José Cleydson Ferreira da Silva

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  • Última atualização do currículo em 22/11/2018


Possui graduação em Sistemas de Informação pela Faculdade de Viçosa (2012), mestrado em Ciência de Computação pela Universidade Federal de Viçosa (2016) e atualmente é doutorando em Genética e Melhoramento pela Universidade Federal de Viçosa. Tem experiência na área de aprendizado de máquina aplicado a Biologia Molecular de Plantas e Genômica Funcional, atuando principalmente nos seguintes temas: bioinformática, data mining, data warehouse, geminivírus, resistência de plantas, estresses do retículo endoplasmático e estresse hídrico. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
José Cleydson Ferreira da Silva
Nome em citações bibliográficas
SILVA, J. C. F.;SILVA, JOSÉ CF;SILVA, JOSÉ CLEYDSON F.;SILVA, JOSÉ C F;SILVA, JOSÉ C. F.;SILVA, JOSÉ CLEYDSON FERREIRA DA;SILVA, JOSÉ CLEYDSON FERREIRA;DA SILVA, JOSÉ C. F.;José C. F. Silva;SILVA, JOSE CLEYDSON F.;SILVA, JOS? CLEYDSON FERREIRA;DA SILVA, JOSÉ CLEYDSON FERREIRA

Endereço


Endereço Profissional
Cientec Consultoria e Desenvolvimento de Sistemas.
PH Rolfs
36570-000 - Vicosa, MG - Brasil


Formação acadêmica/titulação


2016
Doutorado em andamento em Genética e Melhoramento.
Universidade Federal de Viçosa, UFV, Brasil.
Título: A definir,
Orientador: Elizabeth Pacheco Batista Fontes.
2014 - 2016
Mestrado em Ciência da Computação.
Universidade Federal de Viçosa, UFV, Brasil.
Título: Data warehouse enriquecido com métodos de aprendizado de máquina para a família geminiviridae,Ano de Obtenção: 2016.
Orientador: Fabio R. Cerqueira.
Coorientador: Elizabeth Pacheco Batista Fontes.
Palavras-chave: Machine Learning; Data Mining; Data Warehouse; Geminivirus.
2008 - 2012
Graduação em Sistemas de Informação.
Faculdade de Viçosa, FDV, Brasil.
Título: Sistemas de Informação Biológica: Modelagem de sistema de informação biológica para gerenciamento, consulta e comparação de sequências de DNA.
Orientador: Maria Vanderléa de Queiroz.
2007 - 2008
Curso técnico/profissionalizante.
Escola Técnica de Viçosa, ETEV, Brasil.




Formação Complementar


2011 - 2011
Introdução ao Gerenciamento Altix XE 1300 e SMC. (Carga horária: 16h).
Versatus - High-Performance Computing, VERSATUS HPC, Brasil.
2010 - 2010
Extensão universitária em Curso de Inverno de Bioinformática. (Carga horária: 33h).
Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP, FMRP-USP, Brasil.
2010 - 2010
Extensão universitária em Introdução ao MPI (Message Passing Interface). (Carga horária: 20h).
Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.
2010 - 2010
Desenvolvimentos de Sistemas CRUD. (Carga horária: 20h).
Universidade Federal de Viçosa, UFV, Brasil.
2010 - 2010
Aprenda a Investir na Bolsa de Valores. (Carga horária: 24h).
Faculdade de Viçosa, FDV, Brasil.
2005 - 2006
Capacitação Profissional em Rotinas Administrativa. (Carga horária: 72h).
Microlins Centro de Formação Profissional, MICROLINS, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade Federal de Viçosa, UFV, Brasil.
Vínculo institucional

2010 - 2012
Vínculo: Estagiário, Enquadramento Funcional: Bolsista de Iniciação Científica, Carga horária: 20
Outras informações
Trabalhos de apoio a pesquisa no Laboratório de Biologia de Populações de Fitopatógenos do Departamento de Fitopatologia. Orientador: Prof. Eduardo Seiti Gomide Mizubuti.

Vínculo institucional

2010 - 2012
Vínculo: Estagiário, Enquadramento Funcional: Estagiário Voluntário, Carga horária: 20
Outras informações
Pesquisador colaborador de diferentes grupos de pesquisa da Universidade Federal de Viçosa (UFV), atuando no desenvolvimento de aplicações para suporte à pesquisa em Bioinformática.

Atividades

06/2010 - 08/2012
Estágios , Reitoria, Departamento de Estatística, DET.

Estágio realizado
Pesquisa em Seleção Genômica e Bioinformática. Orientador: Prof. Fabyano Fonseca e Silva..
09/2010 - 07/2012
Estágios , Reitoria, Departamento de Fitotecnia, DFT.

Estágio realizado
Pesquisa em Análise de Dados no Programa de Melhoramento Genético da Cana-de-Açúcar (PMGCA). Orientador: Prof. Márcio Henrique Pereira Barbosa..
08/2010 - 07/2012
Estágios , Reitoria, Diretoria de Tecnologia da Informação, DTI.

Estágio realizado
Suporte na administração de um Cluster e no desenvolvimento de aplicações usando programação paralela. Orientador: Prof. Carlos de Castro Goulart..
06/2011 - 06/2012
Estágios , Reitoria, Departamento de Microbiologia - DMB.

Estágio realizado
Elementos transponíveis em Mycosphaerella figiensis: Orientadora: Prof. Marise Vieira de Queiroz.
08/2010 - 05/2012
Pesquisa e desenvolvimento , Reitoria, Departamento de Fitopatologia, DFP.


Cientec Consultoria e Desenvolvimento de Sistemas, CIENTEC, Brasil.
Vínculo institucional

2009 - 2012
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Programador, Carga horária: 40
Outras informações
Finalizado em Agosto de 2012.


Jungle Digital Games, JUNGLE, Brasil.
Vínculo institucional

2009 - 2009
Vínculo: Estágio, Enquadramento Funcional: Consultoria, Carga horária: 10


Domínio Informática, DOMINIO, Brasil.
Vínculo institucional

2008 - 2009
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Técnico em Informática, Carga horária: 40


Data Group Serviços LTDA, DGS, Brasil.
Vínculo institucional

2007 - 2008
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Técnico em Informática, Carga horária: 40


Incofex Armazéns LTDA, INCOFEX, Brasil.
Vínculo institucional

2003 - 2006
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Auxiliar Administrativo, Carga horária: 40



Linhas de pesquisa


1.
Desenvolvimento de uma plataforma integradora de ferramentas computacionais aplicadas à bioinformática e análise de dados


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: BIOINFORMÁTICA.


Prêmios e títulos


2012
Reconhecimento Acadêmico, Faculdade de Viçosa - FDV.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
CALIL, IARA P.2018CALIL, IARA P. ; QUADROS, IANA P.S. ; ARAÚJO, THAIS C. ; DUARTE, CHRISTIANE E.M. ; GOUVEIA-MAGESTE, BIANCA C. ; SILVA, JOSÉ CLEYDSON F. ; BRUSTOLINI, OTÁVIO J.B. ; TEIXEIRA, RUAN M. ; OLIVEIRA, CAUÊ N. ; MILAGRES, RAFAEL W.M.M. ; MARTINS, GILBERTO S. ; CHORY, JOANNE ; REIS, PEDRO A.B. ; MACHADO, JOAO PAULO B. ; FONTES, ELIZABETH P.B. . A WW domain-containing protein forms immune nuclear bodies against begomoviruses. Molecular Plant, v. 6, p. 1, 2018.

2.
5LIMA, A. T. M.2017LIMA, A. T. M. ; José C. F. Silva ; SILVA, F. N. ; URQUIZA, G. P. C. ; SEAH, Y. M. ; MIZUBUTI, E. S. G. ; DUFFY, S. ; ZERBINI, F. MURILO . The diversification of begomovirus populations is predominantly driven by mutational dynamics. Virus Evolution, v. 3, p. vex005, 2017.

3.
4SILVA, JOSE CLEYDSON F.2017 SILVA, JOSE CLEYDSON F.; CARVALHO, THALES F. M. ; BASSO, MARCOS F. ; DEGUCHI, MICHIHITO ; PEREIRA, WELISON A. ; SOBRINHO, ROBERTO R. ; VIDIGAL, PEDRO M. P. ; BRUSTOLINI, OTÁVIO J. B. ; SILVA, FABYANO F. ; DAL-BIANCO, MAXIMILLER ; FONTES, RENILDES L. F. ; SANTOS, ANÉSIA A. ; ZERBINI, FRANCISCO MURILO ; CERQUEIRA, FABIO R. ; FONTES, ELIZABETH P. B. . Geminivirus data warehouse: a database enriched with machine learning approaches. BMC BIOINFORMATICS, v. 18, p. 240, 2017.

4.
3MAR, TALITA BERNARDON2017MAR, TALITA BERNARDON ; XAVIER, C?SAR AUGUSTO DINIZ ; LIMA, ALISON TALIS MARTINS ; NOGUEIRA, ANG?LICA MARIA ; SILVA, JOS? CLEYDSON FERREIRA ; RAMOS-SOBRINHO, ROBERTO ; LAU, DOUGLAS ; ZERBINI, F. MURILO . Genetic variability and population structure of the New World begomovirus Euphorbia yellow mosaic virus. JOURNAL OF GENERAL VIROLOGY, v. 1, p. online, 2017.

5.
2SILVA, JOSÉ CLEYDSON F.2017 SILVA, JOSÉ CLEYDSON F.; CARVALHO, THALES F. M. ; FONTES, ELIZABETH P. B. ; CERQUEIRA, FABIO R. . Fangorn Forest (F2): a machine learning approach to classify genes and genera in the family Geminiviridae. BMC BIOINFORMATICS, v. 18, p. 431, 2017.

6.
1CARVALHO, THALES FRANCISCO MOTA2017CARVALHO, THALES FRANCISCO MOTA ; SILVA, JOSÉ CLEYDSON F. ; CALIL, IARA PINHEIRO ; FONTES, ELIZABETH PACHECO BATISTA ; CERQUEIRA, FABIO RIBEIRO . Rama: a machine learning approach for ribosomal protein prediction in plants. Scientific Reports, v. 7, p. 16273, 2017.

7.
DE SOUZA, GENAINA APARECIDA2017DE SOUZA, GENAINA APARECIDA ; DIAS, DENISE CUNHA FERNANDES DOS SANTOS ; PIMENTA, THALINE MARTINS ; ALMEIDA, ANDREA LANNA ; PICOLI, EDGARD AUGUSTO DE TOLEDO ; ALVARENGA, ANTÔNIO DE PÁDUA ; DA SILVA, JOSÉ CLEYDSON FERREIRA . Sugar metabolism and developmental stages of rubber tree ( Hevea brasiliensis L.) seeds. PHYSIOLOGIA PLANTARUM, v. 1, p. 12650, 2017.

8.
6MAIA, THIAGO2016MAIA, THIAGO ; BADEL, JORGE L. ; MARIN-RAMIREZ, GUSTAVO ; ROCHA, CYNTHIA DE M. ; FERNANDES, MICHELLE B. ; DA SILVA, JOSÉ C. F. ; DE AZEVEDO-JUNIOR, GILSON M. ; BROMMONSCHENKEL, SÉRGIO H. . The Hemileia vastatrix effector HvEC-016 suppresses bacterial blight symptoms in coffee genotypes with the S H 1 rust resistance gene. New Phytologist (Print), v. online, p. online, 2016.

9.
7PIMENTA, MAIANA REIS2016PIMENTA, MAIANA REIS ; SILVA, PRISCILA ALVES ; MENDES, GISELLE CAMARGO ; ALVES, JANAÍNA ROBERTA ; CAETANO, HANNA DURSO NEVES ; MACHADO, JOAO PAULO BATISTA ; BRUSTOLINI, OTAVIO JOSÉ BERNARDES ; CARPINETTI, PAOLA AVELAR ; MELO, BRUNO PAES ; SILVA, JOSÉ CLEYDSON FERREIRA ; ROSADO, GUSTAVO LEÃO ; FERREIRA, MÁRCIA FLORES SILVA ; DAL-BIANCO, MAXIMILLIR ; PICOLI, EDGARD AUGUSTO DE TOLEDO ; ARAGAO, FRANCISCO JOSÉ LIMA ; RAMOS, HUMBERTO JOSUÉ OLIVEIRA ; FONTES, ELIZABETH PACHECO BATISTA . The stress-induced soybean NAC transcription factor GmNAC81 plays a positive role in developmentally programmed leaf senescence. Plant and Cell Physiology, v. on lin, p. pcw059, 2016.

10.
10BROWN, JUDITH K.2015BROWN, JUDITH K. ; ZERBINI, F. MURILO ; NAVAS-CASTILLO, JESÚS ; MORIONES, ENRIQUE ; RAMOS-SOBRINHO, ROBERTO ; SILVA, JOSÉ C. F. ; FIALLO-OLIVÉ, ELVIRA ; BRIDDON, ROB W. ; HERNÁNDEZ-ZEPEDA, CECILIA ; IDRIS, ALI ; MALATHI, V. G. ; MARTIN, DARREN P. ; RIVERA-BUSTAMANTE, RAFAEL ; UEDA, SHIGENORI ; VARSANI, ARVIND . Revision of Begomovirus taxonomy based on pairwise sequence comparisons. Archives of Virology, v. 160, p. 1593-1619, 2015.

11.
8BASSO, MARCOS FERNANDO2015BASSO, MARCOS FERNANDO ; SILVA, JOSÉ CLEYDSON FERREIRA DA ; FAJARDO, THOR VINÍCIUS MARTINS ; FONTES, ELIZABETH PACHECO BATISTA ; ZERBINI, FRANCISCO MURILO . A novel, highly divergent ssDNA virus identified in Brazil infecting apple, pear and grapevine. Virus Research (Print), v. 2010, p. 27-33, 2015.

12.
9SILVA, PRISCILA ALVES2015SILVA, PRISCILA ALVES ; SILVA, JOSÉ CLEYDSON F. ; CAETANO, HANNA DN ; MACHADO, JOAO PAULO B. ; MENDES, GISELLE C. ; REIS, PEDRO AB ; BRUSTOLINI, OTAVIO JB ; DAL-BIANCO, MAXIMILLER ; FONTES, ELIZABETH PB . Comprehensive analysis of the endoplasmic reticulum stress response in the soybean genome: conserved and plant-specific features. BMC Genomics, v. 16, p. 783, 2015.

13.
13CARVALHO, HUMBERTO H.2014CARVALHO, HUMBERTO H. ; BRUSTOLINI, OTÁVIO J. B. ; PIMENTA, MAIANA R. ; MENDES, GISELLE C. ; GOUVEIA, BIANCA C. ; SILVA, PRISCILA A. ; SILVA, JOSÉ CLEYDSON F. ; MOTA, CLENILSO S. ; SOARES-RAMOS, JULIANA R. L. ; FONTES, ELIZABETH P. B. . The Molecular Chaperone Binding Protein BiP Prevents Leaf Dehydration-Induced Cellular Homeostasis Disruption. Plos One, v. 9, p. e86661, 2014.

14.
12SANTANA, MATEUS F2014SANTANA, MATEUS F ; SILVA, JOSÉ CF ; MIZUBUTI, EDUARDO SG ; ARAÚJO, ELZA F ; CONDON, BRADFORD J ; TURGEON, B ; QUEIROZ, MARISA V . Characterization and potential evolutionary impact of transposable elements in the genome of Cochliobolus heterostrophus. BMC Genomics, v. 15, p. 536, 2014.

15.
11SANTANA, M. F.2014SANTANA, M. F. ; SILVA, J. C. F. ; MIZUBUTI, E. S. G. ; ARAÚJO, E. F. ; QUEIROZ, M. V. . Analysis of Tc1-Mariner elements in Sclerotinia sclerotiorum suggests recent activity and flexible transposases. BMC Microbiology (Online), v. 14, p. 00-00, 2014.

16.
14SANTANA, MATEUS F2012SANTANA, MATEUS F ; SILVA, JOSÉ CF ; BATISTA, ALINE D ; RIBEIRO, LÍLIAN E ; DA SILVA, GILVAN F ; DE ARAÚJO, ELZA F ; DE QUEIROZ, MARISA V . Abundance, distribution and potential impact of transposable elements in the genome of Mycosphaerella fijiensis. BMC Genomics, v. 13, p. 720, 2012.

Capítulos de livros publicados
1.
BRUSTOLINI, OTÁVIO J. B. ; SILVA, JOSÉ CLEYDSON F. ; Sakamoto, Tetsu ; FONTES, ELIZABETH P. B. . Bioinformatics Analysis of the Receptor-Like Kinase (RLK) Superfamily. Methods in Molecular Biology. 1ed.: Springer New York, 2017, v. , p. 123-132.

2.
CERQUEIRA, F. R. ; MARQUES, Y. B. ; CARVALHO, T. T. ; SILVA, J. C. F. ; BASSO, M. F. ; MORAIS, G. L. ; CARVALHO, J. B. . Predição computacional de microRNAs em genomas (cap. 16).. In: Tiago Campos Pereira. (Org.). Introdução ao mundo dos microRNAs.. 1ed.São Carlos: Cubo, 2015, v. 1, p. 288-320.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
MAR, T. B. ; SILVA, J. C. F. ; NOGUEIRA, A. ; RAMOS-SOBRINHO, ROBERTO ; LEMOS, P. ; D., L. ; ZERBINI, F. MURILO . Genetic diversity and population structure of the begomovirus Euphorbia yellow mosaic virus. In: XXVI Brazilian Congress of Virology, 2016, Florianopolis-SC. X Mercosur Meeting of Virology, 2015.

2.
SILVA, J. C. F.; BASSO, M. F. ; DEGUCHI, M. ; PEREIRA, W. A. ; RAMOS-SOBRINHO, ROBERTO ; BRUSTOLINI, OTÁVIO J. B. ; VIDIGAL, P. M. P. ; LIMA, A. T. M. ; DAL-BIANCO, MAXIMILLER ; ZERBINI JUNIOR, F. M. ; CERQUEIRA, F. R. ; FONTES, E. P. B. . Begomovirus Data Warehouse (BegomoDW): definitive and integrated database for begomoviruses and related satellite virus. In: International Plant Molecular Biology Congress, 2015, Foz do Iguaçu. International Plant Molecular Biology Congress, 2015.

3.
CARVALHO, T. F. M. ; SILVA, J. C. F. ; FONTES, ELIZABETH P. B. ; CERQUEIRA, F. R. . Rama: A machine learning approach for ribosomal protein prediction in plants. In: 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015, São Paulo. 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015.

4.
LIMA, A. T. M. ; SILVA, J. C. F. ; SILVA, F. N. ; URQUIZA, G. P. C. ; SILVA, F. F. ; SEAH, Y. M. ; PEREIRA, H. M. B. ; MIZUBUTI, E. S. G. ; DUFFY, S. ; ZERBINI JUNIOR, F. M. . The relative contribution of recombination and mutation to the genetic variability of begomovirus populations.. In: XXIV Brazilian Congress of Virology & VIII Mercosur Meeting of Virology, 2013, Porto Seguro. Virus Reviews and Research, 2013. v. 18. p. 191-192.

5.
BRUCKNER, F. P. ; SILVA, J. C. F. ; BARROS, A. P. O. ; ALFENAS-ZERBINI, P. . Identification of Putative Plant-Potyvirus interactions using Systems Biology. In: XXIV Brazilian Congress of Virology & VIII Mercosur Meeting of Virology, 2013, Porto Seguro. Virus Reviews and Research, 2013. v. 18. p. 195-195.

6.
SILVA, J. C. F.; LIMA, A. T. M. ; BRUSTOLINI, O. J. B. ; VIDIGAL, P. M. P. ; SILVA, F. F. ; CALIL, I. P. ; ZERBINI JUNIOR, F. M. ; FONTES, E. P. B. . Begomovirus Data Warehouse: A DEFINITIVE DATABASE for begomovirus information. In: 7th International Geminivirus Symposium / 5th International ssDNA Compative Virology Workshop, 2013, Hangzhou. 7th International Geminivirus Symposium - 5th International ssDNA Compative Virology Workshop, 2013. p. 19-19.

7.
BASSO, M. F. ; FAJARDO, T. V. M. ; SILVA, J. C. F. ; ALFENAS-ZERBINI, P. ; ZERBINI JUNIOR, F. M. . Association of a novel highly divergent monopartite circular ssDNA virus with chlorotic dwarf and dry branches in apple and pear and potential association with symptoms in grapevine. In: 7th International Geminivirus Symposium - 5th International ssDNA Comparative Virology Workshop, 2013, Hangzhou. 7th International Geminivirus Symposium - 5th International ssDNA Comparative Virology Workshop, 2013. p. 56-56.

8.
LIMA, A. T. M. ; SILVA, J. C. F. ; SILVA, F. N. ; URQUIZA, G. P. C. ; SILVA, F. F. ; SEAH, Y. M. ; PEREIRA, H. M. B. ; MIZUBUTI, E. S. G. ; DUFFY, S. ; ZERBINI JUNIOR, F. M. . Relative contributions of recombination and mutation to the genetic variability of begomovirus populations. In: 7th International Geminivirus Symposium - 5th International ssDNA Comparative Virology Workshop, 2013, Hangzhou. 7th International Geminivirus Symposium - 5th International ssDNA Comparative Virology Workshop, 2013. p. 45-45.

Apresentações de Trabalho
1.
SILVA, JOSÉ C. F.; CARVALHO, T. T. . Rama: A machine learning approach for ribosomal protein prediction in plants. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
SILVA, J. C. F.. Introdução ao Linux. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
SILVA, J. C. F.. Estratégias de montagens de genomas usando grafo De Bruijin. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
SILVA, J. C. F.. Mapeamento de sequências em genomas de referências. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
SILVA, J. C. F.. Bioinformática Aplicada a Genômica e Transcriptoma. 2015. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

6.
SILVA, J. C. F.. Bioinformática Aplicada a Genômica Funcional e ao Melhoramento de Plantas. 2015. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

7.
SILVA, J. C. F.. Bioinformática um campo científico interdisciplinar. 2014. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

8.
SILVA, J. C. F.. Bioinformática. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

9.
SILVA, J. C. F.. Bioinformática: Uma área interdisciplinar e multidisciplinar. 2014. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

10.
SILVA, J. C. F.. Software Livre: Conceitos, aplicações e exemplos. 2013. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

11.
MAIA, T. A. ; SILVA, J. C. F. ; BROMMONSCHENKEL, S. H. . CHARACTERIZATION OF THE Hemileia vastatrix TRANSCRIPTOME EXPRESSED DURING A COMPATIBLE INTERAC TION USING 454 PYROSEQUENCING OF cDNAs FROM INFECTED LEAVES. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

12.
BROMMONSCHENKEL, S. H. ; LOPES, N. P. ; SILVA, J. C. F. . CARACTERIZAÇÃO DO TRANSCRITOMA DE Phakopsora pachyrhizi EXPRESSO NA INTERAÇÃO COMPATÍVEL COM A SOJA UTILIZANDO A PLATAFORMA DE SEQUENCIAMENTO DE ALTO DESEMPENHO ROCHE 454- GS-FLX+ E ANÁLISES DE BIOINFORMÁTICA.. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

13.
SILVA, J. C. F.. Encontro com egressos: graduação, mercado de trabalho e oportunidades. 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

14.
MAIA, T. A. ; SILVA, J. C. F. ; BROMMONSCHENKEL, S. H. . ESTABLISHMENT OF A PROTOCOL FOR FUNCTIONAL ANALYSES OF CANDIDATE EFFECTOR GENES FROM Hemileia vastatrix BASED ON THE TYPE THREE SECRETION SYSTEM OF Pseudomonas syringae pv. garcae. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
SILVA, J. C. F.. SIstema de Armazenamento e Gerenciamento de Sequencias de DNA para Begomovirus. 2011.

2.
SILVA, J. C. F.. Sistema de Gerenciamento e Localização de Reagentes e controles de Primers em Laboratório. 2011.

Redes sociais, websites e blogs
1.
SILVA, J. C. F.; VIDIGAL, P. M. P. ; BRUSTOLINI, O. J. B. . Open Source Bioinformatics Community. 2012; Tema: Divulgação ciêntífica da Bioinformática e Biologia Comkputacional. (Site).


Demais tipos de produção técnica
1.
SILVA, J. C. F.. Tutoriais sobre instalação e uso de programas de Bioinformática. 2010. (Técnico).



Patentes e registros



Programa de computador
1.
SILVA, J. C. F.; BRUSTOLINI, OTÁVIO J. B. ; FONTES, E. P. B. . Find TFBS. 2018.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512018001088-1, data de registro: 10/07/2018, título: "Find TFBS" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.

2.
SILVA, J. C. F.; FONTES, ELIZABETH P. B. ; CERQUEIRA, F. R. ; CARVALHO, T. F. M. . GeminivirusDW: Geminivirus Data Warehouse. 2018.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512018001087-3, data de registro: 10/07/2018, título: "GeminivirusDW: Geminivirus Data Warehouse" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.

3.
SILVA, J. C. F.; FONTES, ELIZABETH P. B. ; BRUSTOLINI, OTÁVIO J. B. . BegomoDW: Begomovirus Data Warehouse. 2018.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512018001086-5, data de registro: 10/07/2018, título: "BegomoDW: Begomovirus Data Warehouse" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Encontro França-Brasil de Bioinformática. 2010. (Encontro).



Inovação



Programa de computador registrado
1.
SILVA, J. C. F.; BRUSTOLINI, OTÁVIO J. B. ; FONTES, E. P. B. . Find TFBS. 2018.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512018001088-1, data de registro: 10/07/2018, título: "Find TFBS" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.

2.
SILVA, J. C. F.; FONTES, ELIZABETH P. B. ; CERQUEIRA, F. R. ; CARVALHO, T. F. M. . GeminivirusDW: Geminivirus Data Warehouse. 2018.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512018001087-3, data de registro: 10/07/2018, título: "GeminivirusDW: Geminivirus Data Warehouse" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.

3.
SILVA, J. C. F.; FONTES, ELIZABETH P. B. ; BRUSTOLINI, OTÁVIO J. B. . BegomoDW: Begomovirus Data Warehouse. 2018.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512018001086-5, data de registro: 10/07/2018, título: "BegomoDW: Begomovirus Data Warehouse" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.



Educação e Popularização de C & T



Artigos
Artigos completos publicados em periódicos
1.
4SILVA, JOSE CLEYDSON F.2017 SILVA, JOSE CLEYDSON F.; CARVALHO, THALES F. M. ; BASSO, MARCOS F. ; DEGUCHI, MICHIHITO ; PEREIRA, WELISON A. ; SOBRINHO, ROBERTO R. ; VIDIGAL, PEDRO M. P. ; BRUSTOLINI, OTÁVIO J. B. ; SILVA, FABYANO F. ; DAL-BIANCO, MAXIMILLER ; FONTES, RENILDES L. F. ; SANTOS, ANÉSIA A. ; ZERBINI, FRANCISCO MURILO ; CERQUEIRA, FABIO R. ; FONTES, ELIZABETH P. B. . Geminivirus data warehouse: a database enriched with machine learning approaches. BMC BIOINFORMATICS, v. 18, p. 240, 2017.




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