Roberto Hirochi Herai

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  • Última atualização do currículo em 31/07/2018


Dr. Herai é Bacharel em Informática pela UEPG, mestre em Engenharia Elétrica e Computação (UNICAMP), e doutor em Genética e Biologia Molecular (UNICAMP). Realizou um pós-doutorado em Genética de Microorganismos (UNICAMP) e um pós-doutorado em Medicina Celular e Molecular (University of California San Diego, USA), e atuou como Research Associate da University of California San Diego. Atualmente é professor do curso de Medicina e pesquisador Permanente do Programa de Pós-graduação em Ciências da Saúde, ambos pela Escola de Medicina da Pontifícia Universidade Católica do Paraná/PUCPR (Curitiba, Paraná, Brasil). As pesquisas e áreas de atuação do Dr. Herai envolvem as áreas da computação, como desenvolvimento de software básico, bancos de dados, processamento paralelo e distribuído, compiladores. Além disso, atua também em áreas de ciências da saúde, como diagnóstico genético, detecção de variabilidade genética entre organismos, doenças neurodegenerativas, síndromes do espectro autista, redes metabólicas de regulção, correlação de fenótipos e genótipos celulares voltados à pesquisa translacional. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Roberto Hirochi Herai
Nome em citações bibliográficas
HERAI, R.H.;Herai, RH;HERAI, Roberto Hirochi;Herai, Roberto H.;RH Herai;R.H. Herai;Roberto Hirochi Herai;Roberto Herai;Herai, Roberto;roberto r herai;HERAI, ROBERTO R.;HERAI, R H;Herai, Roberto Hiroshi;Herai, R;Roberto Hiroshi Herai

Endereço


Endereço Profissional
Pontifícia Universidade Católica do Paraná, Escola de Medicina.
Pontifícia Universidade Católica do Paraná
Prado Velho
80215901 - Curitiba, PR - Brasil
Telefone: (41) 32716341
URL da Homepage: http://www.pucpr.br/posgraduacao/cienciasdasaude/


Formação acadêmica/titulação


2008 - 2010
Doutorado em Genética e Biologia Molecular.
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Título: METODOLOGIAS DE BIOINFORMÁTICA PARA DETECÇÃO E ESTUDO DE SEQUÊNCIAS REPETITIVAS EM LÓCUS GÊNICOS DE TRANSCRITOS QUIMÉRICOS, Ano de obtenção: 2010.
Orientador: Michel Eduardo Beleza Yamagishi.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: bioinformática; genômica; sequencias repetitivas; inverted repeats; transcritos quiméricos.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Molecular e de Microorganismos.
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética.
Setores de atividade: Desenvolvimento de Programas (Software) e Prestação de Serviços em Informática.
2002 - 2005
Mestrado em Engenharia Elétrica.
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Título: Proposta de um sistema de modelagem e predição analítica de desempenho para uma plataforma de processamento paralelo,Ano de Obtenção: 2005.
Orientador: Marco Aurélio Amaral Henriques.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Processamento Paralelo; Redes; Sistemas Distribuídos; predição de desempenho.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Matemática da Computação / Especialidade: Modelos Analíticos e de Simulação.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação / Especialidade: Arquitetura de Sistemas de Computação.
Setores de atividade: Desenvolvimento de Programas (Software); Outro.
1998 - 2001
Graduação em Bacharelado Em Informática.
Universidade Estadual de Ponta Grossa, UEPG, Brasil.
Título: Protótipo de um Sistema Baseado em Regras para a Engenharia de Software.
Orientador: João Umberto Furquim de Souza.
Bolsista do(a): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.


Pós-doutorado


2011 - 2012
Pós-Doutorado.
University of California San Diego, UCSD, Estados Unidos.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Humana e Médica.
2010 - 2011
Pós-Doutorado.
Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas


Formação Complementar


2009 - 2009
Lingua inglesa. (Carga horária: 60h).
Havad Language Schools, HAVAD, Brasil.
2007 - 2007
Modelagem de Proteínas por Homologia Comparativa. (Carga horária: 4h).
Embrapa Informática Agropecuária, CNPTIA, Brasil.
2007 - 2007
Mineração de Dados: Conceitos, Técnicas e Aplicaçõ. (Carga horária: 32h).
Embrapa Informática Agropecuária, CNPTIA, Brasil.
2001 - 2001
Extensão universitária em Curso de Inglês. (Carga horária: 60h).
Universidade Estadual de Ponta Grossa, UEPG, Brasil.
2001 - 2001
Extensão universitária em Capacit Multiplicadores: Programa Celepar Comunid.. (Carga horária: 12h).
Companhia de Informática do Paraná, CELEPAR, Brasil.
1999 - 1999
Extensão universitária em Trigonometria - Módulo 1. (Carga horária: 20h).
Universidade Tecnológica Federal do Paraná, UTFPR, Brasil.
1999 - 1999
Extensão universitária em Curso de Prolog. (Carga horária: 30h).
Universidade Estadual de Ponta Grossa, UEPG, Brasil.


Atuação Profissional



Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, UNESP, Brasil.
Vínculo institucional

2015 - Atual
Vínculo: , Enquadramento Funcional:


University of California San Diego, UCSD, Estados Unidos.
Vínculo institucional

2015 - Atual
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador Colaborador, Carga horária: 2

Vínculo institucional

2012 - 2015
Vínculo: Research Associate, Enquadramento Funcional: Pesquisador na área de Bioinformática., Carga horária: 40

Atividades

04/2011 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Cellular and Molecular Medicine, .


Universidade Estadual de Campinas, UNICAMP, Brasil.
Vínculo institucional

2010 - 2012
Vínculo: Pesquisador Vínculado ao PPG, Enquadramento Funcional: Pesquisador na área de Bioinformática, Carga horária: 10

Atividades

02/2002 - 12/2005
Pesquisa e desenvolvimento , Faculdade de Engenharia Elétrica e de Computação da UNICAMP, .


Embrapa Informática Agropecuária, CNPTIA, Brasil.
Vínculo institucional

2010 - Atual
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador Colaborador, Carga horária: 10

Vínculo institucional

2007 - 2010
Vínculo: Pesquisador Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador Colaborador, Carga horária: 30

Atividades

02/2007 - 02/2010
Pesquisa e desenvolvimento , Laboratório de BioInformática Aplicada, .


Faculdades Net Work, NWK, Brasil.
Vínculo institucional

2007 - 2008
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Coordenador de curso, Carga horária: 20

Vínculo institucional

2006 - 2008
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Coordenador de pós-graduação, Carga horária: 20

Vínculo institucional

2005 - 2008
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor universitário, Carga horária: 16

Vínculo institucional

2007 - 2007
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor universitário, Carga horária: 4
Outras informações
Professor disciplinas

Atividades

03/2007 - 02/2008
Direção e administração, Faculdades Network, Setor de Tecnologia.

Cargo ou função
Coordenador de Curso.
02/2007 - 12/2007
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdades Network, .

Cargo ou função
Membro CPA - Comissão Própria de Avaliação.
01/2007 - 12/2007
Ensino, Sistemas de Informação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Tópicos Avançados em Informática
Egenharia de Software
Laboratório de Programação I
Fundamentos da Computação
01/2007 - 12/2007
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdades Network, .

Cargo ou função
Membro Consep - Conselho de Ensino e Pesquisa.
01/2007 - 12/2007
Conselhos, Comissões e Consultoria, Faculdades Network, .

Cargo ou função
Membro CONSU - Conselho Superior.
02/2006 - 12/2006
Ensino, Sistemas de Informação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Engenharia de software
Estágio supervisionado
Fundamentos da Computação
Tópicos avançados em informática
Trabalho de conclusão de curso
02/2005 - 12/2005
Ensino, Sistemas de Informação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Sistemas distribuídos
Redes de computadores

Faculdade Comunitária de Campinas, FAC, Brasil.
Vínculo institucional

2004 - 2005
Vínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Professor titular, Carga horária: 7

Atividades

03/2005 - 12/2005
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Sistemas Operacionais
02/2005 - 07/2005
Ensino, Tecnólogo em progr. e desenvolvimento de sistemas, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Sistemas operacionais
08/2004 - 12/2004
Ensino, Tecnólogo em progr. e desenvolvimento de sistemas, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Laboratório de construção de algoritmos

Faculdade de Valinhos, FAV, Brasil.
Vínculo institucional

2004 - 2004
Vínculo: Celetista formal, Enquadramento Funcional: Professor, Carga horária: 4

Atividades

08/2004 - 12/2004
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Redes e transmissão de dados II

Pontifícia Universidade Católica do Paraná, PUC/PR, Brasil.
Vínculo institucional

2014 - Atual
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto, Carga horária: 40
Outras informações
Professor Adjunto do curso de Graduação em Medicina Pesquisador Permanente do Programa de Pós-graduaçao em Ciências da Saúde (PPGCS)



Linhas de pesquisa


1.
Análise genômica
2.
Análise estrutural de proteínas
3.
Desenvolvimento de software
4.
Compiladores
5.
Sistemas distribuídos
6.
Processamento paralelo
7.
Neurociências
8.
Autismo
9.
Bioinformática estrutural
10.
Genômica
11.
Elementos genéticos móveis


Projetos de pesquisa


2016 - Atual
Pesquisa Básica e Aplicada da FA - Bioionformática
Descrição: Projeto de pesquisa visa a construção de uma plataforma de software para análise de dados de sequenciamento genético no âmbito da universidade e de todos os colaboradores com demanda de uso de plataformas computacionais de bioinformática..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (4) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Roberto Hirochi Herai - Coordenador / Bráulio Coelho Ávila - Integrante / edson emilio scalabrin - Integrante.
2016 - Atual
Estudo da variabilidade de expressão e regulação do transcriptoma de elementos genéticos móveis LINE-1 em desordens cerebrais.
Descrição: Estudo de elementos genéticos móveis em síndromes neurológicas com intuito de detectar atividade diferencial que apresentam relação com patogêneses cerebrais..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (2) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (1) / Mestrado profissional: (0) / Doutorado: (1) .
Integrantes: Roberto Hirochi Herai - Coordenador / Muotri, Alysson R. - Integrante / FERRASA, ADRIANO - Integrante.Financiador(es): Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Bolsa.
2015 - Atual
Caracterização funcional e estrutural de proteínas da bactéria fitopatogênica Xanthomonas citri subsp. citri associadas com a virulência no hospedeiro citros
Descrição: Com o desenvolvimento das tecnologias de sequenciamento genético, tornou-se possível, a identificação, nos genomas dos organismos sequenciados, de milhares de sequências de nucleotídeos (fases de leitura aberta - ORFs) que codificam proteínas para as quais ainda não há uma função descrita, as chamadas proteínas hipotéticas ou com função desconhecida. Quando uma destas proteínas se mostra implicada em algum processo biológico, como no caso de virulência ou patogenicidade de um patógeno que causa uma doença importante como o cancro cítrico, o conhecimento de sua função exata é crucial para o entendimento do sistema como um todo. Assim, o foco deste projeto é a caracterização funcional de proteínas hipotéticas que parecem estar de alguma maneira envolvidas no processo de patogenicidade ou virulência de Xac. Entretanto, a caracterização funcional de proteínas hipotéticas não é uma tarefa trivial, mas é uma questão que precisa ser abordada para que haja um melhor entendimento dos sistemas biológicos nas quais elas exercem suas funções. Os estudos funcionais incluirão identificação e análise de domínios conservados, localização das proteínas na célula, clonagem e expressão das proteínas em E. coli na forma de proteínas heterólogas funcionais, análises bioquímicas para caraterização da função e, para algumas delas, a determinação da estrutura tridimensional de alta resolução para a identificação, por screening virtual contra bibliotecas de compostos químicos (docking molecular), de ligantes químicos que possam inibir a ação da proteína..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
Alunos envolvidos: Graduação: (1) / Mestrado acadêmico: (1) / Doutorado: (2) .
Integrantes: Roberto Hirochi Herai - Coordenador / Jesus Aparecido Ferro - Integrante / José Belasque Júnior - Integrante / Maria Inês Tiraboschi Ferro - Integrante / João Martins Pizauro Júnior - Integrante / Shaker Chuck Farah - Integrante / Agda Paula Facincani - Integrante / Helen Alves Penha - Integrante.
2012 - Atual
Correlação estatística baseada no uso de dados genéticos de autismo.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2011 - Atual
Correlação genética entre retrotransposons e autismo
Descrição: Projeto prevê a construção de uma plataforma de software para analisar e localizar correlações genéticas entre elementos genéticos móveis e autismo..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2010 - Atual
Análise de relações de frequência entre sequências de nucleotídeos
Descrição: Projeto envolve o estudo das relações de frequência entre fragmentos de nucleotídeos de genomas, com o intuito de avaliar sua estrutura genética e compará-los com diferentes genomas de organismos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2008 - 2010
METODOLOGIAS DE BIOINFORMÁTICA PARA DETECÇÃO E ESTUDO DE SEQUÊNCIAS REPETITIVAS EM LÓCUS GÊNICOS DE TRANSCRITOS QUIMÉRICOS
Descrição: Construção de ferramentas computacionais para estudar sequências repetitivas em bases de dados biológicas.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.


Revisor de periódico


2008 - Atual
Periódico: Network Technologies
2012 - Atual
Periódico: BMC Bioinformatics
2009 - Atual
Periódico: RETEC
2012 - Atual
Periódico: Briefings in Bioinformatics


Revisor de projeto de fomento


2011 - Atual
Agência de fomento: Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação/Especialidade: Software Básico.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação/Especialidade: Teleinformática.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Engenharia de Software.
4.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Linguagens de Programação.
5.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação.
6.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Teoria da Computação/Especialidade: Lógicas e Semântica de Programas.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Japonês
Compreende Pouco, Fala Pouco.
Espanhol
Compreende RazoavelmenteLê Razoavelmente.


Prêmios e títulos


2010
Primeira tese de doutorado em Genética e Biologia Molecular - Bioinformática do curso, Unicamp.
2010
Tese de doutorado defendida em menor tempo., Unicamp.
2008
Primeiro colocado exame de seleção doutorado, Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia.
2007
Paraninfo Espiritual dos Formandos Curso Bacharelado em Sistemas de Informação, Faculdades Network, Nova Odessa, São Paulo.
2007
Nome de Turma-Formandos Curso Bacharelado em Sistemas de Informação, Faculdades Network, Nova Odessa, São Paulo.
2006
Professor Homenageado-Formandos Curso Bacharelado em Sistemas de Informação, Faculdades Network, Nova Odessa, São Paulo.
2005
Professor Homenageado-Formandos Curso Bacharelado em Sistemas de Informação, Faculdades Network, Nova Odessa, São Paulo.
2001
Menção Honrosa do 8 Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP (SIICUSP), Universidade de São Paulo - USP.
1998
Segundo colocado processo seletivo-vestibular, Universidade Estadual de Ponta Grossa, Curso Bacharelado em Informática.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
MESCI, PINAR2018MESCI, PINAR ; MACIA, ANGELA ; MOORE, SPENCER M. ; SHIRYAEV, SERGEY A. ; PINTO, ANTONELLA ; HUANG, CHUN-TENG ; TEJWANI, LEON ; FERNANDES, ISABELLA R. ; SUAREZ, NICOLE A. ; KOLAR, MATTHEW J. ; MONTEFUSCO, SANDRO ; ROSENBERG, SCOTT C. ; Herai, Roberto H. ; CUGOLA, FERNANDA R. ; RUSSO, FABIELE B. ; SHEETS, NICHOLAS ; SAGHATELIAN, ALAN ; SHRESTA, SUJAN ; MOMPER, JEREMIAH D. ; SIQUEIRA-NETO, JAIR L. ; CORBETT, KEVIN D. ; BELTRÃO-BRAGA, PATRICIA C. B. ; TERSKIKH, ALEXEY V. ; Muotri, Alysson R. . Blocking Zika virus vertical transmission. Scientific Reports, v. 8, p. 18, 2018.

2.
SHIGUNOV, PATRÍCIA2018SHIGUNOV, PATRÍCIA ; BALVEDI, LUCAS TITTON ; SANTOS, MARLON DIAS MARIANO ; Herai, Roberto H. ; DE AGUIAR, ALESSANDRA MELO ; DALLAGIOVANNA, BRUNO . Crosstalk between Hedgehog pathway and energy pathways in human adipose-derived stem cells: A deep sequencing analysis of polysome-associated RNA. Scientific Reports, v. 8, p. 1, 2018.

3.
FERNANDES, ISABELLA R.2018FERNANDES, ISABELLA R. ; CRUZ, ANA C. P. ; FERRASA, ADRIANO ; PHAN, DYLAN ; Herai, Roberto H. ; Muotri, Alysson R. . Genetic variations on SETD5 underlying autistic conditions. Developmental Neurobiology, v. 1, p. 1, 2018.

4.
CUNHA, EDUARDO DEL BOSCO BRUNETTI2018CUNHA, EDUARDO DEL BOSCO BRUNETTI ; FAGUNDES, RAFAEL PEREIRA ; SCALABRIN, EDSON EMÍLIO ; HERAI, Roberto Hirochi . Evaluation of Lipid Profile in Adolescents. International Journal of Cardiovascular Sciences, v. 1, p. 1, 2018.

5.
NEGRAES, P D2017NEGRAES, P D ; CUGOLA, F R ; HERAI, R H ; TRUJILLO, C A ; CRISTINO, A S ; CHAILANGKARN, T ; MUOTRI, A R ; DUVVURI, V . Modeling anorexia nervosa: transcriptional insights from human iPSC-derived neurons. Translational Psychiatry, v. 7, p. e1060, 2017.

6.
Herai, Roberto H.2017Herai, Roberto H.; NEGRAES, PRISCILLA D. ; Muotri, Alysson R. . Evidence of nuclei-encoded spliceosome mediating splicing of mitochondrial RNA. HUMAN MOLECULAR GENETICS, v. 1, p. 1, 2017.

7.
THOMAS, CHARLES A.2017THOMAS, CHARLES A. ; TEJWANI, LEON ; Trujillo, Cleber A. ; NEGRAES, PRISCILLA D. ; Herai, Roberto H. ; MESCI, PINAR ; MACIA, ANGELA ; CROW, YANICK J. ; Muotri, Alysson R. . Modeling of TREX1-Dependent Autoimmune Disease using Human Stem Cells Highlights L1 Accumulation as a Source of Neuroinflammation. Cell Stem Cell, v. 17, p. 30288, 2017.

8.
ARAUJO, BRUNO H. S.2017ARAUJO, BRUNO H. S. ; KAID, CAROLINI ; DE SOUZA, JANAINA S. ; GOMES DA SILVA, SÉRGIO ; GOULART, ERNESTO ; CAIRES, LUIZ C. J. ; MUSSO, CAMILA M. ; TORRES, LAILA B. ; FERRASA, ADRIANO ; Herai, Roberto ; ZATZ, MAYANA ; OKAMOTO, OSWALDO K. ; CAVALHEIRO, ESPER A. . Down Syndrome iPSC-Derived Astrocytes Impair Neuronal Synaptogenesis and the mTOR Pathway In Vitro. Molecular Neurobiology, v. 1, p. 1, 2017.

9.
VESSONI, ALEXANDRE T.2016VESSONI, ALEXANDRE T. ; Herai, Roberto H. ; KARPIAK, JEROME V. ; LEAL, ANGELICA M. S. ; Trujillo, Cleber A. ; QUINET, ANNABEL ; AGNEZ LIMA, LUCYMARA F. ; MENCK, CARLOS F. M. ; Muotri, Alysson R. . Cockayne syndrome-derived neurons display reduced synapse density and altered neural network synchrony. Human Molecular Genetics (Print), v. 1, p. ddw008, 2016.

10.
ZHANG, ZHEN-NING2016ZHANG, ZHEN-NING ; FREITAS, BEATRIZ C. ; QIAN, HAO ; LUX, JACQUES ; ACAB, ALLAN ; Trujillo, Cleber A. ; Herai, Roberto H. ; NGUYEN HUU, VIET ANH ; WEN, JESSICA H. ; JOSHI-BARR, SHIVANJALI ; KARPIAK, JEROME V. ; ENGLER, ADAM J. ; FU, XIANG-DONG ; Muotri, Alysson R. ; ALMUTAIRI, ADAH . Layered hydrogels accelerate iPSC-derived neuronal maturation and reveal migration defects caused by MeCP2 dysfunction. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA (ONLINE), v. 4, p. 201521255, 2016.

11.
CHAILANGKARN, THANATHOM2016 CHAILANGKARN, THANATHOM Trujillo, Cleber A. FREITAS, BEATRIZ C. HRVOJ-MIHIC, BRANKA Herai, Roberto H. YU, DIANA X. BROWN, TIMOTHY T. MARCHETTO, MARIA C. BARDY, CEDRIC MCHENRY, LAUREN STEFANACCI, LISA JÄRVINEN, ANNA SEARCY, YVONNE M. DEWITT, MICHELLE WONG, WENNY LAI, PHILIP ARD, M. COLIN HANSON, KARI L. ROMERO, SARAH JACOBS, BOB DALE, ANDERS M. DAI, LI KORENBERG, JULIE R. GAGE, FRED H. BELLUGI, URSULA , et al.HALGREN, ERIC SEMENDEFERI, KATERINA Muotri, Alysson R. ; A human neurodevelopmental model for Williams syndrome. Nature (London), v. 536, p. 338-343, 2016.

12.
CAMARGO, ROBERTO DE A.2015CAMARGO, ROBERTO DE A. ; Herai, Roberto H. ; SANTOS, LUANA N. ; BENTO, FLAVIA M M ; LIMA, JONI E. ; MARQUES-SOUZA, HENRIQUE ; FIGUEIRA, ANTONIO . De novo transcriptome assembly and analysis to identify potential gene targets for RNAi-mediated control of the tomato leafminer (Tuta absoluta). BMC Genomics, v. 16, p. 635, 2015.

13.
ARAUJO, BRUNO2014ARAUJO, BRUNO ; TORRES, LAILA ; STEIN, MARIANA ; CABRAL, FRANCISCO ROMERO ; Herai, Roberto ; OKAMOTO, OSWALDO ; CAVALHEIRO, ESPER . Decreased expression of proteins involved in energy metabolism in the hippocampal granular layer of rats submitted to the pilocarpine epilepsy model. Neuroscience Letters (Print), v. 561, p. 46-51, 2014.

14.
HERAI, ROBERTO R.2014HERAI, ROBERTO R.; STEFANACCI, LISA ; HRVOJ-MIHIC, BRANKA ; CHAILANGKARN, THANATHOM ; HANSON, KARI ; SEMENDEFERI, KATERINA ; Muotri, Alysson R. . Micro RNA detection in long-term fixed tissue of cortical glutamatergic pyramidal neurons after targeted laser-capture neuroanatomical microdissection. Journal of Neuroscience Methods, v. 235, p. 76-82, 2014.

15.
Freitas, Beatriz C.G.2014Freitas, Beatriz C.G. ; Trujillo, Cleber A. ; Carromeu, Cassiano ; Yusupova, Marianna ; Herai, Roberto H. ; Muotri, Alysson R. . Stem cells and modeling of autism spectrum disorders. Experimental Neurology, v. 260, p. 33-43, 2014.

16.
MARCHETTO, MARIA C. N.2013MARCHETTO, MARIA C. N. ; NARVAIZA, IÑIGO ; DENLI, AHMET M. ; BENNER, CHRISTOPHER ; LAZZARINI, THOMAS A. ; NATHANSON, JASON L. ; PAQUOLA, APUÃ C. M. ; DESAI, KEVAL N. ; Herai, Roberto H. ; WEITZMAN, MATTHEW D. ; YEO, GENE W. ; Muotri, Alysson R. ; GAGE, FRED H. . Differential L1 regulation in pluripotent stem cells of humans and apes. Nature (London), v. 503, p. 525-529, 2013.

17.
REAL, F.2013REAL, F. ; VIDAL, R. O. ; CARAZZOLLE, M. F. ; MONDEGO, J. M. C. ; COSTA, G. G. L. ; Herai, R. H. ; WURTELE, M. ; DE CARVALHO, L. M. ; E FERREIRA, R. C. ; MORTARA, R. A. ; BARBIERI, C. L. ; MIECZKOWSKI, P. ; DA SILVEIRA, J. F. ; BRIONES, M. R. D. S. ; PEREIRA, G. A. G. ; BAHIA, D. . The Genome Sequence of Leishmania (Leishmania) amazonensis: Functional Annotation and Extended Analysis of Gene Models. DNA Research, v. 1, p. 23, 2013.

18.
DITA, MA2013DITA, MA ; Herai, R. H. ; WAALWIJK, C ; YAMAGISHI, MEB ; GIACHETTO, PF ; FERREIRA, G ; SOUZA JUNIOR, MT ; KEMA, GHT . Comparative transcriptome analyses and genome assembly of Fusarium oxysporum f. sp. cubense.. Acta Horticulturae, v. 986, p. 165, 2013.

19.
Faria, Luzinete C. B.2012Faria, Luzinete C. B. ; Rocha, Andréa S. L. ; Kleinschmidt, João H. ; Silva-Filho, Márcio C. ; Bim, Edson ; Herai, Roberto H. ; Yamagishi, Michel E. B. ; Palazzo, Reginaldo . Is a Genome a Codeword of an Error-Correcting Code?. Plos One, v. 7, p. e36644, 2012.

20.
Miranda, Helen Cristina2012Miranda, Helen Cristina ; HERAI, Roberto Hirochi ; Thomé, Carolina Hassibe ; Gomes, Glauce Gaspar ; Panepucci, Rodrigo Alexandre ; Orellana, Maristela Delgado ; Covas, Dimas Tadeu ; Muotri, Alysson Renato ; Greene, Lewis Joel ; Faça, Vitor Marcel . A quantitative proteomic and transcriptomic comparison of human mesenchymal stem cells from bone marrow and umbilical cord vein. Proteomics (Weinheim. Print), v. 12, p. 2607-2617, 2012.

21.
BERG, A. S.2012BERG, A. S. ; DITA, M. ; NAN, T. ; SHEA, T. ; ZHOU, S. ; JONKERS, W. ; ZENG, Q. ; ZHENG, Q. ; YOUNG, S. ; YAMAGISHI, M. E. B. ; GIACHETTO, P. F. ; HERAI, R.H. ; SOUZA JR., M. T. ; WAALWIJK, C. ; KEMA, G. H. J. ; KISTLER, H. ; MA, L. . Genome sequencing of Fusarium oxysporum f. sp cubense tropical race 4 strain II5. Phytopathology, v. 102, p. 11, 2012.

22.
Georgi, Laura2011Georgi, Laura ; Herai, Roberto H. ; Vidal, Ramon ; Carazzolle, Marcelo Falsarella ; Pereira, Gonçalo Guimarães ; Polashock, James ; Vorsa, Nicholi . Cranberry microsatellite marker development from assembled next-generation genomic sequence. Molecular Breeding, v. 30, p. 227-237, 2011.

23.
Herai, R. H.2010 Herai, R. H.; Yamagishi, M. E. B. . Detection of human interchromosomal trans-splicing in sequence databanks. BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS, v. 11, p. 198-209, 2010.

24.
RUFINO, E. S.2009 RUFINO, E. S. ; Herai, R. H. . Proposta de um sistema WEB integrado a um banco de dados biológico para armazenamento e consulta de informações de genomas e transcriptomas. Network Technologies, v. 3, p. 18-30, 2009.

25.
Vichesi, G. A.2009Vichesi, G. A. ; Herai, R. H. ; Carvalho, O. A. . Sistema baseado em agricultura de precisão para categorização e avaliação estatística da produção de grãos. Network Technologies, v. 3, p. 56-75, 2009.

26.
Nascimento, G. L.2009Nascimento, G. L. ; Herai, R. H. . Desenvolvimento Web: Além da programação. Network Technologies, v. 3, p. 93-105, 2009.

27.
DIAS, R. G.2008DIAS, R. G. ; HERAI, R. H. . Proposta de análise e projeto orientado a objetos para um sistema XP. Network Tecnologies, v. II, p. 13-26, 2008.

28.
SILVA, D. L.2008SILVA, D. L. ; KOSCIANSKI, A. ; HERAI, R. H. . Problema da comparação de proteínas e a aplicação do algoritmo de Kabsch. Network Tecnologies, v. II, p. 50-64, 2008.

29.
FERNANDES, R. S.2008FERNANDES, R. S. ; HERAI, R. H. . Proposta de implantação de uma rede sem fio para as faculdades Network. Network Technologies, v. II, p. 65-74, 2008.

30.
Herai, R. H.2002Herai, R. H.; SOUZA, J. U. F. . A Aplicabilidade de Design Patterns no Desenvolvimento de Sistemas Orientados a Objetos. Revista de Engenharia da USP, v. 1, p. 15, 2002.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
CASTRO, A. ; HERAI, R.H. . EVIDENCE OF DETERMINISTIC EVOLUTION IN THE IMMUNOLOGICAL MEMORY PROCESS. In: 9th International Symposium on Mathematical and Computational Biology, 2009, Brasília, DF. 9th International Symposium on Mathematical and Computational Biology, 2009.

2.
HERAI, R. H.; HENRIQUES, M. A. A. . Uma Ferramenta para Predição Analítica de Desempenho de Aplicações Java Paralelas. In: Worshop on High performance in computational systems, 2005, Rio de Janeiro. Worshop on High performance in computational systems, 2005.

3.
HERAI, R. H.; HENRIQUES, M. A. A. . Ferramentas de Modelagem para a Predição de Performance Analítica em uma Plataforma de Processamento Paralelo. In: Worshop on High performance in computational systems, 2004, Foz do Iguaçu. Worshop on High performance in computational systems, 2004.

4.
HERAI, R.H.; SOUZA, J. U. F. . A aplicabilidade de design patterns no desenvolvimento de sistemas orientados a objetos. In: I Congresso Brasileiro de Computação, 2001, Itajaí-SC. I Congresso Brasileiro de Computação. Itajaí: Univali, 2001. v. 1. p. 120-131.

5.
SOUZA, J. U. F. ; HERAI, R. H. . A Aplicabilidade de Design Patterns no Desenvolvimento de Sistemas Orientados a Objetos. In: Brazilian congress of computing and informatics for health, 2001, Itajaí. Brazilian congress of computing and informatics for health, 2001.

6.
HERAI, R.H.; SOUZA, J. U. F. . A aplicabilidade de padrões no desenvolvimento de sistemas orientados a objetos na fase de projeto. In: I Simpósio Catarinense de Computação, 2000, Itajaí-SC. I Simpósio Catarinense de Computação. Itajaí: PPP Edições, 2000. v. 1. p. 45-55.

Resumos expandidos publicados em anais de congressos
1.
HERAI, R.H.; POPI, J. M. ; SOUZA, J. U. F. . Protótipo de um Sistema Baseado em Regras para a Engenharia de Software. In: VI Encontro de Iniciação Científica e II Mostra de pós-graduação, 2001, Taubaté. VI Encontro de Iniciação Científica e II Mostra de pós-graduação, 2001.

2.
HERAI, R.H.; SOUZA, J. U. F. . A aplicabilidade de design patterns no desenvolvimento de sistemas orientados a objetos. In: 9 Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2001, São Paulo. 9 Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2001.

3.
POPI, J. M. ; HERAI, R.H. ; SOUZA, J. U. F. . Protótipo de um Sistema Baseado em Regras para a Engenharia de Software. In: 9 Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2001, São Paulo. 9 Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2001.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
MENDOZA, E. ; CARVALHO, F. ; Herai, RH ; JA Ferro . DESVENDANDO O PAPEL DO FÓSFORO COMO ATIVADOR DA EXPRESSÃO DOS GENES DO SISTEMA DE SECREÇÃO TIPO III (T3SS) EM Xanthomonas citri subsp. citri.. In: I Congresso Brasileiro de Microbiologia Agropecuária, Agrícola e Ambiental, 2017, Jaboticabal. I Congresso Brasileiro de Microbiologia Agropecuária, Agrícola e Ambiental, 2016, Jaboticabal. Ciência e Tecnologia, 2016.

2.
PERON, G. ; MURATA, M. ; COFRE, T. ; CAVALLINI, J. S. ; Herai, RH ; FERRASA, ADRIANO ; TEZZA, R. ; Maria Inês Tiraboschi Ferro ; José Belasque Júnior ; JA Ferro . Transcriptome profile analysis of citrus canker-resistance tangerine ponkan (Citrus reticulata) compared to citrus canker-susceptible sweet orange bahia (Citrus sinensis).. In: Plant & Animal Genome XXIII Conference, 2015, San Diego, Ca- USA. Plant & Animal Genome XXIII Conference, 2015.

3.
PERON, G. ; COFRE, T. ; MURATA, M. ; CAVALLINI, J. S. ; Herai, RH ; FERRASA, ADRIANO ; TEZZA, R. ; VARANI, A. ; FERNANDES, C. ; Maria Inês Tiraboschi Ferro ; José Belasque Júnior ; JA Ferro . Identification of genes involved in the resistance of tangerine ponkan (Citrus reticulata) to citrus canker. In: XLIII Annual Meeting of SBBq, 2014, Foz do Iguaçu, Pr, Brazil. XLIII Annual Meeting of SBBq, 2014.

4.
Yamagishi, M. E. B. ; Herai, Roberto H. . Chargaff's 'Grammar of Biology': new fractal-like rules. In: INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME, 2013, San ?Diego, California, USA. INTERNATIONAL PLANT & ANIMAL GENOME CONFERENCE, 2013.

5.
MURATA, M. ; CAVALLINI, J. S. ; COFRE, T. ; Herai, RH ; FERRASA, ADRIANO ; TEZZA, R. ; VARANI, A. ; José Belasque Júnior ; Maria Inês Tiraboschi Ferro ; JA Ferro . Transcriptional Profiling of Canker-Resistant Satsuma Mandarin (Citrus unshiu) by RNA-Seq.. In: XLII Annual Meeting of SBBq, 2013, Foz do Iguaçu, Pr, Brazil. XLII Annual Meeting of SBBq, 2013.

6.
COFRE, T. ; MURATA, M. ; CAVALLINI, J. S. ; Herai, RH ; FERRASA, ADRIANO ; TEZZA, R. ; VARANI, A. ; FERNANDES, C. ; Maria Inês Tiraboschi Ferro ; José Belasque Júnior ; JA Ferro . Sweet Orange Valência Transcriptional Profiling (RNA-Seq) after infection by Xanthomonas citri subsp.. In: XLII Annual Meeting of SBBq, 2013, Foz do Iguaçu, Pr, Brazil. XLII Annual Meeting of SBBq, 2013.

7.
Herai, Roberto H. . Abstracts Submitted for Presentation at the 2012 APS Annual Meeting. In: APS-IPPC 2011 Joint Meeting in Honolulu, 2012, Hawaii. Phytopathology. v. 101.

8.
HERAI, R.H.; DITA, MA ; WAALWIJK, C ; FERREIRA, G ; SOUZA JUNIOR, MT ; KEMA, GHT ; KUSER-FALCAO, Paula ; GIACHETTO, PF ; YAMAGISHI, MEB . BUILDING A TRANSCRIPTOME MOLECULAR MARKER PLATFORM FOR DIAGNOSIS OF FUNGAL PLANT PATHOGENS. In: X-Meeting, 2012, Campinas. International Conference Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012.

9.
Herai, RH; Yamagishi, M. E. B. . A Bioinformatic Approach to Detect Interchromosomal Trans-splicing in Bovine FlcDNA Databanks.. In: XVIII Plant and Animal Genome Conference, 2010, San Diego, California. XVIII Plant and Animal Genome Conference, 2010.

10.
HERAI, R. H.; NASCIMENTO, L. C. ; VIDAL, R. O. ; COSTA, G. G. L. ; CARAZZOLLE, M. F. ; PEREIRA, G. A. G. . TORNADO: AN AUTOMATED PIPELINE FOR DE NOVO HYBRID GENOME ASSEMBLY BASED ON FREE SOFTWARE PACKAGES FOR SANGER AND NEXT GENERATION SEQUENCING TECHNOLOGIES (NGS). In: X-Meeting 2010, 2010, Ouro Preto, MG. X-Meeting 2010, 2010.

11.
ALVAREZ, J. C. ; HERAI, R. H. ; CARAZZOLLE, M. F. ; PEREIRA, G. A. G. . PREDIP: AN IN SILICO APPROACH FOR AUTOMATED PROTEIN INTERACTION PREDICTION IN GENOMIC AND TRANSCRIPTOMIC SEQUENCE DATABANKS. In: X-Meeting 2010, 2010, Ouro Preto, MG. X-Meeting 2010, 2010.

12.
Herai, R. H.; SANTOS, E. H. ; Yamagishi, M. E. B. . Algoritmos de bioinformática para detecção de Nullomers no transcriptoma humano. In: II Encontro Acadêmico de Modelagem Computacional do Laboratório Nacional de Computação Científica, 2009, Petrópolis - RJ. Laboratório Nacional de Computação Científica, 2009.

13.
Herai, R. H.; Yamagishi, M. E. B. . A Web-Based Tool for Identification and Visualization of Repetitive Sequences within Gene Loci. In: X-Meeting, 2009, Angra dos Reis - RJ. Anais do X-Meeting 2009, 2009.

14.
Herai, R. H.; Yamagishi, M. E. B. . Detecting evidences of inter-chromosomal trans-spliced genes using a bioinformatic approach. In: 4th Internatinal Conference of Brasilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2008, Salvador-Ba. Anais do X-Meeting 2009, 2008.

15.
Yamagishi, Michel Eduardo Beleza ; KUSER-FALCAO, Paula ; VIEIRA, Fábio Danilo ; HERAI, R.H. . An Indirect Evidence of the Fibonacci Strings Model for DNA Repetitive Sequences Growth. In: The Third International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007, São Paulo. The Third International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2007.

16.
HERAI, R.H.; CAVALIN, P. R. ; SOUZA, J. U. F. ; POPI, J. M. . Quadro-Negro Virtual: Software de pré-autoria para a educação e treinamento à distância utilizando a internet. In: Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2001. Anais do SIICUSP. USP - São Paulo.

17.
HERAI, R.H.; SOUZA, J. U. F. . A aplicabilidade de design patterns no desenvolvimento de sistemas orientados a objetos. In: VI Encontro de Iniciação Científica e II Mostra de pós-graduação, 2001, Taubaté. VI Encontro de Iniciação Científica e II Mostra de pós-graduação, 2001.

18.
CAVALIN, P. R. ; HERAI, R.H. ; POPI, J. M. ; SOUZA, J. U. F. . Quadro-Negro Virtual: Software de pré-autoria para a educação e treinamento à distância utilizando a internet. In: VI Encontro de Iniciação Científica e II Mostra de pós-graduação, 2001, Taubaté. VI Encontro de Iniciação Científica e II Mostra de pós-graduação, 2001.

19.
HERAI, R.H.; POPI, J. M. ; SOUZA, J. U. F. . Avaliação de Sistemas Orientados a Objetos com a Utilização de Padrões de Projeto. In: X Encontro Anual de Pesquisa e Iniciação Científica, 2001, Ponta Grossa. X Encontro Anual de Pesquisa e Iniciação Científica. Ponta Grossa: UEPG, 2001. p. 192-193.

20.
HERAI, R.H.; VAZ, M. S. M. G. . O++ como uma extensão da linguagem de programação C++ para a manipulação de dados não convencionais do sistema orientado a objetos ODE. In: X Encontro Anual de Pesquisa e Iniciação Científica, 2001, Ponta Grossa. X Encontro Anual de Pesquisa e Iniciação Científica. Ponta Grossa: UEPG, 2001. v. 1. p. 352-353.

21.
CAVALIN, P. R. ; POPI, J. M. ; HERAI, R.H. ; SOUZA, J. U. F. . Quadro-Negro Virtual: Software de pré-autoria para a educação e treinamento à distância utilizando a internet: Módulo Editor de Hipertexto. In: X Encontro Anual de Pesquisa e Iniciação Científica, 2001, Ponta Grossa. X Encontro Anual de Pesquisa e Iniciação Científica. Ponta Grossa: UEPG, 2001. v. 1. p. 158-159.

22.
HERAI, R.H.; POPI, J. M. ; CAVALIN, P. R. ; SOUZA, J. U. F. . Protótipo de um Sistema Baseado em Regras para a Engenharia de Software: Máquina de Inferência. In: X Encontro Anual de Pesquisa e Iniciação Científica, 2001, Ponta Grossa. X Encontro Anual de Pesquisa e Iniciação Científica. Ponta Grossa: UEPG, 2001. v. 1. p. 191-192.

23.
HERAI, R.H.; POPI, J. M. ; SOUZA, J. U. F. . Protótipo de um Sistema Baseado em Regras para a Engenharia de Software. In: II Congresso Científico do Centro Universitário Luterano de Palmas, 2001, Palmas-TO. II Congresso Científico do Centro Universitário Luterano de Palmas. Palmas: Centro Universitário Luterano de Palmas, 2001. v. 1. p. 28-28.

24.
POPI, J. M. ; CAVALIN, P. R. ; HERAI, R.H. ; SOUZA, J. U. F. . Quadro-Negro Virtual: Software de pré-autoria para a educação e treinamento à distância utilizando a internet. In: II Congresso Científico do Centro Universitário Luterano de Palmas, 2001, Palmas-TO. II Congresso Científico do Centro Universitário Luterano de Palmas. Palmas: Centro Universitário Luterano de Palmas, 2001. v. 1. p. 29-29.

25.
HERAI, R.H.; SOUZA, J. U. F. . A aplicabilidade de padrões no desenvolvimento de sistemas orientados a objetos na fase de projeto. In: II Congresso Científico do Centro Universitário Luterano de Palmas, 2001, Palmas-TO. II Congresso Científico do Centro Universitário Luterano de Palmas. Palmas: Centro Universitário Luterano de Palmas, 2001. v. 1. p. 13-13.

26.
HERAI, R.H.; SOUZA, J. U. F. . A aplicabilidade de padrões no desenvolvimento de sistemas orientados a objetos na fase de projeto. In: 8 Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2000, São Paulo. 8 Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP, 2000.

27.
HERAI, Roberto Hirochi; SOUZA, J. U. F. . A aplicabilidade de padrões no desenvolvimento de sistemas orientados a objetos na fase de projeto. In: IX Encontro Anual de Iniciação Científica, 2000, Londrina. IX Encontro Anual de Iniciação Científica. Londrina: UEL, 2000. v. 1. p. 109.

28.
HERAI, Roberto Hirochi; SOUZA, J. U. F. . A aplicabilidade de padrões no desenvolvimento de sistemas orientados a objetos na fase de projeto. In: XII Seminário de Pesquisa, VII Semana de Iniciação Científica, 2000, Guarapuava - PR. Anais do XIII Seminário de Pesquisa e VIII Semana de Iniciação Científica da UNICENTRO. Guarapuava: Unicentro, 2000. p. 225.

Artigos aceitos para publicação
1.
DITA, MA ; Herai, RH ; WAALWIJK, C ; YAMAGISHI, MEB ; GIACHETTO, PF ; FERREIRA, G ; SOUZA JUNIOR, MT ; KEMA, GHT . Comparative Transcriptome Analyses and Genome Assembly of Fusarium oxysporum f. sp. cubense. Acta Horticulturae, 2012.

Apresentações de Trabalho
1.
Herai, RH. Diagnóstico genético em síndromes do espectro do autismo. 2017. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

2.
Herai, RH; ACP Cruz . O papel da proteína FMRP na Síndrome do X Frágil. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

3.
Herai, RH. Bioinformática e Autismo. 2016. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

4.
Herai, RH; Yamagishi, M. E. B. . A Bioinformatic Approach to Detect Interchromosomal Trans-splicing in Bovine FlcDNA Databanks.. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

5.
HERAI, R. H.. Algoritmos de bioinformática para detecção de nullomers no transcriptoma humano. 2009. (Apresentação de Trabalho/Outra).

6.
HERAI, R. H.. A web-based tool for identification and visualization of repetitive sequences within gene loci. 2009. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

7.
HERAI, R. H.. Identificação de transcritos quiméricos em bibliotecas de FlcDNA de organismos com genomas "draft": estudo de caso em bovinos. 2009. (Apresentação de Trabalho/Outra).

8.
HERAI, R. H.. Metodologia de bioinformática para detecção de erros de montagem em regiões gênicas usando bibliotecas de Fl-cDNA: estudo de caso em bovinos. 2009. (Apresentação de Trabalho/Outra).

9.
HERAI, R. H.; Yamagishi, M. E. B. . Detecting evidences of inter-chromosomal trans-spliced genes using a bioinformatic approach. 2008. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

10.
Herai, R. H.. Bioinformática: do Dogma da Biologia aos computadores digitais. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

11.
Herai, R. H.. Sistemas de informação: perspectivas, gestão de redes e sistemas. 2007. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

12.
Herai, R. H.. Computação em Grade. 2006. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

13.
HERAI, R. H.. Uma ferramenta para predição analítica de desempenho de aplicações Java paralelas. 2005. (Apresentação de Trabalho/Outra).

14.
HERAI, R.H.; HENRIQUES, M. A. A. . Ferramentas de Modelagem para a Predição de Performance Analítica em uma Plataforma de Processamento Paralelo. 2004. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

15.
HERAI, R.H.. Processamento Paralelo e Internet. 2003. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

16.
HERAI, R.H.. Protótipo de um Sistema Baseado em Regras para a Engenharia de Software. 2001. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

17.
HERAI, R.H.. A aplicabilidade de design patterns no desenvolvimento de sistemas orientados a objetos. 2001. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

18.
HERAI, R. H.. Quadro-negro virtual: software de pré-autoria ducação e treinamento a distância. 2001. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

19.
HERAI, R. H.. Protótipo de um sistema baseado em regras para a Engenharia de Software. 2001. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

20.
HERAI, R. H.. A aplicabilidade de padrões no desenvolvimento de sistemas orientados a objetos na fase de projeto. 2001. (Apresentação de Trabalho/Outra).

21.
HERAI, R. H.. Avaliação de sistemas orientados a objetos com a utilização de design patterns. 2001. (Apresentação de Trabalho/Outra).

22.
HERAI, R. H.. O++ como uma extensão da linguagem C++ para a manipulação de dados não convencionais do sistema orientado a objetos ode. 2001. (Apresentação de Trabalho/Outra).

23.
HERAI, R. H.. Protótipo de um sistema baseado em regras para a engenharia de software: máquina de inferência. 2001. (Apresentação de Trabalho/Outra).

24.
HERAI, R. H.. A aplicabilidade de Design Patterns no desenvolvimento de um sistema baseado em regras para a engenharia de software. 2001. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

25.
HERAI, R. H.; SOUZA, J. U. F. . A aplicabilidade de design patterns no desenvolvimento de sistemas orientados a objetos. 2001. (Apresentação de Trabalho/Outra).

26.
HERAI, R. H.; POPI, J. M. ; SOUZA, J. U. F. . Protótipo de um sistema baseado em regras para a engenharia de software. 2001. (Apresentação de Trabalho/Outra).

27.
HERAI, R. H.; SOUZA, J. U. F. . A aplicabilidade de design patterns no desenvolvimento de sistemas orientados a objetos. 2001. (Apresentação de Trabalho/Outra).

28.
POPI, J. M. ; HERAI, R. H. ; CAVALIN, P. R. ; SOUZA, J. U. F. . Quadro-negro virtual: software de pré-autoria para educação e treinamento a distância utilizando a internet. 2001. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

29.
HERAI, R. H.; SOUZA, J. U. F. . A aplicabilidade de design patterns no desenvolvimento de sistemas orientados a objetos. 2001. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

30.
POPI, J. M. ; HERAI, R. H. ; SOUZA, J. U. F. . Protótipo de um sistema baseado em regras para a engenharia de software. 2001. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

31.
HERAI, R.H.. A aplicabilidade de padrões no desenvolvimento de sistemas orientados a objetos na fase de projeto. 2000. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

32.
HERAI, R.H.. A aplicabilidade de padrões no desenvolvimento de sistemas orientados a objetos na fase de projeto. 2000. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

33.
HERAI, R.H.. A aplicabilidade de padrões no desenvolvimento de sistemas orientados a objetos na fase de projeto. 2000. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

34.
HERAI, R. H.; SOUZA, J. U. F. . A aplicabilidade de padrões no desenvolvimento de sistemas orientados a objetos na fase de projeto. 2000. (Apresentação de Trabalho/Outra).

35.
Herai, R. H.. Aplicações de padrões no desenvolvimento de sistemas orientados a objetos na fase de projeto. 2000. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
GIACHETTO, PF ; HERAI, R.H. . BOS_ANNOTATION: Pipeline baseado em bancos de dados públicos para associação e anotação automática de transcriptomas bovinos. 2011.

2.
KUSER-FALCAO, Paula ; HERAI, R.H. . FOC-Control. 2010.

3.
Yamagishi, Michel Eduardo Beleza ; HERAI, Roberto Hirochi . Mapping Tools. 2010.

4.
HERAI, Roberto Hirochi; Yamagishi, Michel Eduardo Beleza . RepGraph. 2009.

5.
YAMAGISHI, MEB ; HERAI, R.H. . FastaSequenceTools. 2009.

6.
YAMAGISHI, MEB ; HERAI, R.H. . FusionFinder. 2009.

7.
HERAI, R.H.; SOUZA, J. U. F. . MatAmbi-OO. 2001.

8.
HERAI, R.H.; SOUZA, J. U. F. ; POPI, J. M. ; CAVALIN, P. R. . Quadro-Negro Virtual. 2001.


Demais tipos de produção técnica
1.
SOUZA, J. U. F. ; JUSTUS, Adriana ; SOUZA, Murilo Furquim de ; SOUZA, Andressa Furquim de ; HERAI, Roberto Hirochi . Projetando em C++. 2012. (Editoração/Livro).

2.
HERAI, R.H.. Desenvolvimento de técnicas de bioinformática para análise e caracterização de retrotransposons do tipo LINE-1 em tecido cerebral associados ao desenvolvimento de Síndrome de Rett. 2011. (Relatório de pesquisa).

3.
HERAI, R.H.. Bioinformática dos projetos genomas de M. perniciosa, M. roreri e C. cacaofunesta. 2011. (Relatório de pesquisa).

4.
HERAI, R.H.. Estudo de inverted repeats em genomas de mamíferos e plantas. 2010. (Relatório de pesquisa).

5.
HERAI, R.H.; Yamagishi, Michel Eduardo Beleza . Introdução à Bioinformática. 2007. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

6.
HERAI, R.H.. Desenvolvimento de Portais WEB utilizando AJAX. 2007. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

7.
HERAI, R.H.. Manual das Faculdades Network: Conhecimento: Solução para um mundo melhor. 2007. (Desenvolvimento de material didático ou instrucional - Colaborador Manual Acadêmico).

8.
HERAI, R.H.. Java. 2006. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

9.
Herai, R. H.. Despertar para a Informática. 2001. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

10.
Herai, R. H.; SOUZA, J. U. F. . Monitoria voluntária em Análise de Sistemas. 2001. (Curso de curta duração ministrado/Outra).

11.
Herai, R. H.. X Encontro anual de iniciação científica e I encontro de pesquisa da UEPG. 2001. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

12.
Herai, R. H.. Curso de Linguagem de Programação Turbo C 3.0, Borland C++ 5.02 e Microsoft Visual C++ 6.0. 2000. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

13.
HERAI, R.H.. Curso de linguagem de programação C. 2000. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).



Patentes e registros



Patente

A Confirmação do status de um pedido de patentes poderá ser solicitada à Diretoria de Patentes (DIRPA) por meio de uma Certidão de atos relativos aos processos
1.
 HERAI, R.H.; Yamagishi, Michel E. B. . Método e uso para verificação de erros em montagem de genomas. 2012, Brasil.
Patente: Modelo de Utilidade. Número do registro: BR10201203109, título: "Método e uso para verificação de erros em montagem de genomas" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 10/12/2012; Concessão: 10/12/2012.



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
Avila, B. C.; SCALABRIN, E. E.; HERAI, R.H.. Participação em banca de Juliano Vieira Martins. GC-Image: Compreensão de Sequencias Genômicas baseada em Formatos de Imagem. 2018. Dissertação (Mestrado em Informática) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná.

2.
Yamagishi, Michel Eduardo Beleza; SANTOS, Renato Vicentini; BRANDAO, Marcelo Mendes; HERAI, Roberto Hirochi. Participação em banca de Natália Faraj Murad. Redes de regulação gênica do metabolismo e sinalização por sacarose em cana-de-açúcar: uma abordagem sistêmica utilizando redes bayesianas aplicada à bioenergia.. 2012. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Estadual de Campinas.

3.
Mathias, I.M.; HERAI, R.H.; Dias, A. H.. Participação em banca de Rodrigo Viecheneski. Aplicação de Redes Neurais Artificiais no Tratamento de Dados Agrometeorológicos Visando a Correção de Séries Temporais. 2012. Dissertação (Mestrado em Computação Aplicada) - Universidade Estadual de Ponta Grossa.

Teses de doutorado
1.
JA Ferro; Helen Alves Penha; HERAI, R.H.. Participação em banca de Flávia Campos Freitas Vieira. ANATOMIA E ULTRAESTRUTURA DO PROCESSO DE INFECÇÃO DE Xanthomonas CAUSADORAS DE DOENÇAS EM CITROS. 2018. Tese (Doutorado em Agronomia) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

2.
HERAI, R.H.. Participação em banca de Rafael Saraiva de Andrade Rodrigues. Previsão da Ocorrência dos Estados Reacionais da Hanseníase Baseada em Redes Bayesianas. 2017. Tese (Doutorado em Ciencias da Saude) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná.

3.
JA Ferro; MT Oliveira; FMS Carvalho; JS Vantini; Herai, RH. Participação em banca de Claudenia Ferreira da Silva. Análise do transcriptoma da interação planta-patógeno de Xanthomonas fuscans SBSP. aurantifolii e plantas citricas.. 2015. Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho.

4.
Avila, B. C.; Nievola, J. C.; Enembreck, F.; Paraíso, E. C.; CARVALHO, A. C. P. L. F.; HERAI, R.H.. Participação em banca de Mauri Ferrandin. Classificação Hierárquica Utilizando Análise Formal de Conceitos. 2012. Tese (Doutorado em Informática) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná.

Qualificações de Doutorado
1.
HERAI, R.H.. Participação em banca de Cristiano T. Russo. Análise por Citometria de Fluxo da Expressão do RNAm das Proteínas Virais E6 & E7 do Papilomavírus Humano (HPV) de Alto Risco Oncogênico, em Escovados Cervicais de Mulheres Co-infectadas HPV/HIV-1. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Ciencias da Saude) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
HERAI, R.H.; FREITAS, R.. Participação em banca de Michele Carolina Bassani.Proposta de um sistema para interface de uma aplicação WEB com um banco de dados do SAP/R3 utilizando Java. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work.

2.
HERAI, R.H.; STECCA, F. F.; FELICIO, C. L.. Participação em banca de Daniel Figueiredo Rocha.Connect - Proposta de um protótipo de um sistema de interfaceamento hospitalar. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work.

3.
HERAI, R.H.; FELICIO, C. L.. Participação em banca de David Amaral.Sistema Especialista para Pintura Automotiva. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work.

4.
HERAI, R.H.; STECCA, F. F.. Participação em banca de Rosangela Aparecida da Silva.Estudo de técnicas para o desenvolvimento de sistemas de processamento paralelo. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work.




Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
XVIII Plant and Animal Genome Conference. A Bioinformatic Approach to Detect Interchromosomal Trans-splicing in Bovine FlcDNA Databanks.. 2010. (Congresso).

2.
5th International Conference of the Brazilian Association.A web-based tool for identification and visualizaation of repetitive sequences within gene loci. 2009. (Outra).

3.
II Encontro Acadêmico em Modelagem Computacional.Algoritmos de Bioinformática para Detecção de Nullomers no Transcriptoma Humano. 2009. (Outra).

4.
II Jornada de Modelagem Computacional. 2009. (Outra).

5.
I Workshop em Genômica Animal. 2009. (Outra).

6.
V Mostra de Trabalhos de Estagiários e Bolsistas da Embrapa Informática Agropecuária. 2009. (Outra).

7.
4th International Conference of the ABBBC. 2008. (Outra).

8.
IV Mostra de Trabalhos de Estagiários e Bolsistas da Embrapa Informática Aropecuária. 2008. (Outra).

9.
3rd International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology - XMeeting 2007. 2007. (Congresso).

10.
Primeiro Encontro de Engenharia e Tecnologia em Computação.BioInformática: do Dogma da Biologia aos Computadores Digitais. 2007. (Encontro).

11.
Seminário Multidisciplinar das Faculdades Network.Sistemas de Informação: perspectivas, gestão de redes e sistemas.. 2007. (Seminário).

12.
Telefonia Celular: Tecnologia e Segurança. 2007. (Outra).

13.
Seminário Multidisciplinar das Faculdades Network.Minicurso de Linguagem de programação Java. 2006. (Seminário).

14.
V semana acadêmica de Tecnologia da Informação.Computação em Grade. 2006. (Encontro).

15.
XXIX Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional. 2006. (Congresso).

16.
17th International Symposium on computer Architecture and High Performance Computing. 2005. (Simpósio).

17.
1a. Convenção de Cultura Organizacional. 2005. (Outra).

18.
16 Symposium on Computer Architecture and High Performance Computing. 2004. (Simpósio).

19.
5 Workshop em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho. 2004. (Congresso).

20.
Workshop sobre sistemas e tecnologias de informação aplicados a gestão em organização. 2003. (Congresso).

21.
XXIII Congresso da Sociedade Brasileira de Computação. 2003. (Congresso).

22.
Computação e Mercado 2002. 2002. (Congresso).

23.
Centro de treinamento em Informática - Palestra "Empreendedorismo. 2001. (Outra).

24.
Ciclo de Palestras em Informática - Palestra "Informática x Computação: Diretrizes Curriculares, Provão e Mercado Profissional". 2001. (Outra).

25.
Ciclo de Palestras em Informática - Palestra TEste de Mutação: Estado Atual e Persperctivas. 2001. (Outra).

26.
Congresso Brasileiro de Computação. 2001. (Congresso).

27.
XII Conferência Internacional de Tecnologia Internacional de Tecnologia de Software: Qualidade de Software. 2001. (Outra).

28.
8o. Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP. 2000. (Simpósio).

29.
Ciclo de Palestras - "Introdução aos Sistemas de Aquisição de Dados e Controle" e "Integração de Evidências - Uma Aplicação de Monitoramento Ambiental". 2000. (Outra).

30.
Ciclo de Palestras em Informática - Palestra Banco de Dados Objeto-Relacional. 2000. (Outra).

31.
III Semana de Informática. 2000. (Seminário).

32.
I Infofraternização. 2000. (Encontro).

33.
Ciclo de Palestras em Informática - Palestra Biologia Computacional. 1999. (Outra).

34.
Ciclo de Palestras em Informática - Palestra Padrões Internacionais para Gerenciamento de Dados. 1999. (Outra).

35.
Ciclo de Palestras em Informática - Palestra Simulação de sistemas. 1999. (Outra).

36.
Curso de Prolog. 1999. (Outra).

37.
XII Conferência Internacional de Tecnologia de Software. 1999. (Congresso).

38.
III Ciclo de Palestras de Informática. 1998. (Outra).

39.
III Seminário de Informática. 1998. (Seminário).

40.
V Semana da Física - Curso Cristalografia Computacional. 1998. (Encontro).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
HERAI, R.H.; HENRIQUES, M. A. A. . Unicamp de Portas Abertas. 2003. (Exposição).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
JOANA BRETAS CABRAL RONDON GUASQUE. ANÁLISE FUNCIONAL E HISTOLÓGICA DO USO DE NEUROTROFINA-3 E CÉLULAS-TRONCO MESENQUIMAIS NA CAUDA EQUINA, COMO TRATAMENTO DA LESÃO MEDULAR ESPINHAL EM RATOS WISTAR. Início: 2017. Dissertação (Mestrado profissional em Ciencias da Saude) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná. (Orientador).

2.
Ana Carolina Pinto da Cruz. Identificação de variantes genéticas raras em Síndrome do X frágil. Início: 2017. Dissertação (Mestrado em Ciencias da Saude) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Gilson Biagini. Avaliação da eficácia e presença de eventos em pacientes portadores de Doença de Fabry em Terapia de Reposição enzimática com betagalsidase.. Início: 2016. Tese (Doutorado em Ciencias da Saude) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná. (Orientador).

2.
Adriano Ferrasa. Estudo da variabilidade de expressão e regulação do transcriptoma de elementos genéticos móveis LINE-1 em desordens cerebrais.. Início: 2016. Tese (Doutorado em Ciencias da Saude) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

3.
RODRIGO OTÁVIO SCHNEIDER RIBEIRO. EFEITO IN VITRO DA IMUNOGLOBULINA INTRAVENOSA EM SUBPOPULAÇÕES DE CÉLULAS T E B REGULATÓRIAS NA AVALIAÇÃO PRÉ-TRANSPLANTE DE PACIENTES RENAIS CRÔNICOS ? ESTUDO DE CASO. Início: 2016. Tese (Doutorado em Ciencias da Saude) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná. (Orientador).

4.
Eduardo Del Bosco Brunetti Cunha. Análise in vitro do efeito do extrato de CAMPOMANESIA XANTHOCARPA em linhagens celulares THP-1 e EA.HY926. Início: 2016. Tese (Doutorado em Ciencias da Saude) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

5.
Alessandro Afornali. ANÁLISE DO PERFIL DO MICROBIOMA CUTÂNEO EM INDIVÍDUOS QUE APRESENTAM DIFERENTES GRAUS DE ACNE. Início: 2015. Tese (Doutorado em Ciencias da Saude) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Coorientador).

Supervisão de pós-doutorado
1.
Osmar Dordal. Início: 2017. Pontifícia Universidade Católica do Paraná.

Iniciação científica
1.
Leandro Bispo. SCREENING GENÔMICO DE FAMÍLIAS DENTRO DO TRANSTORNO DO ESPECTRO DO AUTISMO. Início: 2017. Iniciação científica (Graduando em Medicina) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

2.
Lucca Portes Cavalheiro. DETECÇÃO DE EVENTOS DE EDIÇÃO DE RNA EM GENOMAS E TRANSCRIPTOMAS DE INDIVÍDUOS COM TRANSTORNOS DO ESPECTRO DO AUTISMO. Início: 2017 - Pontifícia Universidade Católica do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Aline Cristina Lopes. EXPRESSÃO GÊNICA DE Xanthomonas citri subsp. citri COLONIZANDO LARANJA DOCE ?PÊRA RIO? (Citrus sinensis (L.) Osbeck) e LIMA ÁCIDA ?GALEGO? (Citrus aurantifolia Swingle). 2016. Dissertação (Mestrado em Biologia Celular e Molecular) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Roberto Hirochi Herai.

Tese de doutorado
1.
Elkin Fernando Rodas Mendoza. IDENTIFICAÇÃO DE GENES-ALVO ENVOLVIDOS NA VIRULÊNCIA E PATOGÊNESE DE Xanthomonas citri subsp. citri COMO UMA ALTERNATIVA PARA O CONTROLE DO CANCRO CÍTRICO. 2016. Tese (Doutorado em Microbiologia Agropecuária) - Universidade Estadual Paulista Júlio de Mesquita Filho, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Coorientador: Roberto Hirochi Herai.

Supervisão de pós-doutorado
1.
Osmar Dordal. 2017. Pontifícia Universidade Católica do Paraná, . Roberto Hirochi Herai.

2.
Pollyana Cristina Maggio de Castro Souto. 2016. Pontifícia Universidade Católica do Paraná, . Roberto Hirochi Herai.

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Bruno Gustavo Camilo Martins. Biotecnologia: proposta de um algoritmo para busca de sequências repetitivas em bases de dados biológicas e sua portabilização para uma plataforma de processamento maciçamente paralela com vistas à otimização de desempenho. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

2.
Alice Vieira Miranda. Migração de sistemas: estudo de caso da implantação de um ERP em uma rede de supermercados. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

3.
Renan Ferreira Tomaz. Sistema web para integração de orfanatos: implementação de interfaces web utilizando tecnologias Java Server Faces e Ajax. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

4.
Ricieri Rocha Conz. Metodologia orientada a objetos aplicada ao desenvolvimento de um protótipo de sistema web baseado em componentes. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

5.
Antonio Claudevi Silva Santos. Proposta de um sistema de informação na prestação de serviços no setor da construção civil: sistema de gerenciamento de solicitação de serviços. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

6.
Fernanda Torres Duarte. Desenvolvimento e análise de desempenho de um modelo de banco de dados para um sistema web baseado em software gratuito. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

7.
Daiana Cristina de Araújo. Análise de softwares jurídicos proprietários e livres e uma proposta de software livre para gerar petições judiciais. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

8.
David Pimenta Vieira. Proposta de um sistema web para controle e geração de boletins de ocorrência para as delegacias de policias. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

9.
Rômulo Marcos Ferreira da Rocha. Protótipo de software gerencial de venda: auxílio para tomada de decisão. 2008. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

10.
Alexandre da Silva Real. Serviço eletrônico: web para portadores de deficiência. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

11.
Bruno Gasparotto. Sistemas operacionais embarcados usando Software Livre. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

12.
Renato Gustavo Dias. Proposta de análise e projeto orientado a objetos para um sistema XP. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

13.
Denis Venitelli Silva Maia. Perícia forense computacional e vulnerabilidade de uma empresa de telecomunicações. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

14.
Rogério da Silva Fernandes. Proposta de um projeto de implementação de rede wireless nas Faculdades Network. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

15.
Graziele Lopes do Nascimento. Planejamento estratégico de marketing e de e-marketing para micro e pequenas empresas. 2007. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

16.
Devair Aparecido Faustino. Tecnologia de nanorobôs: aspectos e possibilidades para utilização na medicina. 2006. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

17.
Vitor Hugo Pereira. Gestão e análise de informação aplicada a qualidade de energia elétrica. 2006. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

18.
Sebastião Aparecido Teixeira. Redes Convergentes: case Instituto de Zootecnia. 2006. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

19.
Mario Cesar Santos Manoel. Estudo de técnicas de indexação de informação na internet. 2006. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

20.
Renato Bernardino Silva. Portal Web de negócios planejamento e desenvolvimento. 2006. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

21.
Daniel Figueiredo Rocha. Connect - Proposta de um protótipo de um sistema de interfaceamento hospitalar. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

22.
Michele Carolina Bassani. Proposta de um sistema para interface de uma aplicação WEB com um banco de dados do SAP/R3 utilizando Java. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

23.
Rosangela Aparecida da Silva. Estudo de técnicas para o desenvolvimento de sistemas de processamento paralelo. 2005. Trabalho de Conclusão de Curso. (Graduação em Sistemas de Informação) - Faculdades Net Work. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

Iniciação científica
1.
Lucca Portes Cavalheiro. Interface de navegação WEB interativa para prospecção de informações genéticas em bancos de dados de doenças cardíacas. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Medicina) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

2.
Gabriel Chaves Becchi. CONFIGURAÇÃO DE UMA INFRA-ESTRUTURA COMPUTACIONAL PARA ANÁLISE DE DADOS PARA USO EM TERAPIA CELULAR. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Medicina) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

3.
Lucca Portes Cavalheiro. PROJETO E IMPLEMENTAÇÃO DE UM BANCO DE DADOS BIOLÓGICO PARA INTEGRAÇÃO DE DADOS GENÉTICOS ASSOCIADOS A DOENÇAS CARDÍACAS. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Medicina) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

4.
Gabriel Chaves Becchi. Configuração de uma Infra-estrutura Computacional para Análise de Dados para Uso em Terapia Celular. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Medicina) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Roberto Hirochi Herai.

5.
Lucca Portes Cavalheiro. Projeto e Implementação de um Banco de Dados Biológico para Integração de Dados Genéticos Associados a Doenças Cardíacas. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Medicina) - Pontifícia Universidade Católica do Paraná, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: Roberto Hirochi Herai.



Inovação



Patente
1.
 HERAI, R.H.; Yamagishi, Michel E. B. . Método e uso para verificação de erros em montagem de genomas. 2012, Brasil.
Patente: Modelo de Utilidade. Número do registro: BR10201203109, título: "Método e uso para verificação de erros em montagem de genomas" , Instituição de registro: INPI - Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Depósito: 10/12/2012; Concessão: 10/12/2012.


Programa de computador sem registro
1.
GIACHETTO, PF ; HERAI, R.H. . BOS_ANNOTATION: Pipeline baseado em bancos de dados públicos para associação e anotação automática de transcriptomas bovinos. 2011.


Projetos de pesquisa


Educação e Popularização de C & T



Artigos
Artigos completos publicados em periódicos
1.
ZHANG, ZHEN-NING2016ZHANG, ZHEN-NING ; FREITAS, BEATRIZ C. ; QIAN, HAO ; LUX, JACQUES ; ACAB, ALLAN ; Trujillo, Cleber A. ; Herai, Roberto H. ; NGUYEN HUU, VIET ANH ; WEN, JESSICA H. ; JOSHI-BARR, SHIVANJALI ; KARPIAK, JEROME V. ; ENGLER, ADAM J. ; FU, XIANG-DONG ; Muotri, Alysson R. ; ALMUTAIRI, ADAH . Layered hydrogels accelerate iPSC-derived neuronal maturation and reveal migration defects caused by MeCP2 dysfunction. PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA (ONLINE), v. 4, p. 201521255, 2016.


Apresentações de Trabalho
1.
Herai, RH. Bioinformática e Autismo. 2016. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

2.
Herai, RH. Diagnóstico genético em síndromes do espectro do autismo. 2017. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

3.
Herai, RH; ACP Cruz . O papel da proteína FMRP na Síndrome do X Frágil. 2017. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).


Programa de Computador sem registro de patente
1.
GIACHETTO, PF ; HERAI, R.H. . BOS_ANNOTATION: Pipeline baseado em bancos de dados públicos para associação e anotação automática de transcriptomas bovinos. 2011.

2.
KUSER-FALCAO, Paula ; HERAI, R.H. . FOC-Control. 2010.

3.
YAMAGISHI, MEB ; HERAI, R.H. . FastaSequenceTools. 2009.

4.
YAMAGISHI, MEB ; HERAI, R.H. . FusionFinder. 2009.



Outras informações relevantes


Assessor Científico da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP)



Página gerada pelo Sistema Currículo Lattes em 18/12/2018 às 15:33:20