Alessandro Silva Nascimento

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  • Última atualização do currículo em 31/10/2018


possui graduação em Ciências Farmacêuticas pela Universidade de Brasília (2005) e doutorado em Física Aplicada (Biomolecular) pela Universidade de São Paulo (USP). Tem experiência na área de Biofísica, com ênfase em Cristalografia de Proteínas e métodos de modelagem biomolecular, atuando principalmente nos seguintes temas: receptores nucleares, farmacologia molecular e estrutural. Atualmente é professor doutor junto ao Instituto de Física de São Carlos. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Alessandro Silva Nascimento
Nome em citações bibliográficas
NASCIMENTO, A. S.;NASCIMENTO, A;Nascimento, Alessandro S.;Nascimento, Alessandro Silva

Endereço


Endereço Profissional
Universidade de São Paulo, Instituto de Física de São Carlos.
Av. Trabalhador saocarlense, 400
Centro
13566590 - São Carlos, SP - Brasil
Telefone: (16) 33738709
Ramal: 8709
URL da Homepage: http://www.biotechmol.ifsc.usp.br


Formação acadêmica/titulação


2005 - 2009
Doutorado em Curso de Pós-Graduação em Física Aplicada - Opção Biomolecular.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
com período sanduíche em University of California San Francisco (Orientador: Brian Shoichet / Paul Webb).
Título: Interação dos Receptores Nucleares com Seus Ligantes: Estudos Estruturais do Receptor de Hormônio Tireoidiano, do Receptor de Mineralocorticóide e do Receptor Ativado por Proliferadores Peroxissomais, Ano de obtenção: 2009.
Orientador: Igor Polikarpov.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: Cristalografia de proteínas; Receptores Nucleares.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Farmacologia / Subárea: Farmacologia Bioquímica e Molecular.
2000 - 2005
Graduação em Bacharelado Em Ciências Farmacêuticas.
Universidade de Brasília, UnB, Brasil.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.


Pós-doutorado


2009
Pós-Doutorado.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas
2009
Pós-Doutorado.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular / Especialidade: Cristalografia de Proteínas.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular / Especialidade: Modelagem Molecular.


Formação Complementar


2006 - 2006
Validação de Estruturas Cristalográficas. (Carga horária: 8h).
Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária, EMBRAPA, Brasil.
2006 - 2006
RapiData - Data collection and strucuture solving. (Carga horária: 40h).
Brookhaven National Laboratory, BNL, Estados Unidos.
2003 - 2003
Extensão universitária em Química Medicinal: Fundamentos do Planejamento de. (Carga horária: 6h).
Sociedade Brasileira de Química, SBQ, Brasil.
2002 - 2002
Extensão universitária em Espectroscopia Molecular na Região Infravermelho. (Carga horária: 6h).
Sociedade Brasileira de Química, SBQ, Brasil.
2001 - 2001
Minicurso de Química Forense. (Carga horária: 6h).
Sociedade Brasileira de Química, SBQ, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

2012 - Atual
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Professor Doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2009 - 2009
Vínculo: Pós Doutorando, Enquadramento Funcional: Pós Doutorando em Atividade Docente, Carga horária: 2
Outras informações
Partipante do programa PDAD (Pós Doutorando em Atividade Docente) junto ao Instituto de Física da Universidade de São Paulo em São Carlos, ministrando a disciplina de Modelagem Molecular de Proteínas.

Atividades

11/2016 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Física de São Carlos, Departamento de Física e Ciência Interdisciplinar.

Cargo ou função
Membro suplente da Comissão de Pós-Graduação.
06/2016 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Física de São Carlos, .

Cargo ou função
Membro da Comissão de Acompanhamento do Desenvolvimento Acadêmico dos Alunos de Graduação.
06/2015 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Física de São Carlos, .

Cargo ou função
Membro da Comissão Coordenadora de Curso (COC) - Bacharelado em Ciências Físicas e Biomoleculares.
08/2013 - Atual
Ensino, Ciências Físicas e Biomoleculares, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Introdução a Biologia Molecular Estrutural
03/2013 - Atual
Ensino, Engenharia Elétrica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Laboratório de Física Geral I
7/2009 - Atual
Ensino, Ciências Físicas e Biomoleculares, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Modelagem Molecular de Proteínas
09/2014 - 09/2016
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Física de São Carlos, .

Cargo ou função
Presidente da Comissão GesPública de Gestão da Qualidade e Produtividade.

Universidade Federal do ABC, UFABC, Brasil.
Vínculo institucional

2009 - 2012
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Professor Adjunto, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

09/2009 - Atual
Ensino, Bacharelado em Ciências e Tecnologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Bases Computacionais da Ciência
Bioestatística
Processamento da Informação

University of California San Francisco, UCSF, Estados Unidos.
Vínculo institucional

2008 - 2008
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Junior Specialist, Carga horária: 40
Outras informações
UCSF Mission Bay Campus, Pharmaceutical Chemistry


The Methodist Hospital Research Institute, TMHRI, Estados Unidos.
Vínculo institucional

2008 - 2008
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Research Fellow, Carga horária: 40
Outras informações
Diabetes Research Center



Projetos de pesquisa


2014 - Atual
Estendendo as Fronteiras em Interações Biomoleculares: Docking e Avaliação da Energia Livre
Descrição: Estima-se em 3051 o número de genes presentes no genoma humano cuja função é passível de regulação por agentes externos (druggable genome). No entanto, apenas 266 proteínas são atualmente empregadas para regulação farmacológica. Com os rápidos avanços da biologia estrutural torna-se cada vez mais atraente o uso da informação estrutural disponível para a proposição de novas ?sondas químicas? com vistas à modulação de funções biológicas. Dois desafios neste contexto são a seleção de compostos capazes de interagir com uma macromolécula biológica e a avaliação da afinidade deste complexo receptor-ligante. Neste projeto propomos o desenvolvimento de uma ferramenta computacional que combina estratégias baseadas na estrutura do receptor com aquelas baseadas na estrutura de um ligante bioativo conhecido para a proposição de novas moléculas candidatas a ligante. A mesma ferramenta é empregada para a geração de ensembles visando a avaliação da energia livre de interação. Aplicaremos este modelo em um sistema modelo (lisozima do fago T4), bem como em receptores nucleares envolvidos na regulação do metabolismo humano..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) .
Integrantes: Alessandro Silva Nascimento - Coordenador.Financiador(es): (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2013 - Atual
Desenvolvimento de uma Ferramenta de Docking Molecular Combinando Estratégias Baseadas em Ligante com Estratégias Baseadas no Rece
Descrição: O crescimento do PDB nos últimos 15 anos possibilita o uso de ferramentas computacionais que permitam estudos da relação estrutura-função de proteínas. Uma ferramenta computacional que permite avaliar a função de macromoléculas é o docking molecular. Neste projeto propomos o desenvolvimento de uma ferramenta de docking molecular que combina a similaridade de ligantes com a avaliação da energia de interação proteína-ligante. Propomos ainda a aplicação da ferramenta a ser desenvolvida empregando o receptor de hormônio tireoidiano como alvo molecular..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Alessandro Silva Nascimento - Coordenador.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2011 - 2013
Estudo Prospectivo de Ligantes do Receptor PPAR gama
Descrição: O receptor PPAR gama é um fator de transcrição regulado por ligante que desempenha um papel importante na regulação de genes associados ao metabolismo de lipídeos e regulação da glicemia, com importantes conseqüências para o manejo do diabetes melito do tipo II. Dado o número de estruturas cristalográficas já determinadas para este receptor, propomos, neste projeto, o uso desta informação estrutural para a modelagem de ligantes agonistas deste receptor. Dentre os desafios a serem vencidos, visionamos a prospecção de ligantes através de docking molecular e a avaliação dos modelos para o tratamento do solvente em cálculo de docking, cálculos de variação da energia livre através do método da integração termodinâmica para a otimização de ligantes e, finalmente, medidas experimentais da interação entre ligante e receptor através de espectroscopia de fluorescência e ensaios celulares. Ao final do projeto, esperamos ser capazes de identificar ao menos um novo ligante agonista do receptor PPAR gama, bem como promover avanços na área de modelagem da interação ligante-receptor..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2010 - 2011
Estudo da Biologia Química de Sistemas com Descritores Tridimensionais Aplicados à Identificação de Interações Cruzadas em Sistemas Biológicos
Descrição: Trabalhos recentes têm apontado que as interações cruzadas entre fármaco e receptor são mais comuns do que antes se estimava. Os números levantados em 2009 apontam que aproximadamente 35% dos fármacos no mercado reconhecem duas ou mais macromoléculas biológicas, exercendo, muitas vezes, efeitos adversos associados ao uso do medicamento. Um desafio importante tem sido o desenvolvimento de ferramentas que auxiliem na predição destas interações. Neste projeto, propomos o desenvolvimento de um software dedicado ao mapeamento da similaridade molecular quanto à possibilidade de reconhecimento do seu receptor a partir de descritores tridimensionais, como o potencial eletrostático molecular. Como aplicação primeira desta metodologia, propomos o estudo das interações cruzadas na família de receptores nucleares, alvos terapêuticos conhecidos por sua promiscuidade. Acreditamos que metodologias baseadas em descritores 3D possam trazer mais realismo na comparação intermolecular quanto à capacidade de reconhecimento molecular ligante-receptor..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2009 - 2011
Mecanismo molecular da ação de drogas na modulação da função de isoformas alfa e beta de receptores nucleares - contribuições para o desenvolvimento de fármacos específicos
Descrição: Mecanismo molecular da ação de drogas na modulação da função de isoformas alfa e beta de receptores nucleares - contribuições para o desenvolvimento de fármacos específicos.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.


Membro de corpo editorial


2012 - 2016
Periódico: Dataset Papers in Biology


Revisor de projeto de fomento


2010 - Atual
Agência de fomento: (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo
2010 - Atual
Agência de fomento: (FAP/DF) Fundação de Apoio à Pesquisa do Distrito Federal


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular/Especialidade: Cristalografia de Proteínas.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Farmacologia / Subárea: Farmacologia Bioquímica e Molecular.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular/Especialidade: Modelagem Molecular.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Prêmios e títulos


2014
Pesquisador Jovem Talento, 7.o Simpósio Brasileiro em Química Medicinal.
2009
Artigo destacado como capa do jornal da UNICAMP, Jornal da UNICAMP, N.o 449.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:20
Total de citações:257
Fator H:10
Nascimento, Alessandro S  Data: 15/08/2016

Artigos completos publicados em periódicos

1.
GODOY, ANDRE S.2018GODOY, ANDRE S. ; PEREIRA, CAROLINE S. ; RAMIA, MARINA PAGLIONE ; Silveira, Rodrigo L. ; CAMILO, CESAR M. ; KADOWAKI, MARCO A. ; LANGE, LENE ; BUSK, PETER K. ; Nascimento, Alessandro S. ; Skaf, Munir S. ; Polikarpov, Igor . Structure, computational and biochemical analysis of PcCel45A endoglucanase from Phanerochaete chrysosporium and catalytic mechanisms of GH45 subfamily C members. Scientific Reports, v. 8, p. 3678, 2018.

2.
FLORINDO, RENATA N.2018FLORINDO, RENATA N. ; SOUZA, VALQUIRIA P. ; MANZINE, LÍVIA R. ; CAMILO, CESAR M. ; MARANA, SANDRO R. ; Polikarpov, Igor ; Nascimento, Alessandro S. . Structural and biochemical characterization of a GH3 --glucosidase from the probiotic bacteria Bifidobacterium adolescentis. BIOCHIMIE, p. 107-115, 2018.

3.
FARRO, ERICK GIANCARLO S.2018FARRO, ERICK GIANCARLO S. ; LEITE, ANA ELISA T. ; SILVA, ISABELA A. ; FILGUEIRAS, JEFFERSON G. ; DE AZEVEDO, EDUARDO R. ; Polikarpov, Igor ; Nascimento, Alessandro S. . GH43 endo -arabinanase from Bacillus licheniformis : Structure, activity and unexpected synergistic effect on cellulose enzymatic hydrolysis. INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES, p. 7-16, 2018.

4.
NAKAMURA, ALINE M.2018NAKAMURA, ALINE M. ; KADOWAKI, MARCO ANTONIO SEIKI ; GODOY, ANDRÉ ; Nascimento, Alessandro S. ; Polikarpov, Igor . Low-resolution envelope, biophysical analysis and biochemical characterization of a short-chain specific and halotolerant carboxylesterase from Bacillus licheniformis. INTERNATIONAL JOURNAL OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES, v. 120, p. 1893-1905, 2018.

5.
Muniz, Heloisa S.2017Muniz, Heloisa S. ; Nascimento, Alessandro S. . Towards a critical evaluation of an empirical and volume-based solvation function for ligand docking. Plos One, v. 12, p. e0174336, 2017.

6.
NAKAMURA, ALINE M.2017NAKAMURA, ALINE M. ; Nascimento, Alessandro S. ; Polikarpov, Igor . Structural diversity of carbohydrate esterases. Biotechnology Research and Innovation, p. 35-51, 2017.

7.
Souza, Paulo C. T.2017Souza, Paulo C. T. ; TEXTOR, LARISSA C. ; MELO, DENISE C. ; Nascimento, Alessandro S. ; Skaf, Munir S. ; Polikarpov, Igor . An alternative conformation of ER? bound to estradiol reveals H12 in a stable antagonist position. Scientific Reports, v. 7, p. 3509, 2017.

8.
FLORINDO, RENATA N.2017FLORINDO, RENATA N. ; SOUZA, VALQUIRIA P. ; MUTTI, HEMILY S. ; MARGARIDO, LÍVIA REGINA M. ; CAMILO, CESAR ; MARANA, SANDRO R. ; Polikarpov, Igor ; Nascimento, Alessandro S. . Structural and biochemical data of Trichoderma harzianum GH1 β-glucosidases. DATA IN BRIEF, p. 340-343, 2017.

9.
FLORINDO, RENATA N.2017FLORINDO, RENATA N. ; SOUZA, VALQUIRIA P. ; MUTTI, HEMILY S. ; CAMILO, CESAR ; MANZINE, LÍVIA REGINA ; MARANA, SANDRO R. ; Polikarpov, Igor ; Nascimento, Alessandro S. . Structural Insights into β-Glucosidase Transglycosylation based on Biochemical, Structural and Computational Analysis of two GH1 Enzymes from Trichoderma harzianum. New Biotechnology, v. 40, p. 218-227, 2017.

10.
GODOY, ANDRE SCHUTZER2016GODOY, ANDRE SCHUTZER ; CAMILO, CESAR MOISES ; KADOWAKI, MARCO ANTONIO ; MUNIZ, HELOISA DOS S. ; SANTO, MELISSA ESPIRITO ; MURAKAMI, MARIO TYAGO ; Nascimento, Alessandro S. ; Polikarpov, Igor . Crystal structure of β1→6-galactosidase from Bifidobacterium bifidum S17: trimeric architecture, molecular determinants of the enzymatic activity and its inhibition by α-galactose. The FEBS Journal (Print), p. 4097-4112, 2016.

11.
MALTAROLLO, VINICIUS G.2015MALTAROLLO, VINICIUS G. ; Togashi, Marie ; Nascimento, Alessandro S. ; HONORIO, KATHIA M. . Structure-Based Virtual Screening and Discovery of New PPARδ/γ Dual Agonist and PPARδ and γ Agonists. Plos One, v. 10, p. e0118790-e0118790, 2015.

12.
DOS SANTOS MUNIZ, HELOISA2015DOS SANTOS MUNIZ, HELOISA ; Nascimento, Alessandro S. . Ligand- and receptor-based docking with LiBELa. Journal of Computer-Aided Molecular Design, p. 713-723, 2015.

13.
Souza, Paulo C. T.2014Souza, Paulo C. T. ; PUHL, A. ; Martinez, L. ; Aparício, R. ; NASCIMENTO, A. S. ; Figueira, A.C.M. ; NGUYEN, P. ; Webb, Paul ; SKAFF, M. S. ; POLIKARPOV, I . Identification of a NEW HORMONE binding site ON THE SURFACE of thyroid hormone receptor. Molecular Endocrinology (Baltimore, Md.), p. me.2013-1359, 2014.

14.
Nascimento, Alessandro S.2014Nascimento, Alessandro S.; MUNIZ, JOAO RENATO C. ; APARÍCIO, RICARDO ; Golubev, Alexander M. ; Polikarpov, Igor . Insights Into Structure and Function of Fungal beta-mannosidases from Glycoside Hydrolase Family 2 Based on Multiple Crystal Structures of T. harzianum Enzyme. The FEBS Journal (Print), p. n/a-n/a, 2014.

15.
VAZ DE LIMA, LUIS ANTÔNIO C.2013VAZ DE LIMA, LUIS ANTÔNIO C. ; Nascimento, Alessandro S. . MolShaCS: A free and open source tool for ligand similarity identification based on Gaussian descriptors. European Journal of Medicinal Chemistry, v. 59, p. 296-303, 2013.

16.
MAFUD, ANA C.2013MAFUD, ANA C. ; MASCARENHAS, YVONNE P. ; Nascimento, Alessandro S. . 2-({1-[2-(Methylsulfanyl)phenyl]-1 -tetrazol-5-yl}sulfanyl)acetic acid. Acta Crystallographica. Section E, v. 69, p. o759-o759, 2013.

17.
MAFUD, ANA C.2013MAFUD, ANA C. ; MASCARENHAS, YVONNE P. ; Nascimento, Alessandro S. . 4-{5-[(2-Bromobenzyl)sulfanyl]-1 H -tetrazol-1-yl}benzoic acid. Acta Crystallographica. Section E, v. 69, p. o1083-o1084, 2013.

18.
DA SILVA, FLÁVIA M.C.2013DA SILVA, FLÁVIA M.C. ; DOS SANTOS, JADEMILSON C. ; CAMPOS, JÉSSICA L.O. ; MAFUD, ANA CAROLINA ; Polikarpov, Igor ; FIGUEIRA, ANA CAROLINA M. ; Nascimento, Alessandro S. . Structure-based identification of novel PPAR gamma ligands. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters (Print), p. 5795-5802, 2013.

19.
Liberato, Marcelo Vizoná2012Liberato, Marcelo Vizoná ; Nascimento, Alessandro S. ; Ayers, Steven D. ; Lin, Jean Z. ; Cvoro, Aleksandra ; Silveira, Rodrigo L. ; Martínez, Leandro ; Souza, Paulo C. T. ; Saidemberg, Daniel ; Deng, Tuo ; Amato, Angela Angelica ; Togashi, Marie ; Hsueh, Willa A. ; Phillips, Kevin ; Palma, Mário Sérgio ; Neves, Francisco A. R. ; Skaf, Munir S. ; Webb, Paul ; Polikarpov, Igor ; Moschetta, Antonio . Medium Chain Fatty Acids Are Selective Peroxisome Proliferator Activated Receptor (PPAR) Activators and Pan-PPAR Partial Agonists. Plos One, v. 7, p. e36297, 2012.

20.
Bleicher, Lucas2011Bleicher, Lucas ; Prates, Erica T. ; Gomes, Thiago C. F. ; Silveira, Rodrigo L. ; Nascimento, Alessandro S. ; Rojas, Adriana L. ; Golubev, Alexander ; Marti?nez, Leandro ; Skaf, Munir S. ; Polikarpov, Igor . Molecular Basis of the Thermostability and Thermophilicity of Laminarinases: X-ray Structure of the Hyperthermostable Laminarinase from and Molecular Dynamics Simulations. Journal of Physical Chemistry. B, p. 110527152142035, 2011.

21.
Marti?nez, Leandro2010Marti?nez, Leandro ; Souza, Paulo C. T. ; Garcia, Wanius ; Batista, Fernanda A. H. ; Portugal, Rodrigo V. ; Nascimento, Alessandro S. ; Nakahira, Marcel ; Lima, Luis M. T. R. ; Polikarpov, Igor ; Skaf, Munir S. . On the Denaturation Mechanisms of the Ligand Binding Domain of Thyroid Hormone Receptors. Journal of Physical Chemistry. B, v. 114, p. 1529-1540, 2010.

22.
Watanabe, Leandra2010Watanabe, Leandra ; de Moura, Patricia Ribeiro ; Bleicher, Lucas ; Nascimento, Alessandro S. ; Zamorano, Laura S. ; Calvete, Juan J. ; Sanz, Libia ; Pérez, Alicia ; Bursakov, Sergey ; Roig, Manuel G. . Crystal structure and statistical coupling analysis of highly glycosylated peroxidase from royal palm tree (Roystonea regia). Journal of Structural Biology, v. 169, p. 226-242, 2010.

23.
Nascimento, Alessandro S.2010Nascimento, Alessandro S.. Structural requirement for PPAR? binding revealed by a meta analysis of holo-crystal structures. Biochimie (Paris. Print), p. 499-506, 2010.

24.
Guimarães, Beatriz G.2009 Guimarães, Beatriz G. ; Sanfelici, Lucas ; Neuenschwander, Regis T. ; Rodrigues, Flávio ; Grizolli, Walan C. ; Raulik, Marco A. ; Piton, James R. ; Meyer, Bernd C. ; Nascimento, Alessandro S. ; Polikarpov, Igor . The MX2 macromolecular crystallography beamline: a wiggler X-ray source at the LNLS. Journal of Synchrotron Radiation, v. 16, p. 69-75, 2009.

25.
Watanabe, Leandra2009Watanabe, Leandra ; de Moura, Patricia Ribeiro ; Nascimento, Alessandro Silva ; Colau, Didier ; Dumoutier, Laure ; Renauld, Jean-Christophe ; Polikarpov, Igor . Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of human IL-22 bound to its soluble decoy receptor IL-22BP. Acta Crystallographica. Series F, v. 65, p. 102-104, 2009.

26.
Martinez, L.2009 Martinez, L. ; NASCIMENTO, A. S. ; Nunes, F. M. ; PHILLIPS, K. ; Aparicio, R. ; Dias, S. M. G. ; Figueira, A. C. M. ; Lin, J. H. ; NGUYEN, P. ; APRILETTI, J. W. ; Neves, F. A. R. ; Baxter, J. D. ; Webb, P. ; SKAF, M. S. ; Polikarpov, I. . Gaining ligand selectivity in thyroid hormone receptors via entropy. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, p. 20717-20722, 2009.

27.
Neto, M.O2008Neto, M.O ; FERREIRA JUNIOR, J. R. ; COLAU, D. ; Fischer, H. ; NASCIMENTO, A. S. ; Craievich, A.F. ; DUMOUTIER, L. ; RENAULD, J. ; Polikarpov, I. . Interleukin-22 forms dimers that are recognized by two interleukin-22R1 receptor chains. Biophysical Journal, v. 94, p. 1754-1765, 2008.

28.
KIM, K2008KIM, K ; NASCIMENTO, A. S. ; GOLUBEV, A ; POLIKARPOV, I ; KIM, C ; KANG, S ; KIM, S . Catalytic mechanism of inulinase from Arthrobacter sp. S37. Biochemical and Biophysical Research Communications, v. 371, p. 600-605, 2008.

29.
NASCIMENTO, A. S.2008NASCIMENTO, A. S.; KRAUCHENCO, S ; GOLUBEV, A ; GUSTCHINA, A ; WLODAWER, A ; Polikarpov, I. . Statistical Coupling Analysis of Aspartic Proteinases Based on Crystal Structures of the Trichoderma reesei Enzyme and Its Complex with Pepstatin A. Journal of Molecular Biology, v. 382, p. 763-778, 2008.

30.
Golubev, Alexander M.2008Golubev, Alexander M. ; Rojas, Adriana L. ; Nascimento, Alessandro S. ; Bleicher, Lucas ; Kulminskaya, Anna A. ; Eneyskaya, Elena V. ; Polikarpov, Igor . Crystallization and Preliminary Crystallographic Analysis of Laminarinase from Rhodothermus marinus: A Case of Pseudomerohedral Twinning. Protein and Peptide Letters, v. 15, p. 1142-1144, 2008.

31.
WATANABE, L.2007WATANABE, L. ; NASCIMENTO, A. S. ; ZAMORANO, L. S. ; SHNYROV, V. L. ; Polikarpov, I. . Purification, crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of royal palm tree (Roystonea regia) peroxidase. Acta Crystallographica. Series F, v. F63, p. 780-783, 2007.

32.
NASCIMENTO, A. S.;NASCIMENTO, A;Nascimento, Alessandro S.;Nascimento, Alessandro Silva2007NASCIMENTO, A. S.; CATALANO-DUPUY, D. L. ; BERNARDES, A. ; Neto, M.O ; Santos, M.A.M ; Ceccarelli, E.A. ; Polikarpov, I. . Crystal structures of Leptospira interrogans FAD-containing ferredoxin-NADP+ reductase and its complex with NADP+.. BMC Structural Biology (Online), v. 7, p. 69, 2007.

33.
NASCIMENTO, A. S.;NASCIMENTO, A;Nascimento, Alessandro S.;Nascimento, Alessandro Silva2006NASCIMENTO, A. S.; Dias, SMG ; Nunes, F.M. ; Aparício, R. ; Ambrósio, A.L.B. ; Bleicher, L. ; Figueira, A.C.M. ; Santos, M.A.M ; Neto, M.O ; Togashi, M. ; Craievich, A.F. ; Garrat, R.C. ; Baxter, J.D. ; Webb, P. . Structural rearrangements in the thyroid hormone receptor hinge domain and their putative role in the receptor function. Journal of Molecular Biology, v. 360, p. 286-598, 2006.

34.
NASCIMENTO, A. S.;NASCIMENTO, A;Nascimento, Alessandro S.;Nascimento, Alessandro Silva2006NASCIMENTO, A. S.; Ferrarezi, T. ; CATALANO-DUPUY, D. L. ; Ceccarelli, E.A. ; Polikarpov, I. . Crystallization and preliminary X-ray diffraction studies of ferredoxin reductase from Leptospira interrogans. Acta Crystallographica. Series F, v. 62, p. 662-664, 2006.

35.
Matozo, H.C.2006Matozo, H.C. ; NASCIMENTO, A. S. ; Santos, M.A.M ; Iuliano, R. ; Fusco, A. ; Polikarpov, I. . Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of rat protein tyrosine phosphatase eta. Acta Crystallographica. Series F, v. 62, p. 923-925, 2006.

Capítulos de livros publicados
1.
Muniz, Heloisa S. ; Nascimento, Alessandro S. . Successes and Pitfalls in Scoring Molecular Interactions. In: Francisco Ortuño ; Ignacio Rojas. (Org.). Lecture Notes in Computer Science. 1ed.: Springer International Publishing, 2015, v. 9044, p. 231-237.

2.
MAFUD, ANA C. ; DOS SANTOS, JADEMILSON C. ; NASCIMENTO, A. S. . Ligand Interactions in Nuclear Receptors. In: Paula Gawryszewska; Piotr Smoleńsk. (Org.). Ligands: Synthesis, Characterization and Role in Biotechnology. 1ed.: Nova Main, 2014, v. , p. 1-.

3.
NASCIMENTO, A. S.; MARIETTO, M. G. B. ; SUYAMA, R. ; BOTELHO, W. T. . Modelagem e Simulação Computacional: Conceitos Fundamentais. In: Maria das Graças Bruno Marietto; Mario Minami; Pieter Willem Westera. (Org.). Bases Computacionais da Ciência. 1ed.Santo André: UFABC, 2013, v. , p. 185-216.

4.
NASCIMENTO, A. S.; MARIETTO, M. G. B. ; SUYAMA, R. ; BOTELHO, W. T. . Modelagem e simulação computacional: a ciência na prática. In: Maria das Graças Bruno Marietto; Mario Minami; Pieter Willem Westera. (Org.). Bases Computacionais da Ciência. 1ed.Santo André: UFABC, 2013, v. , p. 219-241.

Textos em jornais de notícias/revistas
1.
NASCIMENTO, A. S.; COURA, F. M. ; ALMEIDA, F. L. A. ; TALHAVINI, I. C. N. ; SANTOS, M. M. ; TALHAVINI, M. . Cinética de Desidratação do Misosprostol. Revista Perícia Federal, Brasília, , v. 11, p. 23 - 25, 01 dez. 2001.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
LIBERATO, M. V. ; Santos, P.L.A. ; NASCIMENTO, A. S. ; POLIKARPOV, I . Structure and Activity of PPAR Gamma Ligand Binding Domain Bound with Synthetic Agonists. In: XXXVII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2008, Águas de Lindóia. Caderno de Resumos da XXXVII Reunião Anual da SBBq, 2008.

2.
OLIVEIRA, M. C. B. R. ; NASCIMENTO, A. S. ; FOGUEL, D. ; POLIKARPOV, I ; Lima, Luis M. T. R. . Crystal structure of transthyretin in complex with indomethacin and sulindac. In: XXXVI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2007, Águas de Lindóia. Caderno de Resumos da XXXVI Reunião Anual da SBBq, 2007.

3.
NASCIMENTO, A. S.; Bleicher, L. ; SONODA, M. T. ; POLIKARPOV, I . Diferenças em Energias de Solvatação entre Ligantes Agonistas do Receptor de Hormônio Tireoideano Humano. In: Simpósio Latino Americano de Polimorfimo e Cristalização em Fármacos e Medicamentos, 2007, Fortaleza. Resumos do LAPOLC 2007, 2007.

4.
NASCIMENTO, A. S.; Figueira, A.C.M. ; Dias, SMG ; Santos, M.A.M ; Neto, M.O ; Neves, F.A.R ; Simeoni, L.A. ; Baxter, J.D. ; Webb, P. ; Polikarpov, I. . Hinge of Thyroid Hormone Receptor Can Mediate a Regulatory Dimerization. In: XXXIV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2005, Águas de Lindóia. Programa e Índices da XXXIV Reunião Anual, 2005.

5.
Costa, A. A. ; NASCIMENTO, A. S. ; Cavalcante, R. A. F. ; SANTOS, M. M. ; SOBRAL E SOBRAL, P. R. . Degradação de carbaril em soluções aquosas utilizando reação de Fenton: Análise por radiação UV. In: 27ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2004, Salvador. Caderno de Resumos da 27ª Reunião Anual da SBQ, 2004.

6.
NASCIMENTO, A. S.; SANTOS, M. M. . Análise Comparativa de Gasolina por CG-DIC. In: 26ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2003, Poços de Caldas. Anais da 26ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2003.

7.
NASCIMENTO, A. S.; SILVA, V. P. ; SOBRAL E SOBRAL, P. R. ; SANTOS, M. M. . Degradação de Polímeros: Uma Análise da Relação Social dos Plásticos. In: 26ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2003, Poços de Caldas. Anais da 26ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2003.

8.
NASCIMENTO, A. S.; ALMEIDA, F. L. A. ; TALHAVINI, I. C. N. ; SANTOS, M. M. ; TALHAVINI, M. . Determinação de Rotas de Tráfico de Cocaína. In: 26ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2003, Poços de Caldas. Anais da 26ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2003.

9.
NASCIMENTO, A. S.; ALMEIDA, F. L. A. ; TALHAVINI, I. C. N. ; TALHAVINI, M. ; SANTOS, M. M. . Análise de Amostras Reais de Cocaína por Espectroscopia no Infravermelho. In: IX Congresso Interno de Iniciação Científica da UnB, 2003, Brasília. Anais do IX Congresso Interno de Iniciação Científica da UnB, 2003.

10.
NASCIMENTO, A. S.; TALHAVINI, I. C. N. ; SANTOS, M. M. ; TALHAVINI, M. ; ALMEIDA, F. L. A. . Relação entre a Coloração e o Teor de Cocaína em Amostras Apreendidas. In: 25ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2002, Poços de Caldas - MG. Caderno de Resumos da 25ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2002.

11.
ALMEIDA, F. L. A. ; SANTOS, M. M. ; NASCIMENTO, A. S. ; TALHAVINI, I. C. N. ; TALHAVINI, M. . ECSTASY - DESENVOLVIMENTO DE MÉTODOS DE EXTRAÇAO E CARACTERIZAÇAO DE AMOSTRAS REAIS. In: 25ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química, 2002, Poços de Caldas. Caderno de Resumos da 25ª Reunião Anual da SBQ, 2002.

12.
NASCIMENTO, A. S.; TALHAVINI, I. C. N. ; SANTOS, M. M. ; TALHAVINI, M. ; ALMEIDA, F. L. A. . Análise de Metais em Cocaína por Absorção Atômica. In: VIII Congresso Interno de Iniciação Científica da UnB, 2002, Brasília. Anais do VIII Congresso Interno de Iniciação Científica da UnB, 2002.

13.
NASCIMENTO, A. S.; COURA, F. M. ; ALMEIDA, F. L. A. ; TALHAVINI, I. C. N. ; SANTOS, M. M. ; TALHAVINI, M. . Cinética de Desidratação do Misoprostol: Uma Alternativa Para a Caracterização de Cytotec. In: Encontro Nacional dos Estudantes de Farmácia, 2001, Araraquara. Anais do XXIII ENEF, 2001.

14.
NASCIMENTO, A. S.; TALHAVINI, M. ; SANTOS, M. M. ; TALHAVINI, I. C. N. ; COURA, F. M. ; ALMEIDA, F. L. A. . Cinética de Desidratação do Misoprostol: Uma Alternativa Para a Caracterização do Cytotec. In: 11º Encontro Nacional de Química Analítica, 2001, Campinas. Anais do 11º Encontro Nacional de Química Analítica, 2001.

Apresentações de Trabalho
1.
NASCIMENTO, A. S.. Biotecnologia Molecular Estrutural: Fundamentos, Aplicações e Oportunidades. 2017. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
NASCIMENTO, A. S.; Muniz, Heloisa S. ; CUNHA, J. V. S. . LiBELa - Ligand Binding Energy Landscape. 2015.

2.
DOS SANTOS MUNIZ, HELOISA ; CUNHA, J. V. S. ; NASCIMENTO, A. S. . LiBELa - Ligand Binding Energy Landscape. 2015.

3.
NASCIMENTO, A. S.. SPCA. 2009.

4.
NASCIMENTO, A. S.. AMBERENERGY. 2008.

5.
NASCIMENTO, A. S.. DDS - DSC Data Simulator. 2007.


Demais tipos de produção técnica
1.
NASCIMENTO, A. S.; Dias, SMG ; Nunes, F.M. ; Aparício, R. ; Polikarpov, I. ; Baxter, J.D. ; Webb, P. . Crystal Structure of T3-Bound Thyroid Hormone Receptor. 2009. (Estrutura Cristalográfica).

2.
NASCIMENTO, A. S.; Dias, SMG ; Nunes, F.M. ; Aparício, R. . Crystal Structure of TR-alfa bound to the selective thyromimetic TRIAC. 2009. (Estrutura Cristalográfica).

3.
NASCIMENTO, A. S.; Dias, SMG ; Nunes, F.M. ; Aparício, R. . Crystal Structure of TR-beta bound to the selective thyromimetic TRIAC. 2009. (Estrutura Cristalográfica).

4.
NASCIMENTO, A. S.; CATALANO-DUPUY, D. L. ; Polikarpov, I. ; Ceccarelli, E.A. . Refined structure of FNR from Leptospira interrogans. 2008. (Estrutura Cristalográfica).

5.
NASCIMENTO, A. S.; CATALANO-DUPUY, D. L. ; Ceccarelli, E.A. ; Polikarpov, I. . Refined structure of FNR from Leptospira interrogans bound to NADP+. 2008. (Estrutura Cristalográfica).

6.
NASCIMENTO, A. S.; KRAUCHENCO, S ; Golubev, Alexander M. ; GUSTCHINA, A ; WLODAWER, A ; Polikarpov, I. . Crystal structure of Trichoderma reesei aspartic proteinase. 2008. (Estrutura Cristalográfica).

7.
NASCIMENTO, A. S.; LIBERATO, M. V. ; Polikarpov, I. . Sulfur-SAD phased HEWL Crystal. 2008. (Estrutura Cristalográfica).

8.
NASCIMENTO, A. S.; KRAUCHENCO, S ; GOLUBEV, A ; GUSTCHINA, A ; WLODAWER, A ; Polikarpov, I. . Crystal structure of Trichoderma reesei aspartic proteinase complexed with pepstatin A. 2008. (Estrutura Cristalográfica).

9.
NASCIMENTO, A. S.; Dias, SMG ; Nunes, F.M. ; Aparício, R. ; Bleicher, L. ; Ambrósio, A.L.B. ; Figueira, A.C.M. ; Santos, M.A.M ; Neto, M.O ; Fischer, H. ; Togashi, M. ; Craievich, A.F. ; Garrat, R.C. ; Baxter, J.D. ; Webb, P. ; Polikarpov, I. . Crystal structure of human TR alpha bound T3 in monoclinic space group. 2006. (Estrutura cristalográfica).

10.
NASCIMENTO, A. S.; Dias, SMG ; Nunes, F.M. ; Aparício, R. ; Bleicher, L. ; Ambrósio, A.L.B. ; Figueira, A.C.M. ; Santos, M.A.M ; Neto, M.O ; Fischer, H. ; Togashi, M. ; Craievich, A.F. ; Garrat, R.C. ; Baxter, J.D. ; Webb, P. ; Polikarpov, I. . Crystal Structure of human TR alpha bound T3 in orthorhombic space group. 2006. (Estrutura Cristalográfica).



Patentes e registros



Programa de computador
1.
Nascimento, Alessandro S.. MOLSHACS - MOLECULAR SHAPE AND CHARGE SIMILARITY. 2012.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: 128860, título: "MOLSHACS - MOLECULAR SHAPE AND CHARGE SIMILARITY" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
Garrat, R.C.; ARAUJO, A. P. U.; Garcia, Wanius; NASCIMENTO, A. S.. Participação em banca de Danielle Karoline Silva do Vale Castro. Reconhecimento molecular de septinas: Estudos da interface entre SEPT7 e SEPT12. 2018. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade de São Paulo.

2.
NASCIMENTO, A. S.; BORGES, J. C.; LEITAO, A.; Neto, M.O. Participação em banca de Leticia Sayuri Nishimura. Expressão e caracterização estrutural de chaperona Hsp70 mitocondrial de Leishmania braziliensis. 2017. Dissertação (Mestrado em Química (Físico-Química)) - Universidade de São Paulo.

3.
NASCIMENTO, A. S.; MURAKAMI, MARIO TYAGO; TRIVELLA, D. B. B.. Participação em banca de Ana Elisa Tognoli Leite. Bioprospecção, estudos bioquímicos de enzimas oxidativas e seu sinergismo com celulases na hidrólise de biopolímeros. 2017. Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade de São Paulo.

4.
NASCIMENTO, A. S.; SILVA, A. B. F.; ALBUQUERQUE, R. Q.. Participação em banca de Marina Pereira de Olveira. Efeito do macrodipolo sobre a estabilidade térmica de derivados de 1,3,5-tricarboxamida-ciclo-hexano. 2016. Dissertação (Mestrado em Química (Físico-Química)) - Universidade de São Paulo.

5.
BORGES, J. C.; ARAUJO, H. S. S.; NASCIMENTO, A. S.. Participação em banca de Glessler Silva Almeida. Estudo Funcional Comparativo das Co-Chaperonas Moleculares p23A e p23B da HSP90 de Leishmania braziliensis. 2014. Dissertação (Mestrado em Genética e Evolução) - Universidade Federal de São Carlos.

6.
Nascimento, Alessandro S.; MELO, D. G.; RIZZATTI, F. P. G.. Participação em banca de Daniele Trevizan Pera. Efeitos de hormônios tireoidianos, nanoencapsulados ou não, na pele íntegra e atrofiada, em modelo experimental. 2013. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Federal de São Carlos.

7.
Skaf, Munir S.; Vazquez, P.A.M.; NASCIMENTO, A. S.. Participação em banca de Melina Mottin. Simulações de Dinâmica Molecular do Receptor Ativador da Proliferação de Peroxissomos gama com o Agonista Parcial GQ16. 2012. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Estadual de Campinas.

8.
Neto, M.O; ITRI, R.; NASCIMENTO, A. S.. Participação em banca de Caio Vinícius dos Reis. Estudos Biofísicos e Estruturais de Xilose Isomerases para a Produção de Etanol de Segunda Geração. 2012. Dissertação (Mestrado em Mestrado / Doutorado) - Universidade Federal de São Paulo.

Teses de doutorado
1.
BORGES, J. C.; FUENTES, A. S. C.; TEIXEIRA, F. R.; ARAUJO, A. P. U.; NASCIMENTO, A. S.. Participação em banca de Karine Minari. Estudos Funcionais Comparativos de HSP90 de Diferentes Organismos. 2018. Tese (Doutorado em Genética e Evolução) - Universidade Federal de São Carlos.

2.
CAMARGO, I. L. B. C.; LACAVA, P. T.; CUNHA, A. F.; ARAUJO, A. P. U.; NASCIMENTO, A. S.. Participação em banca de Alexandre de Lima Oliveira. Caracterização fenotípica e molecular de um par clonal de Staphylococcus aureus resistente a meticilina (MRSA) com perfil de sensibilidade reduzida a daptomicina. 2018. Tese (Doutorado em Genética e Evolução) - Universidade Federal de São Carlos.

3.
ANDRICOPULO, A. D.; SILVA, A. B. F.; EMERY, F. S.; NASCIMENTO, A. S.; GAMBOA, I. C.. Participação em banca de Karina Silvia Matos. Estudos Computacionais e Experimentais da Permeabilidade Celular de Candidatos a Fármacos. 2017. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo.

4.
Polikarpov, I.; SQUINA, F. M.; ARAUJO, A. P. U.; MURAKAMI, MARIO TYAGO; NASCIMENTO, A. S.. Participação em banca de Caio Vinícius dos Reis. Produção Heteróloga, Caracterização Biofísica e Estrutural de Xilose Isomerases Visando Potenciais Aplicações na Fermentação de Pentoses. 2017. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo.

5.
ANDRICOPULO, A. D.; NASCIMENTO, A. S.; CILLI, E. M.; FERREIRA, R. S.; CRUZ, F. C.. Participação em banca de MARIANA LAUREANO DE SOUZA. Planejamento de inibidores da enzima cruzaína de Trypanosoma cruzi candidatos a fármacos contra a doença de Chagas. 2017. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo.

6.
WRENGER, C.; NASCIMENTO, A. S.; SAIRRE, M. I.. Participação em banca de Thales Kronenberger. Sítios de Interacao Alternativos em Receptores nucleares e sua viabilidade como alvos terapeuticos usando triagem computacional e experimental. 2017. Tese (Doutorado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)pgbmp@icb.usp.br) - Universidade de São Paulo.

7.
NASCIMENTO, A. S.; ARAUJO, A. S.; BERTRAN, C. A.; Vazquez, P.A.M.; Martínez, Leandro. Participação em banca de Ivan Pires de Oliveira. "Dinâmica Molecular da Enzima BCL (Burkholderia cepacia lipase): Aspectos da Solvatação e Abertura do Sítio Catalítico na Presença de Osmólitos e em Interfaces. 2017. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Estadual de Campinas.

8.
THIEMANN, O. H.; Figueira, A.C.M.; COSTA FILHO, A. J.; NASCIMENTO, A. S.; Neto, M.O. Participação em banca de Vitor Hugo Balasco Serrão. Caracterização das interações macromoleculares das proteínas envolvidas na síntese de selenocisteínas em Escherichia coli. 2017. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo.

9.
Ambrósio, A.L.B.; SMETANA, J. H. C.; CORDEIRO, A. T.; NAVARRO, M. V. A. S.; NASCIMENTO, A. S.. Participação em banca de Camila Cristina Pascoal. "ANÁLISES EVOLUTIVA, ESTRUTURAL E MECANÍSTICA DA ARQUITETURA MULTIDONÍNIO DAS GLUTAMINASES HUMANAS E ESTUDO DA INTERAÇÃO ENTRE GLUTAMINASES E O RECEPTOR ATIVADO POR PROLIFERADORES DE PEROXISSOMO GAMA. 2017. Tese (Doutorado em BIOCIÊNCIAS E TECNOLOGIA DE PRODUTOS BIOATIVOS) - Universidade Estadual de Campinas.

10.
NASCIMENTO, A. S.; MAGRO, A. J.; ARANTES, G. M.; Garrat, R.C.; LEITAO, A.. Participação em banca de Amanda Souza Câmara. Movimentos coletivos harmônicos, suas frequências ecombinações lineares, na regulação de três proteínas:natransição alostérica da DEA, na ativição por redução da MosR ena ligação da ElrR ao DNA. 2017. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo.

11.
SKAF, M. S.; Bleicher, L.; Martinez, L.; MORGON, N. H.; NASCIMENTO, A. S.. Participação em banca de Melina Mottin. Dinâmica Molecular do Receptor Ativador da Proliferação de Peroxissomos gama: Associação com Ligantes e Proteínas Corregulatórias. 2015. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Estadual de Campinas.

12.
NASCIMENTO, A. S.; FERREIRA, R. S.; SANCHEZ, E.; CAFFARENA, E. R.; Bleicher, L.; LIMA, L. F.. Participação em banca de Raoni Almeida de Souza. Identificação de inibidores das metaloproteases de veneno de serpente atroxlisina-I e leucurolisina-a através de triagem virtual, dinâmica molecular e avaliação experimental. 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

13.
THIEMANN, O. H.; ABREGO, J. R. B.; MASCARENHAS, YVONNE P.; SCOTT, L. P. B.; NASCIMENTO, A. S.. Participação em banca de Daiana Evelin Martil. Estudos Estruturais da Seril-tRNA Sintetase Nativa e em Interação com tRNAs Cognatos de Trypanosoma brucei. 2014. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo.

14.
ANDRICOPULO, A. D.; LIMA, M. E. F.; FERREIRA, R. S.; COMINETTI, M. R.; NASCIMENTO, A. S.. Participação em banca de Wanessa Fernanda Alltei. Triagem biológica, identificação e planejamento de novos candidatos a agentes anticâncer a partir de produtos naturais e compostos sintéticos. 2014. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo.

15.
ARAUJO, H. S. S.; COMINETTI, M. R.; COLETTA, R. D.; IEMMA, M. R. C.; NASCIMENTO, A. S.. Participação em banca de Kelli Cristina Micocci. Estudo do papel da ADAM9 na disseminação tumoral via sistema linfático: Possível alvo farmacológico. 2014. Tese (Doutorado em Ciências Fisiológicas) - Universidade Federal de São Carlos.

16.
NASCIMENTO, A. S.; SILVA, A. B. F.; EMERY, F. S.. Participação em banca de Karina Silvia Matos. Estudos in silico da permeabilidade em células Caco-2. 2014. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo.

17.
SKAFF, M. S.; NETZ, P. A.; SILVA, R. A. N.; Aparício, R.; NASCIMENTO, A. S.. Participação em banca de Érica Teixeira Prates. Dinâmica Molecular de Hidrolases Para Sacarificação de Celulose e Proteínas Correlatas. 2013. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Estadual de Campinas.

18.
ANDRICOPULO, A. D.; FERREIRA, E. I.; ALBUQUERQUE, H. B. V.; LIMA, M. E. F.; NASCIMENTO, A. S.. Participação em banca de Leonardo Luiz Gomes Ferreira. Identificação de Novos Inibidores da Enzima Aldolase de Trypanosoma brucei. 2013. Tese (Doutorado em Doutorado em Fisica Aplicada) - Universidade de São Paulo.

19.
NASCIMENTO, A. S.; FERREIRA JUNIOR, J. R.; NAVARRO, M. V. A. S.; CRUZ, A. K.; THIEMANN, O. H.. Participação em banca de Lívia Regina Manzine. Identificação de Elementos Estruturais no tRNAsec Determinantes da Ligação com Proteínas. 2012. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo.

20.
NAGEM, R. A. P.; FALCAO, P. R. K.; CAMPOS, S. V. A.; Bleicher, L.; NASCIMENTO, A. S.. Participação em banca de Sandro Renato Dias. Residue Interaction Database - Proposição de Mutações Sítio-Dirigidas com Base em Interações Observadas em Proteínas de Estrutura Tridimensional Conhecida. 2012. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Qualificações de Doutorado
1.
NASCIMENTO, A. S.; GUIMARAES, F. E. G.; PAULA, E.. Participação em banca de Laís Ribovski. Desenvolvimento de nanocarreadores poliméricos multialvo para entrega controlada de fármacos em células de câncer de pulmão não pequenas. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Física) - Universidade de São Paulo.

2.
NASCIMENTO, A. S.; NASCIMENTO JUNIOR, N. M.; TROSSINI, G. H. G.. Participação em banca de ANACLETO SILVA DE SOUZA. Estudos de modelagem molecular aplicados ao planejamento de candidatos a novos fármacos antichagásicos. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Física) - Universidade de São Paulo.

3.
NASCIMENTO, A. S.; MUNIZ, JOAO RENATO C.; Ambrósio, A.L.B.. Participação em banca de GUSTAVO MACHADO ÁLVARES DE LIMA. Estudos estruturais e cinéticos de enzimas alvo de Xanthomonas albilineans para o desenvolvimento de novos candidatos a agroquímicos para a cultura de cana-de-açúcar. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Física) - Universidade de São Paulo.

4.
NASCIMENTO, A. S.; KOIDE, T.; FARAH, S. C.. Participação em banca de ÉVERTON EDÉSIO DINIS SILVA. Estudos estruturais, bioquímicos e fenotípicos sobre os receptores CHASE bacterianos associados a domínios GGDEF/EAL. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Física) - Universidade de São Paulo.

5.
NASCIMENTO, A. S.; EMERY, F. S.; ULIANA, S. R. B.. Participação em banca de Thales Kronenberger. Targeting Alternative Ligand-Binding Sites in Nuclear Receptors Using Computational and Experimental Screening. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)pgbmp@icb.usp.br) - Universidade de São Paulo.

6.
NASCIMENTO, A. S.; GUEIROS FILHO, F. J.; COSTA, M. C. N.. Participação em banca de Nathalya Cristina Moraes Roso Mesquita. Estudo estrutural, bioquímico e biofísico da di-adenilato ciclase responsável pela síntese de c-di-AMP em Staphylococcus aures. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Física) - Universidade de São Paulo.

7.
ABREGO, J. R. B.; CANDURI, F.; NASCIMENTO, A. S.. Participação em banca de Daiana Evelin Martil. Estudos Estruturais e de SAXS de Proteínas do Complexo SHU de Levedura. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Doutorado em Fisica Aplicada) - Universidade de São Paulo.

8.
MANSUR, M. T. M. N.; MOREIRA, F. M. A.; NASCIMENTO, A. S.. Participação em banca de Lis Schwartz Miotto. Nanomedicina: Conceitos, Aplicações e Inovações no Campo da Liberação Controlada de Fármacos. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Biotecnologia) - Universidade Federal de São Carlos.

9.
CORDEIRO, A. T.; CANDURI, F.; NASCIMENTO, A. S.. Participação em banca de Fernando Vasconcelos Maluf. Planejamento de novos inibidores candidatos a fármacos antiparasitários: biologia estrutural e química medicinal. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Física) - Universidade de São Paulo.

10.
MARCO, R.; SILVA, D. H. S.; NASCIMENTO, A. S.. Participação em banca de Wanessa Fernada Altei. Triagem Biológica, Identificação e Planejamento de Novos Candidatos a Agentes Anticâncer a Partir de Produtos Naturais e Compostos Sintéticos. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Doutorado em Fisica Aplicada) - Universidade de São Paulo.

Qualificações de Mestrado
1.
BORGES, J. C.; TABAK, M.; Nascimento, Alessandro Silva. Participação em banca de Dayane Eliara Bertolino Reis. Caracterização Estrutural e Funcional da HSP70/HSP90 organizing protein (HOP) de Plasmodium falciparum. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Química) - Universidade de São Paulo.

2.
NASCIMENTO, A. S.; BORGES, J. C.; FUENTES, A. S. C.. Participação em banca de Leticia Sayuri Nishimura. Expressão e caracterização estrutural de chaperona Hsp70 mitocondrial de Leishmania braziliensis. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Química) - Universidade de São Paulo.

3.
NASCIMENTO, A. S.; SCOTT, L. P. B.; NASCIMENTO, M. Z.. Participação em banca de Diogo Stelle. Usando Técnicas de Data Mining Para Descobrir Padrões de Seqüência e Padrões Hidrofóbicos em Banco de Dados Proteicos. 2010. Exame de qualificação (Mestrando em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
BORGES, J. C.; LEITAO, A.; Nascimento, Alessandro Silva. Participação em banca de Sergio Luiz Ramos Junior.Identificação de Compostos Moduladores da Proteína HSP90 de Leishmania braziliensis. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Química) - Universidade de São Paulo.

2.
HONORIO, K. M.; CUNHA, F.; NASCIMENTO, A. S.. Participação em banca de Vanessa Miranda.Características Estruturais de Substâncias Bioativas para o Tratamento da Hipertensão. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências da Natureza) - Universidade de São Paulo.




Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
BrazMedChem - Simpósio Brasileiro em Química Medicinal.Monte Carlo Applications in a Docking Algorithm for Creation of New Ensembles and Free Energy Calculation. 2014. (Simpósio).

2.
Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecuular. Structure-Based PPAR gamma Agonist Design and Free-Energ Halogen Scanning. 2012. (Congresso).

3.
XVIII International Network Protein Engineering Centers.Electrostatic requirements for PPARg binding. 2009. (Encontro).

4.
Protein Structure Initiative Meeting. 2008. (Encontro).

5.
III Semana do Químico.Desenvolvimento de Fármacos Usando a Técnica de Cristalografia. 2007. (Seminário).

6.
Simpósio Latino Americano de Polimorfismo e Cristalização em Fármacos e Medicamentos.Diferenças em Energias de Solvatação entre Ligantes Agonistas do Receptor de Hormônio Tireoideano Humano. 2007. (Simpósio).

7.
XI Workshop da Pós-Graduação em Física.Estudos Estruturais do Receptor de Mineralocorticóide Humano. 2007. (Outra).

8.
Workshop da pós-graduação do IFSC.Estudos estruturais do receptor de mineralocorticóide humano. 2006. (Oficina).

9.
IX Workshop da Pós-Graduação em Física.Estudos Estruturais do Receptor de Mineralocorticóide Humano. 2005. (Oficina).

10.
XXXIV Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquiímica e Biologia Molecular.Hinge of Thyroid Hormone Receptor Can Mediate a Regulatory Dimerization. 2005. (Encontro).

11.
26ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química. 26ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química. 2003. (Congresso).

12.
IX Congresso Interno de Iniciação Científica da UnB. IX Congresso Interno de Iniciação Científica da UnB. 2003. (Congresso).

13.
25ª Reunião Anual. 25ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química. 2002. (Congresso).

14.
VIII Congresso Interno de Iniciação Científica da UnB. VIII Congresso Interno de Iniciação Científica da UnB. 2002. (Congresso).

15.
24ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química. Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Química. 2001. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Victor Henrique Rabesquine Nogueira. Validação de Métodos de Monte Carlo para Avaliação de Energia de Interação Proteína-Ligante. Início: 2017. Dissertação (Mestrado profissional em Física) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

2.
Sthéffany Colmanetti Sousa. Comparação Entre Métodos de Amostragem Ampliada Para Mapeamento do Perfil de Energia Livre para Ajuste Induzido. Início: 2017. Dissertação (Mestrado profissional em Física) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Raissa Ferreira Gutierrez. Estudos estruturais das proteínas ThiD, TPK, ThiE da via de biossíntese da vitamina B1, de Staphylococcus aureus, como possíveis alvos para novos antibióticos. Início: 2018. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

2.
Lívia Oliveira Dantas Clementino. Estudos Estruturais para a Prospecção de Agentes Contra Doenças Infecciosas Humanas. Início: 2018. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).

3.
Erika Chang de Azevedo. Estudo Estrutural das Enzimas Glicosil Transferases na Aquisição de Resistência Bacteriana. Início: 2015. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
João Victor Cunha. Aplicação de Monte Carlo Para a Geração de Ensembles e Análise Termodinâmica da Interação Biomolecular. 2014. Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Alessandro Silva Nascimento.

2.
Erick Giancarlo Sucuple Farro. Busca de Moldes Estruturais para a Engenharia de Funções Catalíticas. 2014. Dissertação (Mestrado em Física) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Alessandro Silva Nascimento.

3.
Rodrigo Ferreira Prata. Desenvolvimento de novas intervenções farmacoterápicas para obesidade. 2010. Dissertação (Mestrado em Biossistemas) - Universidade Federal do ABC, . Coorientador: Alessandro Silva Nascimento.

Tese de doutorado
1.
Heloísa dos Santos Muniz. Métodos híbridos em docagem molecular: implementação, validação e aplicação. 2013. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Alessandro Silva Nascimento.

2.
Karina de Paula. Estudos estruturais de novos ligantes sintéticos do receptor PPARγ. 2013. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Alessandro Silva Nascimento.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Geraldo Rodrigues Sartori. 2017. Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Alessandro Silva Nascimento.

Iniciação científica
1.
Luis Antônio Carvalho Vaz de Lima. Aplicação de Descritores Tridimensionais na Identificação de Interações Cruzadas em Receptores Biológicos. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado em Ciências e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC. Orientador: Alessandro Silva Nascimento.

2.
Flávia Marinho Correia da Silva. Utilização de docking molecular para a modulação metabólica com receptor PPARγ e sua interação com outros ligantes: uma nova alternativa para o tratamento de diabetes melito do tipo 2. 2010. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado em Ciências e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Alessandro Silva Nascimento.

3.
João Manuel Mascarenhas Coutinho. Análise Energética da Interação Proteína-Ligante: Uma Visão de Superfícies de Energia. 2010. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado em Ciências e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Alessandro Silva Nascimento.



Inovação



Programa de computador registrado
1.
Nascimento, Alessandro S.. MOLSHACS - MOLECULAR SHAPE AND CHARGE SIMILARITY. 2012.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: 128860, título: "MOLSHACS - MOLECULAR SHAPE AND CHARGE SIMILARITY" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.


Programa de computador sem registro
1.
DOS SANTOS MUNIZ, HELOISA ; CUNHA, J. V. S. ; NASCIMENTO, A. S. . LiBELa - Ligand Binding Energy Landscape. 2015.



Educação e Popularização de C & T



Apresentações de Trabalho
1.
NASCIMENTO, A. S.. Biotecnologia Molecular Estrutural: Fundamentos, Aplicações e Oportunidades. 2017. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).





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