Edwin Delgado Huaynalaya

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  • Última atualização do currículo em 16/10/2013


Graduação em Engenharia em Informática e Sistemas pela Universidad Nacional Jorge Basadre Grohmann (Tacna, Peru 2007). Diplomado em Engenharia de Software pela Universidad Nacional de Ingeniería (Lima, Peru 2009). Mestrado em Ciência da Computação pela Universidade de São Paulo, Instituto de Matemática e Estatística (São Paulo, Brasil 2012). Possui a certificação Java (Oracle Certified Associate). Ele é integrante da equipe de bioinformática no projeto SUCEST-FUN, do BIOEN-FAPESP. Desenvolve atividades relacionadas a processamento de dados em larga escala, análise do genoma da cana de açucar, mapeamento entre genomas, identificação e predição de regiões de interesse (motifs, upstream, downstream), e desenvolvimento de ferramentas computacionais para a plataforma WSAPP (http://sucest-fun.org/wsapp/) desenvolvida em Java. Interesse em Desenvolvimento de Software com métodos ágeis. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Edwin Delgado Huaynalaya
Nome em citações bibliográficas
Delgado H., Edwin

Endereço


Endereço Profissional
Universidade de São Paulo, Instituto de Química, Departamento de Bioquímica.
Av. Prof. Lineu Prestes, 748 - Bloco 09 superior, sala 954
Cidade Universitária
05508-000 - Sao Paulo, SP - Brasil
URL da Homepage: http://www.ime.usp.br/~edelgado/


Formação acadêmica/titulação


2009 - 2012
Mestrado em Ciências da Computação.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Detecção de ovos de Schistosoma mansoni a partir da detecção de seus contornos,Ano de Obtenção: 2012.
Orientador: Nina Sumiko Tomita Hirata.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: Detecção de linhas; Morfologia Matemática; Schistosoma mansoni; Imagens microscópicas; Transformada Hough.
Setores de atividade: Saúde e Serviços Sociais.
2008 - 2009
Especialização em Diplomado em Engenharia de Software. (Carga Horária: 168h).
Universidad Nacional de Ingeniería, UNI, Peru.
Título: DataMart de Presupuestos y Gastos de la Empresa Bucyrus International Perú S.A..
Orientador: Ing. Abilio Tinoco León.
2001 - 2007
Graduação em Engenharia em Informática e Sistemas.
Universidade Nacional Jorge Basadre Grohmann.
1999 - 1999
Curso técnico/profissionalizante.
EXE-TEC/COMPUTAÇÃO E INFORMÁTICA.




Formação Complementar


2013 - 2013
Laboratório Java com Testes, JSF e Design Patterns. (Carga horária: 20h).
Caelum.
2012 - 2012
Extensão universitária em Inglês para Escrita Acadêmica. (Carga horária: 30h).
Faculdade de Filosofia, Letras e Ciências Humanas.
2012 - 2012
Extensão universitária em Laboratório de Programação Extrema. (Carga horária: 120h).
Instituto de Matemática e Estatística.
2012 - 2012
Extensão universitária em Francês instrumental - nível I. (Carga horária: 30h).
Faculdade de Filosofia, Letras e Ciências Humanas.
2010 - 2010
Extensão universitária em Português para Estrangeiros. (Carga horária: 30h).
Faculdade de Filosofia, Letras e Ciências Humanas.


Atuação Profissional



Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

2013 - Atual
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Analista Programador Java, bolsa INCT, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2012 - 2013
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Analista Programador Java, bolsa TT5, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Desenvolvimento de ferramentas web em Java para exibir informação do banco de dados SUCEST-FUN, e integração com o banco de dados TRANSCRIPTOMA. Desenvolvimento de ferramentas web em Java para à análise das regiões promotoras, com integração do software GBrowse 2.0. Migração das ferramentas ACONTROL e DENTRY para a plataforma web WSAPP. Gerenciamento dos bancos de dados em MySQL.

Vínculo institucional

2011 - 2012
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Analista Programador Java, bolsa TT4A, Carga horária: 32, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Desenvolvimento da Plataforma wsapp, para conter as novas aplicações web em Java. Migração das ferramentas web na linguagem Perl, para a nova plataforma wsapp. Administração de Bancos de Dados em MySQL. Migração de dados entre bancos de dados MySQL. Manutenção das aplicações web, de controle de acesso 'acontrol' e gerenciamento de dados 'dentry'. Instalação e configuração de ferramentas computacionais voltadas à Bioinformática.

Vínculo institucional

2009 - 2011
Vínculo: Estudante de Mestrado, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Implementação de um programa computacional em Python para detectar linhas alvo usando técnicas de Morfologia Matemática. Criação de bibliotecas compartilhadas em C para detectar elipses usando a técnica da transformada Hough. Criação de um banco de dados de imagens de lâminas de microscópio, que contém ovos de S. Mansoni em três ampliações distintas (10x, 20x e 40x).


Bucyrus International Perú, BIPSA, Peru.
Vínculo institucional

2007 - 2009
Vínculo: Consultor de TI, Enquadramento Funcional: Consultor de Tecnologia de Informação
Outras informações
Desenvolvimento dum Sistema de Qualidade usando C#, Sharepoint Server 2007, Infopath 2007, Web Services e SQL Server 2005 (SSIS, SSAS, SSRS). Implementação de Inteligência de Negócios usando SQL Server 2005.


Electrosur S.A, ELECTROSURSA, Peru.
Vínculo institucional

2007 - 2007
Vínculo: Estagiário, Enquadramento Funcional: Dpto. Programação e Control
Outras informações
Procedimento pra atenção de interrupções Programadas e não Programadas. Elaboração dum Tutor Animado en RoboDemo pra obter informação da base de dados SQL Server do Sistema SCADA. Automatização do cálculo mensual de Cargas em KW e indicadores SAIDI e SAIFI.


Southern Peru Copper Corporation, SPCC, Peru.
Vínculo institucional

2006 - 2006
Vínculo: Estagiário, Enquadramento Funcional: Desenvolvedor de Software
Outras informações
Desenvolvimento de Software pra Evaluação e Calificação de Entrevistas por Competências. Desenvolvimento do Software de Auditoría pro Projeto de Homologação RRHH. Desenvolvimento do Sistema Web Feedback System v2 pro Departamento de Treinamento.


DataConsulting, DC, Peru.
Vínculo institucional

2006 - 2006
Vínculo: Estagiário, Enquadramento Funcional: Desenvolvedor de Software
Outras informações
Desenvolvimento do Software Comercial para MiniMarket s Titos. Desenvolvimento de Páginas Web para Empresas de Tacna.


Instituto Nacional de Estadística e Informática, INEI, Peru.
Vínculo institucional

2004 - 2004
Vínculo: Estagiário, Enquadramento Funcional: Desenvolvedor de animações
Outras informações
Desenvolvimento do Almanaque Estadístico de Tacna 2003 realizado em Flash MX.



Projetos de pesquisa


2009 - 2012
Detecção de ovos de Schistosoma mansoni a partir da detecção de seus contornos
Descrição: Neste trabalho investigamos em particular a detecção de curvas que correspondem ao contorno de ovos de S. mansoni. Devido a complexidade das imagens, que possuem fundo repleto de artefatos, vários tipos de texturas, e cores que variam de caso para caso, os detectores de linha tradicionais não apresentam bons resultados. Propomos um método estruturado em duas fases. A primeira fase consiste na detecção de curvas usando morfologia matemática. Essa abordagem consiste de três etapas principais: (i) realce das curvas, (ii) detecção de curvas, e (iii) refinamento para eliminar elementos que não são de interesse. O resultado dessa abordagem é um conjunto de segmentos de estruturas do tipo curva/linha. A segunda fase consiste na detecção de elipses usando a transformada Hough. Essa abordagem consiste em detectar elipses que passam por aqueles segmentos em disposição elíptica, pois essas elipses serão fortes candidatos a passar sobre ovos de S. mansoni..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Edwin Delgado Huaynalaya - Integrante / Nina Sumiko Tomita Hirata - Coordenador.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 2


Projetos de desenvolvimento


2013 - Atual
Análise do Transcriptoma da Cana-de-açúcar associado à fisiologia
Descrição: O objetivo principal desta proposta é compreender a arquitetura dos polissacarídeos da parede celular da cana de açúcar para usá-la como fonte de biomassa para bioenergia. Pretende-se estudar os padrões de expressão gênica relacionados a processos fisiológicos importantes, às resistências da planta à estresses bióticos e abióticos, a fotossíntese e temperatura, por meio do desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para analisar e avaliar comparativamente estes aspectos em diferentes variedades de cana baseado em experimentos de microarranjo. Pretende-se desenvolver ferramentas para gerenciar e fazer análise de dados da parede celular, a qual será anotada automáticamente e posteriormente curada por integrantes do projeto. Será desenvolvida uma ferramenta para cruzamento de experimentos de microarranjo, possibilitando a criação de novos experimentos cruzando amostras hibridizadas de diferentes experimentos do microarranjo, envolvendo novos métodos de análise de normalização e associação de perfil de expressão gênica. Uma análise adicional será realizada nas regiões promotoras, para predizer motivos de interesse. As ferramentas de análises e datamining serão desenvolvidas em Java (JSP / Servlets), usando o servidor de aplicações Tomcat, banco de dados MySQL, e análise estatística na linguagem R..
Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento.
2011 - 2013
Redes Regulatórias e Sinalização em Cana-de-açúcar
Descrição: Este projeto foca estudos de regulação gênica e visa a geração de ferramentas que permitam abordagens da Biologia Sistêmica em cana-de-açúcar e a identificação de redes regulatórias. Pretendemos estudar categorias gênicas com conhecido papel regulatório (Fatores de Transcrição, Proteínas Quinases e Fosfatases), aprofundar estudos do Transcriptoma, produzir plantas transgênicas para genes de interesse e desenvolver ferramentas de bioinformática e bancos de dados integrando os vários níveis de informação. Para integrar o grande conjunto de dados públicos e gerados pelo projeto, uma infra-estrutura computacional robusta será desenvolvida. O banco de dados SUCEST-FUN integrará dados do SUCEST, promotores, CREs, dados de expressão e a caracterização agronômica, fisiológica e bioquímica de cultivares da cana. Em paralelo também desenvolveremos o banco de dado GRASSIUS para o estabelecimento das redes regulatórias de cana, arroz, milho e sorgo..
Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (1) .
Integrantes: Edwin Delgado Huaynalaya - Integrante / Glaucia Mendes Souza - Coordenador / Milton Yutaka Nishiyama Jr. - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 6


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Engenharia de Software.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Banco de Dados.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Processamento Gráfico (Graphics).


Idiomas


Espanhol
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Inglês
Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.
Francês
Compreende PoucoLê Pouco.


Produções



Produção bibliográfica
Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
Delgado H., Edwin; HIRATA, N. S. T. ; FINGER, E. . Detecção de ovos de S. mansoni em imagens microscópicas. In: VIII Workshop de Visão Computacional (WVC), 2012, Goiânia - Goiás - Brasil. Anais do VIII Workshop de Visão Computacional, 2012.

Apresentações de Trabalho
1.
Delgado H., Edwin; HIRATA, N. S. T. ; FINGER, E. . Detecção de ovos de S. mansoni em imagens microscópicas. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

2.
Nishiyama-Jr, M.Y. ; Delgado H., Edwin ; Souza, G.M. . The SUCEST-FUN Database for Functional Genomics: Designing an Energy Grass. 2012. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

3.
Delgado H., Edwin; HIRATA, N. S. T. . Uma abordagem morfológica para detecção de linhas em imagens com fundo complexo. 2010. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
Delgado H., Edwin. Tool in Java to validate Phylogenetic Files. 2013.

2.
Delgado H., Edwin. Tools in Java to convert common bioinformatic formats. 2013.

3.
Delgado H., Edwin; HIRATA, N. S. T. . Tool in Python for egg detection over microscopic images. 2012.

4.
Delgado H., Edwin. Platform WSAPP using JSP / Servlets. 2012.

Redes sociais, websites e blogs
1.
Delgado H., Edwin. Edwin's Blogs. 2012. (Blog).

2.
Delgado H., Edwin. Personal site. 2011. (Site).


Demais tipos de produção técnica
1.
Delgado H., Edwin. Relatório científico TT5. 2013. (Relatório de pesquisa).

2.
Delgado H., Edwin. Relatório científico TT4A. 2012. (Relatório de pesquisa).



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Latin American eScience workshop "Turning Data into Insight". 2013. (Encontro).

2.
Postmaster.Abordaje de morfológia matemática para la detección de S. mansoni en imágenes. 2013. (Simpósio).

3.
29 Semana da Química. The SUCEST-FUN Database for Functional Genomics: Designing an Energy Grass. 2012. (Congresso).

4.
Workshop de Visão Computacional (WVC).Detecção de ovos de S. mansoni em imagens microscópicas. 2012. (Outra).

5.
Mini-Conferência Latino-Americana em Linguagens de Padrões para Programação. 2011. (Simpósio).

6.
IX Congreso de la Sociedad Peruana de Computación. 2010. (Congresso).

7.
V Simpósio de Iniciação Científica e Pós-Graduação do IME-USP.Uma abordagem morfológica para detecção de linhas em imagens com fundo complexo. 2010. (Simpósio).

8.
IX Congreso Sudamericano Internacional de Ingeniería de Sistemas e Informática. 2005. (Congresso).

9.
XII Congreso Nacional de Estudiantes de Ingeniería de Sistemas. 2004. (Congresso).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Delgado H., Edwin. São Paulo Advanced School of Computing Image Processing and Visualization. 2010. (Outro).

2.
Delgado H., Edwin. 15th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition. 2010. (Congresso).

3.
Delgado H., Edwin; SOLIS Y., M. . VI Workshop Seminário Internacional de Informática y Sistemas. 2005. (Outro).



Inovação



Projeto de desenvolvimento tecnológico


Educação e Popularização de C & T



Redes sociais, websites e blogs
1.
Delgado H., Edwin. Edwin's Blogs. 2012. (Blog).

2.
Delgado H., Edwin. Personal site. 2011. (Site).




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