Ariane Machado Lima

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  • Última atualização do currículo em 11/12/2018


possui graduação em Ciência da Computação pela Universidade de São Paulo (1998), mestrado em Ciências da Computação pela Universidade de São Paulo (2002) e doutorado em Bioinformatica pela Universidade de São Paulo (2006), pós-doutorado pela Universidade de São Paulo. Atualmente é Professora do Curso de Sistemas de Informação da Universidade de São Paulo e orientadora nos seguintes programas de Pós-Graduação: Sistemas de Informação e Interunidades em Bioinformática. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Ciência da Computação, atuando principalmente nos seguintes temas: linguagens formais, reconhecimento de padrões, bioinformática, RNAs não codificantes, análise de sequências. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Ariane Machado Lima
Nome em citações bibliográficas
MACHADO-LIMA, A.;MACHADOLIMA, A;Machado-Lima, Ariane;MACHADO AL;Machado, Ariane L;MACHADO, Ariane L.

Endereço


Endereço Profissional
Universidade de São Paulo, USP Leste, Escola de Artes, Ciências e Humanidades.
Rua Arlindo Béttio, 1000
Ermelino Matarazzo
03828-000 - Sao Paulo, SP - Brasil
URL da Homepage: http://www.vision.ime.usp.br/~ariane


Formação acadêmica/titulação


2002 - 2006
Doutorado em Bioinformática.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
com período sanduíche em Washington University School Of Medicine (Orientador: Sean R Eddy).
Título: Identificação de RNAs não codificantes e sua aplicação na busca do componente RNA da telomerase, Ano de obtenção: 2006.
Orientador: Alan Mitchell Durham / Hernando Antonio del Portillo.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Gramáticas livres de contexto estocásticas; estrutura secundária de RNAs; RNAs não codificantes; Plasmodium falciparum; telomerase.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
Setores de atividade: Desenvolvimento de Programas (Software).
1999 - 2002
Mestrado em Ciências da Computação.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Laboratório de Geração de Classificadores de Seqüências,Ano de Obtenção: 2002.
Orientador: Alan Mitchell Durham.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: Arcabouço; classificadores; Gramáticas livres de contexto estocásticas; Inferência gramatical; RNA.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Setores de atividade: Desenvolvimento de Programas (Software).
1994 - 1998
Graduação em Ciência da Computação.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: -.
Orientador: -.


Pós-doutorado


2007 - 2009
Pós-Doutorado.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências da Saúde / Área: Medicina / Subárea: Psiquiatria.


Atuação Profissional



Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

2009 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2007 - 2009
Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: pós-doc, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

06/2018 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, USP Leste, Escola de Artes, Ciências e Humanidades.

Cargo ou função
Suplente na Comissão Coordenadora de Programa de Pós-Graduação (CCP) do PPGSI-EACH/USP.
04/2015 - Atual
Direção e administração, USP Leste, Escola de Artes, Ciências e Humanidades.

Cargo ou função
Membro suplente da Comissão de Organização do Curso de Sistemas de Informação (CoC-SI).
09/2010 - Atual
Ensino, SISTEMAS DE INFORMAÇÃO, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Introdução á Computação para Bioinformática (IBI5011) - anos 2016
Reconhecimento de Padrões (SIN5007) - anos 2010, 2013, 2014, 2015, 2017
Preparação Pedagógica para Computação (SIN5002) - ano 2017
05/2009 - Atual
Outras atividades técnico-científicas , USP Leste, USP Leste.

Atividade realizada
Fundadora e líder do Grupo de Pesquisas "Bioinformática e Informática Médica", cadastrado no CNPq..
03/2009 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , USP Leste, Escola de Artes, Ciências e Humanidades.

02/2009 - Atual
Ensino, Sistemas de Informação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Algoritmos e Estruturas de Dados I (ACH2023) - anos 2013
Algoritmos e Estruturas de Dados II (ACH2024) - anos 2016, 2017
Construção de Compiladores (ACH2087) - anos 2015
Introdução à Ciência da Computação (ACH2001) - anos 2009, 2010, 2014
Introdução a Teoria da Computação (ACH2043) - anos 2012, 2015
Projeto Supervisionado ou de Graduação (ACH2017 e ACH2018) - anos 2009, 2010, 2011, 2012, 2013, 2015, 2016, 2017
Resolução de Problemas I (ACH2041) - anos 2011, 2012
06/2014 - 05/2016
Conselhos, Comissões e Consultoria, USP Leste, Escola de Artes, Ciências e Humanidades.

Cargo ou função
Membro titular na Comissão Coordenadora de Programa (CCP) do Programa de Pós-Graduação em Sistemas de Informação.
06/2012 - 06/2014
Conselhos, Comissões e Consultoria, USP Leste, .

Cargo ou função
Membro suplente na Comissão Coordenadora de Programa (CCP) do Programa de Pós-Graduação em Sistemas de Informação.
05/2011 - 06/2012
Conselhos, Comissões e Consultoria, USP Leste, Escola de Artes, Ciências e Humanidades.

Cargo ou função
Membro titular na Comissão Coordenadora de Programa (CCP) do Programa de Pós-Graduação em Sistemas de Informação.
10/2010 - 05/2012
Conselhos, Comissões e Consultoria, USP Leste, Escola de Artes, Ciências e Humanidades.

Cargo ou função
Participante da Comissão de Seleção do Programa de Pós-Graduação em Sistemas de Informação..
10/2010 - 05/2012
Conselhos, Comissões e Consultoria, USP Leste, Escola de Artes, Ciências e Humanidades.

Cargo ou função
Membro da Comissão de Bolsas do Programa de Pós-Graduação em Sistemas de Informação.
06/2010 - 05/2011
Conselhos, Comissões e Consultoria, USP Leste, Escola de Artes, Ciências e Humanidades.

Cargo ou função
Suplente na Comissão Coordenadora de Programa (CCP) do Programa de Pós-Graduação em Sistemas de Informação.
08/2007 - 02/2009
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Matemática e Estatística, .

10/2002 - 12/2003
Outras atividades técnico-científicas , Instituto de Matemática e Estatística, Instituto de Matemática e Estatística.

Atividade realizada
Representante Discente junto à Comissão de Pós Graduação Interunidades em Bioinformática.

Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
Vínculo institucional

2004 - 2007
Vínculo: Membro do Conselho Consultivo, Enquadramento Funcional: Representante Discente


Itautec-Philco, IP, Brasil.
Vínculo institucional

1996 - 1998
Vínculo: estágio, Enquadramento Funcional: analista de sistemas, Carga horária: 20


Baan Company, BC, Brasil.
Vínculo institucional

1996 - 1996
Vínculo: estágio, Enquadramento Funcional: suporte funcional de software, Carga horária: 20



Linhas de pesquisa


1.
Bioinformática

Objetivo: Utilização de métodos computacionais em problemas de biologia molecular.
2.
Identificação computacional de RNAs não codificantes

Objetivo: Identificação computacional de RNAs não codificantes.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética.
Setores de atividade: Educação.
Palavras-chave: RNAs não codificantes; Bioinformática; estrutura secundária de RNAs; Gramáticas livres de contexto estocásticas.
3.
Linguagens Formais
4.
Geração e classificação de imagens baseados em linguagens formais
5.
Predição computacional de alvos de microRNAs


Projetos de pesquisa


2016 - Atual
Armazenagem, Modelagem e Análise de Sistemas Dinâmicos para Aplicações de e-Science
Descrição: A surpreendente e rápida evolução da tecnologia deu origem a uma nova era de descoberta de conhecimento científico. Essa nova era da ciência, conhecida como e-Science é descrita como uma nova ciência computacional e composta por uma equipe multidisciplinar que exige novas metodologias para o armazenamento, modelagem e análise de dados. Em particular, o desenvolvimento de sistemas de software transacionais e analíticos para aplicações e-Science visto como sistemas dinâmicos apresenta novos desafios computacionais. Entre eles, destacam-se os desafios dos processos de descoberta de conhecimento científico que, na maioria das vezes, envolvem mudanças frequentes de requisitos para armazenagem, modelagem e análise de dados. A necessidade de abordar sistemas dinâmicos científicos para tratar complexas aplicações de eScience despertou a comunidade científica para a necessidade de sistemas de software robustos e evolutivos para atender a esses novos desafios. Sistema dinâmico é um arcabouço matemático clássico para representar fenômenos que evoluem no tempo e que são de grande interesse na ciência. Neste projeto, nosso principal objetivo é desenvolver modelos computacionais e metodologias para apoiar as aplicações e-Science. Nossa pesquisa fundamental cobre três principais áreas: armazenagem, modelagem e análise de sistemas dinâmicos. Essas áreas de pesquisa são importantes e relevantes para o Programa e-Science FAPESP já que muitos dos desafios atuais de e-Science estão relacionadas ao tratamento adequado dos sistemas dinâmicos. Assim, pretendemos desenvolver e aplicar metodologias computacionais que irão facilitar o desenvolvimento de aplicações e-Science contribuindo assim para a melhoria do conhecimento científico mundial, respeitando as restrições legais e éticas na gestão de dados..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Ariane Machado Lima - Integrante / João Eduardo Ferreira - Coordenador.
2014 - Atual
Interações gênicas na região anterior da blastoderme sincicial de Drosophila melanogaster e do sciarídeo Trichosia pubescens
Descrição: No projeto propomos estudar a regulação da expressão gênica e sondar mecanismos evolutivos envolvidos na segmentação dos dípteros. Nosso principal objetivo é investigar a regulação transcricional dos genes gap da cascata de segmentação de Drosophila melanogaster. Focamos a porção anterior da blastoderme sincicial de Drosophila onde os genes gap têm domínios de expressão parcialmente sobrepostos. Investigamos a hipótese de que esse padrão de expressão é responsável por um mecanismo combinado de atividades repressoras da transcrição que delimitam faixas pair-rule mais anteriores, bem como limites dos domínios de expressão entre os genes gap. Dados da literatura e principalmente dados genéticos não publicados do nosso laboratório sustentam essa hipótese. Propomos experimentos genéticos, bioquímicos e a utilização de recursos da área da computação e bioinformática para verificar o papel dos genes gap CG9571 e Tll nesse sistema combinatorial e também, para elaborar um modelo de regulação da expressão gênica envolvida na segmentação da parte anterior da futura cabeça. Paralelamente, nosso objetivo é a identificação de ortólogos da segmentação no díptero Trichosia pubescenes, e mapear o padrão de expressão destes genes. Esses resultados poderão revelar uma situação mais típica para os dípteros, pois a Drosophila parece não ser o modelo mais representativo para o grupo, de acordo com a literatura e dados preliminares do laboratório..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2012 - Atual
NAP-USP eScience
Descrição: Modern science is interdisciplinary and data-intensive. For instance, in the 1000 Genomes Project (www.1000genomes.org), the comparative study of 629 individuals has already generated 7.3 TB of data. Analogous situations exist in fields such as astronomy, agriculture, social sciences, etc. Ten years ago, the problem was how to obtain data. Today, the bottleneck is the need for new computational strategies and tools so that scientists can manage these massive volumes of heterogeneous, distributed, data, so that they can generate new knowledge from the processing, analysis and visualization of the data. This launched the basis of the so-called eScience: the combination of advanced research in computer science and mathematical modeling to allow and accelerate research in other knowledge domains. National programs in eScience have been created in the US, GB, Australia and other countries, that recognized the importance of this theme for the advancement of science. The main goal of this project is the design and construction of a collaborative network for research in eScience, in a partnership that involves computer science, mathematical modeling and specific domains in the exact, life, agricultural sciences and social sciences..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2011 - 2013
Investigações da cascata de segmentação na região anterior do embrião de Drosophila melanogaster e do sciarídeo Trichosia pubescens
Descrição: A cascata de segmentação na região anterior do embrião da Drosophila melanogaster, correspondente a futura cabeça, foi pouco estudada e seu funcionamento é pouco conhecido em relação à outras partes. Dados recentes da literatura indicam a existência de uma rede gênica complexa regulando esta parte do embrião. Nossa hipótese é de que desta rede façam parte atividades repressoras necessárias para posicionar corretamente faixas de expressão pair-rule, e impedir que estas faixas sejam formadas na região anterior da cabeça onde elas normalmente não ocorrem. Nosso objetivo é investigar a regulação transcricional dos promotores modulares dos genes pair-rule com a finalidade de identificar os fatores trans-reguladores e os mecanismos moleculares de repressão atuando nos alvos cis-reguladores. Para isto propomos experimentos genéticos e de expressão ectópica para analisar in vivo, por meio de hibridações in situ de todo embrião, os efeitos desencadeados por candidatos reguladores dos genes pair-rule. Paralelamente, propomos estudar a segmentação do sciarídeo Trichosia pubescens. Aspectos moleculares da segmentação foram investigados em poucas espécies, contudo, as evidências já obtidas indicam diferenças fundamentais entre o funcionamento da cascata na região anterior do embrião de Drosophila e de outros insetos e mesmo de outros dípteros. A Drosophila é uma espécie derivada entre os dípteros, portanto, somente estudos com outras espécies revelariam formas da cascata de segmentação mais comuns dentro do grupo, e possibilitariam um entendimento do processo evolutivo da segmentação nos dípteros e em insetos de uma forma geral. Nossa opção pela Trichosia reside no fato de que esta é uma espécie da base do grupo, diferentemente da Drosophila. Além disso, a Trichosia reúne características favoráveis para estudos de embriogênese que pretendemos explorar. Para esta solicitação propomos a clonagem e determinação de padrões de expressão de ortólogos de genes gap da cabeça, que fornec.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) .
Integrantes: Ariane Machado Lima - Integrante / Luiz Paulo Andrioli - Coordenador.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 2 / Número de orientações: 1
2010 - Atual
Utilização de gramáticas em reconhecimento de padrões em imagens
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Ariane Machado Lima - Coordenador / Fátima de Lourdes dos Santos Nunes - Integrante.Número de orientações: 2
2010 - Atual
Predição computacional de alvos de microRNAs
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Ariane Machado Lima - Coordenador / Helena P. Brentani - Integrante / Patrícia Severino - Integrante.Número de orientações: 6
2009 - Atual
Classificação multiclasse de RNAs codificantes e não codificantes
Descrição: Até os anos 80 apenas três classes de RNAs eram conhecidas: mensageiros (mRNAs), transportadores (tRNAs) e ribossomais (rRNAs). Os mRNAs codi cam proteí nas, então chamados RNAs codi cantes. Por sua vez, os dois últimos são considerados RNAs não codi cantes (ncRNAs). Desde então, in úmeros outros ncRNAs foram identi cados, e acredita-se que ainda muitos outros estão por serem descobertos. De fato, enquanto 2% do genoma humano e anotado como sendo genes codi cantes, estudos recentes demonstram que na verdade grande parte do genoma humano e transcrito. Os RNAs não codi cantes conhecidos at é o momento desempenham diversas atividades importantes e muitos deles estão associados a diversas doen ças. A descoberta de novos ncRNAs e de seus pap éis moleculares não s ó traz avan ços no conhecimento da biologia molecular como tamb ém pode auxiliar no desenvolvimento de novas terapias de doenças associadas. No entanto, identifi car genes de RNAs não codi cantes nos genomas é um problema em aberto. Uma alternativa é j á partir de sequências transcritas e então classifi c á-las em RNAs codi cantes ou não codi cantes. Essa alternativa tem se tornado ainda mais atraente agora com as novas técnicas de sequenciamento usadas por sequenciadores como o 454 e Solid. Mas mesmo esse processo não e trivial, pois h á fatores confundidores que prejudicam essa classi fica ção. Este projeto visa ao desenvolvimento de um classi ficador de RNAs que não apenas lide com esses problemas mas tamb ém que realize uma classifi ca ção multiclasse que auxilie o pesquisador na caracteriza ção do transcrito..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (5) .
Integrantes: Ariane Machado Lima - Coordenador / Lauretto, Marcelo S - Integrante.Financiador(es): Universidade de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 6
2007 - 2011
Identificação de RNAs não codificantes em transtornos psiquiátricos e envelhecimento cerebral
Descrição: RNAs não codificantes (ncRNAs) são RNAs funcionais que, ao invés de serem traduzidos para proteínas, desempenham eles mesmos diversas atividades importantes. Muitos deles exercem um papel regulatório do mecanismo de expressão gênica, controlando a atividade de diversos genes, codificantes ou não. Mutações ou a má regulação desses ncRNAs estão relacionadas com diversas doenças como enfarto, câncer e transtornos neurológicos e transtornos neuropsiquiátricos (TNPs). Um transtorno neuropsiquiátrico de relevância mundial é conhecido como Transtorno Obsessivo-Compulsivo (TOC). O TOC é um transtorno que causa acentuado sofrimento e/ou prejuízo funcional e que afeta aproximadamente 1 a 3\% da população mundial. A exemplo de outros TNPs, ainda não foi identificado nenhum ncRNA associado ao TOC. No entanto, recentes e constantes descobertas têm revelado o envolvimento dessas moléculas em muitos TNPs. Dentre esses TNPs estão Alzheimer, epilepsia, X frágil, Parkinson, ataxia espinocerebelar, doenças de príons, esquizofrenia, síndrome de Tourette e de Prader-Willi, sendo que as três últimas apresentam comorbidade com TOC. Além de associação com transtornos, vários ncRNAs exercem importantes papéis no desenvolvimento normal do sistema nervoso central e de várias outras atividades celulares. É esperado que muitos ncRNAs ainda não tenham sido identificados. Desta forma, novos ncRNAs envolvidos em TNPs podem estar ocultos nas regiões ``intergênicas'' e intrônicas. Considerando essas evidências, acreditamos que devam existir ncRNAs envolvidos não só em TOC como também em um amplo espectro de TNPs. A descoberta desses ncRNAs e de seus envolvimentos com os vários TNPs pode auxiliar no desenvolvimento de novas terapias. A fim de iniciar esse processo de descoberta, este projeto propõe a realização de uma seleção de ncRNAs já conhecidos e de uma busca por novos ncRNAs, ambos potencialmente relacionados com TNPs, incluindo TOC. O projeto também inclui uma validação inicial de candida.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) .
Integrantes: Ariane Machado Lima - Coordenador / Carlos Alberto de Bragança Pereira - Integrante / Helena P. Brentani - Integrante / Eurípedes Constantino Miguel Filho - Integrante / Ana G. Hounie - Integrante / Carolina Cappi - Integrante / Lea Grindberg - Integrante / Wilson Jacob Filho - Integrante / Kátia Oliveira - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 1
2007 - 2011
Banco de Dados para as pesquisas do programa Transtornos do Espectro Obsessivo-Compulsivo do Instituto de Psiquiatria da Faculdade de Medicina da USP
Descrição: A articulação e o cruzamento das informações geradas a partir dos diversos módulos do projeto temático FAPESP "CARACTERIZAÇÃO FENOTÍPICA, GENÉTICA E NEUROBIOLÓGICA DO TRANSTORNO OBSESSIVO-COMPULSIVO E SUAS IMPLICAÇÕES PARA O TRATAMENTO" requerem uma infra-estrutura eficiente de armazenamento e recuperação de informação. Este projeto tem o objeivo de desenvolver um banco de dados para apoiar às necessidades de busca e recuperação de informações geradas neste projeto temático, atendendo os desafios computacionais nele envolvidos. Coordenadores: João Eduardo Ferreira e Ariane Machado Lima.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Ariane Machado Lima - Coordenador / João Eduardo Ferreira - Integrante / Eurípedes Constantino Miguel Filho - Integrante / Beny Lafer - Integrante / Rodrigo da Silva Dias - Integrante / Rodrigo Müller de Carvalho - Integrante / Mina Cintho - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.Número de orientações: 2


Revisor de periódico


2015 - Atual
Periódico: Plos One
2014 - Atual
Periódico: Bioinformatics (Oxford. Print)
2014 - Atual
Periódico: Brazilian Journal of Medical and Biological Research
2015 - 2015
Periódico: Pattern Recognition Letters
2015 - 2015
Periódico: Pattern Recognition Letters
2017 - Atual
Periódico: JOURNAL OF MEDICAL INTERNET RESEARCH
2018 - 2018
Periódico: Computer Science Review


Revisor de projeto de fomento


2007 - Atual
Agência de fomento: (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Prêmios e títulos


2018
Menção honrosa, na modalidade pesquisador sênior, do Pêmio Mercosul de Ciência e Tecnologia 2017, Reunião Especializada em Ciência e Tecnologia do Mercosul (RECyT),.
2010
Melhor pôster da VII Jornada de Iniciação Científica, com o título "Desenvolvimento de uma metodologia de Bioinformática para busca de riboswitches de tiamina pirofosfato no genoma humano"., Instituto Nacional do Câncer.
2009
Melhor pôster de transcriptômica e proteômica, entitulado "The Development of a Bioinformatics Methodology to Search for Riboswitches in the Human Transcriptome", Associação de Bioinformática e Biologia Computacional.
2009
Menção Honrosa ao Pôster "Desenvolvimento de uma metodologia de bioinformática para a busca de eventos de riboswitch de TPP no transcriptoma humano" na VI Jornada de Iniciação Científica, Instituto Nacional do Câncer (INCA).
2008
Um dos melhores pôsteres do X-meeting 2008, com o título "Prediction of non-coding RNA in comparative analyze approach in Apis mellifera and Nasonia vitripennis", Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:15
Total de citações:172
Fator H:7
Machado-Lima, Ariane  Data: 16/10/2018

Outras
Total de trabalhos:16
Total de citações:272
A Machado-Lima  Data: 16/02/2018

Artigos completos publicados em periódicos

1.
PEDRO, RICARDO WANDRÉ DIAS2019PEDRO, RICARDO WANDRÉ DIAS ; MACHADO-LIMA, A. ; NUNES, F. L. S. . Is mass classification in mammograms a solved problem? - A critical review over the last 20 years. EXPERT SYSTEMS WITH APPLICATIONS, v. 119, p. 90-103, 2019.

2.
CORNEJO, J.2017CORNEJO, J. ; PREDINI, H. ; MACHADO-LIMA, A. ; NUNES, F. L. S. . Down syndrome detection based on facial features using a geometric descriptor. JOURNAL OF MEDICAL IMAGING, v. 4, p. 1-6, 2017.

3.
CARVALHO, S. P.2016CARVALHO, S. P. ; BRENTANI, H. P. ; FOCK, R. A. ; BRUNONI, D. ; MACHADO-LIMA, A. ; NUNES, F. L. S. . Uma contribuição ao auxí-lio do diagnóstico do autismo a partir do processamento de imagens para extração de medidas antropométricas. REVISTA DE INFORMÁTICA TEÓRICA E APLICADA: RITA, v. 23, p. 100-123, 2016.

4.
BASTOS, E. P.2014BASTOS, E. P. ; BRENTANI, H. ; PASINI, F. S. ; SILVA, A. R. T. ; TORRES, C. H. ; PUGA, R. D. ; OLIVIERI, E. H. R. ; MACHADO-LIMA, A. ; PEREIRA, C. A. B. ; CARRARO, D. M. ; BRENTANI, M. M. . MicroRNAs Discriminate Familial from Sporadic Non-BRCA1/2 Breast Carcinoma Arising in Patients ≤35 Years. Plos One, v. 9, p. e101656, 2014.

5.
PEDRO, RICARDO WANDRÉ DIAS2013 PEDRO, RICARDO WANDRÉ DIAS ; NUNES, FÁTIMA L. S. ; Machado-Lima, Ariane . Using grammars for pattern recognition in images. ACM Computing Surveys, v. 46, p. 1-34, 2013.

6.
de OLIVEIRA, K. C.2012de OLIVEIRA, K. C. ; NERY, F. G. ; FERRETI, R. E. L. ; LIMA, M. C. ; CAPPI, C. ; MACHADO-LIMA, A. ; POLICHISO, L. ; CARREIRA, L. L. ; AVILA, C. ; ALHO, A. T. D. L. ; BRENTANI, H. P. ; MIGUEL, E. C. ; HEISEN, H. ; JACOB FILHO, W. ; PASQUALUCCI, C. A. ; LAFER, B. ; GRINBERG, L. T. . Brazilian psychiatric brain bank: a new contribution tool to network studies. Cell and Tissue Banking, v. 13, p. 315-326, 2012.

7.
ANDRIOLI, L. P.2012ANDRIOLI, L. P. ; DIGIAMPIETRI, L.A. ; de BARROS, L. P. ; MACHADO-LIMA, A. . Huckebein is part of a combinatorial repression code in the anterior blastoderm. Developmental Biology (Print), v. 361, p. 177-185, 2012.

8.
MACHADO-LIMA, A.2010 MACHADO-LIMA, A.; KASHIWABARA, A. Y. ; DURHAM, A.M. . Decreasing the number of false positives in sequence classification. BMC Genomics, v. 11, p. S10, 2010.

9.
RIBEIRO, T. C.2010RIBEIRO, T. C. ; VENTRICE, G. ; MACHADO-LIMA, A. ; ANDRIOLI, L. P. . Investigating Giant (Gt) Repression in the Formation of Partially Overlapping Pair-Rule Stripes. Developmental Dynamics, v. 239, p. 2989-2999, 2010.

10.
Mello, B. P.2009 Mello, B. P. ; Abrantes, E. F. ; Torres, C. H. ; MACHADO-LIMA, A. ; Fonseca, R. d. S. ; CARRARO, D. M. ; BRENTANI, R. R. ; Reis, L. F. L. ; Brentani, H. . No-match ORESTES explored as tumor markers. Nucleic Acids Research, v. 37, p. 2607-2617, 2009.

11.
Araújo, F. M. G.2009Araújo, F. M. G. ; MACHADO-LIMA, A. ; DURHAM, A.M. ; TEIXEIRA, R. ; OLIVEIRA, G. C. . Sequence and structural analysis of the 5- noncoding region of hepatitis C virus in patients with chronic infection. Journal of Medical Virology, v. 81, p. 1212-1219, 2009.

12.
Orjuela-Sanchez, P.2009Orjuela-Sanchez, P. ; de Santana Filho, F. S. ; MACHADO-LIMA, A. ; CHECHUAN, Y. ; Costa, M. R. F. ; Alecrim, M. d. G. C. ; del Portillo, H.A. . Analysis of single-nucleotide polymorphisms in the crt-o and mdr1 genes of Plasmodium vivax among chloroquine resistant isolates from the Brazilian Amazon region. Antimicrobial Agents and Chemotherapy, v. 53, p. 3561-3564, 2009.

13.
MACHADO-LIMA, A.;MACHADOLIMA, A;Machado-Lima, Ariane;MACHADO AL;Machado, Ariane L;MACHADO, Ariane L.2008 MACHADO-LIMA, A.; del Portillo, H.A. ; DURHAM, A.M. . Computational methods in noncoding RNA research. Journal of Mathematical Biology, v. 56, p. 15-49, 2008.

14.
HOUNIE, A2008HOUNIE, A ; CAPPI, C ; CORDEIRO, Q ; SAMPAIO, A ; MORAES, I ; ROSARIO, M ; PALACIOS, S ; GOLDBERG, A ; VALLADA, H ; MACHADO-LIMA, A. ; NAKANO, E. ; KALIL, J. ; PAULS, D. ; PEREIRA, C. A. B. ; GUILHERME, L. ; MIGUEL, E. C. . TNF-alpha polymorphisms are associated with obsessive-compulsive disorder. Neuroscience Letters, v. 442, p. 86-90, 2008.

15.
SILVEIRA, N. J. F.2008SILVEIRA, N. J. F. ; VARUZZA, L. ; MACHADO-LIMA, A. ; LAURETTO, M. ; PINHEIRO, D. G. ; RODRIGUES, R. V. ; SEVERINO, P. ; NOBREGA, F. G. ; Head and Neck Genome Project ; SILVA JR., W. A. ; de B Pereira, Carlos A ; Tajara, Eloiza H . Searching for molecular markers in head and neck squamous cell carcinomas (HNSCC) by statistical and bioinformatic analysis of larynx-derived SAGE libraries. BMC Medical Genomics, v. 1, p. 1-17, 2008.

16.
KASHIWABARA, A. Y.2007 KASHIWABARA, A. Y. ; VIEIRA, D. C. G. ; MACHADO-LIMA, A. ; DURHAM, A.M. . Splice site prediction using stochastic regular grammars. Genetics and Molecular Research, v. 6, p. 105-115, 2007.

17.
Merino, Emilio F2003Merino, Emilio F ; Fernandez-Becerra, Carmen ; Madeira, Alda MBN ; MACHADO, Ariane L ; Durham, Alan ; Gruber, Arthur ; Hall, Neil ; del Portillo, Hernando A . Pilot survey of expressed sequence tags (ESTs) from the asexual blood stages of Plasmodium vivax in human patients. Malaria Journal (Online), v. 2, p. 21, 2003.

Livros publicados/organizados ou edições
1.
FALCAO, P. K. (Org.) ; BARRERA, J. (Org.) ; MACHADO-LIMA, A. (Org.) ; Nakano, F. (Org.) . Proceedings do X-Meeting 2007. São Paulo: , 2007. v. 1.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
SANTOS, G. P. ; NETO, J. J. ; MACHADO-LIMA, A. . Algoritmo de Earley Adaptativo para Reconhecimento de Padrões Sintáticos. In: Workshop de Tecnologia Adaptativa, 2018, São Paulo. Memórias do XII Workshop de Tecnologia Adaptativa - WTA 2018. EPUSP, São Paulo. ISBN 978-85-86686-98-6., 2018. p. 29-36.

2.
TESTA, R. L. ; MACHADO-LIMA, A. ; NUNES, F. L. S. . Factors influencing the perception of realism in synthetic facial expressions. In: SIBGRAPI, 2018, Foz do Iguaçu. 31st Conference on Graphics, Patterns and Images (SIBGRAPI 2018), 2018.

3.
TESTA, R. L. ; MUNIZ, A. H. N. ; CARPIO, L. U. S. ; DIAS, R. S. ; ROCCA, C. C. A. ; MACHADO-LIMA, A. ; NUNES, F. L. S. . Generating facial emotions for diagnosis and training of individuals with psychiatric disorders. In: 28th IEEE International Symposium on Computer-Based Medical Systems - CBMS, 2015, São Carlos - SP. Proceedings of the 28th IEEE International Symposium on Computer-Based Medical Systems - CBMS, 2015.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
MACHADO-LIMA, A.; KASHIWABARA, A. Y. ; DURHAM, A.M. . Null models in log-odds sequence classifiers. In: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009, Angra dos Reis. Proceedings of the 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
PARADISO, J. A. O. ; Brentani, H. ; MACHADO-LIMA, A. . Aplicação de algoritmos de seleção de características na identificação de subconjuntos de microRNAs com grande intersecção de genes alvos. In: 22º SIICUSP - Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2014, São Paulo. Resumos do 22º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2014.

2.
MUNIZ, A. H. N. ; MACHADO-LIMA, A. . Definição e implementação de gramática para geração de expressões faciais em jogos psiquiátricos.. In: 22º SIICUSP - Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2014, São Paulo. Resumos do 22º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2014.

3.
PIOVEZANI, A. ; BRENTANI, H. P. ; MACHADO-LIMA, A. . MicroRNAs targets prediction in complex diseases. In: MicroRNA 2012: International Symposium, 2012, São Paulo. Abstracts of MicroRNA 2012: International Symposium, 2012.

4.
ARAUJO, J. C. ; ANDRIOLI, L. P. ; MACHADO-LIMA, A. . Use of bioinformatics tools for the identification of genes regulating the anterior of the Drosophila embryo. In: 20 Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2012, São Paulo. Resumos do 20 Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2012.

5.
PIOVEZANI, A. ; BASTOS, E. ; BRENTANI, M. ; BRENTANI, H. P. ; MACHADO-LIMA, A. . Target Prediction of MiRNA in Breast Cancer. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-Meeting, 2011, Florianópolis. Proceedings of the 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-Meeting, 2011.

6.
JORGE, N. A. N. ; FERREIRA, C. ; MACHADO-LIMA, A. ; PASSETTI, F. . SEARCHING FOR FMN AND SAM RIBOSWITCHES IN THE HUMAN GENOME. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-Meeting, 2011, Florianópolis. Proceedings of the 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-Meeting, 2011.

7.
NOGUEIRA, E. ; MACHADO-LIMA, A. . Busca de sítios de ligação de microRNAs diferencialmente expressos em câncer de cabeça e pescoço em regiões promotoras de genes humanos - parte 2. In: 19 Simpósio Internacional de Iniciação Científica, 2011, São Carlos - SP. 19 Simpósio Internacional de Iniciação Científica, 2011.

8.
BARROS, G. S. ; MACHADO-LIMA, A. . Benchmarking de classificadores de sequências de RNAs. In: 19 Simpósio Internacional de Iniciação Científica, 2011, São Paulo - SP. 19 Simpósio Internacional de Iniciação Científica, 2011.

9.
MOURA, A. M. ; MACHADO-LIMA, A. . Identificação computacional de alvos de microRNAs. In: 19 Simpósio Internacional de Iniciação Científica, 2011, São Carlos - SP. 19 Simpósio Internacional de Iniciação Científica, 2011.

10.
SEVERINO, P. ; BRUGGEMANN, H. ; ANDREGHETTO, F. M. ; SOARES, R. M. ; PAPARELLI, M. A. B. ; BORGES, F. ; MOYSES, R. ; CARVALHO, M. B. ; NUNES, F. D. ; MACHADO-LIMA, A. ; TAJARA, E. H. ; Gencapo, Head and Neck Genome Project . MicroRNA-196-mediated regulation of gene expression and molecular networks in oral squamous cell carcinoma. In: Systems Biology: Global Regulation of Gene Expression Meeting - Cold Spring Harbor Meeting, 2010, Cold Spring Harbor, NY, EUA. Systems Biology: Global Regulation of Gene Expression, 2010.

11.
JORGE, N. A. N. ; FERREIRA, C. G. ; MACHADO-LIMA, A. ; PASSETTI, F. . Desenvolvimento de uma metodologia de Bioinformática para busca de riboswitches de tiamina pirofosfato no genoma humano. In: II Jornada Pós-Graduação do Instituto Nacional do Câncer (categoria Iniciação Científica), 2010, Rio de Janeiro. II Jornada Pós-Graduação do Instituto Nacional do Câncer, 2010.

12.
JORGE, N. A. N. ; FERREIRA, C. G. ; MACHADO-LIMA, A. ; PASSETTI, F. . The Development of a Bioinformatics Methodology to Search for Riboswitches in the Human Transcriptome. In: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009, Angra dos Reis. Proceedings of the 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009.

13.
MACHADO-LIMA, A.; CAPPI, C. ; HOUNIE, A. G. ; BRENTANI, H. P. ; MIGUEL, E. C. ; PEREIRA, C. A. B. . Identification of Noncoding RNAs in Neuropsychiatric Disorders and Brain Aging. In: First Brazilian School of Bioinformatics, 2008, Santo André - SP. Proceedings of the First Brazilian School of Bioinformatics, 2008.

14.
MACHADO-LIMA, A.; ONUCHI, V. ; DURHAM, A.M. . Search for structural patterns in RNAs using graphs. In: X-meeting, 2008, Salvador, BA. Proceedings of the Fourth X-meeting 2008, 2008.

15.
Paschoal, A. R. ; MACHADO-LIMA, A. ; DURHAM, A.M. ; SIMOES, Z. L. P. . Prediction non-coding RNA in comparative analyze approach in Apis mellifera and Nasonia vitripennis. In: X-meeting, 2008, Salvador, BA. Proceedings of the Fourth X-meeting, 2008.

16.
Araújo, F. M. G. ; MACHADO-LIMA, A. ; DURHAM, A.M. ; TEIXEIRA, R. ; OLIVEIRA, G. C. . Sequence and structural analysis of the 5' noncoding region of hepatitis C virus in patients with chronic infection. In: X-meeting, 2008, Salvador, BA. Proceedings of the Fourth X-meeting, 2008.

17.
MACHADO-LIMA, A.; del Portillo, H.A. ; DURHAM, A.M. . Telomerase RNA Predictor. In: X-Meeting, 2007, São Paulo. Proceedings of the 3rd X-meeting, 2007. v. 1.

18.
SILVEIRA, N. J. F. ; MACHADO-LIMA, A. ; LAURETTO, M. ; VARUZZA, L. ; PINHEIRO, D. G. ; RODRIGUES, R. V. ; VIDOTTO, A. ; POLACHINI, G. M. ; SEVERINO, P. ; CURY, P. M. ; NOBREGA, F. G. ; WUNSCH-FILHO, V. ; MICHALUART JR., P. ; CARVALHO, M. B. ; Head and Neck Genome Project ; SILVA JR., W. A. ; PEREIRA, C. A. B. ; TAJARA, E. H. . Molecular Markers Identified by Statistical Methods Using Serial Analysis of Gene Expression and Public Microarray Data. In: X-Meeting, 2007, São Paulo - SP. Proceedings of the 3rd X-meeting, 2007.

19.
SANCHEZ, P. O. ; SANTANA FILHO, F. S. ; PAQUOLA, A. C. M. ; MACHADO-LIMA, A. ; CHECHUAN, Y. ; MANSO, M. C. ; ALECRIM, G. ; del Portillo, H.A. . Genetic polymorphisms of crt-o and mdr1 genes of Plasmodium vivax among chloroquine resistant isolates from the Brazilian Amazon region. In: XXIII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Parasitologia, 2007, Caxambu - MG. Anais da XXIII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Parasitologia, 2007.

20.
MACHADO-LIMA, A.; EDDY, S. R. ; del Portillo, H.A. ; DURHAM, A.M. . Telomerase RNA searching using an Infernal-based pipeline. In: Intelligent Systems for Molecular Biology, 2006, Fortaleza. Proceedings of the Intelligent Systems for Molecular Biology 2006, 2006. v. 1.

21.
MACHADO-LIMA, A.; del Portillo, H.A. ; DURHAM, A.M. . RNA Modeling with Stochastic Context Free Grammars. In: II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis. Proceedings of the II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004.

22.
KASHIWABARA, A. Y. ; MACHADO-LIMA, A. ; DURHAM, A.M. . Splice site prediction using grammar inference. In: II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis. Proceedings of the II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004.

23.
MERINO, E.F. ; DURHAM, A.M. ; Tumilasci V. F. ; MACHADO-LIMA, A. ; Fernandez-Becerra, C ; DARC-NEVES, J. ; OIKAWA, M. ; FERREIRA, J. E. ; del Portillo, H.A. . Plasmodium vivax: towards a global study of virulence in natural infections. In: II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis. Proceedings of the II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004.

24.
MACHADO-LIMA, A.; DURHAM, A.M. . A Framework for Generation of Sequence Classifiers. In: I International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto - SP. Proceedings of the I International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003.

25.
MERINO, E.F. ; Fernandez-Becerra, C ; MADEIRA, AMBN ; MACHADO-LIMA, A. ; DURHAM, A.M. ; GRUBER, A ; del Portillo, H.A. . Pilot survey of expressed sequence tags (ESTs) from Pilot survey of expressed sequence tags (ESTs) from the asexual blood stages of Plasmodium vivax in human patients. In: I International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto - SP. Proceedings of the I International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003.

26.
MACHADO-LIMA, A.; DURHAM, A.M. . Laboratory for automatic generation of sequence classifiers. In: 6th Brazilian School of Probability, 2002, Ubatuba - SP. Proceedings of the 6th Brazilian School of Probability, 2002.

Artigos aceitos para publicação
1.
TESTA, R. L. ; CORREA, C. G. ; MACHADO-LIMA, A. ; NUNES, F. L. S. . Synthesis of facial expressions in photographs: characteristics, approaches, and challenges. ACM COMPUTING SURVEYS, 2018.

Apresentações de Trabalho
1.
MACHADO-LIMA, A.. RNAs não codificantes: um novo tema em genômica e bioinformática. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
MACHADO-LIMA, A.; del Portillo, H.A. ; DURHAM, A.M. . Identificação de RNAs não codificantes e sua aplicação na busca do componente RNA da telomerase. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
MACHADO-LIMA, A.. A Informática da Bioinformática. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
MACHADO-LIMA, A.. RNAs não codificantes: A Cinderela das Moléculas. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
KASHIWABARA, A. Y. ; VIEIRA, D. C. G. ; MACHADO-LIMA, A. ; DURHAM, A.M. . Splice site prediction using stochasctic regular grammars. 2004. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

6.
MACHADO-LIMA, A.; MERINO, E.F. ; del Portillo, H.A. . Bioinformática no Estudo do Genoma. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).


Produção técnica

Demais tipos de produção técnica
1.
MACHADO-LIMA, A.. Bioinformática no Estudo de RNAs não Codificantes e microRNAs. 2015. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

2.
Machado-Lima, Ariane. Bioinformática no Estudo de RNAs não Codificantes e microRNAs. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

3.
MACHADO-LIMA, A.. Bioinformática no Estudo de RNA não Codificantes e microRNAs. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

4.
MACHADO-LIMA, A.. Alinhamentos e Busca de Similaridade. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

5.
MACHADO-LIMA, A.. Alinhamentos e Busca de Similaridade. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

6.
MACHADO-LIMA, A.. Alinhamento e Busca de Similaridade. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

7.
MACHADO-LIMA, A.. Alinhamento e Busca de Similaridade. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

8.
MACHADO-LIMA, A.. Alinhamento e Busca de Similaridade. 2008. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

9.
MACHADO-LIMA, A.. Alinhamento e Blast. 2007. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

10.
MACHADO-LIMA, A.. Introdução a Biologia Molecular. 2007. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

11.
SIMOES, A. C. ; MACHADO-LIMA, A. ; CARRER, H. . Introdução à Bioinformática. 2007. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

12.
FALCAO, P. R. K. ; BARRERA, J. ; MACHADO-LIMA, A. . Proceedings do X-meeting 2007 - terceira reunião da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional. 2007. (Editoração/Anais).

13.
MACHADO-LIMA, A.. Introdução à Programação Perl. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

14.
MACHADO-LIMA, A.. Cursos de Java 1, 2 e 3. 2002. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

15.
MACHADO-LIMA, A.. Cursos de Java 1, 2 e 3. 2001. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

16.
MACHADO-LIMA, A.. Cursos de Java 1, 2 e 3. 2001. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

17.
MACHADO-LIMA, A.. Access básico. 2001. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

18.
MACHADO-LIMA, A.. Access avançado. 2001. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

19.
MACHADO-LIMA, A.; COLOMBO, J, . Java I - Uma Introdução à Linguagem. 2001. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Material didático).

20.
MACHADO-LIMA, A.. Java III. 2001. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Material didático).

21.
MACHADO-LIMA, A.. Java II. 2001. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Material didático).

22.
MACHADO-LIMA, A.. Word e Excel. 1998. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).



Patentes e registros



Programa de computador
1.
MACHADO-LIMA, A.; CARVALHO, R. M. ; CINTHO, M. ; BATISTUZZO, M. C. ; MOREIRA, C. L. R. L. ; DIAS, R. S. ; LAFER, B. ; MIGUEL, E. C. ; FERREIRA, J. E. . DIDB - Dynamic Interview Database. 2012.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR5120130002044, título: "DIDB - Dynamic Interview Database" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.

2.
PIOVEZANI, A. ; BRENTANI, H. ; MACHADO-LIMA, A. . SIMTAR: UMA FERRAMENTA PARA PREDIÇÃO DE SNPs INTERFERINDO EM SÍTIOS ALVOS DE MICRORNAS. 2015.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512014001434-7, data de registro: 16/06/2015, título: "SIMTAR: UMA FERRAMENTA PARA PREDIÇÃO DE SNPs INTERFERINDO EM SÍTIOS ALVOS DE MICRORNAS" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
PARABONI, I.; MACHADO-LIMA, A.; FERREIRA, F. F.; CARVALHO, A. M. B. R.. Participação em banca de Barbara Barbosa Claudino da Silva. Reconhecimento de traços de personalidade com base em textos. 2018. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

2.
MACHADO-LIMA, A.; MARTINS JR., D. C.; SALVINI, R. L.; PARABONI, I.. Participação em banca de Bruno Sanchez de Araújo. Caracterização de etnias, sexos e faixas etárias em imagens faciais.. 2018. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

3.
FANTINATO, M.; GOUVEA, M. A.; AZEVEDO, L. G.; MACHADO-LIMA, A.. Participação em banca de Gabriel Lucas Cantanhede. Aplicação de algoritmos genéticos em mineração de processos não estruturados. 2018. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

4.
DIGIAMPIETRI, L.A.; MACHADO-LIMA, A.; FUJITA, A.; OIKAWA, M. K.. Participação em banca de Priscilla Koch Wagner. Uma nova abordagem para identificação da provável origem de genes exclusivos de bactérias. 2018. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

5.
MACHADO-LIMA, A.; TAHIRA, A. C.; CERRI, R.. Participação em banca de Clebiano da Costa Sá. Métodos de validação tradicional e temporal aplicados à avaliação de classificadores de RNAs codificantes e não codificantes. 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

6.
MACHADO-LIMA, A.; MONTEIRO, C. B. M.; HIRATA, R. Jr; OLIVEIRA, L. L. G.. Participação em banca de Tuany Dias Pinheiro. Classificação de imagens faciais para o auxílio ao diagnóstico do transtorno do espectro autista. 2018. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

7.
DOMINGUES, D. S.; PEREIRA, L. F. P.; MACHADO-LIMA, A.. Participação em banca de Samara Mireza Correia de Lemos. Análise Bioinformática de RNAs não codificantes no genoma de Coffea canephora. 2018. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

8.
BERNARDES, J. L.; MACHADO-LIMA, A.; BOSCARIOLI, C.; SILVA, L. A.. Participação em banca de Maria Eduarda de Araújo Cardoso. Segmentação automática de expressões faciais gramaticais com multilayer perceptrons e misturas de especialistas. 2018. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

9.
MACHADO-LIMA, A.; LAURETTO, M. S.; ROZANTE, L. C. S.; CASTRO JUNIOR, A. A.. Participação em banca de Gilmar Pereira dos Santos. Analisador sintático de Earley para gramáticas livres de contexto adaptativas e sua aplicação na caracterização de famílias de RNAs com pseudonós. 2018. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

10.
OLIVEIRA, P. R.; FRANCA, F. O.; FERREIRA, F. F.; MACHADO-LIMA, A.. Participação em banca de Rodolfo da Silva Simões. Técnicas de transferência de aprendizagem aplicadas a modelos QSAR para regressão. 2018. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

11.
DIGIAMPIETRI, L.A.; MACHADO, Ariane L; FUJITA, A.; OIKAWA, M.. Participação em banca de Vivian Mayumi Yamassaki Pereira. Reconstrução filogenética de procariotos com base em famílias de genes homólogos. 2017. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

12.
NUNES, F. L. S.; Machado-Lima, Ariane; NAKAMURA, R.; FERREIRA, D. J.. Participação em banca de Rafael Siqueira Torres. Segmentação semiautomática de conjuntos completos de imagens do ventrículo esquerdo. 2017. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

13.
MACHADO-LIMA, A.; DIGIAMPIETRI, L.A.; TORRES, T. T.. Participação em banca de Antônio Ferrão Neto. Predição computacional de sítios de ligação de fatores de transcrição baseada em gramáticas regulares estocásticas. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

14.
FAVERO, P. B.; GAZZIRO, M. A.; MACHADO-LIMA, A.. Participação em banca de Melina Brilhadori Alvez. Estudo comparativo entre algoritmos de árvores de decisão baseados em ensembles de classificadores aplicados a Big Data. 2017. Dissertação (Mestrado em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC.

15.
MENA-CHALCO, J. P.; MACHADO-LIMA, A.; DIGIAMPIETRI, L.A.. Participação em banca de Caio César Trucolo. Análise de tendências em redes sociais acadêmicas. 2015. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

16.
MACHADO-LIMA, A.; PEDRINI, H.; DIGIAMPIETRI, L.A.; HASHIMOTO, R. F.. Participação em banca de Liseth Urpy Segundo Carpio. Geração de caricaturas para representação de emoções usando processamento de imagens faciasi e grafos And-Or. 2015. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

17.
HONORIO, K. M.; LORENA, A. C.; MACHADO-LIMA, A.. Participação em banca de Jadson Castro Gertrudes. Emprego de técnicas de análise exploratória de dados utilizados em Química Medicinal. 2013. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

18.
MACHADO-LIMA, A.; REIS, E. M. R.; DIGIAMPIETRI, L.A.. Participação em banca de Amanda Rusiska Piovezani. SIMTar: uma ferramenta para predição de SNPs interferindo em sítios alvos de microRNAs. 2013. Dissertação (Mestrado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

19.
BISCARO, H. H.; JOSE NETO, J.; MACHADO-LIMA, A.. Participação em banca de Ricardo Wandré Dias Pedro. Inferência de Gramáticas Estocásticas para Reconhecimento de Padrões em Imagens Utilizando Quadtrees. 2013. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

Teses de doutorado
1.
MACHADO-LIMA, A.; NUNES, F. L. S.; MASCHIETTO, M.; SILVA, I. T.; GIORDANO, R.. Participação em banca de Paula Prieto Oliveira. Incorporação de evidências biológicas para a identificação de SNPs interferindo em sítios alvos de miRNAs. 2018. Tese (Doutorado em Programa Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

2.
VERJOVSKI-ALMEIDA, S.; VASQUES, L. R.; PASSETTI, F.; MACHADO-LIMA, A.; LOPES, F. M.. Participação em banca de Vinicius Ramos Henriques Maracajá Coutinho. Caracterização in silico e análise de expressão de RNAs não codificadores longos no genoma de eucariotos. 2013. Tese (Doutorado em Programa Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

3.
SOUZA, S. J.; MALNIC, B.; MACHADO-LIMA, A.; BRENTANI, H.; PAPPAS GJ Jr. Participação em banca de José Eduardo Kroll. Explorando a Complexidade do Transcriptoma Humano. 2013. Tese (Doutorado em Programa Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

4.
SOUZA, S. J.; OLIVEIRA, C. C.; MACHADO-LIMA, A.; NETO, E. D.; DURHAM, A.M.. Participação em banca de Suzana Andreoli Marques Ezquina. Estudo da poliadenilação alternativa: Efeito dos polimorfismos nos elementos em cis no RNA e de transcritos em antissenso. 2012. Tese (Doutorado em Programa Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

5.
MACHADO-LIMA, A.; CARRARO, D. M.; NETO, E. D.; VERJOVSKI-ALMEIDA, S.; BRENTANI, H. P.. Participação em banca de Bárbara Pereira de Mello. Busca de marcadores moleculares tecido-associados em regiões transcritas não caracterizadas do genoma huma. 2009. Tese (Doutorado em Oncologia) - Hospital A. C. Camargo.

6.
SOUZA, S. J.; SILVA, A. M.; MEYER, D.; CARRARO, D. M.; MACHADO-LIMA, A.. Participação em banca de Jorge Estefano Santana de Souza. Identificação in-silico de genes humanos submetidos à expressão alélica diferencial. 2008. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Qualificações de Doutorado
1.
MACHADO-LIMA, A.; MOUREIRA-FILHO, C. A.; HOEXTER, M. Q.. Participação em banca de Viviane Neri de Souza Reis. Estudo da dosagem gênica na contribuição em fenótipos de transtornos do espectro do autismo. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Psiquiatria) - Universidade de São Paulo.

2.
PEREIRA, C. A. B.; NAKAYA, H.; MACHADO-LIMA, A.. Participação em banca de Yagoub Ali Ibrahim Adam. Function Prediction of Transcription Start Site Associated RNAs (TSSaRNAs) in Halobacterium salinarum NRC-1. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

3.
GALANTE, P. A. F.; MACHADO-LIMA, A.; REIS, E. M. R.. Participação em banca de Ricardo Piuco. Estudo dos Piwi-interacting RNAs (piRNAs) em primatas e roedores. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

4.
DIGIAMPIETRI, L.A.; MACHADO-LIMA, A.; SILVA, A. M.. Participação em banca de Caio Rafael do Nascimento Santiago. Um arcabouço focado em genômica comparativa de bactérias semelhantes. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Programa Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

5.
REIS, E. M. R.; NETO, E. D.; MACHADO-LIMA, A.. Participação em banca de José Eduardo Kroll. Um novo método baseado em expressões regulares para a análise de eventos de splicing alternativo. 2011. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

6.
MACHADO-LIMA, A.; HIRATA, R. Jr; SEVERINO, P.. Participação em banca de Alexandre Rossi Paschoal. Caracterização de RNA não codificante em Apis mellifera (abelha) e Nasonia Vitripennis (vespa). 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

7.
CARRER, H.; MACHADO-LIMA, A.; VASQUES, L. R.. Participação em banca de Vinicius Ramos Henrique Maracajá Coutinho. Caracterização in silico e análise de expressão de transcritos intrônicos não-codificadores expressos no genoma humano. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

8.
SILVA, A. M.; OLIVEIRA, P. S. L.; MACHADO-LIMA, A.. Participação em banca de Suzana Andreoli Marques Ezquina. Estudo da poliadenilação alternativa: Efeito dos polimorfismos nos elementos em cis no RNA e de transcritos em antisense. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

Qualificações de Mestrado
1.
CORDEIRO, D. A.; MACHADO-LIMA, A.; Nakano, F.. Participação em banca de Jhonatan Silva da Silva. Predição de estruturas tridimensionais para moléculas de RNA utilizando teoria do jogos. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

2.
ARAUJO, L. V.; COUTINHO, F. L.; MACHADO-LIMA, A.. Participação em banca de Rômulo Vitor Leão Lemos. Arquitetura para coleta e an ́alise de dados em larga escala relacionado ao sono.. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

3.
Machado-Lima, Ariane; CASTRO JUNIOR, A. A.; ROZANTE, L. C. S.. Participação em banca de Gilmar Pereira dos Santos. Métodos adaptativos para reconhecimento de padrões sintáticos e sua aplicação na caracterização de RNAs com estrutura secundária. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

4.
PARABONI, I.; CARVALHO, A. M. B. R.; MACHADO-LIMA, A.. Participação em banca de Ricelli Moreira Silva Ramos. Determinação de conteúdo para geração de língua natural baseada em personalidade. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

5.
PERES, S. M.; Machado-Lima, Ariane; BOSCARIOLI, C.. Participação em banca de Maria Eduarda de Araújo Cardoso. Reconhecimento de padões aplicado a análise de expressões faciais gramaticais da língua brasileira de sinais: uma abordagem usando mistura de especialistas. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

6.
CHAIM, M. L.; Machado-Lima, Ariane; ELER, M. M.. Participação em banca de MAYRA SATIKO HOSOKAWA. Localização de defeitos baseada em cobertura de controle e de dados: Uma Avaliação com Usuários. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

7.
MACHADO-LIMA, A.; SALVINI, R. L.; MARTINS JR., D. C.. Participação em banca de Bruno Sanchez de Araujo. Representação de emoções faciais em diferentes etnias, gêneros e faixas etárias. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

8.
WINTER, C. E.; WUNDERLICH, G.; MACHADO-LIMA, A.. Participação em banca de Anderson Carvalho Morais. Genômica comparativa de tripanossomatídeos portadores de endossimbiontes e sua impĺicação no genoma de Angomonas ambiguus. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

9.
Machado-Lima, Ariane; HIRATA, R. Jr; MONTEIRO, C. B. M.. Participação em banca de Tuany Dias Pinheiro. Classificação de imagens faciais para o auxı́lio ao diagnóstico de Autismo. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

10.
DIGIAMPIETRI, L.A.; MACHADO-LIMA, A.; DELGADO, K. V.. Participação em banca de Vivian Mayumi Yamassaki Pereira. Comparação de genomas de bactérias para identificação de características mais representativas para a classificação filogenética. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

11.
OLIVEIRA, P. R.; MACHADO-LIMA, A.; LIMA, C. A. M.. Participação em banca de JOAO CARLOS SILVA DE SOUZA. Aprendizado de dados positivos e não rotulados para o tratamento de incerteza na rotulação de dados de química medicinal. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

12.
ARAUJO, L. V.; PISA, I. T.; MACHADO-LIMA, A.. Participação em banca de Eric Sandro Silva Kureck. Análise automática de dados abertos utilizando meta-aprendizado. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

13.
HASHIMOTO, R. F.; SILVA, V. F.; MACHADO-LIMA, A.. Participação em banca de Liseth Urpy Segundo Carpio. Estimação dos Parâmetros de um grafo And-Or para caracterização de emoções faciais. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.

14.
MACHADO-LIMA, A.; TEIXEIRA, M. M.; VALENTE, G. T.. Participação em banca de Davi Toshio Inada. ANÁLISE DO TRANSCRIPTOMA DE CANA-DE-AÇÚCAR E DE ALTERAÇÕES METABÓLICAS AO LONGO DO CICLO DE MATURAÇÃO DA PLANTA. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

15.
SILVA JR., W. A.; MACHADO-LIMA, A.; LOPES, F. M.. Participação em banca de Mariana Yuri Sasazaki. Infraestrutura computacional para avaliação da similaridade funcional composta entre microRNAs baseada em ontologias. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

16.
DURHAM, A.M.; FUJITA, A.; MACHADO-LIMA, A.. Participação em banca de Rafael Mathias Ferreira. Predição de estrutura secundária de sequências de RNA e caracterização de famílias de RNA utilizando modelos de Markov de estados ocultos sensível ao contexto. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

17.
MATIOLI, S. R.; GRUBER, A; MACHADO-LIMA, A.. Participação em banca de Caio César de Melo Freire. Caracterização filodinâmica dos virus da Grande Fenda Africana e da Floresta de Zika: diversidade, demografia e migração. 2012. Exame de qualificação (Mestrando em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

18.
CESAR JR., R. M.; JOSE NETO, J.; MACHADO-LIMA, A.. Participação em banca de Ricardo Wandré Dias Pedro. Inferência de Gramáticas Estocásticas para Reconhecimento de Padrões em Imagens Utilizando Quadtrees. 2012. Exame de qualificação (Mestrando em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
TANAKA, H.; MACHADO-LIMA, A.; SIMOES, A. C. Q.. Processo seletivo para Professor Adjunto na área de Engenharia Biomédica, subária Informática Biomédica. 2016. Universidade Federal do ABC.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Congresso Iberoamericano de Reconhecimento de Padrões. 2010. (Congresso).

2.
I Escola Brasileira de Bioinformática.RNAs não codificantes em transtornos neuropsiquiátricos e envelhecimento cerebral. 2008. (Outra).

3.
III Brazilian Symposium on Bioinformatics. 2008. (Simpósio).

4.
IX Simpósio Nacional de Biologia Molecular Aplicada à Medicina. 2008. (Simpósio).

5.
Bayesianismo: Fundamentos e Aplicações. 2007. (Oficina).

6.
VII CTOC - Consórcio Brasileiro de Pesquisas sobre Transtorno Obsessivo-Compulsivo.Bioinformática em Psiquiatria. 2007. (Encontro).

7.
X-meeting. TERP: TElomerase RNA Predictor. 2007. (Congresso).

8.
X-meeting. Molecular Markers Identified by Statistical Methods Using Serial Analysis of Gene Expression and Public Microarray Data. 2007. (Congresso).

9.
Intelligent Systems for Molecular Biology. Telomerase RNA searching using an Infernal-based pipeline. 2006. (Congresso).

10.
II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. RNA Modeling with Stochastic Context Free Grammars. 2004. (Congresso).

11.
II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. Splice site prediction using grammar inference. 2004. (Congresso).

12.
II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. Plasmodium vivax: towards a global study of virulence in natural infections. 2004. (Congresso).

13.
I International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. A Framework for Generation of Sequence Classifiers. 2003. (Congresso).

14.
6th Brazilian School of Probability.Laboratory for automatic generation of classifiers for sequences. 2002. (Outra).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
PEREIRA, C. A. B. ; ARMELIN, H. A. ; CESAR JR., R. M. ; REIS, E. M. R. ; MACHADO-LIMA, A. ; Nakano, F. ; OLIVEIRA, G. C. ; SANTOS, R. M. Z. ; SOUZA, O. N. ; BRANDAO, M. M. ; DURHAM, A.M. ; MENOSSI, M. ; BARRERA, J. ; FALCAO, P. R. K. . X-meeting 2007 - terceira reunião da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional. 2007. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Thiago Nobayashi. Arcabouço de aprendizado e análise sintática de gramáticas adaptativas estocásticas. Início: 2018. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo. (Orientador).

Iniciação científica
1.
Gabriel di Pardi Arruda. ESTUDO DE SÍTIOS ALVOS DE MICRORNAS PRESENTES FORA DE REGIÕES 3' UTR DE MRNAS. Início: 2017. Iniciação científica (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo. (Orientador).

2.
Lucas de Sá Pereira. APERFEIÇOAMENTO DO SISTEMA SIMTAR: UMA FERRAMENTA DE BIOINFORMÁTICA PARA IDENTIFICAÇÃO DE SNPS INTERFERINDO EM SÍTIOS ALVOS DE MICRORNAS. Início: 2017. Iniciação científica (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Clebiano da Costa Sá. Métodos de validação tradicional e temporal aplicados à avaliação de classificadores de RNAs codificantes e não codificantes. 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ariane Machado Lima.

2.
Bruno Sanchez de Araújo. Caracterização de etnias, sexos e faixas etárias em imagens faciais.. 2018. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Ariane Machado Lima.

3.
Tuany Dias Pinheiro. Classificação de imagens faciais para o auxílio ao diagnóstico do transtorno do espectro autista. 2018. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Ariane Machado Lima.

4.
Gilmar Pereira dos Santos. Analisador sintático de Earley para gramáticas livres de contexto adaptativas e sua aplicação na caracterização de famílias de RNAs com pseudonós. 2018. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Ariane Machado Lima.

5.
Rafael Luiz Testa. Síntese de expressões faciais em fotografias para representação de emoções. 2018. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Ariane Machado Lima.

6.
Antônio Ferrão Neto. Predição computacional de sítios de ligação de fatores de transcrição baseada em gramáticas regulares estocásticas. 2017. Dissertação (Mestrado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ariane Machado Lima.

7.
Liseth Urpy Segundo Carpio. Geração de caricaturas para representação de emoções usando processamento de imagens faciais e grafos And-Or. 2015. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ariane Machado Lima.

8.
Amanda Rusiska Piovezani. SIMTar: uma ferramenta para predição de SNPs interferindo em sítios alvos de microRNAs. 2013. Dissertação (Mestrado em Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ariane Machado Lima.

9.
Ricardo Wandré Dias Pedro. Inferência de gramáticas estocásticas para reconhecimento de padrões em imagens utilizando quadtrees. 2013. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, . Orientador: Ariane Machado Lima.

Tese de doutorado
1.
Paula Prieto Oliveira. Incorporação de evidências biológicas para a identificação de SNPs interferindo em sítios alvos de miRNAs. 2018. Tese (Doutorado em Programa Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Ariane Machado Lima.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Marcelo Ris. 2015. Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Ariane Machado Lima.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Antônio Ferrão Neto. Estudo comparativo de validações cruzadas para a predição de sítios de ligação de fatores de transcrição. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciências Biológicas) - Faculdade de Ciências da Saúde de São Paulo. Orientador: Ariane Machado Lima.

2.
Marilia Gabriela Pires Matos. Teste e refatoração de um arcabouço para geração de classificadores de sequências. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Ariane Machado Lima.

3.
Arthur Felipe Batista Moraes. Geração de expressões faciais utilizando grafos AND-OR em jogos psiquiátricos. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Ariane Machado Lima.

4.
Bruno de Santana Monteiro. Gramáticas regulares estocásticas na caracterização de sítios de ligação de fatores de transcrição. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Ariane Machado Lima.

5.
Isaias Florencio da Silva. Avaliação de ferramentas de identificação computacional de alvos de miRNAs. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Ariane Machado Lima.

6.
Rodrigo Müller de Carvalho. Implementação de um Framework de Banco de Dados para Apoio ao Projeto e Aplicação de Questionários Complexos em Entrevistas Dinâmicas. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Ariane Machado Lima.

7.
Rodrigo Conde. Comparação de métodos de seleção de características no problema de classificação de RNAs. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Ariane Machado Lima.

8.
Marcelo Godoy Alves Lima. Inserção de conhecimento a priori em modelos de covariância para análise de RNAs. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Ariane Machado Lima.

9.
Raphael Alves da Silva. CLASSIFICAÇÃO DE RNAS: MÓDULO DE EXTRAÇÃO DE CARACTERÍSTICAS. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Ariane Machado Lima.

10.
Felipe Gonçalves Marchione. Análise de associação entre características de RNAs e erros de classificadores. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Ariane Machado Lima.

11.
Marcelo Godoy Alves Lima. Inserção de conhecimento a priori em modelos de covariância para análise de RNAs ? Parte 2. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Ariane Machado Lima.

12.
Raphael Alves da Silva. Classificação de rnas: expansão do módulo de extração de características. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Ariane Machado Lima.

13.
Felipe Alves de Sousa. Sistema de Instanciação de Questionários Eletrônicos. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Ariane Machado Lima.

Iniciação científica
1.
Thiago Nobayashi. Sistema de armazenamento e recuperação de dados de pesquisa para o diagnóstico precoce de autismo. 2018. Iniciação Científica. (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo. Orientador: Ariane Machado Lima.

2.
Jana Asako Onodera Paradiso. Identificação de subconjuntos de microRNAs com grande intersecção de genes alvos. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ariane Machado Lima.

3.
Antônio Henrique Nunes Muniz. Utilização de gramáticas para geração de imagens de face em serious games. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ariane Machado Lima.

4.
Jonatas Correia Araujo. UTILIZAÇÃO DE FERRAMENTAS DE BIOINFORMÁTICA PARA A IDENTIFICAÇÃO DE GENES REGULADORES NA REGIÃO ANTERIOR DO EMBRIÃO DE DROSOPHILA. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, Universidade de São Paulo (Programa Ensinar Com Pesquisa). Orientador: Ariane Machado Lima.

5.
Natasha Andressa Nogueira Jorge. Identificação de regiões regulatórias do genoma humano potencialmente envolvidas em câncer. 2010. Iniciação Científica - Instituto Nacional de Câncer, Ministério da Saúde. Orientador: Ariane Machado Lima.

6.
Adriana Miyazaki de Moura. Identificação computacional de alvos de miRNAs. 2010. Iniciação Científica. (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, Universidade de São Paulo (Programa Ensinar Com Pesquisa). Orientador: Ariane Machado Lima.

7.
Gisele da Silva Barros. BENCHMARKING DE CLASSIFICADORES DE SEQUÊNCIAS DE RNAS. 2010. Iniciação Científica. (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, Universidade de São Paulo (Programa Ensinar Com Pesquisa). Orientador: Ariane Machado Lima.

8.
Elaine Nogueira. Busca de sítios de ligação de microRNAs diferencialmente expressos em câncer de cabeça e pescoço em regiões promotoras de genes humanos - Parte 2. 2010. Iniciação Científica. (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ariane Machado Lima.

9.
Marcelo Augusto Bezerra Paparelli. Busca de sítios de ligação de microRNAs diferencialmente expressos em câncer de cabeça e pescoço em regiões promotoras de genes humanos. 2010. Iniciação Científica. (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Ariane Machado Lima.

Orientações de outra natureza
1.
Gustavo Luiz Duarte. BD-PROTOC - Módulo de Instanciação de Meta-Questionários. 2010. Orientação de outra natureza. (Ciência da Computação) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Ariane Machado Lima.



Inovação



Programa de computador registrado
1.
PIOVEZANI, A. ; BRENTANI, H. ; MACHADO-LIMA, A. . SIMTAR: UMA FERRAMENTA PARA PREDIÇÃO DE SNPs INTERFERINDO EM SÍTIOS ALVOS DE MICRORNAS. 2015.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512014001434-7, data de registro: 16/06/2015, título: "SIMTAR: UMA FERRAMENTA PARA PREDIÇÃO DE SNPs INTERFERINDO EM SÍTIOS ALVOS DE MICRORNAS" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.

2.
MACHADO-LIMA, A.; CARVALHO, R. M. ; CINTHO, M. ; BATISTUZZO, M. C. ; MOREIRA, C. L. R. L. ; DIAS, R. S. ; LAFER, B. ; MIGUEL, E. C. ; FERREIRA, J. E. . DIDB - Dynamic Interview Database. 2012.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR5120130002044, título: "DIDB - Dynamic Interview Database" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.



Educação e Popularização de C & T



Cursos de curta duração ministrados
1.
MACHADO-LIMA, A.. Alinhamentos e Busca de Similaridade. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

2.
MACHADO-LIMA, A.. Bioinformática no Estudo de RNA não Codificantes e microRNAs. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

3.
Machado-Lima, Ariane. Bioinformática no Estudo de RNAs não Codificantes e microRNAs. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

4.
MACHADO-LIMA, A.. Bioinformática no Estudo de RNAs não Codificantes e microRNAs. 2015. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

5.
MACHADO-LIMA, A.. Alinhamento e Blast. 2007. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

6.
MACHADO-LIMA, A.. Alinhamento e Busca de Similaridade. 2008. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

7.
MACHADO-LIMA, A.. Alinhamento e Busca de Similaridade. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

8.
MACHADO-LIMA, A.. Alinhamento e Busca de Similaridade. 2009. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

9.
MACHADO-LIMA, A.. Alinhamentos e Busca de Similaridade. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).



Outras informações relevantes


* Participação como membro da Banca Examinadora do Exame de Progresso de Pesquisa de Doutorado de André Rocha Barbosa No Programa Interunidades e Pós-Graduação em Bioinformática, realizado em 23 de julho de 2018.



Página gerada pelo Sistema Currículo Lattes em 14/12/2018 às 20:48:36