Carlos Alberto Oliveira de Biagi Júnior

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  • Última atualização do currículo em 18/12/2018


Bacharel em Física Médica pela Universidade Estadual Paulista (UNESP) e mestre em Biotecnologia pela Universidade Estadual Paulista (UNESP). Atualmente doutorando na Universidade de São Paulo (USP) pelo programa de Genética, com ênfase em Bioinformática. Realizou estágio no European Research Institute for the Biology of Ageing (ERIBA). Possui experiência na área de Bioinformática, com ênfase em Genômica, Single-Cell RNA-Seq, RNA-Seq, Microarranjo e Biologia Molecular. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Carlos Alberto Oliveira de Biagi Júnior
Nome em citações bibliográficas
BIAGI JÚNIOR, C. A. O.;C. A. O. Biagi Jr.;BIAGI, C. A. O.


Formação acadêmica/titulação


2017
Doutorado em andamento em Genética USP-RP.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
com período co-tutela em University Medical Center Groningen (Orientador: Floris Foijer).
Título: Abordagem computacional para determinar a contribuição de fatores genéticos e não genéticos na heterogeneidade intratumoral usando Single-Cell RNA-Seq,
Orientador: Wilson Araújo da Silva Júnior.
Coorientador: Josane de Freitas Sousa.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Bioinformática; Sequenciamento; Células únicas.
2015 - 2017
Mestrado em Biotecnologia.
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Título: Meta-análise do Projeto Toxicogenômico Japonês: diferenças entre modelos in vivo e in vitro,Ano de Obtenção: 2017.
Orientador: José Luiz Rybarczyk Filho.
Palavras-chave: Toxicogenômica; microarranjo.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
2011 - 2015
Graduação em Física Médica.
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Título: Predição de novos alvos quimioterápicos para o tratamento de câncer de mama baseado em centralidades de rede.
Orientador: Jose Luiz Rybarczyk Filho.
Bolsista do(a): Prope-UNESP, PROPE-UNESP, Brasil.
2007 - 2009
Ensino Médio (2º grau).
Colégio Luiz de Queiroz, CLQ, Brasil.




Formação Complementar


2017 - 2017
Metaprogramação em C++17 para computação estatística. (Carga horária: 12h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2017 - 2017
X Curso de Verão em Bioinformática. (Carga horária: 80h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2016 - 2016
Extensão universitária em Escola de Programação para o Ensino Médio (EPEM). (Carga horária: 60h).
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
2016 - 2016
Writing Effective Abstracts. (Carga horária: 2h).
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
2016 - 2016
Identificação, anotação e análise de expr de transcritos utilizando RNA-Seq. (Carga horária: 25h).
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
2015 - 2015
Uso de Pacote R para a Biologia de Sistemas. (Carga horária: 15h).
Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.
2015 - 2015
Current methodologies in transcriptome analysis. (Carga horária: 3h).
Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
2015 - 2015
Redação Científica Internacional. (Carga horária: 8h).
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
2014 - 2014
Sistema de Planejamento em Radioterapia. (Carga horária: 4h).
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
2013 - 2013
Extensão universitária em Venha Conhecer o IB. (Carga horária: 3h).
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
2013 - 2013
Radioterapia. (Carga horária: 3h).
Associação Brasileira de Física Médica, ABFM, Brasil.
2012 - 2012
Dosimetria OSL e suas aplicações. (Carga horária: 2h).
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
2012 - 2012
Biologia Sistêmica do Câncer. (Carga horária: 2h).
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
2012 - 2012
Radiologia Industrial. (Carga horária: 4h).
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
2011 - 2011
Avanços Tec. do Ultrassom e Novas Mod. de Imagens. (Carga horária: 4h).
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
2011 - 2011
Campos de Atuação do Físico Médico. (Carga horária: 1h).
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
2011 - 2011
SAXS. (Carga horária: 2h).
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Vínculo institucional

2014 - 2015
Vínculo: Não Bolsista, Enquadramento Funcional: Iniciação Científica, Carga horária: 30
Outras informações
Iniciação CIentífica sem bolsa.

Vínculo institucional

2014 - 2014
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Iniciação Científica, Carga horária: 20, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Iniciação Científica com Bolsa do Programa Institucional de Bolsas de Iniciação Científica (PIBIC).

Vínculo institucional

2013 - 2013
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Monitor da disciplina de Matemática, Carga horária: 4
Outras informações
Monitor da disciplina de Matemática do curso de graduação em Zootecnia, da Faculdade de Medicina Veterinária e Zootecnia, Câmpus de Botucatu.

Vínculo institucional

2013 - 2013
Vínculo: Estagiário, Enquadramento Funcional: Monitor da disciplina de Cálculo I, Carga horária: 4
Outras informações
Monitoria voluntária na disciplina de Cálculo Diferencial e Integral I no curso de Bacharelado em Física Médica

Vínculo institucional

2013 - 2013
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Iniciação Científica, Carga horária: 20
Outras informações
Iniciação Científica com Bolsa do Programa Primeiros Projetos da UNESP.

Vínculo institucional

2012 - 2012
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Monitor da disciplina de Cálculo I, Carga horária: 4
Outras informações
Bolsista de monitoria da disciplina de Cálculo Diferencial e Integral I, do Curso de Graduação em Física Médica, do Instituto de Biociências, Câmpus de Botucatu.

Atividades

06/2013 - 03/2014
Extensão universitária , Instituto de Biociências, .

Atividade de extensão realizada
Presidente da Empresa Júnior Nucleon Jr. do Instituto de Biociências da Unesp de Botucatu..
08/2013 - 08/2013
Extensão universitária , Instituto de Biociências, .

Atividade de extensão realizada
Participação como expositor do Departamento de Física e Biofísica durante o Evento de Extensão Universitária "Venha Conhecer o IB".
02/2012 - 05/2013
Extensão universitária , Instituto de Biociências, .

Atividade de extensão realizada
Diretor de Marketing da Empresa Júnior Nucleon Jr. do Instituto de Biociências da Unesp de Botucatu..
02/2012 - 02/2012
Extensão universitária , Instituto de Biociências, .

Atividade de extensão realizada
Fundador da Nucleon Jr, Empresa Júnior do curso de Física Médica, do Instituto de Biociência de Botucatu - Unesp..

Instituto de Biotecnologia da UNESP, IBTEC, Brasil.
Vínculo institucional

2015 - 2017
Vínculo: Não Bolsista, Enquadramento Funcional: Mestrado, Carga horária: 40
Outras informações
http://www.ibtec.unesp.br/


Instituto de Biociências de Botucatu, IBB, Brasil.
Vínculo institucional

2016 - 2016
Vínculo: Não Bolsista, Enquadramento Funcional: Estágio Docência, Carga horária: 6
Outras informações
Estágio Docência na disciplina de Física das Radiações, responsável pelo Prof. Dr. José Luiz Rybarckyk Filho, para o Curso de Física Médica do Instituto de Biociências de Botucatu.


Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

2017 - Atual
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Doutorado, Carga horária: 40


Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, FUNDHERP, Brasil.
Vínculo institucional

2017 - Atual
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Doutorado, Carga horária: 40

Atividades

07/2017 - 12/2017
Extensão universitária , Casa da Ciência, .

Atividade de extensão realizada
Programa de iniciação científica para alunos da rede básica participantes do programa Adote um cientista. Orientação em projetos de investigação por pesquisadores do INCTC e USP, desenvolvido nas dependências do Hemocentro-RP.

University Medical Center Groningen, UMCG, Holanda.
Vínculo institucional

2018 - 2018
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Estágiário, Carga horária: 8
Outras informações
Durante esse período foi possível aprender sobre as expertise que o laboratório do Prof. Dr. Floris Foijer possui na análise de dados de sequenciamento de Single-Cell DNA.



Projetos de pesquisa


2015 - 2017
Meta-análise do Projeto Toxicogenômico Japonês: diferenças entre modelos in vivo e in vitro
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .

Integrantes: Carlos Alberto Oliveira de Biagi Júnior - Integrante / Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador.

Número de produções C, T & A: 1
2013 - 2015
Predição de novos alvos quimioterápicos para o tratamento de câncer de mama usando biologia de sistemas
Descrição: Trabalho de Conclusão de Curso (TCC) A biologia de sistemas pode auxiliar na busca de novos alvos quimioterápicos para o tratamento de câncer. Câncer é uma doença que não possuí cura, em muitos casos, após o tratamento o câncer retorna mais agressivo e o indivíduo se torna imune ao quimioterápicos utilizado no tratamento anterior. Usando a biologia de sistemas, é possível descrever um sistema de interação proteica que representa o câncer (ex.: neuroblastoma, câncer de mama, câncer de pulmão, etc) e com o uso de métricas da teoria de grafos é possível inferir novos alvos quimioterápicos associando conceitos como drogabilidade, comorbidade, etc..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .

Integrantes: Carlos Alberto Oliveira de Biagi Júnior - Integrante / Jose Luiz Rybarczyk Filho - Coordenador / Agnes Alessandra Sekijima Takeda - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa / Propex do Brasil - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 4


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Médica.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Química / Subárea: Bioinformática.


Idiomas


Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Inglês
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Bem.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
ARAUJO, L. F.2018 ARAUJO, L. F. ; SIENA, A. D. D. ; PLAÇA, J. R. ; BROTTO, D. B. ; BARROS, I. I. ; MUYS, B. R. ; BIAGI, C. A. O. ; PERONNI, K. C. ; SOUSA, J. F. ; MOLFETTA, G. A. ; WEST, L. C. ; WEST, A. P. ; LEOPOLDINO, A. M. ; ESPREAFICO, E. M. ; SILVA, W. A. . Mitochondrial transcription factor A (TFAM) shapes metabolic and invasion gene signatures in melanoma. Scientific Reports, v. 8, p. 14190 (2018), 2018.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
ALMEIDA, G. S. ; BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; Rybarczyk-Filho, José Luiz . Procura de novos alvos proteicos de quimioterápicos para o tratamento de câncer gástrico. In: 19º Encontro Nacional de Biomedicina (ENBM), 2016, Botucatu. 19º Encontro Nacional de Biomedicina, 2016. p. 88-88.

2.
BIAGI JÚNIOR, C. A. O.; Rybarczyk-Filho, José Luiz . PREDIÇÃO DE NOVOS ALVOS QUIMIOTERÁPICOS PARA O TRATAMENTO DE CÂNCER DE MAMA BASEADO EM TOPOLOGIAS DE REDE. In: XVIII Congresso Brasileiro de Física Médica, 2013, São Pedro. Anais do XVIII Congresso Brasileiro de Física Médica. Natal: Associação Brasileira de Física Médica, 2013. v. 1. p. 1.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
SIENA, A. D. D. ; PLAÇA, J. R. ; ARAUJO, L. F. ; BARROS, I. I. ; PERONNI, K. C. ; MOLFETTA, G. A. ; BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; SOUSA, J. F. ; ESPREAFICO, E. M. ; SILVA JUNIOR, W. A. . RNA-seq and bioinformatics analysis reveals the long noncoding RNA ZEB1-AS1 correlation with ZEB1 gene expression and association with invasive profile in melanoma. In: 2018 International Congress of Genetics, 2018, Foz do Iguaçu. Abstracts - 2018 International Congress of Genetics, 2018.

2.
BIAGI JÚNIOR, C. A. O.; NOCITE, R. P. ; TORRIERI, R. ; PLAÇA, J. R. ; SIENA, A. D. D. ; SOUSA, J. F. ; SILVA JUNIOR, W. A. . Investigation of long non-coding RNAs (lncRNAs) expression in melanoma using Single Cell RNA-Seq (scRNA-Seq) data. In: Xmeeting 2018 - 14th International Conference of the AB3C, 2018, São Pedro. Proceedings X-Meeting 2018, 2018. p. 198-199.

3.
SIENA, A. D. D. ; PLAÇA, J. R. ; ARAUJO, L. F. ; BARROS, I. I. ; PERONNI, K. C. ; MOLFETTA, G. A. ; BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; SOUSA, J. F. ; ESPREAFICO, E. M. ; SILVA JUNIOR, W. A. . The long noncoding RNA ZEB1-AS1 upregulation in melanoma and correlation with ZEB1 gene expression and invasiveness. In: Xmeeting 2018 - 14th International Conference of the AB3C, 2018, São Pedro. Proceedings X-Meeting 2018, 2018. p. 214-215.

4.
NOCITE, R. P. ; SAMPAIO, R. V. ; TAKAHASHI, K. ; ISLAS-TREJO, A. D. ; TORRIERI, R. ; BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; SILVA JUNIOR, W. A. ; MEIRELLES, F. V. ; LIMA, V. F. M. H. ; ROSS, P. J. . Transcriptome of isolated bovine Inner cell mass and trophectoderm from single embryos. In: 32nd Annual Meeting of the Brazilian Embryo Technology Society (SBTE), 2018, Florianópolis. ANIMAL REPRODUCTION - Official journal of the Brazilian College of Animal Reproduction, 2018. v. 15. p. 485-485.

5.
BARROS, I. I. ; BIAGI, C. A. O. ; BROTTO, D. B. ; ARAUJO, L. F. ; PLAÇA, J. R. ; SIENA, A. D. D. ; SILVA JUNIOR, W. A. . Initial in silico functional characterization of a novel testis-specific long noncoding RNA. In: 2018 International Congress of Genetics, 2018, Foz do Iguaçu. Abstracts - 2018 International Congress of Genetics, 2018.

6.
BIAGI JÚNIOR, C. A. O.; Rybarczyk-Filho, José Luiz . Discovery of new chemotherapeutics targets for the treatment of breast cancer. In: International Conference of the AB3C and Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2013, Recife. Anais International Conference of the AB3C and Brazilian Symposium on Bioinformatics. São Paulo: AB3C, 2013. v. 1. p. 11-11.

Apresentações de Trabalho
1.
MOLAN, A. L. ; BIAGI JÚNIOR, C. A. O. ; SECO, G. B. S. ; Rybarczyk-Filho, José Luiz . EntropyClusterGenes: a R package for clustering genes according ontologies and pathways. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

2.
BIAGI JÚNIOR, C. A. O.; Rybarczyk-Filho, José Luiz ; BATRA, R. ; BAUMBACH, J. . Meta-analysis of Japanese Toxicogenomics data: differences between in vivo and in vitro models. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

3.
BIAGI JÚNIOR, C. A. O.; Rybarczyk-Filho, José Luiz ; TAKEDA, A. A. S. . Predição de novos alvos quimioterápicos para o tratamento de câncer de mama usando biologia de sistemas. 2015. (Apresentação de Trabalho/Outra).

4.
BIAGI JÚNIOR, C. A. O.; Rybarczyk-Filho, José Luiz . Expression gene levels display differences between in vivo and in vitro models. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

5.
BIAGI JÚNIOR, C. A. O.; Rybarczyk-Filho, José Luiz ; TAKEDA, Agnes A. S. . Predição de novos alvos quimioterápicos para o tratamento de câncer de mama baseado em centralidades de rede. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

6.
BIAGI JÚNIOR, C. A. O.; Rybarczyk-Filho, José Luiz ; TAKEDA, Agnes A. S. . Predição de novos alvos quimioterápicos para o tratamento de câncer de mama baseado em topologias de rede. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
BIAGI JÚNIOR, C. A. O.; MOLAN, A. L. ; TAKEDA, Agnes A. S. ; Rybarczyk-Filho, José Luiz . modulaRmap. 2017.



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
ELIAS, L. L. K.; SILVA JUNIOR, W. A.; BIAGI JÚNIOR, C. A. O.. Participação em banca de Gabriela Stefanie Silva Santos.Análise do transcriptoma hipotalâmico e do órgão subfornicial de ratos adultos submetidos à programação nutricional neonatal. 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo.




Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
2018 International Congress of Genetics. The long noncoding RNA ZEB1-AS1 upregulation in melanoma and correlation with ZEB1 gene expression and invasiveness. 2018. (Congresso).

2.
XI Curso de Verão em Bioinformática.R: Bioconductor e TCGABiolinks. 2018. (Outra).

3.
Xmeeting 2018 - 14th International Conference of the AB3C. Investigation of long non-coding RNAs (lncRNAs) expression in melanoma using Single Cell RNA-Seq (scRNA-Seq) data. 2018. (Congresso).

4.
Pequeno Cientista.Por que somos todos mutantes?. 2017. (Outra).

5.
Principais resultados alcançados nos últimos cinco anos do CTC. 2017. (Seminário).

6.
XVI Workshop de Genética. Breaking RNA-Seq: analise você mesmo. 2017. (Congresso).

7.
II Workshop de Biotecnologia da UNESP (Workbiotec). 2016. (Congresso).

8.
X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C). Meta-analysis of Japanese Toxicogenomics data: differences between in vivo and in vitro models. 2016. (Congresso).

9.
1º Workshop de Biotecnologia (WorkBio). 2015. (Simpósio).

10.
Escola Gaúcha de Bioinformática. 2015. (Congresso).

11.
XIV Workshop da Pós-Graduação.Predição de novos alvos quimioterápicos para o tratamento de câncer de mama usando biologia de sistemas. 2015. (Outra).

12.
X-Meeting 2015 - 11 th International Conference of the AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics. Expression gene levels display differences between in vivo and in vitro models. 2015. (Congresso).

13.
X Congresso de Física Aplicada à Medicina. Predição de novos alvos quimioterápicos para o tratamento de câncer de mama baseado em topologias de rede. 2014. (Congresso).

14.
XXVI Congresso de Iniciação Científica da Unesp. Predição de novos alvos quimioterápicos para o tratamento de câncer de mama baseado em centralidades de rede. 2014. (Congresso).

15.
7º Congresso de Extensão Universitária da Unesp. 2013. (Congresso).

16.
International Conference of the AB3C and Brazilian Symposium on Bioinformatics. Discovery of new chemotherapeutic targets for the treatment of breast cancer. 2013. (Congresso).

17.
XVIII Congresso Brasileiro de Física Médica. Predição de Novo Alvos Quimioterápicos para o Tratamento de Câncer de Mama Baseado em Topologias de Rede. 2013. (Congresso).

18.
IV Congresso de Física Médica do IFGW da Unicamp. 2012. (Congresso).

19.
VIII Congresso de Física Aplicada à Medicina (CONFIAM). 2012. (Congresso).

20.
VII Congresso de Física Aplicada à Medicina (CONFIAM). 2011. (Congresso).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
BIAGI JÚNIOR, C. A. O.. XI Curso de Verão em Bioinformática. 2018. (Outro).

2.
BIAGI JÚNIOR, C. A. O.. II Workshop de Biotecnologia da UNESP (Workbiotec). 2016. (Congresso).

3.
BIAGI JÚNIOR, C. A. O.. X-meeting 2016 - 12th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C). 2016. (Congresso).

4.
BIAGI JÚNIOR, C. A. O.. X Congresso de Física Aplicada a Medicina. 2014. (Congresso).

5.
BIAGI JÚNIOR, C. A. O.. XVIII Congresso Brasileiro de Física Médica. 2013. (Congresso).

6.
BIAGI JÚNIOR, C. A. O.. VIII Congresso de Física Aplicada à Medicina (CONFIAM). 2012. (Congresso).



Educação e Popularização de C & T



Programa de Computador sem registro de patente
1.
BIAGI JÚNIOR, C. A. O.; MOLAN, A. L. ; TAKEDA, Agnes A. S. ; Rybarczyk-Filho, José Luiz . modulaRmap. 2017.




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