Flávia Pena Nicolas

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  • Última atualização do currículo em 24/08/2015


Mestre em Gestão e Informática em Saúde pela Universidade Federal de São Paulo (Unifesp), campus de São Paulo (Início: 2012 - Conclusão: 2014). Foi graduada pelo curso de Bacharelado em Informática Biomédica da Universidade de São Paulo (USP), campus de Ribeirão Preto (Início: 2007 - Conclusão: 2010). Realizou de 2008 à 2009 estágio de Iniciação Científica sob orientação da Profa. Dra. Alessandra Alaniz Macedo, no Laboratório de Informática em Saúde - LIS, onde permaneceu até 2010 desenvolvendo projetos de pesquisa, incluindo seu Trabalho de Conclusão de Curso (TCC). Possui experiência na área de gestão e informática em saúde, ferramentas de mapeamento e mineração de textos, ontologias, reconhecimento de entidades mencionadas e descoberta de conhecimento. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Flávia Pena Nicolas
Nome em citações bibliográficas
NICOLAS, F. P.


Formação acadêmica/titulação


2012 - 2014
Mestrado em Gestão e Informática em Saúde.
Universidade Federal de São Paulo, UNIFESP, Brasil.
Título: Reconhecimento de Entidades Mencionadas para Auxílio na Descoberta de Conhecimento em Laudos de Biópsia Renal Escritos em Texto Livre,Ano de Obtenção: 2014.
Orientador: Ivan Torres Pisa.
Coorientador: Evandro Eduardo Seron Ruiz.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior.
2007 - 2010
Graduação em Informática Biomédica.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Investigação sobre o Reconhecimento Automático de Conceitos do Domínio de Doenças Crônicas em Artigos Científico.
Orientador: Alessandra Alaniz Macedo.




Atuação Profissional



Universidade Federal de São Paulo, UNIFESP, Brasil.
Vínculo institucional

2012 - 2014
Vínculo: Estudante de Mestrado, Enquadramento Funcional: Pesquisador


Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

2008 - 2010
Vínculo: Aluna de Graduação, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Regime: Dedicação exclusiva.



Projetos de pesquisa


2012 - 2014
Reconhecimento de Entidades Mencionadas para Auxílio na Descoberta de Conhecimento em Laudos de Biópsia Renal Escritos em Texto Livre
Descrição: Um dos objetivos da manutenção de registros eletrônicos de pacientes é justamente sua utilização para melhorar o conhecimento sobre os pacientes e suas relações com as doenças e promover tratamentos mais adequados a outros pacientes. No entanto, esta possibilidade de renovação do conhecimento é dificultada quando os registros médicos estão armazenados na forma de texto livre. Sabemos que o processamento de informações estruturadas facilita a aquisição de informações e a geração de novos conhecimentos. A estruturação da informação permite o reconhecimento dos campos de dados o que facilita a sua coleta e processamento. No entanto, o armazenamento em texto livre não discrima as entidades citadas, sejam elas nomes de medicamentos, grandezas, peças anatômicas, entre outras. Esta proposta de trabalho visa o reconhecimento de entidades mencionadas em textos médicos, por meio de técnicas de mineração de textos, para auxiliar na descoberta de conhecimento em laudos de biópsia renal..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (1) .
Integrantes: Flávia Pena Nicolas - Coordenador / SERON, Evandro Eduardo Ruiz - Integrante / Ivan Torres Pisa - Integrante / Alex Esteves Jaccoud Falcão - Integrante / Amanda da Rocha Reis - Integrante / Luiz Antonio Ribeiro de Moura - Integrante.
2010 - 2010
Investigação sobre o Reconhecimento Automático de Conceitos do Domínio de Doenças Crônicas em Artigos Científicos
Descrição: Doenças crônicas constituem um sério problema de saúde pública mundial, sendo que 60% de todas as mortes são causadas por doenças cardiovasculares, câncer, diabetes mellitus e doenças crônicas respiratórias. De acordo com estudos científicos, a exposição a fatores de risco em fases cruciais do desenvolvimento humano, principalmente na infância, pode estar relacionada a doenças crônicas do adulto. A presença de fatores de risco precoces pode ocasionar alterações na expressão de uma série de genes. Na área biomédica, devido ao volume crescente de informações biológicas e de saúde disponíveis, ontologias podem ser utilizadas para diversos fins. Conjuntamente com ontologias, técnicas computacionais podem suportar o gerenciamento de grandes repositórios de informações biomédicas e a descoberta de padrões e conhecimentos. Esta elevada quantidade de informação impossibilita que profissionais mantenham-se constantemente atualizados. Este projeto investigou ferramentas computacionais (Mgrep, MMTx e Torch) para o mapeamento e/ou a organização automáticos de texto livre para termos de uma ontologia (CDO ou ontologias do UMLS). O objetivo foi descobrir, entre as ferramentas disponíveis, a que melhor realiza a atividade de identificar, em uma coleção de artigos científicos que varia ao longo do tempo, conceitos pertencentes à CDO e UMLS. Este trabalho foi suportado por um trabalho de mestrado que desenvolveu um sistema de vigilância que retorna aos médicos pediatras e outros profissionais de saúde, artigos científicos que apresentem relações entre doenças crônico-degenerativas (inicialmente doenças cardiovasculares, obesidade e diabetes) e fatores encontrados nos registros clínicos que sejam considerados de risco para o desenvolvimento de tais doenças. O profissional da saúde é alertado sobre o relacionamento entre uma doença e o fator de risco detectado. Desse modo, ele terá condições de criar com a família uma rotina que estabeleça as melhores condições de crescimento e to.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2008 - 2009
Mecanismos de classificação para definição automática de medidas que identificam pessoas requerendo diferentes graus de atendimento médico: um estudo de caso usando UMLS
Descrição: O índice de classificação para atendimento, Grau de Vigilância GV, apóia a identificação de indivíduos que requerem diferentes níveis de atendimento médico. Este projeto investigou o uso do Sistema Unificado de Linguagem Médica (UMLS), na tentativa de otimizar resultados de classificação de paciente com algoritmos de Aprendizado de Máquina na determinação automática do GV de pacientes do Centro Médico Social e Comunitário de Vila Lobato (CMSC Vila Lobato) em Ribeirão Preto/SP..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2008 - 2008
UMA ABORDAGEM COMPUTACIONAL PARA O DIAGNÓSTICO DE DOENÇAS INTERSTICIAIS DE PULMÃO
Descrição: Doenças de interstício de pulmão (ILDs) formam um grupo heterogêneo de cerca de 150 doenças; muitas delas são raras e por isso radiologistas objetivam obter maior experiência em seu diagnóstico. Uma possível abordagem computacional que pode ajudar no diagnóstico de ILDs é a aplicação de métodos de aprendizado de máquina em uma série de imagens com essas lesões específicas. As características espaciais para o reconhecimento de padrões em imagens está relacionada à histogramas com níveis de cinza do pulmão, contagem de pixels relacionada à quantidade de ar e a média global de pixels no pulmão para análise do tecido. Essas características servem como atributos para caracterizar tipos de lesões, assim como o pulmão normal. Neste projeto indutores simbólicos foram usados para avaliar imagens de Tomografia Computadorizada em Alta Resolução (HCRT) de ILDs de pacientes do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto (HCFMRP)..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.



Idiomas


Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Prêmios e títulos


2012
Melhor Trabaho em Andamento, XII Workshop de Informática Médica (XXXII Congressoo da Sociedade Brasileira de Computação).


Produções



Produção bibliográfica
Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
ABRAHAM, J. K. ; NICOLAS, F. P. ; REIS, A. R. ; PISA, I. T. ; SERON, Evandro Eduardo Ruiz . Keyword Identification in Structured Reports in the Presence of Ambiguity. In: Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional, 2014, São Carlos. Anais do Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional 2014, 2014.

2.
NICOLAS, F. P.; REIS, A. R. ; ABRAHAM, J. K. ; SERON, Evandro Eduardo Ruiz ; PISA, I. T. . Caracterização de laudos de biópsia renal por meio de análise de relacionamento entre termos DeCS. In: XIII Congresso Brasileiro de Informática em Saúde, CBIS 2012, 2012, Curitiba, PR. Anais do XIII Congresso Brasileiro de Informática em Saúde, 2012.

3.
REIS, A. R. ; SOUZA, F. S. ; NICOLAS, F. P. ; SERON, Evandro Eduardo Ruiz ; PISA, I. T. ; BATISTA, R. S. . Mineração de Textos para Categorização de Diagnósticos de Biópsia Renal. In: III Congresso Brasileiro de Informática em Saúde, CBIS 2012, 2012, Curitiba, PR. Anais do XIII Congresso Brasileiro de Informática em Saúde, CBIS 2012, 2012.

4.
NICOLAS, F. P.; ABRAHAM, J. K. ; REIS, A. R. ; PISA, I. T. ; SERON, Evandro Eduardo Ruiz . Avaliação de técnicas de aprendizado de máquina para classificação de seções de laudos de biópsia renal auxiliada pela terminologia DeCS. In: XII Workshop de Informática Médica, WIM 2012, 2012, Curitiba, PR. XXXII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, CSBC 2012, 2012.

5.
NICOLAS, F. P.; POLLETINI, J. T. ; PANICO, S. ; DANELUZZI, J. C. ; MACEDO, A. A. . O uso de UMLS para aprimorar a recomendação de graus de vigilância para pacientes do setor primário. In: Workshop de Informática Médica (evento paralelo ao XXX Congresso da Sociedade Brasileira de Computação), 2010, Belo Horizonte - MG. Anais do X Workshop de Informática Médica (WIM 2010), 2010. p. 1-10.

6.
NICOLAS, F. P.; POLLETINI, J. T. ; PANICO, S. ; DANELUZZI, J. C. ; SERON, Evandro Eduardo Ruiz ; MACEDO, A. A. . Determinação e Análise de Tipos Semânticos usando UMLS e Árvores de Decisão para aprimorar a Determinação Automática do Grau de Vigilância de Pacientes. In: XII Congresso Brasileiro de Informática em Saúde - CBIS, 2010, Porto de Galinhas - PE. Anais do XII Congresso Brasileiro de Informática em Saúde, 2010. p. p-6p.

7.
POLLETINI, J. T. ; NICOLAS, F. P. ; PANICO, S. ; DANELUZZI, J. C. ; Tinós, R. ; BARANAUSKAS, J. A. ; MACEDO, A. A. . A software architecture-based framework supporting suggestion of medical surveillance level from classification of electronic patient records. In: International Conference on Computational Science and Engineering, 2009, Vancouver - Canadá. The 12th IEEE International Conference on Computational Science and Engineering, 2009.

8.
NICOLAS, F. P.; FERRAZ NETO, K. ; SILVA, M. P. ; BARANAUSKAS, J. A. . A Computational Approach for Diagnosis of Interstitial Lung Diseases. In: BIOMAT 2008 Symposium, 2008, Campos do Jordão - SP; Brasil. Proceedings of 8th International Symposium on Mathematical and Computational Biology, 2008.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
REIS, A. R. ; NICOLAS, F. P. ; SERON, Evandro Eduardo Ruiz ; PISA, I. T. . Network Analysis Applied to Renal Biopsy Diagnostics. In: AMIA 2013 Annual Symposium, 2013, Washington, DC. AMIA 2013 Annual Symposium, 2013.

2.
NICOLAS, F. P.; ABRAHAM, J. K. ; REIS, A. R. ; PISA, I. T. ; SERON, Evandro Eduardo Ruiz . Comparison of Portuguese Controlled Vocabularies for Named Entity Recognition in Renal Biopsy Reports. In: AMIA 2013 Annual Symposium, 2013, Washington, DC. AMIA 2013 Annual Symposium, 2013.

Apresentações de Trabalho
1.
NICOLAS, F. P.; ABRAHAM, J. K. ; REIS, A. R. ; FALCAO, A. E. J. ; SERON, Evandro Eduardo Ruiz ; PISA, I. T. . Avaliação de técnicas de aprendizado de máquina para classificação de seções de laudos de biópsia renal auxiliada pela terminologia DeCS. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

2.
REIS, A. R. ; BAPTISTA, R. S. ; SOUZA, F. S. ; NICOLAS, F. P. ; SERON, Evandro Eduardo Ruiz ; PISA, I. T. . Mineração de Textos para Categorização de Diagnósticos de Biópsia Renal. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

3.
NICOLAS, F. P.; ABRAHAM, J. K. ; REIS, A. R. ; PISA, I. T. ; SERON, Evandro Eduardo Ruiz . Caracterização de Laudos de Biópsia Renal por Meio da Análise de Relacionamento entre Termos DeCS. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

4.
NICOLAS, F. P.; PISA, I. T. ; SERON, Evandro Eduardo Ruiz . Reconhecimento de Entidades Mencionadas para Auxílio na Descoberta de Conhecimento em Laudos de Biópsia Renal Escritos em Texto Livre. 2011. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

5.
FALCAO, A. E. J. ; REIS, A. R. ; NICOLAS, F. P. ; SERON, Evandro Eduardo Ruiz ; PISA, I. T. . Análise da ocorrência de termos UMLS em laudos de biópsia renal. 2011. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

6.
NICOLAS, F. P.; POLLETINI, J. T. ; PANICO, S. ; DANELUZZI, J. C. ; MACEDO, A. A. . O Uso de UMLS para Aprimorar a Recomendação de Graus de Vigilância para Pacientes do Setor Primário. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

7.
NICOLAS, F. P.; POLLETINI, J. T. ; PANICO, S. ; DANELUZZI, J. C. ; SERON, Evandro Eduardo Ruiz ; MACEDO, A. A. . Determinação e Análise de Tipos Semânticos usando UMLS e Árvores de Decisão para aprimorar a Determinação Automática do Grau de Vigilância de Pacientes. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

8.
NICOLAS, F. P.; MACEDO, A. A. . Mecanismos de classificação para definição automática de medidas que identificam pessoas requerendo diferentes graus de atendimento médico: um estudo de caso usando UMLS. 2009. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

9.
NICOLAS, F. P.; POLLETINI, J. T. ; MACEDO, A. A. . Mecanismos de classificação para definição automática de medidas que identificam pessoas requerendo diferentes graus de atendimento médico: um estudo de caso usando UMLS. 2009. (Apresentação de Trabalho/Seminário).



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Simpósio Internacional de Informatização Hospitalar. 2015. (Simpósio).

2.
XV World Congress on Health and Biomedical Informatics - MEDINFO. 2015. (Congresso).

3.
Workshop LOINC Brasil. 2014. (Simpósio).

4.
XIV Congresso Brasileiro de Informática em Saúde - CBIS. 2014. (Congresso).

5.
eSaúde & PEP. 2013. (Congresso).

6.
IX Semana da Informática Biomédica.Reconhecimento de Entidades Mencionadas para Auxílio na Descoberta de Conhecimento em Laudos de Biópsia Renal Escritos em Texto Livre. 2011. (Encontro).

7.
XII Congresso Brasileiro de Informática em Saúde - CBIS. Determinação e Análise de Tipos Semânticos usando UMLS e Árvores de Decisão para aprimorar a Determinação Automática do Grau de Vigilância de Pacientes. 2010. (Congresso).

8.
XXX Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. O Uso de UMLS para Aprimorar a Recomendação de Graus de Vigilância para Pacientes do Setor Primário. 2010. (Congresso).

9.
17º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP - SIICUSP.Mecanismos de classificação para definição automática de medidas que identificam pessoas requerendo diferentes graus de atendimento médico: um estudo de caso usando UMLS. 2009. (Simpósio).

10.
VII Semana da Informática Biomédica.Mecanismos de classificação para definição automática de medidas que identificam pessoas requerendo diferentes graus de atendimento médico: um estudo de caso usando UMLS. 2009. (Encontro).

11.
VI Semana da Informática Biomédica. 2008. (Encontro).

12.
VI Semana da Informática Biomédica - Curso: Desenvolvimento Web com PHP. 2008. (Outra).

13.
V Semana da Informática Biomédica. 2007. (Encontro).

14.
V Semana da Informática Biomédica - Curso: Informática Biomédica - Telemedicina. 2007. (Outra).

15.
V Semana da Informática Biomédica - Curso: Programação de Aplicações Científicas em BioPerl. 2007. (Outra).




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