Paulo Costa Carvalho

Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 2

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  • Última atualização do currículo em 04/02/2019


Paulo possui doutorado pelo programa de engenharia de sistemas em computação da COPPE / UFRJ (2010 - Dr. Valmir C Barbosa) com período sanduíche no Scripps Research Institute, Califórnia, sob supervisão do Dr. John R Yates, III. A principal linha de pesquisa é voltada ao desenvolvimento de métodos computacionais e experimentais voltados a espectrometria de massas. Paulo possui dois depósitos de patente, 95 artigos com destaques para primeira ou última autoria na Nature Methods, Nature Protocols, Bioinformatics, e Molecular and Cellular Proteomics; todos na temática espectrometria de massas computacional. Quanto às premiações, merecem destaque: Google Award for Academic Excellence, menção honrosa no prêmio CAPES tese, e melhor patente na categoria voto popular pelo grupo Fleury em 2018. Ele atuou como membro do ?features panel? do periódico Analitical Chemistry e atua como editor executivo da Journal of Proteomics ? Elsevier (impacto:3.86), um dos periódicos mais prestigiados de sua área de atuação, desde 2014. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Paulo Costa Carvalho
Nome em citações bibliográficas
CARVALHO, PC;Carvalho, Paulo C;Carvalho, P. C.;Carvalho, Paulo C.;Carvalho, Paulo Costa;Carvalho, P.C.;CARVALHO, PAULO;Paulo Da Costa Carvalho;Carvalho, Paulo da Costa;C. CARVALHO, PAULO

Endereço


Endereço Profissional
Instituto Carlos Chagas - Fiocruz (PR).
Rua Professor Algacyr Munhoz Mader - 3775, Instituto Carlos Chagas
Cidade Industrial
81350010 - Curitiba, PR - Brasil
Telefone: (041) 33163230
URL da Homepage: http://pcarvalho.com


Formação acadêmica/titulação


2006 - 2010
Doutorado em Engenharia de Sistemas e Computação.
Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ, Brasil.
com período sanduíche em The Scripps Research Institute (Orientador: John R. Yates, III).
Título: Um ambiente computacional para proteômica, Ano de obtenção: 2010.
Orientador: Valmir Carneiro Barbosa.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Palavras-chave: bioinformática; proteoma; reconhecimento de padrões; computação natural.
2004 - 2005
Mestrado em Biologia Celular e Molecular.
Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil.
Título: Reconhecimento de padrões proteomicôs e genômicos por aprendizagem de máquinas para o diagnóstico médico,Ano de Obtenção: 2005.
Orientador: Wim Maurits Degrave e Gilberto Barbosa Domont.
Bolsista do(a): Instituto-Oswaldo-Cruz, FIOCRUZ, Brasil.
Palavras-chave: bioinformática; espectrometria de massa; proteoma; diagnósticos.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Engenharias / Área: Engenharia Biomédica / Subárea: Espectrometria de Massa.
2002 - 2003
Aperfeiçoamento em Bioinformatica e Modelagem Molecular.
Universidade Federal do Rio de Janeiro - IBCCF, UFRJ / IBCCF, Brasil. Ano de finalização: 2003.
1995 - 2000
Graduação em Engenharia Mecânica.
Pontifícia Universidade Católica do Rio de Janeiro, PUC - RIO, Brasil.
1981 - 1993
Ensino Médio (2º grau).
Escola Americana do Rio de Janeiro, EARJ, Brasil.


Pós-doutorado


2012
Pós-Doutorado.
Instituto Carlos Chagas - Fiocruz (PR), ICC, Brasil.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
2010 - 2011
Pós-Doutorado.
Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil.
Bolsista do(a): Instituto-Oswaldo-Cruz, FIOCRUZ, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas


Formação Complementar


2006 - 2006
Curso Int. de Esp. de Massa aplicado a proteômica. (Carga horária: 40h).
Rede Proteomica do Rio de Janeiro, RPRJ, Brasil.
2004 - 2004
Extensão universitária em Programa de Verão (Multi-Thr., Grad Comp. AI). (Carga horária: 35h).
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
2004 - 2004
Extensão universitária em Bioinformatica Proteomica. (Carga horária: 80h).
Laboratório Nacional de Computacão Científica, LNCC/RJ, Brasil.
2004 - 2004
Extensão universitária.
Laboratório Nacional de Computação Científica, LNCC, Brasil.
2004 - 2004
Extensão universitária em Curso de Fundamentos da Analise Proteomica. (Carga horária: 80h).
Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ, Brasil.
2003 - 2003
Extensão universitária em Genética Forense. (Carga horária: 16h).
Universidade Federal do Rio de Janeiro, UFRJ, Brasil.
2002 - 2002
Era Genomica e Pos-Genomica na Medicina. (Carga horária: 60h).
Academia Nacional de Medicina, ANM, Brasil.
2001 - 2001
ISO 9001 - Serviços de Engenharia / Reparo. (Carga horária: 6h).
General Eletric Aircraft Engines, GEAE, Brasil.
2001 - 2001
Curso de Curta Duração.
General Eletric, GE, Brasil.


Atuação Profissional



Instituto Carlos Chagas - Fiocruz (PR), ICC, Brasil.
Vínculo institucional

2014 - Atual
Vínculo: , Enquadramento Funcional:


Fundação Oswaldo Cruz, FIOCRUZ, Brasil.
Vínculo institucional

2011 - 2014
Vínculo: Pesquisador, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 5


Instituto-Oswaldo-Cruz, FIOCRUZ, Brasil.
Vínculo institucional

2010 - Atual
Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Membro docente da pos-graduação do Instituto Carlos Chagas, coordenador da disciplina "Proteomica Computacional".


Genesis Diagnósticos em Biologia Molecular, GENESIS, Brasil.
Vínculo institucional

2002 - 2006
Vínculo: Pesquisador, Enquadramento Funcional: Pesquisador, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.


General Eletric Aircraft Engines, GEAE, Brasil.
Vínculo institucional

2001 - 2002
Vínculo: Engenheiro, Enquadramento Funcional: Engenheiro, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Aperfeicoamento nos EUA - Cincinnati - OHIO


Coflexip, COFLEXIP, Brasil.
Vínculo institucional

2001 - 2001
Vínculo: Engenheiro, Enquadramento Funcional: Engenheiro, Regime: Dedicação exclusiva.


Journal of Proteomics - Elsevier, JOP, Espanha.
Vínculo institucional

2015 - Atual
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Editor, Carga horária: 5



Projetos de pesquisa


2015 - Atual
Metodologia computacional para determinação de estrutura proteica e interação proteína-proteína por espectrometria de massas
Descrição: Neste projeto, pretendemos desenvolver um software que permita a identificação de peptídeos ligados covalentemente por ACL (cross-linked peptides). Além de realizar a identificação dos dados gerados usando cross-linkers comercialmente disponíveis (e.g., BS3 e DSS), o software deverá ser capaz de interpretar dados de novos ACL em desenvolvimento no grupo, tais como os que reagem especificamente com aminoácidos ácidos, favorecendo a geração de fragmentos internos. Atualmente, nenhuma ferramenta computacional está preparada para realizar a identificação de espectros primariamente compostos por este tipo de fragmento. A capacidade de trabalhar com novos cross-linkers deverá ampliar bastante nossa gama de possibilidades experimentais, aumentando o poder preditivo dos estudos de interação proteína-proteína e de determinação de estruturas proteicas por espectrometria de massas. Para isso, o algoritmo utilizará técnicas de reconhecimento de padrões probabilísticos para caracterizar estruturas proteicas e complexos proteína-proteína/peptídeo analisados por espectrometria de massas e, em última análise, contribuir para o desenvolvimento de novas drogas. Em conclusão, os resultados deste trabalho deverão ter impacto imediato nas pesquisas nacional e internacional sobre interação proteína-proteína e/ou suas estruturas terciárias. Adicionalmente, é importante destacar a contribuição deste projeto à formação de recursos humanos em computação aplicada à espectrometria de massas. Apesar de certas vertentes da bioinformática já estarem bastante consolidadas no Brasil (e.g., bioinformática genômica), aquela voltada à espectrometria de massas certamente está entre as mais carentes. Com o aumento significativo do número de espectrômetros de massas, equipamentos extremamente custosos que vêm sendo disseminados por nosso país, é imprescindível a formação de recursos humanos especializados no desenvolvimento de algoritmos para análise de dados proteômicos, permitindo a evolução consistente da ciência nacional na era pós-genômica..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (2) .

Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador / Valmir Carneiro Barbosa - Integrante / Fabio Gozzo - Integrante / LIMA, DIOGO B - Integrante / B. DE LIMA, TATIANI - Integrante.
Financiador(es): PAPES / Fiocruz - Auxílio financeiro.
2014 - Atual
Determining protein-protein interaction and protein structures by mass spectrometry and cloud computing
Descrição: Cells are composed of complex networks of signaling cascades that regulate cellular functions. Activation of a signal transduction pathway usually occurs by some extracellular stimuli that initiate a message propagation to ultimately trigger effectors that turn ?on? or ?off? a specific cell response. To disrupt the pathway, such targets must be ?inactivated?; for this, a drug must be able to dock in the so-called proteins? active site. This project capitalizes on the emerging field of cross-linked peptide mass spectrometry and statistical pattern recognition to address a bottleneck on protein modeling and protein-protein interaction for ultimately helping to design new drugs..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (2) .

Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador / Valmir Carneiro Barbosa - Integrante / LIMA, DIOGO BORGES - Integrante / GOZZO, FÁBIO C. - Integrante / B. DE LIMA, TATIANI - Integrante.
Financiador(es): Microsoft Research - Auxílio financeiro.
2011 - Atual
Identificação e caracterização de microorganismos de interesse para a saúde pública através de espectrometria de massas e inteligência artificial
Descrição: Objetivamos o desenvolvimento de metodologia computacional para identificação de microorganismos de interesse para a saúde publica por espectrometria de massa e inteligência artificial. Estes não necessariamente requerem ter o seu genoma seqüenciado. Para isso, microorganismos de referencia serão fornecidos por laboratórios da Fiocruz. Uma biblioteca espectral será gerada a partir da analise por espectrometria de massa em tandem de digestos tripticos do conteúdo protéico dos respectivos organismos por cromatografia líquida de fase reversa em nano-fluxo diretamente acoplado ao espectrômetro do tipo Orbitrap. Em seguida desenvolveremos algoritmo capaz de classificar probabilisticamente uma amostra desconhecida analisada por metodologia similar a uma dos organismos catalogados na biblioteca. Esperamos que este sistema de reconhecimento de padrões possa vir a auxiliar em diagnósticos realizados em Laboratórios de Referência pertencentes ao Ministério da Saúde..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.

Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador.
Financiador(es): Programa de Desenvolvimento Tecnológico em Insumos para Saúde - Auxílio financeiro / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.


Projetos de desenvolvimento


2011 - Atual
Desenvolvimento de métodos computacionais aplicados para espectrometria de massa
Situação: Em andamento; Natureza: Desenvolvimento.

Integrantes: Paulo Costa Carvalho - Coordenador.


Membro de corpo editorial


2014 - Atual
Periódico: Journal of Proteomics (Print)
2013 - Atual
Periódico: Current Topics in Medicinal Chemistry (Print)


Revisor de periódico


2006 - Atual
Periódico: Bioinformatics (Oxford)
2007 - Atual
Periódico: Briefings in bioinformatics
2007 - Atual
Periódico: Analytical Chemistry (Washington)
2010 - Atual
Periódico: Journal of Proteome Research
2010 - Atual
Periódico: RCM. Rapid Communications in Mass Spectrometry
2010 - Atual
Periódico: BMC Bioinformatics
2011 - Atual
Periódico: Advances in Bioinformatics
2012 - Atual
Periódico: Nature Methods
2013 - Atual
Periódico: Plos One
2014 - Atual
Periódico: Brazilian Journal of Medical and Biological Research (Impresso)
2014 - Atual
Periódico: Journal of Proteomics (Print)


Revisor de projeto de fomento


2014 - Atual
Agência de fomento: Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
2013 - Atual
Agência de fomento: National Centre for Research and Development


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: ANALISE PROTEOMICA.
2.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: aprendizagem de máquinas - ciencia da computacao.
3.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: bioinformática.
4.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Bioquímica / Subárea: Biologia Molecular.
5.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Linguagens de Programação.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Pouco.


Prêmios e títulos


2018
Premio melhor patente pelo voto popular, Grupo Fleury.
2018
Menção honrosa melhor artigo científico, Grupo Fleury.
2017
Melhor projeto de trabalho de conclusão de curso (TCC) com o orientado Marlon Dias Mariano dos Santos, Universidade Positivo - Engenharia de Bioprocessos e Biotecnologia.
2017
Menção Honrosa no Capes Teses com o orientado Diogo Borges Lima / categoria, CAPES - Ciencias Biologicas I.
2017
Melhor trabalho de Mestrado :: Jornada Científica com o aluno Milan Clasen, Jornada Cientifica do Programa de Biociencias e Biotecnologia do ICC / Fiocruz.
2017
Melhor trabalho na categoria doutorado com o aluno Andre Silva, Jornada Científica do Programa de Biociencias e Biotecnologia do Instituto Carlos Chagas / Fiocruz.
2016
Member of the Features Panel, Analytical Chemistry (ACS).
2015
SBBq Award - Best Poster (Junto com Zardo ML, Miot HT, Wowk P, Goldenber S, Morking P), Sociedade Brasileira de Bioquimica e Biologia Molecular.
2014
Bolsa de Produtividade em Pesquisa - nível 2., Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq).
2014
Melhor projeto apresentado na Jornada acadêmica de Pós Graduação juntamente com o doutorando Diogo Borges Lima, ICC / Fiocruz.
2013
Melhor pôster na categoria Mestrado juntamente com doutorando Diogo Borges Lima, Sociedade Brasileira de Proteômica.
2012
Premio CAPES Tese de Doutorado categoria Ciencia da Computação: Menção Honrosa, CAPES.
2011
Melhor poster na categoria "Proteoma", BrMass IV - Sociedade Brasileira de Espectrometria de Massa.
2010
Premio "Jovem Proteômico" - 1 lugar, IV Forum de Proteômica do Rio de Janeiro.
2009
Premio Jovem Talento em Ciencias da Vida (4 lugar), GE / SBBq.
2008
Google award for academic excellence, Google university programs.
2007
Melhor trabalho, categoria pós-graduação no I Simposio em Oncobiologia, UFRJ.
2005
Melhor trabalho científico Fiocruz 2005 - IX Jornada Científica de Pos-Graduação, Instituto Oswaldo Cruz.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
FERRARI, ALLAN J R2019FERRARI, ALLAN J R ; CLASEN, MILAN A ; KURT, LOUISE ; Carvalho, Paulo C ; GOZZO, FABIO C ; MARTÍNEZ, LEANDRO . TopoLink: Evaluation of structural models using chemical crosslinking distance constraints. BIOINFORMATICS, v. AOP, p. AOP, 2019.

2.
LIMA, DIOGO B2019LIMA, DIOGO B ; SILVA, ANDRÉ R F ; DUPRÉ, MATHIEU ; SANTOS, MARLON D M ; CLASEN, MILAN A ; KURT, LOUISE U ; AQUINO, PRISCILA F ; Barbosa, Valmir C ; Carvalho, Paulo C ; CHAMOT-ROOKE, JULIA . Top-Down Garbage Collector: a tool for selecting high-quality top-down proteomics mass spectra. BIOINFORMATICS, v. AOP, p. AOP, 2019.

3.
VITORINO, RUI2018VITORINO, RUI ; CARVALHO, PAULO ; PENQUE, DEBORAH . Editorial: Tutorials in Bioinformatics for Biological Science. Journal of Proteomics, v. 171, p. 1, 2018.

4.
LIMA, DIOGO B2018 LIMA, DIOGO B ; MELCHIOR, JOHN T ; MORRIS, JAMIE ; Barbosa, Valmir C ; CHAMOT-ROOKE, JULIA ; FIORAMONTE, MARIANA ; SOUZA, TATIANA A C B ; Fischer, Juliana S G ; GOZZO, FABIO C ; Carvalho, Paulo C ; DAVIDSON, W SEAN . Characterization of homodimer interfaces with cross-linking mass spectrometry and isotopically labeled proteins. Nature Protocols, v. 13, p. 431-458, 2018.

5.
FIORAMONTE, MARIANA2018FIORAMONTE, MARIANA ; DE JESUS, HUGO CESAR RAMOS ; FERRARI, ALLAN JHONATHAN RAMOS ; LIMA, DIOGO BORGES ; DREKENER, ROBERTA LOPES ; CORREIA, CARLOS ROQUE DUARTE ; OLIVEIRA, LUCIANA GONZAGA ; NEVES-FERREIRA, ANA GISELE DA COSTA ; Carvalho, Paulo Costa ; GOZZO, FABIO CESAR . XPlex: an effective, multiplex cross-linking chemistry for acidic residues. ANALYTICAL CHEMISTRY, v. AOP, p. AOP, 2018.

6.
MARTINY, PATRÍCIA BORBA2018MARTINY, PATRÍCIA BORBA ; ALCOBA, DIEGO DUARTE ; NETO, BRASIL SILVA ; Carvalho, Paulo Costa ; BRUM, ILMA SIMONI . A proteomic glimpse into the oncogenesis of prostate cancer. Journal of Applied Biomedicine, v. AOP, p. AOP, 2018.

7.
WIPPEL, HELISA HELENA2018WIPPEL, HELISA HELENA ; INOUE, ALEXANDRE HARUO ; VIDAL, NEWTON MEDEIROS ; COSTA, JIMENA FERREIRA DA ; MARCON, BRUNA HILZENDEGER ; ROMAGNOLI, BRUNO ACCIOLY ALVES ; SANTOS, MARLON DIAS MARIANO ; Carvalho, Paulo Costa ; GOLDENBERG, SAMUEL ; ALVES, LYSANGELA RONALTE . Assessing the partners of RBP9-mRNP complex in Trypanosoma cruzi using shotgun proteomics and RNA-seq. RNA Biology, v. AOP, p. AOP, 2018.

8.
CHAPEAUROUGE, ALEX2018CHAPEAUROUGE, ALEX ; SILVA, ANDREZA ; CARVALHO, PAULO ; MCCLEARY, RYAN ; MODAHL, CASSANDRA ; Perales, Jonas ; KINI, R. ; MACKESSY, STEPHEN . Proteomic Deep Mining the Venom of the Red-Headed Krait, Bungarus flaviceps. Toxins, v. 10, p. 373, 2018.

9.
SIMABUCO, FERNANDO MOREIRA2018SIMABUCO, FERNANDO MOREIRA ; PAVAN, ISADORA CAROLINA BETIM ; PESTANA, NATHALIE FORTES ; Carvalho, Paulo Costa ; BASEI, FERNANDA LUISA ; CAMPOS GRANATO, DANIELA ; PAES LEME, ADRIANA FRANCO ; ZANCHIN, NILSON IVO TONIN . Interactome analysis of the human Cap-specific mRNA (nucleoside-2--O-)-methyltransferase 1 (hMTr1) protein. JOURNAL OF CELLULAR BIOCHEMISTRY, v. AOP, p. AOP, 2018.

10.
CAMINHA, MARCELLE A.2018CAMINHA, MARCELLE A. ; DE LORENA, VIRGINIA MARIA B. ; DE OLIVEIRA JÚNIOR, WILSON ; Perales, Jonas ; Carvalho, Paulo C. ; LIMA, DIOGO B. ; CAVALCANTI, MARIA DA GLÓRIA A.M. ; MARTINS, SÍLVIA M. ; Valente, Richard H. ; MENNA-BARRETO, RUBEM F.S. . Trypanosoma cruzi immunoproteome: Calpain-like CAP5.5 differentially detected throughout distinct stages of human Chagas disease cardiomyopathy. Journal of Proteomics, v. AOP, p. AOP, 2018.

11.
CUI, CHUANLONG2018CUI, CHUANLONG ; LIU, TONG ; CHEN, TONG ; LU, JOHANNA ; CASAREN, IAN ; LIMA, DIOGO BORGES ; Carvalho, Paulo Costa ; BEUVE, ANNIE ; LI, HONG . Comprehensive identification of protein disulfide bonds with pepsin/trypsin digestion, Orbitrap HCD and Spectrum Identification Machine. Journal of Proteomics, v. AOP, p. AOP, 2018.

12.
GIL, MAGDALENA2018GIL, MAGDALENA ; LIMA, ANALÍA ; RIVERA, BERNARDINA ; ROSSELLO, JESSICA ; URDÁNIZ, ESTEFANÍA ; CASCIOFERRO, ALESSANDRO ; CARRIÓN, FEDERICO ; WEHENKEL, ANNEMARIE ; BELLINZONI, MARCO ; BATTHYÁNY, CARLOS ; PRITSCH, OTTO ; DENICOLA, ANA ; ALVAREZ, MARÍA N. ; Carvalho, Paulo C. ; LISA, MARÍA-NATALIA ; BROSCH, ROLAND ; PIURI, MARIANA ; ALZARI, PEDRO M. ; DURÁN, ROSARIO . New substrates and interactors of the mycobacterial Serine/Threonine protein kinase PknG identified by a tailored interactomic approach. Journal of Proteomics, v. 192, p. 321-333, 2018.

13.
CHAGAS, VERA LUCIA ANTUNES2018CHAGAS, VERA LUCIA ANTUNES ; SANTOS, MARLON DIAS MARIANO ; de Saldanha da Gama Fischer, Juliana ; DOS SANTOS PAIVA RIBEIRO, BRUNA ; ROSMAN, FERNANDO COLONNA ; Carvalho, Paulo Costa ; FORNY, DANIELLE ; da Gloria da Costa Carvalho, Maria . A Molecular Study of Solid Pseudopapillary Neoplasm of the Pancreas in a Pediatric Patient. INTERNATIONAL JOURNAL OF CLINICAL PEDIATRICS, v. 7, p. 63-68, 2018.

14.
CAMINHA, MARCELLE A.2018CAMINHA, MARCELLE A. ; DE LORENA, VIRGINIA MARIA B. ; DE OLIVEIRA JÚNIOR, WILSON ; Perales, Jonas ; Carvalho, Paulo C. ; LIMA, DIOGO B. ; CAVALCANTI, MARIA DA GLÓRIA A.M. ; MARTINS, SÍLVIA M. ; Valente, Richard H. ; MENNA-BARRETO, RUBEM F.S. . Data on antigen recognition hindrance by antibodies covalently immobilized to Protein G magnetic beads by dimethyl pimelimidate (DMP) cross-linking. DATA IN BRIEF, v. 22, p. 516, 2018.

15.
SILVA, ANDRÉ R F2017 SILVA, ANDRÉ R F ; LIMA, DIOGO B ; PEÑA, ALEJANDRO ; DURAN, ROSARIO ; BATTHYANY, CARLOS ; AQUINO, PRISCILA F ; LEAL, JULIANA C ; RODRIGUEZ, JIMMY E ; Domont, Gilberto B ; SANTOS, MARLON D M ; CHAMOT-ROOKE, JULIA ; Barbosa, Valmir C ; Carvalho, Paulo C . DiagnoProt: a tool for discovery of new molecules by mass spectrometry. Bioinformatics (Oxford. Print), v. AOP, p. AOP, 2017.

16.
ALMEIDA, FABIANA GREYCE OLIVEIRA2017ALMEIDA, FABIANA GREYCE OLIVEIRA ; DE AQUINO, PRISCILA FERREIRA ; CHALUB, SIDNEY RAIMUNDO S. ; ARAUJO, GABRIEL DUARTE T. ; Domont, Gilberto B. ; DE SOUZA, AFONSO DUARTE L. ; Carvalho, Paulo C. ; FISCHER, JULIANA DE SALDANHA DA G. . Proteomic assessment of colorectal cancers and respective resection margins from patients of the Amazon state of Brazil. Journal of Proteomics (Print), v. 154, p. 59-68, 2017.

17.
MONTEIRO, KARINA M.2017MONTEIRO, KARINA M. ; LORENZATTO, KARINA R. ; DE LIMA, JEFERSON C. ; DOS SANTOS, GUILHERME B. ; FÖRSTER, SABINE ; PALUDO, GABRIELA P. ; Carvalho, Paulo C. ; BREHM, KLAUS ; FERREIRA, HENRIQUE B. . Comparative proteomics of hydatid fluids from two Echinococcus multilocularis isolates. Journal of Proteomics, v. AOP, p. AOP, 2017.

18.
TRUGILHO, MONIQUE RAMOS DE OLIVEIRA2017TRUGILHO, MONIQUE RAMOS DE OLIVEIRA ; HOTTZ, EUGENIO DAMACENO ; BRUNORO, GISELLE VILLA FLOR ; TEIXEIRA-FERREIRA, ANDRÉ ; Carvalho, Paulo Costa ; SALAZAR, GUSTAVO ADOLFO ; ZIMMERMAN, GUY A. ; BOZZA, FERNANDO A. ; BOZZA, PATRÍCIA T. ; Perales, Jonas . Platelet proteome reveals novel pathways of platelet activation and platelet-mediated immunoregulation in dengue. PLoS Pathogens, v. 13, p. e1006385, 2017.

19.
WOWK, PRYSCILLA FANINI2017WOWK, PRYSCILLA FANINI ; ZARDO, MARIA LUISA ; MIOT, HALISSON TESSEROLI ; GOLDENBERG, SAMUEL ; Carvalho, Paulo Costa ; MÖRKING, PATRICIA ALVES . Proteomic profiling of extracellular vesicles secreted from Toxoplasma gondii. PROTEOMICS, v. AOP, p. 1600477, 2017.

20.
TREVISAN-SILVA, DILZA2017TREVISAN-SILVA, DILZA ; BEDNASKI, ALINE V. ; FISCHER, JULIANA S.G. ; VEIGA, SILVIO S. ; BANDEIRA, NUNO ; GUTHALS, ADRIAN ; MARCHINI, FABRICIO K. ; LEPREVOST, FELIPE V. ; Barbosa, Valmir C. ; SENFF-RIBEIRO, ANDREA ; Carvalho, Paulo C. . A multi-protease, multi-dissociation, bottom-up-to-top-down proteomic view of the Loxosceles intermedia venom. Scientific Data, v. 4, p. 170090, 2017.

21.
ROSSELLO, JESSICA2017ROSSELLO, JESSICA ; LIMA, ANALÍA ; GIL, MAGDALENA ; RODRÍGUEZ DUARTE, JORGE ; CORREA, AGUSTÍN ; Carvalho, Paulo C. ; KIERBEL, ARLINET ; DURÁN, ROSARIO . The EAL-domain protein FcsR regulates flagella, chemotaxis and type III secretion system in Pseudomonas aeruginosa by a phosphodiesterase independent mechanism. Scientific Reports, v. 7, p. 10281, 2017.

22.
CHAVES, DANIELA F. SEIXAS2017CHAVES, DANIELA F. SEIXAS ; Carvalho, Paulo C. ; BRASILI, ELISA ; ROGERO, MARCELO MACEDO ; HASSIMOTTO, NEUZA MARIKO AYMOTO ; DIEDRICH, JOLENE K ; MORESCO, JAMES J ; Yates, John R. ; LAJOLO, FRANCO MARIA . Proteomic Analysis of Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC) after a High-Fat, High-Carbohydrate Meal With Orange Juice. JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, v. AOP, p. acs.jproteome.7b00476, 2017.

23.
WIPPEL, HELISA HELENA2017WIPPEL, HELISA HELENA ; SANTOS, MARLON DIAS MARIANO ; CLASEN, MILAN AVILA ; KURT, LOUISE ULRICH ; NOGUEIRA, FABIO CESAR SOUSA ; CARVALHO, CARLOS EDUARDO ; MCCORMICK, THAÍS MESSIAS ; NETO, GUILHERME PINTO BRAVO ; ALVES, LYSANGELA RONALTE ; da Gloria da Costa Carvalho, Maria ; Carvalho, Paulo Costa ; Fischer, Juliana de Saldanha da Gama . Comparing intestinal versus diffuse gastric cancer using a PEFF-oriented proteomic pipeline. Journal of Proteomics, v. 171, p. 63-72, 2017.

24.
GARCIA, CARLOS H.S.2017GARCIA, CARLOS H.S. ; DEPOIX, DELPHINE ; QUEIROZ, RAYNER M.L. ; SOUZA, JAQUES M.F. ; FONTES, WAGNER ; DE SOUSA, MARCELO V. ; SANTOS, MARLON D.M. ; Carvalho, Paulo C. ; GRELLIER, PHILIPPE ; CHARNEAU, SÉBASTIEN . Dynamic molecular events associated to Plasmodium berghei gametogenesis through proteomic approach. Journal of Proteomics, v. 180, p. 88-98, 2017.

25.
GARCIA, CARLOS H.S.2017GARCIA, CARLOS H.S. ; DEPOIX, DELPHINE ; QUEIROZ, RAYNER M.L. ; SOUZA, JAQUES M.F. ; FONTES, WAGNER ; DE SOUSA, MARCELO V. ; SANTOS, MARLON D.M. ; Carvalho, Paulo C. ; GRELLIER, PHILIPPE ; CHARNEAU, SÉBASTIEN . Dynamic molecular events associated to Plasmodium berghei gametogenesis through proteomic approach. Journal of Proteomics, v. 180, p. 88-98, 2017.

26.
49SHAH, MOHIBULLAH2016SHAH, MOHIBULLAH ; TEIXEIRA, FABIANO M. ; SOARES, EMANOELLA L. ; SOARES, ARLETE A. ; Carvalho, Paulo C. ; Domont, Gilberto B. ; THORNBURG, ROBERT W. ; NOGUEIRA, FÁBIO C. S. ; CAMPOS, FRANCISCO A. P. . Time-course proteome analysis of developing extrafloral nectaries of Ricinus communis. Proteomics (Weinheim. Print), v. 16, p. 629-633, 2016.

27.
50BORGES, MARCIA H.2016BORGES, MARCIA H. ; FIGUEIREDO, SUELY G. ; LEPREVOST, FELIPE V. ; DE LIMA, MARIA ELENA ; CORDEIRO, MARTA DO N. ; DINIZ, MARCELO R.V. ; MORESCO, JAMES ; Carvalho, Paulo C. ; Yates, John R. . Venomous extract protein profile of Brazilian tarantula Grammostola iheringi: searching for potential biotechnological applications. Journal of Proteomics (Print), v. 136, p. 35-47, 2016.

28.
44MELCHIOR, JOHN T.2016MELCHIOR, JOHN T. ; WALKER, RYAN G. ; MORRIS, JAMIE ; JONES, MARTIN K. ; SEGREST, JERE P. ; LIMA, DIOGO B. ; Carvalho, Paulo C. ; GOZZO, FABIO C. ; CASTLEBERRY, MARK ; THOMPSON, THOMAS B. ; DAVIDSON, W. SEAN . An Evaluation of the Crystal Structure of C-terminal Truncated Apolipoprotein A-I in Solution Reveals Structural Dynamics Related to Lipid Binding. Journal of Biological Chemistry (Online), v. 291, p. jbc.M115.706093, 2016.

29.
46LIMA, D. C.2016LIMA, D. C. ; DUARTE, F. T. ; MEDEIROS, V. K. S. ; Carvalho, P. C. ; NOGUEIRA, F. C. S. ; ARAUJO, G. D. T. ; DOMONT, G. B. ; BATISTUZZO DE MEDEIROS, S. R. . GeLC-MS-based proteomics of Chromobacterium violaceum: comparison of proteome changes elicited by hydrogen peroxide. Scientific Reports, v. 6, p. 28174, 2016.

30.
47SANTANA, ALINE GUIMARÃES2016SANTANA, ALINE GUIMARÃES ; GRACHER, ANA HELENA PEREIRA ; RÜDIGER, ANDRÉ LUIS ; ZANCHIN, NILSON IVO TONIN ; Carvalho, Paulo Costa ; CIPRIANI, THALES RICARDO ; DE ARRUDA CAMPOS BRASIL DE SOUZA, TATIANA . Identification of potential targets for an anticoagulant pectin. Journal of Proteomics (Print), v. AOP, p. AOP, 2016.

31.
45NICOLAU, CAROLINA A.2016NICOLAU, CAROLINA A. ; Carvalho, Paulo C. ; JUNQUEIRA-DE-AZEVEDO, INÁCIO L.M. ; TEIXEIRA-FERREIRA, ANDRÉ ; JUNQUEIRA, MAGNO ; Perales, Jonas ; NEVES-FERREIRA, ANA GISELE C. ; Valente, Richard H. . An in-depth snake venom proteopeptidome characterization: Benchmarking Bothrops jararaca. Journal of Proteomics (Print), v. AOP, p. AOP, 2016.

32.
DE AQUINO, PRISCILA F.2016DE AQUINO, PRISCILA F. ; Carvalho, Paulo Costa ; NOGUEIRA, FÁBIO C. S. ; da Fonseca, Clovis Orlando ; DE SOUZA SILVA, JÚLIO CESAR THOMÉ ; Carvalho, Maria da Gloria da Costa ; Domont, Gilberto B. ; ZANCHIN, NILSON I. T. ; Fischer, Juliana de Saldanha da Gama . A Time-Based and Intratumoral Proteomic Assessment of a Recurrent Glioblastoma Multiforme. Frontiers in Oncology, v. 6, p. AOP, 2016.

33.
SANTOS, RENATA M.2016SANTOS, RENATA M. ; NOGUEIRA, FABIO C.S. ; BRASIL, ALINE A. ; Carvalho, Paulo C. ; LEPREVOST, FELIPE V. ; Domont, Gilberto B. ; ELEUTHERIO, ELIS C.A. . Quantitative proteomic analysis of the Saccharomyces cerevisiae industrial strains CAT-1 and PE-2. Journal of Proteomics (Print), v. AOP, p. AOP, 2016.

34.
OLIVEIRA, CAMILA2016OLIVEIRA, CAMILA ; Carvalho, Paulo Costa ; ALVES, LYSANGELA RONALTE ; GOLDENBERG, SAMUEL . The Role of the Trypanosoma cruzi TcNRBD1 Protein in Translation. Plos One, v. 11, p. e0164650, 2016.

35.
RABELO, KÍSSILA2016RABELO, KÍSSILA ; TRUGILHO, MONIQUE R.O. ; COSTA, SIMONE M. ; PEREIRA, BERNARDO A.S. ; DA C. MOREIRA, OTACÍLIO ; FERREIRA, ANDRÉ T.S. ; Carvalho, Paulo C. ; Perales, Jonas ; ALVES, ADA M.B. . The effect of the dengue non-structural 1 protein expression over the HepG2 cell proteins in a proteomic approach. Journal of Proteomics (Print), v. AOP, p. AOP, 2016.

36.
RABELO, KÍSSILA2016RABELO, KÍSSILA ; TRUGILHO, MONIQUE R.O. ; COSTA, SIMONE M. ; FERREIRA, ANDRÉ T.S. ; Carvalho, Paulo C. ; Perales, Jonas ; ALVES, ADA M.B. . Dataset of proteins mapped on HepG2 cells and those differentially abundant after expression of the dengue non-structural 1 protein. Data in Brief, v. AOP, p. AOP, 2016.

37.
CARVALHO, CARLOS EDUARDO2016CARVALHO, CARLOS EDUARDO ; MCCORMICK, THAÍS MESSIAS ; Carvalho, Paulo Costa ; Fischer, Juliana de Saldanha da Gama ; AQUINO, PRISCILA FERREIRA DE ; BRAVO NETO, GUILHERME PINTO ; CARVALHO, MARIA DA GLÓRIA DA COSTA . Considerations about gastric cancer proteomics. Revista do Colégio Brasileiro de Cirurgiões (Online), v. 43, p. 395-397, 2016.

38.
DA SILVA MENEGASSO, ANALLY RIBEIRO2016DA SILVA MENEGASSO, ANALLY RIBEIRO ; PRATAVIEIRA, MARCEL ; de Saldanha da Gama Fischer, Juliana ; Carvalho, Paulo Costa ; ROAT, THAISA CRISTINA ; MALASPINA, OSMAR ; PALMA, MARIO SERGIO . Profiling the proteomics in honeybee worker brains submitted to the proboscis extension reflex. Journal of Proteomics (Print), v. 151, p. 131-134, 2016.

39.
61BORGES, DIOGO2015BORGES, DIOGO ; B. LIMA, DIOGO ; B. DE LIMA, TATIANI ; S. BALBUENA, TIAGO ; C. NEVES-FERREIRA, ANA GISELE ; C. BARBOSA, VALMIR ; C. GOZZO, FABIO ; C. CARVALHO, PAULO . Using SIM-XL to identify and annotate cross-linked peptides analyzed by mass spectrometry. Nature Protocol Exchange, v. AOP, p. AOP, 2015.

40.
57BRUNORO, GISELLE VILLA FLOR2015BRUNORO, GISELLE VILLA FLOR ; Carvalho, Paulo Costa ; FERREIRA, ANDRÉ TEIXEIRA DA SILVA ; Perales, Jonas ; VALENTE, RICHARD HEMMI ; DE MOURA GALLO, CLAUDIA VITÓRIA ; PAGNONCELLI, DANTE ; NEVES-FERREIRA, ANA GISELE DA COSTA . Proteomic profiling of nipple aspirate fluid (NAF): Exploring the complementarity of different peptide fractionation strategies. Journal of Proteomics (Print), v. 117, p. 86-94, 2015.

41.
55CHAPEAUROUGE, ALEX2015CHAPEAUROUGE, ALEX ; REZA, MD ABU ; MACKESSY, STEPHEN P. ; Carvalho, Paulo C. ; Valente, Richard H. ; TEIXEIRA-FERREIRA, ANDRÉ ; Perales, Jonas ; LIN, QINGSONG ; KINI, R. MANJUNATHA . Interrogating the Venom of the Viperid Snake Sistrurus catenatus edwardsii by a Combined Approach of Electrospray and MALDI Mass Spectrometry. Plos One, v. 10, p. e0092091, 2015.

42.
58MELANI, RAFAEL D.2015MELANI, RAFAEL D. ; ARAUJO, GABRIEL D.T. ; Carvalho, Paulo C. ; GOTO, LIVIA ; NOGUEIRA, FÁBIO C.S. ; JUNQUEIRA, MAGNO ; Domont, Gilberto B. . Seeing beyond the tip of the iceberg: A deep analysis of the venome of the Brazilian Rattlesnake, Crotalus durissus terrificus. EuPA Open Proteomics, v. AOP, p. AOP, 2015.

43.
53ALMEIDA, FABIANA GREYCE OLIVEIRA2015ALMEIDA, FABIANA GREYCE OLIVEIRA ; DE AQUINO, PRISCILA FERREIRA ; DE SOUZA, AFONSO DUARTE LEÃO ; DE SOUZA, ANTONIA QUEIROZ LIMA ; DO CARMO VINHOTE, SONIA ; MAC-CORMICK, THAÍS MESSIAS ; DA MOTA SILVA, MARCELO SOARES ; CHALUB, SIDNEY RAIMUNDO SILVA ; de Saldanha da Gama Fischer, Juliana ; Carvalho, Paulo Costa ; da Gloria da Costa Carvalho, Maria . Colorectal cancer DNA methylation patterns from patients in Manaus, Brazil. Biological Research, v. 48, p. 50, 2015.

44.
60LEPREVOST, FELIPE DA VEIGA2015LEPREVOST, FELIPE DA VEIGA ; BARBOSA, V. C. ; Carvalho, Paulo C . Using PepExplorer to Filter and Organize De Novo Peptide Sequencing Results. Current Protocols in Bioinformatics, v. 13, p. 1-9, 2015.

45.
54Carvalho, Paulo C.2015Carvalho, Paulo C.; PADRON, GABRIEL ; CALVETE, JUAN J. ; PEREZ-RIVEROL, YASSET . Computational proteomics: Integrating mass spectral data into a biological context. Journal of Proteomics (Print), v. 129, p. 1-2, 2015.

46.
59LIMA, DIOGO B.2015 LIMA, DIOGO B. ; DE LIMA, TATIANI B. ; Balbuena, Tiago S. ; NEVES-FERREIRA, ANA GISELE C. ; Barbosa, Valmir C. ; GOZZO, FÁBIO C. ; Carvalho, Paulo C. . SIM-XL: A powerful and user-friendly tool for peptide cross-linking analysis. Journal of Proteomics (Print), v. 129, p. 51-55, 2015.

47.
52FISCHER, JULIANA DE S. DA G.2015FISCHER, JULIANA DE S. DA G. ; DOS SANTOS, MARLON D.M. ; MARCHINI, FABRICIO K. ; Barbosa, Valmir C. ; Carvalho, Paulo C. ; ZANCHIN, NILSON I.T. . A scoring model for phosphopeptide site localization and its impact on the question of whether to use MSA. Journal of Proteomics (Print), v. 129, p. 42-50, 2015.

48.
51SANTANA, A. G.2015SANTANA, A. G. ; Carvalho, P.C. ; ZANCHIN, NILSON I.T. ; SOUZA, T. A. C. B. . A Method for Purifying Native Transthyretin from Human Plasma. Biochemistry & Pharmacology: Open Access, v. 4, p. 5, 2015.

49.
56SHAH, MOHIBULLAH2015SHAH, MOHIBULLAH ; SOARES, EMANOELLA L. ; Carvalho, Paulo C. ; SOARES, ARLETE A. ; Domont, Gilberto B. ; NOGUEIRA, FÁBIO C.S. ; CAMPOS, FRANCISCO A. P. . Proteomic Analysis of the Endosperm Ontogeny of Jatropha curcas L. Seeds. Journal of Proteome Research (Print), v. 14, p. 2557-2568, 2015.

50.
1Carvalho, Paulo C2015 Carvalho, Paulo C; LIMA, DIOGO B ; LEPREVOST, FELIPE V ; SANTOS, MARLON D M ; Fischer, Juliana S G ; AQUINO, PRISCILA F ; MORESCO, JAMES J ; Yates, John R ; Barbosa, Valmir C . Integrated analysis of shotgun proteomic data with PatternLab for proteomics 4.0. Nature Protocols (Print), v. 11, p. 102-117, 2015.

51.
31MOREIRA, CARLOS JC2014MOREIRA, CARLOS JC ; WANIEK, PETER J ; Valente, Richard H ; Carvalho, Paulo C ; Perales, Jonas ; FEDER, DENISE ; GERALDO, REINALDO B ; CASTRO, HELENA C ; AZAMBUJA, PATRICIA ; RATCLIFFE, NORMAN A ; MELLO, CÍCERO B . Isolation and molecular characterization of a major hemolymph serpin from the triatomine, Panstrongylus megistus. Parasites & Vectors, v. 7, p. 23, 2014.

52.
32Fischer, Juliana2014Fischer, Juliana ; CANEDO, NATHALIE ; GONCALVES, KATIA ; CHIMELLI, LEILA ; FRANCA, MONIQUE ; LEPREVOST, FELIPE ; AQUINO, PRISCILA ; CARVALHO, PAULO ; CARVALHO, MARIA . Proteome Analysis of Formalin-Fixed Paraffin-Embedded Tissues from a Primary Gastric Melanoma and its Meningeal Metastasis: A Case Report. Current Topics in Medicinal Chemistry (Print), v. 14, p. 382-387, 2014.

53.
30PEREZ-RIVEROL, YASSET2014PEREZ-RIVEROL, YASSET ; CARVALHO, PAULO . Editorial (Thematic Issue: Genomics and Proteomics behind Drug Design). Current Topics in Medicinal Chemistry (Print), v. 14, p. 343-343, 2014.

54.
64AQUINO, PRISCILA FERREIRA2014AQUINO, PRISCILA FERREIRA ; LIMA, DIOGO BORGES ; de Saldanha da Gama Fischer, Juliana ; MELANI, RAFAEL DONADÉLLI ; NOGUEIRA, FABIO C. S. ; CHALUB, SIDNEY R. S. ; SOARES, ELZALINA R. ; Barbosa, Valmir C. ; Domont, Gilberto B. ; Carvalho, Paulo C. . Exploring the Proteomic Landscape of a Gastric Cancer Biopsy with the Shotgun Imaging Analyzer. Journal of Proteome Research (Print), v. 13, p. 314-320, 2014.

55.
63MARTINS-DE-SOUZA, DANIEL2014MARTINS-DE-SOUZA, DANIEL ; Carvalho, Paulo C. ; SCHMITT, ANDREA ; JUNQUEIRA, MAGNO ; NOGUEIRA, FÁBIO C. S. ; TURCK, CHRISTOPH W. ; Domont, Gilberto B. . Deciphering the Human Brain Proteome: Characterization of the Anterior Temporal Lobe and Corpus Callosum As Part of the Chromosome 15-centric Human Proteome Project. Journal of Proteome Research (Print), v. 13, p. 147-157, 2014.

56.
65LEPREVOST, FELIPE DA VEIGA2014LEPREVOST, FELIPE DA VEIGA ; Barbosa, Valmir C. ; FRANCISCO, EDUARDO L. ; PEREZ-RIVEROL, YASSET ; Carvalho, Paulo C. . On best practices in the development of bioinformatics software. Frontiers in Genetics, v. 5, p. 199, 2014.

57.
67SOARES, EMANOELLA L.2014SOARES, EMANOELLA L. ; SHAH, MOHIBULLAH ; SOARES, ARLETE A. ; COSTA, JOSÉ HÉLIO ; Carvalho, Paulo C. ; Domont, Gilberto B. ; NOGUEIRA, FÁBIO C.S. ; CAMPOS, FRANCISCO A.P. . Proteome analysis of the inner integument from developing seeds of Jatropha curcas L.. Journal of Proteome Research (Print), v. AOP, p. 140710143825003, 2014.

58.
66LEPREVOST, F. V.2014LEPREVOST, F. V. ; VALENTE, R. H. ; LIMA, D. B. ; Perales, J. ; MELANI, R. ; Yates, J. R. ; BARBOSA, V. C. ; JUNQUEIRA, M. ; Carvalho, P. C. . PepExplorer: A Similarity-driven Tool for Analyzing de Novo Sequencing Results. MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS, v. 13, p. 2480-2489, 2014.

59.
69LIMA, DANIEL C2014LIMA, DANIEL C ; DUARTE, FÁBIO T ; MEDEIROS, VIVIANE ; LIMA, DIOGO B ; CARVALHO, PAULO ; BONATTO, DIEGO ; BATISTUZZO DE MEDEIROS, SILVIA R . The influence of iron on the proteomic profile of Chomobacterium violaceum. BMC Microbiology (Online), v. 14, p. 267, 2014.

60.
62Fischer, Juliana de Saldanha da Gama2014Fischer, Juliana de Saldanha da Gama ; Carvalho, Paulo C. ; CANEDO, N. H. S. ; GONCALVES, K. M. S. ; AQUINO, PRISCILA FERREIRA ; ALMEIDA, B. ; PANNAIN, V. L. N. ; CARVALHO, M. G. C. . Applications of Formalin Fixed Paraffin-Embedded Tissue Proteomics in the Study of Cancer. Austin Proteomics, v. 1, p. 1-7, 2014.

61.
68BRUNORO, GISELLE VILLA FLOR2014BRUNORO, GISELLE VILLA FLOR ; CAMINHA, MARCELLE ALMEIDA ; DA SILVA FERREIRA, ANDRÉ TEIXEIRA ; DA VEIGA LEPREVOST, FELIPE ; Carvalho, Paulo Costa ; Perales, Jonas ; VALENTE, RICHARD HEMMI ; MENNA-BARRETO, RUBEM FIGUEIREDO SADOK . Reevaluating the Trypanosoma cruzi proteomic map: the shotgun description of bloodstream trypomastigotes. Journal of Proteomics (Print), v. AOP, p. AOP, 2014.

62.
33BORGES, D.2013BORGES, D. ; PEREZ-RIVEROL, Y. ; NOGUEIRA, F. C. S. ; DOMONT, G. B. ; NODA, J. ; LEPREVOST, F. D. V. ; BESADA, V. ; FRANCA, F. M. G. ; BARBOSA, V. C. ; SANCHEZ, A. ; Carvalho, P. C. . Effectively addressing complex proteomic search spaces with peptide spectrum matching. Bioinformatics (Oxford. Print), v. EUP, p. EUP, 2013.

63.
36LEPREVOST, F.V.2013LEPREVOST, F.V. ; LIMA, D.B. ; CRESTANI, J. ; PEREZ-RIVEROL, Y. ; ZANCHIN, N. ; Barbosa, V.C. ; Carvalho, P.C. . Pinpointing differentially expressed domains in complex protein mixtures with the cloud service of PatternLab for Proteomics. Journal of Proteomics (Print), v. 89, p. 179-182, 2013.

64.
37PINHEIRO, CAMILA B.2013PINHEIRO, CAMILA B. ; SHAH, MOHIBULLAH ; SOARES, EMANOELLA L. ; NOGUEIRA, FÁBIO C.S. ; Carvalho, Paulo C. ; JUNQUEIRA, MAGNO ; ARAÚJO, GABRIEL D. T. ; SOARES, ARLETE A ; Domont, Gilberto B. ; CAMPOS, FRANCISCO A.P. . Proteome Analysis of Plastids from Developing Seeds of Jatropha curcas L.. Journal of Proteome Research (Print), v. AOP, p. 130915105936003, 2013.

65.
35PEREZ-RIVEROL, YASSET2013PEREZ-RIVEROL, YASSET ; SÁNCHEZ, ANIEL ; NODA, JESUS ; BORGES, DIOGO ; Carvalho, Paulo Costa ; WANG, RUI ; VIZCAÍNO, JUAN ANTONIO ; BETANCOURT, LÁZARO ; RAMOS, YASSEL ; DUARTE, GABRIEL ; NOGUEIRA, FABIO C.S. ; GONZÁLEZ, LUIS J. ; PADRÓN, GABRIEL ; TABB, DAVID L. ; HERMJAKOB, HENNING ; Domont, Gilberto B. ; BESADA, VLADIMIR . HI-Bone: A Scoring System for Identifying Phenylisothiocyanate-Derivatized Peptides Based on Precursor Mass and High Intensity Fragment Ions. Analytical Chemistry, v. 85, p. 3515-3520, 2013.

66.
34GONZÁLEZ-CABALLERO, NATALIA2013GONZÁLEZ-CABALLERO, NATALIA ; RODRÍGUEZ-VEGA, ANDRÉS ; DIAS-LOPES, GEOVANE ; VALENZUELA, JESUS G. ; RIBEIRO, JOSE M.C. ; Carvalho, Paulo Costa ; Valente, Richard H. ; BRAZIL, REGINALDO P. ; CUERVO, PATRICIA . Expression of the mevalonate pathway enzymes in the Lutzomyia longipalpis (Diptera: Psychodidae) sex pheromone gland demonstrated by an integrated proteomic approach. Journal of Proteomics (Print), v. 16, p. 117-132, 2013.

67.
CHAVES, DANIELA F. S.2013CHAVES, DANIELA F. S. ; Carvalho, Paulo C. ; LIMA, DIOGO B. ; NICASTRO, HUMBERTO ; LORENZETI, FÁBIO M. ; SIQUEIRA-FILHO, MÁRIO ; HIRABARA, SANDRO M. ; ALVES, PAULO H. M. ; Moresco, James J. ; Yates, John R. ; LANCHA, ANTONIO H. . Comparative Proteomic Analysis of the Aging Soleus and Extensor Digitorum Longus Rat Muscles Using TMT Labeling and Mass Spectrometry. JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH, v. 12, p. 4532-4546, 2013.

68.
4Crestani, Juliana2012Crestani, Juliana ; Carvalho, Paulo Costa ; Han, Xuemei ; Seixas, Adriana ; Broetto, Leonardo ; Fischer, Juliana de Saldanha da Gama ; Staats, Charley Christian ; Schrank, Augusto ; Yates, John R. ; Vainstein, Marilene Henning . Proteomic Profiling of the Influence of Iron Availability on. Journal of Proteome Research (Print), v. 11, p. 189-205, 2012.

69.
7JUNQUEIRA, M.2012JUNQUEIRA, M. ; Carvalho, P. C. . Tools and challenges for diversity-driven proteomics in Brazil. Proteomics (Weinheim. Print), v. 12, p. 2601-2606, 2012.

70.
6Fonslow, Bryan R.2012Fonslow, Bryan R. ; Niessen, Sherry M. ; Singh, Meha ; Wong, Catherine C. L. ; Xu, Tao ; Carvalho, Paulo C. ; Choi, Jeong ; Park, Sung Kyu ; Yates, John R. . Single-Step Inline Hydroxyapatite Enrichment Facilitates Identification and Quantitation of Phosphopeptides from Mass-Limited Proteomes with MudPIT. Journal of Proteome Research (Print), v. NT, p. 120417132154005, 2012.

71.
3Carvalho, P. C.2012Carvalho, P. C.; Yates III, J. R. ; BARBOSA, V. C. . Improving the TFold test for differential shotgun proteomics. Bioinformatics (Oxford. Print), v. 28, p. 1652-1654, 2012.

72.
2Yates, John R2012Yates, John R ; Park, Sung Kyu Robin ; Delahunty, Claire M ; Xu, Tao ; Savas, Jeffrey N ; Cociorva, Daniel ; Carvalho, Paulo Costa . Toward objective evaluation of proteomic algorithms. Nature Methods, v. 9, p. 455-456, 2012.

73.
5Carvalho, Paulo C.2012Carvalho, Paulo C.; Balbuena, Tiago S. ; Yates, John R. ; Cociorva, Daniel ; Xu, Tao ; Perales, Jonas ; Fischer, Juliana S. G. ; Valente, Richard H. ; Barbosa, Valmir C. . Search engine processor: Filtering and organizing peptide spectrum matches. Proteomics (Weinheim. Print), v. 12, p. 944-949, 2012.

74.
39NICOLAU, CAROLINA A.2012NICOLAU, CAROLINA A. ; TEIXEIRA-FERREIRA, ANDRÉ ; Carvalho, Paulo C. ; JUNQUEIRA, MAGNO ; Perales, Jonas ; NEVES, ANA GISELE -FERREIRA C. ; Valente, Richard H. . 227. Proteopeptidome Determination of Bothrops jararaca Venom: an Innovative Approach in Snake Venomics. Toxicon (Oxford), v. 60, p. 211-212, 2012.

75.
38DE AQUINO, P.F.2012DE AQUINO, P.F. ; Carvalho, P.C. ; DA GAMA FISCHER, J.S. ; DE SOUZA, A.Q.L. ; VIANA, J.S. ; CHALUB, S.R.S. ; DE SOUZA, A.D.L. ; CARVALHO, M.G.C. . Epstein-Barr virus DNA associated with gastric adenocarcinoma and adjacent non-cancerous mucosa in patients from Manaus, Brazil. Genetics and Molecular Research, v. 11, p. 4442-4446, 2012.

76.
8Carvalho, P. C.2011Carvalho, P. C.; FISCHER, J. S. G. ; Perales, J. ; Yates, J. R. ; BARBOSA, V. C. ; BAREINBOIM, E. . Analyzing marginal cases in differential shotgun proteomics. Bioinformatics (Oxford. Print), v. 27, p. 275-276, 2011.

77.
10de Saldanha da Gama Fischer, Juliana2011de Saldanha da Gama Fischer, Juliana ; Costa Carvalho, Paulo ; da Fonseca, Clovis Orlando ; Liao, Lujian ; Degrave, Wim M. ; da Gloria da Costa Carvalho, Maria ; Yates, John R. ; Domont, Gilberto B. ; Carvalho, Paulo C . Chemo-Resistant Protein Expression Pattern of Glioblastoma Cells (A172) to Perillyl Alcohol. Journal of Proteome Research (Print), v. 10, p. 153-160, 2011.

78.
12Fonslow, Bryan R.2011Fonslow, Bryan R. ; Carvalho, Paulo C. ; Academia, Katrina ; Freeby, Steve ; Xu, Tao ; Nakorchevsky, Aleksey ; Paulus, Aran ; Yates, John R. . Improvements in Proteomic Metrics of Low Abundance Proteins through Proteome Equalization Using ProteoMiner Prior to MudPIT. Journal of Proteome Research (Print), v. 00, p. 110624111106081, 2011.

79.
11Rebello, Karina M.2011Rebello, Karina M. ; Barros, Juliana S.L. ; Mota, Ester M. ; Carvalho, Paulo C. ; Perales, Jonas ; Lenzi, Henrique L. ; Neves-Ferreira, Ana G.C. . Comprehensive proteomic profiling of adult Angiostrongylus costaricensis, a human parasitic nematode. Journal of Proteomics, v. 74, p. 1545-1559, 2011.

80.
9Barboza, Rodrigo2011Barboza, Rodrigo ; Cociorva, Daniel ; Xu, Tao ; Barbosa, Valmir C. ; Perales, Jonas ; Valente, Richard H. ; França, Felipe M. G. ; Yates, John R. ; Carvalho, Paulo C. . Can the false-discovery rate be misleading?. Proteomics (Weinheim. Print), v. 11, p. 4105-4108, 2011.

81.
16Nishimura, Noriyuki2010Nishimura, Noriyuki ; Sarkeshik, Ali ; Nito, Kazumasa ; Park, Sang-Youl ; Wang, Angela ; Carvalho, Paulo C. ; Lee, Stephen ; Caddell, Daniel F. ; Cutler, Sean R. ; Chory, Joanne ; Yates, John R. ; Schroeder, Julian I. . PYR/PYL/RCAR family members are major in-vivo ABI1 protein phosphatase 2C-interacting proteins in Arabidopsis. Plant Journal, v. 61, p. 290-299, 2010.

82.
17Carvalho, P. C.2010Carvalho, P. C.; Han, X. ; Xu, T. ; COCIORVA, D. ; Carvalho, M. d. G. ; BARBOSA, V. C. ; Yates, J. R. . XDIA: improving on the label-free data-independent analysis. Bioinformatics (Oxford), v. 26, p. 847-848, 2010.

83.
14Fischer, Juliana de Saldanha da Gama2010Fischer, Juliana de Saldanha da Gama ; Liao, Lujian ; Carvalho, Paulo C. ; Barbosa, Valmir C. ; Domont, Gilberto B. ; Carvalho, Maria da Gloria da Costa ; Yates III, John R. . Dynamic proteomic overview of glioblastoma cells (A172) exposed to perillyl alcohol. Journal of Proteomics, v. 73, p. 1018-1027, 2010.

84.
13Carvalho, P. C.2010Carvalho, P. C.; Yates III, John R. ; BARBOSA, V. C. . Analyzing shotgun proteomic data with PatternLab for proteomics. Current Protocols in Bioinformatics, v. 30, p. 13.13.1-13.13.1, 2010.

85.
15Moresco, James J.2010Moresco, James J. ; Carvalho, Paulo C. ; Yates III, John R. . Identifying components of protein complexes in C. elegans using co-immunoprecipitation and mass spectrometry. Journal of Proteomics, v. 73, p. 2198-2204, 2010.

86.
18Carvalho, Paulo C.2009Carvalho, Paulo C. ; Cociorva, Daniel ; Wong, Catherine C. L. ; Carvalho, Maria da Gloria da C. ; Barbosa, Valmir C. ; Yates, John R. ; Carvalho, Paulo C . Charge Prediction Machine: Tool for Inferring Precursor Charge States of Electron Transfer Dissociation Tandem Mass Spectra. Analytical Chemistry (Washington), v. 81, p. 1996-2003, 2009.

87.
20Carvalho, P. C.2009Carvalho, P. C.; Xu, T. ; Han, X. ; COCIORVA, D. ; BARBOSA, V. C. ; Yates, J. R. . YADA: a tool for taking the most out of high-resolution spectra. Bioinformatics (Oxford), v. 25, p. 2734-2736, 2009.

88.
19Carvalho, Paulo C2009Carvalho, Paulo C; Fischer, Juliana S G ; Chen, Emily I ; Domont, Gilberto B ; Carvalho, Maria G C ; Degrave, Wim M ; Yates, John R ; Barbosa, Valmir C . GO Explorer: A gene-ontology tool to aid in the interpretation of spectral counting data in shotgun proteomics. Proteome Science, v. 7, p. 6, 2009.

89.
23Carvalho, P.C.2008Carvalho, P.C.; HEWEL, J. ; Barbosa, V.C. ; Yates III, J.R. . Identifying differences in protein expression levels by spectral counting and feature selection. Genetics and Molecular Research, v. 7, p. 342-356, 2008.

90.
22CARVALHO, PC;Carvalho, Paulo C;Carvalho, P. C.;Carvalho, Paulo C.;Carvalho, Paulo Costa;Carvalho, P.C.;CARVALHO, PAULO;Paulo Da Costa Carvalho;Carvalho, Paulo da Costa;C. CARVALHO, PAULO2008CARVALHO, PC; JUNQUEIRA, M. ; VALENTE, RH ; DOMONT, G. B. . Caititu: A tool to graphically represent peptide sequence coverage and domain distribution. Journal of Proteomics, v. 71, p. 486-489, 2008.

91.
24CARVALHO, PC;Carvalho, Paulo C;Carvalho, P. C.;Carvalho, Paulo C.;Carvalho, Paulo Costa;Carvalho, P.C.;CARVALHO, PAULO;Paulo Da Costa Carvalho;Carvalho, Paulo da Costa;C. CARVALHO, PAULO2008CARVALHO, PC; Fischer, Juliana SG ; Chen, Emily I ; Yates, John R ; Barbosa, Valmir C . PatternLab for proteomics: a tool for differential shotgun proteomics. BMC Bioinformatics, v. 9, p. 316, 2008.

92.
21FISCHER, J. S. G.2008FISCHER, J. S. G. ; Carvalho, Paulo C ; NEVES FERREIRA, A. G. ; ORLANDO, C. ; Perales JHA ; m.g.c.carvalho ; DOMONT, G. B. . Anti-thrombin is a prognostic biomarker candidate for patients with recurrent glioblastoma multiform under treatment with perillyl alcohol. Journal of Experimental Therapeutics & Oncology, v. 7, p. 285-290, 2008.

93.
25CARVALHO, PC;Carvalho, Paulo C;Carvalho, P. C.;Carvalho, Paulo C.;Carvalho, Paulo Costa;Carvalho, P.C.;CARVALHO, PAULO;Paulo Da Costa Carvalho;Carvalho, Paulo da Costa;C. CARVALHO, PAULO2007CARVALHO, PC; m.g.c.carvalho ; DEGRAVE, W. M. ; LILLA, S. ; NUCCI, G. ; FONSECA NETO, R. ; Spector, N ; MUSACCHIO, J. ; DOMONT, G. B. . Differential protein expression patterns obtained by mass spectrometry can aid in the diagnosis of Hodgkins disease. Journal of Experimental Therapeutics & Oncology, v. 6, p. 137-145, 2007.

94.
26CARVALHO, PC;Carvalho, Paulo C;Carvalho, P. C.;Carvalho, Paulo C.;Carvalho, Paulo Costa;Carvalho, P.C.;CARVALHO, PAULO;Paulo Da Costa Carvalho;Carvalho, Paulo da Costa;C. CARVALHO, PAULO2007CARVALHO, PC; FISCHER, J. S. G. ; BARBOSA, V. C. ; DEGRAVE, W. M. ; m.g.c.carvalho ; DOMONT, G. B. . Ellipsoid clustering machine: a front line to aid in disease diagnosis. RECIIS. Electronic Journal of Communication Information and Innovation in Health (English edition. Online), v. 1, p. 308-315, 2007.

95.
27FISCHER, J. S. G.2006FISCHER, J. S. G. ; CARVALHO, PC ; GATTASS, C. R. ; M.E.M. Paschoal ; SILVA, M. S. M. E. ; m.g.c.carvalho . Effect of perillyl alcohol and heat shock in human adenocarcinoma lung cells. Journal of Experimental Therapeutics & Oncology, v. 5, p. 301-307, 2006.

96.
28CARVALHO, PC;Carvalho, Paulo C;Carvalho, P. C.;Carvalho, Paulo C.;Carvalho, Paulo Costa;Carvalho, P.C.;CARVALHO, PAULO;Paulo Da Costa Carvalho;Carvalho, Paulo da Costa;C. CARVALHO, PAULO2006CARVALHO, PC; FREITAS, S. S. ; DEGRAVE, W. M. ; FONSECA NETO, R. ; CABELLO, P. H. . Personalized diagnosis by cached solutions with hypertension as a study model. Genetics and Molecular Research, v. 5, p. 856-867, 2006.

97.
40Carvalho, Paulo Costa2006Carvalho, Paulo Costa; Fischer, Juliana de Saldanha da Gama ; Degrave, Wim M. ; Carvalho, Maria da Gloria da Costa . Marcadores séricos e espectrometria de massa no diagnóstico do câncer. Jornal Brasileiro de Patologia e Medicina Laboratorial (Impresso), v. 42, p. 431-436, 2006.

98.
29Carvalho, Paulo C2005Carvalho, Paulo C; Glória, Rafael V ; de Miranda, Antonio B ; Degrave, Wim M . Squid - a simple bioinformatics grid. BMC Bioinformatics, v. 6, n.197, p. 197, 2005.

99.
41Carvalho, Paulo Costa2005Carvalho, Paulo Costa; Fischer, Juliana de Saldanha da Gama ; SILVA, MARCELO SOARES DA MOTA E ; MUSACCHIO, JULIANE ; SPECTOR, NELSON ; DEGRAVE, WIM MAURITS ; Carvalho, Maria da Gloria da Costa . Detecção de potenciais marcadores moleculares séricos da doença de Hodgkin. Jornal Brasileiro de Patologia e Medicina Laboratorial (Impresso), v. 41, p. 165-168, 2005.

100.
42Fischer, Juliana de Saldanha da Gama2005Fischer, Juliana de Saldanha da Gama ; SILVA, MARCELO SOARES DA MOTA E ; PASCHOAL, MARCOS EDUARDO ; GATTASS, CERLI ROCHA ; Carvalho, Paulo Costa ; Carvalho, Maria da Gloria da Costa . Efeito do álcool perílico na expressão gênica de células de adenocarcinoma de pulmão humano. Jornal Brasileiro de Pneumologia (Impresso), v. 31, p. 511-515, 2005.

101.
43REBELLO, ANDRÉ SOARES2003REBELLO, ANDRÉ SOARES ; CARVALHO, MARIA DA GLÓRIA DA COSTA ; REBELLO, MARIA CHRISTINA SOARES ; Fischer, Juliana ; Carvalho, Paulo Costa ; CARVALHO, JOSÉ FRANCISCO DE OLIVEIRA . Detecção molecular da reativação simultânea de VZV e HSV em paciente com história clínica de roseola infantum. Jornal Brasileiro de Patologia e Medicina Laboratorial (Impresso), v. 39, p. 207-209, 2003.

Capítulos de livros publicados
1.
Carvalho, P.C.; Fischer, Juliana ; Xu, T. ; Yates III, J. R. ; Barbosa, Valmir C . PatternLab: from mass spectra to label-free differential shotgun proteomics. PatternLab: from mass spectra to label-free differential shotgun proteomics.. 13ed.: Wiley, 2012, v. 40, p. 1-18.

2.
m.g.c.carvalho ; CARVALHO, PC ; REBELLO, M. C. S. . Reação em cadeia pela polimerase. Semiologia e Métodos especiais em Dermatologia. Rio de Janeiro: Editora Atheneu, 2007, v. , p. -.

3.
FOURNIER, M. V. ; CARVALHO, PC ; MAGEE, D. D. ; m.g.c.carvalho . Section 3: Biomarkers and Clinical Proteomics. In: Krishnarao, Appasani. (Org.). BioArrays: From Basics to Diagnostics. NAed.Totowa: Humana Press, 2005, v. , p. 29-.

Textos em jornais de notícias/revistas
1.
CARVALHO, PC. Engenharia da computação a serviço da Oncobiologia. Onconews, 01 set. 2007.

2.
CARVALHO, PC. Inteligência protéica. Agencia Fapesp, 21 dez. 2005.

3.
Carvalho, P. C.; SEIXAS, L. . Tecnologia pode tornar Brasil competitivo em proteomica. Planeta COPPE.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
CARVALHO, PC. Inteligência Artificial e Espectrometria de Massa na Medicina. In: FESBE 2005, 2005, Aguas de Lindoia. Anais da FESBE 2005, 2005.

2.
ROSSLE, S. C. ; CARVALHO, PC ; DARDENNE, L. E. ; BISCH, P. M. . Development of a computational environment for protein structure prediction and functional analysis. In: II Workshop Brasileiro de Bioinformática, 2003, Macae. Anais do Segundo Workshop Brasileiro de Bioinformática, 2003. v. 1. p. 57-63.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
Carvalho, P.C.; SILVA, M. S. M. E. ; AQUINO, PRISCILA FERREIRA ; Fischer, Juliana de Saldanha da Gama ; Carvalho, Maria da Gloria Costa . Epigenetic and proteomic analysis of gastric tumor and its histologically free proximal and distal margins. In: American Association for Cancer Research, 2014, San Diego. American Association for Cancer Research, 2014.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
WIPPEL, HELISA HELENA ; DOS SANTOS, MARLON D.M. ; CLASEN, MILAN AVILA ; KURT, LOUISE ULRICH ; NOGUEIRA, F. C. S. ; MAC-CORMICK, THAÍS MESSIAS ; ALVES, LYSANGELA RONALTE ; m.g.c.carvalho ; Paulo Da Costa Carvalho ; Fischer, Juliana . Quantitative proteomic analysis of intestinal and diffuse types of gastric cancer using a new PEFF-oriented pipeline within PatternLab for proteomics. In: American Society for Mass Spectrometry, 2018, San Diego. Proceedings of the American Society for Mass Spectrometry, 2018.

2.
Fischer, Juliana ; MELCHIOR, JOHN T ; B. LIMA, DIOGO ; BARBOSA, V. C. ; GOZZO, F. ; SOUZA, T. A. C. B. ; DAVIDSON, W. SEAN ; Paulo Da Costa Carvalho . Using SIM-XL and cross-linking mass spectrometry to characterize homodimer interfaces of isotopically-labeled proteins. In: American Society for Mass Spectrometry, 2018, San Diego. Proceedings of the American Society for Mass Spectrometry, 2018.

3.
VELASQUEZ, E. ; MELANI, RAFAEL DONADÉLLI ; CARVALHO, PAULO ; LIMA, DIOGO B. ; JUNQUEIRA, M. ; NOGUEIRA, F. C. S. ; Domont, Gilberto . CROSS-SPECIES QUANTIFICATION OF SNAKE VENOMS USING iTRAQ. In: American Society for Mass Spectrometry, 2014, Washington DC. American Society for Mass Spectrometry, 2014.

4.
LEPREVOST, F. V. ; VALENTE, R. H. ; BORGES, DIOGO ; Perales JHA ; MELANI, RAFAEL DONADÉLLI ; YATES, J. R. ; BARBOSA, V. C. ; JUNQUEIRA, M. ; Carvalho, Paulo C . PepExplorer: a similarity-driven tool for analyzing de novo sequencing results. In: BrMass V, 2013, Campinas. BrMass V, 2013.

5.
Aquino, P. F. ; FISCHER, J. S. G. ; NEVES FERREIRA, A. G. ; Perales JHA ; Domont, Gilberto ; Carvalho, Maria da Gloria Costa ; Viana J.S. ; CHALUB, A. D. L. ; Souza, A. D. L. ; Souza, A. Q. L ; Carvalho, P. C. . Proteomicaly scrutinizing the gastric cancer resection margin for malignancies.. In: XLI Reunião da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2012, Foz do Iguaçu. XLI Reunião da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2012.

6.
Fischer, Juliana ; GONCALVES, K. M. S. ; CANEDO, N. H. S. ; Carvalho, P.C. ; TEIXEIRA, G. D. ; Domont, Gilberto ; Perales JHA ; m.g.c.carvalho . Investigating astrocytomas by mass spectrometry based proteomics of formalin fixed paraffin embedding tissues. In: HUPO, 2012, Boston. 11th Annual World Congress - Human Proteome Organization, 2012.

7.
Nicolau, C.A. ; Texeira-Ferreira, A. ; Beghini, D.G. ; Carvalho, P. C. ; JUNQUEIRA, M. ; Perales, J. ; VALENTE, RH . OFFGEL technology for snake venom peptidomics - Bothropos Jararaca. In: SBBq, 2011, Foz do Iguaçu. XL reunião anual SBBq, 2011.

8.
Carvalho, P. C.; Fischer, Juliana de Saldanha da Gama ; Xu, Tao ; COCIORVA, D. ; BALBUENA, T. ; VALENTE, RH ; Perales JHA ; YATES, J. R., III ; BARBOSA, V. C. . SEPro: a tool for maximizing peptide sequence matches. In: BrMass IV, 2011, Campinas. http://www.brmass.com.br/congresso/, 2011.

9.
Han, X. ; Carvalho, Paulo C ; Xu, T. ; Cociorva, Daniel ; Carvalho, Maria da Gloria da Costa ; Barbosa, Valmir C. ; YATES, J. R., III . Extended Data-Independent Acquisition (XDIA): Improving on the label-free data-independent analysis. In: American Society for Mass Spectrometry (ASMS), 2010, Salt Lake City. Proceeding of the ASMS 2010, 2010.

10.
CRESTANI, J. ; Carvalho, P. C. ; Fischer, Juliana de Saldanha da Gama ; Liao, Lujian ; Yates III, John R. ; VAINSTEIN, M. H. . Proteomics of Copper Deprivation in Cryptococcus gatti using 2D-PAGE and MudPIT. In: 110th General Meeting of the American Society of Microbiology, 2010, San Diego. General Meeting of the American Society of Microbiology, 2010.

11.
Carvalho, P. C.; COCIORVA, D. ; Wong C C L ; Carvalho, Maria da Gloria da C. ; Barbosa, Valmir C. ; YATES, J. R., III . A tool for inferring precursor charge states of Electron Transfer Dissociation tandem mass spectra. In: American Society For Mass Spectrometry (ASMS), 2009, Philadelphia. ASMS 2009, 2009.

12.
CARVALHO, PC; FISCHER, J. S. G. ; Barbosa, Valmir C ; Yates, JR, III . PatternLab: An integrated approach for analyzing spectral counting data. In: La Jolla Proteomics Conference, from Experiment to Computing, 2008, San Diego. Program of the La Jolla Proteomics Conference, from Experiment to Computing, 2008.

13.
CARVALHO, PC; FISCHER, J. S. G. ; DOMONT, G. B. ; m.g.c.carvalho ; YATES, J. R., III ; BARBOSA, V. C. . A novel strategy for diferential proteomics by spectral counting and statistical learning. In: Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2007, Salvador. Anais da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2007, 2007.

14.
CARVALHO, PC; FISCHER, J. S. G. ; DOMONT, G. B. ; m.g.c.carvalho ; YATES, J. R., III ; BARBOSA, V. C. . Nova estratégia para proteômica diferencial ajuda a elucidar mecanismos de ação do álcool perílico em células de glioblastoma multiforme (A172). In: I Simposio em Oncobiologia, 2007, Rio de Janeiro. Onconews, 2007.

15.
CARVALHO, PC; NUCCI, G. ; MUSACCHIO, J. ; m.g.c.carvalho ; Spector, N ; FONSECA NETO, R. ; LILLA, S. ; DEGRAVE, W. M. ; DOMONT, G. B. . Maximum divergence analysis for MS biomarker hunting. In: Ammerican Association for Cancer Research Anual Meeting, 2006, Washington DC. Proceeding of the American Association for Cancer Research Anual Meeting - 2006, 2006.

16.
CARVALHO, PC; m.g.c.carvalho ; DEGRAVE, W. M. ; LILLA, S. ; NUCCI, G. ; FONSECA NETO, R. ; Spector, N ; MUSACCHIO, J. ; DOMONT, G. B. . DIAGNOSING HODGKIN?S DISEASE BY SUPPORT VECTOR MACHINES AND SERUM GLOBAL PROTEOMIC PROFILE OBTAINED WITH ESI-MS. In: Sociedade Brasileira de Bioquimica e Biologia Molecular 2005, 2005, Aguas de Lindoia. Sociedade Brasileira de Bioquimica e Biologia Molecular 2005, 2005.

17.
FISCHER, J. S. G. ; GATTASS, C. R. ; CARVALHO, PC ; M.E.M. Paschoal ; SILVA, M. S. M. E. ; m.g.c.carvalho . Modification in ERK regulation by perillyl alcohol and heat shock in adenocarcinoma lung cells. In: 10th World Congress on Advances in Oncology and 8th International Symposium on Molecular Medicine, 2005, Greece - Creta. 10th World Congress on Advances in Oncology and 8th International Symposium on Molecular Medicine, 2005.

18.
CARVALHO, PC; m.g.c.carvalho ; DEGRAVE, W. M. ; DOMONT, G. B. . Pattern Recognition in the Cancer Proteome for Medical Diagnosis. In: IX Jornada Científica de Pós Graduação, 2005, Rio de Janeiro. Anais do IX Jornada Científica de Pos Graduação e XIII Reunião Anual de Iniciação Cientifica, 2005. p. 415-415.

19.
CARVALHO, PC; GLORIA, R. V. ; TAVARES, D. M. ; CATANHO, M. ; CAPRILES, P. V. S. Z. ; Guimaraes, A. C. R. ; MIRANDA, A. B. ; DEGRAVE, W. M. . Squid - A SImple Bioinformatics Grid. In: Segunda Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos - LNCC, 2004, Petrópolis. -, 2004.

20.
LEOPOLDINO, A. M. ; JUNQUEIRA, M. ; DOMONT, G. B. ; CARVALHO, PC ; AZEVEDO JR, W. F. ; TAJARA, E. H. . CLONAGEM, EXPRESSÃO E PURIFICAÇÃO DA QUINASE DEPENDENTE DE CICLINA 9 (CDK9) HUMANA. In: Sociedade Brasileira de Genética, 2004. Sociedade Brasileira de Genética.

21.
CARVALHO, PC; NUCCI, G. ; m.g.c.carvalho ; Spector, N ; DEGRAVE, W. M. ; MUSACCHIO, J. ; DOMONT, G. B. . Pattern Analysis of Sera from Healthy Controls and Hodgkins Disease Patients Obtained by Q-TOF Mass Spectrometry. In: Advances in Proteomics in Cancer Research - AACR, 2004, Miami. Advances in Proteomics in Cancer Research Conference Proceedings, 2004.

22.
CARVALHO, PC; m.g.c.carvalho ; DEGRAVE, W. M. . Abordagem de Bioinformática para Genotipagem Viral usando como modelo o Vírus do Papiloma Humano (HPV). In: 37 Congresso Brasileiro de Patologia Clinica / Medicina Laboratorial, 2003, Rio de Janeiro. Resumos de Temas Livres, 2003. p. 34-34.

23.
ROSSLE, S. C. ; CARVALHO, PC ; ANSUATTIGUI JUNIOR, W. ; BISCH, P. M. . Mhol3D: Ambiete Computacional para a aplicação de Metodos de Modelagem por Homologia em Genômica Estrutural. In: VI Jornada Científica - II Conferência Carlos Chagas Filho 40 anos da Pós-Graduação do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, 2003, Rio de Janeiro. Jornada Científica - Intituto de Biofisica Carlos Chagas Filho, 2003.

Resumos publicados em anais de congressos (artigos)
1.
DOMONT, G. B.2005DOMONT, G. B. ; CARVALHO, PC ; NUCCI, G. ; Spector, N ; LILLA, S. ; m.g.c.carvalho ; MUSACCHIO, J. . Toward a Cancer-free Serum Standard through Electrospray Mass Spectrometry and Bioinformatics. Molecular and Cellular Proteomics, v. 4, p. S88, 2005.

2.
CARVALHO, PC;Carvalho, Paulo C;Carvalho, P. C.;Carvalho, Paulo C.;Carvalho, Paulo Costa;Carvalho, P.C.;CARVALHO, PAULO;Paulo Da Costa Carvalho;Carvalho, Paulo da Costa;C. CARVALHO, PAULO2005CARVALHO, PC; m.g.c.carvalho ; DEGRAVE, W. M. ; LILLA, S. ; NUCCI, G. ; FONSECA NETO, R. ; Spector, N ; MUSACCHIO, J. ; DOMONT, G. B. . Medical diagnosis through electrospray mass spectrometry and bioinformatics. International Journal of Molecular Medicine, v. 16, p. S7-S7, 2005.

Apresentações de Trabalho
1.
C. CARVALHO, PAULO. Structural proteomics as a tool for diseases mechanism elucidation. 2018. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
Carvalho, P. C.. PatternLab for proteomics 4.0: a one-stop-shop for analyzing proteomic data. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
C. CARVALHO, PAULO. SIM-XL: a powerful and user-friendly tool for peptide cross-linking analysis. 2015. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

4.
Carvalho, Paulo Costa. Metodologia computacional para análise de dados proteômicos de organismos sem genoma sequenciado. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

5.
Carvalho, P. C.. Da espectrometria de massa à proteomica diferencial. 2012. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

6.
Carvalho, P. C.. Computational strategies and challenges for analyzing shotgun proteomic data. 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

7.
Carvalho, Paulo C.. Can the false discovery rate provide misleading results when analyzing shotgun proteomic data?. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

8.
Carvalho, Paulo C. Analyzing shotgun proteomic data. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

9.
Carvalho, Paulo C. A next generation label-free quantitation strategy for analyzing complex peptide mixtures. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

10.
Carvalho, P. C.. A strategy to automatically infer precursor charge states of electron transfer dissociation tandem mass spectra. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

11.
Carvalho, Paulo C. A novel strategy for diferential proteomics by spectral counting and statistical learning. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

12.
CARVALHO, PC. Medical diagnosis through electrospray mass spectrometry and bioinformatics. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

13.
Carvalho, Paulo C. Inteligência Artificial e Espectrometria de Massa na Medicina. 2005. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
CARVALHO, PC; m.g.c.carvalho . Genos - Genotipagem Computacional. 2005.

2.
CARVALHO, PC; MUSACCHIO, J. ; Spector, N ; LILLA, S. ; DOMONT, G. B. . Ellipsoid Clustering Machine. 2005.

3.
CARVALHO, PC; FONSECA NETO, R. ; LILLA, S. ; MUSACCHIO, J. ; Spector, N ; DEGRAVE, W. M. ; m.g.c.carvalho ; NUCCI, G. ; DOMONT, G. B. . Maximum Divergence Analysis - SVM. 2005.

4.

5.
CARVALHO, PC. Automatic Protein Identification based on Mascot. 2005.

6.
CARVALHO, PC; GLORIA, R. V. ; MIRANDA, A. B. ; DEGRAVE, W. M. . Squid - a simple bioinformatics grid. 2005.

7.
ROSSLE, S. C. ; CARVALHO, PC ; BISCH, P. M. . Mhol3D. 2004.

8.
CARVALHO, PC; ROSSLE, S. C. ; BISCH, P. M. . BATS - Blast Automatic Targeting for Structures. 2004.

9.
CARVALHO, PC. BuscaRio. 2000.

Produtos tecnológicos
1.
m.g.c.carvalho ; CARVALHO, PC . Kit de diagnóstico e método de detecção da integraçõao do HPV no genoma de células infectadas. 2004.

Processos ou técnicas
1.
CARVALHO, PC; m.g.c.carvalho ; LILLA, S. ; DEGRAVE, W. M. ; DOMONT, G. B. . Maquinas de Vetor de Suporte aplicado a espectrometria de Massa para busca de biomarcadores. 2006.



Patentes e registros



Patente

A Confirmação do status de um pedido de patentes poderá ser solicitada à Diretoria de Patentes (DIRPA) por meio de uma Certidão de atos relativos aos processos
1.
 Carvalho, Paulo C; CARVALHO, M. G. C. . KIT DE DIAGNÓSTICO E MÉTODO DE DETECÇÃO DA INTEGRAÇÃO DO HPV NO GENOMA DE CÉLULAS INFECTADAS. 2004, Brasil.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: PI0402419, título: "KIT DE DIAGNÓSTICO E MÉTODO DE DETECÇÃO DA INTEGRAÇÃO DO HPV NO GENOMA DE CÉLULAS INFECTADAS" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 22/06/2004; Concessão: 19/02/2013.

2.
 Carvalho, P. C.; BARBOSA, V. C. ; SILVA, A. R. F. ; BATTHYANY, C. ; Duran R ; B. LIMA, DIOGO ; LEYVA, A. P. . SYSTEM, METHOD AND DEVICE FOR IDENTIFYING DISCRIMINANT BIOLOGICAL FACTORS AND FOR CLASSIFYING PROTEOMIC PROFILES. 2016, Estados Unidos.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: 62422964, título: "SYSTEM, METHOD AND DEVICE FOR IDENTIFYING DISCRIMINANT BIOLOGICAL FACTORS AND FOR CLASSIFYING PROTEOMIC PROFILES" , Instituição de registro: United States Patent and Trademark Office. Depósito: 17/11/2016



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
Carvalho, Paulo da Costa; Romão LM; Carprini G. Participação em banca de Calebe Brim. MS-ML Studio: uma ferramenta para classificação de dados de espectrometria de massas.. 2015. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal do Paraná.

2.
Carvalho, Paulo Costa. Participação em banca de Paulo Ornellas de Souza. Carcinoma epidermóide invasivo de pênis: subexoressão dos fragmentos C3 e C4A/B do sistema complemento detectado no plasma pela plataforma proteômica ClinProt / MALDI TOF. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciências Médicas) - Universidade do Estado do Rio de Janeiro.

3.
FRANCA, F. M. G.; da Silva MR; Nobre FF; Faria RC; Carvalho, Paulo C. Participação em banca de Caio Ribeiro de Souza. Redes Neurais Sem-peso Aplicadas a Categorização de Mutações de Resistência de HIV-1. 2011. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Sistemas e Computação) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

4.
Almeida V R; Carvalho, Paulo C; FONTES, W.. Participação em banca de Carlos Henrique Saraiva Garcia. Identificação de proteínas da linhagem celular HCC1954. 2010. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Teses de doutorado
1.
Carvalho, P. C.; NAKAO, L. S.; CADENA, S. M. S. C.; MUNIZ, B. D.; FILIPAK NETO, F.. Participação em banca de Renata Rank de Miranda. Efeitos citotóxicos da interação entre nanopartículas de prata e metais não essenciais em células de hepatocarcinoma humano (HepG2). 2017. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Paraná.

2.
CARVALHO, PC. Participação em banca de Carlos Henrique Garcia. Exflagelação em Microgametos de Plasmodium berghei: Eventos Moleculares por Abordagens Proteômicas. 2016 - Universidade de Brasília.

3.
Carvalho, Paulo da Costa; CADENA, S. M. S. C.; WASSEM, R.; FILIPAK NETO, F.; DONATTI, L.. Participação em banca de Claudio Adriano Piechnik. Respostas proteômicas induzidas por metais em brânquias da lapa Antártica Nacella concinna (Gastropoda: Patellidae). 2015. Tese (Doutorado em Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Paraná.

4.
NOGUEIRA, F. C. S.; DOMONT, G. B.; Perales JHA; CARVALHO, PC. Participação em banca de Mohibullah Shah. Proteome Analysis of developing seeds of Jatropha curacas L. (Euphorbiaceae). 2014. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade Federal do Ceará.

5.
Carvalho, Paulo C; DUTRA, W. O.; BACELLAR, M. O. A. R.; VERAS, P. S. T.; BRODSKYN, C. I.. Participação em banca de Claire da Silva Santos. Avaliação do papel das células T CD8+ e análise proteômica nas biópsias de pacientes com leishmaniose cutânea localizada infectados por L. braziliensis. 2013. Tese (Doutorado em Curso de Pós-Graduação em Patologia) - Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz.

6.
PINTO, M. A.; VALENTE, R. H.; SOARES, M. A.; RODRIGUES, L. L. L. X. S.; Carvalho, P.C.. Participação em banca de Karen Soares Trinta. Análise proteômica do plasma de pacientes com Hepatite C en diferentes fases da infecção e evolução da doença. 2012. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Fiocruz- RJ.

7.
Carvalho, P. C.; VAINSTEIN, M. H.; Carlini C R S. Participação em banca de Juliana Crestani. Influência da alteração dos níveis de ferro e cobre na fisiologia e patogenicidade de Cryptococcus gattii: uma visão proteômica. 2011. Tese (Doutorado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Federal do Rio Grande do Sul.

Qualificações de Doutorado
1.
Carvalho, P. C.; KALUME, D.; PIZZATTI, L.. Participação em banca de Jimmy Esneider Rodríguez Murillo. DETECÇÃO E QUANTIFICAÇÃO DE MODIFICAÇÕES PÓS-TRADUCIONAIS NA DIFERENCIAÇÃO DE CÉLULAS DE NEUROBLASTOMA HUMANO (SH-SY5Y) UTILIZANDO ABORDAGENS PROTEÔMICAS. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Pós-graduação em Bioquímica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
Carvalho, Paulo Costa; LIMA, DIOGO BORGES; SILVA, J. C. P.; LIMA, P. M.. Participação em banca de Andre Ramos Fernandes da Silva.Metodologia computacional para identificação de peptideos a partir de espectros de massas. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciencia da computação) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

2.
CARVALHO, PC; BORGES, DIOGO; SILVA, J. C. P.; LIMA, P. M.. Participação em banca de Marcos Antonio Serpa de Barros.Metodologia computacional para identificação de peptideos a partir de espectros de massas. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.

3.
CARVALHO, PC; BORGES, DIOGO; SILVA, J. C. P.; LIMA, P. M.. Participação em banca de Felipe Araújo Teixeira.Metodologia computacional para identificação de peptideos a partir de espectros de massas. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal do Rio de Janeiro.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
Paulo Da Costa Carvalho; SANTOS, A. L. S.; NEVES, B. C.. contratação de Professor Visitante Adjunto (PV) intitulada ?Tecnologia Microbiana e Enzimática?, conforme o Edital CEPG nº 646 de 9 de julho de 2018. 2018. Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro.

2.
Carvalho, Paulo da Costa. Bioinformática aplicada a oncologia. 2015. Instituto Nacional de Câncer.

Outras participações
1.
Carvalho, Paulo Costa; PICCHI, G.; MOSIMANN, A. L. P.. Comissão da avaliação de Mestado do ICC. 2013. Instituto Carlos Chagas - Fiocruz (PR).

2.
Carvalho, P.C.. 20 Reunião anual de iniciação científica. 2012. Instituto Carlos Chagas - Fiocruz (PR).



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
BrProt. Caracterizing homodimer interfaces with cross-linking mass spectrometry. 2018. (Congresso).

2.
I Encontro da Rede Centro-Oeste de Formação e Pesquisa em Biologia Computacional.How do algorithms for pepide identification work in shotgun proteomics?. 2014. (Encontro).

3.
Sociedade Brasileira de Proteomica. SIM-XL: A tool for identifying and assessing cross-linked peptides. 2014. (Congresso).

4.
São Paulo Advanced School In Bioorganic Chemistry. Bringing collective intelligence to proteomics with Peptide-Fragment-Networks. 2013. (Congresso).

5.
Workshop Tópicos Avançados em Proteomica.Validação estatística de dados proteômicos. 2013. (Oficina).

6.
VIII Encontro do Programa de Pós-graduação em Ciencias da Coordenadoria de Controle de Doencas. Diagnosticando micro-organismos por espectrometria de massa e inteligência artificial. 2012. (Congresso).

7.
BrMass IV - Sociedade Brasileira de Espectrometria de Massa. Workshop. 2011. (Congresso).

8.
Course on Proteomics - Butantan.Analyzing shotgun proteomic data with PatternLab for proteomics. 2011. (Simpósio).

9.
SBBq. Grupo de discussão em proteômica. 2011. (Congresso).

10.
Workshop: From Omics to Systems Biology at Butantan Institute.Challenges in analyzing shotgun proteomic data. 2011. (Oficina).

11.
HUPO USA. 2009. (Congresso).

12.
American Society for Mass Spectrometry (ASMS). 2008. (Congresso).

13.
La Jolla Proteomics Conference, From Experiment To Computing. PatternLab: an integrated approach for analyzing spectral counting data. 2008. (Congresso).

14.
American Association for Cancer Research Anual Meeting. Maximum divergence analysis for MS biomarker hunting. 2006. (Congresso).

15.
10th World Congress on Advances in Oncology and 8th International Symposium on Molecular Medicine.Medical Diagnosis through Electrospray Mass Spectrometry and Bioinformatics. 2005. (Seminário).

16.
II Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos.II Escola de Modelagem Molecular em Sistemas Biológicos. 2004. (Oficina).

17.
37 Congresso Brasileiro de Patologia Clínica / Medicina Laboratórial. 37 Congresso Brasileiro de Patologia Clínica / Medicina Laboratórial. 2003. (Congresso).

18.
II Workshop Brasileiro de Bioinformática (WOB). II Workshop Brasileiro de Bioinformática. 2003. (Congresso).

19.
IV Jornada Científica - II Conferência Carlos Chagas Filho 40 anos da Pós-Graduação do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho.IV Jornada Científica - II Conferência Carlos Chagas Filho 40 anos da Pós-Graduação do Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho. 2003. (Outra).

20.
36 Congresso Brasileiro de Patologia Clínica / Medicina Laboratorial. 36 Congresso Brasileiro de Patologia Clínica / Medicina Laboratorial. 2002. (Congresso).

21.
II Encontro Nacional de DNA Forense.II Encontro Nacional de DNA Forense. 2002. (Encontro).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Paulo Da Costa Carvalho. Jornada Cientifica do Instituto Carlos Chagas, Fiocruz Paraná. 2018. (Congresso).

2.
Carvalho, P. C.; Duran R . Computational Proteomics Course. 2016. (Outro).

3.
CARVALHO, PAULO. II Simpósio de Proteômica Fiocruz. 2014. (Congresso).

4.
LEPREVOST, F. V. ; BORGES, DIOGO ; Carvalho, P. C. . I Simposio Instituto Carlos Chagas em Proteômica. 2013. (Congresso).

5.
Carvalho, P.C.; LEME, A. P. ; SOUZA, D. M. ; CARRILHO, E. ; NOGUEIRA, F. C. S. ; GOZZO, F. ; Domont, Gilberto B ; Perales, J. ; ROSA, J. C. ; BEZERRA, L. L. ; JUNQUEIRA, M. ; SOUSA, M. V. ; PALMA, M. S. . I Encontro da Sociedade Brasileira de Proteômica. 2012. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
LOUISE ULRICH KURT. An algorithm for characterizing protein conformers analyzed by cross-linking mass spectrometry.. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Biocencias e Biotecnologia) - Instituto Carlos Chagas - Fiocruz (PR). (Orientador).

2.
Marlon Dias Mariano dos Santos. Matodo computacional para proteomica quantitativa de peptideos acetilados. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em Biocencias e Biotecnologia) - Instituto Carlos Chagas - Fiocruz (PR), Fiocruz- RJ. (Orientador).

3.
Milan Avila Clasen. Algoritmo para certificacao de oligonucleotideos analisados por espectrometria de massas. Início: 2017. Dissertação (Mestrado em Biocencias e Biotecnologia) - Instituto Carlos Chagas - Fiocruz (PR), Fiocruz- RJ. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
André Ramos Fernandes da Silva. Classificação de micro-organismos de interesse para a saúde pública e diagnósticos de patologias por espectrometria de massas.. Início: 2017. Tese (Doutorado em Biociencias e Biotecnologia) - Instituto Carlos Chagas - Fiocruz (PR), Fiocruz- RJ. (Orientador).

2.
Helisa Helena Wippel. Avaliação proteogenomica dos mecanismos de resistencia do cancer gastrico ao alcool perílico. Início: 2016. Tese (Doutorado em Biociencias e Biotecnologia) - Instituto Carlos Chagas - Fiocruz (PR), Fiocruz- RJ. (Coorientador).

3.
Renata Maria dos Santos. titulo provisorio: Interacao de proteinas em sacharomices. Início: 2016. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro. (Orientador).

4.
Thaís Messias Mac-Cormick. Estudo molecular do adenocarcinoma gastrico em localizaçoes distintas. Início: 2015. Tese (Doutorado em Medicina (Anatomia Patológica)) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Coorientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Andre Ramos Fernandes da Silva. Diagnóstico através de análise de perfis proteômicos. 2015. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Sistemas e Computação) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Paulo Costa Carvalho.

2.
Diogo Borges Lima. MÉTODO COMPUTACIONAL PARA IDENTIFICAÇÃO DE PEPTÍDEOS MARCADOS COM FENIL-ISOTIOCIANATO E ANALISADOS POR CROMATOGRAFIA LÍQUIDA ACOPLADA A ESPECTROMETRIA DE MASSAS. 2012. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Sistemas e Computação) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Paulo Costa Carvalho.

3.
Rodrigo Barboza. Método semi-rotulado para apontar identificações confiáveis em experimentos de Proteômica Shotgun. 2011. Dissertação (Mestrado em Engenharia de Sistemas e Computação) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, . Coorientador: Paulo Costa Carvalho.

4.
Priscila Ferreira de Aquino. PROSPECÇÃO DE BIOMARCADORES ONCOLÓGICOS DE CÂNCERES GÁSTRICOS POR ESPECTROMETRIA DE MASSAS. 2011. Dissertação (Mestrado em Química) - Universidade Federal do Amazonas, . Coorientador: Paulo Costa Carvalho.

Tese de doutorado
1.
Diogo Borges Lima. Metodologia computacional para identificação de peptideos covalentemente ligados e analisados por espectrometria de massas. 2013. Tese (Doutorado em Biociencias e Biotecnologia) - Instituto Carlos Chagas - Fiocruz (PR), Fiocruz- RJ. Orientador: Paulo Costa Carvalho.

2.
Priscila Ferreira de Aquino. Estudo molecular do papel da margem de ressecção no cancer gastrico. 2012. Tese (Doutorado em Pós-graduação em Bioquímica) - Universidade Federal do Rio de Janeiro, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Paulo Costa Carvalho.

3.
Felipe da Veiga Leprevost. Metodologia Computacional Para Análise Proteômica de Organismos Não Sequenciados, Ano de obtenção. 2012. Tese (Doutorado em Biociencias e Biotecnologia) - Instituto Carlos Chagas - Fiocruz (PR), Fiocruz- RJ. Orientador: Paulo Costa Carvalho.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Felipe da Veiga Leprevost. 2014. Instituto Carlos Chagas - Fiocruz (PR), Fiocruz- RJ. Paulo Costa Carvalho.

Iniciação científica
1.
Louise Ulrich Kurt. Algoritmo para certificacao de oligos analisados por espectrometria de massas. 2017. Iniciação Científica. (Graduando em Biociências e Biotecnologia) - Instituto Carlos Chagas - Fiocruz (PR). Orientador: Paulo Costa Carvalho.

2.
Milan Avila Clasen. Metodologia para proteomica diferencial de organismos sem o genoma sequenciado. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Biociências e Biotecnologia) - Instituto Carlos Chagas - Fiocruz (PR), Instituto-Oswaldo-Cruz. Orientador: Paulo Costa Carvalho.

3.
Lucas Henning Brisola. Metodos computacionais em proteômica. 2014. Iniciação Científica - Instituto Carlos Chagas - Fiocruz (PR), Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Paulo Costa Carvalho.

4.
Marlon Dias Mariano dos Santos. Metodologia computacional para analise de fosfopeptideos. 2013. Iniciação Científica - Instituto Carlos Chagas - Fiocruz (PR), Fiocruz- RJ. Orientador: Paulo Costa Carvalho.



Inovação



Patente
1.
 Carvalho, P. C.; BARBOSA, V. C. ; SILVA, A. R. F. ; BATTHYANY, C. ; Duran R ; B. LIMA, DIOGO ; LEYVA, A. P. . SYSTEM, METHOD AND DEVICE FOR IDENTIFYING DISCRIMINANT BIOLOGICAL FACTORS AND FOR CLASSIFYING PROTEOMIC PROFILES. 2016, Estados Unidos.
Patente: Privilégio de Inovação. Número do registro: 62422964, título: "SYSTEM, METHOD AND DEVICE FOR IDENTIFYING DISCRIMINANT BIOLOGICAL FACTORS AND FOR CLASSIFYING PROTEOMIC PROFILES" , Instituição de registro: United States Patent and Trademark Office. Depósito: 17/11/2016



Educação e Popularização de C & T



Apresentações de Trabalho
1.
Carvalho, Paulo Costa. Metodologia computacional para análise de dados proteômicos de organismos sem genoma sequenciado. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
LEPREVOST, F. V. ; BORGES, DIOGO ; Carvalho, P. C. . I Simposio Instituto Carlos Chagas em Proteômica. 2013. (Congresso).

2.
CARVALHO, PAULO. II Simpósio de Proteômica Fiocruz. 2014. (Congresso).



Outras informações relevantes


Pedidos de patente:
# 1 (PI 0402419-2 A) : Kit de Diagnóstico e método de detecção da integração do HPV no genoma de células infectadas
# 2 (PI 0506117-2 - Brasil) : "Método de diagnóstico baseado em padrões proteômicos e/ou genômicos por vetores de suporte aplicado a espectrometria de massa"
# 3 (EP06804581.4 - Comunidade Européia) : "Método de diagnóstico baseado em padrões proteômicos e/ou genômicos por vetores de suporte aplicado a espectrometria de massa"
# 4 (US12/083560 - EUA) : "Método de diagnóstico baseado em padrões proteômicos e/ou genômicos por vetores de suporte aplicado a espectrometria de massa"



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