Leandro Martínez

Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 2

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  • Última atualização do currículo em 22/10/2018


Bacharel em Quimica, Mestre em Ciencias e Doutor em Fisico-Quimica pela Universidade Estadual de Campinas. Fez pós-doutorado na Unidade de Bioinformática Estrutural do Instituto Pasteur em Paris, e na Unicamp. Tem experiência em Química Teórica e Computacional. Estuda a biofisica de proteinas, em particular de receptores nucleares, e possui experiência na aplicação de métodos de otimização a problemas de química e biologia computacional. Foi docente no Instituto de Física de São Carlos da Universidade de São Paulo de 2010 a 2012. Atualmente é docente no Instituto de Química da Unicamp. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Leandro Martínez
Nome em citações bibliográficas
Martínez, L.;MARTÍNEZ, LEANDRO;MARTINEZ, LEANDRO;MART''NEZ, LEANDRO

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Química.
Cidade Universitária Zeferino Vaz
Barão Geraldo
13083970 - Campinas, SP - Brasil - Caixa-postal: 6154
Telefone: (19) 35213107
URL da Homepage: http://leandro.iqm.unicamp.br


Formação acadêmica/titulação


2003 - 2008
Doutorado em Química.
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Título: Simulações de Dinâmica Molecular dos Receptores do Hormônio Tireoideano, Ano de obtenção: 2008.
Orientador: Munir S. Skaf / Igor Polikarpov (co-orientador).
Bolsista do(a): Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
2002 - 2003
Mestrado em Química.
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Título: Estudo Computacional dos Mecanismos de Dissociação do Hormônio Tireoideano de Seu Receptor Nuclear,Ano de Obtenção: 2003.
Orientador: Munir S. Skaf e Igor Polikarpov.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: dinamica molecular; hormonio tireoideano; desnaturacao; receptores nucleares; acido retinoico.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Química / Subárea: Físico-Química / Especialidade: Dinamica Molecular.
1998 - 2002
Graduação em Bacharelado em Quimica.
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.


Pós-doutorado


2017 - 2017
Pós-Doutorado.
University of York, YORK, Inglaterra.
2007 - 2009
Pós-Doutorado.
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Química / Subárea: Físico-Química / Especialidade: Dinamica Molecular.
2007 - 2008
Pós-Doutorado.
Instituto Pasteur - França, IPF, França.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Vínculo institucional

2012 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2003 - 2007
Vínculo: Bolsista de Doutorado, Enquadramento Funcional: Instrutor com Docencia Plena, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Bolsista de Doutorado do Programa de Bolsas para Instrutores Graduados. Responsavel por ministrar semestralmente cursos de graduacao na Unicamp com docencia plena. Aluno de Doutorado.

Atividades

01/2017 - Atual
Ensino, Química, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
QG107 - Química Geral para Biologia
QF531 - Físico-Química II
08/2013 - Atual
Ensino, Doutorado em Química, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
QP124 - Introdução à Química Quântica e à Espectroscopia
QP433 - Termodinâmica Estatística - Fundamentos e Aplicações
QP832 - Fundamentos Computacionais de Simulação em Química
07/2012 - Atual
Ensino, Química, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
QF536 - Química Quântica
QF632 - Laboratório de Físico-Química I
QF636 - Introdução à Espectroscopia e à Termodinâmica Estatística
QF952 - Físico-Química Experimental
QG100 - Química Geral para Engenharias
QG104 - Química para Geografia e Geologia
QP832 - Fundamentos Computacionais de Simulação em Química
08/2003 - 07/2007
Ensino, Cursos de Exatas e Tecnológicas / Unicamp, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
QF632 - Físico-Química Experimental I (2S/2006 - Química)
QG100 - Química Geral (2S/2003 - Eng. Elétrica e Mecatrônica; 1S/2004 - Eng. Mecatrônica)
QG109 - Química Geral Experimental (2S/03 - Química Tecnológica)
QG102 - Química Geral Experimental (2S/2004 - Eng. Química e Física)
QG101 - Química Geral Teórica (1S/2005 e 1S/2007 - Física; 1S/2006 - Eng. Química e Eng. Alimentos)
QO622 - Química Orgânica Experimental II (2S/2005 - Química)

Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

2010 - 2012
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Professor Doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

07/2010 - 12/2012
Ensino, Ciências Físicas Biomoleculares, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
SFI5854 - Termodinâmica de Sistemas Biológicos
07/2010 - 07/2012
Ensino, Física, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
FCM0184 - Laboratório de Física Geral III
FCM0200 - Física Geral I
FFI0335 - Fisica Geral III
FFI0800 - Laboratório de Física Geral I


Projetos de pesquisa


2018 - Atual
Determinação de estruturas de proteínas usando restrições de distância obtidas de experimentos de ligação cruzada: métodos computacionais e aplicações
Descrição: Métodos de modelagem molecular fazem parte das estratégias para a determinação de estruturas de proteínas, independentemente do uso de dados experimentais. A modelagem possui um papel maior ou menor na determinação das estruturas, em função da resolução dos dados experimentais. Quando os experimentos provém informação estrutural muito precisa, os métodos de modelagem são usados apenas para o ajuste de conformacional de pequenos fragmentos da estrutura. Isto é o que acontece com frequência na determinação de estruturas por cristalografia de raios-X. Por outro lado, quando a informação estrutural possui resolução menor, a modelagem assume um papel central. Métodos de modelagem são ferramentas intrínsecas da determinação de estruturas por RMN, criomicroscopia eletrônica, ou a partir de dados ainda menos precisos, como de espalhamento de raios-X a baixo ângulo e dicroísmo circular. Mais recentemente, experimentos de ligação cruzada analisados por espectrometria de massas têm sido desenvolvidos para a obtenção de restrições distância que podem ser, em princípio, usadas para auxiliar a determinação de estruturas tridimensionais. Estes dados têm sido úteis na determinação da posição relativa de estruturas em complexos proteicos, mas seu uso na determinação de estruturas terciárias ainda não é bem sucedido. Neste projeto, propomos o desenvolvimento de uma série de metodologias computacionais que visam responder às limitações da informação obtida por ligação cruzada/espectrometria de massas para a determinação de estruturas terciárias de proteínas. Protocolos de modelagem, campos de força, e métodos estatísticos de classificação e análise de dados são propostos, levando em consideração a natureza estrutural e a resolução específica destas restrições..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2010 - 2012
Estrutura, dinâmica e função em proteínas: simulação computacional e desenvolvimento de algoritmos.
Descrição: O número de estruturas proteicas determinadas experimentalmente, seja por cristalografia ou por ressonância magnética nuclear, tem crescido exponencialmente. Estas estruturas fornecem bases moleculares para a compreensão de mecanismos biofísicos, e assim têm importância fundamental na biologia e biofísica modernas. No entanto, são conformações médias em torno das estruturas mais estáveis nas condições experimentais. Em uma grande parte dos sistemas, estruturas médias ou de energia mínima não são suficientes para a elucidação de mecanismos. Muitas vezes, nem mesmo aspectos estruturais são plenamente compreendidos, pois as interações em nível molecular têm uma complexidade e riqueza insuspeitadas. As relações entre estrutura, dinâmica e função de proteínas são o cerne deste projeto de trabalho. O objetivo é identificar, em sistemas de interesse biológico, problemas nos quais os dados experimentais são insuficientes para uma compreensão funcional. Metodologias computacionais serão usadas, e desenvolvidas, para a abordagem de problemas específicos, sendo Simulações de Dinâmica Molecular uma das componentes metodológicas essenciais. Entre as metodologias já em desenvolvimento destacam-se a amostragem de trajetórias fora do equilíbrio visando o tratamento mecânico-estatístico de eventos raros em sistemas biomoleculares e a identificação funcional por mecanismos de redistribuição de energia vibracional. Os sistemas de interesse imediato são: Receptores Nucleares Hormonais, Mutações de Hemoglobina Humana, Toxinas de Antraz e Estabilidade de Proteínas em Solventes Supercríticos e Enzimas associadas à degradação de celulose. O objetivo deste projeto é dar subsídios materiais para o estabelecimento de um grupo de pesquisa em modelagem computacional de proteínas no Instituto de Física de São Carlos da USP, instituição de grande tradição tradição em estudos experimentais biofísicos e estruturais de proteínas diversas..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (3) Doutorado: (1) .
Integrantes: Leandro Martínez - Coordenador.Financiador(es): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo - Auxílio financeiro.


Revisor de periódico


2007 - Atual
Periódico: IEEE Transactions on Evolutionary Computation
2008 - Atual
Periódico: Journal of Physical Chemistry
2008 - Atual
Periódico: Journal of Computational Chemistry
2012 - Atual
Periódico: International Journal of Quantum Chemistry
2012 - Atual
Periódico: Journal of the American Chemical Society (Print)
2012 - Atual
Periódico: Journal of the Brazilian Chemical Society (Impresso)
2013 - Atual
Periódico: Desalination and Water Treatment (Print)
2013 - Atual
Periódico: PCCP. Physical Chemistry Chemical Physics (Print)
2013 - Atual
Periódico: Journal of Molecular Graphics & Modelling
2013 - Atual
Periódico: Brazilian Journal of Physics (Impresso)
2014 - Atual
Periódico: Journal of Chemical Information and Modeling
2015 - Atual
Periódico: Computational and Applied Mathematics
2015 - Atual
Periódico: Langmuir
2017 - Atual
Periódico: ACS Omega
2018 - Atual
Periódico: Chemical Physics Letters (Print)


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Química / Subárea: Físico-Química/Especialidade: Biofisica de Proteinas.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Química / Subárea: Físico-Química/Especialidade: Química Teórica.


Idiomas


Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Inglês
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.
Francês
Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Pouco.


Prêmios e títulos


2018
Professor Homenageado - Formandos dos Cursos de Química Diurno - 2S/2017, Instituto de Química - UNICAMP.
2018
Professor Homenageado - Formandos dos Cursos de Química Diurno - 1S/2018, Instituto de Química - UNICAMP.
2017
Professor Homenageado - Formandos do curso de Química Diurno 2S/2016, Instituto de Química - UNICAMP.
2015
Paraninfo dos formados do curso de Química (Diurno) - 1S/2015, Instituto de Química - UNICAMP.
2008
Capa da revista Molecular Endocrinology para o artigo "Ligand dissociation from estrogen receptor is mediated by receptor dimerization: Evidence from molecular dynamics simulations", Molecular Endocrinology.
2005
Best Poster Award ("Molecular Dynamics Simulations of Thyroid Hormone Receptors"), Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology.
2002
Premio Lavoisier: Melhor aluno do bacharelado em Quimica., Conselho Regional de Quimica, IV Regiao..
2001
Menção Honrosa ao Painel "Simulação por dinâmica molecular do hormônio tireoideano em soluções aquosas de uréia", Simpósio Brasileiro de Química Teórica.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:54
Total de citações:2430
Fator H:17
Martinez, Leandro  Data: 22/10/2018

Artigos completos publicados em periódicos

1.
DOS SANTOS, RICARDO N2018DOS SANTOS, RICARDO N ; FERRARI, ALLAN J R ; DE JESUS, HUGO C R ; GOZZO, FÁBIO C ; MORCOS, FARUCK ; MARTÍNEZ, LEANDRO . Enhancing protein fold determination by exploring the complementary information of chemical cross-linking and coevolutionary signals. BIOINFORMATICS, v. 34, p. 2201-2208, 2018.

2.
LOPEZ, ALVARO J.2018LOPEZ, ALVARO J. ; MARTÍNEZ, LEANDRO . Parametric models to compute tryptophan fluorescence wavelengths from classical protein simulations. JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY, v. 39, p. 1249-1258, 2018.

3.
MARTÍNEZ, LEANDRO2018MARTÍNEZ, LEANDRO. Measuring the conductivity of very dilute electrolyte solutions, drop by drop. QUIMICA NOVA, v. 41, p. 814-817, 2018.

4.
CENSONI, LUCIANO2017CENSONI, LUCIANO ; MUNIZ, HELOISA DOS SANTOS ; MARTÍNEZ, LEANDRO . A network model predicts the intensity of residue-protein thermal coupling. BIOINFORMATICS, v. 33, p. 2106-2113, 2017.

5.
DE OLIVEIRA, IVAN PIRES2017DE OLIVEIRA, IVAN PIRES ; JARA, GABRIEL ERNESTO ; MARTÍNEZ, LEANDRO . Molecular mechanism of activation of Burkholderia cepacia lipase at aqueous-organic interfaces. PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS, v. 19, p. 31499-31507, 2017.

6.
MARTÍNEZ, LEANDRO2017 MARTÍNEZ, LEANDRO; SHIMIZU, SEISHI . Molecular Interpretation of Preferential Interactions in Protein Solvation: A Solvent-Shell Perspective by Means of Minimum-Distance Distribution Functions. Journal of Chemical Theory and Computation, v. 13, p. 6358-6372, 2017.

7.
JARA, GABRIEL ERNESTO2016JARA, GABRIEL ERNESTO ; MARTINEZ, LEANDRO . Anthrax Edema Factor: An Ion-Adaptive Mechanism of Catalysis with Increased Transition State Conformational Flexibility. Journal of Physical Chemistry. B, v. 120, p. 6504-6514, 2016.

8.
Oliveira, I. P.2016Oliveira, I. P. ; Martínez, L. . Molecular basis for competitive solvation of the Burkholderia cepacia lipase by sorbitol and urea. PCCP. Physical Chemistry Chemical Physics (Print), v. 18, p. 21797-21808, 2016.

9.
Martínez, L.2015Martínez, L.. Automatic Identification of Mobile and Rigid Substructures in Molecular Dynamics Simulations and Fractional Structural Fluctuation Analysis. Plos One, v. 10, p. e0119264, 2015.

10.
Batista, M. R. B.2015Batista, M. R. B. ; Martínez, L. . Conformational Diversity of the Helix 12 of the Ligand Binding Domain of PPARγ and Functional Implications. Journal of Physical Chemistry. B, v. 119, p. 15418-15429, 2015.

11.
SOUZA, P.C.T.2014SOUZA, P.C.T. ; PUHL, A.C. ; Martínez, L. ; APARÍCIO, R. ; NASCIMENTO, A.S. ; FIGUEIRA, A.C.M. ; Nguyen, P. ; Webb, P. ; SKAF, M.S ; Polikarpov, I. . Identification of a New Hormone-Binding Site on the Surface of Thyroid Hormone Receptor. Molecular Endocrinology (Baltimore, Md.), v. 28, p. 534-545, 2014.

12.
Martínez, L.2014Martínez, L.. Introducing the Levinthal?s Protein Folding Paradox and Its Solution. Journal of Chemical Education, v. 91, p. 1918-1923, 2014.

13.
Birgin, E. G.2013Birgin, E. G. ; Martinez, J. M. ; Martínez, L. ; Rocha, G. B. . Sparse projected-gradient method as a linear-scaling low-memory alternative to diagonalization in self-consistent field electronic structure calculations. Journal of Chemical Theory and Computation, v. 9, p. 1043-1051, 2013.

14.
LIMA, LEONARDO H. F.2013LIMA, LEONARDO H. F. ; SERPA, VIVIANE I. ; ROSSETO, FLÁVIO R. ; SARTORI, GERALDO RODRIGUES ; OLIVEIRA NETO, MARIO ; MARTÍNEZ, LEANDRO ; Polikarpov, Igor . Small-angle X-ray scattering and structural modeling of full-length: cellobiohydrolase I from Trichoderma harzianum. Cellulose (London), v. 20, p. 1573-1585, 2013.

15.
Batista, M. R. B.2013 Batista, M. R. B. ; Martínez, L. . Dynamics of Nuclear Receptor Helix-12 Switch of Transcription Activation by Modeling Time-Resolved Fluorescence Anisotropy Decays. Biophysical Journal (Print), v. 105, p. 1670-1680, 2013.

16.
Jorge, S. E. D. C2012Jorge, S. E. D. C ; Petruk, A. A. ; Kimura, E. M. ; Oliveira, D. M. ; Caire L. ; Suemasu, C. N. ; Silveira, P. A. A. ; Albuquerque D. M. ; Costa, F. F. ; Skaf, M. S. ; Martínez, L. ; Sonati, M. F. . Hb S-São Paulo: a new sickling hemoglobin with stable polymers and decreased oxygen affinity. Archives of Biochemistry and Biophysics (Print), v. 519, p. 23-31, 2012.

17.
Liberato, M. V.2012Liberato, M. V. ; Nascimento, A. S. ; Ayers, S. D. ; Lin, J. H. ; Silveira, R. L. ; Martínez, L. ; Souza, P. C. T. ; Saidenberg, D. M. ; Deng, T. ; Amato, A. A. ; Togashi, M. ; Hsueh, W. A. ; Phillips, K. ; Palma, M. S. ; Neves, F. A. R. ; Skaf, M. S. ; Webb, P. ; Polikarpov, I. . Medium Chain Fatty Acids are Selective Peroxisome Proliferator Activated Receptor-gamma Activators and Pan-PPAR Partial Agonists. Plos One, v. 7, p. e36297, 2012.

18.
Silveira, R. L.2012Silveira, R. L. ; Martínez, J. ; Skaf, M. S. ; Martínez, L. . Enzyme Microheterogeneous Hydration and Stabilization in Supercritical Carbon Dioxide. Journal of Physical Chemistry. B, v. 116, p. 5671-5678, 2012.

19.
Laine, E.2012Laine, E. ; Martínez, L. ; Ladant, D. ; Malliavin, T. E. ; Blondel, A. . Functional Molecular Motions in Edema Factor of Anthrax Toxin: a Structural and Energetic Interplay to Target for Drug Design. Toxins, v. 4, p. 580-604, 2012.

20.
Hansson, A.2011Hansson, A. ; Souza, P. C. T. ; Silveira, R. L. ; Martínez, L. ; Skaf, M. S. . CHARMM Force Field Parameterization of Rosiglitazone. International Journal of Quantum Chemistry, v. 111, p. 1346-1354, 2011.

21.
Mondego, J. M. C.2011Mondego, J. M. C. ; Duarte, M. P. ; Kiota, E. ; Martínez, L. ; Camargo, S. R. ; Caroli, F. P. ; Alves, B. S. C. ; Guerreiro, S. M. C. ; Oliva, M. L. ; Guerreiro-Filho, O. ; Menossi, M. . Molecular characterization of a miraculin-like gene differentially expressed during coffee development and coffee leaf miner infestation. Planta (Heidelberg, v. 233, p. 123-137, 2011.

22.
Figueira, A. C. M.2011Figueira, A. C. M. ; Saidenberg, D. M. ; Souza, P. C. T. ; Martínez, L. ; Scanlan, T. S. ; Baxter, J. D. ; Skaf, M. S. ; Palma, M. S. ; Webb, P. ; Polikarpov, I. . Analysis of agonist and antagonist effects on Thyroid Receptor conformation by Hydrogen/Deuterium-exchange. Molecular Endocrinology (Baltimore, Md.), v. 25, p. 15-31, 2011.

23.
Martínez, L.;MARTÍNEZ, LEANDRO;MARTINEZ, LEANDRO;MART''NEZ, LEANDRO2011Martínez, L.; Malliavin, T. E. ; Blondel, A. . Mechanism of reactant and product dissociation from the Anthrax Edema Factor: a Locally Enhanced Sampling and Steered Molecular Dynamics Study. Proteins (Print), v. 79, p. 1649-1661, 2011.

24.
Souza, P. C. T.2011Souza, P. C. T. ; Barra, G. B. ; Velasco, L. F. R. ; Ribeiro, I. C. J. ; Simeoni, L. A. ; Togashi, M. ; Webb, P. ; Neves, F. A. R. ; Skaf, M. S. ; Martínez, L. ; Polikarpov, I. . Helix 12 dynamics and thyroid hormone receptor´s activity: experimental and molecular dynamics studies of Ile280 mutants. Journal of Molecular Biology, v. 412, p. 882-893, 2011.

25.
Bleicher, L.2011Bleicher, L. ; Prates, E. ; Gomes, T. ; Silveira, R. L. ; Nascimento, A. S. ; Rojas, A. ; Golubev, A. ; Martínez, L. ; Skaf, M. S. ; Polikarpov, I. . Molecular basis of the thermostability and thermophilicity of laminarinases: X-ray structure of the hyperthermostable laminarinase from Rhodothermus marinus and molecular dynamics simulations. Journal of Physical Chemistry. B, v. 115, p. 7940-7949, 2011.

26.
Martínez, L.;MARTÍNEZ, LEANDRO;MARTINEZ, LEANDRO;MART''NEZ, LEANDRO2011Martínez, L.; Figueira, A. C. M. ; Polikarpov, I. ; Skaf, M. S. . Mapping the Intramolecular Vibrational Energy Flow in Proteins Reveals Functionally Important Residues. Journal of Physical Chemistry Letters, v. 2, p. 2073-2078, 2011.

27.
Duclert-Savatier, N.2011Duclert-Savatier, N. ; Martínez, L. ; Nilges, M. ; Malliavin, T. E. . The redundancy of NMR restraints can be used to accelerate the unfolding behavior of an SH3 domain during molecular dynamics simulations. BMC Structural Biology (Online), v. 11, p. 46, 2011.

28.
Francisco, J. B.2011Francisco, J. B. ; Martinez, J. M. ; Martínez, L. ; Pisnitchenko, F . Inexact restoration method for minimization problems arising in electronic structure calculations. Computational Optimization and Applications, v. 50, p. 555-590, 2011.

29.
Araujo, Alexandre Suman2010Araujo, Alexandre Suman ; Martínez, L. ; Paula Nicoluci, Ricardo ; Skaf, Munir S. ; Polikarpov, Igor . Structural modeling of high-affinity thyroid receptor ligand complexes. European Biophysics Journal, v. 39, p. 1523-1536, 2010.

30.
Laine, E.2010Laine, E. ; Martínez, L. ; Blondel, A. ; Malliavin, T. E. . Activation of the edema factor of Bacillus anthracis by calmodulin: Evidence of an interplay between the EF-calmodulin interaction and calcium binding. Biophysical Journal (Print), v. 99, p. 2264-2272, 2010.

31.
Andreani, R.2009Andreani, R. ; Martinez, J. M. ; Martínez, L. ; Yano, F. . Low Order-Value Optimization and applications. Journal of Global Optimization, v. 43, p. 1-22, 2009.

32.
Martínez, L.;MARTÍNEZ, LEANDRO;MARTINEZ, LEANDRO;MART''NEZ, LEANDRO2009 Martínez, L.; Andrade, R. ; Birgin, E. G. ; Martinez, J. M. . PACKMOL: A package for building initial configurations for molecular dynamics simulations. Journal of Computational Chemistry, v. 30, p. 2157-2164, 2009.

33.
Martínez, L.2009Martínez, L.; Laine, E. ; Malliavin, T. E. ; Nilges, M. ; Blondel, A. . ATP conformations and ion binding modes in the active site of anthrax edema factor: A computational analysis. Proteins, v. 77, p. 971-983, 2009.

34.
Martínez, L.2009 Martínez, L.; Nascimento, A. S. ; Nunes, F. M. ; Phillips, K. ; Aparicio, R. ; Dias, S. M. G. ; Figueira, A. C. M. ; Lin, J. H. ; Nguyen, P. ; Apriletti, J. W. ; Neves, F. A. R. ; Baxter, J. D. ; Webb, P. ; Skaf, M. S. ; Polikarpov, I. . Gaining ligand selectivity in thyroid hormone receptors via entropy. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, v. 106, p. 20717-20722, 2009.

35.
Martínez, L.;MARTÍNEZ, LEANDRO;MARTINEZ, LEANDRO;MART''NEZ, LEANDRO2009Martínez, L.; Souza, P. C. T. ; Garcia, W. ; Batista, Fernanda A. H. ; Portugal, Rodrigo V. ; Nascimento, Alessandro S. ; Nakahira, Marcel ; Lima, Luis M. T. R. ; Polikarpov, Igor ; Skaf, Munir S. . On the Denaturation Mechanisms of the Ligand Binding Domain of Thyroid Hormone Receptors. Journal of Physical Chemistry. B, v. 114, p. 1529-1540, 2009.

36.
Bleicher, L.2008Bleicher, L. ; Aparicio, R. ; Nunes, F. M. ; Martínez, L. ; Dias, S. M. G. ; Figueira, A. C. M. ; Santos, M. ; Venturelli, V. H. ; da Silva, R. ; Donate, P. ; Neves, F. A. R. ; Simeoni, L. A. ; Baxter, J. D. ; Webb, P. ; Skaf, M. S. ; Polikarpov, I. . Structural basis of GC-1 selectivity for thyroid hormone receptor isoforms. BMC Structural Biology (Online), v. 8, p. 8, 2008.

37.
Andreani, R.2008Andreani, R. ; Martinez, J. M. ; Martínez, L. . Trust-region superposition methods for protein alignment. IMA Journal of Numerical Analysis, v. 28, p. 690-710, 2008.

38.
Sonoda, M. T.2008Sonoda, M. T. ; Martínez, L. ; Webb, P. ; Skaf, M. S. ; Polikarpov, I. . Ligand Dissociation from Estrogen Receptor Is Mediated by Receptor Dimerization: Evidence from Molecular Dynamics Simulations. Molecular Endocrinology (Baltimore), v. 22, p. 1565-1578, 2008.

39.
Martínez, L.2008Martínez, L.; Polikarpov, I. ; Skaf, M. S. . Only Subtle Protein Conformational Adaptations Are Required for Ligand Binding to Thyroid Hormone Receptors: Simulations Using a Novel Multipoint Steered Molecular Dynamics Approach. JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, v. 112, p. 10741-10751, 2008.

40.
Martínez, L.;MARTÍNEZ, LEANDRO;MARTINEZ, LEANDRO;MART''NEZ, LEANDRO2007Martínez, L.; Andreani, R. ; Martinez, J. M. . Convergent algorithms for protein structural alignment. BMC Bioinformatics, v. 8, p. 306, 2007.

41.
Andreani, R.2007Andreani, R. ; Martinez, J. M. ; Martínez, L. ; Yano, F. . Continuous optimization methods for structure alignments. Mathematical Programming, v. 112, p. 93-124, 2007.

42.
Martínez, L.2006 Martínez, L.; Webb, P. ; Polikarpov, I. ; Skaf, M. S. . Molecular Dynamics Simulations of Ligand Dissociation from Thyroid Hormone Receptors:  Evidence of the Likeliest Escape Pathway and Its Implications for the Design of Novel Ligands. Journal of Medicinal Chemistry, v. 49, n.1, p. 23-26, 2006.

43.
Francisco, J. B.2006Francisco, J. B. ; Martinez, J. M. ; Martínez, L. . Density-based Globally Convergent Trust-region Methods for Self-consistent Field Electronic Structure Calculations. Journal of Mathematical Chemistry, v. 40, p. 349-377, 2006.

44.
Martínez, L.2005Martínez, L.; Sonoda, M. T. ; Webb, P. ; Baxter, J. D. ; Skaf, M. S. ; Polikarpov, I. . Molecular Dynamics Simulations Reveal Multiple Pathways of Ligand Dissociation from Thyroid Hormone Receptors. Biophysical Journal, v. 89, p. 2011-2023, 2005.

45.
Sonoda, M. T.2004Sonoda, M. T. ; Moreira, N. H. ; Martínez, L. ; Favero, F. W. ; Vechi, S. M. ; Martins, L. R. ; Skaf, M. S. . A review on the dynamics of water. Brazilian Journal of Physics, Brasil, v. 34, n.1, p. 3-16, 2004.

46.
Francisco, J. B.2004Francisco, J. B. ; Martinez, J. M. ; Martínez, L. . Globally convergent trust-region methods for self-consistent field electronic structure calculations. Journal of Chemical Physics, v. 121, p. 10863-10878, 2004.

47.
Martinez, J. M.2003Martinez, J. M. ; Martínez, L. . Packing optimization for automated generation of complex system's initial configurations for molecular dynamics and docking. Journal of Computational Chemistry, v. 24, p. 819-825, 2003.

48.
de Farias, R. F.2003de Farias, R. F. ; Arnold, U. ; Martínez, L. ; Schuchardt, U. ; Jannini, M. ; Airoldi, C. . Synthesis, characterization and catalytic properties of sol?gel derived mixed oxides. Journal of Physics and Chemistry of Solids, v. 64, n.12, p. 2385-2389, 2003.

49.
Martínez, L.2002Martínez, L.; de Farias, R. F. ; Airoldi, C. . Thermochemical data on adducts of copper chloride with the amino acids lysine and glycine. Thermochimica Acta, v. 395, n.1, p. 21-26, 2002.

50.
de Farias, R. F.2002de Farias, R. F. ; Martínez, L. ; Airoldi, C. . Synthesis, characterization and a thermogravimetric study of copper, cobalt and tin mono- and bis-adducts with ethyleneurea, ethylenethiourea and propyleneurea. Transition Metal Chemistry (Weinheim), v. 27, p. 748-750, 2002.

51.
de Farias, R. F.2002de Farias, R. F. ; Martínez, L. ; Airoldi, C. . A calorimetric investigation into copper-arginine and copper-alanine solid state interactions.. Transition Metal Chemistry, v. 27, p. 253-255, 2002.

52.
de Farias, R. F.2001de Farias, R. F. ; Martínez, L. ; Airoldi, C. . Synthesis, characterization and thermal behavior of 18 cadmium halides adducts involving ethyleneurea, ethylenethiourea and propyleneurea. Thermochimica Acta, v. 376, p. 91-94, 2001.

53.
de Farias, R. F.2000de Farias, R. F. ; Martínez, L. ; Airoldi, C. . Decrease of interlamellar spacing of silica samples induced by external pressure. Journal of Non-Crystalline Solids, v. 276, p. 56-60, 2000.

Capítulos de livros publicados
1.
Martínez, L.. O Espectro Roto-vibracional do Ácido Clorídrico. In: Ljubica Tasić. (Org.). Química em 50 ensaios. 1ed.Campinas, SP: Grupo Átomo e Alínea, 2017, v. , p. 149-.

2.
Martínez, L.; Borin, I. A. ; Skaf, M. S. . Fundamentos de Simulação por Dinâmica Molecular. In: Nelson H. Morgon; Kaline Coutinho. (Org.). Metodos de Química Teórica e Modelagem Molecular. São Paulo: Livraria da Física, 2007, v. , p. 413-452.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
Martínez, L.; Malliavin, T. E. ; Nilges, M. ; Blondel, A. . Computer Simulations of Product Dissociation from the Active Site of the Anthrax Edema Factor. In: From Computational Biophysics to Systems Biology (CBSB08), 2008, Julich, Alemanha. Proceedings of the CBSB08 - NIC Series, 2008. v. 40. p. 317-319.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
Barros, E. P. ; Martínez, L. . Solvation dynamics of subtilisin Carlsberg in glycerol/water mixtures investigated by molecular dynamics simulations.. In: Minischool on Biophysics of Protein Interactions, 2015, São Paulo, SP. Livro de Resumos, 2015.

2.
MARTINEZ, LEANDRO; TEIXEIRA DE SOUZA E SILVA, IAGO . Computational study of the enantiomeric control of acetylation reactions by interaction with oligopeptides. In: XXIII Congresso de Iniciação Científica da Unicamp, 2015, 2015.

3.
Batista, M. R. B. ; Martínez, L. . Molecular movements and conformational free energy profile of PPAR helix 12. In: X Congress of the World Associatio nof Theoretical and Computational Chemists, 2014, Santiago, Chile. Livro de Resumos, 2014.

4.
Barros, E. P. ; Martínez, L. . Time-resolved fluorescence anisotropy of subtilisin Carlsberg: comparison of molecular dynamics calculations with experimental results. In: I Workshop CEPID-CCES, 2014, Campinas, SP. Pôster., 2014.

5.
Jara, G. E. ; Turjanski, A. ; López, E. D. ; Martínez, L. ; Marti, M. A. . Computational study of enzymatic phosphoryl-transfer reactions.. In: X Congress of the World Associatio nof Theoretical and Computational Chemists, 2014, Santiago, Chile. Livro de Resumos, 2014.

6.
Oliveira, I. P. ; Martínez, L. . Influence of Sorbitol on the Stability and Activity of the Lipase from Burkholderia cepacia.. In: I Workshop CEPID-CCES, 2014, Campinas, SP. Pôster., 2014.

7.
Batista, M. R. B. ; Martínez, L. . Dynamics of nuclear receptor's helix 12 switch of transcription activation by modeling time-resolved fluorescence anisotropy decays. In: pDynamo Workshop e Simpósio 'Molecular Simulation', 2013, São Paulo, SP. Pôster., 2013.

8.
Muniz, H. S. ; Martínez, L. . Computational Study of Thermal Diffusion in Thermostable Proteins. In: VI Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biiológicos, 2012, Petrópolis. Livro de Resumos, 2012.

9.
Batista, M. R. B. ; Martínez, L. . Mobility of nuclear receptor's helix 12: comparison between molecular dynamics simulations and fluorescence anisotropy experiments.. In: NSF Workshop on Multiscale Modeling and Simulation, 2012, Montevideo, Uruguai. Livro de Resumos, 2012.

10.
Censoni, L. ; Martínez, L. . Molecular Dynamics and Complex Networks in the Study of the Thermal Stability of Family 11 Xylanases. In: VI Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biiológicos, 2012, Petrópolis. Pôster., 2012.

11.
Batista, M. R. B. ; Martínez, L. . Computational study of the temperature dependence of side-chain solvation: implications for protein thermal stability. In: XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2011, Ouro Preto. Livro de Resumos., 2011.

12.
Censoni, L. ; Martínez, L. . Molecular Dynamics and Complex Networks in the study of protein thermal stability. In: XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2011, Ouro Preto. Livro de Resumos., 2011.

13.
Muniz, H. S. ; Martínez, L. . Computational study of thermal diffusion in thermostable proteins. In: XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2011, Ouro Preto. Livro de Resumos., 2011.

14.
Souza, P. C. T. ; Polikarpov, I. ; Martínez, L. ; Skaf, M. S. . Computing the binding free energy of thyroid hormone to a second site of its receptor using non-equilibrium steered molecular dynamics simulations. In: XVI Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2011, Ouro Preto. Livro de Resumos., 2011.

15.
Souza, P. C. T. ; Martínez, L. ; Polikarpov, I. ; Skaf, M. S. . Denaturation Mechanisms of the Ligand Binding Domain of Thyroid Hormone Receptors. In: X-Meeting, 3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007, Fortaleza. Livro de Resumos, 2007.

16.
Martínez, L.; Souza, P. C. T. ; Polikarpov, I. ; Skaf, M. S. . Molecular Dynamics Simulation of Denaturation of Thyroid Hormone Receptor's Ligand Binding Domain. In: XIII Simposio Brasileiro de Quimica Teorica, 2007, Pocos de Caldas. Livro de Resumos, 2007.

17.
Souza, P. C. T. ; Martínez, L. ; Polikarpov, I. ; Skaf, M. S. . Study of Thyroid Hormone Receptor Dynamics and its Mutations. In: XIII Simposio Brasileiro de Quimica Teorica, 2007, Pocos de Caldas. Livro de Resumos, 2007.

18.
Martínez, L.; Polikarpov, I. ; Skaf, M. S. . Molecular Dynamics Simulations of Thyroid Hormone Receptors. In: X-Meeting, 1st International conference of the brazilian association for bioinformatics and computational biology, 2005, Caxambu-MG. Livro de Resumos, 2005.

19.
Martínez, L.; Webb, P. ; Polikarpov, I. ; Skaf, M. S. . Molecular Dynamics Simulations of Ligand Dissociation from Thyroid Hormone Receptors: Evidence of the Likeliest Escape Pathway and Its Implications for the Design of Novel Ligands. In: XIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2005, Águas de São Pedro. Livro de Resumos, 2005.

20.
da Costa, L. T. ; Martínez, L. ; Ribeiro, M. C. C. . Geração da configuração inicial de um sistema polimérico para simulação computacional usando o programa Packmol. In: XIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2005, Águas de São Pedro. Livro de Resumos, 2005.

21.
Francisco, J. B. ; Martinez, J. M. ; Martínez, L. . Globally Convergent Trust Region Methods for Self Consistent Field Electronic Structure Calculations. In: XIII Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2005, Águas de São Pedro. Livro de Resumos, 2005.

22.
Francisco, J. B. ; Martinez, J. M. ; Martínez, L. . A globally convergent nonlinear programming algorithm and an application to electronic structure calculations. In: V BRAZILIAN WORKSHOP ON CONTINUOUS OPTIMIZATION, 2004, Florianopolis, SC. Abstracts do V BR. W. CONT. OPT., 2004.

23.
Martínez, L.; Polikarpov, I. ; Skaf, M. S. . Protein rearrangements and molecular details involved in ligand dissociation from thyroid hormone receptors: molecular dynamics simulations. In: 1st Latin American Protein Society Meeting, 2004, Angre dos Reis. Livro de Resumos do 1st LAPSM, 2004.

24.
Martínez, L.; Sonoda, M. T. ; Webb, P. ; Baxter, J. D. ; Skaf, M. S. ; Polikarpov, I. . Mecanismos de Dissociação do Hormônio Tireoideano de seu Receptor TR-alfa1 obtidos com Dinâmica Molecular com Amostragem Ampliada. In: XII Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2003, Caxambú - MG. Livro de Resumos do XII SBQT, 2003.

25.
Martínez, L.; Polikarpov, I. ; Skaf, M. S. . Dinâmica Molecular com Caminho Induzido da Dissociação do Hormônio Tireoideano de seu Receptor: Detalhes Moleculeares. In: XII Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2003, Caxambú - MG. Livro de Resumos do XII SBQT, 2003.

26.
Martinez, J. M. ; Martínez, L. . Packmol: Geração Automática de Configurações Iniciais Complexas de Dinâmica Molecular usando Estratégias de Empacotamento. In: XII Simpósio Brasileiro de Química Teórica, 2003, Caxambú - MG. Livro de Resumos do XII SBQT, 2003.

27.
Martínez, L.; Sonoda, M. T. ; Polikarpov, I. ; Skaf, M. S. . Mecanismos de Dissociacao do Hormonio Tireoideano de seu Receptor Nuclear. In: 1o Workshop de Modelagem Molecular de Ribeirao Preto, 2002, Ribeirao Preto.. Resumos do 1o Workshop de Modelagem Molecular de Ribeirao Preto., 2002.

28.
Martínez, L.; Polikarpov, I. ; Skaf, M. S. . Simulacao por dinamica molecular do hormonio tireoideano em solucoes aquosas de ureia.. In: XII Simposio Brasileiro de Quimica Teorica, 2001, Caxambu, MG. Anais do XII SBQT, 2001.

29.
Martínez, L.; de Farias, R. F. ; Arnold, U. ; Schuchardt, U. ; Airoldi, C. . Epoxidacao de cicloocteno catalisada por oxidos mistos de Ti, Zr, Al, e Si.. In: 23a Reuniao Anual da Sociedade Brasileira de Quimica, 2000, Pocos de Caldas, MG. Livro de Resumos da 23a RASBQ, 2000.

30.
Martínez, L.; de Farias, R. F. ; Airoldi, C. . Reducao da distancia interlamelar de silica induzida pela aplicacao de pressao.. In: 23a Reuniao Anual da Sociedade Brasileira de Quimica, 2000, Pocos de Caldas, MG. Livro de Resumos da 23a RASBQ, 2000.

31.
Martínez, L.; de Farias, R. F. ; Nunes, L. M. ; Airoldi, C. . Efeito da adicao de cations sobre a estrutura e capacidade de adsorcao de silica lamelar.. In: XXXIX Congresso Brasileiro de Quimica, 1999, Goiania, GO. Livro de Resumos, 1999.

32.
Martínez, L.; de Farias, R. F. ; Airoldi, C. . Interacao cation-aminoacido em adutos de cloretos de cobre e cadmio com lisina.. In: XXXIX Congresso Brasileiro de Quimica, 1999, Goiania, GO. Livro de Resumos, 1999.

Artigos aceitos para publicação
1.
CENSONI, LUCIANO ; MARTÍNEZ, LEANDRO . Prediction of kinetics of protein folding with non-redundant contact information. BIOINFORMATICS, 2018.

Apresentações de Trabalho
1.
Martínez, L.. Structural modeling using distance constraints derived from chemical crosslinking mass spectrometry. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
Martínez, L.. Biomolecular Modeling. 2017. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

3.
Martínez, L.. Structural Modeling of Protein Tertiary Structures using Chemical Crosslinking Mass-Spectrometry. 2017. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

4.
Martínez, L.. Campos de Força Clássicos em Simulação de Dinâmica Molecular. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
Martínez, L.. Structural modeling using distance restraints derived from chemical crosslinking. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

6.
Martínez, L.. Conformational dynamics of the nuclear receptor switch of transcription activation: simulation of free-energy landscapes and time-dependent fluoresocence anistropy decays. 2016. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

7.
Martínez, L.. O paradoxo do enovelamento de proteínas: um modelo simples. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

8.
Martínez, L.. Conformational dynamics of the nuclear receptor switch of transcription activation: simulation of free-energy landscapes and time-depedent fluorescence anisotropy decays. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

9.
Martínez, L.. Simulações computacionais e otimização: um passeio pelas aplicações da matemática na química (e vice-versa). 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

10.
Martínez, L.. Dynamics of Nuclear Receptor Helix-12 switch of transcription activation by modeling time-resolved fluorescence anisotropy decays. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

11.
Martínez, L.. Dinâmica das interações entre ligantes e proteínas e suas implicações no desenvolvimento de novos fármacos. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

12.
Martínez, L.. Introduction to Packmol. 2012. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

13.
Martínez, L.. Robust optimization strategies for the analysis of protein dynamics and model fitting. 2012. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

14.
Martínez, L.. The microscopic complexity of ligand binding dynamics and its implications to drug design. 2012. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

15.
Martínez, L.. Smooth Optimization Methods for Protein Structural Alignment. 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

16.
Martínez, L.. Simulações de milhares de átomos e a compreensão dos mecanismos moleculares da vida. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

17.
Martínez, L.. Smooth Optimization Methods for Structural Alignment. 2010. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

18.
Martínez, L.. Molecular dynamics determinants for nuclear hormone receptor function. 2010. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

19.
Martínez, L.. Simulando milhares de átomos: prenchendo o gap entre fenômenos micro e macroscópicos.. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

20.
Martínez, L.. Molecular Dynamics Simulations of Thyroid Hormone Receptors. 2009. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

21.
Martínez, L.. Simulações de Dinâmica Molecular dos Receptores do Hormônio Tireoideano. 2007. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

22.
Martínez, L.. Continuous Optimization Methods for Protein Structural Alignment. 2007. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

23.
Martínez, L.. Alinhamento Estrutural de Proteínas Usando Otimização do Menor Valor Ordenado. 2006. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

24.
Martínez, L.. Packmol: Gerando configurações iniciais de dinâmica molecular usando estratégias de empacotamento. 2005. (Apresentação de Trabalho/Seminário).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
Martínez, L.; FERRARI, A. J. R. ; Gozzo, F. C. . TopoLink: A package to evaluate structural models using chemical crosslinking distance constraints.. 2017.

2.
Martínez, L.. MDLovoFit - Automatic identification of mobile and rigid substructures in molecular dynamics simulations and fractional structural fluctuation analysis.. 2014.

3.
Martínez, L.. MDAnalysis - Software for the analysis of MD simulations.. 2014.

4.
Martínez, L.; Andrade, R. ; Birgin, E. G. ; Martinez, J. M. . Packmol: A package for building initial configurations for molecular dynamics simulations. 2008.

5.
Martínez, L.; Andreani, R. ; Martinez, J. M. . LovoAlign: Pacote para o alinhamento estrutural de proteinas baseado em otimização do menor valor ordenado.. 2006.


Demais tipos de produção técnica
1.
Martínez, L.. Fundamentos de Mecánica Estadística y Simulaciones. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

2.
Martínez, L.. Simulación Computacional Avanzada en Química, Bioquímica y Ciencias de Materiales. 2016. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

3.
Martínez, L.. Introdução à Simulação Computacional de Bimoléculas. 2015. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

4.
Martínez, L.. Simulación Computacional Avanzada en Química, Bioquímica y Ciencias de Materiales. 2015. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

5.
Martínez, L.. Bioquímica Computacional. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

6.
Estrin, D. ; Martínez, L. ; Zeida, A. ; Petruk, A. A. ; Di Lella, S. . Introducción a la simulación computacional de biomoléculas. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

7.
Martínez, L.. Introdução à Simulação por Dinâmica Molecular e Aplicações. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

8.
Martínez, L.. Introdução à Simulação por Dinâmica Molecular. 2010. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

9.
Custodio, R. ; Martínez, L. ; Morgon, N. H. . Desafios e Fronteiras da Química Computacional. 2004. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
Martínez, L.. Participação em banca de Tatiani Brenelli LIma. Aplicação de Espectrometria de Massas em Estudos Estruturais de Chaperonas Moleculares. 2014. Dissertação (Mestrado em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas.

2.
Martínez, L.. Participação em banca de Guilherme Ferreira Ferbonink. Espectroscopia resolvida no tempo aplicada ao estudo de transferência de energia em moléculas orgânicas e em nanopartículas de ouro. 2014. Dissertação (Mestrado em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas.

3.
Martínez, L.. Participação em banca de Guilherme Ferreira Ferbonink. Espectroscopia resolvida no tempo aplicada ao estudo de transferência de energia em moléculas orgânicas e em nanopartículas de ouro. 2014. Dissertação (Mestrado em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas.

4.
Martínez, L.. Participação em banca de Rafael Pires de Oliveira. Degradação de cabelo causada por tensoativos: Quantificação por meio das soluções de lavagem por espectrofotometria UV-Vis. 2013. Dissertação (Mestrado em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas.

5.
Martínez, L.. Participação em banca de Andrew Pitoli. Partições atômicas: uma abordagem complementar ao modelo QTAIM/CCFDF. 2013. Dissertação (Mestrado em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas.

6.
Martínez, L.. Participação em banca de Amanda Petrina Scotá Ferreira. Entendendo o Mecanismo de Ativação e as Diferenças Cinéticas entre as Isoformas Kidney-type Glutaminase e Glutaminase C. 2013. Dissertação (Mestrado em Biociências e Tecnologia de Produtos Bioativos) - Instituto de Biologia - Universidade Estadual de Campinas.

Teses de doutorado
1.
Martínez, L.. Participação em banca de Raphael Santa Rosa Sayegh. Flexibilidade conformacional do domínio catalítico da fosfatase Cdc25B. 2016. Tese (Doutorado em Doutorado em Química) - Universidade de São Paulo.

2.
Martínez, L.. Participação em banca de Valéria Scorsato. Regulação de proteínas fosfatases envolvidas em câncer: estudos estruturais da TIPRL e interações com a proteína fosfatase 2A. 2015 - Instituto de Biologia - Universidade Estadual de Campinas.

3.
Martínez, L.. Participação em banca de Clarisse G. Ricci. Simulação por dinâmica molecular de sistemas envolvendo o receptor ativador da proliferação de peroxissomos. 2014. Tese (Doutorado em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas.

4.
Martínez, L.. Participação em banca de Thiago C. F. Gomes. Simulações por dinâmica molecular de sistemas biológicos relacionados à hidrólise de biomassa lignocelulósica. 2013. Tese (Doutorado em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas.

5.
Araujo, Alexandre Suman; Neto. M. O.; Custodio, R.; Martínez, L.; Skaf, M. S.. Participação em banca de Julio Cesar Araújo da Silva. Bases Moleculares da Diminuição da Capacidade Funcional do Receptor de Androgênio Mutado Estudadas por Simulações de Dinâmica Molecular. 2012. Tese (Doutorado em Química) - Universidade Estadual de Campinas.

6.
Bagnato, V. S.; Bachmann, L.; Itri, R.; de Freitas, A. Z.; Martínez, L.. Participação em banca de José Dirceu Vollet Filho. Correlação de fluorescência superficial e profundidade de necrose em terapia fotodinâmica: possiblidade de dosimetria em tempo real.. 2011. Tese (Doutorado em Física Aplicada) - Universidade de São Paulo.

Qualificações de Doutorado
1.
Martínez, L.. Participação em banca de Carlos Eduardo da Silva. Campos de Força Clássicos Reativos para o Estudo de Superfícies e Materiais Nano-Estruturados. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas.

2.
Martínez, L.. Participação em banca de Cassiano Gomes Aimoli. Propriedades Termodinâmicas e de Transporte de Metano e Dióxido de Carbono: Um Estudo por Simulação Molecular. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Doutorado em Engenharia Química) - Faculdade de Engenharia Química.

3.
Martínez, L.. Participação em banca de Amanda Souza Câmara. O Alosterismo de Reguladores Transcricionais: Um Estudo Computacional Sobre a Estrutura da Interação com o DNA e a Dinâmica da Transição Alostérica. 2015 - Instituto de Física de São Carlos - Universidade de São Paulo.

4.
Martínez, L.. Participação em banca de Eduardo José Creatto. Dicroísmo circular e sua aplicação na caracterização de sistemas nano-estruturados, exceto micelas. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Química) - Instituto de Química - UNICAMP.

5.
Martínez, L.. Participação em banca de Alexandre Ferreira Gomes. Espectrometria de Massas em Estudos de Metabolismo de Fármacos e Proteômica Estrutural. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas.

6.
Martínez, L.. Participação em banca de Hector Henrique Ferreira Koolen. Aplicações de Mobilidade Iônica e Espectrometria de Massas em Misturas Complexas: Proteômica e Petroleômica. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas.

7.
Zorzetto, N. C.; Zeri, A. C. M.; Martínez, L.. Participação em banca de Susan Elisabeth Domingues Costa Jorge. Estudo de Variantes Estruturais da Hemoglobina Humana com Alterações na Interface alfa1/beta1 que Resultam em Propriedades Funcionais Anômalas e Implicações Clínicas. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências Médicas) - Universidade Estadual de Campinas.

8.
Martínez, L.; Custodio, R.; Gozzo, F. C.. Participação em banca de Melina Mottin. Amostragem em Sistemas Complexos: Eventos Raros e Eventos Lentos. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas.

9.
Martínez, L.. Participação em banca de Martina Costa Reis. Modelagem Constitutiva de Sistemas Eletroquímicos Através do Princípio de Entropia Muller-Liu. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas.

10.
Martínez, L.. Participação em banca de Clarisse Gravina Ricci. Simulação por Dinâmica Molecular de Sistemas Envolvendo o Receptor Ativado da Proliferação de Peroxissomos. 2013. Exame de qualificação (Doutorando em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas.

11.
Martínez, L.. Participação em banca de Paulo Cesar Telles de Souza. Modelagem Molecular de Receptores Nucleares: Estrutura, Dinâmica e Interação com Ligantes. 2012. Exame de qualificação (Doutorando em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas.

Qualificações de Mestrado
1.
Martínez, L.. Participação em banca de Bruno Fedosse Zornio. Qual é o menor número de saltos entre estados que permite determinar, de forma precisa, a taxa de uma reação química?. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas.

2.
Martínez, L.; Skaf, M. S.; Bruns, R. E.. Participação em banca de Andrew Pitoli. Partições atômicas: uma abordagem complementar ao modelo QTAIM no cálculo de espectros de infravermelho. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas.

3.
Martínez, L.; SILVA, R. A. N.; Joekes, I.. Participação em banca de Scheila Daiana Fausto Alves. Efeito de Tensoativos e Radiação Ultravioleta na Solidez da Cor de Cabelos Tingidos. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas.

4.
Martínez, L.. Participação em banca de Guilherme Ferreira Ferbonink. Espectroscopia Resolvida no Tempo Aplicada ao Estudo de Transferência de Energia em Moléculas Orgânicas e Nano-partículas de Ouro. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas.

5.
Martínez, L.. Participação em banca de Tatiani Brenelli de Lima. Aplicação de Espectrometria de Massas em Estudos Estruturais de HSP. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas.




Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Diego Primenta Carvalho. Campos de força de grão-grosso na modelagem de estruturas a partir de restrições de disância. Início: 2018. Dissertação (Mestrado em Química) - Instituto de Química - UNICAMP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

2.
Vinicius Piccoli. Estudo da solvatação de proteínas por solventes complexos usando funções de distribuição. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Química) - Instituto de Química - UNICAMP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

3.
Guilherme Zainotti Miguel Fahur Bottino. Avaliação de restrições de distância na determinação da estrutura de proteínas usando estatística Bayesiana. Início: 2017. Dissertação (Mestrado profissional em Química) - Instituto de Química - UNICAMP, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Allan Jhonathan Ramos Ferrari. Modelagem de estrutura de proteínas e complexos usando dados de espectrometria de massas.. Início: 2017. Tese (Doutorado em Química) - Instituto de Química - UNICAMP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Coorientador).

2.
Tayane Honorato Siqueira. Modelagem Molecular de Resistência a Inibidores Azóis da Esterol 14-α-desmetilase CYP51 de Mycobacterium Tuberculosis. Início: 2015. Tese (Doutorado em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

3.
Alvaro Jhovaldo Lopez Ayme. Simulação quantitativa de espctros de anisotropia de fluorescência resolvida no tempo. Início: 2015. Tese (Doutorado em Química) - Instituto de Química - UNICAMP, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

4.
Luciano Borges Censoni. Análise de restrições ambíguas na modelagem de proteínas a partir de RMN. Início: 2013. Tese (Doutorado em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas. (Orientador).

Supervisão de pós-doutorado
1.
Gabriel Ernesto Jara. Início: 2014. Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.

Iniciação científica
1.
Rafael Alcides Vicente. Estudo computacional da solvatação de sacarídeos usando funções de distribuição de mínima-distância. Início: 2018. Iniciação científica (Graduando em Química) - Instituto de Química - UNICAMP, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. (Orientador).

Orientações de outra natureza
1.
Michael Nicholas Martins Campos. Fundamentos computacionais de simulação de sistemas físicos. Início: 2018. Orientação de outra natureza. Instituto de Química - UNICAMP. Fundo de Apoio ao Ensino, Pesquisa e Extensão - UNICAMP. (Orientador).

2.
Alex Sandro Miguel Bonete. Fundamentos computacionais de simulação de sistemas físicos. Início: 2018. Orientação de outra natureza. Instituto de Química - UNICAMP. Fundo de Apoio ao Ensino, Pesquisa e Extensão - UNICAMP. (Orientador).

3.
Enzo da Costa Rodrigues. Fundamentos computacionais de simulação de sistemas físicos. Início: 2018. Orientação de outra natureza. Instituto de Química - UNICAMP. Fundo de Apoio ao Ensino, Pesquisa e Extensão - UNICAMP. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Antônio Elias Gomes Antonelo. Estudo Computacional do Controle Enantiomérico da Reação de Acetilação do Bisfenol Catalisada por um Tetrapeptídeo. 2018. Dissertação (Mestrado em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Leandro Martínez.

2.
Emília Pécora de Barros. Estudo computacional da solvatação e anisotropia de fluorescência resolvida no tempo de subtilisina Carlsberg em misturas de água e glicerol. 2015. Dissertação (Mestrado em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Leandro Martínez.

3.
Mariana Raquel Bunoro Batista. Mobilidade da hélice 12 de receptores nucleares: comparação entre simulações de dinâmica molecular e experimentos de anisotropia de fluorescência. 2013. Dissertação (Mestrado em Física) - Instituto de Física de São Carlos - Universidade de São Paulo, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Leandro Martínez.

4.
Luciano Borges Censoni. Dinâmica molecular e redes complexas no estudo da difusão térmica em xilanases da família 11. 2013. Dissertação (Mestrado em Física) - Instituto de Física de São Carlos, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Leandro Martínez.

5.
Heloisa dos Santos Muniz. Estudo da difusão térmica em proteínas termoestáveis. 2013. Dissertação (Mestrado em Física) - Instituto de Física de São Carlos - Universidade de São Paulo, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Leandro Martínez.

Tese de doutorado
1.
Ivan Pires de Oliveira. Dinâmica Molecular da Enzima BCL (Burkholderia cepacia lipase): Aspectos da Solvatação e Abertura do Sítio Catalítico na Presença de Osmólitos e em Interfaces. 2017. Tese (Doutorado em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Leandro Martínez.

2.
Mariana Raquel Bunoro Batista. Diversidade Conformacional da Hélice 12 do receptor PPARg e suas Implicações Funcionais. 2016. Tese (Doutorado em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Leandro Martínez.

3.
Leonardo Henrique França de Lima. Estudos por modelagem e dinâmica molecular integradas à técnicas físicas para biomoléculas em solução - interação de receptores nucleares a elementos responsivos no DNA e dinâmica inter-domínios da celobiohidrolase I. 2011. Tese (Doutorado em Fisica (Sc)) - Instituto de Física de São Carlos, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Leandro Martínez.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Ricardo Nascimento dos Santos. 2016. Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Leandro Martínez.

Iniciação científica
1.
Matheus Mantovani. Comparação de métodos de determinação de estruturas terciárias de proteínas usando restrições de distância. 2017. Iniciação Científica. (Graduando em Química) - Instituto de Química - UNICAMP, Universidade Estadual de Campinas. Orientador: Leandro Martínez.

2.
Iago Teixeira de Souza e Silva. Estudo computacional do controle enantiomérico de reações de acetilação pela interação com oligopeptídeos. 2014. Iniciação Científica. (Graduando em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas. Orientador: Leandro Martínez.

3.
Emília Pécora de Barros. Dinâmica de Proteínas em Misturas de Água e Glicerol e Comparação com Experimentos de Anisotropia de Fluorescência. 2013. Iniciação Científica. (Graduando em Química) - Instituto de Química - Universidade Estadual de Campinas, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: Leandro Martínez.



Educação e Popularização de C & T



Apresentações de Trabalho
1.
Martínez, L.. Simulações computacionais e otimização: um passeio pelas aplicações da matemática na química (e vice-versa). 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
Martínez, L.. Conformational dynamics of the nuclear receptor switch of transcription activation: simulation of free-energy landscapes and time-depedent fluorescence anisotropy decays. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).




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