Ricardo Assunção Vialle

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  • Última atualização do currículo em 08/10/2018


Possui graduação em Matemática e Análise de Sistemas, ambas pela Universidade Federal do Paraná (UFPR), mestrado em Bioinformática pela UFPR e doutorado em Bioinformática pela Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG) com período sanduíche no European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI). Foi residente pós-doutoral no Laboratório de Genética Humana e Médica na Universidade Federal do Pará (UFPA). Atualmente é pós-doc junto ao departamento de Neurociências na Icahn School of Medicine at Mount Sinai. Interesses de pesquisa: genômica funcional, evolução molecular e comparação de sequências. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Ricardo Assunção Vialle
Nome em citações bibliográficas
VIALLE, R. A.;VIALLE, RICARDO A;VIALLE, RICARDO ASSUNÇÃO

Endereço


Endereço Profissional
Icahn School of Medicine at Mount Sinai - New York City.
19 East 98th Street 6C
Upper East Side
10029 - New York, - Estados Unidos
Telefone: (212) 65956
URL da Homepage: http://labs.neuroscience.mssm.edu/project/raj-lab/


Formação acadêmica/titulação


2013 - 2017
Doutorado em Bioinformática.
Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
com período sanduíche em European Bioinformatics Institute (Orientador: Nick Goldman).
Título: Evidências de mudanças estruturais proteicas em transições macroevolutivas, Ano de obtenção: 2017.
Orientador: José Miguel Ortega.
Coorientador: Roberto Tadeu Raittz.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Evolução; Macroevolução; Estrutura secundária de proteínas; Reconstrução de sequencias ancestrais.
Grande área: Ciências Biológicas
Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.
2012 - 2013
Mestrado em Bioinformática.
Universidade Federal do Paraná, UFPR, Brasil.
Título: Anotação rápida de genomas independente de alinhamento de sequências,Ano de Obtenção: 2013.
Orientador: Roberto Tadeu Raittz.
Coorientador: Fabio de Oliveira Pedrosa.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Anotação de genomas; Alignment-free.
Grande área: Ciências Biológicas
Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.
2010 - 2013
Graduação em Tec. em Análise e Desenvolvimento de Sistemas.
Universidade Federal do Paraná, UFPR, Brasil.
Título: Sistema integrado para anotação automática de genomas.
Orientador: Roberto Tadeu Raittz.
2004 - 2009
Graduação em Matemática.
Universidade Federal do Paraná, UFPR, Brasil.


Pós-doutorado


2018
Pós-Doutorado.
Icahn School of Medicine at Mount Sinai - New York City, ICAHN, Estados Unidos.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Humana e Médica.
2017 - 2018
Pós-Doutorado.
Universidade Federal do Pará, UFPA, Brasil.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Humana e Médica.


Formação Complementar


2017 - 2017
Biologia de Sistemas. (Carga horária: 3h).
II Simpósio Norte-Nordeste de Bioinformática, II SNNB, Brasil.
2016 - 2016
BMC - BioMed Central - Correção de Artigo Científico. (Carga horária: 5h).
Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
2014 - 2014
Bacterial Metagenomics. (Carga horária: 3h).
III International Workshop on Environmental Microbiology, III IWEM, Brasil.
2014 - 2014
Phage genomics and metagenomics. (Carga horária: 3h).
III International Workshop on Environmental Microbiology, III IWEM, Brasil.
2013 - 2013
Bioinformática Estrutural e Análises do Proteoma. (Carga horária: 90h).
Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.


Atuação Profissional



Icahn School of Medicine at Mount Sinai - New York City, ICAHN, Estados Unidos.
Vínculo institucional

2018 - Atual
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pós Doutorado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.


Universidade Federal do Pará, UFPA, Brasil.
Vínculo institucional

2017 - 2018
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pós Doutorado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

04/2017 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Ciências Biológicas, .

Linhas de pesquisa
Genética Humana e Médica

Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
Vínculo institucional

2013 - 2017
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Doutorado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

08/2013 - 02/2017
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Bioquímica e Imunologia.


European Bioinformatics Institute, EMBL, Inglaterra.
Vínculo institucional

2015 - 2016
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Estudante Visitante, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.


Universidade Federal do Paraná, UFPR, Brasil.
Vínculo institucional

2012 - 2013
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Mestrado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2010 - 2012
Vínculo: Iniciação Científica, Enquadramento Funcional: Iniciação Científica, Carga horária: 20, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

08/2010 - 05/2012
Pesquisa e desenvolvimento , Setor de Educação Profissional e Tecnológica, .


Secretaria de Estado e Educação do Paraná, SEED, Brasil.
Vínculo institucional

2006 - 2010
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Agente Educacional, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.



Linhas de pesquisa


1.
Bioinformática

Objetivo: Desenvolvimento e aplicação de metodologias de bioinformática para analise de dados biológicos provenientes de NGS.
Grande área: Ciências Biológicas
Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.
Palavras-chave: Bioinformática.
2.
Genômica

Objetivo: Utilização e desenvolvimento de ferramentas de bioinformática para analise de dados de genômica.
Grande área: Ciências Biológicas
Palavras-chave: Anotação de genomas.
3.
Mineração de dados

Objetivo: Utilização de técnicas de mineração de dados em problemas biológicos.
Grande área: Ciências Biológicas
Palavras-chave: Data-mining.
4.
Inteligência artificial

Objetivo: Utilização de técnicas de inteligência artificial em dados biológicos.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.
Palavras-chave: Inteligência artificial; Aprendizado de máquina; Reconhecimento de padrões; Redes neurais.
5.
Evolução

Objetivo: Desenvolvimento de ferramentas para análise de dados genéticos e genômicos visando a compreensão dos aspectos evolutivos da biologia ao nível molecular.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.
Palavras-chave: Evolução.
6.
Metagenômica

Objetivo: Utilização de ferramentas de bioinformática para analise de dados de metagenômica.
Grande área: Ciências Biológicas
Setores de atividade: Pesquisa e desenvolvimento científico.
Palavras-chave: Metagenômica.
7.
Proteômica

Objetivo: Utilização de ferramentas de bioinformática para analise de dados de proteômica.
Grande área: Ciências Biológicas
Palavras-chave: Proteínas; Agrupamento de sequências; Reconstrução de sequencias ancestrais.
8.
Genética Humana e Médica

Objetivo: Aplicação de metodologias de bioinformática para analise de dados biológicos relacionados a genética humana e médica.
Grande área: Ciências Biológicas
Palavras-chave: Painel de marcadores; Polimorfismo de nucleotídeo único.


Projetos de pesquisa


2017 - Atual
Rede de pesquisa em genômica populacional humana
Descrição: O projeto Rede de pesquisa em genômica populacional humana , propõe o desenvolvimento de uma rede de biologia computacional baseado no estudo do genoma de populações humanas da Amazônia, obtidos por meio de plataforma NGS (Sequenciamento Nova Geração). Este permitirá: uma melhor compreensão da variabilidade genética de populações tradicionais da região Amazônica; o estudo da variabilidade dos sítios de ligação de fatores transcricionais humanos; o conhecimento de mecanismos envolvidos no câncer gástrico; e o desenvolvimento de sistemas inteligentes (área computacional) aplicados à descoberta de padrões biológicos.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2015 - 2015
Análise de ferramentas de alinhamento múltiplo na reconstrução de sequências ancestrais
Descrição: A reconstrução precisa de estados ancestrais é crítica no estudo de proteínas antigas. Estas técnicas se baseiam no alinhamento múltiplo de sequências, que podem introduzir vieses. Neste projeto, investigamos como a metodologia alinhamento modula reconstrução ancestral através de simulações de vários cenários evolutivos. Avaliamos a precisão da reconstrução de sequências proteicas ancestrais com simulações controladas e comparamos os resultados da reconstrução usando diferentes métodos de alinhamento. Nossos resultados revelam tendências introduzidas não apenas pelos algoritmos e premissas do alinhador, mas também pela topologia das árvores e pelas taxas de inserções e deleções. Sob muitas condições, não encontramos diferenças substanciais entre as ferramentas. No entanto, aumentar a dificuldade para os alinhadores pode afetar significativamente a reconstrução. Em geral, as ferramentas de alinhamento MAFFT e PRANK exibiram o melhor desempenho, enquanto a FSA obteve um desempenho limitado. Também descobrimos um viés para sequências reconstruídas mais longas do que o esperado, decorrente de uma preferência por inserções em quase todas as abordagens. Além disso, achamos que as medidas da qualidade de alinhamento múltiplo geralmente se correlacionam bem com a precisão da reconstrução. Assim, mostramos que as diferenças metodológicas no alinhamento podem afetar a qualidade das reconstruções e propomos que os métodos de alinhamento devem ser selecionados com cuidado para determinar com precisão os estados ancestrais.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Ricardo Assunção Vialle - Coordenador / Nick Goldman - Integrante / Asif U Tamuri - Integrante.
2014 - 2017
Cianobactérias e cianotoxinas em reservatórios de Minas Gerais: mecanismos de produção de toxinas e estratégias de controle

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Alessandra Giani em 30/11/2017.
Descrição: As cianobactérias são organismos procariontes, que constituem uma parte importante da comunidade planctônica. Em certas condições ambientais, principalmente aumento de nutrientes na água, as cianobactérias tem aumentado sua biomassa e produzido florações, que na maioria dos casos são acompanhadas pela produção de cianotoxinas, que podem ser extremamente tóxicas para animais e seres humanos. Técnicas recentes de biologia molecular têm permitido identificar os genes responsáveis pela regulação e produção das cianotoxinas, permitindo a avaliação do potencial tóxico das florações. Mais recentemente, a metagenômica surgiu como uma aplicação de técnicas moleculares modernas no estudo de comunidades de microorganismos, diretamente no seu ambiente natural. As cianobactérias e suas toxinas interagem com as comunidades aquáticas, causando alterações às vezes irreversíveis do sistema. Nesta pesquisa, pretendemos focar duas estratégias. Na primeira, será dada ênfase as cianotoxinas e aos genótipos tóxicos encontrados no ambiente. Na segunda, serão estudados alguns fatores que podem induzir o crescimento das cianobacterias. Serão realizados experimentos no campo e no laboratório.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Ricardo Assunção Vialle - Integrante / José Miguel Ortega - Integrante / Marcele Laux - Integrante / Alessandra Giani - Coordenador.
Número de produções C, T & A: 2
2014 - 2017
Origem de expressão gênica tecido específica com base em dados de transcriptomas
Descrição: O desenvolvimento de tecnologias de grande escala para transcriptômica quantitativa permitiu uma análise abrangente dos perfis de expressão gênica em genomas completos. A técnica de RNA-Seq permite a medição dos níveis de expressão gênica de forma muito mais precisa e global do que os métodos anteriores. Estudos usando esta tecnologia estão alterando nossa visão sobre a extensão e complexidade dos organismos. A este respeito, foram realizados múltiplos esforços para determinar e analisar os padrões de expressão gênica dos tipos de células humanas em diferentes condições, seja em estados normais ou patológicos. No entanto, até recentemente, pouco foi relatado sobre as marcas evolutivas presentes em genes de codificação de proteínas humanas, particularmente a partir da perspectiva combinada de expressão gênica e evolução proteica. Neste projeto, apresentamos uma análise combinada do perfil de expressão de genes de codificação de proteínas humanas e do mapeamento de origem na escala de tempo, que coloca os genes em clados taxonômicos. Dessa forma, buscamos compreender o espectro relacional dos genes codificadores de proteínas humanas e interpretar os elementos funcionais e os módulos do genoma ativo. Além disso, a decodificação da história evolutiva dos genes humanos pode fornecer informações muito valiosas para revelar ou descobrir suas origens e funções.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (2) .
Integrantes: Ricardo Assunção Vialle - Integrante / José Miguel Ortega - Coordenador / Katia de Paiva Lopes - Integrante / Javier De Las Rivas - Integrante.
Número de produções C, T & A: 3
2013 - 2017
Desenvolvimento de interface web service para acesso a ferramentas de bioinformática em HPCs
Descrição: Com o objetivo de reduzir as dificuldades encontradas na bioinformática em estabelecer um ambiente de produção simples e centralizado. Desenvolvemos o BOWS (Bioinformatics Open Web Services), um sistema baseado em web services genéricos projetados para permitir o acesso programático a aplicativos em clusters de computação de alto desempenho (HPCs). O BOWS intermedia o acesso a ferramentas registradas, fornecendo web services de front-end e back-end. Os programadores podem instalar aplicativos em HPCs em qualquer linguagem de programação e usar o serviço back-end para verificar novos trabalhos e seus parâmetros e, em seguida, enviar os resultados para o sistema gerenciador. O BOWS compila clientes Java, que encapsulam as requisições de front-end, e cria automaticamente uma página da Web que dispõe os aplicativos e clientes registrados. Dessa forma, ferramentas podem ser acessadas ​​de praticamente qualquer linguagem de programação através de web services ou usando clientes Java padronizados. O back-end pode ser executado em clusters HPC, permitindo executar remotamente aplicativos com demanda de alto processamento diretamente de suas máquinas. O BOWS está disponível para download em: https://sourceforge.net/projects/bows/.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (2) .
Integrantes: Ricardo Assunção Vialle - Integrante / Henrique Velloso Ferreira Melo - Integrante / José Miguel Ortega - Coordenador.
Número de produções C, T & A: 3
2013 - 2017
Estudo evolutivo de estruturas secundárias de proteínas
Descrição: Neste trabalho investigamos se existe um viés estrutural relacionado ao período de origem das proteínas. Conhecendo a época de origem das proteínas, determinada através da técnica de filoestratigrafia, analisamos dados de estrutura secundária, obtida tanto a partir de dados experimentais, como a partir de predições. Notamos que proteínas mais recentes apresentam menor conteúdo de estrutura secundária e maior diversidade no teor de alfa-hélice e fitas beta. Diferenças no uso de aminoácidos em regiões de domínios e extradomínios podem explicar as mudanças observadas. Notamos também, que as mudanças mais acentuadas ocorrem em proteínas com origem a partir de Opisthokonta. Funções relacionadas à ligação ao DNA e a fatores de transcrição são enriquecidas tanto em proteínas originadas neste clado, como em proteínas com baixa composição de estrutura secundária. Além disso, investigamos como o viés observado pode ser estendido para auxiliar a compreensão de processos de origem de novas proteínas. Realizando predições de ORFs deduzidas de regiões provavelmente não codificadoras, observamos que possíveis cadeias podem ser obtidas com conteúdo de estrutura encontrado em proteínas naturais, dando suporte à hipótese de origem de novo de genes, no que se refere a esse requerimento estrutural.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Ricardo Assunção Vialle - Integrante / José Miguel Ortega - Coordenador.
Número de produções C, T & A: 3
2011 - 2013
Ferramentas para comparação de sequências com técnicas alignment-free
Descrição: A busca por similaridade de uma determinada sequência de proteínas contra um banco de dados é uma tarefa essencial na análise do genoma. O alinhamento de sequências é o método mais utilizado para realizar essa análise. Embora esta abordagem seja eficiente, o tempo necessário para realizar buscas em grandes bancos de dados é sempre um desafio. As técnicas livres de alinhamento (alignment-free) podem oferecer alternativas para comparar sequências sem a necessidade de se realizar o alinhamento. Sob esse escopo, desenvolvemos o RAFTS3, uma ferramenta rápida de busca de similaridade de proteína que realiza a seleção de candidatos com base em k-mers compartilhados; e utiliza uma medida de comparação baseada na matriz de co-ocorrência binária de resíduos de aminoácidos. O RAFTS3 se mostrou capaz de realizar comparações consideravelmente mais rápidas do que aquelas com BLASTp contra bancos de dados de proteínas grandes, como NR, Pfam ou UniRef, com uma pequena perda de sensibilidade dependendo do grau de similaridade das sequências. Dessa forma, o RAFTS3 oferece uma nova alternativa para uma comparação rápida de sequências de proteínas, anotação do genoma e mineração de dados biológicos. O código-fonte e os arquivos autônomos para plataforma Windows e Linux estão disponíveis em: https://sourceforge.net/projects/rafts3/.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Ricardo Assunção Vialle - Integrante / Roberto Tadeu Raittz - Coordenador.
Número de produções C, T & A: 5
2011 - 2013
Ferramentas para predição de genes e anotação de genomas procariotos
Descrição: Este projeto apresenta um sistema para anotação automática de genomas procariotos chamado SILA. Ele fornece uma predição precisa de genes usando uma combinação de ferramentas (Prodigal e HGF) e um sitio web para gerenciamento de tarefas e visualização de anotações. Desenvolvido no grupo de pesquisa, o HGF utiliza algoritmos genéticos e redes neurais para classificar prováveis genes. As predições são então comparadas com bancos de dados de proteínas (NR, Pfam e COG) para identificação dos prováveis produtos funcionais por meio da ferramenta RAFTS3. O serviço de anotação está disponível em ambiente Web no endereço http://www.bioinfo.ufpr.br/SILA/ e o código-fonte está disponível em https://sourceforge.net/projects/sila/.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Ricardo Assunção Vialle - Integrante / Roberto Tadeu Raittz - Coordenador.
Número de produções C, T & A: 1


Revisor de periódico


2017 - Atual
Periódico: REVISTA DA BIOLOGIA
2018 - Atual
Periódico: Ecology and Evolution


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Bioinformática.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Humana e Médica.


Idiomas


Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Inglês
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Bem.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:5
Total de citações:1
Fator H:1
Vialle, Ricardo A  Data: 02/03/2018

Artigos completos publicados em periódicos

1.
LAUX, M.2018LAUX, M. ; WERNER, V. R. ; VIALLE, R. A. ; ORTEGA, J. M. ; GIANI, A. . Planktonic cyanobacteria from a tropical reservoir of southeastern Brazil: a picocyanobacteria rich community and new approaches for its characterization.. NOVA HEDWIGIA, v. 107, p. 1-2, 2018.

2.
VIALLE, R. A.2018 VIALLE, R. A.; TAMURI, A. U. ; GOLDMAN, N. . Alignment modulates ancestral sequence reconstruction accuracy. Molecular Biology and Evolution, v. msy055, p. 1, 2018.

3.
LOPES, KATIA DE PAIVA2018LOPES, KATIA DE PAIVA ; VINASCO-SANDOVAL, TATIANA ; VIALLE, RICARDO ASSUNÇÃO ; PASCHOAL, FERNANDO MENDES ; BASTOS, VANESSA ALBUQUERQUE P. AVIZ ; BOR-SENG-SHU, EDSON ; TEIXEIRA, MANOEL JACOBSEN ; YAMADA, ELIZABETH SUMI ; PINTO, PABLO ; VIDAL, AMANDA FERREIRA ; RIBEIRO-DOS-SANTOS, ARTHUR ; MOREIRA, FABIANO ; SANTOS, SIDNEY ; PASCHOAL, ERIC HOMERO ALBUQUERQUE ; RIBEIRO-DOS-SANTOS, ÂNDREA . Global miRNA expression profile reveals novel molecular players in aneurysmal subarachnoid haemorrhage. Scientific Reports, v. 8, p. 8786, 2018.

4.
VIALLE, R. A.2018 VIALLE, R. A.; SOUZA, J. E. S. ; LOPES, K. P. ; TEIXEIRA, D. G. ; ALVES SOBRINHO, P. A. ; SANTOS, A. M. R. ; FURTADO, C. ; SAKAMOTO, T. ; SILVA, F. A. O. ; OLIVEIRA, E. H. C. ; HAMOY, I. G. ; ASSUMPCAO, P. P. ; SANTOS, A. K. C. R. ; LIMA, J. P. M. S. ; SEUANEZ, H. N. ; SOUZA, S. J. ; SANTOS, SIDNEY . Whole Genome Sequencing of the Pirarucu (Arapaima gigas) Supports Independent Emergence of Major Teleost Clades. Genome Biology and Evolution, v. 10, p. 2366-2379, 2018.

5.
LOPES, KATIA DE PAIVA2016 LOPES, KATIA DE PAIVA ; CAMPOS-LABORIE, FRANCISCO JOSÉ ; VIALLE, RICARDO ASSUNÇÃO ; ORTEGA, JOSÉ MIGUEL ; DE LAS RIVAS, JAVIER . Evolutionary hallmarks of the human proteome: chasing the age and coregulation of protein-coding genes. BMC Genomics, v. 17, p. 725, 2016.

6.
VELLOSO, HENRIQUE2015VELLOSO, HENRIQUE ; VIALLE, RICARDO A ; ORTEGA, J MIGUEL . BOWS (bioinformatics open web services) to centralize bioinformatics tools in web services. BMC Research Notes, v. 8, p. 206, 2015.

7.
DE SOUZA, V.2013DE SOUZA, V. ; PIRO, V. C. ; FAORO, H. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; CHICORA, V. K. ; GUIZELINI, D. ; WEISS, V. ; VIALLE, R. A. ; MONTEIRO, R. A. ; STEFFENS, M. B. R. ; MARCHAUKOSKI, J. N. ; PEDROSA, F. O. ; CRUZ, L. M. ; CHUBATSU, L. S. ; RAITTZ, R. T. . Draft Genome Sequence of Herbaspirillum huttiense subsp. putei IAM 15032, a Strain Isolated from Well Water. Genome Announcements, v. 1, p. e00252-12-e00252-12, 2013.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
VIALLE, R. A.; ORTEGA, J. M. . Secondary structure changes according to evolutionary age. In: X-Meeting, 2016, Belo Horizonte. Abstract Book, 2016.

2.
LOPES, K. P. ; CAMPOS-LABORIE, F. J. ; VIALLE, R. A. ; ORTEGA, J. M. ; DE LAS RIVAS, J. . Global coexpression analysis of human proteincoding genes. In: X-Meeting, 2016, Belo Horizonte. Abstract Book, 2016.

3.
LOPES, K. P. ; VIALLE, R. A. ; ORTEGA, J. M. . Transcriptome meta-analysis reveals the human organs evolution. In: X-Meeting, 2016, Belo Horizonte. Abstract Book, 2016.

4.
LAUX, M. ; VIALLE, R. A. ; ORTEGA, J. M. ; GIANI, A. . Within and between gene variants: tracking for potential targets for populational linkage according to the metagenomic profile in a changing freshwater environment. In: X-Meeting, 2016, Belo Horizonte. Abstract Book, 2016.

5.
LOPES, K. P. ; VIALLE, R. A. ; ORTEGA, J. M. . Origin of genes obtained by transcriptomic data compared to KEGG Functional Hierarchies. In: X-Meeting 2015, 2015, São Paulo. Abstract Book, 2015.

6.
LOPES, K. P. ; VIALLE, R. A. ; COSTA, V. R. M. ; ORTEGA, J. M. . Computational approach for amino acids visualization according to codon usage. In: ISCB-Latin America, 2014, Belo Horizonte. Abstract Book, 2014.

7.
LAUX, M. ; VIALLE, R. A. ; FERNANDES, G. R. ; ORTEGA, J. M. ; GIANI, A. . Functional profile according to contribution and distribution of pathways in a cyanobacteria dominated reservoir over an annual scale. In: Metagenomics Workshop - III International Workshop on Environmental Microbiology, 2014, Belo Horizonte. Metagenomics Workshop - III International Workshop on Environmental Microbiology, 2014.

8.
COSTA, V. R. M. ; VIALLE, R. A. ; ORTEGA, J. M. . The origin of B-cell antigen receptor pathway. In: X-Meeting 2014, 2014, Belo Horizonte. Abstract Book, 2014.

9.
VIALLE, R. A.; VELLOSO, HENRIQUE ; ORTEGA, J. M. . Simple java command lines that request Bioinformatics Open Web Services (BOWS). In: X-Meeting 2014, 2014, Belo Horizonte. Abstract Book, 2014.

10.
GONCALVES, C. A. X. ; VIALLE, R. A. ; ORTEGA, J. M. . Use of a text-mining approach for describing a Gene Ontology poor annotated process as a case study: the blood-brain barrier. In: X-Meeting 2014, 2014, Belo Horizonte. Abstract Book, 2014.

11.
LAUX, M. ; FERNANDES, G. R. ; VIALLE, R. A. ; GIANI, A. . Metagenomics insights into the taxonomic identity and functional profile of toxic cyanobacteria bloom communities in a tropical reservoir. In: Genomes to/aux Biomes, 2014, Montreal. Abstract Book, 2014.

12.
VIALLE, R. A.; ORTEGA, J. M. . Evidences of distinct wave of gene origins in recent evolutionary events. In: X-Meeting 2013, 2013, Recife. Abstract Book, 2013.

13.
LANGOWSKI, E. ; VIALLE, R. A. ; ORTEGA, J. M. ; BRAWERMAN, A. . Porting a desktop bioinformatic tool to the web - The benefits of using web services. In: X-Meeting 2013, 2013, Recife. Abstract Book, 2013.

14.
VIALLE, R. A.; PEDROSA, F. O. ; RAITTZ, R. T. . RGS: A Rapid Gene Searcher. In: X-Meeting 2012, 2012, Campinas. Abstract Book, 2012.

15.
VIALLE, R. A.; RAITTZ, R. T. . Mineração de dados em bancos de dados de genomas de procarioto. In: EVINCI, 2011, Curitiba. Livro de resumos 19º EVINCI e 4º EINTI. Curitiba: PRPPG - UFPR, 2011.

16.
VIALLE, R. A.; SOUZA, E. M. ; PEDROSA, F. O. ; MARCHAUKOSKI, J. N. ; STEFFENS, M. B. R. ; GUIZELINI, D. ; TIBAES, J. H. ; DE SOUZA, V. ; RAITTZ, R. T. . Recursive indexing (INREC) applied to sequence similarity searches in large databases. In: X-Meeting 2011, 2011, Florianópolis. Poster Abstracts - Genomics Sequence Analysis Evolution and Phylogeny, 2011.

17.
TIBAES, J. H. ; RAITTZ, R. T. ; VIALLE, R. A. ; GUIZELINI, D. ; SOUZA, E. M. ; STEFFENS, M. B. R. ; MARCHAUKOSKI, J. N. ; PEDROSA, F. O. . A new computational tool to identify annotation divergence in bacterial genome sequences. In: X-Meeting 2011, 2011, Florianópolis. Poster Abstracts - Genomics Sequence Analysis Evolution and Phylogeny, 2011.

Apresentações de Trabalho
1.
VIALLE, R. A.. O genoma do Pirarucu: novos insights sobre a evolução dos teleósteos. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

Outras produções bibliográficas
1.
NICHIO, B. T. ; OLIVEIRA, A. M. R. ; PIERRI, C. R. ; SANTOS, L. G. C. ; VIALLE, R. A. ; MARCHAUKOSKI, J. N. ; PEDROSA, F. O. ; RAITTZ, R. T. . RAFTS³G: An efficient and versatile clustering software to analyses in large protein datasets. bioRxiv - Cold Spring Harbor Laboratory, 2018 (Preprint).

2.
VIALLE, R. A.; PEDROSA, F. O. ; WEISS, V. ; GUIZELINI, D. ; TIBAES, J. H. ; MARCHAUKOSKI, J. N. ; SOUZA, E. M. ; RAITTZ, R. T. . RAFTS3: Rapid Alignment-Free Tool for Sequence Similarity Search. bioRxiv - Cold Spring Harbor Laboratory, 2016 (Preprint).

3.
DE SOUZA, V. ; PIRO, V. C. ; FAORO, H. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; CHICORA, V. K. ; GUIZELINI, D. ; WEISS, V. ; VIALLE, R. A. ; MONTEIRO, R. A. ; WASSEM, R. ; STEFFENS, M. B. R. ; MARCHAUKOSKI, J. N. ; SOUZA, E. M. ; PEDROSA, F. O. ; CRUZ, L. M. ; CHUBATSU, L. S. ; RAITTZ, R. T. . Herbaspirillum huttiense subsp. putei IAM 15032 2012 (Depósito de sequências de DNA em banco de dados público).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
VIALLE, R. A.; RAITTZ, R. T. . RAFTS3 - Rapid Alignment Free Tool for Sequences Similarity Search. 2016.

2.
VELLOSO, HENRIQUE ; VIALLE, R. A. ; ORTEGA, J. M. . BOWS - Bioinformatics Open Web Services. 2015.

3.



Patentes e registros



Programa de computador
1.
LEJAMBRE, A. Q. ; OLIVEIRA, A. M. P. ; NICHIO, B. T. L. ; PIERRI, C. R. ; MARCHAUKOSKI, J. N. ; COIMBRA, N. A. R. ; VIALLE, RICARDO ASSUNÇÃO ; RAITTZ, R. T. . RAFTS3Groups. 2017.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: BR512017000646-6, data de registro: 08/06/2017, título: "RAFTS3Groups" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.



Bancas




Participação em bancas de comissões julgadoras
Outras participações
1.
VIALLE, R. A.; SANTOS, A. K. C. R.; SANTOS, A. M. R.; VIDAL, A. F.; LOPES, K. P.. Avaliação de trabalhos no II Simpósio Norte-Nordeste de Bioinformática nas seguintes áreas temáticas: Regulação Gênica, Genética de Microorganismos, Genética Humana e Médica, Desenvolvimento de Ferramentas e Banco de Dados, Biologia de Sistemas e Proteômica e Modelagem Computacional. 2017. Universidade Federal do Pará.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
II Genética em Foco.O genoma do Pirarucu: novos insights sobre a evolução dos teleósteos. 2018. (Seminário).

2.
II Simpósio Norte-Nordeste de Bioinformática. 2017. (Simpósio).

3.
I Workshop de Genética da UFPA. 2017. (Outra).

4.
RGS Brazil - 1st Student Council Symposium. 2016. (Encontro).

5.
X-Meeting. Secondary structure changes according to evolutionary age. 2016. (Congresso).

6.
SMODIA. 2015. (Congresso).

7.
III International Workshop on Environmental Microbiology. 2014. (Oficina).

8.
X-Meeting. Simple java command lines that request Bioinformatics Open Web Services (BOWS). 2014. (Congresso).

9.
X-Meeting. Evidences of distinct wave of gene origins in recent evolutionary events. 2013. (Congresso).

10.
X-Meeting. RGS: A Rapid Gene Searcher. 2012. (Congresso).

11.
EVINCI - Evento de Iniciação Científica.Mineração de dados em bancos de dados de genomas de procariotos. 2011. (Simpósio).

12.
X-Meeting. Recursive Indexing (INREC) applied in DNA alignment in large databases. 2011. (Congresso).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
SANTOS, A. K. C. R. ; LOPES, K. P. ; VIALLE, R. A. ; SANTOS, A. M. R. ; VIDAL, A. F. . II Simpósio Norte-Nordeste de Bioinformática. 2017. (Congresso).




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