Bernardo Martins Rocha

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  • Última atualização do currículo em 09/07/2018


Possui graduação em Ciência da Computação pela Universidade Federal de Juiz de Fora (2006), mestrado em Modelagem Computacional pela Universidade Federal de Juiz de Fora (2008) e doutorado pelo Laboratório Nacional de Computação Científica. Tem experiência na área de Ciência da Computação e Modelagem Computacional, com ênfase em computação de alto desempenho, métodos numéricos para solução de equações diferenciais, modelagem da eletrofisiologia cardíaca e mecânica computacional. Atualmente é professor do Departamento de Ciência da Computação da Universidade Federal de Juiz de Fora. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Bernardo Martins Rocha
Nome em citações bibliográficas
ROCHA, Bernardo Martins;Rocha, B.;Rocha, B. M.;ROCHA, BERNARDO M.;Rocha, Bernardo M.;ROCHA, BERNARDO;ROCHA, B.M.;MARTINS ROCHA, BERNARDO

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Federal de Juiz de Fora.
Rua José Lourenço Kelmer, s/n - Campus Universitário
Martelos
25651075 - Juiz de Fora, MG - Brasil
Telefone: (24) 21023481
Ramal: 24
URL da Homepage: http://www.ufjf.br


Formação acadêmica/titulação


2009 - 2014
Doutorado em Modelagem Computacional.
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
Título: Modelagem da atividade eletro-mecânica do coração, Ano de obtenção: 2014.
Orientador: Elson Magalhães Toledo.
Coorientador: Rodrigo Weber dos Santos e Luis Paulo da Silva Barra.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Método dos Elementos Finitos; Processamento de Alto Desempenho; Modelagem da atividade eletro-mecânica do coração; Análise mecânica não linear.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Computacao de Alto Desempenho.
Grande Área: Engenharias / Área: Engenharia Biomédica / Subárea: Bioengenharia.
2006 - 2008
Mestrado em Modelagem Computacional.
Universidade Federal de Juiz de Fora, UFJF, Brasil.
Título: Um modelo de acoplamento eletromecânico do tecido cardíaco através do método dos elementos finitos,Ano de Obtenção: 2008.
Orientador: Elson Magalhães Toledo.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
2002 - 2006
Graduação em Ciência da Computação.
Universidade Federal de Juiz de Fora, UFJF, Brasil.
Título: Metaheurística GRASP paralela para o Problema do Empacotamento de Conjuntos.
Orientador: Marcos Henrique Fonseca Ribeiro.


Pós-doutorado


2017
Pós-Doutorado.
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.


Atuação Profissional



Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais, FAPEMIG, Brasil.
Vínculo institucional

2016 - Atual
Vínculo: , Enquadramento Funcional:


Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
Vínculo institucional

2009 - Atual
Vínculo: Estudante de pós-graduação, Enquadramento Funcional: Aluno de Doutorado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.


Universidade Federal de Juiz de Fora, UFJF, Brasil.
Vínculo institucional

2011 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2004 - 2005
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Outro, Carga horária: 20

Atividades

05/2013 - Atual
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Algoritmos
Cálculo Numérico
05/2013 - Atual
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Algoritmos
Cálculo Numérico
05/2013 - Atual
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Algoritmos
Cálculo Numérico
03/2012 - Atual
Ensino, Ciências Exatas, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Cálculo Numérico
Laboratório de Programação II
08/2012 - 04/2013
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Laboratório de Programação I
Laboratório de Programação II
07/2011 - 12/2011
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Laboratório de Programação I
Laboratório de Programação II
03/2011 - 07/2011
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Algoritmos
Laboratório de Programação I
4/2004 - 2/2005
Estágios , Reitoria, Pró-Reitoria de Graduação.

Estágio realizado
Projeto para Otimização dos Processos de Seleção e Acompanhamento de Bolsas de Graduação.

Medizinische Universität Graz, MUG, Austria.
Vínculo institucional

2008 - 2009
Vínculo: Institucional, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

4/2008 - 7/2009
Pesquisa e desenvolvimento , Institut für Biophysik, .



Linhas de pesquisa


1.
Computação de alto desempenho
2.
Método dos elementos finitos
3.
Equações diferenciais parciais
4.
Modelagem numérica da eletrofisiologia cardíaca


Projetos de pesquisa


2016 - Atual
Modelagem Computacional da Atividade Eletromecânica Acoplada do Tecido Cardíaco
Descrição: A modelagem do comportamento eletromecânico do coração tem sido foco de um crescente interesse médico-científico devido a sua grande importância para a compreensão de diversos fenômenos associados ao comportamento fisiológico do coração sob circunstâncias normais e patológicas, ao estudo de novas terapias de tratamento de distúrbios cardíacos e ao desenvolvimento de novos medicamentos. O fenômeno de interesse apresenta uma grande complexidade devido a suas características multi-escala, multi-física e exige a interação de diferentes modelos. Em um primeiro momento, esse projeto pretende realizar uma implementação paralela para a solução numérica das equações que governam a atividade eletromecânica do coração para que problemas de maior porte. Assim, seria possível realizar simulações envolvendo, por exemplo, os dois ventrículos de humanos, eliminando uma limitação da implementação anterior feita por nossa equipe. Posteriormente, esse projeto pretende elucidar, através de modelos computacionais e experimentos numéricos, os mecanismos de interação entre o acoplamento das atividades elétrica e mecânica no tecido cardíaco e, sobretudo, as suas influências em diversas propriedades eletrofisiológicas, tais como a dispersão de repolarização e a dispersão da duração do potencial de ação. Pretende-se também explorar a relação entre a mecânica cardíaca e o alternans da duração do potencial de ação, o qual está altamente relacionado com a ocorrência de arritmias cardíacas como, por exemplo, a fibrilação ventricular. Vale ressaltar, que a literatura ainda é muito escassa com relação a estudos abordando o acoplamento entre as atividades elétricas e mecânicas do coração e as suas complexas interações e, portanto, este projeto visa entender esses mecanismos que ainda permanecem obscuros e, sobretudo, compreender o impacto dessas relações em casos de importância clínica como as arritmias cardíacas..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Matemática / Subárea: Matemática Aplicada/Especialidade: Métodos numéricos para resolucao de equacoes diferenciais parciais.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação/Especialidade: Computação Paralela.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Computação Científica.


Idiomas


Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Alemão
Compreende Pouco, Fala Pouco, Lê Pouco, Escreve Pouco.


Prêmios e títulos


2015
Best paper award - PaCT Conference, Novosibirsk State University, Springer.
2015
Prêmio Capes de Tese 2015, CAPES.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
SACHETTO OLIVEIRA, RAFAEL2018SACHETTO OLIVEIRA, RAFAEL ; MARTINS ROCHA, BERNARDO ; BURGARELLI, DENISE ; MEIRA, WAGNER ; CONSTANTINIDES, CHRISTAKIS ; WEBER DOS SANTOS, RODRIGO . Performance evaluation of GPU parallelization, space-time adaptive algorithms, and their combination for simulating cardiac electrophysiology. International Journal for Numerical Methods in Biomedical Engineering, v. 34, p. e2913, 2018.

2.
ULYSSES, JESULIANA2018ULYSSES, JESULIANA ; BERG, LUCAS ; CHERRY, ELIZABETH ; LIU, BENJAMIN R. ; WEBER DOS SANTOS, RODRIGO ; DE BARROS, BRUNO G. ; ROCHA, Bernardo Martins ; DE QUEIROZ, RAFAEL ALVES BONFIM . An optimization-based algorithm for the construction of cardiac Purkinje network models. IEEE TRANSACTIONS ON BIOMEDICAL ENGINEERING, v. 1, p. 1-1, 2018.

3.
VALDEZ, ANDRÉS R.2017VALDEZ, ANDRÉS R. ; Rocha, Bernardo M. ; IGREJA, IURY . An RVE-based multiscale modeling method for constitutive relations. RHEOLOGICA ACTA, v. 56, p. 461-476, 2017.

4.
CAMPOS, J. O.2017CAMPOS, J. O. ; W. DOS SANTOS, R. ; SUNDNES, J. ; Rocha, B. M. . Preconditioned Augmented Lagrangian formulation for nearly incompressible cardiac mechanics. International Journal for Numerical Methods in Biomedical Engineering, v. 1, p. 1, 2017.

5.
Campos, Ricardo Silva2016Campos, Ricardo Silva ; ROCHA, Bernardo Martins ; Lobosco, Marcelo ; dos Santos, Rodrigo Weber . Multilevel parallelism scheme in a genetic algorithm applied to cardiac models with mass-spring systems. The Journal of Supercomputing (Dordrecht. Online), v. 1, p. 1-15, 2016.

6.
CAMPOS, J.O.2015 CAMPOS, J.O. ; OLIVEIRA, R.S. ; DOS SANTOS, R.W. ; ROCHA, B.M. . Lattice Boltzmann method for parallel simulations of cardiac electrophysiology using GPUs. Journal of Computational and Applied Mathematics, v. 1, p. 1, 2015.

7.
Rocha, B. M.2015Rocha, B. M.; TOLEDO, E. M. ; BARRA, L. P. S. ; DOS SANTOS, R. WEBER . An Electromechanical Left Ventricular Wedge Model to Study the Effects of Deformation on Repolarization during Heart Failure. BIOMED RES INT, v. 2015, p. 1-12, 2015.

8.
MOREIRA GOMES, JOHNNY2014MOREIRA GOMES, JOHNNY ; ALVARENGA, ADRIELE ; SILVA CAMPOS, RICARDO ; ROCHA, BERNARDO ; COUTO DA SILVA, ANA PAULA ; WEBER DOS SANTOS, RODRIGO . Uniformization Method for Solving Cardiac Eletrophysiology Models Based on the Markov-Chain Formulation. IEEE Transactions on Biomedical Engineering (Print), v. 62, p. 1-1, 2014.

9.
DE OLIVEIRA, B. L.2013 DE OLIVEIRA, B. L. ; Rocha, B. M. ; BARRA, L. P. S. ; TOLEDO, E. M. ; SUNDNES, J. ; Weber dos Santos, R. . Effects of deformation on transmural dispersion of repolarization using in silico models of human left ventricular wedge. International Journal for Numerical Methods in Biomedical Engineering (Print), v. 29, p. n/a-n/a, 2013.

10.
OLIVEIRA, R. S.2012OLIVEIRA, R. S. ; ROCHA, Bernardo Martins ; BURGARELLI, D. ; MEIRA JUNIOR, W. ; SANTOS, Rodrigo Weber dos . An Adaptive Mesh Algorithm for the Numerical Solution of Electrical Models of the Heart. Lecture Notes in Computer Science, v. 7333, p. 649-664, 2012.

11.
OLIVEIRA, R. S.2012OLIVEIRA, R. S. ; ROCHA, BERNARDO M. ; AMORIM, Ronan M. ; CAMPOS, Fernando Otaviano ; MEIRA JUNIOR, W. ; TOLEDO, E. M. ; SANTOS, Rodrigo Weber dos . Comparing CUDA, OpenCL and OpenGL Implementations of the Cardiac Monodomain Equations. Lecture Notes in Computer Science, v. 7204, p. 111-120, 2012.

12.
OLIVEIRA, RAFAEL SACHETTO2012OLIVEIRA, RAFAEL SACHETTO ; Rocha, Bernardo M. ; BURGARELLI, DENISE ; < ; SANTOS, Rodrigo Weber dos . A parallel accelerated adaptive mesh algorithm for the solution of electrical models of the heart. International Journal of High Performance Systems Architecture (Print), v. 4, p. 89, 2012.

13.
ROCHA, Bernardo Martins2010 ROCHA, Bernardo Martins; Kickinger, F. ; PRASSL, Anton ; HAASE, Gundolf ; SANTOS, Rodrigo Weber dos ; ZAGLMAYR, Sabine ; VIGMOND, Edward ; PLANK, Gernot . A macro finite element formulation for cardiac electrophysiology simulations using hybrid unstructured grids. IEEE Transactions on Biomedical Engineering (Print), v. PP, p. 1, 2010.

14.
Rocha, B. M.2010 Rocha, B. M.; Campos, F. O. ; Amorim, R. M. ; Plank, G. ; Santos, R. W. dos ; Liebmann, M. ; Haase, G. . Accelerating cardiac excitation spread simulations using graphics processing units. Concurrency and Computation, v. 23, p. 708-720, 2010.

15.
ROCHA, Bernardo Martins2010ROCHA, Bernardo Martins; CAMPOS, Fernando Otaviano ; PLANK, Gernot ; LIEBMANN, Manfred ; HAASE, Gundolf . Simulations of the Electrical Activity in the Heart with Graphic Processing Units. Lecture Notes in Computer Science, v. 6067, p. 439-448, 2010.

Capítulos de livros publicados
1.
Lobosco, Marcelo ; de Souza Bastos, Flávia ; MARTINS ROCHA, BERNARDO ; dos Santos, Rodrigo Weber . Design and Analysis of an Undergraduate Computational Engineering Degree at Federal University of Juiz de Fora. Lecture Notes in Computer Science. 1ed.: Springer International Publishing, 2018, v. , p. 293-303.

2.
Brito, P. F. ; Meneses, L. D. M. ; Rocha, B. M. ; Santos, R. W. ; QUEIROZ, R. A. B. . Construction of arterial networks considering the Fahraeus-Lindqvist effect. IFMBE Proceedings. 1ed.: Springer Singapore, 2017, v. , p. 277-280.

3.
Meneses, L. D. M. ; Brito, P. F. ; Rocha, B. M. ; Santos, R. W. ; QUEIROZ, R. A. B. . Construction of arterial networks considering a power law with exponent dependent on bifurcation level. IFMBE Proceedings. 1ed.: Springer Singapore, 2017, v. , p. 545-548.

4.
Oliveira, Rafael S. ; Rocha, Bernardo M. ; BURGARELLI, DENISE ; Meira , Wagner  ; dos Santos, Rodrigo W. . Simulations of Cardiac Electrophysiology Combining GPU and Adaptive Mesh Refinement Algorithms. Lecture Notes in Computer Science. 1ed.: Springer International Publishing, 2016, v. 9656, p. 322-334.

5.
Rodrigues, P. F. ; Schmal, T. R. ; Gomes, Johnny Moreira ; Rocha, B. M. ; dos Santos, R. W. . Patient-Specific Left Ventricle Mesh Generation Using the Bull’s Eye of the Wall Thickness Measurements from Medical Images. IFMBE Proceedings. 1ed.: Springer International Publishing, 2015, v. 49, p. 393-396.

6.
Campos, Ricardo Silva ; ROCHA, Bernardo Martins ; da Silva Barra, Luis Paulo ; Lobosco, Marcelo ; dos Santos, Rodrigo Weber . A Parallel Genetic Algorithm to Adjust a Cardiac Model Based on Cellular Automaton and Mass-Spring Systems. Lecture Notes in Computer Science. 1ed.: Springer International Publishing, 2015, v. , p. 149-163.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
CONOPOIMA, C. ; ROCHA, BERNARDO ; IGREJA, I. H. A. ; DOS SANTOS, R. WEBER . Mortar Finite Element Method for Solving Cells Response to Applied Electric Field. In: CILAMCE 2017 - XXXVIII - Ibero-Latin American Congress on Computational Methods in Engineering, 2017, Florianópolis. CILAMCE 2017 - XXXVIII - Ibero-Latin American Congress on Computational Methods in Engineering, 2017.

2.
SILVA, J. G. R. ; ROCHA, BERNARDO M. ; Campos, Ricardo Silva ; XAVIER, C. R. ; DOS SANTOS, R. WEBER . Modelos Simplificados para Acoplamento Eletromecânico de Miócito Cardíaco. In: ENIEF2017 - XXIII Congreso sobre Métodos Numéricos y sus Aplicaciones, 2017, La Plata. XXIII Congreso sobre Métodos Numéricos y sus Aplicaciones, 2017.

3.
CAMPOS, J.O. ; WEBER DOS SANTOS, RODRIGO ; SUNDNES, J. ; ROCHA, B.M. . Augmented Lagrangian Approach for Quasi-Incompressible Cardiac Mechanics. In: ENIEF 2016 XXII Congreso sobre Métodos Numéricos y sus Aplicaciones, 2016, Córdoba. Mecánica Computacional, 2016. v. XXXIV.

4.
ALVES, D. P. R. ; ROCHA, B.M. ; da Silva Barra, Luis Paulo . Modeling of the Thermo-Elastoplastic Behavior of Space Trusses. In: ENIEF 2016 XXII Congreso sobre Métodos Numéricos y sus Aplicaciones, 2016, Córdoba. Mecánica Computacional, 2016. v. XXXIV.

5.
VALDEZ, A. R. ; ROCHA, B.M. . A Variational Context for FSI Simulations Introducing Arbitrary Boundary Constraints. In: ENIEF 2016 XXII Congreso sobre Métodos Numéricos y sus Aplicaciones, 2016, Córdoba. Mecánica Computacional, 2016. v. XXXIV.

6.
QUEIROZ, R. A. B. ; ROCHA, BERNARDO M. . A high order polynomial upwind scheme for numerical solultion of conservation laws and fluid dynamics problems. In: XI Simpósio de Mecânica Computacional e II Encontro Mineiro de Modelagem Computacional, 2014, Juiz de Fora. XI Simpósio de Mecânica Computacional e II Encontro Mineiro de Modelagem Computacional, 2014.

7.
CAMPOS, R. S. ; AMORIM, Ronan M. ; LINO, Bernardo ; ROCHA, Bernardo Martins ; SUNDNES, Joakim ; BARRA, L. P. S. ; LOBOSCO, M. ; SANTOS, Rodrigo Weber dos . 3D Heart Modeling with Cellular Automata, Mass-Spring System and CUDA. In: Parallel Computing Technologies (PaCT-2013), 2013, St. Petersburg. Lecture Notes in Computer Science, 2013. v. 7979. p. 296-309.

8.
CAMPOS, J. O. ; Weber dos Santos, R. ; ROCHA, Bernardo Martins . Modelagem da Eletrofisiologia Cardíaca Usando o Método de Lattice Boltzmann. In: XXXIV Iberian Latin American Congress on Computational Methods in Engineering - CILAMCE 2013, 2013, Pirenópolis, Goiás. XXXIV Iberian Latin American Congress on Computational Methods in Engineering - CILAMCE 2013, 2013.

9.
COSTA, C. M. ; HOETZL, E. ; ROCHA, Bernardo Martins ; PRASSL, Anton ; PLANK, Gernot . Automatic parameterization strategy for cardiac electrophysiology simulations. In: Computing in Cardiology Conference (CinC), 2013, Zaragoza, Spain. Computing in Cardiology Conference (CinC), 2013. v. 40. p. 373-376.

10.
OLIVEIRA, R. S. ; ROCHA, Bernardo Martins ; BURGARELLI, D. ; MEIRA JUNIOR, W. ; Weber dos Santos, R. . An Adaptive Mesh Algorithm for the Numerical Solution of Electric Models of the Heart. In: XXXII Congresso Ibero-Latino-Americano de Métodos Computacionais em Engenharia, 2011, Ouro Preto. XXXII CILAMCE, 2011.

11.
AMORIM, Ronan M. ; ROCHA, Bernardo Martins ; CAMPOS, Fernando Otaviano ; SANTOS, Rodrigo Weber dos . Automatic code generation for solvers of cardiac cellular membrane dynamics in GPUs. In: 32nd Annual International Conference of the IEEE EMBS, 2010, Buenos Aires, Argentina. 32nd Annual International Conference of the IEEE EMBS Buenos Aires, Argentina, August 31 - September 4, 2010, 2010. v. 32. p. 2666-2669.

12.
ROCHA, Bernardo Martins; LINO, Bernardo ; SANTOS, Rodrigo Weber dos ; TOLEDO, E. M. ; BARRA, L. P. S. ; SUNDNES, Joakim . A Two Dimensional Model of Coupled Electromechanics in Cardiac Tissue. In: World Congress on Medical Physics and Biomedical Engineering, 2009, Munich, Germany. IFMBE Proceedings, 2009. v. 25. p. 2081-2084.

13.
ROCHA, Bernardo Martins; TOLEDO, E. M. ; SANTOS, Rodrigo Weber dos ; BARRA, L. P. S. . Uma estratégia computacional para a modelagem eletro-mecânica do coração. In: XXIX CILAMCE - Congresso Ibero Latino Americano de Métodos Computacionais em Engenharia, 2008, Maceió. XXIX CILAMCE - Congresso Ibero Latino Americano de Métodos Computacionais em Engenharia, 2008.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
CAMPOS, J. O. ; Weber dos Santos, R. ; ROCHA, BERNARDO M. . Simulações da atividade elétrica cardiaca anisotrópica usando o método de lattice Boltzmann. In: XI Simpósio de Mecânica Computacional e II Encontro Mineiro de Modelagem Computacional, 2014, Juiz de Fora. XI Simpósio de Mecânica Computacional e II Encontro Mineiro de Modelagem Computacional, 2014.

2.
ROCHA, Bernardo Martins; TOLEDO, E. M. ; BARRA, L. P. S. ; Weber dos Santos, R. . On the Modelling of Mechanical Deformation Effects on a Coupled Cardiac Electromechanical Model. In: World Congress on Computational Mechanics (WCCM2012), 2012, São Paulo. Proceedings of the 10th WCCM, 2012. v. 1., 2012.

3.
Weber dos Santos, R. ; ROCHA, Bernardo Martins ; TOLEDO, E. M. ; BARRA, L. P. S. ; SUNDNES, Joakim ; LINO, Bernardo . Effects of Cardiac Mechanical Deformation on the Electrical Repolarization T-Wave Assessed by a Coupled Electro-Mechanical Model of the Heart. In: World Congress on Computational Mechanics (WCCM2012), 2012. Proceedings of the 10th WCCM, 2012. v. 1., 2012.

4.
SANTOS, Rodrigo Weber dos ; TOLEDO, E. M. ; BARRA, L. P. S. ; ROCHA, Bernardo Martins . A Finite-Element based Scheme of Cardiac Electromechanics. In: ENEBI - 1o Encontro Nacional de Engenharia Biomecânica, 2007, Itaipava. ENEBI, 2007.


Demais tipos de produção técnica
1.
ROCHA, Bernardo Martins. Introdução à linguagem Python. 2015. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

2.
ROCHA, Bernardo Martins. Introdução à programação com Python. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Outra).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
BASTOS, F. S.; VECCHIO, S.; NISSAN, J.; ROCHA, BERNARDO M.. Participação em banca de Marcus Vinicı́us de Souza Ferraz. Interação fluido-estrutura no contato lubrificado entre asperezas e plano rı́gido via elementos finitos. 2018. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

2.
DOS SANTOS, R.W.; CHERRY, E.; DE QUEIROZ, RAFAEL ALVES BONFIM; ROCHA, BERNARDO M.; XAVIER, C.. Participação em banca de Lucas Arantes Berg. Estudo da Propagação Elétrica em Fibras de Purkinje. 2018. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

3.
LOUREIRO, F. S.; SCOLA, L. A.; ROCHA, Bernardo Martins. Participação em banca de Thiago dos Santos Ribeiro. Simulações Numéricas de Queimaduras em Tecidos via Modelo Não Linear de Biotransferência de Calor. 2016.

4.
TOLEDO, E. M.; LOULA, A. F. D.; ROCHA, B.M.. Participação em banca de Emmanuel Yarleque Medina. Método do Fator de Integração Implícito para Problemas de Reação-Difusão. 2016. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

5.
SANTOS, Rodrigo Weber dos; ROCHA, BERNARDO M.; SILVA, A. P. C.; QUEIROZ, R. A. B.. Participação em banca de Johnny Moreira Gomes. Técnicas Computacionais para Solução Numérica de Modelos Cardíacos Baseados em Cadeias de Markov. 2015. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

6.
ROCHA, Bernardo Martins; WEBER DOS SANTOS, RODRIGO; LOBOSCO, M.; QUEIROZ, R. A. B.; GIRALDI, G. A.. Participação em banca de Joventino de Oliveira Campos. Método de lattice Boltzmann para simulação da eletrofisiologia cardíaca em paralelo usando GPU. 2015. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

7.
WEBER DOS SANTOS, RODRIGO; NATALI, A. J.; GOMES, T. N. P.; CRUZ, J. S.; LEITE, S. C.; ROCHA, Bernardo Martins. Participação em banca de Gustavo Montes Novaes. Modelagem computacional eletromecânica de cardiomiócitos de hipertensos. 2015. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

8.
LOUREIRO, F. S.; MANSUR, W. J.; LOBOSCO, M.; ROCHA, Bernardo Martins. Participação em banca de Ruy Freitas Reis. Simulações Numéricas 3D em Ambiente Paralelo de Hipertermia com Nanopartículas Magnéticas. 2014. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

Teses de doutorado
1.
LOUREIRO, F. S.; ROCHA, BERNARDO M.; BORGES, C. C. H.; BARTOLO, L.; PETERS, F.. Participação em banca de Jonathan Esteban Arroyo Silva. Acoplamento de Interface Iterativo MEF- MEFE para Problemas do tipo Sólido-Fluido no Domı́nio do Tempo. 2018. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

2.
SANTOS, Rodrigo Weber dos; LOBOSCO, M.; Rocha, B.; Karam Filho, J.; ALVES, J. L. D.; SILVA, R. L. S.. Participação em banca de Ricardo Silva Campos. Modelagem Eletromecânica do Coração com Autômato Celular e Sistemas Massa-mola. 2016. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

Qualificações de Doutorado
1.
ROCHA, B.M.; LOULA, A. F. D.; BLANCO, P.. Participação em banca de João Rafael Alves. Modelagem da Perfusão Cardíaca em Exames de Ressonância Magnética com Contraste. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
ROCHA, B.M.; DOS SANTOS, R.W.; LOBOSCO, M.. Participação em banca de Gilmar Ferreira da Silva Filho.Simulação Paralela do Método dos Elementos Finitos Para a Atividade Elétrica Cardı́aca. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

2.
Lobosco, Marcelo; DOS SANTOS, R. WEBER; ROCHA, B.M.. Participação em banca de Gabriel Lomba Aguiar Costa.Impacto de otimizações no desempenho de um simulador cardíaco paralelo em um ambiente multi-GPU. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

3.
LOBOSCO, M.; ROCHA, BERNARDO M.; WEBER DOS SANTOS, RODRIGO. Participação em banca de Thiago Marques do Nascimento.Sobre o uso de arquiteturas heterogêneas na execução de um modelo computacional do Sistema Imune Humano. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

4.
LOUREIRO, F. S.; LOBOSCO, M.; ROCHA, Bernardo Martins. Participação em banca de Letícia Fonseca Toledo.Problemas de Biotransferência de calor: Simulações numéricas de queimaduras de Pele. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

5.
LOBOSCO, M.; Weber dos Santos, R.; ROCHA, Bernardo Martins. Participação em banca de Thiago Marques Soares.Análise do impacto proveniente do emprego de uma rede rápida e desligamento do ECC da GPU no desempenho de uma simulação do sistema imune inato. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

6.
BERNARDINO, H. S.; GOLIATT, L.; ROCHA, Bernardo Martins; CAMPOS, L. C. D.. Participação em banca de Igor Lucas de Souza Russo.Técnicas de Evolução Gramatical Massivamente Paralela com OpenCL adotando Interpretação ou Compilação dos Modelos Candidatos. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

7.
OLIVEIRA, E. W.; ROCHA, Bernardo Martins; CAMPOS, L. C. D.. Participação em banca de Alan Manso Oliveira.Gestão da Informação como Abordagem para Planejamento e Alinhamento Estratégico de Negócios. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

8.
LOBOSCO, M.; ROCHA, Bernardo Martins; BARRA, L. P. S.; SANTOS, Rodrigo Weber dos. Participação em banca de Welson de Avelar Soares Filho.Uma ferramenta de apoio à análise qualitativa de cursos de pós-graduação. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

9.
M. C. Renhe; ROCHA, Bernardo Martins; M. B. Vieira. Participação em banca de Rogerson Reis Nazário.Morphing Utilizando Representação de Imagens no Domínio da Frequência. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

10.
LOUREIRO, F. S.; LOBOSCO, M.; ROCHA, Bernardo Martins. Participação em banca de Ruy Freitas Reis.Uma Implementação Numérica Paralela para Simulação de Necrose de Células Tumorais por Hipertermia Local. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Juiz de Fora.

11.
ROCHA, Bernardo Martins; SANTOS, Rodrigo Weber dos; BARRA, L. P. S.. Participação em banca de Joventino de Oliveira Campos.Simulações computacionais de escoamento de fluidos e problemas de reação-difusão através do método de lattice Boltzmann. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Juiz de Fora.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
OLIVEIRA, A. C.; ROCHA, BERNARDO M.; SOUZA, G.; PEREIRA, D. L.; RAMOS, C. A.. Doutorado. 2016. Universidade Federal de Lavras.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Colégio Pedro II - SC III - Semana Nacional de Ciência e Tecnologia 2015.Modelagem da atividade eletromecânica do coração. 2015. (Seminário).

2.
Escola Regional de Alto Desempenho (ERAD) - Região Nordeste.Modelagem computacional da atividade eletromecânica do coração. 2015. (Seminário).

3.
10th World Congress on Computational Mechanics (WCCM 2012). Effects of Cardiac Mechanical Deformation on the Electrical Repolarization T-Wave Assessed By a Coupled Electromechanical Model of the Heart. 2012. (Congresso).

4.
5th LNCC Meeting on Computational Modeling. 2012. (Encontro).

5.
Cardiac Physiome Workshop 2012.Mechanical Effects on Simulated Electrograms of a Human Left Ventricular Wedge. 2012. (Encontro).

6.
SEMCOMP15 - Semana da Computação da USP São Carlos.Introdução à Programação com Python. 2012. (Outra).

7.
1º Encontro Mineiro de Modelagem Computacional. 2011. (Encontro).

8.
SFB Status Seminar - "Mathematical Optimization and Applications in Biomedical Sciences".Improving Numerical Techniques for the Solution of the Cardiac Bidomain Equations. 2008. (Seminário).

9.
ENEBI 2007: 1º Encontro Nacional de Engenharia Biomecânica. 2007. (Encontro).

10.
2nd LNCC Meeting on Computational Modelling. 2006. (Encontro).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
FONSECA, L. G. ; BERNARDINO, H. S. ; HALLAK, P. H. ; Rocha, Bernardo M. ; LEMONGE, A. C. C. ; TOLEDO, E. M. ; BARRA, L. P. S. ; BARBOSA, H. J. C. . XI Simpósio de Mecânica Computacional e II Encontro Mineiro de Modelagem Computacional. 2014. (Congresso).

2.
ROCHA, Bernardo Martins; CAMPOS, Luciana ; RENHE, M. C. ; CHAVES, L. J . XVI Semana de Computação da UFJF. 2012. (Outro).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Gilmar Ferreira da Silva Filho. Modelagem mecânica do ciclo cardíaco completo e análise de quantificação de incertezas. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora. (Orientador).

2.
Emerson Joarez da Silva. Elementos finitos híbridos e esquemas numéricos de alta ordem no tempo. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora. (Orientador).

3.
Marcelo B. Junqueira. A computational study of LEAP for cardiac electrophysiology and alternative numerical methods. Início: 2017. Dissertação (Mestrado profissional em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Andrés Ricardo Valdez. Acoplamento do MEF e LBM para problemas de escoamentos do tipo Darcy-Stokes. Início: 2018. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora. (Orientador).

2.
Ricardo Reis Pereira. Métodos ADI e esquemas de linearização. Início: 2018. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Laboratório Nacional de Computação Científica. (Coorientador).

3.
Cesar Conopoima. Hybrid finite element formulations for cardiac electrophysiology. Início: 2017. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora. (Orientador).

4.
Joventino de Oliveira Campos. Estudos na modelagem computacional da eletromecânica cardíaca acoplada - Métodos numéricos e formulações. Início: 2016. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora. (Orientador).

5.
Jesuliana Nascimento Ulysses. Modelagem Computacional da rede de Purkinje do Coração. Início: 2015. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora. (Coorientador).

Iniciação científica
1.
Emerson Joarez da Silva. Formulações do método dos elementos finitos híbridos e seus aspectos computacionais. Início: 2017. Iniciação científica (Graduando em Engenharia Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Andres R. Valdez. On Lattice Boltzmann Method for Solving Fluid-Structure Interaction Problems. 2017. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora, . Orientador: Bernardo Martins Rocha.

2.
Daniel Moutinho. Avaliação da influência da estrutura vascular no processo de desfibrilação cardı́aca via simulações computacionais. 2017. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora, . Coorientador: Bernardo Martins Rocha.

3.
Cesar Conopoima. Mortar Finite Element Method for the Electrical Response of Biological Cells. 2017. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora, . Orientador: Bernardo Martins Rocha.

4.
Géssica Lacerda Siqueira. Solução do Problema de Mudança de Fase através do Método dos Elementos Finitos. 2016. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora, . Orientador: Bernardo Martins Rocha.

5.
Denis Pires Rodrigues Alves. Modelagem do comportamento termomec?anico de treli¸cas espaciais em regime de grandes deslocamentos e deforma¸c?oes. 2016. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora, . Coorientador: Bernardo Martins Rocha.

6.
Joventino de Oliveira Campos. Método de lattice Boltzmann para simulação da eletrofisiologia cardíaca em paralelo usando GPU. 2015. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora, . Orientador: Bernardo Martins Rocha.

7.
Lucas Diego Mota Meneses. Construção automática de modelos otimizados de árvores circulatórias com diferentes leis de bifurcação. 2015. Dissertação (Mestrado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora, . Coorientador: Bernardo Martins Rocha.

Tese de doutorado
1.
Ricardo Silva Campos. Modelagem Eletromecânica do Coração com Autômato Celular e Sistemas Massa-mola. 2016. Tese (Doutorado em Modelagem Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora, . Coorientador: Bernardo Martins Rocha.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Gilmar Ferreira da Silva Filho. Simulação Paralela do Método dos Elementos Finitos Para a Atividade Elétrica Cardı́aca. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Juiz de Fora. Orientador: Bernardo Martins Rocha.

2.
Cláudio Henrique da Silva. Simulação de fluidos usando métodos baseados em partículas. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Juiz de Fora. Orientador: Bernardo Martins Rocha.

3.
Joventino de Oliveira Campos. Simulações computacionais de escoamento de fluidos e problemas de reação-difusão através do método de lattice Boltzmann. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Juiz de Fora. Orientador: Bernardo Martins Rocha.

Iniciação científica
1.
Gilmar Ferreira da Silva Filho. Modelagem Computacional da Atividade Eletromecânica Acoplada Do Tecido Cardíaco. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Juiz de Fora. Orientador: Bernardo Martins Rocha.

2.
Raíssa Guimarães Castro. Geração de malhas personalizadas e visualização científica interativa de simulações da atividade elétrica cardíaca. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Juiz de Fora, UFJF. Orientador: Bernardo Martins Rocha.

3.
Arthur Brandão Santiago. Geração de malhas personalizadas e visualização científica interativa de simulações da atividade elétrica cardíaca. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia Computacional) - Universidade Federal de Juiz de Fora, UFJF. Orientador: Bernardo Martins Rocha.

Orientações de outra natureza
1.
Gilmar Ferreira da Silva Filho. Desenvolvimento de um Software para verificação e validação de modelos cardíacos baseados em sistemas de EDOs. 2015. Orientação de outra natureza. (Ciência da Computação) - Universidade Federal de Juiz de Fora. Orientador: Bernardo Martins Rocha.




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