Rommel Thiago Juca Ramos

Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 2

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  • Última atualização do currículo em 17/09/2018


Engenheiro de computação com mestrado e doutorado em Bioinformática (UFPA). Atualmente é professor Adjunto III da Faculdade de Biotecnologia (ICB/UFPA), orientador nos Programas de Pós-graduação: Bioinformática - UFMG (CAPES 7), Genética e Biologia Molecular - UFPA (CAPES 6), Biotecnologia - UFPA (CAPES 4) e Ciência da Computação - UFPA (CAPES 4). Atuando com biologia computacional, realiza o desenvolvimento de ferramentas computacionais para manipulação e integração biológicos, além de montagem de dados genômicos e transcriptômicos (RNA-SEQ), ambos oriundos de plataformas NGS, e análise de elementos reguladores da expressão gênica. Eleito membro afiliado da Academia Brasileira de Ciências (2018-2022).
(Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Rommel Thiago Juca Ramos
Nome em citações bibliográficas
Ramos, R. T. J.;Ramos, Rommel T. J.;Ramos, Rommel;Ramos, Rommel TJ;Ramos, Rommel Thiago Jucá;Juca Ramos, R. T.;Rommel T. J. Ramos;Ramos, RT;Ramos, Rommel T.J.;Ramos, R.;Ramos, Rommel Thiago J;Thiago Jucá Ramos, Rommel;Ramos, Rommel Thiago;THIAGO JUCA RAMOS, R.;Rommel TJ Ramos;Rommel TJ;RAMOS, R.T.J.;RAMOS, ROMMEL T;THIAGO JUCA RAMOS, ROMMEL;JUCA RAMOS, ROMMEL;RAMOS, ROMMEL T.;RAMOS, ROMMEL THIAGO JUCA;RAMOS, ROMMEL T J

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Federal do Pará, Instituto de Ciências Biológicas, Centro de Genômica e Biologia de Sistemas.
Rua Augusto Corrêa, 01
Guamá
66075970 - Belém, PA - Brasil
Telefone: (91) 32018426
URL da Homepage: http://www.genoma.ufpa.br


Formação acadêmica/titulação


2011 - 2012
Doutorado em Pós-Graduação em Genética e Biologia Molecular.
Universidade Federal do Pará, UFPA, Brasil.
Título: Pipeline para obtenção de genomas bacterianos por sequenciamento semicondutor (Grau de doutor obtido com louvor), Ano de obtenção: 2012.
Orientador: Artur Luiz da Costa da Silva.
Palavras-chave: Bioinformática; montagem de genomas; Sequenciador semi-condutor.
2008 - 2011
Mestrado em Genética e Biologia Molecular.
Universidade Federal do Pará, UFPA, Brasil.
Título: Desenvolvimento de um suite de aplicativos computacionais para suporte à montagem de genomas bacterianos a partir de leituras curtas,Ano de Obtenção: 2011.
Orientador: Artur Luiz da Costa da Silva.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Bioinformática; Biologia molecular; Genoma; Qualidade de sequências.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Linguagens de Programação.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética.
2007 - 2008
Especialização em Gerência de Projetos de Softwares. (Carga Horária: 360h).
Universidade Federal do Pará, UFPA, Brasil.
Título: Garantia da Qualidade na Engenharia de Requisitos.
Orientador: Arnaldo José de Miranda.
2002 - 2003
Especialização em Redes de Computadores. (Carga Horária: 360h).
Universidade Federal do Pará, UFPA, Brasil.
Título: Acesso a uma base de dados via web.
Orientador: Francisco Edson Rocha.
2003 - 2007
Graduação em Engenharia de Computação.
Faculdade Estácio de Belém, Estácio Belém, Brasil.
Título: Arquitetura para um SMA no contexto de um ambiente de treinamento em SQL.
Orientador: Silvana Rossy Brito.
2000 - 2002
Graduação em Analista de Sistemas.
Universidade da Amazônia, UNAMA, Brasil.




Formação Complementar


2009 - 2009
Extensão universitária em V Curso de Verão em Bioinformárica. (Carga horária: 70h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2008 - 2008
Curso de Implementador MPS-BR. (Carga horária: 24h).
Núcleo Softex Campinas, SOFTEX CAMPINAS, Brasil.
2008 - 2008
Análise de Pontos de Função: Fundamentos. (Carga horária: 8h).
FATTO, FATTO, Brasil.
2008 - 2008
Capacitação Análise de Pontos de Função. (Carga horária: 16h).
FATTO, FATTO, Brasil.
2007 - 2007
Curso de Introdução ao MPS-BR. (Carga horária: 16h).
Sociedade para Promoção da Excelência do Software Brasileiro, SOFTEX, Brasil.


Atuação Profissional



Instituto Tecnológico de Santo Domingo, INTEC, República Dominicana.
Vínculo institucional

2018 - Atual
Vínculo: , Enquadramento Funcional:


Fundação de Apoio à Educação Tecnológica, Pesquisa e Extensão do CEFET/PA, FUNCEFET/PA, Brasil.
Vínculo institucional

2012 - 2013
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Professor PARFOR

Atividades

07/2013 - 08/2013
Ensino, Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Gerência de Projetos
01/2013 - 01/2013
Ensino, Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Gerência de Projetos
09/2012 - 09/2012
Ensino, Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Engenharia de Softwares Educacionais

Universidade Federal do Pará, UFPA, Brasil.
Vínculo institucional

2017 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto III, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2015 - 2017
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Professor Adjunto II, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2013 - 2015
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Professor Adjunto I, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2012 - 2013
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Assistente I, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2008 - 2012
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Estudante, Carga horária: 40
Outras informações
Realização de projeto de bioinformática: montagem de genomas e anotação com dados do sequenciador SOLID.

Atividades

03/2016 - Atual
Direção e administração, Instituto de Ciências Biológicas, .

Cargo ou função
Coordenador da Especialização lato sensu em Biologia Computacional (UFPA Portaria 4367/2015).
06/2013 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Biológicas, Biotecnologia.

Cargo ou função
Membro do Núcleo Docente Estruturante.
10/2008 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Ciências Biológicas, Laboratório de Polimorfismo de DNA.

02/2015 - 07/2015
Ensino, Biotecnologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Aspectos Gerais de Bioprospecção
02/2015 - 07/2015
Ensino, Biotecnologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Programação para Bioinformática
06/2015 - 06/2015
Ensino, Genética e Biologia Molecular, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Algoritmos em Bioinformática
08/2014 - 12/2014
Ensino, Biotecnologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática
08/2014 - 12/2014
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Seminários Temáticos Regionais
11/2014 - 11/2014
Ensino, BIOTECNOLOGIA, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Abordagens de Bioinformática para análises transcriptômicas
02/2014 - 07/2014
Ensino, Biotecnologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Bioprospecção
Simulação Computacional de Aminoácidos e Proteínas
06/2014 - 06/2014
Ensino, Genética e Biologia Molecular, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Algoritmos em Bioinformática
06/2014 - 06/2014
Ensino, BIOTECNOLOGIA, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática
12/2013 - 12/2013
Ensino, BIOTECNOLOGIA, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Abordagens de Bioinformática para análises transcriptômicas
08/2013 - 12/2013
Ensino, Biotecnologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática
08/2013 - 08/2013
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Seminários Temáticos Regionais
03/2013 - 08/2013
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática
03/2013 - 08/2013
Ensino, Biomedicina, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática
03/2013 - 08/2013
Ensino, Biotecnologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Bioprospecção
Simulação Computacional de Aminoácidos e Proteínas
06/2013 - 06/2013
Ensino, BIOTECNOLOGIA, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática
11/2012 - 02/2013
Ensino, Biotecnologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática
11/2012 - 02/2013
Ensino, Biomedicina, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática
11/2012 - 02/2013
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Seminários Temáticos Regionais
04/2012 - 10/2012
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática
02/2012 - 7/2012
Ensino, Biotecnologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Bioprospecçãob
Simulação Computacional de Aminoácidos e Proteínas
03/2012 - 05/2012
Ensino, Biomedicina, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Bioinformática

Faculdade de Estudos Avançados do Pará, FEAPA, Brasil.
Vínculo institucional

2010 - 2012
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Horista, Carga horária: 8

Atividades

08/2011 - 01/2012
Ensino, Sistemas de Informação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Algoritmos
Estrutura de Dados II
Sistemas Distribuídos
08/2010 - 12/2011
Ensino, Sistemas de Informação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Análise e Projeto de Sistemas III
02/2011 - 07/2011
Ensino, Sistemas de Informação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Análise e Projeto de Sistemas III
Organização e Arquitetura de Computadores
03/2010 - 07/2010
Ensino, Sistemas de Informação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Análise e projeto de Sistemas III
Projeto de Banco de dados

Universidade do Estado do Pará, UEPA, Brasil.
Vínculo institucional

2011 - 2011
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Professor

Atividades

01/2011 - 01/2011
Ensino, BIOLOGIA PARASITÁRIA NA AMAZÔNIA, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Biologia Molecular de Arbovírus

Faculdade Ideal, FACI, Brasil.
Vínculo institucional

2010 - 2010
Vínculo: Professor, Enquadramento Funcional: horista, Carga horária: 30

Atividades

08/2010 - 08/2010
Ensino, Gestão de TI, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Gestão de Projetos

Centro de Pesquisas René Rachou, CPqRR, Brasil.
Vínculo institucional

2009 - 2009
Vínculo: Estágio, Enquadramento Funcional: Colaborador, Carga horária: 40
Outras informações
O projeto visa a implementação de um pipeline para análise e montagem de genomas bacterianos sequenciados com tecnologias de next-generation (principalmente o SOLiD) e a realização da montagem e anotação de genomas de forma 'ab initio'. Projeto realizado em parceria com o Laboratório de Polimorfismo de DNA da Universidade Federal do Pará. Coordenadores do projeto: Prof. Dr. Artur Silva e Prof. Dr. Vasco Azevedo e Prof. Dr. Jerônimo Ruiz.


Faculdade de Castanhal, FCAT, Brasil.
Vínculo institucional

2007 - 2008
Vínculo: Professor Visitante, Enquadramento Funcional: Professor Horista, Carga horária: 32

Atividades

02/2009 - 07/2009
Ensino, Redes de Computadores, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Programação orientada à objetos
Programação para administradores de redes
08/2008 - 12/2008
Ensino, Redes de Computadores, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Programação orientada à objetos
Programação para administradores de redes
08/2008 - 12/2008
Ensino, Ciências Contábeis, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Informática
08/2008 - 12/2008
Ensino, Agronegócios, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Informática
02/2008 - 07/2008
Ensino, Redes de Computadores, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Programação para administradores de redes
Algoritmos e Lógica de Programação
02/2008 - 07/2008
Ensino, Ciências Contábeis, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Informática
02/2008 - 07/2008
Ensino, Agronegócios, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Informática
09/2007 - 12/2007
Ensino, Redes de Computadores, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Algoritmos e Lógia de Programação

JD Consultores, JD, Brasil.
Vínculo institucional

2007 - 2008
Vínculo: Funcionário, Enquadramento Funcional: Analista de Suporte, Carga horária: 40
Outras informações
Suporte ao sistema de pagamento brasileiro - SPB do banco da Amazônia. Suporte a infra-estrutura do SPB: rede de computadores, banco de dados Sql server 2005 e aos usuários do sistema.


Edukanet Desenvolvimento e Comércio de Software, EDUKANET, Brasil.
Vínculo institucional

2007 - 2009
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Desenvolvedor


Universidade da Amazônia, UNAMA, Brasil.
Vínculo institucional

2003 - 2007
Vínculo: Funcionário, Enquadramento Funcional: Analista de Sistemas, Carga horária: 44
Outras informações
Desenvolvimento de sistemas para uso acadêmico: processo seletivo, colação de grau, dentre outros. Utilizando linguagem JAVA, delphi, asp , e padrões de projeto: Struts, DAO. Suporte ao banco de dados SQL Server: manutenção e administração;

Vínculo institucional

2002 - 2003
Vínculo: Funcionário, Enquadramento Funcional: Programador, Carga horária: 44
Outras informações
Desenvolvimento de softwares com Active Server Pages, delphi e visual basic e banco de dados SQL Server.


Xerox do Brasil, XBR, Brasil.
Vínculo institucional

2000 - 2002
Vínculo: Estagiário, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 20
Outras informações
Atuando no suporte equipamentos Xerox que possuiam conectividade. Executando trabalho de pré-venda junto aos Analistas da Empresa. Participando de treinamentos de vendas: Bayer Focused Selling. Desenvolvimento de logomarcas da Filial Belém, e vencedor na criação da marca da região norte. Colaboração no desenvolvimento de formulários PCL e Postgree para os clientes da empresa. Conhecimentos em Gerenciamento Eletrônico de Documentos.


Serviço Social da Industria, SESI, Brasil.
Vínculo institucional

2001 - 2002
Vínculo: Estágio, Enquadramento Funcional: Estágio, Carga horária: 20
Outras informações
Dentre as atividades realizadas destacan-se o suporte ao usuário quanto ao uso de softwares e ao desenvolvimento de sistemas para utilização interna. Foi desenvolvido um software de gerência de atendimentos odontológicos e gerência de atividades( modalidades esportivas oferecidas). A adminitração da rede de computadores no Centro de Atendimento ao traablhados - CAT, também foi feita com minha participação.


Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
Vínculo institucional

2018 - Atual
Vínculo: Professor, Enquadramento Funcional: Professor Permanente, Carga horária: 5
Outras informações
Membro Permanente do Programa de Pós-graduação em Bioinformática



Linhas de pesquisa


1.
Transcriptômica (NGS)
2.
Montagem de Genomas (NGS)
3.
Bioinformática
4.
Tecnologias web para Integração de dados Biológicos


Projetos de pesquisa


2018 - Atual
Prospección de la resistencia a antibióticos y diversidad microbiana en los afluentes circundantes de la ciudad de Santo Domingo, a través de técnicas de metagenómica y NGS
Descrição: O objetivo desta pesquisa é caracterizar a diversidade microbiana, assim como identificar e caracterizar a resistência e mecanismos de transferência de resistência a antibióticos entre o ambiente e o homem, nos rios que circundam a cidade Santo Domingo na Republica Dominicana. O entendimento das comunidades microbianas permitirá o desenvolvimento de estratégias e metodologias com o objetivo de reduzir o impacto e os riscos que as bactérias resistentes a antibióticos podem causar. Assim, criaremos um banco de dados de monitoramento ambiental apresentando as características de cada uma das áreas impactadas.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (3) .
Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Coordenador / Artur Luis da Costa da Silva - Integrante / Rafael Baraúna - Integrante / Omar Paíno Perdomo Sánchez - Integrante / Luis Enrique Rodríguez - Integrante / Edian Franklin de Los Santos - Integrante / Rosanna Carreras - Integrante / Víctor V. Calderón SotoEsperanza E. Mendoza Reyes - Integrante.Financiador(es): Instituto Tecnológico de Santo Domingo - Cooperação.
2017 - Atual
Estudo do Interatoma de Corynebacterium pseudotuberculosis em linhagem celular de Mus musculus
Descrição: Universal 01/2016 - Faixa B.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (6) / Doutorado: (6) .
Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Coordenador / Vasco - Integrante / Pacheco, Luis G. C. - Integrante / Flavia Aburjaile - Integrante / BARAUNA, R. A. - Integrante / Artur Luiz Da Costa da Silva - Integrante / Siomar Castro Soares - Integrante / Adriana R Carneiro - Integrante / Luís Carlos Guimarães - Integrante / Adonney Allan de Oliveira Veras - Integrante / kenny C Pinheiro - Integrante / Yan Pantoja - Integrante / LOPES DE SOUSA, AILTON - Integrante / Jefferson Magalhães de Moraes - Integrante / Amalia Raiana Fonseca Lobato - Integrante / Gabriel Rosa Santos Muge - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1
2015 - Atual
Identificação de Proteínas Efetoras do Sistema de Secreção Tipo VII de Corynebacterium pseudotuberculosis sob condições de estresse biologicamente relevantes e avaliação dos seus papéis nos mecanismos de interação com o hospedeiro

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Artur Luiz da Costa da Silva em 06/08/2015.
Descrição: A linfadenite caseosa é uma enfermidade crônica causada por bactérias Gram-positivas, intracelulares facultativas, da espécie Corynebacterium pseudotuberculosis, que acomete pequenos ruminantes. Essa bactéria pode infectar tanto animais de importância econômica (por ex. caprinos, ovinos, bovinos e equinos) quanto animais silvestres e o homem. A patologia é caracterizada pela presença de granulomas nos linfonodos viscerais e superficiais, ocasionando grandes perdas econômicas decorrente da condenação de carcaças, pele e reprodutividade reduzida. No Brasil, estimativas demonstram que a maior parte dos rebanhos esteja infectada, fato esse que é agravado pela inexistência de métodos profiláticos satisfatórios para o controle da LC. Ainda há um conhecimento restrito sobre os determinantes moleculares de virulência de C. pseudotuberculosis, bem como sobre o controle da sua expressão gênica. Sabe-se que durante o processo infeccioso, essa bactéria é exposta a uma gama de diferentes ambientes, desde o ponto de entrada no hospedeiro, passando pelo sistema linfático, até a replicação intracelular dentro de macrófagos e o estabelecimento de lesões. Dessa forma, a resposta bacteriana aos estresses intracelulares representa um importante fator atuante nesse processo. Muitas proteínas secretadas por agentes patogênicos são liberadas ou "injetadas" às células hospedeiras para modificar a fisiologia celular e promover a colonização com o auxílio de proteínas efetoras e toxinas. Uma maquinaria de secreção específica das bactérias Gram-positivas é o sistema do tipo VII (T7SS), que tem sido amplamente descrito em M. tuberculosis por ser constituído de três proteínas essenciais para a virulência desta bactéria. Há relatos da presença desse sistema nas corinebactérias, mas não tem sido estudado profundamente até o momento. Nesse contexto, o objetivo deste projeto é identificar e avaliar as proteínas efetoras (PEs) do T7SS de C. pseudotuberculosis, levando em consideração as condições do ambiente intracelular. Para isso, iremos submeter a bactéria à condições de estresse e identificar as proteínas diferencialmente expressas. Paralelamente, serão geradas linhagens mutantes para PEs do T7SS para avaliar a viabilidade dos macrófagos infectados com essas linhagens. Finalmente, iremos avaliar a persistência da enfermidade em camundongos após a infecção com as linhagens mutantes, assim como a produção de citocinas. Esperamos que através desse projeto novas PEs importantes para a virulência de C. pseudotuberculosis sejam identificadas sob condições de estresse, e assim possamos avançar nossos estudos na busca por métodos mais eficazes para controlar as doenças causadas por esse patógeno.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2015 - Atual
ARTEMan:Transferência de resistência a antibióticos entre o Ambiente e o Homem

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Artur Luiz da Costa da Silva em 06/08/2015.
Descrição: Projeto de cooperação internacional FCT CAPES Edital CAPES-FCT 039/2014. Universidade de Aveiro Profa. Dra. Isabel da Silva Henriques..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
O genoma do búfalo do Marajó

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Artur Luiz da Costa da Silva em 06/08/2015.
Descrição: Recentes avanços na biologia molecular tem levado a uma rápida obtenção de genomas completos de animais domésticos. Em relação a genômica aplicada a pecuária foram identificadas regiões gênicas ligadas a produção e qualidade do leite e queijo, a incidência de doenças hereditárias, resistência e susceptibilidade a verminose, maciez e marmoreio da carne, ganho de peso, entre outras. A tendência é um aumento na geração de novas informações sobre regiões gênicas e genes que possam influenciar na produção, saúde e qualidade das populações de animais criadas para alimentação humana. Estas informações tiveram um grande impacto no delineamento de novas opções tecnológicas para os sistemas produtivos, destacando-se as associadas ao melhoramento genético. Os programas de melhoramento genético animal estão baseados na correta identificação de animais superiores, que serão os progenitores das futuras gerações. Técnicas reprodutivas, tais como inseminação artificial e transferência de embriões, vêm sendo utilizadas pelos pesquisadores para aumentar o número de progênies de animais geneticamente superiores. Em 2008 o Governo do Pará implanta sua Rede Genoma consolidando a competência em Genômica e Bioinformática na Região Amazônica. Esta ação governamental visa a oferta de serviços biotecnológicos que atendam à demanda da sociedade paraense e da região. Atividades de pesquisa e ensino desenvolvidas na Rede Genoma Pará permitiram a criação de um núcleo atuante em Genômica e Bioinformática no Brasil, que hoje conta com 51 projetos de sequenciamento de micro-organismos no NCBI, fazendo deste programa de pesquisa o maior colaborador latino americano junto ao NCBI. Um outro feito que merece destaque foi a recente publicação do primeiro genoma de um ameríndio realizado integralmente na UFPA..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Artur Luis da Costa da Silva - Coordenador / Silvanira - Integrante / Adriana R Carneiro - Integrante.Financiador(es): Fundação Amazônia Paraense de Amparo à Pesquisa - Auxílio financeiro.
2014 - Atual
Estudo do interatoma e exossoma em Corynebacterium pseudotuberculosis para pesquisa de novos alvos terapêuticos
Descrição: Micro-organismos do gênero Corynebacterium são classificados no grupo CMNR, do qual também fazem parte os gêneros Mycobacterium, Nocardia e Rhodococcus. Este compreende um dos grupos mais importantes do domínio bactéria, pois contém espécies de interesse médico, veterinário e biotecnológico (Khamis et al., 2004; Dorella et al., 2006). Dentre estas espécies podemos destacar o patógeno de animais Corynebacterium pseudotuberculosis, que é o agente etiológico da linfadenite caseosa (CLA caseous lymphadenitis), uma doença que acomete principalmente ovinos e caprinos ao redor de todo o mundo (Dorella et al., 2006). Mundialmente, o Agronegócio vem sofrendo perdas consideráveis em decorrência da infecção provocada pela bactéria patogênica C. pseudotuberculosis em seus diferentes hospedeiros. Esta bactéria foi inicialmente identificada como micro- organismo causador da linfadenite caseosa em caprinos e ovinos, porém também já foi isolada de outras espécies, como camelídeos, bovinos, bubalinos, equinos causando linfangite ulcerativa e até em humanos (Yeruham et al., 2004; Williamson, 2001; Selim, 2001), e ainda não existem soluções para combater eficientemente as doenças provocadas por este micro-organismo. O Brasil tornou-se referência na análise molecular desta espécie, e até junho de 2013, 15 linhagens de C. pseudotuberculosis foram isoladas e tiveram seus genomas sequenciados e analisados, revelando importantes características da espécie e agregando novos conhecimentos a cerca da problemática econômica e biológica da C. pseudotuberculosis (Soares et al., 2013). A linfadenite caseosa, caracteriza-se pela formação de abscessos contendo pus de coloração amarelo esverdeado e consistência viscosa. Pode ocorrer sob duas formas clínicas, uma superficial que acomete os linfonodos palpáveis (LC externa), e outra forma visceral que acomete os linfonodos internos (LC visceral) e órgãos como pulmão, rim, fígado (Dorella et al., 2006). O tratamento é feito principalmente pelo uso de antibióticos, porém apresenta um custo elevado e é pouco eficaz, uma vez que as drogas não penetram na cápsula dos abscessos. Por isso a importância de se desenvolver uma vacina potente, segura e realmente protetora. Algumas vacinas já vêm sendo pesquisadas, inclusive de DNA, mas o resultado ainda não é satisfatório (Dorella et al., 2006; Baird & Fontaine, 2007). O diagnóstico da linfadenite caseosa é principalmente clínico. Observa-se no animal acometido, a formação de grandes caroços, geralmente na cabeça, mandíbula e pescoço. Por ser contagiosa, a doença propaga-se nos rebanhos principalmente pelo contato direto entre animais. Em alguns casos, a infecção produz poucos sintomas evidentes, permanecendo indetectável até que um exame post-mortem seja realizado. Assim, o diagnóstico clínico tardio é um dos principais problemas (Alves & Pinheiro, 2000). Quando se verifica a lesão nodular (o caroço), o animal já pode estar francamente comprometido, com perda de peso e do rendimento da produção de carne e/ou leite. Neste caso a única solução, para evitar a propagação, é o descarte de animais acometidos, inclusive a carcaça, não havendo sequer o aproveitamento do couro (Veschi, 2005). O tamanho e a severidade da lesão dependem do número inicial de microrganismo que penetraram no tecido do hospedeiro, da velocidade de multiplicação do microrganismo e da susceptibilidade do hospedeiro em se defender da bactéria, entretanto isso parece ter pouca relação com a duração da infecção. A patogenia tem início quando bactérias penetram no organismo, se multiplicam e são fagocitadas. A sobrevivência intracelular em fagócitos é o principal fator para a disseminação e a eventual formação dos abscessos, que é mediado pelos fatores de virulência (Jolly, 1966)..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (3) .
Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Artur Luis da Costa da Silva - Integrante / Vasco Ariston de Carvalho Azevedo - Integrante / Adriana Ribeiro Carneiro - Coordenador.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
2014 - Atual
Rede de Cooperação Acadêmica em Genômica Funcional e Biologia De Sistemas de Microrganismos

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Artur Luiz da Costa da Silva em 11/08/2015.
Descrição: EDITAL N 071/2013 - PROGRAMA NACIONAL DE COOPERAÇÃO ACADÊMICA - PROCAD..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2013 - 2016
CoryDB - um ambiente computacional para integração de estudos genômicos e transcriptômicos de Corynebacterium pseudotuberculosis
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (4) / Doutorado: (8) .
Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Coordenador / Artur Luis da Costa da Silva - Integrante / Anne Cybelle Pinto - Integrante / Pacheco, Luis G. C. - Integrante / Schneider, Maria P. - Integrante / RIBEIRO CARNEIRO, A. - Integrante / Vasco Ariston de Carvalho Azevedo - Integrante / Pablo Henrique Caracciolo Gomes de Sá - Integrante / Joana Montezano Marques - Integrante.
2013 - Atual
Análise Pangenômica de Corinebactérias Patogênicas Emergentes

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Artur Luiz da Costa da Silva em 07/01/2014.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2013 - Atual
Análise do perfil transcricional de Corynebacterium pseudotuberculosis biotipo equi sob condições de estresses ambientais
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2013 - Atual
Avaliação do Potencial de Biorremediação da Amazônia Atlântica pela Indústria de Petróleo

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Artur Luiz da Costa da Silva em 11/08/2015.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2013 - Atual
Rede de cooperação acadêmica para o estudo e desenvolvimento de ferramentas para a genômica estrutural e funcional

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Vasco Ariston de Carvalho Azevedo em 13/08/2014.
Descrição: CAPES Edital nº 51/2013 BIOLOGIA COMPUTACIONAL.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2013 - Atual
Avaliação do Potencial de Biorremediação da Amazônia Atlântica pela Indústria de Petróleo

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Artur Luiz da Costa da Silva em 07/01/2014.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2013 - Atual
A Vida Microbiana na Criosfera Antártica: Mudanças Climáticas e Bioprospecção (MICROSFERA)

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Artur Luiz da Costa da Silva em 07/01/2014.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2013 - Atual
Reconstrução e Modelagem de Vias Metabólicas em Escala de Genoma da Cianobacteria Microcystis aeruginosa SPC777
Descrição: O projeto visa Identificar vias metabólicas da Microcystis aeruginosa SPC77 a partir do genoma completo do micro-organismo, desenvolver modelo in silico da Microcystis aeruginosa SPC77 e usar este modelo para identificar produtos de interesse biotecnológico bem como melhorar a sua produtividade..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2011 - 2014
Genes Biossintéticos e produtos naturais bioativos de cianobactérias da Amazônia: Fronteiras em biotecnologia
Descrição: Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico-CNPq Convênio CNPq/Rede Bionorte R$ 1.0.13.014,10.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2011 - 2013
Implantação de tecnologias para produção de proteínas recombinantes no Laboratório de Engenharia Biológica do PCT-Guamá
Descrição: Fapespa R$ 119.623,00.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2011 - 2013
Genética aplicada ao monitoramento e conservação da ictiofauna
Descrição: Norte Energia AS R$ 1.000.063,10.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2011 - Atual
Análise da genômica funcional de Corynebacterium pseudotuberculosis biotipos ovis e equi sob diferentes condições de estresse biologicamente relevantes

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Artur Luiz da Costa da Silva em 14/05/2013.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2010 - Atual
Genoma de aves brasileiras, filogenômica, especiação, conservação e redes gênicas neurais ligadas ao canto (Beija-flor e sabiá) e imitação da fala (Papagaios) - Sisbioaves
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Schneider, Maria Paula C. - Coordenador / Maria Sueli Felipe - Integrante / Claudio Mello - Integrante / Evonnildo Gonçalves - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2009 - 2012
Núcleo Amazônico de Excelência em Genômica de Microorganismos
Descrição: CNPq/Fapespa R$ 629.719,34.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (5) / Mestrado acadêmico: (10) / Doutorado: (5) .
Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Artur Luis da Costa da Silva - Coordenador.Financiador(es): Fundação Amazônia Paraense de Amparo à Pesquisa - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2008 - 2012
Rede Paraense de Genômica e Proteômica
Descrição: Fapespa R$ 1.999.922,40.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (10) / Mestrado acadêmico: (30) / Doutorado: (10) .
Integrantes: Rommel Thiago Juca Ramos - Integrante / Artur Luis da Costa da Silva - Coordenador.Financiador(es): Fundação Amazônia Paraense de Amparo à Pesquisa - Auxílio financeiro.
2008 - 2012
Rede de cooperação acadêmica para o estudo da biodiversidade microbiana Amazônica e suas aplicações biotecnológicas
Descrição: PROCAD/CAPES R$ 300.000,00.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.


Membro de corpo editorial


2017 - Atual
Periódico: Frontiers in Genetics
2017 - Atual
Periódico: Frontiers in Microbiology (Online)


Revisor de periódico


2014 - Atual
Periódico: Molecular Informatics
2014 - Atual
Periódico: BMC Microbiology (Online)
2015 - Atual
Periódico: Genetics and Molecular Biology (online version)
2015 - Atual
Periódico: Virulence
2015 - Atual
Periódico: BMC Genomics
2015 - Atual
Periódico: BMC Bioinformatics
2016 - Atual
Periódico: FEMS Microbiology Letters
2017 - Atual
Periódico: Bioinformatics (Oxford. Online)


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Biologia Computacional.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica e Transcriptômica (NGS).


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Prêmios e títulos


2018
Membro afiliado da Academia Brasileira de Ciências (2018-2022), Academia Brasileira de Ciências.
2010
Professor Homenageado ( Redes de Computadores), Faculdade de Castanhal.
2010
Paraninfo da turma de Redes de Computadores 5SIN1, Faculdade de Castanhal.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:86
Total de citações:399
Fator H:12
Ramos, Rommel Thiago J  Data: 28/08/2018

SCOPUS
Total de trabalhos:85
Total de citações:590
Ramos, Rommel Thiago Jucá  Data: 24/10/2017

Outras
Total de trabalhos:134
Total de citações:1159
Rommel Ramos  Data: 21/08/2018

Artigos completos publicados em periódicos

1.
ESLABAO, M.2018ESLABAO, M. ; KREMER, F. S. ; Ramos, R. T. J. ; Silva, A. ; AZEVEDO, V. ; PINTO, L. S. ; SILVA, E. F. ; DELLAGOSTIN, O. A. . Genome of Leptospira borgpetersenii strain 4E, a highly virulent isolate obtained from Mus musculus in southern Brazil. MEMORIAS DO INSTITUTO OSWALDO CRUZ, v. 113, p. 137-141, 2018.

2.
ARAUJO, FABRICIO ALMEIDA2018 ARAUJO, FABRICIO ALMEIDA ; Barh, Debmalya ; Silva, Artur ; Guimarães, Luis ; RAMOS, ROMMEL THIAGO JUCA . GO FEAT: a rapid web-based functional annotation tool for genomic and transcriptomic data. Scientific Reports, v. 8, p. 1794-1797, 2018.

3.
FERREIRA, DALILA SOUZA SANTOS2018FERREIRA, DALILA SOUZA SANTOS ; KATO, RODRIGO BENTES ; MIRANDA, FÁBIO MALCHER ; DA COSTA PINHEIRO, KENNY ; FONSECA, PAULA LUIZE CAMARGOS ; TOMÉ, LUIZ MARCELO RIBEIRO ; VAZ, ALINE BRUNA MARTINS ; BADOTTI, FERNANDA ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; BRENIG, BERTRAM ; DE CARVALHO AZEVEDO, VASCO ARISTON ; BENEVIDES, RAQUEL GUIMARÃES ; GÓES-NETO, ARISTÓTELES . Draft genome sequence of Trametes villosa (Sw.) Kreisel CCMB561, a tropical white-rot Basidiomycota from the semiarid region of Brazil. DATA IN BRIEF, v. 1, p. 1, 2018.

4.
DIAS, LARISSA M2018DIAS, LARISSA M ; FOLADOR, ADRIANA R C ; OLIVEIRA, AMANDA M ; RAMOS, ROMMEL T J ; Silva, Artur ; BARAÚNA, RAFAEL A . Genomic Architecture of the Two Cold-Adapted Genera Exiguobacterium and Psychrobacter: Evidence of Functional Reduction in the Exiguobacterium antarcticum B7 Genome. Genome Biology and Evolution, v. 10, p. 731-741, 2018.

5.
VERAS, ALLAN2018 VERAS, ALLAN ; ARAUJO, FABRICIO ; PINHEIRO, KENNY ; Guimarães, Luis ; Azevedo, Vasco ; Soares, Siomar ; DA COSTA DA SILVA, ARTUR ; Ramos, Rommel . Pan4Draft: A Computational Tool to Improve the Accuracy of Pan-Genomic Analysis Using Draft Genomes. Scientific Reports, v. 8, p. 9670, 2018.

6.
SANTOS, ANDRÉ S.2018SANTOS, ANDRÉ S. ; RAMOS, ROMMEL T. ; Silva, Artur ; Hirata, Raphael ; Mattos-Guaraldi, Ana L. ; Meyer, Roberto ; Azevedo, Vasco ; FELICORI, LIZA ; Pacheco, Luis G. C. . Searching whole genome sequences for biochemical identification features of emerging and reemerging pathogenic Corynebacterium species. Functional & Integrative Genomics, v. 18, p. 593-610, 2018.

7.
BARAÚNA, RAFAEL A.2017BARAÚNA, RAFAEL A. ; RAMOS, ROMMEL T. J. ; VERAS, ADONNEY A. O. ; PINHEIRO, KENNY C. ; BENEVIDES, LEANDRO J. ; VIANA, MARCUS V. C. ; GUIMARÃES, L. C. ; EDMAN, JUDY M. ; SPIER, SHARON J. ; Ramos, R. T. J. ; Silva, Artur . Assessing the Genotypic Differences between Strains of Corynebacterium pseudotuberculosis biovar equi through Comparative Genomics. Plos One, v. 12, p. e0170676, 2017.

8.
BARAÚNA, RAFAEL A.2017BARAÚNA, RAFAEL A. ; Ramos, R. T. J. ; VERAS, ADONNEY A. O. ; DE SÁ, PABLO H. C. G. ; GUIMARÃES, LUÍS C. ; DAS GRAÇAS, DIEGO A. ; Carneiro, Adriana R. ; EDMAN, JUDY M. ; SPIER, SHARON J. ; AZEVEDO, V. ; Silva, Artur . Genomic analysis of four strains of Corynebacterium pseudotuberculosis bv. Equi isolated from horses showing distinct signs of infection. Standards in Genomic Sciences, v. 12, p. 10101000-10101000, 2017.

9.
ARAÚJO, FABRÍCIO ALMEIDA2017ARAÚJO, FABRÍCIO ALMEIDA ; MARQUES, JOANA MONTEZANO ; DE MOURA, VITÓRIA ALMEIDA GONÇALVES ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; ANDRADE, SORAYA SILVA ; LIMA, ALYNE CRISTINA SODRÉ ; GUIMARÃES, LUIS CARLOS ; FOLADOR, ADRIANA RIBEIRO CARNEIRO ; Silva, Artur ; Ramos, Rommel T. J. . Draft Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain PA07 Biovar ovis , Isolated from a Sheep Udder in Amazonia. Genome Announcements, v. 5, p. e00040-17, 2017.

10.
VIANA, MARCUS VINICIUS CANÁRIO2017VIANA, MARCUS VINICIUS CANÁRIO ; FIGUEIREDO, HENRIQUE ; Ramos, Rommel ; GUIMARÃES, LUIS CARLOS ; PEREIRA, FELIPE LUIZ ; DORELLA, FERNANDA ALVES ; SELIM, SALAH ABDEL KARIM ; SALAHELDEAN, MOHAMMAD ; Silva, Artur ; WATTAM, ALICE R. ; Azevedo, Vasco . Comparative genomic analysis between Corynebacterium pseudotuberculosis strains isolated from buffalo. PLoS One, v. 12, p. e0176347, 2017.

11.
PANTOJA, YAN2017PANTOJA, YAN ; PINHEIRO, KENNY ; VERAS, ALLAN ; ARAÚJO, FABRÍCIO ; LOPES DE SOUSA, AILTON ; GUIMARÃES, LUIS CARLOS ; Silva, Artur ; Ramos, Rommel T. J. . PanWeb: A web interface for pan-genomic analysis. PLoS One, v. 12, p. e0178154, 2017.

12.
COSTA, WANA L. O.2017COSTA, WANA L. O. ; ALVES, JORIANNE T. C. ; DIAS, LARISSA M. ; ARAÚJO, CARLOS LEONARDO DE ARAGÃO ; MORAIS, EZIQUIEL ; SILVA, ANDRÉ G. M. ; ANDRADE, SORAYA S. ; Ramos, R. T. J. ; SILVA, A. ; FOLADOR, ADRIANA R. C. . Whole-Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis PA04, Isolated from the Lymph Node of a Sheep in the Amazon, Brazil. GENOME ANNOUNCEMENTS, v. 5, p. e00202-17, 2017.

13.
SANTOS, CAROLINA S.2017SANTOS, CAROLINA S. ; RAMOS, JULIANA N. ; VIEIRA, VERONICA V. ; PINHEIRO, CARINA S. ; Meyer, Roberto ; ALCANTARA-NEVES, NEUZA M. ; RAMOS, ROMMEL T. ; Silva, Artur ; Hirata, Raphael ; FELICORI, LIZA ; DE ALEGRÍA PUIG, CARLOS RUIZ ; NAVAS, JESÚS ; Azevedo, Vasco ; Mattos-Guaraldi, Ana L. ; PACHECO, LUIS G.C. . Efficient differentiation of Corynebacterium striatum , Corynebacterium amycolatum and Corynebacterium xerosis clinical isolates by multiplex PCR using novel species-specific primers. JOURNAL OF MICROBIOLOGICAL METHODS, v. 142, p. 33-35, 2017.

14.
BUSCARDO, ERIKA2017BUSCARDO, ERIKA ; GEML, JÓZSEF ; SCHMIDT, STEVEN K. ; SILVA, ARTUR L. C. ; Ramos, Rommel T. J. ; BARBOSA, SILVANIRA M.R. ; ANDRADE, SORAYA S. ; COSTA, RICARDO DALLA ; SOUZA, ANETE P. ; FREITAS, HELENA ; CUNHA, HILLÂNDIA B. ; NAGY, LASZLO . Of mammals and bacteria in a rain forest: temporal dynamics of soil bacteria in response to simulated N pulse from mammalian urine. FUNCTIONAL ECOLOGY, v. 1, p. 1, 2017.

15.
GOMIDE, ANNE CYBELLE PINTO2017GOMIDE, ANNE CYBELLE PINTO ; DE SÁ, PABLO GOMES ; CAVALCANTE, ANA LIDIA QUEIROZ ; DE JESUS SOUSA, THIAGO ; GOMES, LUCAS GABRIEL RODRIGUES ; RAMOS, ROMMEL THIAGO JUCA ; Azevedo, Vasco ; Silva, Artur ; FOLADOR, ADRIANA RIBEIRO CARNEIRO . Heat shock stress: Profile of differential expression in Corynebacterium pseudotuberculosis biovar Equi. GENE, v. 645, p. 124-130, 2017.

16.
40ALVES, JORIANNE T. C.2016ALVES, JORIANNE T. C. ; VERAS, ADONNEY A. O. ; CAVALCANTE, ANA LÍDIA Q. ; DE SÁ, PABLO H. C. G. ; DIAS, LARISSA M. ; Guimarães, Luis C. ; MORAIS, EZEQUIEL ; SILVA, ANDRÉ G. M. ; Azevedo, Vasco ; Ramos, Rommel T. J. ; Silva, Artur ; Carneiro, Adriana R. . Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain PA01, Isolated from Sheep in Pará, Brazil. Genome Announcements, v. 4, p. e01664-15, 2016.

17.
47DIAS, L. M.2016DIAS, L. M. ; ALVES, J. T. C. ; VERAS, A. A. O. ; BARÚNA, RAFAEL A. ; DE SA, P. H. C. G. ; SPIER, S. J. ; Edman, J. ; LUIS GUIMARAES ; ROCHA, F. ; Ramos, R. T. J. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. ; Carneiro,Adriana R . Whole-Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain 226, Isolated from the Abscess of a Goat in California. Genome Announcements, v. 4, p. 1, 2016.

18.
45GUIMARÃES, L. C.2016GUIMARÃES, L. C. ; LOPES, THIAGO ; Ramos, R. T. J. ; CARNEIRO, ADRIANA RIBEIRO ; CAVALCANTE, ANA LÍDIA QUEIROZ ; BARRETO, DIEGO ; DE SÁ, PABLO CARACCIOLO GOMES ; VERAS, ADONNEY ALLAN OLIVEIRA ; ROCHA, FLÁVIA SOUZA ; BAGANO, PRISCILLA ; PEREIRA, FELIPE LUIZ ; DORELLA, FERNANDA ALVES ; LEAL, CARLOS AUGUSTO ; CARVALHO, ALEX FIORINI ; BIZET, CHANTAL ; GUISO, NICOLE ; BADELL, EDGAR ; FIGUEIREDO, HENRIQUE CÉSAR PEREIRA ; Azevedo, Vasco ; Silva, Artur . Draft Genome Sequences of Two Pathogenic Corynebacterial Species Isolated from Cows. Journal of Genomics, v. 4, p. 7-9, 2016.

19.
42Guimarães, Luis C.2016Guimarães, Luis C. ; VIANA, MARCUS V. C. ; BENEVIDES, LEANDRO J. ; MARIANO, DIEGO C. B. ; VERAS, ADOONEY A. O. ; SÁ, PABLO H. C. ; ROCHA, FLÁVIA S. ; VILAS BOAS, PRISCILLA C. B. ; Soares, Siomar C. ; BARBOSA, MARIA S. ; Guiso, Nicole ; BADELL, EDGAR ; Carneiro, Adriana R. ; Azevedo, Vasco ; Ramos, R. T. J. ; SILVA, A. . Draft Genome Sequence of Strain 04-3911, Isolated from Humans. Genome Announcements, v. 4, p. e00171-16, 2016.

20.
43LEÃO, TIAGO2016LEÃO, TIAGO ; GUIMARÃES, PEDRO IVO ; DE MELO, ALINE GRASIELLE COSTA ; Ramos, R. T. J. ; LEÃO, PEDRO NUNO ; SILVA, A. ; FIORE, MARLI FATIMA ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz . Draft Genome Sequence of the N -Fixing Cyanobacterium CENA21, Isolated from the Brazilian Amazon Floodplain. Genome Announcements, v. 4, p. e00189-16, 2016.

21.
44Guimarães, Luis C.2016Guimarães, Luis C. ; VIANA, MARCUS V. C. ; BENEVIDES, LEANDRO J. ; MARIANO, DIEGO C. B. ; VERAS, ADOONEY A. O. ; SÁ, PABLO H. C. ; ROCHA, FLÁVIA S. ; VILAS BOAS, PRISCILLA C. B. ; Soares, Siomar C. ; BARBOSA, MARIA S. ; Guiso, Nicole ; BADELL, EDGAR ; Carneiro, Adriana R. ; Azevedo, Vasco ; Ramos, R. T. J. ; SILVA, A. . Draft Genome Sequence of Toxigenic Strain 04-7514, Isolated from a Dog in France. Genome Announcements, v. 4, p. e00172-16, 2016.

22.
48ARAÚJO, CARLOS LEONARDO DE A.2016ARAÚJO, CARLOS LEONARDO DE A. ; DIAS, LARISSA M. ; VERAS, ADONNEY A. O. ; ALVES, JORIANNE T. C. ; CAVALCANTE, ANA LÍDIA Q. ; DOWSON, CHRISTOPHER G. ; Azevedo, Vasco ; Ramos, R. T. J. ; SILVA, A. ; Carneiro, Adriana R. . Whole-Genome Sequence of 262 Biovar Isolated from Cow Milk. Genome Announcements, v. 4, p. e00176-16, 2016.

23.
41SANTOS, LEONARDO N.2016SANTOS, LEONARDO N. ; SILVA, EDUARDO S. ; SANTOS, ANDRÉ S. ; DE SÁ, PABLO H. ; RAMOS, ROMMEL T. ; Silva, Artur ; COOPER, PHILIP J. ; BARRETO, MAURÍCIO L. ; LOUREIRO, SEBASTIÃO ; PINHEIRO, CARINA S. ; ALCANTARA-NEVES, NEUZA M. ; PACHECO, LUIS G.C. . De novo assembly and characterization of the Trichuris trichiura adult worm transcriptome using Ion Torrent sequencing. Acta Tropica, v. 159, p. 132-141, 2016.

24.
46MARIANO, DIEGO CÉSAR BATISTA2016MARIANO, DIEGO CÉSAR BATISTA ; SOUSA, THIAGO DE JESUS ; PEREIRA, FELIPE LUIZ ; ABURJAILE, FLÁVIA ; Barh, Debmalya ; ROCHA, FLÁVIA ; PINTO, ANNE CYBELLE ; HASSAN, SYED SHAH ; SARAIVA, TESSÁLIA DINIZ LUERCE ; DORELLA, FERNANDA ALVES ; DE CARVALHO, ALEX FIORINI ; LEAL, CARLOS AUGUSTO GOMES ; FIGUEIREDO, HENRIQUE CÉSAR PEREIRA ; Silva, Artur ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; Azevedo, Vasco Ariston Carvalho . Whole-genome optical mapping reveals a mis-assembly between two rRNA operons of Corynebacterium pseudotuberculosis strain 1002. BMC Genomics, v. 17, p. 315, 2016.

25.
7DE SÁ, PABLO H. C. G.2016 DE SÁ, PABLO H. C. G. ; MIRANDA, FÁBIO ; VERAS, ADONNEY ; DE MELO, DIEGO MAGALHÃES ; Soares, Siomar ; PINHEIRO, KENNY ; Guimarães, Luis ; Azevedo, Vasco ; Silva, Artur ; Ramos, Rommel T. J. . GapBlaster-A Graphical Gap Filler for Prokaryote Genomes. Plos One, v. 11, p. e0155327, 2016.

26.
Guimarães, Luis C.2016Guimarães, Luis C. ; VIANA, MARCUS V. C. ; BENEVIDES, LEANDRO J. ; MARIANO, DIEGO C. B. ; VERAS, ADONNEY A. O. ; SÁ, PABLO H. C. ; ROCHA, FLÁVIA S. ; VILAS BOAS, PRISCILLA C. B. ; SOARES, SIOMAR C. ; BARBOSA, MARIA S. ; Guiso, Nicole ; BADELL, EDGAR ; Azevedo, Vasco ; Ramos, Rommel T. J. ; Silva, Artur . Draft Genome Sequence of Toxigenic Strain 03-8664 Isolated from a Human Throat. Genome Announcements, v. 4, p. e00719-16, 2016.

27.
KAWASAKI, REGIANE2016KAWASAKI, REGIANE ; BARAÚNA, RAFAEL A. ; Silva, Artur ; CAREPO, MARTA S. P. ; OLIVEIRA, RUI ; MARQUES, RODOLFO ; Ramos, Rommel T. J. ; SCHNEIDER, MARIA P. C. . Reconstruction of the Fatty Acid Biosynthetic Pathway of B7 Based on Genomic and Bibliomic Data. BIOMED RES INT, v. 2016, p. 1-9, 2016.

28.
MUGE, GABRIEL R. S.2016MUGE, GABRIEL R. S. ; VERAS, ADONNEY A. O. ; DE SÁ, PABLO H. C. G. ; CAVALCANTE, ANA LÍDIA QUEIROZ ; ALVES, JORIANNE THYESKA CASTRO ; MORAIS, EZEQUIEL ; SILVA, ANDRÉ G. M. ; GUIMARÃES, LUÍS C. ; Azevedo, Vasco ; FOLADOR, ADRIANA RIBEIRO CARNEIRO ; Silva, Artur ; Ramos, Rommel T. J. . Genome Sequence of Strain PA02 Isolated from an Ovine Host in the Amazon. Genome Announcements, v. 4, p. e00838-16, 2016.

29.
MARIANO, DIEGO C. B.2016MARIANO, DIEGO C. B. ; PEREIRA, FELIPE L. ; AGUIAR, EDGAR L. ; OLIVEIRA, LETÍCIA C. ; BENEVIDES, LEANDRO ; GUIMARÃES, LUÍS C. ; FOLADOR, EDSON L. ; SOUSA, THIAGO J. ; GHOSH, PREETAM ; Barh, Debmalya ; FIGUEIREDO, HENRIQUE C. P. ; Silva, Artur ; Ramos, Rommel T. J. ; AZEVEDO, VASCO A. C. . SIMBA: a web tool for managing bacterial genome assembly generated by Ion PGM sequencing technology. BMC Bioinformatics, v. 17, p. 65-72, 2016.

30.
57GUIMARAES, L. C.2015GUIMARAES, L. C. ; SOARES, S. C. ; Trost, Eva ; BLOM, J. ; RAMOS, R.T.J. ; SILVA, A. ; Barh, Debmalya ; AZEVEDO, V. . Genome informatics and vaccine targets in Corynebacterium urealyticum using two whole genomes, comparative genomics, and reverse vaccinology. BMC Genomics, v. 16, p. S7, 2015.

31.
52NALLURI, J. J.2015NALLURI, J. J. ; KAMAPANTULA, B. K. ; BARH, D. ; JAIN, N. ; BHATTACHARYA, A. ; ALMEIDA, S. S. ; RAMOS, R.T.J. ; SILVA, A. ; AZEVEDO, V. ; Ghosh, P. . DISMIRA: Prioritization of disease candidates in miRNA-disease associations based on maximum weighted matching inference model and motif-based analysis. BMC Genomics, v. 16, p. S12, 2015.

32.
55DE OLIVEIRA VERAS, ADONNEY ALLAN2015DE OLIVEIRA VERAS, ADONNEY ALLAN ; DA SILVA, MIRIAM LOPES ; GOMES, JAQUELINE CONCEIÇÃO MEIRELES ; DIAS, LARISSA MARANHÃO ; DE SÁ, PABLO CARACCIOLO GOMES ; ALVES, JORIANNE THYESKA CASTRO ; CASTRO, WENDEL ; MIRANDA, FÁBIO ; KAZUO, EHILTON ; MARINHO, DIOGO ; RODRIGUES, MATEUS ; FREIRE, MATHEUS ; ZAHLOUTH, RAMIRO ; RENAN, WENDEL ; LOPES, THIAGO SOUZA ; MATTÉ, MARIA HELENA ; DA SILVA MAYER, CINTIA CAROLINA ; DE ALMEIDA VASCONCELOS BARBONI, SUZI ; MATTÉ, GLAVUR ROGÉRIO ; Carneiro, Adriana Ribeiro ; SILVA, A. ; Ramos, R. T. J. . Draft Genome Sequences of Vibrio fluvialis Strains 560 and 539, Isolated from Environmental Samples. Genome Announcements, v. 3, p. e01344-14, 2015.

33.
62Ali, Amjad2015Ali, Amjad ; NAZ, ANAM ; Soares, Siomar C ; BAKHTIAR, MARRIAM ; Tiwari, Sandeep ; HASSAN, SYED S ; HANAN, FAZAL ; Ramos, R. T. J. ; PEREIRA, ULISSES ; Barh, Debmalya ; FIGUEIREDO, HENRIQUE CÉSAR PEREIRA ; USSERY, DAVID W. ; MIYOSHI, Anderson ; SILVA, A. ; Azevedo, Vasco . Pan-Genome Analysis of Human Gastric Pathogen : Comparative Genomics and Pathogenomics Approaches to Identify Regions Associated with Pathogenicity and Prediction of Potential Core Therapeutic Targets. BIOMED RES INT, v. 2015, p. 1-17, 2015.

34.
58BENEVIDES, LEANDRO DE JESUS2015BENEVIDES, LEANDRO DE JESUS ; VIANA, MARCUS VINICIUS CANÁRIO ; MARIANO, DIEGO CÉSAR BATISTA ; ROCHA, FLÁVIA DE SOUZA ; BAGANO, PRISCILLA CAROLINNE ; FOLADOR, EDSON LUIZ ; PEREIRA, FELIPE LUIZ ; DORELLA, FERNANDA ALVES ; LEAL, CARLOS AUGUSTO GOMES ; CARVALHO, ALEX FIORINI ; SOARES, SIOMAR DE CASTRO ; Carneiro, Adriana ; Ramos, R. T. J. ; BADELL-OCANDO, EDGAR ; Guiso, Nicole ; SILVA, A. ; FIGUEIREDO, HENRIQUE ; Azevedo, Vasco ; GUIMARÃES, LUIS CARLOS . Genome Sequence of Corynebacterium ulcerans Strain FRC11. Genome Announcements, v. 3, p. e00112-15, 2015.

35.
64DE SÁ, PABLO H.C.G.2015DE SÁ, PABLO H.C.G. ; VERAS, ADONNEY A.O. ; Carneiro, Adriana R. ; PINHEIRO, KENNY C. ; Pinto, Anne C. ; Soares, Siomar C. ; SCHNEIDER, MARIA P.C. ; Azevedo, Vasco ; Silva, Artur ; Ramos, Rommel T.J. . The impact of quality filter for RNA-Seq. Gene (Amsterdam), v. 563, p. 165-171, 2015.

36.
60CARLOS GUIMARAES, LUIS2015CARLOS GUIMARAES, LUIS ; BENEVIDES DE JESUS, LEANDRO ; VINICIUS CANARIO VIANA, MARCUS ; Silva, Artur ; THIAGO JUCA RAMOS, ROMMEL ; DE CASTRO SOARES, SIOMAR ; Azevedo, Vasco . Inside of the Pan-Genome - Methods and Software Overview. Current Genomics, v. 16, p. 1-1, 2015.

37.
61MARIANO, DIEGO CB2015MARIANO, DIEGO CB ; PEREIRA, FELIPE L ; GHOSH, PREETAM ; Barh, Debmalya ; FIGUEIREDO, HENRIQUE CP ; Silva, Artur ; Ramos, R. T. J. ; AZEVEDO, V. . MapRepeat: an approach for effective assembly of repetitive regions in prokaryotic genomes. Bioinformation (Online) (Chennai), v. 11, p. 276-279, 2015.

38.
49SOUSA, THIAGO JESUS2015SOUSA, THIAGO JESUS ; MARIANO, DIEGO ; PARISE, DOGLAS ; PARISE, MARIANA ; VIANA, MARCUS VINICIUS CANÁRIO ; GUIMARÃES, LUIS CARLOS ; BENEVIDES, LEANDRO JESUS ; ROCHA, FLÁVIA ; BAGANO, PRISCILLA ; Ramos, Rommel ; Silva, Artur ; FIGUEIREDO, HENRIQUE ; Almeida, Sintia ; Azevedo, Vasco . Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain 12C. Genome Announcements, v. 3, p. e00759-15, 2015.

39.
56PACHECO, L. G. C.2015PACHECO, L. G. C. ; GUARALD, A. L. M. ; SANTOS, C. S. ; VERAS, A. A. O. ; GUIMARAES, L. C. ; ABREU, V. ; PEREIRA, F. L. ; SOARES, SIOMAR C. ; DORELLA, F. A. ; CARVALHO, A. F. ; LEAL, C. G. ; FIGUEIREDO, H. C. P. ; RAMOS, J. N. ; VIEIRA, V. V. ; FARFOUR, E. ; GUISO, N. ; HIRATA JR, R. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. ; Ramos, R. T. J. . Draft Genome Sequences of Two Species of -Difficult-to-Identify- Human-Pathogenic Corynebacteria: Implications for Better Identification Tests. Journal of Genomics, v. 3, p. 82-84, 2015.

40.
54GUIMARÃES, PEDRO IVO2015GUIMARÃES, PEDRO IVO ; LEÃO, TIAGO FERREIRA ; DE MELO, ALINE GRASIELLE COSTA ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; Silva, Artur ; FIORE, MARLI FATIMA ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz . Draft Genome Sequence of the Picocyanobacterium sp. Strain GFB01, Isolated from a Freshwater Lagoon in the Brazilian Amazon. Genome Announcements, v. 3, p. e00876-15, 2015.

41.
53Mattos-Guaraldi, Ana L.2015Mattos-Guaraldi, Ana L. ; Guimarães, Luis C. ; SANTOS, CAROLINA S. ; VERAS, ADONNEY A. O. ; Carneiro, Adriana R. ; Soares, Siomar C. ; RAMOS, JULIANA N. ; SOUZA, CASSIUS ; VIEIRA, VERONICA V. ; Hirata, Raphael ; Azevedo, Vasco ; Pacheco, Luis G. C. ; Silva, Artur ; Ramos, Rommel T. J. . Draft Genome Sequence of Corynebacterium striatum 1961 BR-RJ/09, a Multidrug-Susceptible Strain Isolated from the Urine of a Hospitalized 37-Year-Old Female Patient. Genome Announcements, v. 3, p. e00869-15, 2015.

42.
51DE SÁ, PABLO H.C.G.2015DE SÁ, PABLO H.C.G. ; VERAS, ADONNEY A.O. ; Carneiro, Adriana R. ; BARÚNA, RAFAEL A. ; GUIMARÃES, LUÍS C. ; PINHEIRO, KENNY C. ; Pinto, Anne C. ; SOARES, SIOMAR C. ; SCHNEIDER, MARIA P.C. ; Azevedo, Vasco ; Silva, Artur ; Ramos, Rommel T.J. . Corynebacterium pseudotuberculosis RNA-seq data from abiotic stresses. Data in Brief, v. 5, p. 963-966, 2015.

43.
59SOARES, SIOMAR C.2015SOARES, SIOMAR C. ; GEYIK, HAKAN ; Ramos, Rommel T.J. ; DE SÁ, PABLO H.C.G. ; BARBOSA, EUDES G.V. ; Baumbach, Jan ; FIGUEIREDO, HENRIQUE C.P. ; MIYOSHI, Anderson ; Tauch, Andreas ; Silva, Artur ; Azevedo, Vasco . GIPSy: genomic island prediction software. Journal of Biotechnology, v. 1, p. 1, 2015.

44.
63GOMES DE SÁ, PABLO2015GOMES DE SÁ, PABLO ; VERAS, ADONNEY ; FONTANA, CARLA SUERTEGARAY ; ALEIXO, ALEXANDRE ; BURLAMAQUI, TIBÉRIO ; MELLO, CLAUDIO VIANNA ; DE VASCONCELOS, ANA TEREZA RIBEIRO ; PROSDOCIMI, FRANCISCO ; Ramos, Rommel ; SCHNEIDER, MARIA ; Silva, Artur . The assembly and annotation of the complete Rufous-bellied thrush mitochondrial genome. Mitochondrial DNA, v. 1, p. 1-2, 2015.

45.
50CAVALCANTE, ANA LÍDIA Q.2015CAVALCANTE, ANA LÍDIA Q. ; DIAS, LARISSA M. ; ALVES, JORIANNE T. C. ; VERAS, ADONNEY A. O. ; Guimarães, Luis C. ; ROCHA, FLÁVIA S. ; GALA-GARCÍA, ALFONSO ; RETAMAL, PATRICIO ; Ramos, R. T. J. ; AZEVEDO, V. ; Silva, Artur ; Carneiro, Adriana R. . Complete Genome Sequence of Strain E19, Isolated from a Horse in Chile. Genome Announcements, v. 3, p. e01385-15, 2015.

46.
67SILVA, A. D. S. D. S.2014SILVA, A. D. S. D. S. ; BARAUNA, R. A. ; DE SA, P. C. G. ; DAS GRACAS, D. A. ; Carneiro, A. R. ; THOUVENIN, M. ; Azevedo, V. ; BADELL, E. ; GUISO, N. ; DA SILVA, A. L. D. C. ; Ramos, R. T. J. . Draft Genome Sequence of Corynebacterium ulcerans FRC58, Isolated from the Bronchitic Aspiration of a Patient in France. Genome Announcements, v. 2, p. e01132-13-e01132-13, 2014.

47.
66PINTO, ANNE CYBELLE2014PINTO, ANNE CYBELLE ; DE SÁ, PABLO HENRIQUE ; RAMOS, ROMMEL T ; BARBOSA, SILVANIRA ; BARBOSA, HIVANA P ; RIBEIRO, ADRIANA CARNEIRO ; SILVA, WANDERSON MARQUES ; ROCHA, FLÁVIA SOUZA ; SANTANA, MARIANA PASSOS ; DE PAULA CASTRO, THIAGO LUIZ ; Miyoshi, Anderson ; SCHNEIDER, MARIA P ; Silva, Artur ; Azevedo, Vasco . Differential transcriptional profile of Corynebacterium pseudotuberculosis in response to abiotic stresses. BMC Genomics, v. 15, p. 14, 2014.

48.
76BARBOSA, E. G. V.2014BARBOSA, E. G. V. ; ABURJAILE, F. F. ; Ramos, R. T. J. ; CARNEIRO, A. R. ; Le Loir, Y. ; Baumbach, Jan ; Miyoshi, A. ; Artur Luiz da Costa da Silva ; AZEVEDO, V. . Value of a newly sequenced bacterial genome. World Journal of Biological Chemistry, v. 5, p. 161-168, 2014.

49.
74CARVALHO, DAIANE M.2014CARVALHO, DAIANE M. ; DE SÁ, PABLO H. ; Castro, Thiago L. P. ; CARVALHO, RODRIGO D. ; Pinto, Anne ; GIL, DANILO J. P. ; BAGANO, PRISCILLA ; BASTOS, BRUNO ; COSTA, LILIA F. M. ; Meyer, Roberto ; SILVA, A. ; Azevedo, Vasco ; Ramos, R. T. J. ; Pacheco, Luis G. C. . Reference genes for RT-qPCR studies in Corynebacterium pseudotuberculosis identified through analysis of RNA-seq data. Antonie van Leeuwenhoek (Gedrukt), v. NA, p. NA, 2014.

50.
68CASTRO, W. D. O.2014CASTRO, W. D. O. ; TORRES-BALLESTEROS, A. M. ; NAKAYAMA, C. R. ; MELO, I. S. ; pellizari, V. H. ; SILVA, A. ; Ramos, R. T. J. . Draft Genome Sequence of Haloferax sp. Strain ATB1, Isolated from a Semi-Arid Region in the Brazilian Caatinga. Genome Announcements, v. 2, p. e00812-14-e00812-14, 2014.

51.
65FALCÃO, ALINE SEMBLANO CARREIRA2014FALCÃO, ALINE SEMBLANO CARREIRA ; KATAOKA, MARIA SUELI DA SILVA ; RIBEIRO, NÉLSON ANTONIO BAILÃO ; DINIZ, JOSÉ ANTONIO PICANÇO ; ALVES, SÉRGIO MELO ; RIBEIRO, ANDRÉ L. RIBEIRO ; SIQUEIRA, ADRIANE SOUSA DE ; SILVA, A. ; Ramos, R. T. J. ; FREITAS, VANESSA M. ; JAEGER, RUY G. ; PINHEIRO, JOÃO J. V. . A Novel Cell Line Derived from Pleomorphic Adenoma Expresses MMP2, MMP9, TIMP1, TIMP2, and Shows Numeric Chromosomal Anomalies. Plos One, v. 9, p. e105231, 2014.

52.
72OLIVEIRA, L. C.2014OLIVEIRA, L. C. SARAIVA, T. D. L. SOARES, S. C. Ramos, R. T. J. SA, P. H. C. G. CARNEIRO, A. R. MIRANDA, F. FREIRE, M. RENAN, W. JUNIOR, A. F. O. SANTOS, A. R. PINTO, A. C. SOUZA, B. M. CASTRO, C. P. Diniz, C. A. A. ROCHA, C. S. MARIANO, D. C. B. DE AGUIAR, E. L. FOLADOR, E. L. Barbosa, E. G. V. Aburjaile, F. F. GONCALVES, L. A. GUIMARAES, L. C. AZEVEDO, M. AGRESTI, P. C. M. , et al.SILVA, R. F. Tiwari, S. ALMEIDA, S. S. Hassan, S. S. PEREIRA, V. B. ABREU, V. A. C. Pereira, U. P. Dorella, F. A. CARVALHO, A. F. PEREIRA, F. L. LEAL, C. A. G. FIGUEIREDO, H. C. P. SILVA, A. MIYOSHI, A. AZEVEDO, V. ; Genome Sequence of Lactococcus lactis subsp. lactis NCDO 2118, a GABA-Producing Strain. Genome Announcements, v. 2, p. e00980-14-e00980-14, 2014.

53.
73BARBOSA, HIVANA P2014BARBOSA, HIVANA P ; BARAÚNA, RAFAEL A ; Gomes de Sa, P. H. C. ; Rommel TJ ; NOBREGA, F. ; NUNES, C. ; GRAÇAS, DIEGO A ; Carneiro,Adriana R ; SANTOS, D. M. ; PIMENTA, A. M. ; CAREPO, M. ; Azevedo, Vasco ; pellizari, V. H. ; SCHNEIDER, MARIA PAULA ; SILVA, A. . Omics profiles used to evaluate the gene expression of Exiguobacterium antarcticum B7 during cold adaptation. BMC Genomics, v. 15, p. 986, 2014.

54.
69DE SA, P. C. G.2014DE SA, P. C. G. ; DA SILVA, M. L. ; Carneiro, A. R. ; GOMES, J. C. M. ; DIAS, L. M. ; ALVES, J. T. C. ; DE OLIVEIRA VERAS, A. A. ; BARAUNA, R. A. ; DAS GRACAS, D. A. ; MATTE, M. H. ; SATO, M. I. Z. ; HACHICH, E. M. ; MATTE, G. R. ; Ramos, R. T. J. ; SILVA, A. . Draft Genome Sequence of Non-O1 and Non-O139 Vibrio cholerae Strain VCC19. Genome Announcements, v. 2, p. e01094-14-e01094-14, 2014.

55.
71BARAUNA, R. A.2014BARAUNA, R. A. ; Guimaraes, L. C. ; VERAS, A. A. O. ; DE SA, P. H. C. G. ; GRACAS, D. A. ; PINHEIRO, K. C. ; SILVA, A. S. S. ; FOLADOR, E. L. ; BENEVIDES, L. J. ; VIANA, M. V. C. ; Carneiro, A. R. ; Schneider, M. P. C. ; SPIER, S. J. ; EDMAN, J. M. ; Ramos, R. T. J. ; Azevedo, V. ; SILVA, A. . Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis MB20 bv. equi Isolated from a Pectoral Abscess of an Oldenburg Horse in California. Genome Announcements, v. 2, p. e00977-14-e00977-14, 2014.

56.
70VERAS, A. A. O.2014VERAS, A. A. O. ; Gomes de Sa, P. H. C. ; PINHEIRO, K. C. ; DAS GRAÇAS, DIEGO A ; Rafael Baraúna ; Schneider, MPC. ; AZEVEDO, V. ; Ramos, R. T. J. ; Artur Luiz da Costa da Silva . Efficiency of Corynebacterium pseudotuberculosis Cp31 Genome Assembly with the Hi-Q Enzyme on an Ion Torrent PGM Sequencing Platform. Journal of Proteomics & Bioinformatics, v. 7, p. 374-378, 2014.

57.
75GRAÇAS, Diego Assis das2014GRAÇAS, Diego Assis das ; Ramos, R. T. J. ; SÁ, PABLO GOMES ; Baraúna, Rafael Azevedo ; GHILARDI JR., RUBENS ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; SILVA, A. . Semiconductor Sequencing Reveals the Diversity of Bacterial Communities in an Amazonian Reservoir. Aquatic Science and Technology, v. 3, p. 18, 2014.

58.
32Barh, D.2013Barh, D. ; Carneiro, Adriana R ; RAMOS, R. T. J. ; SILVA, A. ; Azevedo, Vasco Ariston Carvalho . Exoproteome and Secretome Derived Broad Spectrum Novel Drug and Vaccine Candidates in Vibrio cholerae Targeted by Piper betel Derived Compounds. Plos One, v. 8, p. e52773, 2013.

59.
33Castro, Thiago L. P.2013Castro, Thiago L. P. ; Seyffert, Núbia ; RAMOS, R. T. J. ; Carneiro, Adriana R ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. . Ion Torrent-based transcriptional assessment of a Corynebacterium pseudotuberculosis equi strain reveals denaturing high-performance liquid chromatography a promising rRNA depletion method. Microbial Biotechnology (Online), v. 1, p. n/a-n/a, 2013.

60.
35SOARES, S.2013SOARES, S. ; SANTOS, A. R. ; ALMEIDA, S. S. ; GUIMARÃES, L. C. ; RAMOS, R. T. J. ; SILVA, A. ; AZEVEDO, V. . The Pan-Genome of the Animal Pathogen Corynebacterium pseudotuberculosis Reveals Differences in Genome Plasticity between the Biovar ovis and equi Strains. Plos One, v. 8, p. e53818, 2013.

61.
34LEÃO, SYLVIA CARDOSO2013LEÃO, SYLVIA CARDOSO ; MATSUMOTO, CRISTIANNE KAYOKO ; CARNEIRO, ADRIANA ; Ramos, Rommel Thiago ; NOGUEIRA, CHRISTIANE LOURENÇO ; JUNIOR, JAMES DALTRO LIMA ; LIMA, KARLA VALÉRIA ; LOPES, MARIA LUIZA ; Schneider, Horacio ; AZEVEDO, VASCO ARISTON ; DA COSTA DA SILVA, ARTUR . The Detection and Sequencing of a Broad-Host-Range Conjugative IncP-1β Plasmid in an Epidemic Strain of Mycobacterium abscessus subsp. bolletii. Plos One, v. 8, p. e60746, 2013.

62.
31Barh, Debmalya2013Barh, Debmalya Gupta, Krishnakant Jain, Neha KHATRI, G. LEON-SICAIROS, N. CANIZALEZ-ROMAN, A. Tiwari, S. VERMA, A. RAHANGDALE, S. Hassan, Syed S. SANTOS, A. R. ALI, A. Guimarães, Luis C. Ramos, R. T. J. DEVARAPALLI, P. BARVE, N. Bakhtiar, Syeda M. KUMAVATH, R. Ghosh, P. MIYOSHI, A. Artur Luiz da Costa da Silva Anil Kumar Misra, Amarendra Narayan BLUM, K. Baumbach, J. , et al.AZEVEDO, V. Azevedo, Vasco ; Conserved host?pathogen PPIs? Globally conserved inter-species bacterial PPIs based conserved host-pathogen interactome derived novel target in C. pseudotuberculosis, C. diphtheriae, M. tuberculosis, C. ulcerans, Y. pestis, and E. coli targeted by Piper betel compounds. INTEGR BIOL-UK, v. 1, p. 01-15-15, 2013.

63.
29ASSIS DAS GRACAS, D.2013ASSIS DAS GRACAS, D. ; THIAGO JUCA RAMOS, R. ; VIEIRA ARAUJO, A. C. ; ZAHLOUTH, R. ; RIBEIRO CARNEIRO, A. ; SOUZA LOPES, T. ; AZEVEDO BARAUNA, R. ; Azevedo, V. ; CRUZ SCHNEIDER, M. P. ; PELLIZARI, V. H. ; SILVA, A. . Complete Genome of a Methanosarcina mazei Strain Isolated from Sediment Samples from an Amazonian Flooded Area. Genome Announcements, v. 1, p. e00271-13-e00271-13, 2013.

64.
3Ramos, Rommel Thiago Jucá2013Ramos, Rommel Thiago Jucá; CARNEIRO, ADRIANA ; SÁ, P. H. C. G. ; Azevedo, Vasco ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; Barh, Debmalya ; SILVA, A. . Graphical contig analyzer for all sequencing platforms (G4ALL): a new stand-alone tool for finishing and draft generation of bacterial genomes. BIOINFORMATION (ONLINE) (CHENNAI), v. 9, p. 599-604, 2013.

65.
30PEREIRA, ULISSES DE PÁDUA2013Ramos, R. T. J.; PEREIRA, ULISSES DE PÁDUA ; SANTOS, A. R. ; Hassan, Syed S. ; ABURJAILE, F. F. ; SOARES, S. C. ; Carneiro,Adriana R ; GUIMARAES, L. C. ; ALMEIDA, S. S. ; DINIZ, C. ; MATTOS, S. V. M. ; Gomes de Sa, P. H. C. ; ALI, A. ; Bakhtiar, Syeda M. ; Dorella, F. A. ; Zerlotini, Adhemar ; ARAUJO, F. M. G. ; LEITE, L. R. ; Guilherme Correa de Oliveira ; MIYOSHI, A. ; Artur Luiz da Costa da Silva ; AZEVEDO, V. ; FIGUEIREDO, H. C. P. . Complete genome sequence of Streptococcus agalactiae strain SA20-06, a fish pathogen associated to meningoencephalitis outbreaks. Standards in Genomic Sciences, v. 8, p. 188-197, 2013.

66.
39MARINHO ALMEIDA, D.2013MARINHO ALMEIDA, D. ; DINI-ANDREOTE, F. ; CAMARGO NEVES, A. A. ; Ramos, R. T. J. ; ANDREOTE, F. D. ; CARNEIRO, A. R. ; OLIVEIRA DE SOUZA LIMA, A. ; CARACCIOLO GOMES DE SA, P. H. ; RIBEIRO BARBOSA, M. S. ; ARAUJO, W. L. ; SILVA, A. ; SILVA, A. . Draft Genome Sequence of Methylobacterium mesophilicum Strain SR1.6/6, Isolated from Citrus sinensis. Genome Announcements, v. 1, p. e00356-13-e00356-13, 2013.

67.
81FIORI, M.2013FIORI, M. ; ALVARENGA, D. ; VARANI, A. ; HOFF-RISSETI, C. ; CRESPIM, E. ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; SILVA, A. ; SCHAKER, P. ; HECK, K. ; RIGONATO, J. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz . Draft Genome Sequence of the Brazilian Toxic Bloom-Forming Cyanobacterium Microcystis aeruginosa Strain SPC777. Genome Announcements, v. 1, p. e00547-13-e00547-13, 2013.

68.
77VERAS, A. A. O.2013VERAS, A. A. O. ; Gomes de Sa, P. H. C. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. ; Ramos, R. T. J. . AutoAssemblyD: a graphical user interface system for several genome assemblers. Bioinformation print, v. 9, p. 840-841, 2013.

69.
82PEREIRA, U.P.2013PEREIRA, U.P. ; SOARES, S.C. ; BLOM, J. ; LEAL, C.A.G. ; RAMOS, R.T.J. ; GUIMARÃES, L.C. ; OLIVEIRA, L.C. ; ALMEIDA, S.S. ; HASSAN, S.S. ; SANTOS, A.R. ; Miyoshi, A. ; SILVA, A. ; Tauch, A. ; Barh, D. ; Azevedo, V. ; FIGUEIREDO, H.C.P. . In silico prediction of conserved vaccine targets in Streptococcus agalactiae strains isolated from fish, cattle, and human samples. Genetics and Molecular Research, v. 12, p. 2902-2912, 2013.

70.
83DORELLA, FERNANDA A2013DORELLA, FERNANDA A ; GALA-GARCIA, ALFONSO ; PINTO, ANNE C ; SARROUH, BOUTROS ; ANTUNES, CAMILA A ; RIBEIRO, DAYANA ; ABURJAILE, FLÁVIA ; FIAUX, KARINA K ; Guimarães, Luis C ; SEYFFERT, NUBIA ; EL-AOUAR, RACHID A ; SILVA, RENATA ; HASSAN, SYED S ; CASTO, THIAGO LP ; MARQUES, WANDERSON S ; Ramos, Rommel ; CARNEIRO, ADRIANA ; SÁ, PABLO DE ; Miyoshi, Anderson ; Azevedo, Vasco ; Silva, Artur . Progression of 'OMICS' methodologies for understanding the pathogenicity of Corynebacterium pseudotuberculosis: the Brazilian experience. Computational and Structural Biotechnology Journal, v. 6, p. 1-7, 2013.

71.
78LEAO, S. C.2013LEAO, S. C. ; MATSUMOTO, C. K. ; VIANA-NIERO, C. ; Ramos, R. T. J. ; Carneiro, A. R. ; Barbosa, M. S. ; LIMA, K. V. B. ; LOPES, M. L. ; Azevedo, V. ; SILVA, A. . Draft Genome Sequence of Mycobacterium abscessus subsp. bolletii INCQS 00594. Genome Announcements, v. 1, p. e00896-13-e00896-13, 2013.

72.
79Carneiro, A. R.2013Carneiro, A. R. ; Juca Ramos, R. T. ; BARAUNA, R. A. ; DE SA, P. H. ; MARINHO ALMEIDA, D. ; BARBOSA, S. ; PEREIRA, A. ; ALVES, A. ; EGAS, C. ; CORREIA, A. ; HENRIQUES, I. ; Silva, A. . Draft Genome Sequence of Serratia fonticola LMG 7882T Isolated from Freshwater. Genome Announcements, v. 1, p. e00971-13-e00971-13, 2013.

73.
8Ramos, Rommel Thiago Jucá2013Ramos, Rommel Thiago Jucá; Carneiro, Adriana Ribeiro ; DE CASTRO SOARES, SIOMAR ; BARBOSA, SILVANIRA ; VARUZZA, LEONARDO ; ORABONA, GUILHERME ; Tauch, Andreas ; Azevedo, Vasco ; SCHNEIDER, MARIA PAULA ; Silva, Artur . High efficiency application of a mate-paired library from Next-Generation Sequencing to PostLight sequencing: Corynebacterium pseudotuberculosis as a case study for microbial de novo genome assembly. JOURNAL OF MICROBIOLOGICAL METHODS, v. 95, p. 441-447, 2013.

74.
80HENRIQUES, I.2013HENRIQUES, I. ; Juca Ramos, R. T. ; BARAUNA, R. A. ; DE SA, P. H. ; MARINHO ALMEIDA, D. ; Carneiro, A. R. ; BARBOSA, S. ; PEREIRA, A. ; ALVES, A. ; SAAVEDRA, M. J. ; EGAS, C. ; SILVA, A. ; CORREIA, A. . Draft Genome Sequence of Serratia fonticola UTAD54, a Carbapenem-Resistant Strain Isolated from Drinking Water. Genome Announcements, v. 1, p. e00970-13-e00970-13, 2013.

75.
4Ramos, Rommel2012Ramos, Rommel; Carneiro, Adriana Ribeiro ; Azevedo, Vasco ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; Barh, D. ; SILVA, A. . Simplifier: the web tool to eliminate redundant NGS contigs. Bioinformation (Online) (Chennai), v. 8, p. 996-999, 2012.

76.
15Azevedo, Vasco2012Azevedo, Vasco ; D'Afonseca, V ; Ali, ; Santos, Anderson ; Pinto, ; Magalhães, ; Faria, ; Barbosa, ; Guimarães, ; Eslabão, ; Almeida, ; Abreu, ; Neto, ; Carneiro, ; Cerdeira, Louise ; Ramos, Rommel ; Hirata-Jr, ; Mattos-Guaraldi, AL ; Trost, ; Tauch, ; Silva, ; Schneider, ; Miyoshi, ; Azevedo, Vasco . Reannotation of the Corynebacterium diphtheriae NCTC13129 genome as a new approach to studying gene targets connected to virulence and pathogenicity in diphtheria. Open Access Bioinformatics, v. 2012:4, p. 1-13, 2012.

77.
9Soares, Siomar C.2012Soares, Siomar C. ; Abreu, Vinícius A. C. ; Ramos, Rommel T. J. ; Cerdeira, Louise ; Silva, Artur ; Baumbach, Jan ; Trost, Eva ; Tauch, Andreas ; Hirata, Raphael ; Mattos-Guaraldi, Ana L. ; Miyoshi, Anderson ; Azevedo, Vasco . PIPS: Pathogenicity Island Prediction Software. Plos One, v. 7, p. e30848, 2012.

78.
16Lopes, T.2012Lopes, T. Silva, A. Ramos, R. T. J. Carneiro, A. Dorella, F. A. Rocha, F. S. dos Santos, A. R. Lima, A. R. J. Guimaraes, L. C. Barbosa, E. G. V. Ribeiro, D. Fiaux, K. K. Diniz, C. A. A. de Abreu, V. A. C. de Almeida, S. S. Hassan, S. S. Ali, A. Bakhtiar, S. M. Aburjaile, F. F. PINTO, A. C. Soares, S. d. C. Pereira, U. d. P. Schneider, M. P. C. MIYOSHI, A. Edman, J. , et al.Spier, S. AZEVEDO, V. ; Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain Cp267, Isolated from a Llama. Journal of Bacteriology (Print), v. 194, p. 3567-3568, 2012.

79.
7Ramos, R. T. J.2012 Ramos, R. T. J.; PINTO, A. C. ; SILVA, W. M. ; Rocha, F. ; BARBOSA, M. S. R. ; Miyoshi, Anderson ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; Silva, Artur ; AZEVEDO, V. . The core stimulon of Corynebacterium pseudotuberculosis strain 1002 identified using ab initio methodologies. INTEGR BIOL-UK, v. 4, p. 1-5, 2012.

80.
12SANTOS, A. R.2012SANTOS, A. R. ; Carneiro, Adriana Ribeiro ; PINTO, A. C. ; Barh, D. ; Barbosa, E. G. V. ; ABURJAILE, F. ; Dorella, Fernanda A. ; Rocha, F. ; GUIMARÃES, L. C. ; Ramos, R. T. J. ; ALMEIDA, S. S. ; SOARES, S. ; Pereira U. ; ABREU, V. ; Silva, Artur ; MIYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. . The Corynebacterium pseudotuberculosis in silico predicted pan-exoproteome. BMC Genomics, v. 13, p. S6, 2012.

81.
14Carneiro, Adriana Ribeiro2012Carneiro, Adriana Ribeiro ; Ramos, R. T. J. ; Cruz, A. C. R. ; Vasconcelos P. . Molecular characterisation of dengue virus type 1 reveals lineage replacement during circulation in Brazilian territory. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Impresso), v. 107, p. 805-812, 2012.

82.
18Pethick2012Pethick Lainson, A. F. Flockhart, A. Smith, D. G. E. Donachie, W. CERDEIRA, L. T. SILVA, A. BOL, E. Lopes, T. S. Barbosa, M. S. PINTO, A. C. SANTOS, A. R. SOARES, S. ALMEIDA, S. S. GUIMARÃES, L. C. ABURJAILE, F. ABREU, V. Ribeiro, D. Fiaux K. Diniz, C. A. A. Barbosa, E. G. V. Pereira, U. P. Hassan, S. S. Ali, Amjad Bakhtiar, S. M. , et al.Dorella, Fernanda A. Carneiro, Adriana R RAMOS, R. T. J. Rocha, F. Schneider, Maria Paula C. MIYOSHI, A. Azevedo, Vasco Ariston Carvalho Fontaine, M. C. ; Complete Genome Sequences of Corynebacterium pseudotuberculosis Strains 3/99-5 and 42/02-A, Isolated from Sheep in Scotland and Australia, Respectively. Journal of Bacteriology (Print), v. 194, p. 4736-4737, 2012.

83.
13SÁ, P. H. C. G.2012SÁ, P. H. C. G. ; PINTO, A. C. ; Ramos, R. T. J. ; COIMBRA, N.A.R ; BARAÚNA, R. A ; MELO, H. P. B. ; Carneiro, Adriana Ribeiro ; LIMA, A. R. J ; SANTOS, A. V. ; AZEVEDO, V. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; Barh, D. ; SILVA, A. . FunSys: Software for functional for functional analysis of prokariotyc transcriptome and proteome. Bioinformation (Online) (Chennai), v. 8, p. 529-531, 2012.

84.
6Ramos, R. T. J.2012Ramos, R. T. J.; Carneiro, Adriana R ; MELO, H. P. B. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; Barh, D. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. . Quality of prokaryote genomes assembly: Indispensable issues of factors affecting prokaryote genome assembly quality. Gene (Amsterdam), v. 12, p. 1-2, 2012.

85.
17Pethick, F. E.2012Pethick, F. E. Lainson, A. F. Yaga, R. Flockhart, A. Smith, D. G. E. Donachie, W. Cerdeira, L. T. SILVA, A. Bol, E. Lopes, T. S. Barbosa, M. S. Pinto, A. C. dos Santos, A. R. Soares, S. C. Almeida, S. S. Guimaraes, L. C. Aburjaile, F. F. Abreu, V. A. C. Ribeiro, D. Fiaux, K. K. Diniz, C. A. A. Barbosa, E. G. V. Pereira, U. P. Hassan, S. S. Ali, A. , et al.Bakhtiar, S. M. Dorella, F. A. Carneiro, A. R. Ramos, R. T. J. Rocha, F. S. Schneider, M. P. C. Miyoshi, A. Azevedo, V. Fontaine, M. C. ; Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain 1/06-A, Isolated from a Horse in North America. Journal of Bacteriology (Print), v. 194, p. 4476-4476, 2012.

86.
20Hassan, S. S.2012Hassan, S. S. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; RAMOS, R. T. J. ; Carneiro, Adriana Ribeiro ; Azevedo, Vasco Ariston Carvalho ; SILVA, A. . Whole-Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain Cp162, Isolated from Camel. Journal of Bacteriology (Print), v. 194, p. 5718-5719, 2012.

87.
19Ali, Amjad2012Ali, Amjad ; Soares, Siomar C. ; Santos, Anderson R. ; Guimarães, Luis C. ; Barbosa, Eudes ; Almeida, Sintia S. ; Abreu, Vinícius A.C. ; Carneiro, Adriana R. ; Ramos, Rommel T.J. ; Bakhtiar, Syeda M. ; Hassan, Syed S. ; Ussery, David W. ; On, Stephen ; Silva, Artur ; Schneider, Maria P. ; Lage, Andrey P. ; Miyoshi, Anderson ; Azevedo, Vasco . Campylobacter fetus subspecies: Comparative genomics and prediction of potential virulence targets. Gene (Amsterdam), v. 508, p. 145-156, 2012.

88.
11Casseb, S.M.M.2012Casseb, S.M.M. ; Cardoso, J.F. ; Ramos, R. ; Carneiro, A. ; Nunes, M. ; Vasconcelos, P.F.C. ; SILVA, A. . Optimization of dengue virus genome assembling using GSFLX 454 pyrosequencing data: evaluation of assembling strategies. Genetics and Molecular Research, v. 11, p. 3688-3695, 2012.

89.
10Gordo, Sheila M C2012Gordo, Sheila M C ; Pinheiro, Daniel G ; Moreira, Edith CO ; Rodrigues, Simone M ; Poltronieri, Marli C ; De Lemos, Oriel F ; da Silva, Israel Tojal ; Ramos, Rommel TJ ; Silva, Artur ; Schneider, Horacio ; Silva, Wilson A ; Sampaio, Iracilda ; Darnet, Sylvain . High-throughput sequencing of black pepper root transcriptome. BMC Plant Biology (Online), v. 12, p. 168, 2012.

90.
28Carneiro, A. R.2012Carneiro, A. R. Ramos, R. T. J. DALL'AGNOL, H. Pinto, A. C. de Castro Soares, S. SANTOS, A. R. Guimaraes, L. C. Almeida, S. S. BARAUNA, R. A. DAS GRACAS, D. A. FRANCO, L. C. Ali, A. Hassan, S. S. NUNES, C. I. P. Barbosa, M. S. Fiaux, K. K. Aburjaile, F. F. Barbosa, E. G. V. Bakhtiar, S. M. VILELA, D. NOBREGA, F. DOS SANTOS, A. L. CAREPO, M. S. P. Azevedo, V. Schneider, M. P. C. , et al.PELLIZARI, V. H. SILVA, A. ; Genome Sequence of Exiguobacterium antarcticum B7, Isolated from a Biofilm in Ginger Lake, King George Island, Antarctica. Journal of Bacteriology (Print), v. 194, p. 6689-6690, 2012.

91.
27SILVA, A.2012SILVA, A. ; Ramos, R. T. J. ; RIBEIRO CARNEIRO, A. ; CYBELLE PINTO, A. ; de Castro Soares, S. ; RODRIGUES SANTOS, A. ; SILVA ALMEIDA, S. ; Guimaraes, L. C. ; FIGUEIRA ABURJAILE, F. ; VIEIRA BARBOSA, E. G. ; ALVES DORELLA, F. ; SOUZA ROCHA, F. ; SOUZA LOPES, T. ; KAWASAKI, R. ; GOMES SA, P. ; DA ROCHA COIMBRA, N. A. ; TEIXEIRA CERDEIRA, L. ; SILVANIRA BARBOSA, M. ; CRUZ SCHNEIDER, M. P. ; Miyoshi, A. ; SELIM, S. A. K. ; MOAWAD, M. S. ; Azevedo, V. . Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Cp31, Isolated from an Egyptian Buffalo. Journal of Bacteriology (Print), v. 194, p. 6663-6664, 2012.

92.
5Ramos, R. T. J.2012Ramos, R. T. J.; SILVA, A. ; Carneiro, A. R. ; Pinto, A. C. ; Soares, S. d. C. ; SANTOS, A. R. ; Almeida, S. S. ; Guimaraes, L. C. ; Aburjaile, F. F. ; Barbosa, E. G. V. ; Dorella, F. A. ; Rocha, F. S. ; Cerdeira, L. T. ; Barbosa, M. S. ; Tauch, A. ; Edman, J. ; Spier, S. ; Miyoshi, A. ; Schneider, M. P. C. ; Azevedo, V. . Genome Sequence of the Corynebacterium pseudotuberculosis Cp316 Strain, Isolated from the Abscess of a Californian Horse. Journal of Bacteriology (Print), v. 194, p. 6620-6621, 2012.

93.
38Soares, Siomar C.2012Soares, Siomar C. ; Trost, Eva ; Ramos, Rommel T.J. ; Carneiro, Adriana R. ; Santos, Anderson R. ; Pinto, Anne C. ; Barbosa, Eudes ; ABURJAILE, FLÁVIA ; Ali, Amjad ; DINIZ, CARLOS A.A. ; Hassan, Syed S. ; FIAUX, KARINA ; Guimarães, Luis C. ; Bakhtiar, Syeda M. ; PEREIRA, ULISSES ; Almeida, Sintia S. ; Abreu, Vinícius A.C. ; ROCHA, FLÁVIA S. ; Dorella, Fernanda A. ; Miyoshi, Anderson ; Silva, Artur ; Azevedo, Vasco ; Tauch, Andreas . Genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis biovar equi strain 258 and prediction of antigenic targets to improve biotechnological vaccine production. Journal of Biotechnology, v. 1, p. 1, 2012.

94.
37Hassan, S. S.2012Hassan, S. S. ; GUIMARÃES, L. C. ; Pereira U. ; Bakhtiar, Syeda M. ; Carneiro, Adriana Ribeiro ; Ramos, R. T. J. ; SILVA, A. ; AZEVEDO, V. . Complete genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis biovar ovis strain P54B96 isolated from antelope in South Africa obtained by rapid next generation sequencing technology. STAND GENOMIC SCI, p. 2, 2012.

95.
36GRAÇAS, DIEGO A2012GRAÇAS, DIEGO A ; JESUS, EDERSON C ; FILHO, LUCIANO C F ; JR, RUBENS GUILHARDI ; BARBOSA, MARIA SR ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; LEÃO, TIAGO F ; BARAÚNA, RAFAEL A ; Schneider, Maria PC ; Silva, Artur . Changes in Microbial Communities along a Water Column in an Amazonian Flooded Area. Aquatic Science and Technology, v. 1, p. 1-2, 2012.

96.
84Ramos, Rommel Thiago Jucá2012Ramos, Rommel Thiago Jucá; Carneiro, Adriana Ribeiro ; SOARES, SIOMAR DE CASTRO ; SANTOS, ANDERSON RODRIGUES DOS ; Almeida, Sintia ; Guimarães, Luis ; FIGUEIRA, FLÁVIA ; Barbosa, Eudes ; Tauch, Andreas ; Azevedo, Vasco ; Silva, Artur . Tips and tricks for the assembly of a Corynebacterium pseudotuberculosis genome using a semiconductor sequencer. Microbial Biotechnology (Online), v. n/a, p. n/a-n/a, 2012.

97.
24Cerdeira, Louise Teixeira2011Cerdeira, Louise Teixeira ; Carneiro, Adriana Ribeiro ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; de Almeida, Sintia Silva ; D´Afonseca, Vivian ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; Baumbach, Jan ; Tauch, Andreas ; McCulloch, John Anthony ; Azevedo, Vasco Ariston Carvalho ; Silva, Artur . Rapid hybrid de novo assembly of a microbial genome using only short reads: Corynebacterium pseudotuberculosis I19 as a case study. Journal of Microbiological Methods, p. xx-xx, 2011.

98.
22Stynen, A. P. R.2011Stynen, A. P. R. Lage, A. P. Moore, R. J. Rezende, A. M. de Resende, V. D. d. S. Ruy, P. d. C. Daher, N. Resende, D. d. M. de Almeida, S. S. Soares, S. d. C. de Abreu, V. A. C. Rocha, A. A. C. M. dos Santos, A. R. Barbosa, E. G. V. Costa, D. F. Dorella, F. A. MIYOSHI, A. de Lima, A. R. J. Campos, F. D. d. S. de Sa, P. G. Lopes, T. S. Rodrigues, R. M. A. Carneiro, A. R. Leao, T. CERDEIRA, L. T. , et al.Ramos, R. T. J. Silva, A. AZEVEDO, V. Ruiz, J. C. ; Complete Genome Sequence of Type Strain Campylobacter fetus subsp. venerealis NCTC 10354T. Journal of Bacteriology (Print), v. 193, p. 5871-5872, 2011.

99.
25CERDEIRA, L. T.2011CERDEIRA, L. T. ; PINTO, A. C. ; Schneider, M. P. C. ; de Almeida, S. S. ; dos Santos, A. R. ; Barbosa, E. G. V. ; Ali, A. ; Barbosa, M. S. ; Carneiro, A. R. ; Ramos, R. T. J. ; de Oliveira, R. S. ; Barh, D. ; Barve, N. ; Zambare, V. ; Belchior, S. E. ; Guimaraes, L. C. ; de Castro Soares, S. ; Dorella, F. A. ; Rocha, F. S. ; de Abreu, V. A. C. ; Tauch, A. ; Trost, E. ; MIYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. ; Silva, A. . Whole-Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis PAT10 Strain Isolated from Sheep in Patagonia, Argentina. Journal of Bacteriology (Print), v. 193, p. 6420-6421, 2011.

100.
21CERDEIRA, L. T.2011CERDEIRA, L. T. Schneider, M. P. C. PINTO, A. C. de Almeida, S. S. dos Santos, A. R. Barbosa, E. G. V. Ali, A. Aburjaile, F. F. de Abreu, V. A. C. Guimaraes, L. C. Soares, S. d. C. Dorella, F. A. Rocha, F. S. BOL, E. Gomes de Sa, P. H. C. LOPES, T. S. Barbosa, M. S. Carneiro, A. R. Juca Ramos, R. T. Coimbra, N. A. d. R. Lima, A. R. J. Barh, D. Jain, N. Tiwari, S. Raja, R. , et al.Zambare, V. Ghosh, P. Trost, E. Tauch, A. MIYOSHI, A. AZEVEDO, V. Silva, A. ; Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain CIP 52.97, Isolated from a Horse in Kenya. Journal of Bacteriology (Print), v. 193, p. 7025-7026, 2011.

101.
Ramos, Rommel TJ2011Ramos, Rommel TJ; Carneiro, Adriana R ; Baumbach, Jan ; Azevedo, Vasco ; Schneider, Maria PC ; Silva, Artur . Analysis of quality raw data of second generation sequencers with Quality Assessment Software. BMC RESEARCH NOTES, v. 4, p. 130, 2011.

102.
23Ruiz, Jerônimo C.2011Ruiz, Jerônimo C. D'Afonseca, Vívian Silva, Artur Ali, Amjad Pinto, Anne C. Santos, Anderson R. Rocha, Aryanne A. M. C. Lopes, Débora O. Dorella, Fernanda A. Pacheco, Luis G. C. Costa, Marcília P. Turk, Meritxell Z. Seyffert, Núbia Moraes, Pablo M. R. O. Soares, Siomar C. Almeida, Sintia S. Castro, Thiago L. P. Abreu, Vinicius A. C. Trost, Eva Baumbach, Jan Tauch, Andreas Schneider, Maria Paula C. McCulloch, John Cerdeira, Louise T. Ramos, R. T. J. , et al.Zerlotini, Adhemar Dominitini, Anderson Resende, Daniela M. Coser, Elisângela M. Oliveira, Luciana M. Pedrosa, André L. Vieira, Carlos U. Guimarães, Cláudia T. Bartholomeu, Daniela C. Oliveira, Diana M. Santos, Fabrício R. Rabelo, Élida Mara Lobo, Francisco P. Franco, Glória R. Costa, Ana Flávia ; Evidence for Reductive Genome Evolution and Lateral Acquisition of Virulence Functions in Two Corynebacterium pseudotuberculosis Strains. Plos One, v. 6, p. e18551, 2011.

103.
26Silva, A.2010Silva, A. ; Schneider, M. P. C. ; Cerdeira, L. ; Barbosa, M. S. ; Ramos, R. T. J. ; Carneiro, A. R. ; Santos, R. ; Lima, M. ; ALMEIDA, S. S. ; SANTOS, A. R. ; Soares, S. C. ; PINTO, A. C. ; Ali, A. ; Dorella, F. A. ; Rocha, F. ; de Abreu, V. A. C. ; Shpigel, N. ; MIYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. . Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis I-19, strain isolated from Israel Bovine mastitis. Journal of Bacteriology (Print), v. 193, p. 323-324, 2010.

Livros publicados/organizados ou edições
1.
MARIANO, D. C. B. ; Ramos, Rommel Thiago J ; Azevedo, Vasco . Montagem e finalização de genomas procariotos com mapeamento óptico. 1. ed. Saarbrücken: Novas Edições Acadêmicas, 2016. v. 1. 76p .

2.
VERAS, A. A. O. ; SILVA, A. ; Ramos, Rommel T.J. . AutoAssemblyD. 1. ed. Lisboa: Novas Edições Acadêmicas, 2014. 64p .

3.
Roukos, Dimitrios H ; Silva, Artur ; Carneiro, Adriana R ; ABURJAILE, FLÁVIA ; Guimarães, Luis C ; Ramos, Rommel TJ ; Castro, Thiago LP ; Abreu, Vinicius ; Silva, Wanderson M ; Schneider, Paula ; Azevedo, Vasco . Next-Generation Sequencing & Molecular Diagnostics. 1. ed. Future Medicine Ltd, 2013.

4.
Ramos, R. T. J.; SILVA, A. . Montagem de Genomas Bacterianos. 1. ed. Espanha: Acadêmica Espanhola, 2012.

Capítulos de livros publicados
1.
MIRANDA, FÁBIO ; Batista, Cassio ; Silva, Artur ; Morais, Jefferson ; Neto, Nelson ; Ramos, Rommel . Improving Metagenomic Assemblies Through Data Partitioning: A GC Content Approach. Lecture Notes in Computer Science. 1ed.: Springer International Publishing, 2018, v. , p. 415-425.

2.
VERAS, A. A. O. ; Gomes de Sa, P. H. C. ; PINHEIRO, KENNY ; Barh, D. ; AZEVEDO, V. ; JUCA RAMOS, ROMMEL ; SILVA, A. . Computational Techniques in Data Integration and Big Data Handling in Omics. Computational Techniques in Data Integration and Big Data Handling in Omics. 1ed.London: Elsevier, 2017, v. 1, p. 209-220.

3.
Gomes de Sa, P. H. C. ; GUIMARÃES, L. C. ; VERAS, ADONNEY ALLAN OLIVEIRA ; BARH, D. ; Azevedo, Vasco ; SILVA, A. ; Thiago Jucá Ramos, Rommel . Next-Generation Sequencing and Data Analysis: Strategies, Tools, Pipelines and Protocols. Next-Generation Sequencing and Data Analysis: Strategies, Tools, Pipelines and Protocols. 1ed.London: Elsevier, 2017, v. 1, p. 191-203.

4.
BRAGA, M. B. ; VERAS, A. A. O. ; Gomes de Sa, P. H. C. ; DAS GRAÇAS, DIEGO A ; Rafael Baraúna ; ALVES, JORIANNE THYESKA CASTRO ; PINHEIRO, K. C. ; AZEVEDO, V. ; Schneider, MPC. ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; SILVA, A. . Omics Technologies Applied to Prokaryotes. Omics Technologies Applied to Prokaryotes. 1ed.Hauppauge: Nova Science Publisher, 2015, v. 16, p. 1-.

5.
Thiago Jucá Ramos, Rommel; VERAS, ADONNEY ALLAN OLIVEIRA ; Carneiro,Adriana R ; GRAÇAS, Diego Assis das ; ALMEIDA, D. M. ; FILHO, LUCIANO C F ; RODRIGUES, MATEUS ; Gomes de Sa, P. H. C. ; BARAÚNA, RAFAEL A ; LEÃO, TIAGO ; SILVA, A. . Anotação de Genoma: Fundamentos e Aplicações das Análises in Silico In: Biotecnologia Aplicada a Saúde Fundamentos e Aplicações. Anotação de Genoma: Fundamentos e Aplicações das Análises in Silico In: Biotecnologia Aplicada a Saúde Fundamentos e Aplicações. 1ed.São Paulo: São Paulo, 2015, v. , p. 717-755.

6.
GRAÇAS, DIEGO A ; FERREIRA, R. S. ; FILHO, LUCIANO C F ; LEÃO, TIAGO F ; Gomes de Sa, P. H. C. ; VERAS, A. A. O. ; CARNEIRO, A. R. ; MEIRELES, J. ; PINHEIRO, K. C. ; SILVA, A. ; Ramos, RT . The Use of Ion Torrent PGM for Bacterial Diversity Analyses: The Study Case of Five Brazilian Hydroelectric Reservoirs. Metagenomics: Methods, Applications and Perspectives. 1ed.Hauppauge: Nova Science Publishers, 2014, v. 1, p. 1-15.

7.
Silva, Artur ; Ramos, Rommel ; CARNEIRO, ADRIANA ; Almeida, Sintia ; De Abreu, Vinicius ; Santos, Anderson ; Soares, Siomar ; Pinto, Anne ; Guimarães, Luis ; Barbosa, Eudes ; Schneider, Paula ; Miyoshi, Anderson . Next-Generation Sequencing and Assembly of Bacterial Genomes. Next-Generation Sequencing and Assembly of Bacterial Genomes. 1ed.Cleveland: CRC Press, 2013, v. , p. 367-383.

8.
SOARES, S. C. ; Ramos, Rommel Thiago Jucá ; SILVA, W. M. ; OLIVEIRA, L. C. ; AMORIN, L. G. ; Hirata, Raphael ; MATTOS-GUARALDI, A. ; Miyoshi, A. ; SILVA, A. ; AZEVEDO, V. . Corynebacterium pathogenic species in next-generation genomic era: the use of EDGAR and PIPS software and the importance of pathogenicity islands identification in pan-genomic analyses of pathogenic species. Microbial pathogens and strategies for combating them: science, technology and education. 1ed.Badajoz: Formatex Research Center, 2013, v. 3, p. 1584-1599.

9.
AZEVEDO, V. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; SILVA, A. ; Ramos, R. T. J. . Manual Prático - Teórico Sequenciamento, montagem e anotação de Genomas Bactérianos. Mysql: banco de dados para organizar e interpretar seus dados. Viçosa: UFV, 2011, v. 2, p. -.

10.
AZEVEDO, V. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; Silva, Artur ; Ramos, R. T. J. . Manual Prático - Teórico Sequenciamento, montagem e anotação de Genomas Bactérianos. Montagem, geração de scaffolds e finalização de genomas procratiotos in silico. 1ed.Viçosa: UFV, 2011, v. , p. -.

11.
AZEVEDO, V. ; ABREU, V. ; ALMEIDA, S. S. ; SANTOS, A. R. ; SOARES, S. ; ALI, A. ; PINTO, A. C. ; Rocha, Aryanne A. M. C. ; Barbosa, E. G. V. ; Ramos, Rommel ; CERDEIRA, L. T. ; Carneiro, Adriana Ribeiro ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; SILVA, A. ; MIYOSHI, A. . Whole Genome Annotation: In Silico Analysis. Bioinformatics - Trends and Methodologies. 1ed.Croácia: InTech, 2011, v. 1, p. 679-704.

Textos em jornais de notícias/revistas
1.
Ruiz, J. C. ; SANTOS, A. R. ; PINTO, A. C. ; Resende, D. ; CERDEIRA, L. T. ; Ramos, Rommel ; Orellana, Sara Cuadros ; ALMEIDA, S. S. . Segunda revolução genômica: Utilização de sequenciadores de nova geração. Microbiologia in Foco, p. 15 - 18.

2.
SOARES, S. ; Rocha, Aryanne A. M. C. ; Barbosa, E. G. V. ; GUIMARÃES, L. C. ; ALMEIDA, S. S. ; MIYOSHI, A. ; Ramos, Rommel ; Carneiro, Adriana Ribeiro ; CERDEIRA, L. T. ; ALI, A. ; SANTOS, A. R. ; ABREU, V. ; PINTO, A. C. ; SILVA, A. ; AZEVEDO, V. . Plasticidade genômica e evolução bacteriana. Microbiologia in Foco, p. 31 - 38.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
Gomes de Sa, P. H. C. ; VERAS, A. A. O. ; BARAÚNA, RAFAEL A ; CARNEIRO, ADRIANA ; ASSIS DAS GRACAS, D. ; ALMEIDA, D. M. ; AZEVEDO, V. ; DA COSTA DA SILVA, ARTUR ; Ramos, Rommel Thiago Jucá . B4D - Blast2GO for Dummies. In: 22nd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2014, Boston. 22nd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2014.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
Cibelle E. ; Maysa S. ; Ramos, R. T. J. ; Darnet S. ; Sampaio I. M . Sequencing of a library of fragments of the Fusarium solani f.sp.piperis interaction with Piper nigrum.L using the SOLiD platform. In: X-meeting, 2011, Florianópolis. X-meeting, 2011.

2.
Maysa S. ; Cibelle E. ; Ramos, R. T. J. ; Darnet S. ; Schneider H. . De novo transcriptome assembly of plant piper nigrum L.. In: X-meeting, 2011, Florianópolis. X-meeting 2011, 2011.

3.
Ramos, R. T. J.; DFONSECA, V. ; CERDEIRA, L. T. ; ALMEIDA, S. S. ; SOARES, S. ; SILVA, R. R. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; OLIVEIRA, G. C. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. ; Ruiz, J. C. . Short Read and Bacterial Genome Assembly: a corynebacterium experience.. In: X-Meeting, 2009, Angra dos Reis. SHORT READS AND BACTERIAL GENOME ASSEMBLY: A CORYNEBACTERIUM EXPERIENCE., 2009.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
Gomes de Sa, P. H. C. ; MIRANDA, FÁBIO ; VERAS, A. A. O. ; MUGE, GABRIEL R. S. ; BRAGA, M. B. ; PANTOJA, Y. ; SOARES, S. C. ; PINHEIRO, K. C. ; GUIMARAES, L. C. ; Azevedo, Vasco ; SILVA, A. ; Ramos, R. T. J. . GapBlaster - A graphical gap filler for prokaryote genomes. In: Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), 2016, Orlando. Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB), 2016.

2.
PANTOJA, Y. ; VERAS, A. A. O. ; Gomes de Sa, P. H. C. ; Carneiro, A. R. ; SILVA, A. ; Thiago Jucá Ramos, Rommel . Characterization of pathogenicity islands of 15 genome of Corynebacterium pseudotuberculosis biovar equi. In: X-meeting 2015, 2015, São Paulo. X-meeting 2015, 2015.

3.
BARAÚNA, RAFAEL A ; MAUES, D. ; CAVALCANTE, ANA LÍDIA QUEIROZ ; Gomes de Sa, P. H. C. ; VERAS, A. A. O. ; GRAÇAS, Diego Assis das ; VINICIUS CANARIO VIANA, MARCUS ; BENEVIDES DE JESUS, LEANDRO ; SCHNEIDER, MARIA PAULA ; Ramos, Rommel Thiago J ; SPIER, S. ; AZEVEDO, VASCO ARISTON ; SILVA, A. . GENOME SEQUENCING OF TWELVE STRAINS OF THE ANIMAL PATHOGEN CORYNEBACTERIUM PSEUDOTUBERCULOSIS BV. EQUI. In: 28o Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2015, São Paulo. 28o Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2015.

4.
Gomes de Sa, P. H. C. ; MIRANDA, FÁBIO ; VERAS, A. A. O. ; PINHEIRO, K. C. ; GUIMARAES, L. C. ; AZEVEDO, VASCO ARISTON ; SILVA, A. ; Ramos, Rommel Thiago J . GapBlaster - A graphical gap filler for prokaryote genomes.. In: X-meeting 2015, 2015, São Paulo. X-meeting 2015, 2015.

5.
VERAS, A. A. O. ; Gomes de Sa, P. H. C. ; Carneiro,Adriana R ; SILVA, A. ; Thiago Jucá Ramos, Rommel . The Mithocondrial Genome Assembly of Buffalo from the Marajó island (Brazil). In: ISMB 2015, 2015, Dublin. ISMB 2015, 2015.

6.
Gomes de Sa, P. H. C. ; VERAS, A. A. O. ; BARAÚNA, R. A ; GRAÇAS, DIEGO A ; Carneiro,Adriana R ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. ; Ramos, Rommel T.J. . GO4D - Gene Ontology for Dummies. In: 23nd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2014, Boston. 23nd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2014.

7.
VERAS, A. A. O. ; SÁ, P. H. C. G. ; VARUZZA, L. ; Ramos, R. T. J. ; SILVA, A. . High performance of genome assembly Corynebacterium pseudotuberculosis Cp31 with HiQ enzyme. In: ISCB-Latin American, 2014, Belo Horizonte. ISCB-Latin American, 2014.

8.
PINHEIRO, K. C. ; SÁ, P. H. C. G. ; VERAS, A. A. O. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. ; RAMOS, R.T.J. . GC bias versus sequencing platforms: hypothesis and ways to evaluate, using Corynebacterium pseudotuberculosis as model. In: ISCB-Latin American, 2014, Belo Horizonte. ISCB-Latin American, 2014.

9.
SÁ, P. H. C. G. ; VERAS, A. A. O. ; CARNEIRO, A. R. ; PINHEIRO, K. C. ; PINTO, A. C. ; SOARES, S. C. ; Schneider, M. P. C. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. ; Ramos, R. T. J. . The impact of quality filter for RNA-Seq based reference over differential gene expression for prokaryotes. In: ISCB-Latin American, 2014, Belo Horizonte. ISCB-Latin American, 2014.

10.
NALLURI, J. ; KAMAPANTULA, B. ; BARH, D. ; AZEVEDO, V. ; ALMEIDA, S. S. ; SILVA, A. ; Ramos, R. T. J. ; JAIN, N. ; BHATTACHARYA, A. ; Ghosh, P. . Prioritization of disease candidates in miRNA-disease associations based on maximum weighted matching inference model and motif-based analysis. In: ISCB-Latin American, 2014, Belo Horizonte. ISCB-Latin American, 2014.

11.
MARIANO, D. C. B. ; OLIVEIRA, L. C. ; FOLADOR, E. L. ; AGUIAR, E. L. ; BENEVIDES, L. ; PEREIRA, F. L. ; Ramos, R. T. J. ; AZEVEDO, V. . Simba: a web tool for complete assembly of bacterial genomes. In: ISCB-Latin American, 2014, Belo Horizonte. ISCB-Latin American, 2014.

12.
Pacheco, Luis G. C. ; SANTOS, A. ; SANTOS, C. ; MATTOS-GUARALDI, A. ; Hirata, Raphael ; ABREU, V. ; AZEVEDO, V. ; Ramos, R. T. J. ; SILVA, A. . A Bioinformatics Approach for Understanding the High Biochemical Variability between Isolates of Emerging Corynebacterial Pathogens. In: ISCB-Latin American, 2014, Belo Horizonte. ISCB-Latin American, 2014.

13.
GUIMARAES, L. C. ; AZEVEDO, V. ; SOARES, S. C. ; Trost, Eva ; BLOM, J. ; Ramos, R. T. J. ; SILVA, A. ; BARH, D. . Genome informatics and vaccine targets in C. urealyticum using two whole genomes, comparative genomics, and reverse vaccinology. In: ISCB-Latin American, 2014, Belo Horizonte. ISCB-Latin American, 2014.

14.
SANTANA, MARIANA PASSOS ; PINTO, A. C. ; Ramos, R. T. J. ; SÁ, P. H. C. G. ; ABURJAILE, F. ; CARNEIRO, A. R. ; SILVA, A. ; AZEVEDO, V. . Transcriptional analysis of Corynebacterium pseudotuberculosis biovar equi strain 258 from ab initio assembly. In: ISCB-Latin American, 2014, Belo Horizonte. ISCB-Latin American, 2014.

15.
ABURJAILE, F. ; BENEVIDES, L. ; VIANA, M. ; Ramos, R. T. J. ; FALENTIN, H. ; LOIR, Y. L. ; SILVA, A. ; AZEVEDO, V. . Funcional genomics of Propionibacterium freudereichii. In: ISCB-Latin American, 2014, Belo Horizonte. ISCB-Latin American, 2014.

16.
Ramos, Rommel Thiago Jucá; Carneiro, A. R. ; SOARES, S. C. ; BARBOSA, M. S. R. ; VARUZZA, L. ; ORABONA, G. ; Tauch, Andreas ; Azevedo, Vasco ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; SILVA, A. . High Efficiency of a mate-paired library from semiconductor sequencer for microbial de novo genome assmebly. In: 59o Congresso Brasileiro de Genética, 2013, Águas de Lindóia. High Efficiency of a mate-paired library from semiconductor sequencer for microbial de novo genome assmebly, 2013.

17.
Leao, SC ; Carneiro, Adriana R ; Ramos, R. T. J. ; MATSUMOTO, CK ; SILVA, A. . Description of a broad-host range conjugative incp-1 plasmid in an epidemic strain of Mycobacterium abscessus subsp. Bolletii. In: International Congress Tuberculosis, Leprosy and Mycobacteriosis: back to biblical times, today solutions, 2012, Bucaramanga. Médicas UIS, 2012.

18.
Ramos, Rommel; Carneiro, Adriana Ribeiro ; LIMA, A. R. J ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. . G4ALL: um software para análise de contigs e geração de scaffold de genomas bacterianos. In: 26⁰ Congresso Brasileiro de microbiologia, 2011, Foz do Iguaçu. G4ALL: um software para análise de contigs e geração de scaffold de genomas bacterianos, 2011.

19.
LIMA, A. R. J ; Ramos, Rommel ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. . Geração do draft do genoma de Corynebacterium pseudotuberculosis linhagem 162 a partir de metodologias ab initio. In: 26⁰ Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011, Foz do Iguaçu. Geração do draft do genoma de Corynebacterium pseudotuberculosis linhagem 162 a partir de metodologias ab initio, 2011.

20.
Carneiro, Adriana Ribeiro ; Ramos, Rommel ; BARAÚNA, R. A ; MELO, H. P. B. ; CAREPO, M. ; PELLIZARI, V. H. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; SILVA, A. . Montagem e análise comparativa do genoma da bactéria psicrotrófica Exiguobacterium antarcticum linhagem B7. In: 26⁰ Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011, Foz do Iguaçu. Montagem e análise comparativa do genoma da bactéria psicrotrófica Exiguobacterium antarcticum linhagem B7, 2011.

21.
PINTO, A. C. ; SÁ, P. H. C. G. ; Ramos, Rommel ; BARBOSA, M. S. R. ; SILVA, W. M. ; Rocha, F. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; MIYOSHI, A. ; SILVA, A. ; AZEVEDO, V. . Análise de expressão diferencial, em meio simulando acidez de macrófago, em Corynebacterium pseudotuberculosis utilizando RNAseq. In: 26⁰ Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011, Foz do Iguaçu. Análise de expressão diferencial, em meio simulando acidez de macrófago, em Corynebacterium pseudotuberculosis utilizando RNAseq, 2011.

22.
SÁ, P. H. C. G. ; PINTO, A. C. ; Ramos, Rommel ; SANTOS, A. V. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. . DBTransProt ? Um Banco de Dados para Integração de Dados de Transcriptoma e Proteoma. In: 26⁰ Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011, Foz do Iguaçu. DBTransProt ? Um Banco de Dados para Integração de Dados de Transcriptoma e Proteoma, 2011.

23.
GUIMARÃES, L. C. ; SILVA, N. F. ; Ramos, Rommel ; SOUZA, B.M. ; MIYOSHI, A. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; ALVES, C. N. ; SILVA, A. ; J. Lameira ; AZEVEDO, V. . Modelagem por Homologia do proteoma predito de três linhagens de Corynebacterium pseudotuberculosis e Dinâmica Molecular da Metaloendopeptidase deste organismo. In: 26⁰ Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2011, Foz do Iguaçu. Modelagem por Homologia do proteoma predito de três linhagens de Corynebacterium pseudotuberculosis e Dinâmica Molecular da Metaloendopeptidase deste organismo, 2011.

24.
GUIMARÃES, L. C. ; Ramos, Rommel ; SANTOS, A. R. ; Barbosa, E. G. V. ; ABREU, V. ; AZEVEDO, V. . Molecular Dynamics of metelloendopeptidase from Corynebacterium pseudotuberculosis. In: X-meeting, 2011, Florianópolis. Molecular Dynamics of metelloendopeptidase from Corynebacterium pseudotuberculosis, 2011.

25.
SOARES, S. ; ABREU, V. ; Ramos, R. T. J. ; Barbosa, E. G. V. ; ABURJAILE, F. ; Fiaux K. ; SILVA, A. ; MIYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. . PIPS: Pathogenicity Island Prediction Software. In: X-Meeting, 2011, Florianópolis. PIPS: Pathogenicity Island Prediction Software, 2011.

26.
CERDEIRA, L. T. ; Carneiro, A. R. ; Ramos, R. T. J. ; DFONSECA, V. ; Ruiz, J. C. ; AZEVEDO, V. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; SILVA, A. . De novo assembly of Corynebacterium pseudotuberculosis genomes using short reads obtained from mate-paired libraries. In: 18TH Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2010, Boston. ISMB 2010, 2010.

27.
SOARES, S. ; ABREU, V. ; MCCULLOCH, J. ; DFONSECA, V. ; RAMOS, R. T. J. ; SANTOS, A. R. ; PINTO, A. C. ; ALMEIDA, S. S. ; SILVA, A. ; MIYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. . PIPS: Pathogenicity Island Prediction Software. In: X-Meeting 2010, 2010, Ouro Preto. X-meeting2010, 2010.

28.
Resende, D. ; REIS, A. ; OLIVEIRA, N. J. D. ; Ramos, R. T. J. ; CERDEIRA, L. T. ; TORRIERI, R. ; RUY, P. ; BATISTA, I. C. A. ; Ruiz, J. C. . A Survey on epitope prediction methods for parasites genomes. In: 18TH Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, 2010, Boston. ISMB2010, 2010.

29.
Ramos, R. T. J.; DFONSECA, V. ; ALMEIDA, S. S. ; SOARES, S. ; PINTO, A. C. ; Resende, D. ; CERDEIRA, L. T. ; Orellana, Sara Cuadros ; AZEVEDO, V. ; Ruiz, J. C. ; SILVA, A. . Sequenciamento dos genomas de linhagens de Corynebacterium pseudotuberculosis utilizando a plataforma SOLiD.. In: Congresso Brasileiro de MicroBiologia, 2009, Porto de Galinhas. Congresso de Microbiologia 2009, 2009.

30.
Ramos, R. T. J.; CERDEIRA, L. T. ; DFONSECA, V. ; ALMEIDA, S. S. ; Resende, D. ; PINTO, A. C. ; SOARES, S. ; SANTOS, A. R. ; SILVA, R. R. ; CUADROS, S. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; J. Lameira ; OLIVEIRA, G. C. ; SILVA, A. ; AZEVEDO, V. ; Ruiz, J. C. . A pipeline for bacterial genome sequencing assembly using short reads: Corynebacterium pseudotuberculosis as a model. In: Simpósio Interdisciplinar de Física e Bioinformática, 2009, Ouro Preto. Simpósio Interdisciplinar de Física e Bioinformática, 2009.

31.
DFONSECA, V. ; ALMEIDA, S. S. ; SOARES, S. ; PINTO, A. C. ; SANTOS, A. R. ; Resende, D. ; OLIVEIRA, G. C. ; Ramos, R. T. J. ; CERDEIRA, L. T. ; Orellana, Sara Cuadros ; SILVA, A. ; MIYOSHI, A. ; Ruiz, J. C. ; AZEVEDO, V. . Comparative genomics between Corynebacterium pseudotuberculosis strains. In: Simpósio Interdisciplinar de Física e Bioinformática, 2009, Ouro Preto. Simpósio Interdisciplinar de Física e Bioinformática, 2009.

32.
SOARES, S. ; DFONSECA, V. ; ALMEIDA, S. S. ; PINTO, A. C. ; SANTOS, A. R. ; Ramos, R. T. J. ; Resende, D. ; Orellana, Sara Cuadros ; SILVA, A. ; MIYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. ; Ruiz, J. C. . Pathogenicity islands in bacteria:A next generation sequence approach overview of Corynebacterium genomes. In: Simpósio Interdisciplinar de Física e Bioinformática, 2009, Ouro Preto. Simpósio Interdisciplinar de Física e Bioinformática, 2009.

33.
Resende, D. ; Ruiz, J. C. ; OLIVEIRA, N. J. D. ; Ramos, R. T. J. ; CERDEIRA, L. T. ; BATISTA, I. C. A. ; Corrêa-Oliveira, R. . Reverse vaccinology: a new approach for de-signing a vaccine against canine visceral leishmaniasis. In: Simpósio Interdisciplinar de Física e Bioinformática, 2009, Ouro Preto. Simpósio Interdisciplinar de Física e Bioinformática, 2009.

Apresentações de Trabalho
1.
Ramos, R. T. J.. Bioinformática na Fronteira do Conhecimento. 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

2.
Ramos, R. T. J.. Bioinformática aplicada a análise de dados de sequenciadores de nova geração. 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

3.
Ramos, Rommel Thiago Jucá. Methanogenesis from genomic perspective - Bioinformatic Challenges. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

4.
Ramos, Rommel. De novo assembly tools. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
Ramos, Rommel; CERDEIRA, L. T. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. . Genomas procariotos: next gen e bioinformática em parceria com Applied Biosystens. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

6.
Ramos, Rommel. Bioinformática. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

7.
Ramos, Rommel. Bioinformática na Fronteira do conhecimento. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

8.
Ramos, Rommel; CERDEIRA, L. T. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. . De novo Genome Assembly. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

9.
Ramos, R. T. J.. Tratamento de Sequências genômicas e finalização de montagens utilizando NGS. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

10.
Ramos, R. T. J.; CERDEIRA, L. T. ; DFONSECA, V. ; ALMEIDA, S. S. ; Resende, D. ; PINTO, A. C. ; SOARES, S. ; SANTOS, A. R. ; SILVA, R. R. ; Orellana, Sara Cuadros ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; J. Lameira ; OLIVEIRA, G. C. ; SILVA, A. ; AZEVEDO, V. ; Ruiz, J. C. . A pipeline for bacterial genome sequencing assembly using short reads: Corynebacterium pseudotuberculosis as a model. 2009. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
Gomes de Sa, P. H. C. ; MIRANDA, FÁBIO ; VERAS, A. A. O. ; DE MELO, DIEGO MAGALHÃES ; Thiago Jucá Ramos, Rommel . GapBlaster?A Graphical Gap Filler for Prokaryote Genomes. 2016.

2.
Ramos, R. T. J.. Simplifier. 2011.

3.
PINTO, A. C. ; Ramos, R. T. J. ; AZEVEDO, V. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; SILVA, A. . CoreStimulon. 2011.

4.
Ramos, R. T. J.. Quality Assessment. 2009.


Demais tipos de produção técnica
1.
Ramos, Rommel T.J.. Montagem e Anotação de Genomas. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

2.
Ramos, Rommel. SQL Server. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

3.
Ramos, R. T. J.. SQL Server. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

4.
Miguel Ortega ; Ramos, R. T. J. . Workshop de Montagem e Anotação de Genomas - Prática de banco de dados Mysql. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

5.
Ramos, R. T. J.. JAVA - Introdução. 2008. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

6.
Ramos, R. T. J.. Introdução a Banco de Dados. 2008. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).



Patentes e registros



Programa de computador
1.
Thiago Jucá Ramos, Rommel; Carneiro,Adriana R ; Gomes de Sa, P. H. C. ; Azevedo, Vasco ; Schneider, MPC. ; SILVA, A. . G4ALL. 2015.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512016000356-1, data de registro: 25/09/2015, título: "G4ALL" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.

2.
VERAS, A. A. O. ; Gomes de Sa, P. H. C. ; Azevedo, Vasco ; SILVA, A. ; Thiago Jucá Ramos, Rommel . Auto AssemblyD. 2015.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512016000358-8, data de registro: 25/09/2015, título: "Auto AssemblyD" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
ALVES, R.; SALES JUNIOR, C. S.; JUCA RAMOS, ROMMEL; KAWASAKI, REGIANE; OHASHI, O.. Participação em banca de José Flávio de Souza Dias Junior. Uma abordagem baseada em módulos para análise de perfis de expressão diferencial de genomas completos. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará.

2.
CARNEIRO, A. R.; SANTOS, A. V.; DAS GRAÇAS, DIEGO A; Ramos, Rommel T. J.. Participação em banca de Larissa Maranhão Dias. Estudo de genômica comparativa de Corynebacterium pseudotuberculosis linhagem 226 (biovar ovis). 2015. Dissertação (Mestrado em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará.

3.
Carneiro,Adriana R; SILVA, A.; Rafael Baraúna; Ramos, Rommel T. J.. Participação em banca de Jorianne Thyeska Castro Alves. Perfil de expressão diferencial de Corynebacterium pseudotuberculosis linhagem 258 submetida à condição de estresse ácido in vitro. 2015. Dissertação (Mestrado em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará.

4.
Carneiro,Adriana R; Rafael Baraúna; AZEVEDO, J. S. N.; Ramos, R. T. J.. Participação em banca de Jaqueline Conceição Meireles Gomes. Montagem e Análise Comparativa do genoma da bactéria psychrobacter sp ENNN9_III. 2015. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

5.
AZEVEDO, V.; Miguel Ortega; REIS, S.; JUCA RAMOS, ROMMEL. Participação em banca de Diego César Batista Mariano. SIMBA: uma ferramenta web para gerenciamento de montagem de genomas bacterianos. 2015. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

6.
Darnet S.; BARAÚNA, RAFAEL A; Schneider, MPC.; RAMOS, ROMMEL T. Participação em banca de Adriano Marques Viegas. Otimização da montagem de novo de transcriptoma de plantas não modelo. 2015. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

7.
AGUIAR, D. C. F.; SOUZA, C. R. B.; Ramos, Rommel Thiago Jucá; GONCALVES, E. C.. Participação em banca de Rafael Ribeiro Barata. Análise genômica do microbioma cultivável endofítico dr frutos de dendê. 2014. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

8.
SILVA, A.; Carneiro,Adriana R; SANTOS, A. K. R.; Ramos, Rommel Thiago J. Participação em banca de Adonney Allan de Oliveira Veras. AutoAssemblyD: Software para submissão e gerenciamento de montagem de genomas a partir de modelos XML. 2014. Dissertação (Mestrado em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará.

9.
MORAIS, L. L. C. S.; NUNES, M.; VIANEZ JUNIOR, J. L. S. G.; Ramos, Rommel T. J.. Participação em banca de Daniel Rios Garza. Estudo da relação entre lisogenia e diversificação ecotípica na evolução rápida do Vibrio cholerae. 2014. Dissertação (Mestrado em Virologia) - Instituto Evandro Chagas.

10.
Azevedo, Vasco; PINTO, A. C.; Ramos, Rommel Thiago Jucá; SORIANI, F. M.; Carneiro,Adriana R. Participação em banca de Mariana Passos Santana. Análise transcricional de Corynebacterium pseudotuberculosis biovar equi, linhagem 258, a partir de montagem ab initio: enfoque nos processos biológicos dos stimulons ácido, térmico e osmótico. 2014. Dissertação (Mestrado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais.

11.
MORAIS, L. L. C. S.; NUNES, M.; Ramos, Rommel Thiago Jucá; VIANEZ JUNIOR, J. L. S. G.; MARINHO, A. N. R.. Participação em banca de Daniel Rios Garza. Estudo da relação entre lisogenia e diversificação ecotípica mediada por fagos na evolução rápida do vibrio cholerae. 2014. Dissertação (Mestrado em Virologia) - Instituto Evandro Chagas.

12.
SOUZA, S. J.; SCHNEIDER, I.; Darnet S.; Ramos, Rommel T.J.. Participação em banca de André Maurício Ribeiro dos Santos. Diversidade de indels em sítios de ligação de fatores de transcrição (TFBS) humanos. 2014. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

13.
MCCULLOCH, J.; MORAIS, L. L. C. S.; LIMA, K. V. B.; RAMOS, R. T. J.. Participação em banca de Maíse Gomes QUeiroz. Estudo e caracterização dos elementos genéticos móveis que conferem resistência às carbapenemas de Klebsiella pneumoniae. 2013. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

Teses de doutorado
1.
MIRANDA, M.; OHASHI, O.; CORDEIRO, M.; ALMEIDA, N. N. C.; JUCA RAMOS, ROMMEL. Participação em banca de Priscila Di Paula Bessa Santana. Perfil Transccriptômico de oócitos maturados e blastocistos de búfalo (Bubalus bubalis) produzidos in vitro. 2017. Tese (Doutorado em Ciência Animal) - Universidade Federal do Pará.

2.
Azevedo, Vasco; SOARES, S. C.; Rommel TJ Ramos; GRUBER, A.; FERNANDES, G. R.; Miguel Ortega. Participação em banca de Luis Carlos Guimarães. Comparative genomics and pan-genomics study of genus corynebacterium. 2015. Tese (Doutorado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais.

3.
SANTOS, A. K. R.; BURBANO, R. M. R.; MOREIRA, F. C.; SANTANA, A. L.; Ramos, Rommel Thiago J. Participação em banca de Larissa Luz Gomes. Perfil de expressão diferenciada de miRNA no câncer gástrico usando rede neurais artificiais self organizing-maps (SOM). 2015. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

4.
Schneider H.; SILVA, A.; Darnet, Sylvain; Sampaio I. M; Ramos, Rommel Thiago J. Participação em banca de Carlos Murilo Tenório Maciel. Transcriptomas do macrobrachium amazonicum desenvolvido no sequenciador Ion Torrent TM. 2015. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

5.
Miguel Ortega; RODRIGUES, M. R.; Lobo, Francisco P.; BLEICHER, L.; Ramos, Rommel Thiago Jucá. Participação em banca de Henrique Velloso Ferreira Melo. Ferramentas e serviços online para a análise da origem cladística de genes e vias metabólicas. 2014. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

6.
SANTOS, A. K. R.; SANTOS, S. E. B.; ASSUMPCAO, P. P.; SCHNEIDER, I.; SOUZA, S. J.; Ramos, Rommel T.J.. Participação em banca de Fabiano Cordeiro Moreira. Análise in silico da expressão diferencial de microRNAs no câncer gástrico. 2014. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

7.
SILVA, A.; pellizari, V. H.; Darnet S.; Carneiro,Adriana R; Rommel TJ. Participação em banca de Rafael Azevedo Baraúna. Proteoma diferencial e caracterização da proteína reguladora da síntese de ácidos graxos em Exiguobacterium antarticum b7. 2014. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

8.
SILVA, A.; pellizari, V. H.; SANTOS, A. K. R.; AZEVEDO, J. S. N.; Rommel TJ Ramos. Participação em banca de Diego Assis da Graças. Micro-organismos no reservatório da usina hidrelétrica de Tucuruí: diversidade genética e genômica. 2014. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

9.
Schneider, Maria Paula C.; FIORI, M.; XAVIER, L.; Carneiro, Adriana Ribeiro; Ramos, Rommel T. J.. Participação em banca de Danielle Costa Carrara Couto. Predição de produtos naturais utilizando técnicas de mineração de dados e um banco de dados integrado de genômica comparativa sobre cianobactérias: cianobr. 2014. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

10.
Azevedo, Vasco Ariston Carvalho; Lobo, Francisco P.; Miguel Ortega; VILELA, L. F. F.; Thiago Jucá Ramos, Rommel. Participação em banca de Amjad Ali. Comparative Microbial Genomics: Pangenomics and Pathogenomics of Corynebacterium, Campylobacter and Helicobacter. 2013. Tese (Doutorado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais.

11.
Azevedo, Vasco Ariston Carvalho; FERREIRA, R. S.; ARNI, R. K.; Ramos, Rommel Thiago Jucá; SANTORO, M. M.; SORIANI, F. M.; BLEICHER, L.. Participação em banca de Syed Shah Hassan. Modelome Derived Intra-Species Broad Spectrum Drug and Vaccine Targets Identification in the Animal Pathogen Corynebacterium pseudotuberculosis. 2013. Tese (Doutorado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais.

12.
AZEVEDO, V.; Tauch, Andreas; LELOIR, Y.; SETUBAL, J.; DURHAM, A.; Ramos, RT; Miguel Ortega. Participação em banca de Siomar de Castro Soares. Pan-genomics analyses of pathogen Corynebacterium pseudotuberculosis and characterization of the biovars ovis and equi thrugh comparative genomics. 2013. Tese (Doutorado em Genética) - Universidade Federal de Minas Gerais.

Qualificações de Doutorado
1.
Thiago Jucá Ramos, Rommel; Carneiro,Adriana R; Rafael Baraúna; GUIMARÃES, LUIS CARLOS. Participação em banca de Adonney Allan de Oliveira Veras. Desenvolvimento de pipeline para finalização de genomas eucariotos com abordagens de Big Data. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

2.
GUERREIRO, J. F.; VIANEZ JUNIOR, J. L. S. G.; RAMOS, ROMMEL T; MAIA, M. H. T.. Participação em banca de Janaina Mota de Vasconcelos. Emergência e potencial propagação do Chikungunya Vírus (Chikv) no Brasil. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

3.
Ramos, Rommel TJ; Darnet, Sylvain; OLIVEIRA, E. H. C.. Participação em banca de Pablo Caracciolo Gomes de Sá. Montagem do genoma do sabiá-laranjeira (Turdus Rufiventris): a ave símbolo do Brasil. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

4.
SENA, L.; SANTOS, E.; NUNES, M.; Ramos, R. T. J.. Participação em banca de Janaina Mota de Vasconcelos. Epigenética das células Natural Killer primárias na resposta imune inata na febre da dengue. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

5.
Miguel Ortega; Lobo, Francisco P.; Ramos, Rommel Thiago Jucá. Participação em banca de Eudes Guilherme Vieira Barbosa. On the limits of Computactional functional genomics for bacterial lifestyle prediction. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

6.
MIRANDA, M.; Carneiro, Adriana Ribeiro; Ramos, Rommel T. J.; SARAIVA, N. Z.. Participação em banca de Priscila Di Paula Bessa Santana. Perfil transcriptômico de embriões bubalinos pré-implantacionais produzidos in vitro e in vivo. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência Animal) - Universidade Federal do Pará.

7.
BURBANO, R. M. R.; Vasconcelos P.; VALLINOTO, A. C. R.; Ramos, Rommel T. J.. Participação em banca de Layanna Freitas de Oliveira. Perfil epigenético circulante durante a infecção pelo Dengue vírus, identificado por RNA-Seq. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

8.
Ramos, Rommel; BARTHOLOMEU, D. C.; Lobo, Francisco P.. Participação em banca de Thiago Mafra Batista. Sequenciamento de novo, montagem e análise dos genomas da cepa probiótica Saccharomyces boulardii e da cepa Saccharomyces cerevisiae UFMG A-905, uma possível levedura probiótica. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

9.
SILVA, A.; CARNEIRO, A. R.; RAMOS, R. T. J.. Participação em banca de Diogo Marinho Almeida. Métodos Computacionais para biologia de sistemas: alinhamento e simulação de redes biológicas. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará.

Qualificações de Mestrado
1.
Schneider, MPC.; XAVIER, L.; Ramos, R. T. J.. Participação em banca de Sônia Robledo Ferreira. Detecção de Cianotoxinas em ambientes oligotróficos e eutróficos de Macapá-AP. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará.

2.
Darnet S.; SILVA, A.; RAMOS, ROMMEL T. Participação em banca de Fabrício Almeida de Araújo. Estudo da influência da Qualidade do Sequenciamento em Next-generation mapping em plantas. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

3.
SILVA, A.; CARNEIRO, ADRIANA; Rommel T. J. Ramos. Participação em banca de Luciano Chaves Franco Filho. Análise pan-genômica do gênero Desulfovibrio. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

4.
Ramos, Rommel Thiago Jucá; Darnet S.. Participação em banca de André Maurício Ribeiro dos Santos. Diversidade de INDELS em sítios de ligação de fatores de transcrição humanos. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

5.
Carneiro,Adriana R; SILVA, A.; Rommel TJ. Participação em banca de Jaqueline Conceição Meireles Gomes. Montagem e análise comparativa do genoma da bactéria psicrotrófica psychrobacter sp. ennn9_III. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

6.
Darnet S.; SILVA, A.; Ramos, Rommel T. J.. Participação em banca de Adriano Marques Viegas. Montagem de novo híbrida de transcriptoma de planta não modelo. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

7.
Rommel TJ; SENA, C.; Carneiro,Adriana R. Participação em banca de Kenny da Costa Pinheiro. Avaliação do viés GC em plataformas de sequenciamento de nova geração. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará.

8.
MCCULLOCH, J.; Darnet S.; Ramos, Rommel Thiago Jucá. Participação em banca de Rafael Ribeiro Barata. Análise Genômica do Microbioma Cultivável Endofítico de Frutos de Dênde (Elaeis guineenses Hacq.). 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

9.
NUNES, M.; Ramos, Rommel Thiago Jucá; GONCALVES, E.. Participação em banca de David Klemerson da Silva. Predição in silico de microRNAs de Cianobactérias. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

10.
SILVA, A.; Darnet S.; RAMOS, R. T. J.. Participação em banca de Wendel de Oliveira Castro. Draft da montagem de novo de Haloferax volcanii. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

11.
SILVA, A.; CARNEIRO, A. R.; RAMOS, R. T. J.. Participação em banca de Andréia do Socorro de Sousa Silva. Montagem e Anotação do Genoma da Corynebacterium Ulcerans FRC58. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
XAVIER, L.; NASCIMENTO, L. A. S.; Ramos, R. T. J.. Participação em banca de Eduardo Leão de Almeida.Identificação e Caracterização in silico de novas enzimas alfa-amilase obtidas a partir do DNA metagenômico da microbiota endofítica do mesocarpo do fruto de elaeis guineesis jacq. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal do Pará.

2.
NUNES, M.; Ramos, R. T. J.; VIANEZ JUNIOR, J. L. S. G.. Participação em banca de Davi Toshio Inada.Montagem genômica de quatro novos vírus sequenciados por pirosequenciamento, através da utilização de abordagem de novo. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biomedicina) - Universidade Federal do Pará.

3.
MORAIS, L. L. C. S.; VIANEZ JUNIOR, J. L. S. G.; Ramos, Rommel T. J.. Participação em banca de Geovani de Oliveira Ribeiro.Ferramentas filogenômicas para predição de dados epidemiológicos de Vibrio cholerae. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal do Pará.

4.
Carneiro,Adriana R; Ramos, Rommel T. J.; GRAÇAS, DIEGO A. Participação em banca de Ana Lidia Queiroz Cavalcante.Perfil de expressão diferencial de Corynebacterium pseudotuberculosis linhagem 258 submetida à condição de estresse térmico. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Pará.

5.
SCHNEIDER, I.; MIRANDA, M.; Ramos, Rommel T.J.. Participação em banca de Acácio Freitas Nogueira.Clonagem do elemento cis-regulatório CsC de Callorhinchus milii e Homo sapiens. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Pará.

6.
CARNEIRO, C.; Ramos, Rommel Thiago Jucá; AMORIN, F.. Participação em banca de Eriston Ramos / Oziel Ramos.Jogos de Matemática da sŕie Gcompris na formação docente do 1º ciclo do ensino fundamental da escola municipal de ensino fundamental professora Elza Maria Corrêa Dantas. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática) - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Pará.

7.
GOMES, M.; Ramos, Rommel T.J.; MAIA, A.. Participação em banca de Andrea Abreu e Maryan Rodrigues.Inclusão digital nas escolas de educação infantial do município de Capitão Poço. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática) - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Pará.

8.
MAIA, A.; Ramos, Rommel TJ; HELY, M.. Participação em banca de José Soares e Tancredo Almeida.Proposta de um sistema para automatizar rotinas administrativas escolares. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática) - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Pará.

9.
CARNEIRO, C.; Ramos, Rommel Thiago Jucá; AMORIN, F.. Participação em banca de Francisca Andreia Oliveira e Maria Verônica.A receptividade dos professores do ensino fundamental em relação ao laboratório de informática em três escolas de Capitão Poço. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática) - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Pará.

10.
SILVA, H. A. N.; Ramos, Rommel Thiago Jucá. Participação em banca de Rosilene Lima de Souza.Informática na Educação: uma proposta para a grade curricular no ensino fundamental maior (6º ano ao 9º ano) no município de Garrafão do Norte. 2013 - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Pará.

11.
SANTOS, A. V.; Darnet S.; RAMOS, R. T. J.. Participação em banca de Yaisa Gomes de Castro.Predição de Genes de resistência em pimenteira-do-reino. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Pará.

12.
GONCALVES, E. C.; RAMOS, R. T. J.; FRANCES, R. S. K.; COUTO, D. C. C.. Participação em banca de Alex Ranieri Jerônimo Lima.Análise genômica de cianobactéria em cultura não axênica. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Pará.

13.
MORAIS, L. L. C. S.; Ramos, Rommel Thiago J; MCCULLOCH, J.. Participação em banca de Daniel Rios Garza.Genética e Dinâmica Evolutiva do Vibrio Cholerae na Amazônia. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Pará.

14.
COSTA, Danielle Fonseca; SILVA, Osiel Marlon Negrão da; Ramos, Rommel. Participação em banca de Ellen Sarah, Hugo Talisman e José Afonso.ITV: Protótipo de aplicação interativa para TV Digital baseado em um reality show utilizando o middleware Ginga. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdade de Estudos Avançados do Pará.

15.
Ramos, Rommel; HAGE FILHO, A. J.; SILVA, Osiel Marlon Negrão da. Participação em banca de Adam dos Santos, Andre Franco, Bruce Ferreira e Jose Tadeu.Automaçao de vestibulares com agendamento de prova eletronica informatizada: um estudo de caso FEAPA. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdade de Estudos Avançados do Pará.

16.
SARMANHO NETO, M.; Ramos, R. T. J.; HAGE FILHO, A. J.. Participação em banca de Luciana Matos, Mário Sousa,Orlando Soares e Roberto Ferreira.A importância da implantação de um sistema especialista para gerenciamento de energia elétrica na empresa de processamento de dados do Estado do Pará - PRODEPA. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdade de Estudos Avançados do Pará.

17.
HAGE FILHO, A. J.; Ramos, R. T. J.; SILVA, Osiel Marlon Negrão da. Participação em banca de Fredson Silva Pinto e Rafael Salles.Compras Coletivas: um estudo de caso na construção de um sistema. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdade de Estudos Avançados do Pará.

18.
COSTA, Danielle Fonseca; DAMASCENO, R. R.; Ramos, R. T. J.. Participação em banca de Felipe Bastos Penin e Jhemeson Clyff Farias da Luz.Imaginário Amazônico ? Realidade Aumentada Aplicada a Jogos Educacionais Utilizando o Lendário Amazônico. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdade de Estudos Avançados do Pará.

19.
SILVA, Osiel Marlon Negrão da; Ramos, R. T. J.; COSTA, Danielle Fonseca. Participação em banca de Kenny C. P. Ramos, Aline C. M. Piteiro e Clésio O. Alves.Ferramenta GED para Hospital: Proposta de Desenvolvimento de uma Ferramenta GED para o Controle de Prontuários Médicos. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdade de Estudos Avançados do Pará.

20.
HAGE FILHO, A. J.; NASCIMENTO, M. G.; Ramos, R. T. J.. Participação em banca de Marcos Barros, Ítalo Sarraf, Antônio Leite e Lenisson Costa.Proposta para o Desenvolvimento de um Projeto de um Sistema de Informação para Gerenciamento de Ferramentas de Apoio a Profissionais Liberais. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdade de Estudos Avançados do Pará.

21.
FREIRE, J. A. S. S.; COSTA, Danielle Fonseca; Ramos, R. T. J.. Participação em banca de Júlio R. C. Mota, Everson C. R. Santana.Sistema Gerencial Inteligente para Coorperativas: Proposta de Desenvolvimento de um Sistema Gerencial Inteligente para Cooperativas Utilizando Técnicas de Inteligência Artificial. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdade de Estudos Avançados do Pará.

22.
HAGE FILHO, A. J.; FREIRE, J. A. S. S.; Ramos, R. T. J.. Participação em banca de Jorge Cecílio,Fernando Júnior,Aline Pereira,Thiago Oliveira.Proposta de Implementação de um DatawareHouse para Faculdades. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdade de Estudos Avançados do Pará.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Outras participações
1.
Ramos, R. T. J.. Autorização do curso de Redes de Computadores. 2007. Faculdade de Castanhal.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
23rd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology. The Mithocondrial Genome Assembly of Buffalo from the Marajó island (Brazil). 2015. (Congresso).

2.
Dia do profissional de Informática.Bioinformática: computação aplicada à resolução de problemas biológicos. 2015. (Outra).

3.
22nd Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology. B4D - Blast2GO for Dummies. 2014. (Congresso).

4.
International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering. The impact of quality filter for RNA-Seq data over differential expression profile. 2014. (Congresso).

5.
ISCB-Latin American. 2014. (Congresso).

6.
ISCB-Latin American. The impact of quality filter for RNA-Seq based reference over differential gene expression for prokaryotes. 2014. (Congresso).

7.
59o Congresso Brasileiro de Genética. High Efficiency of a mate-paired library from semiconductor sequencer for microbial de novo genome assmebly. 2013. (Congresso).

8.
II Simpósio de Biotecnologia da UFBA.I Simpósio de Genômica Funcional e Biologia Sistêmica de Microrganismos. 2013. (Simpósio).

9.
Primeiro Simpósio Brasileiro de Ensino, Pesquisa e extensão em Bioinformática.Desafios para analise transcriptomica de procariotos. 2013. (Simpósio).

10.
V Semana Acadêmica de Biotecnologia.Perspectivas em Bioinformática. 2013. (Outra).

11.
X-meeting. 2013. (Congresso).

12.
28⁰ Reunião de Genética de Microrganismos. 2012. (Outra).

13.
58⁰ Congresso Brasileiro de Genética. Methanogenesis from genomic perspective - Bioinformatic Challenges. 2012. (Congresso).

14.
Centro Argentino Brasileiro de Biotecnologia (CABBIO).De Los Genes a Las Proteínas: Introducción al Análisis Global de Expresión Génica. 2012. (Simpósio).

15.
Curso de Verão em Bioinformática Estrutural (UFMG). 2012. (Outra).

16.
RNASeq (UFMG). 2012. (Outra).

17.
26 Congresso Brasileiro de Microbiologia. Genomas procariotos: next gen e bioinformática em parceria com Applied Biosystens. 2011. (Congresso).

18.
Life Technologies - Next Gen Sequencing Experience.De novo assembly tools. 2011. (Encontro).

19.
Workshop de Montagem e Anotação de Genomas Bacterianos.Workshop de Montagem e Anotação de Genomas Bacterianos. 2011. (Outra).

20.
X-meeting. De novo Genome Assembly. 2011. (Congresso).

21.
Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia. 2010. (Encontro).

22.
Centro Brasileiro-Argentino de Biotecnologia.Plataforma de Sequenciamento de Nova Geração NGS-SOLiD: Sequenciamento, montagem e anotação de um genoma bacteriano. 2010. (Encontro).

23.
Congresso Brasileiro de MicroBiologia. Sequenciamento dos genomas de linhagens de Corynebacterium pseudotuberculosis utilizando a plataforma SOLiD.. 2009. (Congresso).

24.
Simpósio Interdisciplinar de Física e Bioinformática.A pipeline for bacterial genome sequencing assembly using short reads: Corynebacterium pseudotuberculosis as a model. 2009. (Simpósio).

25.
V Curso de Verão em Bioinformática - FMRP/USP. 2009. (Oficina).

26.
Workshop de Bioinformática -Applied Biosystems do Brasil. 2009. (Outra).

27.
Workshop Sobre Sequenciamento de Nova Geração, IRR - FIOCRUZ. 2009. (Outra).

28.
X-meeting 2009. Short Read and Bacterial Genome Assembly: a corynebacterium experience.. 2009. (Congresso).

29.
Curso de Implementador MPS-BR.Implementador MPS-BR. 2007. (Outra).

30.
Curso de introdução ao MPS-BR.Curso de introdução ao MPS-BR. 2007. (Outra).

31.
Simpósio Brasileiro de Qualidade de Software. 2007. (Simpósio).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
AZEVEDO, V. ; SILVA, A. ; SCHNEIDER, Maria Paula Cruz ; Ramos, R. T. J. ; PINTO, A. C. ; SOARES, S. ; CERDEIRA, L. T. ; ALMEIDA, S. S. . Plataforma de Sequenciamento de Nova Geração NGS-SOLiD. 2010. (Outro).

2.
SILVA, A. ; Ruiz, J. C. ; ALMEIDA, S. S. ; AZEVEDO, V. ; CUADROS, S. ; Ramos, R. T. J. ; CERDEIRA, L. T. ; DFONSECA, V. ; OLIVEIRA, G. C. ; Orellana, Sara Cuadros ; Resende, D. ; SOARES, S. . Workshop Bioinformática. 2009. (Outro).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Amália Raiana Fonseca Lobato. Identificação de genes de fagos funcionais em Corynbacterium pseudotuberculosis através da avaliação de dados de expressão. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

2.
DIEGO MAGALHÃES DE MELO. Abordagem Computacional para identificação de erros de montagem através de algoritmos de busca de palavras. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará. (Orientador).

3.
Yan Patrick de Moraes Pantoja. PanWeb 2: Um aplicativo para análise pangenômica de genomas não finalizados. Início: 2017. Dissertação (Mestrado profissional em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Fábio Malcher Miranda. GapBlaster2 - Uma ferramenta para finalização de montagem de genomas com viés GC. Início: 2018. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais. (Orientador).

2.
Ailton Lopes de Sousa. Ambiente Computacional para Identificação e caracterização de elementos móveis em genomas de procariotos. Início: 2018. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará. (Orientador).

3.
Edian Franklin Franco De Los Santos. Caracterização de microRNAs como possíveis marcadores de infecção por Corynebacterium pseudotuberculosis em linhagens celulares de murino através de técnicas de aprendizado de máquina. Início: 2017. Tese (Doutorado em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

4.
Ana Lídia Cavalcante. Perfil de expressão do interatoma de Corynebacterium pseudotuberculosis durante infecção in vitro em macrófagos de murino. Início: 2017. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará. (Orientador).

5.
Fabricio Almeida Araújo. Aplicação de técnicas de data mining na classificação de genes co-regulados no grupo CMNR (Corynebacterium, Mycobacterium, Nocardia e Rodococcus). Início: 2016. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

6.
Kenny da Costa Pinheiro. Identificação de Locus de Caracteres Quantitativos no genoma de Bubalus bubalis var. Kerebau. Início: 2015. Tese (Doutorado em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará. (Orientador).

Iniciação científica
1.
Bruna Verônica Azevedo Gois. Análise de expressão de genes de antígenos durante a infecção de linhagens celulares de murino por Corynbacterium pseudotuberculosis. Início: 2017. Iniciação científica (Graduando em Biomedicina) - Universidade do Estado do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

2.
Dener Maués Negrão. Desenvolver uma plataforma Web para análise comparativa de genomas não finalizados.. Início: 2017. Iniciação científica (Graduando em Sistema de Informação) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Glen Jasper Yupanqui Garcia. Desenvolvimento de pipeline para montagem de dados metagenômicos. 2018. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

2.
Fábio Malcher Miranda. Aprimorando montagens metagenômicas através do particionamento de dados de sequenciamento pelo conteúdo GC. 2018. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

3.
Ailton Lopes de Sousa. Ambiente Computacional para caracterização e identificação de fagos em genomas bacterianos. 2018. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

4.
Edian Franklin Franco de los Santos. Abordagem computacional para a identificação de candidatos a genes housekeeping por meio de técnicas de aprendizado de máquina em dados de RNA-seq de Corynebacterium pseudotuberculosis. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

5.
Wendel de Oliveira Castro. Montagem do genoma de Haloferax sp.. 2014. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

6.
Kenny da Costa Pinheiro. Avaliação de viés GC em plataformas de sequenciamento de nova geração. 2013. Dissertação (Mestrado em BIOTECNOLOGIA) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

Tese de doutorado
1.
Adonney Allan de Oliveira Veras. Nova abordagem para viabilizar análises pan-genômicas a partir de genomas não finalizados. 2014. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Luis Carlos Guimarães. 2017. Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Rommel Thiago Juca Ramos.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Wylerson Guimarães Nogueira. Predição in silico de alvos antigênicos em pan-exoproteoma de Corynebacterium pseudotuberculosis. 2018. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal do Pará. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

2.
Ailton Lopes de Sousa. Ambiente computacional para indentificação e caracterização de fagos em genomas bacterianos. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistema de Informação) - Universidade Federal do Pará. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

3.
Fábio Malcher Miranda. DESENVOLVIMENTO DO PROGRAMA DE COMPUTADOR GAPBLASTER: UMA FERRAMENTA GRÁFICA PARA FECHAMENTO DE GAPS EM GENOMAS PROCARIOTOS. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

4.
Paulo Miranda. Desenvolvimento de um pipeline para análise de metagenomas com dados de sequenciadores high-throughput. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Engenharia da Computação) - Universidade Federal do Pará. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

5.
William dos Santos. Avaliação dos algoritmos aplicados a correção de erros de sequenciamento. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistema de Informação) - Universidade Federal do Pará. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

6.
Kezia Mota e Nádia Sulivan. Proposta de software para o controle financeiro de uma instituição religiosa. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Informática) - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Pará. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

7.
Elaine Vaz, Pedro Fernando Marinho e Wendell de Oliveira. Desenvolvimento de um software com processamento distribuído para avaliação de qualidade de dados produzidos por sequenciadores de nova geração. 2012. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdade de Estudos Avançados do Pará. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

8.
Edriely Carrera, Francinéia Soares, Jorge Luís e Julio Cesar. Proposta de desenvolvimento de um sistema web utilizando a tecnologia joomla: Estudo de caso da panificadora Médice. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdade de Estudos Avançados do Pará. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

Iniciação científica
1.
Amalia Raiana Fonseca Lobato. Predição e caracterização in silico de sequências homólogas a família ESAT-6 em Corynebacterium pseudotuberculosis.. 2017. Iniciação Científica. (Graduando em Biomedicina) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

2.
Ludmila Ferreira. Identificação de ncRNAs em banco de dados de câncer. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Pará. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

3.
Amalia Raiana Fonseca Lobato. Predição e caracterização in silico de sequências homólogas a família ESAT-6 em Corynebacterium pseudotuberculosis. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Biomedicina) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

4.
Yan Patrick de Moraes Pantoja. Aplicativo Web para análises Pan-Genômicas. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia de Computação) - Faculdade Estácio de Belém, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

5.
Amalia Raiana Fonseca Lobato. Caracterização de componentes genéticos provenientes de bacteriófagos transferidos horizontalmente entre linhagens da espécie bacteriana Corynebacterium pseudotuberculosis. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Biomedicina) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

6.
AMALIA RAIANA FONSECA LOBATO. Caracterização de componentes genéticos provenientes de bacteriófagos transferidos horizontalmente entre linhagens da espécie bacteriana Corynebacterium pseudotuberculosis.. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Biomedicina) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

7.
Amalia Raiana Fonseca Lobato. Caracterização de componentes genéticos provenientes de bacteriófagos transferidos horizontalmente entre linhagens da espécie bacteriana Corynebacterium pseudotuberculosis.. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Biomedicina) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

8.
Luciana Lima Brito. Desenvolvimento de um software para identificação de sequências redundantes oriundas da montagem de novo de dados transcriptômicos.. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

9.
Tassia Alana Alves Ferreira. Criação de um genome browser para corynebacterium pseudotuberculosis e integração das informações de ontologia de genes. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Biotecnologia) - Universidade Federal do Pará, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

10.
Diego Magalhães de Melo. Desenvolver um algoritmo para a montagem de genomas sequenciados pela plataforma Ion Torrent Pgm. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Centro Universitário do Estado do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

11.
Ehilton Kazuo Chiba Yoshidome. Desenvolvimento de um software para identificação de sequências redundantes oriundas da montagem de novo de dados transcriptômicos.. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.

12.
Mateus Pinto Rodrigues. Desenvolvimento de um software para identificação dos genes housekeeping de Corynebacterium pseudotuberculosis 258 com base no perfil de expressão.. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará, Fundação Amazônia Paraense de Amparo à Pesquisa. Orientador: Rommel Thiago Juca Ramos.



Educação e Popularização de C & T



Apresentações de Trabalho
1.
Ramos, R. T. J.. Bioinformática aplicada a análise de dados de sequenciadores de nova geração. 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

2.
Ramos, Rommel Thiago Jucá. Methanogenesis from genomic perspective - Bioinformatic Challenges. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).




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