Renan Oliveira Shimoura

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  • Última atualização do currículo em 23/05/2018


Possui graduação em Física Médica e mestrado em Física Aplicada à Medicina e Biologia, ambos pela Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto, Universidade de São Paulo. Atualmente é aluno de doutorado em Física Aplicada à Medicina e Biologia atuando na área de Neurociência Computacional. É bolsista pela FAPESP (processo 2017/07688-9) com projeto de pesquisa junto ao SisNe (Laboratório de Sistemas Neurais) pertencente ao Departamento de Física da FFCLRP-USP. Membro do cepid NeuroMat, projeto o qual visa desenvolver ferramentas matemáticas para análise do cérebro que é apoiado pelo projeto temático FAPESP 2013/07699-0 (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Renan Oliveira Shimoura
Nome em citações bibliográficas
SHIMOURA, R. O.;SHIMOURA, RENAN O;RENAN, SHIMOURA

Endereço


Endereço Profissional
Universidade de São Paulo, Faculdade de Filosofia Ciências e Letras de Ribeirão Preto.
Av. dos Bandeirantes, 3900
Monte Alegre
14040901 - Ribeirão Preto, SP - Brasil
Telefone: (16) 36023670


Formação acadêmica/titulação


2016
Doutorado em andamento em Física Aplicada à Medicina e Biologia.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Estudo computacional da influência das conexões plásticas hipocampo-corticais nos padrões de oscilação talamocorticais,
Orientador: Antônio Carlos Roque da Silva Filho.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
2014 - 2016
Mestrado em Física Aplicada à Medicina e Biologia.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Efeitos da plasticidade sináptica na atividade neural de um modelo de circuito local do córtex visual primário,Ano de Obtenção: 2016.
Orientador: Antônio Carlos Roque da Silva Filho.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Córtex visual; Neurociência computacional; Plasticidade sináptica; Sistemas complexos.
2009 - 2013
Graduação em Física Médica.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2004 - 2006
Curso técnico/profissionalizante.
Colégio Salesiano Dom Luiz Lasagna, S, Brasil.
2004 - 2006
Ensino Médio (2º grau).
Colégio Salesiano Dom Luiz Lasagna, S, Brasil.




Formação Complementar


2016 - 2016
VI Latin American School on Computational Neuroscience (VI LASCON). (Carga horária: 220h).
Neuromat (CEPID - FAPESP), USP, Brasil.
2016 - 2016
I NeuroMat Course on Parallel and GPU Programming for Neuroscience. (Carga horária: 20h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2016 - 2016
Otimização de código e introdução à programação de GPUs com CUDA. (Carga horária: 8h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2014 - 2014
Modelando Plasticidade Sináptica. (Carga horária: 3h).
Sociedade Brasileira de Neurociências e Comportamento, SBNeC, Brasil.
2014 - 2014
Clusters Linux. (Carga horária: 8h).
Centro de Informática de Ribeirão Preto - Universidade de São Paulo, CIRP - USP, Brasil.
2013 - 2013
Introdução à Neurociência Computacional.. (Carga horária: 3h).
Sociedade Brasileira de Neurociências e Comportamento, SBNeC, Brasil.
2013 - 2013
Dynamical Phenomena in Complex Networks. (Carga horária: 54h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2013 - 2013
Processamento de Sinais e Imagens Médicas. (Carga horária: 3h).
XVIII Congresso Brasileiro de Física Médica, CBFM, Brasil.
2011 - 2011
Mini-curso de Radioproteção. (Carga horária: 6h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

2017 - 2017
Vínculo: Voluntário, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 6
Outras informações
Programa de Aperfeiçoamento de Ensino - PAE - Departamento de Física - Física Computacional

Vínculo institucional

2017 - 2017
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 6
Outras informações
Programa de Aperfeiçoamento de Ensino - PAE - Departamento de Física - Física III - Eletricidade e Magnetismo

Vínculo institucional

2017 - 2017
Vínculo: Voluntário, Enquadramento Funcional: Orientador, Carga horária: 4
Outras informações
Orientação de alunos dos ensinos fundamental e médio no Pequeno Cientista, da Casa da Ciência do Hemocentro de Ribeirão Preto, com o projeto "Aprendendo física com o carrinho de rolimã"

Vínculo institucional

2015 - 2015
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 6
Outras informações
Programa de Aperfeiçoamento de Ensino - PAE - Departamento de Física - Biofísica I

Vínculo institucional

2013 - 2013
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Monitor, Carga horária: 6
Outras informações
Monitoria da disciplina Biofísica I oferecida aos alunos de graduação do curso de Física Médica na Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto / USP.

Vínculo institucional

2013 - 2013
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Monitor, Carga horária: 6
Outras informações
Monitoria da disciplina Biofísica II, oferecida aos alunos de graduação do curso de Física Médica na Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto / USP.

Vínculo institucional

2012 - 2013
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Desenvolvedor de atividades, Carga horária: 10
Outras informações
Projeto "Alfabetização em Astronomia" pertencente ao programa Aprender com Cultura e Extensão

Vínculo institucional

2012 - 2012
Vínculo: Voluntário, Enquadramento Funcional: Monitor, Carga horária: 6
Outras informações
Monitoria da disciplina Eletromagnetismo, oferecida aos alunos de graduação do curso de Física Médica na Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto / USP.

Vínculo institucional

2011 - 2012
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Desenvolvedor de atividades, Carga horária: 10
Outras informações
Projeto "Produção de materiais didáticos para educação básica ? geografia, ciências e educação ambiental" pertencente ao programa Aprender com Cultura e Extensão

Vínculo institucional

2010 - 2011
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Desenvolvedor de atividades, Carga horária: 10
Outras informações
Projeto "Observação do céu e Astronomia" pertencente ao programa Aprender com Cultura e Extensão



Projetos de pesquisa


2016 - Atual
Estudo computacional da influência das conexões plásticas hipocampo-corticais nos padrões de oscilação talamocorticais
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Renan Oliveira Shimoura - Integrante / Antônio Carlos Roque da Silva Filho - Coordenador.
2014 - 2016
Efeitos da plasticidade sináptica na atividade neural de um modelo de circuito local do córtex visual primário
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Renan Oliveira Shimoura - Coordenador / Antônio Carlos Roque da Silva Filho - Integrante.
2012 - 2013
Formação de Agrupamentos Intermitentes de Neurônios em um Modelo de Redes Neurais
Descrição: O objetivo deste projeto consiste em estudar a formação de agrupamentos itinerantes de neurônios, caracterizados por sincronização de disparos, em um modelo de rede cortical modular e hierárquica composto por neurônios pulsados pertencentes a cinco classes eletrofisiológicas distintas. As propriedades dos agrupamentos itinerantes serão relacionadas com características topológicas da rede, como o comprimento de caminho médio e o coeficiente de agrupamento, e características dos tipos de neurônios utilizados..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .
Integrantes: Renan Oliveira Shimoura - Integrante / Antonio Carlos Roque - Coordenador.


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Neurociência Computacional.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Modelagem de Sistemas Biológicos.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: SISTEMAS COMPLEXOS.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.
Espanhol
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Prêmios e títulos


2013
Prêmio Jovem Neurocientista (JN) - Menção Honrosa, XXXVII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Neurociências e Comportamento - SBNeC.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
SHIMOURA, R. O.2018SHIMOURA, R. O.; Kamiji, N. ; PENA, R. F. O. ; CORDEIRO, V. L. ; CEBALLOS, C. C. ; ROMARO, C. ; ROQUE, A. C. . [Re] The cell-type specific cortical microcircuit: relating structure and activity in a full-scale spiking network model. The ReScience journal, v. 4, p. 1, 2018.

2.
VINICIUS, CORDEIRO2016VINICIUS, CORDEIRO ; RENAN, SHIMOURA ; NILTON, KAMIJI ; OSAME, KINOUCHI ; ANTONIO, ROQUE . A stochastic version of the Potjans-Diesmann cortical column model. Frontiers in Neuroinformatics, v. 10, p. 60-61, 2016.

3.
PENA, RODRIGO FO2015PENA, RODRIGO FO ; SHIMOURA, RENAN O ; ROQUE, ANTONIO C . A cortical multi-layered model and the properties of its internally-generated activity. BMC Neuroscience (Online), v. 16, p. P209, 2015.

4.
SHIMOURA, RENAN O2015SHIMOURA, RENAN O; PENA, RODRIGO FO ; ROQUE, ANTONIO C . Effect of synaptic plasticity on functional connectivity and global activity of a neocortical network model. BMC Neuroscience (Online), v. 16, p. P210, 2015.

Capítulos de livros publicados
1.
Paixão, A ; KAWASAKI, C. S. ; JUNTA, D. B. ; TAKESSITA, P. R. ; LIMA JUNIOR, P. H. C. N. ; SHIMOURA, R. O. . A "cúpula celestial": O ensino de Astronomia pela observação do movimento aparente dos astros. In: Andrea Coelho Lastoria; Antonio Vitor Rosa. (Org.). Elos da cidadania: localidade, escola e ação. 1ed.São Carlos SP: COMPACTA, 2014, v. 1, p. 113-129.

Textos em jornais de notícias/revistas
1.
PENA, R. F. O. ; SHIMOURA, R. O. ; CEBALLOS, C. C. ; ROQUE, A. C. . UM SIMULADOR DE UM MODELO COMPUTACIONAL CORTICAL EM MULTI-CAMADAS. REVISTA DE INFORMÁTICA BIOMÉDICA, Online, , v. 5, 30 set. 2015.

2.
SHIMOURA, R. O.; VIEIRA, D. P. C. ; ROQUE, A. C. . Formação de agrupamentos intermitentes de neurônios em um modelo de redes neurais. REVISTA DE INFORMÁTICA BIOMÉDICA, Online, p. 30 - 36, 01 abr. 2015.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
SHIMOURA, R. O.; ROQUE, A. C. . Plasticidade sináptica em um modelo do microcircuito local do córtex visual primário: efeitos na atividade neural e seletividade à orientação. In: XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Neurociências e Comportamento - SBNeC, 2017, Araraquara. Resumos da XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Neurociências e Comportamento - SBNeC 2017. São Paulo, SP: SBNeC, 2017. v. 1. p. 47-47.

2.
NILTON, KAMIJI ; VINICIUS, CORDEIRO ; SHIMOURA, R. O. ; PENA, R. F. O. ; ROMARO, C. ; ROQUE, A. C. . A stochastic version of the Potjans-Diesmann cortical microcircuit model. In: XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Neurociências e Comportamento - SBNeC, 2017, Araraquara. Resumos da XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Neurociências e Comportamento - SBNeC 2017. São Paulo, SP: SBNeC, 2017. v. 1. p. 47-47.

3.
ROMARO, C. ; SHIMOURA, R. O. ; NILTON, KAMIJI ; ROQUE A. C. . Representação somatotópica em um modelo de microcircuito local do córtex de mamíferos. In: XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Neurociências e Comportamento - SBNeC, 2017, Araraquara. Resumos da XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Neurociências e Comportamento - SBNeC 2017. São Paulo, SP: SBNeC, 2017. v. 1. p. 67-67.

4.
VINICIUS, CORDEIRO ; SHIMOURA, R. O. ; NILTON, KAMIJI ; OSAME, KINOUCHI ; ROQUE A. C. . A stochastic version of the Potjans-Diesmann cortical column model.. In: Neuroinformatics 2016, 2016, Reino Unido. Abstracts of Neuroinformatics 2016. Lausanne: Frontiers, 2016. p. 60-61.

5.
SHIMOURA, R. O.; PENA, R. F. O. ; ROQUE, A. C. . Dynamics of a Cortical Multi-layered Model with Cells of Different Electrophysiological Classes. In: IBRO - 9th World Congress International Brain Research Organization, 2015, Rio de Janeiro. Anais do 9th World Congress International Brain Research Organization, 2015.

6.
SHIMOURA, R. O.; VIEIRA, D. P. C. ; ROQUE, A. C. . Formação de agrupamentos intermitentes de atividade neural em um modelo de rede cortical: efeitos da topologia da rede e da plasticidade sináptica. In: XXXVIII Reunião Anual da SBNeC - Sociedade Brasileira de Neurociências e Comportamento, 2014, Armação de Búzios. Resumos da XXXVIII Reunião Anual da SBNeC - Sociedade Brasileira de Neurociências e Comportamento. São Paulo: SBNeC, 2014. v. 1. p. 43-43.

7.
SHIMOURA, R. O.; VIEIRA, D. P. C. ; ROQUE, A. C. . AGRUPAMENTOS DE ATIVIDADE NEURAL EM UM MODELO CORTICAL. In: XVIII Congresso Brasileiro de Física Médica, 2013, São Pedro. Anais do XVIII Congresso Brasileiro de Física Médica, 2013. v. 1. p. 68.

8.
SHIMOURA, R. O.; VIEIRA, D. P. C. ; ROQUE, A. C. . Agrupamentos de atividade neural em um modelo de rede para o córtex: efeito da topologia da rede.. In: XXXVII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Neurociências e Comportamento., 2013, Belo Horizonte, MG. Resumos da XXXVII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Neurociências e Comportamento - SBNeC 2013. São Paulo, SP: Editora da SBNeC, 2013. v. Único. p. 60-60.

9.
JUNTA, D. B. ; SHIMOURA, R. O. ; LIMA JUNIOR, P. H. C. N. ; LASTORIA, A. C. ; KAWASAKI, C. S. . PRÁTICA DE ENSINO EM CIÊNCIAS: TERRA, PLANETA RARO. In: II Seminário Internacional em Educação: homogeneidade e deversidade em Educação, 2010, Ribeirão Preto. II Seminário Internacional em Educação: homogeneidade e deversidade em Educação., 2010.


Demais tipos de produção técnica
1.
Kamiji, N. ; PENA, R. F. O. ; CEBALLOS, C. C. ; SHIMOURA, R. O. ; ROMARO, C. ; CORDEIRO, V. L. ; ROQUE, A. C. . 1º Curso Prático de Modelagem Computacional em Neurociência. 2017. .

2.
SHIMOURA, R. O.; JUNTA, D. B. ; TAKESSITA, P. R. . Movimento Aparente do Sol. 2013. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Prática Educativa).

3.
SHIMOURA, R. O.; JUNTA, D. B. ; LIMA JUNIOR, P. H. C. N. ; KAWASAKI, C. S. . Oficina de Astronomia: escalas planetárias e história da formação do Universo. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
5th BRAINN Congress. 2018. (Congresso).

2.
26º Mural da Casa da Ciência. Aprendendo física com o carrinho de rolimã. 2017. (Exposição).

3.
NEST Conference 2017 A Forum for Users & Developers.A replication of the Potjans-Diesmann cortical microcircuit model. 2017. (Outra).

4.
XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Neurociências e Comportamento - SBNeC. Plasticidade sináptica em um modelo do microcircuito local do córtex visual primário: efeitos na atividade neural e seletividade à orientação. 2017. (Congresso).

5.
4WHPC - USP / Rice. 2016. (Oficina).

6.
High-Performance Computing, Stochastic Modeling and Databases in Neuroscience. 2016. (Outra).

7.
IV Workshop and School on Dynamics, Transport and Control in Complex Networks.Effects of Synaptic Plasticity on Neural Activity of A Primary Visual Cortex Local Circuit Model. 2016. (Outra).

8.
Second NeuroMat Workshop: New Frontiers in NeuroMathematics.Synaptic plasticity in a cortical microcircuit model: different scenarios. 2016. (Oficina).

9.
XV Semana de Física Médica e 1˚ Simpósio de Física Médica.Estudo computacional da plasticidade hipocampo-cortical e sua influência sobre a reverberação excitatória tálamo-cortical. 2016. (Simpósio).

10.
1st NeuroMat Young Researchers Workshop.Effect of spike-timing dependent plasticity on functional connectivity and global activity of neocortical network models. 2015. (Seminário).

11.
9th IBRO World Congress on Neuroscience. Dynamics of a cortical multi-layered model with cells of different electrophysiological classes. 2015. (Congresso).

12.
9th IBRO World Congress on Neuroscience. Dynamics of a cortical multi-layered model with cells of different electrophysiological classes. 2015. (Congresso).

13.
Random Graphs in the Brain. 2015. (Outra).

14.
XIII Semana de Informática Biomédica.UM SIMULADOR DE UM MODELO COMPUTACIONAL CORTICAL EM MULTI-CAMADAS. 2015. (Outra).

15.
XIV Semana da Física Médica.Efeitos da plasticidade sináptica na atividade global de um modelo do circuito local do córtex visual primário. 2015. (Outra).

16.
Empreendedorismo no Ambiente Acadêmico. 2014. (Seminário).

17.
III Workshop and School on Dynamics, Transport and Control in Complex Networks - ComplexNet.Effect of synaptic plasticity on functional connectivity and global activity of a cortical network model. 2014. (Simpósio).

18.
I International Workshop on Synaptic Plasticity.Effect of synaptic plasticity on functional connectivity and global activity of a cortical network model. 2014. (Simpósio).

19.
Neurociências e Complexidade: Conceitos, Desafios e Perspectivas. 2014. (Seminário).

20.
XIII Semana da Física Médica.Influências da plasticidade sináptica de longa duração na dinâmica da atividade global de um modelo de microcircuitaria local do córtex. 2014. (Outra).

21.
XXXVIII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Neurociência e Comportamento. Formação de Agrupamentos Intermitentes de Atividade Neural em um Modelo de Rede Cortical: Efeitos da Topologia da Rede e Da Plasticidade Sináptica. 2014. (Congresso).

22.
12ª Feira de Profissões da USP. Física Médica. 2013. (Feira).

23.
21º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP - SIICUSP.Formação de Agrupamentos de Neurônios em um Modelo de Redes Neurais Corticais. 2013. (Simpósio).

24.
7ª Feira de Profissões da USP. Física Médica. 2013. (Feira).

25.
I Dia Internacional da Física Médica. 2013. (Encontro).

26.
II Semana Nacional do Cérebro - Controvérsias e convergências em Neurociência e Arte.. 2013. (Seminário).

27.
Origem e Evolução dos Buracos Negros. 2013. (Seminário).

28.
Sistemas complexos: aleatoriedade, emergência e universalidade. de.. 2013. (Simpósio).

29.
XII Semana da Física Médica. 2013. (Outra).

30.
XI Semana da Informática Biomédica.Formação de agrupamentos intermtentes de neurônios em um modelo de redes neurais. 2013. (Simpósio).

31.
XVIII Congresso Brasileiro de Física Médica. AGRUPAMENTOS DE ATIVIDADE NEURAL EM UM MODELO CORTICAL. 2013. (Congresso).

32.
XXXVII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Neurociências e Comportamento.. Agrupamentos de atividade neural em um modelo de rede para o córtex: efeito da topologia da rede.. 2013. (Congresso).

33.
Eletrônica Orgânica: uma nova fronteira da Ciência. 2012. (Seminário).

34.
XI Semana da Física Médica. 2012. (Outra).

35.
XVII Congresso Brasileiro de Física Médica. 2012. (Congresso).

36.
X Semana da Física Médica. 2011. (Outra).

37.
II Seminário Internacional em Educação: homogeneidade e deversidade em Educação.PRÁTICA DE ENSINO EM CIÊNCIAS: TERRA, PLANETA RARO. 2010. (Seminário).

38.
IX Semana da Física Médica. 2010. (Outra).

39.
VIII Semana da Física Médica. 2009. (Outra).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
SHIMOURA, R. O.. VII Latin American School on Computational Neuroscience - LASCON. 2018. (Outro).

2.
SHIMOURA, R. O.. 1o Curso Prático de Modelagem Computacional em Neurociência - PratiCoNeuro. 2017. (Outro).

3.
PINTO, T. M. ; ROQUE, A. C. ; ARRUDA, D. ; CEBALLOS, C. C. ; PENA, R. F. O. ; SHIMOURA, R. O. ; FREITAS, J. . I International Workshop on Synaptic Plasticity. 2014. (Outro).

4.
MACAU, E. ; ROQUE, A. C. ; SHIMOURA, R. O. ; PENA, R. F. O. ; ARANTES, R. ; TEJADA, J. ; FREITAS, J. ; ARRUDA, D. . II Workshop and School on Dynamics, Transport and Control in Complex Networks - ComplexNet. 2013. (Outro).

5.
LIMA JUNIOR, P. H. C. N. ; KAWASAKI, C. S. ; SHIMOURA, R. O. ; JUNTA, D. B. . Astronomia na Casa da Ciência. 2010. (Exposição).

6.
KAWASAKI, C. S. ; LIMA JUNIOR, P. H. C. N. ; SHIMOURA, R. O. ; JUNTA, D. B. . Agenda Astronômica do Campus da USP-RP. 2009. (Outro).



Educação e Popularização de C & T



Cursos de curta duração ministrados
1.
Kamiji, N. ; PENA, R. F. O. ; CEBALLOS, C. C. ; SHIMOURA, R. O. ; ROMARO, C. ; CORDEIRO, V. L. ; ROQUE, A. C. . 1º Curso Prático de Modelagem Computacional em Neurociência. 2017. .

2.
SHIMOURA, R. O.; JUNTA, D. B. ; LIMA JUNIOR, P. H. C. N. ; KAWASAKI, C. S. . Oficina de Astronomia: escalas planetárias e história da formação do Universo. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).


Desenvolvimento de material didático ou instrucional
1.
SHIMOURA, R. O.; JUNTA, D. B. ; TAKESSITA, P. R. . Movimento Aparente do Sol. 2013. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Prática Educativa).




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