Diego Martinez Salvanha

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  • Última atualização do currículo em 10/02/2014


Bacharel em Sistemas de Informação e Doutorando Direto (Bolsista FAPESP) da Universidade de São Paulo (Departamento de Computação e Matemática - DCM), integrante ativo do LabPIB (Laboratório de Processamento de Informação Biológica) , com a orientação do Prof. Dr. Ricardo Z. N. Vêncio, onde possui foco na pesquisa e estudos de Ferramentas web para integração e visualização de dados biológicos em escala genômica. Possui experiência na área de programação e inicia sua carreira acadêmica com pesquisa na área de Bioinformática, com dedicação exclusiva. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Diego Martinez Salvanha
Nome em citações bibliográficas
SALVANHA, D. M.


Formação acadêmica/titulação


2010
Doutorado em andamento em Bioinformática.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
com período sanduíche em Institute for Systems Biology (Orientador: Dr. Nitin S. Baliga).
Título: Ferramentas web para integração e visualização de dados em escala genômica.,
Orientador: Prof. Dr. Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: Data Visualization; Biological Data; web-enabled applications.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.
2002 - 2003
Aperfeiçoamento em Mathematics, Economics and Information Science. (Carga Horária: 120h).
Institute of Mathematics, Economics and Information Science Irkutsk /Russia.
Título: -. Ano de finalização: 2003.
Orientador: Vladimir F. Donskoy, Ph.D..
Bolsista do(a): Rotary International.
2006 - 2009
Graduação em Sistemas de Informação.
Centro Universitário Toledo, UNITOLEDO, Brasil.
Título: Banco de Dados Georreferenciado de Matrizes Arbóreas.
Orientador: Msc. Helen de Freitas Santos.


Formação Complementar


2013 - 2013
BioC 2013. (Carga horária: 15h).
Bioconductor.
2011 - 2011
Programmatic Access to Biological Databases (JAVA). (Carga horária: 40h).
EMBL-EBI - European Bioinformatics Institute - Cambridge.
2010 - 2010
XI Summer School in Bioinformatics - 2010. (Carga horária: 70h).
Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto.
2010 - 2010
Perl for Bioinformatics and Computational Biology. (Carga horária: 10h).
6th X-meeting.
2008 - 2008
SCJP Certification Course (Sun Certified Java Prog. (Carga horária: 40h).
Centro Certificação Java - São José do Rio Preto.
2007 - 2007
Extensão universitária em Object-Oriented Programming. (Carga horária: 20h).
Centro Universitário Toledo, UNITOLEDO, Brasil.
2006 - 2006
Extensão universitária em DELPHI with Firebird. (Carga horária: 24h).
Centro Universitário Toledo, UNITOLEDO, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

2010 - Atual
Vínculo: Estudante, Enquadramento Funcional: Pesquisa, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Pesquisa

Vínculo institucional

2009 - 2010
Vínculo: Estudante-Iniciação Científica, Enquadramento Funcional: Estudante, Carga horária: 6
Outras informações
Iniciação Científica


EMG DESTAK COM PROD ALIM LTDA - IOG NESTLÉ, DIST, Brasil.
Vínculo institucional

2007 - 2010
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: ANALISTA DE SISTEMAS, Carga horária: 45
Outras informações
Desenvolvimento de Sistemas para coleta de Pedidos por Palm.


Casa Avenidacomércio e importação Ltda., AVENIDA, Brasil.
Vínculo institucional

2005 - 2007
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: ANALISTA DE SISTEMAS, Carga horária: 45
Outras informações
Desenvolvimento de Sistemas com auxilio ao CRM da empresa. Administração de Redes Linux.


GERALDO J. COAN & CIA LTDA, COAN, Brasil.
Vínculo institucional

2004 - 2005
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: ANALISTA DE SISTEMAS, Carga horária: 45
Outras informações
Desenvolvimento de Sistema para suporte a Alimentação Infantil.


Centerbrás Tecnologias s/c Ltda., CENTERBRÁS, Brasil.
Vínculo institucional

2003 - 2005
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Professor de Informática, Carga horária: 20
Outras informações
Professor de Informática no período Noturno.



Projetos de pesquisa


2010 - Atual
Ferramentas web para integração e visualização de dados em escala genômica

Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Diego Martinez Salvanha - Integrante / Ricardo Zorzetto Nicoliello Vêncio - Coordenador.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
2009 - 2010
Métodos Estatísticos e Computacionais de análise da variabilidade genética humana

Descrição: Após o seqüenciamento do genoma humano, através do Human Genome Project (HGP), deu-se a necessidade do estudo, em larga-escala, da variação genética humana (era Pós-Genômica) através de uma importante fonte de variabilidade e individualidade dos seres humanos, os polimorfismos de nucleotídeo único (single nucleotide polimorphism - SNP). Grandes e renomados projetos estão obtendo resultados impressionantes no estudo dos SNPs em larga-escala associando os mesmos a doenças, resultados sujeito-específico de fármacos, origem e evolução humana, entre outros, atestando sua relevância prática e científica. Este projeto propõe o estudo aprofundado e o desenvolvimento de métodos estatísticos e computacionais sobre a análise da variabilidade genética humana, visando aplicar os métodos estudados a um banco de dados público, gerado pelo projeto Human Genome Diversity Panel (HGDP), e posteriormente aos dados originais a serem gerados pelo projeto de genotipagem em larga-escala coordenado pelo Prof. Aguinaldo Simões do Dept de Genética FMRP-USP, podendo assim ser avaliado o impacto das diferentes opções de tecnologias existentes na análise de genotipagem em larga-escala sobre SNP-arrays. Esta tecnologia, como a maioria das biotecnologias atuais, exige capacitação e interação multidisciplinar, fator este indispensável para o sucesso do projeto. O projeto promove a interação entre a Biologia Molecular, a Computação e a Estatística, fortalecendo a colaboração multidisciplinar que a Biologia moderna necessita, interação esta fundamental para a existência da Bioinformática..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Diego Martinez Salvanha - Integrante / Ricardo Z.N. Vêncio - Coordenador.


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.
Russo
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.


Prêmios e títulos


2013
TOEFL - Test of English as a Foreign Language, ETS TOEFL.
2010
TEAP (Test of English for Academic Purposes)., TESEPrime..
2007
Menção Honrosa da Maratona de Programação - STB (IBM) - International Collegiate Programming Contest, ACM (International Collegiate Programming Contest).


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
SILVA, R. R.2014SILVA, R. R. ; JOURDAN, F. ; SALVANHA, D. M. ; LETISSE, F. ; JAMIN, E. L. ; GUIDETTI-GONZALEZ, S. ; LABATE, C. A. ; VENCIO, R. Z. N. . ProbMetab: an R package for Bayesian probabilistic annotation of LC-MS based metabolomics. Bioinformatics (Oxford. Print), v. NA, p. NA, 2014.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
SALVANHA, D. M. ; TEN-CATEN, F. ; Vêncio, R. Z. N . find : An Exploratory GGB tool for pattern discovery in genome-wide signals.. In: X-meeting 2012, 2012, Campinas, SP. 2012 ABSTRACT BOOK, 2012.

2.
TEN-CATEN, F. ; SALVANHA, D. M. ; Vêncio, R. Z. N ; KOIDE, T. . RNA-seq signal processing to find new regulatory elements in transcriptomes.. In: X-meeting 2012, 2012, Campinas, SP. 2012 ABSTRACT BOOK, 2012.

3.
Andrade, E. S ; SALVANHA, D. M. ; Simôes, A. L. ; MENDES-JUNIOR, C. T. ; Vêncio, R. Z. N . Evaluating the influence of two algorithms on snp calling for the affymetrix 500k snp array platform for haplotype blocks estimates.. In: X-meeting 2012, 2012, Campinas, SP. 2012 ABSTRACT BOOK, 2012.

4.
SALVANHA, D. M. ; BARE, C. ; BALIGA, N. ; KOIDE, T. ; Vêncio, R. Z. N . Improving Gaggle Genome-Browser with automatic genomic sequence retrieval.. In: X-meeting 2011, 2011, Florianópolis. X-meeting 2011 Abstract book, 2011. p. ID 89.

5.
SALVANHA, D. M. ; Andrade, E. S ; Simôes, A. L. ; Vêncio, R. Z. N . Snp-array chips for illumina platform based on constraints.. In: X-meeting 2010, 2010, Ouro Preto. X-meeting 2010 Abstract book, 2010.

Apresentações de Trabalho
1.
SALVANHA, D. M. ; TEN-CATEN, F. ; Vêncio, R. Z. N . find : An Exploratory GGB tool for pattern discovery in genome-wide signals.. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

2.
TEN-CATEN, F. ; SALVANHA, D. M. ; Vêncio, R. Z. N ; KOIDE, T. . RNA-seq signal processing to find new regulatory elements in transcriptomes.. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

3.
Andrade, E. S ; SALVANHA, D. M. ; Simôes, A. L. ; MENDES-JUNIOR, C. T. ; Vêncio, R. Z. N . EVALUATING THE INFLUENCE OF TWO ALGORITHMS ON SNP CALLING FOR THE AFFYMETRIX 500K SNP ARRAY PLATFORM FOR HAPLOTYPE BLOCKS ESTIMATES. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

4.
SALVANHA, D. M. ; SANTOS, H. F. . Projeto Reflorestando - Banco de Dados Georreferenciado de Matriz Arbórea. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
SALVANHA, D. M. ; BAPTISTELLA, M. . A Importância da Informática em Estudos Biológicos.. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
SALVANHA, D. M. ; SANTOS, H. F. . Projeto Reflorestando - Banco de dados georreferenciado de matrizes arbóreas. 2009.

2.
SALVANHA, D. M. ; SANTOS, H. F. . Analise de Software usando Pontos por Função. 2008.

3.
SALVANHA, D. M. . Notação Polonesa para Dispositivos Móveis. 2007.



Patentes e registros



Programa de computador
1.
SALVANHA, D. M. ; SANTOS, H. F. . Projeto Reflorestando - Banco de dados georreferenciado de matrizes arbóreas. 2009.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: 14122009, data de registro: 14/12/2009, título: "Projeto Reflorestando - Banco de dados georreferenciado de matrizes arbóreas" .



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
HTML5devconf. 2013. (Congresso).

2.
X-meeting 2012. find : An Exploratory GGB tool for pattern discovery in genome-wide signals.. 2012. (Congresso).

3.
X-meeting 2011. Improving Gaggle Genome-Browser with automatic genomic sequence retrieval. 2011. (Congresso).

4.
IX Semana de Informática Biomédica.Ferramentas para Variômica. 2011. (Encontro).

5.
Gaggle Workshop - Institute for Systems Biology (ISB). 2011. (Encontro).

6.
VII Curso de Verão em Bioinformática.Gaggle Genome Browser Hands-on. 2011. (Outra).

7.
X-meeting 2010. SNP-array chips for Illumina Platform based on constrains.. 2010. (Congresso).

8.
I Workshop em Bioinformática da Universidade de São Paulo - IME-USP.Métodos Estatísticos e Computacionais de Análise em larga-escala da variabilidade genética humana. 2010. (Encontro).

9.
IX ENPEX - Encontro de Ensino, Pesquisa e Extensão.A importância da informática na Área Biológica. 2009. (Encontro).

10.
IX ENPEX - Encontro de Ensino, Pesquisa e Extensão.Projeto Reflorestando - Banco de dados Georreferenciado de Matriz Arbórea. 2009. (Encontro).

11.
8a. Semana de Sistemas de Informação.Ferramenta RIA - Adobe Flex : prós e contras. 2009. (Encontro).

12.
III Semana do Bacharelado e da VII Semana de Sistemas de Informação. 2009. (Encontro).

13.
XIII Maratona Internacional de Programação - SBC - Programming Contest.Participante. 2008. (Encontro).

14.
XII Maratona Internacional de Programação - SBC - ACM-ICPC South America.Participante. 2007. (Encontro).

15.
I Semana do Bacharelado e da V Semana de Sistemas de Informação. 2007. (Encontro).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
SALVANHA, D. M. . XI Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular. 2012. (Outro).

2.
SALVANHA, D. M. . VII Curso de Verão em Bioinformática. 2011. (Outro).

3.
SALVANHA, D. M. . X Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular. 2011. (Outro).



Outras informações relevantes


| English: |
FAPESP Grantee approved for Master (2009/11872-3) - Not Used;
FAPESP Grantee approved for Ph.D (2011/08104-4)- Corrent;
Collaboration with Prof. Aguinaldo Luiz Simões's Lab   "Ancestry-informative marker (AIMs) for Brazilian populations" MCT/CNPq 14/2009 - Universal - 481590/2009-9. Dpt of Genetics - Medical School - FMRP-USP.


| Português: |
Proposta para Bolsa de Mestrado FAPESP Número do Processo 2009/11872-3 : APROVADO

Participação como colaborador no Projeto de Pesquisa entitulado como "Marcadores Genéticos Informativos de Ancestralidade (AIMs) em populações brasileiras" Edital MCT/CNPq 14/2009 - Universal - Faixa B - Processo número 481590/2009-9, Sob coordenação do Prof. Aguinaldo Luiz Simões do Departamento de Genética da Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - FMRP-USP



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