Rodrigo Guarischi Mattos Amaral de Sousa

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  • Última atualização do currículo em 16/06/2017


Atualmente é especialista em Bioinformática no grupo DASA. É doutor em Bioinformática, mestre em Genética e bacharel em Informática Biomédica pela Universidade de São Paulo (USP). Trabalha com Bioinformática desde 2007 e possui interesse pessoal em perguntas biológicas que podem ser respondidas com o uso de sequenciamento. Atua principalmente nos seguintes temas: Bioinformática, polimorfismo de DNA, análise de expressão gênica por RNA-Seq, angiogênese, montagem e anotação de genomas procariotos e aprendizado de máquina. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Rodrigo Guarischi Mattos Amaral de Sousa
Nome em citações bibliográficas
Guarischi-Sousa, Rodrigo;SOUSA, R. G. M. A.;DE SOUSA, R. G. M. A.

Endereço


Endereço Profissional
DIAGNOSTICOS DA AMERICA S.A.
Avenida Juruá
Alphaville Industrial
06455010 - Barueri, SP - Brasil
Telefone: (11) 26303000


Formação acadêmica/titulação


2012 - 2017
Doutorado em Bioinformática.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
com período sanduíche em Ontario Institute for Cancer Research (Orientador: Paul Boutros).
Título: O transcritoma da retinopatia induzida por oxigênio e uma assinatura gênica prognóstica baseada em angiogênese para predição de recidiva de cancer de mama, Ano de obtenção: 2017.
Orientador: Joao Carlos Setubal.
Coorientador: Ricardo Jose Giordano.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: RNA-seq; Angiogênese; Retinopatia Induzida por Oxigênio.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
2010 - 2012
Mestrado em Ciências Biológicas (Genética).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Abordagem computacional para identificar novos SNVs em base de dados de ESTs,Ano de Obtenção: 2012.
Orientador: Wilson Araújo da Silva Júnior.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Palavras-chave: Polimorfismo de Base Única; Mutação em Sequências Expressas; Projeto Genoma Humano do Câncer.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Biológicas / Área: Genética.
2006 - 2009
Graduação em Informática Biomédica.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Identificação de Polimorfismos de Base Única que podem afetar a sinética da tradução do RNA mensageiro..
Orientador: Wilson Araújo da Silva Junior.




Formação Complementar


2016 - 2016
Networks and Pathways. (Carga horária: 40h).
European Bioinformatics Institute, EMBL, Inglaterra.
2014 - 2014
Exploring variation in animal genomes. (Carga horária: 30h).
European Bioinformatics Institute, EMBL, Inglaterra.
2013 - 2013
RNA Seq Analysis using Bioconductor. (Carga horária: 40h).
Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
2012 - 2012
Analyzing High-throughput data using R/Bioconducto. (Carga horária: 40h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2011 - 2011
High Resolution Melting - HRM. (Carga horária: 8h).
Life Tecnologies, LIFE TEC, Brasil.
2008 - 2008
Extensão universitária em Verão em Bioinformática. (Carga horária: 70h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
2007 - 2007
Extensão universitária em Semana da Informática Biomédica. (Carga horária: 50h).
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.


Atuação Profissional



Ontario Institute for Cancer Research, OICR, Canadá.
Vínculo institucional

2015 - 2016
Vínculo: Pesquisador Visitante, Enquadramento Funcional: Pós-graduando (Doutorado Sanduíche), Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.


Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

2012 - 2017
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pós-graduando (Bolsista de Doutorado), Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2010 - 2012
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Pós-graduando (Bolsista de Mestrado), Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2011 - 2011
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Bolsista PAE (Prog. de Aperfeiç. de Ensino), Carga horária: 6


Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, FUNDHERP, Brasil.
Vínculo institucional

2007 - 2009
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: Estagiário, Carga horária: 20

Atividades

06/2007 - 01/2010
Estágios , Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, Centro de Terapia Celular, Laboratório de Bioinformática.

Estágio realizado
Participação em atividades de pesquisa no Centro de Terapia Celular (CEPID/FAPESP).

DIAGNOSTICOS DA AMERICA S.A, DAS_FORN, Brasil.
Vínculo institucional

2017 - Atual
Vínculo: Celetista, Enquadramento Funcional: Especialista em Bioinformática, Carga horária: 44



Projetos de pesquisa


2015 - Atual
Assinatura angiogenica patológica e seu poder prognóstico
Descrição: O projeto tem o objetivo de criar uma assinatura angiogênica capaz de estratificar amostras tumorais humanas quanto à sobrevida. Se mostras bons resultados essa assinatura pode ser incorporada à clinica como um marcador molecular capaz de auxiliar no tratamento de alguns tipos de canceres.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2012 - Atual
Biologia de sistemas da formação de vasos sanguíneos: Um estudo de transcriptoma
Descrição: A formação de vasos sanguíneos a partir de vasos pré-existentes denomina-se angiogênese. Uma série de doenças, entre elas o câncer e retinopatias, depende da angiogênese para progredir. Nosso projeto usa uma série temporal de um modelo angiogênico animal juntamente com a tecnologia de sequenciamento massivo paralelo (RNA-seq) para tentar compreender o complexo sistema envolvido na formação de novos vasos. Website: http://lbi.usp.br/angiogenesis.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2008 - 2012
Identificação de novas mutações de ponto em sequenciamento de cDNA
Descrição: Identificação computacional e validação experimental de novas mutações de ponto em sequências de cDNA obtidas pelo projeto genoma humano do câncer.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.


Revisor de periódico


2015 - Atual
Periódico: BMC Bioinformatics


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: BIOINFORMÁTICA.


Idiomas


Inglês
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Espanhol
Compreende RazoavelmenteLê Pouco.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Produções



Produção bibliográfica
Artigos completos publicados em periódicos

1.
ERILL, IVAN2017ERILL, IVAN ; PUIGVERT, MARINA ; LEGRAND, LUDOVIC ; Guarischi-Sousa, Rodrigo ; VANDECASTEELE, CÉLINE ; SETUBAL, JOÃO C. ; GENIN, STEPHANE ; GUIDOT, ALICE ; VALLS, MARC . Comparative Analysis of Ralstonia solanacearum Methylomes. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, v. 8, p. 3, 2017.

2.
PUIGVERT, MARINA2017PUIGVERT, MARINA ; Guarischi-Sousa, Rodrigo ; ZULUAGA, PAOLA ; COLL, NÚRIA S. ; MACHO, ALBERTO P. ; SETUBAL, JOÃO C. ; VALLS, MARC . Transcriptomes of Ralstonia solanacearum during Root Colonization of Solanum commersonii. FRONTIERS IN PLANT SCIENCE, v. 8, p. 3, 2017.

3.
Guarischi-Sousa, Rodrigo2016Guarischi-Sousa, Rodrigo; PUIGVERT, MARINA ; COLL, NÚRIA S. ; SIRI, MARÍA INÉS ; PIANZZOLA, MARÍA JULIA ; VALLS, MARC ; SETUBAL, JOÃO C. . Complete genome sequence of the potato pathogen Ralstonia solanacearum UY031. Standards in Genomic Sciences, v. 11, p. 7, 2016.

4.
Galante, P. A. F.2011Galante, P. A. F. Parmigiani, R. B. Zhao, Q. Caballero, O. L. de Souza, J. E. Navarro, F. C. P. Gerber, A. L. Nicolas, M. F. Salim, A. C. M. Silva, A. P. M. Edsall, L. Devalle, S. Almeida, L. G. Ye, Z. Kuan, S. Pinheiro, D. G. Tojal, I. Pedigoni, R. G. DE SOUSA, R. G. M. A. OLIVEIRA, T. Y. K. de Paula, M. G. Ohno-Machado, L. Kirkness, E. F. Levy, S. da Silva, W. A. , et al.Vasconcelos, A. T. R. Ren, B. Zago, M. A. Strausberg, R. L. Simpson, A. J. G. de Souza, S. J. Camargo, A. A. ; Distinct patterns of somatic alterations in a lymphoblastoid and a tumor genome derived from the same individual. Nucleic Acids Research, v. 39, p. 6056-6068, 2011.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
MOREIRA, C. F. A. ; Azevedo, T. C. B. ; Beltrão, A. C. S. ; Francês, L. T. V. M. ; SOUSA, R. G. M. A. ; Silva, I. T. ; SILVA JUNIOR, W. A. ; Lemos, J. A. R. . Expressão diferencial de genes responsáveis pela insensibilidade de células CD34+ aos inibidores de quinase em pacientes portadores de leucemia mielóide crônica. In: Congresso Brasileiro de Hematologia, Hemoterapia e Terapia Celular, 2012, Rio de Janeiro. Revista Brasileira de Hematologia e Hemoterapia. São Paulo: RS Press Editora, 2012. v. 34.

Apresentações de Trabalho
1.
Guarischi-Sousa, Rodrigo; Jussara S. Michaloski ; Laura B. Silva Cardeal ; Ricardo J. Giordano ; João C. Setubal . Blood vessel formation transcriptomics. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

2.
SOUSA, R. G. M. A.; MICHALOSKI, J. S. ; SILVA CARDEAL, L. B. ; SETUBAL, JOÃO C. ; GIORDANO, R. J. . An RNA-Seq computational pipeline applied on angiogenesis transcriptome data. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

3.
SOUSA, R. G. M. A.; MICHALOSKI, J. S. ; SILVA CARDEAL, L. B. ; SETUBAL, J. C. ; GIORDANO, R. J. . System Biology of blood vessel formation: a transcriptome approach. 2013. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

4.
SOUSA, R. G. M. A.; Silva, I. T. ; BUENO, R. B. L. ; D. G. Pinheiro ; SILVA JUNIOR, W. A. . An efficient computational approach to identify new SNVs in ESTs data set. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

5.
SOUSA, R. G. M. A.; Silva, I. T. ; OLIVEIRA, T. Y. K. ; D. G. Pinheiro ; SILVA JUNIOR, W. A. . An efficient computational approach to identify new SNVs. 2010. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

6.
SOUSA, R. G. M. A.; Silva, I. T. ; OLIVEIRA, T. Y. K. ; D. G. Pinheiro ; SILVA JUNIOR, W. A. . An efficient computational approach to identify new SNVs. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).


Produção técnica
Processos ou técnicas
1.
Pedigoni, R. G. ; SOUSA, R. G. M. A. ; SILVA JUNIOR, W. A. . Bioinformática Online. 2009.


Demais tipos de produção técnica
1.
D. G. Pinheiro ; SOUSA, R. G. M. A. . Introdução a Bioinformática. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
London Calling... 2016. (Simpósio).

2.
Network and Pathways.Blood vessel formation transcriptomics. 2016. (Simpósio).

3.
ISCB-Latin America, X-Meeting 2014. An RNASeq computational pipeline applied on angiogenesis transcriptome data. 2014. (Congresso).

4.
Brazilian Symposium on Bioinformatics. System Biology of blood vessel formation: a transcriptome approach. 2013. (Congresso).

5.
International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. An efficient computational approach to identify new SNVs in ESTs data set. 2011. (Congresso).

6.
International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. An efficient computational approach to identify new SNVs. 2010. (Congresso).

7.
Workshop do Programa de Pós Graduação em Genética.An efficient computational approach to identify new SNVs. 2010. (Oficina).

8.
International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. 2009. (Congresso).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
SOUSA, R. G. M. A.; D. G. Pinheiro ; PAULA, M. G ; BÜRGER, M. C. ; TARLA, M. ; MESSAGE, A. ; SILVA JUNIOR, W. A. . 8º Curso de Verão em Bioinformática.. 2012. (Outro).

2.
Silva, I. T. ; D. G. Pinheiro ; OLIVEIRA, T. Y. K. ; SOUSA, R. G. M. A. ; PAULA, M. G ; TARLA, M. ; MESSAGE, A. . 7º Curso de Verão em Bioinformática.. 2011. (Outro).

3.
de Souza, S. J. ; SILVA JUNIOR, W. A. ; de Souza, J. E. ; Silva, I. T. ; D. G. Pinheiro ; CARDENAS, R. G. C. C. L. ; SOUSA, R. G. M. A. ; PAULA, M. G . I Oficina de Bioinformática. 2011. (Outro).

4.
SILVA JUNIOR, W. A. ; Silva, I. T. ; D. G. Pinheiro ; OLIVEIRA, T. ; SOUSA, R. G. M. A. ; PAULA, M. G ; TARLA, M. ; MESSAGE, A. . 6º Curso de Verão em Bioinformática. 2010. (Outro).



Inovação



Projetos de pesquisa


Educação e Popularização de C & T



Cursos de curta duração ministrados
1.
D. G. Pinheiro ; SOUSA, R. G. M. A. . Introdução a Bioinformática. 2011. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).




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