Jorge Estefano Santana de Souza

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  • Última atualização do currículo em 08/05/2018


Possui graduação em Ciência da Computação pela Universidade de Santo Amaro (2001). Doutorado em Bioinformática pela Universidade de São Paulo (2008). Atuou na área de Bioinformática no Ludwig Institute for Cancer Research (2001-2012). Atualmente é professor adjunto no Instituto Metrópole Digital (IMD/UFRN), Tem experiência na área de Genética com ênfase em Bioinformática e Genômica, atuando principalmente nos seguintes temas: Câncer, Biologia Molecular, Genômica e Transcriptômica. (Texto informado pelo autor)


Identificação


Nome
Jorge Estefano Santana de Souza
Nome em citações bibliográficas
De Souza, J. E. S.;Souza, JES;Souza, J.E. de;de Souza, Jorge E;de Souza, J. E., JE De Souza;Souza, Jorge Estefano Santana de;Souza, Jorge Estefano Santana;Santana de Souza, Jorge Estefano;SOUZA, JORGE ESTEFANO S.;DE SOUZA, JORGE E. S.;SOUZA, JORGE E;SOUZA, JORGE E.;DE SOUZA, JORGE ESTEFANO SANTANA;SOUZA, JORGE E. S.;DE SOUZA, JORGE E.S.;E.S. DE SOUZA, JORGE;DE SOUZA, JORGE ESTEFANO;DE SOUZA, JORGE E.;DE SOUZA, JORGE

Endereço


Endereço Profissional
Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Instituto Metrópole Digital.
Avenida Odilon Gomes de Lima, 1722
Capim Macio
59078400 - Natal, RN - Brasil
Telefone: (84) 997085398


Formação acadêmica/titulação


2002 - 2008
Doutorado em Bioinformatica.
Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Título: Identificação in-silico de genes humanos submetidos à expressão alélica diferencial, Ano de obtenção: 2008.
Orientador: Sandro José de Souza.
Bolsista do(a): Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior, CAPES, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas
Grande Área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformatica.
1998 - 2001
Graduação em Ciência da Computação.
Universidade de Santo Amaro, UNISA, Brasil.
Bolsista do(a): Instituto butanta, INTITUTO BUTANTA, Brasil.


Pós-doutorado


2009 - 2011
Pós-Doutorado.
Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer, ILPC, Brasil.
Grande área: Ciências Biológicas


Atuação Profissional



A.C. Camargo Cancer Center/ACCCC/FAP, CIPE, Brasil.
Vínculo institucional

2014 - 2014
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador


Universidade Federal do Rio Grande do Norte, UFRN, Brasil.
Vínculo institucional

2014 - Atual
Vínculo: Servidor Público, Enquadramento Funcional: Professor Adjunto, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.


Universidade Federal do Pará, UFPA, Brasil.
Vínculo institucional

2014 - Atual
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador


Universidade de São Paulo, USP, Brasil.
Vínculo institucional

2013 - 2014
Vínculo: , Enquadramento Funcional: Especialista em Bioinformática, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.


Instituto de Bioinformática e Biotecnologia, I2BIO, Brasil.
Vínculo institucional

2012 - 2014
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador


Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, FUNDHERP, Brasil.
Vínculo institucional

2012 - 2013
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Pesquisador


Recepta Biopharma S.A., RB, Brasil.
Vínculo institucional

2007 - 2012
Vínculo: Analista/Desenvolvedor, Enquadramento Funcional: Analista/Desenvolvedor em Bioinformática, Carga horária: 12


Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, AB3C, Brasil.
Vínculo institucional

2007 - 2009
Vínculo: Analista de Sistemas e Desenvo, Enquadramento Funcional: Analista de Sistemas e Desenvolvedor WEB, Carga horária: 6


Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer, ILPC, Brasil.
Vínculo institucional

2011 - 2012
Vínculo: Pesquisador Junior., Enquadramento Funcional: Pesquisador Junior., Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2007 - 2011
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Desen. Colaborador em Bioinformática, Carga horária: 10

Vínculo institucional

2006 - 2007
Vínculo: técnico, Enquadramento Funcional: técnico de bioinformática, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.

Vínculo institucional

2001 - 2002
Vínculo: tecnico, Enquadramento Funcional: tecnico de bioinformatica, Carga horária: 40, Regime: Dedicação exclusiva.
Outras informações
09/2000 a 09/2001 - bolsista

Atividades

09/2001 - 10/2002
Serviços técnicos especializados , Instituto Ludwig de Pesquisa sobre o Câncer, .

Serviço realizado
Bioinformatica.

Universidade de Santo Amaro, UNISA, Brasil.
Vínculo institucional

2000 - 2001
Vínculo: Colaborador, Enquadramento Funcional: Tecnico de Bioinformatica, Carga horária: 40

Vínculo institucional

2000 - 2000
Vínculo: Bolsista, Enquadramento Funcional: tecnico, Carga horária: 30

Atividades

02/2000 - 12/2000
Estágios , Centro de Ciências Exatas e Tecnológicas, .

Estágio realizado
tecnico - suporte.


Projetos de pesquisa


2018 - Atual
Integração de dados e desenvolvimento de métricas para análise de fatores de transcrição
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2018 - Atual
Oncologia de precisão utilizando banco de dados
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2017 - Atual
O Câncer de Próstata no Rio Grande do Norte: Análise Epidemiológica e Genômica Comparativa utilizando Banco de Dados
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2016 - Atual
Calculadora de risco para câncer hereditário
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2015 - Atual
Desenvolvimento de interfaces para analise de expressão gênica
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2015 - Atual
REDE DE PESQUISA EM GENÔMICA POPULACIONAL HUMANA
Descrição: O projeto Rede de pesquisa em genômica populacional humana , propõe o desenvolvimento de uma rede de biologia computacional baseado no estudo do genoma de populações humanas da Amazônia, obtidos por meio de plataforma NGS (Sequenciamento Nova Geração). Este permitirá: uma melhor compreensão da variabilidade genética de populações tradicionais da região Amazônica; o estudo da variabilidade dos sítios de ligação de fatores transcricionais humanos; o conhecimento de mecanismos envolvidos no câncer gástrico; e o desenvolvimento de sistemas inteligentes (área computacional) aplicados à descoberta de padrões biológicos.
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
ASPECTOS MOLECULARES ENVOLVIDOS NO RISCO, DESENVOLVIMENTO E PROGRESSÃO DO CARCINOMA DUCTAL DE MAMA: Busca de Novos Genes de Susceptibilidade e Investigação da Progressão do Carcinoma in situ e do Papel da Mutação em BRCA1 no Tumor Triplo Negativo
Descrição: Essa proposta engloba aspectos moleculares de risco, de desenvolvimento e progressão do câncer de mama (CaM) usando sequenciamento de próxima geração como abordagem principal. Mutação nos genes de susceptibilidade, BRCA1/BRCA2, é um dos principais fatores de risco associados com o desenvolvimento de CaM. A identificação da causa genética que induz ao risco de desenvolver CaM é crucial para as mulheres serem adequadamente assistidas e inseridas dentro de programas de rastreamento adequados e adoção de medidas preventivas....
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2014 - Atual
Biologia Sistêmica do Câncer
Descrição: Descrição: Rede de pesquisa, extensão e ensino financiada pela Capes. Para maiores detalhes, ver http://neuro.ufrn.br/bsc..
Situação: Em andamento; Natureza: Pesquisa.
2009 - 2013
EMU - Aquisição de uma plataforma de alta perfomance para análises computacionais aplicadas a medicina
Descrição: A proposta visa a aquisição e estabelecimento de uma plataforma de alta-performance voltada para análises computacionais aplicados à medicina, com ênfase em genômica. A disponibilidade de diversos seqüenciadores de nova-geração tem produzido um grande volume de dados e há um evidente gargalo na capacidade de processamento e análise computacional dos dados gerados. Para a solução deste problema, um dos requisitos fundamentais é o investimento em uma infra-estrutura computacional que propicie tanto computação de alto desempenho como alta capacidade e confiabilidade de armazenamento de dados. Os grupos envolvidos nessa proposta tem muita experiência com dados de sequenciamento e estão (e estiveram) diretamente envolvidos em vários projetos na área de genômica. Os dados provenientes das plataformas genômicas vem também sendo usados em diversas análises incluindo, desenho de drogas e modelagem de sistemas biológicos. A plataforma aqui proposta visa também auxiliar projetos nessas áreas de conhecimento. Esperamos que a plataforma venha a ter um significativo impacto nos projetos dos grupos envolvidos. A proposta engloba também a execução de dois cursos sobre processamento e análise de dados genômicos, abertos à comunidade interessada.
Situação: Concluído; Natureza: Pesquisa.


Projetos de extensão


2018 - Atual
Encontros de Arte e Tecnologia: Uma colaboração entre a UFRN e a UNICAMP na produção de eventos multimodais
Situação: Em andamento; Natureza: Extensão.
2018 - Atual
bINFO IV ? Seminários de Bioinformática.
Situação: Em andamento; Natureza: Extensão.
2018 - Atual
Ópera Interativa ?Terracota?: uma colaboração entre a UFRN e a UNICAMP na produção de um espetáculo musical multimodal
Situação: Em andamento; Natureza: Extensão.
2017 - 2017
Seminário em Bioinformática UFRN-UFPA: Aplicações Profissionais da Bioinformática
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2017 - 2017
9th IUPAP International Conference on Biological Physics - Systems Biology Satellite
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2017 - 2017
bINFO III ? Seminários de Bioinformática
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2017 - 2017
I Workshop em Bioinformática
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2017 - 2017
Aconselhamento genético para pacientes com câncer familial/hereditário
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2016 - 2016
I Workshop em Bioinformática
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2016 - 2016
SB-Meeting 2016 - From algorithms to disease: Translational research in bioinformatics and systems biology
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2016 - 2016
O IMD na Cientec 2016: Uma Interação entre Ensino, Pesquisa e Inovação.
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2016 - 2016
bINFO II ? Seminários de Bioinformática
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2016 - 2016
I Simpósio Norte-nordeste de bioinformática.
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2016 - 2016
"Câncer: Conhecer para Prevenir" - uma exposição científico-cultural
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2015 - 2015
O IMD na CIENTEC
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2015 - 2015
bINFO ? Seminários de Bioinformática.
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2014 - 2014
Biologia Sistêmica do Câncer
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
2013 - 2013
Escola de estudos avançados em Genômica. (Tema: Decodificando o DNA não codificante).
Descrição: O objetivo principal deste projeto foi a criação de uma Escola de Estudos Avançados em Genômica, para abordar todos os aspectos relacionados com a análise da estrutura e função de Genomas com ênfase na formação de recursos humanos em bioinformática. Nesta primeira edição vamos usar dados gerados pelos consórcios internacionais ENCODE (The Encyclopedia of DNA Elements) e TCGA (The Cancer Genome Atlas). Ambos projetos publicaram recentemente o mapa funcional e estrutural, respectivamente, de vários genomas tumorais. Tais resultados abrem novas perspectivas para o tratamento e cura do câncer. Atualmente a bioinformática tem ganhado destaque nas pesquisas biomédicas com o surgimento dos novos sequenciadores em larga escala que facilitaram e tornaram mais exatos os achados científicos do padrão global de metilação do DNA, mutações pontuais e estruturais do genoma, além de ter tornado factível a o desenvolvimento da medicina genômica personalizada. Com o conhecimento das características genômicas de cada pessoa, hoje é possível usar tais informações para predizer o risco de doenças de base genética. Apesar do pouco tempo de aplicação dessas novas tecnologias, já foi produzido um volume gigantesco de dados sobre a complexidade funcional do genoma humano. Esse cenário, aliado ao surgimento de novas tecnologias e métodos inovadores em ínfimos intervalos de tempo, demanda cada vez mais a criação de cursos, grupos de estudos e oficinas científicas visando a formação de recursos humanos especializados na análise integrada de sistemas biológicos complexos. É neste sentido que propomos criação de uma escola de estudos avançados em genômica funcional. Esperamos que os resultados desta iniciativa sejam de grande valia para a disseminação da expertise necessária para o avanço da ciência e tecnologia no país..
Situação: Concluído; Natureza: Extensão.
Alunos envolvidos: Graduação: (0) / Especialização: (0) / Mestrado acadêmico: (12) / Doutorado: (10) .
Integrantes: Jorge Estefano Santana de Souza - Coordenador / Wilson Araújo da Silva Junior - Integrante / Guilherme Corrêa de Oliveira - Integrante / Daniel Guariz Pinheiro - Integrante / Alberto Kornblihtt - Integrante / José Miguel Ortega - Integrante / Maria Dulcetti Vibranovski - Integrante.Financiador(es): Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico - Auxílio financeiro.


Revisor de periódico


2009 - 2011
Periódico: Genetics and Molecular Biology
2011 - 2013
Periódico: Plos One
2013 - 2013
Periódico: Brazilian Journal of Medical and Biological Research


Áreas de atuação


1.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Bioinformatica.
2.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Metodologia e Técnicas da Computação.
3.
Grande área: Ciências Exatas e da Terra / Área: Ciência da Computação / Subárea: Sistemas de Computação.
4.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genética Humana e Médica.
5.
Grande área: Ciências Biológicas / Área: Genética / Subárea: Genômica.


Idiomas


Português
Compreende Bem, Fala Bem, Lê Bem, Escreve Bem.
Inglês
Compreende Razoavelmente, Fala Pouco, Lê Razoavelmente, Escreve Razoavelmente.
Espanhol
Compreende Pouco, Fala Pouco, Lê Pouco, Escreve Pouco.


Produções



Produção bibliográfica
Citações

Web of Science
Total de trabalhos:31
Total de citações:415
Fator H:10
souza, J. E. S.  Data: 01/05/2018

SCOPUS
Total de trabalhos:31
Total de citações:493
de Souza J. E. S.  Data: 01/04/2018

Artigos completos publicados em periódicos

1.
TORREZAN, GIOVANA T.2018TORREZAN, GIOVANA T. ; DE ALMEIDA, FERNANDA G. DOS SANTOS R. ; FIGUEIREDO, MÁRCIA C. P. ; BARROS, BRUNA D. DE FIGUEIREDO ; DE PAULA, CLÁUDIA A. A. ; VALIERIS, RENAN ; DE SOUZA, JORGE E. S. ; RAMALHO, RODRIGO F. ; DA SILVA, FELIPE C. C. ; FERREIRA, ELISA N. ; DE NÓBREGA, AMANDA F. ; FELICIO, PAULA S. ; ACHATZ, MARIA I. ; de Souza, Sandro J. ; PALMERO, EDENIR I. ; CARRARO, DIRCE M. . Complex Landscape of Germline Variants in Brazilian Patients With Hereditary and Early Onset Breast Cancer. Frontiers in Genetics, v. 9, p. 161, 2018.

2.
DA SILVA, VANDECLECIO2017DA SILVA, VANDECLECIO ; FONSECA, ANDRÉ ; FONSECA, MARBELLA ; DA SILVA, THAYNA ; COELHO, ANA ; KROLL, JOSÉ ; DE SOUZA, JORGE ; STRANSKY, BEATRIZ ; DE SOUZA, GUSTAVO ; DE SOUZA, SANDRO . Genome-wide identification of cancer/testis genes and their association with prognosis in a pan-cancer analysis. Oncotarget, v. -, p. -, 2017.

3.
PUTNAM, CHRISTOPHER D.2016PUTNAM, CHRISTOPHER D. ; SRIVATSAN, ANJANA ; NENE, RAHUL V. ; MARTINEZ, SANDRA L. ; CLOTFELTER, SARAH P. ; BELL, SARA N. ; SOMACH, STEVEN B. ; E.S. DE SOUZA, JORGE ; FONSECA, ANDRÉ F. ; de Souza, Sandro J. ; KOLODNER, RICHARD D. . A genetic network that suppresses genome rearrangements in Saccharomyces cerevisiae and contains defects in cancers. Nature Communications, v. 7, p. 11256, 2016.

4.
SILVA, CLÁUDIA REGINA SANTOS2016SILVA, CLÁUDIA REGINA SANTOS ; BISELLI-PÉRICO, JOICE MATOS ; ZAMPIERI, BRUNA LANCIA ; SILVA, WILSON ARAUJO ; DE SOUZA, JORGE ESTEFANO SANTANA ; BÜRGER, MATHEUS CARVALHO ; GOLONI-BERTOLLO, ENY MARIA ; PAVARINO, ÉRIKA CRISTINA . Differential Expression of Inflammation-Related Genes in Children with Down Syndrome. Mediators of Inflammation (Print), v. 2016, p. 1-8, 2016.

5.
FERREIRA, ELISA NAPOLITANO2016FERREIRA, ELISA NAPOLITANO ; BARROS, BRUNA DURÃES FIGUEIREDO ; DE SOUZA, JORGE ESTEFANO ; ALMEIDA, RENAN VALIERIS ; TORREZAN, GIOVANA TARDIN ; GARCIA, SHEILA ; KREPISCHI, ANA CRISTINA VICTORINO ; MELLO, CELSO ABDON LOPES DE ; CUNHA, ISABELA WERNECK DA ; PINTO, CLÓVIS ANTONIO LOPES ; SOARES, FERNANDO AUGUSTO ; DIAS-NETO, EMMANUEL ; LOPES, ADEMAR ; DE SOUZA, SANDRO JOSÉ ; CARRARO, DIRCE MARIA . A genomic case study of desmoplastic small round cell tumor: comprehensive analysis reveals insights into potential therapeutic targets and development of a monitoring tool for a rare and aggressive disease. Human Genomics, v. 10, p. 10-36, 2016.

6.
FONSECA, ANDRÉ L.2016FONSECA, ANDRÉ L. ; DA SILVA, VANDECLÉCIO L. ; DA FONSÊCA, MARBELLA M. ; MEIRA, ISABELLA T. J. ; DA SILVA, THAYNÁ E. ; KROLL, JOSÉ E. ; RIBEIRO-DOS-SANTOS, ANDRÉ M. ; FREITAS, CLÉBER R. ; FURTADO, RAIMUNDO ; DE SOUZA, JORGE E. ; STRANSKY, BEATRIZ ; de Souza, Sandro J. . Bioinformatics Analysis of the Human Surfaceome Reveals New Targets for a Variety of Tumor Types. International Journal of Genomics, v. 2016, p. 1-7, 2016.

7.
DE ARAUJO, LUIZA F.2015DE ARAUJO, LUIZA F. ; FONSECA, ALINE S. ; MUYS, BRUNA R ; PLAÇA, JESSICA R. ; BUENO, RAFAELA B. L. ; LORENZI, JULIO C. C. ; SANTOS, ANEMARI R. D. ; MOLFETTA, GREICE A. ; ZANETTE, DALILA L. ; SOUZA, JORGE E. S. ; VALENTE, VALERIA ; SILVA, WILSON A. . Mitochondrial genome instability in colorectal adenoma and adenocarcinoma. Tumor Biology, v. 36, p. 1423-0380, 2015.

8.
RIBEIRO-DOS-SANTOS, ANDRÉ M.2015RIBEIRO-DOS-SANTOS, ANDRÉ M. ; DA SILVA, VANDECLÉCIO L. ; DE SOUZA, JORGE E.S. ; de Souza, Sandro J. . Populational landscape of INDELs affecting transcription factor-binding sites in humans. BMC Genomics, v. 16, p. 536, 2015.

9.
DE SOUZA, JORGE E. S.2014DE SOUZA, JORGE E. S.; FONSECA, ANDRÉ F. ; VALIERIS, RENAN ; CARRARO, DIRCE M. ; WANG, JEAN Y. J. ; KOLODNER, RICHARD D. ; de Souza, Sandro J. . S-Score: A Scoring System for the Identification and Prioritization of Predicted Cancer Genes. Plos One, v. 9, p. e94147, 2014.

10.
ZAMPIERI, BRUNA LANCIA2014ZAMPIERI, BRUNA LANCIA ; BISELLI-PÉRICO, JOICE MATOS ; DE SOUZA, JORGE ESTEFANO SANTANA ; BÜRGER, MATHEUS CARVALHO ; SILVA JÚNIOR, WILSON ARAÚJO ; GOLONI-BERTOLLO, ENY MARIA ; PAVARINO, ÉRIKA CRISTINA . Altered Expression of Immune-Related Genes in Children with Down Syndrome. Plos One, v. 9, p. e107218, 2014.

11.
BORGES, ALEXANDRE S.2013BORGES, ALEXANDRE S. ; BARBOSA, JOSÉ D. ; RESENDE, LUIZ ANTÔNIO L. ; MOTA, LÍGIA S.L.S. ; AMORIM, ROGÉRIO M. ; CARVALHO, THAÍS L. ; GARCIA, JOSÉ F. ; OLIVEIRA-FILHO, JOSÉ P. ; OLIVEIRA, CARLOS M.C. ; SOUZA, JORGE ESTEFANO S. ; WINAND, NENA J. . Clinical and molecular study of a new form of hereditary myotonia in Murrah water buffalo. Neuromuscular Disorders, v. 23, p. 206-213, 2013.

12.
ALVES, CLEIDSON PÁDUA2013ALVES, CLEIDSON PÁDUA ; FONSECA, ALINE SIMONETI ; MUYS, BRUNA RODRIGUES ; DE BARROS E LIMA BUENO, RAFAELA ; BÜRGER, MATHEUS CARVALHO ; DE SOUZA, JORGE E. S. ; VALENTE, VALERIA ; ZAGO, MARCO ANTONIO ; SILVA, WILSON ARAÚJO . The lincRNA Hotair is required for epithelial-to-mesenchymal transition and stemness maintenance of cancer cells lines. Stem Cells (Dayton, Ohio), v. Epub, p. n/a-n/a, 2013.

13.
RAMALHO, RODRIGO F.2013RAMALHO, RODRIGO F. ; GELFMAN, SAHAR ; SOUZA, JORGE E. ; AST, GIL ; SOUZA, SANDRO J. ; MEYER, DIOGO . Testing for Natural Selection in Human Exonic Splicing Regulators Associated with Evolutionary Rate Shifts. Journal of Molecular Evolution, v. 76, p. 228-239, 2013.

14.
DA CUNHA, JÚLIA PINHEIRO CHAGAS2013DA CUNHA, JÚLIA PINHEIRO CHAGAS ; GALANTE, PEDRO ALEXANDRE FAVORETTO ; DE SOUZA, JORGE ESTEFANO SANTANA ; PIEPRZYK, MARTIN ; CARRARO, DIRCE MARIA ; OLD, LLOYD J. ; Camargo, Anamaria Aranha ; DE SOUZA, SANDRO JOSÉ . The Human Cell Surfaceome of Breast Tumors. BioMed Research International, v. 2013, p. 1-11, 2013.

15.
RIBEIRO-DOS-SANTOS, ANDRÉ M.2013RIBEIRO-DOS-SANTOS, ANDRÉ M. ; DE SOUZA, JORGE ESTEFANO SANTANA ; ALMEIDA, RENAN ; ALENCAR, DAYSE O. ; BARBOSA, MARIA SILVANIRA ; GUSMÃO, LEONOR ; SILVA, WILSON A. ; de Souza, Sandro J. ; SILVA, ARTUR ; RIBEIRO-DOS-SANTOS, ÂNDREA ; DARNET, SYLVAIN ; SANTOS, SIDNEY . High-Throughput Sequencing of a South American Amerindian. Plos One, v. 8, p. e83340, 2013.

16.
Soares, Ibere Cauduro2012Soares, Ibere Cauduro ; Simões, Kleber ; Santana de Souza, Jorge Estefano ; Keith Okamoto, Oswaldo ; Wakamatsu, Alda ; Carolina Tuma, Maria ; Ritter, Gerd ; Ferreira Alves, Venancio Avancini . In Silico Analysis and Immunohistochemical Characterization of NaPi2b Protein Expression in Ovarian Carcinoma With Monoclonal Antibody Mx35. Applied Immunohistochemistry & Molecular Morphology (Print), v. 20, p. 165-172, 2012.

17.
De Souza, J. E. S.;Souza, JES;Souza, J.E. de;de Souza, Jorge E;de Souza, J. E., JE De Souza;Souza, Jorge Estefano Santana de;Souza, Jorge Estefano Santana;Santana de Souza, Jorge Estefano;SOUZA, JORGE ESTEFANO S.;DE SOUZA, JORGE E. S.;SOUZA, JORGE E;SOUZA, JORGE E.;DE SOUZA, JORGE ESTEFANO SANTANA;SOUZA, JORGE E. S.;DE SOUZA, JORGE E.S.;E.S. DE SOUZA, JORGE;DE SOUZA, JORGE ESTEFANO;DE SOUZA, JORGE E.;DE SOUZA, JORGE2012De Souza, J. E. S.; Galante, P A ; VALIERIS, R. ; da Cunha, J. P. C. ; Ohno-Machado, L. ; Old, L. J. ; de Souza SJ ; de Souza, Sandro J. . SurfaceomeDB: a cancer-orientated database for genes encoding cell curface proteins. Cancer Immunity, v. 12, p. 15, 2012.

18.
Vidal, D. O2011Vidal, D. O ; de Souza, J. E. ; Pires, L. C. ; Masotti, C ; Salim, A. C. M. ; Costa, M. C. F. ; Galante, P. A. F. ; Souza, S.J. de ; Camargo, A. A. . Analysis of allelic differential expression in the human genome using allele-specific serial analysis of gene expression tags. Genome (Ottawa. Print), v. 54, p. 120-127, 2011.

19.
Rodini, Carolina Oliveira2011Rodini, Carolina Oliveira ; Suzuki, Daniela Emi ; Saba-Silva, Najsla ; Cappellano, Andréa ; Souza, Jorge Estefano Santana ; Cavalheiro, Sérgio ; Toledo, Silvia Regina Caminada ; Okamoto, Oswaldo Keith . Expression analysis of stem cell-related genes reveal OCT4 as a predictor of poor clinical outcome in medulloblastoma. Journal of Neuro-Oncology, v. 1, p. 1-9, 2011.

20.
Galante, P. A. F.2011Galante, P. A. F. Parmigiani, R. B. Zhao, Q. Caballero, O. L. de Souza, J. E. Navarro, F. C. P. Gerber, A. L. Nicolas, M. F. Salim, A. C. M. Silva, A. P. M. Edsall, L. Devalle, S. Almeida, L. G. Ye, Z. Kuan, S. Pinheiro, D. G. Tojal, I. Pedigoni, R. G. de Sousa, R. G. M. A. Oliveira, T. Y. K. de Paula, M. G. Ohno-Machado, L. Kirkness, E. F. Levy, S. da Silva, W. A. , et al.Vasconcelos, A. T. R. Ren, B. Zago, M. A. Strausberg, R. L. Simpson, A. J. G. de Souza, S. J. Camargo, A. A. ; Distinct patterns of somatic alterations in a lymphoblastoid and a tumor genome derived from the same individual. Nucleic Acids Research, v. 39, p. 6056-6068, 2011.

21.
De Souza, J. E. S.2011De Souza, J. E. S.; Ramalho, R. F. ; Galante, P. A. F. ; Meyer, D. ; de Souza, S. J. . Alternative splicing and genetic diversity: silencers are more frequently modified by SNVs associated with alternative exon/intron borders. Nucleic Acids Research, v. 39, p. 4942-4948, 2011.

22.
Ferreira, Elisa N2010Ferreira, Elisa N ; Rangel, Maria CR ; Galante, Pedro F ; de Souza, Jorge E ; Molina, Gustavo C ; de Souza, Sandro J ; Carraro, Dirce M . Alternative splicing enriched cDNA libraries identify breast cancer-associated transcripts. BMC Genomics, v. 11, p. S4, 2010.

23.
Moreira de Mello, Joana Carvalho2010Moreira de Mello, Joana Carvalho ; Araújo, Érica Sara Souza de ; Stabellini, Raquel ; Fraga, Ana Maria ; Souza, Jorge Estefano Santana de ; Sumita, Denilce R. ; Camargo, Anamaria A. ; Pereira, Lygia V. . Random X Inactivation and Extensive Mosaicism in Human Placenta Revealed by Analysis of Allele-Specific Gene Expression along the X Chromosome. Plos One, v. 5, p. e10947, 2010.

24.
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D.O. Vidal ; P.A.F. Galante ; L.C. Pires. ; Souza, J.E. de ; A.A. Carmago ; Souza, S.J. de . High-throughput identification and gene expression analysis of novel antisense transcripts using MPSS. In: 2st International Conference of the AB3C ?X-meeting?, 2006, Fortaleza. 2st International Conference of the AB3C ?X-meeting?, 2006.

49.
Souza, J.E. de; O.M. Chaim ; P.A.F. Galante ; Silva, A. P. M. ; Souza, S.J. de ; A.A. Carmago . Identification of novel imprinted genes using allele-specific SAGE and MPSS tags. In: 1st International Conference of the AB3C ?X-meeting?, 2005, Caxambu. 1st International Conference of the AB3C ?X-meeting?, 2005.

50.
Souza, J.E. de; N.J. Sakabe ; Souza, S.J. de . Study of the correlation of ESEs disrupted by SNPs and alternative splicing. In: 2st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004, Angra dos Reis. 2st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2004.

51.
F. Prosdocimi, ; G.C. Cerqueira ; L.P. Camargo ; CAMARGO, F. ; A.C.M Junqueira ; R.G.M. Ferreira ; Á.V.F. Flatschart ; A.F. Silva ; A.N. dos Reis ; A.C.F. dos Santos ; A.N. Júnior ; CL. Wust ; E. Binneck ; J.L. Kessedjian ; J.H. Petretski ; R.P. Lima ; R.M. Pereira ; S. Jardim ; V.S. Sampaio ; Souza, J.E. de ; A.T. Vasconcelos ; H. Brentani ; A.A. Carmago . Candidate genes for the late onset Alzheimer disease in human chromosome 10. In: 1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto. 1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003.

52.
Souza, J.E. de; N.J. Sakabe ; J. Barrera ; Souza, S.J. de . A large-scale study of SNPs in regulatory elements of alternative splicing and their possible association to human diseases. In: 1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003, Ribeirão Preto. 1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology, 2003.

Apresentações de Trabalho
1.
Souza, JES. Interfaces em Bioinformática. 2018. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

2.
De Souza, J. E. S.. Integração de dados na identificação de variantes patogênicas. 2018. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

3.
Souza, JES. Ferramentas para análises de dados de RNA-seq. 2018. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

4.
De Souza, J. E. S.. Bioinformática - Conceitos Básicos e Aplicados. 2017. (Apresentação de Trabalho/Outra).

5.
Souza, JES. Desenvolvimento de aplicativos para Bioinformática. 2017. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

6.
Souza, JES. Aplicações em Bioinformática. 2017. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

7.
de Souza, J. E.. Oncogenômica na era do Big Data. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

8.
de Souza, J. E.. Bioinformática aplicada ao câncer. 2016. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

9.
DE SOUZA, JORGE E. S.. Análise de mutações em exoma. 2016. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

10.
De Souza, J. E. S.. Análise de mirnoma. 2016. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

11.
De Souza, J. E. S.. Análise de RNAseq. 2016. (Apresentação de Trabalho/Simpósio).

12.
de Souza, J. E.. Análise de mutações em exoma. 2015. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

13.
de Souza, J. E.. Hands-on RNAseq. 2015. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

14.
De Souza, J. E. S.. Análises de formas alternativas de splicing. 2014. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

15.
de Souza, J. E.. Análises de RNA-seq: Do dado bruto à expressão diferencial. 2013. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

16.
Souza, JES. Fundamentos Computacionais Para a Bioinformática. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

17.
De Souza, J. E. S.. Tutorial RNA-seq. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

18.
De Souza, J. E. S.. Bioscope and Torque for analysis of SOLiD reads. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

19.
Souza, JES. Bioinformática. 2012. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

20.
de Souza, J. E.. Plataforma de alta-performance computacional aplicada na analise de Splicing alternativo e diversidade genética. 2011. (Apresentação de Trabalho/Congresso).

21.
De Souza, J. E. S.. Introdução ao splicing alternaivo. 2011. (Apresentação de Trabalho/Conferência ou palestra).

22.
Souza, J.E. de. Identificação de Genes submetidos a Imprinting Através de tags de SAGE e MPSS associadas com SNPs. 2005. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

23.
Souza, J.E. de. Estudo em larga escala de ocorrência de SNPs em elementos reguladores de splicing e sua possível relação com doenças humanas. 2004. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

24.
Souza, J.E. de. Estudo em larga escala de ocorrência de SNPs em elementos reguladores de splicing e sua possível relação com doenças humanas. 2003. (Apresentação de Trabalho/Seminário).

25.
Souza, J.E. de. Alinhamento e scoring (Programação Dinâmica). 2003. (Apresentação de Trabalho/Seminário).


Produção técnica
Programas de computador sem registro
1.

2.
De Souza, J. E. S.; E. Ossorio . pp-Blast. 2001.

3.
De Souza, J. E. S.; L. Koopp ; P. S. de Oliveira . TFI. 2001.


Demais tipos de produção técnica
1.
OHNO-MACHADO, L. ; de Souza SJ ; DALMOLIN, R. J. S. ; MATOS, J. P. ; De Souza, J. E. S. . Bioinformática Básica. 2018. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

2.
De Souza, J. E. S.. Curso teórico-prático em Introdução à análise de dados de sequenciadores de segunda geração. 2018. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

3.
OHNO-MACHADO, L. ; de Souza SJ ; DALMOLIN, R. J. S. ; COSTA, C. R. ; De Souza, J. E. S. . Aplicações da Bioinformática como resposta sustentável aos desafios da Bio Ciência em Moçambique. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

4.
De Souza, J. E. S.. 1º Curso teórico-prático em Introdução à análise de dados de sequenciadores de segunda geração. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

5.
Souza, JES; MATOS, J. P. . Introdução a NGS. 2017. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

6.
MABILA, F. ; OHNO-MACHADO, L. ; de Souza, S. J. ; De Souza, J. E. S. . Curso de Introdução em Bioinformática. 2014. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

7.
De Souza, J. E. S.; de Souza SJ . Aplicações do sequenciamento de nova geração. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

8.
De Souza, J. E. S.. Fundamentos em Bioinformática. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

9.
De Souza, J. E. S.. Introduction to next Generation Sequencing. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

10.
De Souza, J. E. S.. Escola de estudos avançados em Genômica.. 2013. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

11.
A.A. Carmago ; Brentani H ; Souza, J.E. de . Análise de transcriptomas. 2002. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

12.
Souza, S.J. de ; Souza, J.E. de . Alternative Splicing e Análise de expressão por SAGE. 2002. (Curso de curta duração ministrado/Especialização).

13.
De Souza, J. E. S.. M39 - Excel. 2001. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

14.
De Souza, J. E. S.. M30 - Excel. 2001. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).

15.
De Souza, J. E. S.. M40 - Excel. 2001. (Curso de curta duração ministrado/Extensão).



Patentes e registros



Programa de computador
1.
MARTINS, D. L. ; ALVES SOBRINHO, P. A. ; De Souza, J. E. S. . R-Peridot. 2017.
Patente: Programa de Computador. Número do registro: 23077066388, data de registro: 23/10/2017, título: "R-Peridot" , Instituição de registro: Universidade Federal do Rio Grande do Norte.



Bancas



Participação em bancas de trabalhos de conclusão
Mestrado
1.
SANTOS, A. K. C. R.; CORDEIRO, F. M.; SANTOS, S. E. B.; De Souza, J. E. S.. Participação em banca de Hélber Gonzales Almeida Palheta. Análise de variantes do gene CDHI no banco de dados 1,000 Genomes. 2018. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

2.
DORIA NETO, A. D.; ARAUJO, D. S. A.; De Souza, J. E. S.; SANTOS, A. M.. Participação em banca de ELIONAI MOURA CORDEIRO. Autogating em Dados de Citometria de Fluxo Utilizando Classificadores SVM para Identificação de Bacterioplâncton. 2018. Dissertação (Mestrado em BIOINFORMATICA) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

3.
DALMOLIN, R. J. S.; FIGUEROLA, W. B.; De Souza, J. E. S.. Participação em banca de LUCAS FELIPE DA SILVA. Integração de dados e desenvolvimento de métricas escalável para análise de fatores de transcrição. 2018. Dissertação (Mestrado em BIOINFORMATICA) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

4.
AGNEZ, L. F.; MELO, V. M. M.; De Souza, J. E. S.. Participação em banca de WYDEMBERG JOSÉ DE ARAÚJO. Characterization of the microbial community of oil reservoir. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioquimica) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

5.
SANTOS, A. K. C. R.; de Souza SJ; DALMOLIN, R. J. S.; De Souza, J. E. S.. Participação em banca de André Luis Fonseca Faustino. Integração de dados genômicos na identificação de vias tumorigênicas: uma perspectiva de biologia de sistemas. 2016. Dissertação (Mestrado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

6.
de Souza, J. E.; SILVA JUNIOR, W.; GUILIATTI, S.. Participação em banca de Rodrigo Guarischi Mattos Amaral de Sousa. Abordagem computacional para identificar novos SNVs em base de dados de ESTs. 2012. Dissertação (Mestrado em metrado em Genética) - Universidade de São Paulo.

Teses de doutorado
1.
SANTOS, A. K. C. R.; ASSUPCAO, P. P.; SANTOS, S. E. B.; CORDEIRO, F. M.; Souza, J.E. de. Participação em banca de Adenilson Leão Pereira. Oncogenômica: microRNAs no Câncer Gástrico. 2018. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

2.
SANTOS, A. K. C. R.; SANTOS, S. E. B.; CORDEIRO, F. M.; Souza, JES; HUSNY, A. S. E.. Participação em banca de JAIME VIANA DE SOUSA. AVALIAÇÃO IN SÍLICO DO EFEITO DAS MUTAÇÕES NOS GENES HBB e CFTR EM INDIVÍDUOS DEPOSITADOS NO 1000 GENOMES DATABASE. 2017. Tese (Doutorado em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

3.
MEDEIROS, S. R. B.; THEODORO, R. C.; De Souza, J. E. S.; COUTINHO, L. G.; FARIAS, S. T.. Participação em banca de DANIEL CHAVES DE LIMA. Characterization of RadA/Sms from Chromobacterium violaceum and discovery of a new episome. 2016. Tese (Doutorado em Bioquímica) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

4.
Pereira, Lygia V.; MORGANTE, A. M. V.; Rosenberg, C; Galante, P A F; Souza, JES. Participação em banca de Joana Carvalho Moreira de Mello. Estudos da inativação do cromossomo X em humanos: iniciação e imprinting. 2015. Tese (Doutorado em Ciências Biológicas (Biologia Genética)) - Universidade de São Paulo.

Qualificações de Doutorado
1.
de Souza SJ; De Souza, J. E. S.. Participação em banca de ANDRE LUIS FONSECA FAUSTINO. Analises de bioinformática revelam novos alvos terapeuticos no surfaceoma humano. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

2.
DORIA NETO, A. D.; COSTA, C. R.; ARAUJO, D. S. A.; DE SOUZA, JORGE E. S.. Participação em banca de BRUNO MATTOS SILVA WANDERLEY. Estudo dos Padrões Citométricos do Bacterioplâncton de Águas Marinhas e Continentais. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

3.
COSTA, C. R.; Stransky, B.; De Souza, J. E. S.. Participação em banca de LEONIDAS DA SILVA BARBOSA. S-Score tools no Estudo do Câncer e Uso em Simulação do Desenvolvimento de Células Cancerígenas. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

4.
COSTA, C. R.; De Souza, J. E. S.; de Souza SJ. Participação em banca de VANDECLECIO LIRA DA SILVA. Identificação genome-wide de genes do câncer/testículo e sua associação com prognóstico em uma análise pan-cancer. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

5.
UCHOA, A. F.; SANTOS, E. A.; Souza, JES. Participação em banca de SINARA CARLA DA SILVA ARAÚJO. PROSPECÇÃO E OBTENÇÃO DE UM BIOSSURFACTANTE DERIVADO DE UMA BIBLIOTECA METAGENÔMICA.. 2018. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

6.
SOUZA, S. J.; MATOS, J. P.; DALMOLIN, R. J. S.; De Souza, J. E. S.. Participação em banca de André Maurício Ribeiro dos Santos. Exoma de Populações Nativo Americanas da Amazônia e suas Implicações para a Saúde Humana. 2017. Exame de qualificação (Doutorando em Genética e Biologia Molecular) - Universidade Federal do Pará.

7.
MOREIRA, S. M. G.; SILBIGER, V. N.; Souza, J.E. de. Participação em banca de ANA RAFAELA DE SOUZA TIMOTEO. The identification and molecular caracterization of germline mutations in individuals with hereditary breast and ovarian cancer. 2016. Exame de qualificação (Doutorando em Bioquímica) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

Qualificações de Mestrado
1.
DORIA NETO, A. D.; ARAUJO, D. S. A.; De Souza, J. E. S.. Participação em banca de ELIONAI MOURA CORDEIRO. Autogating em Dados de Citometria de Fluxo Utilizando Classificadores SVM para Identificação de Bacterioplâncton. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em BIOINFORMATICA) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

2.
De Souza, J. E. S.; DALMOLIN, R. J. S.. Participação em banca de LUCAS FELIPE DA SILVA. TFAT ? TRANSCRIPTION FACTOR ANALYSIS TOOLS. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em BIOINFORMATICA) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

3.
MATOS, J. P.; De Souza, J. E. S.. Participação em banca de PRISCILLA MACHADO DO NASCIMENTO. Implementação de Funcionalidades Para uma Plataforma de Análise de Variantes Genômicas. 2018. Exame de qualificação (Mestrando em BIOINFORMATICA) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

4.
VOIGT, E. L.; DALMOLIN, R. J. S.; De Souza, J. E. S.. Participação em banca de VLADIMIR VIEIRA DO NASCIMENTO. ESTUDO DA INFLUÊNCIA DO VOO COM O FOGUETE VSB-30 NO TRANSCRIPTOMA DE PLANTAS DE Saccharum spp. (CANA-DE-AÇÚCAR). 2017. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

5.
SCORTECCI, K. C.; SALHA, D. R. A. M.; De Souza, J. E. S.. Participação em banca de DIEGO GOMES TEIXEIRA. L. infantum genome shows prevalent homogeneity among populations with different clinical outcomes. 2015. Exame de qualificação (Mestrando em Bioquímica) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

Trabalhos de conclusão de curso de graduação
1.
LAJUS, T. B. P.; AGNEZ, L. F.; De Souza, J. E. S.. Participação em banca de THAIS TEIXEIRA OLIVEIRA.ALTERAÇÃO DA EXPRESSÃO DE GENES RELACIONADOS A DOENÇAS NEURODEGENERATIVAS EM MODELOS INFLAMATÓRIOS TRATADOS COM INIBIDORES DE APE1. 2017. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

2.
de Souza SJ; De Souza, J. E. S.; KROLL, JOSÉ E.. Participação em banca de ANA CAROLINA MIRANDA FERNANDES COÊLHO.Comparação entre amostras selvagens e BRCA-Associadas em câncer de ovário. 2016. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Biomedicina) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

3.
De Souza, J. E. S.; SOUZA, S. J.; FONSECA, M. M. B.. Participação em banca de ISABELLA TANUS JOB E MEIRA.Reanotacao do surfaceoma e sua integracao com dados genomicos provenientes de amostras de cancer.. 2014. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte.

4.
SILVA JUNIOR, W. A.; DE SOUZA, JORGE E. S.; RUIZ, E. E. S.. Participação em banca de Matheus Carvalho Burger.Uma abordagem computacional para a identificação de vias gênicas reguladas por micro RNAs. 2012. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Informática Biomédica) - Universidade de São Paulo.



Participação em bancas de comissões julgadoras
Concurso público
1.
MATOS, J. P.; De Souza, J. E. S.; GUBITOSO, M. D.. Comissão Examinadora de Concurso Público de Provas e Títulos para o Cargo de Professor do Magistério Superior na Classe Adjunto-A/DE, na área de Bioinformática. 2015. Universidade Federal do Rio Grande do Norte.



Eventos



Participação em eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Aplicações de Informática para a saúde global.Interfaces em Bioinformática. 2018. (Simpósio).

2.
CHALLENGES FOR THE INTEGRATION OF MEDICINE AND INFORMATION TECHNOLOGY.Integração de dados na identificação de variantes patogênicas. 2018. (Simpósio).

3.
9th IUPAP International Conference on Biological Physics.R-Peridot: A Dynamic, Expansible and User Friendly Tool For Differential Expression Analysis of RNA-Seq and Gene Ontology.. 2017. (Simpósio).

4.
Aplicações da Bioinformática como resposta sustentável aos desafios da Bio Ciência em Moçambique.Desenvolvimento de aplicativos para Bioinformática. 2017. (Simpósio).

5.
III Curso Biologia de Sistema em Câncer.Bioinformática - Conceitos Básicos e Aplicados. 2017. (Oficina).

6.
II Simpósio Norte-Nordeste de Bioinformática. Introdução a NGS. 2017. (Congresso).

7.
XXVIII CICT Congresso de Iniciação Científica e Tecnológica da UFRN. Continuação de plano de trabalho para a implementação de interface amigável de análise de genes diferencialmente expressos. 2017. (Congresso).

8.
FeSBE XI Reunião Regional. Bioinformática aplicada ao câncer.. 2016. (Congresso).

9.
II Biologia Sistêmica do Câncer.Análise de RNAseq. 2016. (Simpósio).

10.
II Curso de Atualização em Genética Humana.Oncogenômica na era do Big Data. 2016. (Oficina).

11.
I Simpósio Norte-Nordeste de BioInformática. Bioinformática aplicada ao câncer.. 2016. (Congresso).

12.
SB-Meeting 2016 - From Algorithms to Disease.SGS: Statistical Gene Signature For RNA-Seq Analysis. 2016. (Simpósio).

13.
XXVII CICT Congresso de Iniciação Científica e Tecnológica da UFRN. Estudo e implementação e métodos computacionais/estatísticos para obtenção de assinaturas gênicas.. 2016. (Congresso).

14.
CBAB-2015: Use of Bioinformatics for the study of Vaccines.Hands-on RNAseq. 2015. (Outra).

15.
Curso Biologia de Sistema em Câncer.Análise de mutações em exoma. 2015. (Seminário).

16.
AC camargo Cancer Center - Disciplina de Pós-Graduação: MicroRNAs e Câncer.Análise bioinformática de miRNAs. Discussão de projetos pesquisa. 2014. (Seminário).

17.
EV376-2014 - BIOLOGIA SISTÊMICA DO CÂNCER.Bioinformática Aplicada ao Câncer. 2014. (Oficina).

18.
59o. Congresso Brasileiro de Genética. 2013. (Congresso).

19.
Cancer Genome Workshop. 2012. (Oficina).

20.
Curso de Verão 2012 - Bioinformática - FMRP - USP.Introdução ao splicing alternativo. 2012. (Oficina).

21.
Curso RNAseq (RNAseqcourse).Bioscope and TORQUE for analysis of SOLiD reads. 2012. (Oficina).

22.
International Workshop on Genomics of Health and Diseases. Using RNAseq to identify gene expression signature in adenocarcinoma of rectum. 2011. (Congresso).

23.
I Oficina de Bioinformática EMU-FAPESP.Plataforma de alta-performance computacional aplicada na analise de Splicing alternativo e diversidade genética. 2011. (Oficina).

24.
X-meetig 2009. ANALYSIS OF ALLELIC DIFFERENTIAL EXPRESSION IN THE HUMAN GENOME USING ALLELE-SPECIFIC SAGE TAGS.. 2009. (Congresso).

25.
3st International Conference of the AB3C ?X-meeting. Identification of Mono-allelic Gene Expression and Differential Allelic Gene Expression in the Human Genome. 2007. (Congresso).

26.
1st International Conference of the AB3C ?X-meeting?. Identification of novel imprinted genes using allele-specific SAGE and MPSS tags. 2005. (Congresso).

27.
2st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. Study of the correlation of ESEs disrupted by SNPs and alternative splicing. 2004. (Congresso).

28.
1st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology.. A large-scale study of SNPs in regulatory elements of alternative splicing and their possible association to human diseases. 2003. (Congresso).


Organização de eventos, congressos, exposições e feiras
1.
Souza, JES. bINFO - Seminários de Bioinformática IV. 2018. (Outro).

2.
OHNO-MACHADO, L. ; de Souza SJ ; De Souza, J. E. S. . Aplicações de Informática para a saúde global. 2018. (Outro).

3.
Souza, JES. Curso teórico-prático em Introdução à análise de dados de sequenciadores de segunda geração. 2018. (Outro).

4.
De Souza, J. E. S.. bINFO - Seminários de Bioinformática III. 2017. (Outro).

5.
De Souza, J. E. S.. Seminário em Bioinformática UFRN-UFPA: Aplicações Profissionais da Bioinformática. 2017. (Outro).

6.
Souza, JES. 1.o. Curso teórico-prático em Introdução à análise de dados de sequenciadores de segunda geração. 2017. (Outro).

7.
De Souza, J. E. S.. bINFO - Seminários de Bioinformática II. 2016. (Outro).

8.
Souza, JES. I Simpósio Norte-Nordeste de BioInformática. 2016. (Congresso).

9.
De Souza, J. E. S.. bINFO - Seminários de Bioinformática. 2015. (Outro).

10.
MABILA, F. ; OHNO-MACHADO, L. ; de Souza SJ ; De Souza, J. E. S. . Introductory Course in Bioinformatics. 2014. (Outro).

11.
STRANSKY, B. ; EILS, R. ; De Souza, J. E. S. . SB-Meeting - Europe-Brazil Meeting on Systems and Synthetic Biology. 2014. (Congresso).

12.
SILVA JUNIOR, W. ; NOUSHMEHR, H. ; DE SOUZA, JORGE E. S. . IX Curso de Verão em Bioinformática. 2013. (Outro).

13.
DE SOUZA, JORGE E. S.; SILVA JUNIOR, W. . Escola de estudos avançados em Genômica. 2013. (Outro).

14.
SILVA JUNIOR, W. ; NOUSHMEHR, H. ; DE SOUZA, JORGE E. S. . Cancer Genome Workshop. 2012. (Congresso).

15.
de Souza, Sandro J. ; OHNO-MACHADO, L. ; DE SOUZA, JORGE E. S. . A Bioinformática no Século 21. 2012. (Outro).

16.
de Souza, S. J. ; Silva, W. A. ; de Souza, J. E. . I Oficina de Bioinformática EMU-FAPESP. 2011. (Congresso).

17.
Souza, S.J. de ; J. Barrera ; Souza, J.E. de . 2st International Conference on Bioinformatics and Computational Biology. 2003. (Congresso).



Orientações



Orientações e supervisões em andamento
Dissertação de mestrado
1.
RAUL MAIA FALCÃO. Estudo de padrões e Integração de dados na busca de variantes genômicas de relevância clinica.. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em BIOINFORMATICA) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

2.
DANILO LOPES MARTINS. Análise e busca de padrões em expressão alélica diferencial.. Início: 2018. Dissertação (Mestrado profissional em BIOINFORMATICA) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

3.
PRISCILLA MACHADO DO NASCIMENTO. INTERFACE AMIGÁVEL PARA ANÁLISE DE VARIANTES CLINICAS. Início: 2016. Dissertação (Mestrado profissional em BIOINFORMATICA) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

Tese de doutorado
1.
INACIO GOMES MEDEIROS. DESENVOLVIMENTO DE PIPELINES COMPUTACIONAIS PARA BUSCA DE NOVOS BIOSSURFACTANTES EM DADOS DE METAGENÔMICA PROVENIENTES DE BIOMAS DE POÇOS DE PETRÓLEO. Início: 2017. Tese (Doutorado em Bioinformática) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte. (Coorientador).

Iniciação científica
1.
JHEYNNE LAINA ALVES DE LIMA. Estudos de métodos para analise e identificação de genes diferencialmente expressos. Início: 2018. Iniciação científica (Graduando em Farmácia) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).

2.
PITAGORAS DE AZEVEDO ALVES SOBRINHO. implementação de interface amigável de análise de genes diferencialmente expressos. Início: 2018. Iniciação científica (Graduando em Tecnologia da Informação) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. (Orientador).


Orientações e supervisões concluídas
Dissertação de mestrado
1.
LUCAS FELIPE DA SILVA. DESENVOLVIMENTO DE UM SISTEMA WEB DE INTERPRETAÇÃO DE DADOS. 2017. Dissertação (Mestrado em BIOINFORMATICA) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, . Orientador: Jorge Estefano Santana de Souza.

2.
Rayson Carvalho Barbosa. Análise do miRNoma de sangue periférico de pacientes com Leucemia Linfocítica Crônica,. 2017. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Federal de Minas Gerais, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Coorientador: Jorge Estefano Santana de Souza.

Iniciação científica
1.
DANILO LOPES MARTINS. Estudo e implementação e métodos computacionais/estatísticos para obtenção de assinaturas gênicas.. 2017. Iniciação Científica. (Graduando em Tecnologia da Informação) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Fundação Norte Riograndense de Pesquisa e Cultura. Orientador: Jorge Estefano Santana de Souza.

2.
SEBASTIAO NOBERTO CAMELO PESSOA NETO. Calculadora de risco para câncer hereditário. 2017. Iniciação Científica. (Graduando em Tecnologia da Informação) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte. Orientador: Jorge Estefano Santana de Souza.

3.
PITAGORAS DE AZEVEDO ALVES SOBRINHO. Continuação de plano de trabalho para a implementação de interface amigável de análise de genes diferencialmente expressos. 2016. Iniciação Científica. (Graduando em Tecnologia da Informação) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico. Orientador: Jorge Estefano Santana de Souza.

4.
ELISEU JAYRO DE SOUZA MEDEIROS. Desenvolvimento de interfaces para analises de variantes genômicas.. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Tecnologia da Informação) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, fundação Hemocentro. Orientador: Jorge Estefano Santana de Souza.

5.
JONATHAS RUAM LIMA DE MELO. Desenvolvimento de interfaces para análise de Expressão Gênica. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Tecnologia da Informação) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, fundação Hemocentro. Orientador: Jorge Estefano Santana de Souza.

6.
PATRÍCIA PONTES CRUZ. Desenvolvimento de interfaces para analise de expressão gênica. 2015. Iniciação Científica. (Graduando em Tecnologia da Informação) - Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Fundação Norte Riograndense de Pesquisa e Cultura. Orientador: Jorge Estefano Santana de Souza.

Orientações de outra natureza
1.
Delva Pereira Leão. Treinamento em análises e ferramentas de bioinformática focado em sequenciamento de segunda geração.. 2013. Orientação de outra natureza - Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. Orientador: Jorge Estefano Santana de Souza.

2.
Valter Nuno Nuaila. Treinamento em análises e ferramentas de bioinformática focado em sequenciamento de segunda geração.. 2013. Orientação de outra natureza - Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. Orientador: Jorge Estefano Santana de Souza.

3.
Jessica Rodrigues Plaça. Treinamento em análises e ferramentas de bioinformática focado em sequenciamento de segunda geração.. 2013. Orientação de outra natureza - Departamento de Genética, Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto. Orientador: Jorge Estefano Santana de Souza.

4.
Mateus Leonel Souto Alonso. Plataforma de alta-performance voltada para análises computacionais.. 2012. Orientação de outra natureza - Universidade de São Paulo. Orientador: Jorge Estefano Santana de Souza.

5.
Erico Torrieri. Aplicação da bioinformática no estudo do genoma e transcriptoma humano.. 2012. Orientação de outra natureza - Instituto de Bioinformática e Biotecnologia. Orientador: Jorge Estefano Santana de Souza.

6.
André Luiz Silva.. Metodos in silico na identificaçao de genes submetido a imprinting genomico.. 2012. Orientação de outra natureza - Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto. Orientador: Jorge Estefano Santana de Souza.

7.
Matheus Carvalho Bürger. Analises de expressão gênica diferencial em osteogenese imperfeita.. 2012. Orientação de outra natureza - Universidade de São Paulo. Orientador: Jorge Estefano Santana de Souza.




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