Vinicius Augusto Carvalho de Abreu

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  • Última atualização do currículo em 01/07/2018


Possui graduação em Ciência da Computação pelo Centro Universitário do Estado do Pará (2008) e doutorado em Bioinformática pela Universidade Federal de Minas Gerais (2014), com doutorado sanduiche no Max Planck Institute Informatics na Alemanha. Tem experiência na área de Bioinformática, atuando principalmente nos seguintes temas: genômica, predição de redes de regulação gênica, workflow e desenvolvimento ferramentas voltadas a problemas biológicos. Atualmente faz Pós-doutorado no Programa de Pós Graduação em Ciência pelo Centro de Energia Nuclear na Agricultura - CENA/USP, trabalhando na identificação e caracterização de micro-organismo utilizando dados ômicos. Enquadrado na bolsa PNPD/CAPES, disponibiliza a nível de pós-graduação a disciplina Genômica e Bioinformática no Programa de Pós-Graduação em Ciências - conceito 7. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Vinicius Augusto Carvalho de Abreu
Nome em citações bibliográficas
ABREU, V. A. C.;Abreu, Vinícius;Abreu, Vinicius A. C.;de Abreu, V. A. C.;Abreu,;Abreu, Vinícius A. C.;ABREU, VINÍCIUS A.C.;Abreu, V.;Augusto Carvalho de Abreu, Vinicius;ABREU, VINICIUS;DE ABREU, VINÍCIUS AUGUSTO CARVALHO;ABREU, VINICIUS AUGUSTO CARVALHO

Endereço


Endereço Profissional
Centro de Energia Nuclear na Agricultura, Divisão de Produtividade Agroindustrial e Alimentos - DVPROD.
AC Piracicaba
Centro
13400970 - Piracicaba, SP - Brasil
Telefone: (19) 34294657


Formação acadêmica/titulação


2010 - 2014
Doutorado em Bioinformática.
Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
com período sanduíche em Max-Planck-Institut für Informatik (Orientador: Jan Baumbach).
Título: CMRegNet ? uma plataforma de análise interativa para estudar redes regulatórias transcricionais dos gêneros Corynebacterium e Mycobacterium, Ano de obtenção: 2014.
Orientador: Vasco Ariston de Carvalho Azevedo.
Coorientador: Sintia Silva de Almeida.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Pangenômica; Analise comparativa; pipeline.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
Setores de atividade: Educação; Pesquisa e desenvolvimento científico; Outras atividades profissionais, científicas e técnicas.
2003 - 2008
Graduação em Ciência da Computação.
Centro Universitário do Estado do Pará, CESUPA, Brasil.
Título: TV Digital: um estudo comparativo dos padrões de Middleware..
Orientador: Alessandra Natasha Alcantara Barreiros.


Pós-doutorado


2015
Pós-Doutorado.
Centro de Energia Nuclear na Agricultura, CENA/USP, Brasil.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.
2014 - 2015
Pós-Doutorado.
Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.


Formação Complementar


2016 - 2016
Metagenômica: conceitos e aplicações. (Carga horária: 70h).
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
2016 - 2016
1st International Workshop on Cyanobacteria Natural Products. (Carga horária: 140h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2015 - 2015
CBAB - FERR. de BIOINFO. APLIC. ÀS ANA. DE RNA-SEQ. (Carga horária: 32h).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
2014 - 2014
Workshop de Capacitacao para Biocuradoria de Termos GO. (Carga horária: 15h).
Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
2014 - 2014
PHP Advanced 2 (Saidas Avançadas). (Carga horária: 20h).
PHPrime, PHPRIME, Brasil.
2014 - 2014
PHP Advanced WebServices + Ajax. (Carga horária: 20h).
PHPrime, PHPRIME, Brasil.
2013 - 2013
Introduction to Systems Biology Modeling. (Carga horária: 30h).
Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
2013 - 2013
Latin American eScience workshop "Turning Data into Insight". (Carga horária: 45h).
Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
2011 - 2011
Course Completion. (Carga horária: 192h).
Western Town College, WTC, Canadá.
2011 - 2011
Workshop de Montagem e anotação de Genomas Bacteri. (Carga horária: 104h).
Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
2010 - 2010
CBAB: Plataforma de Sequenciamento de Nova Geração. (Carga horária: 90h).
Universidade Federal do Pará, UFPA, Brasil.
2010 - 2010
Curso de Estatística Aplicada Utilizando o R. (Carga horária: 48h).
Fundação Ezequiel Dias, FUNED, Brasil.
2010 - 2010
2º Curso de Nivelamento em Bioinformática. (Carga horária: 70h).
FIOCRUZ MINAS - Centro de Pesquisas René Rachou, CPQRR, Brasil.
2005 - 2005
JAI7:Design Avaliação de Tecnol. Web-acessível /WIE: O uso de softw. livre. (Carga horária: 30h).
Universidade do Vale do Rio dos Sinos, UNISINOS, Brasil.
2004 - 2004
Delphi Básico. (Carga horária: 10h).
Universidade Federal do Pará, UFPA, Brasil.
2002 - 2002
Manutenção e Montagem de Micro Computadores. (Carga horária: 48h).
SENAI - Departamento Regional do Pará, SENAI/DR/PA, Brasil.
1996 - 1996
Windows, Word, Excel. (Carga horária: 40h).
Mr. Chip Cursos de Computação, MC, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade Federal de Minas Gerais, UFMG, Brasil.
Vínculo institucional

2014 - 2015
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pós doutorado, Carga horária: 40

Vínculo institucional

2010 - 2014
Vínculo: Discente, Enquadramento Funcional: Doutorando, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2008 - 2010
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Bolsista DTI do Projeto, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Desenvolvimento no projeto SIGLA; Desenvolvimento no projeto PRODIS; Demais atividades de pesquisas relacionada a bioinformática.

Atividades

09/2012 - 09/2012
Ensino, Bioinformática, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Palestra: Inter-species gene regulatory network transfer through evolutionary conservation between multiple species

Max-Planck-Institut für Informatik, MPI-INF, Alemanha.
Vínculo institucional

2011 - 2012
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Doutorado sanduíche - PDSE/CAPES, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.


Fundação Ezequiel Dias, FUNED, Brasil.
Vínculo institucional

2010 - 2010
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Bolsista DTI Nível 4, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Desenvolvimento de sistema para o núcleo de Bioinformática da FUNED.


Processamento de Dados do Estado do Pará, PRODEPA, Brasil.
Vínculo institucional

2005 - 2005
Vínculo: Estágio, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 20
Outras informações
Manutenção e Administração do Sistema Lótus Notes. Inclusão, Edição e Exclusão de Usuários, Servidores e Serviços.


SOL Informática, SOL, Brasil.
Vínculo institucional

2007 - 2008
Vínculo: Funcionário, Enquadramento Funcional: Técnico, Carga horária: 44
Outras informações
Suporte técnico a micros, servidores, usuários e ao site da empresa.


TIM Celular S/A, TIM, Brasil.
Vínculo institucional

2005 - 2006
Vínculo: Estágio, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 36
Outras informações
Desenvolvimento de Macros em VB para ferramentas de apoio a vendas e contas de parceiros da TIM. Operação da base de dados para estudos comparativo do mercado consumidor e concorrência.


Centro de Energia Nuclear na Agricultura, CENA/USP, Brasil.
Vínculo institucional

2015 - Atual
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pós doutorado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

11/2015 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Comissão de Pesquisa, .

09/2015 - Atual
Ensino, Ciências (Energia Nuclear na Agricultura), Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
CEN-5789 - Genômica e Bioinformática
06/2016 - 06/2016
Treinamentos ministrados , Divisão de Produtividade Agroindustrial e Alimentos - DVPROD, .

Treinamentos ministrados
1st International Workshop on Cyanobacterial Natural Products
Hands on computer: Cyanobacteria genome assembling
06/2016 - 06/2016
Outras atividades técnico-científicas , Divisão de Produtividade Agroindustrial e Alimentos - DVPROD, Divisão de Produtividade Agroindustrial e Alimentos - DVPROD.

Atividade realizada
Poster Evaluator in the 1st InternationalWorkshoponCyanobacterialNaturalProducts.


Linhas de pesquisa


1.
Genômica e Bioinformática de Cyanobacterias


Projetos de pesquisa


2015 - Atual
Genômica Comparativa E Pangenômica De Diferentes Espécies Do Gênero Corynebacterium
Descrição: Tecnologias de sequenciamento de nova geração têm o potencial para decifrar a diversidade genômica a um custo moderado e elevada confiabilidade e tem sido aplicados com sucesso no sequenciamento de genomas do gênero Corynebacterium. No gênero, destacam-se os microrganismos C. diphtheriae e C. jeikeium, os agentes causadores da difteria e de infecções nosocomiais, respectivamente; e também C. glutamicum, altamente utilizada na produção de aminoácidos, como L-aspartato e L-lisina; e C. pseudotuberculosis, patógeno de interesse veterinário. Assim, o presente trabalho reúne esforços para caracterizar o genoma de diferentes espécies de Corynebacterium. Essa abordagem pode auxiliar na realização de inferências quanto à epidemiologia e estilo de vida do gênero, bem como entender a interação patógeno-hospedeiro. Além disso, a pangenômica permitirá a caracterização da arquitetura genômica e estabelecimento do genoma central do gênero..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) .
Integrantes: Vinicius Augusto Carvalho de Abreu - Integrante / Sintia Silva de Almeida - Coordenador / Hassan, S. S. - Integrante / Vasco Ariston de Carvalho Azevedo - Integrante / Sandeep Tiwari - Integrante / LEANDRO DE JESUS BENEVIDES - Integrante / Thiago J Sousa - Integrante.
2014 - Atual
Desenvolvimento de abordagens de bioinformática para caracterizar genomas de Cianobactéria de biomas brasileiros / Biodiversity of cyanobacteria and their bioactive compounds from under-explored Brazilian habitats
Descrição: Cyanobacteria produce potent toxins but are also prolific source of bioactive compounds (e.g. drugs) and enzymes. In this joint project Finnish and Brazilian teams will investigate the biodiversity of cyanobacteria in diverse habitats of Brazil. Strains will be isolated and screened for bioactive compounds and corresponding genes and biosynthetic enzymes new to science. The structures of the most promising compounds will be solved and their production yields improved by gene technology..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (4) .
Integrantes: Vinicius Augusto Carvalho de Abreu - Integrante / Janaina Rigonato - Integrante / FIORE, MARLI FATIMA - Coordenador / Augusto Etchegaray - Integrante / David P. Fewer - Integrante / Jouni Jokela - Integrante / Kaarina Sivonen - Integrante / Ernani Pinto - Integrante / Alessandro de Mello Varan - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2013 - 2014
Caracterização das vias de utilização de fontes de carbono e nitrogênio de 15 linhagens de Corynebacterium pseudotuberculosis

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Sintia Silva de Almeida em 16/04/2014.
Descrição: Tecnologias de sequenciamento de nova geração têm o potencial para decifrar a diversidade genômica a um custo moderado. Corynebacterium pseudotuberculosis, é parasita intracelular facultativo, responsável por causar enfermidades infecto-contagiosas de caráter crônico. A doença se apresenta de diferentes formas, de acordo com o hospedeiro acometido. Linhagens de C. pseudotuberculosis mostram alta adaptabilidade para diversos nichos ecológicos e são capazes de crescer em algumas fontes carbono, bem como existem linhagens capazes de realizar a redução de nitrato. O objetivo deste trabalho será descobrir as bases genéticas e as características específicas de cada linhagem relacionadas a habilidade da bactéria utilizar fontes específicas de carbono e nitrogênio. Serão analisados 15 genomas completos de C. pseudotuberculosis, para identificação das vias de degradação de carboidratos e redução de nitrato. Genes constituintes destas vias serão identificados em bancos de dados como KEGG, serão construídos clusters de proteínas ortólogas para comparação entre todos os genomas. Validação experimental será realizada por fenotipagem, e validação da função das vias de redução de nitrato existentes será realizada por interrupção gênica e confirmada por PCR. Com este trabalho inédito para a espécie nós pretendemos utilizar genômica comparativa e validação experimental para tentar entender e caracterizar vias metabólicas ainda não conhecidas em C. pseudotuberculosis...
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Vinicius Augusto Carvalho de Abreu - Integrante / Vasco Ariston de Carvalho Azevedo - Integrante / Sintia Silva de Almeida - Coordenador / CARLOS DINIZ - Integrante.
2013 - Atual
Biologia Computacional-REDE DE COOPERAÇÃO ACADÊMICA PARA O ESTUDO E DESENVOLVIMENTO DE FERRAMENTAS PARA A GENÔMICA ESTRUTURAL E FUNCIONAL

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Vasco Ariston de Carvalho Azevedo em 20/01/2017.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (4) Doutorado: (4) .
Integrantes: Vinicius Augusto Carvalho de Abreu - Integrante / Vasco Ariston de Carvalho Azevedo - Coordenador / Jose Miguel Ortega - Integrante / Adriana Ribeiro Carneiro - Integrante / Sintia Silva de Almeida - Integrante / Siomar Castro Soares - Integrante / Sandeep Tiwari - Integrante / Artur Luiz Da Costa da Silva - Integrante / Rafael Baraúna - Integrante / Liza Figueiredo Felicori Vilela - Integrante / Leticia de Oliveria Castro - Integrante / Lucas Breicher - Integrante / Romel Thiago Juca Ramos - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
2007 - 2010
PRODIS: Um Sistema de Integração de Dados de Proteômica
Descrição: Integração dos resultados de análises genômica, transcriptômica e proteômica para permitir a identificação e caracterização de proteínas do parasita Schistosoma mansoni e a criação de um banco de dados para armazenar dados de proteômica e transcriptômica de S. mansoni bem como de outros organismos..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado profissional: (1) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Vinicius Augusto Carvalho de Abreu - Integrante / Sérgio Vale Aguiar Campos - Coordenador / Alexandre Melo - Integrante / Herbert Rausch Fernandes - Integrante / Alessandra Conceicao Faria Aguiar Campos - Integrante / Celina do Val - Integrante.Financiador(es): Fundação de Desenvolvimento da Pesquisa - Bolsa.
2006 - 2010
Sequenciamento do genoma de Corynebacterium pseudotuberculosis

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Vasco Ariston de Carvalho Azevedo em 15/02/2013.
Descrição: Corynebacterium pseudotuberculosis biovar ovis 1002 - The genus Corynebacterium belongs to a suprageneric group of actinomycetes, which also includes the genera Mycobacterium, Nocardia and Rhodococcus. These gram-positive bacteria (termed the CMN group) constitute a very heterogeneous group; however the various species share particular characteristics, such as: (i) mycolic acid-containing cell walls; and (ii) high G+C content (50-72%). The genomes of several species of this group have already been completely sequenced; this fact reflects the considerable medical, veterinary and biotechnological importance of these organisms. C. pseudotuberculosis, an important animal pathogen, is the etiological agent of a disease that is commonly called caseous lymphadenitis (CLA) or cheesy gland. This disease is found in all the world s major sheep and goat production areas, causing significant economic losses worldwide, mainly due to the reduction of wool, meat and milk yields, decreased reproductive efficiencies of affected animals and condemnation of carcasses and skins in abattoirs. In some cases, the infection produces few obvious clinical signs in the animal, remaining unrecognized until a post-mortem examination has been carried out and, making it difficult to obtain definitive data about prevalence of the disease. Noteworthy, despite its importance for animal health, this bacterium is poorly characterized. Only three virulence factors have been identified in C. pseudotuberculosis: (i) cell wall toxic lipids, related to abscess formation; (ii) phospholipase D, a sphingomyelin-degrading exotoxin; and (iii) 40-kDa serine protease, an immunogenic protein. Furthermore, few genes involved on the mechanisms employed by C.pseudotuberculosis during infection are currently known. Once its complete genome sequence becomes available, it will be possible to better understand the molecular and genetic basis of virulence of this bacterium. RECURSOS: R$1.900.000,00..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.


Projetos de desenvolvimento


2008 - 2014
SIGLA-Prot: Um Sistema Integrado de Gerência de Laboratórios
Descrição: O SIGLA é um projeto que visa a construção de um sistema integrado de gerência de laboratórios, baseado nos conceitos de Workflow e Laboratory Information Management System (LIMS). Visando a qualidade dos dados e da informação..
Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Vinicius Augusto Carvalho de Abreu - Integrante / Sérgio Vale Aguiar Campos - Coordenador / Alexandre Melo - Integrante / Alessandra Conceicao Faria Aguiar Campos - Integrante.Financiador(es): Fundação de Desenvolvimento da Pesquisa - Bolsa.


Revisor de periódico


2017 - Atual
Periódico: Frontiers in Genetics
2017 - Atual
Periódico: Frontiers in Microbiology


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática/Especialidade: Bioinformática.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Banco de Dados.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Rede de regulação.
4.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica.
5.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Metagenômica.


Idiomas


Espanhol
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Prêmios e títulos


2016
International Workshopon Cyanobacterial NaturalProducts, Center for Nuclear Energy in Agriculture.
2011
Who Has Successfully Completed - Public Speaking Skills, Western Town College.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:24
Total de citações:80
Fator H:5
Abreu, Vinicius AC  Data: 23/11/2015

Outras
Total de trabalhos:34
Total de citações:406
Abreu, VC and Abreu VAC  Data: 02/05/2017

Artigos completos publicados em periódicos

1.
Abreu, Vinicius A. C.2018Abreu, Vinicius A. C.; POPIN, RAFAEL V. ; ALVARENGA, DANILLO O. ; SCHAKER, PATRICIA D. C. ; HOFF-RISSETI, CAROLINE ; VARANI, ALESSANDRO M. ; FIORE, MARLI F. . Genomic and Genotypic Characterization of Cylindrospermopsis raciborskii: Toward an Intraspecific Phylogenetic Evaluation by Comparative Genomics. Frontiers in Microbiology, v. 9, p. 1-12, 2018.

2.
ALMEIDA, SINTIA2017ALMEIDA, SINTIA ; SOUSA, CASSIANA ; ABREU, V. A. C. ; DINIZ, CARLOS ; DORNELES, ELAINE M. S. ; Lage, Andrey P. ; Barh, Debmalya ; AZEVEDO, V. . Exploration of Nitrate Reductase Metabolic Pathway in Corynebacterium pseudotuberculosis. International Journal of Genomics, v. 2017, p. 1-12, 2017.

3.
ALMEIDA, SINTIA2017ALMEIDA, SINTIA ; DORNELES, ELAINE M. S. ; DINIZ, CARLOS ; Abreu, Vinícius ; SOUSA, CASSIANA ; ALVES, JORIANNE ; Carneiro, Adriana ; BAGANO, PRISCILLA ; SPIER, SHARON ; BARH, DEBMALYA ; LAGE, ANDREY P. ; FIGUEIREDO, HENRIQUE ; Azevedo, Vasco . Quadruplex PCR assay for identification of Corynebacterium pseudotuberculosis differentiating biovar Ovis and Equi. BMC Veterinary Research, v. 13, p. '-8, 2017.

4.
POPIN, RAFAEL VICENTINI2016POPIN, RAFAEL VICENTINI ; RIGONATO, JANAINA ; ABREU, VINICIUS AUGUSTO CARVALHO ; ANDREOTE, ANA PAULA DINI ; SILVEIRA, SAVÊNIA BONOTO ; ODEBRECHT, CLARISSE ; FIORE, MARLI FATIMA . Draft Genome Assembly of the Bloom-Forming Cyanobacterium Strain CENA596 in Shrimp Production Ponds. Genome Announcements, v. 4, p. e00466-16, 2016.

5.
Abreu, Vinicius A. C.2015 Abreu, Vinicius A. C.; ALMEIDA, SINTIA ; TIWARI, SANDEEP ; HASSAN, SYED SHAH ; MARIANO, DIEGO ; Silva, Artur ; Baumbach, Jan ; Azevedo, Vasco ; RÖTTGER, RICHARD . CMRegNet-An interspecies reference database for corynebacterial and mycobacterial regulatory networks. BMC Genomics, v. 16, p. 452, 2015.

6.
Pacheco, Luis G. C.2015Pacheco, Luis G. C. ; Mattos-Guaraldi, Ana L. ; SANTOS, CAROLINA S. ; VERAS, ADONNEY A. O. ; GUIMARÃES, LUIS C. ; Abreu, Vinícius ; PEREIRA, FELIPE L. ; Soares, Siomar C. ; Dorella, Fernanda A. ; CARVALHO, ALEX F. ; LEAL, CARLOS G. ; FIGUEIREDO, HENRIQUE C. P. ; RAMOS, JULIANA N. ; VIEIRA, VERONICA V. ; FARFOUR, ERIC ; GUISO, NICOLE ; Hirata, Raphael ; Azevedo, Vasco ; Silva, Artur ; Ramos, Rommel T. J. . Draft Genome Sequences of Two Species of -Difficult-to-Identify- Human-Pathogenic Corynebacteria: Implications for Better Identification Tests. Journal of Genomics, v. 3, p. 82-84, 2015.

7.
TIWARI, SANDEEP2014TIWARI, SANDEEP ; DA COSTA, MARCÍLIA PINHEIRO ; ALMEIDA, SINTIA ; HASSAN, SYED SHAH ; JAMAL, SYED BABAR ; OLIVEIRA, ALBERTO ; FOLADOR, EDSON LUIZ ; ROCHA, FLAVIA ; DE ABREU, VINÍCIUS AUGUSTO CARVALHO ; DORELLA, FERNANDA ; HIRATA, RAFAEL ; DE OLIVEIRA, DIANA MAGALHAES ; DA SILVA TEIXEIRA, MARIA FÁTIMA ; Silva, Artur ; BARH, DEBMALYA ; Azevedo, Vasco . C. pseudotuberculosis Phop confers virulence and may be targeted by natural compounds. Integrative Biology: a new journal of quantitative biosciences from nano to macro, v. 1, p. 1-1, 2014.

8.
OLIVEIRA, L. C.2014OLIVEIRA, L. C. SARAIVA, T. D. L. SOARES, S. C. RAMOS, R. T. J. SA, P. H. C. G. Carneiro, A. R. MIRANDA, F. FREIRE, M. RENAN, W. JUNIOR, A. F. O. SANTOS, A. R. PINTO, A. C. SOUZA, B. M. CASTRO, C. P. Diniz, C. A. A. ROCHA, C. S. Mariano, D. C. B. DE AGUIAR, E. L. FOLADOR, E. L. BARBOSA, E. G. V. Aburjaile, F. F. GONCALVES, L. A. Guimaraes, L. C. AZEVEDO, M. AGRESTI, P. C. M. , et al.SILVA, R. F. Tiwari, S. ALMEIDA, S. S. Hassan, S. S. PEREIRA, V. B. ABREU, V. A. C. Pereira, U. P. Dorella, F. A. CARVALHO, A. F. PEREIRA, F. L. LEAL, C. A. G. FIGUEIREDO, H. C. P. SILVA, A. Miyoshi, A. AZEVEDO, V. ; Genome Sequence of Lactococcus lactis subsp. lactis NCDO 2118, a GABA-Producing Strain. Genome Announcements, v. 2, p. e00980-14-e00980-14, 2014.

9.
Hassan, S. S.2014Hassan, S. S. ; Sandeep Tiwari ; GUIMARÃES, L. C. ; JAMAL, S. B. ; FOLADOR, E. L. ; SHARMA, N. B. ; SOARES, S. C. ; ALMEIDA, S. S. ; Amjad Ali ; POVOA, F. D. ; ABREU, V. A. C. ; JAIN, N. ; BHATTACHARYA, A. ; JUNEJA, L. ; MIYOSHI, A. ; SILVA, A. ; Barh, Debmalya ; TURJANSKI, A. G. ; AZEVEDO, V. ; FERREIRA, R. S. . Proteome scale comparative modeling for conserved drug and vaccine targets identification in Corynebacterium pseudotuberculosis. BMC Genomics, v. 15, p. S3, 2014.

10.
Soares, Siomar C.2013Soares, Siomar C. SILVA, A. Silva, Artur Trost, Eva BLOM, JOCHEN Ramos, Rommel Carneiro, Adriana Ali, Amjad Santos, Anderson R. Pinto, Anne C. DINIZ, CARLOS BARBOSA, EUDES G. V. Dorella, Fernanda A. ABURJAILE, FLÁVIA ROCHA, FLÁVIA S. NASCIMENTO, KARINA K. F. GUIMARÃES, LUÍS C. ALMEIDA, SINTIA HASSAN, SYED S. Bakhtiar, Syeda M. PEREIRA, ULISSES P. ABREU, V. A. C. Schneider, Maria P. C. MIYOSHI, Anderson Tauch, Andreas , et al.Azevedo, Vasco ; The Pan-Genome of the Animal Pathogen Corynebacterium pseudotuberculosis Reveals Differences in Genome Plasticity between the Biovar ovis and equi Strains. Plos One, v. 8, p. e53818, 2013.

11.
BARH, DEBMALYA2013BARH, DEBMALYA ; BARVE, NEHA ; GUPTA, KRISHNAKANT ; CHANDRA, SUDHA ; JAIN, NEHA ; TIWARI, SANDEEP ; LEON-SICAIROS, NIDIA ; CANIZALEZ-ROMAN, ADRIAN ; RODRIGUES DOS SANTOS, ANDERSON ; HASSAN, SYED SHAH ; ALMEIDA, SÍNTIA ; THIAGO JUCÁ RAMOS, ROMMEL ; Augusto Carvalho de Abreu, Vinicius ; RIBEIRO CARNEIRO, ADRIANA ; DE CASTRO SOARES, SIOMAR ; LUIZ DE PAULA CASTRO, THIAGO ; MIYOSHI, Anderson ; Silva, Artur ; KUMAR, ANIL ; NARAYAN MISRA, AMARENDRA ; BLUM, KENNETH ; BRAVERMAN, ERIC R. ; Azevedo, Vasco . Exoproteome and Secretome Derived Broad Spectrum Novel Drug and Vaccine Candidates in Vibrio cholerae Targeted by Piper betel Derived Compounds. Plos One, v. 8, p. e52773, 2013.

12.
Azevedo, Vasco2012Azevedo, Vasco ; D'Afonseca, V ; Ali, ; Santos, Anderson ; Pinto, ; Magalhães, ; Faria, ; Barbosa, ; Guimarães, ; Eslabão, ; Almeida, ; Abreu, ; Neto, ; Carneiro, ; Cerdeira, Louise ; Ramos, Rommel ; Hirata-Jr, ; Mattos-Guaraldi, AL ; Trost, ; Tauch, ; Silva, ; Schneider, ; Miyoshi, ; Azevedo, Vasco . Reannotation of the Corynebacterium diphtheriae NCTC13129 genome as a new approach to studying gene targets connected to virulence and pathogenicity in diphtheria. Open Access Bioinformatics, v. 4, p. 1-13, 2012.

13.
Soares, Siomar C.2012Soares, Siomar C. ; Abreu, Vinícius A. C. ; Ramos, Rommel T. J. ; Cerdeira, Louise ; Silva, Artur ; Baumbach, Jan ; Trost, Eva ; Tauch, Andreas ; Hirata, Raphael ; Mattos-Guaraldi, Ana L. ; Miyoshi, Anderson ; Azevedo, Vasco . PIPS: Pathogenicity Island Prediction Software. Plos One, v. 7, p. e30848, 2012.

14.
LOPES, T.2012LOPES, T. SILVA, A. Thiago, R. Carneiro, A. Dorella, F. A. Rocha, F. S. dos Santos, A. R. LIMA, A. R. J. GUIMARAES, L. C. BARBOSA, E. G. V. Ribeiro, D. Fiaux, K. K. Diniz, C. A. A. de Abreu, V. A. C. de Almeida, S. S. Hassan, S. S. ALI, A. Bakhtiar, S. M. ABURJAILE, F. F. PINTO, A. C. Soares, S. d. C. Pereira, U. d. P. SCHNEIDER, M. P. C. Miyoshi, A. Edman, J. , et al.Spier, S. AZEVEDO, V. ; Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain Cp267, Isolated from a Llama. Journal of Bacteriology (Print), v. 194, p. 3567-3568, 2012.

15.
Pethick, F. E.2012Pethick, F. E. Lainson, A. F. Yaga, R. Flockhart, A. Smith, D. G. E. Donachie, W. CERDEIRA, L. T. SILVA, A. Bol, E. LOPES, T. S. Barbosa, M. S. PINTO, A. C. dos Santos, A. R. SOARES, S. C. ALMEIDA, S. S. Guimaraes, L. C. Aburjaile, F. F. ABREU, V. A. C. RIBEIRO, D. Fiaux, K. K. Diniz, C. A. A. BARBOSA, E. G. V. Pereira, U. P. Hassan, S. S. ALI, A. , et al.Bakhtiar, S. M. DORELLA, F. A. CARNEIRO, A. R. RAMOS, R. T. J. Rocha, F. S. SCHNEIDER, M. P. C. MIYOSHI, A. AZEVEDO, V. Fontaine, M. C. ; Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain 1/06-A, Isolated from a Horse in North America. Journal of Bacteriology (Print), v. 194, p. 4476-4476, 2012.

16.
SANTOS, A. R.2012SANTOS, A. R. ; CARNEIRO, A. R. ; GALA-GARCIA, A. ; PINTO, A. C. ; BARH, D. ; BARBOSA, E. G. V. ; ABURJAILE, F. F. ; DORELLA, F. A. ; ROCHA, F. S. ; GUIMARAES, L. C. ; Zurita-Turk, Meritxell ; RAMOS, R. T. J. ; ALMEIDA, S. ; SOARES, S. C. ; ABREU, V. A. C. ; PEREIRA, U. P. ; SILVA, A. ; MIYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. . The Corynebacterium pseudotuberculosis in silico predicted pan-exoproteome. BMC Genomics, v. 13, p. S5-S6, 2012.

17.
Pethick, F. E.2012Pethick, F. E. Lainson, A. F. Yaga, R. Flockhart, A. Smith, D. G. E. Donachie, W. CERDEIRA, L. T. SILVA, A. Bol, E. LOPES, T. S. Barbosa, M. S. PINTO, A. C. dos Santos, A. R. SOARES, S. C. ALMEIDA, S. S. Guimaraes, L. C. Aburjaile, F. F. ABREU, V. A. C. RIBEIRO, D. Fiaux, K. K. Diniz, C. A. A. BARBOSA, E. G. V. Pereira, U. P. Hassan, S. S. ALI, A. , et al.Bakhtiar, S. M. DORELLA, F. A. CARNEIRO, A. R. RAMOS, R. T. J. Rocha, F. S. SCHNEIDER, M. P. C. MIYOSHI, A. AZEVEDO, V. Fontaine, M. C. ; Complete Genome Sequences of Corynebacterium pseudotuberculosis Strains 3/99-5 and 42/02-A, Isolated from Sheep in Scotland and Australia, Respectively. Journal of Bacteriology (Print), v. 194, p. 4736-4737, 2012.

18.
Ali, Amjad2012Ali, Amjad ; Soares, Siomar C. ; Santos, Anderson R. ; GUIMARÃES, LUIS C. ; BARBOSA, EUDES ; Almeida, Sintia S. ; ABREU, VINÍCIUS A.C. ; CARNEIRO, ADRIANA R. ; RAMOS, ROMMEL T.J. ; BAKHTIAR, SYEDA M. ; HASSAN, SYED S. ; USSERY, DAVID W. ; ON, STEPHEN ; Silva, Artur ; SCHNEIDER, MARIA P. ; LAGE, ANDREY P. ; Miyoshi, Anderson ; Azevedo, Vasco . Campylobacter fetus subspecies: Comparative genomics and prediction of potential virulence targets. Gene (Amsterdam), v. 508, p. 145-156, 2012.

19.
Hassan, S. S.2012Hassan, S. S. SCHNEIDER, M. P. C. RAMOS, R. T. J. Carneiro, A. R. RANIERI, A. GUIMARAES, L. C. ALI, A. Bakhtiar, S. M. Pereira, U. d. P. dos Santos, A. R. Soares, S. d. C. DORELLA, F. PINTO, A. C. RIBEIRO, D. Barbosa, M. S. ALMEIDA, S. Abreu, V. ABURJAILE, F. FIAUX, K. BARBOSA, E. DINIZ, C. ROCHA, F. S. SAXENA, R. Tiwari, S. Zambare, V. , et al.Ghosh, P. PACHECO, L. G. C. DOWSON, C. G. KUMAR, A. BARH, D. Miyoshi, A. AZEVEDO, V. SILVA, A. ; Whole-Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain Cp162, Isolated from Camel. Journal of Bacteriology (Print), v. 194, p. 5718-5719, 2012.

20.
Soares, Siomar C.2012Soares, Siomar C. ; Trost, Eva ; RAMOS, ROMMEL T.J. ; CARNEIRO, ADRIANA R. ; Santos, Anderson R. ; Pinto, Anne C. ; BARBOSA, EUDES ; ABURJAILE, FLÁVIA ; Ali, Amjad ; DINIZ, CARLOS A.A. ; HASSAN, SYED S. ; FIAUX, KARINA ; GUIMARÃES, LUIS C. ; BAKHTIAR, SYEDA M. ; PEREIRA, ULISSES ; Almeida, Sintia S. ; ABREU, VINÍCIUS A.C. ; ROCHA, FLÁVIA S. ; Dorella, Fernanda A. ; Miyoshi, Anderson ; Silva, Artur ; Azevedo, Vasco ; Tauch, Andreas . Genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis biovar equi strain 258 and prediction of antigenic targets to improve biotechnological vaccine production. Journal of Biotechnology, v. 11, p. 003, 2012.

21.
HASSAN, SYED SHAH2012HASSAN, SYED SHAH GUIMARÃES, LUIS CARLOS PEREIRA, ULISSES DE PÁDUA ISLAM, ARSHAD Ali, Amjad BAKHTIAR, SYEDA MARRIAM RIBEIRO, DAYANA RODRIGUES DOS SANTOS, ANDERSON SOARES, SIOMAR DE CASTRO DORELLA, FERNANDA PINTO, ANNE CYBELLE SCHNEIDER, MARIA PAULA CRUZ BARBOSA, MARIA SILVANIRA ALMEIDA, SÍNTIA Abreu, Vinícius ABURJAILE, FLÁVIA CARNEIRO, ADRIANA RIBEIRO CERDEIRA, LOUISE TEIXEIRA FIAUX, KARINA BARBOSA, EUDES DINIZ, CARLOS ROCHA, FLAVIA S. RAMOS, ROMMEL THIAGO JUCÁ JAIN, NEHA TIWARI, SANDEEP , et al.BARH, DEBMALYA MIYOSHI, Anderson MÜLLER, BORNA Silva, Artur Azevedo, Vasco ; Complete genome sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis biovar ovis strain P54B96 isolated from antelope in South Africa obtained by rapid next generation sequencing technology. STAND GENOMIC SCI, v. 7, p. 189-199, 2012.

22.
Ruiz, Jerônimo C.2011Ruiz, Jerônimo C. D'Afonseca, Vívian Silva, Artur Ali, Amjad Pinto, Anne C. Santos, Anderson R. Rocha, Aryanne A. M. C. Lopes, Débora O. Dorella, Fernanda A. Pacheco, Luis G. C. Costa, Marcília P. Turk, Meritxell Z. Seyffert, Núbia Moraes, Pablo M. R. O. Soares, Siomar C. Almeida, Sintia S. Castro, Thiago L. P. Abreu, Vinicius A. C. Trost, Eva Baumbach, Jan Tauch, Andreas Schneider, Maria Paula C. McCulloch, John Cerdeira, Louise T. Ramos, Rommel T. J. , et al.Zerlotini, Adhemar Dominitini, Anderson Resende, Daniela M. Coser, Elisângela M. Oliveira, Luciana M. Pedrosa, André L. Vieira, Carlos U. Guimarães, Cláudia T. Bartholomeu, Daniela C. Oliveira, Diana M. Santos, Fabrício R. Rabelo, Élida Mara Lobo, Francisco P. Franco, Glória R. Costa, Ana Flávia ; Evidence for Reductive Genome Evolution and Lateral Acquisition of Virulence Functions in Two Corynebacterium pseudotuberculosis Strains. Plos One, v. 6, p. e18551, 2011.

23.
CERDEIRA, L. T.2011CERDEIRA, L. T. ; PINTO, A. C. ; SCHNEIDER, M. P. C. ; de Almeida, S. S. ; dos Santos, A. R. ; BARBOSA, E. G. V. ; ALI, A. ; Barbosa, M. S. ; Carneiro, A. R. ; RAMOS, R. T. J. ; de Oliveira, R. S. ; Barh, D. ; Barve, N. ; Zambare, V. ; Belchior, S. E. ; GUIMARAES, L. C. ; de Castro Soares, S. ; Dorella, F. A. ; Rocha, F. S. ; de Abreu, V. A. C. ; Tauch, A. ; Trost, E. ; Miyoshi, A. ; AZEVEDO, V. ; SILVA, A. . Whole-Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis PAT10 Strain Isolated from Sheep in Patagonia, Argentina. Journal of Bacteriology (Print), v. 193, p. 6420-6421, 2011.

24.
Stynen, A. P. R.2011Stynen, A. P. R. LAGE, A. P. Moore, R. J. REZENDE, A. M. de Resende, V. D. d. S. Ruy, P. d. C. DAHER, N. Resende, D. d. M. de Almeida, S. S. Soares, S. d. C. de Abreu, V. A. C. Rocha, A. A. C. M. dos Santos, A. R. BARBOSA, E. G. V. Costa, D. F. Dorella, F. A. Miyoshi, A. de Lima, A. R. J. Campos, F. D. d. S. de Sa, P. G. LOPES, T. S. RODRIGUES, R. M. A. Carneiro, A. R. Leao, T. CERDEIRA, L. T. , et al.RAMOS, R. T. J. SILVA, A. AZEVEDO, V. RUIZ, J. C. ; Complete Genome Sequence of Type Strain Campylobacter fetus subsp. venerealis NCTC 10354T. Journal of Bacteriology (Print), v. 193, p. 5871-5872, 2011.

25.
CERDEIRA, L. T.2011CERDEIRA, L. T. SCHNEIDER, M. P. C. PINTO, A. C. de Almeida, S. S. dos Santos, A. R. BARBOSA, E. G. V. ALI, A. ABURJAILE, F. F. de Abreu, V. A. C. GUIMARAES, L. C. Soares, S. d. C. Dorella, F. A. Rocha, F. S. Bol, E. Gomes de Sa, P. H. C. LOPES, T. S. Barbosa, M. S. Carneiro, A. R. Juca Ramos, R. T. Coimbra, N. A. d. R. LIMA, A. R. J. Barh, D. Jain, N. Tiwari, S. Raja, R. , et al.Zambare, V. Ghosh, P. Trost, E. Tauch, A. Miyoshi, A. AZEVEDO, V. SILVA, A. ; Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis Strain CIP 52.97, Isolated from a Horse in Kenya. Journal of Bacteriology (Print), v. 193, p. 7025-7026, 2011.

26.
Faria-Campos, Alessandra2011Faria-Campos, Alessandra ; FERNANDES-RAUSCH, HERBERT ; VAL, CELINA ; THORUN, PETER ; ABREU, VINICIUS ; BATISTA, PAULO ; MENDONÇA, PAULO ; ALVES, VINICIUS ; RODRIGUES, MAÍRA ; PIMENTA, ADRIANO ; FRANCO, GLÓRIA ; Campos, Sérgio . PRODIS: a proteomics data management system with support to experiment tracking. BMC Genomics, v. 12, p. S15, 2011.

27.
Melo, Alexandre2010 Melo, Alexandre ; Faria-Campos, Alessandra ; DeLaat, Daiane ; Keller, Rodrigo ; ABREU, V. A. C. ; Campos, Sérgio . SIGLa: an adaptable LIMS for multiple laboratories. BMC Genomics, v. 11, p. S8, 2010.

28.
SILVA, A.2010SILVA, A. ; SCHNEIDER, M. P. C. ; CERDEIRA, L. ; Barbosa, M. S. ; RAMOS, R. T. J. ; Carneiro, A. R. ; Santos, R. ; Lima, M. ; D& ; ALMEIDA, S. S. ; SANTOS, A. R. ; SOARES, S. C. ; PINTO, A. C. ; ALI, A. ; Dorella, F. A. ; Rocha, F. ; de Abreu, V. A. C. ; Trost, E. ; Tauch, A. ; Shpigel, N. ; Miyoshi, A. ; AZEVEDO, V. ; ABREU, V. A. C. . Complete Genome Sequence of Corynebacterium pseudotuberculosis I19, a Strain Isolated from a Cow in Israel with Bovine Mastitis. Journal of Bacteriology (Print), v. 193, p. 323-324, 2010.

Capítulos de livros publicados
1.
SILVA, A. ; RAMOS, ROMMEL T.J. ; CARNEIRO, A. R. ; ALMEIDA, S. S. ; ABREU, V. A. C. ; SANTOS, A. R. ; PINTO, A. C. ; GUIMARAES, L. C. ; BARBOSA, E. G. V ; SCHNEIDER, M. P. C. ; Barh, D. ; MIYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. . Next-Generation Sequencing and Assembly of Bacterial Genomes. In: Debmalya Barh; Vasudeo Zambare; Vasco Azevedo. (Org.). OMICS: Applications in Biomedical, Agricultural, and Environmental Sciences. 1ed.Boca Rato: CRC Press, 2013, v. 1, p. 1-713.

2.
ORTEGA, J. M. ; GUEDES, R. L. M. ; ABREU, V. A. C. . Introdução ao Linux. In: Vasco Azevedo; Maria Paula Schneider; Artur Costa da Silva; Anderson Miyoshi; Aluízio Borém. (Org.). Manual Prático-Teórico: Sequenciamento, Montagem e Anotação de Genomas Bacterianos. 1ed.Viçosa: Ed. UFV, 2011, v. 1, p. 17-38.

3.
ABREU, V. A. C.; ALMEIDA, S. S. ; SANTOS, A. R. ; SOARES, S. C. ; ALI, A. ; PINTO, A. C. ; MAGALHÃES. A.A.C ; BARBOSA, E. G. V ; RAMOS, R. T. J. ; CERDEIRA, L. ; CARNEIRO, A. R. ; SCHNEIDER, M. P. C. ; SILVA, A. ; MYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. . Whole Genome Annotation: In Silico Analysis.. In: Mahmood Akhavan Mahdavi. (Org.). Bioinformatics. : InTech, 2011, v. 1, p. 1-16.

Textos em jornais de notícias/revistas
1.
Soares, Siomar C. ; SILVA, A. ; RAMOS, R. T. J. ; Cerdeira, Louise ; ALI, A. ; SANTOS, A. R. ; PINTO, A. C. ; MAGALHÃES. A.A.C., MAGALHÃES. A. ; Barbosa E. ; LEAO, L. A. ; ALMEIDA, S. S. ; ABREU, VINICIUS ; MIYOSHI, A. ; Azevedo, Vasco . Plasticidade Genômica e Evolução Bacteriana. Microbiologia in Foco. SBM in Foco Revista da Sociedade Brasileira de Microbiologia, Sao Paulo, p. 31 - 38, 02 out. 2011.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
MELO, A. ; CAMPOS, A. C. F. ; ABREU, V. A. C. ; CAMPOS, S. V. A . SIGLa - A Workflow Based Management System to Integrate Laboratory Data. In: 9th International Symposium on Mathematical and Computational Biology, 2009, Brasília. 9th International Symposium on Mathematical and Computational Biology, 2009.

2.
MELO, A. ; CAMPOS, A. C. F. ; DELAAT, D. M. ; ABREU, V. A. C. ; CAMPOS, S. V. A . A Dynamically Adaptable LIMS for Multiple Laboratories: A Microarray Case Study. In: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009, Angra dos Reis. 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2009.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
ABREU, V. A. C.; POPIN, RAFAEL VICENTINI ; ALVARENGA, D. O. ; SCHAKER, P. D. C. ; HOFF-RISSETI, C. ; VARANI, A. M. ; FIORE, M. F. . Genomic and genotypic characterization of Cylindrospermopsis raciborskii. In: 10TH EUROPEAN WORKSHOP ON THE MOLECULAR BIOLOGY OF CYANOBACTERIA, 2017, cluj napoca. Posters, 2017.

2.
ABREU, V. A. C.; POPIN, RAFAEL VICENTINI ; FIORE, M. F. . Evaluation of Genetic Plasticity Among Strains of Cylindrospermopsis. In: Brazilian-International Congress of Genetics, 2016, Caxambu. 150 anos de Genética Mendeliana, 2016.

3.
POPIN, RAFAEL VICENTINI ; RIGONATO, J. ; ABREU, VINICIUS ; ANDREOTE, A. P. D. ; SILVEIRA, S. B. ; ODEBRECHT, C. ; FIORE, M. F. . Draft Genome Assembly of the Bloom-Forming Cyanobacterium Nodularia Spumigena Strain Cena596 in Shrimp Production Ponds. In: II Simpósio de Microbiologia Agrícola da ESALQ: Microbiologia in foco, 2016, Piracicaba. Anais do II Simpósio de Microbiologia Agrícola da ESALQ: Microbiologia in foco, 2016.

4.
AGUIAR, E. R. G. R. ; FERREIRA, F. V. ; OLMO, R. P. ; OLIVEIRA, K. P. V. ; PARO, S. ; FARIA, I. J. S. ; DRUMOND, B. P. ; ABREU, VINICIUS ; MEIGNIN, C. ; SANTANNA, M. R. V. ; GONTIJO, N. F. ; MOREIRA, L. A. ; KROON, E. G. ; IMLER, J. ; MARQUES, J. T. . Analyzing molecular characteristics of small RNAs to assess the evolution of RNAi pathways. In: X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C), 2016, Belo Horizonte. Annals of X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C), 2016.

5.
POPIN, RAFAEL VICENTINI ; RIGONATO, J. ; ABREU, VINICIUS ; ANDREOTE, ANA PAULA DINI ; SILVEIRA, SAVÊNIA BONOTO ; ODEBRECHT, CLARISSE ; FIORE, M. F. . Genome mining of a Brazilian Nodularia spumigena strain. In: 1st International Workshop on Cyanobacteria Natural products, 2016, Piracicaba. Annals of 1st International Workshop on Cyanobacteria Natural products, 2016.

6.
ABREU, VINICIUS; ALMEIDA, SINTIA ; Mariano, D. C. B. ; CASTRO, L. ; AMORIM ; DINIZ, C. ; Soares, Siomar C. ; Hassan, S. S. ; Baumbach, Jan ; Azevedo, Vasco . CMRegNet: A database of transcriptional regulatory network. In: X-meeting/BSB 2013 Conference, 2013, Recife. Annals of X-meeting/BSB 2013, 2013.

7.
Tiwari, S. ; Hassan, S. S. ; ALMEIDA, SINTIA ; ABREU, VINICIUS ; Castro, L.O. ; Mariano, D. C. B. ; AMORIM ; DINIZ, C. ; DE AGUIAR, E. L. ; Soares, S. d. C. ; Azevedo, Vasco . Efficacy of medicinal-plant-derived antibacterial compounds in the treatment of Pharyngeal Diphtheria: An In silco approach for controlling the pathogenesis of Corynebacterium diphtheria. In: X-meeting/BSB 2013 Conference, 2013, Recife. Annals of X-meeting/BSB 2013, 2013.

8.
DINIZ, C. ; de Abreu, V. A. C. ; Hassan, S. S. ; FOLADOR, E. L. ; Tiwari, S. ; OLIVEIRA, ALBERTO ; Mariano, D. C. B. ; TRINDADE, A. ; Azevedo, Vasco ; ALMEIDA, SINTIA . Comparative metabolomics: approach to analysis sources of carbon and nitrogen pathway of 15 strains of Corynebacterium pseudotuberculosis. In: X-meeting/BSB 2013 Conference, 2013, Recife. Annals X-meeting/BSB 2013, 2013.

9.
SANTANA, M. ; PINTO, A. C. ; ABREU, VINICIUS ; SÁ, P. ; RAMOS, R. T. J. ; PEREIRA, U. P. ; FOLADOR, E. L. ; SOARES, S. C. ; Barbosa, M. S. ; SILVA, A. ; AZEVEDO, V. . Comparative analysis of the differential expression data (RNAseq) of Corynebacterium pseudotuberculosis applying different bioinformatics tools. In: Annals X-meeting/BSB 2013, 2013. X-meeting/BSB 2013 Conference, 2013.

10.
ABREU, V. A. C.; SOARES, S. C. ; Baumbach, Jan ; AZEVEDO, V. . PIPS: Software to predict Pathogenicity Islands and analysis of genome plasticity in Corynebacterium pseudotuberculosis. In: GCB 2012 ? German Conference on Bioinformatics 2012, 2012, Jena-Alemanha. GCB 2012 ? German Conference on Bioinformatics 2012 Jena September 19-22, 2012, 2012. v. 1. p. 97.

11.
BARBOSA, E. G. V ; SANTOS, A. R. ; GUIMARAES, L. C. ; ABREU, V. A. C. ; PINTO, A. C. ; FIAUX, K. N. ; ALMEIDA, S. S. ; AZEVEDO, V. . Pseudogene Analysis in Five Strains of Corynebacterium pseudotuberculosis. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C) and 3rd International Conference of the IberoAmeriacan Society for Bioinformatics (SolBio), 2011, Florianópolis. 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C) and 3rd International Conference of the IberoAmeriacan Society for Bioinformatics (SolBio), 2011.

12.
ABREU, V. A. C.; SANTOS, A. R. ; ALMEIDA, S. S. ; ABURJAILE, F. F. ; BARBOSA, E. G. V ; FIAUX, K. N. ; SILVA, A. ; MIYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. . CpDB: A relational database schema and tools for bacterial genomes annotation and posgenome research. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C) and 3rd International Conference of the IberoAmeriacan Society for Bioinformatics (SolBio), 2011, Florianópolis. 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C) and 3rd International Conference of the IberoAmeriacan Society for Bioinformatics (SolBio), 2011.

13.
SOARES, S. C. ; ABREU, V. A. C. ; RAMOS, R. T. J. ; BARBOSA, E. G. V. ; ABURJAILE, F. F. ; FIAUX, K. N. ; SILVA, A. ; MIYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. . PIPS: PATHOGENICITY ISLAND PREDICTION SOFTWARE. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C) and 3rd International Conference of the IberoAmeriacan Society for Bioinformatics (SolBio), 2011, Florianópolis. 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C) and 3rd International Conference of the IberoAmeriacan Society for Bioinformatics (SolBio), 2011.

14.
SOARES, S. C. ; ABREU, V. A. C. ; MCCULLOCH. J. A. ; VIvian D'Afonseca ; RAMOS, R. T. J. ; ALI, A. ; SANTOS, A. R. ; PINTO, A. C. ; ALMEIDA, S. S. ; SILVA, A. ; Miyoshi, A. ; AZEVEDO, V. . PIPS: Pathogenicity Island Prediction Software. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting, 2010, 2010, Ouro Preto. 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting, 2010., 2010.

15.
ALI, A. ; VIvian D'Afonseca ; SANTOS, A. R. ; Magalhães AAC ; Faria CJ ; Barbosa E. ; Dorella, F. A. ; Pacheco, LGC ; ALMEIDA, S. S. ; SOARES, S. C. ; ABREU, V. A. C. ; SILVA, A. ; Miyoshi, A. ; AZEVEDO, V. . Identification, Characterization and Insilco comparisons of Corynebacterium pseudotuberculosis Pathogenicity Islands (PAIs) using PIPS. In: 6th International conference of Brazilian association for bioinformatics and computational biology, X-meeting, 2010, Ouro Preto. 6th International conference of Brazilian association for bioinformatics and computational biology, X-meeting, 2010.

16.
ALMEIDA, SINTIA ; ABREU, VINICIUS ; MAGALHÃES. A.A.C., MAGALHÃES. A. ; SOARES, S. C. ; D'Afonseca, Vívian ; Pinto, Anne C. ; Myioshi, A. ; Azevedo, Vasco . In silico identification of CRISPR in four Corynebacterium pseudotuberculosis strais. In: ?th International Conference of the Brazilian association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Ouro Preto. Annals of ?th International Conference of the Brazilian association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010.

17.
IANNINI, M. M. ; ABREU, V. A. C. ; MAGALHAES, W. C. S. ; CAMPOS, A. C. F. ; CAMPOS, S. V. A ; TARAZONA-SANTOS, E. M. . Improvement of access to tools used in genetic and apidemiology studies through th development of a web interface for the DIVERGENOME platform. In: International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-Meeting, 2009, Angra dos Reis. International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-Meeting 2009, 2009.

18.
CAMPOS, A. C. F. ; ABREU, V. A. C. ; FERNANDES, H. R. ; MELO, A. ; VAL, A. ; CAMPOS, S. V. A . SIGLa - A Dynamic System to Integrate Laboratory Data Based on Workflow Definition. In: X-meeting - International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2008, Salvador - BH. X-meeting - First International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - Proccedings, 2008., 2008.

Apresentações de Trabalho
1.
ABREU, V. A. C.; ALMEIDA, S. S. ; CASTRO, L. ; MARIANO, D. ; AMORIM ; DINIZ, C. ; SOARES, S. C. ; HASSAN, SYED SHAH ; Baumbach, Jan ; AZEVEDO, V. . CMRegNet: A database of transcriptional regulatory network. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

2.
ABREU, VINICIUS. Inter-species gene regulatory network transfer through evolutionary conservation between multiple species. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
BARBOSA, E. G. V ; SANTOS, A. R. ; GUIMARAES, L. C. ; ABREU, V. A. C. ; PINTO, A. C. ; FIAUX, K. N. ; ALMEIDA, S. S. ; AZEVEDO, V. . PSEUDOGENE ANALYSIS IN FIVE STRAINS OF CORYNEBACTERIUM PSEUD. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
ABREU, V. A. C.; AZEVEDO, V. . CMRegNet. 2013.

2.
Soares, Siomar C. ; ABREU, V. A. C. ; RAMOS, R. T. J ; CERDEIRA, L. T. ; SILVA, A. ; Baumbach, Jan ; Trost, Eva ; Tauch, Andreas ; MYOSHI, A. ; AZEVEDO, V. . PIPS: Pathogenicity Island Prediction Software. 2012.


Demais tipos de produção técnica
1.
ABREU, V. A. C.. Cyanobacteria genome assembling. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

2.
POPIN, RAFAEL VICENTINI ; RIGONATO, JANAINA ; ABREU, VINICIUS ; ANDREOTE, ANA PAULA DINI ; SILVEIRA, SAVÊNIA BONOTO ; ODEBRECHT, C. ; FIORE, MARLI FATIMA . Nodularia spumigena. 2016. (Montagem de Genoma bacteriano).

3.
Pacheco, LGC ; Mattos-Guaraldi, Ana L. ; SANTOS, CAROLINA S. ; VERAS, ADONNEY A. O. ; GUIMARÃES, LUIS C. ; ABREU, VINICIUS ; PEREIRA, FELIPE L. ; SOARES, SIOMAR DE CASTRO ; Dorella, F. A. ; CARVALHO, A. F. ; LEAL, CARLOS G. ; FIGUEIREDO, HENRIQUE C. P. ; RAMOS, JULIANA N. ; VIEIRA, VERONICA V. ; FARFOUR, ERIC ; GUISO, NICOLE ; HIRATA, RAFAEL ; Azevedo, Vasco ; Silva, Artur ; Ramos, Rommel . Corynebacterium xerosis ATCC 373. 2015. (Montagem de Genoma bacteriano).

4.
PACHECO, L. G. C. ; Mattos-Guaraldi, AL ; SANTOS, CAROLINA S. ; VERAS, ADONNEY A. O. ; Guimaraes, L. C. ; ABREU, VINICIUS ; PEREIRA, FELIPE L. ; SOARES, SIOMAR DE CASTRO ; DORELLA, FERNANDA ; CARVALHO, ALEX F. ; LEAL, CARLOS G. ; FIGUEIREDO, HENRIQUE C. P. ; RAMOS, JULIANA N. ; VIEIRA, VERONICA V. ; FARFOUR, ERIC ; GUISO, NICOLE ; Hirata, Raphael ; Azevedo, Vasco ; Silva, Artur ; Ramos, Rommel . Corynebacterium minutissimum 1941. 2015. (Montagem de Genoma bacteriano).

5.
Ruiz, Jerônimo C. D'AFONSECA, V. Artur Luiz da Costa da Silva Ali, Amjad Pinto, Anne C. Santos, Anderson Rocha, A. A. C. M. Lopes, Débora O. Dorella, F. A. Pacheco, LGC ALMEIDA, SINTIA LUIZ DE PAULA CASTRO, THIAGO ABREU, VINICIUS Trost, E. Baumbach, Jan Schneider, McCulloch, John Cerdeira, Louise Ramos, Rommel Zerlotini, Adhemar Dominitini, Anderson Resende, Daniela M. Coser, Elisângela M. Oliveira, Luciana M. Pedrosa, André L. , et al.Vieira, Carlos U. Guimarães, Cláudia T. Bartholomeu, Daniela C. Oliveira, Diana M. Santos, Fabrício R. Rabelo, Élida Mara Lobo, Francisco P. FRANCO, GLÓRIA Costa, Ana Flávia CASTRO, I. M. Azevedo, Vasco ; Corynebacterium pseudotuberculosis C231. 2011. (Montagem de Genoma bacteriano).



Patentes e registros



Programa de computador
1.
MUDADO, M. A. ; TEIXEIRA, D. M. ; ABREU, V. A. C. . PLATAFORMA BIOINFO. 2016.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: PRODUÇÃO DE SOFT, data de registro: 27/12/2016, título: "PLATAFORMA BIOINFO" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial.



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
MARGARIDO, G. R. A.; CARNEIRO, M. S.; VERDI, M. C. Q.; ABREU, V. A. C.. Participação em banca de Fernando Henrique Correr. Perfis de expressão gênica temporal de cana-de-açúcar infectada por ferrugem alaranjada. 2017. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz da Universidade de São Paulo.




Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
10th European Workshop on the Molecular Biology of Cyanobacteria!.Genomic and genotypic characterization of Cylindrospermopsis raciborskii. 2017. (Outra).

2.
1° Simpósio do Programa de Pós-doutorandos da Universidade de São Paulo.Comissao Organizadora. 2016. (Simpósio).

3.
1a Escola de Pesquisadores da USP. 2016. (Seminário).

4.
Brazilian-International Congress of Genetics. EVALUATION OF GENETIC PLASTICITY AMONG STRAINS OF CYLINDROSPERMOPSIS. 2016. (Congresso).

5.
Latin American eScience workshop "Turning Data into Insight". 2013. (Oficina).

6.
Microbiota: the bacteria that govern us. 2013. (Simpósio).

7.
X-Meeting BSB 2013. CMRegNet: A database of transcriptional regulatory network. 2013. (Congresso).

8.
26 Congresso Brasileiro de Microbiologia. 2011. (Congresso).

9.
7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C) and 3rd International Conference of the IberoAmeriacan Society for Bioinformatics (SolBio). De Novo Genome Assembly Course. 2011. (Congresso).

10.
7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C) and 3rd International Conference of the Ibero Ameriacan Society for Bioinformatics (SolBio). CpDB: A relational database schema and tools for bacterial genomes annotation and posgenome research. 2011. (Congresso).

11.
International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-Meeting. Improvement of access to tools used in genetic and apidemiology studies through th development of a web interface for the DIVERGENOME platform. 2009. (Congresso).

12.
XXV Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. 2005. (Congresso).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
ABREU, V. A. C.. II SIMPÓSIO do progama de PÓS-DOUTORADO da USP no CENA. 2017. (Outro).

2.
ABREU, VINÍCIUS A.C.; ANDREOTE, A. P. D. ; FIORE, M. F. . 1st International Workshop on Cyanobacterial Natural Products. 2016. (Congresso).

3.
ABREU, V. A. C.; NAVARRETE, A. A. ; RIGONATO, J. ; ISHIDA, J. K. . Primeiro Simpósio dos Pós Doutores da USP. 2016. (Outro).

4.
SILVA, A. ; SCHNEIDER, M. P. C. ; ABREU, V. A. C. ; ALMEIDA, S. S. ; ALI, A. ; D'AFONSECA, V. ; RAMOS, R. T. J. ; MELO, H. ; GUIMARAES, L. C. ; CERDEIRA, L. ; LOPES, T. ; SÁ, P. ; AZEVEDO, V. . Curso CBAB - Plataforma de Sequenciamento de Nova Geração. 2010. (Outro).



Orientações



Orientações e supervisões concluídas
Iniciação científica
1.
Rafael Jose Poznyakov de Andrade. ABORDAGENS DE BIOINFORMÁTICA PARA CARACTERIZAR GENOMAS DE CYLINDROSPERMOPSIS RACIBORSKII CENA 302 e CENA 303. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado e licenciatura em Ciência Biológicas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz da Universidade de São Paulo. Orientador: Vinicius Augusto Carvalho de Abreu.

2.
Laiane Alves Leão. Desenvolvimento de um software gerenciador de amostras de diversas linhagens de diferentes organismos.. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Biomedicina) - Universidade Federal de Minas Gerais. Orientador: Vinicius Augusto Carvalho de Abreu.

3.
Cassio de Jesus Faria. Anotação Funcional de diferentes isolados de Corynebacterium pseudotuberculosis. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Graduação em Farmácia) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Vinicius Augusto Carvalho de Abreu.



Inovação



Projetos de pesquisa


Educação e Popularização de C & T



Programa de Computador sem registro de patente
1.
ABREU, V. A. C.; AZEVEDO, V. . CMRegNet. 2013.


Cursos de curta duração ministrados
1.
ABREU, V. A. C.. Cyanobacteria genome assembling. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).




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