Ulisses Martins Dias

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  • Última atualização do currículo em 21/07/2018


Possui Bacharelado em Ciência da Computação pela Universidade Federal do Pará (2000-2005), Mestrado em Modelagem Computacional de Conhecimento pela Universidade Federal de Alagoas (2005-2007), Doutorado em Ciência da Computação pela Universidade Estadual de Campinas (2007-2012) e Pós-Doutorado em Ciência da Computação pela Universidade Estadual de Campinas (2012-2015). Atualmente é professor da Faculdade de Tecnologia (FT) da Universidade Estadual de Campinas. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Biologia Computacional e Bioinformática. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Ulisses Martins Dias
Nome em citações bibliográficas
DIAS, U.;Dias, Ulisses

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Tecnologia.
Rua Paschoal Marmo
Jardim Piratininga
13484332 - Limeira, SP - Brasil
Telefone: (19) 983841800


Formação acadêmica/titulação


2007 - 2012
Doutorado em Ciência da Computação.
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
com período sanduíche em Virginia Bioinformatics Institute (Orientador: João Carlos Setubal).
Título: Problemas de Comparação de Genomas, Ano de obtenção: 2012.
Orientador: Zanoni Dias.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: Reversões Simétricas; Rearranjo de Genomas; Distância de Transposição; Montagem de Scaffolds; Distância entre Genomas.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação.
2005 - 2007
Mestrado em Modelagem Computacional de Conhecimento.
Universidade Federal de Alagoas, UFAL, Brasil.
Título: Predição da Função de Proteínas sem Alinhamentos usando Máquinas de Vetor de Suporte,Ano de Obtenção: 2007.
Orientador: Roberta Vilhena Vieira Lopes.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Alagoas, FAPEAL, Brasil.
2000 - 2005
Graduação em Curso Bacharelado em Ciência da Computação.
Universidade Federal do Pará, UFPA, Brasil.
Título: Linguagem Proteômica: Uma Introdução às Gramáticas Livres de Contexto para Descrição de Dados Biológicos.
Orientador: Roberta Vilhena Vieira Lopes.


Pós-doutorado


2012 - 2015
Pós-Doutorado.
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação / Especialidade: Análise de Algoritmos e Complexidade de Computação.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação / Especialidade: Bioinformática.


Atuação Profissional



Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Vínculo institucional

2015 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Doutor, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2015 - 2015
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Professor Doutor, Carga horária: 12

Vínculo institucional

2008 - 2008
Vínculo: Programa de Estágio Docente, Enquadramento Funcional: PED-C, Carga horária: 8

Vínculo institucional

2007 - 2007
Vínculo: Programa de Estágio Docente, Enquadramento Funcional: PED-C, Carga horária: 8


Faculdade Alagoana de Administração, FAA, Brasil.
Vínculo institucional

2006 - 2006
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Professor de Graduação, Carga horária: 5

Atividades

03/2006 - 12/2006
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Compiladores
Inteligência Artificial II
Inteligência Artificial I

Universidade Federal do Pará, UFPA, Brasil.
Vínculo institucional

2002 - 2004
Vínculo: Bolsista de Graduação, Enquadramento Funcional: Aluno Orientado, Carga horária: 20
Outras informações
Projeto do Centro de Lingüística para criação de um Curso Virtual de Línguas Estrangeiras (www.cursoslivresonline.com.br) coordenado pela Professora Dra. Megan Parry de Castro Duque Estrada

Vínculo institucional

2001 - 2002
Vínculo: Bolsista de Graduação, Enquadramento Funcional: Aluno Orientado, Carga horária: 30
Outras informações
Participação no Projeto de Iniciação Acadêmica (Proint 2001) coordenado pelo Professor Dr. Antônio Benedito Coimbra Sampaio sob o título: "Tecnologias na WEB para a Educação à Distância na UFPA"

Atividades

07/2002 - 07/2004
Estágios , CLIVRES, .

Estágio realizado
Curso Virtual de Línguas Estrangeiras.
05/2001 - 06/2002
Estágios , PROINT, .

Estágio realizado
Tecnologias na Web para a Educação a Distância na UFPA.


Projetos de pesquisa


2017 - Atual
Estudo de Distâncias de Rearranjos de Genomas em Problemas que Consideram Reversões e Transposições
Descrição: O projeto está inserido na área de Rearranjo de Genomas. Rearranjos de genomas são mutações que afetam grandes porções do genoma de um organismo. Na maioria dos casos, computar uma distância entre genomas considerando rearranjos de genomas resultam em problemas NP-Completos. Dois rearranjos de genomas conhecidos são reversões e transposições. Reversões ocorrem quando um segmento do genoma é cortado e inserido no mesmo lugar, mas invertido com relação à posição original. Transposições ocorrem quando um segmento do genoma é cortado e inserido em outra posição, com a ordem do segmento permanecendo a mesma. Existe uma grande quantidade de trabalhos para computar uma distância entre dois genomas considerando apenas reversões, e apenas transposições. Entretanto, muito menos trabalhos visam computar distância entre dois genomas considerando ao mesmo tempo reversões e transposições, sendo este um problema para o qual não é conhecida a complexidade. O foco do presente projeto de pesquisa está em heurísticas, algoritmos e provas formais para o problema de distância entre genomas quando reversões e transposições são permitidas..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Ulisses Martins Dias - Coordenador / Zanoni Dias - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.
2015 - Atual
Problemas de Rearranjos de Genomas: Algoritmos e Complexidades
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Doutorado: (6) .
Integrantes: Ulisses Martins Dias - Integrante / Zanoni Dias - Coordenador / João Meidanis - Integrante / Cleber Mira - Integrante / Guillaume Fertin - Integrante / Anthony Labarre - Integrante / Géraldine Jean - Integrante / Stéphane Vialette - Integrante.Financiador(es): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Cooperação / COFECUB - Cooperação.
2013 - Atual
Problemas de Distância de Rearranjo de Genomas
Descrição: Este projeto de pesquisa estuda um grupo de problemas NP-Difíceis ou de complexidade desconhecida relacionados à área de rearranjo de genomas. Nesse contexto, estamos interessados no estudo de heurísticas, provas e fatores de aproximação para os referidos problemas..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Mestrado acadêmico: (1) Doutorado: (2) .
Integrantes: Ulisses Martins Dias - Integrante / Zanoni Dias - Coordenador.


Projetos de extensão


2017 - Atual
Introdução ao Desenvolvimento de Aplicativos para Dispositivos Android
Descrição: Este projeto visa disponibilizar um curso introdutório de programação para dispositivos Android na plataforma Coursera. O primeiro oferecimento do curso ocorrerá no final de 2017..
Situação: Em andamento; Natureza: Extensão.
2016 - 2017
PocketLab: Um Laboratório de Bolso para Processamento Digital de Sinais com Android e Arduino
Descrição: O ?PocketLab? tem como principal objetivo desenvolver laboratórios criados a partir do desenvolvimento de um aplicativo de uso real que terá a função de um osciloscópio, da confecção de ponteiras de prova para realizar o monitoramento de sinais elétricos, e do uso de uma placa Arduino, que funcionará como gerador de sinais a serem observados pelo aplicativ. A elaboração desse projeto visa mostrar uma aplicação prática para o uso dos conceitos de programação de dispositivos móveis, processamento de sinais e de circuitos..
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.


Revisor de periódico


2012 - 2013
Periódico: SIAM Journal on Discrete Mathematics


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação/Especialidade: Bioinformática.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação/Especialidade: Inteligência Artificial.
4.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Banco de Dados.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Prêmios e títulos


2012
Highly Accessed Paper - "SIS: a program to generate draft genome sequence scaffolds for prokaryotes", BMC Bioinformatics.
2009
Thirt best full paper award of the BSB 2009, IV Brazilian Symposium on Bioinformatics.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
ARRUDA, THIAGO DA SILVA2018ARRUDA, THIAGO DA SILVA ; Dias, Ulisses ; Dias, Zanoni . A GRASP-Based Heuristic for the Sorting by Length-Weighted Inversions Problem. IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, v. 15, p. 352-363, 2018.

2.
Oliveira, A. R.2017Oliveira, A. R. ; Dias, Ulisses ; Dias, Z . On the Sorting by Reversals and Transpositions Problem. JOURNAL OF UNIVERSAL COMPUTER SCIENCE, v. 23, p. 868-906, 2017.

3.
Dias, Zanoni2015Dias, Zanoni ; Dias, Ulisses . Sorting by Prefix Reversals and Prefix Transpositions. DISCRETE APPLIED MATHEMATICS, v. 181, p. 78-89, 2015.

4.
BAUDET, CHRISTIAN2015BAUDET, CHRISTIAN ; Dias, Ulisses ; Dias, Zanoni . Sorting by weighted inversions considering length and symmetry. BMC BIOINFORMATICS, v. 16, p. S3, 2015.

5.
DIAS, U.;Dias, Ulisses2014DIAS, U.; GALVAO, G. R. ; LINTZMAYER, C. N. ; DIAS, Z. . A general heuristic for genome rearrangement problems. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, v. 12, p. 1450012, 2014.

6.
Dias, Ulisses2013Dias, Ulisses; Dias, Zanoni . HEURISTICS FOR THE TRANSPOSITION DISTANCE PROBLEM. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, v. 11, p. 1350013, 2013.

7.
Dias, Zanoni2012Dias, Zanoni ; DIAS, U. ; Setubal, Joao C . SIS: a program to generate draft genome sequence scaffolds for prokaryotes. BMC BIOINFORMATICS, v. 13, p. 96, 2012.

Capítulos de livros publicados
1.
Brito, Klairton Lima ; Oliveira, Andre Rodrigues ; Dias, Ulisses ; Dias, Zanoni . Heuristics for the Sorting Signed Permutations by Reversals and Transpositions Problem. Lecture Notes in Computer Science. 1ed.: Springer International Publishing, 2018, v. , p. 65-75.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
Brito, Klairton Lima ; Oliveira, A. R. ; Dias, Ulisses ; Dias, Z . Heuristics for the Sorting Signed Permutations by Reversals and Transpositions Problem. In: 5th International Conference on Algorithms for Computational Biology (AlCoB'2018), 2018, Hong-Kong. Lecture Notes in Computer Science, 2018. v. 10849. p. 65-75.

2.
Arruda, T. S. ; Dias, Ulisses ; Dias, Z . Heuristics for the Sorting by Length-Weighted Inversions Problem on Signed Permutations. In: First International Conference on Algorithms for Computational Biology, 2014, Tarragona, Espanha. Algorithms for Computational Biology, 2014. v. 8542. p. 59-70.

3.
Baudet, C. ; Dias, Ulisses ; Dias, Z . Length and Symmetry on the Sorting by Weighted Inversions Problem. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics, 2014, Belo Horizonte. Advances in Bioinformatics and Computational Biology, 2014. v. 8826. p. 99-106.

4.
Dias, Ulisses; Oliveira, A. R. ; Dias, Z . An Improved Algorithm for the Sorting by Reversals and Transpositions Problem. In: ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics (ACM-BCB'2014), 2014, Newport Beach - Estados Unidos. 5th ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics, 2014. p. 400-409.

5.
Dias, Ulisses; DIAS, Z. . Sorting genomes using symmetric, almost-symmetric and unitary inversions. In: 5th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2013, Honolulu, Hawaii, USA. Proceedings of the 5th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2013. p. 261-268.

6.
Dias, Ulisses; Baudet, C. ; Dias, Z . Greedy Randomized Search Procedure to Sort Genomes using Symmetric, Almost-Symmetric and Unitary Inversions. In: ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics, 2013, Maryland, U.S.A.. Proceedings of the 4th ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics, 2013. p. 181-190.

7.
Arruda, T. S. ; Dias, Ulisses ; Dias, Z . Heuristics for the Sorting by Length-Weighted Inversion Problem. In: ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics, 2013, Maryland, U.S.A.. Proceedings of the 4th ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics, 2013. p. 499-508.

8.
Dias, Zanoni ; Dias, Ulisses ; HEATH, LENWOOD S. ; SETUBAL, JOÃO C. . Sorting genomes using almost-symmetric inversions. In: the 27th Annual ACM Symposium, 2012, Trento. Proceedings of the 27th Annual ACM Symposium on Applied Computing - SAC '12. New York: ACM Press. p. 1368.

9.
Dias, Zanoni ; Dias, Ulisses ; SETUBAL, JOÃO C. . Using inversion signatures to generate draft genome sequence scaffolds. In: the 2nd ACM Conference, 2011, Chicago. Proceedings of the 2nd ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine - BCB '11. New York: ACM Press. p. 39-48.

10.
Dias, Ulisses; Dias, Zanoni . Extending Bafna-Pevzner algorithm. In: the International Symposium, 2010, Calicut. Proceedings of the International Symposium on Biocomputing - ISB '10. New York: ACM Press. p. 1-8.

11.
DIAS, U.; DIAS, Z. ; SETUBAL, J. C. . A simulation tool for the study of symmetric inversions in bacterial genomes. In: RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics, 2010, Ottawa. Comprarative Genomics. Berlin / Heidelberg: Springer, 2010. v. 6398. p. 240-251.

12.
DIAS, U.; DIAS, Z. . Constraint Programming Models for Transposition Distance Problem. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2009), 2009, Porto Alegre. Advances in Bioinformatics and Computational Biology. Berlin, Heidelberg: Springer-Verlag, 2009. v. 5676. p. 13-23.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
DIAS, U.; DIAS, Z. ; SETUBAL, J. C. . Two new whole-genome distance measures. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2011), 2011, Brasília. Proceedings of the 6th Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2011), 2011. p. 61-64.

2.
DIAS, U.; DIAS, Z. ; SETUBAL, J. C. . Evaluation of genome distance measures using tree-derived distances. In: Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2011), 2011, Brasília. Proceedings of the 6th Brazilian Symposium on Bioinformatics (BSB'2011), 2011. p. 73-76.

3.
Dias, Ulisses; Dias, Zanoni . An improved 1.375-approximation algorithm for the transposition distance problem. In: the First ACM International Conference, 2010, Niagara Falls. Proceedings of the First ACM International Conference on Bioinformatics and Computational Biology - BCB '10. New York: ACM Press. p. 334-337.

Apresentações de Trabalho
1.
Dias, Ulisses; Dias, Z . Sorting genomes using symmetric, almost-symmetric and unitary inversions. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

2.
Arruda, T. S. ; Dias, Ulisses ; Dias, Z . Heuristics for the Sorting by Length-Weighted Inversion Problem. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

3.
Dias, Ulisses; Baudet, C. ; Dias, Z . Greedy Randomized Search Procedure to Sort Genomes using Symmetric, Almost-Symmetric and Unitary Inversions. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

4.
DIAS, Z. ; DIAS, U. ; SETUBAL, J. C. . Sorting genomes using almost-symmetric inversions. 2012. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

5.
DIAS, Z. ; DIAS, U. ; SETUBAL, J. C. . Using inversion signatures to generate draft genome sequence scaffolds.. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

6.
DIAS, U.; DIAS, Z. ; SETUBAL, J. C. . Two new whole-genome distance measures. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

7.
DIAS, U.; DIAS, Z. ; SETUBAL, J. C. . Evaluation of genome distance measures using tree-derived distances. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

8.
DIAS, U.; DIAS, Z. . Extending Bafna-Pevzner algorithm. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

9.
DIAS, U.; DIAS, Z. ; SETUBAL, J. C. . A Simulation Tool for the Study of Symmetric Inversions in Bacterial Genomes. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

10.
DIAS, U.; DIAS, Z. . An Improved 1.375-Approximation Algorithm for the Transposition Distance Problem. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

11.
DIAS, U.; DIAS, Z. . Extending Bafna-Pevzner algorithm. 2009. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

12.
DIAS, U.; DIAS, Z. . Constraint Programming Models for Transposition Distance Problem. 2009. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

13.
SANTOS, D. F. ; DIAS, U. ; LOPES, R. V. V. . Improving the Multiple Protein Alignment Using Genetic Algorithm Based on Abstract Data Types. 2006. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

14.
SANTOS, D. F. ; DIAS, U. ; LOPES, R. V. V. ; LOPES, M. A. . A Genetic Algorithm Based On Abstract Data Types to the Multiple Protein Alignment Problem. 2006. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

15.
SANTOS, D. F. ; DIAS, U. ; LOPES, R. V. V. ; LOPES, M. A. . Alinhamento Múltiplo de Proteína via Algoritmos Genéticos. 2004. (Apresentação de Trabalho/Outra).



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Teses de doutorado
1.
TEDESCO, P. C. A. R.; Dias, Ulisses; RIBEIRO, C. H. C.; SANTANA JUNIOR, O. V.; BRAGA, A. P. S.. Participação em banca de Davi Carnaúba de Lima Vieira. Modelo de Rede Neural Crescente de Aprendizagem por Reforço. 2016. Tese (Doutorado em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Pernambuco.

2.
MEIDANIS, J.; WALTER, M. E. M. T.; MIRA, C. V. G.; Dias, Ulisses; Dias, Z. Participação em banca de João Paulo Pereira Zanetti. Methods for Phylogenetic Reconstruction. 2016. Tese (Doutorado em Doutorado em Ciência da Computação - UNICAMP) - Universidade Estadual de Campinas.

Qualificações de Doutorado
1.
TEDESCO, P. C. A. R.; Dias, Ulisses; RIBEIRO, C. H. C.. Participação em banca de Davi Carnaúba de Lima Vieira. Modelo de Rede Neural Crescente de Aprendizagem por Reforço. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Ciências da Computação) - Universidade Federal de Pernambuco.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
COELHO, G. P.; SILVA, A. E. A.; Dias, Ulisses. Participação em banca de Douglas Correa de Araujo.Ferramenta de seleção de atributos utilizando algoritmo evolutivo com aplicação em previsão de explosões solares. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Estadual de Campinas.

2.
BUENO, J.; Dias, Ulisses. Participação em banca de Luis Antonio Coelho.Em direção a uma Criptografia RSA Gaussiana. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Estadual de Campinas.

3.
BORGES, M. A. F.; CARVALHO, M. A. G.; Dias, Ulisses. Participação em banca de Danilo Andre de Oliveira.Dinâmica e Apoio Escolar usando a Ferramenta Lego Mindstorms. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Estadual de Campinas.




Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
1st International Conference on Algorithms for Computational Biology (A. Heuristics for the Sorting by Length-Weighted Inversions Problem on Signed Permutations. 2014. (Congresso).

2.
5th ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics. An Improved Algorithm for the Sorting by Reversals and Transpositions Problem. 2014. (Congresso).

3.
4th ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics. Greedy Randomized Search Procedure to Sort Genomes using Symmetric, Almost-Symmetric and Unitary Inversions. 2013. (Congresso).

4.
4th ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics. Heuristics for the Sorting by Length-Weighted Inversion Problem. 2013. (Congresso).

5.
5th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. Sorting Genomes Using Symmetric, Almost-Symmetric and Unitary Inversions. 2013. (Congresso).

6.
Symposium on Applied Computing. Sorting genomes using almost-symmetric inversions. 2012. (Congresso).

7.
Workshop in Bioinformatics and Algorithms.Sorting by almost-symmetrical reversals. 2012. (Encontro).

8.
ACM International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. Using inversion signatures to generate draft genome sequence scaffolds. 2011. (Congresso).

9.
Brazilian Symposium on Bioinformatics. Two new whole-genome distance measures. 2011. (Congresso).

10.
ACM International Conference on Bioinformatics and Computational Biology.An Improved 1.375-Approximation Algorithm for the Transposition Distance Problem. 2010. (Simpósio).

11.
International Symposium on Biocomputing.Extending Bafna-Pevzner algorithm. 2010. (Simpósio).

12.
RECOMB Satellite Workshop on Comparative Genomics.A Simulation Tool for the Study of Symmetric Inversions in Bacterial Genomes. 2010. (Simpósio).

13.
Brazilian Symposium on Bioinformatics.Constraint Programming Models for Transposition Distance Problem. 2009. (Simpósio).

14.
X-Meeting 2009. Extending Bafna-Pevzner Algorithm. 2009. (Congresso).

15.
ISMB / X-MEETING 2006. Improving the Multiple Protein Alignment Using Genetic Algorithm Based on Abstract Data Types. 2006. (Congresso).

16.
SEPAI 2006. Um Arcabouço para construção de Sistemas Baseados em Agentes Inteligentes. 2006. (Congresso).

17.
I EPOMAC. 2005. (Encontro).

18.
PROGRAMA DE VERÃO DO LNCC. 2005. (Outra).

19.
XVI CONGRESSO BRASILEIRO DE GENÉTICA CLÍNICA. 2004. (Congresso).

20.
XXIII Congresso da SBC (JAI 1). 2003. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Bruno Silvério de Freitas. A definir.. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em TECNOLOGIA) - Universidade Estadual de Campinas. (Orientador).

2.
Jonas Bodê. A definir.. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em TECNOLOGIA) - Universidade Estadual de Campinas. (Orientador).

3.
Eduardo Manarin Daguano. A definir. Início: 2017. Dissertação (Mestrado profissional em TECNOLOGIA) - Universidade Estadual de Campinas. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Tiago Silva Corrêa. A definir.. Início: 2018. Tese (Doutorado em TECNOLOGIA) - Universidade Estadual de Campinas. (Orientador).

2.
Andre Rodrigues Oliveira. Algoritmos para o Problema da Ordenação de Permutações por Reversões e Transposições. Início: 2017. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Estadual de Campinas. (Coorientador).

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Vitor Artoni de Marcio. Vitor Artoni de Marcio. Início: 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Estadual de Campinas. (Orientador).

2.
Ana Carolina Guijarro Pedroso. Arcabouço para sistema de feedback acadêmico. Início: 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Estadual de Campinas. (Orientador).

3.
Maria Victoria da Silva. Ferramenta de Predição de Valores de Ações de Renda Variável. Início: 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Estadual de Campinas. (Orientador).

4.
Erik Augusto Drago. Aplicativo para determinação de concentração de compostos em solução aquosa. Início: 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Estadual de Campinas. (Orientador).

5.
Luan Carlos Martins Dos Santos. Aplicativo de Folha Comercial. Início: 2018. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Telecomunicações) - Universidade Estadual de Campinas. (Orientador).

6.
Allan Thales Amaral de Pontes. PocketLab - Plataforma para Criação de Laboratórios de Análise de Sinais em Dispositivos Móveis. Início: 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Estadual de Campinas. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Gustavo Basso. O Gerenciamento de Projetos sob a Ótica do PMI e do Scrum. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Estadual de Campinas. Orientador: Ulisses Martins Dias.

2.
Renata Machado Guidali. Desenvolvimento de Aplicativo para Automação Residencial Dedicada. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Estadual de Campinas. Orientador: Ulisses Martins Dias.

3.
Isadora Fonseca Garcia. Aprendizado de Máquina para Detecção de Explosões Solares. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Estadual de Campinas. Orientador: Ulisses Martins Dias.

4.
Fernanda Martins Gravena. Aprendizado de Máquina para Detecção de Explosões Solares. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Estadual de Campinas. Orientador: Ulisses Martins Dias.

5.
Victor Augusto dal Ava Gabriel. Framework de Automação Residencial usando Ferramentas de Baixo Custo. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Estadual de Campinas. Orientador: Ulisses Martins Dias.

6.
Lucas Rodriguez Braghetti. Framework de Automação Residencial usando Ferramentas de Baixo Custo. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Estadual de Campinas. Orientador: Ulisses Martins Dias.

7.
Leonardo Peixoto Pinto de Carvalho. Aplicativo Móvel para Facilitar a Interação dos Membros da Faculdade de Tecnologia da Unicamp com a Instituição.. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Estadual de Campinas. Orientador: Ulisses Martins Dias.

8.
Felipe Amorim Silva. Aplicativo Móvel para Facilitar a Interação dos Membros da Faculdade de Tecnologia da Unicamp com a Instituição.. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Estadual de Campinas. Orientador: Ulisses Martins Dias.

9.
Erick Yuu Higaki. Correção Automática de Gabaritos via Segmentação de Imagens em Sistemas Android. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Estadual de Campinas. Orientador: Ulisses Martins Dias.

10.
Leandro Ferreira do Nascimento Jr. Gamificação para Estudo de Partituras Musicais. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Estadual de Campinas. Orientador: Ulisses Martins Dias.

11.
Amanda Oliveira Santos. Desenvolvimento de Aplicativo para Apoiar Docentes em Avaliações. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Universidade Estadual de Campinas. Orientador: Ulisses Martins Dias.

12.
Adriel Cespedes Gamboa Aguirre. Desenvolvimento de Aplicativo para Apoiar Docentes em Avaliações. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Estadual de Campinas. Orientador: Ulisses Martins Dias.

13.
Davi Carnaúba de Lima Vieira e Carlos Eduardo Peixoto. Automatização de Processos utilizando Redes Neurais Artificiais. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Ciência da Computação) - Faculdade Alagoana de Administração. Orientador: Ulisses Martins Dias.

Iniciação científica
1.
Ivo Queiroz de Oliveira Pereira. Sensores de Dispositivos Móveis e seu uso em Processamento de Sinais. 2017. Iniciação Científica. (Graduando em Análise e Desenvolvimento de Sistemas) - Universidade Estadual de Campinas. Orientador: Ulisses Martins Dias.

2.
Erik Augusto Drago. Ferramenta portátil para determinação de compostos em solução aquosa. 2017. Iniciação Científica. (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade Estadual de Campinas. Orientador: Ulisses Martins Dias.

3.
Leandro Ferreira do Nascimento Júnior. Desenvolvimento de uma Ferramenta de Auxílio ao Ensino de Música. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ulisses Martins Dias.

4.
Caroline Resende Silveira. Problemas de Distância de Rearranjo de Genomas. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Sistemas de Informação) - Universidade Estadual de Campinas, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Ulisses Martins Dias.



Outras informações relevantes


Participação no Programa de Doutorando no Brasil com Estágio no Exterior (PDEE-Capes). O programa foi realizado no Virginia Bioinformatics Institute - Virginia Tech no período de setembro de 2009 a setembro de 2010.



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