Patrícia de Cássia Ruy

  • Endereço para acessar este CV: http://lattes.cnpq.br/6884114207861626
  • Última atualização do currículo em 29/08/2018


Tem experiência na área de bioinformática e biologia computacional com ênfase em biologia celular e molecular, sendo graduada no curso de Informática Biomédica na USP de Ribeirão Preto e mestre em ciências com ênfase em bioinformática pela Fundação Oswaldo Cruz (CPqRR). Trabalhou como bioinformata no Centro de Excelência em Bioinformática (CEBio - FIOCRUZ-Minas) em Belo Horizonte. Finalizou o doutorado pelo Programa de Pós-Graduação Interunidades em Bioinformática da USP em agosto de 2017. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Patrícia de Cássia Ruy
Nome em citações bibliográficas
RUY, P. C.;Ruy, P. d. C.;Ruy, Patricia de Cassia;Ruy, Patricia de;RUY, PATRÍCIA DE;RUY, PATRICIA C.;DE CÁSSIA RUY, PATRICIA

Endereço


Endereço Profissional
Universidade de São Paulo, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto.
Avenida Bandeirantes, 3900
Monte Alegre
14049900 - Ribeirão Preto, SP - Brasil
Telefone: (16) 36023053
URL da Homepage: http://www.fmrp.usp.br/rbp/


Formação acadêmica/titulação


2012 - 2017
Doutorado em Interunidades em Bioinformática.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Identificação in silico de ncRNAs nos genomas de Leishmania., Ano de obtenção: 2017.
Orientador: Angela Kaysel Cruz.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: bioinformática; Leishmania ssp; ncRNAs.
Grande área: Ciências Biológicas
2009 - 2011
Mestrado em Ciências da Saúde.
Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil.
Título: Análise computacional baseada no desenvolvimento de um pipeline de técnicas ab initio para predição de desordem estrutural protéica em genomas de tripanosomatídeos.,Ano de Obtenção: 2011.
Orientador: Jeronimo Conceição Ruiz.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: bioinformática; IUPs (Intrinsically Unstructured Proteins); Leishmania ssp.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: BIOLOGIA CELULAR E MOLECULAR.
Setores de atividade: Saúde e Serviços Sociais.
2004 - 2007
Graduação em Informática Biomédica.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: IDENTIFICAÇÃO DE REESTRUTURAÇÕES ASSOCIADAS ÀS EXTREMIDADES DOS CROMOSSOMOS DE LEISHMANIA MAJOR..
Orientador: Dr Jeronimo C. Ruiz e Dra. Angela Kaysel Cruz.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.




Formação Complementar


2008 - 2008
CLCBio software package for bioinformatics analysi. (Carga horária: 3h).
Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
2008 - 2008
Python for Bioinformatics. (Carga horária: 3h).
Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
2004 - 2004
Curso de Bioinformática. (Carga horária: 8h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2004 - 2004
Informática em Saúde e Telemedicina. (Carga horária: 8h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
1995 - 2002
Curso de Inglês. (Carga horária: 741h).
Centro de Cultura Anglo America, CCAA, Brasil.


Atuação Profissional



Centro de Excelência em Bioinformática, CEBIO, Brasil.
Vínculo institucional

2011 - 2011
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Bioinformata, Carga horária: 40
Outras informações
Núcleo de Bioinformática do consórcio BR-BoL no Centro de Excelência de Bioinformática da FIOCRUZ-Minas.


Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil.
Vínculo institucional

2008 - 2009
Vínculo: BDTI IV - FAPEMIG, Enquadramento Funcional: Bolsista, Carga horária: 40
Outras informações
Projeto de atividades da Rede Genoma de Minas Gerais Biênio 2008-2009 Identificação de determinantes de patogenicidade e virulência dos fungos causadores das ferrugens da soja, eucalipto e café. Identificação de determinantes de virulência e identificação candidatos a vacina da Corynebacterium pseudotuberculosis e seqüenciamento genômico de C. ulcerans. Orientador: Guilherme Corrêa de Oliveira / Jeronimo Conceição Ruiz


Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Vínculo institucional

2005 - 2007
Vínculo: Iniciação Científica, Enquadramento Funcional: Estudante, Carga horária: 20
Outras informações
Orientador: Dr. Jeronimo Conceição Ruiz Co-orientador: Dra. Angela Kaysel Cruz



Áreas de atuação


1.
Grande área: Outros / Área: Robótica, Mecatrônica e Automação / Subárea: Bioinformática.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética.
4.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Parasitologia.
5.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral.
6.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Prêmios e títulos


2007
Menção Honrosa, FIOCRUZ - CPqRR.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
1DE CASTRO, FELIPE FREITAS2017 DE CASTRO, FELIPE FREITAS ; DE CÁSSIA RUY, PATRICIA ; ZEVIANI, KARINA NOGUEIRA ; DE FREITAS SANTOS, RAMON ; TOLEDO, JULIANO SIMÕES ; CRUZ, ANGELA KAYSEL . Evidence of putative non-coding RNAs from Leishmania untranslated regions. Molecular and Biochemical Parasitology (Print), v. 214, p. 69-74, 2017.

2.
6CRUZ, A. A. V.2016CRUZ, A. A. V. ; ALVES-FERREIRA, E. V. C. ; MILBRATZ-MORE, G. ; CHAHUD, F. ; RUY, P. C. ; DUARTE, M. I. S. ; CRUZ, A. K. . Sclerosing Orbital Inflammation Caused by Leishmania braziliensis. The American Journal of Tropical Medicine and Hygiene, v. 16, p. 0389, 2016.

3.
3ALVES-FERREIRA, ELIZA V. C.2015ALVES-FERREIRA, ELIZA V. C. ; TOLEDO, JULIANO S. ; DE OLIVEIRA, ARTHUR H. C. ; FERREIRA, TIAGO R. ; RUY, PATRICIA C. ; PINZAN, CAMILA F. ; SANTOS, RAMON F. ; BOAVENTURA, VIVIANE ; ROJO, DAVID ; LÓPEZ-GONZÁLVEZ, ÁNGELEZ ; ROSA, JOSE C. ; BARBAS, CORAL ; BARRAL-NETTO, MANOEL ; BARRAL, ALDINA ; CRUZ, ANGELA K. . Differential Gene Expression and Infection Profiles of Cutaneous and Mucosal Leishmania braziliensis Isolates from the Same Patient. PLoS Neglected Tropical Diseases (Online), v. 9, p. e0004018, 2015.

4.
4PAIS, FABIANO SVIATOPOLK-MIRSKY2014 PAIS, FABIANO SVIATOPOLK-MIRSKY ; RUY, PATRÍCIA DE ; OLIVEIRA, GUILHERME ; COIMBRA, RONEY . Assessing the efficiency of multiple sequence alignment programs. Algorithms for Molecular Biology, v. 9, p. 4, 2014.

5.
2RUY, P. C.2014 RUY, P. C.; TORRIERI, R. ; TOLEDO, J. S. ; Alves, VS ; CRUZ, A. K. ; RUIZ, J. C. . Intrinsically disordered proteins (IDPs) in trypanosomatids. BMC Genomics, v. 15, p. 1100, 2014.

6.
5Stynen, A. P. R.2011Stynen, A. P. R. Lage, A. P. Moore, R. J. Rezende, A. M. de Resende, V. D. d. S. RUY, P. C. Daher, N. Resende, D. d. M. de Almeida, S. S. Soares, S. d. C. de Abreu, V. A. C. Rocha, A. A. C. M. dos Santos, A. R. Barbosa, E. G. V. Costa, D. F. Dorella, F. A. Miyoshi, A. de Lima, A. R. J. Campos, F. D. d. S. de Sa, P. G. Lopes, T. S. Rodrigues, R. M. A. Carneiro, A. R. Leao, T. Cerdeira, L. T. , et al.Ramos, R. T. J. Silva, A. Azevedo, V. RUIZ, J. C. ; Complete Genome Sequence of Type Strain Campylobacter fetus subsp. venerealis NCTC 10354T. Journal of Bacteriology (Print), v. 193, p. 5871-5872, 2011.

Apresentações de Trabalho
1.
RUY, P. C.. Introdução a Bioinformática. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
FERREIRA GARCIA, J. B. ; DA ROCHA, J. P. V. ; RUY, P. C. ; MACHADO, C. R. ; CRUZ, A. K. . Possible Roles of ASF1 (Anti Silencing Factor 1) in L. major. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

3.
RUY, P. C.; TORRIERI, R. ; COIMBRA, R. S. ; OLIVEIRA, C. ; OLIVEIRA, G. . BrBOL - Brazilian consortium for molecular identification of biodiversity.. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

4.
TEIXEIRA, F. A. ; RUY, P. C. ; CAMPOS, F. A. ; CANDIANI, T. M. S. ; OLIVEIRA, G. ; COIMBRA, R. S. . A relational database for management of medical records of children attending reference hospitals for suspect of meningitis.. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

5.
PAIS, F. S. ; RUY, P. C. ; OLIVEIRA, G. ; COIMBRA, R. S. . Assessing the efficiency of multiple sequence alignment programs.. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

6.
Resende, DM ; Reis, AB ; Oliveira, NJD ; Ramos, RTJ ; Cerdeira, LT ; Cerdeira, L. T. ; TORRIERI, R. ; RUY, P. C. ; Batista, ICA ; Corrêa-Oliveira, R ; RUIZ, J. C. . A survey on epitope prediction methods for parasites genomes.. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

7.
RUY, P. C.; TORRIERI, R. ; TOLEDO, J. S. ; CRUZ, A. K. ; OLIVEIRA, G. C. ; RUIZ, J. C. . Computational identification and characterization of elements associated with structural order and disorder in Leishmania ssp. predicted proteome.. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

8.
RUY, P. C.; TORRIERI, R. ; TOLEDO, J. S. ; CRUZ, A. K. ; OLIVEIRA, G. C. ; RUIZ, J. C. . The role of protein disorder in Leishmania ssp. genome: An overview from a database perspective.. 2009. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

9.
TORRIERI, R. ; RUY, P. C. ; OLIVEIRA, G. C. ; RUIZ, J. C. . Computational Identification and Characterization of Disordered Proteins in Schistosoma mansoni. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

10.
RUY, P. C.; TORRIERI, R. ; OLIVEIRA, G. C. ; RUIZ, J. C. . Computational identification and characterization of elements associated with structural order and disorder in Leishmania braziliensis predicted proteome.. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

11.
TORRIERI, R. ; RUY, P. C. ; OLIVEIRA, G. C. ; RUIZ, J. C. . Identification and characterization of disordered proteins in Schistosoma mansoni. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

12.
RUY, P. C.; OLIVEIRA, L. ; RUIZ, J. C. ; OLIVEIRA, G. C. . Preliminary Profile of the Biomphalaria glabrata Transcriptome: An Expressed Sequence Tag Analysis. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

13.
OLIVEIRA, L. ; RUY, P. C. ; RUIZ, J. C. ; OLIVEIRA, G. C. . Expressed Sequence Tags of Schistosoma mansoni: Establishing Bridges Between Ab Initio Gene Prediction and Functional Annotation. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

14.
ANDRADE, L. F. ; RUIZ, J. C. ; AVELAR, L. ; LUDOLF, F. ; ZERLOTINI NETO, A. ; RUY, P. C. ; MORAES, R. L. V. ; OLIVEIRA, G. C. . Protein Kinases of the parasite Schistosoma mansoni. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

15.
RUY, P. C.; CRUZ, A. K. ; RUIZ, J. C. . A pipeline for mapping intra and interspecies putative rearrangements at chromosomal ends in L. major, L. infantum and L. braziliensis genomes. 2007. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

16.
RUY, P. C.; BRITO, L. O. ; CRUZ, A. K. ; RUIZ, J. C. . Identificação de rearranjos associados as extremidades dos cromossomos de L. major. 2007. (Apresentação de Trabalho/Outra).

17.
RUY, P. C.; BRITO, L. O. ; VASCONCELOS, E. J. R. ; CARDENAS, R. G. C. C. L. ; CRUZ, A. K. ; RUIZ, J. C. . Characterization of putative chromosomal rearrengements related to chromosomes ends between Leishmania species.An in silico approach. 2006. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

18.
VASCONCELOS, E. J. R. ; RUY, P. C. ; BRITO, L. O. ; CARDENAS, R. G. C. C. L. ; CRUZ, A. K. ; RUIZ, J. C. . In silico characterization of sequence conservation in the 5' and 3' untranslated regions btween Leishmania species. 2006. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

19.
RUY, P. C.; BRITO, L. O. ; VASCONCELOS, E. J. R. ; CRUZ, A. K. ; RUIZ, J. C. . Identificação de rearranjos associados as extremidades dos cromossomos de L. major. 2006. (Apresentação de Trabalho/Outra).

20.
RUY, P. C.; SANTOS, R. V. M. A. ; BRITO, L. O. ; CRUZ, A. K. ; RUIZ, J. C. . In silico identification of putative chromosomal rearrangements in Leishmania species. 2005. (Apresentação de Trabalho/Congresso).


Demais tipos de produção técnica
1.
RUY, P. C.. Introdução a Bioinformática. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

2.
CRUZ, A. K. ; RUY, P. C. ; Castro, F. F. ; Ferreira, T. R. ; Alves, E. V. C. ; Santos, R. F. ; Bório, J. . Modulação da virulência em Leishmania por genética reversa. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

3.
RUY, P. C.; ZERLOTINI NETO, A. ; MORAES, R. L. V. ; OLIVEIRA, G. C ; RUIZ, J. C. . Programando em Bioinformática: Utilizando Perl e seus Módulos. 2007. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

4.
RUY, P. C.; BRITO, L. O. ; SANTOS, R. V. M. A. ; VASCONCELOS, E. J. R. ; RUIZ, J. C. . 1a Jornada de Bioinformática e Biologia Computacional da UECE. 2006. .

5.
RUY, P. C.; VASCONCELOS, E. J. R. ; RUIZ, J. C. . Jornada de Ciências Biológicas - BLAST (Basic Local Alignment Search Tool). 2006. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

6.
RUY, P. C.; VASCONCELOS, E. J. R. ; RUIZ, J. C. . Jornada Farmacêutica - Biologia Molecular Aplicada ao Diagnóstico Clínico. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Outra).



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
XV Semana Brasileira de Informática Biomédica. Sequenciamento de RNA e Transcriptoma. 2017. (Congresso).

2.
X-Meeting - 11th International Conference of the AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics. In silico identification and analysis of noncoding RNAs using RNA-seq data from Leishmania donovani. 2015. (Congresso).

3.
Estudos Avançados em Genômica-?Decodificando o DNA não-codificador"or?,. 2013. (Simpósio).

4.
X-meeting - 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. In silico identification of ncRNAs in Leishmania genomes. 2012. (Congresso).

5.
I Oficina de Bioinformática EMU-FAPESP. 2011. (Oficina).

6.
IT Workshop. 2011. (Oficina).

7.
X-Meeting - 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology.. BrBOL - Brazilian consortium for molecular identification of biodiversity.. 2011. (Congresso).

8.
X-Meeting - 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology.. Assessing the efficiency of multiple sequence alignment programs.. 2011. (Congresso).

9.
17th Annual Inyternational Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology & 8th European Conference on Computational Biology. Computational identification and characterization of elements associated with structural order and disorder in Leishmania ssp. predicted proteome.. 2009. (Congresso).

10.
Simpósio Interdisciplinar Física+Bioinformática.The role of protein disorder in Leishmania spp. genome: An overview from a database perspective.. 2009. (Simpósio).

11.
X-meeting - 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computacional Biology. 2009. (Congresso).

12.
11º International Symposium on Schistosomiase.Preliminary Profile of the Biomphalaria glabrata Transcriptome: An Expressed Sequence Tag Analysis. 2008. (Simpósio).

13.
Biologia do Schistossoma mansoni: do Laboratório à Pesquisa Clínica. 2008. (Congresso).

14.
X-meeting - 4th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computacional Biology. Computational identification and characterization of elements associated with structural order and disorder in Leishmania braziliensis predicted proteome.. 2008. (Congresso).

15.
X-meeting - 3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computacional Biology. A pipeline for mapping intra and interspecies putative rearrangements at chromosomal ends in L. major, L. infantum and L. braziliensis genomes. 2007. (Congresso).

16.
XV Jornada de Iniciação Científica do Centro de Pesquisas René Rachou/Fiocruz.Identificação de rearranjos associados as extremidades dos cromossomos de L. major. 2007. (Outra).

17.
II Seminário sobre Rotas Tecnológicas da Biotecnologia: Oportunidades de Investimentos e Inovações. 2006. (Seminário).

18.
ISMB - 14th Annual Internacional Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology. 14th Annual Internacional Conference on Intelligent Systems for Molecular BiologyCharacterization of putative chromosomal rearrangements related to chromosomes ends between Leishmania species. An in silico approach.. 2006. (Congresso).

19.
IV Semana da Informática Biomédica.Identificação de rearranjos associados as extremidades dos cromossomos de L. major. 2006. (Outra).

20.
II Semana da Informática Biomédica. 2005. (Outra).

21.
XXII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology and XXXIII Annual Meeting on basic research in Chagas Disease. In silico identification of putative chromosomal rearrangements in Leishmania species. 2005. (Congresso).

22.
XXII Annual Meeting of the Brazilian Society of Protozoology and XXXIII Annual Meeting on Basic Research in Chagas Disease. In silico identification of putative chromosomal rearrangements in Leishmania species. 2005. (Congresso).

23.
IX Congresso Brasileiro de Informática em Saúde. 2004. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões concluídas
Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Thais Couto Laureano. Investigação in silico de potenciais RNAs não codificadores derivados de UTR (uaRNAs) em genes de proteínas ribossômicas de Leishmania major. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo. Orientador: Patrícia de Cássia Ruy.



Educação e Popularização de C & T



Cursos de curta duração ministrados
1.
RUY, P. C.. Introdução a Bioinformática. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

2.
CRUZ, A. K. ; RUY, P. C. ; Castro, F. F. ; Ferreira, T. R. ; Alves, E. V. C. ; Santos, R. F. ; Bório, J. . Modulação da virulência em Leishmania por genética reversa. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Outra).



Outras informações relevantes


Exame de proficiência em inglês TEAP - nota 96
Exame de proficiência em inglês TOEFL - nota 81



Página gerada pelo Sistema Currículo Lattes em 17/11/2018 às 3:22:42