Luiz Thibério Lira Diniz Rangel

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  • Última atualização do currículo em 29/08/2017


Possui graduação em Ciências Biológicas pela Universidade Federal da Paraíba (2009) e mestrado em Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro pela Universidade de São Paulo (2012), e doutorado em Bioinformática também pela Universidade de São Paulo. Tem experiência na área de Genômica e Filogenômica, com ênfase em Bioinformática (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Luiz Thibério Lira Diniz Rangel
Nome em citações bibliográficas
RANGEL, L. T. L. D.;Rangel, Luiz Thibério L.D.;Rangel, L. T.;Rangel, Luiz T;Rangel, Luiz Thiberio


Formação acadêmica/titulação


2012 - 2017
Doutorado em Bioinformática.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
com período sanduíche em University of Connecticut (Orientador: Johann Peter Gogarten).
Título: Redes Filogenômicas e Transferência Lateral de Genes, Ano de obtenção: 2017.
Orientador: João Carlos Setubal.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: Transferência horizontal de genes; Redes filogenômicas.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Filogenômica.
2009 - 2012
Mestrado em Ciências (Biologia da Relação Patógeno-Hospedeiro)pgbmp@icb.usp.br.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Desenvolvimento da plataforma EGene para anotação funcional e integração com banco de dados: aplicação e validação em transcritos de Eimeria spp. de galinha domestica,Ano de Obtenção: 2012.
Orientador: Arthur Gruber.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: Anotação automática de Proteínas; Homologia de sequências.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica.
2005 - 2009
Graduação em Ciências Biológicas.
Universidade Federal da Paraíba, UFPB, Brasil.
Título: Desenvolvimento de ferramenta online, GIAnT, para predição de ilhas genômicas em bactérias.
Orientador: Demetrius Antônio Machado de Araujo.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.




Formação Complementar


2016 - 2016
1RST SUMMER SCHOOL ON NETWORKS.
Station Biologique de Roscoff, SBR, França.
2014 - 2014
Workshop on Molecular Evolution.
Marine Biological Laborarory, MBL, Estados Unidos.
2010 - 2010
5th Annual EuPathDB Workshop.
University of Georgia, UGA, Estados Unidos.
2008 - 2008
microRNAs: status quo. (Carga horária: 3h).
Sociedade Brasileira de Genética, SBG, Brasil.
2008 - 2008
Python for Bioinformatics. (Carga horária: 3h).
Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
2006 - 2006
Extensão universitária em III Curso de Bioinformática & Biologia Molecular. (Carga horária: 35h).
Universidade Federal da Paraíba, UFPB, Brasil.
2006 - 2006
Tópicos em Bioinformática. (Carga horária: 10h).
Universidade Federal da Paraíba, UFPB, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade Federal da Paraíba, UFPB, Brasil.
Vínculo institucional

2008 - 2009
Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Bolsista de Iniciação Científica, Carga horária: 20

Vínculo institucional

2006 - 2008
Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Estágio Voluntário, Carga horária: 20

Atividades

11/2006 - 05/2008
Extensão universitária , Centro de Ciências Exatas e da Natureza - Campus I, Departamento de Biologia Molecular.

Atividade de extensão realizada
Desenvolvimento e Aplicação de Recursos Educativos para Difusão da Biotecnologia em Escolas Públicas..


Projetos de pesquisa


2007 - 2009
Desenvolvimento de software para detecção de ilhas gênomicas
Descrição: A composição dos genomas bacterianos podem ser alterados rapidamente e dramaticamente através de uma grande variedade de processos, incluindo transferência genética horizontal. Este projeto tem como objetivo desenvolver um programa para detecção das regiões adquiridos com este mecanismo, as ilhas genômicas, em bactérias a partir da análise de elementos característicos, como transposases, integrases, condon usage tRNAs, etc., mudanças abruptas do conteúdo GC, utilizando para este último, os métodos com e sem janela, este baseado na representação de curva Z de sequências de DNA. A partir dos dados gerados e analisados serão realizados estudos para a classificação das ilhas genômicas de acordo com suas funções, que refletem no estilo de vida, patogenicidade, adaptação a nichos ecológicos e história evolutiva das bactérias..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2007 - Atual
Estudo da transferência horizontal entre organismos do gênero Mycoplasma
Descrição: As ilhas genômicas compreendem regiões genômicas adquiridas via transferência horizontal gênica. Este projeto tem como objetivo determinar as ilhas genômicas presentes nas treze espécies de bactérias seqüenciadas do gênero Mycoplasma baseado em dados gerados por gráficos sobre: conteúdo GC, uso de códon, uso de aminoácido e seqüências lineares de elementos típicos de transferência horizontal. Os dados serão analisados quantitativamente e qualitativamente, possibilitando a inferência sobre a origem das regiões e a vantagem evolutiva adquirida pelos indivíduos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Luiz Thibério Lira Diniz Rangel - Integrante / Demétrius Antônio Machado de Araújo - Integrante / Patrícia Keytth Lins Rocha - Integrante / Claudia Barros Monteiro Vitorello - Integrante / Thais Gaudencio do Rego - Coordenador / Alexandre Rossi Paschoal - Integrante.
2006 - 2007
Análise Proteômica em Leishmania chagasi: Avaliação de Compostos Naturais Isolados com Perspectiva Fitofarmacológica
Descrição: A leishmaniose visceral, provocada pelo microorganismo Leishmania chagasi, atinge quase duas mil pessoas por ano no Brasil, sendo cerca de 90% dos casos no Nordeste. O alto custo dos tratamentos, as dificuldades de administração das drogas e a toxicidade medicamentosa são fatores limitantes na terapêutica da leishmaniose. A constatação de falta de resposta aos medicamentos mais usuais torna urgente a necessidade de drogas alternativas que reponham e/ou suplementem as de uso atual. Dessa forma, o uso de plantas medicinais e a identificação de seus fitoconstituintes podem fornecer novos modelos terapêuticos no tratamento de leishmanioses. A proteômica permite identificar alvos moleculares para desenvolvimento de novas opções terapêuticas, por meio da busca por proteínas essenciais a sobrevivência do parasita, bem como pode fornecer dados para futuras pesquisas que viabilizem seu uso na terapêutica clínica. O presente projeto pretende utilizar ferramentas de proteômica para a caracterização de L. chagasi quando exposto ao estresse provocado pelos compostos naturais isolados ajimalicina, cumarina, quercetina e ácido ursínico..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (8) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Luiz Thibério Lira Diniz Rangel - Integrante / Itácio Queiroz de Mello Padilha - Integrante / Erica Renata dos Santos Almeita - Integrante / Amely Branquinho Martins - Integrante / Vinícius Ramos Henriques Maracajá Coutinho - Integrante / Demétrius Antônio Machado de Araújo - Coordenador / Patrícia Keytth Lins Rocha - Integrante / Héllio Danny Nóbrega de Souza - Integrante / João Paulo Di Monaco Durbano - Integrante / Aretha Vieira Bezerra - Integrante.


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Bioinformática.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Linguagens de Programação.
4.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
WANG, NIAN2017WANG, NIAN ; PIERSON, ELIZABETH A. ; SETUBAL, JOÃO CARLOS ; XU, JIN ; LEVY, JULIEN G. ; ZHANG, YUNZENG ; LI, JINYUN ; Rangel, Luiz Thiberio ; MARTINS, JOAQUIM . The Candidatus Liberibacter-Host Interface: Insights into Pathogenesis Mechanisms and Disease Control. Annual Review of Phytopathology, v. 55, p. 451-482, 2017.

2.
Rangel, L. T.2013 Rangel, L. T.; NOVAES, J. ; DURHAM, A. M. ; MADEIRA, A. M. B. N. ; GRUBER, A. . The Eimeria Transcript DB: an integrated resource for annotated transcripts of protozoan parasites of the genus Eimeria. DATABASE-OXFORD, v. 2013, p. bat006-bat006, 2013.

3.
WULFF, NELSON ARNO2013WULFF, NELSON ARNO ; ZHANG, SHUJIAN ; SETUBAL, JOÃO C ; ALMEIDA, NALVO F ; MARTINS, ELAINE C ; HARAKAVA, RICARDO ; KUMAR, DIBYENDU ; Rangel, Luiz T ; FOISSAC, XAVIER ; BOVE, JOSEPH ; GABRIEL, DEAN W . The complete genome sequence of Candidatus Liberibacter americanus, associated with citrus Huanglongbing.. Molecular Plant-Microbe Interactions, v. 27, p. 131107142521009, 2013.

4.
Novaes, Jeniffer2012 Novaes, Jeniffer ; RANGEL, L. T. L. D. ; Ferro, Milene ; Abe, Ricardo Y. ; Manha, Alessandra P.S. ; de Mello, Joana C.M. ; Varuzza, Leonardo ; Durham, Alan M. ; Madeira, Alda Maria B.N. ; Gruber, Arthur . A comparative transcriptome analysis reveals expression profiles conserved across three Eimeria spp. of domestic fowl and associated with multiple developmental stages. International Journal for Parasitology, v. 42, p. 39-48, 2012.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
SOUZA, H. D. N. ; DURBANO, J. P. M. ; ROCHA, P. K. L. ; Itácio Queiroz de Mello Padilha ; ALMEIDA, R. S. ; BEZERRA, A. V. ; RANGEL, L. T. L. D. ; ARAÚJO, D.A.M. . CURSO DE CURTA DURAÇÃO EM BIOINFORMÁTICA COMO INSTRUMENTO DE INSERÇÃO E DE DIFUSÃO BIOTECNOLÓGICA. In: X ENEX, 2008, João Pessoa. Caderno de Resumos do X Encontro de Extensão da UFPB, 2008.

2.
BEZERRA, A. V. ; MARTINS, A.B. ; SOUZA, H. D. N. ; RANGEL, L. T. L. D. ; ROCHA, P. K. L. ; ARAÚJO, D.A.M. . AVALIAÇÃO DO POTENCIAL LEISHMANIOSTÁTICO DO COMPOSTO NATURAL ISOLADO QUERCETINA SOBRE LEISHMANIA CHAGASI. In: XX Congresso Brasileiro de Parasitologia, 2007, RECIFE. Revista de Patologia Tropical. Goiânia: Editora da Universidade Federal de Goiás, 2007. v. 36. p. 286-287.

Apresentações de Trabalho
1.
Rangel, Luiz T; Setubal, J. C. . Horizontal Gene Transfer and Nitrogen Fixation Genes in Gamma- and Beta-Proteobacteria. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

2.
RANGEL, L. T. L. D.; Setubal, J. C. ; WU, F. ; LIN, H. ; MOHAMED, N. . Analysis of Proteobacterial genomes using Phylogenomic Networks. 2012. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

3.
Amgarten, Deyvid ; RANGEL, L. T. L. D. ; DURHAM, A. M. ; Gruber, A . Desenvolvimento de um Componente de anotação automática de vias metabólicas KEGGpara a plataforma EGene.. 2010. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

4.
RANGEL, L. T. L. D.; DURHAM, A. M. ; Gruber, A . Enriched annotation and functional assignment of proteins of Eimeria spp.: guilty by orthology. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

5.
FERRO, M. ; Yamamoto, R ; RANGEL, L. T. L. D. ; DURHAM, A. M. ; Gruber, A . EGENE 2: A GENERIC AND MODULAR PLATFORM FOR AUTOMATED SEQUENCE PROCESSING AND ANNOTATION. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

6.
RANGEL, L. T. L. D.; ROCHA, P. K. L. ; PASCHOAL, A. R. ; VITORELLO, C. B. M. ; ARAÚJO, D.A.M. ; REGO, T. G. . GIAnT: Genomic Island Analyzer Tool. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

7.
ROCHA, P. K. L. ; RANGEL, L. T. L. D. ; PASCHOAL, A. R. ; VITORELLO, C. B. M. ; ARAÚJO, D.A.M. ; REGO, T. G. . Quantitative analysis of genomic islands in Bacteria.. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

8.
ROCHA, P. K. L. ; RANGEL, L. T. L. D. ; VITORELLO, C. B. M. ; ARAÚJO, D.A.M. ; REGO, T. G. . Identificação e caracterização de ilhas genômicas em bactérias do gênero Mycoplasma. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

9.
SOUZA, H. D. N. ; DURBANO, J. P. M. ; ROCHA, P. K. L. ; Itácio Queiroz de Mello Padilha ; ALMEIDA, R. S. ; BEZERRA, A. V. ; RANGEL, L. T. L. D. ; ARAÚJO, D.A.M. . CURSO DE CURTA DURAÇÃO EM BIOINFORMÁTICA COMO INSTRUMENTO DE INSERÇÃO E DE DIFUSÃO BIOTECNOLÓGICA. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

10.
BEZERRA, A. V. ; MARTINS, A.B. ; SOUZA, H. D. N. ; RANGEL, L. T. L. D. ; ROCHA, P. K. L. ; ARAÚJO, D.A.M. . AVALIAÇÃO DO POTENCIAL LEISHMANIOSTÁTICO DO COMPOSTO NATURAL ISOLADO QUERCETINA SOBRE LEISHMANIA CHAGASI. 2007. (Apresentação de Trabalho/Congresso).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
RANGEL, L. T. L. D.; ROCHA, P. K. L. ; PASCHOAL, A. R. ; ARAÚJO, D.A.M. ; VITORELLO, C. B. M. ; REGO, T. G. . GIAnT: Genomic Island Analyzer Tool. 2009.


Demais tipos de produção técnica
1.
RANGEL, L. T. L. D.. Curso de verão em Bioinformática. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Outra).



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
X-Meeting. Enriched annotation and functional assignment of proteins of Eimeria spp.: guilty by orthology. 2010. (Congresso).

2.
X-Meeting. EGENE 2: A GENERIC AND MODULAR PLATFORM FOR AUTOMATED SEQUENCE PROCESSING AND ANNOTATION. 2009. (Congresso).

3.
54° Congresso Brasileiro de Genética. Identificação e caracterização de ilhas genômicas em bactérias do gênero Mycoplasma. 2008. (Congresso).

4.
X ENEX.Curso de Curta Duração em Bioinformática como Instrumento de Inserção e de Difusão Biotecnológica. 2008. (Encontro).

5.
X-Meeting. GIAnT: Genomic Island Analyzer Tool. 2008. (Congresso).




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