Rede de Colaboração
Diretório de grupos de pesquisa

David Corrêa Martins Junior

Possui Bacharelado (2001), Mestrado (2004) e Doutorado com menção honrosa pela CAPES (2008) em Ciência da Computação pelo Instituto de Matemática e Estatística - Universidade de São Paulo (IME-USP), tendo feito em 2007 um estágio de doutorado (sandwich) de 1 ano no Genomic Signal Processing Laboratory - Texas A&M University - EUA. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Metodologia e Técnicas da Computação, atuando principalmente em reconhecimento de padrões, visão computacional e bioinformática, incluindo identificação de redes de regulação gênica. Atualmente é professor adjunto do Centro de Matemática, Computação e Cognição da Universidade Federal do ABC.
(Texto informado pelo autor)

Última atualização do currículo em 02/02/2012
Endereço para acessar este CV:
http://lattes.cnpq.br/1228255861618623
Dados pessoais
NomeDavid Corrêa Martins Junior
Nome em citações bibliográficasMARTINS JR, David Corrêa;Martins, David C.;Martins, David C;Martins-Jr, David C.
SexoMasculino
Endereço profissionalUniversidade Federal do ABC.
Rua Santa Adélia, 166 - Bloco A, torre 2, sala 508
Bairro Bangu
09210-170 - Santo Andre, SP - Brasil
Telefone: (11) 49968304
URL da Homepage: http://ncsc.ufabc.edu.br/~dmartins

Formação acadêmica/Titulação
2004 - 2008Doutorado em Ciências da Computação .
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
com período sanduíche em The Texas A&M University(Orientador:Edward Russell Dougherty ).
Título: Seleção de características e predição intrinsecamente multivariada em identificação de redes de regulação gênica, Ano de Obtenção: 2008.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo ,FAPESP ,Brasil .
Palavras-chave: seleção de características; redes gênicas probabilísticas; predição intrinsecamente multivariada; redes de regulação gênica; entropia condicional; coeficiente de determinação.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Reconhecimento de Padrões.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Bioinformática.
2002 - 2004Mestrado em Ciências da Computação .
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Redução de dimensionalidade utilizando entropia condicional média aplicada a problemas de bioinformática e processamento de imagens, Ano de Obtenção: 2004.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo ,FAPESP ,Brasil .
Palavras-chave: Redução de dimensionalidade; seleção de características; entropia; informação mútua.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Reconhecimento de Padrões.
1998 - 2001Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação .
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Ambiente Gráfico para o Projeto CAGE.
Orientador: João Eduardo Ferreira.

Atuação profissional
Universidade Federal do ABC, UFABC, Brasil.
Vínculo institucional
2009 - Atual Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto, Regime: Dedicação exclusiva.
Atividades
04/2011 - AtualAtividades de Participação em Projeto, Centro de Matemática, Computação e Cognição, .
Projetos de pesquisa
Integração de dados na biologia sistêmica: caracterização de fenômenos biológicos a partir de informações estruturais e funcionais
01/2011 - AtualAtividades de Participação em Projeto, Centro de Matemática, Computação e Cognição, .
Projetos de pesquisa
Simulação de Sistemas Biológicos Utilizando GPUs
09/2011 - 12/2011Ensino, Bacharelado em Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação.
Disciplinas ministradas
Natureza da Informação
09/2011 - 12/2011Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação.
Disciplinas ministradas
Visão Computacional e Processamento de Imagens
05/2011 - 08/2011Ensino, Bacharelado em Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação.
Disciplinas ministradas
Comunicação e Redes
09/2010 - 12/2010Ensino, Bacharelado em Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação.
Disciplinas ministradas
Natureza da Informação
05/2010 - 08/2010Ensino, Bacharelado em Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação.
Disciplinas ministradas
Bases Computacionais da Ciência
05/2010 - 08/2010Extensão universitária , Centro de Matemática, Computação e Cognição, .
Atividade de extensão realizada
Tutoria no Projeto de Ensino-Aprendizagem Tutorial (PEAT).
09/2009 - 12/2009Ensino, Bacharelado em Ciência da Computação, Nível: Graduação.
Disciplinas ministradas
Projeto Interdisciplinar II
Projeto Interdisciplinar I
Paradigmas de Programação
Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Vínculo institucional
2012 - Atual Vínculo: Bolsista de Produtividade, Enquadramento Funcional: Bolsista de Produtividade
Outras informações Bolsa de Produtividade em Pesquisa Nível 2
Atividades
03/2012 - AtualPesquisa e desenvolvimento , Bolsa de Produtividade, .
Linhas de pesquisa
Bioinformática / Biologia Sistêmica
03/2012 - AtualConselhos, Comissões e Consultoria, Bolsa de Produtividade, .
Cargo ou função
Consultor Ad Hoc.
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Vínculo institucional
2009 - Atual Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Assessor Ad-hoc, Carga horária: 0
Atividades
10/2009 - AtualConselhos, Comissões e Consultoria, FAPESP, .
Cargo ou função
Assessor Ad-hoc.
Instituto de Matemática e Estatística -USP, IME-USP, Brasil.
Vínculo institucional
2009 - 2009 Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Treinamento Técnico V (Bolsista FAPESP), Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações Gerenciamento dos projetos de software livre ligados ao projeto temático FAPESP "Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações"
Atividades
04/2009 - 08/2009Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Matemática e Estatística -USP - SP - BRA, .
Projetos de pesquisa
Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático
2002 - 2008Atividades de Participação em Projeto, Instituto de Matemática e Estatística -USP - SP - BRA, .
Projetos de pesquisa
Redução de dimensionalidade em identificação de redes de regulação gênica e projeto de W-operadores
Aramax, ARAMAX, Brasil.
Vínculo institucional
2009 - 2009 Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisa e desenvolvimento
Atividades
01/2009 - 03/2009Atividades de Participação em Projeto, .
Projetos de pesquisa
Zip Code

Linhas de Pesquisa
1. Bioinformática / Biologia Sistêmica
Objetivos: Um dos objetivos dessa linha de pesquisa consiste no desenvolvimento de técnicas de análise e caracterização de fenômenos biológicos por meio da integração de dados biológicos em diferentes níveis. A princípio serão consideradas medidas vindas da teoria de redes complexas bem como da dinâmica do sistema para caracterizar as redes inferidas. Além disso, outro objetivo é o uso da tecnologia emergente de GPUs, de custo relativamente baixo e popularização crescente, para resolver problemas importantes em modelagem e simulação de sistemas biológicos, os quais demandam um alto poder computacional..
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Reconhecimento de Padrões.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Bioinformática.

Projetos de Pesquisa
2011 - 2013Simulação de Sistemas Biológicos Utilizando GPUs
Descrição: A área de biologia de sistemas é um campo de pesquisa interdisciplinar que foca no estudo sistêmico de interações complexas verificadas em organismos vivos. Um dos principais objetivos das pesquisas nessa área é descobrir propriedades novas que podem surgir da visão sistêmica para um melhor entendimento dos processos que ocorrem em sistemas biológicos. Em particular, este projeto foca em três aspectos importantes em biologia de sistemas: i) a investigação das interações entre neurônios em redes neuronais de grande escala; ii) o estudo e desenvolvimento de métodos de inferência de redes de regulação gênica e iii) o estudo e desenvolvimento de métodos de análise do comportamento dinâmico de redes de regulação gênica. O estudo de tais aspectos normalmente envolve um poder computacional significativo devido ao elevado número de elementos interagentes nesses sistemas. Para amenizar esse problema, uma possibilidade é o emprego de aglomerados de processadores gráficos (do inglês: Graphics processing unit - GPU). As GPUs geralmente são bastante eficientes em aplicações que envolvem exaustivas operações de ponto flutuante. A idéia central deste projeto é a obtenção e desenvolvimento de conhecimento e técnicas que permitam a exploração do poder computacional das GPUs para fins de desenvolvimento de soluções relativamente baratas e eficientes para problemas críticos colocados no contexto dos três aspectos mencionados acima. O escopo deste projeto está diretamente relacionado com dois dos cinco grandes desa fios identificados pela Sociedade Brasileira de Computação: Modelagem Computacional de Sistemas Complexos e Impactos para a Área de Computação da Transição do Silício para Novas Tecnologias.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: Luiz Carlos da Silva Rozante - Integrante / Raphael Yokoingawa de Camargo - Integrante / Siang Wun Song - Integrante / David Corrêa Martins Junior - Coordenador.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro..
2011 - 2013Integração de dados na biologia sistêmica: caracterização de fenômenos biológicos a partir de informações estruturais e funcionais
Descrição: Um problema importante na pesquisa em bioinformática é a inferência de redes de regulação gênica (GRNs) a partir de seus per fis de expressão. Em geral, as principais limitações encontradas estão relacionadas ao pequeno número de amostras disponíveis com alta dimensionalidade e ao ruído intrínseco das medidas de expressão. Em face a essas limitações, se torna evidente a necessidade do desenvolvimento de métodos alternativos para recuperar as redes gênicas de forma mais adequada e com mais precisão. Nesse contexto, este projeto de pesquisa aborda essa questão propondo a integraçãao de dados biológicos provenientes de diversas naturezas. Mais especi camente, é proposto neste projeto a formalização e desenvolvimento de metodologias para integração dessa variedade de dados biológicos disponíveis e a utilização desses dados integrados para a inferência de GRNs. A primeira etapa concentra-se na integração de informações de anotação gênica, proteoma, metaboloma, transcriptoma, estrutura e dinâmica das redes, dentre outras informações biológicas conhecidas. Em seguida, com base nas informações biológicas, desenvolver um modelo matemático para geração de um vetor de características que represente a sumarização desses dados. Outra fonte de informação a ser considerada é a estrurura topológica das redes biológicas conhecidas, as quais a princípio serão caracterizadas utilizando-se as medidas vindas da teoria de redes complexas. O escopo deste projeto está diretamente relacionado com um dos cinco grandes desa fios identificados pela Sociedade Brasileira de Computação: Modelagem Computacional de Sistemas Complexos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Jr - Integrante / Helena Brentani - Integrante / Ronaldo Fumio Hashimoto - Coordenador / Marie-Anne Van Sluys - Integrante / David Corrêa Martins Junior - Integrante.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro / Microsoft Research - Auxílio financeiro..
2009 - 2009Zip Code
Descrição: Desenvolvimento de um sistema de resolução de imagens do tipo CAPTCHA (Completely Automated Public Turing test to tell Computers and Humans Apart) com o objetivo de automatizar buscas cadastrais.
Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento.
Integrantes: David Corrêa Martins Junior - Coordenador.
Financiador(es): Aramax - Auxílio financeiro..
2009 - 2009Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático
Descrição: Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático FAPESP "Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações".
Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento.
Integrantes: Roberto Marcondes Cesar Jr - Coordenador / David Corrêa Martins Junior - Integrante.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa..
2002 - 2008Redução de dimensionalidade em identificação de redes de regulação gênica e projeto de W-operadores
Descrição: Estudo e desenvolvimento de técnicas de redução de dimensionalidade genéricas que possam tratar problemas de bioinformática com foco em identificação de redes de regulação gênica e problemas de análise e processamento de imagens com foco no projeto de operadores de janela (W-operadores) para realização de determinadas operações ou análises sobre imagens..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Integrantes: Junior Barrera - Integrante / Roberto Marcondes Cesar Jr - Integrante / David Corrêa Martins Junior - Coordenador.
Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 30.

Revisor de periódico
2010 - Atual Periódico: Pattern Recognition
2010 - Atual Periódico: BMC Bioinformatics
2011 - Atual Periódico: EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology (Print)
2011 - Atual Periódico: International Journal of Data Mining and Bioinformatics

Áreas de atuação
1. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Reconhecimento de Padrões.
2. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Bioinformática.
3. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Visão Computacional.
4. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Aprendizado Computacional.
5. Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Processamento de Imagens.

Idiomas
Inglês Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Bem.
Português Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.

Prêmios e títulos
2010Prêmio CAPES de Tese 2009 - Menção Honrosa, CAPES.
2004Best presentation award - Fifth International Conference for the Critical Assessment of Microarray Data Analysis (CAMDA 2004), Duke University, http://www.camda.duke.edu/camda04.


Produção em C,T & A
Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos
1.   RIS, Marcelo ; BARRERA, Junior ; MARTINS JR, David Corrêa . U-curve: A branch-and-bound optimization algorithm for U-shaped cost functions on Boolean lattices applied to the feature selection problem?. Pattern Recognition, v. 43, p. 557-568, 2010.
2. Lizier, Mario A.S. ; MARTINS JR, David Corrêa ; Cuadros-Vargas, Alex J. ; Cesar Jr., Roberto M. ; Nonato, Luis G. . Generating segmented meshes from textured color images. Journal of Visual Communication and Image Representation (Print), v. 20, p. 190-203, 2009.
3.   Martins, David C. ; Braga-Neto, Ulisses M. ; HASHIMOTO, Ronaldo F. ; Bittner, Michael L. ; Dougherty, Edward R. . Intrinsically Multivariate Predictive Genes. IEEE Journal of Selected Topics in Signal Processing, v. 2, p. 424-439, 2008.
4.   Lopes, Fabricio M. ; Martins, David C. ; Cesar, Roberto M. . Feature selection environment for genomic applications. BMC Bioinformatics, v. 9, p. 451, 2008.
5. BARRERA, Junior ; Cesar, Roberto M ; Humes, Carlos ; Martins, David C ; Patrão, Diogo FC ; Silva, Paulo JS ; Brentani, Helena . A feature selection approach for identification of signature genes from SAGE data. BMC Bioinformatics, v. 8, p. 169, 2007.
6.   Martins, David C. ; Cesar, Roberto M. ; BARRERA, Junior . W-operator window design by minimization of mean conditional entropy. Pattern Analysis and Applications (Print), v. 9, p. 139-153, 2006.
Capítulos de livros publicados
1.   BARRERA, Junior ; CESAR JR, Roberto Marcondes ; MARTINS JR, David Corrêa ; VÊNCIO, Ricardo Z. N. ; MERINO, E. F. ; YAMAMOTO, Marcelo M. ; LEONARDI, Florência G. ; PEREIRA, Carlos Alberto de Bragança ; PORTILLO, Hernando A. . Constructing probabilistic genetic networks of Plasmodium falciparum from dynamical expression signals of the intraerythrocytic development cycle. Methods of Microarray Data Analysis V. : Springer US, 2007, v. , p. 11-26.
Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1. F. F. Borelli ; R. Y. Camargo ; MARTINS JR, David Corrêa ; B. Stransky ; L. C. S. Rozante . Accelerating Gene Regulatory Networks Inference through GPU/CUDA Programming. In: 2nd IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and Medical Sciences (ICCABS), 2012, Las Vegas, NV. 2nd IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and Medical Sciences, 2012.
2. LOPES, Fabrício Martins ; MARTINS JR, David Corrêa ; BARRERA, Junior ; CESAR JR, Roberto Marcondes . SFFS-MR: A Floating Search Strategy for GRNs Inference. In: 5th IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics, 2010, Nijmegen - Holanda. Lecture Notes in Bioinformatics. Berlin / Heidelberg : Springer-Verlag, 2010. v. 6282. p. 407-418.
3. MARTINS JR, David Corrêa ; de Oliveira E. A. ; LOUZADA, V. H. ; HASHIMOTO, Ronaldo F. . Inference of restricted stochastic Boolean GRN's by Bayesian error and entropy based criteria. In: 15th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (CIARP), 2010, São Paulo. Lecture Notes in Computer Science. Berlin / Heidelberg : Springer-Verlag, 2010. v. 6419. p. 144-152.
4. MARTINS JR, David Corrêa ; de Oliveira E. A. ; SILVA, P. J. S. ; HASHIMOTO, Ronaldo F. ; CESAR JR, Roberto Marcondes . Revealing temporal genetic regulatory networks from steady-state distributions. In: IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS), 2009, Minneapolis - EUA. IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics, 2009. p. 1-4.
5. LOPES, Fabrício Martins ; MARTINS JR, David Corrêa ; CESAR JR, Roberto Marcondes . Comparative study of GRNs inference methods based on feature selection by mutual information. In: IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS), 2009, Minneapolis. IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS), 2009.
6. MARTINS JR, David Corrêa ; Braga-Neto, Ulisses M. ; Bittner, Michael L. ; Dougherty, Edward R. . Network properties of intrinsically multivariate predictive genes. In: GENSIPS - International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics, 2008, Phoenix-AZ. IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics, 2008.
7. MARTINS JR, David Corrêa ; CESAR JR, Roberto Marcondes ; BARRERA, Junior . Automatic Window Design for Gray-Scale Image Processing Based on Entropy Minimization. In: X Iberoamerican Congress on Pattern Recognition, 2005, Havana - Cuba. Lecture Notes in Computer Science, 2005. v. 3773. p. 813-824.
8. MARTINS JR, David Corrêa ; CESAR JR, Roberto Marcondes ; BARRERA, Junior . Redução de Dimensionalidade Utilizando Entropia Condicional Média: Aplicações em Filtragem de Imagens e em Reconhecimento de Texturas. In: XVIII Brazilian Conference on Computer Graphics and Image Processing (SIBGRAPI), 2005, Natal. Workshop de Teses e Dissertações em Computação Gráfica e Processamento de Imagens, 2005.
9. MARTINS JR, David Corrêa ; CESAR JR, Roberto Marcondes ; BARRERA, Junior . W-operator Window Design by Maximization of Training Data Information. In: XVII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing (SIBGRAPI) - QUALIS Internacional B, 2004, Curitiba. Proc. SIBGRAPI 2004, 2004. p. 162-169.
10. BARRERA, Junior ; CESAR JR, Roberto Marcondes ; MARTINS JR, David Corrêa ; MERINO, E. F. ; VÊNCIO, Ricardo Z. N. ; LEONARDI, Florência G. ; YAMAMOTO, Marcelo M. ; PEREIRA, Carlos Alberto de Bragança ; PORTILLO, Hernando A. . A New Annotation Tool for Malaria Based on Inference of Probabilistic Genetic Networks. In: Fifth International Conference for the Critical Assessment of Microarray Data Analysis (CAMDA, 2004, Durham-North Carolina,U.S.A.. CAMDA 2004, 2004.
11. BARRERA, Junior ; CESAR JR, Roberto Marcondes ; DANTAS, D. O. ; MARTINS JR, David Corrêa ; TREPODE, N. W. . From Microarray Images to Biological Knowledge. In: Second Brazilian Symposium on Mathematical and Computational Biology, 2002, Rio de Janeiro. Proceedings of the Second Brazilian Symposium on Mathematical and Computational Biology, 2002. p. 209-239.
Resumos publicados em anais de congressos
1. de Oliveira E. A. ; MARTINS JR, David Corrêa ; CESAR JR, Roberto Marcondes . Applying statistical tests based on entropy and Bayesian error for the gene network inference problem. In: MidSouth Computational Biology and Bioinformatics Society (MCBIOS), 2011, College Station-TX. MidSouth Computational Biology and Bioinformatics Society, 2011.
2. MARCHI, Fabio ; MARTINS JR, David Corrêa ; BRENTANI, H. ; BUSSO, Ariane ; KUASNE, Hellen ; CESAR JR, Roberto Marcondes ; ROGATTO, Silvia . An Integrated approach to study expression, CNV and epigenetic alterations in cancer. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C) and 3rd International Conference of the Iberoamerican Society for Bioinformatics (SolBio), 2011, Florianópolis, SC. 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C) and 3rd International Conference of the Iberoamerican Society for Bioinformatics (SolBio), 2011.
3. Leandro A. Lima ; MARTINS JR, David Corrêa ; LOPES, Fabrício Martins . An Iterative Approach to Generate Small-world Networks and its Application on System Biology. In: International Workshop on Complex Networks (CompleNet), 2010, Rio de Janeiro. CCIS (Communications in Computer and Information Science), 2010.
4. Leandro A. Lima ; MARTINS JR, David Corrêa ; LOPES, Fabrício Martins . Using small-world network topology to guide GRN inference processes. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting 2010), 2010, Ouro Preto - MG. 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010.
5. BARRERA, Junior ; CESAR JR, Roberto Marcondes ; MARTINS JR, David Corrêa ; VÊNCIO, Ricardo Z. N. ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; PEREIRA, Carlos Alberto de Bragança ; PORTILLO, Hernando A. . Probabilistic Genetic Networks Analysis of Three Plasmodium Falciparum Strains from Dynamical Expression Signals. In: 14th International Conference on Inteligent Systems for Molecular Biology (ISMB), 2006, Fortaleza - Brasil. 2nd AB3C Conference (X-meeting), 2006.
6. MARTINS JR, David Corrêa ; CESAR JR, Roberto Marcondes ; BARRERA, Junior ; LIZIER, Mario Augusto de Souza ; NONATO, Luiz Gustavo . W-operator Window Design for Color Texture Classification. In: XIX Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing (SIBGRAPI), 2006, Manaus-AM. Proceedings of XIX Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing, 2006.
7. BARRERA, Junior ; CESAR JR, Roberto Marcondes ; MARTINS JR, David Corrêa ; VÊNCIO, Ricardo Z. N. ; PEREIRA, Carlos Alberto de Bragança ; PORTILLO, Hernando A. . Estimation of Probabilistic Genetic Networks of Plasmodium falciparum from Dynamical Expression Signals. In: First International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2005, Caxambu-MG. X-meeting - First International Conference of the AB3C, 2005. p. 58.
8. MARTINS JR, David Corrêa ; CESAR JR, Roberto Marcondes ; BARRERA, Junior ; GOLDMAN, G. . Genetic Network Architecture Identification by Conditional Entropy Analysis. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICoBiCoBi), 2003, Ribeirão Preto - SP. ICoBiCoBi, 2003.
9. MARTINS JR, David Corrêa ; BARRERA, Junior ; CESAR JR, Roberto Marcondes ; SILVA, P. J. S. ; BRENTANI, H. ; OSORIO, E. ; SOUZA, S. J. . Dimensionality Reduction for SAGE-based Gene Identification. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICoBiCoBi), 2003, Ribeirão Preto - SP. ICoBiCoBi, 2003.
Apresentações de Trabalho
1. MARTINS JR, David Corrêa . Inferência de Redes de Regulação Gênica por Métodos de Seleção de Características. 2011. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).
2. MARTINS JR, David Corrêa . Inference of Gene Regulatory Networks by Feature Selection. 2011. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).
3. MARTINS JR, David Corrêa . Integração de conhecimento biológico em métodos computacionais para inferência de redes regulatórias de expressão gênica (GRN). 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
4. MARTINS JR, David Corrêa . SFFS-MR: A Floating Search Strategy for GRNs Inference. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).
5. MARTINS JR, David Corrêa . Gene Regulatory Networks Inference. 2010. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).
6. MARTINS JR, David Corrêa . Genes de Predição Intrinsecamente Multivariada. 2009. (Apresentação de Trabalho/Seminário).
7. MARTINS JR, David Corrêa . Intrisically Multivariate Predictive Genes. 2009. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
8. MARTINS JR, David Corrêa . Network properties of intrinsically multivariate predictive genes. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
9. MARTINS JR, David Corrêa . W-operator Window Design for Color Texture Classification. 2006. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
10. MARTINS JR, David Corrêa . Probabilistic Genetic Networks analysis of three Plasmodium falciparum strains from Dynamical Expression Signals. 2006. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
11. MARTINS JR, David Corrêa . Projeto de W-operadores para Classificação de Imagens Coloridas. 2006. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
12. MARTINS JR, David Corrêa . Redução de Dimensionalidade Utilizando Entropia Condicional Média: Aplicações em Filtragem de Imagens e em Reconhecimento de Texturas. 2005. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
13. MARTINS JR, David Corrêa . Estimation of Probabilistic Genetic Networks of Plasmodium falciparum from Dynamical Expression Signals. 2005. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
14. MARTINS JR, David Corrêa . Redução de dimensionalidade utilizando entropia condicional média aplicada a problemas debioinformática e de processamento de imagens. 2005. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
15. MARTINS JR, David Corrêa . W-operator window design by maximization of training data information. 2004. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
16. MARTINS JR, David Corrêa . Genetic network architecture identification by conditional entropy analysis. 2003. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
17. MARTINS JR, David Corrêa . Dimensionality Reduction for SAGE-based gene identification. 2003. (Apresentação de Trabalho/Congresso).
18. BARRERA, Junior ; CESAR JR, Roberto Marcondes ; DANTAS, D. O. ; MARTINS JR, David Corrêa ; TREPODE, N. W. . From Microarray Images to Biological Knowledge. 2002. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).
Produção técnica
Softwares sem registro de patente
1. LOPES, Fabrício Martins ; MARTINS JR, David Corrêa ; CESAR JR, Roberto Marcondes . Interactive Graphic Environment for Dimensionality Reduction. 2006.
Trabalhos técnicos
1. MARTINS JR, David Corrêa . VIII Encontro Nacional de Inteligência Artifi cial (ENIA) do XXXI Congresso da Sociedade Brasileira de Computação (CSBC). 2011.
2. MARTINS JR, David Corrêa . Brazilian Symposium on Bioinformatics. 2011.
3. MARTINS JR, David Corrêa . 15th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (CIARP). 2010.
4. MARTINS JR, David Corrêa . AB3C X-Meeting. 2010.
5. CESAR JR, Roberto Marcondes ; MARTINS JR, David Corrêa . SIBGRAPI - XXII Brazilian Symposium on Computar Graphics and Image Processing. 2009.
6. CESAR JR, Roberto Marcondes ; MARTINS JR, David Corrêa . ICIP - IEEE International Conference on Image Processing. 2009.
7. MARTINS JR, David Corrêa . CNMAC - 32º Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional. 2009.
8. CESAR JR, Roberto Marcondes ; MARTINS JR, David Corrêa . AB3C X-meeting. 2008.
9. CESAR JR, Roberto Marcondes ; MARTINS JR, David Corrêa . SIBGRAPI - XIX Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing. 2006.
10. CESAR JR, Roberto Marcondes ; MARTINS JR, David Corrêa . British Machine Vision Computing. 2006.
11. CESAR JR, Roberto Marcondes ; MARTINS JR, David Corrêa . SIBGRAPI - XVIII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing. 2005.
Demais tipos de produção técnica
1. MARTINS JR, David Corrêa ; CESAR JR, Roberto Marcondes . Entrevista concedida à agência FAPESP (http://agencia.fapesp.br/13131). 2010. (Entrevista).

Bancas
Participação em bancas examinadoras
Teses de doutorado
1. CESAR JR, Roberto Marcondes; MARTINS JR, David Corrêa; REIS, Eduardo Morais Rego; BRENTANI, H.; BARRERA, Junior. Participação em banca de Fabrício Martins Lopes. Redes complexas de expressão gênica: síntese, identificação, análise e aplicações. 2011. Tese (Doutorado em Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística -USP.
Qualificações de doutorado
1. HASHIMOTO, Ronaldo F.; MARTINS JR, David Corrêa; VÊNCIO, Ricardo Z. N.. Participação em banca de Carlos Henrique Aguena Higa. Inferência de Redes de Regulação Gênica utilizando o paradigma de crescimento de semente. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística -USP.
2. HASHIMOTO, Ronaldo F.; BRENTANI, H.; MARTINS JR, David Corrêa. Participação em banca de Fabrício Martins Lopes. Redes complexas de expressão gênica: síntese, identificação, análise e aplicações. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística -USP.
Trabalhos de Conclusão de Curso de graduação
1. ITALIANO, Isabel C.; MARTINS JR, David Corrêa; ARAUJO, Luciano V.. Participação em banca de Caue Rodergas Alvarez. Utilização de Indicadores para o Gerenciamento de um Ambiente de Data Warehouse. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado em Matemática Aplicada e Computacional) - Instituto de Matemática e Estatística -USP.
2. VÊNCIO, Ricardo Z. N.; BRENTANI, H.; MARTINS JR, David Corrêa. Participação em banca de Fábio Filocomo. Seleção de atributos para detecção de status tumoral em pacientes do Hospital A.C. Camargo. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP.

Eventos
Participação em eventos
1. MidSouth Computational Biology and Bioinformatics Society Conference (MCBIOS). 2011. (Congresso).
2. Bioinformática e as Perspectivas para a Próxima Década.Integração de conhecimento biológico em métodos computacionais para inferência de redes regulatórias de expressão gênica (GRN). 2011. (Seminário).
3. Microsoft Research-FAPESP Institute Workshop: Revisiting the Past and Planning the Future. 2011. (Oficina).
4. Microsoft Research Faculty Summit - Latin American Faculty Summit. 2011. (Oficina).
5. Bioinformatics to understand studies in genomics course. 2011. (Outra).
6. 5th IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics.SFFS-MR: A Floating Search Strategy for GRNs Inference. 2010. (Congresso).
7. 15th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (CIARP). 2010. (Congresso).
8. II Seminários Avançados em Tecnologia de Microarrays e Next Generation Sequencing - Hospital Israelita Albert Einstein. 2010. (Seminário).
9. Workshop in Bioinformatics and Algorithms. 2010. (Oficina).
10. BIOEN FAPESP Workshop on Synthetic Biology. 2010. (Oficina).
11. Latin American Faculty Summit 2010 - Microsoft Research. 2010. (Encontro).
12. Intercâmbio Indo-Brasileiro com o Indian Statistical Institute.Gene Regulatory Networks Inference. 2010. (Encontro).
13. Workshop STIC AmSud.Intrinsically Multivariate Predictive Genes. 2009. (Oficina).
14. Workshop STIC-AmSud.Gene regulatory networks inference. 2009. (Oficina).
15. II Mostra de Projetos Computacionais da UFABC.II Mostra de Projetos Computacionais da UFABC. 2009. (Oficina).
16. IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics - GENSIPS.Network properties of intrinsically multivariate predictive genes. 2008. (Congresso).
17. XIX Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing (SIBGRAPI).W-operator Window Design for Color Texture Classification. 2006. (Congresso).
18. 14th International Conference on Inteligent Systems for Molecular Biology (ISMB).Probabilistic Genetic Networks Analysis of Three Plasmodium Falciparum Strains from Dynamical Expression Signals. 2006. (Congresso).
19. Aplicação Interdisciplinar das Entropias da Informação. 2006. (Seminário).
20. II Simpósio de Iniciação Científica e Pós-Graduação do IME-USP.Projeto de W-operadores para Classificação de Imagens Coloridas. 2006. (Simpósio).
21. XVIII Brazilian Conference on Computer Graphics and Image Processing (SIBGRAPI).Redução de Dimensionalidade Utilizando Entropia Condicional Média: Aplicações em Filtragem de Imagens e em Reconhecimento de Texturas. 2005. (Congresso).
22. First International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology.{Estimation of Probabilistic Genetic Networks of Plasmodium falciparum from Dynamical Expression Signals. 2005. (Congresso).
23. I Simpósio de Iniciação Científica e Pós-Graduação do IME-USP.Redução de Dimensionalidade Utilizando Entropia Condicional Média Aplicada a Problemas de Bioinformática e Processamento de Imagens. 2005. (Simpósio).
24. XVII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing (SIBGRAPI).W-operator window design by maximization of training data information. 2004. (Congresso).
25. International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICoBiCoBi).Dimensionality Reduction for SAGE-based gene identification. 2003. (Congresso).
26. International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICoBiCoBi).Genetic Network Architecture Identification by Conditional Entropy Analysis. 2003. (Congresso).
27. Second Brazilian Symposium on Mathematical and Computational Biology.From Microarray Images to Biological Knowledge. 2002. (Simpósio).
Organização de eventos
1. MARTINS JR, David Corrêa . 15th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (CIARP). 2010. (Congresso).
2. MARTINS JR, David Corrêa . ICoBiCoBi - International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2003. (Congresso).

Orientações
Orientações em andamento
Dissertação de mestrado
1. Cleonice Conceição Caro de Souza. Computação bioinspirada em análise de expressões genicas. Início: 2011. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC. (Orientador).

Outras informações relevantes 
Auxílos obtidos de projetos de pesquisa

Jan/2011-Dez/2013: Simulação de Sistemas Biológicos Utilizando GPUs
CNPq - proc 559955/2010-3 (Montante recebido: R$ 96.096,30)


Auxílios para participação de reunião científica ou tecnológica recebidos:

Set/2010: Participação no 5th IAPR Pattern Recognition in Bioinformatics (PRIB 2010)
FAPESP - proc. 2010/10885-1 (Montante recebido: R$ 2832,00 + US$ 1826,72)


Bolsas de estudo recebidas:
Set/2002-Ago/2004: Bolsa de mestrado (FAPESP - proc. 02/04611-0)
Out/2004-Nov/2004: Bolsa de doutorado (CAPES)
Dez/2004-Dez/2006: Bolsa de doutorado (FAPESP - proc. 04/03967-0)
Jan/2007-Dez/2007: Bolsa de doutorado sanduíche no exterior (CAPES - proc. BEX/3696-065)
Jan/2008-Set/2008: Bolsa de doutorado (FAPESP - proc. 04/03967-0)
Abr/2009-Ago/2009: Bolsa de treinamento técnico V (FAPESP - proc. 08/10882-2).
Página gerada pelo Sistema Currículo Lattes em 11/02/2012 às 4:01:15