturais e, por exemplo, a mineração podem também influenciar o banco de sementes do solo. Todavia, mais informações são necessárias sobre a ação de fatores bióticos e abióticos em bancos de sementes do solo em áreas mineradas. Portanto, este trabalho tem como objetivo estudar a composição do banco de sementes do solo em áreas mineradas, estudar os efeitos da biodiversidade do solo na manutenção e superação da dormência de sementes e estudar o efeito da temperatura e umidade na expressão de genes nas sementes associados com a síntese de ácido abscísico e gíberelinas. Assim, para se conhecer a composição do banco de sementes, serão coletadas amostras do solo ao acaso, em áreas mineradas e áreas do entorno nas profundidades de zero a 10,0 em. Para se conhecer os efeitos da biodiversidade do solo nas sementes, parte do solo será esterilizada e utilizada como substrato para a germinação das sementes. As sementes serão desinfestadas para se eliminar a presença de fungos e, em seguida, serão semeadas em solos esterilizados e não esterilizados. Em seguida, a superfície externa das sementes ou frutos será avaliada com o uso de lupa estereoscópica e de microscopia eletrônica de varredura. Para o estudo de genes associados com a síntese de giberelinas e degradação de ácido abscisico durante a superação da dormência e germinação, as sementes serão coletadas nas áreas do entorno e, em seguida, enterradas. Periodicamente, as sementes serão exumadas e armazenadas para a posterior extração de RNA e confecção de cDNA. Em paralelo, será determinada a porcentagem de germinação das sementes. A expressão gênica será realizada através da técnica de PCR em tempo real.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .
Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Lúcia Maria Carareto Alves - Integrante / Eliana Gertrudes de Macedo Lemos - Coordenador / Jackson Antonio Marcondes de Souza - Integrante / Ana Katariny De Souza Cacheta - Integrante / Wellington Pine Omori - Integrante / Erica Mendes Lopes - Integrante / Milena Tavares Lima - Integrante / Eliamar Aparecida Nascimbém Pedrinho - Integrante / João Carlos Campanharo - Integrante / Silvana Pompeia do Val de Moraes - Integrante / André Ferreira de Camargo - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1
2009 - 2012
PROSUL - Cooperação Internacional em Ciência, Tecnologia e Inovação - Sequenciamento do Transcritoma da Hevea brasiliensis
Descrição: Esse projeto tem como objetivo central a montagem e a análise do transcritoma de diversos tecidos/órgãos de Hevea brasiliensis em diferentes condições biológicas e ontogenéticas, incluindo a resposta a estresses bióticos e abióticos. O conhecimento produzido por esse estudo permitirá o desenvolvimento e aperfeiçoamento de técnicas de cultivo que certamente beneficiarão a produção de látex..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2009 - 2011
Rede GENOPROT: Oncogenômica aplicada à terapia de carcinomas de cabeça e pescoço
Descrição: Edital MCT/CNPq/CT-AGRO/CT-BIOTEC no.42/2009 - Rede GENOPROT; Desenvolvimento de pesquisas conjuntas, especificamente relacionadas com a busca de biomarcadores de diagnóstico, prognóstico e que possam também ser usados como alvos terapêuticos aplicados ao tratamento de carcinomas de cabeça e pescoço. O estudo focalizará na análise dos mecanismos genéticos e epigenéticos que regulam o transcritoma e o secretoma em carcinomas de cabeça e pescoço..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .
Integrantes: Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Wilson Araújo da Silva Junior - Coordenador / Rafaela de Barros e Lima Bueno - Integrante / Matheus Carvalho Bürger - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 1 / Número de orientações: 1
2008 - 2011
Análise anátomo-funcional do genoma de uma linhagem de carcinoma ductal de mama
Descrição: Edital MCT/CNPq/MS/SCTIE/DECIT nº 035/2008; A combinação dos dados de expressão e da estrutura genômica das células tumorais pode elucidar pontos obscuros sobre os mecanismos genéticos associados com a progressão tumoral. Deste modo, propomos neste projeto a montagem completa e anotação do genoma de uma linhagem de carcinoma de mama e de uma linhagem normal linfóide, seguido da análise anatômica e de expressão para identificar biomarcadores ou vias metabólicas que possam auxiliar no diagnóstico, na classificação e no tratamento do câncer de mama.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2002 - 2005
Uma abordagem de bioinformática para selecionar regiões gênicas como alvos análise de \eng{microarrays}: projeto vinculado ao Genoma Clínico
Descrição: O estudo do controle da expressão gênica em células eucarióticas fornece os principais subsídios para se compreender os passos que levam ao desenvolvimento de um organismo inteiro e da proliferação de células cancerígenas. As descobertas nessa área têm sido obtidas através de métodos de genética molecular, de genética clássica e mais recentemente de bioinformática. O uso da bioinformática associado a métodos de biologia molecular tem sido fundamental para a análise da expressão gênica em larga escala. Métodos como os de microarray e SAGE têm contribuído sobre maneira para a identificação e caracterização de genes com expressão diferencial em tecidos distintos. Apesar da grande aceitação, tais métodos podem revelar resultados distorcidos devido à marcação inespecífica de genes. O principal objetivo desse projeto foi usar uma abordagem de bioinformática para selecionar regiões gênicas específicas para serem usadas na construção de membranas para análise de microarrays..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2000 - 2012
Center for Research on Cell-Based Therapy
Descrição: Desenvolvimento de estratégias e abordagens computacionais para a análise de dados biológicos e suporte aos alunos e pesquisadores envolvidos no Centro de Terapia Celular (CTC). O projeto do Centro de Terapia Celular (CTC ) tem como foco a pesquisa avançada, básica e aplicada com células-tronco (CT). O CTC é formado por nove pesquisadores principais (IP), vinte pesquisadores associados e dez colaboradores estrangeiros. O projeto científico envolve um programa de pesquisa multidisciplinar cujo objetivo é estudar os aspectos celulares, moleculares e biológicas das CTs e avaliar criticamente o seu potencial terapêutico.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2000 - 2002
Laboratório Associado de Bioinformática no Programa Humano do Câncer
Descrição: O projeto tinha como objetivo principal identificar genes com expressão diferencial entre tecidos normais e tumorais. Tais genes podem ser caracterizados como excelentes alvos terapêuticos. O método usado para analisar o perfil de expressão gênica foi o SAGE (Serial Analysis of Gene Expression). O projeto tinha também o compromisso de consolidar o grupo de bioinformática motivando os alunos a desenvolverem ferramentas para facilitar as análises de expressão gênica.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
1999 - 2002
Programa Genoma Humano do Câncer: laboratório central de sequenciamento
Descrição: O Projeto Genoma Humano do Câncer (PGHC) foi um programa idealizado para a descoberta de genes humano. Seu objetivo inicial foi de gerar 500.000 e 750.000 ORESTES. Com o excelente desempenho dos laboratórios, esta meta foi ampliada para 1 milhão de ORESTES. O PGHC solidificou a competência dos pesquisadores brasileiros e colocou o Brasil entre os países que dominam a tecnologia para o sequenciamento e análise de genomas.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.


Revisor de periódico


2011 - Atual
Periódico: Plos One
2013 - Atual
Periódico: International Journal of Genomics
2016 - Atual
Periódico: Genetics and Molecular Biology (Impresso)
2017 - Atual
Periódico: BMC CANCER
2017 - Atual
Periódico: Brazilian Journal of Medical and Biological Research (on line)
2017 - Atual
Periódico: Frontiers in Plant Science
2017 - Atual
Periódico: Frontiers in Genetics
2017 - Atual
Periódico: FRONTIERS IN BIOENGINEERING AND BIOTECHNOLOGY


Revisor de projeto de fomento


2015 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação/Especialidade: Bioinformática.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Sistemas de Informação.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular.
4.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia / Subárea: Microbiologia Aplicada/Especialidade: MICROBIOLOGIA AGROPECUÁRIA.


Idiomas


Inglês
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.
Espanhol
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.


Prêmios e títulos


2013
Prêmio Sílvio de Almeida Toledo Filho para o trabalho A Protein Free Diet Impacts Fat Body Transcriptome and Accelerates Aging in Worker Honey Bees, 59º Congresso Brasileiro de Genética - Sociedade Brasileira de Genética.
2005
Young Investigator Award for Excellence in Research, IV São Paulo Research Conference Cancer today.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:34
Total de citações:244
Fator H:10
Pinheiro, Daniel G  Data: 05/07/2018

SCOPUS
Total de trabalhos:39
Total de citações:675
Pinheiro, Daniel Guariz; Pinheiro, Daniel G.; Pinheiro, D. G.  Data: 27/06/2018

Outras
Total de trabalhos:47
Total de citações:770
Pinheiro, Daniel Guariz; Pinheiro, Daniel G.; Pinheiro, D. G.  Data: 24/03/2018

Artigos completos publicados em periódicos

1.
SILVA, SAURA R.2018SILVA, SAURA R. ; MICHAEL, TODD P. ; MEER, ELLIOTT J. ; Pinheiro, Daniel G. ; VARANI, ALESSANDRO M. ; MIRANDA, VITOR F. O. . Comparative genomic analysis of Genlisea (corkscrew plants-Lentibulariaceae) chloroplast genomes reveals an increasing loss of the ndh genes. PLoS One, v. 13, p. e0190321, 2018; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; Série: 1; ISSN/ISBN: 19326203.

2.
VIDAL, DANIEL ONOFRE2018VIDAL, DANIEL ONOFRE ; RAMÃO, ANELISA ; Pinheiro, Daniel Guariz ; MUYS, BRUNA RODRIGUES ; CETRULO LORENZI, JULIO CESAR ; DE PÁDUA ALVES, CLEIDSON ; LUCIOLA ZANETTE, DALILA ; DE MOLFETTA, GREICE ANDREOTTI ; DUARTE, GERALDO ; SILVA JR, WILSON ARAÚJO . Highly expressed placental miRNAs control key biological processes in human cancer cell lines. Oncotarget, v. 9, p. 23554-23563, 2018; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; Série: 34; ISSN/ISBN: 19492553.

3.
HIGUCHI, B. S.2018HIGUCHI, B. S. ; RODRIGUES, NATHÁLIA DE CAMPOS ; GONZAGA, MARINA IGNÁCIO ; PAIOLO, J. C. C. ; STEFANUTTO, N. A. V. ; OMORI, WELLINGTON PINE ; BRISOTTI, JOÃO LUIZ ; PINHEIRO, D. G. ; MATHEUCCI JUNIOR, EUCLIDES ; MARIANO, VÂNIA SAMMARTINO ; DE OLIVEIRA, GISLANE LELIS VILELA . Intestinal Dysbiosis in Autoimmune Diabetes Is Correlated With Poor Glycemic Control and Increased Interleukin-6: A Pilot Study. Frontiers in Immunology, v. 9, p. 1, 2018; ISSN/ISBN: 16643224.

4.
MELLO, TATHYANA RACHEL PALO2018MELLO, TATHYANA RACHEL PALO ; ALEIXO, ALINE CAROLINA ; Pinheiro, Daniel Guariz ; NUNES, FRANCIS MORAIS FRANCO ; CRISTINO, ALEXANDRE SANTOS ; BITONDI, MÁRCIA MARIA GENTILE ; BARCHUK, ANGEL ROBERTO ; SIMÕES, ZILÁ LUZ PAULINO . Hormonal control and target genes of ftz-f1 expression in the honeybee Apis mellifera - A positive loop linking JH, ftz-f1 , and vitellogenin. INSECT MOLECULAR BIOLOGY, v. 1, p. 1, 2018; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; ISSN/ISBN: 09621075.

5.
ROBIATI TELLES, BRUNA2018ROBIATI TELLES, BRUNA ; DE SOUZA CARVALHO, FLÁVIA MARIA ; DA SILVA VANTINI, JULIANA ; ANDRUCIOLI BELESINI, ALINE ; MARQUES DE CASTRO, GIOVANNI ; GIACHETTO, POLIANA FERNANDA ; DOMINGUES CARLIN, SAMIRA ; RAMOS DA SILVA, THAIS ; GUARIZ PINHEIRO, DANIEL ; CAZETTA, JAIRO OSVALDO ; TIRABOSCHI FERRO, MARIA INÊS . Prolonged Water Deficit Reveals New Profile of Sugarcane Gene Expression and Metabolic Pathway Related to Tolerance. Sugar Tech, v. 1, p. 1, 2018; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; ISSN/ISBN: 09721525.

6.
BELESINI, A.A.2017BELESINI, A.A. ; CARVALHO, F.M.S. ; TELLES, B.R. ; DE CASTRO, G.M. ; GIACHETTO, P.F. ; VANTINI, J.S. ; CARLIN, S.D. ; CAZETTA, J.O. ; PINHEIRO, D.G. ; FERRO, M.I.T. . De novo transcriptome assembly of sugarcane leaves submitted to prolonged water-deficit stress. GENETICS AND MOLECULAR RESEARCH, v. 16, p. 1, 2017; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; Série: 2; ISSN/ISBN: 16765680.

7.
SARAN, L. M.2017SARAN, L. M. ; MENEGHINE, A. K. ; CELICO, A. S. ; PINHEIRO, D. G. ; ALVES, L. M. C. . Freshwater quality of a stream in agricultural area where organic compost from animal and vegetable wastes is used. CIENCIA E AGROTECNOLOGIA, v. 41, p. 263-278, 2017
Palavras-chave: organic compost; freshwater.; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.editora.ufla.br/index.php/component/phocadownload/category/83-volume-41-numero-3?download=1432:volume-41-numero-3; Série: 3; ISSN/ISBN: 14137054.

8.
SILVA, SAURA R.2017SILVA, SAURA R. ; ALVARENGA, DANILLO O. ; ARANGUREN, YANI ; PENHA, HELEN A. ; FERNANDES, CAMILA C. ; Pinheiro, Daniel G. ; OLIVEIRA, MARCOS T. ; MICHAEL, TODD P. ; MIRANDA, VITOR F. O. ; VARANI, ALESSANDRO M. . The mitochondrial genome of the terrestrial carnivorous plant Utricularia reniformis (Lentibulariaceae): Structure, comparative analysis and evolutionary landmarks. PLoS One, v. 12, p. e0180484, 2017; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; Série: 7; ISSN/ISBN: 19326203.

9.
LEITE, ALINE ZAZERI2017LEITE, ALINE ZAZERI ; RODRIGUES, NATHÁLIA DE CAMPOS ; GONZAGA, MARINA IGNÁCIO ; PAIOLO, JOÃO CARLOS CICOGNA ; DE SOUZA, CAROLINA ARANTES ; STEFANUTTO, NADINE APARECIDA VICENTINI ; OMORI, WELLINGTON PINE ; Pinheiro, Daniel Guariz ; BRISOTTI, JOÃO LUIZ ; MATHEUCCI JUNIOR, EUCLIDES ; MARIANO, VÂNIA SAMMARTINO ; DE OLIVEIRA, GISLANE LELIS VILELA . Detection of Increased Plasma Interleukin-6 Levels and Prevalence of Prevotella copri and Bacteroides vulgatus in the Feces of Type 2 Diabetes Patients. Frontiers in Immunology, v. 8, p. 1, 2017; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; ISSN/ISBN: 16643224.

10.
MOREIRA, EDITH C. O.2017MOREIRA, EDITH C. O. ; Pinheiro, Daniel G. ; GORDO, SHEILA M. C. ; RODRIGUES, SIMONE M. ; PESSOA, ELAINE ; SCHALLER, HUBERT ; DE LEMOS, ORIEL F. ; Silva, Artur ; Schneider, Horacio ; Silva, Wilson A. ; Sampaio, Iracilda ; Darnet, Sylvain . Transcriptional profiling by RNA sequencing of black pepper (Piper nigrum L.) roots infected by Fusarium solani f. sp. piperis. ACTA PHYSIOLOGIAE PLANTARUM, v. 39, p. 1, 2017; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; Série: 10; ISSN/ISBN: 01375881.

11.
DE LIMA, KALIL A.2016DE LIMA, KALIL A. ; DE OLIVEIRA, GISLANE L. V. ; YAOCHITE, JULIANA N. U. ; Pinheiro, Daniel G. ; DE AZEVEDO, JÚLIA T. C. ; SILVA JR, WILSON ARAUJO ; COVAS, DIMAS T. ; COURI, CARLOS E. B. ; SIMÕES, BELINDA P. ; VOLTARELLI, JULIO C. ; OLIVEIRA, MARIA C. ; MALMEGRIM, KELEN C. R. . Transcriptional profiling reveals intrinsic mRNA alterations in multipotent mesenchymal stromal cells isolated from bone marrow of newly-diagnosed type 1 diabetes patients. Stem cell research & therapy, v. 7, p. 92, 2016; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; Série: 1; ISSN/ISBN: 17576512.

12.
SILVA, SAURA R.2016SILVA, SAURA R. ; DIAZ, YANI C. A. ; PENHA, HELEN ALVES ; Pinheiro, Daniel G. ; FERNANDES, CAMILA C. ; MIRANDA, VITOR F. O. ; MICHAEL, TODD P. ; VARANI, ALESSANDRO M. . The Chloroplast Genome of Utricularia reniformis Sheds Light on the Evolution of the ndh Gene Complex of Terrestrial Carnivorous Plants from the Lentibulariaceae Family. Plos One, v. 11, p. e0165176, 2016; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; Série: 10; ISSN/ISBN: 19326203.

13.
SILVA, SAURA R.2016SILVA, SAURA R. ; Pinheiro, Daniel G. ; MEER, ELLIOTT J. ; MICHAEL, TODD P. ; VARANI, ALESSANDRO M. ; MIRANDA, VITOR F. O. . The complete chloroplast genome sequence of the leafy bladderwort, Utricularia foliosa L. (Lentibulariaceae). Conservation Genetics Resources (Online), v. ?, p. ?, 2016; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; ISSN/ISBN: 18777260.

14.
MACEDO, L. M. F.2016MACEDO, L. M. F. ; NUNES, F. M. F. ; FREITAS, F. C. P. ; PIRES, C. V. ; TANAKA, E. D. ; MARTINS, J. R. ; PIULACHS, M.-D. ; CRISTINO, A. S. ; PINHEIRO, D. G. ; SIMÕES, Z. L. P. . MicroRNA signatures characterizing caste-independent ovarian activity in queen and worker honeybees ( A pis mellifera L.). INSECT MOLECULAR BIOLOGY, v. 25, p. n/a-n/a, 2016; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; Série: 3; ISSN/ISBN: 09621075.

15.
DE BARROS E LIMA BUENO, RAFAELA2016DE BARROS E LIMA BUENO, RAFAELA ; RAMÃO, ANELISA ; PINHEIRO, D. G. ; ALVES, CLEIDSON PADUA ; KANNEN, VINICIUS ; JUNGBLUTH, ACHIM A ; DE ARAÚJO, LUIZA FERREIRA ; MUYS, BRUNA RODRIGUES ; FONSECA, ALINE SIMONETI ; PLAÇA, JESSICA RODRIGUES ; PANEPUCCI, RODRIGO ALEXANDRE ; Neder, Luciano ; Saggioro, Fabiano P ; MAMEDE, RUI CELSO M. ; FIGUEIREDO, David Livingstone Alves ; SILVA, WILSON ARAÚJO . HOX genes: potential candidates for the progression of laryngeal squamous cell carcinoma. Tumor Biology, v. 37, p. 15087-15096, 2016; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; Série: 11; ISSN/ISBN: 14230380.

16.
4OLIVEIRA, G. L. V.2015OLIVEIRA, G. L. V. ; LIMA, K. W. A. ; COLOMBINI, A. M. ; PINHEIRO, D. G. ; PANEPUCCI, R. A. ; PALMA, P. V. B. ; BRUM, D. G. ; COVAS, D. T. ; SIMOES, B. P. ; OLIVEIRA, M. C. ; DONADI, E. A. ; MALMEGRIM, K. C. R. . Bone Marrow Mesenchymal Stromal Cells Isolated From Multiple Sclerosis Patients Have Distinct Gene Expression Profile and Decreased Suppressive Function Compared With Healthy Counterparts. Cell Transplantation, v. 24, p. 151-165, 2015; Meio de divulgação: Digital; Série: 2; ISSN/ISBN: 09636897
publicação antecipada (ahead of print) doi:10.3727/096368913X675142. .

17.
2SADD, BEN M2015SADD, BEN M BARRIBEAU, SETH M BLOCH, GUY DE GRAAF, DIRK C DEARDEN, PETER ELSIK, CHRISTINE G GADAU, JÜRGEN GRIMMELIKHUIJZEN, CORNELIS JP HASSELMANN, MARTIN LOZIER, JEFFREY D ROBERTSON, HUGH M SMAGGHE, GUY STOLLE, ECKART VAN VAERENBERGH, MATTHIAS WATERHOUSE, ROBERT M BORNBERG-BAUER, ERICH KLASBERG, STEFFEN BENNETT, ANNA K CÂMARA, FRANCISCO GUIGÓ, RODERIC HOFF, KATHARINA MARIOTTI, MARCO MUNOZ-TORRES, MONICA MURPHY, TERENCE SANTESMASSES, DIDAC , et al.AMDAM, GRO V BECKERS, MATTHEW BEYE, MARTIN BIEWER, MATTHIAS BITONDI, MÁRCIA MG BLAXTER, MARK L BOURKE, ANDREW FG BROWN, MARK JF BUECHEL, SEVERINE D CAMERON, ROSSANAH CAPPELLE, KAAT CAROLAN, JAMES C CHRISTIAENS, OLIVIER CIBOROWSKI, KATE L CLARKE, DAVID F COLGAN, THOMAS J COLLINS, DAVID H CRIDGE, ANDREW G DALMAY, TAMAS DREIER, STEPHANIE DU PLESSIS, LOUIS DUNCAN, ELIZABETH ERLER, SILVIO EVANS, JAY FALCON, TIAGO FLORES, KEVIN FREITAS, FLÁVIA CP FUCHIKAWA, TARO GEMPE, TANJA Hartfelder, Klaus HAUSER, FRANK HELBING, SOPHIE HUMANN, FERNANDA C IRVINE, FRANO JERMIIN, LARS S JOHNSON, CLAIRE E JOHNSON, REED M JONES, ANDREW K KADOWAKI, TATSUHIKO KIDNER, JONATHAN H KOCH, VASCO KÖHLER, ARIAN KRAUS, F BERNHARD LATTORFF, H MICHAEL G LEASK, MEGAN LOCKETT, GABRIELLE A MALLON, EAMONN B ANTONIO, DAVID S MARCO MARXER, MONIKA MEEUS, IVAN MORITZ, ROBIN FA NAIR, AJAY NÄPFLIN, KATHRIN NISSEN, INGA NIU, JINZHI Nunes, Francis MF OAKESHOTT, JOHN G OSBORNE, AMY OTTE, MARIANNE Pinheiro, Daniel G ROSSIÉ, NINA RUEPPELL, OLAV SANTOS, CAROLINA G SCHMID-HEMPEL, REGULA SCHMITT, BJÖRN D SCHULTE, CHRISTINA SIMÕES, ZILÁ LP SOARES, MICHELLE PM SWEVERS, LUC WINNEBECK, EVA C WOLSCHIN, FLORIAN YU, NA ZDOBNOV, EVGENY M AQRAWI, PESHTEWANI K BLANKENBURG, KERSTIN P COYLE, MARCUS FRANCISCO, LIEZL HERNANDEZ, ALVARO G HOLDER, MICHAEL HUDSON, MATTHEW E JACKSON, LARONDA JAYASEELAN, JOY JOSHI, VANDITA KOVAR, CHRISTIE LEE, SANDRA L MATA, ROBERT MATHEW, TITTU NEWSHAM, IRENE F NGO, ROBIN OKWUONU, GEOFFREY PHAM, CHRISTOPHER PU, LING-LING SAADA, NEHAD SANTIBANEZ, JIREH SIMMONS, DENARD THORNTON, REBECCA VENKAT, AARTI WALDEN, KIMBERLY KO WU, YUAN-QING DEBYSER, GRIET DEVREESE, BART ASHER, CLAIRE BLOMMAERT, JULIE CHIPMAN, ARIEL D CHITTKA, LARS FOUKS, BERTRAND LIU, JISHENG O?NEILL, MEAGHAN P SUMNER, SEIRIAN PUIU, DANIELA QU, JIAXIN SALZBERG, STEVEN L SCHERER, STEVEN E MUZNY, DONNA M RICHARDS, STEPHEN ROBINSON, GENE E GIBBS, RICHARD A SCHMID-HEMPEL, PAUL WORLEY, KIM C ; The genomes of two key bumblebee species with primitive eusocial organization. Genome Biology, v. 16, p. 76, 2015; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; Série: 1; ISSN/ISBN: 14656906.

18.
3PLAÇA, JESSICA RODRIGUES2015PLAÇA, JESSICA RODRIGUES ; BUENO, RAFAELA DE BARROS E LIMA ; Pinheiro, Daniel Guariz ; PANEPUCCI, RODRIGO ALEXANDRE ; DE ARAÚJO, LUIZA FERREIRA ; MAMEDE, RUI CELSO MARTINS ; FIGUEIREDO, DAVID LIVINGSTONE ALVES ; SILVA, WILSON ARAÚJO . Gene expression analysis of laryngeal squamous cell carcinoma. Genomics Data, p. 9-12, 2015; Meio de divulgação: Digital; ISSN/ISBN: 22135960.

19.
1KAPHEIM, K. M.2015KAPHEIM, K. M. PAN, H. LI, C. SALZBERG, S. L. PUIU, D. MAGOC, T. ROBERTSON, H. M. HUDSON, M. E. VENKAT, A. FISCHMAN, B. J. HERNANDEZ, A. YANDELL, M. ENCE, D. HOLT, C. YOCUM, G. D. KEMP, W. P. BOSCH, J. WATERHOUSE, R. M. ZDOBNOV, E. M. STOLLE, E. KRAUS, F. B. HELBING, S. MORITZ, R. F. A. GLASTAD, K. M. HUNT, B. G. , et al.GOODISMAN, M. A. D. HAUSER, F. GRIMMELIKHUIJZEN, C. J. P. PINHEIRO, D. G. NUNES, F. M. F. SOARES, M. P. M. TANAKA, E. D. SIMOES, Z. L. P. HARTFELDER, K. EVANS, J. D. BARRIBEAU, S. M. JOHNSON, R. M. MASSEY, J. H. SOUTHEY, B. R. HASSELMANN, M. HAMACHER, D. BIEWER, M. KENT, C. F. ZAYED, A. BLATTI, C. SINHA, S. JOHNSTON, J. S. HANRAHAN, S. J. KOCHER, S. D. WANG, J. ROBINSON, G. E. ZHANG, G. ; Genomic signatures of evolutionary transitions from solitary to group living. Science (New York, N.Y.), v. ., p. ., 2015; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; ISSN/ISBN: 00368075.

20.
5SALGADO, LEONARDO RIPPEL2014SALGADO, LEONARDO RIPPEL ; KOOP, DANIELA MARTINS ; Pinheiro, Daniel Guariz ; RIVALLAN, RONAN ; LE GUEN, VINCENT ; NICOLÁS, MARISA FABIANA ; DE ALMEIDA, LUIZ GONZAGA ; ROCHA, VIVIANI RIBEIRO ; MAGALHÃES, MILENA ; GERBER, ALEXANDRA LEHMKUHL ; FIGUEIRA, ANTONIO ; CASCARDO, JÚLIO CÉZAR ; DE VASCONCELOS, ANATEREZA RIBEIRO ; SILVA, WILSON ARAÚJO ; COUTINHO, LUIZ LEHMANN ; GARCIA, DOMINIQUE . De novo transcriptome analysis of Hevea brasiliensis tissues by RNA-seq and screening for molecular markers. BMC Genomics, v. 15, p. 236, 2014; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; Série: 1; ISSN/ISBN: 14712164.

21.
6MELLO, TATHYANA R. P.2014MELLO, TATHYANA R. P. ; ALEIXO, ALINE C. ; Pinheiro, Daniel G. ; NUNES, FRANCIS M. F. ; BITONDI, MáRCIA M. G. ; Hartfelder, Klaus ; BARCHUK, ANGEL R. ; SIMõES, ZILá L. P. . Developmental regulation of ecdysone receptor (EcR) and EcR-controlled gene expression during pharate-adult development of honeybees (Apis mellifera). Frontiers in Genetics, v. 5, p. 445, 2014; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; ISSN/ISBN: 16648021.

22.
7MALTA, TATHIANE MAISTRO2013MALTA, TATHIANE MAISTRO ; SILVA, ISRAEL TOJAL ; Pinheiro, Daniel Guariz ; DOS SANTOS, ANEMARIE RAMOS ; PINTO, MARIANA TOMAZINI ; PANEPUCCI, RODRIGO ALEXANDRE ; TAKAYANAGUI, OSVALDO MASSAITI ; TANAKA, YUETSU ; COVAS, DIMAS TADEU ; Kashima, Simone . Altered expression of degranulation-related genes in CD8+ T cells in HTLV-1 infection. AIDS Research and Human Retroviruses, v. 1, p. 130110034702004, 2013; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; ISSN/ISBN: 08892229.

23.
8MIYOSHI, NEWTON SHYDEO2013MIYOSHI, NEWTON SHYDEO ; Pinheiro, Daniel Guariz ; SILVA, WILSON ARAÚJO ; FELIPE, JOAQUIM CEZAR . Computational framework to support integration of biomolecular and clinical data within a translational approach. BMC Bioinformatics, v. 14, p. 180, 2013; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; Série: 1; ISSN/ISBN: 14712105.

24.
PINTO, MARIANA TOMAZINI2013PINTO, MARIANA TOMAZINI ; MALTA, TATHIANE MAISTRO ; RODRIGUES, EVANDRA STRAZZA ; Pinheiro, Daniel Guariz ; PANEPUCCI, RODRIGO ALEXANDRE ; FARIAS, KELEN CRISTINA RIBEIRO MALMEGRIM DE ; DE PAULA ALVES SOUSA, ALESSANDRA ; TAKAYANAGUI, OSVALDO MASSAITI ; TANAKA, YUETSU ; COVAS, DIMAS TADEU ; Kashima, Simone . Genes related to antiviral activity, cell migration, and lysis are differentially expressed in CD4+ T cells in HAM/TSP patients.. AIDS Research and Human Retroviruses, v. 30, p. 130917035218000, 2013; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; Série: 6; ISSN/ISBN: 19318405.

25.
10Gordo, Sheila M C2012Gordo, Sheila M C ; Pinheiro, Daniel G ; Moreira, Edith CO ; Rodrigues, Simone M ; Poltronieri, Marli C ; De Lemos, Oriel F ; da Silva, Israel Tojal ; Ramos, Rommel TJ ; Silva, Artur ; Schneider, Horacio ; Silva, Wilson A ; Sampaio, Iracilda ; Darnet, Sylvain . High-throughput sequencing of black pepper root transcriptome. BMC Plant Biology (Online), v. 12, p. 168, 2012; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; Série: 1; ISSN/ISBN: 14712229.

26.
13De Lima, D. S.2012De Lima, D. S. ; Martins, C. S. ; Paixao, B. M. ; Amaral, F. C. ; Colli, L. M. ; Saggioro, F. P. ; Neder, L. ; Machado, H. R. ; Santos, A. R. ; PINHEIRO, D. G. ; Moreira, A. C. ; SILVA-JUNIOR, W. A. ; De Castro, M. . SAGE analysis highlights the putative role of underexpression of Ribosomal Proteins in GH-secreting pituitary adenomas.. European Journal of Endocrinology, v. 1, p. EJE-12-0760v1, 2012; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; ISSN/ISBN: 08044643.

27.
11XAVIER, F. C.2012XAVIER, F. C. ; RODINI, C. O. ; PAIVA, K. B. ; DESTRO, M. F. ; SEVERINO, P. ; MOYSES, R. A. ; Head Neck Genome Project/GENCAPO ; TAJARA, E. H. ; NUNES, F. D. . ORAOV1 is amplified in oral squamous cell carcinoma. Journal of Oral Pathology & Medicine, v. 41, p. 54-60, 2012; Série: 1; ISSN/ISBN: 09042512
Colaborador (Head and Neck Genome Project/GENCAPO). .

28.
12DOS SANTOS, M.2012DOS SANTOS, M. ; DA CUNHA MERCANTE, A. M. ; NUNES, F. D. ; LEOPOLDINO, A. M. ; DE CARVALHO, M. B. ; GAZITO, D. ; LOPEZ, R. V. M. ; CHIAPPINI, P. B. O. ; DE CARVALHO NETO, P. B. ; FUKUYAMA, E. E. ; Head Neck Genome Project/GENCAPO ; TAJARA, E. H. . Prognostic significance of NDRG1 expression in oral and oropharyngeal squamous cell carcinoma. Molecular Biology Reports, v. 39, p. 10157-10165, 2012; Série: 12; ISSN/ISBN: 03014851
Colaborador (Head and Neck Genome Project/GENCAPO). .

29.
15GALANTE, P. A. F.2011GALANTE, P. A. F. PARMIGIANI, R. B. Zhao, Q. Caballero, O. L. de Souza, J. E. Navarro, F. C. P. Gerber, A. L. Nicolas, M. F. Salim, A. C. M. Silva, A. P. M. Edsall, L. Devalle, S. Almeida, L. G. Ye, Z. Kuan, S. PINHEIRO, D. G. Tojal, I. Pedigoni, R. G. de Sousa, R. G. M. A. OLIVEIRA, T. Y. K. de Paula, M. G. Ohno-Machado, L. Kirkness, E. F. Levy, S. da Silva, W. A. , et al.Vasconcelos, A. T. R. Ren, B. ZAGO, M. A. Strausberg, R. L. SIMPSON, A. J. G. DE SOUZA, S. J. CAMARGO, A. A. ; Distinct patterns of somatic alterations in a lymphoblastoid and a tumor genome derived from the same individual. Nucleic Acids Research, p. 1, 2011; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; ISSN/ISBN: 03051048.

30.
14Ferreira, Frederico R.2011Ferreira, Frederico R. ; Oliveira, Alana M. ; Dinarte, Anemari R. ; Pinheiro, Daniel G. ; Greene, Lewis J. ; Silva, Wilson A. ; Joca, Samia R. ; Guimarães, Francisco S. . Changes in hippocampal gene expression by 7-nitroindazole in rats submitted to forced swimming stress. Genes, Brain and Behavior (Print), v. 1, p. no-no, 2011; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; ISSN/ISBN: 16011848.

31.
16RODINI, Camila de Oliveira2011RODINI, Camila de Oliveira ; XAVIER, Flávia Caló de Aquino ; RODRIGUES, M. F. S. D. ; MOYSES, R. A. ; MICHALUART JR, Pedro ; CARVALHO, Marcos Brasilino de ; FUKUYAMA, E. E. ; Gencapo, Head and Neck GENOME PROJECT ; TAJARA, Eloisa H ; OKAMOTO, Oswaldo Keith ; Nunes, Fabio . Homeobox gene expression profile indicates HOXA5 as a candidate prognostic marker in oral squamous cell carcinoma. International Journal of Oncology, v. 1, p. 1-9, 2011; Meio de divulgação: Digital; ISSN/ISBN: 10196439
Colaborador (Head and Neck Genome Project/GENCAPO). .

32.
17Boing, A. F.2011Boing, A. F. ; Antunes, J. L. F. ; de Carvalho, M. B. ; de Gois Filho, J. F. ; KOWALSKI, L. P. ; Michaluart, P. ; Gencapo, Head and Neck GENOME PROJECT ; Eluf-Neto, J. ; Boffetta, P. ; Wunsch-Filho, V. . How much do smoking and alcohol consumption explain socioeconomic inequalities in head and neck cancer risk?. Journal of Epidemiology and Community Health (1979), v. 65, p. 709-714, 2011; Meio de divulgação: Digital; ISSN/ISBN: 0143005X
Colaborador (Head and Neck Genome Project/GENCAPO). .

33.
19Ribeiro-dos-Santos, Ândrea2010Ribeiro-dos-Santos, Ândrea ; Khayat, André S. ; Silva, Artur ; Alencar, Dayse O. ; Lobato, Jessé ; Luz, Larissa ; PINHEIRO, D. G. ; Varuzza, Leonardo ; Assumpção, Monica ; Assumpção, Paulo ; Santos, Sidney ; Zanette, Dalila L. ; Silva, Wilson A. ; Burbano, Rommel ; Darnet, Sylvain . Ultra-Deep Sequencing Reveals the microRNA Expression Pattern of the Human Stomach. Plos One, v. 5, p. e13205, 2010
Palavras-chave: microrna.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra; Meio de divulgação: Digital. Homepage: ; ISSN/ISBN: 19326203.

34.
18Rodrigues-Lisoni, Flavia C2010Rodrigues-Lisoni, Flavia C ; Peitl, Paulo ; Vidotto, Alessandra ; Polachini, Giovana M ; Maniglia, Jose V ; Carmona-Raphe, Juliana ; Cunha, Bianca R ; Henrique, Tiago ; Souza, Caique F ; Teixeira, Rodrigo AP ; Fukuyama, Erica E ; Michaluart, Pedro ; de Carvalho, Marcos B ; Oliani, Sonia M ; Gencapo, Head and Neck GENOME PROJECT ; Tajara, Eloiza H . Genomics and proteomics approaches to the study of cancer-stroma interactions. BMC Medical Genomics, v. 3, p. 14, 2010; Meio de divulgação: Digital; ISSN/ISBN: 17558794.

35.
20PINHEIRO, D. G.;Pinheiro, D.;Pinheiro, Daniel;Pinheiro, Daniel G;Pinheiro, Daniel Guariz;Head Neck Genome Project/GENCAPO;PINHEIRO, D.G.;GUARIZ PINHEIRO, DANIEL2009 PINHEIRO, D. G.; GALANTE, P. A. F. ; DE SOUZA, S. J. ; ZAGO, M. A. ; SILVA JUNIOR, W. A. . A score system for quality evaluation of RNA sequence tags: an improvement for gene expression profiling. BMC Bioinformatics, v. 10, p. 170, 2009
Palavras-chave: Gene Expression; SAGE.; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-10-170; Série: 1; ISSN/ISBN: 14712105.

36.
21CALMON, M. F.2009CALMON, M. F. ; RODRIGUES, R. V. ; KANETO, C. M. ; MOURA, R. P. ; SILVA, S. D. ; MOTA, L. D. C. ; PINHEIRO, D. G. ; TORRES, C. ; CARVALHO, A. F. ; CURY, P. M. ; NUNES, F. D. ; NISHIMOTO, I. N. ; SOARES, F. A. ; SILVA, A. M. A. ; KOWALSKI, L. P. ; BRENTANI, H. P. ; ZANELLI, C. F. ; SILVA JUNIOR, W. A. ; RAHAL, P. ; TAJARA, E. H. ; CARRARO, D. M. ; CAMARGO, A. A. ; VALENTINI, S. R. . Epigenetic silencing of CRABP2 and MX1 in head and neck tumors. Neoplasia (New York), v. 11, p. 1329-1339, 2009; Série: 12; ISSN/ISBN: 15228002.

37.
24SILVEIRA, N. J.2008SILVEIRA, N. J. ; VARUZZA, L. ; MACHADO-LIMA, A. ; LAURETTO, M. S. ; PINHEIRO, D. G. ; RODRIGUES, R. V. ; SEVERINO, P. ; NOBREGA, F. G. ; GENCAPO ; SILVA JUNIOR, W. A. ; de B PEREIRA, C. A. ; TAJARA, E. H. . Searching for molecular markers in head and neck squamous cell carcinomas (HNSCC) by statistical and bioinformatic analysis of larynx-derived SAGE libraries. BMC Medical Genomics, v. 1, p. 56, 2008; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://dx.doi.org/10.1186/1755-8794-1-56; ISSN/ISBN: 17558794.

38.
22ALVES, V. A. F.2008ALVES, V. A. F. ; NONOGAKI, S. ; CURY, P. M. ; Wunsch-Filho, V. ; CARVALHO, M. B. ; MICHALUART-JUNIOR, P. ; MOYSES, R. A. ; CURIONI, O. A. ; FIGUEIREDO, D. L. A. ; SCAPULATEMPO-NETO, C. ; PARRA, E. R. ; SILISTINO-SOUZA, R. ; OLIANI, S. M. ; SILVA-JUNIOR, W. A. ; NOBREGA, F. G. ; Gencapo, Head and Neck GENOME PROJECT ; TAJARA, E. H. ; ZAGO, M. A. . Annexin A1 subcellular expression in laryngeal squamous cell carcinoma. Histopathology (Oxford. Print), v. 53, p. 715-727, 2008; Meio de divulgação: Digital; ISSN/ISBN: 03090167
Colaborador (Head and Neck Genome Project/GENCAPO). .

39.
23SEVERINO, P.2008SEVERINO, P. ; Alvares da Silva, A. M. ; Michaluart, P ; Okamoto, O. K. ; Nunes, FD ; Tajara, EH ; Gencapo, Head and Neck GENOME PROJECT . Global gene expression profiling of oral cavity cancers suggests molecular heterogeneity within anatomic subsites. BMC Research Notes, v. 1, p. 113, 2008; Meio de divulgação: Digital; ISSN/ISBN: 17560500
Colaborador (Head and Neck Genome Project/GENCAPO). .

40.
25CHIROMATZO, A. O.2007CHIROMATZO, A. O. ; OLIVEIRA, T. Y. K. ; PEREIRA, G. S. P. ; COSTA, A. Y. ; MONTESCO, C. A. E. ; YOSETAKE, F. ; VILAR, J. B. ; CERVATO, M. C. ; PRADO, P. R. R. ; CARDENAS, R. G. C. C. L. ; CERRI, R. ; BORGES, R. L. ; LEMOS, R. N. ; ALVARENGA, S. M. ; PERALLIS, V. R. C. ; PINHEIRO, D. G. ; SILVA, I. T. ; BRANDÃO, R. M. ; CUNHA, M. A. V. ; GIULIATTI, S. ; SILVA JUNIOR, W. A. . miRNApath: a database of miRNAs, target genes and metabolic pathways. Genetics and Molecular Research, v. 6, p. 859-865, 2007; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.funpecrp.com.br/gmr/year2007/vol4-6/xm0008_abstract.html; Série: 4; ISSN/ISBN: 16765680.

41.
26de Souza, Gustavo A.2006de Souza, Gustavo A. ; Godoy, Lyris M. F. ; Teixeira, Veronica R. ; Otake, Andreia H. ; Sabino, Adão ; Rosa, José C. ; Dinarte, Anemari R. ; PINHEIRO, D. G. ; Silva, Wilson A. ; Eberlin, Marcos N. ; Chammas, Roger ; Greene, Lewis J. . Proteomic and SAGE profiling of murine melanoma progression indicates the reduction of proteins responsible for ROS degradation. Proteomics (Weinheim. Print), v. 6, p. 1460-1470, 2006
Palavras-chave: Mass spectrometry; Melanoma progression; Proteome; Reactive oxygen species; SAGE.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Bioinformática.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular. ; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www3.interscience.wiley.com/cgi-bin/abstract/112301591/ABSTRACT?CRETRY=1&SRETRY=0; Série: 5; ISSN/ISBN: 16159853.

42.
29Nunes, Francis MF2004Nunes, Francis MF Valente, Valeria Sousa, Josane F Cunha, Marco AV PINHEIRO, D. G. Maia, Rafaela M Araujo, Daniela D Costa, Maria CR Martins, Waleska K Carvalho, Alex F Monesi, Nadia Nascimento, Adriana M Peixoto, Pablo MV Silva, Maria FR Ramos, Ricardo GP Reis, Luis FL Dias-Neto, Emmanuel Souza, Sandro J Simpson, Andrew JG Zago, Marco A Soares, Ademilson EE Bitondi, Marcia MG Espreafico, Enilza M Espindola, Foued S Paco-Larson, Maria L , et al.Simoes, Zila LP Hartfelder, Klaus Silva, Wilson A ; The use of Open Reading frame ESTs (ORESTES) for analysis of the honey bee transcriptome. BMC Genomics, v. 5, p. 84, 2004
Palavras-chave: Honey Bee; transcriptome; ORESTES.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Bioinformática. ; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.biomedcentral.com/1471-2164/5/84; ISSN/ISBN: 14712164.

43.
27SOGAYAR, M. C.2004SOGAYAR, M. C. CAMARGO, A. A. BETTONI, F. CARRARO, D. M. PIRES, L. C. PARMIGIANI, R. B. FERREIRA, E. N. de Sá MOREIRA, E. Do Rosário D. de O. LATORRE, M. SIMPSON, A. J. G. CRUZ, L. O. DEGAKI, T. L. FESTA, F. MASSIRER, K. B. FILHO, F. C. CAMARGO, L. P. CUNHA, M. A. V. DE SOUZA, S. J. FARIA JR, M. GIULIATTI, S. KOPP, L. OLIVEIRA, P. S. L. PAIVA, P. B. PEREIRA, A. A. PINHEIRO, D. G. , et al.PUGA, R. D. SOUZA, J. E. S. ALBUQUERQUE, D. M. ANDRADE, L. E. BAIA, G. S. BRIONES, M. R. CAVALEIRO?LUNA, A. M. CERUTTI, J. M. COSTA, F. F. COSTANZI-STRAUSS, E. ESPREAFICO, E. M. FERRASI, A. C. FERRO, E. S. FORTES, M. A. FURCHI, J. R. GIANNELLA-NETO, D. GOLDMAN, G. H. GOLDMAN, M. H. GRUBER, A. GUIMARÃES, G. S. HACKEL, C. HENRIQUE-SILVA, F. KIMURA, E. T. LEONI, S. G. MACEDO, C. MALNIC, B. MANZINI B., C. V. MARIE, S. K. N. MARTINEZ-ROSSI, N. M. MENOSSI, M. MIRACCA, E. C. NAGAI, M. A. NOBREGA, F. G. NOBREGA, M. P. OBA-SHINJO, S. M. OLIVEIRA, M. K. ORABONA, G. M. OTSUKA, A. Y. PAÇO-LARSON, M. L. PAIXÃO, B. M. PANDOLFI, J. R. PARDINI, M. I. BUENO, M. R. P. PASSOS, G. A. PESQUERO, J. B. PESSOA, J. G. RAHAL, P. RAINHO, C. A. REIS, C. P. RICCA, T. I. RODRIGUES, V. ROGATTO, S. R. ROMANO, C. M. ROMEIRO, J. G. ROSSI, A. SÁ, R. G. SALES, M. M. SANTANNA, S. C. SANTAROSA, P. L. SEGATO, F. SILVA JUNIOR, W. A. SILVA, I. D. SILVA, N. P. SOARES-COSTA, A. SONATI, M. F. STRAUSS, B. E. TAJARA, E. H. VALENTINI, S. R. VILLANOVA, F. E. WARD, L. S. ZANETTE, D. L. ; A Transcript Finishing Initiative for Closing Gaps in the Human Transcriptome. Genome Research, v. 14, n.7, p. 1413-1423, 2004
Palavras-chave: transcript; human; transcriptome.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Bioinformática. ; Meio de divulgação: Digital. Homepage: http://www.genome.org/cgi/content/full/14/7/1413; ISSN/ISBN: 10889051.

44.
28FERREIRA, E. N.2004FERREIRA, E. N. PIRES, L. C. PARMIGIANI, R. B. BETTONI, F. PUGA, R. D. PINHEIRO, D. G. ANDRADE, L. E. C. CRUZ, L. O. DEGAKI, T. L. FARIA JR., M. FESTA, F. GIANNELLA-NETO, D. GIORGI, R. R. GOLDMAN, G. H. GRANJA, F. GRUBER, A. HACKEL, C. HENRIQUE-SILVA, F. MALNIC, B. MANZINI, C. V. B. MARIE, S. K. N. MARTINEZ-ROSSI, N. M. OBA-SHINJO, S. M. PARDINI, M. I. M. C. RAHAL, P. , et al.RAINHO, C. A. ROGATTO, S. R. ROMANO, C. M. RODRIGUES, V. SALES, M. M. SAVOLDI, M. DA SILVA, I. D. C. G. DA SILVA, N. P. DE SOUZA, S. J. TAJARA, E. H. SILVA JUNIOR, W. A. SIMPSON, A. J. G. SOGAYAR, M. C. CAMARGO, A. A. CARRARO, D. M. ; Identification and complete sequencing of novel human transcripts through the use of mouse orthologs and testis cDNA sequences. Genetics and Molecular Research, v. 3, p. 493-511, 2004
Palavras-chave: Novel human transcripts; Mouse orthologous sequence; Testis cDNA.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Bioinformática.
Referências adicionais: Brasil/Inglês; Meio de divulgação: Hibertexto. Homepage: http://www.funpecrp.com.br/gmr/year2004/vol4-3/icob0006_full_text.htm; Série: 4; ISSN/ISBN: 16765680.

Capítulos de livros publicados
1.
OMORI, W. P. ; SIERRA, L. G. T. ; PINHEIRO, D. G. ; MIRANDA, V. F. O. ; SOUZA, J. A. M. . Minireview sobre abordagens, métodos e conceitos para análise de um microbioma. In: Janete Apparecida Desidério (Coordenador); Carla Resende Bastos (Coordenador); Maria Laura Viola Augusto (Coordenador); Nestor Darío Franco (Autor); Paula Castanho Borges (Autor). (Org.). Tópicos especiais em genética aplicada. 1ed.Jaboticabal/SP: Funep, 2017, v. 4, p. 122-129.
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Digital; Número da revisão: 1; ISBN: 9788578051716.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
MIYOSHI, N. S. B. ; PINHEIRO, D. G. ; SILVA JUNIOR, W. A. ; FELIPE, J. C. . Computational Framework to Support Integration of Biomolecular and Clinical Data within a Translational Approach. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting), 2011, Florianópolis - SC. Proceedings of the 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2011.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Português.

2.
PIRES, L. C. ; FERREIRA, E. N. ; PUGA, R. D. ; PINHEIRO, D. G. ; FARIA JR, M. ; SILVA JUNIOR, W. A. ; CAMARGO, A. A. ; CARRARO, D. M. . Comparison of two methodology for New Human Genes Identification: Mouse Orthologous sequences and Testis cDNA Sequences. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis, 2004.
Palavras-chave: Human Genes; Mouse; Orthologous; Testis.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Hibertexto; Homepage: http://www.icobicobi.com.br.

3.
NUNES, F. M. F. ; VALENTE, V. ; SOUSA, J. F. ; CUNHA, M. A. V. ; PINHEIRO, D. G. ; MAIA, R. M. ; COSTA, M. C. R. ; MARTINS, W. K. ; CARVALHO, A. F. ; MONESI, N. ; NASCIMENTO, A. M. ; PEIXOTO, P. M. V. ; SILVA, M. F. R. ; RAMOS, R. G. P. ; REIS, L. F. L. ; DIAS NETO, E. ; SIMOES, Z. L. P. ; HARTFELDER, K. ; SILVA-JUNIOR, W. A. . Open Reading Frame ESTs - An Efficient Strategy for Analysis of the Honey Bee Transcriptome. In: 8th IBRA International Conference on Tropical Bees, 2004, Ribeirão Preto-SP. Proceedings of the 8th IBRA International Conference on Tropical Bees, 2004.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês.

4.
NUNES, F. M. F. ; COSTA, M. C. R. ; BONETTI, A. M. ; SOARES, S. C. ; BARBUZANO, F. ; FERREIRA, C. A. ; SANTOS, A. R. D. ; MARQUES, A. A. ; MENEZES, C. C. B. O. ; PEREIRA, G. S. P. ; VALENTE, V. ; MAIA, R. M. ; SOUSA, J. F. ; FOCOSI, R ; UNGARO, A. O. ; PINHEIRO, D. G. ; ESPINDOLA, F. S. ; SOARES, A. E. E. ; ESPREAFICO, E. M. ; BITONDI, M. M. G. ; HARTFELDER, K. ; SIMÕES, Z. L. P. ; PAÇÓ-LARSON, M. L. ; SILVA JUNIOR, W. A. . Identification and biological implications of Apis mellifera pupal phase overexpressed genes. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto, 2003.
Palavras-chave: Apis Mellifera; Expressão Gênica.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Bioinformática.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Hibertexto; Homepage: http://www.vision.ime.usp.br/~icobicobi/.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
CANCELADO, S. V. ; CEPEDA, J. C. C. ; PINHEIRO, D. G. ; ALVES, L. M. C. . Identificação de Genes Bacterianos Produtores de Fenazinas em Solos Suplementados com Adubo Orgânico. In: I Congresso Brasileiro de Microbiologia Agropecuária, Agrícola e Ambiental, 2016, Jaboticabal. Revista Ciência & Tecnologia. Jaboticabal/SP: Fatec - Faculdade de Tecnologia de Jaboticabal, 2016. v. 8.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Português; Meio de divulgação: Hibertexto; Homepage: http://www.citec.fatecjab.edu.br/index.php/files/article/view/902; ISSN/ISBN: 2178-9436.

2.
BURGER, M. C. ; PINHEIRO, D. G. ; BUENO, R. B. L. ; ARAUJO, A. G. ; FIGUEIREDO, D. L. A. ; MAMEDE, R. C. M. ; SILVA JUNIOR, W. A. . ANÁLISE DA EXPRESSÃO GÊNICA E DE MICRORNAS EM LARGA ESCALA DO CARCINOMA ESPINOCELULAR DE LARINGE. In: Workshop de Informática Biomédica, 2012, Ribeirão Preto. REVISTA DE INFORMÁTICA BIOMÉDICA, 2012. v. 2. p. 95-98.
Referências adicionais: Classificação do evento: Regional; Brasil/ Bretão; Meio de divulgação: Hibertexto; Homepage: http://revistas.ffclrp.usp.br/ribm/article/view/160; ISSN/ISBN: 2237-3594.

3.
Silva, Israel T ; Pinheiro, Daniel G ; Silva, Wilson A . A computational approach to identify transposable element insertions in cancer cells. In: Beyond the Genome, 2011, Washington DC. Genome Biology, 2011. v. 12. p. 1-27.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Português.

4.
Ferreira, F. ; Joca, S. ; Pinheiro, D. ; Santos, A. ; Silva, W. ; Catalan, A. ; Greene, L. ; Guimaraes, F. . P.2.d.005 Effects of chronic treatment with 7-nitroindazole on rat hippocampal gene and protein expression after swimming stress. In: 22nd European College of Neuropsychopharmacology Congress, 2009, Istambul. European Neuropsychopharmacology, 2009. v. 19. p. S432-S432.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
NEME, C. E. M. CASTRO, B. G. TAHYRA, A. S. C. FREDI, B. M. NAPPI, C. R. MASCARELLI, D. E. SANTOS, D. OLIVEIRA, F. S. FREIRE, F. P. BALLESTERO, G. LIMA, J. B. M. BOLSONI, J. A. GEBENLIAN, J. L. BIBO, N. L. SILVA, N. S. SANTOS, N. C. ALCANTARA, Q. A. ZUCHERATO, V. S. GASPAR, G. G. CAMPANARI, M. F. Z. SILVA, R. C. PINHEIRO, D.G. Dias-Neto, Emmanuel ROBERTO, V. B. SILVEIRA, V. S. , et al.FONTES, A. M. MARTINEZ-ROSSI, N. M. SILVA JUNIOR, W. A. ; The microbial diversity among internal and external hospital environments: What?s our role?. In: XXII International Congress of Genetics, 2018, Foz do Iguaçu/PR. Annals of XXII International Congress of Genetics, 2018.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Português.

2.
PINHEIRO, D. G.; SILVA, S. R. ; MENEZES, C. G. ; PENHA, H. A. ; SOUZA, J. A. M. ; DESIDERIO, J. A. ; CARVALHO, R. F. ; VARANI, A. M. ; MIRANDA, V. F. O. . de novo transcriptome assembly and gene expression for anthocyanin pathway in Utricularia flower variants. In: 62º Congresso Brasileiro de Genética, 2016, Caxambu/MG. 62º Congresso Brasileiro de Genética, 2016.
Palavras-chave: Utricularia; Lentibulariaceae; anthocyanin pathway; transcriptome; flower.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Português; Meio de divulgação: Hibertexto; Homepage: http://web2.sbg.org.br:8888/.

3.
DEPINTOR, T. S. ; FREITAS, F. C. P. ; LOPES, T. F. ; PINHEIRO, D. G. ; BITONDI, M. M. G. ; SIMOES, Z. L. P. . In silico analyses of miRNA-mRNA interactions during development of the honeybee, Apis mellifera. In: 62º Congresso Brasileiro de Genética, 2016, Caxambu/MG. 62º Congresso Brasileiro de Genética, 2016.
Palavras-chave: miRNA; Apis Mellifera; development; Gene Expression; Interactive Gene Network.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Português; Meio de divulgação: Hibertexto; Homepage: http://web2.sbg.org.br:8888/.

4.
SILVA, S. R. ; DIAZ, Y. C. A. ; PENHA, H. A. ; PINHEIRO, D. G. ; FERNANDES, C. C. ; MORAES, A. P. ; MIRANDA, V. F. O. ; MICHAEL, T. P. ; VARANI, A. M. . Unraveling the genome sequence of the Utricularia reniformis a.st.-hil. (Lentibulariaceae): insights into the evolution of a terrestrial carnivorous plant. In: 62º Congresso Brasileiro de Genética, 2016. 62º Congresso Brasileiro de Genética, 2016.
Palavras-chave: Transposable Elements; Genome Evolution; Genome Assembly; Comparative Genomics; Core Eukaryotic Genes.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Português; Meio de divulgação: Hibertexto; Homepage: http://web2.sbg.org.br:8888/.

5.
MARTINS, J. R. ; PINHEIRO, D. G. ; AHMED, A. C. ; ROBINSON, G. E. ; MIZZEN, C. ; BITONDI, M. M. G. . Genome-wide analysis of Hex 110 and Hex 70a binding sites in the fat body of adult honey bee workers. In: XI Encontro sobre Abelhas, 2015, Ribeirão Preto-SP. XI Encontro sobre Abelhas, 2015.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Bretão.

6.
CACHETA, A. K. S. ; OMORI, W. P. ; FERNANDES, C. C. ; LEMOS, E. G. M. ; PINHEIRO, D. G. . Análise metagenômica de solos no quadrilátero ferrífero. In: XXVII Congresso de Iniciação Científica da UNESP, 2015, Jaboticabal-SP. XXVII Congresso de Iniciação Científica da UNESP, 2015.
Referências adicionais: Classificação do evento: Local; Brasil/ Português.

7.
SILVA, S. R. ; MIRANDA, V. F. O. ; MICHAEL, T. P. ; PINHEIRO, D. G. . Long non-coding RNAs in carnivorous plants: predicting lncRNAs in family Lentibulariaceae. In: 11th International Conference of the AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015, São Paulo-SP. 11th International Conference of the AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Português.

8.
LOPES, E. M. ; CASTELLANE, T. C. L. ; LIMA, M. T. ; OMORI, W. P. ; KISHI, L. T. ; PINHEIRO, D. G. ; SOUZA, J. A. M. ; LEMOS, E. G. M. . Estrutura metabólica de comunidades bacterianas em solo de cinco biomas do centro de biodiversidade (CEBIO). In: I Workshop de Bioenergia - UNESP, 2015, Jaboticabal-SP. Workshop de Bioenergia - UNESP, 2015.
Referências adicionais: Classificação do evento: Regional; Brasil/ Português.

9.
DONADI, E. A. ; MASSARO, J. D. ; POLLI, C. D. ; FOSS, M. C. ; FOSS-FREITAS, M. C. ; PASSOS, G. A. ; SAKAMOTO-HOJO, E. T. ; MIRANDA, W. R. H. ; ALVES, C. C. ; ALONSO, M. L. S. ; RASSI, D. M. ; EVANGELISTA, A. F. ; PINHEIRO, D. G. ; DONADI, E. A. . Post-transcriptional markers targeting HLA genes in type 1 diabetes mellitus (T1D) patients exhibiting or not exhibiting clinical complications. In: European Federation for Immunogenetics Conference, 2015, Genebra. Tissue Antigens. Nova Iorque: Wiley-Blackwell, 2015. v. 85. p. 33-33.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Suiça/ Inglês.

10.
SANTOS, S. P. ; PINHEIRO, D. G. ; SIMOES, A. L. . Sequencing of complete human mtDNA improves population genetic study. In: 61º Congresso Brasileiro de Genética, 2015, Águas de Lindóia/SP. 61º Congresso Brasileiro de Genética, 2015.
Palavras-chave: mitochondrial DNA; matrilineage; SNP; Sequencing; lineage discrimination.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Português; Meio de divulgação: Hibertexto; Homepage: http://web2.sbg.org.br:8888/.

11.
SOARES, MICHELLE PM ; PINHEIRO, D. G. ; LOPES, T. F. ; LAURE, M. A. F. B. ; SIMOES, Z. L. P. ; BITONDI, M. M. G. . High-throughput mRNA sequencing analysis of the metamorphosis in Apis melífera workers. In: 61º Congresso Brasileiro de Genética, 2015, Águas de Lindóia/SP. 61º Congresso Brasileiro de Genética, 2015.
Palavras-chave: Apis Mellifera; metamorphosis; RNA-Seq; miRNA; honeybee.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Português; Meio de divulgação: Hibertexto; Homepage: http://web2.sbg.org.br:8888/.

12.
SOARES, M. P. M. ; PINHEIRO, D. G. ; LOPES, T. F. ; LAURE, M. A. F. B. ; SIMOES, Z. L. P. ; BITONDI, M. M. G. . Next-generation mRNA sequencing for high-throughput analysis of the metamorphosis in Apis mellifera workers. In: Biology and Genomics of Social Insects, 2015, New York/NY/USA. Biology and Genomics of Social Insects, 2015.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Português.

13.
MARTELLI, F. S. ; LOPES, T. F. ; PINHEIRO, D. G. ; SIMOES, Z. L. P. ; NUNES, F. M. F. . Nutrition and aging: lessons from Apis mellifera, an idiosyncratic model. In: 60º Congresso Brasileiro de Genética, 2014, Guarujá/SP. 60º Congresso Brasileiro de Genética, 2014.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Português; ISSN/ISBN: 9788589109062.

14.
FELIPE, J. C. ; PINHEIRO, D. G. ; SIMOES, Z. L. P. ; NUNES, F. M. F. . Identificação de marcadores de envelhecimento em abelhas. In: II Workshop sobre Insetos Sociais, 2014, Ribeirão Preto. Livro de Resumos do II Workshop sobre Insetos Sociais, 2014.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Português.

15.
BELESINI, A. A. ; TELLES, B. R. ; PINHEIRO, D. G. ; GIACHETTO, P. F. ; CAVALLARI, S. D. C. ; CAZETTA, J. O. ; FERRO, M. I. T. . Sequenciamento e análise de genótipos de cana-de-açúcar submetidas à prolongada limitação hídrica. In: XVII Simpósio de Genética, 2014, São José do Rio Preto. Anais Eletrônicos do XVII Simpósio de Genética, 2014.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Português.

16.
TELLES, B. R. ; FERRO, M. I. T. ; BELESINI, A. A. ; PINHEIRO, D. G. ; CAVALLARI, S. D. C. . Sequenciamento de genótipos de cana-de-açúcar submetidos ao estresse hídrico prolongado. In: XXVI Congresso de Iniciação Científica da UNESP, 2014, JABOTICABAL-SP. XXVI Congresso de Iniciação Científica da UNESP, 2014.
Referências adicionais: Classificação do evento: Local; Brasil/ Português; Homepage: http://prope.unesp.br/cic/admin/ver_resumo.php?area=100082&subarea=23762&congresso=36&CPF=40752744895.

17.
MARTELLI, F. S. ; PINHEIRO, D. G. ; SIMOES, Z. L. P. ; NUNES, F. M. F. . A Protein-free Diet Impacts Fat Body Transcriptome and Accelerates Aging in Worker Honey Bees. In: 59º Congresso Brasileiro de Genética, 2013, Águas de Lindóia. 59º Congresso Brasileiro de Genética, 2013.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Português.

18.
VIEIRA, J. ; BOMTORIN, A. D. ; MODA, L. M. R. ; FREITAS, F. C. P. ; PINHEIRO, D. G. ; BARBIN, F. O. ; SIMOES, Z. L. P. ; BARCHUK, A. R. . Nutritionally-Responsive Genes in Early Brain Development. In: 59º Congresso Brasileiro de Genética, 2013, Águas de Lindóia. 59º Congresso Brasileiro de Genética, 2013.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Português.

19.
BUENO, R. B. L. ; PINHEIRO, D. G. ; MUYS, B. R. ; ZANETTE, D. L. ; MAMEDE, R. C. M. ; SILVA JUNIOR, W. A. . Overexpression of Hox Genes in Larynx Squamous Cell Carcinoma. In: 59º Congresso Brasileiro de Genética, 2013, Águas de Lindóia. 59º Congresso Brasileiro de Genética, 2013.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Português.

20.
BUENO, R. B. L. ; PINHEIRO, D. G. ; BURGER, M. C. ; ARAUJO, A. G. ; FIGUEIREDO, D. L. A. ; MAMEDE, R. C. M. ; SILVA JUNIOR, W. A. . Gene Expression Signature During Development of Larynx Squamous Cell Carcinoma. In: 58° Congresso Brasileiro de Genética, 2012, Foz do Iguaçu. Anais do 58° Congresso Brasileiro de Genética, 2012.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Português.

21.
OLIVEIRA, G. L. V. ; MALMEGRIM, K. C. R. ; LIMA, K. W. A. ; PINHEIRO, D. G. ; COLOMBINI, A. M. ; VIANA, P. B. ; PANEPUCCI, R. A. ; COVAS, D. T. ; VOLTARELLI, J. C. ; DONADI, E. A. . Mesenchymal Stromal Cells Isolated from Multiple Sclerosis Patients Have Differential Gene Expression Profile and Decreased Suppressive Effect. In: XXXVII Congress of the Brazilian Society of Immunology, 2012, Campos do Jordão/SP. XXXVII Congress of the Brazilian Society of Immunology (CLINICAL IMMUNOLOGY), 2012.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Português.

22.
LIMA, K. W. A. ; OLIVEIRA, G. L. V. ; Pinheiro, Daniel Guariz ; ZAGO, M. A. ; COVAS, D. T. ; VOLTARELLI, J. C. ; MALMEGRIM, K. C. R. . Gene Expression Profiling of Bone Marrow Mesenchymal Stromal Cells from Type 1 Diabetes Patients After Autologous Hematopoietic Stem Cells Transplantation. In: XXXVII Congress of the Brazilian Society of Immunology, 2012, Campos do Jordão/SP. XXXVII Congress of the Brazilian Society of Immunology (MOLECULAR IMMUNOLOGY), 2012.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Português.

23.
MALMEGRIM, K. C. R. ; SATURI, A. E. ; BOLZONI, R. F. ; PALMA, P. V. B. ; PINHEIRO, D. G. ; PANEPUCCI, R. A. ; ARAUJO, A. G. ; COVAS, D. T. ; ZAGO, M. A. ; SILVA JUNIOR, W. A. ; VOLTARELLI, J. C. . Transcriptome-wide Comparative Analysis of Bone Marrow Mesenchymal Stromal Cells From Diabetic And Non-Diabetic NOD Mice. In: XXXVI Congress of the Brazilian Society of Immunology, 2011, Foz do Iguaçu. XXXVI Congress of the Brazilian Society of Immunology, 2011.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Português.

24.
MALMEGRIM, K. C. R. ; SATURI, A. E. ; BOLZONI, R. F. ; PALMA, P. V. B. ; PINHEIRO, D. G. ; PANEPUCCI, R. A. ; ARAUJO, A. G. ; COVAS, D. T. ; ZAGO, M. A. ; SILVA JUNIOR, W. A. ; VOLTARELLI, J. C. . Differential Gene Expression Profiling of Bone Marrow Mesenchymal Stromal Cells From Non-Obese Diabetic And Control Mice. In: VI Congresso Brasileiro de Células-Tronco e Terapia Celular, 2011, Salvador. VI Congresso Brasileiro de Células-Tronco e Terapia Celular, 2011.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Português.

25.
Pinto, Mariana ; Malta, Tathiane ; Pinheiro, Daniel ; Rodrigues, Evandra ; Panepucci, Rodrigo A ; Souza, Alessandra P ; Malmegrim, Kelen C R ; Palma, Patrícia V B ; Takayanagui, Osvaldo M ; Covas, Dimas ; Kashima, Simone . CD3e expression in HTLV-1-infected individuals is associated with proviral load and Tax expression. In: 15th International Conference on Human Retroviruses: HTLV and Related Viruses, 2011, Leuven and Gembloux. 15th International Conference on Human Retroviruses: HTLV and Related Viruses.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Bélgica/ Inglês.

26.
TOMAZINI, M. P. ; MALTA, T. M. ; PINHEIRO, D. G. ; Rodrigues, Evandra ; PANEPUCCI, R. A. ; Souza, Alessandra P ; MALMEGRIM, K. C. R. ; Palma, Patrícia V B ; TAKAYANAGUI, O. M. ; COVAS, D. T. ; KASHIMA, S. . As Células TREG Podem Utilizar a Via Perforina-Granzima Como um Mecanismo Supressor da Infecção pelo HTLV-1. In: XI International Symposium on HTLV in Brazil, 2011, Olinda. Revista Ciências Médicas de Pernambuco, 2011. v. 7.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Português.

27.
ROSA E SILVA, J. C. ; DENTILLO, D. B. ; MEOLA, J. ; PINHEIRO, D. G. ; SILVA-JUNIOR, W. A. ; FERRIANI, R. A. . Cancer-Related Genes Screening In Patients With Endometriosis. In: 11th World Congress on Endometriosis, 2011, Montpellier-France. Proceedings of the 11th World Congress on Endometriosis, 2011.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; França/ Português.

28.
SOUSA, R. G. M. A. ; SILVA, I. T. ; OLIVEIRA, T. Y. K. ; PINHEIRO, D. G. ; SILVA JUNIOR, W. A. . An efficient computational approach to identify new SNVs. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting), 2010, Ouro Preto-MG. Proceedings of the 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês.

29.
CHIROMATZO, A. O. ; PINHEIRO, D. G. ; SILVA, I. T. ; SILVA-JUNIOR, W. A. . Computational Approach for Identification of Metabolic Pathways Affected by miRNA. In: I Workshop do Programa de Pós-Graduação em Genética, 2010, Ribeirão Preto-SP. I Workshop do Programa de Pós-Graduação em Genética, 2010.
Referências adicionais: Classificação do evento: Regional; Brasil/ Inglês.

30.
MIYOSHI, N. S. B. ; PINHEIRO, D. G. ; SILVA-JUNIOR, W. A. ; FELIPE, J. C. . Computational Platform for the Integration of Clinical and Biomolecular Data. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting), 2010, Ouro Preto-MG. Proceedings of the 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting), 2010.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Português.

31.
CARDENAS, R. G. C. C. L. ; PINHEIRO, D. G. ; SILVA, I. T. ; PEDIGONI, R. G. ; SOUSA, R. G. M. A. ; OLIVEIRA, T. Y. K. ; PAULA, M. G. D. ; SILVA-JUNIOR, W. A. . Germinal and Somatic Mutations Signature in Breast Tumor Cell Line. In: Proceedings of the 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting), 2010, Ouro Preto-MG. 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting), 2010.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Inglês.

32.
SANTOS, A. R. D. ; PINHEIRO, D. G. ; COVAS, D. T. ; SILVA, I. T. ; NICOLETE, L. D. F. ; TAKAYANAGUI, O. M. ; AZEVEDO, R. ; KASHIMA, S. . Identification of activated genes in CD8+ T cells isolated from HTLV-1 infected individuals. In: 14th International Conference on Human Retrovirology: HTLV and related retroviruses, 2009, Salvador/BA. 14th International Conference on Human Retrovirology: HTLV and related retroviruses, 2009. p. 125.
Palavras-chave: HTLV-1; SAGE; CD8 T cells.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Bioinformática.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Português.

33.
MALTA, T. M. ; RODRIGUES, E. S. ; SILVA, I. T. ; PINHEIRO, D. G. ; PANEPUCCI, R. A. ; AZEVEDO, R. ; GARCIA, F. B. ; NICOLETE, L. D. F. ; PALMA, P. V. B. ; SANTOS, A. R. D. ; TAKAYANAGUI, O. M. ; COVAS, D. T. ; KASHIMA, S. . Expressão Elevada de Moléculas Citolíticas e Correlação com SNPs em Pacientes Infectados pelo Vírus Linfotrópico de Células T Humanas Tipo 1 (HTLV-1) com HAM/TSP. In: 10º Simpósio Nacional de Biologia Molecular Aplicada à Medicina, 2009, Ribeirão Preto. 10º Simpósio Nacional de Biologia Molecular Aplicada à Medicina, 2009.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Português.

34.
MALTA, T. M. ; SILVA, I. T. ; PINHEIRO, D. G. ; PANEPUCCI, R. A. ; AZEVEDO, R. ; NICOLETE, L. D. F. ; SANTOS, A. R. D. ; TAKAYANAGUI, O. M. ; COVAS, D. T. ; KASHIMA, S. . Increased Expression of Cytolytic Genes In Human T-Cell Lymphotropic Virus Type 1 (HTLV-1) Patients With HAM/TSP. In: 7th International Congress of Pharmaceutical Sciences, 2009, Ribeirão Preto. 7th International Congress of Pharmaceutical Sciences, 2009.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês.

35.
AMARAL, F. C. ; PINHEIRO, D. G. ; DINARTE, A. R. ; SILVA-JUNIOR, W. A. ; MOREIRA, A. C. ; CASTRO, M. . Serial Analysis of Gene Expression in ACTH-Secreting Pituitary Tumors Using Different Bioinformatics Procedures. In: The Endocrine Society 91st Annual Meeting - ENDO 2009, 2009, Washington-DC-USA. Proceedings of The Endocrine Society 91st Annual Meeting - ENDO 2009, 2009.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Estados Unidos/ Inglês.

36.
LIMA, D. S. ; PINHEIRO, D. G. ; AMARAL, F. C. ; SILVA-JUNIOR, W. A. ; DINARTE, A. R. ; CERVATO, M. C. ; MOREIRA, A. C. ; DE CASTRO, M. . Concurrent and Multiple Bioinformatics Procedures Improve Serial Analysis of Gene Expression in cDNA Library of GH-Secreting Pituitary Tumors. In: The Endocrine Society 91st Annual Meeting - ENDO 2009, 2009, Washington-DC-USA. Proceedings of The Endocrine Society 91st Annual Meeting - ENDO 2009, 2009.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Estados Unidos/ Inglês.

37.
LUZ GOMES, L. ; OLIVEIRA, D. ; BARROS LOBATO, J. ; GOMES, J. ; SANTOS, S. ; DARNET, S. ; BURBANO, R. M. R. ; ASSUMPCAO, P. ; KHAYAT, A. S. ; SILVA-JUNIOR, W. A. ; PINHEIRO, D. G. ; RIBEIRO DOS SANTOS, A. . Advances in Gastric Cancer Research: microRNA-Transcriptomics Approach Using SOLiD System. In: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting), 2009, Angra dos Reis-RJ. Proceedings of the 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting), 2009.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês.

38.
SILVA-JUNIOR, W. A. ; DUARTE, G. ; MOLFETTA, G. A. ; PINHEIRO, D. G. ; KANETO, C. M. ; ZANETTE, D. L. ; JUNGBLUTH, A. ; OLD, L. J. . Gene expression profile during pregnancy reveals similar genetic program in cancer and placenta development: Identification of novel targets for cancer immunotherapy. In: XVII Meeting in the Cancer Research Institute. International Cancer Immunotherapy, 2009, New York-NY-USA. Proceedings of the XVII Meeting in the Cancer Research Institute. International Cancer Immunotherapy, 2009.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Estados Unidos/ Inglês.

39.
MALTA, T. M. ; SILVA, I. T. ; PINHEIRO, D. G. ; PANEPUCCI, R. A. ; AZEVEDO, R. ; DINARTE, A. R. ; TAKAYANAGUI, O. M. ; COVAS, D. T. ; KASHIMA, S. . Gene Expression Profile In CD8+ T-Cells Isolated from Human T-Cell Lymphotropic Virus Type 1 (HTLV-1) Infected Individuals. In: X International Symposium on HTLV in Brazil, 2008, Rio de Janeiro. The Brazilian Journal of Infectious Diseases, 2008. v. 12. p. 3-3.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

40.
BRANDÃO, R. M. ; PINHEIRO, D. G. ; OLIVEIRA, T. Y. K. ; MOLFETTA, G. A. ; SILVA JUNIOR, W. A. . Construção do primeiro SAGEmap de Apis mellifera. In: 53º Congresso Brasileiro de Genética, 2007, Águas de Lindóía. 53º Congresso Brasileiro de Genética, 2007.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Português.

41.
MOLFETTA, G. A. ; ZANETTE, D. L. ; PINHEIRO, D. G. ; ZAGO, M. A. ; SILVA-JUNIOR, W. A. . Identification of microRNAs involved in hematopoietic stem cell differentiation. In: 57th Annual Meeting of the American Society of Human Genetics, 2007, San Diego-CA-USA. Proceedings of the 57th Annual Meeting of the American Society of Human Genetics, 2007.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Estados Unidos/ Inglês.

42.
DENTILLO, D. B. ; MEOLA, J. ; ROSA E SILVA, J. C. ; FERRIANI, R. A. ; MELATO, J. C. ; BARBUZANO, F. ; PINHEIRO, D. G. ; SILVA JUNIOR, W. A. ; GIULIATTI, S. ; MARTELLI, L. . Triagem de genes relacionados a cancer por meio da tecnica de RaSH em pacientes com endometriose. In: 52º Congresso Brasileiro de Genética, 2006, Foz do Iguaçu. 52º Congresso Brasileiro de Genética, 2006.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Português.

43.
MEOLA, J. ; DENTILLO, D. B. ; ROSA E SILVA, J. C. ; MELATO, J. C. ; BARBUZANO, F. ; PINHEIRO, D. G. ; SILVA JUNIOR, W. A. ; FERRIANI, R. A. ; GIULIATTI, S. ; MARTELLI, L. . Análise de genes menos expressos por RaSH (Rapid Subtraction Hybridization) de pacientes com endometriose. In: 52º Congresso Brasileiro de Genética, 2006, Foz de Iguaçu. 52º Congresso Brasileiro de Genética, 2006.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Português.

44.
PINHEIRO, D. G.; GALANTE, P. A. F. ; DE SOUZA, S. J. ; SILVA JUNIOR, W. A. . Score System for SAGE Tags. In: I Congresso Anual da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005, Caxambu. I Congresso Anual da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005.
Palavras-chave: SAGE; Gene Expression; Score; Tool.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Bioinformática.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Impresso.

45.
VALENTE, V. ; MAIA, R. M. ; KODAMA, K. R. ; MOLFETTA, G. A. ; ZANETTE, D. L. ; SANTOS, A. R. D. ; CUNHA, M. A. V. ; SILVA, I. T. ; PINHEIRO, D. G. ; PAÇO-LARSON, M. L. ; ZAGO, M. A. ; SILVA JUNIOR, W. A. . Identification of Expressed Sequence Tags Representing Putative Human Micro-RNA Transcripts. In: IV São Paulo Research Conference Cancer Today from Molecular Biology to treatment, 2005, São Paulo. Applied Cancer Research Supplement, 2005. p. 93-93.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Português.

46.
BRANDÃO, R. M. ; SILVA, I. T. ; PINHEIRO, D. G. ; CUNHA, M. A. V. ; SILVA JUNIOR, W. A. . A Bioinformatic approach to select gene regions as tags for expression analysis. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis, 2004.
Palavras-chave: gene; regions; Tags.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Hibertexto; Homepage: http://www.icobicobi.com.br.

47.
SILVA, I. T. ; PINHEIRO, D. G. ; CUNHA, M. A. V. ; BRANDÃO, R. M. ; SILVA JUNIOR, W. A. . SNPMining: Mining Single Nucleotide Polymorphism in ESTs. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis, 2004.
Palavras-chave: SNP; EST.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Hibertexto; Homepage: http://www.icobicobi.com.br.

48.
PINHEIRO, D. G.; SILVA, I. T. ; FACELI, K. ; CARVALHO, A. C. P. L. F. ; SILVA JUNIOR, W. A. . H2G: A Tool to Identify Hyper and Hypo Expressed Genes on SAGE datasets. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis, 2004.
Palavras-chave: SAGE; Gene Expression.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Inglês; Meio de divulgação: Hibertexto; Homepage: http://www.icobicobi.com.br.

49.
NUNES, F. M. F. VALENTE, V. SOUSA, J. F. CUNHA, M. A. V. PINHEIRO, D. G. MAIA, R. M. ARAUJO, D. D. COSTA, M. C. R. MARTINS, W. K. CARVALHO, A. F. MONESI, N. NASCIMENTO, A. M. PEIXOTO, P. M. V. SILVA, M. F. R. SOARES, S. C. RAMOS, R. G. P. REIS, L. F. L. DIAS NETO, E. DE SOUZA, S. J. SIMPSON, A. J. G. ZAGO, M. A. SOARES, A. E. E. BITONDI, M. M. G. ESPREAFICO, E. M. ESPINDOLA, F. S. , et al.SIMOES, Z. L. P. HARTFELDER, K. PAÇO-LARSON, M. L. SILVA-JUNIOR, W. A. ; Transcriptome and comparative genomic analyses for honey bee (Apis mellifera). In: XXXIII Reunião Anual da SBBq, 2004, Caxambu-MG. Proceedings of the XXXIII Reunião Anual da SBBq, 2004.
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Inglês.

50.
NUNES, F. M. F. ; VALENTE, V. ; SOUSA, J. F. ; CUNHA, M. A. V. ; PINHEIRO, D. G. ; MAIA, R. M. ; COSTA, M. C. R. ; NASCIMENTO, A. M. ; PEIXOTO, P. M. V. ; SILVA, M. F. R. ; SOARES, A. E. E. ; BITONDI, M. M. G. ; ESPREAFICO, E. M. ; ESPINDOLA, F. S. ; PAÇO-LARSON, M. L. ; SIMOES, Z. L. P. ; HARTFELDER, K. ; SILVA-JUNIOR, W. A. . Genômica comparativa de 20.332 Expressed Sequence Tags (ESTs) de Apis mellifera. In: 50º Congresso Brasileiro de Genética, 2004, Florianópolis-SC. 50º Congresso Brasileiro de Genética, 2004.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

51.
ZANETTE, D. L. ; SANTOS, A. R. D. ; ZAGO, M. A. ; SILVA JUNIOR, W. A. ; ARAUJO, A. G. ; PAIXÃO, B. M. ; PINHEIRO, D. G. ; FERREIRA, C. A. . Análise global da expressão gênica de leucemia mielóide aguda. In: Congresso Brasileiro de Hematologia e Hemoterapia, 2003, São Paulo. Revista Brasileira de Hematologia e Hemoterapia, 2003. v. 25.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

52.
KODAMA, K. R. ; ZANETTE, D. L. ; SANTOS, A. R. D. ; PAIXAO, B. M. C. ; CUNHA, M. A. V. ; PINHEIRO, D. G. ; ARAUJO, A. G. ; ZAGO, M. A. ; SILVA-JUNIOR, W. A. . Análise de Genes Hipo e Hiper Expressos em Leucemia Mielóide Aguda. In: 49º Congresso Brasileiro de Ge, 2003, Águas de Lindóia-SP. 49º Congresso Brasileiro de Genética, 2003.
Referências adicionais: Classificação do evento: Brasil/ Português.

53.
PINHEIRO, D. G.; CUNHA, M. A. V. ; SILVA, I. T. ; ZAGO, M. A. ; SILVA JUNIOR, W. A. . Sistema Genérico de Anotação de ESTs. In: VIII Congresso Brasileiro de Informática em Saúde, 2002, Natal, 2002.
Palavras-chave: EST; Anotação; Bioinformática.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Classificação do evento: Nacional; Brasil/ Português; Meio de divulgação: Digital.

54.
ZAGO, M. A. ; SILVA-JUNIOR, W. A. ; SILVA, I. T. ; VALTAS, M. A. ; ARAUJO, A. G. ; PINHEIRO, D. G. ; PEREIRA, G. S. P. ; SCAFFO, M. H. . A Comparison of the Human Bone Marrow Transcriptome In Acute and In Chronic Leukemias. In: 7th Annual Meeting of the European Hematology Association, 2002, Florence-Italy. Proceedings of the 7th Annual Meeting of the European Hematology Association, 2002.
Referências adicionais: Classificação do evento: Internacional; Brasil/ Português.

Apresentações de Trabalho
1.
PINHEIRO, D. G.. Análise de perfis transcricionais no processo de ativação dos ovários em abelhas Apis mellifera. 2014. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Centro de Recursos Biológicos e Biologia Genômica; Cidade: Jaboticabal/SP; Evento: Seminários CREBIO - 1º CICLO; Inst. promotora/financiadora: Centro de Recursos Biológicos e Biologia Genômica.

2.
SANTOS, S. P. ; PINHEIRO, D. G. ; SIMOES, A. L. . Identificação de linhagens de mtDNA por sequenciamento completo em população brasileira. 2014. (Apresentação de Trabalho/Outra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Centro de Convenções de Ribeirão Preto; Cidade: Ribeirão Preto/SP; Evento: 4º Encontro Nacional de Química Forense - ENQFor e 1º Encontro da Sociedade Brasileira de Ciências Forenses.

3.
TELLES, B. R. ; FERRO, M. I. T. ; BELESINI, A. A. ; PINHEIRO, D. G. ; CAVALLARI, S. D. C. . Sequenciamento de genótipos de cana-de-açúcar submetidos ao estresse hídrico prolongado. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Centro de Convenções da Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, UNESP - Univ Estadual Paulista; Cidade: Jaboticabal/SP; Evento: XXVI Congresso de Iniciação Científica; Inst. promotora/financiadora: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, UNESP - Univ Estadual Paulista.

4.
PINHEIRO, D. G.. Introdução à análise de dados ChiP-Seq. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP/USP); Cidade: Ribeirão Preto-SP; Evento: Escola de estudos avançados em Genômica - Decodificando o DNA não-codificador; Inst. promotora/financiadora: Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia (CBAB).

5.
PINHEIRO, D. G.. Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC); Cidade: Petrópolis-RJ; Evento: Ferramentas de bioinformática aplicadas às análises de sequências transcriptômicas; Inst. promotora/financiadora: Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia (CBAB).

6.
PINHEIRO, D. G.. RNA-seq: Tophat & Cufflinks. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática (LGMB); Cidade: Ribeirão Preto-SP; Evento: IX Curso de Verão em Bioinformática; Inst. promotora/financiadora: Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP/USP).

7.
PINHEIRO, D. G.. Estratégias para montagem de transcriptomas utilizando dados de RNA-Seq. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Departamento de Genética; Cidade: Ribeirão Preto; Evento: Disciplina RGM5907 - Análise de Transcriptomas; Inst. promotora/financiadora: Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP/USP).

8.
PINHEIRO, D. G.. Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC); Cidade: Petrópolis-RJ; Evento: Ferramentas de bioinformática aplicadas às análises de sequências transcriptômicas e metagenômicas; Inst. promotora/financiadora: Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia (CBAB).

9.
PINHEIRO, D. G.. Introdução a Montagem de Transcriptomas - Módulos I e II. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática (LGMB); Cidade: Ribeirão Preto-SP; Evento: VIII Curso de Verão em Bioinformática; Inst. promotora/financiadora: Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP/USP).

10.
PINHEIRO, D. G.. Introdução à Bioinformática. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (FAMERP); Cidade: São José do Rio Preto-SP; Evento: Programa de Especialização em Biologia Molecular e Genética em Ciências da Saúde; Inst. promotora/financiadora: Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (FAMERP).

11.
PINHEIRO, D. G.. Montagem de transcriptomas e Alinhamento de sequências de cDNA em genoma referência. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC); Cidade: Petrópolis-RJ; Evento: Ferramentas de bioinformática aplicadas à análise de sequências genômicas, metagenômicas e transcriptômicas; Inst. promotora/financiadora: Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia (CBAB).

12.
PINHEIRO, D. G.. Alinhamento e Montagem de Sequências de Transcritos Gênicos. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática (LGMB); Cidade: Ribeirão Preto-SP; Evento: I Oficina de Bioinformática; Inst. promotora/financiadora: Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer e Centro Regional de Hemoterapia de Ribeirão Preto - HC/FMRP/USP.

13.
PINHEIRO, D. G.. Alinhamento de Sequências Biológicas. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática (LGMB); Cidade: Ribeirão Preto-SP; Evento: VII Curso de Verão em Bioinformática; Inst. promotora/financiadora: Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP/USP).

14.
PINHEIRO, D. G.. Introdução à Bioinformática. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Faculdade São Luís; Cidade: Jaboticabal-SP; Evento: Semana de Sistemas de Informação 2010; Inst. promotora/financiadora: Faculdade São Luís.

15.
PINHEIRO, D. G.. Introdução à BioPerl. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática (LGMB); Cidade: Ribeirão Preto-SP; Evento: VI Curso de Verão em Bioinformática; Inst. promotora/financiadora: Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP/USP).

16.
PINHEIRO, D. G.. Introdução à BioPerl. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática (LGMB); Cidade: Ribeirão Preto-SP; Evento: V Curso de Verão em Bioinformática; Inst. promotora/financiadora: Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP/USP).

17.
PINHEIRO, D. G.. Banco de Dados Biológicos - I. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática (LGMB); Cidade: Ribeirão Preto-SP; Evento: IV Curso de Verão em Bioinformática; Inst. promotora/financiadora: Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP/USP).

18.
PINHEIRO, D. G.. Projeto Genoma Humano do Câncer/ORESTES. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática (LGMB); Cidade: Ribeirão Preto-SP; Evento: III Curso de Verão em Bioinformática; Inst. promotora/financiadora: Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP/USP).

19.
PINHEIRO, D. G.. Programação Perl I - OO (DBI/DBD::MySQL). 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática (LGMB); Cidade: Ribeirão Preto-SP; Evento: III Curso de Verão em Bioinformática; Inst. promotora/financiadora: Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP/USP).

20.
SILVA JUNIOR, W. A. ; ZAGO, M. A. ; PINHEIRO, D. G. ; FACELLI, K. ; SILVA, I. T. ; CARVALHO, A. C. P. L. F. . H2G: Um Aplicativo para Identificação de Genes Hiper e Hipo Expressos com Base nos Dados de SAGE. 2003. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).
Palavras-chave: Expressão Gênica; SAGE; Bioinformática.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Hemocentro de Ribeirão Preto; Cidade: Ribeirão Preto; Evento: Introdução à Biologia Computacional; Inst. promotora/financiadora: Centro Brasileiro Argentino de Biotecnologia.

21.
PINHEIRO, D. G.. H2G: Um Aplicativo para Identificação de Genes Hiper e Hipo Expressos com Base nos Dados de SAGE. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática (LGMB); Cidade: Ribeirão Preto-SP; Evento: Introdução à Biologia Computacional; Inst. promotora/financiadora: Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia (CBAB).

22.
PINHEIRO, D. G.. Introdução ao Programa CAP3. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática (LGMB); Cidade: Ribeirão Preto-SP; Evento: Introdução à Biologia Computacional; Inst. promotora/financiadora: Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia (CBAB).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
PINHEIRO, D. G.. bioinfoutilities: Scripts utilitários para o processamento de dados biológicos. 2017.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Brasil/; Finalidade: Scripts utilitários para o processamento de dados biológicos; Plataforma: Perl, R, Bash-scripting; Ambiente: Processadores de texto|Aplicações técnico-científicas|Utilitários; Inst. promotora/financiadora: FAPESP, CNPq, CAPES, UNESP - Universidade Estadual Paulista, USP - Universidade de São Paulo.
https://github.com/dgpinheiro/bioinfoutilities.

2.
PINHEIRO, D. G.. cuffpipe.sh: Processamento automatizado de dados de RNA-Seq (Paired-End e Single-End). 2017.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Brasil/; Finalidade: Processamento automatizado de dados de RNA-Seq (Paired-End e Single-End); Plataforma: Bash-scripting; Ambiente: Aplicações técnico-científicas; Inst. promotora/financiadora: UNESP - Universidade Estadual Paulista.

3.
PINHEIRO, D. G.. pipe_wgs_preproc.sh*, pipe_wgs_asm.sh* e pipe_wgs_map.sh*: Processamento automatizado para montagem e anotação de dados de Whole Genome Sequences (WGS) a partir de amostras metagenômicas [* Nomes provisórios]. 2016.
Referências adicionais: Brasil/; Finalidade: Processamento automatizado para montagem e anotação de dados de Whole Genome Sequences (WGS) a partir de amostras metagenômicas; Plataforma: Bash-scripting; Perl; Inst. promotora/financiadora: UNESP - Universidade Estadual Paulista.

4.
PINHEIRO, D. G.. cuffpipePE.sh* e cuffpipeSE.sh*: Processamento automatizado de dados de RNA-Seq (Paired-End e Single-End) [* Nomes provisórios]. 2015.
Referências adicionais: Brasil/; Finalidade: Processamento automatizado de dados de RNA-Seq baseado no pacote Tuxedo; Plataforma: Bash-scripting e Perl; Ambiente: Aplicações técnico-científicas; Inst. promotora/financiadora: UNESP - Universidade Estadual Paulista.

5.
PINHEIRO, D. G.. smallRNAspipe.sh* - Processamento de dados de small RNA-Seq [* Nome provisório]. 2015.
Referências adicionais: Brasil/; Finalidade: Processamento de dados de pequenos RNAs (small RNAs) incluíndo miRNAs; Plataforma: Bash-scripting; Perl; Ambiente: Aplicações técnico-científicas; Inst. promotora/financiadora: UNESP - Universidade Estadual Paulista.

6.
SILVA JUNIOR, W. A. ; ZAGO, M. A. . H2G - Hyper and Hypo Expressed Genes. 2009.
Palavras-chave: Expressão Gênica; SAGE; Bioinformática.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Brasil/; Meio de divulgação: Hibertexto; Finalidade: Identificação de Genes Hiper e Hipo expressos utilizando dados obtidos através da metodologia SAGE; Plataforma: Perl; Ambiente: internet; Inst. promotora/financiadora: FAPESP; CNPq.
O H2G é uma plataforma computacional integrativa para a análise de dados de expressão gênica provenientes de métodos baseados na contagem de tags, ou seja, de pequenas sequências que representam um único transcrito, como as SAGE tags. Essa plataforma permite o gerenciamento dos dados de expressão gênica das diferentes amostras organizadas por projetos. Há um projeto público, o qual armazena os dados de domínio público e projetos que possuem acesso restrito somente aos seus membros. A plataforma inclui ferramentas de análise e seleção de genes diferencialmente expressos em comparações entre diferentes condições biológicas, por exemplo, tecido normal e tumoral. Nessa plataforma os dados são integrados às informações gênicas disponíveis, tais como processos biológicos, funções moleculares, componentes celulares e vias metabólicas. Essa plataforma foi desenvolvida para suprir a necessidade desses recursos no Projeto Genoma Clínico, iniciativa desenvolvida por uma rede de 19 instituições no Brasil, financiada pela FAPESP e o Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer. O objetivo desse projeto é a identificação de marcadores moleculares que poderão auxiliar no desenvolvimento de métodos de diagnóstico, prognóstico ou de terapias contra o câncer..

7.
GALANTE, P. A. F. ; DE SOUZA, S. J. ; SILVA JUNIOR, W. A. . S3T: Score System for Sequence Tags. 2009.
Palavras-chave: SAGE; Score; Tags.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Bioinformática.
Referências adicionais: Brasil/; Meio de divulgação: Hibertexto; Finalidade: Sistema para classificação e seleção de SAGE Tags; Plataforma: Perl; Ambiente: internet; Inst. promotora/financiadora: FAPESP; CNPq.
O S3T é uma ferramenta computacional concebida para indexar dados de expressão gênica produzidos por métodos baseados na contagem de tags, ou seja, de pequenas sequências que representam um único transcrito, como as SAGE tags. Esse procedimento de indexação é realizado por meio de uma série de avaliações baseadas em um conjunto de regras definido, o qual permite a identificação/seleção de dados considerados mais confiáveis para as análises posteriores. O objetivo é obter perfis de expressão gênica mais fidedignos. O sistema possui uma interface com o usuário via internet e também pode ser executado via linha de comando. Os recursos disponibilizados via internet incluem a avaliação das tags, a seleção das tags, com seus respectivos genes mapeados, para cada uma das categorias e a comparação com o resultado das análises realizadas com um conjunto de dados extraídos de repositórios de acesso público.

8.
CUNHA, M. A. V. ; SILVA, I. T. ; ZAGO, M. A. ; SILVA JUNIOR, W. A. . GEAP - Generic Est Annotation Pipeline. 2002.
Palavras-chave: ESTs; Anotação; Bioinformática.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Brasil/; Meio de divulgação: Hibertexto; Finalidade: Sistema Genérico para Avaliação e Anotação de ESTs; Plataforma: Perl; Ambiente: internet; Inst. promotora/financiadora: FAPESP; CNPq.
O GEAP é uma plataforma computacional para a análise e anotação automatizada de ESTs (Expressed Sequence Tags) geradas pelo sequenciamento com o método de SANGER. O sistema executa uma série ordenada de rotinas e filtros (pipeline). Esses passos incluem a chamada de bases (base calling), a avaliação inicial da qualidade das bases sequenciadas e seleção das regiões de alta qualidade, a identificação de artefatos da técnica, como vetores e primers e processamento para seleção da sequência de interesse, e por fim, a anotação dessas sequências em relação a bancos de dados de transcritos conhecidos. As sequências podem ser submetidas a esse processamento pela interface gráfica via internet. O resultado desse processo pode ser visualizado através dessa interface, que além disso, permite uma comparação de expressão dos transcritos identificados entre os dados de amostras submetidos. O acesso aos resultados de cada projeto é restrito aos usuários dos respectivos projetos de sequenciamento de ESTs. A característica principal é a adaptabilidade aos diferentes projetos de anotação de ESTs e também de sequenciamento de ESTs associados ao método RaSH (Rapid Subtraction Hybridization).

Redes sociais, websites e blogs
1.
PINHEIRO, D. G.. BioInfoDB: A repository of notes and experiences in Bioinformatics and Computational Biology. 2015; Tema: Anotações úteis relacionadas aos temas: administração de sistemas linux, Bioinformática e Biologia Molecular. (Blog).
Referências adicionais: Brasil/Português; Homepage: http://bioinfodb.blogspot.com.br/.

2.
PINHEIRO, D. G.. Blog BioInfoDB. 2013; Tema: Blog sobre Experiências em Bioinformática. (Blog).
Referências adicionais: Brasil/Português; Homepage: http://bioinfodb.blogspot.com.br.

3.
PINHEIRO, D. G.. Wikipage do LBDA. 2012; Tema: Wikipage do Núcleo de Bioinformática do Laboratório de Biologia do Desenvolvimento de Abelhas (LBDA). (Site).
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral.
Referências adicionais: Brasil/Português; Homepage: http://kerr.fmrp.usp.br/mediawiki/index.php/Main_Page.


Demais tipos de produção técnica
1.
PINHEIRO, D. G.. Montagem de novo de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
Palavras-chave: Transcritoma; Montagem.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Outro; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 8; Local: Laboratório Nacional de Computação Científica; Cidade: Petrópolis/RJ; Inst. promotora: Laboratório Nacional de Computação Científica.
Curso CBAB/CABBIO/LNCC 2017 - Ferramentas de bioinformática para análise de dados de RNA-seq.

2.
PINHEIRO, D. G.. II Curso de Verão em Bioinformática: Metagenômica: da aquisição à mineração de dados. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
Referências adicionais: Brasil/Português;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 37; Local: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias; Cidade: Jaboticabal/SP; Inst. promotora: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

3.
PINHEIRO, D. G.. Montagem de novo de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
Palavras-chave: Transcritoma; Montagem.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Outro; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 8; Local: Laboratório Nacional de Computação Científica; Cidade: Petrópolis/RJ; Inst. promotora: Laboratório Nacional de Computação Científica.
Curso CBAB/CABBIO/LNCC 2016 - Ferramentas de Bioinformática Aplicadas as Análises de Sequências de RNA-SEQ.

4.
PINHEIRO, D. G.. I Curso de Verão em Bioinformática: Metagenômica: conceitos e aplicações. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
Referências adicionais: Brasil/Português; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 37; Local: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias; Cidade: Jaboticabal/SP; Inst. promotora: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

5.
PINHEIRO, D. G.. Montagem de novo de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2015. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
Palavras-chave: Transcritoma; Montagem.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Outro; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 8; Local: Laboratório Nacional de Computação Científica; Cidade: Petrópolis/RJ; Inst. promotora: Laboratório Nacional de Computação Científica.
Curso CBAB/CABBIO 2015 Ferramentas de bioinformática aplicadas às análises de sequências de RNA-Seq.

6.
PINHEIRO, D. G.. Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
Palavras-chave: Transcritoma; Montagem.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Outro; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 8; Local: Laboratório Nacional de Computação Científica; Cidade: Petrópolis/RJ; Inst. promotora: Laboratório Nacional de Computação Científica.
CBAB/CABBIO 2014:Ferramentas de Bioinformática Aplicadas às Análises de Sequências Transcriptômicas.

7.
PINHEIRO, D. G.; SIMOES, Z. L. P. . Relatório Científico do Projeto: Abordagem integrativa in silico na análise causal do desenvolvimento de Apis mellifera. 2014. (Relatório de pesquisa).
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Digital; Disponibilidade: Restrita; Projeto de pesquisa: Abordagem integrativa in silico na análise causal do desenvolvimento de Apis mellifera; Nº páginas: 143; Inst. promotora/financiadora: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.

8.
PINHEIRO, D. G.. Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
Palavras-chave: Transcritoma; Montagem.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Outro; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 8; Local: Laboratório Nacional de Computação Científica; Cidade: Petrópolis/RJ; Inst. promotora: Laboratório Nacional de Computação Científica.
CBAB/CABBIO 2013: Ferramentas de Bioinformática Aplicadas às Análises de Sequências Transcriptômicas.

9.
PINHEIRO, D. G.. Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Brasil/Português; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 5; Local: Laboratório Nacional de Computação Científica; Cidade: Petrópolis/RJ; Inst. promotora: Laboratório Nacional de Computação Científica.
CBAB/CABBIO 2012: Ferramentas de Bioinformática Aplicadas às Análises de Sequências Transcriptômicas e Metagenômicas.

10.
PINHEIRO, D. G.. Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA e Mapeamento de sequências de cDNA em genoma referência. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
Palavras-chave: Transcritoma; Montagem.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Brasil/Português; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 6; Local: Laboratório Nacional de Computação Científica; Cidade: Petrópolis/RJ; Inst. promotora: Laboratório Nacional de Computação Científica.
CBAB/CABBIO 2011: Ferramentas de Bioinformática Aplicadas à Análise de Sequências Genômicas, Metagenômicas e Transcriptômicas.

11.
PINHEIRO, D. G.. Tópicos avançados: Programação Perl. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
Referências adicionais: Brasil/Português; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 48; Local: Universidade Federal do Pará (UFPA); Cidade: Belém-PA; Inst. promotora: Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular, do Instituto de Ciências Biológicas (ICB) da Universidade Federal do Pará (UFPA).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
LEMOS, E. G. M.; SALARO, M. C. F.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Michelli Inacio Gonçalves Funnicelli. Explorando uma comunidade bacteriana isolada de uma pilha de bagaço de cana-de-açúcar e seu potencial funcional na degradação de biomassa lignocelulósica. 2018. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Palavras-chave: Cana-de-açúcar; lignocelulose.
Referências adicionais: Brasil/Português.

2.
ANDRE, M. R.; VELHO, P. E. N. F.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Renan Bressianini do Amaral. Detecção e caracterização molecular de Bartonella spp. em moscas Streblidae e ácaros Macronyssidae e Spinturnicidae parasitas de quirópteros. 2018. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Palavras-chave: Bartonella; Streblidae; Macronyssidae; Spinturnicidae.
Referências adicionais: Brasil/Português.

3.
PENHA, H. A.; BELASQUE JUNIOR, J.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Catarina Mardegan. Análise funcional da ORF XAC0239 de Xanthomonas citri subsp. citri através de mutagênese dirigida. 2018. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Referências adicionais: Brasil/Português.

4.
VARANI, A. M.; FERREIRA, H.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Amanda Carolina Paulino de Oliveira. Caracterização de transglicosilases líticas de mureína em Xanthomonas citri subsp. citri 306 e estudo funcional das LTs mltB2.1 e mltB2.2 associadas ao elemento TnXax1. 2018. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Referências adicionais: Brasil/Português.

5.
MIRANDA, V. F. O.; BACCI JUNIOR, M.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Fernanda Gomes Rodrigues. Filogenia das carnívoras "Tipo-Orquídea" (gen. Utricularia sect. Orchidioides E Iperua: Lentibulariaceae) com observações sobre o sistema estolão-tubérculo. 2017. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Palavras-chave: Utricularia; Orchidioides; Iperua; Filogenia.
Referências adicionais: Brasil/Português.

6.
SETUBAL, J. C.; HASHIMOTO, R. F.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de George Willian Condomitti Epamino. Alinhamento Múltiplo de Genomas de Eucariotos com Montagens Altamente Fragmentadas. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
Referências adicionais: Brasil/Português.

7.
MUNARI, D. P.; PINHEIRO, D. G.; MARTINS, M. F.. Participação em banca de Ana Paula Sbardella. Expressão Gênica Diferencial em Úbere Extracorpóreo de Vacas Mestiças (Holandês-Zebu) Infectado por S. agalactiae. 2016. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento Animal) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Referências adicionais: Brasil/Português.
Título anterior: Expressão Gênica Diferencial em Tecido Mamário de Vacas Girolando Infectado por S. agalactiae.

8.
REIS, E. M. R.; FUJITA, A.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Diogo Vieira da Silva Pellegrina. Análise global da expressão de RNAs não codificadores no sistema imunológico humano na senescência e sepse. 2016. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
Referências adicionais: Brasil/Português.

Teses de doutorado
1.
TASHIMA, A. K.; NUNES, D. N.; AMANO, M. T.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Carolina Moretto Carnielli. Estudo da composição de proteínas na área de invasão de carcinoma epidermóide de boca por proteômica baseada em espectrometria de massas. 2018. Tese (Doutorado em BIOCIÊNCIAS E TECNOLOGIA DE PRODUTOS BIOATIVOS) - Universidade Estadual de Campinas.
Palavras-chave: Proteômica; Espectrometria de massas; Carcinoma; Epidermóide.
Referências adicionais: Brasil/Português.

2.
MUNARI, D. P.; TONHATI, H.; CARMO, A. S.; PINHEIRO, D. G.; BUZANSKAS, M. E.. Participação em banca de Tatiane Cristina Seleguim Chud. Identificação de regiões com variações no número de cópias dos segmentos de DNA em bovinos de leite. 2018. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento Animal) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Palavras-chave: girolando; CNV; variação.
Referências adicionais: Brasil/Português.

3.
MIRANDA, V. F. O.; PINHEIRO, D. G.; BACCI JUNIOR, M.; DOMINGUES, D. S.; PINHEIRO, F.. Participação em banca de Saura Rodrigues da Silva. Genômica organelar e evolução de Genlisea e Utricularia (Lentibulariaceae). 2018. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Botânica) [Botucatu]) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Referências adicionais: Brasil/Inglês.

4.
ALMEIDA, A. M. F.; KRONKA, E. A. M.; PINHEIRO, D. G.; GOMES, E.; GATTAS, E. A. L.. Participação em banca de Natália Manuela Strohmayer. Investigação de XenomiRs e RNAs de Candida tropicalis: alvos inovadores para descontaminação na produção de bioetanol. 2018. Tese (Doutorado em Biociências e Biotecnologia Aplicadas à Farmácia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Referências adicionais: Brasil/Português.

5.
VARANI, A. M.; BELASQUE JUNIOR, J.; FERREIRA, R. M.; JACIANI, F. J.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Julie Anne Espíndola Amorim. Genes do metabolismo do nitrogênio e suas implicações na patogenicidade e virulência da Xanthomonas citri subsp. citri. 2018. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Referências adicionais: Brasil/Português.

6.
SOUZA, A. A.; MUI, T. S.; RECH FILHO, E. L.; PINHEIRO, D.G.; ARRUDA, P.. Participação em banca de Jaderson Silveira Leite Armanhi. Construção de uma comunidade sintética bacteriana promotora do crescimento vegetal oriunda do microbioma da cana-de-açúcar. 2018. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.
Palavras-chave: Cana-de-açúcar; microbioma.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Bioinformática.
Referências adicionais: Brasil/Português.

7.
KOIDE, T.; NAKAYA, H. T. I.; CRUZ, A. K.; MARQUES, M. V.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Felipe ten Caten. A transcrição pervasiva na archaea Halobacterium salinarum NRC-1 e a identificação de novos transcritos. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
Palavras-chave: transcrição pervasiva; Halobacterium salinarum NRC-1.
Referências adicionais: Brasil/Português.

8.
ALMEIDA, A. M. F.; TAYLOR, M. L.; PALMA, M. S.; VALENTE, G. T.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Nayla de Souza Pitangui. Regulação Transcricional, Metabólica e Perfil de MicroRNAs dos Biofilmes de Histoplasma capsulatum: Genes, Metabólitos e RNAs Não Codificantes como Alvos Terapêuticos e/ou Biomarcadores. 2017. Tese (Doutorado em Biociências e Biotecnologia Aplicadas à Farmácia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Palavras-chave: Histoplasma; capsulatum; miRNAs; biofilme.
Referências adicionais: Brasil/Português.

9.
BALBUENA, T. S.; PINHEIRO, D. G.; CARVALHO, R. F.; LABATE, C. A.; LEME, A. F. P.. Participação em banca de Marília Gabriela de Santana Costa. Alterações no proteoma caulinar de Eucalyptus globulus e Eucalyptus grandis em resposta a variações de temperatura. 2017. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Palavras-chave: Eucalyptus globulus; Eucalyptus grandis; temperature.
Referências adicionais: Brasil/Português.

10.
FARIAS, C. R. G.; FERREIRA, J. E.; TINOS, R.; SIMOES, Z. L. P.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Gabriela Der Agopian Guardia. Suporte ao desenvolvimento e à composição de serviços web semânticos para a análise de expressão gênica. 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
Referências adicionais: Brasil/Português.

11.
NUNES, C. M.; LOPES, F. L.; MEIRELES, M. V.; PINHEIRO, D. G.; UTSUNOMIYA, A. T. H.. Participação em banca de Silvana de Cássia Paulan. Transcriptoma de metacestóide de Taenia saginata. 2015. Tese (Doutorado em Ciência Animal) - Faculdade de Medicina Veterinária.
Referências adicionais: Brasil/Português.

12.
COUTINHO, L. L.; PINHEIRO, D. G.; GIULIATTI, S.; VIEIRA, L. G. E.; CARRER, H.. Participação em banca de Leonardo Rippel Salgado. Montagem de novo e análise do transcritoma de Hevea brasiliensis por RNA-seq e busca por marcadores moleculares. 2014. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Genética)) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (USP).
Referências adicionais: Brasil/Português.

Qualificações de Doutorado
1.
LIMA, V. F. M. H.; STAFUZZA, N. B.; PINHEIRO, D. G.; GIMENES, L. U.; MUNARI, D. P.. Participação em banca de Ricardo Perecin Nociti. Transcriptoma de embriões bovinos produzidos in vitro com espermatozoides sexados por citometria de fluxo. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento Animal) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Referências adicionais: Brasil/Português.

2.
CRUZ, A. K.; SILVA NETO, J. F.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Junier Marrero Gutiérrez. Regulação pós-transcricional em Halobacterium salinarum NRC-1: investigação de uma ribonuclease com domínio metalobetalactamase (VNG_RS05855). 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
Referências adicionais: Brasil/Português.

3.
CARVALHO, F. M. S.; PINHEIRO, D.G.; ALVES, L. M. C.; VANTINI, J. S.; FERREIRA, R. M.. Participação em banca de Ana Carolina Buzinari da Silva. Implicação da mutagênese sítio-dirigida por PCR em ORFs hipotéticas de um operon de Xanthomonas citri subsp. citri. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Referências adicionais: Brasil/Português.

4.
MUNARI, D. P.; SAVEGNAGO, R. P.; NORONHA, L. F. S. F.; BERNARDES, P. A.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Jaqueline Oliveira Rosa. Genetic Basis of Physiological Stress Response to Slaughter in Avileña-negra Ibérica Spanish Breed. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento Animal) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Referências adicionais: Brasil/Português.

5.
PINHEIRO, D. G.; SOUZA, J. A. M.; BALBUENA, T. S.. Participação em banca de Saura Rodrigues da Silva. The chloroplast genome of six Genlisea A.St.-Hil. (corkscrew plant) species: structure, evolution and phylogenetic implications. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências Biológicas (Botânica) [Botucatu]) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.
Palavras-chave: cloroplasto; Genoma; Genlisea.
Referências adicionais: Brasil/Português.

6.
FARIAS, C. R. G.; NAKAGAWA, E. Y.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Ricardo Cacheta Waldemarin. Desenvolvimento orientado a modelos de serviços para ambientes integrados de análise em bioinformática. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
Referências adicionais: Brasil/Português.

7.
VARANI, A. M.; FERREIRA, R. M.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Julie Anne Espíndola Amorim. Genes Reguladores do Metabolismo do Nitrogênio (ntrB e ntrC) e suas Implicações na Patogenicidade e Virulência da Xanthomonas citri subsp. citri. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Palavras-chave: Nitrogênio; Xanthomonas; Metabolismo.
Referências adicionais: Brasil/Português.

8.
COSTA, M. T.; DE NARDI, A. B.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Rosana Lino Salvador Bernabé. Análise do Perfil de Expressão Global de miRNA em Carcinomas Mamários e Linfonodos Metastáticos de Cadelas. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Medicina Veterinária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Palavras-chave: miRNAs; Expressão Gênica; Carcinoma; Metástase.
Referências adicionais: Brasil/Português.

9.
LEMOS, E. G. M.; ALVES, L. M. C.; PIZAURO JUNIOR, J. M.; DESIDERIO, J. A.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Gabriela Cabral Fernandes. Caracterização Bioquímica, Estrutural e Promiscuidade de Metal de uma Carboxipeptidase Termofílica. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Palavras-chave: Carboxipeptidase; Termofílica.
Referências adicionais: Brasil/Português.

10.
VARANI, A. M.; PINHEIRO, D. G.; SARAN, L. M.; BALBUENA, T. S.; POLLO, A. S.. Participação em banca de Aylan Kener Meneghine. Unrevealing the microbiome from a vegetable garden soil and freshwater used for irrigation garden after ten years' fertilization with an unusual organic compost. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Referências adicionais: Brasil/Português.

11.
BALBUENA, T. S.; DESIDERIO, J. A.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Marília Gabriela de Santana. Insights into temperature modulation of the Eucalyptus globulus and Eucalyptus grandis antioxidant and lignification subproteomes. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Palavras-chave: Eucalyptus grandis; Eucalyptus globulus; temperature; Proteome.
Referências adicionais: Brasil/Português.

12.
CURI, R. A.; OLIVEIRA, H. N.; PINHEIRO, D. G.; SANTOS, D. J. A.; VENTURINI, G. C.. Participação em banca de Guilherme Luís Pereira. Identificação de regiões cromossômicas, genes e polimorfismos de DNA associados ao desempenho de equinos de corrida da raça quarto de milha. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento Animal) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Palavras-chave: Quarto de Milha; GWAS; equinos; polimorfismo de DNA.
Referências adicionais: Brasil/Português.

13.
VENCIO, R. Z. N.; SILVA NETO, J. F.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Junier Marrero Gutiérrez. Regulação pós-transcricional em Halobacterium salinarum NRC-1: papel das ribonucleases VNG1503C e VNG2512G. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (USP).
Palavras-chave: tRFs; RNases.
Referências adicionais: Brasil/Português.

14.
SOUZA, J. A. M.; Morales, A. C.; FERRO, M. I. T.; PINHEIRO, D. G.; RIGOBELO, E. C.. Participação em banca de Erica Mendes Lopes. Identificação e caracterização funcional de metagenomas e isolados bacterianos associados a biorremediação de metais. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Palavras-chave: Metagenoma; Solo; Biorremediação.
Referências adicionais: Brasil/Português.

15.
PINTO, L. R.; FERRO, M. I. T.; PINHEIRO, D. G.; CARVALHO, R. F.; BRITO, M. S.. Participação em banca de Maria Leticia Guindalini Melloni. Análise do perfil de transcrição durante o processo de indução fotoperiódica em cana-de-açúcar via cDNA-AFLP. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Referências adicionais: Brasil/Português.

16.
LEMOS, E. G. M.; PIZAURO JUNIOR, J. M.; BALBUENA, T. S.; ALVES, L. M. C.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Elisângela Soares Gomes. Caracterização inicial de β-Glicosidase metagenômica de alta atividade específica. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Referências adicionais: Brasil/Português.

17.
REIS, E. M. R.; PINHEIRO, D. G.; SILVA NETO, J. F.. Participação em banca de Diego Martinez Salvanha. Identificação de ncRNAs em Halobacterium salinarum NRC-1 através de uma abordagem sistêmica. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
Referências adicionais: Brasil/Português.

18.
PINHEIRO, D. G.; SIMOES, B. P.; CASTRO, F. A.. Participação em banca de Josiane Lilian dos Santos Schiavinato. Análise Genômica do Papel dos Mecanismos Epigenéticos de Metilação de Regiões Promotoras durante a Geração in vitro de Células T Regulatórias Induzidas (iTreg) a partir de Células T Naive de Sangue de Cordão Umbilical. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (USP).
Referências adicionais: Brasil/Português.

19.
PINHEIRO, D. G.; FONTES, A. M.; TAKAHASHI, C. S.. Participação em banca de Danilo Jordão Xavier. Gene expression profiles displayed by peripheral blood mononuclear cells from patients with type 2 Diabetes Mellitus focusing on biological processes implicated on the pathogenesis of the disease. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (USP).
Referências adicionais: Brasil/Português.

20.
SILVA, C. H. T. P.; PINHEIRO, D. G.; ALVES, N. A.. Participação em banca de Nilson Nicolau Junior. Modelling and molecular dynamics of the intrinsically disordered E7 proteins from high- and low-risk types of human papillomavirus (HPV). 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Genética) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (USP).
Referências adicionais: Brasil/Português.

Qualificações de Mestrado
1.
ANDRE, M. R.; BARROS-BATTESTI, D. M.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Renan Bressianini do Amaral. Molecular Detection and Characterization of Bartonella spp. and Rickettsia spp. in Streblidae Flies From Bats in Brazil. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Palavras-chave: Bartonella; Rickettsia; Bat; Streblidae.
Referências adicionais: Brasil/Inglês.

2.
PEREIRA, R. M.; PINHEIRO, D. G.; Morales, A. C.. Participação em banca de Amanda Carolina Paulino de Oliveira. Caracterização in vitro e in silico de transglicosilases líticas de mureína associadas ao elemento TnXax1 em Xanthomonas citri subsp. citri 306 sugerem relação com fitness e atraso no desenvolvimento do cancro cítrico. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Palavras-chave: Xanthomonas; TnXax1.
Referências adicionais: Brasil/Português.

3.
KISHI, L. T.; PINHEIRO, D. G.; ALVARENGA, DANILLO O.. Participação em banca de Michelli Inácio Gonçalves Funnicelli. Caracterização Microbiológica e Molecular de uma Comunidade Bacteriana Isolada de Bagaço de Cana-de-açúcar. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Palavras-chave: Cana-de-açúcar; Comunidade bacteriana.
Referências adicionais: Brasil/Português.

4.
SOUZA, J. A. M.; PINHEIRO, D. G.; DESIDERIO, J. A.. Participação em banca de André Ferreira de Camargo. Solo agrocultivável como fonte de enzimas ligadas à degradação hemicelulolítica. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Referências adicionais: Brasil/Português.

5.
MIRANDA, V. F. O.; SOUZA, J. A. M.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Nestor Darío Franco Marulanda. Polimorfismo no rDNA em uma planta de genoma reduzido: Utricularia gibba L. (Lentibulariaceae): Evolução em Concerto Incompleta e Inferência Filogenética. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Referências adicionais: Brasil/Português.

6.
MUNARI, D. P.; PINHEIRO, D. G.; STAFUZZA, N. B.. Participação em banca de Ana Paula Sbardella. Expressão Gênica Diferencial em Tecido Mamário de Vacas Girolando Infectado por A. agalactiae. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Melhoramento Animal) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Referências adicionais: Brasil/Português.

7.
SARAN, L. M.; PINHEIRO, D. G.; SOUZA, J. A. M.. Participação em banca de Amanda Schmidt Célico. Ausência de impactos negativos na qualidade da água pelo uso de composto orgânico. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Referências adicionais: Brasil/Português.

8.
PINHEIRO, D. G.; VANTINI, J. S.; CAVALLARI, S. D. C.. Participação em banca de Aline Andrucioli Belesini. Análise do Transcriptoma de folhas de cana-de-açúcar submetidas à prolongada limitação hídrica usando RNA-Seq. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Referências adicionais: Brasil/Português.

9.
SOUZA, J. A. M.; PINHEIRO, D. G.; MONTASSIER, H. J.. Participação em banca de Lucas Daniel Ribeiro. Prospecção de genes do microbioma ruminal bovino com propriedades degradadoras da biomassa vegetal. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Referências adicionais: Brasil/Português.

10.
VARANI, A. M.; ALVES, L. M. C.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Alessandra dos Santos Pinto. Estudo do "mobile-metagenome" a partir de biblioteca metagenömica de solo com cultivo de cana-de-açúcar e solo de floresta. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Palavras-chave: Metagenômica; Elementos transponíveis; Transposases.
Referências adicionais: Brasil/Português.

11.
SARAN, L. M.; PINHEIRO, D. G.; GOULART, K. C. S.. Participação em banca de Géssica Aparecida Silveira. Impactos do uso agrícola do solo na qualidade da água em um córrego. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Palavras-chave: Ecoplate; Análise multivariada.
Referências adicionais: Brasil/Português.

12.
BRENTANI, H. P.; PINHEIRO, D. G.; FUJITA, A.. Participação em banca de Diogo Vieira da Silva Pellegrina. Análise global da expressão de RNAs não codificadores no sistema imunológico humano na senescência e sepse. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.
Referências adicionais: Brasil/Português.

13.
ALVES, L. M. C.; SARAN, L. M.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Bernardo Petrorossi de Figueiredo. Prospecção de bactérias com potencial biotecnológico e agronômico em solo tratado com composto orgânico. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Referências adicionais: Brasil/Português.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
VARANI, A. M.; FERRO, J. A.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Danyel Fernandes Contiliani.Estudo da Expressão Espacial e Temporal de Genes Flagelares de Xanthomonas citri subsp. citri em Diferentes Genótipos de Citrus através da Abordagem de RNA-Seq. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Palavras-chave: RNA-Seq; Xanthomonas citri subsp. citri; Expressão Gênica.
Referências adicionais: Brasil/Português.

2.
SILVA JUNIOR, W. A.; MITROWSKY, R. A. R.; PINHEIRO, D. G.. Participação em banca de Natália Baptista Cruz.MIRNAPATH II: Plataforma para Identificar Alvos de MIRNAs e Vias Gênicas que são Reguladas por MIRNAS. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (USP).
Referências adicionais: Brasil/Português.

3.
SILVA JUNIOR, W. A.; PINHEIRO, D. G.; NOUSHMEHR, H.. Participação em banca de Ana Katariny de Souza Cacheta.Análise metagenômica de solos no entorno de áreas de mineração desativada. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (USP).
Referências adicionais: Brasil/Português.

4.
SILVA JUNIOR, W. A.; PINHEIRO, D. G.; ARAUJO, L. F.. Participação em banca de Maithê de Oliveira Zanon.Abordagem computacional aplicada a identificação de haplótipos intragênicos. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (USP).
Referências adicionais: Brasil/Português.

5.
SILVA JUNIOR, W. A.; PINHEIRO, D. G.; ARAUJO, L. F.. Participação em banca de Juliana Santos Silva.Desenvolvimento de um ?pipeline? para anotação de polimorfismos de base única. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (USP).
Referências adicionais: Brasil/Português.

6.
FERRO, J. A.; PINHEIRO, D. G.; SILVA, C. F.. Participação em banca de Gustavo de Carvalho Peron.Identificação de genes de resistência Xanthomonas citri subsp citri, agente causal do cancro cítrico. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Agronomia) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Referências adicionais: Brasil/Português.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
GOMES, E.; PINHEIRO, D. G.; HERAI, R. H.; ALVES, J. M. P.; NAGEM, R. A. P.. Pesquisador IV na área de Bioinformática para Bioenergia. 2016. Instituto de Pesquisa em Bioenergia.
Referências adicionais: Brasil/Português.

2.
CARVALHO, B. S.; PINHEIRO, D. G.; CERQUEIRA, F. R.. Professor Classe A, Adjunto, nível 1, área/subárea de Bioinformática (Edital 33/2016). 2016. Universidade Federal de Viçosa.
Referências adicionais: Brasil/Português.

Outras participações
1.
MONTASSIER, H. J.; PINHEIRO, D. G.; MARIN, J. M.. Pós-Doutorado do Programa Nacional de Pós-Doutorado da CAPES na área de Microbiologia Agropecuária. 2015. Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.
Referências adicionais: Brasil/Português.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Integração da Pesquisa Pública com Cana-de-açúcar no Brasil. 2018. (Simpósio).
Referências adicionais: Brasil
Forma de participação: Ouvinte.

2.
Ferramentas de bioinformática para análise de dados de RNA-seq.Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2017. (Oficina).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Conferencista
Forma de participação: Convidado; Homepage: http://www.lncc.br/eventoSeminario/eventoconsultar.php?idt_evento=1662.

3.
II Curso em Biossegurança - Organismos Geneticamente Modificados (OGM). 2017. (Outra).
Referências adicionais: Brasil
Forma de participação: Ouvinte.

4.
Simpósio Internacional Fronteiras de Conhecimento em RNA e microRNA.Genômica e Tecnologia em RNA: Estratégia in silico para montagem de novo de transcriptomas e análise de expressão gênica. 2017. (Simpósio).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Simposista
Forma de participação: Convidado.

5.
X Curso de Verão em Bioinformática.Análise de Expressão Gênica com RNA-Seq. 2017. (Oficina).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Conferencista
Forma de participação: Convidado; Homepage: http://lgmb.fmrp.usp.br/cvbioinfo/.

6.
Brazilian-International Congress of Genetics. DE NOVO TRANSCRIPTOME ASSEMBLY AND GENE EXPRESSION FOR ANTHOCYANIN PATHWAY IN UTRICULARIA FLOWER VARIANTS. 2016. (Congresso).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Poster / Painel
Forma de participação: Participante; Homepage: http://web2.sbg.org.br/Upload/Diagramados/37930.pdf.

7.
Ferramentas de Bioinformática Aplicadas as Análises de Sequências de RNA-SEQ.Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2016. (Oficina).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Conferencista
Forma de participação: Convidado; Homepage: http://www.lncc.br/eventoSeminario/eventoconsultar.php?idt_evento=1548.

8.
I Congresso Brasileiro de Microbiologia Agropecuária, Agrícola e Ambiental. Sessão de apresentação oral de trabalhos científicos. 2016. (Congresso).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Avaliador
Forma de participação: Convidado; Homepage: http://www.cbmaaa.com.br/.

9.
I Congresso Brasileiro de Microbiologia Agropecuária, Agrícola e Ambiental. Abordagens atuais em análises genômicas de micro-organismos. 2016. (Congresso).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Moderador
Forma de participação: Convidado; Homepage: http://www.cbmaaa.com.br/.

10.
Ferramentas de bioinformática aplicadas às análises de sequências de RNA-Seq.Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2015. (Oficina).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Conferencista
Forma de participação: Convidado; Homepage: http://www.lncc.br/eventoSeminario/eventoconsultar.php?vMenu=&idt_evento=1462.

11.
XIV Jornada Anual Biológica da UNESP - JABU.Bioinformática Aplicada à Genética Humana. 2015. (Encontro).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Simposista
Forma de participação: Convidado.

12.
10º Fórum de Microbiologia Agropecuária.Comissão Avaliadora de Pôsteres. 2014. (Outra).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Avaliador
Forma de participação: Convidado; Homepage: http://www.fcav.unesp.br/#!/noticia/230/forum-de-microbiologia-da-fcav/.

13.
Ferramentas de bioinformática aplicadas às análises de sequências transcriptômicas.Montagem de novo de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2014. (Oficina).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Conferencista
Forma de participação: Convidado; Homepage: http://www.lncc.br/eventoSeminario/eventoconsultar.php?vMenu=&idt_evento=1296.

14.
Seminários CREBIO - 1º CICLO.Análise de perfis transcricionais no processo de ativação dos ovários em abelhas Apis mellifera. 2014. (Seminário).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Conferencista
Forma de participação: Convidado; Homepage: http://www.fcav.unesp.br/#!/servicos/crebio/treinamento/seminarios-crebio/1-ciclo/.

15.
Ferramentas de bioinformática aplicadas às análises de sequências transcriptômicas.Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2013. (Oficina).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Conferencista
Forma de participação: Convidado; Homepage: http://www.lncc.br/eventoSeminario/eventoconsultar.php?vMenu=&idt_evento=1187.

16.
Ferramentas de bioinformática aplicadas às análises de sequências transcriptômicas e metagenômicas.Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2012. (Oficina).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Conferencista
Forma de participação: Convidado; Homepage: http://www.lncc.br/eventoSeminario/eventoconsultar.php?vMenu=&idt_evento=987.

17.
Ferramentas de bioinformática aplicadas à análise de sequências genômicas, metagenômicas e transcriptômicas.Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2011. (Oficina).
Referências adicionais: Brasil
Tipo de participação: Conferencista
Forma de participação: Convidado; Homepage: http://www.lncc.br/eventoSeminario/eventoconsultar.php?vMenu=&idt_evento=897.

18.
Workshop Intensivo de Redação Científica. 2010. (Oficina).
Referências adicionais: Brasil
Forma de participação: Ouvinte.

19.
14th International Conference on Human Retrovirology: HTLV and related retroviruses. 2009. (Congresso).
Referências adicionais: Brasil
Forma de participação: Ouvinte.

20.
Curso de Verão em Bioinformática. 2006. (Outra).
Referências adicionais: Brasil
Forma de participação: Ouvinte.

21.
IV Semana da Informática Biomédica. 2006. (Outra).
Referências adicionais: Brasil
Forma de participação: Ouvinte.

22.
One day symposium on Bioinformatics. 2006. (Simpósio).
Referências adicionais: Brasil
Forma de participação: Ouvinte.

23.
Workshop "MicroRNAs: Estrutura, função e aplicações". 2006. (Oficina).
Referências adicionais: Brasil
Forma de participação: Ouvinte.

24.
1st International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. 2005. (Congresso).
Referências adicionais: Brasil
Forma de participação: Ouvinte.

25.
2nd International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2004. (Congresso).
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Brasil
Forma de participação: Ouvinte.

26.
Workshop de Ontologias. 2004. (Encontro).
Referências adicionais: Brasil
Forma de participação: Ouvinte.

27.
1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2003. (Congresso).
Referências adicionais: Brasil
Forma de participação: Ouvinte.

28.
I Brazilian Workshop on Bioinformatics. 2002. (Oficina).
Referências adicionais: Brasil
Forma de participação: Ouvinte.

29.
XVII Simpósio Brasileiro de Banco de Dados. 2002. (Simpósio).
Referências adicionais: Brasil
Forma de participação: Ouvinte.

30.
XVI Simpósio Brasileiro de Engenharia de Software. 2002. (Simpósio).
Referências adicionais: Brasil
Forma de participação: Ouvinte.

31.
I Encontro Nacional de Usuários de FreeBSD e I Workshop de Segurança em Redes Acadêmicas. 2001. (Encontro).
Referências adicionais: Brasil
Forma de participação: Ouvinte.


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
PINHEIRO, D. G.; VARANI, A. M. ; MIRANDA, V. F. O. ; KISHI, L. T. ; SIERRA, L. G. T. ; SILVA, S. R. ; SILVA, R. C. ; FUNNICELLI, M. I. G. . III Curso de Verão em Bioinformática (FCAV). 2018. (Outro).
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Hibertexto; Evento itinerante: Não; Duração do evento: 2; Local: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista (Unesp); Cidade: Jaboticabal/SP; Inst. promotora/financiadora: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista (Unesp).

2.
SILVA, R. C. ; CAMPANARI, M. F. Z. ; SIERRA, L. G. T. ; FUNNICELLI, M. I. G. ; PINHEIRO, D.G. . Minicurso do XIV Curso de Inverno de Genética: Explorando ferramentas de Bioinformática. 2018. (Outro).
Palavras-chave: Bioinformática; Genética; R.
Referências adicionais: Brasil/Bretão; Meio de divulgação: Vários; Evento itinerante: Não; Duração do evento: 1; Local: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista (Unesp); Cidade: Jaboticabal/SP; Inst. promotora/financiadora: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista (Unesp).

3.
PINHEIRO, D. G.; VARANI, A. M. ; MIRANDA, V. F. O. ; KISHI, L. T. ; OMORI, W. P. ; SILVA, S. R. ; RODRIGUES, F. G. ; PAVANI, C. D. ; LOPES, E. M. . II Curso de Verão em Bioinformática (FCAV). 2017. (Outro).
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Hibertexto; Evento itinerante: Não; Duração do evento: 2; Local: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista (Unesp); Cidade: Jaboticabal/SP; Inst. promotora/financiadora: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista (Unesp).

4.
PINHEIRO, D. G.; VARANI, A. M. ; MIRANDA, V. F. O. ; KISHI, L. T. ; OMORI, W. P. ; SILVA, S. R. ; NOCITI, R. P. . I Curso de Verão em Bioinformática (FCAV). 2016. (Outro).
Referências adicionais: Brasil/Português; Evento itinerante: Não; Duração do evento: 2; Local: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista (Unesp); Cidade: Jaboticabal/SP; Inst. promotora/financiadora: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista (Unesp).

5.
OLIVEIRA, R. A. ; FERRO, M. I. T. ; PINHEIRO, D. G. ; VARANI, A. M. ; SOUZA, J. A. M. ; MONTASSIER, H. J. ; DUDA, R. M. ; PENHA, H. A. ; CARVALHO, F. M. S. ; VANTINI, J. S. ; GIMENEZ, D. J. ; CASTELLANE, T. C. L. ; MACHADO, A. C. R. ; COZENTINO, N. C. B. ; CARDOZO, M. V. ; MOCHI, D. A. ; MARIGUELA, V. C. ; BORZI, M. M. ; PAVANI, C. D. ; BUZINARI, A. C. ; PENA, M. M. . I Congresso Brasileiro de Microbiologia Agropecuária, Agrícola e Ambiental. 2016. (Congresso).
Referências adicionais: Brasil/Português; Evento itinerante: Sim; Duração do evento: 1; Local: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias; Cidade: Jaboticabal/SP; Inst. promotora/financiadora: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

6.
PINHEIRO, D. G.. 9º Curso de Verão em Bioinformática. 2013. (Outro).
Referências adicionais: Brasil/Português; Evento itinerante: Não; Duração do evento: 2; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto; Cidade: Ribeirão Preto; Inst. promotora/financiadora: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto.
Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo. Tema: "Decodificando o DNA não-codificador"; Período do curso: 28/01/2013 a 08/02/2013; Página: http://lgmb.fmrp.usp.br/cvbioinfo2013/..

7.
PINHEIRO, D. G.. I Escola de estudos avançados em Genômica. 2013. (Outro).
Referências adicionais: Brasil/Português; Evento itinerante: Não; Duração do evento: 2; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto; Cidade: Ribeirão Preto; Inst. promotora/financiadora: Centro Brasileiro Argentino de Biotecnologia.
Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo. Tema: "Decodificando o DNA não-codificador"; Período do Curso: 26/08/2013 a 06/09/2013; Página: http://lgmb.fmrp.usp.br/escolabioinfo/..

8.
PINHEIRO, D. G.. 8º Curso de Verão em Bioinformática. 2012. (Outro).
Referências adicionais: Brasil/Português; Evento itinerante: Não; Duração do evento: 2; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto; Cidade: Ribeirão Preto; Inst. promotora/financiadora: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto.
Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo. Tema: "Next generation sequencing: Abordagem computacional para identificar eventos de processamento alternativo de RNA''; Período do curso: 30/01/2012 a 10/02/2012; Página: http://lgmb.fmrp.usp.br/cvbioinfo2012/..

9.
PINHEIRO, D. G.. 7º Curso de Verão em Bioinfomática. 2011. (Outro).
Referências adicionais: Brasil/Português; Evento itinerante: Não; Duração do evento: 2; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto; Cidade: Ribeirão Preto; Inst. promotora/financiadora: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto.
Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo. Tema: "Fundamentos de Bioinformàtica aplicados na análise de microarrays"; Período do curso: 07/02/2011 a 18/02/2011; Página: http://lgmb.fmrp.usp.br/cvbioinfo2011/..

10.
PINHEIRO, D. G.. I Oficina de Bioinformática. 2011. (Outro).
Referências adicionais: Brasil/Português; Evento itinerante: Não; Duração do evento: 1; Local: Centro Regional de Hemoterapia de Ribeirão Preto - HC/FMRP/USP; Cidade: Ribeirão Preto; Inst. promotora/financiadora: Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer e Centro Regional de Hemoterapia de Ribeirão Preto - HC/FMRP/USP.
Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer e Centro Regional de Hemoterapia de Ribeirão Preto - HC/FMRP/USP. Período do curso: 12/07/2011 a 15/07/2011; Página: http://lgmb.fmrp.usp.br/oficinabioinfo/..

11.
PINHEIRO, D. G.. 6º Curso de Verão em Bioinformática. 2010. (Outro).
Referências adicionais: Brasil/Português; Evento itinerante: Não; Duração do evento: 2; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto; Cidade: Ribeirão Preto; Inst. promotora/financiadora: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto.
Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo. Tema: "Nova geração de sequenciadores: Identificação de mutações genômicas em larga escala"; Período do curso: 25/01/2010 a 05/02/2010; Página: http://lgmb.fmrp.usp.br/cvbioinfo2010/..

12.
PINHEIRO, D. G.. 5º Curso de Verão em Bioinformática. 2009. (Outro).
Referências adicionais: Brasil/Português; Evento itinerante: Não; Duração do evento: 2; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto; Cidade: Ribeirão Preto; Inst. promotora/financiadora: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto.
Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo. Tema: "Anotação e mapeamento gênico"; Período do curso: 02/02/2009 a 13/02/2009; Página: http://lgmb.fmrp.usp.br/cvbioinfo2009/..

13.
PINHEIRO, D. G.. 4º Curso de Verão em Bioinformática. 2008. (Outro).
Referências adicionais: Brasil/Português; Evento itinerante: Não; Duração do evento: 2; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto; Cidade: Ribeirão Preto; Inst. promotora/financiadora: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto.
Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo. Tema: "Caracterização funcional de genes diferencialmente expressos em bibliotecas de SAGE''; Período do curso: 11/02/2008 a 22/02/2008; Página: http://lgmb.fmrp.usp.br/cvbioinfo2008/..

14.
PINHEIRO, D. G.. 3º Curso de Verão em Bioinformática. 2007. (Outro).
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Brasil/Português; Evento itinerante: Não; Duração do evento: 2; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto; Cidade: Ribeirão Preto; Inst. promotora/financiadora: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto.
Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo. Tema: "Identificação de transcritos híbridos (trans-splicing)"; Período do curso: 29/01/2007 a 09/02/2007; Página: http://lgmb.fmrp.usp.br/cvbioinfo2007/..

15.
PINHEIRO, D. G.. 1º Curso de Verão em Bioinformática. 2005. (Outro).
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Brasil/Português; Evento itinerante: Não; Duração do evento: 1; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto; Cidade: Ribeirão Preto; Inst. promotora/financiadora: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto.
Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática, Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo. Tema: "Análise de eventos de Alternative Splicing of mRNAs"; Período do curso: 14/02/2005 a 18/02/2005; Página: http://lgmb.fmrp.usp.br/cvbioinfo2005/..



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Rafael Correia da Silva. Detecção de populações virais associadas à cana-de-açúcar (Saccharum sp.) por prospecção de dados de RNA-Seq. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).
Palavras-chave: Viroma; Cana-de-açúcar.
Referências adicionais: Brasil/Português.

2.
Daniela Konrad. Dinâmica do perfil transcricional de duas cultivares de cana-de-açúcar contrastantes à seca e submetidas ao déficit hídrico prolongado. Início: 2017. Dissertação (Mestrado profissional em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Coorientador).
Referências adicionais: Brasil/Português.

3.
Maria Fernanda Zaneli Campanari. Análise exploratória das comunidades microbianas da rizosfera da cana-de-açúcar em manejo orgânico. Início: 2017. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).
Palavras-chave: Metagenômica; rizosfera.
Referências adicionais: Brasil/Português.

Tese de doutorado
1.
Michelli Inácio Gonçalves Funnicelli. Prospecção de regiões promotoras e genes envolvidos na transformação de agroquímicos a partir do microbioma da rizosfera de cana-de-açúcar. Início: 2018. Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias. (Coorientador).
Referências adicionais: Brasil/Português.

2.
Luis Guillermo Teheran Sierra. Perfil metagenômico de comunidades endofíticas e epifíticas associadas à cana-de-açúcar e prospecção de microrganismos promotores de crescimento em plantas. Início: 2016. Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Centro de Estudios Interdisciplinarios Básicos y Aplicados. (Coorientador).
Referências adicionais: Brasil/Português.

3.
Danielly Beraldo dos Santos Silva. Expressão diferencial de genes relacionados com características de carcaça e carne em bovinos da raça Nelore. Início: 2015. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento Animal) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Coorientador).
Referências adicionais: Brasil/Português.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Marcos Antônio Soares. Início: 2017. Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico.
Palavras-chave: Genoma; Biorremediação; Endofíticos; mercúrio.
Referências adicionais: Brasil/Português.


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Aline Andrucioli Belesini. Análise do transcriptoma de folhas de cana-de-açúcar submetidas à prolongada limitação hídrica usando RNA-Seq. 2015. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Coorientador: Daniel Guariz Pinheiro.
Palavras-chave: Cana-de-açúcar; RNA-Seq; Estresse hídrico.
Grande área: Ciências Biológicas
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Coorientador.

Tese de doutorado
1.
Wellington Pine Omori. Composição funcional e taxonômica de enzimas carbohidrases que atuam na desconstrução da lignocelulose de torta de filtro. 2018. Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Daniel Guariz Pinheiro.
Palavras-chave: Hemicelulose; Actinobacteria; Archaea; Atividades Auxiliares; Bioetanol; Celulose cristalina.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Coorientador.

2.
Sonia Villamizar Cancelado. Metagenoma para prospecção de enzimas e produtos de interesse no biocontrole de fitopatogenos. 2017. Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Coorientador: Daniel Guariz Pinheiro.
Palavras-chave: Metagenômica; biocontrole; enzimas.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Coorientador.

Iniciação científica
1.
Ana Katariny de Souza Cacheta. Análise metagenômica de solos no entorno de áreas de mineração desativada. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (USP), Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Daniel Guariz Pinheiro.
Palavras-chave: Bioinformática; Metagenômica.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Bioinformática.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Orientador principal.

2.
Matheus Carvalho Bürger. Estudo crítico dos métodos de análise de expressão gênica em larga escala. 2010. Iniciação Científica. (Graduando em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (USP), Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Daniel Guariz Pinheiro.
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Orientador principal.
(Co-orientação).

Orientações de outra natureza
1.
Rafael Correia da Silva. Estágio supervisionado no Laboratório de Bioinformática: Análise de interações entre microrganismos e plantas. 2017. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal da Grande Dourados. Orientador: Daniel Guariz Pinheiro.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Brasil/Português; Tipo de orientação: Orientador principal.



Inovação



Projetos de pesquisa


Educação e Popularização de C & T



Apresentações de Trabalho
1.
PINHEIRO, D. G.. H2G: Um Aplicativo para Identificação de Genes Hiper e Hipo Expressos com Base nos Dados de SAGE. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática (LGMB); Cidade: Ribeirão Preto-SP; Evento: Introdução à Biologia Computacional; Inst. promotora/financiadora: Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia (CBAB).

2.
PINHEIRO, D. G.. Introdução ao Programa CAP3. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática (LGMB); Cidade: Ribeirão Preto-SP; Evento: Introdução à Biologia Computacional; Inst. promotora/financiadora: Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia (CBAB).

3.
PINHEIRO, D. G.. Projeto Genoma Humano do Câncer/ORESTES. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática (LGMB); Cidade: Ribeirão Preto-SP; Evento: III Curso de Verão em Bioinformática; Inst. promotora/financiadora: Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP/USP).

4.
PINHEIRO, D. G.. Programação Perl I - OO (DBI/DBD::MySQL). 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática (LGMB); Cidade: Ribeirão Preto-SP; Evento: III Curso de Verão em Bioinformática; Inst. promotora/financiadora: Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP/USP).

5.
PINHEIRO, D. G.. Banco de Dados Biológicos - I. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática (LGMB); Cidade: Ribeirão Preto-SP; Evento: IV Curso de Verão em Bioinformática; Inst. promotora/financiadora: Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP/USP).

6.
PINHEIRO, D. G.. Introdução à BioPerl. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática (LGMB); Cidade: Ribeirão Preto-SP; Evento: V Curso de Verão em Bioinformática; Inst. promotora/financiadora: Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP/USP).

7.
PINHEIRO, D. G.. Introdução à Bioinformática. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Faculdade São Luís; Cidade: Jaboticabal-SP; Evento: Semana de Sistemas de Informação 2010; Inst. promotora/financiadora: Faculdade São Luís.

8.
PINHEIRO, D. G.. Introdução à BioPerl. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática (LGMB); Cidade: Ribeirão Preto-SP; Evento: VI Curso de Verão em Bioinformática; Inst. promotora/financiadora: Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP/USP).

9.
PINHEIRO, D. G.. Introdução à Bioinformática. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (FAMERP); Cidade: São José do Rio Preto-SP; Evento: Programa de Especialização em Biologia Molecular e Genética em Ciências da Saúde; Inst. promotora/financiadora: Faculdade de Medicina de São José do Rio Preto (FAMERP).

10.
PINHEIRO, D. G.. Montagem de transcriptomas e Alinhamento de sequências de cDNA em genoma referência. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC); Cidade: Petrópolis-RJ; Evento: Ferramentas de bioinformática aplicadas à análise de sequências genômicas, metagenômicas e transcriptômicas; Inst. promotora/financiadora: Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia (CBAB).

11.
PINHEIRO, D. G.. Alinhamento e Montagem de Sequências de Transcritos Gênicos. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática (LGMB); Cidade: Ribeirão Preto-SP; Evento: I Oficina de Bioinformática; Inst. promotora/financiadora: Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer e Centro Regional de Hemoterapia de Ribeirão Preto - HC/FMRP/USP.

12.
PINHEIRO, D. G.. Alinhamento de Sequências Biológicas. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática (LGMB); Cidade: Ribeirão Preto-SP; Evento: VII Curso de Verão em Bioinformática; Inst. promotora/financiadora: Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP/USP).

13.
PINHEIRO, D. G.. Estratégias para montagem de transcriptomas utilizando dados de RNA-Seq. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Departamento de Genética; Cidade: Ribeirão Preto; Evento: Disciplina RGM5907 - Análise de Transcriptomas; Inst. promotora/financiadora: Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP/USP).

14.
PINHEIRO, D. G.. Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC); Cidade: Petrópolis-RJ; Evento: Ferramentas de bioinformática aplicadas às análises de sequências transcriptômicas e metagenômicas; Inst. promotora/financiadora: Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia (CBAB).

15.
PINHEIRO, D. G.. Introdução a Montagem de Transcriptomas - Módulos I e II. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática (LGMB); Cidade: Ribeirão Preto-SP; Evento: VIII Curso de Verão em Bioinformática; Inst. promotora/financiadora: Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP/USP).

16.
PINHEIRO, D. G.. Introdução à análise de dados ChiP-Seq. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP/USP); Cidade: Ribeirão Preto-SP; Evento: Escola de estudos avançados em Genômica - Decodificando o DNA não-codificador; Inst. promotora/financiadora: Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia (CBAB).

17.
PINHEIRO, D. G.. Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório Nacional de Computação Científica (LNCC); Cidade: Petrópolis-RJ; Evento: Ferramentas de bioinformática aplicadas às análises de sequências transcriptômicas; Inst. promotora/financiadora: Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia (CBAB).

18.
PINHEIRO, D. G.. RNA-seq: Tophat & Cufflinks. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Laboratório de Genética Molecular e Bioinformática (LGMB); Cidade: Ribeirão Preto-SP; Evento: IX Curso de Verão em Bioinformática; Inst. promotora/financiadora: Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (FMRP/USP).

19.
PINHEIRO, D. G.. Análise de perfis transcricionais no processo de ativação dos ovários em abelhas Apis mellifera. 2014. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
Referências adicionais: Brasil/Português; Local: Centro de Recursos Biológicos e Biologia Genômica; Cidade: Jaboticabal/SP; Evento: Seminários CREBIO - 1º CICLO; Inst. promotora/financiadora: Centro de Recursos Biológicos e Biologia Genômica.


Programa de Computador sem registro de patente
1.
PINHEIRO, D. G.. bioinfoutilities: Scripts utilitários para o processamento de dados biológicos. 2017.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Brasil/; Finalidade: Scripts utilitários para o processamento de dados biológicos; Plataforma: Perl, R, Bash-scripting; Ambiente: Processadores de texto|Aplicações técnico-científicas|Utilitários; Inst. promotora/financiadora: FAPESP, CNPq, CAPES, UNESP - Universidade Estadual Paulista, USP - Universidade de São Paulo.
https://github.com/dgpinheiro/bioinfoutilities.

2.
PINHEIRO, D. G.. cuffpipe.sh: Processamento automatizado de dados de RNA-Seq (Paired-End e Single-End). 2017.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Brasil/; Finalidade: Processamento automatizado de dados de RNA-Seq (Paired-End e Single-End); Plataforma: Bash-scripting; Ambiente: Aplicações técnico-científicas; Inst. promotora/financiadora: UNESP - Universidade Estadual Paulista.

3.
PINHEIRO, D. G.. pipe_wgs_preproc.sh*, pipe_wgs_asm.sh* e pipe_wgs_map.sh*: Processamento automatizado para montagem e anotação de dados de Whole Genome Sequences (WGS) a partir de amostras metagenômicas [* Nomes provisórios]. 2016.
Referências adicionais: Brasil/; Finalidade: Processamento automatizado para montagem e anotação de dados de Whole Genome Sequences (WGS) a partir de amostras metagenômicas; Plataforma: Bash-scripting; Perl; Inst. promotora/financiadora: UNESP - Universidade Estadual Paulista.

4.
PINHEIRO, D. G.. cuffpipePE.sh* e cuffpipeSE.sh*: Processamento automatizado de dados de RNA-Seq (Paired-End e Single-End) [* Nomes provisórios]. 2015.
Referências adicionais: Brasil/; Finalidade: Processamento automatizado de dados de RNA-Seq baseado no pacote Tuxedo; Plataforma: Bash-scripting e Perl; Ambiente: Aplicações técnico-científicas; Inst. promotora/financiadora: UNESP - Universidade Estadual Paulista.

5.
PINHEIRO, D. G.. smallRNAspipe.sh* - Processamento de dados de small RNA-Seq [* Nome provisório]. 2015.
Referências adicionais: Brasil/; Finalidade: Processamento de dados de pequenos RNAs (small RNAs) incluíndo miRNAs; Plataforma: Bash-scripting; Perl; Ambiente: Aplicações técnico-científicas; Inst. promotora/financiadora: UNESP - Universidade Estadual Paulista.


Cursos de curta duração ministrados
1.
PINHEIRO, D. G.. Montagem de novo de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2015. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
Palavras-chave: Transcritoma; Montagem.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Outro; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 8; Local: Laboratório Nacional de Computação Científica; Cidade: Petrópolis/RJ; Inst. promotora: Laboratório Nacional de Computação Científica.
Curso CBAB/CABBIO 2015 Ferramentas de bioinformática aplicadas às análises de sequências de RNA-Seq.

2.
PINHEIRO, D. G.. Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
Palavras-chave: Transcritoma; Montagem.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Outro; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 8; Local: Laboratório Nacional de Computação Científica; Cidade: Petrópolis/RJ; Inst. promotora: Laboratório Nacional de Computação Científica.
CBAB/CABBIO 2014:Ferramentas de Bioinformática Aplicadas às Análises de Sequências Transcriptômicas.

3.
PINHEIRO, D. G.. Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
Palavras-chave: Transcritoma; Montagem.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Outro; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 8; Local: Laboratório Nacional de Computação Científica; Cidade: Petrópolis/RJ; Inst. promotora: Laboratório Nacional de Computação Científica.
CBAB/CABBIO 2013: Ferramentas de Bioinformática Aplicadas às Análises de Sequências Transcriptômicas.

4.
PINHEIRO, D. G.. Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Brasil/Português; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 5; Local: Laboratório Nacional de Computação Científica; Cidade: Petrópolis/RJ; Inst. promotora: Laboratório Nacional de Computação Científica.
CBAB/CABBIO 2012: Ferramentas de Bioinformática Aplicadas às Análises de Sequências Transcriptômicas e Metagenômicas.

5.
PINHEIRO, D. G.. Montagem de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA e Mapeamento de sequências de cDNA em genoma referência. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
Palavras-chave: Transcritoma; Montagem.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Brasil/Português; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 6; Local: Laboratório Nacional de Computação Científica; Cidade: Petrópolis/RJ; Inst. promotora: Laboratório Nacional de Computação Científica.
CBAB/CABBIO 2011: Ferramentas de Bioinformática Aplicadas à Análise de Sequências Genômicas, Metagenômicas e Transcriptômicas.

6.
PINHEIRO, D. G.. Montagem de novo de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
Palavras-chave: Transcritoma; Montagem.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Outro; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 8; Local: Laboratório Nacional de Computação Científica; Cidade: Petrópolis/RJ; Inst. promotora: Laboratório Nacional de Computação Científica.
Curso CBAB/CABBIO/LNCC 2016 - Ferramentas de Bioinformática Aplicadas as Análises de Sequências de RNA-SEQ.

7.
PINHEIRO, D. G.. Montagem de novo de transcriptomas a partir de dados de sequências de cDNA. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Outra).
Palavras-chave: Transcritoma; Montagem.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Outro; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 8; Local: Laboratório Nacional de Computação Científica; Cidade: Petrópolis/RJ; Inst. promotora: Laboratório Nacional de Computação Científica.
Curso CBAB/CABBIO/LNCC 2017 - Ferramentas de bioinformática para análise de dados de RNA-seq.

8.
PINHEIRO, D. G.. II Curso de Verão em Bioinformática: Metagenômica: da aquisição à mineração de dados. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
Referências adicionais: Brasil/Português;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 37; Local: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias; Cidade: Jaboticabal/SP; Inst. promotora: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

9.
PINHEIRO, D. G.. Tópicos avançados: Programação Perl. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
Referências adicionais: Brasil/Português; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 48; Local: Universidade Federal do Pará (UFPA); Cidade: Belém-PA; Inst. promotora: Programa de Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular, do Instituto de Ciências Biológicas (ICB) da Universidade Federal do Pará (UFPA).

10.
PINHEIRO, D. G.. I Curso de Verão em Bioinformática: Metagenômica: conceitos e aplicações. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).
Referências adicionais: Brasil/Português; Unidade: horas;
Tipo de participação: Docente; Duração do evento: 37; Local: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias; Cidade: Jaboticabal/SP; Inst. promotora: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
PINHEIRO, D. G.; VARANI, A. M. ; MIRANDA, V. F. O. ; KISHI, L. T. ; OMORI, W. P. ; SILVA, S. R. ; NOCITI, R. P. . I Curso de Verão em Bioinformática (FCAV). 2016. (Outro).
Referências adicionais: Brasil/Português; Evento itinerante: Não; Duração do evento: 2; Local: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista (Unesp); Cidade: Jaboticabal/SP; Inst. promotora/financiadora: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista (Unesp).

2.
OLIVEIRA, R. A. ; FERRO, M. I. T. ; PINHEIRO, D. G. ; VARANI, A. M. ; SOUZA, J. A. M. ; MONTASSIER, H. J. ; DUDA, R. M. ; PENHA, H. A. ; CARVALHO, F. M. S. ; VANTINI, J. S. ; GIMENEZ, D. J. ; CASTELLANE, T. C. L. ; MACHADO, A. C. R. ; COZENTINO, N. C. B. ; CARDOZO, M. V. ; MOCHI, D. A. ; MARIGUELA, V. C. ; BORZI, M. M. ; PAVANI, C. D. ; BUZINARI, A. C. ; PENA, M. M. . I Congresso Brasileiro de Microbiologia Agropecuária, Agrícola e Ambiental. 2016. (Congresso).
Referências adicionais: Brasil/Português; Evento itinerante: Sim; Duração do evento: 1; Local: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias; Cidade: Jaboticabal/SP; Inst. promotora/financiadora: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias.

3.
PINHEIRO, D. G.; VARANI, A. M. ; MIRANDA, V. F. O. ; KISHI, L. T. ; OMORI, W. P. ; SILVA, S. R. ; RODRIGUES, F. G. ; PAVANI, C. D. ; LOPES, E. M. . II Curso de Verão em Bioinformática (FCAV). 2017. (Outro).
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Hibertexto; Evento itinerante: Não; Duração do evento: 2; Local: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista (Unesp); Cidade: Jaboticabal/SP; Inst. promotora/financiadora: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista (Unesp).

4.
PINHEIRO, D. G.; VARANI, A. M. ; MIRANDA, V. F. O. ; KISHI, L. T. ; SIERRA, L. G. T. ; SILVA, S. R. ; SILVA, R. C. ; FUNNICELLI, M. I. G. . III Curso de Verão em Bioinformática (FCAV). 2018. (Outro).
Referências adicionais: Brasil/Português; Meio de divulgação: Hibertexto; Evento itinerante: Não; Duração do evento: 2; Local: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista (Unesp); Cidade: Jaboticabal/SP; Inst. promotora/financiadora: Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias, Universidade Estadual Paulista (Unesp).


Redes sociais, websites e blogs
1.
PINHEIRO, D. G.. BioInfoDB: A repository of notes and experiences in Bioinformatics and Computational Biology. 2015; Tema: Anotações úteis relacionadas aos temas: administração de sistemas linux, Bioinformática e Biologia Molecular. (Blog).
Referências adicionais: Brasil/Português; Homepage: http://bioinfodb.blogspot.com.br/.



Outras informações relevantes


Aprovações em concursos:

- Aprovado em concurso público de provas e títulos para preenchimento de emprego público de Professor Assistente Doutor, na disciplina ?Biologia Molecular Aplicada?, junto ao Departamento de Tecnologia da Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV) - Câmpus de Jaboticabal - UNESP, realizado no período de 29 a 31-10-2013 (EDITAL 166/2013-FCAV);

- Aprovado em concurso público de provas e títulos para preenchimento de emprego público de Pesquisador III, junto ao Departamento de Tecnologia da Faculdade de Ciências Agrárias e Veterinárias (FCAV) - Câmpus de Jaboticabal - UNESP, na área de Bioinformática, realizado nos dias 24 e 25-9-2012 (EDITAL 182/2012-FCAV).



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