Ronaldo Júnio de Oliveira

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  • Última atualização do currículo em 07/11/2018


Possui graduação em Física - Modalidade Licenciatura pela Universidade Estadual de Campinas (2004), mestrado em Biofísica Molecular pela Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho (2007) e doutorado em Biofísica Molecular pela Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho (2011). Atualmente é professor adjunto da Universidade Federal do Triângulo Mineiro. Tem experiência na área de Biofísica, com ênfase em Biofísica Molecular, atuando principalmente nos seguintes temas: energy landscape, simulação computacional e enovelamento de proteína. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Ronaldo Júnio de Oliveira
Nome em citações bibliográficas
OLIVEIRA, Ronaldo Júnio de;Oliveira, Ronaldo J.;Ronaldo J. Oliveira;OLIVEIRA R.J.;OLIVEIRA, R. J.;OLIVEIRA, R.J.;DE OLIVEIRA, RONALDO JUNIO;JUNIO DE OLIVEIRA, RONALDO;OLIVEIRA, RONALDO JUNIO;DE OLIVEIRA, RONALDO JUNIO;OLIVEIRA, RONALDO JUNIO DE;DE OLIVEIRA, RONALDO J.

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Federal do Triângulo Mineiro, Instituto de Ciências Exatas, Naturais e Educação.
Avenida Doutor Randolfo Borges Júnior, 1400, Sala 104
Univerdecidade
38064200 - Uberaba, MG - Brasil
Telefone: (34) 33313148
Fax: (34) 33313146
URL da Homepage: ronaldolab.com


Formação acadêmica/titulação


2007 - 2011
Doutorado em Biofísica Molecular.
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
com período sanduíche em State University of New York at Stony Brook (Orientador: Jin Wang).
Título: Estudo do Coeficiente de Difusão no Enovelamento de Proteína, Ano de obtenção: 2011.
Orientador: Vitor Barbanti Pereira Leite.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: coeficiente de difusão; enovelamento de proteína; simulação computacional; tempo de enovelamento; energy landscape; densidade de estados.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Geral / Especialidade: Física Estatística e Termodinâmica.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física da Matéria Condensada / Especialidade: Simulação Computacional.
Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos.
2005 - 2007
Mestrado em Biofísica Molecular.
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Título: Estudo do Coeficiente de Difusão no Enovelamento de Proteínas na Rede,Ano de Obtenção: 2007.
Orientador: Vitor Barbanti Pereira Leite.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: enovelamento de proteína; tempo de enovelamento; simulação computacional; coeficiente de difusão.
Grande área: Ciências Biológicas
Setores de atividade: Produtos e Processos Biotecnológicos.
2001 - 2004
Graduação em Física - Modalidade Licenciatura.
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Título: Estágio Supervisionado.
Orientador: Dirceu da Silva.
2002 - 2003
Curso técnico/profissionalizante em Informática.
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.


Pós-doutorado


2011 - 2013
Pós-Doutorado.
Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, CNPEM, Brasil.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Geral / Especialidade: Física Estatística e Termodinâmica.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular.


Formação Complementar


2018 - 2018
Processamento de Linguas Naturais (PNL)​. (Carga horária: 4h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2018 - 2018
​Statistical Learning Theory with applications on Deep Learning. (Carga horária: 4h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2015 - 2015
Systematic and accurate coarse-graining of soft ma. (Carga horária: 5h).
Universidade Federal do ABC, UFABC, Brasil.
2015 - 2015
Pratical docking. (Carga horária: 5h).
Universidade Federal do ABC, UFABC, Brasil.
2015 - 2015
Hybrid QM/MM methods to study chemical and enzymat. (Carga horária: 5h).
Universidade Federal do ABC, UFABC, Brasil.
2014 - 2014
É o docking mol. o Santo Graal da Modelagem Comp?. (Carga horária: 4h).
Universidade Federal de Alfenas, UNIFAL/MG, Brasil.
2013 - 2013
Química Teórica. (Carga horária: 4h).
Universidade Federal de São João Del-Rei, UFSJ, Brasil.
2012 - 2012
Dinâmica Molecular Avançada. (Carga horária: 6h).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
2012 - 2012
Dinâmica Molecular. (Carga horária: 3h).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
2012 - 2012
Métodos de Docking Receptor-ligante-Prog. Dockthor. (Carga horária: 6h).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
2012 - 2012
Using Galaxy platform for RNA-seq data analysis. (Carga horária: 3h).
Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
2011 - 2011
Advanced School on Computational Materials Science. (Carga horária: 80h).
Universidade Federal do ABC, UFABC, Brasil.
2011 - 2011
Concepts and Techniques in Molecular Modeling. (Carga horária: 10h).
Universidade Federal do ABC, UFABC, Brasil.
2011 - 2011
Computational Molecular Biophysics Workshop. (Carga horária: 24h).
University of California, San Diego, UC San Diego, Estados Unidos.
2011 - 2011
Theoretical ... solvation continuum models. (Carga horária: 10h).
Universidade Federal do ABC, UFABC, Brasil.
2010 - 2010
Treinamento em HPC. (Carga horária: 24h).
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
2003 - 2003
Curso de Verão em Biofísica Molecular. (Carga horária: 82h).
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
2003 - 2003
VII Oficina de Fisica Caos e Fractais. (Carga horária: 8h).
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
2003 - 2003
VI Oficina de Fisica em Biologia e Medicina. (Carga horária: 8h).
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
2002 - 2002
Módulo Instrucional I - tipos de documentos. (Carga horária: 4h).
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
2002 - 2002
Elaboração de trabalhos científicos. (Carga horária: 8h).
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade Federal do Triângulo Mineiro, UFTM, Brasil.
Vínculo institucional

2013 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

03/2018 - Atual
Ensino, Física, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física III
Termodinâmica
03/2018 - Atual
Ensino, Quimica, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Seminários
07/2017 - Atual
Direção e administração, Instituto de Ciências Exatas, Naturais e Educação, Departamento de Física.

Cargo ou função
Vice-Coordenador do Curso de Física.
01/2014 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Exatas, Naturais e Educação, .

Cargo ou função
Membro do colegiado do Programa Multicêntrico de Pós-Graduação em Química (PPGMQ-MG).
03/2013 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Exatas, Naturais e Educação, Departamento de Física.

Cargo ou função
Membro titular do colegiado de curso.
03/2013 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Exatas, Naturais e Educação, Departamento de Física.

Cargo ou função
Membro titular do colegiado de departamento.
08/2017 - 12/2017
Ensino, Física, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física III
Termodinâmica
03/2017 - 07/2017
Ensino, Física, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física III
Termodinâmica
Estudos e Desenvolvimentos de Projeto VI
03/2017 - 07/2017
Ensino, Engenharia Elétrica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física III
03/2017 - 07/2017
Ensino, Quimica, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Tópicos em Química Medicinal
05/2015 - 06/2017
Direção e administração, Instituto de Ciências Exatas, Naturais e Educação, Departamento de Física.

Cargo ou função
Vice-Coordenador do Departamento de Física.
04/2017 - 04/2017
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Exatas, Naturais e Educação, Departamento de Física.

Cargo ou função
Comissão Eleitoral.
08/2016 - 12/2016
Ensino, Física, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Estudos e Desenvolvimentos de Projeto VI
Física III
Termodinâmica
08/2016 - 12/2016
Ensino, Engenharia Elétrica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física III
02/2016 - 07/2016
Ensino, Engenharia Elétrica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física III
02/2016 - 07/2016
Ensino, Química, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física III
02/2016 - 07/2016
Ensino, Física, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Estudos e Desenvolvimentos de Projeto VI
Física Computacional
Física III
Termodinâmica
03/2016 - 04/2016
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Exatas, Naturais e Educação, Departamento de Química.

Cargo ou função
Membro da comissão eleitoral para Coordenação do curso de Pós-Graduação em Química.
08/2015 - 12/2015
Ensino, Física, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Estudos e Desenvolvimentos de Projeto VI
Física Computacional
Física III
02/2015 - 07/2015
Ensino, Física, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Estudo e Desenvolvimento de Projetos VI
Física Computacional
Física III
Física Matemática I
06/2013 - 07/2015
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Exatas, Naturais e Educação, .

Cargo ou função
Membro titular do colegiado do instituto.
08/2014 - 12/2014
Ensino, Física, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física III
Estudo e Desenvolvimento de Projetos VI
Física Computacional
Física Matemática I
08/2014 - 09/2014
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Exatas, Naturais e Educação, Departamento de Física.

Cargo ou função
Membro da comissão eleitoral do coordenador do curso de física.
07/2014 - 07/2014
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Exatas, Naturais e Educação, .

Cargo ou função
Membro da comissão de correção da prova do processo seletivo da Pós-Graduação.
04/2014 - 07/2014
Ensino, Química, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Seminários I
03/2014 - 07/2014
Ensino, Física, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Eletromagnetismo
Estudo e Desenvolvimento de Projetos VI
Física Computacional
03/2014 - 07/2014
Ensino, Química, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Física II
10/2013 - 02/2014
Ensino, Física, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Eletromagnetismo
Física Computacional
Estudos e Desenvolvimento de Projetos VI
11/2013 - 01/2014
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto de Ciências Exatas, Naturais e Educação, .

Cargo ou função
Comissão de horários do instituto.
05/2013 - 09/2013
Ensino, Física, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Eletromagnetismo
Física Computacional
Estudos e Desenvolvimento de Projetos VI

Centro Nacional de Pesquisa em Energia e Materiais, CNPEM, Brasil.
Vínculo institucional

2011 - 2013
Vínculo: Outro (especifique), Enquadramento Funcional: Pós-Doutorando, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.


Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Vínculo institucional

2008 - 2008
Vínculo: Bolsista Fapesp, Enquadramento Funcional: Estagiário de Docência, Carga horária: 2, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Estágio docente na disciplina de mecânica clássica para o curso de bacharelado em física biológica. Docente Responsável: Prof. Dr. Jorge Chahine

Vínculo institucional

2007 - 2007
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Professor Voluntário, Carga horária: 20

Vínculo institucional

2006 - 2006
Vínculo: Livre, Enquadramento Funcional: Coordenador de seminários da Pós-Graduação

Atividades

04/2012 - 07/2012
Ensino, Biofísica Molecular, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Bioquímica
01/2011 - 02/2011
Extensão universitária , Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Física.

Atividade de extensão realizada
Minicurso ministrado: Introdução ao Enovelamento de Proteínas.
01/2009 - 01/2009
Extensão universitária , Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Física.

Atividade de extensão realizada
Colaborador.
08/2007 - 12/2007
Ensino, Física Biológica, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Introdução ao Sistema Operacional GNU/Linux
01/2007 - 02/2007
Extensão universitária , Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Departamento de Física.

Atividade de extensão realizada
Colaborador.
06/2006 - 12/2006
Direção e administração, Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, .

Cargo ou função
Coordenador dos seminários da Pós-Graduação.

Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Vínculo institucional

2002 - 2004
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsa, Carga horária: 15

Atividades

3/2002 - 2/2004
Estágios , Instituto de Biologia, Departamento de Histologia e Embriologia.

Estágio realizado
Desenvolvedor de paginas web.

Faculdades de Campinas, FACAMP, Brasil.
Vínculo institucional

2004 - 2005
Vínculo: Trabalhista, Enquadramento Funcional: programador, Carga horária: 44, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

3/2004 - 2/2005
Serviços técnicos especializados , Faculdades de Campinas, Departamento de Informatica.

Serviço realizado
programador de paginas web.


Projetos de pesquisa


2015 - Atual
Modelos teóricos simplificados aplicados no desenvolvimento de novas proteínas para diagnóstico e imunoterapia de alergia respiratória
Descrição: Alergia é uma doença em que o sistema imune reage fortemente a certas substâncias que geralmente são inofensivas, porém possuem grande potencial de induzir respostas celulares inflamatórias mediadas por anticorpos IgE. A compreensão dos mediadores celulares que estão envolvidos na alergia respiratória, não somente auxilia na compreensão dos mecanismos dos tratamentos dos coquetéis atuais, como também, é importante para a identificação de novos alvos susceptíveis a investigação biológica como moléculas de proteínas. Ainda falta muita informação a respeito das bases moleculares das interações do sistema imune envolvido em doenças alérgicas para criar vacinas eficientes e específicas, aspecto relevante para o desenvolvimento de novas drogas. Em geral, os medicamentos para alergia respiratória são para alívio dos sintomas e podem causar efeitos colaterais. Este projeto tem como objetivo melhorar o diagnóstico e imunoterapia de alergia respiratória causada principalmente pelos ácaros Blomia tropicalis e Dermatophagoides pteronyssinus. Por serem identificados e caracterizados, suas funções comprometidas com a alergia respiratória são passíveis de serem investigadas por este estudo teórico e pelas metodologias sugeridas neste projeto. Com o advento da tecnologia de DNA recombinante e computadores ultrarrápidos, é possível desenvolver novas proteínas, sugeridas pelo estudo teórico, para uso na imunoterapia com alérgenos que resultem em vacinas livres de materiais contaminantes. O design racional in silico de proteínas é uma solução promissora para criar novos hipoalérgenos. Modificações estruturais podem ser propostas para as principais proteínas envolvidas (Blo t 5 e sua homóloga, Der p 5) com intuito de diminuir a sensibilidade alérgica de pacientes. O estudo teórico, orquestrado em sintonia com os estudos experimentais, poderá contribuir para a geração de produtos com potencial biotecnológico inovador..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) .
Integrantes: Ronaldo Júnio de Oliveira - Coordenador.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Auxílio financeiro.
2013 - Atual
Modelos Computacionais Minimalistas Aplicados à Sistemas Biológicos e Biotecnológicos
Descrição: A teoria de superfície de energia mostra-se uma ferramenta fundamental para compreender complexos mecanismos biológicos. Aliado à teoria, o desenvolvimento de modelos computacionais minimalistas permite que seja acessível as escalas temporais que envolvem as reações biomoleculares como enovelamento de proteína e processos enzimáticos. Apesar disso, esses mecanismos ainda não foram completamente compreendidos. Sendo assim, este projeto propõe o estudo de dois problemas de interesse biológico: o enovelamento de proteína como processo difusivo e o estudo da termoestabilidade de enzimas de aplicação biotecnológica, em especial as envolvidas na geração de bioetanol de segunda geração..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Mestrado acadêmico: (3) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Ronaldo Júnio de Oliveira - Coordenador.
2011 - 2013
Modelos baseados em estrutura no estudo de enzimas envolvidas na geração de bioetanol
Descrição: Os combustíveis fósseis têm se mostrado um problema fundamental na economia mundial por serem poluentes e esgotáveis. Neste sentido, a utilização do bioetanol, a partir da biomassa da cana-de-açúcar, é uma solução promissora. Essa biomassa, composta em sua maior parte por celulose, hemicelulose e lignina, pode ser submetida a uma reação de hidrólise por enzimas específicas resultando no etanol de segunda geração. Entretanto, as enzimas responsáveis pela quebra da biomassa são ainda o gargalo de aplicação biotecnológica. Neste projeto serão utilizados modelos teóricos e computacionais baseados em estrutura para a caracterização de enzimas envolvidas na geração de bioetanol. O objetivo deste projeto é compreender os mecanismos envolvidos na hidrólise enzimática por meio do estudo do estado de transição entre estados com distintas atividades enzimáticas e de propriedades específicas tais como a termo-estabilidade. As enzimas escolhidas inicialmente são a xilanase e a laminarase, incluiremos também algumas de suas quimeras produzidas e caracterizadas pelo grupo experimental do CTBE. Essas enzimas apresentam comportamento hipertermofílico e forte dependência com a temperatura em sua atividade enzimática. Este estudo teórico, realizado em estreita colaboração com os grupos experimentais, tem como finalidade entender e otimizar as enzimas que possam ser introduzidas na via de produção do bioetanol..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.


Projetos de extensão


2018 - 2018
Pint of Science
Descrição: Pint of Science.
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2013 - 2013
III Semana da Física
Descrição: III Semana da Física.
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
Alunos envolvidos: Graduação: (30) .
Integrantes: Ronaldo Júnio de Oliveira - Coordenador.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - Auxílio financeiro.


Revisor de periódico


2018 - Atual
Periódico: International Journal of Molecular and Theoretical Physics
2018 - Atual
Periódico: Nature


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biofísica / Subárea: Biofísica Molecular.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física Geral/Especialidade: Física Estatística e Termodinâmica.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física / Subárea: Física da Matéria Condensada/Especialidade: Simulação Computacional.
4.
Grande área: Engenharias / Área: Engenharia Biomédica / Subárea: Bioengenharia/Especialidade: Modelagem de Sistemas Biológicos.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.


Prêmios e títulos


2011
Best poster "Coordinate and Time Dependent Diffusion Dynamics in Protein Folding", I Escola Brasileira em Modelagem Molecular, UFABC.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:16
Total de citações:174
Fator H:8
Oliveira, Ronaldo J  Data: 21/03/2018

Artigos completos publicados em periódicos

1.
PAIXÃO, DRIELLY A.2019PAIXÃO, DRIELLY A. ; LOPES, CARLA D. ; CARNEIRO, ZUMIRA A. ; SOUSA, LUANA M. ; DE OLIVEIRA, LETICIA P. ; LOPES, NORBERTO P. ; PIVATTO, MARCOS ; CHAVES, JOANA DARC S. ; DE ALMEIDA, MAURO V. ; ELLENA, JAVIER ; MOREIRA, MARIETE B. ; NETTO, ADELINO V.G. ; DE OLIVEIRA, RONALDO J. ; GUILARDI, SILVANA ; DE ALBUQUERQUE, SÉRGIO ; GUERRA, WENDELL . In vitro anti-Trypanosoma cruzi activity of ternary copper(II) complexes and in vivo evaluation of the most promising complex. BIOMEDICINE & PHARMACOTHERAPY, v. 109, p. 157-166, 2019.

2.
CONTESSOTO, VINÍCIUS DE GODOI2018CONTESSOTO, VINÍCIUS DE GODOI ; JUNIOR, ANTONIO BENTO DE OLIVEIRA ; CHAHINE, Jorge ; OLIVEIRA, RONALDO JUNIO DE ; LEITE, Vitor Barbanti Pereira . Introdução ao problema de enovelamento de proteínas: uma abordagem utilizando modelos computacionais simplificados. REVISTA BRASILEIRA DE ENSINO DE FÍSICA (ONLINE), v. 40, p. e4037, 2018.

3.
LIMA, ANGELICA NAKAGAWA2018LIMA, ANGELICA NAKAGAWA ; DE OLIVEIRA, RONALDO JUNIO ; BRAZ, ANTÔNIO SÉRGIO KIMUS ; DE SOUZA COSTA, MAURÍCIO GARCIA ; PERAHIA, DAVID ; SCOTT, LUIS PAULO BARBOUR . Effects of pH and aggregation in the human prion conversion into scrapie form: a study using molecular dynamics with excited normal modes. EUROPEAN BIOPHYSICS JOURNAL WITH BIOPHYSICS LETTERS, v. 47, p. 583-590, 2018.

4.
LACERDA, ROSIMEIRE BORGES MOREIRA2018LACERDA, ROSIMEIRE BORGES MOREIRA ; FREITAS, THAMIRES RODRIGUES ; MARTINS, MÁRIO MACHADO ; TEIXEIRA, THAISE LARA ; DA SILVA, CLÁUDIO VIEIRA ; CANDIDO, PAMELA APARECIDA ; DE OLIVEIRA, RONALDO JUNIO ; JÚNIOR, CLAUDIO VIEGAS ; DA SILVA BOLZANI, VANDERLAN ; DANUELLO, AMANDA ; PIVATTO, MARCOS . Isolation, leishmanicidal evaluation and molecular docking simulations of piperidine alkaloids from Senna spectabilis. BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY, v. 1, p. 1, 2018.

5.
GONÇALVES, ANA C.R.2017GONÇALVES, ANA C.R. ; CARNEIRO, ZUMIRA A. ; OLIVEIRA, CAROLINA G. ; DANUELLO, AMANDA ; GUERRA, WENDELL ; Oliveira, Ronaldo J. ; FERREIRA, FRANCIS B. ; VELOSO-SILVA, LAUDIMIR L.W. ; BATISTA, FERNANDA A.H. ; BORGES, JÚLIO C. ; DE ALBUQUERQUE, SÉRGIO ; DEFLON, VICTOR M. ; MAIA, PEDRO I.S. . Pt II , Pd II and Au III complexes with a thiosemicarbazone derived from diacethylmonooxime: Structural analysis, trypanocidal activity, cytotoxicity and first insight into the antiparasitic mechanism of action. EUROPEAN JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY, v. 141, p. 615-631, 2017.

6.
POLOTTO, FRANCIELE2017POLOTTO, FRANCIELE ; DRIGO FILHO, ELSO ; CHAHINE, Jorge ; DE OLIVEIRA, RONALDO JUNIO . Supersymmetric quantum mechanics method for the Fokker-Planck equation with applications to protein folding dynamics. PHYSICA A-STATISTICAL MECHANICS AND ITS APPLICATIONS, v. 493, p. 286-300, 2017.

7.
RODRIGUES, LUCIANO PEREIRA2017RODRIGUES, LUCIANO PEREIRA ; FERREIRA, DEUSMAQUE CARNEIRO ; FERREIRA, LUCAS FRANCO ; CUADROS-ORELLANA, SARA ; DE OLIVEIRA, GUILHERME CORRÊA ; BRITO-MADURRO, ANA G. ; DE OLIVEIRA, RONALDO JUNIO ; ABRAHÃO, ODONÍRIO ; MADURRO, JOÃO M. . Erratum to: Electropolymerization of hydroxyphenylacetic acid isomers and the development of a bioelectrode for the diagnosis of bacterial meningitis. JOURNAL OF APPLIED ELECTROCHEMISTRY, v. 47, p. 563-563, 2017.

8.
RETTONDIN, ANDRESSA R.2016RETTONDIN, ANDRESSA R. ; CARNEIRO, ZUMIRA A. ; GONÇALVES, ANA C.R. ; FERREIRA, VANESSA F. ; OLIVEIRA, CAROLINA G. ; LIMA, ANGÉLICA N. ; Oliveira, Ronaldo J. ; DE ALBUQUERQUE, SÉRGIO ; DEFLON, VICTOR M. ; MAIA, PEDRO I.S. . Gold(III) complexes with ONS-Tridentate thiosemicarbazones: Toward selective trypanocidal drugs. European Journal of Medicinal Chemistry, v. 120, p. 217-226, 2016.

9.
MOURO, PAULO RICARDO2016MOURO, PAULO RICARDO ; DE GODOI CONTESSOTO, VINÍCIUS ; CHAHINE, Jorge ; JUNIO DE OLIVEIRA, RONALDO ; PEREIRA LEITE, VITOR BARBANTI . Quantifying Nonnative Interactions in the Protein-Folding Free-Energy Landscape. Biophysical Journal (Print), v. 111, p. 287-293, 2016.

10.
OLIVEIRA, LUCIANA COUTINHO2016OLIVEIRA, LUCIANA COUTINHO ; SOUZA, DIORGE PAULO ; OKA, GABRIEL UMAJI ; LIMA, FILIPE DA SILVA ; OLIVEIRA, RONALDO JUNIO ; FAVARO, DENIZE CRISTINA ; WIENK, HANS ; BOELENS, ROLF ; FARAH, CHUCK SHAKER ; SALINAS, ROBERTO KOPKE . VirB7 and VirB9 Interactions Are Required for the Assembly and Antibacterial Activity of a Type IV Secretion System. Structure (London), v. 24, p. 1-12, 2016.

11.
ARAUJO, GABRIELA C.2016ARAUJO, GABRIELA C. ; SILVA, RICARDO H. T. ; SCOTT, LUIS P. B. ; ARAUJO, ALEXANDRE S. ; SOUZA, FATIMA P. ; DE OLIVEIRA, RONALDO JUNIO . Structure and functional dynamics characterization of the ion channel of the human respiratory syncytial virus (hRSV) small hydrophobic protein (SH) transmembrane domain by combining molecular dynamics with excited normal modes. Journal of Molecular Modeling (Print), v. 22, p. 286, 2016.

12.
RODRIGUES, LUCIANO PEREIRA2015RODRIGUES, LUCIANO PEREIRA ; FERREIRA, DEUSMAQUE CARNEIRO ; FERREIRA, LUCAS FRANCO ; CUADROS-ORELLANA, SARA ; DE OLIVEIRA, GUILHERME CORRÊA ; BRITO-MADURRO, ANA G. ; DE OLIVEIRA, RONALDO JUNIO ; ABRAHÃO, ODONÍRIO ; MADURRO, JOÃO M. . Electropolymerization of hydroxyphenylacetic acid isomers and the development of a bioelectrode for the diagnosis of bacterial meningitis. Journal of Applied Electrochemistry, v. 1, p. 1-1, 2015.

13.
MANDELLI, F.2013MANDELLI, F. ; FRANCO CAIRO, J.P.L. ; CITADINI, A.P.S. ; BÜCHLI, F. ; ALVAREZ, T.M. ; OLIVEIRA, R.J. ; LEITE, V.B.P. ; PAES LEME, A.F. ; MERCADANTE, A.Z. ; SQUINA, F.M. . The characterization of a thermostable and cambialistic superoxide dismutase from Thermus filiformis. Letters in Applied Microbiology, v. 57, p. 40-46, 2013.

14.
CONTESSOTO, V.G.2013CONTESSOTO, V.G. ; LIMA, D.T. ; OLIVEIRA, R.J. ; BRUNI, A.T. ; CHAHINE, J. ; LEITE, V.B.P. . Analyzing the effect of homogeneous frustration in protein folding. Proteins (Print), v. 81, p. 1727-1737, 2013.

15.
Xu, Weixin2012 Xu, Weixin ; Lai, Zaizhi ; Oliveira, Ronaldo J. ; Leite, Vitor B. P. ; WANG, Jin . Configuration-Dependent Diffusion Dynamics of Downhill and Two-State Protein Folding. Journal of Physical Chemistry. B, v. 116, p. 5152-5159, 2012.

16.
WANG, J.2012 WANG, J. ; OLIVEIRA, R. J. ; CHU, X. ; WHITFORD, P. C. ; CHAHINE, J. ; HAN, W. ; WANG, E. ; ONUCHIC, J. N. ; LEITE, V. B. P. . Topography of funneled landscapes determines the thermodynamics and kinetics of protein folding. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (Online), v. 109, p. 15763-15768, 2012.

17.
Oliveira, Ronaldo J.2010 Oliveira, Ronaldo J.; WHITFORD, Paul C. ; CHAHINE, Jorge ; Leite, Vitor B.P. ; WANG, Jin . Coordinate and time-dependent diffusion dynamics in protein folding. Methods (San Diego, Calif., Print), v. 52, p. 91-98, 2010.

18.
Oliveira, Ronaldo J.2010 Oliveira, Ronaldo J.; WHITFORD, Paul C. ; CHAHINE, Jorge ; WANG, Jin ; Onuchic, José N. ; Leite, Vitor  . The Origin of Nonmonotonic Complex Behavior and the Effects of Nonnative Interactions on the Diffusive Properties of Protein Folding. Biophysical Journal (Print), v. 99, p. 600-608, 2010.

19.
CHAHINE, Jorge2007 CHAHINE, Jorge ; Oliveira, Ronaldo J. ; LEITE, Vitor Barbanti Pereira ; WANG, Jin . Configuration-dependent diffusion can shift the kinetic transition state and barrier height of protein folding. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 104, p. 14646-14651, 2007.

Textos em jornais de notícias/revistas
1.
Ronaldo J. Oliveira. Equipe de pesquisadores da UFTM desenvolve fórmulas para remédios e inibidores contra Chagas e outras doenças. G1 Globo.com/Triangulo-Mineiro, 07 ago. 2017.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
Ronaldo J. Oliveira; MOURO, P. R. ; CONTESSOTO, V. G. ; CHAHINE, J. ; LEITE, V. B. P. . Estudo analítico e computacional das interações não-nativas para a velocidade limite de enovelamento de proteína. In: XXVIII Encontro Regional da Sociedade Brasileira de Química, 2014, Poços de Caldas. XXVIII Encontro Regional da Sociedade Brasileira de Química, 2014.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
OLIVEIRA, R. J.; VERRO, W. S. . Estudo teórico de enzimas envolvidas na produção de bioetanol de segunda geração. In: III Simpósio Interdisciplinar Física + Bioinformática 2014, 2014, Uberlândia. III Simpósio Interdisciplinar Física + Bioinformática 2014, 2014.

2.
LIMA, D. T. ; CONTESSOTO, V. G. ; Oliveira, Ronaldo J. ; Chahine, J ; Leite, VBP . Thermodynamic and Kinetic Characterization of Protein Folding Using Go-Model with Frustation. In: XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2012, Foz do Iguaçu. XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2012.

3.
CONTESSOTO, V. G. ; LIMA, D. T. ; Oliveira, Ronaldo J. ; Chahine, J ; Leite, VBP . Study of the Addition Effect of Frustration in the Protein Folding Process Using a Structure-Based Model. In: XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2012, Foz do Iguaçu. XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2012.

4.
OLIVEIRA, Ronaldo Júnio de; Oliveira, L.C. ; RULLER, R. ; SQUINA, F. ; LEITE, V. B. P. . Study of Enzymes Related to Bioethanol Structure Based Models Simulations. In: XLI Reunião Anual da Sociedade de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2012, Foz do Iguaçu. XLI Reunião Anual da Sociedade de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2012.

5.
LEITE, V. B. P. ; Oliveira, Ronaldo J. ; WANG, Jin ; CHU, X. ; WHITFORD, Paul C. ; Chahine, J ; HAN, W. ; WANG, E. ; Onuchic, José N. . Quantified Topography of Funneled Landscape Determines the Thermodynamics and Kinetics pf PRotein Folding. In: Protein Folding: Integrating theory, simulation and experiment, 2012, Zurich. Protein Folding: Integrating theory, simulation and experiment, 2012.

6.
OLIVEIRA, Ronaldo Júnio de; CHAHINE, Jorge ; LEITE, Vitor Barbanti Pereira ; WHITFORD, Paul C. ; WANG, Jin . Estudo do Coeficiente de Difusão no Enovelamento de Proteína por Dinâmica Molecular. In: XXXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2008. XXXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2008. p. 97-97.

7.
OLIVEIRA, Ronaldo Júnio de; CHAHINE, J. ; LEITE, V. B. P. ; WHITFORD, P. C. ; WANG, Jin . Estudo do Coeficiente de Difusão no Enovelamento de Proteína por dinâmica Molecular. In: XXXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2008, Águas de Lindóia. XXXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2008.

8.
OLIVEIRA, Ronaldo Júnio de; LEITE, Vitor Barbanti Pereira ; CHAHINE, Jorge . Cálculo do Tempo de Enovelamento de Proteínas na Rede. In: XXX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2007, São Loureco. XXX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2007. p. 74-74.

9.
Oliveira, Ronaldo J.; CHAHINE, Jorge ; WANG, Jin ; LEITE, Vitor Barbanti Pereira . Computation of Folding Times in Lattice Protein. In: 6th International Conference on Biological Physics and the 5th Southern Cone Biophysics Congress, 2007, Montevideo. 6th International Conference of Biological Physics, 2007. p. 108-108.

10.
OLIVEIRA, Ronaldo Júnio de; LEITE, Vitor Barbanti Pereira ; CHAHINE, Jorge . Study of Diffusion Coefficient in Protein Folding. In: XXXVII - Latin-American School of Physics, 2006, São José do Rio Preto. XXXVII - Latin-American School of Physics, 2006. p. 16-17.

11.
OLIVEIRA, Ronaldo Júnio de; LEITE, Vitor Barbanti Pereira ; CHAHINE, Jorge . Estudo do Coeficiente de Difusão no Enovelamento de Proteínas na Rede. In: XXIX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2006, São Loureco. XXIX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada, 2006. p. 42-42.

Apresentações de Trabalho
1.
OLIVEIRA, RONALDO JUNIO. Reconstruction of the free-energy landscape of prion protein folding by diffusion in transition paths ensemble. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

2.
OLIVEIRA, RONALDO JUNIO DE. Stochastic model captures the diffusion and drift down the funnel and reconstructs the free- energy landscape. 2018. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

3.
LIMA, ANGELICA NAKAGAWA ; DE OLIVEIRA, RONALDO JUNIO ; BRAZ, ANTÔNIO SÉRGIO KIMUS ; DE SOUZA COSTA, MAURÍCIO GARCIA ; PERAHIA, D. ; SCOTT, A. L. . EFFECTS OF pH AND AGGREGATION IN THE HUMAN PRION CONVERSION INTO SCRAPIE FORM: A STUDY USING MOLECULAR DYNAMICS WITH EXCITED NORMAL MODES. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

4.
SLADE, G. G. ; VIANA, I. F. T. ; COELHO, D. ; LINS, R. ; DE OLIVEIRA, RONALDO JUNIO . De Novo Design and Characterization of HIV-1 Antibody Epitope Grafted into the Top7 Protein Scaffold. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

5.
PHILOT, E. A. ; MOURO, P. R. ; OLIVEIRA, R. J. ; PERAHIA, D. ; SCOTT, L. P. B. . USING STRUCTURE-BASED MODEL AND NORMAL MODE ANALYSIS TO INVESTIGATE SOD 1 AGGREGATION. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

6.
LIMA, ANGÉLICA N. ; FREITAS, F. C. ; CONTESSOTO, V.G. ; LEITE, Vitor Barbanti Pereira ; PERAHIA, D. ; SCOTT, L. P. B. ; Ronaldo J. Oliveira . Energy Landscape Characterization of the Prion Protein by Analyzing the Position-dependent Diffusion Coefficient and Folding Rates. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

7.
Elso Drigo Filho ; POLOTTO, F. ; CHAHINE, Jorge ; Ronaldo J. Oliveira . Fokker-Planck equation and protein folding problem. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

8.
PINTO, L. G. R. F. ; OLIVEIRA, RONALDO JUNIO . Modelos teóricos aplicados no estudo da interação entre as proteínas VirB7 e VirB9. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

9.
MORAES, L. P. ; OLIVEIRA, RONALDO JUNIO . Estudo computacional da proteína VirB9 modificada do sistema secretor do tipo IV da Xanthomonas citri causadora do cancro cítrico. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

10.
CUSTODIO, L. ; OLIVEIRA, RONALDO JUNIO . Estudo das interações moleculares da Tioredoxina humana e seus ligantes utilizando a técnica de docking molecular. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

11.
OLIVEIRA, RONALDO JUNIO. Modelos Computacionais Simplificados com aplicações para Saúde e Biotecnologia. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

12.
OLIVEIRA, RONALDO JUNIO. Apresentação do Laboratório de Biofísica Teórica. 2017. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

13.
OLIVEIRA, R. J.. Modelos computacionais simplificados com aplicações para saúde e biotecnologia. 2016. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

14.
LIMA, ANGÉLICA N. ; OLIVEIRA, R. J. ; BRAZ, A. S. K. ; PERAHIA, D. ; SCOTT, L. P. B. . pH and aggregation effects in the conversion of human prion into scrapie form: a study using Molecular Dynamics with excited Normal Modes. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

15.
CANDIDO, P. A. ; LIMA, ANGÉLICA N. ; FREITAS, T. C. ; PEREIRA, C. A. ; OLIVEIRA, R. J. . Estudo das interações moleculares entre a α-Amilase e a Luteolina utilizando Docking Molecular. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

16.
VERRO, W. S. ; OLIVEIRA, R. J. . Modelos simplificados aplicados no estudo de proteínas homólogas de ácaros para diagnóstico e imunoterapia de alergia respiratória. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

17.
PINTO, L. G. R. F. ; OLIVEIRA, R. J. . Modelos teóricos aplicados no estudo do sistema secretor do tipo IV da Xanthomonas citri causadora do cancro cítrico. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

18.
MOURO, P. R. ; LEITE, V. B. P. ; CHAHINE, J. ; OLIVEIRA, R. J. . Study of the Human Superoxide Dismutase folding process adding nonnative hydrophobic interactions. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

19.
CANDIDO, P. A. ; OLIVEIRA, R. J. . Simplified theoretical models applied to the development of new proteins for the diagnosis and immunotherapy of respiratory allergy. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

20.
ARAUJO, G. C. ; OLIVEIRA, R. J. ; Alexandre Suman de Araujo ; SOUZA, F. P. . ESTRUCTURAL AND FUNCTIONAL ANALYSES OF RSV SH PROTEIN BY BIOINFORMATICS TOOLS AND MOLECULAR DYNAMICS. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

21.
VERRO, W. S. ; OLIVEIRA, R. J. . MODELOS TEÓRICOS SIMPLIFICADOS APLICADOS NO DESENVOLVIMENTO DE NOVAS PROTEÍNAS PARA DIAGNÓSTICO E IMUNOTERAPIA DE ALERGIA RESPIRATÓRIA. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

22.
FERREIRA, DEUSMAQUE CARNEIRO ; OLIVEIRA, R. J. ; MADURRO, JOÃO M. . Desenvolvimento de imunossensor para diagnóstico da anaplasmose bovina a partir de plataforma de grafite funcionalizada com poli (ácido 3-hidroxibenzóico). 2015. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

23.
PIVA, H. M. R. ; ARAUJO, G. C. ; SILVA, R. H. T. ; SCOTT, L. P. B. ; OLIVEIRA, R. J. ; Alexandre Suman de Araujo ; SOUZA, F. P. . Analysis of RSV SH Protein Viroporin Function by Molecular Dynamics and Normal Modes. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

24.
CANDIDO, P. A. ; OLIVEIRA, R. J. . THEORETICAL MODELS APPLIED IN THE DEVELOPMENT OF A LESS ALLERGENIC PROTEIN OF THE MITE BLOMIA TROPICALIS FOR IMMUNOTHERAPY IN ALLERGIC RESPIRATORY. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

25.
LIMA, ANGÉLICA N. ; OLIVEIRA, R. J. ; BRAZ, A. S. K. ; PERAHIA, D. ; SCOTT, L. P. B. . STUDY OF AGGREGATION MODELS OF PrPSc USING MOLECULAR DYNAMICS WITH EXCITED NORMAL MODES AND COARSE-GRAINED. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

26.
OLIVEIRA, R. J.. tructure-Based Potentials from Protein Folding Landscape Diffusion to Structural Characterization of Complex Biomolecules - Perspectives on Cryo-EM. 2015. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

27.
CANDIDO, P. A. ; OLIVEIRA R.J. . EPITOPE CHARGES CONTROL THE SHIFT OF ANTIGENICITY FOR BINDING HUMAN IgG4 ISOTYPE IN A SHUFFLED MODIFIED BLO T 5 (Blomia tropicalis) WITH APPLICATIONS IN IMMUNOTHERAPY OF ALLERGIC RESPIRATORY DISEASES. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

28.
OLIVEIRA, R. J.; VERRO, W. S. . Estudo teórico de enzimas envolvidas na produção de bioetanol de segunda geração. 2014. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

29.
MOURO, P. R. ; LEITE, V. B. P. ; OLIVEIRA, R. J. . Study of the correlation between contact order and frustration in protein folding. 2014. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

30.
OZELIN, L. ; Ronaldo J. Oliveira ; LEITE, V. B. P. ; SILVA, R. H. T. . Evaluation of hydrophobicity as a factor of influence on protein sequence conservation. 2014. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

31.
CONTESSOTO, V.G. ; Ronaldo J. Oliveira ; RULLER, R. ; LEITE, V. B. P. . Thermostabilization of Bioethanol Related Enzymes Using Computational Approaches by Point Mutations. 2014. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

32.
ARAUJO, G. C. ; Ronaldo J. Oliveira ; Alexandre Suman de Araujo ; SOUZA, F. P. . RSV SH PROTEIN: Structural and Functional Analysis of the Pentameric Structure by Bioinformatics Tools and Molecular Dynamics Simulations. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

33.
Ronaldo J. Oliveira; MOURO, P. R. ; CONTESSOTO, V. G. ; CHAHINE, J. ; LEITE, V. B. P. . Estudo analítico e computacional das interações não-nativas para a velocidade limite de enovelamento de proteína. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

34.
OLIVEIRA R.J.. Modelos Computacionais Simplificados Aplicados no Enovelamento de Proteína e Enzimas do Bioetanol. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

35.
OLIVEIRA R.J.. Modelagem Molecular do Principal Alérgeno de Blomia tropicalis e de sua forma modificada voltada para imunoterapia. 2013. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

36.
Ronaldo J. Oliveira; LEITE, Vitor Barbanti Pereira . Study of Enzymes Related to Bioethanol Using Structure Based Models Simulations. 2012. (Apresentação de Trabalho/Outra).

37.
Ronaldo J. Oliveira; Xu, Weixin ; Lai, Zaizhi ; Leite, Vitor B. P. ; WANG, Jin . Configuration-Dependent Diffusion Dynamics of Downhill and Two-State Protein Folding. 2012. (Apresentação de Trabalho/Outra).

38.
TAMBONIS, T. ; Oliveira, Ronaldo J. ; LEITE, Vitor Barbanti Pereira ; AMARAL, M. B. . Bioinformatics Analysis in Differential Gene Expression by RNA-seq. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

39.
ARAUJO, G. C. ; Oliveira, Ronaldo J. ; TEIXEIRA, T. S. ; GOMES, D. E. ; LEITE, Vitor Barbanti Pereira ; FOSSEY, M. A. ; SOUZA, F. P. . Study of Structure and Function of Human Respiratory Syncytial Virus SH Protein. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

40.
ARAUJO, G. C. ; Oliveira, Ronaldo J. ; LEITE, Vitor Barbanti Pereira ; FOSSEY, M. A. ; SOUZA, F. P. . Estudo de Modelagem Molecular da Proteina SH do Vírus Sincicial Respiratório Humano. 2012. (Apresentação de Trabalho/Outra).

41.
LEITE, Vitor Barbanti Pereira ; Oliveira, Ronaldo J. ; WANG, Jin ; CHU, X. ; WHITFORD, Paul C. ; CHAHINE, Jorge ; HAN, W. ; WANG, E. ; ONUCHIC, J. N. . Quantified Topography of Funneled Landscape Determines the Thermodynamics and Kinetics of Protein Folding. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

42.
TAVARES, R. M. ; Oliveira, Ronaldo J. . Cálculo do Coeficiente de Difusão no Enovelamento de Proteína por Análise Bayesiana. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

43.
Oliveira, Ronaldo J.; WHITFORD, Paul C. ; Onuchic, José N. ; Chahine, J ; Leite, Vitor B.P. ; WANG, Jin . Quantified Topography of Funneled Landscape Determines the Thermodynamics and Kinetics of Protein Folding. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

44.
Oliveira, Ronaldo J.; WHITFORD, Paul C. ; CHAHINE, Jorge ; LEITE, Vitor Barbanti Pereira ; WANG, Jin . Coordinate and time dependent diffusion dynamics in protein folding. 2011. (Apresentação de Trabalho/Outra).

45.
Oliveira, Ronaldo J.; CHAHINE, Jorge ; LEITE, Vitor Barbanti Pereira . Coordinate and Time Dependent Diffusion Dynamics in Protein Folding. 2011. (Apresentação de Trabalho/Outra).

46.
CONTESSOTO, V. G. ; LIMA, D. T. ; Oliveira, Ronaldo J. ; CHAHINE, Jorge ; LEITE, Vitor Barbanti Pereira . Study of Ultrafast Folding Proteins Using Structure-Based Models Adding a Frustration Potential Term. 2011. (Apresentação de Trabalho/Outra).

47.
LIMA, D. T. ; CONTESSOTO, V. G. ; Oliveira, Ronaldo J. ; CHAHINE, Jorge ; LEITE, Vitor Barbanti Pereira . Thermodynamic and Kinetic Characterization of Protein Folding Using Structure Based Models with Frustration. 2011. (Apresentação de Trabalho/Outra).

48.
Oliveira, Ronaldo J.; CHAHINE, Jorge ; LEITE, Vitor Barbanti Pereira . Simulação Computacional de Modelos de Proteína - Difusão pela Superfície de Energia. 2011. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

49.
CONTESSOTO, V. G. ; LEITE, Vitor Barbanti Pereira ; LIMA, D. T. ; Oliveira, Ronaldo J. . Caracterização cinética do enovelamento de proteínas usando modelos baseados em estruturas. 2010. (Apresentação de Trabalho/Outra).

50.
Oliveira, Ronaldo J.; WHITFORD, Paul C. ; Onuchic, José N. ; CHAHINE, Jorge ; WANG, Jin ; LEITE, Vitor Barbanti Pereira . Exploring the origin of non-monotonic complex behavior and effects of non-native interactions on the diffusion of protein folding. 2010. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

51.
Oliveira, Ronaldo J.; WHITFORD, Paul C. ; Onuchic, José N. ; CHAHINE, Jorge ; WANG, Jin ; LEITE, Vitor Barbanti Pereira . Exploring the origin of non-monotonic complex behavior and effects of non-native interactions on the diffusion of protein folding. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

52.
Oliveira, Ronaldo J.. Explorando a origem do comportamento não-monotônico e o efeito das interações não-nativas na difusão do folding de proteína. 2009. (Apresentação de Trabalho/Outra).

53.
Oliveira, Ronaldo J.; WANG, Jin . Effects of Diffusion on fast protein folding. 2009. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

54.
Oliveira, Ronaldo J.; CHAHINE, Jorge ; LEITE, Vitor Barbanti Pereira ; WHITFORD, Paul C. ; WANG, Jin . Estudo do Coeficiente de Difusão no Enovelamento de Proteína por Dinâmica Molecular. 2008. (Apresentação de Trabalho/Outra).

55.
Oliveira, Ronaldo J.; CHAHINE, Jorge ; WANG, Jin ; LEITE, Vitor Barbanti Pereira . Computational of Folding Times in Lattice Protein. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

56.
Oliveira, Ronaldo J.; LEITE, Vitor Barbanti Pereira ; CHAHINE, Jorge . Cálculo do Tempo de Enovelamento de Proteínas na Rede. 2007. (Apresentação de Trabalho/Outra).

57.
Oliveira, Ronaldo J.; LEITE, Vitor Barbanti Pereira ; CHAHINE, Jorge . Estudo do Coeficiente de Difusão no Enovelamento de Proteínas na Rede. 2006. (Apresentação de Trabalho/Outra).

58.
Oliveira, Ronaldo J.; LEITE, Vitor Barbanti Pereira ; CHAHINE, Jorge . Study of Diffusion Coefficient in Protein Folding. 2006. (Apresentação de Trabalho/Outra).


Produção técnica
Redes sociais, websites e blogs
1.
OLIVEIRA, RONALDO JUNIO. Pesquisas teóricas buscam solução prática para problemas da saúde. 2017; Tema: Enovelamento de proteínas e desenvolvimento de fármacos. (Site).

2.
Ronaldo J. Oliveira. Equipe multidisciplinar da UFTM pesquisa fármacos para Chagas e outras doenças. 2017; Tema: desenvolve fórmulas para fármacos e inibidores contra doenças como Chagas, leishmaniose, tuberculose, diabetes e câncer. (Site).

3.
Ronaldo J. Oliveira. Laboratório de Biofísica Teórica. 2016; Tema: Website do grupo de pesquisa em Física Computacional do Departamento de Física da UFTM.. (Site).

4.
WHITFORD, P. C. ; Leite, Vitor B. P. ; ONUCHIC, J. N. ; OLIVEIRA, R. J. . Mighty Oaks from Little Acorns Grow?. 2013; Tema: Protein folding.. (Site).

5.
OLIVEIRA, R. J.; LEITE, V. B. P. ; ONUCHIC, J. N. ; WHITFORD, P. C. ; WANG, J. . Estudo aumenta compreensão sobre funcionamento de proteínas. 2012; Tema: Enovelamento de proteínas e teoria de superfície de energia. (Site).

6.
Oliveira, Ronaldo J.; Leite, Vitor B. P. ; ONUCHIC, J. N. ; WHITFORD, P. C. ; WANG, J. . Estudo aumenta compreensão sobre funcionamento de proteínas. 2012; Tema: Enovelamento de proteínas e teoria de superfície de energia. (Site).


Demais tipos de produção técnica


Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
DINELLI, L. R.; MAIA, PEDRO I.S.; Ronaldo J. Oliveira. Participação em banca de Jackelinne Camargo de Lima. Estudo da Atividade Catalítica e Tripanocida de Complexos de Metais do Grupo 10 Derivados da Benzil bis(4-fenil-3-tiossemicarbazona) e do Ferrocenil S-Benzil Ditiocarba zato. 2017. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro.

2.
Ronaldo J. Oliveira; SCOTT, LUIS P. B.; BRITO, B. G. A.. Participação em banca de Pamela Aparecida Candido. Modelos Teóricos Simplificados aplicados no Desenvolvimento de Proteínas para Diagnóstico e Imunoterapia de Alergia Respiratória. 2016. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro.

3.
LEITE, V. B. P.; OLIVEIRA R.J.; SOUZA, F. P.. Participação em banca de Laís Ozelin de Lima Pimentel. Papel da Hidrofobicidade na Evolução de Proteínas. 2015. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

4.
SCOTT, L. P. B.; OLIVEIRA R.J.; KLEINSCHMIDT, J. H.. Participação em banca de André Kliousoff Junior. Investigando Padrões em Proteínas com Regiões de Desordem por meio de Mineração de Dados. 2015. Dissertação (Mestrado em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC.

5.
BRAZ, A. S. K.; KIHARA, A. H.; OLIVEIRA, Ronaldo Júnio de. Participação em banca de Pedro Tulio de Resende Lara. Análise estrutural do fator de crescimento neural e as implicações moleculares de suas mutações na interação com os receptores TrkA e p75NTR. 2015. Dissertação (Mestrado em Biossistemas) - Universidade Federal do ABC.

6.
SCOTT, L. P. B.; SUYAMA, R.; OLIVEIRA, Ronaldo Júnio de. Participação em banca de Raphael Agostin Leite Cristofaro. Implementação da terceira versão da ferramenta GANM; considerando o ligante flexível. 2014. Dissertação (Mestrado em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC.

Teses de doutorado
1.
Alexandre Suman de Araujo; RUGGIERO, J.; CAFFARENA, E. R.; CARUSO, I. P.; DE OLIVEIRA, RONALDO JUNIO. Participação em banca de Luiz Fernando da Costa Zonetti. Estudo da interação entre o peptídeo de fusão da proteína E do vírus da Dengue com modelos de membrana biológica por simulações de Dinâmica Molecular. 2018. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

2.
ALVES, N. A.; OLIVEIRA R.J.. Participação em banca de Matheus Rodrigues de Mendonça. Análise de modos normais dos movimentos conformacionais em proteínas. 2015. Tese (Doutorado em Física Aplicada à Medicina e Biologia) - Universidade de São Paulo.

3.
Elso Drigo Filho; SILVA, M. A. A.; OLIVEIRA R.J.; Carvalho, S.J.; LEITE, V. B. P.. Participação em banca de Franciele Polotto. Equação de Fokker-Planck e Enovelamento de Proteínas. 2015. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

4.
CHAHINE, J.; OLIVEIRA, R. J.; BACHEGA, J. F. R.; SLADE, G. G.; MORAES, F. R.. Participação em banca de Luciane Sussuchi da Silva. Estudos Computacionais de Esfingomielinases D: Docking, Dinâmica Molecular Clássica e Métodos Híbridos. 2015. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

5.
Chahine, J; Carvalho, S.J.; Fossey, M. A.; Oliveira, L.C.; Oliveira, Ronaldo J.. Participação em banca de Andre Luiz Martins. Uso de Modelos de rede no estudo de Enovelamento de Proteínas. 2012. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

Qualificações de Mestrado
1.
DE OLIVEIRA, RONALDO JUNIO; BRITO, B. G. A.; MORETO, J. A.. Participação em banca de CLÉA DE BOSCO ROSA SANTOS. ESTUDO TEÓRICO E COMPUTACIONAL DA INTERAÇÃO ENTRE AS PROTEÍNAS VIRB7 E VIRB9 DO SISTEMA SECRETOR DO TIPO IV DA XANTHOMONAS CITRI CAUSADORA DO CANCRO CÍTRICO. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Química) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro.

2.
DE OLIVEIRA, RONALDO JUNIO; BRITO, B. G. A.; MORETO, J. A.. Participação em banca de Uelitom Galdino Borges. ESTUDO DA COOPERATIVIDADE NO ENOVELAMENTO DE PROTEÍNAS COLD SHOCK POR MODELOS TEÓRICOS SIMPLIFICADOS. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Química) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro.

3.
OLIVEIRA, R. J.; BRITO, B. G. A.; ROGERIO, A. P.. Participação em banca de Pamela Aparecida Candido. Modelos Teóricos Simplificados aplicados no Desenvolvimento de Proteínas para Diagnóstico e Imunoterapia de Alergia Respiratória. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Química) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro.

4.
Elso Drigo Filho; Alexandre Suman de Araujo; Oliveira, Ronaldo J.. Participação em banca de Denise Caldas Campos. A equação de Fokker-Planck para um potencial biestável. 2012.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
OLIVEIRA, RONALDO JUNIO DE; BRITO, B. G. A.; MORETO, J. A.. Participação em banca de Filipe Ferreira Paulo.Aglomerados de Átomos de Carbono: Um Estudo por Monte Carlo Quântico e Outros Métodos Teóricos Ab-initio. 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro.

2.
OLIVEIRA, RONALDO JUNIO; MAIA, PEDRO I.S.; SLADE, G. G.. Participação em banca de Luciana Custodio.Estudo das Interações Moleculares da Tioredoxina Humana e seus ligantes utilizando a técnica de Docking Molecular. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro.

3.
OLIVEIRA, RONALDO JUNIO; MAIA, PEDRO I.S.; SLADE, G. G.. Participação em banca de Paulo Henrique Borges Ferreira.Estudo da termoestabilidade das proteínas Cold Shock homólogas de organismos mesofílicos, termofílicos e hipertermofílicos. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Física) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro.

4.
OLIVEIRA, RONALDO JUNIO; ESPINDOLA, F. S.; NICOLAU JUNIOR, N.. Participação em banca de Heitor Cappato Guerra Silva.Triagem virtual de compostos provenientes de plantas da biodiversidade brasileira, com potencial atividade inibitória das enzimas alfa-amilase, alfa-glicosidase e propriedade drug-like. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biotecnologia) - Universidade Federal de Uberlândia.

5.
Carvalho, S.J.; Alexandre Suman de Araujo; Oliveira, Ronaldo J.. Participação em banca de Felipe Antônio Brassolati.Estudo do Equilíbrio Ácido Base em Proteínas Utilizando uma Metologia Computacional envolvendo simulações de dinâmica Molecular. 2012 - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
OLIVEIRA R.J.; ZABOTTO, F. L.; SALES, N. L. L.. Professor de 3o Grau - Substituto. 2013. Universidade Federal do Triângulo Mineiro.

2.
OLIVEIRA R.J.; ZABOTTO, F. L.; SERQUEIRA, E. O.. Professor do Magistério Superior - Substituto. 2013. Universidade Federal do Triângulo Mineiro.

3.
OLIVEIRA R.J.; TOZONI, J. R.; SERRANO, R. L.. Professor Substituto. 2013. Universidade Federal de Uberlândia.

Outras participações
1.
OLIVEIRA R.J.. XXVII Encontro Regional da Sociedade Brasileira de Química de Minas Gerais. 2013. Universidade Federal de São João Del-Rei.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
2a Escola Avançada em Big Data Analysis.2a Escola Avançada em Big Data Analysis. 2018. (Encontro).

2.
2nd Symposium on Current Topics in Molecular Biophysics.Stochastic model captures the diffusion and drift down the funnel and reconstructs the free- energy landscape. 2018. (Simpósio).

3.
Gordon Research Conference on Protein Folding Dynamics. Reconstruction of the free-energy landscape of prion protein folding by diffusion in transition paths ensemble. 2018. (Congresso).

4.
XLIII Annual Meeting of the Brazilian Biophysical Society.De Novo Design and Characterization of HIV-1 Antibody Epitope Grafted into the Top7 Protein Scaffold. 2018. (Encontro).

5.
III Escola de Biofísica Molecular. Simplified computational models applied in biotechnological problems. 2017. (Congresso).

6.
IV Escola Brasileira de Modelagem Molecular. Modelos Computacionais Simplificados com aplicações para Saúde e Biotecnologia. 2017. (Congresso).

7.
Physics and Biology of Proteins. Simplified computational models contribute to tackle biotechnological and health problems. 2017. (Congresso).

8.
Startup Weekend.Startup Weekend. 2017. (Oficina).

9.
I Workshop em Simulação Computacional (I-WSC).Modelos computacionais simplificados com aplicações para saúde e biotecnologia. 2016. (Oficina).

10.
44th Annual Meeting of the Brazilian Society for Biochemistry and Molecular Biology - SBBq. THEORETICAL MODELS APPLIED IN THE DEVELOPMENT OF A LESS ALLERGENIC PROTEIN OF THE MITE BLOMIA TROPICALIS FOR IMMUNOTHERAPY IN ALLERGIC RESPIRATORY DISEASES. 2015. (Congresso).

11.
CNPEM Single Particles Cryo-EM Workshop.Structure-Based Potentials from Protein Folding Landscape Diffusion to Structural Characterization of Complex Biomolecules - Perspectives on Cryo-EM. 2015. (Oficina).

12.
III Escola Brasileira de Modelagem Molecular. EPITOPE CHARGES CONTROL THE SHIFT OF ANTIGENICITY FOR BINDING HUMAN IgG4 ISOTYPE IN A SHUFFLED MODIFIED BLO T 5 (Blomia tropicalis) WITH APPLICATIONS IN IMMUNOTHERAPY OF ALLERGIC RESPIRATORY DISEASES. 2015. (Congresso).

13.
Workshop em Biofísica Molecular.Modelos Computacionais Simplificados Aplicados em Problemas Biotecnológicos: SBM+NMA. 2015. (Encontro).

14.
Workshop em Biofísica Molecular.Seção 5. 2015. (Encontro).

15.
XII Encontro Mineiro de Biomedicina.Simulação Computacional Aplicada em Problemas das Áreas da Saúde e da Biotecnologia. 2015. (Encontro).

16.
1st Symposium on Current Topics in Molecular Biophysics.Guiding Principles in Protein Folding. 2014. (Simpósio).

17.
III Simpósio Interdisciplinar Física + Bioinformática.Estudo teórico de enzimas envolvidas na produção de bioetanol de segunda geração. 2014. (Simpósio).

18.
Workshop at the Interface between Physics and Biology. 2014. (Simpósio).

19.
XXVIII Encontro Regional da Sociedade Brasileira de Química.Estudo analítico e computacional das interações não-nativas para a velocidade limite de enovelamento de proteína. 2014. (Encontro).

20.
pdynamo Workshop e Simpósio & Molecular Simulation.Modelagem Molecular do Principal Alérgeno de Blomia tropicalis e de sua forma modificada voltada para imunoterapia. 2013. (Simpósio).

21.
VII Latin-American Algorithms, Graphs, and Optimization Symposium. 2013. (Simpósio).

22.
XXVII Encontro Regional da Sociedade Brasileira de Química de Minas Gerais.Modelos Computacionais Simplificados Aplicados no Enovelamento de Proteína e Enzimas do Bioetanol. 2013. (Encontro).

23.
8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-Meeting. Bioinformatics Analysis in Differential Gene Expression by RNA-seq. 2012. (Congresso).

24.
São Paulo School of Advanced Science on e-Science for Bioenergy Research.Theoretical models for protein studies. 2012. (Oficina).

25.
VI Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos.Configuration-Dependent Diffusion Dynamics of Downhill and Two-State Protein Folding. 2012. (Outra).

26.
Workshop on Second Generation Bioethanol 2012: Enzymatic Hydrolysis. 2012. (Oficina).

27.
XLI Annual Meeting of The Brazilian Biochemistry and Molecular Biology Society.Study of enzymes Related to Bioethanol Using Structure Based Models Simulations. 2012. (Outra).

28.
7th International Conference on Biological Physics. Quantified Topography of Funneled Landscape Determines the Thermodynamics and Kinetics of Protein Folding. 2011. (Congresso).

29.
I Escola Brasileira em Modelagem Molecular.Coordinate and Time Dependent Diffusion Dynamics in Protein Folding. 2011. (Outra).

30.
Seminários da Pós-Graduação em Biossistemas da UFABC.Simulação Computacional de Modelos de Proteína - Difusão pela Superfície de Energia. 2011. (Seminário).

31.
Simpósio Interdisciplinar Física + Bioinformática.Simulação Computacional de Modelos de Proteína - Difusão pela Superfície de Energia. 2011. (Simpósio).

32.
VIII Semana da Física Biológica.Simulação Computacional no Enovelamento de Proteína. 2011. (Outra).

33.
Workshop on Second Generation Bioethanol: Enzimatic Hydrolysis. 2011. (Encontro).

34.
XL Annual Meeting of The Brazilian Biochemistry and Molecular Biology Society. Coordinate and Time Dependent Diffusion Dynamics in Protein Folding. 2011. (Congresso).

35.
Gordon Research Conference on Protein Folding Dynamics. Exploring the origin of non-monotonic complex behavior and effects of non-native interactions on the diffusion of protein folding. 2010. (Congresso).

36.
Gordon Research Seminar on Protein Folding Dynamics.Exploring the origin of non-monotonic complex behavior and effects of non-native interactions on the diffusion of protein folding. 2010. (Seminário).

37.
Seminários da Pós-Graduação em Biofísica Molecular.Enovelamento de proteína sob aspectos difusivos. 2010. (Seminário).

38.
VII Semana da Física Biológica.Enovelamento de Proteína. 2010. (Seminário).

39.
I Escola e Conferência em Modelagem Computacional.Explorando a origem do comportamento não-monotônico e o efeito das interações não-nativas na difusão do folding de proteína. 2009. (Encontro).

40.
Louis and Beatrice Laufer Center for Computational Biology and Genome Sciences - The inaugural symposium.Effects of diffusion on fast protein folding. 2009. (Simpósio).

41.
I Workshop da Pós-Graduação da Unesp. 2008. (Encontro).

42.
XXXI Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada. Estudo do Coeficiente de Difusão no Enovelamento de Proteína por Dinâmica Molecular. 2008. (Congresso).

43.
6th International Conference on Biological Physics and the 5th Southern Cone Biophysics Congress. Cálculo dos tempos de enovelamento de proteína na rede. 2007. (Congresso).

44.
IV Semana da Física Biológica.Introdução ao Sistema Operacional Linux. 2007. (Outra).

45.
XXX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada.Cálculo do Tempo de Enovelamento de Proteínas na Rede. 2007. (Encontro).

46.
XXIX Encontro Nacional de Física da Matéria Condensada.Estudo do Coeficiente de Difusão no Enovelamento de Proteínas na Rede. 2006. (Encontro).

47.
XXXVII - Latin-American School of Physics. Study of Diffusion Coefficient in Lattice Protein Folding. 2006. (Congresso).

48.
Arte e Tecnologia. 2003. (Seminário).

49.
Campinas Inova. 2003. (Seminário).

50.
XXIV Encontro Nacional de Estudantes de Biologia. 2003. (Encontro).

51.
Sustentabilidade na geração e uso de energia no Brasil - os próximos 20 anos. 2002. (Outra).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
OLIVEIRA, M. M. C. ; OLIVEIRA, RONALDO JUNIO DE . Pint of Science. 2018. (Outro).

2.
Ronaldo J. Oliveira. VIII Feira de Profissões da UFTM. 2017. .

3.
OLIVEIRA, R. J.. II Jornada Integrada de Ensino, Pesquisa e Extensão. 2016. (Congresso).

4.
OLIVEIRA, R. J.. Maratona Internacional de Programação. 2016. .

5.
Ronaldo J. Oliveira. VII Feira de Profissão da UFTM. 2015. .

6.
Ronaldo J. Oliveira. Dia do Físico. 2014. (Outro).

7.
OLIVEIRA R.J.. III Semana da Física. 2013. (Outro).

8.
OLIVEIRA R.J.. Curso de Verão - Introdução a Técnicas Experimentais e Ciências. 2013. (Outro).

9.
Oliveira, Ronaldo J.. XXIV Congresso de Iniciação Científica da Unesp. 2012. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Paulo Henrique Borges Ferreira. Estudo do enovelamento de proteínas. Início: 2017. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro. (Orientador).

2.
Uelitom Galdino Borges. Estudo da cooperatividade no enovelamento de proteínas cold shock protein por modelos teóricos simplificados. Início: 2017. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro. (Orientador).

3.
Cléa de Bosco Rosa Santos. Estudo teórico e computacional da interação entre as proteínas VirB7 e VirB9 do sistema secretor do tipo IV da Xanthomonas citri causadora do cancro cítrico. Início: 2015. Dissertação (Mestrado profissional em Química) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Frederico Campos Freitas. Desenvolvimento de métodos para cálculo do coeficiente de difusão no enovelamento de proteínas. Início: 2017. Tese (Doutorado em Quimica) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro. (Orientador).

2.
Paulo Ricardo Mouro. Estudo do efeito da frustração energética nos modos normais das proteínas. Início: 2015. Tese (Doutorado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. (Coorientador).

Iniciação científica
1.
João Henrique Cirilo Bocchi. Estudo do enovelamento da proteína mesofílica cold shock da bactéria Bacillus subtilis. Início: 2018. Iniciação científica (Graduando em Física) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. (Orientador).

2.
Nilton Santos Siqueira Neto. Estudo do enovelamento da proteína termofílica da bactéria Bacillus caldolyticus. Início: 2018. Iniciação científica (Graduando em Física) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Pamela Aparecida Candido. Modelos teóricos simplificados aplicados no desenvolvimento de novas proteínas para diagnóstico e imunoterapia de alergia respiratória. 2016. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro, . Orientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.

2.
Geraldo Garcia de Freitas Júnior. Desenvolvimento de novas rotas biotecnológicas para conversão do glicerol derivado da produção de biodiesel em biocombustíveis. 2015. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro, . Coorientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.

3.
Driely Oliveira Santos. Estudo do Coeficiente de Difusão no Enovelamento de Proteína. 2014. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.

4.
Paulo Ricardo Mouro. Estudo de frustração ótima em modelos de proteínas baseados em estrutura. 2014. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.

5.
Gabriela Campos de Araujo. Estudo e Função da Proteína SH do vírus sincicial respiratório humano. 2013. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.

6.
Vinicius de Godoi Contessoto. Estudo do efeito da adição de frustração no enovelamento de proteínas utilizando modelos baseados em estruturas. 2012. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Coorientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.

7.
Debora Tavares Lima. Caracterização termodinâmica do enovelamento de proteínas usando modelos baseado em estrutura. 2012. Dissertação (Mestrado em Biofísica Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Coorientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Luciana Custodio. Estudo das interações moleculares da Tioredoxina humana e seus ligantes utilizando a técnica de docking molecular. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Física) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro. Orientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.

2.
Paulo Henrique Borges Pereira. Estudo do enovelamento das proteínas homólogas cold shock presentes em organismos mesofílicos, termofílicos e hipertermofílicos. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Física) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro. Orientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.

3.
Marlon Jean Balla Claro. Estudo de modelos teóricos para a liberação controlada de defensivos agrícolas em micropartículas de alginato de cálcio. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Física) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro, Universidade Federal do Triângulo Mineiro. Orientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.

4.
Gilmar Régis de Souza. Cálculo do Coeficiente de Difusão no Enovelamento de Proteínas por Dinâmica Estocástica. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Física) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro. Orientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.

Iniciação científica
1.
Luis Guilherme Rodrigues Frateschi Pinto. Modelos teóricos aplicados no estudo da interação entre as proteínas VirB7 e VirB9 do sistema secretor do tipo IV da Xanthomonas citri causadora do cancro cítrico. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia Mecânica) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. Orientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.

2.
Leandro Pinto Moraes. Estudo computacional da proteína VirB9 modificada do sistema secretor do tipo IV da Xanthomonas citri causadora do cancro cítrico. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia Mecânica) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro. Orientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.

3.
Wilian Sanchez Verro. Modelos simplificados aplicados no estudo de proteínas homólogas de ácaros para diagnóstico e imunoterapia de alergia respiratória. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia Química) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. Orientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.

4.
Luis Guilherme Rodrigues Frateschi Pinto. Modelos teóricos aplicados no estudo do sistema secretor do tipo IV da Xanthomonas citri causadora do cancro cítrico. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia Mecânica) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. Orientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.

5.
Wilian Sanchez Verro. Modelos teóricos simplificados aplicados no desenvolvimento de novas proteínas para diagnóstico e imunoterapia de alergia respiratória. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia Química) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. Orientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.

6.
Rafael Gombrade. Utilização do Modelo Baseado em Estrutura Aplicado em Proteínas Relacionada à Atividade Cancerígena. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Física Biológica) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.

7.
Wilian Sanchez Verro. Estudos de enzimas envolvidas na produção de bioetanol de segunda geração por dinâmica molecular. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Engenharia Química) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. Orientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.

8.
Guilherme Nascimento Alves. Desenvolvimento de cluster de computadores para processamento de alto desempenho. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Informática) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais. Orientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.

9.
Rafaela Magalhães. Cálculo do Coeficiente de Difusão no Enovelamento de Proteína por Análise Bayesiana. 2012. Iniciação Científica. (Graduando em Física Biológica) - Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Bolsa de Apoio Acadêmico Ibilce. Orientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.

10.
Driely Oliveira. Estudo do Coeficiente de Difusão no Enovelamento de Proteína Utilizando Dinâmica Estocástica. 2012. Iniciação Científica. (Graduando em Física Biológica) - Instituto de Biociências Letras e Ciências Exatas de São José do Rio Preto, Bolsa de Apoio Acadêmico Ibilce. Orientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.

11.
Tiago Tambonis. Análise Estatística Baseada em Métrica em Expressão Diferencial de Genes a Partir de RNA-Seq. 2012. Iniciação Científica - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.

12.
Laís Ozelin de Lima Pimentel. Efeitos de Valores Phi e Hidrofobicidade na Variabilidade Sequencial de Proteínas. 2012. Iniciação Científica - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho. Orientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.

Orientações de outra natureza
1.
Thalyta Tavares Martins. Monitoria de Física III. 2017. Orientação de outra natureza. (Física) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro, Universidade Federal do Triângulo Mineiro. Orientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.

2.
Ederson Rodrigo Pereira Gomes. Monitoria de Física III. 2017. Orientação de outra natureza. (Física) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro, Universidade Federal do Triângulo Mineiro. Orientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.

3.
Ederson Rodrigo Pereira Gomes. Monitoria de Física III. 2016. Orientação de outra natureza. (Física) - Universidade Federal do Triângulo Mineiro, Universidade Federal do Triângulo Mineiro. Orientador: Ronaldo Júnio de Oliveira.



Inovação



Projetos de pesquisa


Educação e Popularização de C & T



Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Ronaldo J. Oliveira. VII Feira de Profissão da UFTM. 2015. .

2.
OLIVEIRA, R. J.. Maratona Internacional de Programação. 2016. .




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