Alex Ranieri Jerônimo Lima

Bolsista de Doutorado do CNPq

  • Endereço para acessar este CV: http://lattes.cnpq.br/8601923708135760
  • Última atualização do currículo em 01/11/2018


Bacharel em Biomedicina (2013) e Mestre em Genética e Biologia Molecular, com ênfase em Bioinformática (2015) ambos pela Universidade Federal do Pará . Atualmente aluno de doutorado em Genética e Biologia Molecular, com ênfase em Bioinformática pelo PPGBM UFPA, desenvolvendo pesquisas na área de Genômica e Biologia de Sistemas. Atua na montagem, anotação e análises de genomas procariotos e eucariotos, principalmente de cianobactérias amazônicas e fungos. Possui familiaridade com dados provenientes das plataformas de sequenciamento SOLiD, ION Torrent, 454 GS FLX e Illumina MiSEQ. Apresenta experiência em modelagem molecular comparativa e dinâmica molecular clássica de proteínas. Trabalha com ambiente Linux desde 2010 e possui conhecimento básico das linguagens de programação Python, Shell script, Perl e R. Atua como Professor Adjunto I na Faculdade Paraense de Ensino (FAPEN), ministrando aulas para o curso de Enfermagem nas disciplinas Anatomia dos Sistemas, Epidemiologia, Biologia, Histologia e Embriologia, e Fisioterapia na disciplina Fisiologia Geral. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Alex Ranieri Jerônimo Lima
Nome em citações bibliográficas
LIMA, A. R. J.;de Lima, A. R. J.;RANIERI, A.;LIMA, A.R.J.;LIMA, ALEX RANIERI JERÔNIMO;JERÔNIMO LIMA, ALEX RANIERI

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Federal do Pará.
Campus Universitário do Guamá, Rua Augusto Corrêa, N º 1, Instituto de Ciências Biológicas - Campus Básico Laboratório de Tecnologia Biomolecular
Guamá
66075110 - Belém, PA - Brasil
Telefone: (91) 991786600


Formação acadêmica/titulação


2015
Doutorado em andamento em Genética e Biologia Molecular.
Universidade Federal do Pará, UFPA, Brasil.
Título: RECONSTRUÇÃO E ANÁLISE DE MODELOS METABÓLICOS EM ESCALA GENÔMICA DE Synechocystis sp. CACIAM 05 E Synechococcus sp. CACIAM 66,
Orientador: Evonnildo Costa Gonçalves.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: Cianobactéria; Biologia de Sistemas; hidrocarbonetos; Polihidroxialcanoatos.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.
2014 - 2015
Mestrado em Genética e Biologia Molecular.
Universidade Federal do Pará, UFPA, Brasil.
Título: POTENCIAL BIOTECNOLÓGICO DE CIANOBACTÉRIAS AMAZÔNICAS PARA A PRODUÇÃO DE HIDROCARBONETOS: DA MONTAGEM DE GENOMAS À MODELAGEM MOLECULAR COMPARATIVA,Ano de Obtenção: 2015.
Orientador: Evonnildo Costa Gonçalves.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: Cianobactéria; hidrocarbonetos; montagem genoma; modelagem molecular; aldehyde-deformylating oxigenase.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.
2010 - 2013
Graduação em Biomedicina.
Universidade Federal do Pará, UFPA, Brasil.
Título: Análise genômica de cianobactéria em cultura não axênica.
Orientador: Evonnildo Costa Gonçalves.




Formação Complementar


2014 - 2014
Introdução à Análises Filogenéticas e Filogeografi. (Carga horária: 16h).
Instituto Evandro Chagas, IEC, Brasil.
2012 - 2012
Química Medicinal: oportunidades e desafios. (Carga horária: 8h).
Universidade Federal do Pará, UFPA, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade Federal do Pará, UFPA, Brasil.
Vínculo institucional

2015 - Atual
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsa de Doutorado

Vínculo institucional

2014 - 2015
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsa de Mestrado

Vínculo institucional

2010 - 2012
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsa de PIBIC, Carga horária: 20


Instituto Evandro Chagas, IEC, Brasil.
Vínculo institucional

2012 - 2013
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsista Estagiário, Carga horária: 20, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Nesta vigência foram realizados testes de montagens de genomas de 5 cepas de orthobunyavirus, variando os algoritmos e suas configurações, com o objetivo de estabelecer um pipeline de montagem para estes genomas, focando na remoção de lituras contaminantes provenientes das células hospedeiras de Mus musculus.


Faculdade Paraense de Ensino, FAPEN, Brasil.
Vínculo institucional

2017 - Atual
Vínculo: Contratação, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto I, Carga horária: 8
Outras informações
Docente do curso de Enfermagem (2º e 3º semestre). Disciplinas: Anatomia dos Sistemas, Epidemiologia, Biologia, Histologia e Embriologia.



Projetos de pesquisa


2016 - Atual
Chapada das Mesas Microbiome: Linking biodiversity, rainfall and human occupation
Descrição: The Chapada das Mesas national park (PARNACM) is located in the southwest of Maranhão state between the municipalities of Carolina, Estreito and Riachão. The PARNACM is also home to many springs of watercourses of three important river basins (Parnaíba; Araguia/Tocantins; and São Francisco). The PARNACM and the south part of Maranhão state are also essential for the preservation of Brazilian biodiversity because it functions as ecotone of three national biomes (Amazonia, Caatinga and Cerrado). Characterize the microbiome of the sediment of one water body of the Chapada das Mesas national park, analyzing the influence of rainfall and human occupation..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (4) .
Integrantes: Alex Ranieri Jerônimo Lima - Integrante / Hivana Dall'Agnol - Integrante / DA SILVA, F. D. F. - Integrante / Andrei Santos Siqueira - Integrante / Leonardo Teixeira Dall'Agnol - Coordenador / Márcio Roberto Teixeira Nunes - Integrante / Danielle Costa Carrara Couto - Integrante / GONÇALVES, E.C. - Integrante / DA SILVA GONÇALVES VIANEZ, JOÃO LÍDIO - Integrante / Pablo Henrique Gonçalves Moraes - Integrante.
2016 - Atual
Laboratório de Computação Aplicada (LCA) - Curso de Geoprocessamento
Descrição: O Laboratório de Computação Aplicada (LCA) foi criado com a principal meta de incentivar a pesquisa, a criatividade, o espírito de inovação e empreendedorismo entre os alunos do campus de Ananindeua/UFPA. Com a atuação de alunos supervisionados por professores, o LCA irá desenvolver gratuitamente softwares e, eventualmente, hardwares que possam ajudar em estudos e projetos dos cursos da Universidade, assim como de setores da Instituição e da própria comunidade externa, como ONGs, entidades de classe e empresas. O objetivo é investigar técnicas, ferramentas e integrar tecnologias que possam dar apoio às áreas como a Informática Aplicada à Geoprocessamento, Desenvolvimento de Software, Bioinformática e Aplicações de Monitoração e Apoio a Conservação do Meio Ambiente. O Laboratório de Computação Aplicada busca desenvolver aplicações e soluções que visem melhorar o desenvolvimento da região Amazônica..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.


Revisor de periódico


2018 - 2018
Periódico: COMPUTATIONAL BIOLOGY AND CHEMISTRY


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos/Especialidade: Bioinformática.


Idiomas


Inglês
Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Prêmios e títulos


2016
First place in poster presentation in the 1st International Workshop on Cyanobacterial Natural Products, Center for Nuclear Energy in Agriculture - USP.
2014
Honra ao Mérito, Colegiado de Biomedicina/UFPA.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
DA SILVA, RONALDO CORREIA2018DA SILVA, RONALDO CORREIA ; SIQUEIRA, ANDREI SANTOS ; LIMA, ALEX RANIERI JERÔNIMO ; DE MELO LIMA, ADONIS ; SANTOS, ALBERDAN SILVA ; AGUIAR, DÉLIA CRISTINA FIGUEIRA ; GONÇALVES, EVONNILDO COSTA . In silico characterization of a cyanobacterial plant-type isoaspartyl aminopeptidase/asparaginase. JOURNAL OF MOLECULAR MODELING (ONLINE), v. 24, p. 108, 2018.

2.
SIQUEIRA, ANDREI SANTOS2018SIQUEIRA, ANDREI SANTOS ; LIMA, ALEX RANIERI JERÔNIMO ; AGUIAR, DELIA CRISTINA FIGUEIRA ; SANTOS, ALBERDAN SILVA ; VIANEZ JÚNIOR, JOÃO LÍDIO DA SILVA GONÇALVES ; GONÇALVES, EVONNILDO COSTA . Genomic screening of new putative antiviral lectins from Amazonian cyanobacteria based on a bioinformatics approach. PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS, v. 1, p. 1, 2018.

3.
SIQUEIRA, ANDREI SANTOS2017SIQUEIRA, ANDREI SANTOS ; LIMA, ALEX RANIERI JERÔNIMO ; DE SOUZA, RAFAEL CONCEIÇÃO ; SANTOS, ALBERDAN SILVA ; VIANEZ JÚNIOR, JOÃO LÍDIO DA SILVA GONÇALVES ; GONÇALVES, EVONNILDO COSTA . In silico analysis of the cyanobacterial lectin scytovirin: new insights into binding properties. MOLECULAR BIOLOGY REPORTS, v. 44, p. 353-358, 2017.

4.
LIMA, ALEX RANIERI JERÔNIMO2017LIMA, ALEX RANIERI JERÔNIMO; CASTRO, WENDEL DE OLIVEIRA ; MORAES, PABLO HENRIQUE GONÇALVES ; SIQUEIRA, ANDREI SANTOS ; AGUIAR, DÉLIA CRISTINA FIGUEIRA ; DE LIMA, CLAYTON PEREIRA SILVA ; VIANEZ-JÚNIOR, JOÃO LÍDIO SILVA GONÇALVES ; NUNES, MÁRCIO ROBERTO TEIXEIRA ; DALL?AGNOL, LEONARDO TEIXEIRA ; GONÇALVES, EVONNILDO COSTA . Draft Genome Sequence of Alkalinema sp. Strain CACIAM 70d, a Cyanobacterium Isolated from an Amazonian Freshwater Environment. GENOME ANNOUNCEMENTS, v. 5, p. e00635-17, 2017.

5.
SIQUEIRA, ANDREI SANTOS2017SIQUEIRA, ANDREI SANTOS ; JERÔNIMO LIMA, ALEX RANIERI ; DE SOUZA, RAFAEL CONCEIÇÃO ; SANTOS, ALBERDAN SILVA ; DA SILVA GONÇALVES VIANEZ JÚNIOR, JOÃO LÍDIO ; GONÇALVES, EVONNILDO COSTA . Anti-dengue virus activity of scytovirin and evaluation of point mutation effects by molecular dynamics and binding free energy calculations. BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS, v. 490, p. 1033-1038, 2017.

6.
CASTRO, WENDEL DE OLIVEIRA2017CASTRO, WENDEL DE OLIVEIRA ; LIMA, ALEX RANIERI JERÔNIMO ; MORAES, PABLO HENRIQUE GONÇALVES ; SIQUEIRA, ANDREI SANTOS ; AGUIAR, DÉLIA CRISTINA FIGUEIRA ; BARAÚNA, ANNA RAFAELLA FERREIRA ; MARTINS, LUISA CARÍCIO ; FUZII, HELLEN THAIS ; COUTO, DANIELLE COSTA CARRARA ; FRANCÊS, REGIANE SILVA KAWASAKI ; SILVA DE LIMA, CLAYTON PEREIRA ; VIANEZ-JÚNIOR, JOÃO LÍDIO SILVA GONÇALVES ; NUNES, MÁRCIO ROBERTO TEIXEIRA ; DALL?AGNOL, LEONARDO TEIXEIRA ; GONÇALVES, EVONNILDO COSTA . Complete Genome Sequence of Porphyrobacter sp. Strain CACIAM 03H1, a Proteobacterium Obtained from a Nonaxenic Culture of Microcystis aeruginosa. GENOME ANNOUNCEMENTS, v. 5, p. e01069-17, 2017.

7.
SIQUEIRA, A.S.2016SIQUEIRA, A.S. ; DE SOUZA, B.B. ; LIMA, A.R.J. ; BARBOSA, E.M. ; AZEVEDO, J.S.N. ; GONÇALVES, E.C. ; SILVA FILHO, E. . Homology modeling and molecular dynamics of β-defensin II variants in Amazonian sheep. Genetics and Molecular Research, v. 15, p. 1, 2016.

8.
SIQUEIRA, ANDREI SANTOS2016SIQUEIRA, ANDREI SANTOS ; LIMA, ALEX RANIERI JERÔNIMO ; DALL?AGNOL, LEONARDO TEIXEIRA ; DE AZEVEDO, JULIANA SIMÃO NINA ; DA SILVA GONÇALVES VIANEZ, JOÃO LÍDIO ; GONÇALVES, EVONNILDO COSTA . Comparative modeling and molecular dynamics suggest high carboxylase activity of the Cyanobium sp. CACIAM14 RbcL protein. Journal of Molecular Modeling (Online), v. 22, p. 68, 2016.

9.
Silva, F. D. F.2016Silva, F. D. F. ; LIMA, A. R. J. ; MORAES, P. H. G. ; SIQUEIRA, A. S. ; DALL'AGNOL, L. T. ; BARAÚNA, A. R. F. ; MARTINS, L. C. ; OLIVEIRA, K. C. ; LIMA, C. P. ; NUNES, M. R. T. ; VIANEZ-JUNIOR, J. L. S. G. ; GONCALVES, E. C. . Draft Genome Sequence of Limnobacter sp. Strain CACIAM 66H1, a Heterotrophic Bacterium Associated with Cyanobacteria. Genome Announcements, v. 4, p. e00399-16, 2016.

10.
MORAES, P. H. G.2016MORAES, P. H. G. ; LIMA, A. R. J. ; SIQUEIRA, A. S. ; DALL'AGNOL, L. T. ; BARAÚNA, A. R. F. ; AGUIAR, D. C. F. ; FUZII, H. ; ALBUQUERQUE, K. C. ; LIMA, C. P. ; NUNES, M. R. T. ; VIANEZ-JUNIOR, J. L. S. G. ; GONCALVES, E. C. . Draft Genome Sequence of Flavihumibacter sp. Strain CACIAM 22H1, a Heterotrophic Bacterium Associated with Cyanobacteria. Genome Announcements, v. 4, p. e00400-16, 2016.

11.
CASTRO, WENDEL OLIVEIRA2016CASTRO, WENDEL OLIVEIRA ; LIMA, ALEX RANIERI JERÔNIMO ; MORAES, PABLO HENRIQUE GONÇALVES ; SIQUEIRA, ANDREI SANTOS ; AGUIAR, DÉLIA CRISTINA FIGUEIRA ; BARAÚNA, ANNA RAFAELLA FERREIRA ; MARTINS, LUISA CARÍCIO ; FUZII, HELLEN THAIS ; DE LIMA, CLAYTON PEREIRA SILVA ; VIANEZ-JÚNIOR, JOÃO LÍDIO SILVA GONÇALVES ; NUNES, MÁRCIO ROBERTO TEIXEIRA ; DALL'AGNOL, LEONARDO TEIXEIRA ; GONÇALVES, EVONNILDO COSTA . Draft Genome Sequence of CACIAM 03, a Cyanobacterium Isolated from an Amazonian Freshwater Environment. Genome Announcements, v. 4, p. e01299-16, 2016.

12.
LIMA, A. R. J.2014 LIMA, A. R. J.; SIQUEIRA, A. S. ; DOS SANTOS, B. G. S. ; DA SILVA, F. D. F. ; LIMA, C. P. ; CARDOSO, J. F. ; VIANEZ-JUNIOR, J. L. S. G. ; NUNES, M. R. T. ; GONCALVES, E. C. . Draft Genome Sequence of Blastomonas sp. Strain CACIA 14H2, a Heterotrophic Bacterium Associated with Cyanobacteria. Genome Announcements, v. 2, p. e01200-13-e01200-13, 2014.

13.
LIMA, A. R. J.2014 LIMA, A. R. J.; SIQUEIRA, A. S. ; DOS SANTOS, B. G. S. ; DA SILVA, F. D. F. ; INADA, D. T. ; LIMA, C. P. ; CARDOSO, J. F. ; VIANEZ-JUNIOR, J. L. S. G. ; NUNES, M. R. T. ; GONCALVES, E. C. . Draft Genome Sequence of Rhodobacter sp. Strain CACIA 14H1, a Heterotrophic Bacterium Obtained from a Nonaxenic Culture of a Cyanobium Species. Genome Announcements, v. 2, p. e01116-13-e01116-13, 2014.

14.
LIMA, A. R. J.2014 LIMA, A. R. J.; SIQUEIRA, A. S. ; DOS SANTOS, B. G. S. ; DA SILVA, F. D. F. ; LIMA, C. P. ; CARDOSO, J. F. ; VIANEZ JUNIOR, J. L. D. S. G. ; DALL'AGNOL, L. T. ; MCCULLOCH, J. A. ; NUNES, M. R. T. ; GONCALVES, E. C. . Draft Genome Sequence of the Brazilian Cyanobium sp. Strain CACIAM 14. Genome Announcements, v. 2, p. e00669-14-e00669-14, 2014.

15.
Lopes, T.2012Lopes, T. Silva, A. Thiago, R. Carneiro, A. Dorella, F. A. Rocha, F. S. dos Santos, A. R. LIMA, A. R. J. Guimaraes, L. C. Barbosa, E. G. V. Ribeiro, D. Fiaux, K. K. Diniz, C. A. A. de Abreu, V. A. C. de Almeida, S. S. Hassan, S. S. Ali, A. Bakhtiar, S. M. Aburjaile, F. F. Pinto, A. C. Soares, S. d. C. Pereira, U. d. P. Schneider, M. P. C. Miyoshi, A. Edman, J. , et al.Spier, S. Azevedo, V. ; Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain Cp267, Isolated from a Llama. Journal of Bacteriology (Print), v. 194, p. 3567-3568, 2012.

16.
Sá, P. G.2012Sá, P. G. ; PINTO, A. C. ; RAMOS, R. T. J. ; COIMBRA, Nilson. A. ; Rafael Baraúna ; Hivana Dall'Agnol ; Carneiro,Adriana R ; LIMA, A. R. J. ; Santos,Agenor V. ; AZEVEDO, V. ; Azevedo, Vasco ; SCHNEIDER, M. P. C. ; Debmalya Barh ; Artur Luiz da Costa da Silva . FunSys: Software for functional analysis of prokaryotic transcriptome and proteome. Bioinformation (Online) (Chennai), v. 8, p. 529-531-531, 2012.

17.
Hassan, S. S.2012Hassan, S. S. Schneider, M. P. C. Ramos, R. T. J. Carneiro, A. R. RANIERI, A. Guimaraes, L. C. Ali, A. Bakhtiar, S. M. Pereira, U. d. P. dos Santos, A. R. Soares, S. d. C. DORELLA, F. Pinto, A. C. Ribeiro, D. Barbosa, M. S. ALMEIDA, S. ABREU, V. ABURJAILE, F. FIAUX, K. BARBOSA, E. DINIZ, C. Rocha, F. S. SAXENA, R. Tiwari, S. Zambare, V. , et al.Ghosh, P. PACHECO, L. G. C. DOWSON, C. G. KUMAR, A. Barh, D. Miyoshi, A. Azevedo, V. Silva, A. ; Whole-Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain Cp162, Isolated from Camel. Journal of Bacteriology (Print), v. 194, p. 5718-5719, 2012.

18.
Stynen, A. P. R.2011Stynen, A. P. R. Lage, A. P. Moore, R. J. Rezende, A. M. de Resende, V. D. d. S. Ruy, P. d. C. Daher, N. Resende, D. d. M. de Almeida, S. S. Soares, S. d. C. de Abreu, V. A. C. Rocha, A. A. C. M. dos Santos, A. R. Barbosa, E. G. V. Costa, D. F. Dorella, F. A. Miyoshi, A. LIMA, A. R. J. Campos, F. D. d. S. de Sa, P. G. Lopes, T. S. Rodrigues, R. M. A. Carneiro, A. R. Leao, T. Cerdeira, L. T. , et al.Ramos, R. T. J. Silva, A. Azevedo, V. Ruiz, J. C. ; Complete Genome Sequence of Type Strain Campylobacter fetus subsp. venerealis NCTC 10354T. Journal of Bacteriology (Print), v. 193, p. 5871-5872, 2011.

19.
Cerdeira, L. T.2011Cerdeira, L. T. Schneider, M. P. C. Pinto, A. C. de Almeida, S. S. dos Santos, A. R. Barbosa, E. G. V. Ali, A. Aburjaile, F. F. de Abreu, V. A. C. Guimaraes, L. C. Soares, S. d. C. Dorella, F. A. Rocha, F. S. Bol, E. Gomes de Sa, P. H. C. Lopes, T. S. Barbosa, M. S. Carneiro, A. R. Juca Ramos, R. T. Coimbra, N. A. d. R. LIMA, A. R. J. Barh, D. Jain, N. Tiwari, S. Raja, R. , et al.Zambare, V. Ghosh, P. Trost, E. Tauch, A. Miyoshi, A. Azevedo, V. Silva, A. ; Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain CIP 52.97, Isolated from a Horse in Kenya. Journal of Bacteriology (Print), v. 193, p. 7025-7026, 2011.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
DALL'AGNOL, L. T. ; LIMA, A. R. J. ; MORAES, P. H. G. ; MARQUES, A. M. ; DALL'AGNOL, H. M. B. ; SIQUEIRA, A. S. ; COUTO, D. C. C. ; GONCALVES, E. C. . In silico analysis for genomic characterization and prospection for bioproducts from Synechocystis sp. CACIAM 05.. In: I International Workshop on Cyanobacterial Natural Products, 2016, Piracicaba. I WCNP 2016 Abstracts Book, 2016. v. 1. p. 29-29.

2.
MORAES, P. H. G. ; LIMA, A.R.J. ; SIQUEIRA, A. S. ; COUTO, D. C. C. ; CASTRO, W. O. ; DALL'AGNOL, L. T. ; GONCALVES, E. C. . Biotechnological potential of Tolypothrix sp. CACIAM 22: a genome mining approach.. In: I International Workshop on Cyanobacterial Natural Products, 2016, Piracicaba. IWCNP 2016 Abstracts Book, 2016. v. 1. p. 23-23.

3.
FREDERICO, T. D. ; DALL'AGNOL, H. M. B. ; LIMA, A.R.J. ; MORAES, P. H. G. ; SIQUEIRA, A.S. ; DALL'AGNOL, L. T. ; GONCALVES, E. C. . Prospecting for anticancer compounds in Amazonian freshwater cyanobacteria strains.. In: I International Workshop on Cyanobacterial Natural Products, 2016, Piracicaba. IWCNP 2016 Abstracts Book, 2016. v. 1. p. 32-32.

4.
COUTO, D. C. C. ; MORAES, P. H. G. ; LIMA, A.R.J. ; SIQUEIRA, A. S. ; CASTRO, W. O. ; DALL'AGNOL, L. T. ; GONCALVES, E. C. . Genome mining for biosynthetic genes clusters in Synechococcus sp. CACIAM 66, a cyanobacterium from Amazonian enviroment. In: I International Workshop on Cyanobacterial Natural Products, 2016, Piracicaba. IWCNP 2016 Abstracts Book, 2016. v. 1. p. 27-27.

5.
LIMA, ALEX RANIERI JERÔNIMO; MORAES, P. H. G. ; SIQUEIRA, A. S. ; CASTRO, W. O. ; COUTO, D. C. C. ; DALL'AGNOL, L. T. ; GONCALVES, E. C. . Unraveling the diversity of secondary metabolism in Limnothrix sp. CACIAM 69d: an in silico analysis of the first genomic data of this species.. In: I International Workshop on Cyanobacterial Natural Products, 2016, Piracicaba. IWCNP 2016 Abstracts Book, 2016. v. 1. p. 34-34.

6.
MARQUES, A. M. ; SIQUEIRA, A. S. ; LIMA, A.R.J. ; DALL'AGNOL, L. T. ; NUNES, M. R. T. ; GONCALVES, E. C. . Genetic potential of Amazonian cyanobacteria for production of cyanophycin. In: 16º Simpósio Internacional de Biotecnologia, 2014, Fortaleza. Anais do 16º Simpósio Internacional de Biotecnologia, 2014.

Artigos aceitos para publicação
1.
LIMA, ALEX RANIERI JERÔNIMO; SIQUEIRA, A. S. ; VASCONCELOS, J. M. ; PEREIRA, J. ; DE AZEVEDO, JULIANA SIMÃO NINA ; MORAES, P. H. G. ; AGUIAR, D. C. F. ; DE LIMA, CLAYTON PEREIRA SILVA ; VIANEZ JÚNIOR, JOÃO LÍDIO DA SILVA GONÇALVES ; NUNES, M. R. T. ; XAVIER, L. ; DALL'AGNOL, LEONARDO TEIXEIRA ; GONÇALVES, EVONNILDO COSTA . Insights Into Limnothrix sp. Metabolism Based On Comparative Genomics. Frontiers in Microbiology, 2019.

Apresentações de Trabalho
1.
SOUZA, R. A. ; OLIVEIRA, R. R. M. ; LIMA, A.R.J. ; COUTO, D. C. C. ; FRANCES, R. S. K. . sARCASM: Uma Ferramenta para a Reconstrução e Análise semi-Automática de Matrizes Estequiométricas. 2017. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

2.
GARCIA, A. E. N. ; OLIVEIRA, R. R. M. ; LIMA, A.R.J. ; GONCALVES, E. C. ; COUTO, D. C. C. ; FRANCES, R. S. K. . ASSEMBLY OF NON-AXENIC CULTIVATION CYANOBACTERIA GENOME USING METAGENOMIC TECHNIQUES. 2017. (Apresentação de Trabalho/Outra).

3.
LIMA, A.R.J.; SIQUEIRA, A. S. ; OLIVEIRA, R. R. M. ; SOUZA, R. A. ; COUTO, D. C. C. ; FRANCES, R. S. K. ; GONCALVES, E. C. . Genome assembly and metabolic model reconstruction of an Amazonian cyanobacterium with high potential for free fatty acid production. 2017. (Apresentação de Trabalho/Outra).

4.
SILVA, A. M. ; BASTOS, L. M. G. ; LIMA, A.R.J. ; GONCALVES, E. C. ; MORAES, P. H. G. ; DALL'AGNOL, H. M. B. ; DALL'AGNOL, L. T. . DETECTION OF THE MICROVIRIDIN GENE CLUSTERS IN Microcystis aeruginosa CACIAM 03. 2017. (Apresentação de Trabalho/Outra).

5.
JUNIOR, J. C. S. ; OLIVEIRA, R. R. M. ; LIMA, A.R.J. ; GONCALVES, E. C. ; COUTO, D. C. C. ; FRANCES, R. S. K. . IDENTIFICATION OF TERPENE SYNTHASES OBTAINED FROM CYANOBACTERIAS THROUGH HIDDEN MARKOV MODELS. 2017. (Apresentação de Trabalho/Outra).

6.
RIBEIRO, I. S. ; GOUVEIA, R. C. ; SIQUEIRA, A. S. ; LIMA, A.R.J. ; GONCALVES, E. C. ; MORAES, P. H. G. ; DALL'AGNOL, H. M. B. ; DALL'AGNOL, LEONARDO TEIXEIRA . IN SILICO CHARACTERIZATION OF THREE TERPENE GENE CLUSTERS AND CORE BIOSYNTHETIC ENZYMES FROM Synechocystis sp. CACIAM 05. 2017. (Apresentação de Trabalho/Outra).

7.
LIMA, A.R.J.. Montagem de genoma e reconstrução do modelo metabólico de Synechococcus sp. CACIAM 66: uma cianobactéria amazônica com alto potencial de produção de ácidos graxos livres. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

8.
LIMA, A.R.J.. Montagem de genoma e reconstrução do modelo metabólico de Synechococcus sp. CACIAM 66: uma cianobactéria amazônica com alto potencial de produção de ácidos graxos livres. 2017. (Apresentação de Trabalho/Outra).

9.
OLIVEIRA, R. R. M. ; ROSA, D. E. D. ; COUTO, D. C. C. ; LIMA, A.R.J. ; FRANCES, R. S. K. . Um Estudo Comparativo de Ferramentas voltadas para a Análise Taxonômica de Metagenomas Virais. 2017. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

10.
LIMA, A.R.J.. MinION - Tecnologia de Sequenciamento por Nanoporo e suas Aplicações na Virologia. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

11.
LIMA, A.R.J.. Introdução à Bioinformática. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

12.
LIMA, A.R.J.; SIQUEIRA, A. S. . Introdução à Bioinformática: Genômica e Modelagem Molecular. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

13.
MAUES, D. B. ; LIMA, A.R.J. ; MORAES, PABLO HENRIQUE GONÇALVES ; SIQUEIRA, A. S. ; DALL'AGNOL, L. T. ; GONCALVES, E. C. . Genome mining of biosynthetic gene clusters in Nostoc sp. CACIAM 19, a cyanobacterium from an Amazonian environment. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

14.
LIMA, A. R. J.; RAMOS, R. ; SCHNEIDER, M.P.C ; VASCO, ; SILVA, A.L.C. . GERAÇÃO DO DRAFT DO GENOMA DE CORYNEBACTERIUM PSEUDOTUBERCULOSIS LINHAGEM 162 A PARTIR DE METODOLOGIAS AB INITIO. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

15.
Ramos, R. T. J. ; Carneiro, A. R. ; LIMA, A. R. J. ; SCHNEIDER, M.P.C ; VASCO, ; SILVA, A.L.C. . G4ALL: UM SOFTWARE PARA ANÁLISE DE CONTIGS E GERAÇÃO DE SCAFFOLD DE GENOMAS BACTERIANOS. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).


Demais tipos de produção técnica
1.
LIMA, A.R.J.. I Curso de Capacitação para o Processo Seletivo da Liga Acadêmica de Genética. 2018. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

2.
LIMA, ALEX RANIERI JERÔNIMO; OLIVEIRA, R. R. M. ; FRANCES, R. S. K. . Montagem e Anotação de Genomas Procariotos. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Outra).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
NASCIMENTO, L. C. S.; LIMA, A.R.J.; GOMES, L. A.. Participação em banca de Bianca da Silva Vasconcelos.Marcadores utilizados no estudo de Leishmania (Viannia) guyanensis. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biomedicina) - Escola Superior da Amazônia.

2.
NASCIMENTO, L. A. S.; LIMA, ALEX RANIERI JERÔNIMO; GONÇALVES, EVONNILDO COSTA; SANTOS, A. V.. Participação em banca de Aline Madeira Marques.Caracterização dos genes hyp e hox (hidrogenase [NiFe]) em Synechocystis sp. CACIAM 05 revela arquitetura atípica de hyp. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal do Pará.

3.
FRANCES, R. S. K.; LIMA, A.R.J.; MORAIS, J. M.. Participação em banca de Ehilton Kazuo Chiba Yoshidome.Análise comparativa de algoritmos de alinhamento de vias metabólicas. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará.

4.
FRANCES, R. S. K.; OLIVEIRA, R. R. M.; SALES JUNIOR, C. S.; LIMA, A.R.J.; COUTO, D. C. C.. Participação em banca de Derick Eduardo Dias Rosa.Comparação de ferramentas para análise de metagenomas virais do intestino humano. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará.

5.
COUTO, D. C. C.; LIMA, A. R. J.; VIEIRA, A.; COUTO, F. C.. Participação em banca de Stefhany Mayara Paixão da Silva.Avaliação e Testes de Softwares para Montagem de Genomas de Procariotos. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistema de Informação) - Universidade Federal do Sul e Sudeste do Pará.

6.
COUTO, D. C. C.; LIMA, A. R. J.; KURIBAYASHI, H. P.; COUTO, F. C.. Participação em banca de Vanessa Castro Rezende.Avaliação de Softwares para Predição de Clusters Gênicos: uma análise in silico com cianobactérias da ordem Chroococcales. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistema de Informação) - Universidade Federal do Sul e Sudeste do Pará.

7.
COUTO, D. C. C.; KURIBAYASHI, H. P.; LIMA, A. R. J.; COUTO, F. C.. Participação em banca de Aryane Pinheiro Vilhena.BRIMER: um Sistema Web para Gerenciamento de primers para o Laboratório de Tecnologia Biomolecular da UFPA. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistema de Informação) - Universidade Federal do Sul e Sudeste do Pará.




Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
I WORKSHOP DE GENÉTICA DA UFPA. 2017. (Oficina).

2.
1st International Workshop on Cyanobacteria Products.Unraveling the diversity of secondary metabolism in Limnothrix sp. CACIAM 69d: an in silico analysis of the first genomic data of this species. 2016. (Oficina).

3.
Seminário interno do PIBIC/IEC.DESENVOLVIMENTO DE ESTRATÉGIAS DE MONTAGEM PARA NOVOS GENOMAS DO GÊNERO ORTHOBUNYAVIRUS UTILIZANDO DADOS OBTIDOS POR PIROSSEQUENCIAMENTO. 2013. (Seminário).

4.
IV Simpósio de Simulação Computacional e Avaliação Biológica de Biomoléculas na Amazônia. 2012. (Simpósio).

5.
26º Congresso Brasileiro de Microbiologia. GERAÇÃO DO DRAFT DO GENOMA DE CORYNEBACTERIUM PSEUDOTUBERCULOSIS LINHAGEM 162 A PARTIR DE METODOLOGIAS AB INITIO. 2011. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões concluídas
Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Ivanilda Corrêa Dias, Maria Tereza Melo e Telma Barbosa. Estudo sobre o perfil de publicação sobre o vírus HTLV I e II diagnosticado em gestantes no pré-natal nos períodos de 2014 a 2017. 2018. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Enfermagem) - Faculdade Paraense de Ensino. Orientador: Alex Ranieri Jerônimo Lima.

2.
José Correa da Silva Júnior. Construção de Modelos de Terpeno Sintases de Cianobactérias Utilizando Modelo Oculto de Markov. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará. Orientador: Alex Ranieri Jerônimo Lima.

3.
Anderson Furtado de Nazaré & Nicoli da Silva Pereira Souza. Modelos Ocultos de Markov Para Predição de Genes Nif11 em Cianobactérias da Região Amazônica. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará. Orientador: Alex Ranieri Jerônimo Lima.

4.
Ariane Elizabeth Nunes Garcia. Montagem dos Genomas da Cultura Não-Axênica de Nostoc sp. CACIAM 19 Utilizando Técnicas de Metagenômica. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Pará. Orientador: Alex Ranieri Jerônimo Lima.

5.
Joana Costa, Helen Cristina & Natalina Carneiro. Atuação dos profissionais da saúde no pré-natal com grávidas portadoras de sífilis. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Enfermagem) - Faculdade Paraense de Ensino. Orientador: Alex Ranieri Jerônimo Lima.

6.
Aline Madeira Marques. Caracterização dos genes hyp e hox (hidrogenase [NiFe]) em Synechocystis sp. CACIAM 05 revela arquitetura atípica de hyp. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal do Pará. Orientador: Alex Ranieri Jerônimo Lima.

7.
Stefhany Mayara Paixão da Silva. Avaliação e testes de softwares para montagem de genomas de procariotos. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistema de Informação) - Universidade Federal do Sul e Sudeste do Pará. Orientador: Alex Ranieri Jerônimo Lima.

8.
Vanessa Castro Rezende. Avaliação de softwares para predição de clusters gênicos: uma análise in silico com cianobactérias da ordem chroococcales. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistema de Informação) - Universidade Federal do Sul e Sudeste do Pará. Orientador: Alex Ranieri Jerônimo Lima.




Página gerada pelo Sistema Currículo Lattes em 16/11/2018 às 4:08:39