Helisson Faoro

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  • Última atualização do currículo em 15/01/2019


Possui graduação em Ciências Biológicas pela Universidade Federal do Paraná (2003), Mestrado (2006) e Doutorado (2010) em Ciências (Bioquímica) pela Universidade Federal do Paraná e Pós-doutorado no Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular da Universidade Federal do Paraná. Atualmente é pesquisador do Instituto Carlos Chagas - Fundação Oswaldo Cruz (Paraná). Tem experiência na área de Bioquímica, com ênfase em Biologia Molecular, atuando principalmente nos seguintes temas: Genômica, Metagenômica e Microbioma. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Helisson Faoro
Nome em citações bibliográficas
FAORO, H.;Faoro, H.;Faoro, Helisson;Faoro, Helison

Endereço


Endereço Profissional
Instituto Carlos Chagas - Fundação Oswaldo Cruz (Paraná), Instituto Carlos Chagas.
Rua Professor Algacyr Munhoz Mader, 3775, bloco C
Cidade Industrial
81350010 - Curitiba, PR - Brasil
Telefone: (41) 33163230
Fax: (41) 33163267
URL da Homepage: http://www.icc.fiocruz.br/


Formação acadêmica/titulação


2006 - 2010
Doutorado em Ciências (Bioquímica).
Universidade Federal do Paraná, UFPR, Brasil.
Título: Prospecção Metagenômica de Biocatalisadores da Microbiota de Solos da Floresta Atlântica Paranaense, Ano de obtenção: 2010.
Orientador: Fábio de Oliveira Pedrosa.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: Metagenômica; Solo; Biocatalisadores.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Metagenômica.
2004 - 2006
Mestrado em Ciências (Bioquímica).
Universidade Federal do Paraná, UFPR, Brasil.
Título: Determinação da biodiversidade de Archaea e Bacteria da Mata Atlântica Paranaense,Ano de Obtenção: 2006.
Orientador: Fábio de Oliveira Pedrosa.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: Biodiversidade microbiana; Solo; Floresta Atlântica; 16S rRNA; sequenciamento; Ecologia Molecular.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Ecologia / Subárea: Ecologia Molecular.
Setores de atividade: Produtos e Serviços Voltados Para A Defesa e Proteção do Meio Ambiente, Incluindo O Desenvolvimento Sustentado.
2000 - 2003
Graduação em Ciências Biológicas.
Universidade Federal do Paraná, UFPR, Brasil.
Título: Função da enzima adelinil transferare em Herbaspirillum seropedicae.
Orientador: Maria Berenice R. Steffens.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.


Pós-doutorado


2011 - 2014
Pós-Doutorado.
Universidade Federal do Paraná, UFPR, Brasil.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: Metagenômica.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioinformática.
2010 - 2011
Pós-Doutorado.
Universidade Federal do Paraná, UFPR, Brasil.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioinformática.
2010 - 2010
Pós-Doutorado.
Universidade Federal do Paraná, UFPR, Brasil.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular / Especialidade: GENÔMICA.


Formação Complementar


2015 - 2015
Untangling Genomes through bioinformatics using R/. (Carga horária: 80h).
Instituto Pasteur de Montevideo, PASTEUR, Uruguai.
2013 - 2013
Treinamento Operacional e em Aplicações na Plataforma Ion Proton Sequencer. (Carga horária: 24h).
Universidade Federal do Paraná, UFPR, Brasil.
2013 - 2013
Treinamento de usuário GS Junior System. (Carga horária: 48h).
Universidade Federal do Paraná, UFPR, Brasil.
2012 - 2012
Treinamento de usuário na plataforma Illumina MiSeq. (Carga horária: 40h).
Universidade Federal do Paraná, UFPR, Brasil.
2010 - 2010
SOLiD3 Plus Systems Training. (Carga horária: 40h).
Universidade Federal do Paraná, UFPR, Brasil.
2009 - 2009
International Summer School on Advanced Techniques in Bacterial Genome Res. (Carga horária: 40h).
Bielefeld University, U.B., Alemanha.
2004 - 2004
Caracterização de microrganismos presentes no ambi. (Carga horária: 80h).
Embrapa Agrobiologia/Seropédica, EMBRAPA, Brasil.


Atuação Profissional



Instituto Carlos Chagas - Fundação Oswaldo Cruz (Paraná), ICC-FIOCRUZ, Brasil.
Vínculo institucional

2014 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

01/2018 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto Carlos Chagas, .

01/2018 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto Carlos Chagas, .

Cargo ou função
Membro da comissão de usuários das plataformas tecnológicas do Instituto Carlos Chagas.
10/2017 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Instituto Carlos Chagas, .

Cargo ou função
Membro da comissão de seleção de alunos de mestrado e doutorado da pós-graduação em Biociências e Biotecnologia do Instituto Carlos Chagas.
01/2016 - Atual
Outras atividades técnico-científicas , Instituto Carlos Chagas, Instituto Carlos Chagas.

Atividade realizada
Coordenador da Plataforma Tecnológica de sequenciamento de DNA de nova geração - NGS.
1/2015 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Instituto Carlos Chagas, .


Universidade Federal do Paraná, UFPR, Brasil.
Vínculo institucional

2010 - 2014
Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Pós-doutorando, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2006 - 2010
Vínculo: Bolsista de Doutorado, Enquadramento Funcional: Doutorando, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2004 - 2006
Vínculo: Bosista de Mestrado, Enquadramento Funcional: Mestrando, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2003 - 2004
Vínculo: Bolsista Iniciação Científica, Enquadramento Funcional: Iniciação Científica, Carga horária: 20

Vínculo institucional

2001 - 2003
Vínculo: Bolsista de Iniciação Científi, Enquadramento Funcional: Iniciação Científica, Carga horária: 20
Outras informações
Projeto Genoma da bactéria fixadora de nitrogênio Herbaspirillum seropedicae - GENOPAR

Atividades

3/2004 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular, .

Linhas de pesquisa
Metagenômica
3/2004 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular, .

Linhas de pesquisa
Biodiversidade microbiana
05/2001 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular, .

01/2001 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular, .

03/2005 - 07/2005
Estágios , Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular, .

Estágio realizado
Estágio em Docencia I.
01/2001 - 03/2004
Estágios , Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular, .

Estágio realizado
Núcleo de Fixação de Nitrogênio.


Linhas de pesquisa


1.
Genoma estrutural e funcional da bactéria fixadora de nitrogênio endofítica Herbaspirillum seropedicae

Objetivo: Este projeto visa o sequenciamento completo e anotação do genoma do diazotrofo Herbaspirillum seropedicae e análise funcional de produto de genes importantes na regulação do metabolismo de nitrogênio ou interação planta-bactéria..
2.
Metagenômica

Objetivo: Análise estrutural e funcional de comunidades bacterianas em amostras ambientais e prospecção de produtos bioativos de microrganismos não cultiváveis pela análise Metagenômica.
3.
Biodiversidade microbiana

Objetivo: Relações taxonômicas e filogenéticas de novas bactérias fixadoras de nitrogênio. Diversidade e identificação de bactérias não cultiváveis de biomas brasileiros por sequenciamento de DNA. Diversidade e identificação de procariotos isolados de biomas brasileiros por espectometria de massa e sequenciamento de segunda geração..
4.
Biologia Molecular, Fisiologia e Bioquímica de Microrganismos

Objetivo: Biologia Molecular, Fisiologia e Bioquímica de Microrganismos; regulação do metabolismo; análise funcional e estrutural de proteínas. Genômica. Transcriptoma. Proteômica. Bioinformática..
5.
Investigação dos mecanismos de resistência aos antimicrobianos em bactérias

Objetivo: Identificar e estudar os mecanismos de resistência à antibióticos em bacterias resistentes utilizando dados de genomas, transcritoma e proteoma..
6.
Estudo de microbioma em insetos vetores


Projetos de pesquisa


2019 - Atual
Investigação dos mecanismos de resistência a múltiplos antibióticos em Klebsiella pneumoniae pan-resistente utilizando abordagem multi-omics
Descrição: Klebsiella pneumoniae (Kp) é uma bactéria gram-negativa da família Enterobacteriaceae naturalmente encontrada no meio ambiente em plantas, solo e no tegumento e mucosas de animais. Nos humanos é um organismo comensal que habita comumente o microbioma gastrointestinal. O primeiro registro de uma Kp resistente a carbapenêmicos (KPC) foi em 1996 em um hospital na Carolina do Norte nos Estados Unidos e, desde então, ela já foi isolada em vários outros países, incluindo o Brasil. A Organização Mundial de Saúde apresentou em 2017 uma lista de organismos resistentes para os quais há pouco ou nenhum antibiótico disponível e, dentre essas, as estirpes de Kp tem prioridade crítica. Segundo dados da Organização Mundial da Saúde, a resistência a antimicrobianos (RAM) será a principal causa de morte em 2050 atingindo 10 milhões de pessoas, superando até mesmo as mortes decorrentes de todos os tipos de câncer, ao custo de 100 trilhões de dólares. Na área de bactérias resistentes, a genômica se tornou uma ferramenta fundamental de estudo e descoberta de fatores de resistência, identificando desde uma simples mudança de um nucleotídeo em um gene (SNP) até aquisições de grandes ilhas genômicas. Há, atualmente, 4.647 genomas de estirpes de Kp depositados no banco de dados Genbank, entretanto, apenas 5% deles estão completos. No que tange o transcritoma e o proteoma, os dados são ainda mais escassos, sendo que pouquíssimos trabalhos abordaram essas análises especificamente em estirpes resistentes. Já trabalhos com uma abordagem unificada, envolvendo genes, transcritos e proteínas são inexistentes. Tendo essa lacuna em vista, o objetivo desse projeto é estudar os mecanismos de resistência à antibióticos em Kp utilizando dados de genoma, transcritoma e proteoma..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) .

Integrantes: Helisson Faoro - Coordenador / Willian de Oliveira Klassen - Integrante / Alexandre Zanatta Vieira - Integrante / luis gustavo morello - Integrante / Keite Silva Nogueira - Integrante / Aline Rodrigues Lucena Castro - Integrante / hugo leonardo ávila - Integrante.
Financiador(es): Fundação Oswaldo Cruz - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2012 - 2014
Sequenciamento massivo de DNA metagenômico de solos da Floresta Atlântica paranaense utilizando o sequenciador SOLiD4: obtenção de novos biocatalisadores e produtos metabólicos para aplicação biotecnológica.
Descrição: A proposta desse projeto é realizar o sequenciamento de DNA metagenômico total de amostras se solo da Floresta Atlântica paranaense e do inserto de DNA ambiental de aproximadamente 1000 clones derivados de bibliotecas metagenômicas, com atividades biológicas já comprovadas em meios seletivos, utilizando o sequenciador de DNA de nova geração SOLiD4 (Life Technology). A partir do DNA sequenciado poderão ser identificadas centenas de enzimas com potencial aplicação em diferentes campos da indústria de Biotecnológica e Farmacêutica, como produção de detergentes enzimáticos, biodisel, etanol de segunda geração e biocompostos com atividade biológica. Dentre as potenciais enzimas a serem obtidas desses clones há lipases, esterases, proteases, chitinases e amilases e também as vias metabólicas para produção dos compostos coloridos. Por fim, com o resultado do sequenciamento será composto um banco de genes para que outros grupos que tenham interesse possam realizar suas pesquisas aumentando, desse modo, a cadeia produtiva no campo da Biotecnologia..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) .

Integrantes: Helisson Faoro - Coordenador.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2012 - Atual
Análise de sequências de DNA metagenômico de solos da Floresta Atlantica paranaense: implicações ecológicas e biotecnológicas
Descrição: A metagenômica permite o acesso direto ao DNA das comunidades bacterianas ambientais sem cultivo. A aplicação da tecnologia de sequenciamento de nova geração (NGS) ao DNA ambiental fornece informações precisas sobre as espécies que estão presentes em um ambiente específico (microbiota) e os genes que esses microrganismos estão carregando (microbioma). Neste trabalho, utilizamos as plataformas MiSeq e Ion Proton para sequenciar o DNA total e o gene rDNA 16S a partir de amostras de solo da Mata Atlântica do Sul do Brasil em dois grupos: o primeiro formado por amostras coletadas no inverno de 2004 em 900, 653 e 32 metros de altitude e segundo por amostras coletadas no mesmo local no verão de 2007..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .

Integrantes: Helisson Faoro - Coordenador / Emanuel Maltempi de Souza - Integrante / Fábio de Oliveira Pedrosa - Integrante / Sarah Sacks Thimoteo - Integrante / Michelle Zibeti Tadra-Sfeir - Integrante / Janynne Stephanie de Oliveira Palheta - Integrante.
2012 - Atual
Análise genômica de bactérias oportunistas isoladas de pacientes imunocomprometidos e comparação com genomas de bactérias ambientais
Descrição: Herbaspirillum é um gênero da classe beta do filo Proteobacteria (domínio Bacteria) formado por espécies ambientais, algumas encontradas em associação com gramíneas de interesse econômico como milho, arroz e cana-de-açucar. A importância desse grupo está relacionada à sua capacidade de transformar o nitrogênio atmosférico (N2) em uma forma assimilável pelas plantas (NH3), em um processo denominado fixação de nitrogênio. Recentemente, bactérias do gênero Herbaspirillum têm sido encontradas em amostras clínicas de pacientes imunocomprometidos relacionados a diferentes quadros clínicos, como fibrose cística, bacteremia e câncer, revelando um potencial patógeno oportunista. Spilker e colaboradores (2008) isolaram 26 bactérias de amostras de secreção pulmonar de pacientes com fibrose cística. O sequenciamento e comparação do gene 16S rRNA posicionou esses isolados dentro do gênero Herbaspirillum, alguns próximos a espécies conhecidas e outros distantes, sendo genericamente chamados de linhagens 1 a 3. Estudos revelaram ainda que bioquímicamente os isolados ambientais e clínicos pouco diferem entre si, o que leva a uma necessidade de se estudar mais profundamente a biologia molecular destes organismos e investigar se eles tem algum papel preponderante no estabelecimento de infecções secundárias. Assim sendo, o objetivo desse projeto é montar e anotar os genomas de dois isolados clínicos do gênero Herbaspirillum, bem como comparar os genomas com aqueles das estirpes ambientais. A análise comparativa dos genomas de estirpes clínicas e ambientais permitirá a identificação do conjunto de genes necessários para que uma bactéria ambiental sobreviva em um ambiente tão complexo como o corpo humano..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .

Integrantes: Helisson Faoro - Coordenador / Leonardo Magalhães Cruz - Integrante / Emanuel Maltempi de Souza - Integrante / Fábio de Oliveira Pedrosa - Integrante / Rodrigo Luis Alves Cardoso - Integrante / Willian de Oliveira Klassen - Integrante.
2008 - Atual
Instituto Nacional de Ciênica e Tecnologia Fixação Biológica de Nitrogênio

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Fabio de Oliveira Pedrosa em 20/01/2017.
Descrição: O INCT da Fixação Biológica de Nitrogênio tem como objetivo o desenvolvimento de tecnologia inovadoras para aumento da produtividade agrícola utilizando bactérias fixadoras de nitrogênio e promotoras do crescimento vegetal. O Instituto desenvolve pesquisas fundamentais em biologia molecular da fixação de nitrogênio, interação planta-bactériaq, ecologia molecular bacteriana, seleção de estirpes bacterianas fixadoras de nitrogênio e promotoras de crescimento vegetal e melhoramento de germoplasmas vegetais mais eficientes em fixação de nitrogenio.Fazem parte deste Instituto grupos de pesquisa da UFPR, Universidade Estadual de Goiás, Embrapa-CNPAF, Embrapa-CNPAB-Seropédica, UENF, UFSC, UFRGS, UFFRJ, UNIOESTE, Universidade Estadual de Ponta Grossa, Universidade Estadual de Londrina e UNESP..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Helisson Faoro - Integrante / Leonardo Magalhães Cruz - Integrante / Valter Antônio de Baura - Integrante / Emanuel Maltempi de Souza - Integrante / Fábio de Oliveira Pedrosa - Coordenador / Maria Berenice Reunolds Steffens - Integrante / Leda Satie Chubatsu - Integrante / Rose Adele Monteiro - Integrante / Liu Un Rigo - Integrante / Roseli Wassem - Integrante / Luciano Fernandes Huergo - Integrante / Ana Claudia Bonatto - Integrante / Cyntia Maria Telles Fadel-Picheth - Integrante / Marcelo Muller-Santos - Integrante / José Ivo Baldani - Integrante / Fabio Olivares - Integrante / PASSAGLIA, LUCIANE M. P. - Integrante / Carolina W Galvão - Integrante / Claudia M didonet - Integrante / adriana hemerly - Integrante.
2006 - 2010
Bioprospecção metagenômica de biocatalisadores da microbiota de solos da Floresta Atlântica Paranaense
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (1) .

Integrantes: Helisson Faoro - Coordenador.
2004 - 2006
Determinação da Biodiversidade de Archaea e Bacteria da Mata Atlântica paranaense
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) .

Integrantes: Helisson Faoro - Coordenador.
Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Bolsa.
2003 - 2004
Função da enzima adenililtransferase em Herbaspirillum seropedicae
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .

Integrantes: Helisson Faoro - Coordenador.

Número de produções C, T & A: 1
2001 - 2003
Sequenciamento de 500 clones de uma biblioteca genômica de Herbaspirillum seropedicae
Descrição: Projeto vinculado ao Programa GENOPAR que visa o sequenciamento completo do genoma de Herbaspirillum seropedicae.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) .

Integrantes: Helisson Faoro - Coordenador.

Número de produções C, T & A: 2


Revisor de periódico


2012 - Atual
Periódico: African Journal of Biotechnology
2015 - Atual
Periódico: Microbial Cell Factories
2016 - Atual
Periódico: Microbial Ecology
2017 - Atual
Periódico: PeerJ
2014 - Atual
Periódico: INTERNATIONAL SCHOLARLY RESEARCH NOTICES
2015 - Atual
Periódico: PLoS One


Revisor de projeto de fomento


2013 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioquímica dos Microorganismos.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular/Especialidade: Metagenômica.
4.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Microbiologia / Subárea: Biodiversidade Microbiana.
5.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular/Especialidade: GENÔMICA.
6.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Bioinformática.


Idiomas


Espanhol
Compreende Bem, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Razoavelmente.
Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Prêmios e títulos


2017
Menção Honrosa concedida ao trabalho do aluno Willian Klassen de Oliveira na VII Jornada Acadêmica, Instituto Carlos Chagas.
2015
1 lugar - 13o Prêmio Destaque na Iniciação Científica e Tecnológica 2015 concedido ao trabalho da aluna Fernanda Pinhelli, Sociedade Brasileira para o Progresso da Ciência.
2003
1° lugar no 11° evento anual de iniciação científica (EVINCI), Universidade Federal do Paraná.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:31
Total de citações:376
Fator H:11
Faoro, Helisson  Data: 27/11/2018

SCOPUS
Total de trabalhos:39
Total de citações:628
Faoro, Helisson  Data: 27/11/2018

Outras
Total de trabalhos:46
Total de citações:907
Helisson Faoro  Data: 27/11/2018

Artigos completos publicados em periódicos

1.
GRAVINA, HUMBERTO DORIGUÊTTO2019GRAVINA, HUMBERTO DORIGUÊTTO ; SUZUKAWA, ANDREIA AKEMI ; ZANLUCA, CAMILA ; CARDOZO SEGOVIA, FATIMA MARÍA ; TSCHÁ, MARCEL KRUCHELSKI ; MARTINS DA SILVA, ALLAN ; Faoro, Helisson ; DA SILVA RIBEIRO, RICARDO ; MENDOZA TORRES, LAURA PATRICIA ; ROJAS, ALEJANDRA ; FERRERIRA, LUIS ; COSTA RIBEIRO, MAGDA CLARA VIEIRA DA ; DELFRARO, ADRIANA ; DUARTE DOS SANTOS, CLAUDIA NUNES . Identification of insect-specific flaviviruses in areas of Brazil and Paraguay experiencing endemic arbovirus transmission and the description of a novel flavivirus infecting Sabethes belisarioi. VIROLOGY, v. 527, p. 98-106, 2019.

2.
OSTRENSKY, ANTONIO2018OSTRENSKY, ANTONIO ; HORODESKY, ALINE ; Faoro, Helisson ; Balsanelli, Eduardo ; SFEIR, MICHELLE ZIBETTI TADRA ; COZER, NATHIELI ; PIE, MARCIO ROBERTO ; DAL PONT, GIORGI ; CASTILHO-WESTPHAL, GISELA GERALDINE . Metagenomic evaluation of the effects of storage conditions on the bacterial microbiota of oysters Crassostrea gasar (Adanson, 1757). JOURNAL OF APPLIED MICROBIOLOGY, v. 1, p. 1, 2018.

3.
THIMOTEO, S.S.2017THIMOTEO, S.S. ; GLOGAUER, A. ; Faoro, H. ; DE SOUZA, E.M. ; HUERGO, L.F. ; MOERSCHBACHER, B.M. ; PEDROSA, F.O. . A broad pH range and processive chitinase from a metagenome library. Brazilian journal of medical and biological research, v. 50, p. e5658, 2017.

4.
SAIKI, F.A.2017SAIKI, F.A. ; BERNARDI, A.P. ; REIS, M.S. ; Faoro, H. ; Souza, E.M. ; PEDROSA, F.O. ; MANTOVANI, A. ; GUIDOLIN, A.F. . Development and validation of the first SSR markers for Mimosa scabrella Benth.. Genetics and Molecular Research, v. 16, p. 1, 2017.

5.
LEAO, ANIELE C. RIBAS2017LEAO, ANIELE C. RIBAS ; WEISS, VINICIUS ALMIR ; VICENTE, VANIA APARECIDA ; COSTA, FLAVIA ; BOMBASSARO, AMANDA ; RAITTZ, ROBERTO TADEU ; Steffens, Maria Berenice R. ; PEDROSA, FABIO OLIVEIRA ; GOMES, RENATA R. ; BAURA, VALTER ; Faoro, Helisson ; SFEIR, MICHELLE ZIBETTI TADRA ; Balsanelli, Eduardo ; MORENO, LEANDRO F. ; NAJAFZADEH, M. JAVAD ; DE HOOG, SYBREN ; Souza, Emanuel Maltempi . Genome Sequence of Type Strain Fonsecaea multimorphosa CBS 980.96 T , a Causal Agent of Feline Cerebral Phaeohyphomycosis. Genome Announcements, v. 5, p. e01666-16, 2017.

6.
OLIVEIRA, CAMILA2017OLIVEIRA, CAMILA ; Faoro, Helisson ; ALVES, LYSANGELA RONALTE ; GOLDENBERG, SAMUEL . RNA-binding proteins and their role in the regulation of gene expression in Trypanosoma cruzi and Saccharomyces cerevisiae. GENETICS AND MOLECULAR BIOLOGY (ONLINE VERSION), v. 40, p. 22-30, 2017.

7.
VICENTE, VANIA A.2017VICENTE, VANIA A. WEISS, VINÍCIUS A. BOMBASSARO, AMANDA MORENO, LEANDRO F. COSTA, FLÁVIA F. Raittz, Roberto T. LEÃO, ANIELE C. GOMES, RENATA R. BOCCA, ANAMELIA L. FORNARI, GHENIFFER DE CASTRO, RAFFAEL J. A. SUN, JIUFENG Faoro, Helisson Tadra-Sfeir, Michelle Z. BAURA, VALTER Balsanelli, Eduardo ALMEIDA, SANDRO R. DOS SANTOS, SUELEN S. TEIXEIRA, MARCUS DE MELO SOARES FELIPE, MARIA S. DO NASCIMENTO, MARIANA MACHADO FIDELIS PEDROSA, FABIO O. STEFFENS, MARIA B. ATTILI-ANGELIS, DERLENE NAJAFZADEH, MOHAMMAD J. , et al.QUEIROZ-TELLES, FLÁVIO Souza, Emanuel M. DE HOOG, SYBREN ; Comparative Genomics of Sibling Species of Fonsecaea Associated with Human Chromoblastomycosis. Frontiers in Microbiology, v. 8, p. 1-20, 2017.

8.
PILLONETTO, MARCELO2017PILLONETTO, MARCELO ; AREND, LAVINIA N. ; Faoro, Helisson ; D?ESPINDULA, HELENA R. S. ; BLOM, JOCHEN ; SMITS, THEO H. M. ; MIRA, MARCELO T. ; REZZONICO, FABIO . Emended description of the genus Phytobacter, its type species Phytobacter diazotrophicus (Zhang 2008) and description of Phytobacter ursingii sp. nov.. INTERNATIONAL JOURNAL OF SYSTEMATIC AND EVOLUTIONARY MICROBIOLOGY (ONLINE), v. 68, p. 176-184, 2017.

9.
PANKIEVICZ, V. C. S.2016PANKIEVICZ, V. C. S. ; CAMILIOS-NETO, D. ; BONATO, P. ; BALSANELLI, E. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; Faoro, H. ; CHUBATSU, L. S. ; DONATTI, L. ; WAJNBERG, G. ; PASSETTI, F. ; MONTEIRO, R. A. ; PEDROSA, F. O. ; SOUZA, E. M. . RNA-seq transcriptional profiling of Herbaspirillum seropedicae colonizing wheat (Triticum aestivum) roots. Plant Molecular Biology, v. 1, p. 1-15, 2016.

10.
DO NASCIMENTO VIEIRA, LEILA2016DO NASCIMENTO VIEIRA, LEILA ; ROGALSKI, MARCELO ; Faoro, Helisson ; PACHECO DE FREITAS FRAGA, HUGO ; GOULART DOS ANJOS, KARINA ; ASSINE PICCHI, GISELE FERNANDA ; ONOFRE NODARI, RUBENS ; DE OLIVEIRA PEDROSA, FÁBIO ; MALTEMPI DE SOUZA, EMANUEL ; PEDRO GUERRA, MIGUEL . The plastome sequence of the endemic Amazonian conifer, Retrophyllum piresii (Silba) C.N.Page, reveals different recombination events and plastome isoforms. Tree Genetics & Genomes (Print), v. 12, p. 1-11, 2016.

11.
FAORO, H.2016FAORO, H.; MENEGAZZO, R. R. ; BATTISTONI, F. ; GYANESHWAR, P. ; AMARAL, F. P. ; TAULE, C. ; RAUSCH, S. ; GALVAO, P. G. ; SANTOS, C. L. ; MITRA, S. ; HEIJO, G. ; SHEU, S. ; CHEN, W. ; MAREQUE, C. ; BALDANI, J. I. ; MALUK, M. ; GUIMARAES, A. P. ; STACEY, G. ; SOUZA, E. M. ; PEDROSA, F.O. ; CRUZ, L. M. ; JAMES, E. K. . The oil-contaminated soil diazotroph Azoarcus olearius DQS-4T is genetically and phenotypically similar to the model grass endophyte Azoarcus sp. BH72. Environmental Microbiology Reports, v. 1, p. 1, 2016.

12.
VIEIRA, LEILA DO NASCIMENTO2016VIEIRA, LEILA DO NASCIMENTO ; DOS ANJOS, KARINA GOULART ; Faoro, Helisson ; FRAGA, HUGO PACHECO DE FREITAS ; GRECO, THIAGO MACHADO ; PEDROSA, FÁBIO DE OLIVEIRA ; DE SOUZA, EMANUEL MALTEMPI ; ROGALSKI, MARCELO ; DE SOUZA, ROBSON FRANCISCO ; GUERRA, MIGUEL PEDRO . Phylogenetic inference and SSR characterization of tropical woody bamboos tribe Bambuseae (Poaceae: Bambusoideae) based on complete plastid genome sequences. Current Genetics, v. 62, p. 443-453, 2016.

13.
DE SOUZA, ROCHELI2015DE SOUZA, ROCHELI ; SANT?ANNA, FERNANDO HAYASHI ; AMBROSINI, ADRIANA ; TADRA-SFEIR, MICHELE ; Faoro, Helisson ; PEDROSA, FABIO OLIVEIRA ; Souza, Emanuel Maltempi ; PASSAGLIA, LUCIANE M. P. . Genome of Rhizobium sp. UR51a, Isolated from Rice Cropped in Southern Brazilian Fields. Genome Announcements, v. 3, p. e00249-15, 2015.

14.
DE SOUZA, ROCHELI2015DE SOUZA, ROCHELI ; SANT?ANNA, FERNANDO HAYASHI ; AMBROSINI, ADRIANA ; TADRA-SFEIR, MICHELE ; Faoro, Helisson ; PEDROSA, FABIO OLIVEIRA ; Souza, Emanuel Maltempi ; PASSAGLIA, LUCIANE M. P. . Genome of Pseudomonas sp. FeS53a, a Putative Plant Growth-Promoting Bacterium Associated with Rice Grown in Iron-Stressed Soils. Genome Announcements, v. 3, p. e00248-15, 2015.

15.
PEREIRA, JAMILE QUEIROZ2015PEREIRA, JAMILE QUEIROZ ; AMBROSINI, ADRIANA ; SANT?ANNA, FERNANDO HAYASHI ; TADRA-SFEIR, MICHELE ; Faoro, Helisson ; Pedrosa, Fábio Oliveira ; Souza, Emanuel Maltempi ; BRANDELLI, ADRIANO ; PASSAGLIA, LUCIANE M. P. . Whole-Genome Shotgun Sequence of the Keratinolytic Bacterium Lysobacter sp. A03, Isolated from the Antarctic Environment. Genome Announcements, v. 3, p. e00246-15, 2015.

16.
AMBROSINI, ADRIANA2015AMBROSINI, ADRIANA ; SANT?ANNA, FERNANDO HAYASHI ; DE SOUZA, ROCHELI ; TADRA-SFEIR, MICHELE ; Faoro, Helisson ; ALVARENGA, SAMUEL M. ; PEDROSA, FABIO OLIVEIRA ; Souza, Emanuel Maltempi ; PASSAGLIA, LUCIANE M. P. . Genome Sequence of Bacillus mycoides B38V, a Growth-Promoting Bacterium of Sunflower. Genome Announcements, v. 3, p. e00245-15, 2015.

17.
Balsanelli, Eduardo2015Balsanelli, Eduardo ; Tadra-Sfeir, Michelle Z. ; Faoro, Helisson ; PANKIEVICZ, VÂNIA C.S. ; DE BAURA, VALTER A. ; Pedrosa, Fábio O. ; DE SOUZA, EMANUEL M. ; DIXON, RAY ; Monteiro, Rose A. . Molecular adaptations of during colonization of the maize rhizosphere. Environmental Microbiology (Print), v. n/a, p. n/a-n/a, 2015.

18.
TADRA-SFEIR, MICHELE2015TADRA-SFEIR, MICHELE ; FAORO, H. ; CAMILIOS-NETO, D. ; BRUSAMARELLO, L. C. C. ; BALSANELLI, E. ; WEISS, V. A. ; BAURA, V. A. ; WASSEM, R. ; CRUZ, L. M. ; PEDROSA, F. O. ; SOUZA, E. M. ; MONTEIRO, R. A. . Genome wide transcriptional profiling of Herbaspirillum seropedicae SmR1 grown in the presence of naringenin. Frontiers in Microbiology (Online), v. 6, p. 491, 2015.

19.
MORIEL, BÁRBARA2015MORIEL, BÁRBARA ; Cruz, Leonardo M. ; DALLAGASSA, CIBELLE B. ; Faoro, Helisson ; DE SOUZA, EMANUEL M. ; Pedrosa, Fábio O. ; REGO, FABIANE G. M. ; PICHETH, GERALDO ; FADEL-PICHETH, CYNTIA M. T. . Draft Genome Sequence of Aeromonas caviae 8LM, Isolated from Stool Culture of a Child with Diarrhea. Genome Announcements, v. 3, p. e00524-15, 2015.

20.
GUIZELINI, DIEVAL2015GUIZELINI, DIEVAL ; SAIZAKI, PAULA M. ; COIMBRA, NILSON A. R. ; Weiss, Vinicius A. ; Faoro, Helisson ; SFEIR, MICHELLE Z. T. ; Baura, Valter A. ; Monteiro, Rose A. ; Chubatsu, Leda S. ; Souza, Emanuel M. ; Cruz, Leonardo M. ; PEDROSA, FABIO O. ; Raittz, Roberto T. ; MARCHAUKOSKI, JERONIZA N. ; STEFFENS, MARIA B. R. . Complete Genome Sequence of Herbaspirillum hiltneri N3 (DSM 17495), Isolated from Surface-Sterilized Wheat Roots. Genome Announcements, v. 3, p. e01288-15, 2015.

21.
VIEIRA, LEILA DO NASCIMENTO2014VIEIRA, LEILA DO NASCIMENTO ; Faoro, Helisson ; FRAGA, HUGO PACHECO DE FREITAS ; ROGALSKI, MARCELO ; DE SOUZA, EMANUEL MALTEMPI ; DE OLIVEIRA PEDROSA, FÁBIO ; NODARI, RUBENS ONOFRE ; GUERRA, MIGUEL PEDRO . An Improved Protocol for Intact Chloroplasts and cpDNA Isolation in Conifers. Plos One, v. 9, p. e84792, 2014.

22.
VIEIRA, LEILA DO NASCIMENTO2014VIEIRA, LEILA DO NASCIMENTO ; Faoro, Helisson ; ROGALSKI, MARCELO ; FRAGA, HUGO PACHECO DE FREITAS ; CARDOSO, RODRIGO LUIS ALVES ; DE SOUZA, EMANUEL MALTEMPI ; DE OLIVEIRA PEDROSA, FÁBIO ; NODARI, RUBENS ONOFRE ; GUERRA, MIGUEL PEDRO . The Complete Chloroplast Genome Sequence of Podocarpus lambertii: Genome Structure, Evolutionary Aspects, Gene Content and SSR Detection. Plos One, v. 9, p. e90618, 2014.

23.
CAMILIOS-NETO, D.2014CAMILIOS-NETO, D. ; BONATO, P. ; WASSEM, R. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; BRUSAMARELLO, L. C. C. ; VALDAMERI, G. ; DONATTI, L. ; FAORO, H. ; WEISS, V. A. ; CHUBATSU, L. S. ; Pedrosa, Fabio O ; Souza, E.M. . Dual RNA-seq transcriptional analysis of wheat roots colonized by Azospirillum brasilense reveals up-regulation of nutrient acquisition and cell cycle genes. BMC Genomics, v. 15, p. 378, 2014.

24.
PIRO, VITOR C2014PIRO, VITOR C ; Faoro, Helisson ; WEISS, VINICIUS A ; STEFFENS, MARIA BR ; Pedrosa, Fabio O ; SOUZA, EMANUEL M ; RAITTZ, ROBERTO T . FGAP: an automated gap closing tool. BMC Research Notes, v. 7, p. 371, 2014.

25.
DE SOUZA, V.2013DE SOUZA, V. ; PIRO, V. C. ; Faoro, H. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; CHICORA, V. K. ; GUIZELINI, D. ; Weiss, V. ; VIALLE, R. A. ; MONTEIRO, R. A. ; STEFFENS, M. B. R. ; MARCHAUKOSKI, J. N. ; Pedrosa, F. O. ; CRUZ, L. M. ; CHUBATSU, L. S. ; RAITTZ, R. T. . Draft Genome Sequence of Herbaspirillum huttiense subsp. putei IAM 15032, a Strain Isolated from Well Water. Genome Announcements, v. 1, p. e00252-12-e00252-12, 2013.

26.
BATISTA, MARCELO B.2013BATISTA, MARCELO B. ; SFEIR, MICHELLE Z. T. ; Faoro, Helisson ; Wassem, Roseli ; STEFFENS, MARIA B. R. ; Pedrosa, Fábio O. ; Souza, Emanuel M. ; DIXON, RAY ; Monteiro, Rose A. . The Herbaspirillum seropedicae SmR1 Fnr orthologs controls the cytochrome composition of the electron transport chain. SCI REP-UK, v. 3, p. 1-11, 2013.

27.
Magnani, G.S.2013Magnani, G.S. ; Cruz, L.M. ; WEBER, H. ; BESPALHOK, J.C. ; Daros, E. ; Baura, V. ; YATES, M.G. ; Monteiro, R.A. ; Faoro, H. ; PEDROSA, F.O. ; Souza, E.M. . Culture-independent analysis of endophytic bacterial communities associated with Brazilian sugarcane. Genetics and Molecular Research, v. 12, p. 4549-4558, 2013.

28.
Monteiro, Rose A.2012Monteiro, Rose A. ; Balsanelli, Eduardo ; Tuleski, Thalita ; Faoro, Helison ; Cruz, Leonardo M. ; Wassem, Roseli ; Baura, Valter A. ; Tadra-Sfeir, Michelle Z. ; Weiss, Vinícius ; DaRocha, Wanderson D. ; Muller-Santos, Marcelo ; Chubatsu, Leda S. ; Huergo, Luciano F. ; Pedrosa, Fábio O. ; Souza, Emanuel M. . Genomic comparison of the endophyte Herbaspirillum seropedicaeSmR1 and the phytopathogen Herbaspirillum rubrisubalbicansM1 by suppressive subtractive hybridization and partial genome sequencing. FEMS Microbiology, Ecology (Print), v. 80, p. 441-451, 2012.

29.
Faoro, Helisson2012Faoro, Helisson; Glogauer, Arnaldo ; Couto, Gustavo Henrique ; Souza, Emanuel Maltempi ; Rigo, Liu Un ; Cruz, Leonardo Magalhães ; Monteiro, Rose Adele ; Oliveira Pedrosa, Fábio . Characterization of a new Acidobacteria-derived moderately thermostable lipase from a Brazilian Atlantic Forest soil metagenome. FEMS Microbiology, Ecology (Print), v. n/a, p. n/a-n/a, 2012.

30.
Schmidt, Maria A2012Schmidt, Maria A ; Balsanelli, Eduardo ; Faoro, Helisson ; Cruz, Leonardo M ; de Baura, Valter A ; Wassem, Roseli ; Weiss, Vinicius ; Yates, Marshall G ; Madeira, Humberto M F ; Pereira-Ferrari, Lilian ; Fungaro, Maria H P ; de Paula, Francine M ; Pereira, Luiz F P ; Vieira, Luiz G E ; Olivares, F bio L ; Pedrosa, F bio O ; de Souza, Emanuel M ; Monteiro, Rose A . The type III secretion system is necessary for the development of a pathogenic and endophytic interaction between Herbaspirillum rubrisubalbicans and Poaceae. BMC Microbiology (Online), v. 12, p. 98, 2012.

31.
WEISS, V. A.2012WEISS, V. A. ; Faoro, H. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; RAITTZ, R. T. ; de Souza, E. M. ; MONTEIRO, R. A. ; Cardoso, R. L. A. ; WASSEM, R. ; CHUBATSU, L. S. ; HUERGO, L. F. ; MULLER-SANTOS, M. ; STEFFENS, M. B. R. ; RIGO, L. U. ; Pedrosa, F. d. O. ; CRUZ, L. M. . Draft Genome Sequence of Herbaspirillum lusitanum P6-12, an Endophyte Isolated from Root Nodules of Phaseolus vulgaris. Journal of Bacteriology (Print), v. 194, p. 4136-4137, 2012.

32.
TADRA-SFEIR, M. Z.2011TADRA-SFEIR, M. Z. ; SOUZA, E. M. ; Faoro, H. ; MULLER-SANTOS, M. ; BAURA, V. A. ; TULESKI, T. R. ; RIGO, L. U. ; YATES, M. G. ; WASSEM, R. ; Pedrosa, F. O. ; MONTEIRO, R. A. . Naringenin Regulates Expression of Genes Involved in Cell Wall Synthesis in Herbaspirillum seropedicae. Applied and Environmental Microbiology (Print), v. 77, p. 2180-2183, 2011.

33.
Pedrosa, Fábio O.2011 Pedrosa, Fábio O. Monteiro, Rose Adele Wassem, Roseli Cruz, Leonardo M. Ayub, Ricardo A. Colauto, Nelson B. Fernandez, Maria Aparecida Fungaro, Maria Helena P. Grisard, Edmundo C. Hungria, Mariangela Madeira, Humberto M. F. Nodari, Rubens O. Osaku, Clarice A. Petzl-Erler, Maria Luiza Terenzi, Hernán Vieira, Luiz G. E. Steffens, Maria Berenice R. Weiss, Vinicius A. Pereira, Luiz F. P. Almeida, Marina I. M. Alves, Lysangela R. Marin, Anelis Araujo, Luiza Maria Balsanelli, Eduardo Baura, Valter A. , et al.Chubatsu, Leda S. Faoro, Helisson Favetti, Augusto Friedermann, Geraldo Glienke, Chirlei Karp, Susan Kava-Cordeiro, Vanessa Raittz, Roberto T. Ramos, Humberto J. O. Ribeiro, Enilze Maria S. F. Rigo, Liu Un Rocha, Saul N. Schwab, Stefan Silva, Anilda G. Souza, Eliel M. ; Genome of Herbaspirillum seropedicae Strain SmR1, a Specialized Diazotrophic Endophyte of Tropical Grasses. PLOS Genetics, v. 7, p. e1002064, 2011.

34.
Thompson, C. C.2011Thompson, C. C. ; da Fonseca, E. L. ; Vicente, A. C. P. ; de Oliveira Pedrosa, F. ; Maltempi de Souza, E. ; Faoro, H. . Verrucomicrobia in Brazilian Atlantic Forest Soil. Applied and Environmental Microbiology (Print), v. 77, p. 3903-3904, 2011.

35.
Faoro, Helisson2011 Faoro, Helisson; Glogauer, Arnaldo ; Souza, Emanuel M. ; Rigo, Liu U. ; Cruz, Leonardo M. ; Monteiro, Rose A. ; Pedrosa, Fábio O. . Identification of a new lipase family in the Brazilian Atlantic Forest soil metagenome. ENV MICROBIOL REP, v. 3, p. 750-755, 2011.

36.
Beneduzi, A.2011Beneduzi, A. ; Campos, S. ; Ambrosini, A. ; de Souza, R. ; Granada, C. ; Costa, P. ; Arruda, L. ; Moreira, F. ; Vargas, L. K. ; Weiss, V. ; Tieppo, E. ; Faoro, H. ; de Souza, E. M. ; Pedrosa, F. O. ; Passaglia, L. M. P. . Genome Sequence of the Diazotrophic Gram-Positive Rhizobacterium Paenibacillus riograndensis SBR5T. Journal of Bacteriology (Print), v. 193, p. 6391-6392, 2011.

37.
PISA, G.2011PISA, G. ; Magnani, G.S. ; WEBER, H. ; Souza, E.M. ; Faoro, H. ; Monteiro, R.A. ; Daros, E. ; Baura, V. ; Bespalhok, J.P. ; PEDROSA, F.O. ; Cruz, L.M. . Diversity of 16S rRNA genes from bacteria of sugarcane rhizosphere soil. Brazilian Journal of Medical and Biological Research (Impresso), v. 44, p. 1215-1221, 2011.

38.
Glogauer, Arnaldo2011 Glogauer, Arnaldo ; Martini, Viviane P ; Faoro, Helisson ; Couto, Gustavo H ; Muller-Santos, Marcelo ; Monteiro, Rose A ; Mitchell, David A ; de Souza, Emanuel M ; Pedrosa, Fabio O ; Krieger, Nadia . Identification and characterization of a new true lipase isolated through metagenomic approach. Microbial Cell Factories, v. 10, p. 54, 2011.

39.
COUTO, G. H.2010COUTO, G. H. ; GLOGAUER, A. ; FAORO, H. ; CHUBATSU, L. S. ; SOUZA, E. M. ; PEDROSA, F.O. . Isolation of a novel lipase from a metagenomic library derived from mangrove sediment from the south Brazilian coast. Genetics and Molecular Research, v. 9, p. 514-523, 2010.

40.
Faoro, H.2010 Faoro, H.; Alves, A. C. ; SOUZA, E. M. ; RIGO, L. U. ; CRUZ, L. M. ; Al-Janabi, S. M. ; MONTEIRO, R. A. ; BAURA, V. A. ; Pedrosa, F. O. . Influence of Soil Characteristics on the Diversity of Bacteria in the Southern Brazilian Atlantic Forest. Applied and Environmental Microbiology (Print), v. 76, p. 4744-4749, 2010.

Capítulos de livros publicados
1.
Faoro, Helisson; DE SOUZA, EMANUEL MALTEMPI ; Pedrosa, Fábio Oliveira . Brazilian Atlantic Forest Soil Metagenome. In: Karen E. Nelson. (Org.). Encyclopedia of Metagenomics. 1ed.: Springer New York, 2013, v. , p. 1-7.

2.
PEDROSA, F.O. ; FAORO, H. ; GENOPARCONSORTIUM, . A Report on the Genome of Herbaspirillum seropedicae strain Z78. In: Yi-Ping Wang; Min Lin; Zhe-Xian Tian; Claudine Elmerich; William Newton. (Org.). Biological Nitrogen Fixation, Sustainable Agriculture and the Environment Proceedings of the 14th International Nitrogen Fixation Congress. 1ed.Dordrecht - The Netherland: Springer, 2005, v. 41, p. 111-114.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
GLOGAUER, A. ; FAORO, H. ; SANTOS, M. M. ; COUTO, G. H. ; SOUZA, E. M. ; PEDROSA, F.O. ; KRIEGER, N. . Lipases and esterases producing clones isolated through metagenomic approach. In: ENZITEC 2008 - VIII Seminário Brasileiro de Tecnologia Enzimática, 2008, Rio de Janeiro. ENZITEC 2008 - VIII Seminário Brasileiro de Tecnologia Enzimática, 2008.

2.
FAORO, H.; SOUZA, E. M. ; RIGO, L. U. ; MONTEIRO, R. A. ; GLOGAUER, A. ; COUTO, G. H. ; PEDROSA, F.O. . Prospection of biocatalysts in metagenomic libraries from soils of the Atlantic Fores. In: ENZITEC 2008 - VIII Seminário Brasileiro de Tecnologia Enzimática, 2008, Rio de Janeiro. ENZITEC 2008 - VIII Seminário Brasileiro de Tecnologia Enzimática, 2008.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
SCARDUELLI, M. ; CASSILHA, B. A. R. ; PEDROSA, F.O. ; FAORO, H. ; HUERGO, L. F. ; SOUZA, E. M. . Identification and cloning of a beta-glucosidade from Azospirillum brasilense. In: SBBq-IUBMB 2015 anual meeting, 2015, Foz do Iguaçu. Abstract book, 2015.

2.
FAORO, H.; WEISS, V. A. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; CARDOSO, R. L. A. ; BALSANELLI, E. ; CRUZ, L. M. ; RAITTZ, R. T. ; FADEL-PICHETH, C. M. T. ; SOUZA, E. M. ; PEDROSA, F.O. . Replacement of the LPS biosynthesis gene cluster from the environmental to clinical Herbaspirillum seropedicae strain. In: SBBq-IUBMB annual meeting, 2015, Foz do Iguaçu. Book of Abstract, 2015.

3.
CUASPA, ROCÍO ; Faoro, Helisson ; OLIVEIRA, MARCO A. S. DE ; PEDROSA, FABIO O. ; SOUZA, EMANUEL M. DE ; Chubatsu, Leda S. . Identificação e Caracterização in silico de uma Nova Lipase a partir de uma Biblioteca Metagenômica. In: V Simpósio de Bioquímica e Biotecnologia, 2015, Londrina. Anais do V Simpósio de Bioquímica e Biotecnologia, 2015. p. 332.

4.
BALSANELLI, E. ; BAURA, V. A. ; FAORO, H. ; PEDROSA, F.O. ; SOUZA, E. M. ; MONTEIRO, R. A. . Transcriptome Profiling Of Herbaspirillum rubrisubalbicans M1 Uncover Mechanisms For Efficient Diazotrophic Colonization Of Grasses. In: 28° Congresso Brasileiro de Microbiologia, 2015, Florianópolis. Anais do 28° Congresso Brasileiro de Microbiologia 2015, 2015.

5.
Faoro, H.; Tadra-Sfeir, Michelle Z. ; Cruz, Leonardo M ; Chubatsu, Leda S. ; Rigo, Liu U. ; Souza, E.M. ; Pedrosa, F. O. . Use of Metagenome Massive Parallel Sequencing for Prospecting Genes of Biotechnological interest.. In: XLII Annual Meeting of SBBq, 2013, Foz do Iguaçu. XLII Annual Meeting of SBBq - Program and Index, 2013.

6.
BRUSAMARELLO, L. C. C. ; ALBERTON, D. ; VALDAMERI, G. ; COVRE, R. A. ; LOPES, K. P. ; Tadra-Sfeir, Michelle Z. ; FAORO, H. ; SILVA, A. B. ; Pedrosa, F. O. ; WASSEM, R. ; Souza, E.M. . Transcriptome Analysis of Rice (Oryza sativa L. cv.Nipponbare) Roots Inoculated with Herbaspirillum seropedicae SmR1by RNA-seq. In: XLII Annual Meeting of SBBq, 2013, Foz do Iguaçu. XLII Annual Meeting of SBBq - Program and Index, 2013.

7.
Pedrosa, F. O. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; FAORO, H. ; COVRE, R. A. ; SILVA, A. B. ; CHUBATSU, L. S. ; Rigo, Liu U. ; WASSEM, R. ; Monteiro, R.A. ; Souza, E.M. . Transcriptional profiling of Azospirillum brasilense under nitrogen-fixing conditions. In: XLII Annual Meeting of SBBq, 2013, Foz do Iguaçu. XLII Annual Meeting of SBBq - Program and Index, 2013.

8.
EVARISTO, J. A. M. ; BARBOSA, P. K. A. ; Tadra-Sfeir, Michelle Z. ; FAORO, H. ; Pedrosa, F. O. ; Souza, E.M. ; BONATTO, A. C. ; WASSEM, R. . Identification of genes regulated by the transcriptional activator SyrM2 of Rhizobium sp. NGR234 using next generation sequencing. In: XLII Annual Meeting of SBBq, 2013, Foz do Iguaçu. XLII Annual Meeting of SBBq - Program and Index, 2013.

9.
BATISTA, MARCELO B. ; SFEIR, M. Z. T. ; FAORO, H. ; WASSEM, R. ; STEFFENS, MARIA B. R. ; Pedrosa, F. O. ; Souza, E.M. ; DIXON, RAY ; Monteiro, R.A. . RNA-seq transcriptional profiling of Herbaspirillum seropedicae Smr1 reveals roles for FNA orthologs in controlling the expression of the cytochrome C-based electron transport pathway. In: XLII Annual Meeting of SBBq, 2013, Foz do Iguaçu. XLII Annual Meeting of SBBq - Program and Index, 2013.

10.
Cardoso, R. L. A. ; WEISS, V. A. ; FAORO, H. ; BALSANELLI, E. ; Monteiro, R.A. ; CHUBATSU, L. S. ; HUERGO, L. F. ; WASSEM, R. ; Tadra-Sfeir, Michelle Z. ; STEFFENS, MARIA B. R. ; MULLER-SANTOS, M. ; RIGO, L. U. ; Pedrosa, F. O. ; Souza, E.M. ; CRUZ, L. M. . Evolutionary relationship within the genus Herbaspirillum. In: XLII Annual Meeting of SBBq, 2013, Foz do Iguaçu. XLII Annual Meeting of SBBq - Program and Index, 2013.

11.
VIEIRA, L. N. ; FRAGA, H. P. F. ; FAORO, H. ; KLABUNDE, G. H. F. ; ROGALSKI, M. ; PEDROSA, F.O. ; SOUZA, E. M. ; NODARI, R. O. ; GUERRA, M. P. . Preliminary results of the complete chloroplast sequencing of a Brazilian endangered conifer (Araucaria angustifolia) reveals the presence of the gene complex ndh. In: 3rd International Symposium on Chloroplast Genomics and Genetic Engineering, 2013, New Brunswick. Program and Abstracts, 2013.

12.
FRAGA, H. P. F. ; VIEIRA, L. N. ; FAORO, H. ; KLABUNDE, G. H. F. ; ROGALSKI, M. ; NODARI, R. O. ; GUERRA, M. P. . An improved protocol for chloroplast isolation of Araucaria angustifolia: an endangered conifer of Southern Brazil. In: 3rd International Symposium on Chloroplast Genomics & Genetic Engineering, 2013, New Bruswick. Program and Abstracts, 2013.

13.
FAORO, H.; Tadra-Sfeir, Michelle Z. ; Weiss, Vinicius A. ; BRUSAMARELLO, L. C. C. ; CAMILIOS-NETO, D. ; Monteiro, R.A. ; Cruz, L.M. ; FADEL-PICHETH, C. M. T. ; Souza, E.M. ; Pedrosa, F. O. . Genomic comparison of Herbaspirillum seropedicae SmR1, a plant endophytic bacteria, and Herbaspirillum seropedicae 14040, a clinical isolated. In: XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2012, Foz do Iguaçu. Book of Abstracts, 2012.

14.
CAMILIOS-NETO, D. ; Tadra-Sfeir, Michelle Z. ; BRUSAMARELLO, L. C. C. ; WASSEM, R. ; DONATTI, L. ; STETS, M. I. ; Weiss, Vinicius A. ; FAORO, H. ; CHUBATSU, L. S. ; Monteiro, R.A. ; Pedrosa, F. O. ; Souza, E.M. . RNA-seq transcriptional profiling of bread wheat triticum aestivum colonized by Azospirillum brasilense FP2. In: XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2012, Foz do Iguaçu. Book of Abstracts, 2012.

15.
Cruz, L.M. ; WEISS, V. A. ; FAORO, H. ; CARDOSO, R. L. A. ; MONTEIRO, R. A. ; FADEL-PICHETH, C. M. T. ; CHUBATSU, L. S. ; HUERGO, L. F. ; STEFFENS, M. B. R. ; MULLER-SANTOS, M. ; RIGO, L. U. ; WASSEM, R. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; Souza, E.M. ; Pedrosa, F. O. . Comparative genomics of Herbaspirillum genus. In: XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2012, Foz do Iguaçu. Book of Abstracts, 2012.

16.
SCHWAB, S. ; CRIVELARO, A. L. R. ; WEISS, V. A. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; FAORO, H. ; Cruz, L.M. ; Pedrosa, F. O. ; Souza, E.M. ; BALDANI, J. I. . Global transcriptional shift analysis of glutamate shock in N2-Fixing cells of Azospirillum amazonense strain CBAmc. In: XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2012, Foz do Iguaçu. Book of Abstracts, 2012.

17.
PANKIEVICZ, V. C. S. ; CAMILIOS-NETO, D. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; FAORO, H. ; DONATTI, L. ; BAURA, V. A. ; MONTEIRO, R. A. ; CHUBATSU, L. S. ; WASSEM, R. ; PEDROSA, F.O. ; SOUZA, E. M. . RNA-seq transcriptional profiling of Herbaspirillum seropedicae colonizing bread wheat triticum aestivum seedling roots. In: XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2012, Foz do Iguaçu. Book of Abstracts, 2012.

18.
BONATO, P. ; WASSEM, R. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; SOUZA, E. M. ; MONTEIRO, R. A. ; CAMILIOS-NETO, D. ; FAORO, H. ; WEISS, V. A. ; Pedrosa, F. O. ; RIGO, L. U. . Transcriptional profiling of nitrate-grown Herbaspirillum seropedicae by RNAseq. In: XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2012, Foz do Iguaçu. Book of Abstracts, 2012.

19.
TULESKI, T. R. ; BALSANELLI, E. ; FAORO, H. ; CRUZ, L. M. ; WASSEM, R. ; BAURA, V. A. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; YATES, M. G. ; PEDROSA, F.O. ; SOUZA, E. M. ; Monteiro, R.A. . Characterization of Herbaspirillum rubrisubalbicans M1 cellulose biosynthesis gene cluster. In: XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2012, Foz do Iguaçu. Book of Abstracts, 2012.

20.
WEISS, V. A. ; FAORO, H. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; CHICORA, V. K. ; MAGNANI, G. S. ; SOUZA, E. M. ; PEDROSA, F.O. ; RAITTZ, R. T. ; CRUZ, L. M. . Sequencing, assembly and annotation of the genome of Herbaspirillum lusitanum P6-12, an endophyte isolated from Phaseolous vulgaris root nodules. In: XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2012, Foz do Iguaçu. Book of Abstracts, 2012.

21.
BALSANELLI, E. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; FAORO, H. ; WEISS, V. A. ; PANKIEVICZ, V. C. S. ; CAMILIOS-NETO, D. ; BAURA, V. A. ; TIRAPELE, E. ; CRUZ, L. M. ; YATES, M. G. ; CHUBATSU, L. S. ; MULLER-SANTOS, M. ; RIGO, L. U. ; STEFFENS, M. B. R. ; HUERGO, L. F. ; WASSEM, R. ; Pedrosa, F. O. ; Souza, E.M. ; Monteiro, R.A. . Adaptation of H. seropedicae for maize rhizosphere colonization. In: 10th European Nitrogen Fixation Conference, 2012, Munique. 10th European Nitrogen Fixation Conference - Abstract book, 2012.

22.
SCHWAB, S. ; CRIVELARO, A. L. R. ; WEISS, V. A. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; FAORO, H. ; CRUZ, L. M. ; PEDROSA, F.O. ; Souza, E.M. ; BALDANI, J. I. . Global transcriptional shift analysis of nitrogenase switch-off by glutamate in Azospirillum amazonense strain CBAMC, isolated from sugarcane. In: 13th Symposium on Biological Nitrogen Fixation with non-legumes, 2012, Munique. 13th Symposium on Biological Nitrogen Fixation with non-legumes - Abstract book, 2012.

23.
SCHMIDT, M. A. ; BALSANELLI, E. ; FAORO, H. ; CRUZ, L. M. ; WASSEM, R. ; BAURA, V. A. ; YATES, M. G. ; OLIVARES, F. ; WEISS, V. A. ; PEDROSA, F.O. ; Souza, E.M. ; Monteiro, R.A. . The type III secretion system is necessary for the development of a pathogenic and endophytic interaction between Herbaspirillum rubrisubalbicans and Poaceae. In: 13th Symposium on Biological Nitrogen Fixation with non-legumes, 2012, Munique. 13th Symposium on Biological Nitrogen Fixation with non-legumes - Abstract book, 2012.

24.
FAORO, H.; WEISS, V. A. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; TULESKI, T. R. ; BRUSAMARELLO, L. C. C. ; CAMILIOS-NETO, D. ; Monteiro, R.A. ; CRUZ, L. M. ; RAITTZ, R. T. ; CHUBATSU, L. S. ; HUERGO, L. F. ; STEFFENS, M. B. R. ; RIGO, L. U. ; FADEL-PICHETH, C. M. T. ; WASSEM, R. ; SOUZA, E. M. ; PEDROSA, F.O. . Genomic sequencing of Herbaspirillum seropedicae AU14040, a clinical isolate, and comparison to Herbaspirillum seropedicae SMR1, a plant endophytic bacterium. In: Genomics of Nitrogen Fixing Organisms Meeting, 2012, Munique. Genomics of Nitrogen Fixing Organisms Meeting - Abstracts book, 2012.

25.
FAORO, H.; GLOGAUER, A. ; SOUZA, E. M. ; RIGO, L. U. ; CRUZ, L. M. ; MONTEIRO, R. A. ; PEDROSA, F.O. . Evidence for a New Lipase Family from a Brazilian Atlantic Forest Soil Metagenome Library. In: XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2011, Foz do Iguaçu. XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - Book of Abstracts, 2011.

26.
RAMOS, R. S. ; TRINDADE, K. M. ; FAORO, H. ; SOUZA, E. M. ; RIGO, L. U. ; PEDROSA, F.O. ; CHUBATSU, L. S. . Characterization of a brown pigment producer metagenomic clone. In: XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2011. XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - Book of Abstracts, 2011.

27.
SCHMIDT, M. A. ; SOUZA, E. M. ; FAORO, H. ; BALSANELLI, E. ; WEISS, V. A. ; CRUZ, L. M. ; PEDROSA, F.O. ; MONTEIRO, R. A. . Herbaspirillum rubrisubalbicans Type Three Secretion System. In: XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2011, Foz do Iguaçu. XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - Book of Abstracts, 2011.

28.
TADRA-SFEIR, M. Z. ; CAMILIOS, D. D. ; BRUSAMARELLO, L. C. C. ; FAORO, H. ; WEISS, V. A. ; BAURA, V. A. ; WASSEM, R. ; SOUZA, E. M. ; PEDROSA, F.O. ; MONTEIRO, R. A. . Whole transcriptome profile of Herbaspirillum seropedicae grown in the presence of naringenin. In: XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2011, Foz do Iguaçu. XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - Book of Abstracts, 2011.

29.
BALSANELLI, E. ; TULESKI, T. R. ; FAORO, H. ; CRUZ, L. M. ; BAURA, V. A. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; WASSEM, R. ; CHUBATSU, L. S. ; YATES, M. G. ; PEDROSA, F.O. ; SOUZA, E. M. ; MONTEIRO, R. A. . Genomic comparison of the endophyte Herbaspirillum seropedicae SMR1 and the phytopathogen Herbaspirillum rubrisubalbicans M1 by SSH and partial genome sequencing. In: XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2011, Foz do Iguaçu. XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - Book of Abstracts, 2011.

30.
THIMOTEO, S. S. ; GLOGAUER, A. ; FAORO, H. ; SOUZA, E. M. ; HUERGO, L. F. ; PEDROSA, F.O. . Molecular characterization of Three Chitinase Genes from a Metagenomic Library of a Fat-Contaminated Soil. In: XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2011, Foz do Iguaçu. XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - Book of Abstracts, 2011.

31.
CARACA, J. ; FAORO, H. ; SOUZA, E. M. ; RIGO, L. U. ; PEDROSA, F.O. ; CHUBATSU, L. S. . Isolation of an alfa-amylase from a Metagenomic Library of Paraná Atlantic Forest Soil. In: XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2011, Foz do Iguaçu. XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq, 2011.

32.
MORENO, L. ; VALVERDE, C. ; PARISI, G. ; KADOWAKI, M. A. S. ; FAORO, H. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; BALSANELLI, E. ; PEDROSA, F.O. ; STEFFENS, M. B. R. . Validation of in silico prediction of Herbaspirillum seropedicae SmR1 noncoding RNAs by RNAseq deeip sequencing. In: X meeting 2011, 2011, Florianópolis. X meeting 2011 - Abstract book, 2011.

33.
SFEIR, M. Z. T. ; SOUZA, E. M. ; FAORO, H. ; RIGO, L. U. ; WASSEM, R. ; YATES, M. G. ; PEDROSA, F.O. ; MONTEIRO, R. A. . Naringenin regulates genes involved in cell wall synthesis in Herbaspirillum seropedicae. In: XXXIX Annual Meeting of SBBq and 1 Latin American Symposium on the Molecular Mechanisms of Skeletal Mineralization, 2010, Foz do Iguaçu. XXXIX Annual Meeting of SBBq - Program and Abstracts, 2010.

34.
COTTA, M. S. ; MALINOWSKI, A. K. ; GLOGAUER, A. ; MAGNANI, G. S. ; FAORO, H. ; CRUZ, L. M. ; SOUZA, E. M. ; MONTEIRO, R. A. ; PEDROSA, F.O. . Diversity of bacteria in sediment of a meat industry effluent lagoon. In: XXXIX Annual Meeting of SBBq and 1 Latin American Symposium on the Molecular Mechanisms of Skeletal Mineralization, 2010, Foz do Iguaçu. XXXIX Annual Meeting of SBBq - Program and Abstracts, 2010.

35.
FAORO, H.; RIGO, L. U. ; SOUZA, E. M. ; CRUZ, L. M. ; MONTEIRO, R. A. ; GLOGAUER, A. ; COUTO, G. H. ; PEDROSA, F.O. . Characterization of a new lipase from a metagenomic library. In: XXXIX Annual Meeting of SBBq and 1 Latin American Symposium on the Molecular Mechanisms of Skeletal Mineralization, 2010, Foz do Iguaçu. XXXIX Annual Meeting of SBBq - Program and Abstracts, 2010.

36.
THIMOTEO, S. S. ; GLOGAUER, A. ; FAORO, H. ; SOUZA, E. M. ; HUERGO, L. F. ; PEDROSA, F.O. . Isolation of protease and chitinase producing clones from metagenomic libraries of Atlantic Forest and fat-contamined soils. In: XXXIX Annual Meeting of SBBq and 1 Latin American Symposium on the Molecular Mechanisms of Skeletal Mineralization, 2010, Foz do Iguaçu. XXXIX Annual Meeting of SBBq - Program and Abstracts, 2010.

37.
FAORO, H.; BRUSAMARELLO, L. C. C. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; CAMILIOS, D. D. ; CAMILIOS-NETO, D. ; SCHWAB, S. ; STETS, M. I. ; CHICORA, V. K. ; SOUZA, E. M. ; STEFFENS, M. B. R. ; CHUBATSU, L. S. ; MONTEIRO, R. A. ; CRUZ, L. M. ; HUERGO, L. F. ; RIGO, L. U. ; WASSEM, R. ; FADEL-PICHETH, C. M. T. ; MULLER-SANTOS, M. ; DA ROCHA, W. D. ; BONATTO, A. C. ; PEDROSA, F.O. . Genomic comparison of Herbaspirillum spp species. In: 12th International Symposium on Biological Nitrogen Fixation with Non-Legumes, 2010, Búzios. Book of Abstracts, 2010.

38.
TADRA-SFEIR, M. Z. ; SOUZA, E. M. ; FAORO, H. ; MULLER-SANTOS, M. ; TULESKI, T. R. ; BAURA, V. A. ; RIGO, L. U. ; WASSEM, R. ; PEDROSA, F.O. ; MONTEIRO, R. A. . Naringenin regulates the expression of genes involved in cell wall synthesis in Herbaspirillum seropedicae. In: 12th International Symposium on Biological Nitrogen Fixation with Non-Legumes, 2010, Búzios. Book of Abstracts, 2010.

39.
MONTEIRO, R. A. ; SOUZA, E. M. ; SCHMIDT, M. A. ; FAORO, H. ; BALSANELLI, E. ; WEISS, V. A. ; CRUZ, L. M. ; WASSEM, R. ; RAITTZ, R. T. ; RIGO, L. U. ; STEFFENS, M. B. R. ; CHUBATSU, L. S. ; YATES, M. G. ; PEDROSA, F.O. . Herbaspirillum rubrisubalbicans M1 type three secretion system. In: 12th International Symposium on Biological Nitrogen Fixation with Non-Legumes, 2010, Búzios. Book of Abstracts, 2010.

40.
MAGNANI, G. S. ; CRUZ, L. M. ; WEBER, H. ; MONTEIRO, R. A. ; FAORO, H. ; PEDROSA, F.O. ; YATES, M. G. ; SOUZA, E. M. . Endophytic bacterial diversity of brazilian sugarcane cultivar RB-72454. In: XXXVIII Annual Meeting of SBBq, 2009, Águas de Lindóia. XXXVIII Annual Meeting of SBBq - Program and Abstracts, 2009.

41.
TULESKI, T. R. ; MONTEIRO, R. A. ; BALSANELLI, E. ; FAORO, H. ; YATES, M. G. ; SFEIR, M. Z. T. ; BAURA, V. A. ; PEDROSA, F.O. ; SOUZA, E. M. . Identification of genetic differences between Herbaspirillum seropedicae and Herbaspirillum rubrisulbalbicans using suppressive subtractive hybridization libraries. In: XXXVIII Annual Meeting of SBBq, 2009, Águas de Lindóia. XXXVIII Annual Meeting of SBBq - Program and Abstracts, 2009.

42.
FAORO, H.; SOUZA, E. M. ; RIGO, L. U. ; MONTEIRO, R. A. ; CRUZ, L. M. ; BAURA, V. A. ; GLOGAUER, A. ; COUTO, G. H. ; PEDROSA, F.O. . Biocatalysts gene sequence recoveryfrom metagenomic DNA of Atlantic Forest soil. In: XXXVIII Annual Meeting of SBBq, 2009, Águas de Lindóia. XXXVIII Annual Meeting of SBBq - Program and Abstracts, 2009.

43.
GLOGAUER, A. ; FAORO, H. ; COUTO, G. H. ; MONTEIRO, R. A. ; SOUZA, E. M. ; PEDROSA, F.O. ; KRIEGER, N. . Isolation and sequencing of a lipase gene from a fat contaminated soil through metagenomic approach. In: XXXVIII Annual Meeting of SBBq, 2009, Águas de Lindóia. XXXVIII Annual Meeting of SBBq - Program and Abstracts, 2009.

44.
FAORO, H.; SOUZA, E. M. ; RIGO, L. U. ; MONTEIRO, R. A. ; CRUZ, L. M. ; BAURA, V. A. ; GLOGAUER, A. ; COUTO, G. H. ; PEDROSA, F.O. . Biocatalysts gene sequence recovery from metagenomic DNA of Atlantic Forest soil. In: 1 International INCT Symposium on Biological Nitrogen Fixation, 2009. 1 Internation INCT Symposium on Biological Nitrogen Fixation - Program and Index, 2009.

45.
GLOGAUER, A. ; FAORO, H. ; COUTO, G. H. ; MONTEIRO, R. A. ; SOUZA, E. M. ; PEDROSA, F.O. ; KRIEGER, N. . Identification and Characterization of a Lipase from a Fat Contaminated Soil Through Metagenomic Approach. In: 1 International INCT Symposium on Biological Nitrogen Fixation, 2009. 1 Internation INCT Symposium on Biological Nitrogen Fixation - Program and Index, 2009.

46.
COTTA, M. S. ; MALINOWSKI, A. K. ; MAGNANI, G. S. ; GLOGAUER, A. ; FAORO, H. ; CRUZ, L. M. ; SOUZA, E. M. ; MONTEIRO, R. A. ; PEDROSA, F.O. . Diversity of Diazotrophic Bacteria in a Meat Industry Effluent Lagoon. In: 1 International INCT Symposium on Biological Nitrogen Fixation, 2009, Curitiba. 1 Internation INCT Symposium on Biological Nitrogen Fixation - Program and Index, 2009.

47.
TRINDADE, K. M. ; FAORO, H. ; BAURA, V. A. ; PRADO, R. ; PEDROSA, F.O. ; SOUZA, E. M. ; MONTEIRO, R. A. ; CRUZ, L. M. ; STEFFENS, M. B. R. ; RIGO, L. U. ; HUERGO, L. F. ; CHUBATSU, L. S. . Characterization of a Metagenomic Library Clone with a Differentiated Phenotype. In: 1 International INCT Symposium on Biological Nitrogen Fixation, 2009, Curitiba. 1 Internation INCT Symposium on Biological Nitrogen Fixation - Program and Index, 2009.

48.
MAGNANI, G. S. ; CRUZ, L. M. ; MONTEIRO, R. A. ; FAORO, H. ; PEDROSA, F.O. ; DAVOS, F. O. ; BESPALHOk, E. ; YATES, M. G. ; WEBER, H. ; SOUZA, E. M. . Endophytic Diversity of Brazilian Sugarcane cultivar RB-72454. In: 1 International INCT Symposium on Biological Nitrogen Fixation, 2009, Curitiba. 1 Internation INCT Symposium on Biological Nitrogen Fixation - Program and Index, 2009.

49.
REBECA, T. M. ; FAORO, H. ; BAURA, V. A. ; PRADO, R. ; PEDROSA, F.O. ; SOUZA, E. M. ; MONTEIRO, R. A. ; CRUZ, L. M. ; STEFFENS, M. B. R. ; RIGO, L. U. ; HUERGO, L. F. ; CHUBATSU, L. S. . Bioprospection of a proteolytic activity using a metagenomic DNA library. In: 1 International INCT Symposium on Biological Nitrogen Fixation, 2009, Curitiba. 1 Internation INCT Symposium on Biological Nitrogen Fixation - Program and Index, 2009.

50.
TULESKI, T. R. ; MONTEIRO, R. A. ; BALSANELLI, E. ; FAORO, H. ; YATES, M. G. ; SFEIR, M. Z. T. ; BAURA, V. A. ; PEDROSA, F.O. ; SOUZA, E. M. . Identification of genetic differences between Herbaspirillum seropedicae and Herbaspirillum rubrisulbalbicans using suppressive subtractive hybridization libraries. In: 1 International INCT Symposium on Biological Nitrogen Fixation, 2009, Curitiba. 1 Internation INCT Symposium on Biological Nitrogen Fixation - Program and Index, 2009.

51.
SFEIR, M. Z. T. ; ALVES, A. C. O. ; SOUZA, E. M. ; FAORO, H. ; SANTOS, M. M. ; RIGO, L. U. ; WASSEM, R. ; YATES, M. G. ; PEDROSA, F.O. ; MONTEIRO, R. A. . Herbaspirillum seropedicae ampG gene expression is regulated by naringenin and a mutation in this gene alters the LPS structure. In: 1 International INCT Symposium on Biological Nitrogen Fixation, 2009, Curitiba. 1 Internation INCT Symposium on Biological Nitrogen Fixation - Program and Index, 2009.

52.
SFEIR, M. Z. T. ; ALVES, A. C. O. ; SOUZA, E. M. ; WASSEM, R. ; FAORO, H. ; SANTOS, M. M. ; RIGO, L. U. ; PEDROSA, F.O. ; MONTEIRO, R. A. . Expression of an ampG like gene in Herbaspirillum seropedicae strain SmR1 is regulated by naringenin and its product appears to be involved in the determination of LPS structure. In: XXXVIII Annual Meeting of SBBq, 2009, Águas de Lindóia. XXXVIII Annual Meeting of SBBq - Program and Abstracts, 2009.

53.
FAORO, H.; SOUZA, E. M. ; RIGO, L. U. ; MONTEIRO, R. A. ; COUTO, G. H. ; GLOGAUER, A. ; IORIS, R. M. ; PEDROSA, F.O. . Isolation of lipase producing clones from metagenomic libraries of Atlantic Forest soil. In: XXXVII Annual Meeting of SBBq, 2008, Águas de Lindóia. XXXVII Annual Meeting of SBBq - Program and Abstracts, 2008.

54.
GLOGAUER, A. ; FAORO, H. ; SANTOS, M. M. ; COUTO, G. H. ; SOUZA, E. M. ; PEDROSA, F.O. ; MITCHELL, D. A. ; KRIEGER, N. . Screening for lipolytic enzymes from a metagenomic library generated from fat contaminated soil. In: XXXVII Annual Meeting of SBBq, 2008, Águas de Lindóia. XXXVII Annual Meeting of SBBq - Program and Abstracts, 2008.

55.
COUTO, G. H. ; SOUZA, E. M. ; FAORO, H. ; GLOGAUER, A. ; PEDROSA, F.O. . Screening of a metagenomic library derived from mangrove sediment for esterases. In: XXXVII Annual Meeting of SBBq, 2008, Águas de Lindóia. XXXVII Annual Meeting of SBBq - Program and Abstracts, 2008.

56.
BALSANELLI, E. ; SOUZA, E. M. ; FAORO, H. ; SFEIR, M. Z. T. ; BAURA, V. A. ; PEDROSA, F.O. ; MONTEIRO, R. A. . Identification of Genetic Differences Between Two Species of Herbaspirillum. In: XXXVII Annual Meeting of SBBq, 2008, Águas de Lindóia. XXXVII Annual Meeting of SBBq - Program and Abstracts, 2008.

57.
SFEIR, M. Z. T. ; SOUZA, E. M. ; FAORO, H. ; RIGO, L. U. ; WASSEM, R. ; PEDROSA, F.O. ; MONTEIRO, R. A. . Identification of Herbaspirillum seropedicae genes regulated by the flavonoid naringenin. In: XXXVII Annual Meeting of SBBq, 2008. XXXVII Annual Meeting of SBBq - Program and Abstracts, 2008.

58.
FAORO, H.; MONTEIRO, R. A. ; BALSANELLI, E. ; SCHREINER, V. O. ; BAURA, V. A. ; STEFFENS, M. B. R. ; CHUBATSU, L. S. ; CRUZ, L. M. ; RIGO, L. U. ; PEDROSA, F.O. ; WASSEM, R. ; FUNGARO, M. H. ; VIEIRA, L. G. E. ; SOUZA, E. M. . Identification of Herbaspirillum rubrisubalbicans genes involved in Plant-Bacteria interaction. In: XXXVI Annual Meeting of SBBq / X IUBMB Conference, 2007, Salvador. XXXVI Annual Meeting of SBBq / X IUBMB Conference - Program and Abstracts, 2007.

59.
BRUSAMARELLO, L. C. C. ; PACHECO, F. ; AL JANABI, S. M. ; FAORO, H. ; CRUZ, L. M. ; MONTEIRO, R. A. ; SOUZA, E. M. ; PEDROSA, F.O. ; WASSEM, R. . Construction and sequencing of a cDNA library of Oryza sativa roots inoculated with Herbaspirillum seropedicae. In: XXXVI Annual Meeting of SBBq / X IUBMB Conference, 2007, Salvador. XXXVI Annual Meeting of SBBq / X IUBMB Conference - Program and Abstracts, 2007.

60.
PISA, G. ; RAITTZ, R. T. ; FAORO, H. ; KADOWAKI, M. A. S. ; MAGNANI, G. S. ; SOUZA, E. M. ; PEDROSA, F.O. ; CRUZ, L. M. . Automatic pipeline for environmental DNA sequence analyses. In: XXXVI Annual Meeting of SBBq / X IUBMB Conference, 2007, Salvador. XXXVI Annual Meeting of SBBq / X IUBMB Conference - Program and Abstracts, 2007.

61.
FAORO, H.; AL JANABI, S. M. ; CRUZ, L. M. ; BAURA, V. A. ; SOUZA, E. M. ; PEDROSA, F.O. . Determination of Bacterial and Archeal Biodiversity on Atlantic Forest Soil. In: XXXV Reunião Anual da SBBq, 2006, Águas de Linóia. XXXV Reunião Anual Programas e Resumos, 2006.

62.
NOINDORF, L. ; REGO, F. G. M. ; DEDECK, A. S. ; FAORO, H. ; STEFFENS, M. B. R. ; SOUZA, E. M. ; PEDROSA, F.O. ; CHUBATSU, L. S. . Characterization of the glnK and amtB genes of Herbaspirillum seropedicae. In: XXXIV Reunião Anual da SBBq, 2005, Águas de Lindóia. XXXIV Reunião Anual Programas e Resumos, 2005.

63.
FAORO, H.. Characterization and mutagenesis of the glnE gene of Herbaspirillum seropedicae. In: XXXIII Renião Anual da SBBq, 2004, Caxambu. Livro de Resumos da XXXIII Reunião anual da SBBq, 2004.

64.
FAORO, H.. Sequenciamento de 500 clones de uma biblioteca genômica de Herbaspirillum seropedicae. In: X Evento de Iniciação Científica, 2002, Curitiba. X Evento de Iniciação Científica - Resumos, 2002.

65.
FAORO, H.. High Throughput sequencing of cosmid ends. In: XXXI Reunião anual da SBBq, 2002, Caxambu. XXXI Reunião anual da SBBq, 2002.

Apresentações de Trabalho
1.
VIEIRA, A. Z. ; RAITTZ, R. T. ; FAORO, H. . Distribution and conservation of N-acetylneuraminate synthase (NeuB) in prokaryotes. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

2.
FAORO, H.. Sequenciamento de DNA através das décadas: do Sanger ao Single Molecule. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
FAORO, H.. Genome comparison between clinical and environmental strains of Herbaspirillum seropedicae reveals adaptions to survive in human hosts. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
Beneduzi, A. ; BORGES, L. G. ; ALVARENGA, S. ; VARGAS, L. K. ; FAORO, H. ; Souza, E.M. ; Passaglia, L. M. P. . Evaluation of bacterial community in pampa biome areas under different pasture grazing pressure load. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

5.
LAFOS, M. ; MALUK, M. ; FAORO, H. ; CRUZ, L. M. ; BATTISTONI, F. ; Souza, E.M. ; Pedrosa, F. O. ; CHEN, W. ; DIXON, RAY ; JAMES, E. K. . Comparative genomics of 'plant-associated' Azoarcus spp.. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

6.
KLASSEN, W. O. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; CARDOSO, R. L. A. ; SOUZA, E. M. ; PEDROSA, F.O. ; FAORO, H. . Genomic analysis of opportunistic bacteria from Herbaspirillum genus isolated from immunocompromised patients. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

7.
PALHETA, J. S. O. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; SOUZA, E. M. ; PEDROSA, F.O. ; FAORO, H. . Metagenomic analysis of the Southern Brazilian Atlantic Forest soil using next-generation sequencing technologies. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

8.
FAORO, H.; WEISS, V. A. ; TADRA-SFEIR, M. Z. ; CARDOSO, R. L. A. ; BALSANELLI, E. ; CRUZ, L. M. ; RAITTZ, R. T. ; FADEL-PICHETH, C. M. T. ; SOUZA, E. M. ; Pedrosa, F. O. ; PEDROSA, F. O. . Replacement of the LPS biosynthesis gene cluster from the environmental to clinical Herbaspirillum seropedicae strain. 2015. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

9.
FAORO, H.. Metagenômica como ferramenta de exploração biotecnológica e investigação de microbiomas. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

10.
FAORO, H.. Metagenômica: prospecção por biocatalisadores e biocompostos em organismos não cultiváveis. 2014. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

11.
Faoro, H.. Metagenômica como ferramenta para prospecção de biocatalisadores e compostos bioativos. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

12.
FAORO, H.. Prospecção de biocatalisadores do solo da Mata Altântica brasileira: metagenômica usando abordagens baseadas em função e sequenciamento de DNA. 2013. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

13.
FAORO, H.. Metagenômica de solos. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

14.
FAORO, H.. Genomics and transcriptomics of nitrogen fixing bacteria using the SOLiD platform. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

15.
FAORO, H.. Metagenômica. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

16.
FAORO, H.. Metagenômica. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

17.
FAORO, H.. Biodiversidade bacteriana e metagenômica. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

18.
FAORO, H.. Metagenômica: uma nova tecnologia para o desenvolvimento de produtos farmacêuticos e biotecnológicos. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

19.
FAORO, H.. Biodiversidade bacteriana e metagenômica de solos. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

20.
FAORO, H.. Caracterização do gene glnE de Herbaspirillum seropedicae. 2003. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
PIRO, V. C. ; FAORO, H. ; WEISS, V. A. ; STEFFENS, M. B. R. ; Souza, E.M. ; Pedrosa, F. O. ; RAITTZ, R. T. . FGAP. 2014.

2.
PISA, G. ; RAITTZ, R. T. ; FAORO, H. ; KADOWAKI, M. A. S. ; MAGNANI, G. S. ; SOUZA, E. M. ; PEDROSA, F.O. ; CRUZ, L. M. . AutoPipe16 (AUTOMATIC PIPELINE FOR ENVIRONMENTAL DNA SEQUENCE ANALYSES ). 2007.

Trabalhos técnicos
1.
FAORO, H.. Parecer para manuscrito submetido à revista Microbial Ecology. 2018.

2.
FAORO, H.. Parecer para manuscrito submetido à revista Microbial Ecology. 2018.

3.
FAORO, H.. Parecer para Relatório Técnico de Projeto Temático FAPESP. 2018.

4.
FAORO, H.. Parecer para manuscrito submetido à revista Microbial Ecology. 2018.

5.
FAORO, H.. Parecer para manuscrito submetido à PeerJ. 2017.

6.
FAORO, H.. Parecer para manuscrito submetido à Microbial Ecology. 2017.

7.
FAORO, H.. Parecer para Relatório Técnico de Projeto Temático FAPESP. 2017.

8.
FAORO, H.. Parecer para Relatório Técnico de Projeto Temático FAPESP. 2016.

9.
FAORO, H.. Parecer para manuscrito submetido à Microbial Cell Factories. 2015.

10.
FAORO, H.. Parecer para manuscrito submetido à Plos One. 2015.

11.
FAORO, H.. Parecer para projeto de pós-doutorado no exterior FAPESP. 2014.

12.
FAORO, H.. Parecer para projeto temático FAPESP. 2014.

13.
FAORO, H.. Parecer para projeto temático FAPESP. 2014.

14.
FAORO, H.. Parecer para manuscrito submetido à International Scholarly Research Notices. 2014.

15.
FAORO, H.. Parecer para projeto de Iniciação Científica FAPESP. 2013.

16.
FAORO, H.. Parecer para manuscrito submetido à African Journal of Biotechnology. 2012.


Demais tipos de produção técnica
1.
FAORO, H.; KLASSEN, W. O. ; VIEIRA, A. Z. ; PARREIRA, V. S. C. . Sequenciamento de DNA através das gerações. 2018. (Extensão).

2.
CRUZ, L. M. ; MAGNANI, G. S. ; FAORO, H. ; MORENO, L. ; CARDOSO, R. L. A. ; WEISS, V. A. . Bioinformática aplicada à genômica e transcriptômica de procariotos. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

3.
FAORO, H.. Next generation sequencing and metagenomics. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

4.
FAORO, H.; TADRA-SFEIR, M. Z. ; BRUSAMARELLO, L. C. C. ; WEISS, V. A. ; SOUZA, E. M. . Sequenciamento de DNA de nova geração - Plataforma SOLiD. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

5.
COUTO, G. H. ; FAORO, H. ; GLOGAUER, A. ; KADOWAKI, M. A. S. ; PISA, G. . Biodiversidade Microbiana, Bioprospecção de Enzimas, Metagenômica e Bioinformática. 2008. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

6.
FAORO, H.; GLOGAUER, A. ; COUTO, G. H. ; KADOWAKI, M. A. S. ; PISA, G. . Metagenômica (Filogenia e Prospecção) e Bioinformática. 2008. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
Faoro, H.; ETTO, R. M.; CRUZ, L. M.. Participação em banca de Daniel Vasconcelos Rissi. Classificação taxonômica e predição funcional de comunidades microbianas de solos e rizosferas usando o gene 16S rRNA. 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Paraná.

2.
FAORO, H.; CRUZ, L. M.; BENELLI, E. M.. Participação em banca de Letícia Ferreira Zanlorensi. Avaliação in vivo dos efeitos de dentifrícios contendo arginina sobre a composição do biofilme dental. 2018. Dissertação (Mestrado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná.

3.
FAORO, H.; RAITTZ, R. T.; FADEL-PICHETH, C. M. T.; MARCHAUKOSKI, J. N.. Participação em banca de Diônata Willian Augusto. Análise de ilhas genômicas a partir de clusterização de proteínas. 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Paraná.

4.
RAITTZ, R. T.; FAORO, H.; FADEL-PICHETH, C. M. T.; GUIZELINI, D.. Participação em banca de Antonio Carlos da Silva Filho. Análise comparativa das ferramentas de predição de ilhas genômicas. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Paraná.

5.
FAORO, H.; DA ROCHA, W. D.; PAVONI, D. P.. Participação em banca de Kenny Nieradka. Desenvolvimento de um método otimizado de genotipagem de Trypanosoma cruzi baseado em sequenciamento em larga escala. 2017. Dissertação (Mestrado em Biociênicas e Biotecnologia) - Instituto Carlos Chagas - Fundação Oswaldo Cruz (Paraná).

6.
MULLER-SANTOS, M.; FAORO, H.; CRUZ, L. M.. Participação em banca de Isabela Cavalcante Rodrigues. Caracterização de uma fosforribohidrolase do tipo Lonely guy de Azospirillum brasilense, com uma possível ação na biossintese de citocininas. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná.

7.
RAITTZ, R. T.; FAORO, H.; CAVALLET, L. E.. Participação em banca de Bruno Thiago de Lima. Consolidação e validação da ferramenta Rapid Alignment Free Tool for Sequences Similarity Search to Groups (RAFTS3groups) - Um software rápido de clusterização para Big Data e buscador consistente de proteínas ortólogas. 2016. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Paraná.

8.
CRUZ, L. M.; MONTEIRO, R. A.; FAORO, H.. Participação em banca de Marina Soneghett Cota. Monitoramento de estirpes de Azospirillum brasiliense inoculado em culturas de milho. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná.

9.
FRAGOSO, S. P.; FAORO, H.; TOLEDO, M. J. O.. Participação em banca de Johnny W. Lima das Neves. Análise bioinformática da diversidade genômica das diferentes linhagens de Trypanosoma cruzi com ênfase nos mecanismos de regulação da expressão gênica. 2015. Dissertação (Mestrado em Biociênicas e Biotecnologia) - Instituto Carlos Chagas - Fundação Oswaldo Cruz (Paraná).

10.
FRAGOSO, S. P.; FAORO, H.; ANA, M.. Participação em banca de Bruna Hilzendeger Marcon. Ribosome Profiling: aplicação no estudo do processo de diferenciação de células-tronco adultas. 2014. Dissertação (Mestrado em Biociênicas e Biotecnologia) - Instituto Carlos Chagas - Fundação Oswaldo Cruz (Paraná).

11.
Monteiro, R.A.; FAORO, H.; TADRA-SFEIR, M. Z.. Participação em banca de Rafael Antônio Covre. Wedring: Pipeline para análise de expressão diferencial em experimentos de RNA-seq. 2013. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Paraná.

12.
STEFFENS, M. B. R.; FAORO, H.; PASCHOAL, A. R.. Participação em banca de Leandro Ferreira Moreno. Predição e análise de expressão de RNAs não codificadores com função regulatória presentes na bactéria Herbaspirillum seropedicae SmR1. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná.

13.
FAORO, H.; DOMINGUES, A. C.; ZANCHIN, N. I.. Participação em banca de Sharon de Toledo Martins. Caracterização da proteína TcRRM2 de Trypanosoma crizi: envolvimento na regulação da expressão gênica e resposta a estresse. 2012. Dissertação (Mestrado em Biociênicas e Biotecnologia) - Instituto Carlos Chagas - Fundação Oswaldo Cruz (Paraná).

14.
FAORO, H.; MARCHAUKOSKI, J. N.; RAITTZ, R. T.. Participação em banca de Vanely de souza. Montagen do draft do genoma da bactéria Herbaspirillum huttiense subsp. putei. 2012. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Paraná.

15.
PEDROSA, F.O.; FAORO, H.; WASSEM, R.. Participação em banca de Sarah Sacks Thimoteo. Isolamento e caracterização molecular de três quitinases de uma biblioteca metagenômica. 2011. Dissertação (Mestrado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná.

16.
RAITTZ, R. T.; FAORO, H.; DANDOLINI, G. A.; MARCHAUKOSKI, J. N.. Participação em banca de Leandro Henrique Stein. Desenvolvimento de programa computacional para predição gênica baseado em redes neurais artificiais. 2011. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Paraná.

Teses de doutorado
1.
Faoro, H.; MEDEIROS, L. C.; RAMIREZ, M. I.. Participação em banca de Denize Andréa Silva de Souza. Reconstrução filogenética e caracterização funcional de genes da família das miosinas em Trypanosoma cruzi. 2018. Tese (Doutorado em Biociências e Biotecnologia) - Instituto Carlos Chagas - Fundação Oswaldo Cruz (Paraná).

2.
NODARI, R. O.; SOBRAL, M. E. G.; FAORO, H.; CADDAH, M. K.; GUERRA, M. P.; REIS, M. S.. Participação em banca de Lilian de Oliveira Machado. Análise comparativa do genoma plastidial de Myrtaceae: Acca sellowiana (O. Berg) Burret, Eugenia uniflora L., Campomanesia xanthocarpa (Mart.) O. Berg, Plinia cauliflora (Mart.) Kausel, Plinia aureana (Mattos) Mattos e Hibrida UTFPR.. 2017. Tese (Doutorado em Recursos Genéticos Vegetais) - Universidade Federal de Santa Catarina.

3.
FADEL-PICHETH, C. M. T.; CRUZ, L. M.; GUIZELINI, D.; CARDOSO, R. L. A.; FAORO, H.; ALBERTON, D.. Participação em banca de Barbara Moriel. Sequenciamento e comparação do genoma de Aeromonas caviae 8LM. 2017. Tese (Doutorado em Ciências Farmacêuticas) - Universidade Federal do Paraná.

4.
COSTA, L. M. D.; FAORO, H.; ROSATI, R.; PILLONETTO, M.; GALES, A. C.. Participação em banca de Jussara Kasuko Palmeiro. Epidemiologia molecular e caracterização dos determinantes genéticos de resistência aos antimicrobianos em isolados clínicos de Enterobacteriaceae. 2017. Tese (Doutorado em Biotecnologia Aplicada a Saúde da Criança e do Adolescente) - Hospital Infantil Pequeno Príncipe.

5.
PEDROSA, F.O.; PASCHOAL, A. R.; CRUZ, L. M.; SOUZA, E. M.; FAORO, H.. Participação em banca de Dieval Guizelini. G-FINISHER: uma nova estratégia para refinar e finalizar a montagem de genomas bacterianos. 2016. Tese (Doutorado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná.

6.
CRUZ, L. M.; MONTEIRO, R. A.; FADEL-PICHETH, C. M. T.; WEISS, V. A.; FAORO, H.. Participação em banca de Rodrigo Luis Alves Cardoso. Análise genômica comparativa de bactérias do gênero Herbaspirillum. 2015. Tese (Doutorado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná.

7.
PEDROSA, F.O.; MULLER-SANTOS, M.; GLOGAUER, A.; PIERO, R. M.; FAORO, H.. Participação em banca de Sarah Sacks Thimoteo. Caracterização e atividade biológica de quitinases provenientes de uma biblioteca metagenômica. 2015. Tese (Doutorado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná.

8.
STEFFENS, M. B. R.; PEDROSA, F.O.; CAMILIOS-NETO, D.; REGO, F. G. M.; FAORO, H.. Participação em banca de Cícero Silvano Teixeira. Regulação da expressão de polihidroxialcanoato sintases em Herbaspirillum seropedicae estirpe SmR1. 2015. Tese (Doutorado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná.

9.
CRUZ, L. M.; FAORO, H.; PROBST, C. M.; MADEIRA, H. M.; RAMOS, R. T. J.. Participação em banca de Vinicius Almir Weiss. Montagem, anotação e análise comparativa do genoma da bactéria Herbaspirillum lusitanum P6-12. 2014. Tese (Doutorado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná.

10.
GOLDENBERG, S.; FLOETER-WINTER, L. M.; PERALES, J. E. A.; GRISARD, E. C.; FAORO, H.. Participação em banca de Fernanda Borini Mansur. Caracterização de proteínas poli-Q em Trypanosoma cruzi - envolvimento na regulação da expressão gênica. 2012. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Paraná.

Qualificações de Doutorado
1.
Faoro, H.; ROSA, R.. Participação em banca de Abadio de Oliveira da Costa Junior. Influência da microbiota intestinal de Triatoma infestans no desenvolvimento de Trypanosoma cruzi no vetor e na infectividade do parasito ao modelo murinho. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Biotecnologia) - Universidade Federal de Santa Catarina.

2.
FAORO, H.; NARDELI, S. C.. Participação em banca de Isabela Tiemy Pereira. Caracterização molecular de redes gênicas envolvidas na regulação transcricional e pós-transcricional da diferenciação cardiomiogênica. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Biociências e Biotecnologia) - Instituto Carlos Chagas - Fundação Oswaldo Cruz (Paraná).

3.
COSTA, L. M. D.; ROSATI, R.; FAORO, H.. Participação em banca de Jussara Kasuko. Epidemiologia molecular de isolados clínicos de Enterobacteriaceae com diferentes perfis de sensibilidade aos antimicrobianos. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Biotecnologia Aplicada a Saúde da Criança e do Adolescente) - Hospital Infantil Pequeno Príncipe.

4.
VEZZANI, F. M.; VARGAS, L. K.; FAVARETTO, N.; FAORO, H.. Participação em banca de Raul Matias Cezar. Microcadeia alimentar do solo: integração entre bactérias e protozoários edáficos e seu efeito no desenvolvimento das plantas. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências do Solo) - Universidade Federal do Paraná.

5.
NODARI, R. O.; REIS, M. S.; PESCADOR, R.; FAORO, H.. Participação em banca de Lilian de Oliveira Machado. Análise comparativa do genoma cloroplastidial de Myrtaceae: Aca sellowiana (O. Berg) Eugenia uniflora L., Plinia peruviana (Poir) Govaerts e Campomanesia xanthocarpa (Mart.) O. Berg. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Recursos Genéticos Vegetais) - Universidade Federal de Santa Catarina.

Qualificações de Mestrado
1.
Faoro, H.; FRAGOSO, S. P.. Participação em banca de Camila Sayuri Tominaga da Cunha. Caracterização molecular dos seis homólogos do fator de início de tradução eIF4E de Trypanosoma cruzi. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Biociênicas e Biotecnologia) - Instituto Carlos Chagas - Fundação Oswaldo Cruz (Paraná).

2.
FAORO, H.; NARDELI, S. C.. Participação em banca de Isabelle Leticia Zaboroski Silva. O efeito do silenciamento gênico de pumilio durante cardiomiogênese de células-tronco embrionárias humanas. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Biociênicas e Biotecnologia) - Instituto Carlos Chagas - Fundação Oswaldo Cruz (Paraná).

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
WASSEM, R.; SOUZA, E. M.; Faoro, H.. Participação em banca de Vinicius da Saraiva Chagas.Análise da sequência do genoma da estirpe HM053 de Azospirillum brasilense, obtida através de sequenciamento de nova geração. 2013. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Paraná.

2.
MONTEIRO, R. A.; FAORO, H.; CAMILIOS-NETO, D.. Participação em banca de Thalita Regina Tuleski.Identificação de genes de Herbaspirillum sp. envolvidos na interação planta-bactéria. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Paraná.

3.
PROBST, C. M.; PAVONI, D. P.; FAORO, H.. Participação em banca de Eduardo Lemons Franscisco.Análise Bioinformática das Proteínas Hipotéticas de Trypanossoma cruzi. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Paraná.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Outras participações
1.
FAORO, H.. 18º EVINCI. 2010.

2.
SANTOS, M. M.; GLOGAUER, A.; HUERGO, L. F.; FAORO, H.. 16° EVINCI. 2008. Universidade Federal do Paraná.

3.
FAORO, H.; NOINDORF, L.; BONATTO, A. C.. 15° EVINCI. 2007. Universidade Federal do Paraná.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Fiocruz na rua. Sequenciamento de DNA através das gerações. 2018. (Exposição).

2.
Workshop in Health Innovation and Antimicrobial Resistance. 2018. (Oficina).

3.
Illumina User Group Meeting.Genome comparison between clinical and environmental strains of Herbaspirillum seropedicae reveals adaptation to survive in human hosts. 2017. (Encontro).

4.
12 International Conference of the AB3C - X-meeting. Genomic analysis of opportunistic bacteria from Herbaspirillum genus isolated from immunocompromised patients. 2016. (Congresso).

5.
23 Congress of the International Union of Biochemistry and Molecular Biology 2015 and 44 Annual Meeting of SBBq. Replacement of the LPS biosynthesis gene cluster from the environmental to clinical Herbaspirillum seropedicae strain. 2015. (Congresso).

6.
V Simpósio de Bioquímica e Biologia Molecular - SIMBBTEC.Metagenômica como ferramenta de exploração biotecnológica e investigação de microbiomas. 2015. (Simpósio).

7.
59 Congresso Brasileiro de Genética. Prospecção de biocatalisadores do solo da Mata Atlântica brasileira: metagenômica usando abordagens baseadas em função e sequenciamento de segunda geração. 2013. (Congresso).

8.
XLII Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. Use of Metagenome Massive Parallel Sequencing for Prospecting Genes of Biotechnological interest. 2013. (Congresso).

9.
10th European Nitrogen Fixation Conference. 2012. (Congresso).

10.
58 Congresso Brasileiro de Genética. Prospection of biocatalyzer genes from metagenomic libraries using next generation SOLiD sequencer. 2012. (Congresso).

11.
Genomics of Nitrogen Fixing Organisms Meeting.Genomic sequencing of Herbaspirillum seropedicae AU14040, a clinical isolate, and comparison to Herbaspirillum seropedicae SmR1, a plant endophytic bacterium. 2012. (Encontro).

12.
Sequenciamento de nova geração nas plataformas Ion Torrent e SOLiD. 2012. (Simpósio).

13.
XLI Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular. Genomic comparison of Herbaspirillum seropedicae SmR1, a plant endophytic bacteria, and Herbaspirillum seropedicae 14040, a clinical isolated. 2012. (Congresso).

14.
Next Generation Sequence Experience 2011.Genomics and Transcriptomics of Nitrogen Fixing Bacteia Using the SOLiD Plataform. 2011. (Encontro).

15.
XL Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular - SBBq. Evidence for a New Lipase Family from a Brazilian Atlantic Forest Soil Metagenome Library. 2011. (Congresso).

16.
12th International Symposium on Biological Nitrogen Fixation with Non-Legumes.Genomic comparison of Herbaspirillum spp species. 2010. (Simpósio).

17.
I Curso de Inverno de Bioquímica e Biologia Molecular da Universidade Federal do Paraná.Metagenômica. 2010. (Outra).

18.
SOLiD 3 Plus Systems Training. 2010. (Outra).

19.
VII Semana de Biologia da Universidade Estadual do Norte Fluminense.Metagenômica. 2010. (Outra).

20.
XXXIX Annual Meeting of SBBq and 1 Latin American Symposium on the Molecular Mechanisms of Skeletal Mineralization. Characterization of a new lipase from a metagenomic library. 2010. (Congresso).

21.
1 International INCT Symposium on Biological Nitrogen Fixation.Biocatalysts gene sequence recovery from metagenomic DNA of Atlantic Forest soil. 2009. (Simpósio).

22.
XXXVIII Annual Meeting of SBBq. Biocatalysts gene sequence recovery from metagenomic DNA of Atlantic Forest soil. 2009. (Congresso).

23.
ENZITEC 2008 - VIII Seminário Brasileiro de Tecnologia Enzimática.Prospection of biocatalysts in metagenomic libraries from soils of the Atlantic Fores. 2008. (Seminário).

24.
XXXVII Annual Meeting of SBBq. Isolation of lipase producing clones from metagenomic libraries of Atlantic Fores soils. 2008. (Congresso).

25.
XXXVI Annual Meeting of SBBq / X IUBMB Conference. Identification of Herbaspirillum rubrisubalbicans genes involved in Plant-Bacteria interaction. 2007. (Congresso).

26.
XXXV Reunião Anual da SBBq. Determination of Bacterial and Archeal Biodiversity on Atlantic Forest Soil. 2006. (Congresso).

27.
12° Evento de Iniciação Científica da UFPR.Função da enzima adenilitransferase no metabolismo de nitrogênio em Herbaspirillum seropedicae. 2004. (Outra).

28.
XXXIII Reunião anual da SBBq.Characterization and mutagenesis of the glnE gene of Herbaspirillum seropedicae. 2004. (Outra).

29.
11° Evento de Iniciação Científica da UFPR - 11° EVINCI.Seqüenciamento de 500 clones de uma biblioteca genômica de Herbaspirillum seropedicae. 2003. (Outra).

30.
Simpósio GENOPAR. 2003. (Simpósio).

31.
10º Evento de Iniciação Científica da UFPR - 10º EVINCI.Seqüenciamento de 500 clones de uma biblioteca genômica de Herbaspirillum seropedicae. 2002. (Outra).

32.
XXXI Reunião nacional da SBBq. High throughput sequencing of cosmid ends. 2002. (Congresso).

33.
A década do cérebro. 2000. (Simpósio).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Alexandre Zanatta. Adaptação genômica de bactérias ambientais a hospedeiros humanos. Início: 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Willian Klassen de Oliveira. Investigação de mecanismos adaptativos e resistência a antimicrobianos de microrganismos isolados de pacientes com sepses. Início: 2018. Tese (Doutorado em Biociências e Biotecnologia) - Instituto Carlos Chagas - Fundação Oswaldo Cruz (Paraná), Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

2.
Aline Castro Rodrigues Lucena. Caracterização do microbioma de camundongos com colite ulcerativa tratados com células tronco mesenquimais. Início: 2018. Tese (Doutorado em Biociências e Biotecnologia) - Instituto Carlos Chagas - Fundação Oswaldo Cruz (Paraná), Fundação Oswaldo Cruz. (Orientador).

3.
Janynne Stephanie de Oliveira Palheta. Caracterização do microbioma de intestino de insetos vetores para Doença de Chagas utilizando sequenciamento massivo de DNA. Início: 2017. Tese (Doutorado em Biociências e Biotecnologia) - Instituto Carlos Chagas - Fundação Oswaldo Cruz (Paraná). (Orientador).

Iniciação científica
1.
Hugo Leonardo de Ávila. Montagem, anotação e comparação do genoma de bactérias da espécie Klebsiella pneumoniae resistente (KPC) e sensível a carbapenêmicos isolados de pacientes com sepses do Hospital das Clínicas em Curitiba. Início: 2018 - Instituto Carlos Chagas - Fundação Oswaldo Cruz (Paraná), Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Willian Klassen de Oliveira. Montagem e anotação genômica de bactérias oportunistas isoladas de pacientes imunocomprometidos e comparação com genomas de bactérias ambientais. 2016. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Helisson Faoro.

2.
Janynne Stephanie de Oliveira Palheta. Análise do microbioma de solos da floresta atlântica paranaense utilizando sequenciamento massivo de DNA: implicações ecológicas e biotecnológicas. 2015. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Helisson Faoro.

3.
André Ferreira Mota. Caracterização de uma nova lipase verdadeira a partir de clones de uma biblioteca metagenômica, criada através de um solo contaminado com gordura animal. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Helisson Faoro.

4.
Rodrigo Rene Menegazzo. Montagem, anotação e comparação do genoma da bactéria Azoarcus olearius DQS-4. 2013. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Paraná, . Orientador: Helisson Faoro.

5.
Denny Marcel Seccon. Análise de um clone metagenômico produtor de compostos potencialmente bioativos. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Helisson Faoro.

6.
Rocío Del Pilar Cuaspa Ropaín. Prospecção de novas enzimas de interesse biotecnológico em uma biblioteca metagenômica de amostras de solo paranaense. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Helisson Faoro.

7.
Marcelo Scarduelli. Expressão, purificação e caracterização de enzimas celulolíticas. 2012. Dissertação (Mestrado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Helisson Faoro.

8.
Vitor Cedran Piro. FGAP - FERRAMENTA PARA FINALIZAÇÃO DE GENOMAS IN SILICO. 2012. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Paraná, . Coorientador: Helisson Faoro.

Tese de doutorado
1.
Denny Marcel Seccon. Prospecção de metabólitos secundários através de Metagenômica. 2013. Tese (Doutorado em Ciências (Bioquímica)) - Universidade Federal do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Helisson Faoro.



Inovação



Programa de computador sem registro
1.
PIRO, V. C. ; FAORO, H. ; WEISS, V. A. ; STEFFENS, M. B. R. ; Souza, E.M. ; Pedrosa, F. O. ; RAITTZ, R. T. . FGAP. 2014.


Projetos de pesquisa


Educação e Popularização de C & T



Apresentações de Trabalho
1.
FAORO, H.. Biodiversidade bacteriana e metagenômica de solos. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
FAORO, H.. Metagenômica: uma nova tecnologia para o desenvolvimento de produtos farmacêuticos e biotecnológicos. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
FAORO, H.. Metagenômica. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
FAORO, H.. Metagenômica. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
FAORO, H.. Metagenômica de solos. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

6.
Faoro, H.. Metagenômica como ferramenta para prospecção de biocatalisadores e compostos bioativos. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

7.
FAORO, H.. Prospecção de biocatalisadores do solo da Mata Altântica brasileira: metagenômica usando abordagens baseadas em função e sequenciamento de DNA. 2013. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

8.
FAORO, H.. Metagenômica: prospecção por biocatalisadores e biocompostos em organismos não cultiváveis. 2014. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

9.
FAORO, H.. Sequenciamento de DNA através das décadas: do Sanger ao Single Molecule. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).


Cursos de curta duração ministrados
1.
COUTO, G. H. ; FAORO, H. ; GLOGAUER, A. ; KADOWAKI, M. A. S. ; PISA, G. . Biodiversidade Microbiana, Bioprospecção de Enzimas, Metagenômica e Bioinformática. 2008. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

2.
FAORO, H.; GLOGAUER, A. ; COUTO, G. H. ; KADOWAKI, M. A. S. ; PISA, G. . Metagenômica (Filogenia e Prospecção) e Bioinformática. 2008. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

3.
CRUZ, L. M. ; MAGNANI, G. S. ; FAORO, H. ; MORENO, L. ; CARDOSO, R. L. A. ; WEISS, V. A. . Bioinformática aplicada à genômica e transcriptômica de procariotos. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

4.
FAORO, H.. Next generation sequencing and metagenomics. 2012. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

5.
FAORO, H.; TADRA-SFEIR, M. Z. ; BRUSAMARELLO, L. C. C. ; WEISS, V. A. ; SOUZA, E. M. . Sequenciamento de DNA de nova geração - Plataforma SOLiD. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).




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