Rafael Teodósio Pereira

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  • Última atualização do currículo em 13/10/2018


Doutor em Engenharia Informática pela Universidade do Minho, Braga/Portugal, é participante do grupo de pesquisa (Bioinformatics and Systems Biology Interdisciplinary Initiative) cujo o objetivo é realizar estudos nas áreas de Engenharia Metabólica, Mineração de Textos, Reconstrução e Análise de Redes Metabólicas, Integração de Banco de Dados e Análise de dados provenientes de Expressão Genética. Possui Mestrado em Bioinformática pela mesma universidade em que cursa o doutorado e é graduado em Ciência da Computação pelo Centro Universitário Franciscano em Santa Maria, Rio Grande do Sul. É participante dos grupos de pesquisa: Física Computacional, Sistemas Complexos e Genômica Teórica; Linguagens de Programação e Bando de dados. Ambos diretórios de pesquisas residentes na Universidade Federal de Santa Maria/RS, Brasil. Atua principalmente nos seguintes temas: NCBI, PubMed, GEO, Banco de Dados, Linguagens de Programação, Ontologias e Bioinformática. Atualmente é Professor celetista na Antonio Meneghetti Faculdade e ministra as disciplinas de: Banco de Dados, Redes de Computadores e Administração de Sistemas de Informação Gerencial (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Rafael Teodósio Pereira
Nome em citações bibliográficas
PEREIRA, R. T.;Pereira, Rafael;Rafael Pereira;PEREIRA, RAFAEL T.

Endereço


Endereço Profissional
Faculdade Antônio Meneghetti.
Recanto Maestro
Recanto Maestro
97200000 - Restinga Seca, RS - Brasil
Telefone: (55) 32891139


Formação acadêmica/titulação


2012 - 2016
Doutorado em Informática.
Universidade do Minho, UMINHO, Portugal.
Título: Integrating Knowledge from Data and Literature for Building Transcriptional Regulatory Networks, Ano de obtenção: 2016.
Orientador: Rui Manuel Ribeiro Castro Mendes.
Coorientador: Orlando Belo.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: databases; Data Integration; bioinformatics; text mining; Transcriptional Regulatory Networks.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
2009 - 2011
Mestrado em Bioinformática.
Universidade do Minho, UMINHO, Portugal.
Título: Desenvolvimento de uma ferramenta para análise do perfil das vias de estabilidade genômica,Ano de Obtenção: 2011.
Orientador: Pedro Rangel Henriques.
Palavras-chave: Banco de Dados; Bioinformática; Biologia Molecular; Ontocancro.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
2002 - 2008
Graduação em Ciência da Computação.
Universidade Franciscana, UFN, Brasil.
Título: Processamento de Linguagem Natural aplicada aos bancos biológicos da NCBI.
Orientador: Giovani Rubert Librelotto.




Atuação Profissional



University of Minho, UM, Portugal.
Vínculo institucional

2012 - 2016
Vínculo: Estudante de Doutoramento, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Regime: Dedicação exclusiva.


Universidade Federal de Santa Maria, UFSM, Brasil.
Vínculo institucional

2018 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Substituto, Carga horária: 40

Vínculo institucional

2010 - 2011
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsista de Apoio Técnico a Pesquisa

Atividades

09/2018 - Atual
Ensino, Sistemas Para Internet, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Engenharia de Software
08/2018 - Atual
Ensino,

Disciplinas ministradas
Algoritmos e Programação
Modelagem de Software
Programação Comercial II
Informática Básica
03/2018 - Atual
Ensino, Geoprocessamento, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Algoritmos e Programação
03/2018 - Atual
Ensino,

Disciplinas ministradas
Programação Comercial I
03/2018 - Atual
Ensino,

Disciplinas ministradas
Informática I

Planalto Transportes LTDA., PLANALTO, Brasil.
Vínculo institucional

2004 - 2005
Vínculo: Estágio, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 30


Faculdade Antônio Meneghetti, AMF, Brasil.
Vínculo institucional

2017 - Atual
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor, Carga horária: 8
Outras informações
Ministra a disciplina de Engenharia de Software; Redes de Computadores; Banco de Dados; Administração de Sistemas de Informação Gerencial; Metodologia Científica e Gestão de Qualidade de Software

Atividades

03/2017 - Atual
Ensino, Sistema de Informação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Administração de Sistemas de Informação Gerencial
Banco de dados
Engenharia de Software
Redes de Computadores
Metodologia Científica
Gestão da Qualidade de Software


Projetos de pesquisa


2012 - 2015
ReGeReM: Developing a computational plataform for reconstruction of genome-scale regulatory models
Descrição: This project is a natural follow up on the previous work done by research team within the field of Bioinformatics and Systems Biology. It addresses a very relevant research problem in this field that has important applications in Biotechnology: the development of algorithms and computaional tools for reconstruction of genome-scale regulatory models for microorganisms..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2010 - 2011
Ferramentas computacionais para análise funcional de vias genéticas em interatomas
Descrição: Uma das principais características do cancro é o crescimento desordenado das células. A perda da estabilidade genômica associada com a deterioração genética é um dos muitos aspectos a serem levados em consideração nos carcinomas. A taxa de mutação e a extensão do tumor evoluem de acordo com as características biológicas, imunológicas, antecedentes genéticos e ambientais do organismo atingido. Este projeto tem o propósito de extender o projeto já existente da Ontocancro para que seja possível traçar um perfil das via que atuam no auxílio da estabilidade genômica..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Rafael Teodósio Pereira - Integrante / José Carlos - Coordenador / Giovani Rubert Librelotto - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.


Membro de corpo editorial


2016 - 2016
Periódico: Program Committee: DCAI'16 - 13th International Conference
2016 - Atual
Periódico: Program Committee: DCAI'17 - 14th International Conference
2016 - 2016
Periódico: Program Committee: EATI'7 Encontro Anual de Tecnologia da Informação
2013 - 2013
Periódico: Anais de eventos: XII Simpósio de Informática da UNIFRA 2013 (SIRC)


Revisor de periódico


2016 - Atual
Periódico: Communications and Innovations Gazette
2016 - Atual
Periódico: Program Committee: DCAI'17 - 14th International Conference
2016 - 2016
Periódico: Program Committee: DCAI'16 - 13th International Conference
2016 - 2016
Periódico: Program Committee: EATI'7 - Encontro Anual de Tecnologia da Informação
2013 - 2013
Periódico: Program Committee: XII Simpósio de Informática da UNIFRA (SIRC)
2016 - Atual
Periódico: Program Committee: 1º Congresso Nacional de Inovação e Tecnologia


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Banco de Dados.


Idiomas


Espanhol
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.
Inglês
Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Prêmios e títulos


2017
Aprovação em Concurso Público para o cargo de Professor do Magistério Superior/Classe A/Nivel I, Universidade Federal do Pampa.
2015
Aprovação em Concurso Público para o cargo de Professor Adjunto do Colégio Técnico Industrial de Santa Maria, Universidade Federal de Santa Maria.
2013
AWARD OF SCIENTIFIC EXCELLENCE, University of Salamanca.
2011
Aprovação em Concurso Público para Professor em Sistemas de Informação, Universidade Luterana do Brasil, Santa Maria, RS.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
PEREIRA, R. T.2016PEREIRA, R. T.; COSTA, HUGO ; MENDES, R. . An approach towards the reconstruction of regulatory networks. Revista ComInG - Communications and Innovations Gazette, v. 1, p. 15-25, 2016.

2.
LIBRELOTTO, Giovani R.2015LIBRELOTTO, Giovani R. ; FREITAS, Leandro O. ; FIORIN, ANDRÉ ; MOZZAQUATRO, BRUNO A. ; PASETTO, LEANDRO ; MARTINI, RICARDO G. ; AZEVEDO, RENATO P. DE ; PEREIRA, RAFAEL T. . OntoHealth: a system to process ontologies applied to health pervasive environment. International Journal of Computational Science and Engineering, v. 10, p. 359, 2015.

3.
Pereira, Rafael2014Pereira, Rafael; Mendes, Rui . Integrating Biological Databases in the Context of Transcriptional Regulatory Networks. International Journal of Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics, v. 4, p. 345-350, 2014.

4.
BASTIANI, EDERSON2013BASTIANI, EDERSON ; LIBRELOTTO, Giovani R. ; FREITAS, Leandro O. ; Pereira, Rafael ; BRASIL, MIGUEL B. . An Approach for Pervasive Homecare Environments Focused on Care of Patients with Dementia. Procedia Technology, v. 9, p. 921-929, 2013.

5.
FREITAS, Leandro O.2011FREITAS, Leandro O. ; MOZZAQUATRO, B. A. ; PEREIRA, R. T. ; AZEVEDO, R. P. ; KURTZ, G. C. ; MARTINI, R. G. ; LIBRELOTTO, Giovani R. . Uma modelagem ontológica de hospitais pervasivos aplicada ao Ontohealth. Revista do CCEI, v. 15, p. 277-294, 2011.

Capítulos de livros publicados
1.
PEREIRA, R. T.; COSTA, H. ; MENDES, R. . Inferring Transcriptional Regulatory Networks through using Text Mining techniques. In: Dr Giovani Rubert Librelotto, Dra Juliana Kaizer Vizzotto. (Org.). ComInG - Communications and Innovations Gazette. 02ed.Santa Maria: UFSM, 2017, v. 01, p. 70-.

2.
FREITAS, Leandro O. ; PEREIRA, R. T. ; PEREIRA, H. G. G. ; MARTINI, R. G. ; MOZZAQUATRO, B. A. ; KASPER, J. ; LIBRELOTTO, G. R. . Ontological Representation and an Architecture for Homecare Pervasive Systems. In: Ricardo Martinho; Rui Rijo; Maria Manuela Cruz-Cunha; João Varajão. (Org.). Information Systems and Technologies for Enhancing Health and Social Care. 1ed.Hershey: IGI Global, 2013, v. , p. 215-234.

3.
Pereira, Rafael; Mendes, Rui . Current Trends in Bio-Ontologies and Data Integration. Advances in Intelligent Systems and Computing. 217ed.: Springer International Publishing, 2013, v. , p. 579-586.

Textos em jornais de notícias/revistas
1.
FREITAS, Leandro O. ; PEREIRA, R. T. ; AZEVEDO, R. P. ; KURTZ, G. C. ; MARTINI, R. G. ; MOZZAQUATRO, B. A. ; LIBRELOTTO, Giovani R. . Uma modelagem ontológica de hospitais pervasivos aplicada ao Ontohealth. Revista do CCEI, p. 227 - 294.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
PEREIRA, RAFAEL T.; COSTA, HUGO ; CARNEIRO, SONIA ; ROCHA, MIGUEL ; Mendes, Rui . Reconstructing transcriptional Regulatory Networks using data integration and Text Mining. In: 2015 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2015, Washington. 2015 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM), 2015. p. 1552-1558.

2.
Ederson Bastiani ; LIBRELOTTO, Giovani R. ; FREITAS, Leandro O. ; PEREIRA, R. T. ; Miguel Brasil . An Approach for Pervasive Homecare Environments Focused on Care of Patients with Dementia. In: CENTERIS 2013 - Conference on ENTERprise Information Systems, 2013, Lisboa. Procedia Technology. Amsterdam: Elsevier, 2013. v. 9. p. 921-929.

3.
FREITAS, Leandro O. ; LIBRELOTTO, Giovani R. ; PEREIRA, HENRIQUE G.G. ; KASPER, JEFERSON ; MARTINI, RICARDO G. ; MOZZAQUATRO, BRUNO ; PEREIRA, RAFAEL T. . Applying Pervasive Computing in an Architecture for Homecare Environments. In: 2012 IEEE 9th Int'l Conference on Ubiquitous Intelligence & Computing / 9th Int'l Conference on Autonomic & Trusted Computing (UIC/ATC), 2012, Fukuoka. 2012 9th International Conference on Ubiquitous Intelligence and Computing and 9th International Conference on Autonomic and Trusted Computing. p. 685.

4.
FREITAS, Leandro O. ; PEREIRA, R. T. ; PEREIRA, H. G. G. ; MARTINI, R. G. ; MOZZAQUATRO, B. A. ; KASPER, J. ; LIBRELOTTO, Giovani R. . A Methodology for an Architecture of Pervasive Systems to Homecare Environments.. In: HCist'2012 - International Conference on Health and Social Care Information Systems and Technologies, 2012, Algarve. International Conference on Health and Social Care Information Systems and Technologies, 2012.

5.
MARTINI, RICARDO GIULIANI ; LIBRELOTTO, GIOVANI RUBERT ; DE AZEVEDO, RENATO PREIGSCHADT ; FIORIN, ANDRE ; KASPER, JEFERSON ; MOZZAQUATRO, BRUNO AUGUSTI ; Pereira, Rafael . An approach to automatic customization of user interfaces for mobile devices in pervasive environments. In: 2012 XXXVIII Conferencia Latinoamericana En Informatica (CLEI), 2012, Medellin. 2012 XXXVIII Conferencia Latinoamericana En Informatica (CLEI), 2012. p. 1.

6.
PEREIRA, R. T.; LIBRELOTTO, Giovani R. ; AZEVEDO, R. P. ; MOMBACH, J. C. M. . Utilizando a Ontocancro para traçar o perfil das vias de manutenção da estabilidade genômica. In: CSBC - Congresso da Sociedade Brasileira de Computação - XII Workshop de Informática Médica (WIM 2012), 2012, Curitiba. XII Workshop de Informática Médica (WIM 2012) - CSBC, 2012., 2012.

7.
LIBRELOTTO, G. R. ; FREITAS, L. ; FIORIN, A. ; MOZZAQUATRO, B. A. ; MARTINI, R. G. ; AZEVEDO, R. P. ; PEREIRA, R. T. . OntoHealth: A System to Process Ontologies Applied to Health Pervasive Environment. In: The 4th International Conference on Ubi-media Computing (U-Media 2011), 2011, São Paulo. IEEExplore: The 4th International Conference on Ubi-media Computing (U-Media 2011), 2011. p. 59-64.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
Eder Simão ; Henriques, P. R. ; Librelotto, G ; Marialva Sinigaglia ; MOMBACH, J. C. M ; PEREIRA, R. T. ; Mauro A. A. Castro ; Heleno C. B. Cabral . Uma Integração de Dados sobre Vias Metabólicas relativas ao Câncer: a ontologia Ontocancro. In: 10ª Conferência da Associação Portuguesa de Sistemas de Informação, 2010, Viana do Castelo. 10ª Conferência da Associação Portuguesa de Sistemas de Informação, 2010.

2.
PEREIRA, R. T.; Librelotto, G . Consultas personalizadas nos bancos de dados do NCBI. In: Second Brazilian School on Bioinformatics, 2009, Porto Alegre. Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2009.

3.
PEREIRA, R. T.; Henriques, P. R. ; Librelotto, G . Uma metodologia para Consultas aos Bancos de Dados do NCBI. In: CISTI'09 - 4ªConferência Ibérica em Sistemas e Tecnologias da Informação, 2009, Póvoa de Varzim. 4ªConferência Ibérica em Sistemas e Tecnologias da Informação, 2009. p. 103-108.

Artigos aceitos para publicação
1.
LIBRELOTTO, Giovani R. ; FREITAS, Leandro O. ; FIORIN, A. ; MOZZAQUATRO, B. A. ; PASETTO, L. ; MARTINI, R. G. ; AZEVEDO, R. P. ; PEREIRA, R. T. . OntoHealth: A System to Process Ontologies Applied to Health Pervasive Environment.. International Journal on Computer Science and Engineering, 2012.

Apresentações de Trabalho
1.
Pereira, Rafael; COSTA, H. ; CARNEIRO, S. ; Rocha, M. ; MENDES, R. . Reconstructing transcriptional Regulatory Networks using data integration and Text Mining. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
PEREIRA, R. T.; MENDES, R. . Integrating Biological Databases in the Context of Transcriptional Regulatory Networks. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
PEREIRA, R. T.; MENDES, R. . An approach for data integration related with transcriptional regulatory networks. 2013. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

4.
PEREIRA, R. T.; MENDES, R. . Current trends in bio-ontologies and data integration. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
PEREIRA, R. T.; Librelotto, G . Consultas Personalizadas nos Bancos de Dados do NCBI. 2009. (Apresentação de Trabalho/Outra).

6.
PEREIRA, R. T.; Librelotto, G ; Henriques, P. R. . Uma Metodologia para Consultas aos Bancos de Dados do NCBI. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

7.
PEREIRA, R. T.. Uma Arquitetura para Consulta ao NCBI. 2008. (Apresentação de Trabalho/Outra).

8.
PEREIRA, R. T.. Processamento de Linguagem Natural Aplicado aos Bancos Biológicos do NCBI. 2008. (Apresentação de Trabalho/Outra).

9.
PEREIRA, R. T.. Uma Arquitetura para Pesquisa nos Bancos Biológicos do NCBI. 2008. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

10.
LIMBERGER, R. F. ; PEREIRA, R. T. . Implementação de um Jogo de Xadrez em Rede Utilizando JAVA RMI. 2006. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

Outras produções bibliográficas
1.
MACHADO, A. ; Rafael Pereira ; MENDES, R. . A case of study for evaluating the results of Ontocancro. Paris: Winning Combinations for Precision Cancer Medicine, 2014 (Pôster).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
LIBRELOTTO, Giovani R.; Gassen, J.B; PEREIRA, R. T.. Participação em banca de Felipe Pedrozo Maia. Desenvolvimento de uma linguagem baseada em ontologias para geração de ações de futebol de robôs. 2017. Dissertação (Mestrado em Informática) - Universidade Federal de Santa Maria.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
AZEVEDO, R. P.; PEREIRA, R. T.; SILVA, B. M.. Participação em banca de Thales Nicolai Tavares.CTIWIFI - Ferramenta para monitoramento de redes sem fio. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Redes de Computadores) - Universidade Federal de Santa Maria.

2.
AZEVEDO, R. P.; PEREIRA, R. T.; DHEIN, Guilherme.. Participação em banca de Jonathan Ortiz Preuss.Desenvolvimento de uma ferramenta para integração e controle de acesso para firewall. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Redes de Computadores) - Universidade Federal de Santa Maria.

3.
AZEVEDO, R. P.; PEREIRA, R. T.; DHEIN, Guilherme.. Participação em banca de Henrique Behenck Mohr.Tecnologias para redes comunitárias de internet sem fio. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Redes de Computadores) - Universidade Federal de Santa Maria.




Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
IEEE International Conference on Bioinformatics & Biomedicine. Reconstructing transcriptional Regulatory Networks using data integration and Text Mining. 2015. (Congresso).

2.
3rd International Conference on Bioinformatics and Biomedical Science. Integrating Biological Databases in the Context of Transcriptional Regulatory Networks. 2014. (Congresso).

3.
10th International Symposium on Distributed Computing and Artificial Intelligence.Current Trends in Bio-Ontologies and Data Integration. 2013. (Simpósio).

4.
Bioinformatics Open Days.An approach for data integration related with transcriptional regulatory networks. 2013. (Seminário).

5.
Bioinformatics Open Days. 2012. (Simpósio).

6.
II Escola Brasileira de Bioinformática.Mineração de Dados e Processamento de Linguagem Natural Aplicado a Bioinformática. 2009. (Outra).

7.
23ª Jornada Acadêmica Integrada.Uma Arquitetura para Consulta ao NCBI. 2008. (Outra).

8.
IX Fórum Internacional Software Livre. 2008. (Congresso).

9.
XII Simpósio de Ensino, Pesquisa e Extensão e 4º Salão de Iniciação Científica.Uma Arquitetura para Pesquisa nos Bancos de Dados do NCBI. 2008. (Simpósio).

10.
XX Salão de Iniciação Científica. Processamento de Linguagem Natural Aplicada aos Bancos Biológicos do NCBI. 2008. (Congresso).

11.
V Simpósio de Informática da Região Centro do Rio Grande do Sul. 2006. (Seminário).

12.
X Simpósio de Ensino Pesquisa e Extensão.Implementação de um jogo de xadrez em rede utilizando JAVA RMI. 2006. (Seminário).

13.
V Jornada Institucional da Área de Ciências Naturais e Tecnológicas e III Simpósio de Informática da Região Centro. 2004. (Seminário).

14.
IV Fórum Internacional Software Livre. 2003. (Congresso).

15.
III Jornada Institucional da Área de Ciências Exatas e do I Simpósio de Informática da Região Centro do RS. 2002. (Seminário).




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