José Eduardo Kroll

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  • Última atualização do currículo em 16/10/2017


Possui graduação em Farmácia Generalista pela Universidade de Mogi das Cruzes (2006), mestrado em Biotecnologia pela Universidade de Mogi das Cruzes (2008) e doutorado em Bioinformática pela Universidade de São Paulo (2013). Tem experiência na área de Biologia Geral, com ênfase em Bioinformática. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
José Eduardo Kroll
Nome em citações bibliográficas
KROLL, J. E.;KROLL, JOSÉ EDUARDO;KROLL, JE;KROLL, JOSÉ E.;KROLL, JOSE EDUARDO;KROLL, JOSE E.;KROLL, JOSÉ

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Instituto do Cérebro.
Avenida Nascimento de Castro
Lagoa Nova
59056450 - Natal, RN - Brasil
Telefone: (084) 32152706


Formação acadêmica/titulação


2009 - 2013
Doutorado em Bioinformática.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
com período sanduíche em University of California San Diego (Orientador: Lucila Ohno-Machado).
Título: Explorando a Complexidade do Transcriptoma Humano: Eventos de Splicing Alternativo, Ano de obtenção: 2013.
Orientador: Sandro José de Souza.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: alternative splicing; Database; RNA-seq; transcriptome.
2007 - 2008
Mestrado em Biotecnologia.
Universidade de Mogi das Cruzes, UMC, Brasil.
Título: Caracterização da Interação da Catepsina B e Papaína com Heparina Utilizando Métodos Computacionais,Ano de Obtenção: 2008.
Orientador: Claúdio Saburo Shida.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo ao Ensino e Pesquisa, FAEP, Brasil.
Palavras-chave: Dinâmica Molecular; Generalized Simulated Annealling (GSA); Glicosaminoglicanos; Matriz Extracelular; Papaína; Catepsina B.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral / Subárea: Bioinformática.
2003 - 2006
Graduação em Farmácia Generalista.
Universidade de Mogi das Cruzes, UMC, Brasil.
Título: Evolução Molecular e Patogenicidade: Relação Entre as Variantes da Proteína TAT Presentes no Vírus da Imunodeficiência Humana e Simiana. (Iniciação científica - PIBIC).
Orientador: Dr. Claúdio Saburo Shida.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo ao Ensino e Pesquisa, FAEP, Brasil.


Pós-doutorado


2014
Pós-Doutorado.
Universidade Federal do Rio Grande do Norte, UFRN, Brasil.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas


Formação Complementar


2007 - 2007
Genomic Signal Processing.
Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
2007 - 2007
Epitope Discovery and Vacine Design.
Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.


Atuação Profissional



Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer, ILPC, Brasil.
Vínculo institucional

2009 - 2011
Vínculo: Estudante de doutorado, Enquadramento Funcional: Estagiário, Regime: Dedicação exclusiva.


Universidade de Mogi das Cruzes, UMC, Brasil.
Vínculo institucional

2006 - 2006
Vínculo: Estagiário, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 25
Outras informações
Estagiário em Farmácia Industrial - Líder dos setores de P&D, Garantia da Qualidade e Almoxarifado

Vínculo institucional

2006 - 2006
Vínculo: Estagiário, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 25
Outras informações
Estagiário em Análises Clínicas - Hospital FAEP


Centro Técnico Aeroespacial, CTA, Brasil.
Vínculo institucional

2005 - 2005
Vínculo: Estagiário, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 25
Outras informações
Estagiário em Farmácia Hospilatar



Revisor de periódico


2016 - Atual
Periódico: Nature Scientific Reports
2017 - Atual
Periódico: OMICS: A Journal of Integrative Biology


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral / Subárea: Bioinformática.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética.
4.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.
Espanhol
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
KROLL, JOSÉ EDUARDO2017 KROLL, JOSÉ EDUARDO; DA SILVA, VANDECLÉCIO LIRA ; DE SOUZA, SANDRO JOSÉ ; DE SOUZA, GUSTAVO ANTONIO . A tool for integrating genetic and mass spectrometry-based peptide data: Proteogenomics Viewer. BIOESSAYS, v. 1, p. e201700015, 2017.

2.
IVERSEN, RASMUS2017IVERSEN, RASMUS ; SNIR, OMRI ; STENSLAND, MARIA ; KROLL, JOSÉ E. ; STEINSBØ, ØYVIND ; KORPONAY-SZABÓ, ILMA R. ; LUNDIN, KNUT E.A. ; DE SOUZA, GUSTAVO A. ; SOLLID, LUDVIG M. . Strong Clonal Relatedness between Serum and Gut IgA despite Different Plasma Cell Origins. Cell Reports, v. 20, p. 2357-2367, 2017.

3.
DA SILVA, VANDECLECIO2017DA SILVA, VANDECLECIO ; FONSECA, ANDRÉ ; FONSECA, MARBELLA ; DA SILVA, THAYNA ; COELHO, ANA ; KROLL, JOSÉ ; DE SOUZA, JORGE ; STRANSKY, BEATRIZ ; DE SOUZA, GUSTAVO ; DE SOUZA, SANDRO . Genome-wide identification of cancer/testis genes and their association with prognosis in a pan-cancer analysis. Oncotarget, v. 1, p. 1, 2017.

4.
TEIXEIRA, LEONARDO K.2016TEIXEIRA, LEONARDO K. ; CARROSSINI, NINA ; SÉCCA, CRISTIANE ; KROLL, JOSÉ E. ; DACUNHA, DÉBORAH C. ; FAGET, DOUGLAS V. ; CARVALHO, LILIAN D. S. ; DE SOUZA, SANDRO J. ; VIOLA, JOÃO P. B. . NFAT1 Transcription Factor Regulates Cell Cycle Progression and Cyclin E Expression in B Lymphocytes. Cell Cycle (Georgetown, Online), v. 1, p. 00-00, 2016.

5.
FONSECA, ANDRÉ L.2016FONSECA, ANDRÉ L. ; DA SILVA, VANDECLÉCIO L. ; DA FONSÊCA, MARBELLA M. ; MEIRA, ISABELLA T. J. ; DA SILVA, THAYNÁ E. ; KROLL, JOSÉ E. ; RIBEIRO-DOS-SANTOS, ANDRÉ M. ; FREITAS, CLÉBER R. ; FURTADO, RAIMUNDO ; DE SOUZA, JORGE E. ; STRANSKY, BEATRIZ ; DE SOUZA, SANDRO J. . Bioinformatics Analysis of the Human Surfaceome Reveals New Targets for a Variety of Tumor Types. International Journal of Genomics, v. 2016, p. 1-7, 2016.

6.
KROLL, JOSE E.2015KROLL, JOSE E.; KIM, JIHOON ; OHNO-MACHADO, LUCILA ; DE SOUZA, SANDRO J. . : a software suite for alternative splicing analysis using next-generation sequencing data. PeerJ, v. 3, p. e1419, 2015.

7.
2KROLL, JOSÉ E.2014 KROLL, JOSÉ E.; DE SOUZA, SANDRO J. ; DE SOUZA, GUSTAVO A. . Identification of rare alternative splicing events in MS/MS data reveals a significant fraction of alternative translation initiation sites. PeerJ, v. 2, p. e673, 2014.

8.
1KROLL, JOSÉ EDUARDO2012 KROLL, JOSÉ EDUARDO; GALANTE, PEDRO A.F. ; OHARA, DANIEL T. ; NAVARRO, FABIO C.P. ; OHNO-MACHADO, LUCILA ; DE SOUZA, SANDRO J. . SPLOOCE: A new portal for the analysis of human splicing variants. RNA Biology, v. 9, p. 1-6, 2012.

Capítulos de livros publicados
1.
KROLL, JOSÉ EDUARDO; FONSECA, A. ; DE SOUZA, SANDRO J. . Alternative Splicing and Cancer. In: Kishore R. Sakharkar; Meena K. Sakharkar; Ramesh Chandra. (Org.). Post-Genomic Approaches in Cancer and Nano Medicine. 1ed.Aalborg, Denmark: River Publishers, 2015, v. , p. 1-.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
MEIRA, I. T. J. E. ; BARROS, B. D. F. ; RAMALHO, R. F. ; KROLL, J. E. ; SOUZA, S. J. ; CARRARO, D. M. ; FERREIRA, E. N. ; GUIMARAES, G. C. ; CUNHA, I. W. . Identification of somatic mutations in prostate adenocarcinoma with Gleason score 7 and 8 and their associations with biochemical recurrence. In: X-meeting, 2016, Belo Horizonte. Abstracts, 2016.

2.
ARAUJO-SOUZA, C. ; LINHARES, M. G. ; KROLL, J. E. ; FREITAS, C. R. ; BRANDAO, J. A. ; SOUZA, S. J. ; ROMCY-PEREIRA, R. N. . Transcriptome Analysis of the frontal cortex of a rodent model of autism. In: IX IBRO World Congress, 2015, Rio de Janeiro. ., 2015.

3.
KROLL, J. E.; SOUZA, S. J. ; SOUZA, G. A. . Proteome browser: Exposing the proteome complexity. In: Congresso Brasileiro de Genetica - SBG 2015, 2015, Aguas de Lindoia. ., 2015.

4.
KROLL, JOSÉ EDUARDO; FONSECA, A. ; CORADO, C. ; LIRA, V. ; SOUZA, S. J. . Alternative Splicing Shaping Domain-domain Interactions. In: SB-meeting. Europe-Brazil meeting on Systems and Synthetic Biology, 2014, Natal. Anais, 2014.

5.
KROLL, JOSE EDUARDO; SOUZA, JORGE ESTEFANO DE ; STRANSKY, BEATRIZ ; SOUZA, GUSTAVO A. DE ; SOUZA, SANDRO J. DE . Integrating Transcriptome and Proteome Information for the Analysis of Alternative Splicing. In: 2012 IEEE Second International Conference on Healthcare Informatics, Imaging and Systems Biology (HISB), 2012, La Jolla. 2012 IEEE Second International Conference on Healthcare Informatics, Imaging and Systems Biology. p. 119.

6.
KROLL, JE; SOUZA, S. J. ; OHNO-MACHADO, L. ; KIM, J. . SplicingExpress: Qualifying, Quantifying and Correlating Alternative Splicing Events Among RNA-Seq Samples. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012, Campinas. Abstracts, 2012.

7.
KROLL, J. E.; OHARA, D. T. ; SOUZA, S. J. ; GALANTE, P. A. F. . Exploring Complex Alternative Splicing Events Through a New Method Based on Ternary Matrices. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Ouro Preto. Abstracts Booklet and Program, 2010.

8.
KROLL, J. E.; SHIDA, C. S. . Modulation of Papain Structure by Interaction with Heparin Studied Through Molecular Dynamics. In: XXXVIII Annual Meeting of the Brazilian Biochemistry and Molecular Biology Society (SBBq), 2009, Águas de Lindóia. Program of the XXXVIII Annual Meeting, 2009.

9.
SHIDA, C. S. ; KROLL, J. E. . Human Cathepsin B Interaction with Heparin: Influence of Acid pH Studied by Molecular Dynamics Simulation. In: XXXVIII Annual Meeting of the Brazilian Biochemistry and Molecular Biology Society (SBBq), 2009, Águas de Lindóia. Program of the XXXVIII Annual Meeting, 2009.

10.
KROLL, J. E.; NAVARRO, F. ; SOUZA, J. E. ; SOUZA, S. J. ; CAMARGO, A. A. ; GALANTE, P. A. F. . Inactivation of Targets and Genes of MicroRNAs by Indels: Impact On Cancer-Related Genes. In: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009, Angra dos Reis. Abstracts Booklet and Program, 2009.

11.
NAVARRO, F. ; KROLL, J. E. ; GALANTE, P. A. F. ; OLD, L. J. ; SOUZA, S. J. . An in Silico Approach to Select Cancer/Testis Antigens Genes in Mus musculus. In: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009, Angra dos Reis. Abstracts Booklet and Program, 2009.

12.
KROLL, J. E.; Miranda, V. F. O. ; SHIDA, C. S. . HIV-1 TAT Protein and AIDS Progression Through Phylogenetic Inference. In: 3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting, 2007, São Paulo. Abstracts Booklet and Program, 2007.

13.
KROLL, J. E.; Miranda, V. F. O. ; SHIDA, C. S. . Evolução Molecular e Patogenicidade: Relação Entre as Variantes da Proteína TAT Presentes no Vírus da Imunodeficiência Humana 1 e Simiana. In: X Congresso de Iniciação Científica da Universidade de Mogi das Cruzes, 2007, Mogi das Cruzes. Anais do X Congresso de Iniciação Científica. Bauru: Canal 6, 2007.

Apresentações de Trabalho
1.
KROLL, JE; SOUZA, S. J. . Integrating Transcriptome and Proteome Information for the Analysis of Alternative Splicing. 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

2.
KROLL, J. E.; GALANTE, P. A. F. ; SOUZA, S. J. . Eventos Complexos de Splicing Alternativo no Estudo do Câncer. 2010. (Apresentação de Trabalho/Seminário).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
KROLL, J. E.. Splicing Express. 2015.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Sociedade Brasileira de Genetica. Proteome browser: exposing the proteome complexity. 2015. (Congresso).

2.
SB-meeting. Europe-Brazil Meeting on Systems and Synthetic Biology. Alternative Splicing Shaping Domain-domain Interactions. 2014. (Congresso).

3.
X-meeting - 8th International Conference of the AB3C. SplicingExpress: Qualifying, Quantifying and Correlating Alternative Splicing Events Among RNA-Seq Samples. 2012. (Congresso).

4.
I Workshop de Bioinformática (BIOINFO/USP).Eventos Complexos de Splicing Alternativo no Estudo do Câncer. 2010. (Oficina).

5.
X-meeting - 6th International Conference of the AB3C. Exploring Complex Alternative Splicing Events Through a New Method Based on Ternary Matrices. 2010. (Congresso).

6.
X-meeting - 5th International Conference of the AB3C. Inactivation of Targets and Genes of MicroRNAs by Indels: Impact on Cancer-Related Genes. 2009. (Congresso).

7.
XXXVIII Annual Meeting of the Brazilian Biochemistry and Molecular Biology Society (SBBq). Modulation of Papain Structure by Interaction with Heparin Studied Through Molecular Dynamics. 2009. (Congresso).

8.
X Congresso de Iniciação Científica (UMC). Evolução Molecular e Patogenicidade: Relação Entre as Variantes da Proteína TAT Presentes no Vírus da Imunodeficiência Humana 1 e Simiana. 2007. (Congresso).

9.
X-meeting - 3rd International Conference of the AB3C. HIV-1 TAT Protein and AIDS Progression Through Phylogenetic Inference. 2007. (Congresso).

10.
IX Congresso de Iniciação Científica (UMC). 2006. (Congresso).

11.
VIII Congresso de Iniciação Científica (UMC). 2005. (Congresso).



Inovação



Programa de computador sem registro
1.
KROLL, J. E.. Splicing Express. 2015.




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