David Corrêa Martins Junior

Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq - Nível 2

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  • Última atualização do currículo em 12/11/2018


Possui Bacharelado (2001), Mestrado (2004) e Doutorado com menção honrosa pela CAPES (2008) em Ciência da Computação pelo Instituto de Matemática e Estatística - Universidade de São Paulo (IME-USP), tendo feito em 2007 um estágio de doutorado (sandwich) de 1 ano no Genomic Signal Processing Laboratory - Texas A&M University - EUA. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Metodologia e Técnicas da Computação, atuando principalmente em reconhecimento de padrões com foco em aplicações de visão computacional, redes complexas e biologia sistêmica, incluindo modelagem, identificação e simulação de redes de interação gênica. Atualmente é professor associado do Centro de Matemática, Computação e Cognição da Universidade Federal do ABC. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
David Corrêa Martins Junior
Nome em citações bibliográficas
MARTINS JR, David Corrêa;Martins, David C.;Martins, David C;Martins-Jr, David C.;MARTINS-JR, David Corrêa;MARTINS-JR, DAVID CORREA;JUNIOR, DAVID C. MARTINS;MARTINS, DAVID CORREA;Martins Jr., David Correa;MARTINS-JR., DAVID CORREA;CORREA MARTINS, DAVID

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Federal do ABC, Centro de Matemática, Computação e Cognição.
Rua Arcturus, 03
Jardim Antares
09606070 - São Bernardo do Campo, SP - Brasil
Telefone: (11) 23206279


Formação acadêmica/titulação


2004 - 2008
Doutorado em Ciências da Computação.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
com período sanduíche em The Texas A&M University (Orientador: Edward Russell Dougherty).
Título: Seleção de características e predição intrinsecamente multivariada em identificação de redes de regulação gênica, Ano de obtenção: 2008.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: seleção de características; redes gênicas probabilísticas; predição intrinsecamente multivariada; redes de regulação gênica; entropia condicional; coeficiente de determinação.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Bioinformática.
2002 - 2004
Mestrado em Ciências da Computação.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Redução de dimensionalidade utilizando entropia condicional média aplicada a problemas de bioinformática e processamento de imagens,Ano de Obtenção: 2004.
Orientador: Roberto Marcondes Cesar Junior.
Bolsista do(a): Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo, FAPESP, Brasil.
Palavras-chave: Redução de dimensionalidade; seleção de características; entropia; informação mútua.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Reconhecimento de Padrões.
1998 - 2001
Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Ambiente Gráfico para o Projeto CAGE.
Orientador: João Eduardo Ferreira.




Atuação Profissional



Universidade Federal do ABC, UFABC, Brasil.
Vínculo institucional

2017 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor associado, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2009 - Atual
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Professor adjunto, Regime: Dedicação exclusiva.

Atividades

04/2017 - Atual
Direção e administração, Centro de Matemática, Computação e Cognição, .

Cargo ou função
Coordenador do Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação.
03/2017 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Centro de Matemática, Computação e Cognição, .

Cargo ou função
Representante docente suplente do Conselho Universitário.
12/2015 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Centro de Matemática, Computação e Cognição, .

Cargo ou função
Representante docente suplente do Colegiado do Programa de Pós-Graduação em Neurociência e Cognição.
08/2015 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Centro de Matemática, Computação e Cognição, .

Cargo ou função
Representante docente suplente do Colegiado do Bacharelado em Ciência da Computação.
08/2015 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Centro de Matemática, Computação e Cognição, .

Cargo ou função
Membro do Conselho do Escritório de Integridade em Pesquisa.
05/2017 - 08/2017
Ensino, Bacharelado em Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Bases Computacionais da Ciência
05/2017 - 08/2017
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Mineração de Dados
04/2013 - 03/2017
Conselhos, Comissões e Consultoria, Centro de Matemática, Computação e Cognição, .

Cargo ou função
Representante docente do Colegiado do Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação.
09/2016 - 12/2016
Ensino, Bacharelado em Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Bases Computacionais da Ciência
Natureza da Informação
06/2016 - 08/2016
Ensino, Bacharelado em Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Comunicação e Redes
Bases Computacionais
06/2016 - 08/2016
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Seminários em Computação
09/2015 - 12/2015
Ensino, Neurociência e Cognição, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Neuroinformática
09/2015 - 12/2015
Ensino, Bacharelado em Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Natureza da Informação
05/2015 - 08/2015
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Seminários em Computação
05/2015 - 08/2015
Ensino, Bacharelado em Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Bases Computacionais da Ciência
Comunicação e Redes
09/2014 - 12/2014
Ensino, Bacharelado em Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Natureza da Informação
06/2014 - 09/2014
Ensino, Bacharelado em Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Bases Computacionais da Ciência
06/2014 - 09/2014
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Mineração de Dados
11/2013 - 02/2014
Ensino, Bacharelado em Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Natureza da Informação
09/2013 - 12/2013
Ensino, Neurociência e Cognição, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Neuroinformática
07/2013 - 10/2013
Ensino, Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Bases Computacionais da Ciência
01/2013 - 04/2013
Ensino, Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Natureza da Informação
09/2012 - 12/2012
Ensino, Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Natureza da Informação
09/2012 - 12/2012
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Algoritmos e Estruturas de Dados II
09/2011 - 12/2011
Ensino, Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Natureza da Informação
09/2011 - 12/2011
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Pós-Graduação

Disciplinas ministradas
Visão Computacional e Processamento de Imagens
05/2011 - 08/2011
Ensino, Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Comunicação e Redes
09/2010 - 12/2010
Ensino, Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Natureza da Informação
05/2010 - 08/2010
Ensino, Ciência e Tecnologia, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Bases Computacionais da Ciência
05/2010 - 08/2010
Extensão universitária , Centro de Matemática, Computação e Cognição, .

Atividade de extensão realizada
Tutoria no Projeto de Ensino-Aprendizagem Tutorial (PEAT).
09/2009 - 12/2009
Ensino, Ciência da Computação, Nível: Graduação

Disciplinas ministradas
Paradigmas de Programação
Projeto Interdisciplinar I
Projeto Interdisciplinar II

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico, CNPq, Brasil.
Vínculo institucional

2012 - Atual
Vínculo: Bolsista de Produtividade, Enquadramento Funcional: Bolsista de Produtividade
Outras informações
Bolsa de Produtividade em Pesquisa Nível 2

Atividades

03/2012 - Atual
Pesquisa e desenvolvimento , Bolsa de Produtividade, .

03/2012 - Atual
Conselhos, Comissões e Consultoria, Bolsa de Produtividade, .

Cargo ou função
Consultor Ad Hoc.

Instituto de Matemática e Estatística -USP, IME-USP, Brasil.
Vínculo institucional

2009 - 2009
Vínculo: Bolsista recém-doutor, Enquadramento Funcional: Treinamento Técnico V (Bolsista FAPESP), Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
Gerenciamento dos projetos de software livre ligados ao projeto temático FAPESP "Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações"


Aramax, ARAMAX, Brasil.
Vínculo institucional

2009 - 2009
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisa e desenvolvimento



Linhas de pesquisa


1.
Bioinformática / Biologia Sistêmica

Objetivo: Um dos objetivos dessa linha de pesquisa consiste no desenvolvimento de técnicas de análise e caracterização de fenômenos biológicos por meio da integração de dados biológicos em diferentes níveis. A princípio serão consideradas medidas vindas da teoria de redes complexas bem como da dinâmica do sistema para caracterizar as redes inferidas. Além disso, outro objetivo é o uso da tecnologia emergente de GPUs, de custo relativamente baixo e popularização crescente, para resolver problemas importantes em modelagem e simulação de sistemas biológicos, os quais demandam um alto poder computacional..
Grande área: Ciências Exatas e da Terra
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Reconhecimento de Padrões.
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação / Especialidade: Bioinformática.


Projetos de pesquisa


2016 - Atual
Storage, Modeling and Analysis of Dynamical Systems for e-Science Applications
Descrição: The astonishing fast rate of technology evolution has given rise to a new era of scientific knowledge discovery. This new age of science, known as e-Science, is described as the new great computational and multidisciplinary team science requiring novel methodologies for data storage, modeling and analysis. In particular, the development of transactional and analytical software systems for e-Science applications when viewed from a dynamic systems perspective, presents a number of new computational challenges. Among them are the scientific knowledge discovery processes, which involve frequent changes of requirements for data storage, modeling and analysis. The need to address scientific dynamic systems in order to cope with complex applications of e-Science has woken up the scientific community for the development of robust and evolutionary software systems to meet these new challenges. Dynamical system is the classical mathematical formalism to represent phenomena that evolute with time, which are of great interest in science. In this project, our main goal is to develop computational models and methodologies to support e-Science applications viewed as dynamic systems. Our fundamental research covers three key research areas, namely storage, modeling, and analysis of dynamic systems. These research areas are significant and relevant to the FAPESP e-Science Program since many of the present e-Science challenges are related to the proper treatment of dynamic systems. Hence, we plan to develop and apply computational methodologies that will ease the development of e-Science applications, thereby contributing to the improvement of worldwide scientific knowledge, while respecting legal and ethical restrictions in data management..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - 2016
Análise do transciptoma de Leptospira biflexa obtido por RNA-seq em séries temporais sob estresse induzido por danos no DNA
Descrição: O presente projeto tem o objetivo de estabelecer um grupo de pesquisa interdisciplinar que atue na produção e análise de dados de genômica e transcriptômica de larga escala. Para isto, propomos estudar o padrão de resposta transcricional do organismo modelo Leptospira biflexa ao estresse induzido por alterações no DNA. O projeto visa (i) identificar os genes diferencialmente expressos entre as condições controle, estresse oxidativo por presença de ferro e efeito de UV em diferentes tempos, (ii) caracterizar a evolução temporal das redes de genes relacionados ao reparo de DNA, (iii) reconstruir as redes de transcritos envolvidos na ativação por UV, e (iv) comparar os resultados obtidos para L. biflexa com L. interrogans.O projeto possui também a meta de qualificar recursos humanos para as análises de dados de RNA-seq, o que é um desafio de bioinformática e de otimização computacional..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2014 - 2016
Modelos de Programação e Algoritmos para a Execução Eficiente de Aplicações Paralelas em Aglomerados Heterogêneos

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Raphael Yokoingawa de Camargo em 16/07/2014.
Descrição: Com o advento de diferentes classes de aceleradores, como as GPUs (Graphical Processing Units) e os Intel MICs (Many Integrated Cores), aglomerados heterogêneos, formados por diferentes tipos de aceleradores e processadores, se tornaram realidade. Estes aglomerados podem ser dedicados ou simplesmente um conjunto de estações de trabalho, distribuídas em diferentes laboratórios e que ficam ociosas durante a maior parte do tempo. As diferenças arquiteturais entre processadores e os diversos tipos de aceleradores tornam difícil o desenvolvimento de aplicações que utilizem estes aglomerados de modo eficiente.A proposta deste projeto consiste em avaliar modelos de programação que facilitem o desenvolvimento e a previsão do desempenho de aplicações para aglomerados heterogêneos. Também será desenvolvido um mecanismo de distribuição dinâmica de carga para estes aglomerados, que serão implementados em uma biblioteca já existente. O objetivo é facilitar tanto a implementação quanto a execução de aplicações para estes aglomerados. Na área de aplicações, serão desenvolvidos algoritmos de bioinformática para a inferência de redes de regulação gênica (Gene Regulatory Networks - GRNs), onde é preciso avaliar um vasto número de combinações de genes candidatos a preditores. Na área de neurociência computacional, será implementado o suporte a aceleradores em simuladores neuronais, como o MOOSE, de modo a permitir a simulação de redes neuronais compostas por milhares de neurônios. Para tal, serão desenvolvidos algoritmos para a solução eficiente de conjuntos de sistemas lineares, que são a base para a simulação de neurônios. Para ambas as áreas, o foco dos esforços será o suporte à execução eficiente em aglomerados heterogêneos..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2013 - 2016
Redes Gênicas Modeladas como Redes Booleanas Probabilísticas Sensíveis a Contexto

Projeto certificado pelo(a) coordenador(a) Ronaldo Fumio Hashimoto em 29/07/2014.
Descrição: As reações químicas que resultam na expressão de genes no nível molecular são complexas e ainda não totalmente compreendidas. Um aspecto importante nesse contexto é a interação entre os genes. Sabe-se que os genes enviam, recebem e processam informações formando uma complexa rede de comunicação. Entretanto pesquisas na arquitetura e na dinâmica destas redes não são completamente conhecidas, mesmo para os organismos mais simples. Assim, os objetivos dessa proposta são: (i) estudar métodos para encontrar genes mestres e/ou canalizadores em processos biológicos de interesse a partir de dados de expressão gênica; (ii) fazer um estudo teórico estendendo resultados sobre a caracterização das condições necessárias e suficientes para produzir fenômenos como predição intrinsecamente multivariada e genes mestres e/ou canalizadores em redes de regulação gênica modeladas por redes Booleanas sensíveis ao contexto; e (iii) identificar dependências entre os genes mestres e/ou canalizadores e seus escravos (quem depende de quem) e como são estas dependências em termos de funções Booleanas de forma a possibilitar propostas de redes modeladas por redes Booleanas sensíveis ao contexto..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2013 - Atual
NAP-USP - NUSCEP Núcleo de Pesquisa em Sinalização Celular na Interação Patógeno-Hospedeiro
Descrição: O estudo da biologia de parasitas, vírus e príons e de sua interação com o hospedeiro é fundamental para o desenvolvimento de novas estratégias que resultem em avanços nas áreas da saúde pública, agricultura e economia. Embora atualmente ocorra um crescente progresso na elucidação de mecanismos pelos quais os patógenos desenvolvem-se, nosso completo entendimento sobre as bases moleculares e celulares do processo de patogenicidade ainda é escasso. Portanto, o objetivo de se formar o NUSCEP é promover a integração de esforços em três abordagens: 1) caracterização das vias de sinalização e validação de sua relevância no ciclo infeccioso de patógenos a fim de identificar novas estratégias de controle; 2) investigação dos mecanismos pelos quais a resposta imune é modulada pelo patógeno; 3) uso da bioinformática para integração funcional de redes de sinalização dos processos biológicos. A proposta engloba pesquisadores de diferentes áreas, tais como, bioquímica, biologia celular e molecular, imunologia e bioinformática. A integração dessas áreas em torno de questões relevantes aos diversos aspectos da patogenicidade é chave na identificação dos componentes envolvidos em vias de sinalização que regulam interação e desenvolvimento dos patógenos. Nesse sentido nossas pesquisas incluirão estudos com Plasmodium falciparum e Plasmodium vivax, agentes etiológicos da malária humana, HPV, vírus responsável pela progressão do câncer de colo uterino em 99% dos casos relatados e príon, que desempenha papel crucial em encefalopatias espongiformes transmissíveis. Outro aspecto abordado incluirá a modulação da resposta imune na infecção. Tendo-se em vista a complexidade dos problemas, o uso de modelos computacionais será uma ferramenta complementar importante na integração e formação de redes de sinalização. Portanto, o apoio ao NUSCEP trará enormes frutos na formação de recursos humanos, geração de novas ideias e integração de áreas distintas, porém complementares..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2012 - 2016
Temático-Pronex: Modelos e métodos de e-Science para ciências da vida e agrárias
Descrição: A ciência moderna é crescentemente interdisciplinar e intensiva em dados. Na área de ciências da vida, por exemplo, com o surgimento de plataformas de alto desempenho para análise de imagens e estudos genômicos, o gargalo não está mais na aquisição de dados, mas sim no seu armazenamento, processamento, análise e visualização. Este cenário levou ao surgimento de um novo campo de pesquisa - eScience - que combina pesquisa avançada em computação e em modelagem matemática para permitir e acelerar pesquisa em outros domínios do conhecimento, desde as ciências exatas até as humanidades e artes. A eScience envolve a chamada "computação centrada em dados" (data-intensive computing), com a busca de soluções para gerenciamento de grandes volumes de dados produzidos por (e para) experimentos científicos, para que a descoberta científica não venha a ser detida pelo "dilúvio de dados". Este projeto visa a criação de uma rede colaborativa de eScience para acelerar pesquisa avançada em ciências da vida (biologia, medicina, oceanografia) e ciências agrárias. Está estruturado em tomo de cinco linhas de pesquisa - biologia de sistemas, planejamento de safras, computação visual, modelagem matemática e bancos de dados. Dentro dessas linhas, serão tratadas questões em aberto associadas às principais componentes de um ambiente de pesquisa em eScience: armazenamento, processamento, análise e visualização de grandes volumes de dados científicos. Os pesquisadores principais têm histórico de cooperação e coordenação de projetos nessas linhas. Questões de interoperalidade permeiam todo o projeto..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.
2012 - Atual
Bolsa Produtividade - Pesquisa e desenvolvimento de algoritmos em biologia sistêmica
Descrição: A biologia sistêmica aborda o estudo sistêmico e interações complexas verificadas em organismos vivos, visando um melhor entendimento dos processos que ocorrem em sistemas biológicos. As tecnologias recentes de extração de dados de expressões gênicas tornaram viável o estudo das funções biológicas e sua associação a algum fenômeno de interesse. No entanto, a análise desse tipo de dado é desafiadora devido à sua alta dimensionalidade: há um número grande de variáveis (genes) associadas a um número pequeno de amostras. Descobrir os inter-relacionamentos entre essas variáveis requer o desenvolvimento de técnicas computacionais e estatísticas inovadoras, que reduzam o erro de estimação intrínseco decorrente da alta dimensionalidade e ao mesmo tempo sejam viáveis do ponto de vista computacional. Em decorrência disso, a tarefa de recuperar, analisar e comparar com precisão o inter-relacionamento entre os genes, formando uma rede de regulação gênica (do inglês: Gene Regulatory Networks - GRN), continua um problema em aberto. Este projeto propõe o desenvolvimento de técnicas de análise e caracterização de redes de regulação por meio da integração de medidas relativas à topologia da rede estudada bem como de informações sobre a dinâmica temporal do sistema. Além disso, pretende-se usar a tecnologia emergente de GPUs para resolver problemas importantes em modelagem e simulação de sistemas biológicos, os quais demandam um alto poder computacional. Espera-se que as técnicas desenvolvidas tenham aplicação futura em diversas áreas que se beneficiam do conhecimento de processos em sistemas biológicos, tais como criação de biocombustíveis e combate a doenças tropicais..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2011 - 2013
Simulação de Sistemas Biológicos Utilizando GPUs
Descrição: A área de biologia de sistemas é um campo de pesquisa interdisciplinar que foca no estudo sistêmico de interações complexas verificadas em organismos vivos. Um dos principais objetivos das pesquisas nessa área é descobrir propriedades novas que podem surgir da visão sistêmica para um melhor entendimento dos processos que ocorrem em sistemas biológicos. Em particular, este projeto foca em três aspectos importantes em biologia de sistemas: i) a investigação das interações entre neurônios em redes neuronais de grande escala; ii) o estudo e desenvolvimento de métodos de inferência de redes de regulação gênica e iii) o estudo e desenvolvimento de métodos de análise do comportamento dinâmico de redes de regulação gênica. O estudo de tais aspectos normalmente envolve um poder computacional significativo devido ao elevado número de elementos interagentes nesses sistemas. Para amenizar esse problema, uma possibilidade é o emprego de aglomerados de processadores gráficos (do inglês: Graphics processing unit - GPU). As GPUs geralmente são bastante eficientes em aplicações que envolvem exaustivas operações de ponto flutuante. A idéia central deste projeto é a obtenção e desenvolvimento de conhecimento e técnicas que permitam a exploração do poder computacional das GPUs para fins de desenvolvimento de soluções relativamente baratas e eficientes para problemas críticos colocados no contexto dos três aspectos mencionados acima. O escopo deste projeto está diretamente relacionado com dois dos cinco grandes desa fios identificados pela Sociedade Brasileira de Computação: Modelagem Computacional de Sistemas Complexos e Impactos para a Área de Computação da Transição do Silício para Novas Tecnologias.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2011 - 2013
Integração de dados na biologia sistêmica: caracterização de fenômenos biológicos a partir de informações estruturais e funcionais
Descrição: Um problema importante na pesquisa em bioinformática é a inferência de redes de regulação gênica (GRNs) a partir de seus per fis de expressão. Em geral, as principais limitações encontradas estão relacionadas ao pequeno número de amostras disponíveis com alta dimensionalidade e ao ruído intrínseco das medidas de expressão. Em face a essas limitações, se torna evidente a necessidade do desenvolvimento de métodos alternativos para recuperar as redes gênicas de forma mais adequada e com mais precisão. Nesse contexto, este projeto de pesquisa aborda essa questão propondo a integraçãao de dados biológicos provenientes de diversas naturezas. Mais especi camente, é proposto neste projeto a formalização e desenvolvimento de metodologias para integração dessa variedade de dados biológicos disponíveis e a utilização desses dados integrados para a inferência de GRNs. A primeira etapa concentra-se na integração de informações de anotação gênica, proteoma, metaboloma, transcriptoma, estrutura e dinâmica das redes, dentre outras informações biológicas conhecidas. Em seguida, com base nas informações biológicas, desenvolver um modelo matemático para geração de um vetor de características que represente a sumarização desses dados. Outra fonte de informação a ser considerada é a estrurura topológica das redes biológicas conhecidas, as quais a princípio serão caracterizadas utilizando-se as medidas vindas da teoria de redes complexas. O escopo deste projeto está diretamente relacionado com um dos cinco grandes desa fios identificados pela Sociedade Brasileira de Computação: Modelagem Computacional de Sistemas Complexos..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2002 - 2008
Redução de dimensionalidade em identificação de redes de regulação gênica e projeto de W-operadores
Descrição: Estudo e desenvolvimento de técnicas de redução de dimensionalidade genéricas que possam tratar problemas de bioinformática com foco em identificação de redes de regulação gênica e problemas de análise e processamento de imagens com foco no projeto de operadores de janela (W-operadores) para realização de determinadas operações ou análises sobre imagens..
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.


Projetos de desenvolvimento


2009 - 2009
Zip Code
Descrição: Desenvolvimento de um sistema de resolução de imagens do tipo CAPTCHA (Completely Automated Public Turing test to tell Computers and Humans Apart) com o objetivo de automatizar buscas cadastrais.
Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento.
2009 - 2009
Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático
Descrição: Gerenciamento de projetos de software livre ligados ao projeto temático FAPESP "Modelagem por redes (grafos) e técnicas de reconhecimento de padrões: estrutura, dinâmica e aplicações".
Situação: Concluído; Natureza: Desenvolvimento.


Revisor de periódico


2010 - Atual
Periódico: Pattern Recognition
2010 - Atual
Periódico: BMC Bioinformatics
2011 - Atual
Periódico: EURASIP Journal on Bioinformatics and Systems Biology (Print)
2011 - Atual
Periódico: International Journal of Data Mining and Bioinformatics
2012 - Atual
Periódico: BMC Genomics
2013 - Atual
Periódico: Temas em Psicologia
2015 - Atual
Periódico: Network Modeling Analysis in Health Informatics and Bioinformatics
2015 - Atual
Periódico: Computers in Biology and Medicine
2018 - Atual
Periódico: Scientific Reports
2018 - Atual
Periódico: IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics


Revisor de projeto de fomento


2011 - Atual
Agência de fomento: (CNPq) Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico
2009 - Atual
Agência de fomento: (FAPESP) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Reconhecimento de Padrões.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Bioinformática.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Visão Computacional.
4.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação/Especialidade: Aprendizado Computacional.


Idiomas


Inglês
Compreende Razoavelmente, Fala Razoavelmente, Lê Bem, Escreve Bem.
Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.


Prêmios e títulos


2017
Prêmio de Excelência Acadêmica da UFABC, Pró-Reitoria de Pesquisa da UFABC.
2016
Best Oral Presentation Award, X-Meeting 2016 - 12th International Conference of the AB3C X-Meeting.
2015
Prêmio Excelência Acadêmica da UFABC, Pró-Reitoria de Pesquisa da UFABC.
2012
Best Pôster Award, ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine.
2010
Prêmio CAPES de Tese 2009 - Menção Honrosa, CAPES.
2004
Best presentation award - Fifth International Conference for the Critical Assessment of Microarray Data Analysis (CAMDA 2004), Duke University, http://www.camda.duke.edu/camda04.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:38
Total de citações:78
Fator H:5
Martins-Jr, David C  Data: 06/07/2016

SCOPUS
Total de trabalhos:38
Total de citações:102
David C Martins Jr  Data: 15/05/2015

Outras
Total de trabalhos:49
Total de citações:314
David C Martins Jr  Data: 05/07/2016

Artigos completos publicados em periódicos

1.
20MERINO, C. R. S.2017MERINO, C. R. S. ; AMARAL, L. L. ; ANTONIO, M. R. ; BARBOUR, V. ; MARTINS-JR, DAVID CORREA . Análise da rede de modo padrão em diferentes casos clínicos. Interciente, v. 3, p. 31-42, 2017.

2.
21LIMA, M. R.2017LIMA, M. R. ; MARTINS-JR, DAVID CORREA . Os Vírus e a Rede Evolutiva. Interciente, v. 3, p. 67-80, 2017.

3.
2JACOMINI, RICARDO DE SOUZA2017 JACOMINI, RICARDO DE SOUZA ; MARTINS-JR., DAVID CORREA ; SILVA, FELIPE LENO DA ; REALI COSTA, ANNA HELENA . GeNICE: A Novel Framework for Gene Network Inference by Clustering, Exhaustive Search, and Multivariate Analysis. JOURNAL OF COMPUTATIONAL BIOLOGY, v. online, p. cmb.2017.0022, 2017.

4.
1MARCHI, FABIO ALBUQUERQUE2017MARCHI, FABIO ALBUQUERQUE ; MARTINS, DAVID CORREA ; BARROS-FILHO, MATEUS CAMARGO ; KUASNE, Hellen ; BUSSO LOPES, ARIANE FIDELIS ; Brentani, Helena ; TRINDADE FILHO, JOSE CARLOS SOUZA ; GUIMARÃES, GUSTAVO CARDOSO ; FARIA, ELINEY F. ; SCAPULATEMPO-NETO, CRISTOVAM ; LOPES, ADEMAR ; ROGATTO, SILVIA REGINA . Multidimensional integrative analysis uncovers driver candidates and biomarkers in penile carcinoma. Scientific Reports, v. 7, p. 1-11, 2017.

5.
3REZENDE LIMA, WÂNIA2017REZENDE LIMA, WÂNIA ; CORREA MARTINS, DAVID ; SIMÔNIO PARREIRA, KLEBER ; SCARPELLI, PEDRO ; SANTOS DE MORAES, MIRIAM ; TOPALIS, PANTELIS ; FUMIO HASHIMOTO, RONALDO ; R. S. GARCIA, CÉLIA . Genome-wide analysis of the human malaria parasite Plasmodium falciparum transcription factor PfNF-YB shows interaction with a CCAAT motif. Oncotarget, v. 8, p. 113987-114001, 2017.

6.
6GELALETI, R.2016GELALETI, R. ; DAMASCENO, D. ; SALVADORI, D. ; CALDERON, I. ; COSTA, R. ; PICULO, F. ; MARTINS-JR, DAVID CORREA ; RUDGE, M. . Gene expression profile of whole blood cells differs in pregnant women with positive screening and negative diagnosis for gestational diabetes. BMJ Open Diabetes Research & Care, v. 4, p. e000273, 2016.

7.
5LIMA, W. R.2016LIMA, W. R. ; TESSARIN-ALMEIDA, G. ; ROZANSKI, A. ; PARREIRA, K. S. ; MORAES, M. ; MARTINS-JR, DAVID CORREA ; HASHIMOTO, Ronaldo F. ; GALANTE, P. A. F. ; GARCIA, C. R. S. . Signaling transcript profile of the asexual intraerythrocytic development cycle of Plasmodium falciparum induced by melatonin and cAMP. Genes & Cancer, p. 323-339, 2016.

8.
4CARASTAN-SANTOS, DANILO2016CARASTAN-SANTOS, DANILO ; DE CAMARGO, RAPHAEL Y. ; Martins, David C. ; SONG, SIANG W. ; ROZANTE, LUIZ C.S. . Finding exact hitting set solutions for systems biology applications using heterogeneous GPU clusters. Future Generation Computer Systems, v. 67, p. 418-429, 2016.

9.
7SIMÕES, Sérgio Nery2015SIMÕES, Sérgio Nery ; MARTINS-JR, David Corrêa ; PEREIRA, Carlos Alberto de Bragança ; HASHIMOTO, Ronaldo F. ; BRENTANI, H. . NERI: network-medicine based integrative approach for disease gene prioritization by relative importance. BMC Bioinformatics, v. 16, p. S9, 2015.

10.
9JIMENEZ, R. D.2015JIMENEZ, R. D. ; MARTINS-JR, David Corrêa ; SANTOS, Carlos S. . One genetic algorithm per gene to infer gene networks from expression data. Network Modeling Analysis in Health Informatics and Bioinformatics, v. 4, p. 1-22, 2015.

11.
8CUBAS, CARLOS FERNANDO MONTOYA2015CUBAS, CARLOS FERNANDO MONTOYA ; MARTINS-JR, DAVID CORREA ; SANTOS, CARLOS SILVA ; Barrera, Junior . Linear grouping of predictor instances to infer gene networks. Network Modeling Analysis in Health Informatics and Bioinformatics, v. 4, p. 34, 2015.

12.
10SWARNKAR, TRIPTI2015SWARNKAR, TRIPTI ; SIMÕES, SERGIO NERY ; ANURA, ANJI ; Brentani, Helena ; CHATTERJEE, JYOTIRMOY ; HASHIMOTO, RONALDO FUMIO ; MARTINS, DAVID CORREA ; MITRA, PABITRA . Identifying dense subgraphs in protein-protein interaction network for gene selection from microarray data. Network Modeling Analysis in Health Informatics and Bioinformatics, v. 4, p. 33, 2015.

13.
11Lopes, Fabrício M.2014 Lopes, Fabrício M. ; Martins, David C. ; BARRERA, Junior ; Cesar, Roberto M. . A feature selection technique for inference of graphs from their known topological properties: Revealing scale-free gene regulatory networks. Information Sciences, v. 272, p. 1-15, 2014.

14.
12Martins, David C.2013Martins, David C.; DE OLIVEIRA, EVALDO A. ; Braga-Neto, Ulisses M. ; HASHIMOTO, Ronaldo F. ; Cesar, Roberto M. . Signal propagation in Bayesian networks and its relationship with intrinsically multivariate predictive variables. Information Sciences, v. 225, p. 18-34, 2013.

15.
13F. F. Borelli2013F. F. Borelli ; R. Y. Camargo ; Martins-Jr, David C. ; L. C. S. Rozante . Gene regulatory networks inference using a multi-GPU exhaustive search algorithm. BMC Bioinformatics, v. 14, p. S5, 2013.

16.
14RIS, Marcelo2010RIS, Marcelo ; BARRERA, Junior ; MARTINS JR, David Corrêa . U-curve: A branch-and-bound optimization algorithm for U-shaped cost functions on Boolean lattices applied to the feature selection problem?. Pattern Recognition, v. 43, p. 557-568, 2010.

17.
15Lizier, Mario A.S.2009Lizier, Mario A.S. ; MARTINS JR, David Corrêa ; Cuadros-Vargas, Alex J. ; Cesar Jr., Roberto M. ; Nonato, Luis G. . Generating segmented meshes from textured color images. Journal of Visual Communication and Image Representation (Print), v. 20, p. 190-203, 2009.

18.
16Lopes, Fabricio M.2008 Lopes, Fabricio M. ; Martins, David C. ; Cesar, Roberto M. . Feature selection environment for genomic applications. BMC Bioinformatics, v. 9, p. 451, 2008.

19.
17Martins, David C.2008 Martins, David C.; Braga-Neto, Ulisses M. ; HASHIMOTO, Ronaldo F. ; Bittner, Michael L. ; Dougherty, Edward R. . Intrinsically Multivariate Predictive Genes. IEEE Journal of Selected Topics in Signal Processing, v. 2, p. 424-439, 2008.

20.
18BARRERA, Junior2007BARRERA, Junior ; Cesar, Roberto M ; Humes, Carlos ; Martins, David C ; Patrão, Diogo FC ; Silva, Paulo JS ; Brentani, Helena . A feature selection approach for identification of signature genes from SAGE data. BMC Bioinformatics, v. 8, p. 169, 2007.

21.
19Martins, David C.2006Martins, David C.; Cesar, Roberto M. ; BARRERA, Junior . W-operator window design by minimization of mean conditional entropy. Pattern Analysis and Applications (Print), v. 9, p. 139-153, 2006.

Capítulos de livros publicados
1.
Martins Jr., David Correa; Lopes, Fabricio Martins ; Ray, Shubhra Sankar . Inference of Gene Regulatory Networks by Topological Prior Information and Data Integration. In: I. V. Ivanov; X. Qian; R. Pal. (Org.). Emerging Research in the Analysis and Modeling of Gene Regulatory Networks. 1ed.Hershey, PA: IGI Global, 2016, v. , p. 1-51.

2.
Barrera, Junior ; Cesar, Roberto M. ; Martins, David C. ; VÊNCIO, Ricardo Z. N. ; Merino, Emilio F. ; Yamamoto, Márcio M. ; Leonardi, Florencia G. ; Pereira, Carlos A. de B. ; del Portillo, Hernando A. . Constructing Probabilistic Genetic Networks of Plasmodium falciparum from Dynamical Expression Signals of the Intraerythrocytic Development Cycle. In: P. McConnell; S. M. Lin; P. Hurban. (Org.). Methods of Microarray Data Analysis V. 1ed.: Springer US, 2007, v. 5, p. 11-26.

Trabalhos completos publicados em anais de congressos
1.
CARASTAN-SANTOS, DANILO ; MARTINS-JR, DAVID CORREA ; L. C. S. Rozante ; S. W. Song ; R. Y. Camargo . A Hybrid CPU-GPU-MIC Algorithm for the Hitting Set Problem. In: WSCAD, 2017, Campinas-SP. XVIII Simpósio em Sistemas Computacionais de Alto Desempenho, 2017. p. 196-207.

2.
CARASTAN-SANTOS, DANILO ; MARTINS-JR, DAVID CORREA ; ROZANTE, LUIZ CARLOS SILVA ; SONG, SIANG WUN ; CAMARGO, RAPHAEL YOKOINGAWA DE . Um algoritmo exato em Intel Xeon Phi para o Hitting Set voltado para aplicações de biologia de sistemas. In: Escola Regional de Alto Desempenho (ERAD-SP), 2016, São Paulo. Escola Regional de Alto Desempenho (ERAD-SP), 2016.

3.
JACOMINI, R. S. ; MARTINS-JR, DAVID CORREA ; SILVA, F. L. ; COSTA, A. H. R. . A Framework for Scalable Inference of Temporal Gene Regulatory Networks based on Clustering and Multivariate Analysis. In: 25th International Joint Conference on Artificial Intelligence - Advances in Bioinformatics and Artificial Intelligence: Bridiging the Gap, 2016, New York, NY. 25th International Joint Conference on Artificial Intelligence - Advances in Bioinformatics and Artificial Intelligence: Bridiging the Gap, 2016.

4.
CARASTAN-SANTOS, DANILO ; CAMARGO, RAPHAEL YOKOINGAWA DE ; MARTINS, DAVID CORREA ; SONG, SIANG WUN ; ROZANTE, LUIZ CARLOS SILVA ; BORELLI, FABRIZIO FERREIRA . A Multi-GPU Hitting Set Algorithm for GRNs Inference. In: 2015 15th IEEE/ACM International Symposium on Cluster, Cloud and Grid Computing (CCGrid), 2015, Shenzhen. 2015 15th IEEE/ACM International Symposium on Cluster, Cloud and Grid Computing. p. 313-322.

5.
FACHINI, A. R. ; MARTINS-JR, David Corrêa ; COSTA, A. H. R. . Using Ensemble Combiners to Improve Gene Regulatory Network Inference. In: International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI), 2015, Buenos Aires. International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI), 2015.

6.
F. F. Borelli ; R. Y. Camargo ; MARTINS JR, David Corrêa ; S. W. Song ; L. C. S. Rozante . Gerenciamento eficiente de memória compartilhada em GPUs para o problema da busca exaustiva. In: Escola Regional de Alto Desempenho de São Paulo, 2014, São Bernardo-SP. Escola Regional de Alto Desempenho de São Paulo, 2014.

7.
JIMENEZ, RAY DUENAS ; MARTINS, DAVID CORREA ; SANTOS, CARLOS SILVA . Gene Networks Inference through One Genetic Algorithm Per Gene. In: 2014 IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE), 2014, Boca Raton. 2014 IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering. p. 1.

8.
MONTOYA-CUBAS, CARLOS FERNANDO ; MARTINS, DAVID CORREA ; SANTOS, CARLOS SILVA ; Barrera, Junior . Gene Networks Inference through Linear Grouping of Variables. In: 2014 IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE), 2014, Boca Raton. 2014 IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering. p. 243.

9.
SWARNKAR, TRIPTI ; SIMOES, SERGIO NERY ; MARTINS, DAVID CORREA ; ANURAK, ANJI ; Brentani, Helena ; HASHIMOTO, RONALDO FUMIO ; MITRA, PABITRA . Multiview Clustering on PPI Network for Gene Selection and Enrichment from Microarray Data. In: 2014 IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE), 2014, Boca Raton. 2014 IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering. p. 15.

10.
LIMA, LEANDRO DE A. ; SIMOES, SERGIO NERY ; HASHIMOTO, RONALDO FUMIO ; JUNIOR, DAVID C. MARTINS ; Brentani, Helena ; MOTA, GUILHERME O. . Network-Based Disease Gene Prioritization by Hitting Time Analysis. In: 2014 IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE), 2014, Boca Raton. 2014 IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering. p. 9.

11.
F. F. Borelli ; R. Y. Camargo ; MARTINS JR, David Corrêa ; B. Stransky ; L. C. S. Rozante . Accelerating Gene Regulatory Networks Inference through GPU/CUDA Programming. In: 2nd IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and Medical Sciences (ICCABS), 2012, Las Vegas, NV. Computational Advances in Bio and Medical Sciences, 2012. p. 1-6.

12.
SIMÕES, Sérgio Nery ; MARTINS-JR, DAVID CORREA ; Brentani, Helena ; FUMIO, RONALDO . Shortest paths ranking methodology to identify alterations in PPI networks of complex diseases. In: ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine (ACM-BCB), 2012, Orlando. Proceedings of the ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine. New York: ACM Press, 2012. p. 561-563.

13.
LOPES, Fabrício Martins ; MARTINS JR, David Corrêa ; BARRERA, Junior ; CESAR JR, Roberto Marcondes . SFFS-MR: A Floating Search Strategy for GRNs Inference. In: 5th IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics, 2010, Nijmegen - Holanda. Lecture Notes in Bioinformatics. Berlin / Heidelberg: Springer-Verlag, 2010. v. 6282. p. 407-418.

14.
MARTINS JR, David Corrêa; de Oliveira E. A. ; LOUZADA, V. H. ; HASHIMOTO, Ronaldo F. . Inference of restricted stochastic Boolean GRN's by Bayesian error and entropy based criteria. In: 15th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (CIARP), 2010, São Paulo. Lecture Notes in Computer Science. Berlin / Heidelberg: Springer-Verlag, 2010. v. 6419. p. 144-152.

15.
MARTINS JR, David Corrêa; de Oliveira E. A. ; SILVA, P. J. S. ; HASHIMOTO, Ronaldo F. ; CESAR JR, Roberto Marcondes . Revealing temporal genetic regulatory networks from steady-state distributions. In: IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS), 2009, Minneapolis - EUA. IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics, 2009. p. 1-4.

16.
LOPES, Fabrício Martins ; MARTINS JR, David Corrêa ; CESAR JR, Roberto Marcondes . Comparative study of GRNs inference methods based on feature selection by mutual information. In: IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS), 2009, Minneapolis. IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics (GENSIPS), 2009.

17.
MARTINS JR, David Corrêa; Braga-Neto, Ulisses M. ; Bittner, Michael L. ; Dougherty, Edward R. . Network properties of intrinsically multivariate predictive genes. In: GENSIPS - International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics, 2008, Phoenix-AZ. IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics, 2008.

18.
MARTINS JR, David Corrêa; CESAR JR, Roberto Marcondes ; BARRERA, Junior . Automatic Window Design for Gray-Scale Image Processing Based on Entropy Minimization. In: X Iberoamerican Congress on Pattern Recognition, 2005, Havana - Cuba. Lecture Notes in Computer Science, 2005. v. 3773. p. 813-824.

19.
MARTINS JR, David Corrêa; CESAR JR, Roberto Marcondes ; BARRERA, Junior . Redução de Dimensionalidade Utilizando Entropia Condicional Média: Aplicações em Filtragem de Imagens e em Reconhecimento de Texturas. In: XVIII Brazilian Conference on Computer Graphics and Image Processing (SIBGRAPI), 2005, Natal. Workshop de Teses e Dissertações em Computação Gráfica e Processamento de Imagens, 2005.

20.
MARTINS JR, David Corrêa; CESAR JR, Roberto Marcondes ; BARRERA, Junior . W-operator Window Design by Maximization of Training Data Information. In: XVII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing (SIBGRAPI) - QUALIS Internacional B, 2004, Curitiba. Proc. SIBGRAPI 2004, 2004. p. 162-169.

21.
BARRERA, Junior ; CESAR JR, Roberto Marcondes ; MARTINS JR, David Corrêa ; MERINO, E. F. ; VÊNCIO, Ricardo Z. N. ; LEONARDI, Florência G. ; YAMAMOTO, Marcelo M. ; PEREIRA, Carlos Alberto de Bragança ; PORTILLO, Hernando A. . A New Annotation Tool for Malaria Based on Inference of Probabilistic Genetic Networks. In: Fifth International Conference for the Critical Assessment of Microarray Data Analysis (CAMDA, 2004, Durham-North Carolina,U.S.A.. CAMDA 2004, 2004.

22.
BARRERA, Junior ; CESAR JR, Roberto Marcondes ; DANTAS, D. O. ; MARTINS JR, David Corrêa ; TREPODE, N. W. . From Microarray Images to Biological Knowledge. In: Second Brazilian Symposium on Mathematical and Computational Biology, 2002, Rio de Janeiro. Proceedings of the Second Brazilian Symposium on Mathematical and Computational Biology, 2002. p. 209-239.

Resumos publicados em anais de congressos
1.
DURAN, A. ; DA-SILVA, F. R. S. ; FERREIRA, G. C. ; MACHADO, G. C. ; TANAKA, A. S. ; FELTRIN, A. S. ; MARTINS-JR, DAVID CORREA ; SASAKI, S. D. . Microarray profile of the pulmonary emphysema mice model treated with a kunitz-bpti serine proteinase inhibitor. In: SBBq - 47ª Reunião Anual da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular, 2018, Joinville. SBBq, 2018.

2.
MARCHI, C. E. ; PARRA, M. F. ; MARCHI, FABIO ALBUQUERQUE ; MARTINS-JR, DAVID CORREA . Genotype-phenotype association based on meta-dimensional analysis involving integration of gene expression, methylation and microRNA data. In: AB3C X-Meeting, 2018, São Pedro-SP. AB3C X-Meeting, 2018.

3.
VICENTE, A. R. ; MARTINS-JR, DAVID CORREA ; SIMÕES, Sérgio Nery . Implementation of a portable lightweight graphical interface for Network-Medicine by Relative Importance method. In: AB3C X-Meeting, 2018, São Pedro-SP. AB3C X-Meeting, 2018.

4.
FELTRIN, A. S. ; TAHIRA, A. C. ; SIMÕES, Sérgio Nery ; BRENTANI, H. ; MARTINS-JR, DAVID CORREA . Evaluation of WGCNA and NERI methods for prioritization of pathways associated to schizophrenia spectrum disorders. In: AB3C X-Meeting, 2017, São Pedro-SP. 13th International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology, 2017.

5.
ROGATTO, Silvia ; MARCHI, Fabio ; MARTINS-JR, DAVID CORREA ; BARROS-FILHO, M. C. ; KUASNE, Hellen ; BUSSO, Ariane ; TRINDADE-FILHO, J. C. S. ; SCAPULATEMPO-NETO, C. ; LOPES, A. ; BRENTANI, H. . Integrative methodology to uncover drivers candidates assessing genomic, transcriptomic, miRNA and methylation data in penile carcinoma. In: Annual Global Academic Programs Conference (GAP), 2016, Barretos-SP. GAP, 2016.

6.
MARCHI, C. E. ; MARTINS-JR, DAVID CORREA ; MARCHI, Fabio . Meta-dimensional analysis in gene network inference and gene prioritization associated to complex diseases. In: 12nd International Conference of the Brazilian Association of Bioinformatics and Computational Biology (AB3C- XMeeting), 2016, Belo Horizonte - MG. AB3C - XMeeting, 2016.

7.
CAMARGO, E. A. ; SILVA, G. N. ; MARCELLO, H. L. ; MARCONDES, J. P. C. ; MACHADO, V. F. ; MARTINS-JR, David Corrêa ; NADRUZ-JR, W. ; SCHREIBER, R. ; SALVADORI, D. . Mechanisms of In-Stent Restenosis: A Toxicogenomic In Vitro Study Using Coronary Artery Endothelial and Smooth Muscle Cells. In: Environmental and Molecular Mutagenesis (EMGS), 2015, New Orleans, LA. 48th Annual Meeting on Environmental and Molecular Mutagenesis, 2015. v. 56. p. S80-S80.

8.
LIMA, W. R. ; MARTINS-JR, DAVID CORREA ; PARREIRA, K. S. ; HASHIMOTO, Ronaldo F. ; HOLDER, T. ; GARCIA, C. R. S. . Signaling coordination of the PfNF-YB transcription factor and its target genes expression. In: American Society for Cell Biology Annual Meeting, 2013, New Orleans, LA. American Society for Cell Biology Annual Meeting, 2013.

9.
MARCHI, Fabio ; MARTINS-JR, David Corrêa ; BUSSO, Ariane ; BRENTANI, H. ; ROGATTO, Silvia . Integrative analysis of gene expression, CpG island methylation, miRNA and gene copy number in cancer. In: AACR - American Association of Cancer Research, 2013, Washington,DC. AACR, 2013.

10.
SOUZA, Cleonice C. C. ; MARTINS JR, David Corrêa ; SANTOS, Carlos S. . Inferência de redes de expressão gênica modeladas por redes Booleanas através de algoritmos genéticos. In: 3ª Escola Luso-Brasileira de Computação Evolutiva, 2012, São Carlos-SP. 3ª Escola Luso-Brasileira de Computação Evolutiva, 2012.

11.
Affonso, Luana Freitas ; MARTINS-JR, David Corrêa ; L. C. S. Rozante ; B. Stransky . Genetic regulatory networks: simulating a cell-cycle model using GINsim. In: 8th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2012, Campinas-SP. X-Meeting, 2012.

12.
MARCHI, Fabio ; MARTINS-JR, David Corrêa ; BRENTANI, H. ; KUASNE, Hellen ; BUSSO, Ariane . An integrated approach to study large-scale expression analysis, copy number alterations and epigenetic profiles in câncer. In: AACR - American Association of Cancer Research, 2012, Chicago, IL. AACR - American Association of Cancer Research, 2012.

13.
de Oliveira E. A. ; MARTINS JR, David Corrêa ; CESAR JR, Roberto Marcondes . Applying statistical tests based on entropy and Bayesian error for the gene network inference problem. In: MidSouth Computational Biology and Bioinformatics Society (MCBIOS), 2011, College Station-TX. MidSouth Computational Biology and Bioinformatics Society, 2011.

14.
MARCHI, Fabio ; MARTINS JR, David Corrêa ; BRENTANI, H. ; BUSSO, Ariane ; KUASNE, Hellen ; ROGATTO, Silvia . An Integrated approach to study expression, CNV and epigenetic alterations in cancer. In: 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C) and 3rd International Conference of the Iberoamerican Society for Bioinformatics (SolBio), 2011, Florianópolis, SC. 7th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (AB3C) and 3rd International Conference of the Iberoamerican Society for Bioinformatics (SolBio), 2011.

15.
Leandro A. Lima ; MARTINS JR, David Corrêa ; LOPES, Fabrício Martins . An Iterative Approach to Generate Small-world Networks and its Application on System Biology. In: International Workshop on Complex Networks (CompleNet), 2010, Rio de Janeiro. CCIS (Communications in Computer and Information Science), 2010.

16.
Leandro A. Lima ; MARTINS JR, David Corrêa ; LOPES, Fabrício Martins . Using small-world network topology to guide GRN inference processes. In: 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology (X-Meeting 2010), 2010, Ouro Preto - MG. 6th International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2010.

17.
BARRERA, Junior ; CESAR JR, Roberto Marcondes ; MARTINS JR, David Corrêa ; VÊNCIO, Ricardo Z. N. ; FERNANDEZ-BECERRA, C. ; PEREIRA, Carlos Alberto de Bragança ; PORTILLO, Hernando A. . Probabilistic Genetic Networks Analysis of Three Plasmodium Falciparum Strains from Dynamical Expression Signals. In: 14th International Conference on Inteligent Systems for Molecular Biology (ISMB), 2006, Fortaleza - Brasil. 2nd AB3C Conference (X-meeting), 2006.

18.
MARTINS JR, David Corrêa; CESAR JR, Roberto Marcondes ; BARRERA, Junior ; LIZIER, Mario Augusto de Souza ; NONATO, Luiz Gustavo . W-operator Window Design for Color Texture Classification. In: XIX Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing (SIBGRAPI), 2006, Manaus-AM. Proceedings of XIX Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing, 2006.

19.
BARRERA, Junior ; CESAR JR, Roberto Marcondes ; MARTINS JR, David Corrêa ; VÊNCIO, Ricardo Z. N. ; PEREIRA, Carlos Alberto de Bragança ; PORTILLO, Hernando A. . Estimation of Probabilistic Genetic Networks of Plasmodium falciparum from Dynamical Expression Signals. In: First International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology, 2005, Caxambu-MG. X-meeting - First International Conference of the AB3C, 2005. p. 58.

20.
MARTINS JR, David Corrêa; CESAR JR, Roberto Marcondes ; BARRERA, Junior ; GOLDMAN, G. . Genetic Network Architecture Identification by Conditional Entropy Analysis. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICoBiCoBi), 2003, Ribeirão Preto - SP. ICoBiCoBi, 2003.

21.
MARTINS JR, David Corrêa; BARRERA, Junior ; CESAR JR, Roberto Marcondes ; SILVA, P. J. S. ; BRENTANI, H. ; OSORIO, E. ; SOUZA, S. J. . Dimensionality Reduction for SAGE-based Gene Identification. In: International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICoBiCoBi), 2003, Ribeirão Preto - SP. ICoBiCoBi, 2003.

Apresentações de Trabalho
1.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. Gene interaction networks inference and search for complex disease biomarkers by complex networks analysis and data integration. 2018. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

2.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. Gene interaction networks inference and search for complex disease biomarkers by complex networks analysis and data integration. 2017. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

3.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. Bioinformática. 2017. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

4.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. Inferência de redes de interação gênica e busca por biomarcadores de doenças complexas via análise de redes complexas e integração de dados. 2017. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

5.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. A Hybrid CPU-GPU-MIC Algorithm for the Hitting Set Problem. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

6.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. GeNICE: A Novel Framework for Gene Network Inference by Clustering, Exhaustive Search, and Multivariate Analysis. 2017. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

7.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. A Framework for Scalable Inference of Temporal Gene Regulatory Networks based on Clustering and Multivariate Analysis. 2016. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

8.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. Gene interaction networks inference and search for complex disease biomarkers by complex networks analysis and data integration. 2016. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

9.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. Gene interaction networks inference and search for complex disease biomarkers by complex networks analysis and data integration. 2016. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

10.
JIMENEZ, R. D. ; MARTINS-JR, David Corrêa ; SANTOS, Carlos S. . Gene networks inference through one genetic algorithm per gene. 2014. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

11.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. Inference of gene regulatory networks by feature selection. 2013. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

12.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. Inferência de redes gênicas por métodos de seleção de características. 2013. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

13.
MARTINS JR, David Corrêa. Inferência de redes gênicas por métodos de seleção de características. 2013. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

14.
F. F. Borelli ; R. Y. Camargo ; MARTINS JR, David Corrêa ; B. Stransky ; L. C. S. Rozante . Accelerating Gene Regulatory Networks Inference through GPU/CUDA Programming. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

15.
MARTINS JR, David Corrêa. Inferência de Redes de Regulação Gênica por Métodos de Seleção de Características. 2011. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

16.
MARTINS JR, David Corrêa. Inference of Gene Regulatory Networks by Feature Selection. 2011. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

17.
MARTINS JR, David Corrêa. Integração de conhecimento biológico em métodos computacionais para inferência de redes regulatórias de expressão gênica (GRN). 2011. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

18.
MARTINS JR, David Corrêa. SFFS-MR: A Floating Search Strategy for GRNs Inference. 2010. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

19.
MARTINS JR, David Corrêa. Gene Regulatory Networks Inference. 2010. (Apresentação de Trabalho/Comunicação).

20.
MARTINS JR, David Corrêa. Genes de Predição Intrinsecamente Multivariada. 2009. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

21.
MARTINS JR, David Corrêa. Intrisically Multivariate Predictive Genes. 2009. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

22.
MARTINS JR, David Corrêa. Network properties of intrinsically multivariate predictive genes. 2008. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

23.
MARTINS JR, David Corrêa. W-operator Window Design for Color Texture Classification. 2006. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

24.
MARTINS JR, David Corrêa. Probabilistic Genetic Networks analysis of three Plasmodium falciparum strains from Dynamical Expression Signals. 2006. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

25.
MARTINS JR, David Corrêa. Projeto de W-operadores para Classificação de Imagens Coloridas. 2006. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

26.
MARTINS JR, David Corrêa. Redução de Dimensionalidade Utilizando Entropia Condicional Média: Aplicações em Filtragem de Imagens e em Reconhecimento de Texturas. 2005. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

27.
MARTINS JR, David Corrêa. Estimation of Probabilistic Genetic Networks of Plasmodium falciparum from Dynamical Expression Signals. 2005. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

28.
MARTINS JR, David Corrêa. Redução de dimensionalidade utilizando entropia condicional média aplicada a problemas debioinformática e de processamento de imagens. 2005. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

29.
MARTINS JR, David Corrêa. W-operator window design by maximization of training data information. 2004. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

30.
MARTINS JR, David Corrêa. Genetic network architecture identification by conditional entropy analysis. 2003. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

31.
MARTINS JR, David Corrêa. Dimensionality Reduction for SAGE-based gene identification. 2003. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

32.
BARRERA, Junior ; CESAR JR, Roberto Marcondes ; DANTAS, D. O. ; MARTINS JR, David Corrêa ; TREPODE, N. W. . From Microarray Images to Biological Knowledge. 2002. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.
LOPES, Fabrício Martins ; MARTINS JR, David Corrêa ; CESAR JR, Roberto Marcondes . DimReduction: Interactive Graphic Environment for Dimensionality Reduction. 2006.

Trabalhos técnicos
1.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. CBSF - V Congresso Brasileiro de Sistemas Fuzzy (Comitê de Programa). 2018.

2.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. BRACIS - 7th Brazilian Conference on Intelligent Systems (Comitê de Programa). 2018.

3.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. ENIAC - Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional (Comitê de Programa). 2018.

4.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. CTDIAC - Concurso de Teses e Dissertações de Inteligência Artificial e Computacional (Comitê de programa). 2018.

5.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. MIPR - 1st International Workshop on Multimedia Pragmatics (Comitê de Programa). 2018.

6.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. ICACIE - 3rd International Conference on Advanced Computing and Intelligent Engineering (Revisor de trabalhos). 2018.

7.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. WPGEC - V Workshop de Pós-Graduação em Engenharia da Computação (Comitê de Programa). 2018.

8.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. CNMAC - XXXVII Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional (Revisor de trabalhos). 2017.

9.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. BRACIS - 6th Brazilian Conference on Intelligent Systems (Comitê de Programa). 2017.

10.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. ENIAC - Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional (Comitê de Programa). 2017.

11.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. Workshop de Bioinformática da UTFPR (Revisor de trabalhos). 2017.

12.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. WPGEC - V Workshop de Pós-Graduação em Engenharia da Computação (Comitê de Programa). 2017.

13.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. SIBGRAPI - XXIX Conference on Graphics, Patterns and Images (Revisor de trabalhos). 2016.

14.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. CBSF - IV Congresso Brasileiro de Sistemas Fuzzy (Comitê de programa). 2016.

15.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. ENIAC - Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional (Comitê de programa). 2016.

16.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. CTDIAC - Concurso de Teses e Dissertações de Inteligência Artificial e Computacional (Comitê de programa). 2016.

17.
MARTINS, DAVID CORREA. WPGEC - IV Workshop de Pós-Graduação em Engenharia da Computação (Comitê de Programa). 2016.

18.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. IX Simpósio de Iniciação Científica da UFABC (Revisor de trabalhos). 2016.

19.
MARTINS-JR, David Corrêa. Brazilian Conference on Intelligent Systems (BRACIS) and Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional (ENIAC) (Comitê de programa(. 2015.

20.
MARTINS-JR, David Corrêa. III Congresso Brasileiro de Sistemas Fuzzy (Comitê de programa). 2014.

21.
MARTINS-JR, David Corrêa. Brazilian Conference on Intelligent Systems (BRACIS) and Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional (ENIAC) (Comitê de programa). 2014.

22.
MARTINS-JR, David Corrêa. 1st BRICS Countries Congress (BRICS-CCI) and 11th Brazilian Congress (CBIC) on Computational Intelligence (Revisor de trabalhos). 2013.

23.
MARTINS-JR, David Corrêa. SEMISH - 40th Seminar on Hardware and Software (Revisor de trabalhos). 2013.

24.
MARTINS-JR, David Corrêa. X Encontro Nacional de Inteligência Artificial e Computacional (ENIAC) (Comitê de programa). 2013.

25.
MARTINS-JR, David Corrêa. VI Simpósio de Iniciação Científica da UFABC (Avaliador do evento). 2013.

26.
MARTINS-JR, David Corrêa. II Congresso Brasileiro de Sistemas Fuzzy (Comitê de programa). 2012.

27.
MARTINS-JR, David Corrêa. ENIA - IX Encontro Nacional de Inteligência Artificial (Comitê de programa). 2012.

28.
MARTINS-JR, David Corrêa. Brazilian Symposium on Neural Networks (Comitê de programa). 2012.

29.
MARTINS-JR, David Corrêa. Brazilian Symposium on Bioinformatics (Revisor de trabalhos). 2011.

30.
MARTINS-JR, David Corrêa. ENIA - VIII Encontro Nacional de Inteligência Artificial (Comitê de programa). 2011.

31.
MARTINS-JR, David Corrêa. AB3C X-meeting (Revisor de trabalhos). 2010.

32.
MARTINS-JR, David Corrêa. CIARP - 15th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (Comitê de programa). 2010.

33.
MARTINS-JR, David Corrêa. SIBGRAPI - XXII Brazilian Symposium on Computar Graphics and Image Processing (Revisor de trabalhos). 2009.

34.
MARTINS-JR, David Corrêa. ICIP - IEEE International Conference on Image Processing (Revisor de trabalhos). 2009.

35.
MARTINS-JR, David Corrêa. CNMAC - 32º Congresso Nacional de Matemática Aplicada e Computacional (Revisor de trabalhos). 2009.

36.
MARTINS-JR, David Corrêa. AB3C X-meeting (Revisor de trabalhos). 2008.

37.
MARTINS-JR, David Corrêa. SIBGRAPI - XIX Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing (Revisor de trabalhos). 2006.

38.
MARTINS-JR, David Corrêa. British Machine Vision Computing (Revisor de trabalhos). 2006.

39.
MARTINS-JR, David Corrêa. SIBGRAPI - XVIII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing (Revisor de trabalhos). 2005.

Entrevistas, mesas redondas, programas e comentários na mídia
1.
MARTINS-JR, David Corrêa. The use of bioinformatics in the study of complex diseases. 2016. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

2.
MARTINS JR, David Corrêa; CESAR JR, Roberto Marcondes . Genes escolhidos. 2010. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).


Demais tipos de produção técnica


Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
MENESES, C. N.; S. W. Song; MARTINS-JR., DAVID CORREA; LONGO, H. J.. Participação em banca de Eduardo Alves de Jesus Anacleto. Reavaliação rápida em problemas de otimização quadrática binária. 2018. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

2.
LIMA, A. M.; MARTINS-JR., DAVID CORREA; SALVINI, R. L.; PARABONI, I.. Participação em banca de Bruno Sanchez de Araujo. Caracterização de etnias, sexos e faixas etárias em imagens faciais. 2018. Dissertação (Mestrado em SISTEMAS DE INFORMAÇÃO) - Universidade de São Paulo.

3.
VICENTINI, R.; NAKAYA, H.; MARTINS-JR, DAVID CORREA. Participação em banca de Guilherme Martins Crocetti. Halobacterium salinarum NRC-1: Rede de Regulação Gênica e sua análise probabilística. 2018. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

4.
MARTINS-JR, DAVID CORREA; SIMOES, A. C. Q.; TAHIRA, A. C.. Participação em banca de Christian Reis Meneguin. Seleção de características a partir da integração de dados por meio da análise de variação do número de cópias (CNVs) para associação genótipo-fenótipo de doenças complexas. 2018. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

5.
DANTAS, D. O.; FREIRE, E. O.; MACEDO, H. T.; MARTINS-JR, DAVID CORREA. Participação em banca de Marcel Oliveira Alves. ARNeuro: mobile augmented reality for craniotomy planning. 2018. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Sergipe.

6.
FRANCA, F. O.; MARTINS-JR, DAVID CORREA; PERES, S. M.. Participação em banca de Rafael Guimarães Sakurai. Neuroevolução aplicada no treinamento de redes neurais convolucionais para aprender estratégias específicas do jogo Go. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

7.
MARTINS-JR, DAVID CORREA; SIMOES, A. C. Q.; MARCHI, Fabio. Participação em banca de Carlos Eduardo Marchi. Análise meta-dimensional em inferência de redes gênicas e priorização gênica associada a doenças complexas. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

8.
HIRATA JR, R.; SANTOS, Carlos S.; MARTINS-JR, DAVID CORREA. Participação em banca de André Vinícius Lopes. Redes neurais convolucionais aplicadas ao projeto de operadores de imagens. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

9.
MEDEIROS, D. M. R.; MARTINS-JR, David Corrêa; CARVALHO, A. C. P. L. F.. Participação em banca de Charles Henrique Porto Ferreira. Seleção de atributos para classificação de textos usando técnicas baseadas em agrupamento, pos-tagging e algoritmos evolutivos. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

10.
MARTINS-JR, David Corrêa; SALUM, C. O. R.; TAHIRA, A. C.. Participação em banca de Arthur Sant'Anna Feltrin. Comparação de métodos de priorização de genes associados a transtornos do neurodesenvolvimento. 2016. Dissertação (Mestrado em Neurociência e Cognição) - Universidade Federal do ABC.

11.
LOPES, Fabrício Martins; MARTINS-JR, David Corrêa; BENITEZ, C. M. V.. Participação em banca de Leandro Takeshi Hattori. Inferência de redes de regulação gênica utilizando métodos de busca e otimização. 2016. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica e Informática Industrial) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná.

12.
DUARTE, M.; SORIANO, D. C.; MARTINS-JR, David Corrêa. Participação em banca de João Oscar Mesquita Silva Oda. Classificação e agrupamento de atividades motoras a partir da sequência de ativações articulares monotônicas. 2016. Dissertação (Mestrado em Engenharia Biomédica) - Universidade Federal do ABC.

13.
MENESES, C. N.; MARTINS-JR, DAVID CORREA; SANTOS, M. O.. Participação em banca de Nelson Gonçalves de Oliveira. O problema da confecção da escala de trabalho para os profissionais da enfermagem no Brasil. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

14.
MENESES, C. N.; MARTINS-JR, DAVID CORREA; TOLEDO, F. M. B.. Participação em banca de Erick Skorupa Parolin. Asynchronous teams for solving the loading and routing auto-carrier problem. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

15.
CAMPELLO, R. J. G. B.; FACELI, K.; MOREIRA, D. A.; MARTINS-JR, DAVID CORREA. Participação em banca de Victor Alexandre Padilha. Avaliação sistemática de técnicas de bi-agrupamento de dados. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação e Matemática Computacional) - Universidade de São Paulo.

16.
MARTINS, DAVID CORREA; HASHIMOTO, Ronaldo F.; SATO, J. R.. Participação em banca de Alan Rafael Fachini. Avaliação de métodos de inferência de redes de regulação gênica. 2016. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.

17.
BARROS, L. N.; HASHIMOTO, Ronaldo F.; MARTINS-JR, DAVID CORREA. Participação em banca de Fabio Alexandre Campos Tisovec. Intervenção em redes de regulação gênica modelada como um processo de decisão markoviano fatorado e impreciso. 2016. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

18.
COSTA, A. H. R.; KIM, H. Y.; MARTINS JR, David Corrêa. Participação em banca de Felipe Leno da Silva. Automated bee species identification through wing images. 2015. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.

19.
FUJITA, André; MARTINS JR, David Corrêa; SATO, J. R.. Participação em banca de Suzana de Siqueira Santos. Análise de redes biológicas: estudo comparativo de medidas de dependência e uma ferramenta computacional para discriminar grafos. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciências da Computação) - Universidade de São Paulo.

20.
L. C. S. Rozante; R. Y. Camargo; ADI, S. S.; S. W. Song; MARTINS JR, David Corrêa. Participação em banca de Danilo Carastan dos Santos. Um algoritmo exato em clusters de GPUs para o Hitting Set aplicado à inferência de redes de regulação gênica. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

21.
R. Y. Camargo; MARTINS-JR, David Corrêa; FAZENDA, A. L.. Participação em banca de Luis Felipe Sant'Ana. Balanceamento de carga dinâmico em aglomerados de GPUs. 2015. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

22.
FUJITA, André; TAKAHASHI, D. Y.; MARTINS-JR, David Corrêa. Participação em banca de Eduardo Cocca Padovani. Caracterização da estrutura e dinâmica das redes funcionais neurais durante um processo de indução anestésica. 2015. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

23.
MARTINS-JR, DAVID CORREA; A C Lorena; SANTOS, Carlos S.. Participação em banca de Ray Dueñas Jimenez. Algoritmos genéticos em inferência de redes gênicas. 2014. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

24.
MARTINS-JR, DAVID CORREA; BARRERA, Junior; SANTOS, Carlos S.. Participação em banca de Carlos Fernando Montoya Cubas. Seleção de características em inferência de redes de interação gênica a partir de conjuntos reduzidos de amostras. 2014. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

25.
MARTINS JR, David Corrêa; HIRATA JR, R.; SANTOS, Carlos S.. Participação em banca de Renato Stoffalette João. Projeto de operadores de imagens binárias usando combinação de classificadores. 2014. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

26.
MARTINS-JR, DAVID CORREA; THOMAZ, Carlos Eduardo; ZANA, Yossi. Participação em banca de Marcel Jesus Dias. Sistema de detecção remota de sonolência em motoristas: uma solução móvel. 2013. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

27.
VÊNCIO, Ricardo Z. N.; REIS, Eduardo Morais Rego; MARTINS JR, David Corrêa. Participação em banca de Bruna Renata Silva Correa. Análise computacional do genoma e transcritoma de Plasmodium vivax: contribuições da bioinformática para o estudo da malária. 2012. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Faculdade de Filosofia, Ciências e Letras de Ribeirão Preto.

Teses de doutorado
1.
FUJITA, André; MARTINS-JR, DAVID CORREA; IAMBARTSEV, A.; RODRIGUES-NETO, A. C.; SILVA, T. H.. Participação em banca de Gabriela Eleutério Soares. Testes estatísticos semi paramétricos para discriminação de grafos. 2018. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

2.
DURHAM, A. M.; FUMIO HASHIMOTO, RONALDO; MARTINS-JR, DAVID CORREA; KASHIWABARA, A. Y.; PAPPAS-JR, G. J.. Participação em banca de Igor Bonadio. Algoritmos eficientes para análise de campos aleatórios condicionais semi-markovianos e sua aplicação em sequências genômicas. 2018. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

3.
HASHIMOTO, Ronaldo F.; BARRERA, Junior; RIS, Marcelo; MARTINS-JR, DAVID CORREA; BRAGA-NETO, ULISSES M.. Participação em banca de Joel Edu Sanchez Castro. Seleção de modelos para o aprendizado de hipóteses booleanas. 2018. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

4.
FUJITA, André; HASHIMOTO, Ronaldo F.; R. Y. Camargo; MARTINS-JR, DAVID CORREA; SIMÕES, Sérgio Nery. Participação em banca de Gustavo Pinto Vilela. Causalidade de Granger entre grafos no domínio da frequência. 2017. Tese (Doutorado em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

5.
MARTINS-JR, DAVID CORREA; LOPES, T. T.; LOPES, Fabrício Martins; HASHIMOTO, Ronaldo F.; L. C. S. Rozante. Participação em banca de Ricardo de Souza Jacomini. Inferência de redes gênicas por agrupamento, busca exaustiva e análise de predição intrinsecamente multivariada. 2017. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.

6.
COLLEONI, G. W. B.; MAIOLINO, A.; AZEVEDO, H. F. Z.; JASIULIONIS, M. G.; MARTINS-JR., DAVID CORREA. Participação em banca de Rodrigo Carlini Fernando. Caracterização imunofenotípica, do perfil de expressão gênica e funcional de células-tronco mesenquimais derivadas de medula óssea de pacientes com mieloma múltiplo. 2017. Tese (Doutorado em Medicina (Hematologia)) - Universidade Federal de São Paulo.

7.
COSTA, L. F.; MORANDIN-JR, O.; MARTINS-JR, David Corrêa; LOTUFO, R. A.; RUGGIERO, C. A.. Participação em banca de Cesar Henrique Comin. Estudo da relação estrutura-dinâmica em redes modulares. 2016. Tese (Doutorado em Física) - Universidade de São Paulo.

8.
LOPES, Fabrício Martins; CRISTINO, A. S.; ARMELIN, H. A.; BARRERA, Junior; MARTINS-JR, David Corrêa. Participação em banca de Fabio Fernandes da Rocha Vicente. Integração de dados na inferência de redes gênicas: avaliação de informações biológicas e características topológicas. 2016. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

9.
RODRIGUES, P. S. S.; THOMAZ, Carlos Eduardo; TONIDANDEL, F.; MARTINS JR, David Corrêa; GIRALDI, G. A.. Participação em banca de Celso Denis Gallão. Definição da função q-gaussiana bidimensional com aplicações em processamento digital de imagens. 2016. Tese (Doutorado em Doutorado em Engenharia Elétrica) - Faculdade de Engenharia Industrial.

10.
CARRETTIERO, D. C.; MARTINS JR, David Corrêa; ECHEVERRY, M. B.; FERRARI, M. F. R.; MUNHOZ, C. D.. Participação em banca de Fernando Enrique Santiago. BAG2 is repressed by NF-kB signaling, and its overexpression is sufficient to shift AB 1-42 from neurotrophic to neurotoxic undifferentiated SH-SY5Y neuroblastoma. 2015. Tese (Doutorado em Neurociência e Cognição) - Universidade Federal do ABC.

11.
COSTA, L. F.; AGUIAR, M. A. M.; LOPES, A. A.; FERREIRA, C. P.; MARTINS-JR, DAVID CORREA. Participação em banca de Filipi Nascimento Silva. Dimensão e simetria em redes complexas: uma abordagem multiescala. 2015. Tese (Doutorado em Fisica (Sc)) - Universidade de São Paulo.

12.
ROGATTO, Silvia; Reis, P. P.; HASHIMOTO, Ronaldo F.; REIS, Eduardo Morais Rego; MARTINS JR, David Corrêa. Participação em banca de Fabio Albuquerque Marchi. Metodologia para integração de dados genômicos, transcriptômicos e epigenéticos de câncer de pênis. 2014. Tese (Doutorado em Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística -USP.

13.
HASHIMOTO, Ronaldo F.; FUJITA, André; MONTE, Júlio C. M.; MARTINS JR, David Corrêa; LOPES, Fabrício Martins. Participação em banca de Carlos Henrique Aguena Higa. Inferência de redes de regulação gênica utilizando o paradigma de crescimento de sementes. 2012. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística -USP.

14.
BARRERA, Junior; LAGO, A. P.; FERREIRA, Carlos Eduardo; YANASSE, Horacio Hideki; MARTINS JR, David Corrêa. Participação em banca de Marcelo da Silva Reis. Minimização de funções decomponíveis em curvas em U definidas sobre cadeias de posets - algoritmos e aplicações. 2012. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística -USP.

15.
CESAR JR, Roberto Marcondes; MARTINS JR, David Corrêa; REIS, Eduardo Morais Rego; BRENTANI, H.; BARRERA, Junior. Participação em banca de Fabrício Martins Lopes. Redes complexas de expressão gênica: síntese, identificação, análise e aplicações. 2011. Tese (Doutorado em Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística -USP.

Qualificações de Doutorado
1.
MARTINS-JR., DAVID CORREA; BARRERA, Junior; SANTOS, CARLOS SILVA. Participação em banca de Carlos Fernando Montoya Cubas. Agrupamento de instâncias em classes de equivalência para lidar com o problema da dimensionalidade em inferência de redes gênicas. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

2.
SILVA, M. C. C.; MARTINS-JR, DAVID CORREA; COSTA, N. S.. Participação em banca de Livia de Moraes Bomediano. Estudo da interação da terapia a laser de baixa intensidade com o foto aceptor citocromo e oxidase e estudo evolutivo e estrutural da subunidade COX5B. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Biossistemas) - Universidade Federal do ABC.

3.
HASHIMOTO, Ronaldo F.; MARTINS-JR, DAVID CORREA; NAKAYA, H.. Participação em banca de Raphael Naves. Priorização de SNPs para classificação de transtornos complexos. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Ciencia da Computacao) - Universidade de São Paulo.

4.
MARTINS-JR, David Corrêa; ASBAHR, F. R.; LOTUFO-NETO, F.. Participação em banca de Bianca Cristina Garcia Lisboa. Estudos de redes de co-expressão gênica do cortico-estriatal (estudo post-mortem) de indivíduos portadores de TOC e controles. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Psiquiatria) - Universidade de São Paulo.

5.
MARTINS-JR, DAVID CORREA; RIZATTI, E. G.; PORCIONATO, M.. Participação em banca de Rodrigo Carlini Fernando. Caracterização imunofenotípica do perfil de expressão gênica e funcional de células tronco mesenquimais derivadas de medula óssea de pacientes com mieloma múltiplo. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Medicina (Hematologia)) - Universidade Federal de São Paulo.

6.
R. Y. Camargo; MARTINS JR, David Corrêa; BIAZOLI JR, C. E.. Participação em banca de Walter Hugo Lopez Pinaya. Desenvolvimento de Deep Belief Networks voltadas para o suporte ao diagnóstico de transtornos psiquiátricos. 2015. Exame de qualificação (Doutorando em Neurociência e Cognição) - Universidade Federal do ABC.

7.
FUJITA, André; MARIE, S. K. N.; MARTINS-JR, David Corrêa. Participação em banca de Leandro Araújo de Lima. Uma abordagem integrativa usando dados de interação proteína-proteína e estudos genéticos para priorizar genes e funções biológicas em transtorno de déficit de atenção e hiperatividade. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística -USP.

8.
ECHEVERRY, M. B.; MARTINS JR, David Corrêa; GALVAO, A. C. S. S.. Participação em banca de Fernando Enrique Santiago. A novel mechanism of Alzheimer's disease neurodegeneration: BAG2, AB1-42 toxicity and NF-kB signaling. 2014. Exame de qualificação (Doutorando em Neurociência e Cognição) - Universidade Federal do ABC.

9.
HASHIMOTO, Ronaldo F.; MARTINS JR, David Corrêa; VÊNCIO, Ricardo Z. N.. Participação em banca de Carlos Henrique Aguena Higa. Inferência de Redes de Regulação Gênica utilizando o paradigma de crescimento de semente. 2010. Exame de qualificação (Doutorando em Ciência da Computação) - Instituto de Matemática e Estatística -USP.

10.
HASHIMOTO, Ronaldo F.; BRENTANI, H.; MARTINS JR, David Corrêa. Participação em banca de Fabrício Martins Lopes. Redes complexas de expressão gênica: síntese, identificação, análise e aplicações. 2009. Exame de qualificação (Doutorando em Doutorado em Bioinformática) - Instituto de Matemática e Estatística -USP.

Qualificações de Mestrado
1.
ZAMPIROLLI, F. A.; MARTINS-JR, DAVID CORREA; SANTOS, CARLOS SILVA. Participação em banca de Fabio Rezende de Souza. Módulo linguístico de sistemas de síntese de fala baseados em arquiteturas de redes neurais. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

2.
SANTANA, V. F.; MARTINS-JR, DAVID CORREA; BRAGA, J. C.. Participação em banca de Leandro Marega Ferreira Otani. Indoor mobile marketing recommendation based on interaction log analysis. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

3.
MEDEIROS, D. M. R.; MARTINS-JR, DAVID CORREA; MENA-CHALCO, J. P.. Participação em banca de Clarissa Simoyama David. Utilização de agrupamento fuzzy para detecção de termos que revelem estruturas implícitas em bases de dados textuais. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

4.
SILVA, F. J. F.; PANAZIO, A. O. N.; MARTINS-JR, DAVID CORREA. Participação em banca de Guilherme Garcia Horta. Aprendizado de máquina na classificação automática entre controles saudáveis, pacientes com trauma cranioencefálico e doença de Alzheimer. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC.

5.
MENESES, C. N.; S. W. Song; MARTINS-JR, DAVID CORREA. Participação em banca de Eduardo Alves de Jesus Anacleto. Avaliação rápida em problemas de otimização binária. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

6.
FAVERO, P. B.; SAMPAIO, M.; MARTINS-JR, DAVID CORREA. Participação em banca de Ricardo Okada Kobayashi. Uso de técnicas de mineração de dados para melhorar critérios de escolhas na tomada de decisão em problemas de localização no varejo. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Engenharia da Informação) - Universidade Federal do ABC.

7.
Martins-Jr, David C.; L. C. S. Rozante; TAHIRA, A. C.. Participação em banca de Christian Reis Meneguin. Seleção de características a partir da integração de dados por meio da análise de variação do número de cópias (CNVs) para associação genótipo-fenótipo de doenças complexas. 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

8.
MARTINS-JR, David Corrêa; SIMOES, A. C. Q.; L. C. S. Rozante. Participação em banca de Carlos Eduardo Marchi. Análise Metadimensional em inferência de redes gênicas e priorização gênica associada a doenças complexas. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

9.
FRANCA, F. O.; MEDEIROS, D. M. R.; MARTINS-JR, DAVID CORREA. Participação em banca de Cassia de Souza Carvalho. Criação de um modelo explícito para sistemas de recomendação. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

10.
LIMA, A. M.; SALVINI, R. L.; MARTINS, DAVID CORREA. Participação em banca de Bruno Sanchez de Araujo. Representação de emoções faciais em diferentes etnias, gêneros e faixas etárias. 2016. Exame de qualificação (Mestrando em SISTEMAS DE INFORMAÇÃO) - Universidade de São Paulo.

11.
COSTA, A. H. R.; MARTINS JR, David Corrêa; ARIAS, M. C.. Participação em banca de Alan Rafael Fachini. Avaliação de métodos de inferência de redes de regulação gênica. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo.

12.
MARTINS JR, David Corrêa; FACELI, K.; CAMPELLO, R. J. G. B.. Participação em banca de Victor Alexandre Padilha. Avaliação Sistemática de Técnicas de Bi-Agrupamento de Dados. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Ciências da Computação e Matemática Computacional) - Universidade de São Paulo.

13.
MENESES, C. N.; BALAN, A. G. R.; MARTINS-JR, David Corrêa. Participação em banca de Erick Skorupa Parolin. Times assíncronos para resolução do problema de carga e roteamento de caminhões-cegonha. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

14.
MENESES, C. N.; BALAN, A. G. R.; MARTINS-JR, David Corrêa. Participação em banca de Nelson Gonçalves de Oliveira. O problema da confecção da escala de trabalho para os profissionais de enfermagem no Brasil. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

15.
MEDEIROS, D. M. R.; FRANCA, F. O.; MARTINS-JR, David Corrêa. Participação em banca de Charles Henrique Porto Ferreira. Seleção de Atributos para Classificação de Textos usando Técnicas Baseadas em Agrupamento, PoS Tagging e Algoritmos Evolutivos. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

16.
PEREIRA, A. C.; HASHIMOTO, Ronaldo F.; MARTINS JR, David Corrêa. Participação em banca de Walkiria Karla Resende. Aprendizado de máquina aplicado à classificação de doenças psiquiátricas na infância. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Bioinformática) - Universidade de São Paulo.

17.
M. B. Reyes; S. W. Song; MARTINS-JR, DAVID CORREA. Participação em banca de Saeed Shariati. A solver for sets of linear system for neural network simulations in CUDA. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Neurociência e Cognição) - Universidade Federal do ABC.

18.
R. Y. Camargo; MARTINS JR, David Corrêa; S. W. Song. Participação em banca de Luis Felipe Sant'Ana. Balanceamento de carga dinâmico em aglomerados de GPUs. 2014. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

19.
MARTINS-JR, DAVID CORREA; FRANCA, F. O.; L. C. S. Rozante. Participação em banca de Ray Dueñas Jimenez. Algoritmos genéticos em inferência de redes gênicas. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

20.
MARTINS-JR, DAVID CORREA; SIMOES, A. C. Q.; L. C. S. Rozante. Participação em banca de Carlos Fernando Montoya Cubas. Seleção de características em inferência de redes de interação gênica a partir de conjuntos reduzidos de amostras. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

21.
SANTOS, Carlos S.; MARTINS-JR, DAVID CORREA; ZAMPIROLLI, F. A.. Participação em banca de Renato Stoffalette João. Projeto de Operadores de Imagens Binárias com Aprendizado de Máquina. 2013. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

22.
MARTINS JR, David Corrêa; L. C. S. Rozante; S. W. Song. Participação em banca de Cleber Silva Ferreira da Luz. Uma solução paralela para o problema da subsequência máxima em GPU. 2012. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

23.
ZANA, Yossi; NOMA, Alexandre; MARTINS JR, David Corrêa. Participação em banca de Marcel Jesus Dias. Sistema de detecção remota de sonolência em motoristas: Uma solução portátil. 2012. Exame de qualificação (Mestrando em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
DANTAS, D. O.; MONTESCO, C. A. E.; MARTINS JR, David Corrêa. Participação em banca de Davy Oliveira Barros Sousa.Rastreamento de células em imagens de microscopia confocal. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciência da Computação) - Universidade Federal de Sergipe.

2.
MARTINS JR, David Corrêa; SIMOES, A. C. Q.; TIBA, P. A.. Participação em banca de Esaú Sirius Ventura Pupo.Um banco de dados da história da neurociência. 2015. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do ABC.

3.
VÊNCIO, Ricardo Z. N.; BRENTANI, H.; MARTINS JR, David Corrêa. Participação em banca de Fábio Filocomo.Seleção de atributos para detecção de status tumoral em pacientes do Hospital A.C. Camargo. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP.

4.
ITALIANO, Isabel C.; MARTINS JR, David Corrêa; ARAUJO, Luciano V.. Participação em banca de Caue Rodergas Alvarez.Utilização de Indicadores para o Gerenciamento de um Ambiente de Data Warehouse. 2010. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado em Matemática Aplicada e Computacional) - Instituto de Matemática e Estatística -USP.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
MARTINS-JR, DAVID CORREA; SCHULZE, B. R.; MIYAZAWA, F. K.; QUILES, M. G.; CAMPELLO, R. J. G. B.; CONCEICAO, A. F.. Concurso de Professor Adjunto A da Área de Ciência da Computação. 2014. Universidade Federal de São Paulo.

2.
MARTINS, Wellington Santos; LEE, Orlando; MARTINS JR, David Corrêa. Carreira de Magistério Superior na Classe de Professor Assistente, Ciência da Computação / Teoria da Computação / Análise de Algoritmos e Complexidades de Computação - FACOM. 2012. Universidade Federal de Mato Grosso do Sul.

Outras participações
1.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. PIPE FAPESP 2018 - 3º Ciclo. 2018. Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.

2.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. PIPE FAPESP 2018 - 1º Ciclo. 2018. Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.

3.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. PIPE FAPESP 2016 - 2º Ciclo. 2016. Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
2º Encontro Paulista de Pós-Graduandos em Computação (EPPC). 2018. (Encontro).

2.
AB3C X-Meeting. Gene interaction networks inference and search for complex disease biomarkers by complex networks analysis and data integration. 2018. (Congresso).

3.
Forum da Pós-Graduação em Ciência da Computação - CSBC. 2018. (Congresso).

4.
1º Encontro Paulista de Pós-Graduandos em Computação. 2017. (Encontro).

5.
2nd Brazilian Computer Science Graduate Seminar. 2017. (Encontro).

6.
AB3C X-Meeting. Evaluation of WGCNA and NERI methods for prioritization of pathways associated to schizophrenia spectrum disorders. 2017. (Congresso).

7.
AB3C X-Meeting. GeNICE: A Novel Framework for Gene Network Inference by Clustering, Exhaustive Search, and Multivariate Analysis. 2017. (Congresso).

8.
Forum da Pós-Graduação em Ciência da Computação - CSBC. 2017. (Congresso).

9.
Workshop de Bioinformática da UTFPR.Inferência de redes de interação gênica e busca por biomarcadores de doenças complexas via análise de redes complexas e integração de dados. 2017. (Oficina).

10.
Workshop de eScience.Gene interaction networks inference and search for complex disease biomarkers by complex networks analysis and data integration. 2017. (Oficina).

11.
WSCAD.A Hybrid CPU-GPU-MIC Algorithm for the Hitting Set Problem. 2017. (Simpósio).

12.
XVII Semana Acadêmica da Biomedicina Metodista.Bioinformática. 2017. (Simpósio).

13.
25th International Joint Conference on Artificial Intelligence - Advances in Bioinformatics and Artificial Intelligence: Bridiging the Gap.A Framework for Scalable Inference of Temporal Gene Regulatory Networks based on Clustering and Multivariate Analysis. 2016. (Oficina).

14.
FAPESP Week Michigan-Ohio.Gene interaction networks inference and search for complex disease biomarkers by complex networks analysis and data integration. 2016. (Simpósio).

15.
4th China-Brazil Conference on Scientific Computing. Gene regulatory networks inference by feature selection. 2015. (Congresso).

16.
14th IEEE International Conference of Bioinformatics and Bioengineering (BIBE 2014). Gene networks inference through one genetic algorithm per gene. 2014. (Congresso).

17.
Genomics in the Clinic Conference Series. 2013. (Congresso).

18.
Intercâmbio Indo-Brasileiro com o Indian Institute of Technology.Inference of gene regulatory networks by feature selection. 2013. (Encontro).

19.
I Simpósio da Pós-Graduação da Universidade Federal do ABC.Inferência de redes gênicas por métodos de seleção de características. 2013. (Simpósio).

20.
Latin American eScience Workshop "Turning Data into Insight". 2013. (Oficina).

21.
2nd IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and Medical Sciences (ICCABS). Accelerating Gene Regulatory Networks Inference through GPU/CUDA Programming. 2012. (Congresso).

22.
Bioinformática e as Perspectivas para a Próxima Década.Integração de conhecimento biológico em métodos computacionais para inferência de redes regulatórias de expressão gênica (GRN). 2011. (Seminário).

23.
Bioinformatics to understand studies in genomics course. 2011. (Outra).

24.
Microsoft Research Faculty Summit - Latin American Faculty Summit. 2011. (Oficina).

25.
Microsoft Research-FAPESP Institute Workshop: Revisiting the Past and Planning the Future. 2011. (Oficina).

26.
MidSouth Computational Biology and Bioinformatics Society Conference (MCBIOS). 2011. (Congresso).

27.
15th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (CIARP). 2010. (Congresso).

28.
5th IAPR International Conference on Pattern Recognition in Bioinformatics. SFFS-MR: A Floating Search Strategy for GRNs Inference. 2010. (Congresso).

29.
BIOEN FAPESP Workshop on Synthetic Biology. 2010. (Oficina).

30.
II Seminários Avançados em Tecnologia de Microarrays e Next Generation Sequencing - Hospital Israelita Albert Einstein. 2010. (Seminário).

31.
Intercâmbio Indo-Brasileiro com o Indian Statistical Institute.Gene Regulatory Networks Inference. 2010. (Encontro).

32.
Latin American Faculty Summit 2010 - Microsoft Research. 2010. (Encontro).

33.
Workshop in Bioinformatics and Algorithms. 2010. (Oficina).

34.
II Mostra de Projetos Computacionais da UFABC.II Mostra de Projetos Computacionais da UFABC. 2009. (Oficina).

35.
Workshop STIC AmSud.Intrinsically Multivariate Predictive Genes. 2009. (Oficina).

36.
Workshop STIC-AmSud.Gene regulatory networks inference. 2009. (Oficina).

37.
IEEE International Workshop on Genomic Signal Processing and Statistics - GENSIPS. Network properties of intrinsically multivariate predictive genes. 2008. (Congresso).

38.
14th International Conference on Inteligent Systems for Molecular Biology (ISMB). Probabilistic Genetic Networks Analysis of Three Plasmodium Falciparum Strains from Dynamical Expression Signals. 2006. (Congresso).

39.
Aplicação Interdisciplinar das Entropias da Informação. 2006. (Seminário).

40.
II Simpósio de Iniciação Científica e Pós-Graduação do IME-USP.Projeto de W-operadores para Classificação de Imagens Coloridas. 2006. (Simpósio).

41.
XIX Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing (SIBGRAPI). W-operator Window Design for Color Texture Classification. 2006. (Congresso).

42.
First International Conference of the Brazilian Association for Bioinformatics and Computational Biology. {Estimation of Probabilistic Genetic Networks of Plasmodium falciparum from Dynamical Expression Signals. 2005. (Congresso).

43.
I Simpósio de Iniciação Científica e Pós-Graduação do IME-USP.Redução de Dimensionalidade Utilizando Entropia Condicional Média Aplicada a Problemas de Bioinformática e Processamento de Imagens. 2005. (Simpósio).

44.
XVIII Brazilian Conference on Computer Graphics and Image Processing (SIBGRAPI). Redução de Dimensionalidade Utilizando Entropia Condicional Média: Aplicações em Filtragem de Imagens e em Reconhecimento de Texturas. 2005. (Congresso).

45.
XVII Brazilian Symposium on Computer Graphics and Image Processing (SIBGRAPI). W-operator window design by maximization of training data information. 2004. (Congresso).

46.
International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICoBiCoBi). Dimensionality Reduction for SAGE-based gene identification. 2003. (Congresso).

47.
International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICoBiCoBi). Genetic Network Architecture Identification by Conditional Entropy Analysis. 2003. (Congresso).

48.
Second Brazilian Symposium on Mathematical and Computational Biology.From Microarray Images to Biological Knowledge. 2002. (Simpósio).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
BOTELHO, W. T. ; MARTINS-JR, DAVID CORREA . I Workshop Interdisciplinar dos Laboratórios de Computação de São Bernardo do Campo. 2018. (Congresso).

2.
MARTINS-JR, DAVID CORREA; SANTOS, Carlos S. ; GONCALVES, B. N. . Workshop de eScience. 2017. (Congresso).

3.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. Brazil-China Workshop of Computational Modeling and Simulation. 2017. (Congresso).

4.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. III Congresso de Matemática Aplicada do Sudeste (CMAC-SE). 2015. (Congresso).

5.
MARTINS-JR, DAVID CORREA. 10th IEEE International Conference on e-Science. 2014. (Congresso).

6.
MARTINS JR, David Corrêa. 15th Iberoamerican Congress on Pattern Recognition (CIARP). 2010. (Congresso).

7.
MARTINS JR, David Corrêa. ICoBiCoBi - International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2003. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
Leonardo Andrade Castro. Integração de variações em número de cópias a um método baseado nas hipóteses da medicina de redes para a priorização de genes do transtorno do espectro autista. Início: 2018. Dissertação (Mestrado em Neurociência e Cognição) - Universidade Federal do ABC. (Orientador).

2.
Ewerton Carlos de Araujo Assis. Inferência de redes Booleanas probabilísticas sensíveis ao contexto. Início: 2018. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
Anderson Gonçalves Marco. Inferência de redes gênicas e análise de suas dinâmicas via arquiteturas computacionais de alto desempenho. Início: 2018. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC. (Orientador).

2.
Arthur Sant'Anna Feltrin. Integração de dados biológicos para associação a fenótipos presentes em transtornos do espectro autista (TEA). Início: 2016. Tese (Doutorado em Neurociência e Cognição) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

3.
Carlos Fernando Montoya Cubas. Agrupamento de instâncias em classes de equivalência para lidar com o problema da dimensionalidade em inferência de redes gênicas. Início: 2015. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Orientador).

4.
Danilo Carastan Santos. Escalonamento Dinâmico de Múltiplos Pipelines Científicos em Aglomerados Heterogêneos. Início: 2015. Tese (Doutorado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. (Coorientador).

Trabalho de conclusão de curso de graduação
1.
Marcos Freitas Parra. Técnicas de Análise Diferencial e Validação estatística para algoritmos de priorização gênica baseados em integração de dados de expressão, metilação e microRNA. Início: 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Bacharelado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC. (Orientador).

Orientações de outra natureza
1.
Filipe do Carmo Baradelli. Desenvolvimento, elaboração e implantação de projetos de informatização na Atec Comércio Importação e Representação Ltda. Início: 2016. Orientação de outra natureza. Universidade Federal do ABC. (Orientador).

2.
Anna Beatriz de Oliveira Costa. Orientação de estágio na IBM. Início: 2016. Orientação de outra natureza. Universidade Federal do ABC. (Orientador).

3.
Marcelo Zlotnik. Orientação de estágio na Mendelics. Início: 2016. Orientação de outra natureza. Universidade Federal do ABC. (Orientador).

4.
Luiz Victor Castro de Miranda Portasio. Orientação de estágio. Início: 2016. Orientação de outra natureza. Universidade Federal do ABC. (Orientador).

5.
Vitor Gustavo Ramos Alves Ferreira. Orientação de estágio na Roche. Início: 2016. Orientação de outra natureza. Universidade Federal do ABC. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
Christian Reis Meneguin. Seleção de características a partir da integração de dados por meio da análise de variação do número de cópias (CNVs) para associação genótipo-fenótipo de doenças complexas. 2018. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: David Corrêa Martins Junior.

2.
Carlos Eduardo Marchi. Análise meta-dimensional em inferência de redes gênicas e priorização gênica associada a doenças complexas. 2017. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: David Corrêa Martins Junior.

3.
Arthur Sant'Anna Feltrin. Comparação de métodos de priorização de genes associados a transtornos do neurodesenvolvimento. 2016. Dissertação (Mestrado em Neurociência e Cognição) - Universidade Federal do ABC, Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo. Orientador: David Corrêa Martins Junior.

4.
Alan Rafael Fachini. Avaliação de métodos de inferência de redes de regulação gênica. 2016. Dissertação (Mestrado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo, . Coorientador: David Corrêa Martins Junior.

5.
Carlos Fernando Montoya Cubas. Seleção de características em inferência de redes de interação gênica a partir de conjuntos reduzidos de amostras. 2014. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: David Corrêa Martins Junior.

6.
Ray Dueñas Jimenez. Algoritmos genéticos em inferência de redes gênicas. 2014. Dissertação (Mestrado em Ciência da Computação) - Universidade Federal do ABC, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: David Corrêa Martins Junior.

Tese de doutorado
1.
Ricardo de Souza Jacomini. Inferência de redes gênicas por agrupamento, busca exaustiva e análise de predição intrinsecamente multivariada. 2017. Tese (Doutorado em Engenharia Elétrica) - Universidade de São Paulo, Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior. Orientador: David Corrêa Martins Junior.

Iniciação científica
1.
Ivan Assolant Vencato. Integração de dados em biologia sistêmica. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Bacharelado em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC. Orientador: David Corrêa Martins Junior.

Orientações de outra natureza
1.
Miguel Mira Fonseca. Orientação de estágio na 2M Comunicações LTDA. e Epp.. 2017. Orientação de outra natureza. (Bacharelado em Ciência e Tecnologia) - Universidade Federal do ABC. Orientador: David Corrêa Martins Junior.

2.
Bruno Oshiro Kobashigawa. Estágio na empresa Itaú Unibanco S.A.. 2015. Orientação de outra natureza - Universidade Federal do ABC. Orientador: David Corrêa Martins Junior.

3.
Rodrigo da Silva Ferreira. Estágio no Banco Barclays S/A. 2012. Orientação de outra natureza - Universidade Federal do ABC. Orientador: David Corrêa Martins Junior.

4.
Fernando Henrique da Silva. Estágio na empresa Mauricio Morettini. 2011. Orientação de outra natureza - Universidade Federal do ABC. Orientador: David Corrêa Martins Junior.



Educação e Popularização de C & T



Entrevistas, mesas redondas, programas e comentários na mídia
1.
MARTINS JR, David Corrêa; CESAR JR, Roberto Marcondes . Genes escolhidos. 2010. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).

2.
MARTINS-JR, David Corrêa. The use of bioinformatics in the study of complex diseases. 2016. (Programa de rádio ou TV/Entrevista).



Outras informações relevantes


Auxílos obtidos de projetos de pesquisa

Jan/2011-Dez/2013: Simulação de Sistemas Biológicos Utilizando GPUs
CNPq - proc 559955/2010-3 (Montante recebido: R$ 96.096,30)


Auxílios para participação de reunião científica ou tecnológica recebidos:

Jul/2016:Participação no 25th International Joint Conference on Artificial Intelligence - Advances in Bioinformatics and Artificial Intelligence: Bridging the Gap (IJCAI-BAI 2016)
FAPESP - proc. 2016/11515-0 (Montante recebido: R$ 9.945,00)

Mar/2016: Participação no FAPESP Week Michigan-Ohio 2016.
FAPESP (Montante recebido: R$ 7.734,70)

Nov/2014: Participação no 14th IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering (BIBE)
FAPESP - proc. 2014/21050-9 (Montante recebido: R$ 7.796,50)

Set/2010: Participação no 5th IAPR Pattern Recognition in Bioinformatics (PRIB)
FAPESP - proc. 2010/10885-1 (Montante recebido: R$ 2832,00 + US$ 1826,72)


Bolsas de estudo recebidas:
Set/2002-Ago/2004: Bolsa de mestrado (FAPESP - proc. 02/04611-0)
Out/2004-Nov/2004: Bolsa de doutorado (CAPES)
Dez/2004-Dez/2006: Bolsa de doutorado (FAPESP - proc. 04/03967-0)
Jan/2007-Dez/2007: Bolsa de doutorado sanduíche no exterior (CAPES - proc. BEX/3696-065)
Jan/2008-Set/2008: Bolsa de doutorado (FAPESP - proc. 04/03967-0)
Abr/2009-Ago/2009: Bolsa de treinamento técnico V (FAPESP - proc. 08/10882-2)



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