Daniel Rodrigo Ferraz Bonetti

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  • Última atualização do currículo em 04/05/2016


Recebeu título de doutor em Ciência da Computação pela Universidade de São Paulo em 2015. Possui graduação em Bacharelado em Ciência da Computação pela Escola de Engenharia de Piracicaba (2006) e mestrado em Sistemas Embarcados, Evolutivos e Robóticos pelo Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação (2010). Tem experiência na área de Ciência da Computação, atuando principalmente nos seguintes temas: algoritmos evolutivos, bioinformática e computação paralela. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Daniel Rodrigo Ferraz Bonetti
Nome em citações bibliográficas
BONETTI, D. R. F.;Bonetti, Daniel R.F.;BONETTI, DANIEL


Formação acadêmica/titulação


2010 - 2015
Doutorado em Doutorado em Computação.
Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, ICMC, Brasil.
Título: Algoritmos de Estimação de Distribuição para Predição Ab Initio de Estruturas de Proteínas, Ano de obtenção: 2015.
Orientador: Alexandre Cláudio Botazzo Delbem.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Algoritmos Evolutivos; Ab initio; Bioinformática; Predição de Estrutruas de Proteínas; Proteínas; Programação paralela.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Bioinformática.
2008 - 2010
Mestrado em Ciências.
Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, ICMC, Brasil.
Título: Aumento da eficiência do cálculo da energia de van der Waals em algoritmos genéticos para predição de estruturas de proteínas,Ano de Obtenção: 2010.
Orientador: Alexandre Cláudio Botazzo Delbem.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: Proteínas; Algoritmos Evolutivos; van der Waals; Programação paralela; Predição de Estrutruas de Proteínas; Ab initio.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Algoritmos Evolutivos.
2007 - 2007
Especialização em Fundamentos em Linguagem JAVA.
Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, ICMC, Brasil.
Título: Elaboração de uma Cidade Usando Objetos.
Orientador: Marcelo Criscuolo.
2003 - 2006
Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação.
Escola de Engenharia de Piracicaba, EEP-FUMEP, Brasil.
Título: HPGL Plotter (Controle de dispositivos externos).
Orientador: Luis Henrique Sacchi.
1999 - 2001
Curso técnico/profissionalizante.
Colégio Técnico Industrial de Piracicaba, COTIP, Brasil.




Formação Complementar


2012 - 2012
R Programming and Mixtures. (Carga horária: 8h).
Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, ICMC, Brasil.
2010 - 2010
Extensão universitária em Programação em GPU. (Carga horária: 15h).
Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, ICMC, Brasil.
2007 - 2007
6º É dia de JAVA.
Universidade Federal de São Carlos, UFSCAR, Brasil.
2003 - 2003
Conectiva Linux.
Computec On-line Piracicaba, COMPUTEC, Brasil.


Atuação Profissional



Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação, ICMC, Brasil.
Vínculo institucional

2015 - 2015
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Professor Temporário, Carga horária: 12

Vínculo institucional

2011 - 2011
Vínculo: Estagiário, Enquadramento Funcional: Programa de Aperfeiçoamento de Ensino, Carga horária: 6

Vínculo institucional

2010 - 2011
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsa CAPES, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2010 - 2010
Vínculo: Estagiário, Enquadramento Funcional: Programa de Aperfeiçoamento de Ensino, Carga horária: 6
Outras informações
Disciplina: Projeto e Estágio Supervisionado. Prof: Eduardo Marques

Vínculo institucional

2010 - 2010
Vínculo: Treinamento Técnico, Enquadramento Funcional: Programador, Carga horária: 40
Outras informações
Contribuição para o projeto Tidia-AE. Profa. Maria da Graça Pimentel

Vínculo institucional

2008 - 2010
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsa de Projeto CNPQ, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2009 - 2009
Vínculo: Estagiário, Enquadramento Funcional: Programa de Aperfeiçoamento de Ensino, Carga horária: 6
Outras informações
Disciplina: Projeto e Estágio Supervisionado: Prof. Eduardo Marques

Vínculo institucional

2009 - 2009
Vínculo: Estagiário, Enquadramento Funcional: Programa de Aperfeiçoamento de Ensino, Carga horária: 6
Outras informações
Disciplina: Projeto e Estágio Supervisionado: Profa. Regina Helena Carlucci Santana

Vínculo institucional

2008 - 2008
Vínculo: Estagiário, Enquadramento Funcional: Programa de Aperfeiçoamento de Ensino, Carga horária: 6
Outras informações
Disciplina: Projeto e Estágio Supervisionado: Prof. Alexandre Cláudio Botazzo Delbem

Atividades

8/2015 - 12/2015
Ensino, Engenharia de Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Sistemas Evolutivos e Aplicados à Robótica
08/2015 - 12/2015
Ensino, Estatística, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Laboratório de Introdução à Ciência da Computação I
08/2015 - 12/2015
Ensino, Bacharelado em Informática, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Seminários III
08/2015 - 12/2015
Ensino, Engenharia Elétrica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Linguagens de Programação e Aplicações

Assiste - Assessoria em Sistemas Administrativos, ASSISTE, Brasil.
Vínculo institucional

2006 - 2008
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Analista/Programador, Carga horária: 44


Vipcom Piracicaba, VIPCOM, Brasil.
Vínculo institucional

2004 - 2005
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Técnico de Campo


Computec On-line Piracicaba, COMPUTEC, Brasil.
Vínculo institucional

2003 - 2004
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Técnico, Carga horária: 43, Regime: Dedicação exclusiva.



Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Prêmios e títulos


2009
Prêmio de melhor pôster e apresentação, BIOMAT 2009.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
BONETTI, DANIEL2015BONETTI, DANIEL; LEÃO, DORIVAL ; OHASHI, ALBERTO ; SIQUEIRA, VINÍCIUS . A General Multidimensional Monte Carlo Approach for Dynamic Hedging under Stochastic Volatility. International Journal of Stochastic Analysis, v. 2015, p. 1-21, 2015.

2.
Bonetti, Daniel R.F.2012 Bonetti, Daniel R.F.; Delbem, Alexandre C.B. ; Travieso, Gonzalo ; de Souza, Paulo Sergio L. . Enhanced Van der Waals calculations in genetic algorithms for protein structure prediction. Concurrency and Computation, v. n/a, p. n/a-n/a, 2012.

Capítulos de livros publicados
1.
de LIMA, T. W. ; CALIRI, A. ; SILVA, F. L. B. ; TINOS, R. ; TRAVIESO, G. ; SILVA, I. N. ; SOUZA, P. S. L. ; MARQUES, E. ; DELBEM ; BONATTO, V. ; FACCIOLI, R. ; BRASIL, C. R. S. ; GABRIEL, P. H. R. ; TRAGANTE, V. ; BONETTI, D. R. F. . Some Modeling Issues for Protein Structure Prediction using Evolutionary Algorithms. In: Wellington Pinheiro dos Santos. (Org.). Evolutionary Computation. 1ed.Vukovar: IN-TEH, 2009, v. , p. 153-178.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
BRASIL, C. R. S. ; DELBEM ; BONETTI, D. R. F. . Investigating relevant aspects of MOEAs for protein structures prediction. In: Genetic and Evolutionary Computation Conference, 2011, Dublin. GECCO '11 Proceedings of the 13th annual conference on Genetic and evolutionary computation. v. 11. p. 705-712.

2.
BONETTI, D. R. F.; DELBEM ; TRAVIESO, G. ; SOUZA, P. S. L. . Optimizing van der Waals calculi using Cell-lists and MPI. In: Congress on Evolutionary Computation (CEC), 2010 IEEE, 2010, Barcelona. Congress on Evolutionary Computation (CEC), 2010 IEEE, 2010. p. 1-7.

3.
ANDRADE, F. B. ; DELBEM ; BRASIL, C. R. S. ; BONETTI, D. R. F. ; MELO, V. V. . Visualization Of The Evolutionary Process Of Protein Structure Prediction And Its Potential Energy. In: Annual Meeting of the Society for Mathematical Biology - 2010, 2010, Rio de Janeiro. Proceedings Annual Meeting of the Society for Mathematical Biology, 2010. p. 1-10.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
EINBECK, J. ; BONETTI, D. R. F. . A study of online and blockwise updating of the EM algorithm for Gaussian mixtures. In: 29th International Workshop on Statistical Modelling (IWSM), 2014, Göttingen. Proceedings of the 29th International Workshop on Statistical Modelling. Bremen: Druckerei Bruggemann GmbH, 2014. v. 2. p. 35-38.

2.
BONETTI, D. R. F.; PEREZ-SANCHEZ, H. ; Delbem, Alexandre C.B. . An Efficient Solvent Accessible Surface Area calculation applied in Ab Initio Protein Structure Prediction. In: 2nd International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO 2014), 2014, Granada. Proceedings IWBBIO 2014 International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering. Granada: Copicentro Granada S.L, 2014. v. 1. p. 575-578.

3.
BONETTI, D. R. F.; Delbem, Alexandre C.B. ; EINBECK, J. . Bivariate Estimation of Distribution Algorithms for Protein Structure Prediction. In: 29th International Workshop on Statistical Modelling (IWSM), 2014, Göttingen. Proceedings of the 29th International Workshop on Statistical Modelling. Bremen: Druckerei Bruggemann GmbH, 2014. v. 2. p. 15-18.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
BONETTI, D. R. F.. Multivariate Estimation of Distribution Algorithms applied in Protein Structure Prediction. In: Institutskolloquium des Instituts für Statistik, 2014, Münich. Programm (Sommer 2014), 2014. p. 1-1.

2.
BONETTI, D. R. F.; ANDRADE, F. B. ; DELBEM ; BRASIL, C. R. S. . Ab initio Protein Structure Prediction with Estimation of Distribution Algorithm and full-atom model. In: XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2012, Foz do Iguaçu. Anais da XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2012. p. 1-1.

3.
BRASIL, C. R. S. ; DELBEM ; BONETTI, D. R. F. ; FARIA, E. F. ; SILVA, F. L. B. . Evolutionary Algorithms Approaches For The Protein Structure Prediction With New Criteria. In: International Symposium on Mathematical and Computational Biology, 2009, Brasília. Proceedings of International Symposium on Mathematical and Computational Biology, 2009. p. 1-2.

4.
BRASIL, C. R. S. ; DELBEM ; BONETTI, D. R. F. ; FARIA, E. F. . Ab Initio Studies Using Hydrogen Bond In Evolutionary Algorithm. In: 7th International Congress Of Pharmaceutical Sciences, 2009, Ribeirão Preto. Proceedings of 7th International Congress Of Pharmaceutical Sciences, 2009. p. 1-1.

Apresentações de Trabalho
1.
BONETTI, D. R. F.; PEREZ-SANCHEZ, H. ; DELBEM . An Efficient Solvent Accessible Surface Area calculation applied in Ab Initio Protein Structure Prediction. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
BONETTI, D. R. F.; Delbem, Alexandre C.B. ; EINBECK, J. . Bivariate Estimation of Distribution Algorithms for Protein Structure Prediction. 2014. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

3.
BONETTI, D. R. F.. Multivariate Estimation of Distribution Algorithm for Proteins Structure Prediction. 2014. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

4.
BONETTI, D. R. F.. Estimation of Distribution Algorithms for Protein Structure Prediction. 2013. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

5.
BONETTI, D. R. F.; ANDRADE, F. B. ; DELBEM ; BRASIL, C. R. S. ; SILVA, F. L. B. . Ab initio Protein Structure Prediction with Estimation of Distribution Algorithm and full-atom model. 2012. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

6.
BRASIL, C. R. S. ; DELBEM ; BONETTI, D. R. F. ; SILVA, F. L. B. . Multi and many objectives approaches in evolutionary algorithms for the protein structure prediction problem. 2012. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

7.
BONETTI, D. R. F.; DELBEM ; ANDRADE, F. B. . Improving the efficiency of the van der Waals energy function used in Genetic Algorithm for Protein Structure Prediction. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

8.
BRASIL, C. R. S. ; DELBEM ; de LIMA, T. W. ; BONETTI, D. R. F. . Algoritmo evolutivo para o problema de predição de proteínas, considerando a interação soluto solvente no critério de avaliação. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

9.
BRASIL, C. R. S. ; DELBEM ; BONETTI, D. R. F. ; FARIA, E. F. ; SILVA, F. L. B. . Evolutionary Algorithms Approaches for the Protein Structure Prediction with New Criteria. 2009. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

Outras produções bibliográficas
1.
BONETTI, D. R. F.; DELBEM ; TRAVIESO, G. ; SOUZA, P. S. L. . Optimizing van der Waals calculi using Cell-lists and MPI 2010 (World Congress on Computational Intelligence 2010 IEEE, Barcelona, CEC 2010).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
JUNIOR, O. T.; BONETTI, D. R. F.. Participação em banca de Marcos Vinicius Cracco Bozza.Migração e melhorias de um sistema de simulação de trens para .NET. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Computação) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação.

2.
BRAGA, R. T. V.; BONETTI, D. R. F.. Participação em banca de Daniel Barbosa e Reis.Otimização de Exame de Campo de Visão. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Computação) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação.

3.
BONETTI, D. R. F.; MALDONADO, J. C.. Participação em banca de Rafael Greghi Losano.Virtualização de Servidores. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia de Computação) - Instituto de Ciências Matemáticas e de Computação.




Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
IWBBIO 2014 - 2nd International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering. An Efficient Solvent Accessible Surface Area calculation applied in Ab Initio Protein Structure Prediction. 2014. (Congresso).

2.
Geometrical Structures in Statistics.Estimation of Distribution Algorithms for Protein Structure Prediction. 2013. (Seminário).

3.
3ª Escola Luso-Brasileira de Computação Evolutiva. 2012. (Congresso).

4.
XLI Annual Meeting of SBBq.Ab initio Protein Structure Prediction with Estimation of Distribution Algorithm and full-atom model. 2012. (Encontro).

5.
10th International Symposium on Mathematical and Computational Biology.Improving the efficiency of the van der Waals energy function used in the Genetic Algorithms for Protein Structure Prediction. 2010. (Simpósio).

6.
IV CADSC ? Escola de Computação de Alto Desempenho para Sistemas Complexos. 2010. (Oficina).

7.
12ª Semana da Computação. 2009. (Congresso).

8.
9th International Symposium on Mathematical and Computational Biology.Evolutionary Algorithms Approaches for the Protein Structure Prediction Wth New Criteria. 2009. (Simpósio).

9.
CIFARP 2009 - 7th International Congress of Pharmaceutical Sciences.AB INITIO STUDIES USING HYDROGEN BOND IN EVOLUTIONARY ALGORITHM. 2009. (Simpósio).

10.
Como conciliar empreendedorismo e vida acadêmica?. 2009. (Seminário).

11.
Hydrogen bonding, electrostatic potential and molecular design. 2009. (Seminário).

12.
Pesquisas nas áreas científicas de fronteira. 2009. (Seminário).

13.
V Southern Programmable Logic Conference. 2009. (Congresso).

14.
V Workshop do Programa de Aperfeiçoamento de Ensino. 2009. (Seminário).

15.
11a. Semana da Computação. 2008. (Outra).

16.
Avaliação e a construção de uma 'grelha de leitura': tipo, função e propósitos. 2008. (Seminário).

17.
IV Workshop do Programa de Aperfeiçoamento de Ensino. 2008. (Seminário).




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