Gabriel Rodrigues Alves Margarido

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  • Última atualização do currículo em 27/12/2018


Possui graduação em Engenharia Agronômica pela Escola Superior de Agricultura "Luiz de Queiroz" - ESALQ/USP (2006) e Doutorado Direto pelo Programa de Pós-Graduação em Genética e Melhoramento de Plantas, no Departamento de Genética da ESALQ/USP (2011). Atuou como pesquisador pós-doutor no eScience Group da Microsoft Research, em Los Angeles. É Professor Doutor junto ao Departamento de Genética da ESALQ/USP desde 2013. Suas principais linhas de estudo são a Genética Quantitativa e a Bioinformática, atuando principalmente na construção de mapas de ligação, mapeamento de QTL's com ênfase em espécies não endogâmicas e poliplóides, estatística computacional, montagem de genomas e análise de dados de sequenciamento de última geração, bem como análise de dados de sequenciamento de RNA. Seu trabalho atual é focado na análise do genoma da cana-de-açúcar, com o objetivo de desenvolver algoritmos para montagem de genomas poliplóides. Tem interesse também em outras espécies com potencial importância para a produção de bioenergia. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Gabriel Rodrigues Alves Margarido
Nome em citações bibliográficas
MARGARIDO, G. R. A.;Margarido, G R A;Margarido, Gabriel R. A.;Margarido, GRA;Margarido, G.R.A.;MARGARIDO, GRA;MARGARIDO, G.R.A.;MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES

Endereço


Endereço Profissional
Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo, Departamento de Genética.
Avenida Pádua Dias, 11
São Dimas
13418900 - Piracicaba, SP - Brasil
Telefone: (19) 34294125
Ramal: 44


Formação acadêmica/titulação


2007 - 2011
Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
com período sanduíche em Microsoft Research (Orientador: David Heckerman).
Título: Mapeamento de QTLs em múltiplos caracteres e ambientes em um cruzamento comercial de cana-de-açúcar usando modelos mistos, Ano de obtenção: 2011.
Orientador: Antonio Augusto Franco Garcia.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: cana-de-açúcar; correlação genética e ambiental; mapeamento genético; marcador molecular; melhoramento genético vegetal; variação genética em plantas.
Grande área: Ciências Agrárias
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Quantitativa.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Vegetal.
2002 - 2006
Graduação em Engenharia Agronômica.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Uso do método Bootstrap para construção de intervalos de confiança para distância entre locos em mapas genéticos de espécies alógamas (Projeto de Iniciação Científica).
Orientador: Antonio Augusto Franco Garcia.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.


Pós-doutorado


2011 - 2013
Pós-Doutorado.
Microsoft Research, MSR, Estados Unidos.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Vegetal.


Formação Complementar


2018 - 2018
Statistical mechanisms and practical applications of GWAS and GS. (Carga horária: 8h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2017 - 2017
Treinamento para Uso da Plataforma Turnitin. (Carga horária: 3h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2016 - 2016
Researcher Connect: Communication Skills for Researchers. (Carga horária: 24h).
British Council, Inglaterra.
2015 - 2015
Brazilian Edition of the "Tucson Plant Breeding Institute". (Carga horária: 40h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2015 - 2015
RNA-Seq Data Analysis. (Carga horária: 24h).
Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária, EMBRAPA, Brasil.
2015 - 2015
EMBL-EBI Bioinformatics Workshop. (Carga horária: 24h).
Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo, ESALQ/USP, Brasil.
2015 - 2015
Gerenciamento de resíduos gerados em laboratórios de ensino e pesquisa. (Carga horária: 4h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2014 - 2014
Network and Pathway Analysis of Omics Data. (Carga horária: 15h).
Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo, ESALQ/USP, Brasil.
2014 - 2014
Mixed Models in Quantitative Genetics. (Carga horária: 15h).
Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo, ESALQ/USP, Brasil.
2014 - 2014
High-dimensional Omics Data. (Carga horária: 15h).
Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo, ESALQ/USP, Brasil.
2013 - 2013
Uso de Seleção Genômica Ampla no Melhoramento. (Carga horária: 20h).
Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária, EMBRAPA, Brasil.
2013 - 2013
GBS Workshop. (Carga horária: 12h).
Cornell University, CORNELL, Estados Unidos.
2012 - 2012
Extensão universitária em Probabilistic Graphical Models. (Carga horária: 130h).
Stanford University, STANFORD, Estados Unidos.
2012 - 2012
Extensão universitária em Machine Learning. (Carga horária: 100h).
Stanford University, STANFORD, Estados Unidos.
2010 - 2010
MCMC for Genetics. (Carga horária: 18h).
University of Washington, WASHINGTON, Estados Unidos.
2010 - 2010
Molecular Phylogenetics. (Carga horária: 18h).
University of Washington, WASHINGTON, Estados Unidos.
2010 - 2010
Introdução à Linguagem C/C++. (Carga horária: 12h).
Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo, ESALQ/USP, Brasil.
2010 - 2010
Introduction to QTL Mapping. (Carga horária: 18h).
University of Washington, WASHINGTON, Estados Unidos.
2010 - 2010
Computing for Statistical Genetics. (Carga horária: 18h).
University of Washington, WASHINGTON, Estados Unidos.
2010 - 2010
Advanced QTL Mapping. (Carga horária: 18h).
University of Washington, WASHINGTON, Estados Unidos.
2010 - 2010
Plant and Animal Association Mapping. (Carga horária: 18h).
University of Washington, WASHINGTON, Estados Unidos.
2009 - 2009
Extensão universitária em Fitting Linear Mixed Models in Agricultural Resear. (Carga horária: 24h).
Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo, ESALQ/USP, Brasil.
2009 - 2009
Extensão universitária em Introdução à Bioinformática e Filogenia Molecular. (Carga horária: 24h).
Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo, ESALQ/USP, Brasil.
2009 - 2009
Linear Mixed Models - What they are and how they. (Carga horária: 8h).
Região Brasileira da Sociedade Internacional de Biometria, RBRAS, Brasil.
2007 - 2007
Extensão universitária em Difusão: Matrizes. (Carga horária: 28h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2007 - 2007
Phenotypic and marker based analysis of multi-envi. (Carga horária: 24h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2006 - 2006
Curso de Legislação Profissional.
Conselho Regional de Engenharia Arquitetura e Agronomia - SP, CREA-SP*, Brasil.
2005 - 2005
Workshop on Introduction to R. Software for Statis. (Carga horária: 18h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2004 - 2004
Extensão universitária em Estágio. (Carga horária: 212h).
Sakata Seed Sudamerica, SAKATA, Brasil.
2003 - 2003
Extensão universitária em Introdução à Programação. (Carga horária: 60h).
Instituto de Matemática e Estatística, IME/USP, Brasil.
2003 - 2003
Extensão universitária em Análise Combinatória, Probabilidades e Aplicações. (Carga horária: 64h).
Instituto de Matemática e Estatística, IME/USP, Brasil.
2003 - 2003
Extensão universitária em Difusão: Uso do Pacote Estatístico R.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2003 - 2003
Randomization-based Anova and its Applications to. (Carga horária: 8h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2003 - 2003
Estimating Functions and Longitudinal Data Analysi. (Carga horária: 8h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2002 - 2002
Ciclo de Palestras - Integração Lavoura-Pecuária. (Carga horária: 10h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.


Atuação Profissional



Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo, ESALQ/USP, Brasil.
Vínculo institucional

2013 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

02/2018 - Atual
Ensino, Genética e Melhoramento de Plantas, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
LGN5822 Biometria Aplicada à Genética
05/2017 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Departamento de Genética, .

Cargo ou função
Membro (titular) do Conselho do Departamento de Genética da ESALQ/USP.
03/2017 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Programa Integrado de Pós-Graduação em Bioenergia, .

Cargo ou função
Presidente e membro titular da Comissão de Pós-Graduação do Programa Integrado de Bioenergia da USP.
02/2017 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Programa Integrado de Pós-Graduação em Bioenergia, .

Cargo ou função
Membro (titular) da Comissão Executiva do Programa Integrado de Pós-Graduação em Bioenergia.
08/2016 - Atual
Ensino, Genética e Melhoramento de Plantas, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
LGN5835 Bioinformática Aplicada
12/2015 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Departamento de Genética, .

Cargo ou função
Membro (titular) da Comissão Coordenadora do Programa de Pós-Graduação em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas) da ESALQ/USP.
02/2015 - Atual
Ensino, Engenharia Agronômica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
LGN0114 Biologia Celular
03/2014 - Atual
Ensino, Programa Integrado de Pós-Graduação em Bioenergia, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
LBE5001 ? Fundamentos da Produção de Biomassa
11/2013 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Departamento de Genética, .

11/2013 - Atual
Ensino, Engenharia Agronômica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
LGN0215 Genética (docente e coordenador)
07/2018 - 12/2018
Treinamentos ministrados , Departamento de Genética, .

Treinamentos ministrados
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Emanoel Sanches Martins
08/2014 - 11/2018
Ensino, Genética e Melhoramento de Plantas, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
LGN5831 Tópicos Especiais de Genética e Melhoramento
03/2016 - 03/2018
Conselhos, Comissões e Consultoria, Departamento de Genética, .

Cargo ou função
Membro (titular) da Comissão PAE - Programa de Aperfeiçoamento de Ensino.
03/2015 - 03/2018
Conselhos, Comissões e Consultoria, Departamento de Genética, .

Cargo ou função
Membro (titular) da Comissão de Graduação da ESALQ/USP.
07/2017 - 12/2017
Treinamentos ministrados , Departamento de Genética, .

Treinamentos ministrados
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Cristiane Hayumi Taniguti
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Fernando Garcia Espolador
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Fernando Henrique Correr
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Giovanni Galli
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de João Paulo Corrêa
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Mariana Niederheitmann
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Pedro Augusto Medeiros Barbosa
07/2017 - 12/2017
Treinamentos ministrados , Departamento de Genética, .

Treinamentos ministrados
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Ana Flávia Francisconi (voluntária)
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Renata Flávia de Carvalho (voluntária)
02/2017 - 07/2017
Treinamentos ministrados , Departamento de Genética, .

Treinamentos ministrados
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Danilo Hottis Lyra
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Hana Karina Pereira da Silva
03/2015 - 05/2017
Conselhos, Comissões e Consultoria, Departamento de Genética, .

Cargo ou função
Membro (suplente) do Conselho do Departamento de Genética da ESALQ/USP.
03/2014 - 03/2017
Conselhos, Comissões e Consultoria, Departamento de Genética, .

Cargo ou função
Membro (suplente) da Comissão de Pesquisa e Extensão da ESALQ/USP.
01/2016 - 02/2017
Conselhos, Comissões e Consultoria, Programa Integrado de Pós-Graduação em Bioenergia, .

Cargo ou função
Membro (suplente) da Comissão de Pós-Graduação PIPG Bioenergia.
07/2016 - 12/2016
Treinamentos ministrados , Departamento de Genética, .

Treinamentos ministrados
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Elesandro Bornhofen
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Felipe Maniero Nazato
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Filipe Inácio Matias
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Marianella Fernanda Quezada Macchiavello
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Mônica Regina Franco
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Otávio Luiz Gomes Carneiro
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Ítalo Granato
02/2016 - 07/2016
Treinamentos ministrados , Departamento de Genética, .

Treinamentos ministrados
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Lorena Guimarães Batista
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Amanda Avelar de Oliveira
07/2015 - 12/2015
Treinamentos ministrados , Departamento de Genética, .

Treinamentos ministrados
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Vanessa Rizzi
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Leonardo Sartori Menegatto
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Letícia Aparecida de Castro Lara
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Massaine Bandeira e Sousa
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Paula de Almeida Carvalho
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Thiago Ricielli Aragão
07/2015 - 12/2015
Treinamentos ministrados , Departamento de Genética, .

Treinamentos ministrados
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Thaís Fernanda Godoy
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Diane Simon Rozzetto
06/2015 - 12/2015
Conselhos, Comissões e Consultoria, Departamento de Genética, .

Cargo ou função
Membro (titular) da Subcomissão de Avaliação de Disciplinas da ESALQ, junto à Comissão de Graduação.
08/2014 - 08/2015
Treinamentos ministrados , Departamento de Genética, .

Treinamentos ministrados
Iniciação Científica: Tiago Estevam Corrêa
12/2013 - 08/2015
Treinamentos ministrados , Departamento de Genética, .

Treinamentos ministrados
Iniciação Científica: Vinicius de Nicolai
02/2015 - 07/2015
Treinamentos ministrados , Departamento de Genética, .

Treinamentos ministrados
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Paula de Almeida Carvalho
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Natália de Sousa Teixeira e Silva
07/2014 - 12/2014
Treinamentos ministrados , Departamento de Genética, .

Treinamentos ministrados
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Carina de Oliveira Anoni
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de João Ricardo Bachega Feijó Rosa
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de José Ribamar de Assunção Filho
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Juliana Leles Costa
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Marianella Fernanda Quezada Macchiavello
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Nancy Farfán Carrasco
Supervisor de estágio no Programa de Aperfeiçoamento de Ensino de Vanessa Rizzi
02/2014 - 07/2014
Ensino, Genética e Melhoramento de Plantas, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
LGN5833 Banco de Dados e Ferramentas Computacionais Aplicados à Genômica

Microsoft Research, MSR, Estados Unidos.
Vínculo institucional

2011 - 2013
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Pesquisador Pós-Doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2010 - 2010
Vínculo: Estágio, Enquadramento Funcional: Estagiário Trainee, Carga horária: 40

Atividades

10/2011 - 09/2013
Pesquisa e desenvolvimento , eScience Group, .

06/2010 - 09/2010
Pesquisa e desenvolvimento , eScience Group, .

06/2010 - 09/2010
Pesquisa e desenvolvimento , eScience Group, .


Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

2007 - 2011
Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Aluno de Doutorado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2002 - 2006
Vínculo: LIvre, Enquadramento Funcional: Bolsista de Iniciação Científica, Carga horária: 20

Atividades

11/2009 - 11/2010
Conselhos, Comissões e Consultoria, Campus Luiz de Queiroz, Departamento de Genética.

Cargo ou função
Representante Discente Titular.
08/2002 - 06/2003
Estágios , Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz, .

Estágio realizado
Genética Estatística.


Linhas de pesquisa


1.
Estudos de Modelos Gráficos para mapeamento de QTL's
2.
Bioinformática

Objetivo: Desenvolvimento de algoritmos para sequenciamento do genoma da cana-de-açúcar.
3.
Montagem de genomas
4.
Análise de dados de sequenciamento
5.
Avaliação da praticabilidade de realização do sequenciamento genômico da cana-de-açúcar
6.
Bioinformática
7.
Bioenergia
8.
Montagem e evolução de genomas poliploides
9.
Expressão gênica
10.
Sequenciamento de DNA e RNA


Projetos de pesquisa


2016 - Atual
Associação genômica aplicada à caracterização de germoplasma de mandioca coletado na Amazônia
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Gabriel Rodrigues Alves Margarido - Integrante / Francisca das Chagas Bezerra de Araújo - Integrante / Elisa Ferreira Moura Cunha - Coordenador.
2016 - Atual
Transcriptômica para identificação de genes de interesse comercial em cana-de-açúcar
Descrição: Projeto Jovem Pesquisador.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Gabriel Rodrigues Alves Margarido - Coordenador / Antonio Augusto Franco Garcia - Integrante / Anete Pereira de Souza - Integrante / Monalisa Sampaio Carneiro - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2015 - Atual
Perfis de expressão gênica temporal em cana-de-açúcar infectada com ferrugem alaranjada
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Gabriel Rodrigues Alves Margarido - Coordenador / Monalisa Sampaio Carneiro - Integrante / Fernando Henrique Correr - Integrante.Número de orientações: 1
2015 - Atual
Aplicação das ômicas no entendimento da interação Puccinia psidii x Eucaliptus grandis
Descrição: Dentre os organismos vivos, os microrganismos são provavelmente os mais versáteis, participando de processos naturais vitais e também interagindo com uma vasta gama de outros organismos. Destas interações, a complexa relação entre fitopatógenos e plantas tem merecido especial atenção, principalmente devido as enormes perdas econômicas e os impactos ambientais resultantes. Atualmente, na era das ômicas, com o avanço da genômica, transcriptômica e proteômica, a complexa interação patógeno- planta- está começando a ser compreendida com maior detalhamento molecular. Esses estudos são mais relevantes quando são estudados patossistemas de grande importância, e, com informações moleculares incipientes, como é o caso da ferrugem do eucalipto causada pelo fungo biotrófico Puccinia psidii. Esse patógeno, oriundo de mirtáceas da América do Sul, hoje considerado cosmopolita, causa significativas perdas para silvicultura brasileira e mundial, reduzindo em até 60 % a produtividade na cultura de eucalipto. Assim, a partir dos princípios da biologia de sistema, o objetivo do presente projeto de pesquisa é o estudo integrado em nível genômico, transcricional e traducional do fitopatógeno P. psidii durante o processo de infecção em Eucalyptus spp.. Os dados obtidos serão de suma importância para o melhor entendimento da biologia desse interessante patógeno quanto ao sua morfogênese e do seu processo de patogênese. Além disso, com uma abordagem pouco explorada em estudo de interação patógeno - planta, o presente projeto possibilitará o desenvolvimento de um banco de dados de genes, transcritos e proteínas de P. psidii, que poderão ser utilizados por outros grupos de pesquisa, e, possibilitará a partir das inter-relações dessas moléculas, um entendimento holístico nos estudos de interações microrganismo- plantas, aplicando a biologia de sistemas em estudos de interação planta patógeno que é emergente no Brasil..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Gabriel Rodrigues Alves Margarido - Integrante / Cláudia Barros Monteiro Vitorello - Integrante / Maria Carolina Quecine-Verdi - Coordenador / Carlos Alberto Labate - Integrante / Jaqueline Raquel de Almeida - Integrante / João Lúcio de Azevedo - Integrante / Sarina Tsui - Integrante / Thaís Regiani Cataldi - Integrante.
2014 - 2015
Métodos de Seleção Genômica Aplicados a Sorgo Biomassa para Produção de Etanol de Segunda Geração
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Gabriel Rodrigues Alves Margarido - Coordenador / Amanda Avelar de Oliveira - Integrante / Cynthia Maria Borges Damasceno - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.Número de orientações: 1
2014 - Atual
Identificação de locos de interesse zootécnico na galinha doméstica
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
Avaliação da Expressão Diferencial de Genes Envolvidos no Acúmulo de Açúcar em Genótipos do Gênero Saccharum
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
Caracterização da variação existente entre genótipos de cana-de-açúcar (Saccharum spp.) através de genotipagem-por-sequenciamento
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Gabriel Rodrigues Alves Margarido - Coordenador / Leonardo Sartori Menegatto - Integrante.Número de orientações: 1
2013 - Atual
Computational biology in the analysis of genetic variability

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Anete Pereira de Souza em 07/03/2014.
Descrição: Projeto multi-institucional para promover a integração de diferentes áreas com o objetivo de formar profissionais mais completos e especializados, com treinamento adequado para uso das ferramentas de biologia computacional existentes, aptos a realizarem estudos de variação genética aplicados a diversas áreas do conhecimento..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2011 - 2013
Development of algorithms for sugarcane genome sequencing
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2011 - Atual
Development of an algorithm for the assembly of the sugarcane polyploid genome
Descrição: Projeto PITE FAPESP para desenvolvimento de algoritmos de montagem de genomas poliploides, em particular da cana-de-açúcar. Parceria entre a Universidade de São Paulo e a Microsoft Research..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2007 - 2011
Desenvolvimento de métodos genético-estatísticos para estudo da interação entre QTL's e ambientes e a correlação entre caracteres em cana-de-açúcar
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .
Integrantes: Gabriel Rodrigues Alves Margarido - Coordenador / Antonio Augusto Franco Garcia - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
2006 - 2006
Uso do método bootstrap para construção de intervalos de confiança para distância entre locos em mapas genéticos de espécies alógamas
Descrição: Desenvolvimento de software, análise e interpretação de dados simulados.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .
Integrantes: Gabriel Rodrigues Alves Margarido - Coordenador / Antonio Augusto Franco Garcia - Integrante / Roland Vencovsky - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 3
2005 - 2005
Construção de um mapa de ligação de maracujazeiro amarelo (Passiflora edulis Sims. f. flavicarpa) baseado em marcadores microssatélites e AFLP
Descrição: Treinamento em técnicas moleculares (marcadores microssatélites), coleta de dados moleculares de uma população segregante, desenvolvimento de software, análise e interpretação de dados de maracujazeiro amarelo..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Gabriel Rodrigues Alves Margarido - Coordenador / Eder Jorge de Oliveira - Integrante / Maria Lúcia Carneiro Vieira - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 6
2004 - 2005
Uso do método de reamostragem bootstrap para validação da ordem de marcadores em mapas genéticos
Descrição: Desenvolvimento de software, análise e interpretação de dados simulados..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .
Integrantes: Gabriel Rodrigues Alves Margarido - Coordenador / Antonio Augusto Franco Garcia - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 5
2003 - 2003
Uso do método de reamostragem ?bootstrap? para construção de intervalos de confiança para distância entre locos em mapas genéticos
Descrição: Desenvolvimento de software, análise e interpretação de dados simulados..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .
Integrantes: Gabriel Rodrigues Alves Margarido - Coordenador / Antonio Augusto Franco Garcia - Integrante.
Número de produções C, T & A: 3
2002 - 2011
Biometria de Marcadores Genéticos
Descrição: Desde o recente advento dos marcadores moleculares, estudos detalhados sobre a arquitetura genética dos caracteres quantitativos têm sido desenvolvidos, usando como base os mapas de ligação. Com base nesses resultados, deve ser possível aumentar ainda mais a eficiência dos programas de melhoramento, uma vez que eles permitem individualizar os locos que controlam tais caracteres, além de determinar seus efeitos e interações. O projeto em questão tem como objetivo desenvolver e/ou adaptar métodos genético-estatísticos que permitam utilizar, de forma eficiente, as informações dos marcadores genéticos (morfológicos, isoenzimáticos, moleculares e genômicos) em programas de melhoramento e estudos básicos de genética. Os tópicos considerados nas pesquisas são: i) desenvolvimento de métodos genético-estatísticos para construção de mapas em populações geradas pelo cruzamento de linhagens endogâmicas, como é o caso do milho, e em F1's resultantes do cruzamento de plantas de polinização aberta (não endogâmicas), como a cana-de-açúcar; ii) desenvolvimento de métodos genético-estatísticos para mapeamento de QTL s em populações individuais (principalmente em milho, cana-de-açúcar e frangos de corte); iii) desenvolvimento de modelos para mapeamento de QTL's e estudo da base genética da heterose;iv) desenvolvimento de métodos genético-estatísticos para mapeamento de QTL s de múltiplos caracteres, ambientes e populações; v) desenvolvimento de métodos genético-estatísticos para realizar seleção assistida por marcadores considerando múltiplos caracteres e ambientes.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (5) .
Integrantes: Gabriel Rodrigues Alves Margarido - Integrante / Maria Marta Pastina - Integrante / Marcelo Mollinari - Integrante / Rodrigo Gazaffi - Integrante / Antonio Augusto Franco Garcia - Coordenador / Anete Pereira de Souza - Integrante / Karine Miranda Oliveira - Integrante / Luciana Rossini Pinto - Integrante / Renato Rodrigues Silva - Integrante / Millor Fernandes do Rosário - Integrante / Priscila Karen Sabadin - Integrante / Graciela Rocha Sobierajski - Integrante / Edjane Gonçalves de Freitas - Integrante.


Membro de corpo editorial


2017 - Atual
Periódico: Frontiers in Bioinformatics and Computational Biology


Revisor de periódico


2013 - Atual
Periódico: Bioinformatics (Oxford. Print)
2013 - Atual
Periódico: Scientia Agrícola (USP. Impresso)
2013 - Atual
Periódico: BMC Genomics
2014 - Atual
Periódico: Heredity
2015 - Atual
Periódico: Theoretical and Applied Genetics
2015 - Atual
Periódico: Briefings in Bioinformatics
2015 - Atual
Periódico: Journal of Heredity
2015 - Atual
Periódico: Tropical Plant Biology (Print)
2015 - Atual
Periódico: JOURNAL OF BIOTECHNOLOGY
2017 - Atual
Periódico: JOURNAL OF EVOLUTIONARY BIOLOGY
2017 - Atual
Periódico: COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL
2017 - Atual
Periódico: Frontiers in Plant Science
2018 - Atual
Periódico: PeerJ
2018 - Atual
Periódico: Brazilian Journal of Botany


Revisor de projeto de fomento


2015 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Bioinformática.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Vegetal.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Quantitativa.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Pouco.
Italiano
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.


Prêmios e títulos


2016
Prêmio Paulo Sodero Martins - Trabalho entre os cinco finalistas (como orientador), Sociedade Brasileira de Genética.
2015
Prêmio Paulo Sodero Martins - Trabalho entre os cinco finalistas (como orientador), Sociedade Brasileira de Genética.
2012
Tese de Doutorado selecionada para concorrer ao "Prêmio CAPES de Tese - Edição 2012", Departamento de Genética da ESALQ/USP.
2009
Co-autor em trabalho contemplado com: Prêmio pós-graduação de melhor trabalho na área de genética, evolução e melhoramento de plantas no 55º Congresso Brasileiro de Genética, Sociedade Brasileira de Genética.
2007
Prêmio CREA-SP de Formação Profissional ? Formandos 2006 (Honra ao Mérito), Conselho Regional de Engenharia, Arquitetura e Agronomia de São Paulo (CREA-SP).
2007
Prêmio ?Fundação Agrisus ? Pela Agricultura Sustentável?, Fundação de Estudos Agrários Luiz de Queiroz.
2007
Prêmio ?Prof. Theodureto de Camargo?, Família de Theodureto de Almeida Camargo.
2007
Diploma de Mérito ? Melhor aluno da turma de formandos 2006 da ESALQ, Instituto de Engenharia.
2007
Prêmio ?Grande Oficial Mario Dedini? - Diploma de Honra ao Mérito, Dedini.
2007
Prêmio ?Luiz de Queiroz? ? Diploma de Honra ao Mérito, Escola Superior de Agricultura ?Luiz de Queiroz? ? Universidade de São Paulo.
2007
Prêmio ?Edições Melhoramentos? ? Diploma de Honra ao Mérito, Editora Melhoramentos.
2007
Prêmio ?ADEALQ? ? Diploma de Honra ao Mérito, Associação dos Ex-Alunos da Escola Superior de Agricultura ?Luiz de Queiroz?.
2007
Prêmio Painel Pós-Graduação no 53º Congresso Brasileiro de Genética, Sociedade Brasileira de Genética.
2006
Troféu "Mário Dedini" Aluno Destaque, CREA-SP / AEAP.
2005
Prêmio Iniciação Científica no 51º Congresso Brasileiro de Genética, Sociedade Brasileira de Genética.
2005
Menção Honrosa no 13º SIICUSP, Universidade de São Paulo.
2004
Menção Honrosa no 12º SIICUSP, Universidade de São Paulo/USP.
2003
Menção Honrosa no 11º SIICUSP, Universidade de São Paulo/USP.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
DINIZ, AUGUSTO LIMA2019DINIZ, AUGUSTO LIMA ; GIORDANI, WILLIAN ; COSTA, ZIRLANE PORTUGAL ; Margarido, Gabriel R. A. ; PERSEGUINI, JULIANA MORINI K. C. ; BENCHIMOL-REIS, LUCIANA L. ; CHIORATO, ALISSON F. ; GARCIA, ANTÔNIO AUGUSTO F. ; VIEIRA, MARIA LUCIA CARNEIRO . Evidence for Strong Kinship Influence on the Extent of Linkage Disequilibrium in Cultivated Common Beans. Genes, v. 10, p. 5, 2019.

2.
DE OLIVEIRA, AMANDA AVELAR2018DE OLIVEIRA, AMANDA AVELAR ; PASTINA, MARIA MARTA ; DE SOUZA, VANDER FILIPE ; DA COSTA PARRELLA, RAFAEL AUGUSTO ; NODA, ROBERTO WILLIANS ; SIMEONE, MARIA LÚCIA FERREIRA ; SCHAFFERT, ROBERT EUGENE ; DE MAGALHÃES, JURANDIR VIEIRA ; DAMASCENO, CYNTHIA MARIA BORGES ; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES . Genomic prediction applied to high-biomass sorghum for bioenergy production. MOLECULAR BREEDING, v. 38, p. 49, 2018.

3.
DE SOUZA, LIVIA M.2018DE SOUZA, LIVIA M. ; DOS SANTOS, LUCIANO H. B. ; ROSA, JOÃO R. B. F. ; DA SILVA, CARLA C. ; MANTELLO, CAMILA C. ; CONSON, ANDRÉ R. O. ; SCALOPPI, ERIVALDO J. ; FIALHO, JOSEFINO DE F. ; DE MORAES, MARIO LUIZ T. ; GONÇALVES, PAULO DE S. ; Margarido, Gabriel R. A. ; GARCIA, ANTONIO A. F. ; LE GUEN, VINCENT ; DE SOUZA, ANETE P. . Linkage Disequilibrium and Population Structure in Wild and Cultivated Populations of Rubber Tree (Hevea brasiliensis). Frontiers in Plant Science, v. 9, p. 815, 2018.

4.
PEREIRA, GUILHERME S.2018PEREIRA, GUILHERME S. ; GARCIA, ANTONIO AUGUSTO F. ; Margarido, Gabriel R. A. . A fully automated pipeline for quantitative genotype calling from next generation sequencing data in autopolyploids. BMC BIOINFORMATICS, v. 19, p. 398, 2018.

5.
BALSALOBRE, THIAGO WILLIAN ALMEIDA2017BALSALOBRE, THIAGO WILLIAN ALMEIDA ; DA SILVA PEREIRA, GUILHERME ; MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES ; GAZAFFI, RODRIGO ; BARRETO, FERNANDA ZATTI ; ANONI, CARINA OLIVEIRA ; CARDOSO-SILVA, CLÁUDIO BENÍCIO ; COSTA, ESTELA ARAÚJO ; MANCINI, MELINA CRISTINA ; HOFFMANN, HERMANN PAULO ; DE SOUZA, ANETE PEREIRA ; GARCIA, ANTONIO AUGUSTO FRANCO ; CARNEIRO, MONALISA SAMPAIO . GBS-based single dosage markers for linkage and QTL mapping allow gene mining for yield-related traits in sugarcane. BMC Genomics, v. 18, p. 72, 2017.

6.
PAVINATO, V. A. C.2017PAVINATO, V. A. C. ; MARGARIDO, G. R. A. ; WIJERATNE, A. J. ; WIJERATNE, S. ; MEULIA, T. ; Souza, A. P. ; MICHEL, A. P. ; ZUCCHI, M. I. . Restriction site associated DNA (RAD) for de novo sequencing and marker discovery in sugarcane borer, Diatraea saccharalis Fab. (Lepidoptera: Crambidae). Molecular Ecology Resources, v. 17, p. 454-465, 2017.

7.
CASTRO, J.A.2016CASTRO, J.A. ; OLIVEIRA, E.J. ; JESUS, O.N. ; SOARES, T.L. ; MARGARIDO, G.R.A. . Molecular markers for conservation genetic resources of four Passiflora species. Scientia Horticulturae, v. 212, p. 251-261, 2016.

8.
Margarido, Gabriel R. A.2015 Margarido, Gabriel R. A.; HECKERMAN, DAVID . ConPADE: Genome Assembly Ploidy Estimation from Next-Generation Sequencing Data. PLOS Computational Biology (Online), v. 11, p. e1004229, 2015.

9.
MARGARIDO, G. R. A.2015MARGARIDO, G. R. A.; PASTINA, M. M. ; SOUZA, A. P. ; GARCIA, A. A. F. . Multi-trait multi-environment quantitative trait loci mapping for a sugarcane commercial cross provides insights on the inheritance of important traits. Molecular Breeding, v. 35, p. 175, 2015.

10.
GAZAFFI, RODRIGO2014GAZAFFI, RODRIGO ; Margarido, Gabriel R. A. ; PASTINA, MARIA MARTA ; Mollinari, Marcelo ; GARCIA, ANTONIO AUGUSTO F. . A model for quantitative trait loci mapping, linkage phase, and segregation pattern estimation for a full-sib progeny. Tree Genetics & Genomes (Print), v. 10, p. 791-801, 2014.

11.
SABADIN, P. K.2012SABADIN, P. K. ; MALOSETTI, M. ; BOER, M. P. ; Tardin, F. D. ; Santos, F. G. ; GUIMARÃES, C. T. ; Gomide, R. L. ; Andrade, C. L. T. ; Albuquerque, P. E. P. ; CANIATO, F. F. ; MOLLINARI, M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; Oliveira, B. F. ; SCHAFFERT, R. E. ; GARCIA, A. A. F. ; Eeuwijk, F. A. ; Magalhaes, J. V. . Studying the genetic basis of drought tolerance in sorghum by managed stress trials and adjustments for phenological and plant height differences. Theoretical and Applied Genetics, v. 124, p. 1389-1402, 2012.

12.
PASTINA, M. M.2012 PASTINA, M. M. ; Malosetti, M. ; GAZAFFI, R. ; Mollinari, M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; OLIVEIRA, K. M. ; Pinto, L. R. ; Souza, A. P. ; SOUZA, A. P. ; Eeuwijk, F. A. ; GARCIA, A. A. F. . A mixed model QTL analysis for sugarcane multiple-harvest-location trial data. Theoretical and Applied Genetics, v. 124, p. 835-849, 2012.

13.
ROSÁRIO, M. F.2010ROSÁRIO, M. F. ; MARGARIDO, G. R. A. ; BOSCHIERO, C. ; MOURA, A. S. A. M. T. ; LEDUR, M. C. ; COUTINHO, L. L. ; GARCIA, A. A. F. . Precision of distances and ordering of microsatellite markers in consensus linkage maps of chromosomes 1, 3 and 4 from two reciprocal chicken populations using bootstrap sampling. Genetics and Molecular Research, v. 9, p. 1357-1376, 2010.

14.
Hotta, Carlos T.2010Hotta, Carlos T. ; Lembke, Carolina G. ; Domingues, Douglas S. ; Ochoa, Edgar A. ; Cruz, Guilherme M. Q. ; Melotto-Passarin, Danila M. ; Marconi, Thiago G. ; Santos, Melissa O. ; Mollinari, Marcelo ; Margarido, Gabriel R. A. ; Crivellari, Augusto César ; Santos, Wanderley D. ; Souza, Amanda P. ; Hoshino, Andrea A. ; Carrer, Helaine ; Souza, Anete P. ; Garcia, Antônio A. F. ; Buckeridge, Marcos S. ; Menossi, Marcelo ; Sluys, Marie-Anne ; Souza, Glaucia M. . The Biotechnology Roadmap for Sugarcane Improvement. Tropical Plant Biology, v. 3, p. 75-87, 2010.

15.
MOLLINARI, M.2009 MOLLINARI, M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; VENCOVSKY, R. ; GARCIA, A. A. F. . Evaluation of algorithms used to order markers on genetic maps. Heredity (Edinburgh. Print), v. 103, p. 494-502, 2009.

16.
OLIVEIRA, E. J.2008OLIVEIRA, E. J. ; VIEIRA, M. L. C. ; GARCIA, A. A. F. ; MUNHOZ, C. F. ; MARGARIDO, G. R. A. ; CONSOLI, L. ; MATTA, F. P. ; MORAES, M. C. ; ZUCCHI, M. I. ; FUNGARO, M. H. P. . An Integrated Molecular Map of Yellow Passion Fruit Based on Simultaneous Maximum-likelihood Estimation of Linkage and Linkage Phases. Journal of the American Society for Horticultural Science, v. 133, p. 35-41, 2008.

17.
MOLLINARI, M.2008MOLLINARI, M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; GARCIA, A. A. F. . Comparação dos algoritmos delineação rápida em cadeia e seriação, para a construção de mapas genéticos. Pesquisa Agropecuária Brasileira, v. 43, p. 505-512, 2008.

18.
MARGARIDO, G. R. A.;Margarido, G R A;Margarido, Gabriel R. A.;Margarido, GRA;Margarido, G.R.A.;MARGARIDO, GRA;MARGARIDO, G.R.A.;MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES2007 MARGARIDO, G. R. A.; SOUZA, A. P. ; GARCIA, A. A. F. . OneMap: software for genetic mapping in outcrossing species. Hereditas (Lund), v. 144, p. 78-79, 2007.

19.
OLIVEIRA, K.M.2007OLIVEIRA, K.M. ; PINTO, L. R. ; MARCONI, T. G. ; MARGARIDO, G. R. A. ; PASTINA, M. M. ; TEIXEIRA, L. H. M. ; FIGUEIRA, A. V. O. ; ULIAN, E. C. ; GARCIA, A. A. F. ; SOUZA, A. P. . Functional integrated genetic linkage map based on EST-markers for a sugarcane (Saccharum spp.) commercial cross. Molecular Breeding, v. 20, p. 189-208, 2007.

Capítulos de livros publicados
1.
GARCIA, A. A. F. ; GAZAFFI, R. ; MARGARIDO, GRA ; MOLLINARI, M. ; SILVA, R. R. ; SOUZA, A. P. . QTL Mapping in Polyploids: Lessons from Sugarcane. In: JANK, L.; CHIARI, L.; DO VALLE, C.B.; SIMEÃO, R.M.. (Org.). Forage Breeding and Biotechnology. 1ed.Brasília: Embrapa, 2013, v. , p. 149-170.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
LEMBKE, C. G. ; LEE, H. ; ANDRADE, P. ; MARGARIDO, G. R. A. ; NISHIYAMA JUNIOR, M. Y. ; FERREIRA, S. S. ; PANDYA, R. ; GAIARSA, J. W. ; SCHATZ, M. ; DAVIDSON, B. ; HECKERMAN, D. ; SLUYS, M. V. ; SOUZA, G. M. . Exploring gene expression of the sugarcane genome in all its multiple copies: genome sequence and analysis of an energy crop. In: 29th Congress of the International Society of Sugar Cane Technologists, 2016, Chiang Mai, Thailand. Proceedings of the 29th Congress of the International Society of Sugar Cane Technologists, 2016.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
GAZAFFI, R. ; MOLLINARI, M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; PASTINA, M. M. ; OLIVEIRA, K.M. ; PINTO, L. R. ; SOUZA, A. P. ; GARCIA, A. A. F. . Mapeamento de QTLs em cana-de-açúcar utilizando mapeamento por intervalo composto e mapa genético integrado. In: 5º Congresso Brasileiro de Melhoramento de Plantas, 2009, Guarapari. Anais do 5º Congresso Brasileiro de Melhoramento de Plantas, 2009.

2.
GAZAFFI, R. ; MOLLINARI, M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; PASTINA, M. M. ; GARCIA, A. A. F. . Desenvolvimento de modelo Genético-Estatístico para mapeamento de QTLs em progênies de irmãos completos, utilizando mapeamento por intervalo composto. In: 54ª Reunião Anual da Região Brasileira da Sociedade Internacional de Biometria (RBRAS); 13º Simpósio de Estatística Aplicada à Experimentação Agronômica (SEAGRO), 2009, São Carlos. Anais da 54ª RBRAS - Reunião Anual da Região Brasileira da Sociedade Internacional de Biometria, 2009.

3.
GAZAFFI, R. ; MOLLINARI, M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; PASTINA, M. M. ; GARCIA, A. A. F. . Desenvolvimento de modelo Genético-Estatístico para mapeamento de QTLs em progênies de irmãos completos, utilizando mapeamento por intervalo composto. In: 5º Congresso Brasileiro de Melhoramento de Plantas, 2009, Guarapari. Anais do 5º Congresso Brasileiro de Melhoramento de Plantas, 2009.

4.
PASTINA, M. M. ; OLIVEIRA, K.M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; FIGUEIRA, A. V. O. ; BRESSIANI, J. A. ; SOUZA, A. P. ; GARCIA, A. A. F. . Mapeamento de QTL?s para caracteres de importância agronômica em dois cortes de cana-de-açúcar. In: 4° Congresso Brasileiro de Melhoramento de Plantas, 2007, São Lourenço - MG. Anais do 4° Congresso Brasileiro de Melhoramento de Plantas, 2007.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
GARCIA, A. L. B. ; HOSAKA, G. K. ; CORRER, F. H. ; OLIVEIRA, A. A. ; BARRETO, F. Z. ; BALSALOBRE, T. W. A. ; CARNEIRO, M. S. ; MARGARIDO, G. R. A. . RNA-Seq of sugarcane genotypes contrasting in brix content reveals polymorphisms in functional genomic regions. In: International Congress of Genetics 2018, 2018, Foz do Iguaçu, PR. Annals of the International Congress of Genetics 2018, 2018. v. 35706.

2.
CORRER, F. H. ; HOSAKA, G. K. ; GOMEZ, S. G. P. ; CIA, M. C. ; CAMARGO, L. E. A. ; MASSOLA JUNIOR, N. S. ; CARNEIRO, M. S. ; MARGARIDO, G. R. A. . Time series expression profiles of sugarcane infected by Puccinia kuehnii provide evidence of metabolic changes leading to susceptibility. In: International Congress of Genetics 2018, 2018, Foz do Iguaçu, PR. Annals of the International Congress of Genetics 2018, 2018. v. 35328.

3.
HOSAKA, G. K. ; CORRER, F. H. ; BARRETO, F. Z. ; BALSALOBRE, T. W. A. ; CARNEIRO, M. S. ; MARGARIDO, G. R. A. . Differential gene expression in immature culms of genotypes of the genus Saccharum contrasting in sucrose accumulation. In: International Congress of Genetics 2018, 2018, Foz do Iguaçu, PR. Annals of the International Congress of Genetics 2018, 2018. v. 35363.

4.
NISHIYAMA JUNIOR, M. Y. ; Lembke, Carolina G. ; LEE, H. ; ANDRADE, P. ; Hotta, Carlos T. ; MARGARIDO, G. R. A. ; FERREIRA, S. S. ; PANDYA, R. ; GAIARSA, J. W. ; SCHATZ, M. ; DAVIDSON, R. I. ; HECKERMAN, D. ; SLUYS, M. V. ; SOUZA, G. M. . Insights into Signaling and Regulation of Gene Expression in the Highly Polyploid Sugarcane. In: Plant and Animal Genome Conference XXV, 2017, San Diego. Annals of the Plant and Animal Genome Conference XXV, 2017. v. W896.

5.
CORRER, F. H. ; HOSAKA, G. K. ; GOMEZ, S. G. P. ; MASSOLA JUNIOR, N. S. ; CIA, M. C. ; CAMARGO, L. E. A. ; CARNEIRO, M. S. ; MARGARIDO, G. R. A. . Temporal gene expression profiles of sugarcane infected by Puccinia kuehnii. In: Brazilian Bioenergy Science and Technology Conference 2017, 2017, Campos do Jordão, SP. Annals of the Brazilian Bioenergy Science and Technology Conference 2017, 2017.

6.
HOSAKA, G. K. ; CORRER, F. H. ; BARRETO, F. Z. ; BALSALOBRE, T. W. A. ; GOMEZ, S. G. P. ; MASSOLA JUNIOR, N. S. ; CARNEIRO, M. S. ; MARGARIDO, G. R. A. . De novo assembly and annotation of sugarcane transcriptome infected with Puccinia kuehnii. In: Brazilian Bioenergy Science and Technology Conference 2017, 2017, Campos do Jordão, SP. Annals of the Brazilian Bioenergy Science and Technology Conference 2017, 2017.

7.
HOSAKA, G. K. ; CORRER, F. H. ; BARRETO, F. Z. ; BALSALOBRE, T. W. A. ; GOMEZ, S. G. P. ; MASSOLA JUNIOR, N. S. ; CARNEIRO, M. S. ; MARGARIDO, G. R. A. . De novo assembly and annotation of sugarcane transcriptome infected with Puccinia kuehnii. In: I Bioenergy Symposium, 2017, Campinas, SP. Abstracts Book - I Bioenergy Symposium, 2017. v. 18.

8.
SANTOS, L. H. B. ; SOUZA, L. M. ; ROSA, J. R. B. F. ; TOLEDO-SILVA, G. ; CONSON, A. R. O. ; SILVA, C. C. ; MANTELLO, C. C. ; VIANA, J. P. G. ; FRANCISCO, F. R. ; GONCALVES, P. S. ; LE GUEN, V. ; GARCIA, A. A. F. ; MARGARIDO, G. R. A. ; SOUZA, A. P. . Genotyping-by-sequencing to characterize population structure and linkage disequilibrium assessment in rubber tree (Hevea brasiliensis). In: Brazilian-International Congress of Genetics 2017, 2017, Águas de Lindóia. Proceedings of the Brazilian-International Congress of Genetics 2017, 2017. v. 38733.

9.
Lembke, Carolina G. ; ANDRADE, P. ; LEE, H. ; MARGARIDO, G. R. A. ; NISHIYAMA JUNIOR, M. Y. ; FERREIRA, S. S. ; PANDYA, R. ; GAIARSA, J. W. ; SCHATZ, M. ; HECKERMAN, D. ; DAVIDSON, R. I. ; SLUYS, M. V. ; SOUZA, G. M. . The Genome Sequence of a Sugarcane Hybrid: Exploring Genes, Alleles and Transcripts. In: Plant & Animal Genome Conference XXIV, 2016, San Diego, CA, EUA. Annals of the Plant & Animal Genome Conference XXIV, 2016. v. W889.

10.
PEREIRA, G. S. ; MARGARIDO, G. R. A. ; MOLLINARI, M. ; GARCIA, A. A. F. ; ZENG, Z.-B. . Quantitative Genotyping from GBS Data in Autopolyploids. In: Plant & Animal Genome Conference XXIV, 2016, San Diego, CA, EUA. Annals of the Plant and Animal Genome Conference XXIV, 2016. v. P0221.

11.
GAIARSA, J. W. ; MARGARIDO, G. R. A. ; SLUYS, M. V. . Sugarcane Moleculo Contigs into Chromosome Cluster Clouds. In: Plant and Animal Genome Conference XXIV, 2016, San Diego, CA. Annals of the Plant and Animal Genome Conference XXIV, 2016. v. W890.

12.
FELICIO, M. S. ; BATISTA, L. G. ; CORRER, F. H. ; SANT`ANA, G. C. ; FERREIRA, R. V. ; BRITO, L. M. N. ; SILVA, B. S. R. ; MARGARIDO, G. R. A. ; PEREIRA, L. F. P. ; DOMINGUES, D. S. . Eficiência de métodos de imputação de marcadores para dados de GBS em Coffea arabica. In: IV Congresso Brasileiro de Recursos Genéticos, 2016, Curitiba, PR. Anais do IV Congresso Brasileiro de Recursos Genéticos, 2016.

13.
CORRER, F. H. ; HOSAKA, G. K. ; SILVA, C. S. M. R. ; GOMEZ, S. G. P. ; MASSOLA JUNIOR, N. S. ; CARNEIRO, M. S. ; MARGARIDO, G. R. A. . Temporal gene expression profiles of sugarcane infected by orange rust. In: 62º Congresso Brasileiro de Genética, 2016, Caxambu, MG. Anais do 62º Congresso Brasileiro de Genética, 2016.

14.
MENEGATTO, L. S. ; BARRETO, F. Z. ; BALSALOBRE, T. W. A. ; MANCINI, M. C. ; COSTA, E. A. ; ANONI, C. O. ; PEREIRA, G. S. ; CARNEIRO, M. S. ; SOUZA, A. P. ; GARCIA, A. A. F. ; MARGARIDO, G. R. A. . Assessment of genotypic diversity and selection signatures in a diverse panel of sugarcane (Saccharum spp.) genotypes. In: 62º Congresso Brasileiro de Genética, 2016, Caxambu, MG. Anais do 62º Congresso Brasileiro de Genética, 2016.

15.
HECKERMAN, D. ; Lembke, Carolina G. ; PANDYA, R. ; LEE, H. ; DAVIDSON, B. ; SLUYS, M. V. ; SOUZA, G. M. ; MARGARIDO, G. R. A. . Insights from a Long-Read Assembly of the Complex Sugarcane Genome. In: Plant & Animal Genome XXIII Conference, 2015, San Diego. Annals of the Plant & Animal Genome XXIII Conference, 2015. v. W818.

16.
NICOLAI, V. ; MARGARIDO, G. R. A. . Evaluating the importance of replicates in differential gene expression analyses from RNA-Seq data. In: 61º Congresso Brasileiro de Genética, 2015, Águas de Lindóia/SP. Anais do 61º Congresso Brasileiro de Genética, 2015. v. 36682.

17.
MENEGATTO, L. S. ; BARRETO, F. Z. ; BALSALOBRE, T. W. A. ; MANCINI, M. C. ; COSTA, E. A. ; ANONI, C. O. ; PEREIRA, G. S. ; CARNEIRO, M. S. ; Souza, A. P. ; GARCIA, A. A. F. ; MARGARIDO, G. R. A. . Functional characterization of genotypic variation in sugarcane (Saccharum spp.) by genotyping-by-sequencing. In: 61º Congresso Brasileiro de Genética, 2015, Águas de Lindóia/SP. Anais do 61º Congresso Brasileiro de Genética, 2015. v. 36825.

18.
OLIVEIRA, A. A. ; PASTINA, M. M. ; SOUZA, V. F. ; PARRELLA, R. A. C. ; NODA, R. W. ; MAGALHAES, J. V. ; SCHAFFERT, R. E. ; DAMASCENO, C. M. B. ; MARGARIDO, G. R. A. . Genomic selection methods applied to high biomass sorghum for the production of second generation ethanol. In: 61º Congresso Brasileiro de Genética, 2015, Águas de Lindóia/SP. Anais do 61º Congresso Brasileiro de Genética, 2015. v. 36767.

19.
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ROSARIO, M. F. ; MARGARIDO, G. R. A. ; LEDUR, M. C. ; MOURA, A. S. A. M. T. ; GARCIA, A. A. F. ; COUTINHO, L. L. . Mapa Consenso Brasileiro do cromossomo 4 da galinha associado a intervalos de confiança de distâncias e ordens de locos microssatélites. In: 55º Congresso Brasileiro de Genética, 2009, Águas de Lindóia - SP. Anais do 55º Congresso Brasileiro de Genética, 2009.

31.
MARGARIDO, G. R. A.; MOLLINARI, M. ; PASTINA, M. M. ; GAZAFFI, R. ; GARCIA, A. A. F. . Seleção de modelos para o mapeamento de múltiplos QTLs em progênies de irmãos completos. In: 54º Congresso Brasileiro de Genética, 2008, Salvador - BA. Anais do 54º Congresso Brasileiro de Genética, 2008.

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PASTINA, M. M. ; GAZAFFI, R. ; MOLLINARI, M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; OLIVEIRA, K.M. ; SOUZA, A. P. ; GARCIA, A. A. F. . Mapeamento de QTL?S em cana-de-açúcar usando mapeamento por intervalo. In: 54º Congresso Brasileiro de Genética, 2008, Salvador - BA. Anais do 54º Congresso Brasileiro de Genética, 2008.

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GAZAFFI, R. ; MARGARIDO, G. R. A. ; PASTINA, M. M. ; MOLLINARI, M. ; GARCIA, A. A. F. . Desenvolvimento de modelo genético-estatístico para mapeamento de QTLs em progênies de irmãos completos, utilizando mapeamento por intervalo. In: 54º Congresso Brasileiro de Genética, 2008, Salvador - BA. Anais do 54º Congresso Brasileiro de Genética, 2008.

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MOLLINARI, M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; GARCIA, A. A. F. . Construção de mapas genéticos em progênies de irmãos completos usando Cadeias de Markov Ocultas. In: 54º Congresso Brasileiro de Genética, 2008, Salvador - BA. Anais do 54º Congresso Brasileiro de Genética, 2008.

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DIAS, R. A. P. ; MARGARIDO, G. R. A. ; PETRINI, J. ; MOURÃO, G. B. ; ELER, J. P. ; FERRAZ, J. B. S. ; DEMÉTRIO, C. G. B. . Multicolinearidade em modelo genético aditivo-dominante sobre peso ao desmame em bovinos de corte compostos. In: 53ª RBRAS - Reunião Anual da Região Brasileira da Sociedade Internacional de Biometria, 2008, Lavras. Anais da 53ª RBRAS, 2008.

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37.
PASTINA, M. M. ; OLIVEIRA, K.M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; FIGUEIRA, A. V. O. ; BRESSIANI, J. A. ; SOUZA, A. P. ; GARCIA, A. A. F. . Identificação de interações epistáticas entre QTLs associados a caracteres de importância agronômica em cana-de-açúcar. In: 53º Congresso Brasileiro de Genética, 2007, Águas de Lindóia - SP. Anais do 53° Congresso Brasileiro de Genética, 2007.

38.
MOLLINARI, M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; VENCOVSKY, R. ; GARCIA, A. A. F. . Comparação de algoritmos de ordenação de locos em mapas genéticos usando métodos monte carlo. In: 53º Congresso Brasileiro de Genética, 2007, Águas de Lindóia - SP. Anais do 53° Congresso Brasileiro de Genética, 2007.

39.
OLIVEIRA, E. J. ; GARCIA, A. A. F. ; MUNHOZ, C. F. ; MARGARIDO, G. R. A. ; CONSOLI, L. ; VIEIRA, M. L. C. . Construção e integração de mapas genéticos de maracujá-amarelo (Passiflora edulis f. flavicarpa) com base em marcadores bi-parentais. In: 52º Congresso Brasileiro de Genética, 2006, Foz do Iguaçu - PR. Anais do 52º Congresso Brasileiro de Genética, 2006.

40.
PASTINA, M. M. ; OLIVEIRA, K.M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; FIGUEIRA, A. V. O. ; ULIAN, E. C. ; SOUZA, A. P. ; GARCIA, A. A. F. . Mapeamento de QTL?s em cana-de-açúcar para caracteres de importância agronômica. In: 52º Congresso Brasileiro de Genética, 2006, Foz do Iguaçu - PR. Anais do 52º Congresso Brasileiro de Genética, 2006.

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OLIVEIRA, E. J. ; PADUA, J. G. ; ZUCCHI, M. I. ; CONSOLI, L. ; MUNHOZ, C. F. ; MARGARIDO, G. R. A. ; GARCIA, A. A. F. ; FUNGARO, M. H. P. ; VIEIRA, M. L. C. . Desenvolvimento de marcadores microssatélites em maracujá-amarelo (Passiflora edulis f. flavicarpa) com base em uma biblioteca genômica enriquecida. In: 51º Congresso Brasileiro de Genética, 2005, Águas de Lindóia - SP. Anais do 51º Congresso Brasileiro de Genética, 2005.

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MARGARIDO, G. R. A.; MOLLINARI, M. ; FARIAS, F. J. C. ; GARCIA, A. A. F. . Isc: um programa para o cálculo de índices de seleção de cultivares. In: 13º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2005, Piracicaba - SP. SIICUSP - Anais do 13º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2005.

48.
MOLLINARI, M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; GARCIA, A. A. F. ; VENCOVSKY, R. . Comparação de algoritmos de ordenação de locos em mapas genéticos usando métodos Monte Carlo. In: 13º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2005, Piracicaba - SP. SIICUSP - Anais do 13º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2005.

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MARGARIDO, G. R. A.; MOLLINARI, M. ; GARCIA, A. A. F. ; FARIAS, F. J. C. . Isc: um programa para o cálculo de índices de seleção de cultivares. In: 11º Encontro Científico dos Pós-Graduandos no CENA/USP, 2005, Piracicaba. Anais do 11º Encontro Científico dos Pós-Graduandos no CENA/USP, 2005.

50.
MARGARIDO, G. R. A.; MOLLINARI, M. ; GARCIA, A. A. F. . Uso do método de reamostragem bootstrap para validação da ordem de marcadores em mapas genéticos. In: 13º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2005, Piracicaba. Anais do 13º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2005.

51.
MARGARIDO, G. R. A.; MOLLINARI, M. ; PASTINA, M. M. ; GARCIA, A. A. F. . Uso do método de reamostragem bootstrap para validação da ordem de marcadores em mapas genéticos. In: 12º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2004, Piracicaba - SP. SIICUSP - Anais do 12º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2004.

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ARAUJO, M. M. ; MOLLINARI, M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; FARIAS, F. J. C. ; GARCIA, A. A. F. ; VELLO, N. A. . Uso de índices de seleção não paramétricos no melhoramento do algodoeiro herbáceo. In: 12º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2004, Piracicaba - SP. SIICUSP - Anais do 12º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2004.

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MOLLINARI, M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; PASTINA, M. M. ; GARCIA, A. A. F. . Avaliação dos algoritmos utilizados pelos programas QTL Cartographer e MapMaker/EXP para a construção de mapas de ligação. In: 12º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2004, Piracicaba - SP. SIICUSP - Anais do 12º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2004.

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PASTINA, M. M. ; MOLLINARI, M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; MEZA, A. N. ; SOUZA, A. P. ; GARCIA, A. A. F. . Construção de um mapa genético para cana-de-açúcar com marcador RFLP usando os programas computacionais MapMaker/EXP e JoinMap simultaneamente. In: 12º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2004, Piracicaba - SP. SIICUSP - Anais do 12º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2004.

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PASTINA, M. M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; GAZAFFI, R. ; MOLLINARI, M. ; LEANDRO, R. A. ; GARCIA, A. A. F. . Determinação de intervalos de verossimilhança para as distâncias entre locos apresentadas em mapas de ligação. In: 49º Congresso Brasileiro de Genética, 2003, Águas de Lindóia - SP. Anais do 49º Congresso Brasileiro de Genética, 2003.

56.
PASTINA, M. M. ; GAZAFFI, R. ; MOLLINARI, M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; MEZA, A. N. ; SOUZA, A. P. ; GARCIA, A. A. F. . Determinação das fases de ligação entre locos em um mapa de cana-de-açúcar, através do método da razão de verossimilhança. In: 11º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2003, Piracicaba - SP. SIICUSP - Anais do 11º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2003.

57.
GAZAFFI, R. ; PASTINA, M. M. ; MOLLINARI, M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; GARCIA, A. A. F. . Comparação do método de regressão linear usando mínimos quadrados e máxima verossimilhança para o mapeamento de QTL's. In: 49º Congresso Brasileiro de Genética, 2003, Águas de Lindóia - SP. Anais do 49º Congresso Brasileiro de Genética, 2003.

58.
MOLLINARI, M. ; GAZAFFI, R. ; PASTINA, M. M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; GARCIA, A. A. F. . Comparação de algoritmos genéticos usados para a ordenação de marcadores moleculares dentro de grupos de ligação de mapas genéticos. In: 49º Congresso Brasileiro de Genética, 2003, Águas de Lindóia - SP. Anais do 49º Congresso Brasileiro de Genética, 2003.

59.
MARGARIDO, G. R. A.; PASTINA, M. M. ; GAZAFFI, R. ; MOLLINARI, M. ; GARCIA, A. A. F. . Uso do método de reamostragem ?bootstrap? para construção de intervalos de confiança para distâncias entre locos em mapas genéticos. In: 11º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2003, Piracicaba - SP. Anais do 11º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2003.

60.
GAZAFFI, R. ; PASTINA, M. M. ; MOLLINARI, M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; GARCIA, A. A. F. . Comparação do método de regressão linear usando mínimos quadrados e máxima verossimilhança para o mapeamento de QTLs. In: 11º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2003, Piracicaba. Anais do 11º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2003.

61.
PASTINA, M. M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; GAZAFFI, R. ; MOLLINARI, M. ; LEANDRO, R. A. ; GARCIA, A. A. F. . Determinação de intervalos de verossimilhança para as distâncias entre locos apresentadas em mapas de ligação. In: 11º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2003, Piracicaba. Anais do 11º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2003.

62.
MOLLINARI, M. ; GAZAFFI, R. ; PASTINA, M. M. ; MARGARIDO, G. R. A. ; GARCIA, A. A. F. . Comparação de algoritmos genéticos usados para a ordenação de marcadores dentro de grupos de ligação de mapas genéticos. In: 11º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2003, Piracicaba. Anais do 11º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo, 2003.

Apresentações de Trabalho
1.
MARGARIDO, G. R. A.. Bioinformática na Era das Ômicas. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
MARGARIDO, G. R. A.. Desdobramento nos delineamentos Fatorial e Parcelas Subdivididas no R. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
MARGARIDO, G. R. A.. Applications of Genomics in Polyploid Crops. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
MARGARIDO, G. R. A.. Aplicações da Bioinformática em estudos do genoma poliploide da cana-de-açúcar. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
MARGARIDO, G. R. A.. Genômica de espécies poliploides: desafios biocomputacionais. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

6.
MARGARIDO, G. R. A.. Aplicações da bioinformática no melhoramento de plantas. 2016. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

7.
MARGARIDO, G. R. A.. Aplicações da bioinformática no melhoramento de plantas. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

8.
HECKERMAN, D. ; Lembke, Carolina G. ; PANDYA, R. ; LEE, H. ; DAVIDSON, B. ; SLUYS, M. V. ; SOUZA, G. M. ; MARGARIDO, G. R. A. . Insights from a Long-Read Assembly of the Complex Sugarcane Genome. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

9.
MARGARIDO, G. R. A.. Genotyping-by-sequencing of polyploid species. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

10.
MARGARIDO, G. R. A.. Bioinformatics Applied to Bioenergy. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

11.
MARGARIDO, G. R. A.; HUANG, L. ; DAVIDSON, B. ; NISHIYAMA JUNIOR, M. Y. ; SOUZA, G. M. ; HECKERMAN, D. . Lessons from the Analysis of WGS and RNA-Seq of a Sugarcane Cultivar. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

12.
MARGARIDO, G. R. A.. Estudos gemômicos em poliplóides: montagem de genomas complexos e estimação de ploidia. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

13.
MARGARIDO, G. R. A.. Current progress in the whole-genome shotgun assembly of a Brazilian cultivar. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

14.
MARGARIDO, G. R. A.. Montagem do genoma da cana-de-açúcar e estudos genômicos em poliploides. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

15.
Margarido, G.R.A.; POP, C. ; DAVIDSON, R. I. ; SOUZA, G. M. ; HECKERMAN, D. . Towards copy-aware assembly of the sugarcane genome. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

16.
SILVA, L. C. ; MARGARIDO, G.R.A. ; MOLLINARI, M. ; ZENG, Z.-B. ; GARCIA, A. A. F. . A statistical model for multiple trait multiple interval mapping of quantitative trait loci in full-sibs. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

17.
MARGARIDO, G.R.A.. Avanços no entendimento da relação entre genótipo e fenótipo através de marcadores genéticos. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

18.
PASTINA, M. M. ; MALOSETTI, M. ; GAZAFFI, R. ; MOLLINARI, M. ; MARGARIDO, G.R.A. ; OLIVEIRA, K.M. ; SOUZA, A. P. ; van EEUWIJK, F. A. ; GARCIA, A. A. F. . Multi-harvest-location QTL analysis for sugarcane using mixed models. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).


Produção técnica
Assessoria e consultoria
1.
MARGARIDO, G. R. A.; MOLLINARI, M. . Assessoria Estatística/Genética - Mapeamento de QTL's e a base genética da correlação entre caracteres em uma população de milho tropical (Tese de Doutorado de Priscilla Karen Sabadin). 2008.

2.
MARGARIDO, G. R. A.. Assessoria Estatística/Genética - Arquitetura genética de características quantitativas associadas ao desempenho e ao rendimento de carcaça na galinha doméstica (Tese de Doutorado de Millor Fernandes do Rosário). 2007.

3.
MARGARIDO, G. R. A.; MOLLINARI, M. . Assessoria Estatística/Genética - Development of an integrated genetic map of a sugarcane (Saccharum spp.) commercial cross, based on a maximum-likelihood approach for estimation of linkage and linkage phases. 2006.

4.
MARGARIDO, G. R. A.. Assessoria Estatística/Genética - Desenvolvimento e uso de marcadores microssatélites para construção e integração de mapas genéticos de maracujá amarelo (Passiflora edulis Sims f. flavicarpa Deg.) (Tese de Doutorado de Eder Jorge de Oliveira). 2006.

5.
MARGARIDO, G. R. A.; MOLLINARI, M. . Assessoria Estatística/Genética - Índice de seleção em cultivares de algodoeiro herbáceo (Tese de Doutorado de Francisco José Correia Farias). 2005.

6.
MARGARIDO, G. R. A.. Assessoria Estatística - Mapeamento Genético e expressão diferencial de genes em laranja, tangor e híbridos (Tese de Doutorado de Marinês Bastianel). 2004.

Programas de computador sem registro
1.
MARGARIDO, G. R. A.; PEREIRA, G. S. ; GARCIA, A. A. F. . VCF2SM: A fully automated pipeline for quantitative genotype calling from next generation sequencing data in polyploids. 2018.

2.
MARGARIDO, G. R. A.; HECKERMAN, D. . ConPADE: genome assembly ploidy estimation from next-generation sequencing data. 2015.

3.
MARGARIDO, G. R. A.; MOLLINARI, M. ; GARCIA, A. A. F. . OneMap 2.0-1 - Software for constructing genetic maps in experimental crosses: full-sib, RILs, F2 and backcrosses. 2011.

4.
MARGARIDO, G. R. A.; MOLLINARI, M. ; GARCIA, A. A. F. ; SOUZA, A. P. . OneMap - Software for constructing genetic maps in outcrossing species version 1.0-1. 2009.

5.
MARGARIDO, G.R.A.; MOLLINARI, M. ; GARCIA, A. A. F. . OneMap - Software for constructing genetic maps in outcrossing species version 1.0-1. 2009.

6.
MARGARIDO, G. R. A.; MOLLINARI, M. ; FARIAS, F. J. C. ; GARCIA, A. A. F. . ISC: Um Programa para Cálculo de Índices de Seleção de Cultivares. 2005.

7.
MARGARIDO, G.R.A.; MOLLINARI, M. ; FARIAS, F. J. C. ; GARCIA, A. A. F. . ISC: Um Programa para Cálculo de Índices de Seleção de Cultivares. 2005.

Trabalhos técnicos
1.
MARGARIDO, G. R. A.. Parecer FAPESP - 09/2018. 2018.

2.
MARGARIDO, G. R. A.. Parecer FAPESP - 12/2018. 2018.

3.
MARGARIDO, G. R. A.. Parecer FAPESP - 01/2017. 2017.

4.
MARGARIDO, G. R. A.. Parecer FAPESP - 03/2017. 2017.

5.
MARGARIDO, G. R. A.. Parecer FAPESP - 04/2017. 2017.

6.
MARGARIDO, G. R. A.. Parecer de Projeto de Pesquisa - UFSCar. 2017.

7.
MARGARIDO, G. R. A.. Parecer FAPESP - 01/2016. 2016.

8.
MARGARIDO, G. R. A.. Parecer FAPESP - 03/2016. 2016.

9.
MARGARIDO, G. R. A.. Parecer FAPESP - 07/2016. 2016.

10.
MARGARIDO, G. R. A.. Parecer FAPESP - 09/2015. 2015.

11.
MARGARIDO, G. R. A.; GARCIA, A. A. F. ; VENCOVSKY, R. . Uso do método bootstrap para construção de intervalos de confiança para distância entre locos em mapas genéticos de espécies alógamas. 2006.

12.
MARGARIDO, G. R. A.; VIEIRA, M. L. C. ; GARCIA, A. A. F. . Construção de um mapa de ligação de maracujazeiro amarelo (Passiflora edulis Sims. f. flavicarpa Deg.) baseado em marcadores microssatélites e AFLP. 2005.

13.
MARGARIDO, G. R. A.; GARCIA, A. A. F. . Uso do método de reamostragem bootstrap para validação da ordem de marcadores em mapas genéticos. 2004.

Entrevistas, mesas redondas, programas e comentários na mídia
1.
MARGARIDO, G. R. A.. Transcriptômica para identificação de genes de interesse comercial em cana-de-açúcar. 2017. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).


Demais tipos de produção técnica
1.
MARGARIDO, G. R. A.. Bioinformática. 2018. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

2.
MARGARIDO, G.R.A.; VENCOVSKY, R. ; GARCIA, A. A. F. . Principles of Statistics for Geneticists (Brazilian Summer Institute in Statistical Genetics). 2014. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

3.
MARGARIDO, G.R.A.. Contribuições, Importância e Aplicação da Experimentação Agrícola e Genética Quantitativa em um Programa de Melhoramento (2º Workshop em Genética e Melhoramento de Plantas: Melhoramento de Plantas no Século XXI - Desafios e Perspectivas). 2011. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
MARGARIDO, G. R. A.; FRITSCHE-NETO, R.; REGITANO, L. C. A.; COUTINHO, L. L.. Participação em banca de Natália Silva Morosini. Identificação e caracterização de regiões de eucromatina associadas à regulação da expressão gênica e à gordura intramuscular em bovinos da raça Nelore. 2018. Dissertação (Mestrado em Ciência Animal e Pastagens) - Universidade de São Paulo.

2.
MARGARIDO, G. R. A.; PIOTTO, F. A.; CARNEIRO, M. S.; DOMINGUES, D. S.. Participação em banca de Julia Silva Morosini. Associação genômica ampla para caracteres relacionados à eficiência no uso de nitrogênio em linhagens de milho tropical. 2017. Dissertação (Mestrado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo.

3.
MARGARIDO, G. R. A.; SOUZA, A. A.; GONZALEZ, E. R.; QUECINE-VERDI, M. C.. Participação em banca de Mariana da Silva Lopes. Identificação in silico e perfil transcricional de genes candidatos a efetores de Austropuccinia psidii. 2017. Dissertação (Mestrado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo.

4.
MARGARIDO, G. R. A.; SOUZA, A. P.; ZUCCHI, M. I.. Participação em banca de Paula Arielle Mendes Ribeiro Valdisser. Genômica populacional e análise de associação genômica ampla (GWAS) para tolerância à seca e produtividade em feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.). 2017. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

5.
MARGARIDO, G. R. A.; MORO, G. V.; FRITSCHE-NETO, R.. Participação em banca de Giovanni Galli. Predição genômica de híbridos de milho para caracteres de arquitetura oligogênica e sob diferentes parâmetros de penalização e correção de fenótipo. 2016. Dissertação (Mestrado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo.

6.
MARGARIDO, G. R. A.; LABORDA, P. R.; SOUZA, A. P.. Participação em banca de Isabela Aparecida de Araújo Andreotti. Construção de um mapa genético molecular para Hevea brasiliensis. 2016. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

7.
MARGARIDO, G. R. A.; VITORELLO, C. B. M.; SETUBAL, J. C.. Participação em banca de Fernanda Orpinelli Ramos do Rego. Modelagem computacional de famílias de proteínas microbianas relevantes para produção de bioenergia. 2015. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

8.
MARGARIDO, G. R. A.; MAIA, I. G.; LABATE, C. A.. Participação em banca de Hana Karina Pereira da Silva. Análise do transcriptoma foliar de Eucalyptus grandis em resposta às fertilizações potássica ou sódica sob condição hídrica normal ou de restrição. 2015. Dissertação (Mestrado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo.

9.
MARGARIDO, G. R. A.; PASCHOAL, A. R.; VITORELLO, C. B. M.. Participação em banca de Lucas Mitsuo Taniguti. Propagação semi-automática de termos Gene Ontology a proteínas com potencial biotecnológico para a produção de bioenergia. 2014. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo.

Teses de doutorado
1.
MARGARIDO, G. R. A.; BOSCHIERO, C.; MOURÃO, G. B.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L.. Participação em banca de Thaís Fernanda Godoy. Variação de número de cópias herdadas no genoma da galinha e associação com características de músculo de peito. 2018. Tese (Doutorado em Ciência Animal e Pastagens) - Universidade de São Paulo.

2.
MARGARIDO, G. R. A.; BOSCHIERO, C.; MOURA, A. S. A. M. T.; LEDUR, M. C.; COUTINHO, L. L.. Participação em banca de Gabriel Costa Monteiro Moreira. Estudos de associação genômica ampla revelam regiões genômicas e genes candidatos posicionais para deposição de gordura em galinhas. 2018. Tese (Doutorado em Ciência Animal e Pastagens) - Universidade de São Paulo.

3.
MARGARIDO, G. R. A.; PINHEIRO, J. B.; BENATTI, T. R.; MISSIAGGIA, A. A.; LABATE, C. A.. Participação em banca de Marisângela Rodrigues dos Santos. Identificação de metabólitos da região cambial, cerne e alburno associados à produção de madeira em Eucalyptus grandis. 2018. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo.

4.
MARGARIDO, G. R. A.; DORNELAS, M. C.; VARANI, A.M.; VIEIRA, M. L. C.. Participação em banca de Zirlane Portugal da Costa. Estudos genômicos em Passiflora edulis (Passifloraceae). 2018. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo.

5.
MARGARIDO, G. R. A.; SOBIERAJSKI, G. R.; CARLINI-GARCIA, L. A.; FRITSCHE-NETO, R.. Participação em banca de Filipe Couto Alves. Unraveling the impact of genotype by environment interaction complexity and a new proposal to understand the contribution of additive and non-additive effects on genomic prediction in tropical maize single-crosses. 2018. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo.

6.
MARGARIDO, G. R. A.; PERES, L. E. P.; DALIO, R. J. D.; FIGUEIRA, A. V. O.. Participação em banca de Jamille Santos da Silva. Papel do ácido abscísico na modulação da defesa em tomateiro ?Micro-Tom? contra patógenos de estilos de vida contrastantes por meio da regulação transcricional e pós-transcricional. 2018. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo.

7.
MARGARIDO, G. R. A.; CARAZZOLLE, M.; CARRER, H.; BUCKERIDGE, M. S.; SOUZA, G. M.. Participação em banca de Mauro de Medeiros Oliveira. Transcriptoma, Sítios de Ligação para Fatores de Transcrição e Região Promotora de cana-de-açúcar. 2018. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

8.
MARGARIDO, G. R. A.; HILSDORF, A. W. S.; MOURÃO, G. B.; ANDRADE, S. C. S.; COUTINHO, L. L.. Participação em banca de José de Ribamar da Silva Nunes. Descoberta de SNP, construção de mapa genético de alta densidade e identificação de genes associados com adaptação climática e ausência da espinha intermuscular em tambaqui (Colossoma macropomum). 2017. Tese (Doutorado em Ciência Animal e Pastagens) - Universidade de São Paulo.

9.
MARGARIDO, G. R. A.; BENCHIMOL, L. L.; PEREIRA, L. F. P.; COLOMBO, C. A.; GARCIA, A. A. F.. Participação em banca de Luís Felipe Ventorim Ferrão. Desenvolvimento e aplicação de métodos genético-estatísticos para predição genômica em Coffea canephora. 2017. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo.

10.
MARGARIDO, G. R. A.; MISSIAGGIA, A. A.; RIANO-PACHON, D. M.; MARINO, C. L.; LABATE, C. A.. Participação em banca de Ana Paula Chiaverini Pinto. Perfil transcricional da xilogênese em Eucalyptus grandis. 2017. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo.

11.
MARGARIDO, G. R. A.; SANTOS, M. F.; FRITSCHE-NETO, R.; VIGNA, B. B. Z.; GARCIA, A. A. F.. Participação em banca de Letícia Aparecida de Castro Lara. Modelos genéticos-estatísticos para seleção genômica em Panicum maximum com informação de dosagem alélica. 2017. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo.

12.
MARGARIDO, G. R. A.; NISHIYAMA JUNIOR, M. Y.; CESARINO, I.; HASHIMOTO, R. F.; BUCKERIDGE, M. S.. Participação em banca de Amanda Rusiska Piovezani. System Integration Tool: uma ferramenta para integração e visualização de dados em larga escala e sua aplicação em cana-de-açúcar. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

13.
MARGARIDO, G. R. A.; RIBEIRO, R. V.; BRANDAO, M. M.; MALUF, M. P.; SOUZA, A. P.. Participação em banca de André Ricardo Oliveira Conson. Mapeamento Genético-Molecular e Análise de QTLs associados ao crescimento em Hevea brasiliensis utilizando marcadores microssatélites e SNPs. 2016. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

14.
MARGARIDO, G. R. A.; LEDUR, M. C.; MOURA, A. S. A. M. T.; BOSAGNA, C. M. G.; COUTINHO, L. L.. Participação em banca de Fábio Pértille. Desvendando associações genéticas importantes e perfis de metilação diferenciais utilizando sequenciamento reduzido do genoma da galinha. 2016. Tese (Doutorado em Ciência Animal e Pastagens) - Universidade de São Paulo.

15.
MARGARIDO, G. R. A.; GARCIA, A. A. F.; CHIORATO, A. F.; MUI, T. S.; VIEIRA, M. L. C.. Participação em banca de Augusto Lima Diniz. Regiões genômicas envolvidas no controle de caracteres agronômicos e no teor de macro e micronutrientes em grãos de feijão comum, via mapeamento associativo. 2016. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo.

16.
Margarido, G R A; CANTAO, M. E.; KUROSHU, R. M.; VITORELLO, C. B. M.; SOUZA, A. P.. Participação em banca de Cláudio Benício Cardoso da Silva. Análise do Transcriptoma e de Sequências Genômicas de Variedades Comerciais de Cana-de-Açúcar. 2015. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

17.
Margarido, G R A; SOLER, J. M. P.; LEANDRO, R. A.; GUIMARÃES, C. T.; GARCIA, A. A. F.. Participação em banca de Adriana Cheavegatti Gianotto. Desenvolvimento de modelos de causalidade com informações de QTLs para estudo do relacionamento de caracteres fenotípicos relativos à absorção de fósforo em milho. 2015. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo.

18.
Margarido, G R A; MALUF, M. P.; ULIAN, E. C.; RESENDE, R. M. S.; SOUZA, A. P.. Participação em banca de Estela Araújo Costa. Construção de um mapa funcional em cana-de-açúcar e mapeamento de QTLs de importância econômica. 2015. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

19.
Margarido, G R A; PRIOLLI, R. H. G.; PINHEIRO, J. B.; CARLINI-GARCIA, L. A.; VELLO, N. A.. Participação em banca de Philip Traldi Wysmierski. Seleção de linhagens experimentais de soja para tolerância à ferrugem asiática e produtividade. 2015. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo.

20.
MARGARIDO, G. R. A.; AZEVEDO, A. L. S.; ZUCCHI, M. I.; MARTINS, E. R. F.; SOUZA, A. P.. Participação em banca de Jean Carlos de Souza Santos. Saturação do mapa genético molecular de Urochloa humidicola. 2015. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

21.
MARGARIDO, G. R. A.; RIANO-PACHON, D. M.; GARCIA, A. A. F.; REIS, S. F.; VINCENTZ, M. G. A.. Participação em banca de Mariane de Mendonça Vilela. Compreendendo os genomas poliploides: insights sobre a organização e evolução do genoma da cana-de-açúcar. 2015. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

22.
MARGARIDO, G.R.A.; SOUZA, A. P.; REIS, S. F.; SANTOS, F. A. M.; SANTOS, P. M.. Participação em banca de Guilherme de Toledo e Silva. Estudos genético-moleculares em Panicum maximum: mapeamento genético-molecular e análise de transcriptoma via RNA-seq. 2014. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

23.
MARGARIDO, G. R. A.; SOUZA, A. P.; YALY, M. C.; ULIAN, E. C.; MAGALHAES, J. V.. Participação em banca de Melina Cristina Mancini. Construção de um mapa funcional e detecção de QTLs de importância econômica em uma população derivada de cruzamento bi-parental entre duas variedades comerciais em cana-de-açúcar. 2014. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

24.
MARGARIDO, G. R. A.; SOUZA, A. P.; RIBEIRO, R. V.; VIRGENS FILHO, A. C.; MALUF, M. P.. Participação em banca de Camila Campos Mantello. Mapeamento Genético Molecular em Hevea brasiliensis. 2014. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

25.
MARGARIDO, G. R. A.; SOUZA, A. P.; DIAS, C. V.; GRAMACHO, K. P.; SANTOS, F. A. M.. Participação em banca de Mariana Araújo Barreto. Caracterização de resistência à Phytophthora e mapeamento de QTLs para resistência à podridão-parda e vassoura-de-bruxa em cacaueiro. 2014. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

26.
MARGARIDO, G. R. A.; ROSSI, M. M.; AMORIM, L.; VICENTINI, R.; VIEIRA, M. L. C.. Participação em banca de Alessandra Carolina Palhares. Análise, via RNAseq, do transcritoma da cana-de-açúcar e identificação de genes expressos em resposta a Sporisorium scitamineum, o agente causal do carvão. 2014. Tese (Doutorado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo.

Qualificações de Doutorado
1.
MARGARIDO, G. R. A.; YAMAMOTO, P. T.; QUECINE-VERDI, M. C.. Participação em banca de Bruna Garbatti Factor. Silenciamento gênico de Diatraea saccharalis utilizando a técnica de RNA de interferência (RNAi). 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo.

2.
MARGARIDO, G. R. A.; OLIVEIRA, G. C. X.; MOLIN, J. P.. Participação em banca de Giovanni Galli. Fenotipagem de alto rendimento aplicada à predição genômica de híbridos de milho tropical sob estresse por nitrogênio. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo.

3.
MARGARIDO, G. R. A.; VEASEY, E. A.; QUECINE-VERDI, M. C.. Participação em banca de Mariana Niederheitmann. Base genética da resistência à mancha bacteriana (Xanthomonas perforans) em tomateiro. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo.

4.
MARGARIDO, G. R. A.; BRITO, M. S.; TEIXEIRA, M. M.. Participação em banca de Maryke Wijma. Metabolomic and transcriptomic analyses of sugarcane variety, SP80-3280, throughout growth and maturation in the field. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em BIOENERGIA USP, UNICAMP E UNESP) - Universidade de São Paulo.

5.
MARGARIDO, G. R. A.; OLIVEIRA, G. C. X.; GAZAFFI, RODRIGO. Participação em banca de Jhonathan Pedroso Rigal dos Santos. Desenvolvimento de modelos genético-estatísticos temporais de seleção genômica via redes Bayesianas: uma aplicação em sorgo. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo.

6.
MARGARIDO, G. R. A.; ASTUA, J. F.; PERES, L. E. P.. Participação em banca de Jamille Santos da Silva. Avaliação do Papel de Hormônios Vegetais na Resistência de Tomateiro cv. Micro-Tom a Fungos do Gênero Alternatia e Oidium por Meio da Alteração de Transcritos. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo.

7.
MARGARIDO, G. R. A.; GRACA, R. N.; VITORELLO, C. B. M.. Participação em banca de Marisângela Rodrigues dos Santos. Metabolômica para Qualidade da Madeira em Eucalyptus grandis. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo.

8.
MARGARIDO, G. R. A.; VEASEY, E. A.; GANDARA, F. B.. Participação em banca de Bruna Ibanes. Diversidade genética e viabilidade de sementes de Balfourodendron riedelianum (Engl.) Engl. para a conservação ex situ e manejo da espécie. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Ecologia Aplicada) - Universidade de São Paulo.

9.
MARGARIDO, G. R. A.; PIOTTO, F. A.; VIEIRA, M. L. C.. Participação em banca de Italo Stefanine Correia Granato. Otimização da população de treinamento da seleção genômica ampla para predição de híbridos simples. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo.

10.
MARGARIDO, G. R. A.; OLIVEIRA, G. C. X.; VIEIRA, M. L. C.. Participação em banca de Filipe Couto Alves. Efeito da interação genótipo x ambiente na predição genômica de híbridos simples de milho tropical. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo.

11.
MARGARIDO, G. R. A.; RIBEIRO, R. V.; SOUZA, A. P.. Participação em banca de André Ricardo Oliveira Conson. Mapeamento genético-molecular de Hevea brasiliensis e mapeamento de QTLs para crescimento. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

12.
MARGARIDO, G. R. A.; OLIVEIRA, G. C. X.; VITORELLO, C. B. M.. Participação em banca de Zirlane Portugal da Costa. O genoma de Passiflora edulis: caracterização de sequências geradas pela plataforma PacBio. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo.

13.
Margarido, G R A; ZUCCHI, M. I.; SOUZA, A. P.. Participação em banca de Jean Carlos de Souza Santos. Estudos genético-moleculares em Brachiaria humidicola (Rendle) Schweick. (Poaceae). 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

14.
MARGARIDO, G. R. A.; PINHEIRO, J. B.; VENCOVSKY, R.. Participação em banca de Luís Felipe Ventorim Ferrão. Desenvolvimento de modelos genético-estatísticos para seleção genômica em Coffea canephora e outras espécies vegetais. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo.

15.
MARGARIDO, G. R. A.; GONZALEZ, E. R.; MATTIELLO, L.. Participação em banca de Ana Paula Chiaverini Pinto. Expressão diferencial de genes relacionados à biossíntese de lignina durante a formação in vitro de elementos traqueais de Eucalyptus spp. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo.

16.
MARGARIDO, G. R. A.; GONZALEZ, E. R.; CALDAS, D. G. G.. Participação em banca de Janaina de Santana Borges. Análise comparativa de fosfoproteínas e metabólitos primários de folhas de dois genótipos de Eucalyptus grandis X Eucalyptus camaldulensis resistente e susceptível ao estresse hídrico. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo.

17.
MARGARIDO, G. R. A.; OLIVEIRA, G. C. X.; CAMARGO, L. E. A.. Participação em banca de Juliana Benevenuto. Especialização ao hospedeiro por fungos causadores de carvão pela perspectiva da genômica comparativa e diversidade genética de isolados de Sporisorium scitamineum (agente causal do carvão na cana-de-açúcar). 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo.

18.
MARGARIDO, G. R. A.; PIOTTO, F. A.; VELLO, N. A.. Participação em banca de Camila Campêlo de Sousa. Mapeamento associativo de locos relacionados à tolerância ao déficit hídrico e a altas temperaturas em soja. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo.

19.
MARGARIDO, G. R. A.; HILSDORF, A. W. S.; ANDRADE, S. C. S.. Participação em banca de José de Ribamar da Silva Nunes. Identificação de variações genéticas em populações de tambaquis associadas a características populacionais e a presença de espinhas do miossepto. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência Animal e Pastagens) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo.

20.
MARGARIDO, G. R. A.; CORREA, A. S.; CONSOLI, F. L.. Participação em banca de Antonio Rogerio Bezerra do Nascimento. Exploração de técnicas de Sequenciamento de Nova Geração (SNG) para a identificação de marcadores moleculares para o monitoramento da resistência de Spodoptera frugiperda (J.E. Smith) (Lepidoptera: Noctuidae) a inseticidas e proteínas Bt. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Entomologia) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo.

21.
MARGARIDO, G. R. A.; BOSCHIERO, C.; MOURA, A. S. A. M. T.. Participação em banca de Gabriel Costa Monteiro Moreira. Estudo de associação ampla do genoma para deposição de gordura e rendimento de carcaça em galinhas. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência Animal e Pastagens) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo.

22.
MARGARIDO, G. R. A.; BOSCHIERO, C.; GIANCHETTO, P. F.. Participação em banca de Thaís Fernanda Godoy. Identificação e caracterização de CNVs no genoma da galinha e associação com desenvolvimento de músculo do peito. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência Animal e Pastagens) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo.

23.
MARGARIDO, G. R. A.; CAMARGO, L. E. A.; QUECINE-VERDI, M. C.. Participação em banca de Bruna Durante Batista. Estudo genômico e funcional de Burkholderia ambifaria RZ2MS16, uma rizobactéria promotora de crescimento vegetal. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo.

24.
LIRA, S.P.; VARANI, A.M.; MARGARIDO, G. R. A.. Participação em banca de Karina Heck da Silva. Distribuição de agrupamentos gênicos de sintetases de peptídeos não ribossomais no genoma de Fischerella sp. CENA 161. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Microbiologia Agrícola) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo.

25.
MARGARIDO, G.R.A.; SOUZA, A. P.; PINTO, L. R.. Participação em banca de Melina Cristina Mancini. Construção de um mapa funcional e mapeamento de QTLs de importância econômica em uma população derivada de cruzamento comercial bi-parental em cana-de-açúcar. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

26.
MARGARIDO, G. R. A.; GARCIA, A. A. F.; PINHEIRO, J. B.. Participação em banca de Augusto Lima Diniz. Identificação de regiões genômicas envolvidas no controle do teor de ferro e zinco em feijão comum, via mapeamento associativo. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo.

27.
MARGARIDO, G. R. A.; PINHEIRO, J. B.; VENCOVSKY, R.. Participação em banca de João Ricardo Bachega Feijó Rosa. Análise do desequilíbrio de ligação e do passado evolutivo de um painel de genótipos de sorgo (Sorghum bicolor): uma abordagem usando Teoria da Coalescência. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo.

28.
MARGARIDO, G. R. A.; BOSCHIERO, C.; ZANELLA, R.. Participação em banca de Fábio Pertille. Variações Genéticas Detectadas na Galinha Doméstica e suas Associações com Características Quantitativas Utilizando Genotipagem por Sequenciamento (RAD-SEQ). 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência Animal e Pastagens) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo.

29.
MARGARIDO, G. R. A.; GIANCHETTO, P. F.; BRANDAO, M. M.. Participação em banca de Natália Faraj Murad. Integrando variação alélica e fisiologia com dados de expressão gênica para inferir relações entre genótipo e fenótipo em cana-de-açúcar. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

30.
MARGARIDO, G. R. A.; CARNEIRO, M. S.; SOUZA, A. P.. Participação em banca de Estela Araújo Costa. Construção de um mapa funcional em cana-de-açúcar e mapeamento de QTLs de importância econômica. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

31.
MARGARIDO, G. R. A.; ANDREOTE, F. D.; GONZALEZ, E. R.. Participação em banca de Andressa Peres Bini. Estudo molecular do fitopatógeno Puccinia psidii Winter, agente causal da ferrugem, in vitro e durante sua interação com Eucalytus spp. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo.

32.
MARGARIDO, G.R.A.; CARVALHO, B. S.; SOUZA, A. P.. Participação em banca de Guilherme de Toledo e Silva. Estudos genético-moleculares em Panicum maximum: mapeamento genético-molecular e análise de transcriptoma via RNA-seq. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Qualificações de Mestrado
1.
MARGARIDO, G. R. A.; LABORDA, P. R.; BRANDAO, M. M.. Participação em banca de Thamiris Gatti Deo. Estudos genético-moleculares em Panicum maximum: mapeamento genético com marcadores SNPs baseados em Genotipagem por Sequenciamento. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

2.
Margarido, G R A; YAMAGISHI, M. E. B.; BRANDAO, M. M.. Participação em banca de Rodrigo Marcondes Quintas dos Santos. Desenvolvimento de método para haplotipagem (determinação de variação alélica) de genes a partir de dados de RNA-seq de nova geração e aplicação em cana-de-açúcar. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

3.
Margarido, G R A; MALUF, M. P.; VINCENTZ, M. G. A.. Participação em banca de Luciano Henrique Braz dos Santos. Uso de genotipagem-por-sequenciamento (GBS) para a identificação de marcadores moleculares SNP (Single Nucleotide Polymorphism) e construção de mapa de ligação em Hevea brasiliensis. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

4.
Margarido, G R A; MALUF, M. P.; VINCENTZ, M. G. A.. Participação em banca de Isabela Aparecida de Araújo Andreotti. Desenvolvimento e caracterização de marcadores moleculares SNP (Single Nucleotide Polymorphism) e saturação de mapa genético molecular em Hevea brasiliensis. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
MARGARIDO, GABRIEL RODRIGUES ALVES; MORAES, F. E.; LABATE, C. A.. Participação em banca de Andressa Fernanda Ducatti de Gois.Caracterização do proteoma de folhas de plantas de Eucalyptus grandis sob déficit hídrico. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade de São Paulo.

2.
MARGARIDO, G. R. A.; QUECINE-VERDI, M. C.; MONDIN, M.. Participação em banca de Gabriel Fernando da Silva.Estudo da Organização e Evolução do DNA Satélite no Genoma de Arabidopsis thaliana. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia Agronômica) - Universidade de São Paulo.

3.
MARGARIDO, G. R. A.; VITORELLO, C. B. M.; GARCIA, A. A. F.. Participação em banca de Maria Izabel Cavassim Alves.Cálculo do coeficiente de parentesco em um painel de 141 genótipos de cana-de-açúcar utilizando SNPs. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia Agronômica) - Universidade de São Paulo.

4.
MARGARIDO, G. R. A.; FRITSCHE-NETO, R.; GARCIA, A. A. F.. Participação em banca de Rodrigo Rampazo Amadeu.AGHmatrix - pacote R para cálculo e análise de matrizes de parentesco para espécies diploides e autotetraploides, e sua aplicação no melhoramento de Mirtilo. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Engenharia Agronômica) - Universidade de São Paulo.

5.
MARGARIDO, G. R. A.; VITORELLO, C. B. M.; QUECINE-VERDI, M. C.. Participação em banca de Jaqueline Raquel de Almeida.Estudo do genoma mitocondrial de 'Puccinia psidii' Winter agente causal de ferrugem em 'Eucalyptus' spp. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
MARGARIDO, G. R. A.; LEONARDECZ NETO, E.; FALCAO, P. R. K.; BRITO, R. A.; SILVA-ROCHA, R.. Concurso Público 166/15 São Carlos - Departamento de Genética e Evolução - Professor Adjunto A-DE-Área: Bioinformática e Genética. 2015. Universidade Federal de São Carlos.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
II International Meeting on Plant Breeding. 2018. (Encontro).

2.
XXII International Congress of Genetics (ICG 2018). 2018. (Congresso).

3.
3º Simpósio da Pós-Graduação da USP - Avaliação Qualitativa.Programa Integrado de Pós-Graduação em Bioenergia. 2017. (Simpósio).

4.
Brazilian Bioenergy Science and Technology Conference 2017. 2017. (Congresso).

5.
Great Lakes Bioinformatics Conference 2017. 2017. (Congresso).

6.
I Bioenergy Symposium. 2017. (Simpósio).

7.
I International Meeting on Plant Breeding.Applications of Genomics in Polyploid Crops. 2017. (Encontro).

8.
I Workshop on Omics Strategies Applied to Livestock Science. 2017. (Oficina).

9.
2º Congresso de Graduação da USP​. Membro da Comissão de Avaliação de Pôsteres - avaliação de cinco trabalhos. 2016. (Congresso).

10.
33º Encontro sobre Temas de Genética e Melhoramento. 2016. (Encontro).

11.
62° Congresso Brasileiro de Genética. 2016. (Congresso).

12.
III Encontro Paulista de Melhoramento de Plantas.Aplicações da Bioinformática no Melhoramento de Plantas. 2016. (Encontro).

13.
VII Simpósio Internacional de Genética e Melhoramento - Desafios Biométricos no Melhoramento Genético.Aplicações da Bioinformática no Melhoramento de Plantas. 2016. (Simpósio).

14.
X Workshop de férias do PPGGMP.Aplicações da Bioinformática no Melhoramento de Plantas. 2016. (Oficina).

15.
32º Encontro sobre Temas de Genética e Melhoramento.Diversos trabalhos do tema. 2015. (Encontro).

16.
61º Congresso Brasileiro de Genética. 2015. (Congresso).

17.
Plant & Animal Genome XXIII Conference. Sugar Cane Sequencing Initiative. 2015. (Congresso).

18.
Strategic Workshop PRP/USP: Bioeconomy.Sessão 4: Innovation & Regulation. 2015. (Encontro).

19.
Swiss Institute of Bioinformatics Visit Tour.Bioinformatics Applied to Bioenergy. 2015. (Encontro).

20.
Workshop Novos Pesquisadores e Expansão das Pesquisas em Bioenergia.Bioinformatics Applied to Bioenergy. 2015. (Encontro).

21.
2nd Brazilian-Danish Workshop on Biorefineries. 2014. (Simpósio).

22.
31º Encontro sobre Temas de Genética e Melhoramento.Genotipagem e Análises Estatísticas. 2014. (Encontro).

23.
60º Congresso Brasileiro de Genética. Current progress in the whole-genome shotgun assembly of a Brazilian cultivar. 2014. (Congresso).

24.
I Workshop de Integração do Departamento de Genética. 2014. (Oficina).

25.
Plant & Animal Genome XXII Conference. Lessons from the Analysis of WGS and RNA-Seq of a Sugarcane Cultivar. 2014. (Congresso).

26.
Plant & Animal Genome XXI Conference. An Algorithm for Estimating Contig Copy Number for Polyploid Genomes. 2013. (Congresso).

27.
Plant & Animal Genomes XX Conference. Towards copy-aware assembly of the sugarcane genome. 2012. (Congresso).

28.
2º Workshop em Genética e Melhoramento de Plantas: Melhoramento de Plantas no Século XXI - Desafios e Perspectivas.Contribuições, Importância e Aplicação da Experimentação Agrícola e Genética Quantitativa em um Programa de Melhoramento. 2011. (Oficina).

29.
1º Encontro de Pesquisadores do Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia do Bioetanol. 2010. (Encontro).

30.
27º Encontro sobre Temas de Genética e Melhoramento. 2010. (Encontro).

31.
26º Encontro sobre Temas de Genética e Melhoramento. 2009. (Encontro).

32.
54ª Reunião Anual da Região Brasileira da Sociedade International de Biometria e 13º Simpósio de Estatística Aplicada à Experimentação Agronômica. 2009. (Simpósio).

33.
55º Congresso Brasileiro de Genética. Multiple interval mapping of QTL in sugarcane and outcrossing species. 2009. (Congresso).

34.
Workshop BIOEN on Sugarcane Improvement. 2009. (Encontro).

35.
25º Encontro sobre Temas de Gen[etica e Melhoramento. 2008. (Encontro).

36.
54º Congresso Brasileiro de Genética. Seleção de modelos para o mapeamento de múltiplos QTLs em progênies de irmãos completos. 2008. (Congresso).

37.
24° Encontro sobre Temas de Genética e Melhoramento. 2007. (Encontro).

38.
53º Congresso Brasileiro de Genética. Uso do método bootstrap para construção de intervalos de confiança para distância entre locos em mapas genéticos de espécies alógamas sem uso de linhagens. 2007. (Congresso).

39.
14º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo.Aplicação de uma nova metodologia para construção de mapas genéticos de espécies alógamas. 2006. (Simpósio).

40.
23º Encontro sobre temas de Genética e Melhoramento. 2006. (Encontro).

41.
13º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo.Construção de um mapa de ligação de maracujazeiro amarelo (Passiflora edulis Sims. f. flavicarpa Deg.) baseado em marcadores microssatélites e AFLP. 2005. (Simpósio).

42.
22º Encontro sobre temas de Genética e Melhoramento. 2005. (Encontro).

43.
51º Congresso Brasileiro de Genética. Uso do método de reamostragem bootstrap para validação da ordem de marcadores em mapas genéticos. 2005. (Congresso).

44.
PIBIC na ESALQ.Construção de um mapa de ligação de maracujazeiro amarelo (Passiflora edulis Sims. f. flavicarpa) baseado em marcadores microssatélites e AFLP. 2005. (Encontro).

45.
12º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo.Uso do método de reamostragem bootstrap para validação da ordem de marcadores em mapas genéticos. 2004. (Simpósio).

46.
21º Encontro sobre temas de Genética e Melhoramento. 2004. (Encontro).

47.
11º Simpósio Internacional de Iniciação Científica da Universidade de São Paulo.Uso do método de reamostragem ?bootstrap? para construção de intervalos de confiança para distâncias entre locos em mapas genéticos. 2003. (Simpósio).

48.
49º Congresso Brasileiro de Genética. Uso do método de reamostragem ?bootstrap? para construção de intervalos de confiança para distâncias entre locos em mapas genéticos. 2003. (Congresso).

49.
Encontro sobre Modelagem Estatística. 2003. (Encontro).

50.
Seminário: Genética em Foco. 2003. (Seminário).

51.
19º Encontro sobre temas de Genética e Melhoramento. 2002. (Encontro).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
MARGARIDO, G. R. A.; QUECINE-VERDI, M. C. ; BANDEL, G. ; OLIVEIRA, G. C. X. ; VIEIRA, M. L. C. ; AZEVEDO, R. A. . 33 Encontro sobre Temas de Genética e Melhoramento. 2016. (Outro).

2.
MARGARIDO, G. R. A.; SETTLES, M. . Course: RNA-Seq Data Analysis. 2015. (Outro).

3.
GARCIA, A. A. F. ; MARGARIDO, G. R. A. . Brazilian Edition of the "Tucson Plant Breeding Institute". 2015. (Outro).

4.
MARGARIDO, G. R. A.; GARCIA, A. A. F. . EMBL-EBI Bioinformatics Workshop. 2015. (Outro).

5.
MARGARIDO, G. R. A.. 31 Encontro sobre Temas de Genética e Melhoramento. 2014. (Outro).

6.
MARGARIDO, G. R. A.. Ajuste de Modelos Lineares e Mistos no Ambiente R. 2014. (Outro).

7.
MARGARIDO, G. R. A.; MARTINS, P. F. ; OLIVEIRA, I. J. ; LEITE, T. F. . I Workshop em Genética e Melhoramento de Plantas - A era das ômicas. 2010. (Outro).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Victor Hugo de Mello Pessoa. Comparação de estratégias de amostragem em estudos de expressão gênica diferencial. Início: 2018. Dissertação (Mestrado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Fernando Henrique Correr. Trancriptômica para identificação de genes de interesse comercial em cana-de-açúcar. Início: 2017. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

2.
Ana Letycia Basso Garcia. Trancriptômica para identificação de genes de interesse comercial em raízes de cana-de-açúcar. Início: 2017. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

3.
Guilherme Kenichi Hosaka. Avaliação da Expressão Diferencial de Genes Envolvidos no Acúmulo de Açúcar em Genótipos do Gênero Saccharum. Início: 2016. Tese (Doutorado em BIOENERGIA USP, UNICAMP E UNESP) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

4.
Lorena Guimarães Batista. Seleção Genômica com Informação de Dosagem Alélica em Cana-de-açúcar. Início: 2015. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

5.
Amanda Avelar de Oliveira. Predição Genômica de Múltiplos Caracteres e Ambientes em Híbridos Simples de Milho para Segunda Safra. Início: 2015. Tese (Doutorado em Agronomia (Genética e Melhoramento de Plantas)) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

Iniciação científica
1.
Amanda Ghelfi Dumit. Avaliação da expressão diferencial de genes envolvidos no acúmulo de açúcar em colmos imaturos de genótipos do gênero Saccharum. Início: 2018. Iniciação científica (Graduando em Engenharia Agronômica) - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

2.
Guilherme Bovi Ambrosano. Avaliação da ocorrência de expressão alelo-específica no genoma poliploide da cana-de-açúcar. Início: 2018. Iniciação científica (Graduando em Engenharia Agronômica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).

3.
Aline Poletti. Avaliação dos níveis de prolina em genótipos de cana-de-açúcar submetidos à seca. Início: 2017. Iniciação científica (Graduando em Agroecologia) - Universidade Federal de São Carlos, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Leonardo Sartori Menegatto. Caracterização de polimorfismos e assinaturas de seleção em genótipos de cana-de-açúcar (Saccharum spp.) através de genotipagem-por-sequenciamento. 2017. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Gabriel Rodrigues Alves Margarido.

2.
Fernando Henrique Correr. Perfis de expressão gênica temporal de cana-de-açúcar infectada por ferrugem alaranjada. 2017. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Gabriel Rodrigues Alves Margarido.

3.
Fernanda Zatti Barreto. Caracterização fenotípica e molecular do Painel Brasileiro de Genótipos de Cana-de-Açúcar. 2016. Dissertação (Mestrado em Produção Vegetal e Bioprocessos Associados) - Universidade Federal de São Carlos, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Gabriel Rodrigues Alves Margarido.

4.
Amanda Avelar de Oliveira. Métodos de Seleção Genômica Aplicados a Sorgo Biomassa para Produção de Etanol de Segunda Geração. 2015. Dissertação (Mestrado em Genética e Melhoramento de Plantas) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Gabriel Rodrigues Alves Margarido.

Tese de doutorado
1.
Francisca das Chagas Bezerra de Araújo. Identificação de SNPs (single nucleotide polymorphisms) no gene fitoeno sintase 2 (psy2) associado à síntese de carotenoides em acessos de mandioca da amazônia brasileira. 2017. Tese (Doutorado em Agronomia) - Universidade Federal Rural da Amazônia, . Coorientador: Gabriel Rodrigues Alves Margarido.

2.
Lin Huang. RNA-seq analysis of a commercial sugarcane cultivar. 2013. Tese (Doutorado em Bioinformatics) - Microsoft Research, Microsoft Research. Coorientador: Gabriel Rodrigues Alves Margarido.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Felipe Estevam Corrêa. Avaliação do efeito de métodos para alinhamento de dados de sequenciamento de nova geração na análise de expressão diferencial de genes em sorgo. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Engenharia Agronômica) - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Gabriel Rodrigues Alves Margarido.

2.
Diane de Fátima Sgariboldi. Expressão gênica diferencial entre genótipos do gênero Saccharum contrastantes quanto ao acúmulo de açúcar. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal de São Carlos. Orientador: Gabriel Rodrigues Alves Margarido.

3.
Fernando Henrique Correr. Avaliação de expressão gênica, através de RNA-Seq, em cana-de-açúcar em diferentes momentos da infecção de P. kuehnii. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal de São Carlos. Orientador: Gabriel Rodrigues Alves Margarido.

Iniciação científica
1.
Guilherme Bovi Ambrosano. Comparação de métodos para anotação funcional de transcriptomas montados de novo. 2018. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia Agronômica) - Universidade de São Paulo. Orientador: Gabriel Rodrigues Alves Margarido.

2.
Amanda Ghelfi Dumit. Aplicação de reamostragem bootstrap para avaliação da confiabilidade de estimativas do coeficiente de variação biológica em análises de RNA-Seq. 2018. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia Agronômica) - Universidade de São Paulo. Orientador: Gabriel Rodrigues Alves Margarido.

3.
Luan Gaspar Clemente. Uso do método bootstrap para avaliação da estimativa do coeficiente de variação biológica em análises de expressão gênica diferencial. 2017. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia Agronômica) - Universidade de São Paulo. Orientador: Gabriel Rodrigues Alves Margarido.

4.
Felipe Estevam Corrêa. Avaliação do efeito de métodos para alinhamento de dados de sequenciamento de nova geração na expressão diferencial de genes. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia Agronômica) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Gabriel Rodrigues Alves Margarido.

5.
Vinicius de Nicolai. Avaliação do uso de repetições em análises de expressão diferencial baseadas em sequenciamento de RNA. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia Agronômica) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo. Orientador: Gabriel Rodrigues Alves Margarido.

Orientações de outra natureza
1.
Maria Izabel Cavassim Alves. Aplicação de redes de co-expressão gênica e mapeamento de eQTLs para estresse hídrico em Arabidopsis thaliana. 2015. Orientação de outra natureza. (Engenharia Agronômica) - Escola Superior de Agricultura Luiz de Queiroz - Universidade de São Paulo. Orientador: Gabriel Rodrigues Alves Margarido.



Inovação



Programa de computador sem registro
1.
MARGARIDO, G. R. A.; HECKERMAN, D. . ConPADE: genome assembly ploidy estimation from next-generation sequencing data. 2015.


Projetos de pesquisa


Educação e Popularização de C & T



Cursos de curta duração ministrados
1.
MARGARIDO, G.R.A.. Contribuições, Importância e Aplicação da Experimentação Agrícola e Genética Quantitativa em um Programa de Melhoramento (2º Workshop em Genética e Melhoramento de Plantas: Melhoramento de Plantas no Século XXI - Desafios e Perspectivas). 2011. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

2.
MARGARIDO, G.R.A.; VENCOVSKY, R. ; GARCIA, A. A. F. . Principles of Statistics for Geneticists (Brazilian Summer Institute in Statistical Genetics). 2014. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
MARGARIDO, G. R. A.; SETTLES, M. . Course: RNA-Seq Data Analysis. 2015. (Outro).

2.
GARCIA, A. A. F. ; MARGARIDO, G. R. A. . Brazilian Edition of the "Tucson Plant Breeding Institute". 2015. (Outro).




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