Márcio Dorn

Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 2

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  • Última atualização do currículo em 06/10/2018


Márcio Dorn é Professor Adjunto III no Departamento de Informática Teórica do Instituto de Informática (INF) da Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS) ----- Bolsista de Produtividade em Pesquisa Nível 2 CNPq (2016-2019) ----- Professor Orientador no Programa de Pós-Graduação em Computação (PPGC) da UFRGS ----- Professor Orientador no Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular (PPGBCM) da UFRGS ----- Professor Visitante no Programa de Doutorado em Informática do Departamento de Engenharia da Computação (DIINF) da Universidade de Santiago de Chile (USACH), Chile. Estágio pós-doutoral no Institute for Mechanical Process Engineering and Mechanics do Karlsruhe Institute of Technology (KIT-2017-2018) ----- Estágio pós-doutoral em Ciência da Computação no Instituto de Informática da Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS-2012) ----- Bolsista da Fundação Alexander von Humboldt (Alemanha) --- Doutor em Ciência da Computação pela Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS-2012), Porto Alegre, Brasil ----- Mestre em Ciência da Computação pela Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS-2008), Porto Alegre, Brasil ----- Bacharel em Sistemas de Informações pela Universidade Regional do Noroeste do Estado do Rio Grande do Sul (UNIJUÍ-2006), Santa Rosa, Brasil ----- Realizou Doutorado Sanduíche no grupo Numerical Simulation, Optimization and High Performance Computing do Institute for Applied and Numerical Mathematics da Universidade de Karlsruhe (Technische Universität Karlsruhe - KIT Karlsruhe Institut of Technology - 2009), Karlsruhe, Alemanha ----- É Editor-chefe da Revista de Informática Teórica e Aplicada (RITA) ----- Líder do Grupo de Bioinformática da UFRGS no CNPq ----- Coordenador do Laboratório de Bioinformática Estrutural e Biologia Computacional (SBCB) ----- Publicou diversos artigos em periódicos como: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Journal of Computational Biology, Soft Computing, Computational Biology and Chemistry, Journal of Molecular Modeling, e nas principais conferências internacionais relacionadas a sua área de pesquisa, como IJCNN, CEC, ISCB, GECCO ----- Atua principalmente nas linhas de pesquisa de Bioinformática, Bioinformática Estrutural, Aprendizado de Máquina, Metaheurísticas/Otimização e Alto Desempenho ----- Revisor de periódicos e de conferências internacionais e nacionais nas áreas da Bioinformática, Bioinformática Estrutural, Ciência da Computação, Biologia Computational e Informática Aplicada à Medicina ----- É consultor ad hoc de vários órgãos de apoio à pesquisa (CNPq, FAPERGS, FAPEMIG, FUNCAP, SCT-RS, FACEP). Orcid: https://orcid.org/0000-0001-8534-3480 ResearchGate: https://www.researchgate.net/profile/Marcio_Dorn (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Márcio Dorn
Nome em citações bibliográficas
DORN, M.;DORN, MARCIO;DORN, MÁRCIO

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Instituto de Informática.
Av. Bento Gonçalves 9500, Prédio 72, Sala 217
Agronomia
91501970 - Porto Alegre, RS - Brasil - Caixa-postal: 15064
Telefone: (55) 33086824
URL da Homepage: http://sbcb.inf.ufrgs.br


Formação acadêmica/titulação


2010 - 2012
Doutorado em Computação.
Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.
Título: MOIRAE: A Computational Strategy to Predict 3-D Structures of Polypeptides, Ano de obtenção: 2012.
Orientador: Luís da Cunha Lamb.
Coorientador: Luciana Salete Buriol.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: Machine Learning; Bioinformática Estrutural; 3D protein structure prediction.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Setores de atividade: Educação.
2008 interrompida
Doutorado interrompido em 2009 em Ciência da Computação.
Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PUCRS, Brasil.
com período sanduíche em Karlsruhe Institute of Technology (Universität Karlsruhe - TH) (Orientador: Gerd Bohlender).
Título: Alto desempenho e computação verificada na resolução de sistemas de equações lineares esparsos de grande porte (tema provisório),
Orientador: Luiz Gustavo Leão Fernandes.
Ano de interrupção: 2009
Palavras-chave: Bioinformática Estrutural.
2006 - 2007
Mestrado em Ciência da Computação.
Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PUCRS, Brasil.
Título: Uma proposta para a predição computacional da estrutura 3D aproximada de polipeptídeos com redução do espaço conformacional utilizando análise de intervalos,Ano de Obtenção: 2008.
Orientador: Osmar Norberto de Souza.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: Redes Neurais Artificiais; Bioinformática; Computação Científica.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Computação Científica.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Computação Científica / Especialidade: Modelagem e Simulação de Biossistemas.
Setores de atividade: Informática.
2002 - 2005
Graduação em Sistemas de Informações.
Universidade Regional do Noroeste do Estado do Rio Grande do Sul, UNIJUI, Brasil.
Título: Reconhecimento e Classificação de Padrões em Imagens Utilizando Redes Neurais Artificiais.
Orientador: Leticia Maria Friske.


Pós-doutorado


2017 - 2018
Pós-Doutorado.
Karlsruher Institut für Technologie, KIT, Alemanha.
Bolsista do(a): Capes/Humboldt, CAPES/HUMBOLDT, Brasil.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Matemática / Subárea: Matemática Aplicada / Especialidade: Otimização.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.
2012 - 2012
Pós-Doutorado.
Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Matemática / Subárea: Matemática Aplicada / Especialidade: Otimização.


Formação Complementar


2012 - 2012
How to set up a high performance computer cluster. (Carga horária: 3h).
Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
2010 - 2010
Artificial Neural Network Models for Data Mining. (Carga horária: 12h).
Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.
2004 - 2004
Curso básico de microeletrônica. (Carga horária: 30h).
Universidade Regional do Noroeste do Estado do Rio Grande do Sul, UNIJUI, Brasil.
2003 - 2003
Ensino de cooperativismo a distância. (Carga horária: 40h).
Centro de Educação Tecnológica da Paraíba, CEFET-PB, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade Federal do Rio Grande do Sul, UFRGS, Brasil.
Vínculo institucional

2013 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Programa de Pós Graduação em Computção, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2013 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Programa de Pós Graduação em Computção, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2012 - Atual
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Professor Adjunto II, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2012 - 2012
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pós Doutorando, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2010 - 2012
Vínculo: Pesquisa Pós Graduação, Enquadramento Funcional: Doutorando, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

08/2018 - Atual
Ensino, Ciências Biológicas, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
INF05508 - Lógica para Computação - Turma B - 60h
INF05018 - Biologia Computacional - Turma U - 60h
03/2018 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências, .

Cargo ou função
Coordenação de Estágios do Curso de Biotecnologia..
02/2018 - Atual
Ensino, PPGC - Programa de Pós Graduação em Computação UFRGS, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
BIO12024 Tópicos Especiais em Computação LXXV - Turma U - 60h
10/2012 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto de Informática, Departamento de Informática Teórica.

10/2012 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Informática, Departamento de Informática Teórica.

Cargo ou função
Membro.
02/2018 - 07/2018
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
INF05508 - Lógica para Computação - Turma B - 60h
08/2016 - 12/2017
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
INF05508 - Logica para Computacao - Turma B - 60h
03/2017 - 08/2017
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Informática, .

Cargo ou função
Membro eleito da Comissao de Pesquisa do Instituto de Informatica - COMPESQ.
04/2014 - 08/2017
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Biociências, Departamento de Biotecnologia.

Cargo ou função
Coordenação de Estágios do Curso de Biotecnologia.
03/2017 - 07/2017
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
INF05508 - Logica para Computacao - Turma B - 60h
03/2017 - 07/2017
Ensino, PPGC - Programa de Pós Graduação em Computação UFRGS, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
CMP585 Bioinformatica Estrutural - Turma A - 60h
08/2016 - 12/2016
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
INF05018 - Biologia Computacional - Turma U - 60h
01/2015 - 12/2016
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Informática, .

Cargo ou função
Membro eleito da Comissao de Pesquisa do Instituto de Informatica - COMPESQ.
01/2016 - 07/2016
Ensino, Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
CMP585 Bioinformatica Estrutural - Turma A - 60h
01/2016 - 07/2016
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
INF05508 - Logica para Computacao - Turma B - 60h
07/2015 - 12/2015
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
INF05508 - Logica para Computacao - Turma B - 60h
07/2015 - 12/2015
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
INF05018 - Biologia Computacional - Turma U - 60h
03/2015 - 07/2015
Ensino, Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
CMP585 Bioinformatica Estrutural
03/2015 - 07/2015
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
INF05508 - Logica para Computacao
08/2014 - 12/2014
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
INF05508 - Lógica para Computação - Turma B - 60h
08/2014 - 12/2014
Ensino, Biotecnologia - Bioinformática, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
INF05018 - Biologia Computacional - Turma U - 60h
01/2014 - 07/2014
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
INF05508 - Lógica para Computação - Turma B - 60h
01/2014 - 07/2014
Ensino, Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
BIO12024 Tópicos Especiais em Computação LXXV - Turma U - 60h
01/2014 - 07/2014
Ensino, Biotecnologia - Bioinformática, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
BIO12024 - Bioinformatica Estrutural - Turma U - 60h
01/2014 - 07/2014
Ensino, PPGC - Programa de Pós Graduação em Computação UFRGS, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
CMP401 - Trabalho Individual I - Turma T - 30h
08/2013 - 12/2013
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
INF05508 - Lógica para Computação - Turma A - 60h
BTC99002 - Atividade Orientada I - Turma U - 30h
INF05018 - Biologia Computacional - Turma U - 60h
01/2013 - 07/2013
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
BTC99004 - Atividade Integradora - Turma U - 30h
BIO12024 - Bioinformatica Estrutural - Turma U - 60h
BTC99002 - Atividade Orientada I - Turma U - 30h
INF05508 - Lógica para Computação - Turma A - 60h
INF05508 - Lógica para Computação - Turma B - 30h
01/2013 - 07/2013
Ensino, PPGC - Programa de Pós Graduação em Computação UFRGS, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
BIO12024 Tópicos Especiais em Computação LXXV - Turma U - 60h
11/2012 - 01/2013
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
INF05508 - Lógica para Computação - Turma A - 30h

Faculdade Tecnodohms, TECNODOHMS, Brasil.
Vínculo institucional

2011 - 2012
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto, Carga horária: 66

Atividades

07/2011 - 12/2012
Ensino, Redes de Computadores, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
[TC] Orientação Trabalho de Conclusão (Márcio de Menezes)
[PRORED] Projeto de Redes - 99h/aula
[SISOPE] Sistemas Operacionais - 66h/aula
07/2012 - 08/2012
Ensino, Redes de Computadores, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
[SISOPE] Sistemas Operacionais - 66h/aula
01/2012 - 08/2012
Conselhos, Comissões e Consultoria, Curso Superior de Tecnologia em Redes de Computadores, .

Cargo ou função
[CPC] Conselho Pedagógico Curso Redes Computadores.
02/2011 - 08/2012
Conselhos, Comissões e Consultoria, Curso Superior de Tecnologia em Redes de Computadores, .

Cargo ou função
[NDE] Núcleo Docente Estruturante.
02/2012 - 07/2012
Ensino, Redes de Computadores, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
[TC] Orientação Trabalho Conclusão de Curso (William Machado)
[TC] Orientação Trabalho Conclusão de Curso (Gilberto Neves Junior)
[PRORED] Projeto de Redes - 99h/aula
[SISOPE] Sistemas Operacionais - 66h/aula
01/2011 - 07/2011
Ensino, Redes de Computadores, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
[PRORED] Projeto de Redes - 99h/aula

Karlsruhe Institute of Technology (Universität Karlsruhe - TH), KIT, Alemanha.
Vínculo institucional

2008 - 2009
Vínculo: Doutorando - Pesquisador, Enquadramento Funcional: Research Associates, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.


Programa de Pós Graduação em Ciência da Computação, PPGCC\PUCRS, Brasil.
Vínculo institucional

2008 - 2010
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisa Pós Graduação, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.


Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul, PUCRS, Brasil.
Vínculo institucional

2007 - 2007
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Estagio Docencia, Carga horária: 4
Outras informações
Estagio docencia disciplina Bioinformatica Estrutural.

Vínculo institucional

2006 - 2007
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisa Pós-Graduação - Mestrado, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.


Unimed Santa Rosa Ltda, UNIMED, Brasil.
Vínculo institucional

2002 - 2006
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Analista de Contas, Carga horária: 40

Atividades

8/2002 - 01/2006
Direção e administração, Faturamento, .

Cargo ou função
Analista de Contas.


Linhas de pesquisa


1.
Bioinformática Estrutural

Objetivo: Bioinformática estrutural abrange o campo da bioinformática relacionado com a análise e predição da estrutura tridimensional de macromoléculas biológicas, tais como proteínas. Esta linha de pesquisa abrange o desenvolvimento de algoritmos para análise de dados estruturais e predição da estrutura de macromoléculas..
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Palavras-chave: Estrutura de Proteínas; Predição da Estrutura 3D de Proteínas; Métodos Ab Initio.
2.
Biologia Computacional e Alto Desempenho

Objetivo: Aceleração de algoritmos da biologia computacional. Desenvolvimento de tecnologias inovadoras de geração de dados, algoritmos e ferramentas para análise aplicadas à bioinformática em plataformas de alto desempenho..
Palavras-chave: GPU; Alto Desempenho.
3.
Otimização e Metaheuristicas

Objetivo: Desenvolvimento e aplicação de metaheurísticas a problemas da bioinformática especialmente a proteômica..
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Palavras-chave: Ciência da Computação; Metaheurísticas; Algoritmos Evolucionários.
4.
Aprendizado de Máquina

Objetivo: Desenvolvimento e aplicação de técnicas de aprendizado máquina (inteligência artificial) aplicadas ao problema da predição de estrutura de proteínas..
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Palavras-chave: Bioinformática Estrutural; Aprendizado Supervisionado; Aprendizado não Supervisionado.


Projetos de pesquisa


2018 - Atual
Meta-heuristics and Machine Learning for Cancer Research: What Bioinformatics Can tell us about Ourselves?
Descrição: The increasing availability of genomic data, resulting from significant advances in sequencing techniques and large-scale expression analysis and the reduction of associated cost, have revolutionized medicine in the 21st Century. By enabling a better understanding of the genetic components of many diseases that represent significant public health problems, the perspective of integrating genomic data into clinical practice has propelled the area of Personalized Medicine. In this research proposal, we are interested in developing and applying meta-heuristics, machine learning methods and computational strategies to integrate, explore and analyze the omic data, in order to identify new biomarkers with diagnostic or prognostic value, and potential therapeutic targets. Through bioinformatics approaches and the union of the efforts of researchers with experience in Computer Science, Biological Sciences, Mathematics and Health Sciences, we intend to address research questions in this line related to cancer, focusing on the translational potential of the in silico findings. That is, it is intended through the execution of this project to generate scientific knowledge with potential clinical use, which can bring important benefits to healthcare actions and preventive activities in the Unified Health System (SUS) from Brazil, by improving the diagnostic process, prognosis and therapeutic planning for the patients affected by these pathologies..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (3) .
Integrantes: Márcio Dorn - Coordenador / Bruno Iochins Grisci - Integrante / Rodrigo Ligabue Braun - Integrante / Bruno Ferreira de Faria Alixandre - Integrante / Mathias J. Krause - Integrante / Leonardo de Lima Corrêa - Integrante / Pablo Felipe Leonhart - Integrante / Pedro Henrique Narloch - Integrante / Bruno César Feltes - Integrante / Joice de Faria Poloni - Integrante.Financiador(es): Alexander Von Humboldt-Stiftung/Foundation - Auxílio financeiro.
2018 - Atual
Identification of Colorectal Cancer Biomarkers Through the Construction of Predictive Models and Large-Scale Data Analysis
Descrição: Identification of Colorectal Cancer Biomarkers Through the Construction of Predictive Models and Large-Scale Data Analysis Abstract: We are interested in developing and applying computational strategies to integrate, explore and analyze the omic data, in order to identify new biomarkers with diagnostic or prognostic value, and potential therapeutic targets in a context of Personalized Medicine. Through bioinformatics approaches and the union of the efforts of researchers with experience in Computer, Biological and Health Sciences, we intend to address research questions in this line related to cancer, focusing on the translational potential of the findings in silico. We intend to developed new machine learning strategies based on GPU computing for the construction of predicted models and large-scale biological data analysis..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (2) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Márcio Dorn - Coordenador / Bruno Iochins Grisci - Integrante / Bruno César Feltes - Integrante.Financiador(es): Nvidia Corporation - Outra.
2017 - 2018
Massively Parallel Computing for Personalized Medicine: Bioinformatics and the Discovery of Novel Biomarkers
Descrição: In this research we are interested in developing and applying strategies to integrate, explore and analyze genomic data to identify new biomarkers with diagnostic or prognostic value, and potential therapeutic targets. Through bioinformatics approaches and the union of the efforts of researchers with training and experience in Computer Science, Biology, and Health, we intend to address research questions in this line related to cardiovascular diseases and cancer, focusing on the translational potential of the in silico findings. That is, it is intended through the realization of this project to generate scientific knowledge with potential clinical use, that can bring significant benefits to the care actions and preventive activities in the Brazilian Unified Health System (SUS). The idea is to improve the process of diagnosis, prognosis and planning Therapeutic use of the patients affected by these pathologies. Within this theme, this project will specifically address the following research questions: i) detection of molecular differences between physiological and pathological cardiac hypertrophy with potential therapeutic application in the treatment of heart failure, ii) identification of biomarkers of unstable atherosclerotic disease, iii ) Characterization of molecular alterations in breast, ovarian and colon solid tumors in patients with germline mutations in genes predisposing to cancer for investigation of hereditary cancer biomarkers, iv) Evaluation of the pathogenicity of variants of uncertain significance in genes predisposing to cancer. GPU computing is used to accelerate the analyze of the amount of biological data (genomic, transcriptomic, and proteomic, etc.), to accelerate heuristic algorithms developed for structural bioinformatics problems, to accelerate molecular dynamics simulations and molecular docking experiments..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2017 - 2018
Mesoscopic Molecular Simulations for Structural Bioinformatics Problems
Descrição: There is a broad range of unanswered scientific questions which cannot be answered neither by experiments nor by classical modeling and simulation approaches. One question is how to consider microscopic and macroscopic effects in one model. On the one hand, available microscopic methods (Molecular Dynamics (MD) type) are precise but computational too complex for large or multi-scale problems. On the contrary, several macroscopic methods (Computational Fluid Dynamics (CFD) type) cannot show severe microscopic effects. Therefore, a mesoscopic scale model is required that closes this gap. For such a Mesoscopic Molecular Dynamics (MMD) model, we propose to take advantage of the Lattice Boltzmann Method (LBM), a modern CFD method, and state-of-the-art MD methods to combine both. This MMD model resolves certain microscopic effects necessary for the considered macroscopic application. In this interdisciplinary research, we will investigate the development of such model and its applicability in Structural Bioinformatics problems such as protein structure prediction and molecular docking..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2017 - 2018
Data Science using Azure to solve the Protein Secondary Structure Prediction problem
Descrição: Knowledge of the three-dimensional (3-D) structure of proteins helps re- searchers to determine protein function, allowing the development of drugs used to either activate or inhibit the protein function. However, experimental determination of protein structure is chal- lenging, time-consuming and expensive. To overcome this problem, many methods were proposed to predict the protein structure. The 3-D Protein Structure Prediction problem, it is one of the most important problems in Structural Bioinformatics, but seems to have reached an impasse to solve targets without the availability of structural templates. One of the major reasons that impasse occurs it is the low accuracy for the Prediction of Secondary Structure of Proteins (PSSP). When the PSSP generate weak results, this directly impacts in the Prediction of 3-D Structure of Protein. New approaches using Machine Learning need to emerge to learn from the big amount of data and has to apply this knowledge to tackle this problem..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) .
Integrantes: Márcio Dorn - Coordenador / Bruno Borguesan - Integrante / Mariana dos Santos Oliveira - Integrante / Leonardo de Lima Correa - Integrante / Bruno Ferreira de Faria Alixandre - Integrante.Financiador(es): Microsoft Corporation - Auxílio financeiro.
2017 - 2018
Structural Bioinformatics for Public Health Problems: Development of Metaheuristics for 3-D Protein Structure Prediction Problem

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Leonardo de Lima Corrêa em 22/05/2017.
Descrição: The prediction of protein structures (PSP) is one of the most significant problems in Structural Bioinformatics since the discovery of 3-D structures gives researchers fundamental information about the function of proteins in cell. PSP is an NP-hard problem and describes a complex scenario of mathematical optimization, characterized by the high dimensionality of the multimodal search space. In this project, we propose the development of evolutionary metaheuristics to explore concepts related to multimodal optimization to better exploit the large conformational space of the problem and, consequently, contribute effectively to protein modeling area. In face of the PSP complexity, to reach these goals without affecting accuracy, the use of parallel and high-performance computing are crucial to the design of faster and reliable algorithms. So we strong believe the computational power provided by the Microsoft Azure will be a valuable support to enable the implementation of this project. Support: Microsoft Azure Research Award..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (2) Doutorado: (2) .
Integrantes: Márcio Dorn - Integrante / INOSTROZA-PONTA, MARIO - Integrante / Mariana dos Santos Oliveira - Integrante / Leonardo de Lima Correa - Coordenador / BORGUESAN, BRUNO - Integrante / Bruno Ferreira de Faria Alixandre - Integrante.Financiador(es): Microsoft Corporation - Auxílio financeiro.
2017 - Atual
Bioinformática aplicada à medicina personalizada: do diagnóstico ao tratamento de doenças
Descrição: Neste projeto de pesquisa estamos interessados em desenvolver e aplicar estratégias para integrar, explorar e analisar dados genômicos com o objetivo de identificar novos biomarcadores com valor diagnóstico ou prognóstico, e potenciais alvos terapêuticos. Através de abordagens de Bioinformática e da união de esforços de pesquisadores com formação e experiência em Ciências da Computação, Biológicas e da Saúde, pretendemos abordar questões de pesquisa nesta linha relacionadas a doenças cardiovasculares e câncer, com foco no potencial translacional dos achados in silico. Isto é, pretende-se através da realização deste projeto gerar conhecimento científico com potencial uso clínico, que possam trazer importantes benefícios às ações assistenciais e atividades preventivas no Sistema Único de Saúde (SUS) ao aprimorar o processo de diagnóstico, elaboração do prognóstico e planejamento terapêutico dos pacientes acometidos com estas patologias. Dentro desta temática, este projeto irá abordar, especificamente, as seguintes questões de pesquisa: i) detecção de diferenças moleculares entre hipertrofia cardíaca fisiológica e patológica com potencial aplicação terapêutica no tratamento da insuficiência cardíaca, ii) identificação de biomarcadores de doença aterosclerótica instável, iii) caracterização de alterações moleculares em tumores sólidos de mama, ovário e cólon em pacientes portadores de mutações germinativas em genes de predisposição ao câncer para investigação de biomarcadores de câncer hereditário, iv) avaliação da patogenicidade de variantes de significado incerto em genes de predisposição ao câncer..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Márcio Dorn - Coordenador / Ana Lúcia Cetertich Bazzan - Integrante / INOSTROZA-PONTA, MARIO - Integrante / Hugo Verli - Integrante / Adriano Werhli - Integrante / Bruno Borguesan - Integrante / Karina dos Santos Machado - Integrante / Bruno Iochins Grisci - Integrante / Rodrigo Ligabue Braun - Integrante / Leonardo de Lima Correa - Integrante / Guido Lenz - Integrante / Mariana Mendoza - Integrante / Bruno Ferreira de Faria Alixandre - Integrante / Andreia Biolo - Integrante / Patricia Ashton Prolla - Integrante / Nadine Clausell - Integrante / Luis Eduardo Paim Rohde - Integrante / Mathias J. Krause - Integrante / Ricardo Melo Czekster - Integrante / Thais Christina Webber dos Santos - Integrante / Luciana Tovo-Rodrigues - Integrante / Gerald Quon - Integrante / Dirk Husmeier - Integrante / Humberto Gonzalez Diaz - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul - Auxílio financeiro.
2017 - Atual
PadMetBio: Parallel and Distributed Metaheuristics for Structural Bioinformatics
Descrição: Structural bioinformatics deals with problems where the rules that govern the biochemical processes and relations are partially known which makes hard to design efficient computational strategies for these problems. There is a wide range of unanswered questions, which cannot be answered neither by experiments nor by classical modeling and simulation approaches. Specifically, there are several problems that still do not have a computational method that can guarantee a minimum quality of solution. The general goal of this project is to develop metaheuristics models based on robust and scalable parallel and distributed computing for structural bioinformatic problems. International Project (Stic-Amsud 2016) between the Universidade Federal do Rio Grande do Sul (UFRGS, Brasil), Universidad Nacional de San Luis (UNSL, Argentina), Universidad de Santiago de Chile (USACH, Chile), University of Pierre et Marie Currie (UPMC, LIP6, INRIA, França)..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Márcio Dorn - Coordenador / Hugo Verli - Integrante / Mario Instroza-Ponta - Integrante / Bruno Borguesan - Integrante / Rodrigo Ligabue Braun - Integrante / Erika Rosas Olivos - Integrante / Diego Bonatto - Integrante / Leonardo de Lima Correa - Integrante / Bruno Ferreira de Faria Alixandre - Integrante / Nicolas Hidalgo - Integrante / Luciana Arantes - Integrante / Veronica Gil - Integrante / Marcela Printista - Integrante / Sébastien Monnet - Integrante / Julien Sopena - Integrante / Pierre Sens - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação.
2016 - 2018
Parallel Metaheuristics for Structural Bioinformatics
Descrição: The main goal of this project is to gather together the expertise and current work of researchers in the areas of structural bioinformatics, metaheuristics and parallel computing, in order to build new interdisciplinary and high quality solutions for these hot research area using paralle computing. In this project, we will explore collaborative work for the design and implementation of knowledge-based hybrid population metaheuristics, like genetic algorithms and memetic algorithms and its implementation for parallel enviroments. There are several research opportunities to be explored in this field, with relevant multidisciplinary applications in Computer Science, Bioinformatics, Biochemistry, and the Medical Sciences. Support: Azure cloud under the Microsoft Azure for Research Award program..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Márcio Dorn - Coordenador / INOSTROZA-PONTA, MARIO - Integrante / Bruno Borguesan - Integrante / Bruno Iochins Grisci - Integrante / Mariel Barbachan e Silva - Integrante / Eduardo Spieler de Oliveira - Integrante / Mariana dos Santos Oliveira - Integrante / Leonardo de Lima Correa - Integrante / Bruno Ferreira de Faria Alixandre - Integrante / Alfeu Uzai Tavares - Integrante.Financiador(es): Microsoft Corporation - Outra.
2016 - Atual
Aprendizagem de Máquina e Metaheurísticas Robustas para a Predição da Estrutura 3D de Proteínas
Descrição: Os resultados esperados com a conclusão deste projeto de pesquisa abrangem aspectos diversos que se esten- dem desde o aumento da produção cientifica e a formação de pesquisadores até o desenvolvimento de produtos aplicáveis tanto no meio acadêmico quanto ao setor industrial, contribuindo desta forma, no desenvolvimento e na inovação tecnológica do Brasil. Bolsa Produtividade em Pesquisa..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Márcio Dorn - Coordenador / Mario Instroza-Ponta - Integrante / Bruno Borguesan - Integrante / Mariel Barbachan e Silva - Integrante / Mariana dos Santos Oliveira - Integrante / Leonardo de Lima Correa - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
2015 - 2017
Massive Parallel Metaheuristics for Structural Bioinformatics
Descrição: Structural Bioinformatics has become a large-scale data science that requires extensive computational resources. The main goal of this project is to design and implement knowledge-based metaheuristics, like genetic and memetic algorithms for Structural Bioinformatics problems using GPU-accelerated computing. Massive parallelism of graphics processing units (GPUs) will be used to accelerate Protein Structure Prediction and Molecular Docking methods. Support: Nvidia Hardware Grant Program..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Mestrado acadêmico: (3) .
Integrantes: Márcio Dorn - Coordenador / INOSTROZA-PONTA, MARIO - Integrante / Bruno Borguesan - Integrante / Mariel Barbachan e Silva - Integrante / Eduardo Spieler de Oliveira - Integrante / Jonas da Silveira Bohrer - Integrante / Mariana dos Santos Oliveira - Integrante / Leonardo de Lima Correa - Integrante / Alfeu Uzai Tavares - Integrante.Financiador(es): Nvidia Corporation - Outra.
2014 - 2017
Desenvolvimento e aplicação de estratégias de engenharia de proteínas e peptídeos visando aplicações biotecnológicas

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Hugo Verli em 17/11/2014.
Descrição: A presente proposta identifica-se pela busca por estratégias capazes de subsidiar, com elevada fidelidade, o planejamento racional de novas enzimas, com propriedades de interesse biotecnológico. Como característica alvo inicial selecionamos a resistência a elevadas temperaturas, e como proteína modelo a papaína. A partir desta prova de conceito, vislumbra-se a possibilidade de aplicação da estratégia como serviço para o setor industrial. Adicionalmente, o sucesso da estratégia proposta abre também a perspectiva de ajuste racional de enzimas para outras propriedades, tais como condições extremas de pH, pressão e força iônica ou mesmo especificade de substratos.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2013 - 2016
Desenvolvimento de métodos e estratégias computacionais para a predição da estrutura tridimensional de polipeptídeos
Descrição: Este projeto de pesquisa visa o estudo e o desenvolvimento de estratégias computacionais para a predição in-silico da estrutura tridimensional de polipeptídeos. Este projeto de pesquisa tem os seguintes objetivos específicos: (a) Estudo do problema da predição da estrutura 3D de proteínas in-silico e o desenvolvimento de estratégias computacionais para extração e manipulação de grandes quantidades de dados estruturais de polipeptídeos/proteínas determinados por meios experimentais (NMR e Raios X); (b) Estudo do problema da glicosilação de proteínas. Desenvolvimento de estratégias computacionais para manipulação de estruturas de carboidratos e simulação computacional da formação de gliconjugados; (c) Desenvolvimento de métodos e ferramentas computacionais que permitam o estudo do impacto na estrutura 3D de uma proteína quando da presença de carboidratos; (d) Estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas de otimização (metaheurísticas) e de aprendizagem de máquina no desenvolvimento de estratégias computacionais para a predição da estrutura 3D de proteínas; (e) Investigação e desenvolvimento de técnicas mais robustas para busca do espaço conformacional de polipeptídeos. Melhoria de métodos atuais que realizam a predição da estrutura 3D aproximada de polipeptídeos; e (f) Desenvolvimento e disponibilização a comunidade científica de ferramentas computacionais para o estudo e manipulação de dados biológicos (proteínas e gliconjugados)..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Márcio Dorn - Coordenador / Mario Inostroza - Integrante / Hugo Verli - Integrante / Luciana Salete Buriol - Integrante / Bruno Borguesan - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2013 - 2015
Aplicação de Técnicas de Aprendizagem de Máquina e Otimização no Desenvolvimento de Estratégias Computacionais para a Predição em Silico da Estrutura Tridimensional de Proteínas
Descrição: As proteínas ou polipeptídeos são macromoléculas que estão envolvidas na maior parte das transformações moleculares que ocorrem nos seres vivos. Estas transformações representam as funções que uma dada proteína exerce no organismo (transporte, de catálise, entre outras). Uma proteína é constituída por uma seqüência de aminoácidos, comumente denominada estrutura primária, que forma uma cadeia polipeptídica por meio da polimerização representada por uma reação de condensação. A ligação CO-NH (grupo carboxílico grupo amino) resultante, entre aminoácidos contíguos, é conhecida como ligação peptídica. A cadeia polipeptídica de uma proteína, em seu estado nativo, enovela-se assumindo uma conformação única (estrutura terciária). Esta conformação ou estrutura tridimensional (3D) determina a função que a proteína irá exercer na célula ou organismo. Este conhecimento é de fundamental importância no desenvolvimento de compostos químicos (fármacos) que possam inibir ou ativar a função de desta proteína no organismo. Experimentalmente, a estrutura tridimensional de uma proteína pode ser obtida através de técnicas de cristalografia por difração de raios X ou por espectroscopia de ressonância magnética nuclear (NMR, sigla em inglês). Entretanto, devido às diversas dificuldades, incluindo o alto custo e o elevado tempo demandado por estas técnicas, a determinação da estrutura 3D de proteínas ainda é um problema que desafia os cientistas. Cientistas de áreas como a ciência da computação, engenharia, bioinformática, matemática, física e química estão empenhados na construção de métodos e estratégias computacionais que possam determinar a estrutura tridimensional de polipeptídeos a partir da seqüência primária da proteína. Este projeto de pesquisa tem como objetivo o estudo, desenvolvimento e aplicação de técnicas aprendizagem de máquina e otimização na construção de estratégias computacionais para predição em sílico da estrutura tridimensional de polipeptídeos..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (2) .
Integrantes: Márcio Dorn - Coordenador / Luciana S. Buriol - Integrante / Hugo Verli - Integrante / Mario Instroza-Ponta - Integrante / Bruno Borguesan - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul - Auxílio financeiro.
2012 - 2015
Designing and constructing a scalable pipeline of graph-based methods for the analysis of gene expression data
Descrição: En este proyecto se estudia la relación existente entre los resultados computacionales obtenidos al utilizar métodos y algoritmos basados en grafos y optimización combinatoria, para los problemas de agrupamiento ("clustering") y visualización sobre datos de expresión genética...
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Márcio Dorn - Integrante / Mario Instroza-Ponta - Coordenador.Financiador(es): Comisión Nacional de Investigacion Científica y Tecnológica - Auxílio financeiro.
2011 - 2013
Minimizacao do Tráfego Rodoviário via Instalacão Adequada de Pedágios

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Luciana Salete Buriol em 30/08/2013.
Descrição: Apresenta dois problemas de otimização da área de engenharia de tráfego e propõe a resolução de tais problemas via modelagem matemática, resolução via CPLEX e via métodos heurísticos...
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (2) .
Integrantes: Márcio Dorn - Integrante / Marcus Rolf Petter Ritt - Integrante / Árton Dorneles - Integrante / Fernando Stefanello - Integrante / Ana Lúcia Cetertich Bazzan - Integrante / Luciana Salete Buriol - Coordenador.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul - Auxílio financeiro.
2010 - 2013
Métodos Biofísicos Moleculares Computacionais e Bioinformática Estrutural no Estudo de Doenças Negligenciadas: A Via de Síntese de Ácidos Graxos Mycobacterium tuberculosis, Parte II.
Descrição: Os trabalhos desenvolvidos no LABIO da PUCRS abordam problemas científicos pertinentes à relação seqüência-estrutura-dinâmica-função de macromoléculas biológicas e suas interações. Neste sentido, a produção científica do LABIO envolve trabalhos de desenvolvimento de métodos e protocolos para a predição da estrutura tridimensional de proteínas e polipeptídios e de metodologias para a realização de docagem molecular, onde o receptor é considerado totalmente flexível (no Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação, PPGCC) da PUCRS. Estudos de aplicação dos métodos que desenvolvemos e de métodos e software disponíveis gratuitamente, ou a custos baixos para uso acadêmico, na comunidade científica, utilizam a enzima InhA de M. tuberculosis como alvo e são desenvolvidos no Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular (PPGBCM) da PUCRS. Dissertações de mestrado e teses de doutorados foram e continuam sendo desenvolvidas nestas áreas. Este projeto é uma continuação do projeto apresentado em 2006 quando da solicitação da atual Bolsa PQ-2. O subtítulo para este projeto que é apresentado a seguir é Seleção e testes in silico de pequenas moléculas do tipo-fármaco para identificação e caracterização experimental in vitro de novos inibidores da enzima InhA de M. tuberculosis: planejamento racional de quimioterápicos para o tratamento da tuberculose.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (3) / Mestrado profissional: (5) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Márcio Dorn - Integrante / Osmar Norberto de Souza - Coordenador / André Luciano Pasinato da Costa - Integrante / Elisângela Machado Leal Cohen - Integrante / Karina dos Santos Machado - Integrante / Ivaní Pauli - Integrante / Andre Luis da Silva - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
2010 - 2013
Computação Aplicada a Farmacogenética e a Helthcare
Descrição: O projeto tem com como objetivo aplicar técnicas computacionais tais como mineração de dados e modelagem de processos em aplicações relacionadas a área da saúde. As técnicas empregadas se aplicam tanto no nível biomolecular como no nível de workflow de processos. Trata-se de projeto institucional do PPGC (edital PNPD)..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Márcio Dorn - Integrante / Alvaro Freitas Moreira - Coordenador / Lucinéia Thom - Integrante / Ronie Alves - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
2008 - 2009
High Performance Verified Computing (HPVC)
Descrição: PROBRAL entre as universidades PUCRS, USP. Universidade de Karlsruhe e Universidade de Wuppertal. Em problemas científicos e tecnológicos, a confiabilidade vem se tornando um requisito cada vez mais importante. Exemplos extremamente simples mostram que, devido à representação finita dos números, os resultados numéricos usando aritmética tradicional de ponto-flutuante podem estar completamente errados. A matemática intervalar permite a captura de incertezas na modelagem e formulação dos problemas, na estimativa dos parâmetros, em operações de arredondamento e na interpretação de modelos. Na resolução de sistemas de equações lineares, o controle sobre o erro gerado na computação apresenta-se como um requisito indispensável para obtenção de resultados corretos da solução dos problemas. A construção de solvers para tratamento de matrizes esparsas e de grande porte, representando um conjunto de equações lineares, utilizando computação verificada em ambientes de alto desempenho permite a resolução de problemas advindos das mais diferentes áreas do conhecimento, e que ainda necessitam alto poder de processamento e alta acurácia em seus resultados. Desta forma, a computação de alto desempenho juntamente com a verificação automática dos resultados apresenta-se como uma ferramenta chave para aplicações críticas oriundas de campos como a tecnologia espacial, bioinformática, engenharia automotiva ou validação de plantas nucleares sem experimentos físicos reais. Com intuito de tratar não somente problemas acadêmicos longe das restrições impostas pelas necessidades industriais, softwares de alta confiabilidade e eficiência devem ser desenvolvidos para arquiteturas paralelas. O principal resultado científico almejado, após a execução deste projeto, está focado em uma metodologia que possibilite a resolução de sistemas de equações lineares esparsos de grande porte com computação verificada em plataformas de alto desempenho..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (2) .
Integrantes: Márcio Dorn - Integrante / Luiz Gustavo Leão fernandes - Coordenador / Dalcidio Moraes Claudio - Integrante / Alfredo Goldman vel Lejbman - Integrante / Mariana Luderitz Kolberg - Integrante / Walter Krämer - Integrante / Werner Hofschuster - Integrante / Vincent Heuveline - Integrante / Rudi Klatte - Integrante / Gerd Bohlender - Integrante / Markus Richter - Integrante / Michael Zimmer - Integrante.Financiador(es): Deutscher Akademischer Austauschdienst - Outra / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Outra.
2007 - 2010
Métodos Biofísicos Moleculares Computacionais e Bioinformática Estrutural no Estudo de Doenças Negligenciadas: A Via de Síntese de Ácidos Graxos em Mycobacterium tuberculosis
Descrição: Este projeto visa dar continuidade aos projetos iniciados com recursos da FAPERGS e Instituto do Milênio (MCT-CNPq), no qual o Prof. Dr. Osmar Norberto de Souza participa como pesquisador associado ao Centro de Pesquisa em Biologia Molecular e Funcional, TECNOPUC-PUCRS, coordenado pelo Prof. Dr. Diógenes Santiago Santos. Os projetos FAPERGS (Construção e Aplicação de Máquinas Paralelas em Bioinformática: Engenharia Computacional da Proteína InhA de Mycobacterium tuberculosis) e Instituto do Milênio (Estratégias Integradas para Controle da Tuberculose no Brasil) resultaram, como objetivo geral no estabelecimento do Laboratório de Bioinformática, Modelagem e Simulação de Biossistemas (LABIO) da PUCRS. Seu objetivo específico é a resolução da estrutura tridimensional (3D) dos mutantes da enzima InhA [alvo da droga izoniazida em Mycobacterium tuberculosis (MTB)] utilizando-se técnicas de bioinformática estrutural, modelagem e simulação computacional por dinâmica molecular. Este projeto já resultou em três importantes publicações em 2002 e 2005, uma tese de doutorado defendida em novembro de 2004 e em outros artigos que deverão ser submetidos para publicação. Levando-se em consideração um modelo atomístico da InhA, seus mutantes, e o ambiente aquoso em sua volta, dados estáticos e dinâmicos de alta qualidade foram produzidos e continuam sendo analisados para se entender o mecanismo de resistência a drogas em MTB. A partir deste estudo obtivemos não somente as estruturas das enzimas alteradas pelas mutações como, também, informações detalhadas e importantes sobre as relações seqüência-estrutura-dinâmica-função, essenciais para o funcionamento da InhA. Uma novidade do nosso trabalho, em nível de pesquisa fundamental e aplicada, é a inclusão explícita da flexibilidade da enzima InhA quando utilizada em experimentos de docking. Nós acreditamos que a inclusão desta importante característica das enzimas aumentará sobremaneira as chances de se obter ligantes alternativos que, p.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Márcio Dorn - Integrante / Norberto de Souza, Osmar - Coordenador / André Luciano Pasinato da Costa - Integrante / Furia Gargano - Integrante / Elisângela Machado Leal Cohen - Integrante / Karina dos Santos Machado - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.


Projetos de extensão


2018 - Atual
Editoração de Periódicos 2018: Revista de Informática Teórica e Aplicada
Descrição: A Revista de Informática Teórica e Aplicada - RITA, é editada sob a responsabilidade do Instituto de Informática da Universidade Federal do Rio Grande do Sul, e visa publicar trabalhos que mostrem o estado da arte e tendências da área de Informática e suas aplicações, servindo também como um fórum para discussões de projetos em desenvolvimento nas universidades e centros de pesquisa, bem como de seus resultados e perspectivas de aplicação. Com periodicidade normal semestral, a RITA também serve como veículo de divulgação de trabalhos selecionados em eventos através de seções especiais. Sua abrangência é, basicamente, a comunidade Íbero-latino americana, com matérias aceitas em português, espanhol e inglês..
Situação: Em andamento; Natureza: Extensão.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .
Integrantes: Márcio Dorn - Coordenador / Matheus Leite Cruz - Integrante.
2017 - 2018
Editoração de Periódicos 2017: Revista de Informática Teórica e Aplicada
Descrição: A Revista de Informática Teórica e Aplicada - RITA, é editada sob a responsabilidade do Instituto de Informática da Universidade Federal do Rio Grande do Sul, e visa publicar trabalhos que mostrem o estado da arte e tendências da área de Informática e suas aplicações, servindo também como um fórum para discussões de projetos em desenvolvimento nas universidades e centros de pesquisa, bem como de seus resultados e perspectivas de aplicação. Com periodicidade normal semestral, a RITA também serve como veículo de divulgação de trabalhos selecionados em eventos através de seções especiais. Sua abrangência é, basicamente, a comunidade Íbero-latino americana, com matérias aceitas em português, espanhol e inglês. Missão: Servir como um fórum de debates sobre os temas relacionados ao estado da arte e tendências da área de Informática e suas aplicações, oferecendo um ambiente interdisciplinar para divulgação das pesquisas realizadas na área. Objetivo: Contribuir para o avanço do conhecimento no campo da Informática Teórica e Aplicada por meio da publicação de trabalhos que mostrem o estado da arte e tendências da área de Informática e suas aplicações. Podem ser apresentados projetos em desenvolvimento nas universidades e centros de pesquisa, bem como de seus resultados e perspectivas de aplicação. Podem ser submetidos artigos científicos com conteúdos inéditos, tutoriais que devem apresentar assuntos avançados e que estejam alinhados com o estado da arte ou estudos de caso com avaliação e análise cuidadosa de dados experimentais..
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .
Integrantes: Márcio Dorn - Coordenador / Matheus Leite Cruz - Integrante.
2017 - 2017
Egb 2017 - 2º Escola Gaúcha De Bioinformática
Descrição: O objetivo da segunda edição da Escola Gaúcha de Bioinformatica (EGB 2017) é criar um espaço para formação, integração, qualificação e desenvolvimento das atividades de pesquisa envolvendo o emprego de métodos computacionais no estudo de sistemas biológicos por meio da Bioinformática. A EGB 2017 preve a participação de alunos (tanto de pós-graduação quanto de graduação), bem como de profissionais das áreas de Ciências Biológicas, Matemática, Física, Química, Engenharias e Ciências da Computação e as suas respectivas áreas correlatas. O evento tem como público alvo principal alunos de pós-graduação e graduação do Estado do Rio Grande do Sul. A realização desta segunda edição da Escola Gaúcha de Bioinformática se insere adicionalmente em duas diretrizes do PNPG/MCTI 2011-2020: estímulo a formacao de redes de pesquisa, ao fomentar e induzir a integracao de futuros pesquisadores, e consideracao das caractersticas locais nas atividades e programas desenvolvidos..
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
Alunos envolvidos: Graduação: (60) / Mestrado acadêmico: (60) / Doutorado: (30) .
Integrantes: Márcio Dorn - Coordenador / Hugo Verli - Integrante / Rodrigo Ligabue Braun - Integrante.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Auxílio financeiro.
2016 - 2017
Editoração de Periódicos 2016: Revista de Informática Teórica e Aplicada
Descrição: A Revista de Informática Teórica e Aplicada - RITA, é editada sob a responsabilidade do Instituto de Informática da Universidade Federal do Rio Grande do Sul, e visa publicar trabalhos que mostrem o estado da arte e tendências da área de Informática e suas aplicações, servindo também como um fórum para discussões de projetos em desenvolvimento nas universidades e centros de pesquisa, bem como de seus resultados e perspectivas de aplicação. Com periodicidade normal semestral, a RITA também serve como veículo de divulgação de trabalhos selecionados em eventos através de edições especiais. Sua abrangência é, basicamente, a comunidade Íbero-latino americana, com matérias aceitas em português, espanhol e inglês..
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2015 - 2016
Editoração de Periódicos 2015: Revista de Informática Teórica e Aplicada
Descrição: A Revista de Informática Teórica e Aplicada - RITA, é editada sob a responsabilidade do Instituto de Informática da Universidade Federal do Rio Grande do Sul, e visa publicar trabalhos que mostrem o estado da arte e tendências da área de Informática e suas aplicações, servindo também como um fórum para discussões de projetos em desenvolvimento nas universidades e centros de pesquisa, bem como de seus resultados e perspectivas de aplicação. Com periodicidade normal semestral, a RITA também serve como veículo de divulgação de trabalhos selecionados em eventos através de edições especiais. Sua abrangência é, basicamente, a comunidade Íbero-latino americana, com matérias aceitas em português, espanhol e inglês..
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2015 - 2015
Egb 2015 - 1º Escola Gaúcha De Bioinformática
Descrição: A Escola Gaúcha de Bioinformática, EGB, foi organizada de forma integrada pelo Instituto de Informática e pelo Centro de Biotecnologia da Universidade Federal do Rio Grande do Sul, buscando construir um espaço de formação, integração, qualificação e desenvolvimento das atividades de pesquisa envolvendo o emprego de métodos computacionais no estudo de sistemas biológicos. Sob uma perspectiva interdisciplinar de problemas biológicos e terapêuticos, o evento agrega tanto abordagens através de sequências (de nucleotídeos ou aminoácidos), de biologia de sistemas e de larga escala, quanto de estruturas 3D (e suas conformações) ao suporte e desenvolvimento possibilitados pela Ciência da Computação..
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2014 - 2015
Editoração de Periódicos 2014: Revista de Informática Teórica e Aplicada
Descrição: A Revista de Informática Teórica e Aplicada - RITA, é editada sob a responsabilidade do Instituto de Informática da Universidade Federal do Rio Grande do Sul, e visa publicar trabalhos que mostrem o estado da arte e tendências da área de Informática e suas aplicações, servindo também como um fórum para discussões de projetos em desenvolvimento nas universidades e centros de pesquisa, bem como de seus resultados e perspectivas de aplicação. Com periodicidade normal semestral, a RITA também serve como veículo de divulgação de trabalhos selecionados em eventos através de edições especiais. Sua abrangência é, basicamente, a comunidade Íbero-latino americana, com matérias aceitas em português, espanhol e inglês..
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.


Membro de corpo editorial


2017 - Atual
Periódico: RETEC. REVISTA DE TECNOLOGIAS (OURINHOS)
2011 - Atual
Periódico: Revista de Informática Teórica e Aplicada (Impresso)


Membro de comitê de assessoramento


2013 - Atual
Agência de fomento: Secretaria da Ciência, Inovação e Desenvolvimento Tecnológico do RS
2013 - Atual
Agência de fomento: Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Brasília


Revisor de periódico


2009 - Atual
Periódico: Revista de Informática Teórica e Aplicada
2010 - Atual
Periódico: International Journal of Computer Science Issues
2010 - Atual
Periódico: Bioinformatics and Biology Insights
2010 - Atual
Periódico: Journal of Computational Biology and Bioinformatics Research
2010 - Atual
Periódico: Computers in Biology and Medicine
2010 - Atual
Periódico: Biomedical Informatics Insights
2010 - Atual
Periódico: Biomedical Engineering and Computational Biology
2010 - Atual
Periódico: RETEC - Revista de Exatas e Tecnológicas
2010 - Atual
Periódico: International Journal of Biometrics and Bioinformatics
2011 - Atual
Periódico: Indonesian Journal of Electrical Engineering - Telkomnika
2012 - Atual
Periódico: Journal of Pipeline Systems Engineering and Practice
2013 - Atual
Periódico: International Journal of Computational Biology and Drug Design (Online)
2013 - Atual
Periódico: Biotechnology and Applied Biochemistry
2013 - Atual
Periódico: Expert Systems with Applications
2013 - Atual
Periódico: Plos One
2013 - Atual
Periódico: Journal of Biomedicine and Biotechnology (Online)
2013 - Atual
Periódico: Ionics (Kiel)
2014 - Atual
Periódico: Biochimica et Biophysica Acta. Proteins and Proteomics
2016 - Atual
Periódico: PEERJ
2017 - Atual
Periódico: PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS
2017 - Atual
Periódico: BMC BIOINFORMATICS
2018 - Atual
Periódico: INFORMATION SCIENCES


Revisor de projeto de fomento


2018 - Atual
Agência de fomento: Direção de Pesquisa e Pós-Graduação/Centro de Ciências Tecnológicas/UDESC
2016 - Atual
Agência de fomento: Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação UERGS
2016 - Atual
Agência de fomento: Pró-Reitoria de Pesquisa UFRN
2016 - Atual
Agência de fomento: Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
2015 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Amparo a Pesquisa do Estado do Amazonas
2013 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco
2013 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais
2013 - Atual
Agência de fomento: Secretaria da Ciência, Inovação e Desenvolvimento Tecnológico do RS
2013 - Atual
Agência de fomento: Fundação Cearense de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Computação Científica.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Matemática da Computação.
4.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
5.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformática/Especialidade: Aprendizado de Máquina.
6.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Matemática / Subárea: Matemática Aplicada/Especialidade: Otimização.


Idiomas


Alemão
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Inglês
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.


Prêmios e títulos


2018
Prêmio Melhor TCC Ciência Computação 2017/02 - UFRGS (Orientador), ASSESPRO.
2018
Paraninfo do curso de Biotecnologia 2018/01, Instituto de Biociências - UFRGS.
2013
Tese de doutorado selecionada como finalista do BRICS-CCI Theses and Dissertations Competition 2013, IEEE, ACM and INNS.
2012
Projeto de Pesquisa selecionado para realização de Missão Científica de Curta Duração no Exterior - University Newcastle/Austrália - PROPG Edital 01/2012, Pró-reitoria de Pós-Graduação - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.
2012
Aprovação em Concurso Público Universidade Federal de Santa Maria (1ª lugar - Prof. Adjunto), UFSM.
2012
Aprovação em Concurso Público Universidade Federal do Rio Grande do Sul (1ª lugar - Prof. Adjunto), UFRGS.
2012
Best Poster Award X-Meeting 2012, Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional.
2011
Trabalho de pesquisa selecionado para participação no Doctoral Mentoring Consortium, Twenty-Second International Joint Conference on Artificial Intelligence - IJCAI 11.
2011
IJCAI 2011 - Travel Grant Program Award - International Joint Conference on Artificial Intelligence., .
2011
CEC 2011 - Student Travel Grant Award - IEEE CEC 2011 conference, .
2010
Trabalho de Pesquisa selecionado para o Programa Top USA Santander Universidades, UFRGS, Massachusetts Institute of Technology, Brown University, Northeastern University.
2008
Third Best Full Paper of the III Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB2008), SBC, Santo André, SP, Brazil..
2008
Menção - Aprovação com Louvor - Dissertação Mestrado, Faculdade de Informática - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul.
2006
Aprovação com nota máxima no trabalho de conclusão do curso de Sistemas de Informações, Universidade Regional do Noroeste do Estado do RS.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:18
Total de citações:95
Fator H:6
Dorn, Marcio MD  Data: 13/08/2018

SCOPUS
Total de trabalhos:35
Total de citações:162
Dorn, Marcio - Fator H 8  Data: 13/08/2018

Outras
Total de trabalhos:49
Total de citações:239
Marcio Dorn - Google Scholar - Indice H 10  Data: 13/08/2018

Artigos completos publicados em periódicos

1.
LEONHART, P. F.2018 LEONHART, P. F. ; OLIVEIRA, E. S. ; BRAUN, R. L. ; DORN, MÁRCIO . A biased random key genetic algorithm for the protein-ligand docking problem. SOFT COMPUTING, v. 22, p. 1, 2018.

2.
POLETO, M. D.2018POLETO, M. D. ; RUSU, V. H. ; GRISCI, B. I. ; DORN, MARCIO ; LINS, R. D. ; VERLI, HUGO . Aromatic Rings Commonly Used in Medicinal Chemistry: Force Fields Comparison and Interactions With Water Toward the Design of New Chemical Entities. Frontiers in Pharmacology, v. 9, p. 1-20, 2018.

3.
Corrêa, Leonardo de Lima2018Corrêa, Leonardo de Lima ; BORGUESAN, BRUNO ; KRAUSE, MATHIAS J. ; DORN, MÁRCIO . Three-Dimensional Protein Structure Prediction Based on Memetic Algorithms. COMPUTERS & OPERATIONS RESEARCH, v. 91, p. 160-177, 2018.

4.
LIGABUE-BRAUN, RODRIGO2018LIGABUE-BRAUN, RODRIGO ; BORGUESAN, BRUNO ; VERLI, HUGO ; KRAUSE, MATHIAS J. ; DORN, MÁRCIO . Everyone Is a Protagonist: Residue Conformational Preferences in High-Resolution Protein Structures. Journal of Computational Biology, v. 25, p. 451-465, 2018.

5.
CORREA, LEONARDO2018CORREA, LEONARDO ; BORGUESAN, BRUNO ; FARFAN, CAMILO ; INOSTROZA-PONTA, MARIO ; DORN, MARCIO . A Memetic Algorithm for 3D Protein Structure Prediction Problem. IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, v. 15, p. 690-704, 2018.

6.
KLEMENS, F.2018KLEMENS, F. ; FORSTER, B. ; DORN, MÁRCIO ; THATER, G. ; KRAUSE, M. J. . Solving fluid flow domain identification problems with adjoint lattice Boltzmann methods. COMPUTERS & MATHEMATICS WITH APPLICATIONS, v. 76, p. 1, 2018.

7.
PARRAGA-ALAVA, J.2018PARRAGA-ALAVA, J. ; DORN, MÁRCIO ; INOSTROZA, M. . A multi-objective gene clustering algorithm guided by apriori biological knowledge with intensification and diversification strategies. BioData Mining, v. 11, p. 1, 2018.

8.
FELTES, B. C.2018FELTES, B. C. ; GRISCI, B. I. ; POLONI, J. F. ; DORN, MÁRCIO . Perspectives and Applications of Machine Learning for Evolutionary Developmental Biology. Molecular BioSystems, v. 14, p. 1, 2018.

9.
BORGUESAN, BRUNO2017BORGUESAN, BRUNO ; INOSTROZA-PONTA, MARIO ; DORN, MÁRCIO . NIAS-Server: Neighbors Influence of Amino acids and Secondary Structures in Proteins. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, v. 24, p. 255-265, 2017.

10.
GRISCI, B. I.2017GRISCI, B. I. ; DORN, M. . NEAT-FLEX: PREDICTING THE CONFORMATIONAL FLEXIBILITY OF AMINO ACIDS USING NEUROEVOLUTION OF AUGMENTING TOPOLOGIES. Journal of Bioinformatics and Computational Biology (Print), p. 1750009, 2017.

11.
BORGUESAN, BRUNO2015 BORGUESAN, BRUNO ; E SILVA, MARIEL BARBACHAN ; GRISCI, BRUNO ; INOSTROZA-PONTA, MARIO ; DORN, MÁRCIO . APL: An angle probability list to improve knowledge-based metaheuristics for the three-dimensional protein structure prediction. Computational Biology and Chemistry (Print), v. 59, p. 142-157, 2015.

12.
DORN, M.;DORN, MARCIO;DORN, MÁRCIO2014DORN, M.; BURIOL, L.S. ; LAMB, L.C. . MOIRAE: A computational strategy to extract and represent structural information from experimental protein templates. SOFT COMPUTING, v. 18, p. 773-795, 2014.

13.
DORN, MÁRCIO2014 DORN, MÁRCIO; E SILVA, MARIEL BARBACHAN ; BURIOL, LUCIANA S. ; LAMB, LUIS C. . Three-dimensional protein structure prediction: Methods and computational strategies. Computational Biology and Chemistry (Print), v. 53, p. 251-276, 2014.

14.
DORN, M.;DORN, MARCIO;DORN, MÁRCIO2013DORN, M.; BURIOL, L.S. ; LAMB, L. C. . A molecular dynamics and knowledge-based computational strategy to predict native-like structures of polypeptides. Expert Systems with Applications, v. 40, p. 698-706, 2013.

15.
DE ANDRADES, RAFAEL K.2013DE ANDRADES, RAFAEL K. ; DORN, MÁRCIO ; FARENZENA, DANIEL S. ; LAMB, LUIS C. . A cluster-DEE-based strategy to empower protein design. Expert Systems with Applications, v. 40, p. 5210-5218, 2013.

16.
DORN, MÁRCIO2013DORN, MÁRCIO; SOUZA, OSMAR NORBERTO DE . An interval-based algorithm to represent conformational states of experimentally determined polypeptide templates and fast prediction of approximated 3D protein structures. International Journal of Bioinformatics Research and Applications (Print), v. 9, p. 462, 2013.

17.
COSTA, A. L. P.2012COSTA, A. L. P. ; PAULI, I. ; DORN, M. ; DORN, M. ; SCHROEDER, E. K. ; Zhan, C-G ; NORBERTO DE SOUZA, O. . Conformational changes in 2-trans-enoyl-ACP (CoA) Reductase (InhA) from M. tuberculosis induced by an inorganic complex: a molecular dynamics simulation study. Journal of Molecular Modeling (Online), v. 18, p. 1779-1790, 2012.

18.
DORN, MÁRCIO2012DORN, MÁRCIO; BRAGA, ANDRÉ L.S. ; LLANOS, CARLOS H. ; Coelho, Leandro S. . A GMDH polynomial neural network-based method to predict approximate three-dimensional structures of polypeptides. Expert Systems with Applications, v. 39, p. 12268-12279, 2012.

19.
DORN, MÁRCIO2010DORN, MÁRCIO; Norberto de Souza, Osmar . A3N: An artificial neural network n-gram-based method to approximate 3-D polypeptides structure prediction. Expert Systems with Applications, v. 37, p. 7497-7508, 2010.

20.
DORN, MARCIO2010DORN, MARCIO; SOUZA, OSMAR NORBERTO DE . Mining the Protein Data Bank with CReF to predict approximate 3-D structures of polypeptides. International Journal of Data Mining and Bioinformatics, v. 4, p. 281, 2010.

Capítulos de livros publicados
1.
Corrêa, Leonardo de Lima ; DORN, MÁRCIO . Multi-Agent Systems in Three-Dimensional Protein Structure Prediction. In: Diana Adamatti. (Org.). Multi-Agent-Based Simulations Applied to Biological and Environmental Systems. 10ed.Hershey: IGI Global, 2016, v. , p. 241-278.

Textos em jornais de notícias/revistas
1.
DORN, MÁRCIO; BURIOL, L.S. ; LAMB, L.C. . Metaheuristics in Structural Bioinformatics: The Art of 3D Protein Structure Prediction. IFORs News: International Federation of Operation Research Societies, Estados Unidos, p. 5 - 6, 01 mar. 2018.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
BORGUESAN, B. ; NARLOCH, P. H. ; INOSTROZA, M. ; DORN, MÁRCIO . A Genetic Algorithm Based on Restricted Tournament Selection for the 3D-PSP Problem. In: IEEE Congress on Evolutionary Computation (IEEE CEC 2018), 2018, Rio de Janeiro. Proceedings of the 2018 IEEE Congress on Evolutionary Computation, 2018. p. 1.

2.
CORREA, L. L. ; DORN, MÁRCIO . A knowledge-based artificial bee colony algorithm for the 3-D protein structure prediction problem. In: IEEE Congress on Evolutionary Computation (IEEE CEC 2018), 2018, Rio de Janeiro. Proceedings of the 2018 IEEE Congress on Evolutionary Computation, 2018. p. 1.

3.
GRISCI, B. I. ; FELTES, B. C. ; DORN, MÁRCIO . Microarray Classification and Gene Selection with FS-NEAT. In: IEEE Congress on Evolutionary Computation (IEEE CEC 2018), 2018, Rio de Janeiro. Proceedings of the 2018 IEEE Congress on Evolutionary Computation, 2018. p. 1.

4.
VILLALOBOS-CID, M. ; DORN, MÁRCIO ; INOSTROZA-PONTA, MARIO . Performance comparison of multi-objective local search strategies to infer phylogenetic trees. In: IEEE Congress on Evolutionary Computation (IEEE CEC 2018), 2018, Rio de Janeiro. Proceedings of the 2018 IEEE Congress on Evolutionary Computation, 2018. p. 1.

5.
VILLALOBOS-CID, M. ; DORN, MÁRCIO ; INOSTROZA-PONTA, MARIO . Understanding the relationship between decision and objective space in the multi-objective phylogenetic inference problem. In: IEEE Congress on Evolutionary Computation (IEEE CEC 2018), 2018, Rio de Janeiro. Proceedings of the 2018 IEEE Congress on Evolutionary Computation, 2018. p. 1.

6.
PARRAGA-ALAVA, JORGE ; DORN, MARCIO ; INOSTROZA-PONTA, MARIO . Using local search strategies to improve the performance of NSGA-II for the Multi-Criteria Minimum Spanning Tree problem. In: 2017 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), 2017, Donostia. 2017 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), 2017. p. 1119.

7.
DE LIMA CORREA, LEONARDO ; INOSTROZA-PONTA, MARIO ; DORN, MARCIO . An evolutionary multi-agent algorithm to explore the high degree of selectivity in three-dimensional protein structures. In: 2017 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), 2017, Donostia. 2017 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), 2017. p. 1111.

8.
OLIVEIRA, MARIANA ; BORGUESAN, BRUNO ; DORN, MARCIO . SADE-SPL: A Self-Adapting Differential Evolution algorithm with a loop Structure Pattern Library for the PSP problem. In: 2017 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), 2017, Donostia. 2017 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), 2017. p. 1095.

9.
ALIXANDRE, BRUNO FERREIRA DE FARIA ; DORN, MARCIO . D-BRKGA: A Distributed Biased Random-Key Genetic Algorithm. In: 2017 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), 2017, Donostia. 2017 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), 2017. p. 1398.

10.
RUIZ-TAGLE, B. ; VILLALOBOS-CID, M. ; DORN, MÁRCIO ; INOSTROZA, M. . Evaluating the use of local search strategies for a Memetic Algorithm for the Protein-Ligand docking problem. In: 36th International Conference of the Chilean Computer Science Society (SCCC 2017), 2017. Proceedings of the 36th International Conference of the Chilean Computer Science Society (SCCC 2017). p. 1.

11.
VILLALOBOS-CID, M. ; DORN, MÁRCIO ; INOSTROZA, M. . Exploring the relationship between decision and objective space in the multi-objective phylogenetic inference problem. In: 36th International Conference of the Chilean Computer Science Society, 2017, Arica. Proceedings of the 36th International Conference of the Chilean Computer Science Society, 2017. p. 1.

12.
GRISCI, B. I. ; DORN, MÁRCIO . Predicting Protein Structural Features with NeuroEvolution of Augmenting Topologies. In: International Joint Conference on Neural Networks, 2016, Vancouver. Proceedings of the International Joint Conference on Neural Networks (IJCNN 2016), 2016.

13.
BORGUESAN, B. ; BOHRER, J. S. ; BARBACHAN e SILVA, M. ; CORREA, L. L. ; DORN, MÁRCIO . Improving protein tertiary structure prediction with conformational propensities of amino acid residues. In: IEEE Congress on Evolutionary Computation, 2016, vancouver. Proceedings of the IEEE Congress on Evolutionary Computation (IEEE CEC 2016), 2016.

14.
BIAZUS, M. ; DORN, MARCIO ; THOM, L. . Modelagem e Análise de Conformidade do Processo de Atracamento Molecular. In: X BreSci - Brazilian e-Science Workshop, 2016, Porto Alegre. Anais do XXXVI Congresso da Sociedade Brasileira de Computação, 2016.

15.
ESCOBAR, IVAN ; HIDALGO, NICOLAS ; INOSTROZA-PONTA, MARIO ; MARIN, MAURICIO ; ROSAS, ERIKA ; DORN, MARCIO . Evaluation of a combined energy fitness function for a distributed memetic algorithm to tackle the 3D protein structure prediction problem. In: 2016 35th International Conference of the Chilean Computer Science Society (SCCC), 2016, Valparaíso. 2016 35th International Conference of the Chilean Computer Science Society (SCCC). p. 1.

16.
SIMONETTI, V. ; DORN, M. . Escalonamento de equipes de enfermagem utilizando Busca Tabu. In: XLVI Simpósio Brasileiro de Pesquisa Operacional, 2014, Salvador. Anais do XLVI Simpósio Brasileiro de Pesquisa Operacional, 2014.

17.
GRISCI, B. I. ; BORGUESAN, B. ; DORN, M. ; INOSTROZA, M. . Using conformational preferences of amino acid residues and meta-heuristics to predict 3-D protein structures. In: Third International Society for Computational Biology Latin America, 2014, Belo Horizonte. Proceedings of third International Society for Computational Biology Latin America. La Jolla: International Society for Computational Biology, 2014. v. 1. p. 20-35.

18.
DORN, MARCIO; INOSTROZA-PONTA, MARIO ; BURIOL, L.S. ; VERLI, H. . A knowledge-based genetic algorithm to predict three-dimensional structures of polypeptides. In: 2013 IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC), 2013, Cancun. 2013 IEEE Congress on Evolutionary Computation. p. 1233-8.

19.
BRAGA, A.L.S. ; ARIAS-GARCIA, JANIER ; LLANOS, CARLOS ; DORN, MARCIO ; FOLTRAN, ALFREDO ; Coelho, Leandro S. . Hardware implementation of GMDH-type artificial neural networks and its use to predict approximate three-dimensional structures of proteins. In: 7th International Workshop on Reconfigurable and CommunicationCentric SystemsonChip (ReCoSoC), 2012, York. Proceedings of the 7th International Workshop on Reconfigurable and Communication-Centric Systems-on-Chip (ReCoSoC), 2012. v. 1. p. 1-8.

20.
DORN, M.; BURIOL, L.S. ; LAMB, L. C. . A hybrid genetic algorithm for the 3-D protein structure prediction problem using a path-relinking strategy. In: IEEE Congress on Evolutionary Computation, 2011, New Orleans. Proceedings of the 2011 IEEE Congress on Evolutionary Computation. Los Alamitos: IEEE Press, 2011. v. 1. p. 2709-2716.

21.
GONÇALVES, W.W. ; DORN, M. ; BURIOL, L.S. ; LAMB, L. C. . A structured-population genetic algorithm for the 3-D protein structure prediction problem. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2011, Brasilia. Proceedings of BSB 2011. Porto Alegre: SBC, 2011. v. 1. p. 17-24.

22.
DORN, M.; NORBERTO DE SOUZA, O. . CReF: A central-residue-fragment-based method for predicting approximate 3-D polypeptides structures. In: Annual ACM Symposium on Applied Computing, 2008, Fortaleza. SAC '08: Proceedings of the 2008 ACM symposium on Applied computing. New York, NY, USA: ACM Press, 2008. p. 1261-1267.

23.
DORN, M.; BREDA, A. E. ; NORBERTO DE SOUZA, O. . A hybrid method for the protein structure prediction problem. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2008, Santo André, São Paulo, Brazil. Lecture Notes in Computer Science, Advances in Bioinformatics and Computational Biology. Heidelberg, Germany: Springer, 2008. v. 5167. p. 47-56.

24.
KOLBERG, M. L. ; DORN, M. ; DORN, M. ; BOHLENDER, G. ; FERNANDES, L. G. L. . Parallel verified linear system solver for uncertain input data. In: 20th International Symposium on Computer Architecture and High Performance Computing, 2008, Campo Grande. Proceedings of the 20th International Symposium on Computer Architecture and High Performance Computing. Los Alamitos, CA: EEE Press, 2008. v. 1. p. 89-96.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
MOHRHARD, M. ; THATER, G. ; DORN, MÁRCIO ; KRAUSE, MATHIAS J. . A new Auto-Vectorization Friendly Parallel Lattice Boltzmann Streaming Scheme for Direct Addressing. In: 30th International Conference on Parallel Computational Fluid Dynamics (ParCFD), 2018, Indianapolis. Proceedings of the 30th International Conference on Parallel Computational Fluid Dynamics, 2018. p. 1-5.

2.
SANTOS, L. A. ; GRISCI, B. I. ; BRAUN, R. L. ; DORN, MÁRCIO . ROMA: Ramachandran Oriented Mutational Analysis. In: German Conference on Bioinformatics (GCB), 2017, Tubingen. Proceedings of the German Conference on Bioinformatics (GCB) 2017, 2017. v. 1. p. 1.

3.
VILLALOBOS-CID, M. ; DORN, MÁRCIO ; BRAUN, R. L. ; INSTROZA-PONTA, M. . Usando distância Robinson-Foulds em algoritmo genético multi-objetivo para abordar o problema de inferência filogenética. In: Workshop em Bioinformática da UTFPR 2016, 2016, Cornélio Procópio. Anais do Workshop em Bioinformática da UTFPR 2016, 2016.

4.
INOSTROZA-PONTA, MARIO ; FARFÁN, CAMILO ; DORN, MÁRCIO . A Memetic Algorithm for Protein Structure Prediction based on Conformational Preferences of Aminoacid Residues. In: the Companion Publication of the 2015, 2015, Madrid. Proceedings of the Companion Publication of the 2015 on Genetic and Evolutionary Computation Conference - GECCO Companion '15. New York: ACM Press. p. 1403.

5.
BORGUESAN, B. ; BARBACHAN e SILVA, M. ; DORN, MARCIO . Side-Chain conformational analysis of the multi-dependent rotamer preferences of proteins. In: Escola Gaúcha de Bioinformática, 2015, Porto Alegre. Anais da I Escola Gaúcha de Bioinformática, 2015.

6.
BIAZUS, M. ; THOM, L. ; DORN, MÁRCIO . Process design and conformity analysis of computational strategies for molecular docking. In: 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015. Proceedings 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015.

7.
BORGUESAN, B. ; DORN, MÁRCIO . A Multi-Dependent side-chain rotamer library for protein structure prediction. In: 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015, São Paulo. Proceedings 11th International Conference of th AB3C + Brazilian Symposium of Bioinformatics, 2015.

8.
SIMONETTI, V. ; DORN, M. . Escalonamento de equipes de enfermagem utilizando algoritmos genéticos e busca local. In: Escola Latino-Iberoamericana de Verão em Pesquisa Operacional, 2014, Areia. Anais da Escola Latino-Iberoamericana de Verão em Pesquisa Operacional, 2014.

9.
TORBES, A. R. ; BORGUESAN, B. ; DORN, M. ; VERLI, H. . CarbM: a web tool to build 3-D structures of carbohydrates. In: Third International Society for Computational Biology Latin America X-Meeting on Bioinformatics with BSB and SoiBio (ISCB-Latin America), 2014, Belo Horizonte. Proceedings of the Third International Society for Computational Biology Latin America X-Meeting on Bioinformatics with BSB and SoiBio (ISCB-Latin America). Belo Horizonte: ISCB, 2014. v. 1. p. 1-10.

10.
ANDRADES, R. ; DORN, M. ; LAMB, L. C. . Protein design using data clustering, boolean satisfiability and dead-end-elimination techniques. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology X-meeting, 2012, Campinas. Proceedings of the 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012.

11.
NOBLE, D. V. ; DORN, M. ; LAMB, L. C. . A memetic network-based approach to search the 3-D protein conformational space. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology X-meeting, 2012, Campinas. Proceedings of the 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012.

12.
BRAGA, A.L.S. ; DORN, M. ; ARIAS-GARCIA, J. ; FOLTRAN, A. ; QUINTERO, C.H.L. ; COELHO, L.S. . Reconfigurable computing to accelerate GMDH artificial neural networks and its application to predicting 3-D structures of proteins. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology X-meeting, 2012, Campinas. Proceedings of the 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012.

13.
DORN, M.; BURIOL, L.S. ; LAMB, L. C. . Combining machine learning and optimization techniques to determine 3-D structures of polypeptides. In: IJCAI - Doctoral Mentoring Consortium, 2011, Barcelona. Proceedings of the 22nd International Joint Conference on Artificial Intelligence. Menlo Park, CA: AAAI Press, 2011. v. 3. p. 2794-2795.

14.
DORN, M.; LAMB, L. C. ; BURIOL, L.S. . An artificial neural network based method for the prediction of approximated 3-D structures of mini-globular proteins. In: 6th International Conference of Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010, Ouro Preto. Proceedings of the 6th X-meeting. Belo Horizonte: AB3C, 2010. v. 1. p. 1-2.

15.
DORN, M.; NORBERTO DE SOUZA, O. . A fragment-based clustering method for predicting approximate 3-D polypeptide structures. In: 3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007, São Paulo. Proceedings of the 3rd Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (x meeting), 2007. v. 1. p. 1-3.

16.
DORN, M.; FRISKE, L. M. . Utilização de raciocinio subsimbólico baseado em redes neurais artificiais em tarefas de predição de dados. In: SULCOMP - I Congresso Sul Catarinense de Computação, 2005, Criciúma. Anais do I Congresso Sul Catarinense de Computação, 2005.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
TAVARES, A. U. ; DORN, MÁRCIO . Predição de estrutura de dissacarídeos utilizando Particle Swarm Optimization. In: XXIX SALÃO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRGS, 2017, Porto Alegre. Anais do XXIX SALÃO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRGS. Porto Alegre: UFRGS, 2017. p. 1.

2.
SANTOS, L. A. ; DORN, MÁRCIO . Desenvolvimento de uma abordagem estrutural para predição de efeitos de mutações pontuais de um único aminoácido. In: XXIX Salão de Iniciação Científica da UFRGS, 2017, Porto Alegre. Anais do XXIX Salão de Iniciação Científica da UFRGS. Porto Alegre: UFRGS, 2017. p. 1.

3.
OLIVEIRA, M. S. ; DORN, MARCIO . Identicação de padrões conformacionais em estruturas experimentais e projeto de meta-heurísticas para a predição da estrutura tridimensional de proteínas. In: XXVIII SALÃO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRGS, 2016, Porto Alegre. Anais do XXVIII SALÃO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRGS, 2016.

4.
BOHRER, J. S. ; DORN, MARCIO . Desenvolvimento de algoritmo genético distribuído para a predição da estrutura tridimensional de proteínas. In: XXVI Salão de Iniciação Científica da UFRGS, 2015, Porto Alegre. Anais do XXVI Salão de Iniciação Científica da UFRGS, 2015.

5.
OLIVEIRA, M. S. ; DORN, MARCIO . Desenvolvimento de métodos e estratégias computacionais para a identificação de padrões conformacionais em proteínas. In: XXVI Salão de Iniciação Científica da UFRGS, 2015, Porto Alegre. Anais do XXVI Salão de Iniciação Científica da UFRGS, 2015.

6.
BARBACHAN e SILVA, M. ; DORN, MARCIO . Predição de estrutura tridimensional de proteínas utilizando Enxame de Partículas. In: XXVI Salão de Iniciação Científica da UFRGS, 2015, Porto Alegre. Anais do XXVI Salão de Iniciação Científica da UFRGS, 2015.

7.
CORREA, L. L. ; DORN, MÁRCIO . A multi-agent approach for the 3-D protein structure prediction problem. In: Escola Gaúcha de Bioinformática, 2015, Porto Alegre. Anais da I Escola Gaúcha de Bioinformática, 2015.

8.
BARBACHAN e SILVA, M. ; BORGUESAN, B. ; DORN, MÁRCIO . A knowledge-based particle swarm optimization for the protein structure prediction problem. In: Escola Gaúcha de Bioinformática, 2015, Porto Alegre. Anais da I Escola Gaúcha de Bioinformática, 2015.

9.
BOHRER, J. S. ; BORGUESAN, B. ; DORN, MARCIO . A distributed knowledge-based genetic algorithm for protein structure prediction. In: Escola Gaúcha de Bioinformática, 2015, Porto Alegre. Anais da I Escola Gaúcha de Bioinformática, 2015.

10.
OLIVEIRA, E. S. ; DORN, MARCIO . Development of a genetic algorithm for protein-ligand redocking. In: Escola Gaúcha de Bioinformática, 2015, Porto Alegre. Anais da I Escola Gaúcha de Bioinformática, 2015.

11.
GONZALEZ, F. ; INOSTROZA-PONTA, MARIO ; DORN, MARCIO . Memetic algorithm for Docking's problem with a rigid protein and a flexible ligand. In: Escola Gaúcha de Bioinformática, 2015, Porto Alegre. Anais da I Escola Gaúcha de Bioinformática, 2015.

12.
TORBES, A. R. ; DORN, M. . CarbM: a web tool to build 3-D structures of carbohydrates. In: XXVI Salão de Iniciação Científica da UFRGS, 2014, Porto Alegre. Anais do XXVI São de Iniciação Científica da UFRGS. Porto Alegre: UFRGS, 2014. p. 3-4.

13.
GRISCI, B. I. ; DORN, M. . Desenvolvimento de uma estratégia computacional baseada em algoritmos genético para a predição da estrutura tridimensional de proteínas. In: XXVI Salão de Iniciação Científica da UFRGS, 2014, Porto Alegre. Anais do XXVI São de Iniciação Científica da UFRGS. Porto Alegre: UFRGS, 2014. v. 1. p. 1-2.

14.
SIMONETTI, V. ; DORN, M. . Geração Automática de Escalas de Equipes de Enfermagem. In: XXVI Salão de Iniciação Científica da UFRGS, 2014, Porto Alegre. Anais do XXVI São de Iniciação Científica da UFRGS. Porto Alegre: UFRGS, 2014. v. 1. p. 1-2.

15.
NEVES Jr., G. ; DORN, MÁRCIO . Virtualização de Datacenters: motivações e benefícios. In: 1° Mostra de Ciência e Tecnologia Pastor Dohms, 2012, Porto Alegre. Anais da 1° Mostra de Ciência e Tecnologia Pastor Dohms, 2012. v. 1. p. 1-1.

16.
MENEZES, M. ; DORN, M. . Utilização da Metodologia Top - Down na elaboração de um projeto de redes. In: 1° Mostra de Ciência e Tecnologia Pastor Dohms, 2012, Porto Alegre. Anais da 1° Mostra de Ciência e Tecnologia Pastor Dohms, 2012. v. 1. p. 1-1.

17.
ROCKSTROH, M.R. ; DORN, M. . Uso da metodologia Top-Down para projeto da infraestrutura de rede de laboratórios comunitários para o acesso à Internet. In: 1° Mostra de Ciência e Tecnologia Pastor Dohms, 2012, Porto Alegre. Anais da 1° Mostra de Ciência e Tecnologia Pastor Dohms, 2012. v. 1. p. 1.

18.
MACHADO, W.M. ; DORN, M. ; DORN, M. . Utilização da metodologia ITIL no controle de incidentes e mudanças em ambiente de TI. In: 1° Mostra de Ciência e Tecnologia Pastor Dohms, 2012, Porto Alegre. Anais da 1° Mostra de Ciência e Tecnologia Pastor Dohms, 2012. v. 1. p. 1-1.

19.
ANDRADES, R. ; DORN, M. ; DORN, M. ; FARENZENA, D.S. ; LAMB, L. C. . Aplicação de técnicas de inteligência artificial e mineração de dados no design de proteínas. In: XXIII Salão de Iniciação Científica UFRGS, 2011, Porto Alegre. Anais do XXIII Salão de Iniciação Científica UFRGS. Porto Alegre: UFRGS, 2011. v. 1. p. 1-2.

20.
TABAJARA, L. M. ; FARENZENA, D.S. ; DORN, M. ; DORN, M. ; LAMB, L. C. . Resolução de problemas através de computação humana utilizando redes sociais. In: XXIII Salão de Iniciação Científica UFRGS, 2011, Porto Alegre. Anais do XXIII Salão de Iniciação Científica UFRGS, 2011.. Porto Alegre: UFRGS, 2011. v. 1. p. 1-2.

Apresentações de Trabalho
1.
DORN, M.; Predição da Estrutura 3-D de Proteínas: Métodos e Estratégias Computacionais, Unisinos, São Leopoldo, Brasil. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
DORN, M.; Combining machine learning and optimization techniques to determine 3-D structures of polypeptides, Barcelona, Espanha. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
DORN, M.; A Hybrid Genetic Algorithm for the 3-D Protein Structure Prediction Problem using a Path-Relinking Strategy, New Orleans, EUA. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
DORN, M.; A Structured-Population Genetic Algorithm for the 3-D Protein Structure Prediction Problem. 2011. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

5.
DORN, M.; Protein Tertiary Structure Prediction: Methods and Computational Strategies, Harvard University USA. 2010. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

6.
DORN, M.; Protein Tertiary Structure Prediction: Methods and Computational Strategies, Brown University, USA. 2010. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

Outras produções bibliográficas
1.
DORN, M.; MOIRAE: A Computational Strategy to Predict 3-D Structures of Polypeptides. Porto Alegre: INF/UFRGS, 2012 (Tese de Doutorado).

2.
DORN, M.; Uma proposta para a predição computacional da estrutura 3D aproximada de polipeptídeos com redução do espaço conformacional utilizando análise de intervalos. Porto Alegre: Biblioteca Central da PUCRS - Irmão José Otão, 2008 (Dissertação de Mestrado em Ciência da Computação - FACIN/PUCRS).

3.
DORN, M.; Reconhecimento e Classificação de Padrões em Imagens Utilizando Redes Neurais Artificiais.. Santa Rosa, RS, Brasil: Biblioteca Universitário Mário Osório Marques, 2005 (Trabalho de Conclusão de Curso (Sistemas de Informação)).


Produção técnica
Assessoria e consultoria
1.
DORN, MARCIO. Membro do Comitê Científico do Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB 2018). 2018.

2.
DORN, M.; Membro do Comitê Científico V Congresso de Computação do Sul de Mato Grosso (COMPSULMT). 2013.

3.
DORN, M.; Membro do Comitê Científico do Third World Congress on Information and Communication Technologies (WICT). 2013.

4.
DORN, M.; Membro do Comitê Científico do ISCB European Student Council Symposium. 2012.

Programas de computador sem registro
1.
BORGUESAN, B. ; INOSTROZA-PONTA, MARIO ; DORN, MÁRCIO . NPAS-Server: Neighbors Preferences of Amino Acids and Secondary Structures. 2015.

2.
DORN, M.; Site da Escola Social Networks and Game Theory. 2012.

3.
DORN, M.; Site ELAVIO 2012 - Latin American Operations Research Summer School. 2011.

4.
DORN, M.; A3N - artificial neural network n-gram-based method. 2010.

5.
DORN, M.; CReF - Central-residue-fragment-based method. 2008.

Trabalhos técnicos
1.
DORN, MÁRCIO. Revisão de Artigos. IEEE Engineering in Medicine & Biology Society. 2018.

2.
DORN, MARCIO. Revisão de Artigos. XLIX Simpósio Brasileiro de Pesquisa Operacional (XLIX SBPO). 2017.

3.
DORN, MARCIO. Membro do Comitê Científico - VI Congresso de Computação do Sul de Mato Grosso (COMPSULMT 2016). 2016.

4.
DORN, MARCIO. Membro do Comitê Científico - VII Escola Regional de Informática - Mato Grosso (ERI-MT 2016). 2016.

5.
DORN, MARCIO. Revisão de Artigos. 35th International Conference of the Chilean Computer Science Society (SCCC 2016). 2016.

6.
DORN, MÁRCIO. Revisão Artigos. IEEE-EMBS Conference on Biomedical Engineering and Sciences. 2016.

7.
DORN, MÁRCIO. Revisão de Artigos. VII Escola Regional de Informática - Mato Grosso (ERI-MT 2016). 2016.

8.
DORN, MÁRCIO. Revisão de Artigos. VI Congresso de Computação do Sul de Mato Grosso (COMPSULMT 2016). 2016.

9.
DORN, MÁRCIO. Revisão de Artigos. Workshop em Bioinformática da UTFPR (WB2016). 2016.

10.
DORN, M.. Revisão de Artigos. IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC). 2014.

11.
DORN, MARCIO. Revisão de Artigos. AAGBS International Conference on Business Management (AiCoBM). 2014.

12.
DORN, M.. Revisão de artigos. IEEE Symposium on Computer Applications and Industrial Electronics (ISCAIE) 2014. 2014.

13.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Symposium Series on Computational Intelligence (SSCI). 2013.

14.
DORN, M.. Revisão de Artigos. IEEE Business Engineering and Industrial Applications Colloquium (BEIAC). 2013.

15.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Symposium on Computers and Informatics (SCI). 2013.

16.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Symposium Series on Computational Intelligence. 2013.

17.
DORN, M.. Revisão de Artigos. IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC). 2013.

18.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Symposium on Humanities, Science and Engineering (SHUSER). 2013.

19.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Conference on e-Learning, e-Management and e-Services (IC3e). 2013.

20.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Conference on Wireless Sensors (ICWiSe). 2013.

21.
DORN, M.. Revisão de Artigos. IEEE Colloquium on Administrative Science and Technology (COAST). 2013.

22.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE International RF and Microwave Conference (RFM). 2013.

23.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Symposium on Industrial Electronics and Applications. 2013.

24.
DORN, M.; Revisão de Artigos. International Conference on Cyber-enabled distributed computing and knowledge discovery (CYBERC). 2013.

25.
DORN, M.; Revisão de Artigos. SBC Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB). 2013.

26.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Control and System Graduate Research Colloquium (ICSGRC). 2013.

27.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE International Conference on System Engineering and Technology (ICSET). 2013.

28.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Symposium on Business, Engineering and Industrial Applications (ISBEIA). 2013.

29.
DORN, M.; Revisão de Artigos. Informing Science and IT Education (INSITE). 2012.

30.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Business, Engineering and Industrial Applications Colloquium (BEIAC). 2012.

31.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Applied Power Electronics Colloquium (IAPEC). 2012.

32.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Congress on Evolutionary Computation (CEC). 2012.

33.
DORN, M.; Revisão de Artigos. 3nd International Multi-Conference on Complexity, Informatics and Cybernetics (IMCIC). 2012.

34.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Symposium on Computers and Informatics (ISCI). 2012.

35.
DORN, M.; Revisão de Artigos. International Conference on Biomedical Engineering (ICoBE). 2012.

36.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Symposium on Wireless Technology and Applications (SWTA). 2012.

37.
DORN, M.; Revisão de Artigos. International Conference on Biologically Inspired Computation (BIC). 2012.

38.
DORN, M.; Revisão de Artigos. 8th Symposium of the International Society for Computational Biology Student Council. 2012.

39.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Symposium on Industrial Electronics and Applications (ISIEA). 2012.

40.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE International Conference on Power and Energy (PECON). 2012.

41.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Conference on Control, Systems and Industrial Informatics (CCSI). 2012.

42.
DORN, M.; BURIOL, L.S. ; LAMB, L. C. . Elaboração de Projeto. Desenvolvimento de métodos e estratégias computacionais para a predição de estruturas 3-D de polipeptídeos. 2012.

43.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Colloquium on Humanities, Science and Engineering Research (CHUSER). 2012.

44.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Symposium on Business, Engineering and Industrial Applications (ISBEIA). 2012.

45.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Conference on Open Systems (ICOS). 2012.

46.
DORN, M.; Revisão de Artigos. Second workshop on Cognitive-Inspired Networks, Systems and Applications (Cognitive). 2012.

47.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE EMBS Conference on Biomedical Engineering (IECBES). 2012.

48.
DORN, M.; Revisão de Artigos. 2nd European Student Council Symposium. European Conference on Computational Biology. 2012.

49.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Asia-Pacific Conference on Applied Electromagnetics (APACE). 2012.

50.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Symposium on Computer Applications and Industrial Electronics (ISCAE). 2012.

51.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Symposium on e-Learning, e-Management and e-Services (IS3e). 2012.

52.
DORN, M.; Revisão de Artigos. International Congress On Engineering Education (ICEED). 2012.

53.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Student Conference on Research and Development (SCORED). 2012.

54.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE International Conference on Control System, Computing and Engineering. 2012.

55.
DORN, M.; Revisão de Artigos. 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. 2012.

56.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Symposium on Computers and Informatics (SCI). 2011.

57.
DORN, M.; Revisão de Artigos. Information Science + Information Technology Education (INSITE). 2011.

58.
DORN, M.; Revisão de Artigos. 6th Canadian Student Conference on Biomedical Computing and Engineering (CSCBCE). 2011.

59.
DORN, M.; Revisão de Artigos. The 2nd International Multi-Conference on Complexity, Informatics and Cybernetics (IMCIC). 2011.

60.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Conference on Open Systems (ICOS). 2011.

61.
DORN, M.; Revisão de Artigos. International Symposium on Business, Engineering and Industrial Applications (ISBEIA). 2011.

62.
DORN, M.; Revisão de Artigos. XLIII Simpósio Brasileiro de Pesquisa Operacional (XLIII SBPO). 2011.

63.
DORN, M.; Revisão de Artigos. Student Council Symposium, International Society for Computational Biology (ISCB Student Council). 2011.

64.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Symposium on Wireless Telecommunications Applications (ISWTA). 2011.

65.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE International Conference on Computer Applications and Industrial Electronics (ICAIE). 2011.

66.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE International Conference on Signal and Image Processing Applications (ICSIPA). 2011.

67.
DORN, M.; Revisão de Artigos. 2nd International Conference on Advanced Science, Engineering and Information Technology (ICASEIT). 2011.

68.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE International RF and Microwave Conference (RFM). 2011.

69.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Colloquium on Humanities, Science and Engineering Research (CHUSER). 2011.

70.
DORN, M.; Revisão de Artigos. 9th IEEE Student Conference on Research and Development (SCORED). 2011.

71.
DORN, M.; Revisão de Artigos. Information Science + Information Technology Education (InSITE). 2010.

72.
DORN, M.; Relatório Técnico. Verificação numérica da função de cálculo da energia potencial e minimização da energia potencial das rotinas disponibilizadas no pacote NAB. 2010.

73.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE International Conference on Computer Applications and Industrial Electronics (ICAIE). 2010.

74.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IEEE Conference on Biomedical Engineering and Sciences (EMBS). 2010.

75.
DORN, M.; Revisão de Artigos. First International Conference on Advanced Science, Engineering and Information Technology (ICASEIT). 2010.

76.
DORN, M.; LAMB, L. C. ; BURIOL, L.S. . Elaboração de Projeto. TOP USA SANTANDER. Predição da Estrutura de Proteínas: métodos e algoritmos. 2010.

77.
DORN, M.; Revisão de Artigos. Simpósio Brasileiro de Pesquisa Operacional - XLII SBPO. 2010.

78.
DORN, M.; Revisão de Artigos. IV Congresso de Computação do Sul de Mato. 2008.

79.
DORN, M.; Revisão de Artigos. III Congresso de Computação do Sul de Mato. 2007.

Redes sociais, websites e blogs
1.
BORGUESAN, B. ; TORBES, A. R. ; DORN, M. ; DORN, M. ; VERLI, H. . CarbM: a web tool to build three-dimensional structures of carbohydrates (http://sbcb.inf.ufrgs.br/carbm). 2014; Tema: Ferramenta para ensino, estudo e pesquisa na área de carboidratos. (Site).

2.
DORN, M.; Netschool - Social Networks and Game Theory School. 2012; Tema: Site da Escuela Latinoamericana de Verano en Investigación Operativa. (Site).

3.
DORN, M.; Elavio - Latin American Operations Research Summer School. 2012; Tema: Site da Escuela Latinoamericana de Verano en Investigación Operativa. (Site).


Demais tipos de produção técnica
1.
DORN, MÁRCIO. Revista de Informática Teórica e Aplicada, Volume 25, Número 1. 2018. 2018. (Editoração/Periódico).

2.
DORN, MÁRCIO. Revista de Informática Teórica e Aplicada, Volume 25, Número 2. 2018. 2018. (Editoração/Periódico).

3.
DORN, MÁRCIO. Revista de Informática Teórica e Aplicada, Volume 25, Número 3. 2018. 2018. (Editoração/Periódico).

4.
DORN, MÁRCIO. Revista de Informática Teórica e Aplicada, Volume 24, Número 1. 2017. (Editoração/Periódico).

5.
DORN, MÁRCIO; BRAUN, R. L. ; VERLI, H. . Anais da II Escola Gaúcha de Bioinformática. 2017. (Editoração/Anais).

6.
DORN, MÁRCIO. Revista de Informática Teórica e Aplicada, Volume 24, Número 2. 2017. (Editoração/Periódico).

7.
DORN, MARCIO. Revista de Informática Teórica e Aplicada, Volume 23, Número 1. 2016. (Editoração/Periódico).

8.
DORN, MARCIO. Revista de Informática Teórica e Aplicada, Volume 23, Número 2. 2016. (Editoração/Periódico).

9.
BORGUESAN, B. ; BARBACHAN e SILVA, M. ; DORN, MÁRCIO . Programação Python para Bioinformática. 2015. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

10.
DORN, MARCIO; LAMB, LUIS C. . Revista de Informática Teórica e Aplicada, Volume 22, Número 1. 2015. (Editoração/Periódico).

11.
DORN, MÁRCIO. Revista de Informática Teórica e Aplicada, Volume 22, Número 2. 2015. (Editoração/Periódico).

12.
DORN, M.; LAMB, L. C. ; GRANVILLE, L.Z. . Revista de Informática Teórica e Aplicada, Volume 21, Número 1. 2014. (Editoração/Periódico).

13.
DORN, M.; GRANVILLE, L.Z. ; LAMB, L. C. . Revista de Informática Teórica e Aplicada, Volume 21, Número 2. 2014. (Editoração/Periódico).

14.
DORN, M.; LAMB, L. C. ; GRANVILLE, L.Z. . Revista de Informática Teórica e Aplicada, Volume 20, Número 1. 2013. (Editoração/Periódico).

15.
DORN, M.; LAMB, L. C. ; GRANVILLE, L.Z. . Revista de Informática Teórica e Aplicada, Volume 20, Número 2. 2013. (Editoração/Periódico).

16.
DORN, M.; LAMB, L. C. ; GRANVILLE, L.Z. . Revista de Informática Teórica e Aplicada, Volume 20, Número 3. 2013. (Editoração/Periódico).

17.
DORN, M.; LAMB, L. C. ; GRANVILLE, L.Z. . Revista de Informática Teórica e Aplicada, Volume 19, Número 1. 2012. (Editoração/Periódico).

18.
DORN, M.; LAMB, L. C. ; GRANVILLE, L.Z. . Revista de Informática Teórica e Aplicada, Volume 19, Número 2. 2012. (Editoração/Periódico).

19.
DORN, M.; LAMB, L. C. ; GRANVILLE, L.Z. . Revista de Informática Teórica e Aplicada, Volume 18, Número 1. 2011. (Editoração/Periódico).

20.
DORN, M.; LAMB, L. C. ; GRANVILLE, L.Z. . Revista de Informática Teórica e Aplicada, Volume 18, Número 2. 2011. (Editoração/Periódico).

21.
DORN, M.; LAMB, L. C. ; GRANVILLE, L.Z. . Revista de Informática Teórica e Aplicada, Volume 17, Número 1. 2010. (Editoração/Periódico).

22.
DORN, M.; LAMB, L. C. ; GRANVILLE, L.Z. . Revista de Informática Teórica e Aplicada, Volume 17, Número 2. 2010. (Editoração/Periódico).

23.
DORN, M.; LAMB, L. C. ; GRANVILLE, L.Z. . Revista de Informática Teórica e Aplicada, Volume 17, Número 3. 2010. (Editoração/Periódico).

24.
DORN, M.; Verificação numérica da função de cálculo da energia potencial e minimização da energia potencial das rotinas disponibilizadas no pacote NAB. 2009. (Relatório de pesquisa).


Produção artística/cultural
Outras produções artísticas/culturais
1.
DORN, M.; Entrevista concedida ao Jornal O Globo. Acadêmicos: Pesquisa brasileira é comparável à dos EUA.. 2010 (Entrevista concedida ao Jornal O Globo. Projeto Santander Top USA Universidades.).

Demais trabalhos
1.
DORN, M.; Uma proposta para a predição computacional de estruturas 3D de polipeptídeos com redução do espaço conformacional utilizando cálculo intervalar. 2007 (Trabalho de Pesquisa da Pós Graduação) .

2.
DORN, M.; Predição de estruturas de proteínas através da análise e combinação de fragmentos. 2006 (Trabalho de Pesquisa da Pós Graduação) .

3.
DORN, M.; Inteligência computacional aplicada a bioinformática estrutural. 2006 (Trabalho Individual de Pós Graduação) .



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
DORN, MÁRCIO; RICHTER, M.; FERREIRA NETO, J. A.; COMBA, J.. Participação em banca de Alex Gliesch. A genetic algorithm for fair land allocation. 2018. Dissertação (Mestrado em Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

2.
DORN, MÁRCIO; LENZ, G.; WERHLI, A.; PEREIRA, A. G.. Participação em banca de Bruno Iochis Grisci. N3O: A NEAT expansion for improving classification and feature selection applied to microarray data.. 2018. Dissertação (Mestrado em PPGC - Programa de Pós Graduação em Computação UFRGS) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

3.
DORN, MARCIO; VERLI, H.; NETZ, P.; RICACHENEVSKY, F.. Participação em banca de Elisa Beatriz de Oliveira John. Desenvolvimento de parâmetros para simulação de flavonoides e chalonas no campo de força GROMOS. 2017. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

4.
SILVA, B. C.; VERLI, H.; MENDOZA, M.; DORN, MARCIO. Participação em banca de Leonardo de Lima Corrêa. Uma Proposta de Algoritmo Memético Baseado em Conhecimento para o Problema de Predição de Estruturas 3-D de Proteínas. 2017. Dissertação (Mestrado em PPGC - Programa de Pós Graduação em Computação UFRGS) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

5.
COELHO, A. L. V.; SILVA, B. C.; DORN, MÁRCIO; BAZZAN, A. L. C.. Participação em banca de Matheus Alves. Social-Training: Aprendizado Semi-Supervisionado Utilizando Funções de Escolha Social. 2017. Dissertação (Mestrado em Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

6.
DORN, MARCIO; BRAUN, R.; GALANTE, R.; MENDOZA, M.. Participação em banca de Bruno Borguesan. GARTS: um Algoritmo Genético baseado no método de Seleção por Torneio Restrito Adaptativo para o problema de Predição de Estruturas 3D de Proteínas. 2016. Dissertação (Mestrado em Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

7.
DORN, MARCIO; ENGEL, P. M.; VIGO, A.. Participação em banca de André Rodrigues Oliveira. Comparação de algoritmos de aprendizagem de máquina para construção de modelos preditivos de diabetes não diagnosticada. 2016. Dissertação (Mestrado em Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

8.
DORN, MARCIO; WERHLI, A.; MACHADO, K. S.; BORGES, E. N.. Participação em banca de Roger Sá da Silva. Uma comparação entre classificadores para predição da classe de cor a partir de dados estruturais em proteínas fluorescentes. 2016. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande.

9.
INSTROZA-PONTA, M.; BRAUN, R. L.; THOM, L.; DORN, MÁRCIO. Participação em banca de Eduardo Spieler de Oliveira. Um Algoritmo Genético de Chaves Aleatórias Viciadas para o problema de Atracamento Molecular.. 2016. Dissertação (Mestrado em PPGC - Programa de Pós Graduação em Computação UFRGS) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

10.
DORN, MÁRCIO; BONATTO, D.; LENZ, G.; PROLLA, P.. Participação em banca de Darlan Conterno Minussi. Oncoprosim: Uma Ferramenta in Silico Para Análise da Evolução Tumoral. 2015. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

11.
DORN, M.; DORN, M.; MACHADO, K. S.; BILLA, C.; EMMENDORFER, L.; WERHLI, A.. Participação em banca de Rafael Castro Couto. Uma proposta de algoritmo para o modelo AB de dobramento de proteína. 2014. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande.

12.
VERLI, H.; MARGIS, R.; SILVA, T. A. S.; BRAUN, R. L.; DORN, M.; DORN, M.. Participação em banca de Pablo Ricardo Arantes. Comparação de diferentes campos de força na descrição conformacional de siRNAs. 2014. Dissertação (Mestrado em Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

13.
DORN, M.; DORN, M.; SAWICKI, S.; SAUSEN, P. S.; SAUSEN, A. T. Z. R.. Participação em banca de Maira Tanise de Vlieger. Desenvolvimento de um modelo matemático aplicado ao problema de cobertura de área em redes sem fio. 2013. Dissertação (Mestrado em Modelagem Matemática) - Universidade Regional do Noroeste do Estado do Rio Grande do Sul.

Teses de doutorado
1.
DORN, MÁRCIO; LEMKE, N.; NOTARI, D. L.; DELAMARE, A. P. L.; SILVA, S. A. E.. Participação em banca de Rafael Vieira Coelho. Predição de Regiões Promotoras em Bacillus subtilis através do uso de Redes Neurais Artificiais e Máquinas de Vetor de Suporte. 2018. Tese (Doutorado em Biotecnologia) - Universidade de Caxias do Sul.

2.
DORN, MÁRCIO; TURJANSKI, A.; GARRATT, R. C.; CARLINI, C. R. R. S.; VERLI, H.; BRAUN, R. L.. Participação em banca de Pablo Ricardo Arantes. Bases estruturais e dinâmicas de biomoléculas na via de N-glicosilação em Bactérias. 2018. Tese (Doutorado em Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

3.
MOSCATO, P.; BERRETA, R.; DORN, MARCIO. Participação em banca de Heloisa Helena Zaccaron Milioli. Breast Cancer Intrinsic Subtypes: A Critical Conception in Bioinformatics. 2017. Tese (Doutorado em School of Environmental and Life Sciences) - The University of Newcastle Australia.

4.
FERREIRA, R. S.; BLEICHER, L.; MINARDI, R. C. M.; DORN, MÁRCIO; LIMA, L. H. F.. Participação em banca de Laerte Mateus Rodrigues. Mutagraph: Modelos E Algoritmos Para Predição Na Afinidade De Complexos Proteicos Através De Graph Kernel E Métricas De Redes Complexas. 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

5.
DORN, M.; DORN, M.; LEMKE, N.; BAZZAN, A. L. C.; Karina dos Santos Machado. Participação em banca de Mariana Recamonde Mendoza. Exploring ensemble learning techniques to optimize the reverse engineering of gene regulatory networks. 2014. Tese (Doutorado em Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Qualificações de Doutorado
1.
DORN, MARCIO; NETZ, P. A.; BACHEGA, F.. Participação em banca de Marcelo Depólo Polêto. Dinâmica de moléculas bioativas e seu impacto no reconhecimento molecular. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

2.
DORN, M.; DORN, M.; RIBEIRO, L.; BURIOL, L.S.. Participação em banca de Leonardo de Miranda Borba. Técnicas exatas para solução de problemas. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em PPGC - Programa de Pós Graduação em Computação UFRGS) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

3.
DORN, M.; DORN, M.; BAZZAN, A. L. C.; LEMKE, N.; WERHLI, A.; LORENA, A. C.. Participação em banca de Mariana Mendoza. Exploring ensemble learning techniques to optimize the reverse engineering of gene regulatory networks. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Qualificações de Mestrado
1.
DORN, MARCIO; WERHLI, A.; MACHADO, K. S.. Participação em banca de Roger Sa da Silva. Uma proposta para predicão do comprimento de onda emitido por proteínas fluorescentes. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande.

2.
DORN, M.; DORN, M.; ROESLER, V.; ENGEL, P. M.. Participação em banca de Andre Rodrigues Oliveira. Seleção de técnicas de aprendizagem de máquina para criação de modelos preditivos médicos. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em PPGC - Programa de Pós Graduação em Computação UFRGS) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

3.
DORN, M.; DORN, M.; LAMB, L. C.; ENGEL, P. M.. Participação em banca de Cristiano Reis dos Santos. Aplicação da Lógica de Markov como um mecanismo para raciocínio probabilístico. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em PPGC - Programa de Pós Graduação em Computação UFRGS) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

4.
DORN, M.; DORN, M.; ENGEL, P. M.; ROCHA, A. C.. Participação em banca de Cássio Felipe Fernandes Oliveira. Hidden Markov Models and an incremental approach based in Gaussian mixture models. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em PPGC - Programa de Pós Graduação em Computação UFRGS) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

5.
DORN, M.; DORN, M.; ROESLER, V.; MACIEL, A.. Participação em banca de Guilherme Lazzarot. Detecção Automática de Isquemias Cardíacas. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em PPGC - Programa de Pós Graduação em Computação UFRGS) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Monografias de cursos de aperfeiçoamento/especialização
1.
WIVES, L. K.; DORN, MÁRCIO; THOM, L.. Participação em banca de Josiel Ieque Lilge. Uso de BPMN para Modelar o Processo de Criação de Software Destacando as Inconformidades entre o Modelo Ágil e o Aplicado em uma Fábrica de Software. 2018. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

2.
WIVES, L. K.; THOM, L.; DORN, MÁRCIO. Participação em banca de Christian Fouchard Justin. Modelagem do Processo de Orientação Tributária por E-Mail Junto aos Contribuintes do ISSQN de Porto Alegre. 2018. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

3.
WIVES, L. K.; THOM, L.; DORN, MÁRCIO. Participação em banca de Carla Inez Lima de Freitas Anele. Business Intelligence na Secretaria Municipal de Educação de Porto Alegre: Contribuição para Defnição de Estratégias e Tomada de Decisão na Busca da Qualidade da Educação. 2018. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

4.
WIVES, L. K.; THOM, L.; DORN, MÁRCIO. Participação em banca de João Márcio Lopes Moralles. Modelagem dos Processos de Controle de Acesso na Receita Municipal de Porto Alegre. 2018. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

5.
DORN, MÁRCIO; THOM, L.; PIMENTA, M. S.. Participação em banca de Jonathan Alba Videira. Um Estudo de Caso sobre a Aplicação de BPM para Treinamento de Funcionários através da Etapa de Descoberta de Processos. 2018. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

6.
DORN, MARCIO; PIMENTA, M. S.; THOM, L.. Participação em banca de Roberto da Costa Machado. Utilizando ITIL na Administração Pública com Provedor de TI Terciarizado. 2018. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

7.
WIVES, L.; DORN, MARCIO; THOM, L.. Participação em banca de Cristiane Ribeiro Gonçalves. Relatando e Validando um Estudo de Caso no Departamento Municipal de Águas e Esgoto de Porto Alegre. 2018. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

8.
WIVES, L. K.; DORN, MARCIO; THOM, L.. Participação em banca de Elisa Corrêa dos Reis. Modelagem do Processo de Designa e Dispensa de Função Gratificada da Prefeitura Municipal de Porto Alegre. 2018. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

9.
DORN, MARCIO; WIVES, L. K.; THOM, L.. Participação em banca de Fabiane Levemfous. Panorama sobre Engenharia de Requisitos em uma Empresa Pública. 2018. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

10.
DORN, MARCIO; WIVES, L. K.; THOM, L.. Participação em banca de Wagner Santos dos Santos. Modelagem do Processo de Fiscalização das Transferências Constitucionais de ICMS na Prefeitura de Porto Alegre. 2018. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

11.
BECKER, K.; PIMENTA, M. S.; DORN, MÁRCIO. Participação em banca de Anderson da Silveira da Silva. Aderência aos Ritos do Framework SCRUM em Times Ágeis. 2018. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

12.
BECKER, K.; PIMENTA, M. S.; DORN, MARCIO. Participação em banca de Dionatan Senna de Brito. Redesenho do Processo de Help Desk no Núcleo de Informática do Instituto de Biociências da UFRGS utilizando BPMN e Melhores Práticas do ITIL. 2018. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

13.
NUNES, I.; FREITAS, C. M. D. S.; DORN, MARCIO. Participação em banca de João Luís Linde. Importância da Usabilidade e da Acessibilidade na Implementação de Sistemas Públicos. 2018. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

14.
FREITAS, C. M. D. S.; NUNES, I.; DORN, MARCIO. Participação em banca de Cláudio Lopes de Almeida. Avaliação De Usabilidade Do Sistema De Informações Geográficas De Imóveis Do Cadastro Da Prefeitura De Porto Alegre: Estudo De Caso. 2018. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

15.
FREITAS, C. M. D. S.; NUNES, I.; DORN, MARCIO. Participação em banca de Josiane Ortolan Coelho. Análise da Usabilidade e da Acessibilidade em Sites de Prefeituras de Cinco Grandes Capitais. 2018. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

16.
FREITAS, C. M. D. S.; NUNES, I.; DORN, MARCIO. Participação em banca de Reverton José Arrieche Pinheiro. Usabilidade em Consonância com as Metodologias Ágeis no Desenvolvimento de Software. 2018. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

17.
FREITAS, C. M. D. S.; NUNES, I.; DORN, MARCIO. Participação em banca de Sandro da Silva. Dados Abertos no Município de Porto Alegre. 2018. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

18.
DORN, MARCIO; FREITAS, C. M. D. S.; NUNES, I.. Participação em banca de Márcio Luís Soster Arrosi. Integração Entre Central de Serviços e Desenvolvimento de Sistemas na Gestão de Incidentes e Problemas. 2018. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

19.
DORN, MARCIO; FREITAS, C. M. D. S.; NUNES, I.. Participação em banca de Lucio Gonçalves. Cadastramento Biometrico Utilizando Dispositivos Moveis. 2018. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

20.
DORN, MARCIO; GALANTE, R.; PIMENTA, M. S.. Participação em banca de Daniel Arioza. Análise Comparativa Entre Abordagem Ágil E Tradicional Do Gerenciamento De Projetos: Estudo De Caso De Uma Instituição Financeira. 2018. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

21.
THOM, L.; DORN, MÁRCIO; PIMENTA, M. S.. Participação em banca de Marcio Eduardo Muller. REvisão De Processos De Gerenciamento De Serviços De Ti Em Uma Empresa De Varejo De Moda. 2018. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

22.
SCHAEFFER-FILHO, A. E.; WIVES, L. K.; DORN, MARCIO. Participação em banca de Eládio Diego Molter Garcia. Gestão De Riscos De Segurança Da Informação: Aplicando O Processo De Avaliação De Riscos Da Iso/iec 27005:2018 Em Uma Seguradora. 2018. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

23.
SCHAEFFER-FILHO, A. E.; THOM, L.; DORN, MARCIO. Participação em banca de Mário Sergio da Silva. GIMOM ? Gerenciamento de Impacto e Monitoramento. 2017. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

24.
DORN, MARCIO; THOM, L.; SCHAEFFER-FILHO, A. E.. Participação em banca de Douglas Garcia. Uma abordagem de implementação para BPM. 2017. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

25.
DORN, MARCIO; THOM, L.; WIVES, L.. Participação em banca de Tércio Oliveira de Almeida. Automatização do Processo de Migração de Emissores de Cartões de Tarja Magnética para Tecnologia de Chip EMV usando BMP. 2017. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

26.
DORN, MARCIO; WIVES, L.; THOM, L.. Participação em banca de Diego Nunes. A reação do Público sobre Notícias nas Redes Sociais: Estudo de Caso do Portal Terra no Facebook. 2017. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

27.
DORN, MARCIO; THOM, L.; WIVES, L.. Participação em banca de José Augusto Lucas Correa. Identificação e Análise de Processos com aplicação das diretrize de qualidade definidas na norma NBR ISO 9001. 2017. Monografia (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
DORN, MÁRCIO; BRAUN, R. L.; ANDREIS, F.; LOPES, F. C.. Participação em banca de Leonardo Alves Santos.Roma: Ramachandran Oriented Mutational Analysis. 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biotecnologia - Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

2.
THOM, L.; MACHADO, R.; DORN, MÁRCIO. Participação em banca de Carine Priscila Beatrici.Análise da Complexidade em Modelos em Rede e Fora da Rede para Segregação Celular. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

3.
LENZ, G.; BRAUN, R. L.; DORN, MARCIO. Participação em banca de Mariana Dos Santos Oliveira.Identificação de padrões conformacionais em estruturas experimentais e projeto de metaheurísticas para a predição da estrutura tridimensional de proteínas. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biotecnologia - Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

4.
LENZ, G.; BRAUN, R. L.; DORN, MARCIO. Participação em banca de Mariel Barbachan e Silva.SAN-PSO: Protein Structure Prediction using a Knowledge-based Self-adaptative Multimodal Particle Swarm Optimization Algorithm. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biotecnologia - Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

5.
INSTROZA-PONTA, M.; BONACIC, C.; OLIVOS, E. R.; DORN, MÁRCIO. Participação em banca de Camilo Javier Farfán Pérez.Algoritmo Memético para el Problema de Predición de la Estructura Tridimensional de una Proteína. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ingeniería Civil en Informática) - Universidad de Santiago de Chile.

6.
DORN, MÁRCIO; GALANTE, R.; MENDOZA, M.; THOM, L.. Participação em banca de Miller Biazus.Modelagem e análise de conformidade do processo presente em estratégias computacionais de atracamento molecular. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

7.
DORN, MÁRCIO; GALANTE, R.; GEYER, C.. Participação em banca de Pedro Beschorner Marin.Exomim: uma aplicação web para priorização de variantes em whole-exome sequencing. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

8.
DORN, MÁRCIO; INSTROZA-PONTA, M.; VILLANUEVA, M.; BONACIC, C.. Participação em banca de Iván Alfredo Escobar Rex.Predicción de La Estructura Tridimensional de Proteínas Mediante Cloud Computing. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ingeniería Ejecución en Computación e Informática) - Universidad de Santiago de Chile.

9.
DORN, M.; DORN, M.; RITT, M.R.; KOLBERG, M. L.. Participação em banca de Fábio da Fontoura Beltrão.Balanceamento de linhas de produção com trabalhadores deficientes considerando aspectos ergonômicos. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

10.
DORN, M.; DORN, M.; OLIVEIRA, J. P. M.; GEYER, C.. Participação em banca de Bruno Reckziegel Filho.Aplicação do MapReduce na Análise de Mutações Genéticas de Pacientes. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

11.
DORN, M.; DORN, M.; ENGEL, P. M.; RITT, M.R.; BURIOL, L.S.. Participação em banca de William Wolmann Gonçalves.Um estudo da aplicação de algoritmos genéticos na predição da estrutura 3D aproximada de proteínas. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
DORN, M.; DORN, M.; BECK FILHO, A. C. S.; BARRIQUELLO, C. H.; BIGOLIN, N. M.; MARTINS, M. L. S.. Membro de Banca - Concurso Para Professor Assistente - Arquitetura de Computadores. 2013. Universidade Federal de Santa Maria.

2.
PEREIRA, A. S.; DORN, M.; DORN, M.; MERGEN, S. L. S.; CORDENONSI, A. Z.; CERVI, M.. Membro de Banca - Concurso Para Professor Assistente - Metodologia e Técnicas Computação. 2012. Universidade Federal de Santa Maria.

Outras participações
1.
DORN, MARCIO. Participação em Banca de Monitoria da Graduação. 2016. Universidade Federal do Rio Grande do Sul.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
IEEE World Congress on Computational Intelligence (IEEE WCCI). A Genetic Algorithm Based on Restricted Tournament Selection for the 3D-PSP Problem. 2018. (Congresso).

2.
2017 Network Meeting of the Alexander von Humboldt Foundation. 2017. (Encontro).

3.
Ciclo Regular de Seminários do Centro de Biotecnologia da Universidade Federal do.Metaheurísticas para Problemas de Bioinformática. 2016. (Seminário).

4.
IEEE World Congress on Computational Intelligence. Predicting Protein Structural Features with NeuroEvolution of Augmenting Topologies. 2016. (Congresso).

5.
Visita técnica Universidade de Santiago de Chile (USACH).Metaheuristics for Structural Bioinformatics. 2016. (Encontro).

6.
WB 2016 Workshop em Bioinformática da UTFPR.Bioinformática Estrutural e Metaheuristicas para a Predição da Estrutura 3D de Polipeptídeos. 2016. (Oficina).

7.
Visita técnica Universidade de Santiago de Chile (USACH)..Métodos e Estratégias Computacionais para a Predição da Estrutura Tridimensional de Polipeptídeos. 2015. (Outra).

8.
ISCB-Latin American x-Meeting on Bioinformatics with BSB e SoiBIo. A tool to building and manipulating 3-D structures of carbohydrates. 2014. (Congresso).

9.
VII Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. 2014. (Oficina).

10.
Visita técnica Universidade de Santiago de Chile (USACH).Métodos e Estratégias Computacionais para a Predição da Estrutura Tridimensional de Polipeptídeos. 2014. (Outra).

11.
1st BRICS Countries Congress (BRICS-CCI) and 11th Brazilian Congress (CBIC) on Computational Intelligence. MOIRAE: A Computational Strategy to Predict 3-D Structures of Polypeptides. 2013. (Congresso).

12.
IEEE Congress on Evolutionary Computation. A knowledge-based genetic algorithm to predict three-dimensional structures of polypeptides. 2013. (Congresso).

13.
Visita técnica Universidade de Santiago de Chile (USACH).Bioinformática Estrutural. 2013. (Encontro).

14.
8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. 2012. (Congresso).

15.
XVI ELAVIO - Escuela Latinoamericana de Verano en Investigación Operativa. 2012. (Outra).

16.
22th International Joint Conferences on Artificial Intelligence.Combining machine learning and optimization techniques to determine 3-D structures of polypeptides. 2011. (Simpósio).

17.
Brazilian Symposium on Bioinformatics.A Structured-Population Genetic Algorithm for the 3-D Protein Structure Prediction Problem. 2011. (Simpósio).

18.
IEEE Congress on Evolutionary Computation. A Hybrid Genetic Algorithm for the 3-D Protein Structure Prediction Problem using a Path-Relinking Strategy. 2011. (Congresso).

19.
2010 International Conference on Computer Applications & Industrial Electronics. Participação do Comite Científico. 2010. (Congresso).

20.
7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. A3N: an Artificial Neural Network N-gram-based method to approximate 3-D polypeptides structure prediction. 2010. (Congresso).

21.
Artificial Neural Network Models for Data Mining Tasks in Bioinformatics. 2010. (Seminário).

22.
Semana Acadêmica do Instituto de Informática UFRGS. 2010. (Seminário).

23.
Semana Acadêmica do Instituto de Informática - UFRGS. 2010. (Outra).

24.
Visita delegação Brasileira participante do programa TOP-USA Santander as instalações da Boston University.Protein structure prediction: methods and algorithms. 2010. (Encontro).

25.
Visita delegação Brasileira participante do programa TOP-USA Santander as instalações da Brown University.Protein structure prediction: methods and algorithms. 2010. (Encontro).

26.
Visita delegação Brasileira participante do programa TOP-USA Santander as instalações da Harvard University.Protein structure prediction: methods and algorithms. 2010. (Encontro).

27.
Visita delegação Brasileira participante do programa TOP-USA Santander as instalações da Northeastern University.Protein structure prediction: methods and algorithms. 2010. (Encontro).

28.
Visita delegação Brasileira participante do programa TOP-USA Santander as instalações do Massachusetts Institute of Technology.Protein structure prediction: methods and algorithms. 2010. (Outra).

29.
First Workshop Numerical Simulation, Optimization and High Performance Computing.High performance verified computing on the calculation of the the internal energy of protein molecules. 2009. (Oficina).

30.
International workshop on verified computations and related topics. 2009. (Oficina).

31.
20th International Symposium on Computer Architecture and High Performance Computing. 2008. (Simpósio).

32.
IV COMPSULMT - Congresso de Computação do Sul do Mato Grosso. Participação do Comite Científico. 2008. (Congresso).

33.
3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. A fragment-based clustering method for predicting approximate 3-D polypeptide structures. 2007. (Congresso).

34.
III COMPSULMT - Congresso de Computação do Sul de Mato Grosso. Participação do Comite Científico. 2007. (Congresso).

35.
I Congresso Sul Catarinense de Computação. 2005. 2005. (Congresso).

36.
I Seminário Técnico com as Unimeds do estado do Rio Grande do Sul. 2005. (Seminário).

37.
V ENIA - Encontro Nacional de Inteligência Artificial - Minicurso Mineração de Dados- XXV Crongresso da Sociedade Brasileira de Computação. 2005. (Encontro).

38.
V ENIA - Encontro Nacional de Inteligência Artificial - Minicurso Vida Artificial - XXV Crongresso da Sociedade Brasileira de Computação. 2005. (Encontro).

39.
XIII Seminário de Iniciação Cientifica, X Jornada de Pesquisa e VI Jornada de Extensão. 2005. (Seminário).

40.
XXV Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. 2005. (Congresso).

41.
EMICRO 2004 - IV Escola de Microeletrônica. 2004. (Oficina).

42.
Noites Acadêmicas do Curso de Informática. 2004. (Encontro).

43.
Simpósio Brasileiro de Redes de Computadores - SBRC 2004. 2004. (Simpósio).

44.
WRNP2 - V Workshop RNP2. 2004. (Outra).

45.
17° Encontro dos profissionais do faturamento. 2003. (Encontro).

46.
I Fórum do Empreendedorismo. 2002. (Outra).

47.
Noites Acadêmicas do Curso de Informática. 2002. (Encontro).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
DORN, MARCIO; FUJITA, A. ; KASHIWABARA, A. Y. ; GRUBER, A. ; VALENTE, G. T. ; MASSIRER, K. B. ; STEFFENS, M. B. R. ; SOUZA, R. F. . Scientific Committee of the 13th International Conference of the AB3C (X-meeting 2017). 2017. (Outro).

2.
DORN, MÁRCIO; VERLI, H. ; BRAUN, R. L. . Membro do Comitê Organizador - EGB 2017 - 2º Escola Gaúcha De Bioinformática. 2017. (Outro).

3.
KASHIWABARA, A. Y. ; VICENTE, F. F. R. ; LOPES, F. M. ; VILAS-BOAS, L. A. ; BUGATTI, P. H. ; SAITO, P. T. M. ; DORN, MARCIO . Membro do Comitê Organizador - WB2016 - Workshop de Bioinformática da UTFPR. 2016. (Outro).

4.
DORN, MARCIO; PRIETCH, S. . Membro do Comitê Técnico de Programa - VII Escola Regional de Informática - Mato Grosso (ERI-MT 2016). 2016. (Outro).

5.
DORN, MÁRCIO; BONATTO, D. ; VERLI, H. . Membro do Comitê Organizador - EGB 2015 - 1º Escola Gaúcha De Bioinformática. 2015. (Outro).

6.
DORN, M.; SIC - XXVI SALÃO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA DA UFRGS - Avaliador Coordenador. 2014. (Outro).

7.
BURIOL, L.S. ; LAMB, L. C. ; DORN, M. ; DORN, M. ; HOPPEN, C. ; BORENSTEIN, D. ; MULLER, F. ; JACQUES, V. ; BENAVIDES ; DORNELES, A. ; MENEGOLA, B. ; STEFANELLO, F. . XV ELAVIO - Escuela Latinoamericana de Verano en Investigación de Operaciones. 2012. (Congresso).

8.
BURIOL, L.S. ; DORN, M. ; DORN, M. ; ANAGNOSTOPOULOS, A. ; SCHAFER, G. . NETSCHOOL - Fist School of Algorithms and Game Theory - Social, Information, and Routing Networks: Models, Algorithms, and Strategic Behavior. 2012. (Outro).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Ederson Sales Moreira Pinto. A definir. Início: 2018. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

2.
Leonardo Alves Santos. Direct-Coupling Analysis of nucleotide coevolution for tertiary protein structure prediction. Início: 2018. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

3.
Itamar José Guimarães Nunes. A definir. Início: 2018. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

4.
Pablo Felipe Leonhart. Metaheuristics for Structural Bioinformatics (Provisório). Início: 2017. Dissertação (Mestrado profissional em PPGC - Programa de Pós Graduação em Computação UFRGS) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Bruno Iochins Grisci. Protein Folding by means of Reinforcement Learning and Neuroevolution. Início: 2018. Tese (Doutorado em PPGC - Programa de Pós Graduação em Computação UFRGS) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

2.
Bruno Ferreira de Faria Alixandre. Multi-objective optimization using evolutionary algorithms for the 3D-PSP problem. Início: 2018. Tese (Doutorado em Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

3.
Pedro Henrique Narloch. Metaheurísticas Adaptativas e Multiobjetivo baseadas em diversididade populacional para o problema de Atracamento Molecular. Início: 2017. Tese (Doutorado em PPGC - Programa de Pós Graduação em Computação UFRGS) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. (Orientador).

4.
Leonardo de Lima Corrêa. Projeto e Desenvolvimento de Metaheurísticas Multiobjetivo para o Problema Multimodal de Predição de Estruturas Tridimensionais de Proteínas. Início: 2017. Tese (Doutorado em PPGC - Programa de Pós Graduação em Computação UFRGS) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Supervisão de pós-doutorado
1.
Bruno César Feltes. Início: 2017. Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul.

Iniciação científica
1.
Eduardo Bassani Chandelier. Identificação de Biomarcadores Através da Construção de Modelos Preditivos e Análise de Dados em Larga Escala. Início: 2018. Iniciação científica (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

Orientações de outra natureza
1.
Matheus Cruz. Programa de Apoio à Edição de Periódicos: Revista de Informática Teórica e Aplicada. Início: 2017. Orientação de outra natureza. Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Pró-Reitoria de Pesquisa UFRGS. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Bruno Ferreira de Faria Alixandre. Explorando a Diversidade em Algoritmos Genéticos Distribuídos Para o Problema de Predição de Estrutura Tridimensional de Proteínas. 2018. Dissertação (Mestrado em Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Márcio Dorn.

2.
Bruno Iochins Grisci. N3O: A NEAT expansion for improving classification and feature selection applied to microarray data. 2018. Dissertação (Mestrado em PPGC - Programa de Pós Graduação em Computação UFRGS) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

3.
Bruno Borguesan. GARTS: um Algoritmo Genético baseado no método de Seleção por Torneio Restrito Adaptativo para o problema de Predição de Estruturas 3D de Proteínas. 2016. Dissertação (Mestrado em Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Márcio Dorn.

4.
Eduardo Spieler de Oliveira. Um Algoritmo Genético de Chaves Aleatórias Viciadas para o problema de Atracamento Molecular. 2016. Dissertação (Mestrado em PPGC - Programa de Pós Graduação em Computação UFRGS) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, . Orientador: Márcio Dorn.

5.
Felipe Eduardo González Foncea. Algoritmo Memético para Problema de Docking de Proteína Rígida y Ligando Flexible. 2016. Dissertação (Mestrado em Magíster en Ingeniería Informática) - Universidad de Santiago de Chile, Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica. Coorientador: Márcio Dorn.

6.
Leonardo de Lima Corrêa. Uma Proposta de Algoritmo Memético Baseado em Conhecimento para o Problema de Predição de Estruturas 3-D de Proteínas. 2015. Dissertação (Mestrado em PPGC - Programa de Pós Graduação em Computação UFRGS) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Márcio Dorn.

Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização
1.
Márcio Luís Soster Arrosi. Integração Entre Central de Serviços e Desenvolvimento de Sistemas na Gestão de Incidentes e Problemas. 2018. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

2.
Roberto da Costa Machado. Utilizando ITIL na Administração Pública com Provedor de TI Terciarizado. 2018. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

3.
Daniel Arioza. Análise Comparativa Entre Abordagem Ágil E Tradicional Do Gerenciamento De Projetos: Estudo De Caso De Uma Instituição Financeira. 2018. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

4.
Luiz Eduardo Gava. Proposta de Melhorias na Resiliência de Rede Metropolitana. 2018. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

5.
Leonardo Guimaraes Duarte. Melhorando a Prestação de Serviços de NOC com Padronização e Documentação Estruturada. 2017. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Gestão de TI) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Leonardo Alves Santos. Roma: Ramachandran Oriented Mutational Analysis. 2018. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Biotecnologia - Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Márcio Dorn.

2.
Bruno Grisci. Predição da Flexibilidade de Aminoácidos Utilizando NeuroEvolução de Topologias Crescentes. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

3.
Mariana Dos Santos Oliveira. Identificação de padrões conformacionais em estruturas experimentais e projeto de metaheurísticas para a predição da estrutura tridimensional de proteínas. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Biotecnologia - Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

4.
Carine Priscila Beatrici. Proposta de Implementação em GPU do Modelo de Partículas Auto-propelentes para Segregação Celular. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

5.
Mariel Barbachan e Silva. SAN-PSO: Protein Structure Prediction using a Knowledge-based Self-adaptative Multimodal Particle Swarm Optimization Algorithm. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Biotecnologia - Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

6.
Rodolfo Brizola Toscan. Desenvolvimento de abordagem automatizada paraconstrução de banco de dados de preferênciasconformacionais de carboidratos. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Biotecnologia - Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

7.
Miller Biazus. Modelagem e análise de conformidade do processo presente em estratégias computacionais de atracamento molecular (co-orientador). 2015. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

8.
Camilo Farfán. Algoritmo Memético para el Problema de Predición de la Estructura Tridimensional de una Proteína. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ingeniería Civil en Informática) - Universidad de Santiago de Chile. Orientador: Márcio Dorn.

9.
Gilberto Neves Junior. Um estudo sobre o processo de virtualização de Datacenters. 2012. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Redes de Computadores) - Faculdade Tecnodohms. Orientador: Márcio Dorn.

10.
William Machado. Utilização da metodologia ITIL no controle de incidentes no ambiente de TI. 2012. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Redes de Computadores) - Faculdade Tecnodohms. Orientador: Márcio Dorn.

11.
William Wolmann Gonçalves. Um Estudo da Aplicação de Algoritmos Genéticos na Predição da Estrutura 3-D Aproximada de Proteínas. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

12.
Marcio de Menezes. Aplicação da metodologia Top - Down na elaboração de um projeto de redes. 2011. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Redes de Computadores) - Faculdade Tecnodohms. Orientador: Márcio Dorn.

Iniciação científica
1.
Leonardo Alves Santos. Desenvolvimento de métodos e estratégias computacionais para predição de mutações em proteínas. 2018. Iniciação Científica. (Graduando em Biotecnologia - Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Márcio Dorn.

2.
Jonas da Silveira Bohrer. Desenvolvimento de meméticos para a predição da estrutura tridimensional de proteínas. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Márcio Dorn.

3.
Mariana dos Santos Oliveira. Identificação de padrões conformacionais em estruturas experimentais e projeto de metaheurísticas para a predição da estrutura tridimensional de proteínas. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Biotecnologia - Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Márcio Dorn.

4.
Bruno Bonatto. Ant Colony Optimization for solving graph-related problems. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

5.
Alfeu Uzai Tavares. Projeto e adaptação de métodos computacionais utilizados na predição da estruturas 3D de proteínas para arquiteturas massivamente paralelas. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Márcio Dorn.

6.
Felipe Bueno da Rosa. Processamento massivamente paralelo em GPU para comparação estrutural de proteínas. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

7.
Mariel Barbachan e Silva. Identificação de padrões conformacionais em proteínas. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Biotecnologia - Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Márcio Dorn.

8.
Bruno Grisci. Redes Neuro-Evolutivas de Topologia Aumentada para Bioinformática. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Márcio Dorn.

9.
Amanda Rieth Torbes. Desenvolvimento de métodos e estratégias computacionais para o estudo da glicosilação de proteínas. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Márcio Dorn.

10.
Amanda Rieth Torbes. Desenvolvimento de uma ferramenta computacional para manipulação de estruturas de carboidratos. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Márcio Dorn.

11.
Victoria Simonetti Portella. Uso de estratégias baseadas em busca tabu para a determinação da estrutura 3D de proteínas. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Márcio Dorn.

12.
Jonathan Carletti Silva. Desenvolvimento de métodos e estratégias computacionais para o estudo da glicosilação de proteínas. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Márcio Dorn.

13.
Bruno Iochins Grisci. Explorando a utilização da metaheurísticas na predição da estrutura tridimensional de polipeptídeos. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Márcio Dorn.

14.
Victoria Simonetti Portella. Aplicação de Metaheurísticas para a geração automatizada de escalas de equipes de enfermagem. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Márcio Dorn.

15.
Geferson Luis Hess Junior. Desenvolvimento de métodos e estratégias computacionais para o estudo da glicosilação de proteínas. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia de Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Márcio Dorn.

16.
Henrique de Paula Lopes. Explorando a equivalência entre problemas SAT e o problema da predição da estrutura tridimensional de polipeptídeos. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Márcio Dorn.

17.
Lucas Martinelli Tabajara. Resolução de problemas através de computação humana utilizando redes sociais. 2011. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Márcio Dorn.

18.
Rafael Kindlein de Andrades. Explorando a equivalência entre problemas SAT e o problema da predição da estrutura tridimensional de polipeptídeos. 2010. Iniciação Científica. (Graduando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Márcio Dorn.

Orientações de outra natureza
1.
Pablo Felipe Leonhart. Orientação de Estágio Docência da Pós-Graduação. 2018. Orientação de outra natureza. (Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

2.
Igor Ladeira Pereira. Programa de Apoio à Edição de Periódicos: Revista de Informática Teórica e Aplicada. 2017. Orientação de outra natureza. (Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Pró-Reitoria de Pesquisa UFRGS. Orientador: Márcio Dorn.

3.
Isadora Bianchi. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2017. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

4.
Bruno Ferreira de Faria Alixandre. Orientação de Estágio Docência da Pós-Graduação. 2017. Orientação de outra natureza. (Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

5.
Manuel Villalobos Cid. Doutorado Sanduíche no PPGC/UFRGS - Metaheurísticas para Inferência de Árvores Filogenéticas. 2016. Orientação de outra natureza. (Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Pró-Reitoria de Pós Graduação. Orientador: Márcio Dorn.

6.
Jorge Parraga. Doutorado Sanduíche no PPGC/UFRGS - Métodos de clusterização para determinar similaridade entre genes usando técnicas de Biología de Sistemas. 2016. Orientação de outra natureza. (Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Pró-Reitoria de Pós Graduação. Orientador: Márcio Dorn.

7.
Luiza Fichtner Aydos. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2016. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

8.
Karina Klafke. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2016. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

9.
Bruna Dalcin Baldasso. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2016. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

10.
Ben Hur Neves de Oliveira. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2016. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia - Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

11.
Thais Lopes. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2016. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

12.
Camila Diehl da Rosa. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2016. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

13.
Rafaela Ramalho Guerra. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2016. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

14.
Carolina Bettker Vasconcelos. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2016. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

15.
Érika Frydrych. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2016. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

16.
Matheus de Bastos Baldé e Gutierres. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2016. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

17.
Mariel Barbachan e Silva. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2016. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia - Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

18.
Mariana dos Santos Oliveira. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2016. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia - Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

19.
Karina Rodrigues Lima. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2016. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

20.
Bárbara Machado Marques. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2016. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

21.
Gabriela Merker Breyer. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2016. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

22.
Maria Eduarda Battistella. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2016. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

23.
Renato Kulakowski Corá. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2016. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

24.
Solon Andrades da Rosa. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2016. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

25.
Alexia de Matos Czeczot. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2016. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

26.
Rodolfo Brizola Toscan. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2016. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia - Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

27.
Júlia Catarina Vieira Reuwsaat. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2015. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

28.
Jackson Feltraco. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2015. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

29.
Caroline Flores de Oliveira. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2015. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

30.
Bruna Dalcin Baldasso. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2015. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

31.
Karina Klafke. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2015. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

32.
Daniel Barletta Sulis. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2015. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

33.
Jéssica Scherer. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2015. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

34.
Thomaz Stumpf Trenz. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2015. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

35.
Carolina Saibro Girardi. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2015. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

36.
Raíssa Volpatto Marques. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2015. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

37.
Ariane Vitali. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2015. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

38.
Paula Provenzi. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2015. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

39.
Mariana Ritter Rau. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2015. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

40.
Caroline Salvati. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2015. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

41.
Matheus Quintana Barreto. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2015. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

42.
Maievi Fonini. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2015. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

43.
Lucas Marmitt Dias. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2015. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

44.
Mariana dos Santos Oliveira. Técnicas computacionais aplicadas à Identificação de padrões conformacionais em proteínas. 2015. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia - Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

45.
Leonardo Alves Santos. Metaheuristicas aplicadas ao atracamento molecular receptor ligante flexível. 2015. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia - Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

46.
Eduardo Spieler de Oliveira. Orientação de Estágio Docência da Pós-Graduação. 2015. Orientação de outra natureza. (Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

47.
Leonardo de Lima Corrêa. Orientação de Estágio Docência da Pós-Graduação. 2015. Orientação de outra natureza. (Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

48.
Ana Clara Mativi de Souza. Programa de Apoio à Edição de Periódicos: Revista de Informática Teórica e Aplicada. 2014. Orientação de outra natureza. (Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Pró-Reitoria de Pesquisa UFRGS. Orientador: Márcio Dorn.

49.
Mariel Barbachan e Silva. Programa de Apoio à Edição de Periódicos: Revista de Informática Teórica e Aplicada. 2014. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia - Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Márcio Dorn.

50.
Guido Sofer-Inglesi. Desenvolvimento de técnicas de aprendizado de máquina aplicadas a predição da preferencia conformacional de proteínas. 2014. Orientação de outra natureza. (Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul, CAPES BRAFITEC. Orientador: Márcio Dorn.

51.
Ivan Escobar. Predicción de la estructura tridimensional de proteínas por Cloud Computing. 2014. Orientação de outra natureza. (Ingeniería Ejecución en Computación e Informática) - Universidad de Santiago de Chile. Orientador: Márcio Dorn.

52.
Marcelo Porto Becker. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2014. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia - Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

53.
Nicolau Sbaraini Oliveira. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2014. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

54.
Gabriela Prado Paludo. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2014. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia - Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

55.
Tais Suhre. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2014. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

56.
Julio de Andrade Garighan. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2014. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

57.
Patricia Regina Dhein Picolotto. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2014. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

58.
Marcelo Merten Cruz. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2014. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

59.
Nauana Somensi. Estágio Supervisionado em Biotecnologia. 2014. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

60.
Bruno Borguesan. Orientação de Estágio Docência da Pós-Graduação. 2014. Orientação de outra natureza. (Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

61.
Ben Hur Neves de Oliveira. Métodos e estratégias computacionais para a predição da estrutura 3-D de polipeptideos. 2013. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia - Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

62.
Érika Frydrych. Técnicas de Aprendizado de Máquina aplicadas na Bioinformática Estrutural. 2013. Orientação de outra natureza. (Biotecnologia - Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.

63.
Cristiano Reis dos Santos. Orientações de Estágio Docência da Pós-Graduação. 2013. Orientação de outra natureza. (Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Orientador: Márcio Dorn.



Inovação



Programa de computador sem registro
1.
BORGUESAN, B. ; INOSTROZA-PONTA, MARIO ; DORN, MÁRCIO . NPAS-Server: Neighbors Preferences of Amino Acids and Secondary Structures. 2015.


Projetos de pesquisa

Projeto de extensão


Educação e Popularização de C & T



Programa de Computador sem registro de patente
1.
BORGUESAN, B. ; INOSTROZA-PONTA, MARIO ; DORN, MÁRCIO . NPAS-Server: Neighbors Preferences of Amino Acids and Secondary Structures. 2015.


Redes sociais, websites e blogs
1.
DORN, M.; Netschool - Social Networks and Game Theory School. 2012; Tema: Site da Escuela Latinoamericana de Verano en Investigación Operativa. (Site).

2.
BORGUESAN, B. ; TORBES, A. R. ; DORN, M. ; DORN, M. ; VERLI, H. . CarbM: a web tool to build three-dimensional structures of carbohydrates (http://sbcb.inf.ufrgs.br/carbm). 2014; Tema: Ferramenta para ensino, estudo e pesquisa na área de carboidratos. (Site).

3.
DORN, M.; Elavio - Latin American Operations Research Summer School. 2012; Tema: Site da Escuela Latinoamericana de Verano en Investigación Operativa. (Site).



Outras informações relevantes


(2004-atual) Sócio da Sociedade Brasileira de Computação (SBC). (2007-atual) Sócio da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C). (2007-atual) Membro estudante da ACM (Association for Computing Machinery). (2007-atual) Membro do SIGAPP (ACM Special Interest Group on Applied Computing). (2011-atual) Sócio do Institute of Electrical and Electronics Engineers(IEEE). (2011-atual) Membro da IEEE Computational Intelligence Society Membership.

Membro no Conselho Pedagógico do Curso de Tecnologia em Redes de Computadores da Faculdade de Tecnologia Pastor Dohms (2012-Atual).

Membro do Núcleo Docente Estruturante do Curso de Tecnologia em Redes de Computadores da Faculdade de Tecnologia Pastor Dohms (2011-Atual)..



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