Fabio Passetti

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  • Última atualização do currículo em 13/02/2019


Obteve os títulos de Bacharel em Ciências Biológicas pela Universidade Estadual Paulista campus Rio Claro em 1999, mestre em Bioquímica pela Universidade de São Paulo em 2002 e doutor em Bioinformática pela Universidade de São Paulo em 2007. De 2006 a 2014 foi pesquisador do Instituto Nacional de Câncer. Desde 2014 é pesquisador da Fundação Oswaldo Cruz (Fiocruz) e desenvolve suas pesquisas no Instituto Carlos Chagas (Fiocruz-Paraná). Tem experiência na área de Bioinformática e Biologia Computacional, atuando principalmente na análise e integração de dados de genoma, transcriptoma e proteoma. É docente permanente do Programa de Pós-Graduação strictu senso em Biologia Computacional e Sistemas do IOC/Fiocruz (CAPES 5). É docente permanente do Programa de Pós-Graduação strictu senso em Biociências e Biotecnologia do ICC/Fiocruz (CAPES 4). É membro da Comissão de Pós-graduação (CPG) do PPG-BB do ICC/Fiocruz. Membro do Comitê Científico do INCT-HPV. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Fabio Passetti
Nome em citações bibliográficas
PASSETTI, F.;Passetti, F;Passetti, Fabio;Passetti, Fábio

Endereço


Endereço Profissional
Fundação Oswaldo Cruz, Instituto Carlos Chagas.
Rua Professor Algacyr Munhoz Mader - de 2891/2892 ao fim
Cidade Industrial
81350010 - Curitiba, PR - Brasil
Telefone: (41) 33163230
URL da Homepage: http://www.icc.fiocruz.br/labreg/


Formação acadêmica/titulação


2003 - 2007
Doutorado em Interunidades em Bioinformática.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Implicações funcionais de eventos de splicing alternativo no proteoma humano, Ano de obtenção: 2007.
Orientador: Paulo Sergio Lopes de Oliveira.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: Bioinformática; Transcriptoma; Proteoma; Modelagem molecular.
Grande área: Ciências Biológicas
2000 - 2002
Mestrado em Bioquímica - IQUSP.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Diversidade na arquitetura e expressão gênica: uma análise quantitativa de exon shuffling e splicing alternativo,Ano de Obtenção: 2002.
Orientador: Sandro José de Souza.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: Bioinformática; Genoma; Transcriptoma.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
1996 - 1999
Graduação em Bacharelado em Ciências Biológicas.
Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Título: A caracterização cromossômica, a bioacústica e a morfologia da pars stridens de uma população de Gryllus (Orthoptera: Gryllidae) do cerrado de Itirapina, SP.
Orientador: Carmem S Fontanetti-Christofoletti.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.




Formação Complementar


1999 - 1999
Genética Molecular - Dr. Marcelo Bento Soares.
University of Iowa, UIOWA, Estados Unidos.
1998 - 1998
Genética Molecular - Dr. Marcelo Bento Soares.
University of Iowa, UIOWA, Estados Unidos.


Atuação Profissional



Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil.
Vínculo institucional

2014 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Pesquisador em saúde pública, Carga horária: 40

Vínculo institucional

2014 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Orientador de Pós-Graduação

Vínculo institucional

2010 - 2014
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Orientador de Pós-Graduação

Atividades

11/2018 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto Carlos Chagas, .

Cargo ou função
Membro da Comissão de Pós-Graduação (CPG) do Programa de Pós-Graduação em Biociências e Biotecnologia (BB).
10/2015 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Presidência da Fiocruz, .

Cargo ou função
Membro da Coordenação do Programa Translacional em Câncer da Fundação Oswaldo Cruz, vinculado à Vice-Presidência de Pesquisa e Laboratórios de Referência (VPPLR) da FIOCRUZ. Portaria 1260/2015-PR de 13/10/2015..
12/2014 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto Oswaldo Cruz, Laboratório de Genômica Funcional e Bioinformática.

09/2013 - 12/2017
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto Oswaldo Cruz, .

Cargo ou função
Membro da Comissão de Pós-Graduação (CPG) do Programa de Pós-Graduação em Biologia Computacional e Sistemas (BCS).
01/2016 - 07/2017
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto Oswaldo Cruz, .

Cargo ou função
Coordenador da Plataforma de Sequenciamento de Alto Desempenho do IOC/Plataforma de Sequenciamento de Ácidos Nucléicos de Nova Geração ? RJ (RPT01J ) da VPPVB.
05/2017 - 06/2017
Ensino, Biologia Computacional e Sistemas, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Programação em Perl Aplicada à Bioinformática
04/2017 - 05/2017
Ensino, Biologia Computacional e Sistemas, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Algoritmos e Programação
12/2016 - 12/2016
Ensino, Biologia Computacional e Sistemas, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Programação em Perl Aplicada à Bioinformática II
05/2016 - 06/2016
Ensino, Biologia Computacional e Sistemas, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Programação em Perl Aplicada à Bioinformática
05/2016 - 05/2016
Ensino, Biologia Computacional e Sistemas, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Algoritmos e Programação
06/2015 - 06/2015
Ensino, Biologia Computacional e Sistemas, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Programação em Perl aplicada à Bioinformática
05/2015 - 05/2015
Ensino, Biologia Computacional e Sistemas, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Algoritmos e Programação
06/2014 - 06/2014
Ensino, Biologia Computacional e Sistemas, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Programação em Perl aplicada à Bioinformática
05/2014 - 05/2014
Ensino, Biologia Computacional e Sistemas, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Algoritmos e Programação
04/2013 - 04/2013
Ensino, Biologia Computacional e Sistemas, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Algoritmos e Programação
08/2012 - 08/2012
Ensino, Biologia Computacional e Sistemas, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Programação Aplicada à Bioinformática

Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
Vínculo institucional

2014 - 2016
Vínculo: Segundo Tesoureiro, Enquadramento Funcional: Segundo Tesoureiro

Vínculo institucional

2012 - 2014
Vínculo: Primeiro Tesoureiro, Enquadramento Funcional: Primeiro Tesoureiro

Vínculo institucional

2011 - 2012
Vínculo: Segundo Tesoureiro, Enquadramento Funcional: Segundo Tesoureiro


Instituto Nacional de Câncer, INCA, Brasil.
Vínculo institucional

2006 - 2014
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Pesquisador Senior, Carga horária: 40

Atividades

01/2013 - 11/2014
Conselhos, Comissões e Consultoria, Coordenação de Pesquisa, .

Cargo ou função
Comissão de Genômica e Bioinformática.
06/2007 - 11/2014
Pesquisa e desenvolvimento , Coordenação de Pesquisa, .

01/2007 - 11/2014
Pesquisa e desenvolvimento , Coordenação de Pesquisa, .

04/2006 - 11/2014
Pesquisa e desenvolvimento , Coordenação de Pesquisa, .

01/2008 - 12/2009
Conselhos, Comissões e Consultoria, Coordenação de Pesquisa, .

Cargo ou função
Membro da Comissão de Propriedade Intelectual do Ministério da Saúde.
11/2009 - 11/2009
Ensino, Programa de Pós-Graduação em Oncologia, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Tópicos Avançados em Bioinformática
10/2008 - 10/2008
Ensino, Programa de Pós-Graduação em Oncologia, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Introdução à Bioinformática

Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer, ILPC, Brasil.
Vínculo institucional

2002 - 2003
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Técnico em Bioinformática Júnior, Carga horária: 40

Atividades

11/2002 - 03/2003
Serviços técnicos especializados , Laboratório de Inflamação, .

Serviço realizado
Análise de microarrays.

Instituto Evandro Chagas, IEC, Brasil.
Vínculo institucional

2013 - Atual
Vínculo: , Enquadramento Funcional:


Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

2013 - Atual
Vínculo: , Enquadramento Funcional:


Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro, UNIRIO, Brasil.
Vínculo institucional

2014 - Atual
Vínculo: , Enquadramento Funcional:



Linhas de pesquisa


1.
Estudo in silico de implicações funcionais e estruturais de eventos de splicing alternativo no proteoma humano

Objetivo: As alterações estruturais e funcionais de eventos de splicing alternativo no proteoma humano ainda é alvo de extensa discussão na literatura. Este projeto se propõe a auxiliar no melhor entendimento de como estas alterações podem influenciar o enovelamento de uma proteína produzida por tais eventos. Serão utilizados técnicas de modelagem molecular por homologia e simulação por dinâmica molecular para este fim..
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências da Saúde / Área: Medicina.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Física.
Palavras-chave: Bioinformática; Biologia Computacional.
2.
Análise em larga escala de genomas, transcriptomas e proteomas

Objetivo: A integração de dados moleculares é um dos maiores desafios par ao desenvolvimento de projetos em biologia de sistemas. Valendo-se da metodologia de matrizes ternárias que foi desenvolvida em nosso grupo, pretendemos integrar bases de dados de transcriptomas, proteomas, de experimentos de microarray e de larga escala de proteômica. Isto auxiliará na análise de resultados que serão produzidos em larga escala no INCA a partir de 2008..
Grande área: Ciências da Saúde
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
Palavras-chave: Bioinformática; Base de dados; Matriz ternaria.
3.
Elementos de estrutura secundária nos mRNA de genes humanos como reguladores do seu padrão de tradução

Objetivo: O estudo do padrão de estrutura secundária de transcritos vem sendo descrito na literatura como uma das maneiras de regulação da quantidade de proteína proteína produzida. Este projeto se propõe a estudar como estas alterações conformacionais nos mRNA podem ser preditas por técnicas computacionais..
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências da Saúde / Área: Medicina.
Palavras-chave: Bioinformática; Biologia Computacional.
4.
Bioinformática
5.
Análise em larga escala de transcriptomas e proteomas tumorais


Projetos de pesquisa


2016 - Atual
Sequenciamento e análise de polimorfismos de sequência e do perfil de expressão gênica de dois subtipos de câncer de colo uterino: carcinoma escamoso e adenocarcinoma
Descrição: Análise em larga escala do transcriptoma de pacientes de CCU. Projeto de pesquisa apoiado pelo INCT-HPV..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .

Integrantes: Fabio Passetti - Coordenador / Nicole de Miranda Scherer - Integrante / Luisa Lina Villa - Integrante / DE ARAUJO-SOUZA, PATRICIA SAVIO - Integrante / Laura Sichero - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.
2014 - Atual
Abordagem multidisciplinar da interação do Rinovírus (HRV14) com células epiteliais e mononucleares de sangue periférico humano: avaliação in vitro da influência da resposta imune na co-infecção com Streptococcus pneumonie
Descrição: Análise de transcriptoma por sequenciador de alta vazão.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Fabio Passetti - Integrante / Rafael Braga Gonçalves - Coordenador / Eduardo de Matos Nogueira - Integrante.
2013 - Atual
Sequenciamento do melanoma
Descrição: Sequenciamento do genoma de amostras de melanoma.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Fabio Passetti - Integrante / Guilherme Oliveira - Coordenador / Rui Reis - Integrante.
2013 - Atual
Uso de dados de transcriptoma para a análise da diversidade do proteoma por Bioinformática
Descrição: O splicing alternativo é caracterizado como uma eficiente forma para aumento do repertório protéico de um organismo sem a necessidade de incremento do número de genes. Entretanto, são escassos os estudos de proteômica nos quais sejam apresentadas novas isoformas de proteínas decorrentes de splicing alternativo. Um dos motivos para que isto ocorra é a falta de estratégias para a tradução de dados de transcriptoma que possibilitem a produção de repositórios de sequências hipotéticas de proteínas que auxiliem na detecção de proteínas submetidas a técnicas e espectrometria de massa. Entretanto, pouca atenção tem sido dada aos dados de sequenciamento de alta vazão disponíveis publicamente. Este projeto de pesquisa pretende contribuir na caracterização em larga escala de proteínas resultantes de splicing alternativo usando dados de sequenciadores de alta vazão. Em termos biológicos, já existem casos na literatura que reportam eventos de splicing alternativo levando à ocorrência de proteínas dominante-negativas, atenuadoras da atividade biológica ou até mesmo antagonistas. Assim, valendo-se de dados de transcriptoma do homem, rato e camundongo, este projeto pode também contribuir para o descobrimento de biomarcadores a partir da sua utilização para a análise de experimentos em larga escala de proteômica. Desta forma, podem ser propostos novos biomarcadores que sejam utilizados no diagnóstico mais eficiente de diferentes patologias. Neste sentido, a metodologia de Bioinformática que será empregada neste projeto para a construção dos repositórios, foi utilizada em outro projeto para a validação experimental de candidatos a biomarcadores de câncer selecionados pela referida técnica de Bioinformática. Resultados preliminares mostram que mais de 70% das variantes de splicing ainda inéditas na literatura e selecionadas para o estudo tiveram a sua validação experimental confirmada..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (3) .

Integrantes: Fabio Passetti - Coordenador / Nicole de Miranda Scherer - Integrante / Carlos Gil Ferreira - Integrante / Adriana Franco Paes Leme - Integrante / DE ARAUJO-SOUZA, PATRICIA SAVIO - Integrante.
Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 3 / Número de orientações: 3
2013 - Atual
Sequenciamento do transcriptoma de câncer de pênis
Descrição: Análise do transcriptoma de câncer de pênis.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Fabio Passetti - Coordenador / Guilherme Oliveira - Integrante / Rodrigo Vellasco Duarte Silvestre - Integrante.
2013 - Atual
Projeto MYOP
Descrição: Desenvolvimento de um novo preditor de genes.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Fabio Passetti - Integrante / Alan Mitchell Durham - Coordenador / André Kashiwabara - Integrante.
2012 - 2013
Análise por bioinformática do transcriptoma traduzido do homem, rato e camundongo
Descrição: Tradução in silico de dados de transcriptoma.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .

Integrantes: Fabio Passetti - Coordenador / Nicole de Miranda Scherer - Integrante / Carlos Gil Ferreira - Integrante.
Financiador(es): Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do RJ - Auxílio financeiro.
Número de produções C, T & A: 1 / Número de orientações: 1
2010 - Atual
Desenvolvimento de uma metodologia para a criação de um banco de dados de proteínas oriundas de splicing alternativo
Descrição: Desenvolvimento de uma abordagem computacional para a eficiente tradução de variantes de splicing alternativo..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .

Integrantes: Fabio Passetti - Coordenador.
Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.Número de orientações: 2
2008 - Atual
A Bioinformática no entendimento das diferenças dos genomas e proteomas de células normais e tumorais
Descrição: Este projeto de pesquisa tem como primeiro objetivo estudar variações nucleotídicas provenientes do seqüênciamento do genoma das linhagens normal e tumoral HCC1954 pelo equipamento 454 GS FLX, bem como analisar alterações estruturais e variações no número de cópias dos genes dos referidos genomas pelos dados produzidos na plataforma Affymetrix GeneChip por experimentos de microarranjo de DNA. Um segundo aspecto abordado por este projeto será a análise de dados em larga-escala de proteômica produzidos usando técnicas de 2D/MS-MS e LCMS/ MS de células-tronco de paciente diagnosticada com carcinoma ductal triplo negativo e de células tronco de epitélio mamário normal. Pela avaliação de proteínas que sofram modificações pós-traducionais (PTM, do inglês Posttranslational modification) quando comparados os dois tipos celulares, podese obter novos alvos terapêuticos, bem como para o diagnóstico precoce do câncer ductal de mama..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .

Integrantes: Fabio Passetti - Coordenador / Marcos Barcelos de Pinho - Integrante / Carlos Gil Ferreira - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
Número de produções C, T & A: 1
2007 - 2009
Validação experimental de variantes de splicing alternativo de genes ligados ao câncer selecionados por bioinformática e a modelagem molecular por homolgia da estrutura tridimensional de suas proteínas
Descrição: Por uma nova metodologia em bioinformática por nós desenvolvida, que utiliza dados de mapeamento genômico de transcritos e da seqüência de aminoácidos das estruturas de proteínas, selecionamos 26 genes relacionados ao câncer contendo pelo menos um evento de splicing alternativo que não acarreta a perda da fase de leitura das proteínas alvo. Pretendemos, assim, fazer a validação experimental por RT-PCR dos eventos selecionados por técnicas sofisticadas de bioinformática tanto em amostras normais quanto em tumorais. Ocorrendo a validação experimental das isoformas, pretendemos criar os modelos tridimensionais (3D) das proteínas por elas codificas, utilizando técnicas de modelagem molecular por homologia, a fim de inferirmos as possíveis implicações funcionais decorrentes destes eventos. O melhor modelo 3D de cada proteína codificada pelas isoformas será então submetido a dinâmicas moleculares para avaliação da manutenção do seu enovelamento final..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Fabio Passetti - Integrante / Paulo Sérgio Lopes de Oliveira - Integrante / carlos Gil Moreira Ferreira - Coordenador.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2007 - 2009
Busca por padrões regulatórios em eventos de splicing alternativo
Descrição: A busca por novos mecanismos de predição de eventos de splicing alternativo é necessária. Valendo-se somente da sequência do genoma, estão sendo buscados novos padrões que auxiliem na seleção de novos candidatos à validação experimental por técnicas de biologia molecular..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .

Integrantes: Fabio Passetti - Coordenador / Raphael Tavares da Silva - Integrante.

Número de produções C, T & A: 1 / Número de orientações: 1
2007 - Atual
Regulação do padrão de tradução de genes humanos por alteração da estrutura secundária do mRNA
Descrição: Relatos da literatura mostram que genes de eucariotos podem ter a estrutura secundária do mRNA alterado, regulando desta forma o padrão de tradução. Este projeto tem como objetivo fazer uma varredura no transcriptoma humano por tais eventos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Especialização: (1) Doutorado: (1) .

Integrantes: Fabio Passetti - Coordenador / Natasha Andressa Nogueira Jorge - Integrante / Ariane Machado Lima - Integrante / Ernesto Raúl Caffarena - Integrante.
Financiador(es): Ministério da Saúde - Bolsa.Número de orientações: 1
2006 - 2008
Caracterização do gene GBP-2 como um novo marcador molecular de carcinogênese: utilização de ferramentas de bioinformática para a predição de fatores de transcrição, de variantes por splicing e modelagem tridimensional das proteínas variantes
Descrição: Estudo cooperativo entre Bioinformática e Biologia Molecular, no qual foram selecionadas variantes de splicing alternativo do gene GBP2 humano para validação experimental em culturas de células. Também está sendo realizado o estudo de fatores de transcrição que regulam o promotor de GBP2..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) .

Integrantes: Fabio Passetti - Integrante / carlos Gil Moreira Ferreira - Integrante / Denise Peixoto Guimarães - Coordenador / Ana Carolina Dantas - Integrante / Cynthia Bangoim Marques - Integrante.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.Número de orientações: 1
2006 - Atual
Estudo in silico de implicações funcionais e estruturais de eventos de splicing alternativo em proteínas humanas
Descrição: Este projeto de pesquisa visa a elucidação do papel de eventos de splicing alternativo em estruturas de proteínas humanas..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Fabio Passetti - Coordenador / Paulo Sérgio Lopes de Oliveira - Integrante.
Financiador(es): Laboratório Nacional de Biociências - Cooperação.


Projetos de desenvolvimento


2010 - 2014
Expansão da capacidade de processamento do Laboratório de Bioinformática e Biologia Computacional do INCA
Descrição: Idealização, coordenação do processo da solução de HPCC, storage e backup para dar suporte a um sequenciador de alto desempenho.
Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento.

Integrantes: Fabio Passetti - Coordenador / Carlos Gil Ferreira - Integrante / Marisa Dreyer Breitenbach - Integrante / Carlos Henrique Martins - Integrante.
Financiador(es): Instituto Nacional de Câncer - Auxílio financeiro.
2008 - 2010
Desenvolvimento de uma plataforma de Bioinformática para proteômica
Descrição: A proteômica atua na caracterização de proteínas dado um contexto biológico. Neste sentido, não existe um Sistema de Gerenciamento de Informações de Laboratório (LIMS) que atue conjuntamente com bancos de dados para armazenar, anotar e gerenciar experimentos de proteômica. Neste sentido, estamos desenvolvendo pLIMS, uma plataforma para a Internet para o livre uso de pesquisadores e estudantes que estudam perfis protéicos em experimentos de eletroforese em gel 2D/1D..
Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (0) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (0) .

Integrantes: Fabio Passetti - Coordenador.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.


Membro de corpo editorial


2011 - Atual
Periódico: Frontiers in Bioinformatics and Computational Biology


Revisor de periódico


2008 - 2008
Periódico: Genetics and Molecular Research
2011 - 2011
Periódico: Drug Discovery Today
2010 - 2010
Periódico: Briefings in Functional Genomics & Proteomics (Print)
2010 - 2014
Periódico: Revista Brasileira de Cancerologia
2011 - 2011
Periódico: Journal of Biomedical Informatics
2012 - 2014
Periódico: Bioinformatics (Oxford. Print)
2012 - 2015
Periódico: Molecular Genetics and Genomics
2012 - 2013
Periódico: Genetics and Molecular Biology (Impresso)
2017 - Atual
Periódico: Brazilian Journal of Medical and Biological Research


Revisor de projeto de fomento


2010 - Atual
Agência de fomento: Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Humana e Médica/Especialidade: Bioinformática.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Humana e Médica.
4.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Biologia Geral.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Razoavelmente, Escreve Pouco.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Prêmios e títulos


2018
Prêmio de Teses Alexandre Peixoto para tese de Natasha Andressa Nogueira Jorge, IOC/Fiocruz.
2017
Prêmio de Teses Alexandre Peixoto para tese de Raphael Tavares da Silva, IOC/Fiocruz.
2017
Prêmio CAPES de Tese 2017 da área Interdisciplinar para tese de Raphael Tavares da Silva, CAPES.
2016
Bolsista do programa Jovem Cientista do Nosso Estado, 2016-2019, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro, FAPERJ.
2013
Bolsita de Produtividade em Desenvolvimento Tecnológico e Extensão Inovadora - DT 2012, nível 2, 2013-2015, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq.
2013
Bolsista do programa Jovem Cientista do Nosso Estado, 2013-2016, Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro, FAPERJ.
2013
Menção honrosa na apresentação oral do aluno Raphael Tavares da Silva na categoria Transcriptomics & Proteomics no X-Meeting 2013, Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C).
2010
Melhor trabalho apresentado pela aluna Natasha Andressa Nogueira Jorge na categoria Iniciação Científica na VII Jornada de Iniciação Científica & II Jornada de Pós-Gradução, Instituto Nacional de Câncer.
2010
Bolsita de Produtividade em Desenvolvimento Tecnológico e Extensão Inovadora - DT 2009, nível 2, 2010-2012, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq.
2009
Menção honrosa na apresentação de pôster da aluna Natasha Andressa Nogueira Jorge na categoria Iniciação Científica na VI Jornada de Iniciação Científica & I Jornada de Pós-Gradução, Instituto Nacional de Câncer.
2009
Melhor pôster na categoria Transcriptomics and proteomics apresentado pela aluna Natasha Andressa Nogueira Jorge no X-Meeting 2009, Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C).
2007
Segundo colocado na premiação de melhor pôster no International Workshop on Genomic Databases, International Workshop on Genomic Databases.
2005
Terceiro colocado no Prêmio Jabuti, Categoria Ciências Naturais e Ciências da Saúde com a participação no livro Oncologia Molecular, Câmara Brasileira do Livro.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:20
Total de citações:226
Fator H:7
PASSETTI, F  Data: 31/08/2017

SCOPUS

Artigos completos publicados em periódicos

1.
ANTUNES, HELITON S.2018ANTUNES, HELITON S. ; WAJNBERG, GABRIEL ; PINHO, MARCOS B. ; Jorge, Natasha Andressa Nogueira ; DE MORAES, JOYCE LUANA MELO ; STEFANOFF, CLAUDIO GUSTAVO ; HERCHENHORN, DANIEL ; ARAÚJO, CARLOS M. M. ; VIÉGAS, CELIA MARIA PAIS ; RAMPINI, MARIANA P. ; DIAS, FERNANDO L. ; DE ARAUJO-SOUZA, PATRICIA SAVIO ; Passetti, Fabio ; Ferreira, Carlos G. . cDNA microarray analysis of human keratinocytes cells of patients submitted to chemoradiotherapy and oral photobiomodulation therapy: pilot study. LASERS IN MEDICAL SCIENCE, v. 33, p. 11-18, 2018.

2.
ANTUNES, DEBORAH2018ANTUNES, DEBORAH ; JORGE, NATASHA A. N. ; CAFFARENA, ERNESTO R. ; Passetti, Fabio . Using RNA Sequence and Structure for the Prediction of Riboswitch Aptamer: A Comprehensive Review of Available Software and Tools. Frontiers in Genetics, v. 8, p. 231, 2018.

3.
NERY, THAIS GUIMARÃES MARTINS2018NERY, THAIS GUIMARÃES MARTINS ; SILVA, ESDRAS MATHEUS ; Tavares, Raphael ; Passetti, Fabio . The Challenge to Search for New Nervous System Disease Biomarker Candidates: the Opportunity to Use the Proteogenomics Approach. JOURNAL OF MOLECULAR NEUROSCIENCE, v. 67, p. 150-164, 2018.

4.
Tavares, Raphael2017 Tavares, Raphael ; WAJNBERG, GABRIEL ; SCHERER, NICOLE DE MIRANDA ; PAULETTI, BIANCA ALVES ; CASSOLI, JULIANA S. ; Ferreira, Carlos Gil ; PAES LEME, ADRIANA FRANCO ; DE ARAUJO-SOUZA, PATRICIA SAVIO ; MARTINS-DE-SOUZA, DANIEL ; Passetti, Fabio . Unveiling alterative splice diversity from human oligodendrocyte proteome data. Journal of Proteomics (Print), v. 151, p. 293-301, 2017.

5.
Jorge, Natasha Andressa Nogueira2017 Jorge, Natasha Andressa Nogueira ; WAJNBERG, GABRIEL ; FERREIRA, C. G. ; CARVALHO, B. ; PASSETTI, F. . snoRNA and piRNA expression levels modified by tobacco use in women with lung adenocarcinoma. PLoS One, v. 12, p. e0183410, 2017.

6.
WAJNBERG, GABRIEL2016WAJNBERG, GABRIEL ; Passetti, Fabio . Using high-throughput sequencing transcriptome data for INDEL detection: challenges for cancer drug discovery. Expert Opinion on Drug Discovery (Print), p. 257-268, 2016.

7.
PANKIEVICZ, V. C. S.2016PANKIEVICZ, V. C. S. ; CAMILIOS-NETO, D. ; BONATO, P. ; BALSANELLI, E. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; FAORO, H. ; CHUBATSU, L. S. ; DONATTI, L. ; WAJNBERG, G. ; PASSETTI, F. ; MONTEIRO, R. A. ; PEDROSA, F. O. ; SOUZA, E. M. . RNA-seq transcriptional profiling of Herbaspirillum seropedicae colonizing wheat (Triticum aestivum) roots. Plant Molecular Biology, v. 90, p. 589-603, 2016.

8.
NUNES, DIANA N.2015NUNES, DIANA N. ; Dias-Neto, Emmanuel ; CARDÓ-VILA, MARINA ; EDWARDS, JULIANNA K. ; DOBROFF, ANDREY S. ; GIORDANO, RICARDO J. ; MANDELIN, JAMI ; BRENTANI, HELENA P. ; HASSELGREN, CATRIN ; YAO, VIRGINIA J. ; MARCHIÒ, SERENA ; PEREIRA, CARLOS A. B. ; Passetti, Fabio ; CALIN, GEORGE A. ; SIDMAN, RICHARD L. ; ARAP, WADIH ; PASQUALINI, RENATA . Synchronous down-modulation of miR-17 family members is an early causative event in the retinal angiogenic switch. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America (Online), p. 201500008-3775, 2015.

9.
Tavares, Raphael2015 Tavares, Raphael ; SCHERER, NICOLE M. ; Ferreira, Carlos G. ; COSTA, FABRICIO F. ; Passetti, Fabio . Splice variants in the proteome: a promising and challenging field to targeted drug discovery. DRUG DISCOVERY TODAY, v. 20, p. 353-360, 2015.

10.
WAJNBERG, G.2015 WAJNBERG, G. ; CARVALHO, B. ; Ferreira, Carlos G. ; Passetti, Fabio . Combined Analysis of SNP Array Data Identifies Novel CNV Candidates and Pathways in Ependymoma and Mesothelioma. Biomed Research International, v. 2015, p. 1-10, 2015.

11.
Tavares, Raphael2014 Tavares, Raphael ; DE MIRANDA SCHERER, NICOLE ; PAULETTI, BIANCA ALVES ; ARAÚJO, ELÓI ; Folador, Edson Luiz ; ESPINDOLA, GABRIEL ; Ferreira, Carlos Gil ; PAES LEME, ADRIANA FRANCO ; DE OLIVEIRA, PAULO SERGIO LOPES ; Passetti, Fabio . SpliceProt: A protein sequence repository of predicted human splice variants. Proteomics (Weinheim. Print), v. 14, p. 181-185, 2014.

12.
TAMEGAO-LOPES, B. P.2014TAMEGAO-LOPES, B. P. ; SOUSA-JUNIOR, E. C. ; Passetti, Fabio ; Ferreira, Carlos G. ; MELLO, W. A. ; SILVESTRE, R. V. D. . Prevalence of human papillomavirus infection and phylogenetic analysis of HPV-16 E6 variants among infected women from Northern Brazil. Infectious Agents and Cancer, v. 9, p. 25, 2014.

13.
Tavares, Raphael2012Tavares, Raphael ; Renaud, Gabriel ; Oliveira, Paulo Sergio Lopes ; Ferreira, Carlos G. ; Dias-Neto, Emmanuel ; Passetti, Fabio . Identical sequence patterns in the ends of exons and introns of human protein-coding genes. Computational Biology and Chemistry (Print), v. 36, p. 55-61, 2012.

14.
JORGE, N. A. N.2012JORGE, N. A. N. ; Ferreira, Carlos G. ; Passetti, F . Bioinformatics of Cancer ncRNA in High Throughput Sequencing: Present State and Challenges. Frontiers in Genetics, v. 3, p. 287, 2012.

15.
Emerenciano, Mariana2011Emerenciano, Mariana ; Renaud, Gabriel ; Sant Ana, Mariana ; Barbieri, Caroline ; Passetti, Fabio ; Pombo-de-Oliveira, Maria S. . Challenges in the use of NG2 antigen as a marker to predict MLL rearrangements in multi-center studies. Leukemia Research, v. 35, p. 1001-1007, 2011.

16.
Renaud, Gabriel2011Renaud, Gabriel ; Neves, Pedro ; Folador, Edson Luiz ; Ferreira, Carlos Gil ; Passetti, Fabio . Segtor: Rapid Annotation of Genomic Coordinates and Single Nucleotide Variations Using Segment Trees. Plos One, v. 6, p. e26715, 2011.

17.
Sebollela, Adriano2010Sebollela, Adriano ; Freitas-Corrêa, Léo ; Oliveira, Fábio F. ; Mendes, Camila T. ; Wasilewska-Sampaio, Ana Paula ; Camacho-Pereira, Juliana ; Galina, Antonio ; Brentani, Helena ; Passetti, Fabio ; Felice, Fernanda G. ; Dias-Neto, Emmanuel ; Ferreira, Sérgio T. . Expression Profile of Rat Hippocampal Neurons Treated with the Neuroprotective Compound 2,4-Dinitrophenol: Up-Regulation of cAMP Signaling Genes. Neurotoxicity Research, v. 18, p. 112-123, 2010.

18.
PASSETTI, F.;Passetti, F;Passetti, Fabio;Passetti, Fábio2009PASSETTI, F.; Ferreira, C G ; Costa, F F . The impact of microRNAs and alternative splicing in pharmacogenomics. Pharmacogenomics Journal (Print), v. 9, p. 1-13, 2009.

19.
Bertola, Debora R.2005Bertola, Debora R. ; Pereira, Alexandre C. ; Passetti, Fábio ; de Oliveira, Paulo S.L. ; Messiaen, Ludwine ; Gelb, Bruce D. ; Kim, Chong A. ; Krieger, José Eduardo . Neurofibromatosis-Noonan syndrome: Molecular evidence of the concurrence of both disorders in a patient. American Journal of Medical Genetics. Part A, v. 136A, p. 242-245, 2005.

20.
Junior, JP2005Junior, JP ; ZEFA, E ; David, JAO ; PASSETTI, F. ; FONTANETTI, C.S. . Scanning electron microscopy of the Pars Stridens of Gryllus: taxonomic importance. Naturalia (São José do Rio Preto), v. 28-30, p. 49-52, 2005.

21.
BRENTANI, H.2003BRENTANI, H. ; CABALLERO, O. L. ; CAMARGO, A. A. ; SILVA, A. M. ; SILVA, JR., W. A. ; DIAS NETO, E. ; GRIVET, M. ; GRUBER, A. ; GUIMARAES, P. E. M. ; PASSETTI, F. ; et al. . The generation and utilization of a cancer-oriented representation of the human transcriptome by using expressed sequence tags. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 100, n.23, p. 13418-13423, 2003.

22.
SAKABE, N. J.2003SAKABE, N. J. ; de Souza, J.E. ; GALANTE, P. A. F. ; Oliveira, P.S.L. ; PASSETTI, F. ; BRENTANI, H. ; OSORIO, E. C. ; ZAIATS, A. C. ; Leerkes, M.R. ; Kitajima, J.P. ; BRENTANI, R. R. ; STRAUSBERG, R. L. ; Simpson, A. ; SOUZA, S. J. . ORESTES are enriched in rare exon usage variants affecting the encoded proteins. Comptes Rendus. Biologies, v. 326, p. 979-985, 2003.

23.
Sakharkar, M.2002Sakharkar, M. ; PASSETTI, F. ; de Souza, J.E. ; LONG, M. ; SOUZA, S. J. . ExInt: an Exon Intron Database.. Nucleic Acids Research, v. 30, n.1, p. 191-194, 2002.

24.
FONTANETTI, C.S.2002FONTANETTI, C.S. ; ZEFA, E ; PASSETTI, F. ; MESA, A. . Morphological characterization and comparative analysis of the proventriculus from three species of Endecous Saussure, 1878 (Orthoptera:Gryllidae:Phalangopsinae). Entomotropica, Venezuela, v. 17, n.1, p. 15-23, 2002.

Capítulos de livros publicados
1.
Passetti, Fabio; Jorge, Natasha Andressa Nogueira ; Durham, Alan . Using Bioinformatics Tools to Study the Role of microRNA in Cancer. In: Ronald Trent. (Org.). Clinical Bioinformatics (Methods in Molecular Biology, vol. 1168). 2ed.New York: Springer New York, 2014, v. 1, p. 99-116.

2.
Oliveira, P.S.L. ; Passetti, F . Bioinformática na Oncologia. In: FERREIRA, C.G.; DA ROCHA, J.C.C.. (Org.). Oncologia Molecular. 2ed.São Paulo: Atheneu, 2010, v. , p. 533-545.

3.
Oliveira, P.S.L. ; PASSETTI, F. . Bioinformática na Oncologia. In: Carlos Gil Ferreira, José Cláudio Rocha. (Org.). Oncologia Molecular. Rio de Janeiro: Atheneu, 2004, v. 1, p. 383-393.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
SILVA, E. M. G. ; Tavares, Raphael ; Passetti, Fabio . Comparative analysis of human and mouse brain proteomes unveil orthologous splice variants. In: 14th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting 2018, 2018, São Pedro. X-meeting 2018 Abstract Book, 2018.

2.
OLIVEIRA, F. C. M. ; WAJNBERG, GABRIEL ; Passetti, Fabio . The assessment of the impact of small deletions within human protein domains using transcriptome data: a pilot study in lung cancer. In: 13th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting 2017, 2017, Águas de São Pedro. X-meeting 2017 Abstract Book, 2017.

3.
MARTINS, T. G. ; SILVA, E. M. G. ; Tavares, R. ; Passetti, Fabio . Analysis of splice variants in the proteome of Alzheimer's disease: preliminary results. In: 13th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting 2017, 2017, Águas de São Pedro. X-meeting 2017 Abstract Book, 2017.

4.
SILVA, E. M. G. ; MARTINS, T. G. ; Tavares, R. ; Passetti, Fabio . Comparative analysis of the alternative splicing diversity in the human and mouse brain proteomes: preliminary results. In: 13th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting 2017, 2017, Águas de São Pedro. X-meeting 2017 Abstract Book, 2017.

5.
JORGE, N. A. N. ; WAJNBERG, GABRIEL ; CARVALHO, B. ; FERREIRA, C. G. ; Passetti, Fabio . PIWI-interacting RNA and small nucleolar RNA signatures of smokers and non-smokers in lung adenocarcinoma. In: 12th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting 2016, 2016, Belo Horizonte. X-meeting 2016 Abstract Book, 2016.

6.
OLIVEIRA, F. C. M. ; WAJNBERG, GABRIEL ; Passetti, Fabio . The assessment of the impact of small deletions within human protein domains using transcriptome data: a preliminary analysis. In: 12th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting 2016, 2016, Belo Horizonte. X-meeting 2016 Abstract Book, 2016.

7.
WAJNBERG, GABRIEL ; SCHERER, NICOLE M. ; FERREIRA, C. G. ; Passetti, Fabio . The assessment of small deletions impact within human exons in protein domains of 66 genomes in the 1000genomes project using transcriptome data. In: ISMB 2016, 2016, Orlando. ISMB 2016 Abstract Book, 2016.

8.
WAJNBERG, GABRIEL ; SCHERER, NICOLE M. ; FERREIRA, C. G. ; Passetti, Fabio . The discovery of novel multiple small deletions within human coding genes associated to known lung cancer pathways. In: 12th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting 2016, 2016, Belo Horizonte. X-meeting 2016 Abstract Book, 2016.

9.
BLANCO, J. N. ; JORGE, N. A. N. ; Passetti, Fabio . Single nucleotide variation analysis in microRNA target regions in colorectal cancer. In: 12th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting 2016, 2016, Belo Horizonte. X-meeting 2016 Abstract Book, 2016.

10.
Tavares, Raphael ; SCHERER, NICOLE DE MIRANDA ; PAULETTI, BIANCA ALVES ; MARTINS-DE-SOUZA, DANIEL ; LEME, ADRIANA FRANCO PAES ; Passetti, Fabio . Splice variant detection in the human and mouse brains using proteogenomics. In: 6th Conference of the Brazilian Mass Spectrometry Society & 1st Ibero American Conference on Mass Spectrometry (6th BrMASS/1st IbMASS), 2016, Rio de Janeiro. 6th Conference of the Brazilian Mass Spectrometry Society & 1st Ibero American Conference on Mass Spectrometry (6th BrMASS/1st IbMASS) Abstract Book, 2016.

11.
ANTUNES, D. ; Passetti, Fabio ; CAFFARENA, E. R. . Human riboswitch: are we close to predicting it?. In: 12th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - X-meeting 2016, 2016, Belo Horizonte. X-meeting 2016 Abstract Book, 2016.

12.
WAJNBERG, G. ; SCHERER, N. M. ; Ferreira, C G ; PASSETTI, F. . Identification of small deletions within human exons in asian and european genomes using transcriptome data. In: ISMB/ECCB, 2015, Dublin. Anais do ISMB/ECCB 2015, 2015.

13.
WAJNBERG, G. ; SCHERER, N. M. ; Ferreira, C G ; PASSETTI, F. . Identification of small deletions within human exons in asian and european genomes using transcriptome data. In: X-meeting/BSB 2015, 2015, São Paulo. Anais do X-meeting/BSB 2015, 2015.

14.
SILVA, R. T. ; SCHERER, N. M. ; Ferreira, C G ; PASSETTI, F. . Reference-based and de novo assembly as a combined strategy to identify canonical transcripts and potential novel splice variants in proteogenomics. In: X-meeting/BSB 2015, 2015, São Paulo. Anais do X-meeting/BSB 2015, 2015.

15.
SILVA, R. T. ; SCHERER, N. M. ; Ferreira, Carlos Gil ; PASSETTI, F. . Reference-based and de novo assembly as a combined strategy to identify canonical transcripts and potential novel splice variants in proteogenomics. In: ISMB/ECCB, 2015, Dublin. Anais do ISMB/ECCB, 2015.

16.
SILVA, R. T. ; SCHERER, NICOLE M. ; WAJNBERG, G. ; PAULETTI, BIANCA ALVES ; Ferreira, Carlos Gil ; LEME, A. F. P. ; MARTINS-E-SOUZA, D. ; PASSETTI, F. . Identifying potential novel splice variants in the human oligodendrocyte proteome. In: ISCB-LA/X-meeting/BSB/SoIBio, 2014, Belo Horizonte. Anais do ISCB-LA/X-meeting/BSB/SoIBio, 2014.

17.
WAJNBERG, G. ; FERREIRA, C. G. M. ; PASSETTI, F. . Identification of small INDELs within human exons using transcriptome data: preliminary results. In: ISCB-LA/X-meeting/BSB/SoIBio, 2014, Belo Horizonte. Anais do ISCB-LA/X-meeting/BSB/SoIBio, 2014.

18.
Jorge, Natasha Andressa Nogueira ; Ferreira, C G ; PASSETTI, F. . Detection of differentially expressed SNVs in miRNA target binding sites: preliminary results. In: ISCB-LA/X-meeting/BSB/SoIBio, 2014, Belo Horizonte. Anais do ISCB-LA/X-meeting/BSB/SoIBio, 2014.

19.
Jorge, Natasha Andressa Nogueira ; WAJNBERG, G. ; CARVALHO, B. ; Ferreira, Carlos G. ; PASSETTI, F. . SncSeq: an automated pipeline for analyzing small non-coding RNA high throughput sequencing data. In: ISCB-LA/X-meeting/BSB/SoIBio, 2014, Belo Horizonte. Anais do ISCB-LA/X-meeting/BSB/SoIBio, 2014.

20.
WAJNBERG, G. ; FERREIRA, C. G. ; Passetti, Fabio . Identificiation of small polymorphisms within human exons: a preliminary analysis. In: 9th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2013), 2013, Recife (PE). X-meeting 2013 Abstract Book, 2013.

21.
JORGE, N. A. N. ; FERREIRA, C. G. ; Passetti, Fabio . Detection of differentially expressed SNVs in miRNA target binding sites: preliminary results. In: 9th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2013), 2013, Recife (PE). X-meeting 2013 Abstract Book, 2013.

22.
Tavares, R. ; SCHERER, N. ; PAULETTI, B. A. ; ARAUJO, E. ; Folador, Edson Luiz ; ESPINDOLA, G. ; FERREIRA, C. G. ; LEME, A. F. P. ; OLIVEIRA, P. S. L. ; Passetti, Fabio . SpliceProt: a protein sequence repository of predicted human splice variants. In: 9th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2013), 2013, Recife (PE). X-meeting 2013 Abstract Book, 2013.

23.
WAJNBERG, G. ; BRAIT, M. ; Folador, Edson Luiz ; PARRELLA, P. ; CAIMS, P. ; BARBANO, R. ; Ferreira, C G ; Passetti, Fabio ; SIDRANSKY, D. ; HOQUE, M. O. . Copy Number Variation Analysis for Identification of Novel Disease-related Regions in Bladder Cancer. In: 22nd Biennial Congress of the European Association for Cancer Research, 2012, Barcelona. European Journal of Cancer. Amsterdam: Elsevier, 2012. v. 48. p. S136-S136.

24.
Tavares, R. ; SCHERER, N. ; JORGE, N. A. N. ; WAJNBERG, G. ; Folador, Edson Luiz ; ESPINDOLA, G. ; FERREIRA, C. G. ; Passetti, Fabio . Development of a computational approach to translate in silico splicing variants detected in the human transcriptome. In: Reunião BrProt - Sociedade Brasileira de Proteômica, 2012, Rio de Janeiro (RJ). Anais da Reunião BrProt, 2012.

25.
Tavares, R. ; SCHERER, N. ; JORGE, N. A. N. ; WAJNBERG, G. ; Folador, Edson Luiz ; ESPINDOLA, G. ; FERREIRA, C. G. ; Passetti, Fabio . Development of a computational approach to translate in silico splicing variants detected in the human transcriptome. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2013), 2012, Campinas (SP). X-meeting 2012 Abstract Book, 2012.

26.
JORGE, N. A. N. ; FERREIRA, C. G. ; Passetti, Fabio . Transcriptome analysis of cervical cancer patients through second generation DNA sequecing. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2011), 2011, Florianópolis (SC). X-meeting 2011 Abstract Book, 2011.

27.
JORGE, N. A. N. ; LIMA, A. M. ; FERREIRA, C. G. ; Passetti, Fabio . Searching for FMN and SAM riboswitches in the human genome. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2011), 2011, Florianópolis (SC). X-meeting 2011 Abstract Book, 2011.

28.
Tavares, R. ; Folador, Edson Luiz ; KASHIWABARA, A. ; JORGE, N. A. N. ; DURHAM, A. M. ; FERREIRA, C. G. ; Passetti, Fabio . Development of a computational approach to translate in silico splice variants detected in the human transcriptome: preliminary results. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2011), 2011, Florianópolis (SC). X-meeting 2011 Abstract Book, 2011.

29.
SILVA, R. T. ; Ferreira, C G ; PASSETTI, F. . Development of a database of splice variants translated in silico. In: International Workshop on Genomic Databases, 2010, Buzios. IWGD'10 Abstract Book, 2010.

30.
FOLADOR, E. L. ; BINATO, R. ; NEVES, P. ; CORREA, S. ; RENAUD, G. ; Ferreira, C G ; ABDELHAY, E. ; PASSETTI, F. . pLIMS: an innovative approach to manage and analyze 2D/1D protein gel. In: International Workshop on Genomic Databases, 2010, Buzios. IWGD'10 Abstract Book, 2010.

31.
JORGE, N. A. N. ; Ferreira, C G ; LIMA, A. M. ; PASSETTI, F. . Searching for TPP riboswitch candidates in the Human Genome. In: International Workshop on Genomic Databases, 2010, Buzios. IWGD'10 Abstracts book, 2010.

32.
RENAUD, G. ; NEVES, P. ; PASSETTI, F. . SEGTOR: A web interface to rapidly annotate coordinates, SNVs, insertions and deletions from next-generation sequencing data. In: International Workshop on Genomic Databases, 2010, Buzios. IWGD'10 Abstracts Book, 2010.

33.
JORGE, N. A. N. ; Ferreira, C G ; LIMA, A. M. ; PASSETTI, F. . The Development of a Bioinformatics Methodology to Search for Riboswitches in the Human Genome. In: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2009), 2009, Angra dos Reis. X-Meeting 2009 Abstracts Book, 2009.

34.
FOLADOR, E. L. ; BINATO, R. ; NEVES, P. ; CORREA, S. ; Ferreira, C G ; ABDELHAY, E. ; PASSETTI, F. . PLIMS: A BIOINFORMATICS TOOL FOR THE 2D/1D PROTEIN GEL ELECTROPHORESIS EXPERIMENTS MANAGEMENT AND ANALYSIS. In: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2009), 2009, Angra dos Reis. X-meeting 2009 Abstracts Book, 2009.

35.
RENAUD, G. ; SILVA, R. T. ; Oliveira, P.S.L. ; Ferreira, C G ; DIAS NETO, E. ; Passetti, F . IDENTICAL SEQUENCE PATTERNS IN THE ENDS OF EXONS AND INTRONS OF HUMAN GENES. In: 5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2009), 2009. X-meeting 2009 Abstracts Book, 2009.

36.
PASSETTI, F.; Farah, J ; Dobroff, V ; Araujo, FES ; Oliveira, P.S.L. . Ternary matrices: a new platform to integrate genomic and proteomic data. In: International Workshop on Genomic Databases, 2007, Angra dos Reis, RJ, Brasil. Anais do International Workshop on Genomic Databases (2007), 2007.

37.
PASSETTI, F.; Farah, J ; Dobroff, V ; Araujo, FES ; Oliveira, P.S.L. . Ternary matrix: an innovative approach to integrate genomic and proteomic data. In: 3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2007), 2007, São Paulo. X-meeting 2007 Abstracts Book, 2007.

38.
MANCINI, U. M. ; RODRIGUES, R. V. ; PASSETTI, F. ; Oliveira, P.S.L. ; TAJARA, E. H. . Análise de splicing alternativo utilizando dados de seqüências expressas. In: 51 Congresso Brasileiro de Genética, 2005, Águas de Lindóia, SP. Resumos do 51 Congresso Brasileiro de Genética, 2005. p. 855-855.

39.
PASSETTI, F.; Farah, J ; Dobroff, V ; Araujo, FES ; Pereira, CAB ; Oliveira, P.S.L. . Alternative splicing and protein structure: a preliminary analysis. In: II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis, RJ. Anais do II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004.

40.
PASSETTI, F.; Oliveira, P.S.L. . Functional implications of alternative splicing events in the human proteome. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto - SP. Anais do International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003.

41.
PASSETTI, F.; Oliveira, P.S.L. ; Leerkes, M.R. ; Kitajima, J.P. ; Simpson, A. ; SOUZA, S. J. . A genome-wide analysis of alternative exon usage in the human transcriptome. In: Brazilian International Genome Conference, 2001, Angra dos Reis. Anais do Brazilian International Genome Conference, 2001.

42.
PASSETTI, F.; FONTANETTI, C.S. ; ZEFA, E . Caracterização cromossômica, bioacústica e morfologia da ?pars stridens? de uma população de Gryllus do cerrado de Itirapina (São Paulo). In: Simpósio de Iniciação Científica do câmpus de Rio Claro, 1998, Rio Claro. Anais do III Simpósio de Iniciação Científica do câmpus de Rio Claro. Rio Claro: Cruzeiro Edit. e Artes Gráficas, 1998. p. 33-33.

43.
PASSETTI, F.; FONTANETTI, C.S. ; ZEFA, E . Repertório acústico e ultramorfologia do aparato estridulador de uma população de Gryllus (Orth., Gryllidae) do cerrado de Itirapina - SP.. In: XVII Congresso Brasileiro de Entomologia e VIII Encontro Nacional de Fitossanitaristas, 1998, Rio de Janeiro. Anais do XVII Congresso Brasileiro de Entomologia e VIII Encontro Nacional de Fitossanitaristas, 1998. v. 2. p. 792-792.

Resumos publicados em anais de congressos (artigos)
1.
PASSETTI, F.;Passetti, F;Passetti, Fabio;Passetti, Fábio1999PASSETTI, F.; FONTANETTI, C.S. ; ZEFA, E . C-banding and Ag-NOR in Gryllus sp chromosomes of a population from the cerrado of Itirapina (São Paulo).. Genetics and Molecular Biology, v. 22, n.3, p. 32-32, 1999.

2.
PASSETTI, F.;Passetti, F;Passetti, Fabio;Passetti, Fábio1998PASSETTI, F.; FONTANETTI, C.S. ; ZEFA, E . O cariótipo de uma população de Gryllus do cerrado de Itirapina (São Paulo).. Genetics and Molecular Biology, v. 21, n.3, p. 51-51, 1998.

Apresentações de Trabalho
1.
Passetti, Fabio. Non-protein coding genes can distinguish at the molecular level adenocarcinoma from squamous cell carcinoma of the cervix. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
PASSETTI, F.. Desvendando a diversidade de eventos de splicing alternativo no proteoma humano. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
Passetti, Fabio. Desenvolvimento de uma abordagem computacional em proteogenômica e a sua aplicação no estudo do perfil de variantes por splicing alternativo no homem. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
Tavares, R. ; SCHERER, N. M. ; PAULETTI, B. A. ; MARTINS-E-SOUZA, D. ; LEME, A. F. P. ; Passetti, Fabio . Splice variant detection in the human and mouse brains using proteogenomics. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
PASSETTI, F.. Introduction to Linux. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

6.
PASSETTI, F.. High-throughput sequencing: da produção à análise dos dados. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

7.
Passetti, Fabio. Desenvolvimento de métodos computacionais inovadores para o estudo do impacto da diversidade produzida por eventos de splicing altenrativo e de INDELs na sequência de proteínas. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

8.
PASSETTI, F.. O Genoma Humano. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

9.
PASSETTI, F.. O Genoma Humano. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

10.
Passetti, Fabio. Genomics and transcriptomic analyses of cervical cancers: Bioinformatics. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

11.
Passetti, Fabio. Genomics and transcriptomic analyses of cervical cancers: project outline. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

12.
Passetti, Fabio. O papel da Bioinformática na Pesquisa em Biologia. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

13.
Passetti, Fabio. Palestra. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

14.
Passetti, Fabio. Aplicações de Bioinformática para Estudos em Oncologia. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

15.
Passetti, Fabio. Abordagens computacionais para a análise de genômica e gerenciamento de dados de proteômica. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

16.
Passetti, Fabio. Palestra. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

17.
Passetti, Fabio. Novos candidatos a biomarcadores para o Câncer selecionados por uma abordagem de bioinformatica. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

18.
Passetti, Fabio. Seleção de novos Candidatos a biomarcadores para o câncer por uma metodologia de bioinformática. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

19.
Passetti, Fabio. Bioinformática: dos aplicativos à inovação científica. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

20.
Passetti, Fabio. Bioinformática na área ligada a Genética. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

21.
Passetti, Fabio. Bioinformática. 2001. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

22.
PASSETTI, F.. Citogenética. 1997. (Apresentação de Trabalho/Outra).


Produção técnica
Assessoria e consultoria
1.
Passetti, Fabio. Consultor do Instituto Nacional de Ciência e Tecnologia das Doenças do Papilomavírus Humano ? Instituto do HPV. 2009.

Trabalhos técnicos

Demais tipos de produção técnica
1.
Passetti, Fabio; SCHERER, NICOLE M. ; Tavares, Raphael ; JORGE, N. A. N. ; WAJNBERG, G. ; SOUSA, G. L. S. C. ; Pinho, M.B. . O uso de ferramentas de Bioinformática para a inovação científica em Oncologia (durante o IV Curso de Verão Pesquisa em Oncologia INCA). 2012. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

2.
PASSETTI, F.; SCHERER, N. ; Folador, Edson Luiz ; SILVA, R. T. ; JORGE, N. A. N. ; WAJNBERG, G. ; SOUSA, G. L. S. C. ; Pinho, M.B. . I CURSO PRÁTICO DE INTRODUÇÃO À PROGRAMAÇÃO PARA BIOINFORMÁTICA. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

3.
PASSETTI, F.. Bioinformática (14o Encontro Nacional de Biomedicina). 2011. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).



Patentes e registros



Patente

A Confirmação do status de um pedido de patentes poderá ser solicitada à Diretoria de Patentes (DIRPA) por meio de uma Certidão de atos relativos aos processos
1.
 PASSETTI, F.; OLIVEIRA, P. S. L. ; FARAH, J. ; DOBROFF, V. S. ; GARCIA, M. ; PEREIRA, C. A. B. ; ARAÚJO, F. E. S. . USO DE UMA MATRIZ TERNÁRIA COMO ADAPTADOR DE INFORMAÇÕES BIOLÓGICAS MOLECULARES, E, MÉTODO DE CONSULTA E VISUALIZAÇÃO DE INFORMAÇÕES BIÓLOGICAS MOLECULARES ARMAZENADAS EM PELO MENOS UMA BASE DE DADOS. 2007, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: PI0703888, título: "USO DE UMA MATRIZ TERNÁRIA COMO ADAPTADOR DE INFORMAÇÕES BIOLÓGICAS MOLECULARES, E, MÉTODO DE CONSULTA E VISUALIZAÇÃO DE INFORMAÇÕES BIÓLOGICAS MOLECULARES ARMAZENADAS EM PELO MENOS UMA BASE DE DADOS" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 15/05/2007; Concessão: 06/01/2009.

2.
 PASSETTI, F.; OLIVEIRA, P. S. L. ; FARAH, J. ; DOBROFF, V. S. ; GARCIA, M. ; PEREIRA, C. A. B. ; ARAÚJO, F. E. S. ; Ferreira, Carlos Gil . Computerimplementiertes Verfahren zur Suche von in mindestens einer Datenbank gespeicherten molekularbiologischen Informationen. 2008, Suiça.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: 699132, título: "Computerimplementiertes Verfahren zur Suche von in mindestens einer Datenbank gespeicherten molekularbiologischen Informationen" , Instituição de registro: Swiss Federal Institute of Intellectual Property. Depósito: 20/11/2008; Depósito PCT: 20/11/2008; Concessão: 15/02/2013.



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
Passetti, F; BOLDT, A. W.; CRUZ, L. M.. Participação em banca de João Henrique Diniz Brandão Gervásio. Identificação de genes sob pressão seletiva positiva em Trypanosoma cruzi. 2018. Dissertação (Mestrado em BIOCIÊNCIAS E BIOTECNOLOGIA EM SAÚDE) - Fundação Oswaldo Cruz.

2.
OLIVEIRA, P. S. L.; GARRATT, R. C.; PASSETTI, F.. Participação em banca de Felipe Augusto Nunes Ferraz. Caracterização de sítios conformacionais de fosforilação em proteínas. 2016. Dissertação (Mestrado em Pós-Graduação Interunidades em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

3.
ALVES, M. R.; DAVILA, A. M. R.; COIMBRA, R.; PASSETTI, F.; CRUZ, O. G.. Participação em banca de Eduardo Barçante. Reposicionamento de fármacos para malária: Um método que identifica alvos no domínio das doenças negligenciadas. 2015. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

4.
SOUZA, T. M. L.; LEVY, D.; NOEL, F.; PASSETTI, F.; SOUSA, G. L. S. C.. Participação em banca de Maria Eduarda Ismerio Moreira de Oliveira. Avaliação do efeito citotóxico de piranonaftoquinonas inibidoras de DNA topoisomerases sobre células de leucemia. 2015. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Fundação Oswaldo Cruz.

5.
CATANHO, M.; THOMPSON, C. C.; MIRANDA, A. B.; MARIN, M. F. A.; Passetti, Fabio. Participação em banca de Digo Duque Cambuy. Epidemiologia Genômica de Bodetella pertussis no Brasil. 2014. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

Teses de doutorado
1.
FRANCO, G.; FIETTO, J. L. R.; Passetti, Fabio; RABELO, E. M. L.; WEBER, G.. Participação em banca de Mainá Bitar Lourenço. Genomic and transcriptomic surveys for the study of ncRNAs with a focus on tropical parasites. 2015. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais.

2.
Passetti, Fabio; ROCHA, W. D.; SOUZA, E. M.; WASSEN, R.; OLIVEIRA, A. C.. Participação em banca de Vania Carla Silva Pankievicz. Mecanismos moeculares envolvidos na interação Herbaspirillum seropedicae - gramínea e adoção da planta modelo Setaria viridis para estudos da interação diazotrofos - gramíneas. 2014. Tese (Doutorado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná.

3.
Passetti, F; MOMBACH, J. C. M.; ZIMMER, F. M.; CALEGARI, E. J.; VIZZOTTO, J.. Participação em banca de Éder Maiquel Simão. Dinâmica da transição pré-câncer para câncer: estudo da expressão de vias de manutenção do genoma. 2012. Tese (Doutorado em Física) - Universidade Federal de Santa Maria.

4.
PASSETTI, F.; CRUZ, O. G.; PEDREIRA, C. E.. Participação em banca de Daniel Rodrigues Loureiro. Análise de efeitos fenotípicos de SNPs não sinônimos utilizando técnicas de agrupamento. 2011. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

5.
Passetti, F; de Souza, AB; Abreu, HS; Nardi, NB. Participação em banca de Carolina Lazzarotto Silva. Estudos moleculares de células tronco mesenquimais cultivadas in vitro. 2009. Tese (Doutorado em ONCOLOGIA) - Instituto Nacional de Câncer.

6.
Pereira, L.V.; CAMARGO, A. A.; SILVA, JR., W. A.; CARRARO, D. M.; PASSETTI, F.. Participação em banca de Daniel Onofre Vidal. IDENTIFICAÇÃO EM LARGA ESCALA DE TRANSCRITOS ANTISENSO E GENES COM EXPRESSÃO ALÉLICA DIFERENCIAL UTILIZANDO BANCOS DE DADOS DE SAGE E MPSS. 2009. Tese (Doutorado em Oncologia) - Fundação Antônio Prudente.

Qualificações de Doutorado
1.
Passetti, Fabio; SANTOS, L. M. L.. Participação em banca de Lia Lima Gomes. Genetic diversity of the Mycobacterium tuberculosis Beijing Family in Brazil and Mozambique and relation with infectivity and induction of necrosis in THP-1 cells. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

2.
Passetti, Fabio; MIRANDA, A. B.. Participação em banca de Rafael Mina Piergiorge. Genômica funcional e evolutiva de enzimas análogas intragenômicas em humanos. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

3.
DURHAM, A. M.; PASSETTI, F.; LEONARDI, F. G.. Participação em banca de Igor Bonadio. Desenvolvimento de um arcabouço probabilístico para a predição de genes utilizando Campos Aleatórios Condicionais. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

4.
PASSETTI, F.; VICENTE, A. C. P.. Participação em banca de Monete Rajão Gomes. Sequências repetitivas nos triTryps. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

5.
PASSETTI, F.; VICENTE, A. C. P.. Participação em banca de Rafael Ricardo de Castro Cuadrat. Bioprospecção de PKS no ambiente marinho de Arraial do Cabo. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

6.
PASSETTI, F.; BENTANCOR, G. B.. Participação em banca de Leandro de Mattos Pereira. Análise do perfil de expressão de enzimas iso-funcionais não homólogas. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

7.
BENTANCOR, G. B.; Passetti, Fabio. Participação em banca de Diogo Antonio Tschoeke. Sobre as particuliaridades dos Protozoários: uma abordagem de genômica comparativa. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

8.
Passetti, Fabio; VICENTE, A. C. P.. Participação em banca de Monete Rajão Gomes. As enzimas isofuncionais não-homólogas como potenciais alvos terapêuticos. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

9.
VICENTE, A. C. P.; Passetti, Fabio. Participação em banca de Rafael Ricardo de Castro Cuadrat. Prospecção de policetídeo sintase (PKS) e peptídeo sintase não ribossomais (NRPS) em ambientes aquáticos. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

10.
MORAES, M. O.; Passetti, Fabio. Participação em banca de Jana Afonso Lima de Oliveira. Filogenomica e evolução do metabolismo de carboidratos em Protozoa. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

11.
MORAES, M. O.; PASSETTI, F.. Participação em banca de Felipe Soares Figueiredo. TRepid: Sistema para simular eventos de transposição de TEs em genomas de eucariotos sexuados. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

12.
PASSETTI, F.; MORAES, M. O.. Participação em banca de Márcia Mártyres Bezerra. Construção de bancos de dados biológicos. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

13.
VENCIO, R. Z. N.; DURHAM, A. M.; PASSETTI, F.. Participação em banca de André Yoshiaki Kashiwabara. Estudo sistemático de preditores ab initio de genes codificadores de proteínas. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

Qualificações de Mestrado
1.
Passetti, Fabio; BARBOSA, F. A.. Participação em banca de Edson Silva Machado Filho. ProteinworldDB em uma representação multidimensional da Rede da Vida. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

2.
PASSETTI, F.; BENTANCOR, G. B.; CATANHO, M.. Participação em banca de Grace Santos Tavares. Estudo Computacional de desordem proteica no genoma de Cryptococcus spp. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

3.
PASSETTI, F.; BENTANCOR, G. B.; CATANHO, M.. Participação em banca de Liliane Costa Conteville. Aplicação da Abordagem de Metagenômica na Investigação da Etiologia de Casos não Confirmados de Dengue. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

4.
Passetti, Fabio; MIRANDA, A. B.. Participação em banca de Alexander da Franca Fernandes. AnEnDB: predição computacional e banco de dados para proteínas análogas. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.

5.
Passetti, Fabio; DAVILA, A. M. R.. Participação em banca de Tiana Rosa de Brito. Análise da expressão gênica de RNAm de Mycobacterium leprae em biópsias de pele de pacientes com hanseníase. 2012. Exame de qualificação (Mestrando em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
BOUSKELA, E.; GRANJEIRO, J. M.; Passetti, Fabio. Concurso Fiocruz edital 2016 - Pesquisador em Saúde Pública - Perfil PE5004 - Bioimageamento e Biologia Estrutural. 2017. Fundação Oswaldo Cruz.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
9th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2013). SpliceProt: a protein sequence repository of predicted human splice variants. 2013. (Congresso).

2.
8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2013). Development of a computational approach to translate in silico splicing variants detected in the human transcriptome. 2012. (Congresso).

3.
Reunião BrProt - Sociedade Brasileira de Proteômica.Development of a computational approach to translate in silico splicing variants detected in the human transcriptome. 2012. (Simpósio).

4.
7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2011). Development of a computational approach to translate in silico splice variants detected in the human transcriptome: preliminary results. 2011. (Congresso).

5.
6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2010). 2010. (Congresso).

6.
International Workshop on Genomic Databases.International Workshop on Genomic Databases electrophoresis experiments for collaborative projects. 2010. (Oficina).

7.
5th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2009). Identical sequence patterns in the ends of exons and introns of human genes. 2009. (Congresso).

8.
4th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2008). 2008. (Congresso).

9.
3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2007). Ternary matrix: an innovative approach to integrate genomic and proteomic data. 2007. (Congresso).

10.
International Workshop on Genomic Databases.Ternary matrices: a new platform to integrate genomic and proteomic data. 2007. (Oficina).

11.
2nd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-meeting 2006). 2006. (Congresso).

12.
II International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. Alternative splicing and protein structure: a preliminary analysis. 2004. (Congresso).

13.
International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. Functional implications of alternative splicing events in the human proteome. 2003. (Congresso).

14.
XII Semana Farmacêutica.Bioinformática na área ligada à genética. 2003. (Encontro).

15.
XIII Encontro da Semana da Biologia da UNESP de Rio Claro.Bioinformática. 2002. (Encontro).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
CATANHO, M. ; CURVO, P. ; Passetti, Fabio . Bioinformatics Analysis of RNA-Seq Data. 2018. (Outro).

2.
PASSETTI, F.; ALVES, F. . International Course on Theoretical and Applied Aspects of Systems Biology. 2016. (Outro).

3.
FRANCO, G. ; Durham, Alan ; LEMKE, N. ; BRANDAO, M. ; GRYNBERG, P. ; Passetti, F . X-meeting 2016. 2016. (Congresso).

4.
FRANCO, G. ; Durham, Alan ; CAMPOS, S. ; BRANDAO, M. ; LEMKE, N. ; GRYNBERG, P. ; PASSETTI, F. ; BITAR, M. ; SCHERER, N. ; FUJITA, A. ; GRUBER, A. ; HASHIMOTO, R. F. . X-meeting 2015. 2015. (Congresso).

5.
OLIVEIRA, G. ; GALANTE, P. A. F. ; FRANCO, G. ; Passetti, F ; DURHAM, A. M. ; SILVA JR., F. . ISCB-LA/X-meeting 2014. 2014. (Congresso).

6.
Passetti, Fabio; CARVALHO, B. ; OLIVEIRA, G. . RNA-Seq analysis using Bioconductor. 2013. (Outro).

7.
Passetti, F; WAJNBERG, G. ; JORGE, N. A. N. ; Tavares, Raphael ; PINA, J. L. S. ; CARVALHO, P. D. ; SCHERER, N. M. . Uso de ferramentas de bioinformática para pesquisa em câncer (durante o Curso de Inverno da Fiocruz 2013). 2013. (Outro).

8.
OLIVEIRA, G. ; SETUBAL, J. C. ; ALMEIDA, N. F. ; ISEPPON, A. B. ; GUIMARAES, K. S. ; FONSECA, P. G. S. ; BALBINO, V. ; SILVA JR., F. ; FRANCO, G. ; Passetti, Fabio ; GALANTE, P. A. F. . X-meeting 2013. 2013. (Congresso).

9.
OLIVEIRA, G. ; GIACHETTO, P. F. ; YAMAGISHI, M. E. B. ; PEREIRA, G. A. G. ; CARAZZOLLE, M. F. ; SOBREIRA, T. J. P. ; PASSETTI, F. ; SILVA JR., W. ; GALANTE, P. ; FRANCO, G. . X-meeting 2012. 2012. (Congresso).

10.
Passetti, F; Tavares, Raphael ; JORGE, N. A. N. ; WAJNBERG, G. ; SOUSA, G. L. S. C. ; Pinho, M.B. ; SCHERER, N. M. . O uso de ferramentas de Bioinformática para a inovação científica em Oncologia (durante o IV Curso de Verão em Pesquisa em Oncologia do INCA). 2012. (Outro).

11.
OLIVEIRA, G. ; COLLADO-VIDES, J. ; PORTO, L. M. ; PEDROSA, F. ; SILVA JR., W. ; FRANCO, G. ; PASSETTI, F. ; GALANTE, P. . X-meeting 2011. 2011. (Congresso).

12.
Passetti, Fabio; JORGE, N. A. N. ; Tavares, Raphael ; WAJNBERG, G. ; FOLADOR, E. L. ; SCHERER, N. M. . I Curso Prático De Introdução À Programação Para Bioinformática. 2011. (Outro).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Aruana Fagundes Fiuza Hansel. Caracterização de RNAs após o tratamento com puromicina ou cicloheximida em células-tronco mesenquimais derivadas de tecido adiposo humano. Início: 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Coorientador).

2.
Vinícius da Silva Coutinho Parreira. Análise da atuação do mecanismo da via NMD em variantes por splicing alternativo no transcriptoma humano por uma abordagem de bioinformática. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Bioinformática) - Universidade Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Coorientador).

Tese de doutorado
1.
Letícia Graziela Costa Santos. Identificação Computacional de Proteínas Oriundas de Eventos por Splicing Alternativo Ortólogas Entre Humano e Camundongo. Início: 2019. Tese (Doutorado em BIOCIÊNCIAS E BIOTECNOLOGIA EM SAÚDE) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

2.
Esdras Matheus Gomes da Silva. Desenvolvimento de uma abordagem proteogenômica para identificação de variantes de aminoácido único em diferentes modelos biológicos. Início: 2018. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Esdras Matheus Gomes da Silva. Análise comparativa da diversidade de splicing alternativo no proteoma do cérebro humano e murino. 2018. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Fabio Passetti.

2.
Mayla Abrahim Costa. Análise do perfil de expressão de piRNA e snoRNA em diferentes subtipos de câncer de tireóide. 2017. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Fabio Passetti.

3.
Gabriel Wajnberg. Análise de variação do número de cópias de genes em câncer de bexiga. 2013. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz, FIOCRUZ. Orientador: Fabio Passetti.

4.
Natasha Andressa Nogueira Jorge. SncSeq: um pipeline para análise de dados de sequenciamento de segunda geração de pequenos RNAs não-codificantes. 2013. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Instituto Oswaldo Cruz, FIOCRUZ. Orientador: Fabio Passetti.

5.
Raphael Tavares da Silva. Desenvolvimento de uma abordagem computacional para a tradução in silico de variantes de splicing detectadas no transcriptoma humano. 2012. Dissertação (Mestrado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Fabio Passetti.

Tese de doutorado
1.
Thais Guimarães Martins. Análise da diversidade de splicing alternativo no proteoma de doenças neurodegenerativas. 2019. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Fabio Passetti.

2.
Deborah Antunes dos Santos. Searching for TPP riboswitch in the human genome and comparison with others from different species. 2018. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Fabio Passetti.

3.
Natasha Andressa Nogueira Jorge. Utilização de rnas não codificadores pequenos na distinção de amostras humanas de câncer de pulmão e de células do sangue. 2017. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Fabio Passetti.

4.
Gabriel Wajnberg. O impacto de pequenas deleções genômicas em domínios protéicos identificadas a partir de dados de rna-seq de amostras de pacientes de adenocarcinoma de pulmão. 2017. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Fabio Passetti.

5.
Raphael Tavares da Silva. nálise de variantes de splicing em homem e camundongo por uma abordagem de proteogenômica. 2016. Tese (Doutorado em Biologia Computacional e Sistemas) - Fundação Oswaldo Cruz, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Fabio Passetti.

Monografia de conclusão de curso de aperfeiçoamento/especialização
1.
Raphael Tavares da Silva. Análise por Bioinformática sequências repetidas nos sítios de splice no transcriptoma humano. 2010. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Oncologia) - Instituto Nacional de Câncer. Orientador: Fabio Passetti.

2.
Cristiny Gomes Hozumi. Construção de um banco de dados para uma nova fase da farmacogenômica: associação de proteínas-alvo de fármacos e eventos de splicing alternativo. 2009. Monografia. (Aperfeiçoamento/Especialização em Especialização em Oncologia) - Instituto Nacional de Câncer, Ministério da Saúde. Orientador: Fabio Passetti.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Raphael Tavares da Silva. Análise por Bioinformática de sequências repetidas nos sítios de splice no transcriptoma humano. 2009. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Biomedicina) - Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro. Orientador: Fabio Passetti.

Iniciação científica
1.
Fernanda Cristina Medeiros de Oliveira. Desenvolvimento de uma abordagem inovadora para a análise do impacto de polimorfismos de sequência encontrados no genoma humano em domínios proteico. 2017. Iniciação Científica - Fundação Oswaldo Cruz, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Fabio Passetti.

2.
Jéssica Noronha Blanco. Caracterização e frequência de variações de nucleotídeo único em regiões alco de miRNAs em câncer colorretal. 2017. Iniciação Científica - Fundação Oswaldo Cruz, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Fabio Passetti.

3.
Natasha Andressa Nogueira Jorge. Desenvolvimento de uma metodologia de Bioinformática para a busca de eventos de riboswitch de TPP no transcriptoma humano. 2008. Iniciação Científica. (Graduando em Biomedicina) - Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Fabio Passetti.

4.
Ana Carolina Dantas. Validação experimental de eventos de splicing alternativo do gene GBP2 humano em culturas de células humanas. 2008. Iniciação Científica. (Graduando em Biomedicina) - Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Fabio Passetti.

Orientações de outra natureza
1.
Gabriel Lira Espindola Mendes. Desenvolvimento de uma abordagem compuacional para análise de proteomas. 2012. Orientação de outra natureza - Instituto Nacional de Câncer, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Fabio Passetti.

2.
Cristóvão Freitas Iglesias Junior. Construção de Banco de Dados de Protocolos de Experimentos de Predição de Estrutura. 2012. Orientação de outra natureza. (Ciências Biológicas: Biofísica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro. Orientador: Fabio Passetti.

3.
Edson Luiz Folador. Análise proteômica da linhagem celular tumoral de mama HCC1954. 2009. Orientação de outra natureza - Instituto Nacional de Câncer, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Fabio Passetti.

4.
Gabriel Yves Langlois Renaud. Análise proteômica e uma abordagem para montar o genoma da linhagem celular tumoral de mama HCC1954. 2009. Orientação de outra natureza - Instituto Nacional de Câncer, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Fabio Passetti.

5.
Marcos Barcelos de Pinho. Análise de experimentos de microarray. 2008. Orientação de outra natureza - Instituto Nacional de Câncer. Orientador: Fabio Passetti.

6.
Pedro Ernesto Mary Neves. Desenvolvimento de uma plataforma para a Internet de dados biológicos utilizando a plataforma Adobe Flex. 2007. Orientação de outra natureza - Instituto Nacional de Câncer, Ministério da Saúde. Orientador: Fabio Passetti.



Inovação



Patente
1.
 PASSETTI, F.; OLIVEIRA, P. S. L. ; FARAH, J. ; DOBROFF, V. S. ; GARCIA, M. ; PEREIRA, C. A. B. ; ARAÚJO, F. E. S. ; Ferreira, Carlos Gil . Computerimplementiertes Verfahren zur Suche von in mindestens einer Datenbank gespeicherten molekularbiologischen Informationen. 2008, Suiça.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: 699132, título: "Computerimplementiertes Verfahren zur Suche von in mindestens einer Datenbank gespeicherten molekularbiologischen Informationen" , Instituição de registro: Swiss Federal Institute of Intellectual Property. Depósito: 20/11/2008; Depósito PCT: 20/11/2008; Concessão: 15/02/2013.

2.
 PASSETTI, F.; OLIVEIRA, P. S. L. ; FARAH, J. ; DOBROFF, V. S. ; GARCIA, M. ; PEREIRA, C. A. B. ; ARAÚJO, F. E. S. . USO DE UMA MATRIZ TERNÁRIA COMO ADAPTADOR DE INFORMAÇÕES BIOLÓGICAS MOLECULARES, E, MÉTODO DE CONSULTA E VISUALIZAÇÃO DE INFORMAÇÕES BIÓLOGICAS MOLECULARES ARMAZENADAS EM PELO MENOS UMA BASE DE DADOS. 2007, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: PI0703888, título: "USO DE UMA MATRIZ TERNÁRIA COMO ADAPTADOR DE INFORMAÇÕES BIOLÓGICAS MOLECULARES, E, MÉTODO DE CONSULTA E VISUALIZAÇÃO DE INFORMAÇÕES BIÓLOGICAS MOLECULARES ARMAZENADAS EM PELO MENOS UMA BASE DE DADOS" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 15/05/2007; Concessão: 06/01/2009.



Educação e Popularização de C & T



Livros e capítulos
1.
Passetti, Fabio; Jorge, Natasha Andressa Nogueira ; Durham, Alan . Using Bioinformatics Tools to Study the Role of microRNA in Cancer. In: Ronald Trent. (Org.). Clinical Bioinformatics (Methods in Molecular Biology, vol. 1168). 2ed.New York: Springer New York, 2014, v. 1, p. 99-116.


Cursos de curta duração ministrados
1.
Passetti, Fabio; SCHERER, NICOLE M. ; Tavares, Raphael ; JORGE, N. A. N. ; WAJNBERG, G. ; SOUSA, G. L. S. C. ; Pinho, M.B. . O uso de ferramentas de Bioinformática para a inovação científica em Oncologia (durante o IV Curso de Verão Pesquisa em Oncologia INCA). 2012. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

2.
PASSETTI, F.; SCHERER, N. ; Folador, Edson Luiz ; SILVA, R. T. ; JORGE, N. A. N. ; WAJNBERG, G. ; SOUSA, G. L. S. C. ; Pinho, M.B. . I CURSO PRÁTICO DE INTRODUÇÃO À PROGRAMAÇÃO PARA BIOINFORMÁTICA. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

3.
PASSETTI, F.. Bioinformática (14o Encontro Nacional de Biomedicina). 2011. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Passetti, Fabio; CARVALHO, B. ; OLIVEIRA, G. . RNA-Seq analysis using Bioconductor. 2013. (Outro).

2.
Passetti, F; WAJNBERG, G. ; JORGE, N. A. N. ; Tavares, Raphael ; PINA, J. L. S. ; CARVALHO, P. D. ; SCHERER, N. M. . Uso de ferramentas de bioinformática para pesquisa em câncer (durante o Curso de Inverno da Fiocruz 2013). 2013. (Outro).

3.
Passetti, F; Tavares, Raphael ; JORGE, N. A. N. ; WAJNBERG, G. ; SOUSA, G. L. S. C. ; Pinho, M.B. ; SCHERER, N. M. . O uso de ferramentas de Bioinformática para a inovação científica em Oncologia (durante o IV Curso de Verão em Pesquisa em Oncologia do INCA). 2012. (Outro).

4.
Passetti, Fabio; JORGE, N. A. N. ; Tavares, Raphael ; WAJNBERG, G. ; FOLADOR, E. L. ; SCHERER, N. M. . I Curso Prático De Introdução À Programação Para Bioinformática. 2011. (Outro).



Outras informações relevantes


1. Bolsista do Programa Especial de Treinamento - PET/CAPES - no período de 02/1997 a 01/2000. 

2. Projeto de pesquisa contemplado no Edital MCT/CNPq/CT-Saúde/MS/SCTIE/DECIT Nº 35/2008 (Câncer) no valor de R$ 228.194,64.

3. Projeto de pesquisa contemplado no Edital FAPERJ APQ1 2012/1 no valor de R$ 11.000,00.



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